Dans le contexte économique, social, politique et mass-médiatique des années 1960, les reportages photographiques et télévisuels ont pris le relais d'une représentation de la nature et du paysage jusque-là réservée aux artistes. Ces images rompent avec la représentation idyllique d'une nature naturelle et pittoresque pour révéler la nature telle qu'elle est, vivante et fragile, dont l'homme fait partie, mais dont il menace l’intégrité. Paysages blanchis autour des cimenteries, forêts décimées, nuages de dioxine s'échappant du réacteur d'une usine chimique, déversement de pétrole en mer : les images des premières catastrophes écologiques frappent l'imagination. La représentation du paysage devient problématique, les concepts liés à l'idée de nature - tels que l'échelle planétaire, le long temps, le climat, la pollution - y introduisent une part d'immatérialité. Des stratégies plastiques et visuelles se mettent en place à un niveau international : les artistes renouvellent leur approche de la nature. Ils l’envisagent dans ses processus physiques et biologiques, comme site à réhabiliter et comme écosystème. Outre la production de tableaux, environnements, objets, performances et photographies, certains rédigent des communiqués, déclarations, manifestes, lettres ouvertes, s’engagent dans des associations, des partis politiques ou mènent des actions concrètes dans la sphère publique, parfois avec quelques résultats. La présentation du corpus de formulations plastiques et/ou militantes forme l’occasion de questionner l’impact de ces travaux : sont-ils l’occasion d’un renouvellement de la fonction sociale de l’artiste ou relèvent-ils du domaine de l’utopie? Comment leurs auteurs les envisagent-ils ? Leurs effets sont-ils mesurables ? Peuvent-ils faire l’objet d’études d’impact ? Selon quelle méthodologie et avec quelles précautions ? / In the economic, social and political environments of the 1960s, themass media evolution led photography and television reports to take over the representation of nature and landscape. Until then, the illustration of nature and landscape had been the preserve of artists. The new trend was to move away from the idyllic representation of the natural world in order to reveal nature as it really is, alive and fragile, a nature in which man plays an integral role while also posing a threat to its integrity.Landscapes started to feature ecological disasters such as: decimated forests, clouds of dioxin billowing from chemical reactors, oil spills in the sea or also cement work, – in essence, familiar images that strike the imagination. Such representation of landscape was in itself a challenge. Concepts connected to the idea of nature, such as a global climate, pollution, scale effect, and long term impact, introduced an element of immateriality.Various strategies to create visual and plastic representations were initiated across the world; a number of artists renewed their approach to nature. They envisaged it in its physical and biological processes, and addressed it as a series of ecosystems and locations that need to be rehabilitated. Concrete actions in the public sphere have sometimes produced significant results: photos, objects, performances, environments, as well as draft communiqués, declarations, manifestos, open letters and the participation in associations or political parties.The presentation of the body of plastic formulation and/or militant acts raises the issue of their impact. Do they represent the renewal of the social role of the artist, or are they just an utopian vision? How do their authors envisage them? Are their effects measurable? Can it be the subject of environmental studies? What methodology to use? And what are its limitations ?

Cette thèse porte sur l’étude d’équations d’évolution sur certains groupes hyperboliques, en particulier, nous étudions l’équation de la chaleur, l’équation de Schrödinger et l’équation des ondes modifiée, d’abord sur les arbres homogènes, ensuite sur des graphes symétriques. Sur les arbres homogènes, nous montrons que, sous une hypothèse d’invariance de jauge, on a existence globale des solutions de l’équation de Schrödinger ainsi qu’un phénomène de ’scattering’ pour des données arbitraires dans l’espace des fonctions de carré intégrable sans restriction sur le degré de la non-linéarité, contrairement au cas euclidien ou au cas hyperbolique. Nous généralisons ensuite ce résultat sur les graphes symétriques de degré (k − 1)(r − 1) sous la condition k < r. Un de nos principaux résultats sur les graphes symétriques est l’estimation du noyau de la chaleur associé au laplacien combinatoire. Pour finir, nous établissons une expression explicite des solutions de l’équation des ondes modifiée sur les graphes symétriques. / This thesis focuses on the study of evolution equations on certain hyperbolic groups, in particular, we study the heat equation, the Schrödinger equation and the modified wave equation first on homogeneous trees then on symmetric graphs. In the homogeneous trees case, we show that under a gauge invariance condition, we have global existence of solutions of the Schrödinger equation and scattering for arbitrary data in the space of square integrable functions without any restriction on the degree of the nonlinearity, in contrast to the euclidean and hyperbolic space cases. We then generalize this result on symmetric graphs of degree (k − 1)(r − 1) under the condition k < r . One of our main results on symmetric graphs is the estimate of the heat kernel associated to the combinatorial laplacian. Finally, we establish an explicit expression of solutions of the modified wave equation on symmetric graphs.

Les notions de robustesse structurale sont intégrées dans les codes de conception européens suite à l'effondrement partiel et progressif de la tour Ronan Point de Canning Town à Londres (Angleterre, 16.05.1968). Le cadre réglementaire des Eurocodes définit la robustesse comme l'aptitude d'une structure à résister à des événements accidentels dits identifiés (incendies, explosions, chocs) ou non identifiés (conséquences d'une erreur humaine, attentats) sans présenter de dégâts disproportionnés par rapport à la cause d'origine. Cette définition incite les ingénieurs à inclure dans les procédures de conception les notions de dommage initial (défaillance locale) et de dommage disproportionné (défaillance globale). L'objectif de ces travaux de thèse est de développer un outil de simulation de la robustesse de structures lorsque des incertitudes de sollicitations (évènement accidentel) et / ou une faute de dimensionnement (conception ou de réalisation) interfèrent avec les dimensionnements réglementaires. La robustesse est évaluée à travers un indice compris entre 0 (structure peu robuste) et 1 (structure très robuste) et calculé à partir des probabilités de défaillance initiale et globale. Cette thèse propose une méthodologie reposant sur la recherche d’arbres complets d'évènements illustrant l'ensemble des cheminements potentiels d'une défaillance initiale localisée jusqu'à la ruine globale. L'approche développée s'applique aux structures hyperstatiques, dans lesquelles la rupture d'un ou plusieurs éléments n'entraine pas systématiquement la ruine de l'ensemble de la structure. En effet, les éléments non endommagés restants peuvent être en mesure de supporter les chargements externes par une redistribution des efforts internes.La procédure est illustrée dans les cas de structures unidimensionnelles hyperstatiques de poutres bi-encastrées et d'un portique référencé dans les normes et classiquement étudié dans la littérature. Le mode local de défaillance de nos simulations est la formation d'une rotule (fragile ou plastique) lorsque le moment sollicitant appliqué atteint la valeur du moment résistant d'une section droite. Deux types de lois probabilistes, Gaussiennes et Log-normales, sont testées par l'approche développée et par des simulations Monte-Carlo. Les variables aléatoires choisies peuvent être indépendantes ou corrélées. Nous présentons les résultats sous forme d’arbres d'évènements comportant l'ensemble des branches exclusives, sans intersection entre branches issues d’un même nœud. Cette spécificité permet de calculer des indices caractérisant la robustesse de la structure selon chaque scénario.L'analyse de l’arbre des évènements et des indices de robustesse permet de mettre en évidence les fragilités potentielles pouvant engendrer une défaillance généralisée d'une structure vis-à-vis d’accidents ou d’actes de malveillance. La méthode développée fournit un outil de simulation et de diagnostic efficace, tant en phase de conception qu'en phase de réhabilitation, permettant d'envisager le renforcement de bâtis existants ou futurs et d'assurer la sécurité des personnes et des ouvrages environnants. / Localized initial failures in constructions can sometimes be followed by disproportionate damage (collapse) spreading to the whole or the major part of a building. Since the partial and progressive collapse of the Ronnan Point tower (London, $1968$) caused by a gas explosion, the concept of robustness has been introduced in standards. Structural robustness is defined as the ability of a structure to withstand unforeseen events causing local damage like fire, explosion or impact, without suffering disproportionate collapse. This definition encourages engineers to include the concepts of initial damage (local failure) and disproportionate damage (global failure) in design procedures. The main objective of this PhD work is to develop a simulation tool in order to highlight the potential weakness in a structure when uncertain sollicitations (accidental events) and/or dimensional fault (design or realization) interfere with the standard predictions. The robustness is evaluated by an index varying from 0 (non-robust structure) to 1 (very robust structure) and is calculated from the initial and global failure probabilities. The proposed methodology is based on an event tree analysis summurizing all the distinct potential scenarios, from the initial damage to the collapse of the structure. The developed approach is applied to statically indeterminate unidimensional structures like beams and frame. The redundancy's consequence is that the break of one or several cross sections will not necessarily lead to the collapse of the whole system: the redistribution of the internal efforts allows the remaining undamaged parts of the structure to support the external (applied) loading. The methodology is illustrated by some examples of clamped-clamped beam and frame, loaded with punctual forces. The cross sections are supposed to have an elastic behaviour until the formation of plastic hinges (local failure). Two types of probabilistic laws, Gaussian and Log-normal, are tested by the developed approach and by Monte-Carlo simulations. The chosen random variables can be either independent or correlated. The resulting complete event tree contains all the exclusive paths from an localised damage to the global failure, without intersection between branches stemming from the same node. This specific property allows to evaluate the robustness indexes of the structure with the ratio between the local and global probabilities, according to each scenario. The analysis of the event tree and of the robustness indexes allows to highlight the potential brittleness which could cause a generalized collapse of the structure with respect to accidents or malicious acts. The developed methodology provides an effective tool of simulation and diagnostic, both in the design phase and in the rehabilitation one, useful to the reinforcement of existing or future buildings and to ensure the safety of people and surrounding structures.

Le système racinaire, lien essentiel entre la plante et le sol quoi qu'essentiellement invisible, reste encore aujourd'hui peu étudié dans son ensemble. Les plantes étant ancrées au sol via leur système racinaire, leurs facultés d'adaptation et de survie sont donc très dépendantes de leurs capacités à savoir tirer profit de l'espace qui les entoure, notamment par l'intermédiaire de leur système racinaire. Certains arbres font néanmoins partie des plus grands et plus anciens êtres vivants de la planète, preuve s'il en est de leur capacité d'adaptation au milieu dans lequel ils poussent et aux changements environnementaux pouvant survenir dans le temps. Dans le cas des plantations, les contraintes anthropiques imposées se heurtent parfois aux limites de cette formidable capacité d'adaptation. Les travaux développés dans la première partie de cette thèse font l'objet de deux articles publiés et se concentrent sur une revue bibliographique des connaissances sur l'enracinement profond. Le rôle vital du système racinaire pour la plante est ainsi mis en avant ainsi que ses fonctions dans le continuum sol-plante-atmosphère. Son rôle essentiel, souvent sous-estimé dans le stockage du carbone, est également abordé. Les différentes techniques permettant d'accéder aux systèmes racinaires in situ sont passées en revue et nous présentons la technique du puits d'accès que nous avons utilisé pour observer les racines jusqu'à 5 mètres de profondeur. Nous avons également développé nos propres outils de prise de vue par l'intermédiaire de scanner à plat ainsi qu'un outil d'analyse d'images ( IJ_Rizo) aujourd'hui disponible en ligne.Dans la deuxième partie du mémoire, nous nous consacrons à l'étude du système racinaire de l'hévéa adulte (Hevea brasiliensis) dans le nord-est de la Thaïlande. Premier producteur mondial de caoutchouc naturel, la Thaïlande a fortement développé ses plantations d'hévéas allant jusqu'à étendre son exploitation au-delà de sa zone climatique naturelle, dans des zones à fortes contraintes hydriques. Dans ce contexte, nous avons étudié la saisonnalité et la dynamique des racines fines pendant trois ans ainsi que leur contribution au cycle du carbone. Nous avons pu mettre en évidence la continuité de la dynamique racinaire indépendamment des périodes de défoliation mais en lien avec la saisonnalité de la pluviométrie. Nous avons également pu caractériser la faible différenciation de la dynamique racinaire de 0 à 4,5 mètres de profondeur dans un tel contexte. La troisième partie de la thèse concerne l'étude du teck (tectona grandis), espèce endémique d'Asie du Sud-Est, et notamment du Laos dans la région de Luang Prabang. Le développement de sa culture sous forme de plantations mono-spécifiques se poursuit depuis les années 80. En appliquant la technique d'exclusion de pluie pendant 2 ans sur des arbres d'une plantation d'une vingtaine d'années, nous avons observé l'influence du régime de précipitations sur l'enracinement. Un arrêt pratiquement total de croissance des racines en surface et en profondeur a ainsi été mis en évidence. Nous concluons, dans le cas d'espèces à une forte dépendance à la ressource en eau de surface, à un impact direct sur l'état physiologique et une stagnation de la croissance des troncs. Certains individus ont démontré une capacité d'adaptation en modifiant leur cycle de foliation / défoliation accompagné d'une reprise de la croissance des troncs lors de la deuxième année du régime de sécheresse imposé. Nous avons également démontré l'importance de l'enracinement fin pour le stockage du carbone qui, dans ce contexte, représente plus de 45 % du carbone total, soit environ le double des données publiées dans la littérature.Les données obtenues pour les espèces étudiées dans ce mémoire pourront être utilisées pour la modélisation de scenarios simulant le changement climatique et le changement d'usage des terres. / The root system is essential but essentially invisible. Plants are anchored to the soil through their root system; their adaptation and survival abilities are highly dependent on their ability to learn to take advantage of the space that surrounds them. Certain trees are nevertheless some of the largest and oldest living species on the planet- evidence of their ability to adapt to changes in their environment. Within managed anthropogenic constraints, particular species are vulnerable. It is clear that a wide range of parameters are likely to influence the root system and its operation, which offers many entry points to improve our understanding of a root's capacity for expansion, its dynamics, its role within the plant itself and within the soil plant atmosphere continuum. Available data on the extent and dynamics of plant roots includes several thousand references. However, the vast majority of these observations were made within the first meter of the soil profile. Data acquisition for the fine and/or deep roots is currently limited by constraints of time and financial resources. To overcome this lack of information, while trying to assess root dynamics under different environmental conditions, many models have been developed. However, it is still difficult to describe the complexity of root development in the community and to integrate its "plasticity".To understand such a complex environment, we must work toward establishing a definition of objectives and the tools necessary to develop and implement them. The work developed in the first part of this thesis is the subject of two articles and focuses on a literature review about deep roots. The vital role of the root system for the plant is well highlighted, as is its impact as a link within the atmosphere. We discuss the role of deep roots in carbon storage, which is critical and often underestimated. The different techniques for accessing the root systems in situ are also considered, and we present our access technique for observing the roots down to depths of five meters. We have also developed tools for shooting through a flatbed scanner and image analysis ( IJ_Rizo ) now available online.In the second part of the thesis, we focus on the study of root systems of adult rubber trees (Hevea brasiliensis L. RRIM 600) in the northeast of Thailand. Thailand has greatly expanded its acreage to extend its operations beyond its natural climate zone, into areas of high water stress. In this context, we studied the seasonality and dynamics of fine roots for three years and their contribution to the carbon cycle. We were able to highlight the continuity of root dynamics during independent periods of defoliation, yet link these to the seasonality of rainfall. We were also able to characterize the low differentiation of root dynamics at 0 to 4.5 m of depth in this context.The third part of the thesis concerns the study of teak particular to the region of Luang Prabang, Laos. By applying the rain exclusion technique for 2 years on a plantation of twenty-year-old trees, we observed the influence of precipitation patterns. During the period of water stress, an almost total cessation of root growth, at the surface and significant depths, has been highlighted. We conclude that in the case of species with a high dependence on water resources there is a direct impact on the physiological state and stagnated trunk growth. Some individuals have demonstrated an ability to adapt by changing their foliation/defoliation cycle, accompanied by a resumption of trunk growth during the second year of imposed drought. We also demonstrated the importance of rooting as a means of carbon storage, which in this context represents more than 45% of total carbon- roughly double the amount published in other literature .The data obtained for the species studied in this paper can be used for modelling scenarios simulating climate change and changing land use.

Pour assurer les communications dans un réseau de capteurs sans fil, les capteurs utilisent un modèle simplifié de protocoles en couches inspiré du modèle OSI. Ce modèle comporte cinq couches, chaque couche devant assurer des fonctionnalités indépendantes et particulières. Nous nous intéressons à deux couches qui sont impliquées directement dans les décisions assurant les communications, la couche Liaison de données dans laquelle le protocole MAC assure la coordination des communications entre voisins directs, et la couche Réseau dans laquelle le protocole de routage est responsable de trouver une route entre un émetteur et un récepteur. Chacune des deux couches vise à améliorer certaines métriques, comme la latence, mais les décisions incohérentes venant de différents protocoles peuvent ne pas le permettre. Par conséquent, les décisions spatiales du protocole de routage et les décisions temporelles du protocole MAC doivent être corrélées pour optimiser la latence des communications. Les protocoles cross-layer résolvent ce problème soit en assurant des communications entre des protocoles des deux couches, soit en combinant les deux couches en une nouvelle couche. Dans ce contexte, cette thèse étudie les protocoles cross-layer existants entre MAC et routage et propose de nouvelles approches ayant comme but de minimiser la latence des communications. Dans un premier temps, nous avons proposé un protocole de routage qui utilise des informations du protocole MAC qu’est un TDMA pour trouver un chemin entre le noeud qui capte les données et la station de base tout en minimisant la latence des communications [1]. Ensuite, nous nous sommes intéressés au cas inverse, i.e. des approches MAC qui utilisent des informations de routage pour établir des ordonnancements TDMA de communication pour les nœuds du réseau, ces ordonnancements visant toujours à optimiser la latence des communications [2, 3, 5].Enfin, dans [4], nous avons proposé une approche qui combine un protocole MAC et un protocole de routage en un seul protocole. / Traditionally, in Wireless Sensor Networks, protocols are designed independently in the layered protocol stack, and metrics involved in several layers can be affected. Communication latency is one metric example, impacted by both the routing protocol in the network layer and the MAC protocol in the data link layer. Cross-layer protocols are known to be more efficient when exploiting the dependencies between these layers.In this context, and aiming to minimize the communication latency, we propose different cross-layer approaches concerning routing trees and TDMA schedules. First, we propose a routing approach using information of the TDMA schedule. Then, we propose different TDMA scheduling approaches which use information of the routing tree. Finally, we propose an approach that combines MAC and routing to produce a routing tree and a TDMA schedule simultaneously. Extensive simulations have shown better results of our contributions compared to the state of the art in terms of latency. Other metrics such as the energy consumption, the duty cycle of the nodes and the number of hops in the routing paths were also considered during the evaluation of our contributions.

L'objectif du travail présenté dans cette thèse est de proposer un avancement dans la construction des systèmes embarqués de traitement d'images numériques, flexibles et puissants. La proposition est d'explorer l'utilisation d'une représentation d'image particulière appelée « arbre des composantes connexes » (connected component tree – CCT) en tant que base pour la mise en œuvre de l'ensemble de la chaîne de traitement d'image. Cela est possible parce que la représentation par CCT est à la fois formelle et générale. De plus, les opérateurs déjà existants et basés sur CCT recouvrent tous les domaines de traitement d'image : du filtrage de base, passant par la segmentation jusqu'à la reconnaissance des objets. Une chaîne de traitement basée sur la représentation d'image par CCT est typiquement composée d'une cascade de transformations de CCT où chaque transformation représente un opérateur individuel. A la fin, une restitution d'image pour visualiser les résultats est nécessaire. Dans cette chaîne typique, c'est la construction du CCT qui représente la tâche nécessitant le plus de temps de calcul et de ressources matérielles. C'est pour cette raison que ce travail se concentre sur la problématique de la construction rapide de CCT. Dans ce manuscrit, nous introduisons le CCT et ses représentations possibles dans la mémoire de l'ordinateur. Nous présentons une partie de ses applications et analysons les algorithmes existants de sa construction. Par la suite, nous proposons un nouvel algorithme de construction parallèle de CCT qui produit le « parent point tree » représentation de CCT. L'algorithme est conçu pour les systèmes embarqués, ainsi notre effort vise la minimisation de la mémoire occupée. L'algorithme en lui-même se compose d'un grand nombre de tâches de la « construction » et de la « fusion ». Une tâche de construction construit le CCT d'une seule ligne d'image, donc d'un signal à une dimension. Les tâches de fusion construisent progressivement le CCT de l'ensemble. Pour optimiser la gestion des ressources de calcul, trois différentes stratégies d'ordonnancement des tâches sont développées et évaluées. Également, les performances des implantations de l'algorithme sont évaluées sur plusieurs ordinateurs parallèles. Un débit de 83 Mpx/s pour une accélération de 13,3 est réalisé sur une machine 16-core avec Opteron 885 processeurs. Les résultats obtenus nous ont encouragés pour procéder à une mise en œuvre d'une nouvelle implantation matérielle parallèle de l'algorithme. L'architecture proposée contient 16 blocs de base, chacun dédié à la transformation d'une partie de l'image et comprenant des unités de calcul et la mémoire. Un système spécial d'interconnexions est conçu pour permettre à certaines unités de calcul d'accéder à la mémoire partagée dans d'autres blocs de base. Ceci est nécessaire pour la fusion des CCT partiels. L'architecture a été implantée en VHDL et sa simulation fonctionnelle permet d'estimer une performance de 145 Mpx/s à fréquence d'horloge de 120 MHz / The aim of this work is to enable construction of embedded digital image processing systems, which are both flexible and powerful. The thesis proposal explores the possibility of using an image representation called connected component tree (CCT) as the basis for implementation of the entire image processing chain. This is possible, because the CCT is both simple and general, as CCT-based implementations of operators spanning from filtering to segmentation and recognition exist. A typical CCT-based image processing chain consists of CCT construction from an input image, a cascade of CCT transformations, which implement the individual operators, and image restitution, which generates the output image from the modified CCT. The most time-demanding step is the CCT construction and this work focuses on it. It introduces the CCT and its possible representations in computer memory, shows some of its applications and analyzes existing CCT construction algorithms. A new parallel CCT construction algorithm producing the parent point tree representation of the CCT is proposed. The algorithm is suitable for an embedded system implementation due to its low memory requirements. The algorithm consists of many building and merging tasks. A building task constructs the CCT of a single image line, which is treated as a one-dimensional signal. Merging tasks fuse the CCTs together. Three different task scheduling strategies are developed and evaluated. Performance of the algorithm is evaluated on multiple parallel computers. A throughput 83 Mpx/s at speedup 13.3 is achieved on a 16-core machine with Opteron 885 CPUs. Next, the new algorithm is further adapted for hardware implementation and implemented as a new parallel hardware architecture. The architecture contains 16 basic blocks, each dedicated to processing of an image partition and consisting of execution units and memory. A special interconnection switch is designed to allow some executions units to access memory in other basic blocks. The algorithm requires this for the final merging of the CCTs constructed by different basic blocks together. The architecture is implemented in VHDL and its functional simulation shows performance 145 Mpx/s at clock frequency 120 MHz

Le nombre de génomes bactériens et archées complètement séquencés augmentant sans cesse plus, une telle augmentation rend possible le développement de nouveaux types d’approches large échelle, afin de comprendre l’évolution de la structure des génomes au cours du temps. La prédiction du contenu en gènes et la comparaison des génomes ont évolué de telle sorte qu’il est dorénavant possible d’extraire un certain nombre de nouvelles information permettant de comprendre l’évolution des procaryotes. Des séquences importantes dans la compréhension des opérations de réarrangements au sein des génomes de au cours du temps sont les éléments transposables, qui sont des fragments d’ADN ayant la possibilité de se mouvoir d’un lieu à l’autre, et peuvent se dupliquer au cours de ces transpositions. Les éléments transposables chez les procaryotes sont les séquences d’insertion, qui suivent un processus de couper-coller à l’intérieur des séquences ADN. Cependant, les outils ayant pour but de découvrir de telles séquences d’insertions d’une manière efficace et de développer une manière algorithmique originale pour découvrir les séquences d’insertions dans des génomes bactériens, et de constituer une base de données pour découvrir les séquences d’insertion dans des génomes bactériens, et de constituer une base de données les insérant. A l’aide de ces données, nous devons déduire un modèle d’évolution de ces éléments transposables, qui doit être relié à l’évolution de la séquence hôte (le génome procaryote). En particulier, nous devons déterminer si les séquences d’insertion et les génomes hôtes ont évolué de la même manière, et si ces séquences sont responsables, au moins jusqu’à une certaine mesure, de recombinaisons génomiques telles que les inversions. / The number of completely sequenced bacterial and archaeal genomes are rising steadily, such an increasingmakes it possible to develop novel kind of large scale approaches to understand genomes structureand evolution over time. Gene content prediction and genome comparison have both provided newmajor information and deciphering keys to understand evolution of prokaryotes. Important sequencesin understanding rearrangement operations inside genome sequences during evolution are the so-calledtransposable elements (TEs), which are DNA fragments or segments that have the ability to insert themselvesinto new chromosomal locations, and often make duplicate copies of themselves during transposition process.The transposable elements involved in such a move are the insertion sequences (ISs) in prokaryotes, theyfollow a cut-and-paste process inside the host DNA sequence. But the tools that deal with discovering ISs inan efficient way and that relate them to genome rearrangements are still too few and not totally accurate.The aim of this thesis is to develop an accurate algorithmic way to discover insertion sequences (ISs) inbacterial genomes and to constitute a database with these discoveries. Using these data, we must deduce amodel of evolution of these transposable elements, which must be related to the evolution of the host sequence(the prokaryotic genome). In particular, wemust ask whether insertion sequences and host genomes haveevolved in a similar way, and if ISs are responsible, at least to some extent, for genomic recombinationlike inversions.

Dans cette thèse, nous nous attachons à étudier des classes de graphes infinis et leurs propriétés, Notamment celles de vérification de modèles, d'accessibilité et de langages reconnus.Nous définissons une notion d'arbres de piles ainsi qu'une notion liée de réécriture suffixe, permettant d'étendre à la fois les automates à piles d'ordre supérieur et la réécriture suffixe d'arbres de manière minimale. Nous définissons également une notion de reconnaissabilité sur les ensembles d'opérations à l'aide d'automates qui induit une notion de reconnaissabilité sur les ensembles d'arbres de piles et une notion de normalisation des ensembles reconnaissables d'opérations analogues à celles existant sur les automates à pile d'ordre supérieur. Nous montrons que les graphes définis par ces systèmes de réécriture suffixe d'arbres de piles possèdent une FO-théorie décidable, en montrant que ces graphes peuvent être obtenu par une interprétation à ensembles finis depuis un graphe de la hiérarchie à piles.Nous nous intéressons également au problème d'algébricité des langages de traces des systèmes à compteurs et au problème lié de la stratifiabilité d'un ensemble semi-linéaire. Nous montrons que dans le cas des polyèdres d'entiers, le problème de stratifiabilité est décidable et possède une complexité coNP-complète. Ce résultat nous permet ensuite de montrer que le problème d'algébricité des traces de systèmes à compteurs plats est décidable et coNP-complet. Nous donnons également une nouvelle preuve de la décidabilité des langages de traces des systèmes d'addition de vecteurs, préalablement étudié par Schwer / In this thesis, we study classes of infinite graphs and their properties,especially the model-checking problem, the accessibility problem and therecognised languages.We define a notion of stack trees, and a related notionof ground rewriting, which is an extension of both higher-order pushdownautomata and ground tree rewriting systems. We also define a notion ofrecognisability on the sets of ground rewriting operations through operationautomata. This notion induces a notion of recognisability over sets of stacktrees and a normalisation of recognisable sets of operations, similar to theknown notions over higher-order pushdown automata. We show that the graphsdefined by these ground stack tree rewriting systems have a decidableFO-theory, by exhibiting a finite set interpretation from a graph defined bya higher-order automaton to a graph defined by a ground stack tree rewritingsystem.We also consider the context-freeness problem for counter systems, andthe related problem of stratifiability of semi-linear sets. We prove thedecidability of the stratifiability problem for integral polyhedra and that itis coNP-complete. We use this result to show that the context-freeness problemfor flat counter systems is as well coNP-complete. Finally, we give a new proofof the decidability of the context-freeness problem for vector additionsystems, previously studied by Schwer

Une utilisation efficace et coordonnée des systèmes installés dans le bâtiment doit permettre d’améliorer le confort des occupants tout en consommant moins d’énergie. Ces objectifs à optimiser sont pourtant antagonistes. Le problème résultant peut être alors vu comme un problème d’optimisation multicritères. Par ailleurs, pour répondre aux enjeux industriels, il devra être résolu non seulement dans une optique d’implémentation simple et peu coûteuse, avec notamment un nombre réduit de capteurs, mais aussi dans un souci de portabilité pour que le contrôleur résultant puisse être implanté dans des bâtiments d’orientation différente et situés dans des lieux géographiques variés.L’approche choisie est de type commande prédictive (MPC, Model Predictive Control) dont l’efficacité pour le contrôle du bâtiment a déjà été illustrée dans de nombreux travaux, elle requiert cependant des efforts de calcul trop important. Cette thèse propose une méthodologie pour la synthèse des contrôleurs, qui doivent apporter une performance satisfaisante en imitant les comportements du MPC, tout en répondant à des contraintes industriels. Elle est divisée deux grandes étapes :1. La première étape consiste à développer un contrôleur MPC. De nombreux défis doivent être relevés tels que la modélisation, le réglage des paramètres et la résolution du problème d’optimisation.2. La deuxième étape applique différents algorithmes d’apprentissage automatique (l’arbre de décision, AdaBoost et SVM) sur une base de données obtenue à partir de simulations utilisant le contrôleur prédictif développé. Les grands points levés sont la construction de la base de données, le choix de l’algorithme de l’apprentissage et le développement du contrôleur logique.La méthodologie est appliquée dans un premier temps à un cas simple pour piloter un volet,puis validée dans un cas plus complexe : le contrôle coordonné du volet, de l’ouvrant et dusystème de ventilation. / An efficient and coordinated control of systems in buildings should improve occupant comfort while consuming less energy. However, these objectives are antagonistic. It can then be formulated as a multi-criteria optimization problem. Moreover, it should be solved not only in a simple and cheap implementation perspective, but also for the sake of adaptability of the controller which can be installed in buildings with different orientations and different geographic locations.The MPC (Model Predictive Control) approach is shown well suited for building control in the state of the art but it requires a big computing effort. This thesis presents a methodology to develop logical controllers for equipments in buildings. It helps to get a satisfactory performance by mimicking the MPC behaviors while dealing with industrial constraints. Two keys steps are required :1. In the first step, an optimal controller is developed with hybrid MPC technique. There are challenges in modeling, parameters tuning and solving the optimization problem.2. In the second step, different Machine Learning algorithms (Decision tree, AdaBoost, SVM) are tested on database which is obtained with the simulation with the MPC controller. The main points are the construction of the database, the choice of learning algorithm and the development of logic controller.First, our methodology is tested on a simple case study to control a blind. Then, it is validatedwith a more complex case : development of a coordinated controller for a blind, natural ventilationand mechanical ventilation.

La tomodensitométrie est une technique très utile qui permet de mener avec succès des analyses non-invasives dans plusieurs types d'applications, par exemple médicales ou industrielles. L'analyse manuelle des structures d'intérêt présentes dans une image peut prendre beaucoup de temps, être laborieuse et parfois même impossible à faire en raison de sa complexité. C'est pour cela que dans cette thèse, nous proposons et développons des algorithmes nécessaires à cette analyse, basés sur la géométrie discrète et la topologie. Ces algorithmes peuvent servir dans de nombreuses applications, et en particulier au niveau de l'analyse quantitative automatique de l'arbre bronchique humain, sur la base d'images de tomodensitométrie. La première partie introduit les notions fondamentales de la topologie et de la géométrie discrètes utiles dans cette thèse. Ensuite, nous présentons le principe de méthodes utilisées dans de nombreuses applications : les algorithmes de squelettisation, de calcul de l'axe médian, les algorithmes de fermeture de tunnels et les estimateurs de tangentes. La deuxième partie présente les nouvelles méthodes que nous proposons et qui permettent de résoudre des problèmes particuliers. Nous avons introduit deux méthodes nouvelles de filtrage d'axe médian. La première, que nous appelons "hierarchical scale medial axis", est inspirée du "scale axis transform", sans les inconvénients qui sont propres à la méthode originale. La deuxième est une méthode nommée "discrete adaptive medial axis", où le paramètre de filtrage est adapté dynamiquement aux dimensions locales de l'objet. Dans cette partie, nous introduisons également des estimateurs de tangente nouveaux et efficaces, agissant sur des courbes discrètes tridimensionnelles, et que nous appelons "3Dlambda maximal segment tangent direction". Enfin, nous avons montré que la géométrie discrète et les algorithmes topologiques pouvaient être utiles dans le problème de l'analyse quantitative de l'arbre bronchique humain à partir d'images tomodensitométriques. Dans une chaîne de traitements de structure classique par rapport à l'état de l'art, nous avons appliqué des méthodes de topologie et de géométrie discrète afin de résoudre des problèmes particuliers dans chaque étape du processus de l'analyse quantitative. Nous proposons une méthode robuste pour segmenter l'arbre bronchique à partir d'un ensemble de données tomographiques (CT). La méthode est basée sur un algorithme de fermeture de tunnels qui est utilisé comme outil pour réparer des images CT abîmées par les erreurs d'acquisition. Nous avons aussi proposé un algorithme qui sert à créer un modèle artificiel d'arbre bronchique. Ce modèle est utilisé pour la validation des algorithmes présentés dans cette thèse. Ensuite nous comparons la qualité des différents algorithmes en utilisant un ensemble de test constitué de fantômes (informatiques) et d'un ensemble de données CT réelles. Nous montrons que les méthodes récemment présentées dans le cadre des complexes cubiques, combinées avec les méthodes présentées dans cette thèse, permettent de surmonter des problèmes indiqués par la littérature et peuvent être un bon fondement pour l'implémentation future des systèmes de quantification automatique des particularités de l'arbre bronchique / Computed tomography is a very useful technic which allow non-invasive diagnosis in many applications for example is used with success in industry and medicine. However, manual analysis of the interesting structures can be tedious and extremely time consuming, or even impossible due its complexity. Therefore in this thesis we study and develop discrete geometry and topology algorithms suitable for use in many practical applications, especially, in the problem of automatic quantitative analysis of the human airway trees based on computed tomography images. In the first part, we define basic notions used in discrete topology and geometry then we showed that several class of discrete methods like skeletonisation algorithms, medial axes, tunnels closing algorithms and tangent estimators, are widely used in several different practical application. The second part consist of a proposition and theory of a new methods for solving particular problems. We introduced two new medial axis filtering method. The hierarchical scale medial axis which is based on previously proposed scale axis transform, however, is free of drawbacks introduced in the previously proposed method and the discrete adaptive medial axis where the filtering parameter is dynamically adapted to the local size of the object. In this part we also introduced an efficient and parameter less new tangent estimators along three-dimensional discrete curves, called 3D maximal segment tangent direction. Finally, we showed that discrete geometry and topology algorithms can be useful in the problem of quantitative analysis of the human airway trees based on computed tomography images. According to proposed in the literature design of such system we applied discrete topology and geometry algorithms to solve particular problems at each step of the quantitative analysis process. First, we propose a robust method for segmenting airway tree from CT datasets. The method is based on the tunnel closing algorithm and is used as a tool to repair, damaged by acquisition errors, CT images. We also proposed an algorithm for creation of an artificial model of the bronchial tree and we used such model to validate algorithms presented in this work. Then, we compare the quality of different algorithms using set of experiments conducted on computer phantoms and real CT dataset. We show that recently proposed methods which works in cubical complex framework, together with methods introduced in this work can overcome problems reported in the literature and can be a good basis for the further implementation of the system for automatic quantification of bronchial tree properties