Thesis (M.S.)--University of Texas at Dallas, 2007. / Includes vita. Includes bibliographical references (leaves 101-105)

Title from title page (viewed March 10, 2009) College of Computer and Information Science. Includes bibliographical references (p. 177-182).

With the upsurge of Web 2.0, customers are able to share their opinions and feelings about products and services, politics, economic shifts, current events and any number of other topics on the Web. This information, if leveraged effectively, can provide rich and valuable insights, such as: input for vendors to create successful marketing strategies, understanding of areas of improvement in products and services and tracking political opinion. The problem with this information is that it is unorganised and unstructured, therefore, it is difficult to assess automatically and in bulk. Studies in the field of sentiment analysis aim to provide a solution to determining the polarities of, and gain an overview of, the wider public opinion behind certain topics in a large volume of textual data. This research provides a novel framework and a solid, practical implementation of the proposed framework for fine-grained sentiment analysis. The framework supports mixed-opinion text and multiword expressions when analysing the sentiments expressed and the aspects that those sentiments relate to. This research uses datasets across two domains in the customer reviews area (phone products and hotel services) to evaluate the proposed framework for its reliability and validity. A sizeable performance improvement was noted whereby the proposed methodology yielded a result of 91.3% accuracy in sentiment classification, as compared to the baseline (SentiWordNet), which had a result of 71.0%. In addition, an accuracy of 92.5% was observed for the aspect analysis automatically generated across the two domains tested.

With the advent of multicore processors, there is an increasing amount of interest in building concurrent applications capable of fully utilising their features. Developing applications for these platforms to take full advantage of the power of multicore capabilities remains a complex, error-prone, and challenging endeavour. Unfortunately, concurrency is not uniformly and externally expressed in most existing application models. The result is that concurrency and thread management are hidden within objects or components and intermixed with their functionalities. After demonstrating the tangling of code that results from the interaction of these two major concerns, this thesis describes a method of improving the concurrent program by applying a novel technique to separate the concerns: aspect-oriented programming, which aims to encapsulate concerns that crosscut the main program flow in separate entities into aspects. The most mature aspect-oriented tool available at the time this project was being undertaken is AspectJ, which is an extension of Java. AspectJ can be used to write an aspect to a separate concern in a sequential program to avoid code tangling, but it is often inapplicable for concurrent programs. The problem lies in the fact that the points where parallelisation should occur are not natural join points in AspectJ (i.e. points where AspectJ can intervene). Consequently, this thesis proposes a set of fine-grained join points capable of completely handling concurrent programs. This model goes beyond present AspectJ models and demonstrates the need to recognise complex behaviour for an effective separation of concerns. Finally, aspects for implementing concurrent programs according to different schemes are presented, together with evaluation results. This highlights the flexibility of aspects for implementing concurrent programs, a flexibility which is always a cross-cutting concern with respect to the main concern of base applications.

現代漢語中，「過」是表示「完成」，或是表示「經驗、經歷」的時貌標記。時貌標記屬於功能詞，換言之，時貌標記本身不具實質概念語意，必須藉由與動詞結合後才能顯示其語法意義。因此只觀察時貌標記「過」本身無法釐清「過」的核心語法意義為何。本文認為「過」表示的實際語意會因其時間結構而有所不同，同時其不同導致共現時間詞、搭配動詞等的限制。因此，要瞭解時貌標記「過」時，除了探討「過」本身之外，亦必須深入瞭解共現時間詞、搭配動詞之特徵。 針對漢語「過」的研究至今已有不少研究成果，許多研究者將「過」分為表示完成的「過1」與表示經驗、經歷的「過2」，但此分類法存在著「過1」與「過2」的界線不清楚、共現時間詞不清楚、否定形式不清楚等問題。另外前人研究仍未提及「過」所具有的篇章功能為何。 一般認為漢語表「經驗、經歷」的「過（過2）」可以與日語「たことがある takotogaaru」大致對應，但實際並非如此。它在不同的情況下還可能有「ている teiru」等其他對應形式。本文為了釐清漢語及日語之間的對應關係，在第二章文獻探討中，分別從語意、句法、篇章的層次來探討。本文首先對漢語「過」本身進行詳細審視，探討其語法意義、與動詞的關係，其次探討「過」的篇章功能。最後，對日語對應形式進行探討。 為了釐清過去「過1」與「過2」無法區分的搭配動詞、共現時間詞、否定形式的特徵，本研究基於前後景功能的不同及ET與RT之間時間距離的不同，將「過」分成「前景過」、「後景過a」、「後景過b」這三種，並且發現「過」翻譯到日語時，此三種不同分類的「過」具有不同日語對應形式，因此本文藉由日語對應形式的不同，將「過」區分後的「前景過」、「後景過a」、「後景過b」中，重新觀察「過」在不同分類中的語料，結果得知使用這樣的分類基準能夠釐清過去研究無法區分的搭配動詞、共現時間詞、否定形式的不同。

Leishmania est un pathogène important pour la santé humaine avec plus de 350 millions de personnes à risque dans le monde. Leishmania présente des caractéristiques uniques en termes de régulation génique constituant ainsi un excellent modèle pour l’étude des mécanismes de régulation génique. Chez Leishmania ainsi que les autres Trypanosomatidae, il n’y a pas de controle au niveau de l’initiation de la transcriptin et la regulation se fait pas presque exclusivement au niveau post-transcriptionnel. Les éléments régulateurs en cis situés dans les régions 3' non-traduites (3'UTRs) des ARN messagers chez Leishmania (ARNms) sont essentiels pour la régulation de la stabilité ou la traduction des transcrits. Malgré les efforts considérables déployés pour l’identification de ces éléments régulateurs, uniquement quelques centaines ont été caractérisées chez les eucaryotes. Nous avons identifiés une nouvelle classe de rétroéléments agissant en cis, appelés SIDERs (Short Interspersed DEgenerate Retroposons) qui sont largement distribués dans le génome du parasite (>2000 copies de SIDER1 et SIDER2), situés pour la plupart dans la région 3ʹUTR. Les transcrits contenant SIDER2 le région 3ʹUTR sont dégradés par un mécanisme indépendant de la déadénylation initié par un clivage endonucléolytique au sein de la séquence signature II (SII) qui est conservée parmi SIDER2. Mon travail a consisté à déterminer les séquences nécessaires pour le clivage endonucléolytique et à identifier les trans-régulateurs jouant un rôle dans la dégradation des ARNm dépendante de SIDER2. Nous avons adopté une approche de purification d'affinité d'ARN étiquetés MS2 permettant de capturer les facteurs trans-régulateurs. Parmi ces éléments liant spécifiquement SIDER2, la Pumilio protéine PUF6 est responsable de la dégradation du transcrit rapporteur possédant la séquence SIDER2 en 3ʹUTR. De plus, l’inactivation du gène PUF6 se manifeste par une augmentation de stabilité des transcrits, suggérant un rôle de PUF6 dans la dégradation des ARNm médiée par SIDER2. Des études de mutations au sein de la séquence conservée, signature II, responsable de la régulation de la dégradation, ont permis de souligner l’importance de sites de clivages putatifs, précédemment identifiés au niveau de SIDER2. De plus, deux régions additionnelles proches de l’extrémité terminale de la séquence SIDER2 se sont révélées de jouer aussi un rôle au niveau de la déstabilisation de l’ARNm. Enfin, nous avons investigué le rôle de la traduction au niveau de la dégradation des ARNm médiée par SIDER2 et nous avons montré que la dégradation des transcrits SIDER2 est liée à une traduction active, soulignant ainsi l’importance de la machinerie de la traduction au niveau de la régulation globale des transcrits contenants des éléments SIDER2 dans le 3’UTR.. / Leishmania spp. are important human pathogens which put lives of over 350 million people at risk, worldwide. Apart from being an important human pathogen, Leishmania has unique features in terms of gene regulation, rendering it an excellent model organism to study gene regulation mechanisms. Notably, Leishmania and other trypanosomatids lack control at the level of transcription initiation and therefore most of the regulation of gene expression takes place post-transcriptionally. Cis-acting elements in 3ʹ-untranslated regions (3ʹUTRs) of Leishmania messenger RNAs (mRNAs) are central to the regulation of mRNA decay or translation efficiency. We have identified a novel class of cis-acting retroposons, termed SIDERs (Short Interspersed DEgenerate Retroposons) that are widely distributed in the parasite genome (>2000 copies of SIDER1 and SIDER2), mostly within 3ʹUTRs. Transcripts bearing SIDER2 in their 3ʹUTR are degraded via a deadenylation-independent pathway involving endonucleolytic cleavage within the conserved signature II (SII) sequence of SIDER2 elements. My research project aimed at determining the sequence requirements for endonucleolytic cleavage and identifying the trans-acting factor(s) contributing to SIDER2-mediated mRNA decay. We employed a tethering approach using the MS2 system to capture the trans-acting proteins in vivo. Amongst the proteins specifically tethered to SIDER2, the Pumilio protein PUF6 was shown to downregulate the SIDER2-harboring reporter transcript. Furthermore, inactivation of the PUF6 gene resulted in upregulation and increased transcript stability, indicating that PUF6 contributes to SIDER2-mediated decay. Mutational analysis within the conserved SII region, known to regulate decay, highlighted the importance of the previously mapped putative cleavage sites in mediating degradation of SIDER2-containing transcripts. Furthermore, two additional regions closer to the end of the SIDER2 sequence were found to contribute to mRNA destabilization. Finally, we addressed the requirement of translation for SIDER2 mediated decay and showed that degradation of SIDER2 transcripts is linked to ongoing translation, underscoring significance of the translation apparatus in global regulation of SIDER2-containing transcripts.

OBJECTIF : Évaluer l’association entre l’exposition à des contraintes psychosociales au travail et à des responsabilités familiales élevées et l’obésité abdominale. MÉTHODES : Les données sur l’exposition (contraintes psychosociales et responsabilités familiales) ont été mesurées par questionnaire en 2005 et les données de la ceinture abdominale ont été obtenues en 2007 chez 1 427 femmes occupant des emplois de cols-blancs. RÉSULTATS : Aucune association n’a été observée entre l’exposition aux contraintes psychosociales catégorisées en quadrants et l’obésité abdominale. Toutefois, chez les femmes exposées aux contraintes psychosociales élevées catégorisées de façon dichotomique, la moyenne de la ceinture abdominale (CA) était supérieure (+ 2,02 cm; p = 0.01), comparativement aux femmes non-exposées. Chez les femmes ayant une double exposition à des contraintes psychosociales et à des responsabilités familiales élevées la moyenne de la CA était plus élevée (+ 3,19 cm; p = 0.01) comparativement aux femmes non-exposées. Il n’y avait pas d’effet modifiant de l’âge et du soutien social hors travail sur ces associations. CONCLUSION : Les résultats suggèrent que l’exposition à des contraintes psychosociales au travail et à des responsabilités familiales élevées est associée au développement de l’obésité abdominale chez ces femmes occupant des emplois de cols-blancs.

L'obesité est un problème de santé en soi et c'est aussi un facteur de risque pour de nombreux autres problèmes de santé. Outre le contrôle de l'alimentation et l'activité physique, les options pharmacologiques contre l'obésité restent limitées et de nouvelles options thérapeutiques sont nécessaires. Dans ce contexte, la génomique fonctionnelle peut identifier de nouvelles options pour gérer et étudier l'obésité. Notre groupe de recherche a identifié deux gènes liés aux deux principaux facteurs ayant un impact sur le développement de l'obésité : La diète, principalement riche en gras (HFD) et l'exercice. Ces deux gènes clés sont le trefoil factor family member 2 (Tff2) et la secreted protein acidic and rich in cysteine (SPARC). Alors que Tff2 a été identifié comme un gène induit par la HFD, SPARC a été caractérisé comme un gène induit par l'exercice. Notre groupe de recherche a également constaté que les souris Tff2 knock-out (KO) sont protégées contre l'obésité induite par la HFD. Par conséquent, ma thèse explore Tff2 et Sparc dans le contexte de l'obésité et le métabolisme énergétique. Tff2 est principalement exprimé dans le système digestif où elle a une propriété de protection des muqueuses, tandis que Sparc est plus largement distribué et s'exprime principalement lors de remodelage tissulaire dans des situations telles que les blessures et la croissance. Les parties théoriques de cette thèse décrivent diverses propriétés de Tff2 et Sparc décrites dans la littérature telles que le métabolisme et les rôles cellulaires ainsi que les implications et les applications potentielles des données que j'ai générées. Pour mes données de recherche rapportées dans cette thèse, elles sont divisées en trois publications. La première, explore des souris Tff2 KO pour expliquer leur protection contre l'obésité induite par la HFD. Les souris Tff2 KO avaient des taux plus faibles de glucose, de triglycérides et de glycérol. Leurs niveaux d'expression génique et protéique indiquent moins de stockage de graisse et une dépense énergétique accrue en améliorant l'utilisation des lipides et du glucose via la phosphorylation oxydative. Nos données mettent en évidence les voies liées à Tff2 comme potentielles cibles pour les thérapies contre l'obésité. Via une expérimentation animale, la deuxième étude vise à identifier des implications de SPARC principalement dans le muscle dans les contextes de l'exercice. Les souris ont été divisées en huit groupes en fonction de trois variables (âge, génotype et exercice). Les effets du Sparc KO sur la composition corporelle, l'adiposité et le métabolisme sont vers une réduction du tissu adipeux blanc et du poids corporel, mais avec un phénotype métabolique et fonctionnel musculaire négatif. Alors que ces effets négatifs s'aggravent avec le vieillissement, ils sont relativement améliorés par l'exercice. Nos données suggèrent aussi que les changements induits par l'exercice dans le phénotype du muscle squelettique (métabolisme, force et développement), y compris les changements induits par le lactate, dépendent de SPARC. Le troisième article à deux parties. Tout d'abord, j'explore les conséquences du Sparc KO et les compare aux effets du vieillissement. J'observe également les effets de l'exercice. Dans la deuxième partie, j'étudie les effets de la surexpression de Sparc et les compare aux avantages de l'exercice. Les mesures étaient principalement liées au poids des tissus, à l'adiposité, au métabolisme et à la force musculaire. Collectivement, ces résultats, et les données de la deuxième étude, montrent que les souris Sparc KO développe un phénotype semblable au vieillissement, tandis que la surexpression de SPARC et l'exercice génèrent des avantages similaires. Ces avantages visent à contrer à la fois le phénotype du vieillissement induit par le déficit en SPARC et à améliorer les changements liés à l'âge. Les applications potentielles de ces résultats sont de construire/optimiser des modèles d'animaux basés sur Sparc KO et, d'autre part, de développer des thérapies contre l'obésité, les troubles métaboliques ou liés à l'âge basées sur l'introduction de SPARC ou le ciblage des voies liées à SPARC pour imiter l'exercice. L'exploration de telles voies moléculaires permettrait à la fois d'élucider certains mécanismes et de développer une nouvelle génération d'options thérapeutiques pour l'obésité et les troubles métaboliques, y compris les troubles liés à l'âge. De telles approches seraient basées sur le ciblage de TFF2, SPARC ou de leurs voies connexes. / Obesity represents a challenge for health professionals. It is a health problem itself and it is also a risk factor for numerous health problems. Beside diet control and physical activity, the pharmacological options against obesity remain limited and novel therapeutic options are required. Within this context, functional genomics represents an emerging approach to identify novel options to manage and study obesity. Our research group has previously conducted functional genomics explorations to identify genes related to the two main factors impacting obesity development: Diet (mainly high fat) and exercise. Indeed, both diet, especially high-fat diet (HFD), and exercise are at the center of obesity management. Those functional genomics studies identified two key genes: Trefoil factor family member 2 (Tff2) and secreted protein acidic and rich in cysteine (SPARC). Whereas Tff2 was identified as a HFD-induced gene, SPARC was characterized as an exercise-induced gene. Following that, our research group has also found that Tff2 knock-out (KO) in mice protects them from the HFD-induced obesity. Therefore, my thesis explores Tff2 and Sparc within the context of obesity and energy metabolism. Tff2 is mainly expressed in the digestive system where it has mucus protection property, whereas Sparc is more widely distributed and is expressed mainly during tissues remodeling in situations such as injuries and growth. The theoretical parts of this thesis describe various properties of both Tff2 and Sparc reported in the literatures such as metabolism and cellular roles as well as implications and potential applications of the data I generated. For the research parts reported in this thesis, they are divided into three publications. The first one, explores Tff2 KO-related pathways of mice at the genomic, proteinic and biochemical levels to elucidate the processes behind their protection from the HFD-induced obesity. Tff2 KO mice had lower levels of serum glucose, triglycerides and glycerol. Western blotting and Q_RT-PCR revealed that the expression levels of selected genes and proteins are toward less fat storage and increased energy expenditure by enhancing lipid and glucose utilization via oxidative phosphorylation. The data highlight Tff2-related pathways as potential targets for obesity therapies. Via an animal experiment, the second study aims to identify selected implications of SPARC mainly within the muscle in the contexts of exercise. Mice were divided into eight groups based on three variables (age, genotype and exercise): Old or young × Sparc KO or wild type × sedentary or exercise. The exercised groups were trained before all mice were sacrificed. Sparc KO effects on body composition, adiposity and metabolic patterns are toward a reduced white adipose tissue and body weight, but with a negative metabolic and functional phenotype of the skeletal muscle. Whereas such negative effects on skeletal muscle are worsened with ageing, they are relatively improved by exercise. Importantly, our data suggest that the exercise-induced changes in the skeletal muscle phenotype, in terms of increased performance (metabolic, strength and development) including lactate-induced changes, are SPARC-dependent. The third paper studies and compares both Sparc KO and Sparc overexpression in male and female mice. First, I explore the consequences of Sparc KO and compare them to the ageing phenotype. I also observe the effects of exercise. In the second part, I study the consequences of SPARC overexpression and compare them to the exercise benefits. The measurements were mainly related to tissue weights, adiposity, metabolism, and muscle strength. Collectively, these findings and data show that Sparc KO mice manifest an ageing-like phenotype, whereas SPARC overexpression and exercise generate similar benefits. These benefits are towards counteracting both SPARC deficiency-induced ageing-like phenotype as well as reversing the age-related changes. The potential applications of these findings are to build/optimize Sparc KO-based animal models of various health conditions and, on the other hand, to develop therapies based on introducing SPARC or targeting SPARC-related pathways to mimic exercise against obesity, age-related and metabolic disorders. Exploring such molecular patterns would allow both mapping some underlying mechanisms and developing a new generation of therapeutic options for obesity and metabolic disorders, including age-related disorders. Such approaches would be based on targeting TFF2, SPARC or their related pathways.

Pour majorité, les études consacrées aux rapports numérique/religions peuvent être regroupées sous le vocable de « religion numérique » (Digital Religion). Sans y être complètement étranger, le phénomène qui nous intéresse ici semble d’un autre ordre. Plutôt qu’à de la « religion numérisée », nous sommes face à ce que nous pourrions interpréter comme une quête de sens de type numérique. Quelques auteurs ont déjà entrepris de décrire cette religiosité technologique, certains allant jusqu’à prétendre qu’elle servirait à légitimer la croyance en « société nouvelle ». L’étude du numérisme aurait donc pour fondement ce qu’on présente comme la sacralisation d’un ensemble de « valeurs numériques » dont le réseau internet serait à la fois l’outil de diffusion et le principal objet symbolique. Pour peu que l’on reconnaisse que la religion à quelque chose à voir avec l’idée que se fait la société d’elle-même, on peut se demander si la « révolution numérique », en engendrant un nouveau type de société, ne comprendrait pas une dimension spécifiquement religieuse.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2013-2014. / Il existe des différences individuelles importantes et durables dans l'ampleur de tous les aspects associés à la réponse au stress. Parmi les systèmes neuropepdidergiques, les opioïdes endogènes, enképhalines et dynorphines sont des cibles potentiellement impliquées dans l'apparition des variations naturelles et ainsi, pourraient être un déterminant des capacités individuelles d'adaptation au cours de l'exposition au stress chronique. Cette thèse a pour objectif d'étudier l'impact relatif des changements dans les systèmes enképhalinergiques et dynorphinergiques, dans des noyaux spécifiques du cerveau, causés par l'exposition au stress chronique social et imprévisible. Tout d'abord, nous avons examiné les réponses individuelles en réponse au stress chronique social et imprévisible et identifié les animaux résilients et vulnérables. Par la suite, nous avons quantifié par hybridation in situ les niveaux d'expression des enképhalines et dynorphines du cortex préfrontal, du striatum dorsal, du noyau accumbens et du complexe amygdalien, des régions du cerveau potentiellement impliquées dans la résilience au stress. Nous rapportons que la vulnérabilité au stress est corrélée, dans les deux modèles de stress chronique étudiés, à une diminution de l'expression des ENK dans la partie postérieur du noyau basolatéral de l'amygdale accompagnée d'une augmentation de l'expression des DYN dans le shell du noyau accumbens. Les animaux résilients ont quant à eux des niveaux d'expression inchangés comparés aux animaux témoins, non stressés. Ces études suggèrent ainsi que l'activation des systèmes enképhalinergiques favorise la résilience contrairement à l'activation des systèmes dynorphinergiques qui favorise les effets délétères du stress chronique. Dans le but d'étudier le rôle fonctionnel des enképhalines exprimés dans les noyaux basolatéral et central de l'amygdale, nous avons injecté localement un vecteur lentiviral induisant une baisse d'expression des enképhalines par la voie d'interférence à l'ARN et soumis les animaux à de multiples tests comportementaux qui mesurent certains aspects de la peur et de l'anxiété chez les rongeurs. Une diminution de l'expression des enképhalines dans le noyau basolatéral de l'amygdale induit une réponse comportementale similaire à celle observée chez les animaux vulnérables par opposition à la diminution de l'expression des enképhalines dans le noyau central de l'amygdale qui induit plutôt des effets anxiolytiques.