Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-10-30T11:49:25Z No. of bitstreams: 1 2012_HalianGoncalvesVilela.pdf: 6486879 bytes, checksum: 11419885aab290eed0434bfcace65b7b (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-10-31T10:54:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_HalianGoncalvesVilela.pdf: 6486879 bytes, checksum: 11419885aab290eed0434bfcace65b7b (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-31T10:54:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_HalianGoncalvesVilela.pdf: 6486879 bytes, checksum: 11419885aab290eed0434bfcace65b7b (MD5) / O Z-DNA é uma conformação alternativa da molécula de DNA envolvida na regulação da expressão gênica. Porém, a função específica desta estrutura no metabolismo celular ainda não foi totalmente elucidada. Este trabalho apresenta um fluxograma de análise que utiliza o ambiente R para investigar regiões potencialmente formadoras de Z-DNA (ZDRs) ao longo de genomas. Tal método combina a análise termodinâmica empregada pelo conhecido software Z-Catcher com a capacidade de manipulação de dados biológicos dos pacotes do Bioconductor. A metodologia desenvolvida foi aplicada no cromossomo 14 do genoma humano como estudo de caso e com isso foi possível estabelecer uma correlação entre as ZDRs e os sítios de início da trancrição (TSSs), que se mostrou de acordo com resultados de estudos anteriores. Além disso, foi possível demonstrar que ZDRs posicionadas no interior de genes tendem a ocorrer preferencialmente em introns ao invés de exons e que ZDRs à montante dos TSSs podem ter correlação positiva com estimulação da atividade da RNA polimerase. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Z-DNA is an alternative conformation of the DNA molecule implied in regulation of gene expression. However, the exact role of this structure in cell metabolism is not yet fully understood. Presented in this work is a novel Z-DNA analysis work ow which employs the R software environment to investigate Z-DNA forming regions (ZDRs) throughout genomes. It combines thermodynamic analysis of the well-known software Z-Catcher with biological data manipulation capabilities of several Bioconductor packages. The methodology was applied in the human chromosome 14 as a case study. With that, a correlation was established between ZDRs and transcription start sites (TSSs) which is in agreement with previous reports. In addition, the work ow was able to show that ZDRs which are positioned inside genes tend to occur in intronic sequences rather than exonic and that ZDRs upstream to TSSs may have a positive correlation with the up-regulation of RNA polymerase activity.

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-08-16T20:24:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Pedro Luiz de França Neto.pdf: 1351018 bytes, checksum: d8329005cea6014e5435b3e9eac05d86 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-21T21:12:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Pedro Luiz de França Neto.pdf: 1351018 bytes, checksum: d8329005cea6014e5435b3e9eac05d86 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-21T21:12:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Pedro Luiz de França Neto.pdf: 1351018 bytes, checksum: d8329005cea6014e5435b3e9eac05d86 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / CNPq / A descoberta da mutação JAK2V617F foi um marco diagnóstico para pacientes com neoplasias mieloproliferativas crônicas (NMPC) – cromossomo Filadélfia (Ph) negativo. Esta mutação encontra-se, presente em quase todos os pacientes com policitemia vera (PV, 97%) e em cerca de 50% dos pacientes com trombocitemia essencial (TE) e mielofibrose primária (MFP). Posteriormente, outras mutações foram descritas de maneira mutuamente exclusiva, como: alterações no éxon 12 do gene JAK2, no gene codificador para receptor da trombopoetina (MPL) e no gene calreticulina (CALR). Ainda que a caracterização molecular desses pacientes seja uma ferramenta diagnóstica imprescindível, permanece sob estudo as implicações que essas alterações causam no fenótipo da doença. Neste trabalho realizamos a caracterização molecular de 260 pacientes com NMPC Ph-negativo e associamos esses achados às características clínicas e laboratoriais. Para a mutação JAK2V617F, a caracterização molecular foi realizada por meio de reação em cadeia da polimerase seguido por digestão com enzima de restrição (BsaXI). Sequenciamento Sanger foi utilizado para mutações no éxon 12 do gene JAK2 e no éxon 9 do gene CALR utilizamos. A mutação JAK2V617F foi identificada em 87% (60/69) dos pacientes com PV e 50% (94/189) dos pacientes com TE e MFP. As mutações no gene CALR foram encontradas em 42% (37/88) dos pacientes com TE e MFP JAK2V617F negativos e para os que também não tinham mutações no gene CALR foi feita a pesquisa no gene MPL, onde 16/48 apresentaram mutações. Ao associar os achados moleculares com as características clínicas, os pacientes com TE CALRᵐᵘᵗ apresentaram ao diagnóstico maior contagem de plaquetas (P=0,002) e menor número de leucócitos (P=0,016); nos pacientes com MFP JAK2V617F positivo, a contagem de leucócitos se mostrou aumentada (P=0,01) em comparação aos outros grupos. Com nossos dados foi possível caracterizar a coorte quanto ao status mutacional e características clínicas, valideo-a de acordo com os critérios preconizados pela OMS, além de mostrar as diferenças clínicas e laboratoriais existentes com base nos marcadores moleculares diagnósticos, dados que irão auxiliar no acompanhamento e conduta terapêutica dos pacientes. / The discovery of JAK2V617F mutation was a hallmark in diagnostic for patients with Myeloproliferative neoplasm (MPN) – Philadelphia (Ph) cromossome negative. Such mutation is present in the majority of patient with policythemia vera (PV) e about 50% of patients with essencial thrombocytemia (ET) e primary mielofibrosis (PMF). Subsequently, other mutations were described in a mutual exclusive manner, such as mutations in éxon 12 of JAK2, in the MPL gene which encoding thrombopoetin receptor e CALR gene. Although the molecular characterization of these patients is meatory for diagnosis proposes, it is unclear if these alterations are responsible for the disease phenotype. Here, we performed the molecular characterization of 260 patients with MPN Ph – negative e correlate these findings with clinical e laboratorial features. JAK2V617F mutation was perform by polymerase chain reaction – restriction fragmente lenght polymorfism with restriction enzyme (BsaXI). Sanger sequencing was applied for screening exon 12 e éxon 9 mutation of JAK2 e CALR gene, respectively. JAK2V617F mutation was identified in 87% (60/69) of patients with PV e 50% (94/189) in those with ET e PMF. The CALR mutation was identify in 42% (37/88) of patients with ET e PMF JAK2V617F negative e to which were also negative for CALR was performed the analisys of MPL. Patients with CALRᵐᵘᵗ ET presented high platelet counts at diagnosis (p=0,002) e lower white blood cells (WBC) counts (p=0,016). Patients with PMF JAK2V617F positive, showed higher WBC counts (P=0,01). In summary, we were able to characterize at molecular level our patients, following the WHO criteria; we hope that with such data, we could provide a more reliable genetic lescape for our patients, which we believe to be translate into better management e therapeutic conduct in our setting.

Orientador: Célia Regina Nogueira / Resumo: Os hormônios tireóideos, o estrógeno e outros hormônios atuam no crescimento e desenvolvimento do tecido mamário. Os receptores de estrógeno devem estar presentes para que o estrógeno possa atuar na atividade biológica das células mamárias. A presença ou ausência destes receptores no tecido tem influência direta na terapêutica e prognóstico clínico do câncer de mama. Os receptores do estrógeno e do hormônio tireóideo (T3) são membros da "superfamília de receptores" intracelulares. Estes receptores atuam na ativação da transcrição de genes alvo, através da união ao seu elemento responsivo hormonal. Ainda não se sabe de que forma o hormônio tireóideo atua no tecido tumoral mamário. Estudos epidemiológicos são contraditórios, mostrando que, quando os níveis de T3 estão elevados existe proteção contra o desenvolvimento de câncer de mama. Outros estudos demonstram haver aumento no risco e incidência do câncer mamário em pacientes hipertireoideas. Análises in vitro demonstraram que o T3, em concentrações suprafisiológicas induz a proliferação celular. Em pacientes com câncer de mama realizamos dosagens hormonais e verificamos a expressão dos receptores de estrógeno. Também foi estudada a conformação da molécula do T3 e do receptor de estrógeno, para confirmar se uma possível ligação estaria ocorrendo entre o T3 e o ER... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Thyroid hormones, estrogen and other hormones act in the growth and development of breast tissue. Estrogen receptors must be present so that estrogen can act in the biological activity of breast cells. The presence or the abscense of these receptors in tissue has direct influence on therapeutics and clinical prognostic of breast cancer. Estrogen and thyroid hormone (T3) receptors are members of intracellular "receptors superfamily". These receptors work in the activation of the transcription of target genes, linking them to their hormonal responsive. It is not known in which way thyroid hormone act in tumoral breast tissue. Epidemiologic studies are contradicting, showing that, when T3 levels are high, there is protection agains the development of breast cancer. Other studies show that there must be an increase in the risk and incidence of breast cancer in hyperthyroidean patients. In vitro analysis present that supra-physiologicals concentrations of T3 induces cellular proliferation. We performed hormonal dosage and verified the expression of estrogen receptors in breast cancer patients. The morphology of T3 molecule and of the estrogen receptor were also studied, to confirm if a possible link would exist between T3 and ER. Our results show an existance of a clinical relation between thyroid... (Complete abstract, click electronic access below) / Mestre

El presente estudio se realizó con la finalidad de caracterizar cepas clínicas de Listeria monocytogenes aisladas en el Hospital San Bartolomé de Lima- Perú durante los años 2001 a 2005. Durante el periodo del estudio, se identificaron 18 casos de listeriosis perinatal, de los cuales fueron aisladas 20 cepas de L. monocytogenes. Las cepas fueron caracterizadas mediante pruebas convencionales y técnicas de biología molecular. Las 20 cepas en estudio fueron identificadas mediante las características fenotípicas conocidas de L. monocytogenes, tales como presencia de β-hemólisis incompleta, reacción de Christhie, Atkins y Munch-Peterson positiva con S. aureus y negativa con R. equi, así como la utilización de carbohidratos como D-glucosa y L-ramnosa, pero no de D-xilosa ni D-manitol. Todas las cepas fueron confirmadas mediante la reacción en cadena de la polimerasa y tipificadas por la técnica del ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD). Con los cebadores OMP-01 y PJ108 se obtuvieron 6 RAPD tipos, distribuidas así: ocho cepas del tipo A-I, tres de cada uno de los tipos A-II, A-III y B-II, dos del tipo B-I y una del tipo A-IV. Se concluye que, en los 18 casos de listeriosis se obtuvieron 20 cepas de L. monocytogenes con seis genotipos diferentes, siendo el RAPD tipo A-I el más frecuente (8/20, 40%) entre las cepas estudiadas. / --- This study was conducted in order to characterize strains of Listeria monocytogenes isolates from the San Bartolome´s Hospital in Lima-Peru during the years from 2001 to 2005. During the study period, we identified 18 cases of perinatal listeriosis, which were isolated 20 strains of L. monocytogenes. The strains were characterized by conventional tests and molecular biology techniques. The 20 strains studied were identified by known phenotypic characteristics of L. monocytogenes, such as the presence of incomplete β-hemolysis, positive CAMP reaction with S. aureus and negative CAMP reaction with R. equi, and the use of carbohydrates as D-glucose and L-rhamnose but not from D-xylose or D-mannitol. The strains of L. monocytogenes were confirmed by polymerase chain reaction and typed by random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique. With the primers OMP-01 and PJ108 were obtained six RAPD types, distributed as follows: eight strains of type AI, three of each type A-II, A-III and B-II, two type B-I and one strain of type A-IV. We conclude that, in 18 cases of listeriosis were obtained 20 strains of L. monocytogenes with six different genotypes, RAPD type A-I being the most frequent (8/20, 40%) among the studied strains. / Tesis

El presente estudio se realizó con la finalidad de caracterizar cepas clínicas de Listeria monocytogenes aisladas en el Hospital San Bartolomé de Lima- Perú durante los años 2001 a 2005. Durante el periodo del estudio, se identificaron 18 casos de listeriosis perinatal, de los cuales fueron aisladas 20 cepas de L. monocytogenes. Las cepas fueron caracterizadas mediante pruebas convencionales y técnicas de biología molecular. Las 20 cepas en estudio fueron identificadas mediante las características fenotípicas conocidas de L. monocytogenes, tales como presencia de β-hemólisis incompleta, reacción de Christhie, Atkins y Munch-Peterson positiva con S. aureus y negativa con R. equi, así como la utilización de carbohidratos como D-glucosa y L-ramnosa, pero no de D-xilosa ni D-manitol. Todas las cepas fueron confirmadas mediante la reacción en cadena de la polimerasa y tipificadas por la técnica del ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD). Con los cebadores OMP-01 y PJ108 se obtuvieron 6 RAPD tipos, distribuidas así: ocho cepas del tipo A-I, tres de cada uno de los tipos A-II, A-III y B-II, dos del tipo B-I y una del tipo A-IV. Se concluye que, en los 18 casos de listeriosis se obtuvieron 20 cepas de L. monocytogenes con seis genotipos diferentes, siendo el RAPD tipo A-I el más frecuente (8/20, 40%) entre las cepas estudiadas. / This study was conducted in order to characterize strains of Listeria monocytogenes isolates from the San Bartolome´s Hospital in Lima-Peru during the years from 2001 to 2005. During the study period, we identified 18 cases of perinatal listeriosis, which were isolated 20 strains of L. monocytogenes. The strains were characterized by conventional tests and molecular biology techniques. The 20 strains studied were identified by known phenotypic characteristics of L. monocytogenes, such as the presence of incomplete β-hemolysis, positive CAMP reaction with S. aureus and negative CAMP reaction with R. equi, and the use of carbohydrates as D-glucose and L-rhamnose but not from D-xylose or D-mannitol. The strains of L. monocytogenes were confirmed by polymerase chain reaction and typed by random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique. With the primers OMP-01 and PJ108 were obtained six RAPD types, distributed as follows: eight strains of type AI, three of each type A-II, A-III and B-II, two type B-I and one strain of type A-IV. We conclude that, in 18 cases of listeriosis were obtained 20 strains of L. monocytogenes with six different genotypes, RAPD type A-I being the most frequent (8/20, 40%) among the studied strains.

Resumo: O gênero Astyanax é um dos maiores, mais complexo e bem distribuído entre os gêneros de peixes de água doce da região Neotropical. Sua amplitude ocorrendo desde o sul da América do Norte até a região central da Argentina, faz com que ele se encontre em uma grande quantidade de ambientes diferenciados impossibilitando, muitas vezes, o fluxo genético, isolando populações e espécies. Dados morfológicos, citogenéticos e moleculares estão sendo levantados, entretanto a taxonomia do gênero continua confusa e incerta, reforçando a necessidade de um amplo estudo de sistemática molecular. Nesse sentido caracterizamos parte das espécies de Astyanax existentes para estabelecer as relações filogenéticas entre os grupos, utilizando os genes mitocondriais Citocromo B (CitB) e ATP sintetase 6 e 8 (ATPase 6/8), completamente seqüenciados apresentando 1090bp e 846pb respectivamente. Foram analisados 57 indivíduos pertencentes a 30 espécies de Astyanax, sendo oito provenientes da América Central e 22 da América do Sul, mais 7 indivíduos de 5 gêneros utilizados como grupo externo, para os genes ATPase 6/8. Obteve-se um numero menor de indivíduos para o gene CitB, 47 pertencentes a 25 espécies de Astyanax, mais 6 gêneros próximos representados cada por 1 individuo. Utilizamos os métodos de Parcimônia, Distancia, Verossimilhança e Analise Bayesiana para inferir as relações filogenéticas entre as espécies. Encontramos uma profunda diferenciação entre as da América Central e do Sul, assim como das espécies costeiras com as demais, sendo que essas são basais para todo o grupo. O alto valor de divergência das seqüências das espécies costeiras com as demais (acima de 30%) é similar a encontrada entre diferentes gêneros de Characidae, utilizando a taxa de evolução de 1,3%/ma para os genes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Astyanax is one of the largest and well distributed among the freshwater fishes from the Neotropical region. It's found since south of North America until the central region of Argentina, being founded in a lot of different environments, many times, which difficulties in maintaining the gene flux, isolating populations and species. Morphological, cytogenetically and molecular data has been arise, but the taxonomy of the genus is still confuse and uncertain, reinforcing the necessity of a broad molecular systematic study. As so, we characterized part of the existent species of Astyanax with the proposal of establish the phylogenetic relationship among the groups; we utilize the mitochondrial genes Cytocromo B (CitB) and ATP synthetase 6 and 8 (ATPase6/8), completely sequenced presenting 1090 pb and 846 pb respectively. Has been analyzed 57 individuals belonging to 30 Astyanax species, being eight from Central America and 22 from South America; plus seven individuals from five genera utilized as out-groups, this for the ATPase6/8 genes. We have a small number of individuals for the CitB gene, 47 individuals belonging to 25 Astyanax species, plus six close genera, each one witch one individual. The methods of Parcimony, Distance, Likelihood and Baysiaen analyses have been conducted to infer the phylogenetic relationship among the species. We found a significant differentiation between Central and South America species, as so between costal species and the others, being those one's basils for the all group. The high divergence found between sequences of costal species and the others (above 30%) is close to the one's founded among different genus of Characidae, utilizing the mutation rate of 1,3%/ma for the ATPase6/8 and 0,8%/ma for CitB, we reach a value around 25 ma for the separation of costal species of the... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Anderson Luis Alves / Coorientador: Patrícia P. Parise-Maltempi / Banca: Maria Rita de Cascia Barreto Netto / Banca: Marcio Cesar Chiachio / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2002Bitstream added on 2014-06-13T20:35:38Z : No. of bitstreams: 1 saraiva_pp_me_botfm.pdf: 671998 bytes, checksum: a348f4b3c5f860db559660122b19db84 (MD5) / Os hormônios tireóideos, o estrógeno e outros hormônios atuam no crescimento e desenvolvimento do tecido mamário. Os receptores de estrógeno devem estar presentes para que o estrógeno possa atuar na atividade biológica das células mamárias. A presença ou ausência destes receptores no tecido tem influência direta na terapêutica e prognóstico clínico do câncer de mama. Os receptores do estrógeno e do hormônio tireóideo (T3) são membros da “superfamília de receptores” intracelulares. Estes receptores atuam na ativação da transcrição de genes alvo, através da união ao seu elemento responsivo hormonal. Ainda não se sabe de que forma o hormônio tireóideo atua no tecido tumoral mamário. Estudos epidemiológicos são contraditórios, mostrando que, quando os níveis de T3 estão elevados existe proteção contra o desenvolvimento de câncer de mama. Outros estudos demonstram haver aumento no risco e incidência do câncer mamário em pacientes hipertireoideas. Análises in vitro demonstraram que o T3, em concentrações suprafisiológicas induz a proliferação celular. Em pacientes com câncer de mama realizamos dosagens hormonais e verificamos a expressão dos receptores de estrógeno. Também foi estudada a conformação da molécula do T3 e do receptor de estrógeno, para confirmar se uma possível ligação estaria ocorrendo entre o T3 e o ER... / Thyroid hormones, estrogen and other hormones act in the growth and development of breast tissue. Estrogen receptors must be present so that estrogen can act in the biological activity of breast cells. The presence or the abscense of these receptors in tissue has direct influence on therapeutics and clinical prognostic of breast cancer. Estrogen and thyroid hormone (T3) receptors are members of intracellular “receptors superfamily”. These receptors work in the activation of the transcription of target genes, linking them to their hormonal responsive. It is not known in which way thyroid hormone act in tumoral breast tissue. Epidemiologic studies are contradicting, showing that, when T3 levels are high, there is protection agains the development of breast cancer. Other studies show that there must be an increase in the risk and incidence of breast cancer in hyperthyroidean patients. In vitro analysis present that supra-physiologicals concentrations of T3 induces cellular proliferation. We performed hormonal dosage and verified the expression of estrogen receptors in breast cancer patients. The morphology of T3 molecule and of the estrogen receptor were also studied, to confirm if a possible link would exist between T3 and ER. Our results show an existance of a clinical relation between thyroid... (Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-01Bitstream added on 2014-06-13T20:10:17Z : No. of bitstreams: 1 pozzobon_apb_me_rcla_parcial.pdf: 119339 bytes, checksum: fe941057be22a48506e9aadf4e29a203 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-25T13:01:01Z: pozzobon_apb_me_rcla_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-25T13:03:22Z : No. of bitstreams: 1 000696223_20151201.pdf: 110718 bytes, checksum: b3b89d8dbba0c78747e056094b37dc3b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:29Z: 000696223_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:23Z : No. of bitstreams: 1 000696223.pdf: 670357 bytes, checksum: 9fe4afa1ab1e4b8d59d3963a7f677962 (MD5) / Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis (ANP) / O gênero Astyanax é um dos maiores, mais complexo e bem distribuído entre os gêneros de peixes de água doce da região Neotropical. Sua amplitude ocorrendo desde o sul da América do Norte até a região central da Argentina, faz com que ele se encontre em uma grande quantidade de ambientes diferenciados impossibilitando, muitas vezes, o fluxo genético, isolando populações e espécies. Dados morfológicos, citogenéticos e moleculares estão sendo levantados, entretanto a taxonomia do gênero continua confusa e incerta, reforçando a necessidade de um amplo estudo de sistemática molecular. Nesse sentido caracterizamos parte das espécies de Astyanax existentes para estabelecer as relações filogenéticas entre os grupos, utilizando os genes mitocondriais Citocromo B (CitB) e ATP sintetase 6 e 8 (ATPase 6/8), completamente seqüenciados apresentando 1090bp e 846pb respectivamente. Foram analisados 57 indivíduos pertencentes a 30 espécies de Astyanax, sendo oito provenientes da América Central e 22 da América do Sul, mais 7 indivíduos de 5 gêneros utilizados como grupo externo, para os genes ATPase 6/8. Obteve-se um numero menor de indivíduos para o gene CitB, 47 pertencentes a 25 espécies de Astyanax, mais 6 gêneros próximos representados cada por 1 individuo. Utilizamos os métodos de Parcimônia, Distancia, Verossimilhança e Analise Bayesiana para inferir as relações filogenéticas entre as espécies. Encontramos uma profunda diferenciação entre as da América Central e do Sul, assim como das espécies costeiras com as demais, sendo que essas são basais para todo o grupo. O alto valor de divergência das seqüências das espécies costeiras com as demais (acima de 30%) é similar a encontrada entre diferentes gêneros de Characidae, utilizando a taxa de evolução de 1,3%/ma para os genes... / The genus Astyanax is one of the largest and well distributed among the freshwater fishes from the Neotropical region. It’s found since south of North America until the central region of Argentina, being founded in a lot of different environments, many times, which difficulties in maintaining the gene flux, isolating populations and species. Morphological, cytogenetically and molecular data has been arise, but the taxonomy of the genus is still confuse and uncertain, reinforcing the necessity of a broad molecular systematic study. As so, we characterized part of the existent species of Astyanax with the proposal of establish the phylogenetic relationship among the groups; we utilize the mitochondrial genes Cytocromo B (CitB) and ATP synthetase 6 and 8 (ATPase6/8), completely sequenced presenting 1090 pb and 846 pb respectively. Has been analyzed 57 individuals belonging to 30 Astyanax species, being eight from Central America and 22 from South America; plus seven individuals from five genera utilized as out-groups, this for the ATPase6/8 genes. We have a small number of individuals for the CitB gene, 47 individuals belonging to 25 Astyanax species, plus six close genera, each one witch one individual. The methods of Parcimony, Distance, Likelihood and Baysiaen analyses have been conducted to infer the phylogenetic relationship among the species. We found a significant differentiation between Central and South America species, as so between costal species and the others, being those one’s basils for the all group. The high divergence found between sequences of costal species and the others (above 30%) is close to the one’s founded among different genus of Characidae, utilizing the mutation rate of 1,3%/ma for the ATPase6/8 and 0,8%/ma for CitB, we reach a value around 25 ma for the separation of costal species of the... (Complete abstract click electronic access below)

Resumo: Modernos sistemas de producao combinados ao planejamento e organizacao, fazem do Brasil o maior exportador e o terceiro maior produtor de carne de frango e seus derivados. Avancos significativos foram alcancados nas ultimas decadas, especialmente para caracteristicas como a conversao alimentar, periodo ate o abate, taxa de crescimento e porcentual de gordura. A elevada taxa de crescimento, no entanto, deixou mais evidente a necessidade de programas de melhoramento que aliem caracteristicas relacionadas ao crescimento e bem estar animal, a uma maior eficiencia e rendimento. Um dos problemas observados diz respeito a ma formacao ossea, consequencia de uma taxa de crescimento corporal que e desproporcional em relacao ao desenvolvimento osseo. Medidas para reduzir perdas envolvendo problemas osseos vem sendo estudadas. O uso de marcadores moleculares, em especial SNPs (polimorfismos de nucleotideo unico), tem sido uma das alternativas propostas. Neste trabalho foram sequenciados fragmentos dos genes calbidina, fator de transcricao "runt-related", osteopontina, osteoprotegerina, proteina morfogenetica ossea dois, sialoproteina ossea e sosteopontina, em dez amostras de DNA de aves de uma linhagem de corte e cinco amostras de uma linhagem de postura, pertencentes ao programa de melhoramento da Embrapa Suinos e Aves. Os polimorfismos foram identificados pela analise nos programas Standen Pakage, Clustal e Phred/Phrap/Consed/Polyphred. Foram identificados 92 SNPs e um Indel (Insercao-Delecao). Dois polimorfismos do tipo SNP, um no gene osteoprotegerina (OPG G217C) e outro na sialoproteina ossea (IBSP A211G) foram selecionados e genotipados por PCR-RFLP em quinhentas e dez aves de uma populacao referencia desenvolvida para estudos na area de genomica de aves. Os resultados da genotipagem foram avaliados pela analise de associacao no programa QxPaK v. 4.1 com oitenta caracteristicas de desempenho, carcaca e estrutura ossea. O SNP OPG G217C apresentou associacao significativa para o peso ao nascer (P=0.107 E-10), peso aos 21 (P=0.004), aos 35 (P=0.04) e aos 42 dias (P=0.01). Tambem foi observada associacao com o peso das asas (P=0.005), peso do osso do peito (P=0.02) e resistencia a flexao da tibia (P=0.05). Ja o SNP IBSP A211G demonstrou resultados significativos para o peso aos 41 dias (P=0.03), peso do file do peito (P=0.006), peso das asas (P=0.01), peso do osso do peito (P=0.008) e espessura da tibia (P=0.005). Alem destas, outras caracteristicas de desempenho e carcaca demonstraram resultados significativos para os SNPs OPG G217C e IBSP A211G. Novas investigacoes poderao ser feitas em futuros trabalhos, para que estes e outros SNPs sejam usados como marcadores geneticos na selecao de aves com melhor estrutura ossea.

Orientador: Marcos Rogério André / Coorientador: Rosangela Zacarias Machado / Banca: Paulo Eduardo Neves Ferreira Velho / Banca: José Maurício Barbanti Duarte / Resumo: Patógenos transmitidos por vetores artrópodes são mundialmente importantes, podendo causar enfermidades tanto no homen quanto nos animais. Recentemente, diversos estudos têm sido realizados a fim de elucidar o papel dos animais selvagens na epidemiologia desses patógenos. A identificação desses microrganismos, assim como dos seus vetores e hospedeiros, permite mapear áreas de ocorrência desses patógenos, auxiliando os órgãos competentes na elaboração de medidas de controle. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivo detectar e caracterizar, por métodos moleculares, micoplasmas hemotróficos e bartonelas em amostras de baço de roedores selvagens e sinantrópicos distribuídos em cinco biomas brasileiros. Para tal, foram analisadas 500 amostras de roedores pertencentes a 51 espécies distribuídas em 13 estados. Dentre as 457 amostras de DNA positivas nos ensaios de PCR baseados nos genes Interphotoreceptor retinoid binding protein [IRBP] ou Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [GAPDH], 100 (21,9%) mostraram-se positivas para Mycoplasma spp. por meio da cPCR baseada no gene 16S rRNA. A análise filogenética de 24 sequências do gene 16S rRNA mostrou a presença de dez diferentes clusters, todos agrupados dentro do grupo Mycoplasma haemofelis. O posicionamento filogenético associado com a baixa porcentagem de identidade entre as sequências amplificadas no presente estudo e aquelas previamente depositadas no Genbank sugere a circulação de novas espécies de hemoplasmas em roedo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Arthropod-borne pathogens are wordwide important, causing diseases in humans and animals. Recently, several studies have been performed in order to elucidate the role of wild animals in the epidemiology of these pathogens. The identification of these microorganisms, as well as their vectors and hosts, allow to map the areas of occurrence of these pathogens, helping competent agencies in the development of control measures. Therefore, the present study aimed to detect and characterize, using molecular methods, hemotrophic mycoplasmas and Bartonella in wild and sinantropic rodent spleen samples distributed in five Brazilian biomes. For this purpose, 500 rodent samples belonging to 51 species distributed in 13 states were analyzed. Among 457 DNA samples positive to PCR assays based on the Interphotoreceptor retinoid binding protein [IRBP] or Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [GAPDH]) genes, 100 (21.9%) were positive to Mycoplasma spp. by cPCR based on 16S rRNA gene. The phylogenetic analysis of 24 sequences of the 16S rRNA gene showed the presence of ten different clusters, which grouped within the Mycoplasma haemofelis group. The phylogenetic position associated with the low percentage of identity between the sequences amplified in the present study and those previously deposited in Genbank suggest the circulation of new hemoplasmas species in rodents in Brazil. Additionally, 117 (25.6%) samples were positive to Bartonella sp. by qPCR. The diversity analysis of the gltA ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre