Myrtaceae, constituída por plantas lenhosas, é uma das dez famílias mais ricas em espécies entre as angiospermas do mundo, bem como no Brasil, em especial, na Floresta Atlântica, também tratada como Floresta Ombrófila Densa e suas subdivisões. Tratando-se de plantas com hábito arbustivo até arbóreo, é de se esperar alta representatividade em estudos fitossociológicos, o que ocorre de fato, em especial na Floresta Ombrófila Densa Altomontana do Sul e Sudeste do Brasil, ao longo e no alto da Serra do Mar, bem como na região costeira do leste do Brasil. As espécies de Myrtaceae, do Alto Quiriri, Serra Quiriri, foram estudadas visando os seguintes objetivos: conhecer a flora local na formação altomontana do Alto Quiriri, produzir um estudo florístico nessa família para melhor compreensão das formações vegetacionais localizadas no alto da Serra do Mar do sul do Brasil. Expedições de coleta foram feitas desde 2004, em Campos de Altitude e Florestas Altomontanas, coletando-se exemplares férteis, com georreferenciamento e foco em duas sub-bacias hidrográficas, situadas acima de 1200 m snm. Foram encontradas 26 espécies, uma com duas variedades, sendo seis gêneros com uma espécie (Blepharocalyx salicifolius (Kunth) O. Berg, Calyptranthes concinna DC., Myrciaria delicatula (DC.) O. Berg, Pimenta pseudocaryophyllus (Gomes) Landrum, Pimenta pseudocaryophyllus (Gomes) Landrum e Siphoneugena reitzii D. Legrand), Psidium com duas (P. cattleyanum Sabine e P. spathulatum Mattos), Eugenia com quatro (E. eurysepala Kiaersk., E. neomyrtifolia Sobral, E. pluriflora DC. e E. sclerocalyx Legr.), Myrceugenia com sete (M. alpigena var. alpigena (DC.) Landrum, M. alpigena var. fuliginea Landrum, M. myrcioides (Cambess.) O. Berg, M. ovata var. regnelliana (O. Berg) Landrum., M. pilotantha (Kiaerskou) Landrum, M. rufescens (DC.) D. Legrand & Kausel, M. seriatoramosa (Kiaersk.) Legrand & Kausel, M. smithii Landrum, e M. também com sete (M. guianensis (Aubl.) DC., M. hartwegiana (O. Berg) Kiaersk., M. lajeana D. Legrand, M. pulchra (O. Berg) Kiaersk., M. richardiana (O. Berg) Kiaersk., M. rupicolaLegrand e M. squamata (Mattos & D. Legrand) Matttos. Com base no estudo taxonômico, foram explorados alguns aspectos biogeoráficos, como a caracterização da distribuição geográfica local das espécies de Myrtaceae do Alto Quiriri, suas preferencias fitofisionômicas. Os mapas de ocorrência foram sobrepostos e deram a conhecer as áreas de de distribuição das espécies, o que,consequentemente, contribui com o conhecimento ecológico e biogeográfico de táxons altomontanos de Myrtaceae no sul do Brasil. Oito áreas de distribuição geográfica foram identificadas para as 26 espécies de Myrtaceae do Alto Quiriri: uma neotropical; uma disjunção entre os Andes e a Serra do Mar; cinco espécies subequatoriais sulamericanas; oito subequatoriais brasileiras; cinco espécies araucarianas; três subtropicais; três sulbrasileiras; e uma endêmcia restrita. Endemismos para a formação altomontana da Serra Quiriri não foram observados. Constatou-se que, na sua maioria, as espécies são preferenciais de ambientes altomontanos, encostas, topos de serras e planaltos, ocorrendo raramente em cerrados e formações de Terra Baixas. A falha geológica que forma o rio dos Alemães e o rio Bracinho demonstra ser um importante divisor de ocorrência de grupos de espécies em Myrtaceae ocorrentes no Alto Quiriri, bem como da fitofisionomia local. No Alto Quiriri, a riqueza de Myrtaceae é relativamente alta quando comparada aos outros estudos realizados em ambientes similares. A subtribo Myrciinae é a mais rica, com 57,69 % (15 espécies): sete de Myrcia, sete de Myrceugenia e um de Calyptranthes, confirmando a importância de estudos florísticos e fitossociológicos em ecossistemas de altitude para melhor compreensão da diversidade dessa subtribo. / Myrtaceae, consisting of woody plants, is one of the ten richest families in number of species among angiosperms in the world, as well as in Brazil, especially in the Atlantic Forest, also known as Floresta Ombrófila Densa and its subdivisions. When it comes to plants as shrubs or trees, it is expected to have a high representation in phytosociological studies, what truly happens, especially in upper montane Atlantic Forest of the southern and southeastern Brazil, along and on the tops of Serra do Mar and in the coastal region of eastern Brazil. The species of Myrtaceae, High Quiriri, Serra Quiriri, were studied to reach the following objectives: knowing the local flora in the upper montane formation of the High Quiriri, producing a floristic study in this family for a better understanding of vegetation at the top of the Serra do Mar in southern of Brazil. Collecting expeditions have been made since 2004 in Campos de Altitude and upper montane Atlantic Forest, collecting fertile specimens, with georeferencing and focus on two sub-watersheds, located above 1200 m asl. We have found 26 species, one of these with two varieties, presenting six genera with one species (Blepharocalyx salicifolius (Kunth) O. Berg, Calyptranthes concinna DC., Myrciaria delicatula (DC.) O. Berg,Pimenta pseudocaryophyllus (Gomes) Landrum, and Siphoneugena reitzii D. Legrand), Psidium with two (P. cattleyanum Sabine and P. spathulatum Mattos), Eugenia with four (E. schadrackiana Kiaersk., E. neomyrtifolia Sobral, E. pluriflora DC. and E. sclerocalyx D. Legrand) Myrceugenia with seven (M. alpigena var. alpigena (DC.) Landrum, M. alpigena var. fuliginea Landrum, M. myrcioides (Cambess.) O. Berg, M. ovata var. regnelliana (O. Berg ) Landrum., M. pilotantha(Kiaerskou) Landrum, M. rufescens (DC.) D. Legrand & Kausel, M. seriatoramosa (Kiaersk) Kausel & D. Legrand and M. smithii Landrum, and also Myrcia with seven (M. guianensis (Aubl.) DC., M. hartwegiana (O. Berg) Kiaersk., M. lajeana D. Legrand, M. pulchra (O. Berg) Kiaersk., M. richardiana (O. Berg) Kiaersk., M. rupicola Legrand and M. squamata (Mattos & D. Legrand) Matttos. Based on the taxonomic studies, some biogeographic features were explored, as the characterizing of local geographical distribution of species of Myrtaceae from High Quiriri, and its physiognomic preferences. The maps were overlapped, forming areas of species distribution, thus contributing to the biogeographical and ecological knowledge of upper montane taxa of Myrtaceae in southern Brazil. Eight areas of geographical distribution were identified for 26 species of Myrtaceae High Quiriri: neotropical (one species); disjunction between the Andes and the Serra do Mar (one species); subequatorial sulamericana (five species), subequatorial brasileira (eight species); araucariana (five species), subtropical (three species); sulbrasileira (three species) and endemic restricted area (one specie). Endemic species for the formation of upper montane in Serra Quiriri were not observed. It was found that the majority of species prefer upper montane environments, slopes, tops of mountains and plateaus, rarely occurring in savannas and lowland formations. The fault line that forms rio dos Alemães (river) and rio Bracinho (river), shows to be an important splitter/border in the distribution of groups of Myrtaceae species in High Quiriri, as well as of local vegetation. In the High Quiriri, the richness of Myrtaceae is relatively high, compared to other studies in similar environments. The subtribe Myrciinae is the richest of all, with 57.69% (15 species): Myrcia and Myrceugenia seven, and Calyptranthes with one, confirming the importance of floristic and phytosociological studies in high-altitude ecosystems to better understand the diversity of this subtribe.

Doctor of Philosophy / Department of Geography / Douglas G. Goodin / Hantaviruses are zoonotic, RNA viruses that are harbored by muroid rodents of the families Muridae and Cricetidae. While the virus is endemic, and mostly non-symptomatic in its rodent reservoirs, when humans contact the virus it can result in serious disease. My purpose in this dissertation is to investigate the effect that landscape patterns and land cover condition can have on pathogen prevalence in a hantavirus reservoir species (Akodon montensis) within the Atlantic Forest region of Eastern Paraguay and to investigate ways to analyze those patterns using remotely sensed data. The first component to this research is to test potential improvements to image classifications on land use/land cover classifications useful for the study of small mammal communities. An object-based classification produced the best results with seven classes: Forest, Wet Cerrado, Dry Cerrado, Latifundia, Minifundia, Dry Pasture, and Wet Pasture. The classified imagery was then used to assess landscape effects on the presence of hantaviral antibodies (a 'marker' for exposure to the virus) in populations of A. montensis. In the overall landscape, proximity of similar habitat patches was related to seroprevalence in Akodon. When considering only the forest class, high amount of forest, high number of forest patches, and high diversity in forest patch sizes were all associated with seroprevalence. Next, was an analysis of ways to distinguish understory density variables through the use of satellite imagery. Horizontal and vertical density in the understory has been associated with the presence of hantavirus in A. montensis. Vertical and horizontal density measurements were correlated with NDVI and the Fourth band in the Tasseled Cap transformation. Finally, I consider the relationship between small mammal community diversity and seroprevalence, and their association with NDVI. Diverse small mammal communities are associated with low hantavirus seroprevalence. Low diversity metrics and high hantavirus seroprevalence were associated with high mean NDVI values. Many aspects of landscape patterns are important to hantavirus seroprevalence in small mammal communities in Eastern Paraguay. Several of the landscape patterns important to hantavirus seroprevalence can be studied using satellite-derived data.

A falta de conhecimento sobre os recursos utilizados no desenvolvimento larval das moscas da família Drosophilidae é um dos principais entraves aos estudos evolutivos relacionados à diferenciação de suas populações e aumento da sua biodiversidade, visto que mudanças no tipo de substrato utilizado costumam acompanhar, ou mesmo desencadear, o processo de especiação. O objetivo do presente projeto foi investigar potenciais substratos da Reserva Florestal do IB-USP que pudessem estar sendo utilizados por drosofilídeos durante seu desenvolvimento larval. 12 substratos (principalmente flores, frutos e fungos) foram coletados, um por mês, ao longo de 12 meses sucessivos, sem que fossem selecionados a priori, ou seja, foram coletados de acordo com a sua disponibilidade em cada visita à reserva, desde que estivessem presentes em uma quantidade razoável e fossem úmidos o suficiente para comportarem microrganismos decompositores e larvas de drosofilídeos. Os substratos coletados foram transportados até o laboratório, onde foram colocados em frascos de vidro contendo uma camada de ca. 2 cm de vermiculita úmida e mantidos em uma câmara de temperatura (22±1 ºC) e fotoperíodo (13 h: 11 h, C: E) controlados. Os indivíduos emergidos dos substratos foram retirados a cada 24 horas, e transferidos para frascos contendo meio de cultura de banana-ágar, nos quais, quando possível, foram mantidos vivos por pelo menos uma semana e mortos com vapor de éter sulfúrico. A partir desses substratos emergiram 3.095 Drosophilidae pertencentes a 38 espécies de sete gêneros (Cladochaeta, Diathoneura, Drosophila, Hirtodrosophila, Mycodrosophila, Stegana e Zygothrica) e 2.000 outros insetos pertencentes às ordens Hymenoptera, Lepidoptera e a outras famílias de Diptera. Dentre os drosofilídeos, 16 espécies de seis gêneros foram registradas na reserva florestal pela primeira vez: Cladochaeta sp. (gr. simplex), Diathoneura bicolor, Diathoneura dudai, Diathoneura nana, Diathoneura nigrifrons, Drosophila nasuta, Drosophila penispina, Drosophila suzukii, Mycodrosophila projectans, Stegana sp., Zygothrica parapoeyi, Zygothrica prodispar, Zygothrica sp. aff. spiculirostris, Zygothrica virgatinigra, Zygothrica virgatalba e Zygothrica vittisecta / The lack of knowledge regarding the resources utilized as breeding sites by Drosophilidae flies is one of the major obstacles to studies designed to assess their populations differentiation and biodiversity production, since breeding site shifts usually accompanies, or even starts, the process of speciation. The goal of the present study is to investigate what kinds of substrates located within the Forest Reserve of the Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo may be being used by Drosophilidae as breeding sites. 12 substrates (mainly flowers, fruits, and fungi) were collected each month, along 12 successive months. The substrates were not previously selected, thus, in each incursion to the forest reserve we searched for resources that were not only available in a reasonable amount but also moist, which could support the growth of decomposing microorganisms and drosophilid larvae. The substrates were transported to the laboratory, placed in glass vials containing ca. 2 cm layer of humid vermiculite, and kept at a constant temperature of 22±1 °C and photoperiod (13 h: 11 h, L:D). The emerged insects were daily aspirated, and transferred to vials containing banana-agar culture medium, in which they were kept alive for at least one week, whenever it was possible. A total of 3.095 Drosophilidae belonging to 38 species of seven genera (Cladochaeta, Diathoneura, Drosophila, Hirtodrosophila, Mycodrosophila, Stegana, and Zygothrica), in addition to 2.000 other insects belonging to other Diptera families, and to the order Hymenoptera, and Lepidoptera, emerged from the sampled substrates. Among drosophilids, 16 species belonging to six genera were recorded for the first time at the forest reserve: Cladochaeta sp. (gr. simplex), Diathoneura bicolor, Diathoneura dudai, Diathoneura nana, Diathoneura nigrifrons, Drosophila nasuta, Drosophila penispina, Drosophila suzukii, Mycodrosophila projectans, Stegana sp., Zygothrica parapoeyi, Zygothrica prodispar, Zygothrica sp. aff. spiculirostris, Zygothrica virgatinigra, Zygothrica virgatalba, and Zygothrica vittisecta

Apesar da importância, a restauração dos remanescentes florestais degradados em paisagens fragmentadas ainda carece de avanços técnico-científicos para que seja incluída na agenda da restauração ecológica. Atualmente, não existem métodos de restauração comprovados, e nem protocolos de avaliação e monitoramento da regeneração natural e da restauração ecológica em fragmentos florestais degradados. Na Floresta Estacional Semidecidual degradada é comum, em áreas de clareiras e com efeito de borda, a hiperabundância de algumas espécies de trepadeiras, que sufocam árvores, inibindo a regeneração de outras espécies. Nessas áreas, o corte de trepadeiras e o plantio de mudas de espécies arbóreas têm sido propostos como técnicas de restauração, entretanto, carecem de investigação quanto à sua eficácia ao longo do tempo. Do mesmo modo, pouco sabemos se de fato essa restauração se faz necessária, pois pouco sabemos se e como as áreas degradadas e sem cobertura de dossel se recuperam ao longo do tempo. A fim de analisar a efetividade do corte de trepadeiras e de plantios de árvores nativas sobre a regeneração da comunidade arbórea em fragmentos florestais degradados, avaliamos a trajetória de cobertura de dossel em um período de 22 anos, e de indicadores ecológicos de restauração florestal em uma cronossequência de 16 anos, em um remanescente de Floresta Estacional Semidecidual localizado na Mata de Santa Genebra, Campinas-SP. Para a avaliação da trajetória de cobertura de dossel, fotografias aéreas de 1994, 2005 e 2016 foram analisadas visualmente e suas clareiras vetorizadas manualmente, permitindo inferir se áreas de clareira se recuperaram ao logo do tempo e se a recuperação do dossel se deu de modo mais efetivo em áreas de borda submetidas a práticas de restauração. O percentual de áreas sem dossel arbóreo (clareiras e áreas cobertas por trepadeiras) aumentou ao longo dos anos, indo de 2,95% em 1994 a 10,71% em 2016. Boa parte das áreas se recupera naturalmente ao longo do tempo, sem interferência, mas outras clareiras surgem, em área maior, elevando as áreas sem dossel arbóreo. Nas bordas, o dossel se restabeleceu em 58,3% das áreas abandonadas e em 85,6% das áreas submetidas à restauração florestal, sugerindo que as práticas de restauração aceleram o restabelecimento do dossel. O corte de trepadeiras e o plantio de mudas de espécies arbóreas reduziram a infestação da copa das árvores por trepadeiras e aumentaram a riqueza e a área basal de árvores nativas ao longo do tempo. Além disso, todas as áreas submetidas às práticas de restauração florestal, independentemente da idade, apresentaram menor densidade e área basal de trepadeiras do que bordas degradadas. Por outro lado, a densidade de regenerantes arbóreos nativos é bastante inferior à densidade encontrada nas bordas conservadas usadas como referências, mesmo na restauração com 16 anos, sugerindo que embora as práticas de restauração florestal melhorem aspectos da estrutura e riqueza das bordas florestais degradadas, para alguns indicadores as áreas em restauração ainda não se equivalem às bordas conservadas. / Despite its importance, the restoration of degraded forest remnants in fragmented landscapes still lacks technical and scientific advances to be included in the agenda of ecological restoration. Currently, there are no consolidated restoration methods, nor protocols for evaluation and monitoring of natural regeneration and ecological restoration in degraded forest fragments. In the degraded Seasonal Semideciduous Forest of the Brazilian Atlantic Forest, some lianas became dominant, especially in treefall gaps and forest edges, suffocating trees and inhibiting the regeneration of other species. In these areas, lianas cutting and tree seedling plantings have been proposed as restoration techniques. However, we lack investigation on the effectiveness over time of those techniques. Besides, we even do not know if the restoration of degraded forest areas is indeed necessary, as we know little if and how degraded areas without canopy cover recover over time. Thus, in order to analyze the effectiveness of lianas cutting and tree seedling plantings on the regeneration of the tree community in degraded forest fragments, we evaluated the canopy cover trajectory over a period of 22 years. In addition, we evaluated ecological indicators in a 16-year chronosequence of forest restoration, in a degraded Semidecidual Seasonal Forest located in Campinas-SP, southeastern Brazil. For the assessment of the canopy cover trajectory, aerial photographs of 1994, 2005 and 2016 were visually analyzed and their canopy gaps manually vectored, allowing inferring if gaps areas recovered over time and if the canopy recovery occurred more effective in edge submitted to forest restoration practices. The percentage of areas without tree canopy (gaps and areas covered by lianas) has increased over the years, going from 2.95% in 1994 to 10.71% in 2016. Most of the areas recover naturally over time without human interference, but other gaps arised, and in a larger area, raising the areas without tree canopy. At the edges, tree canopy was reestablished in 58.3% of the abandoned areas and in 85.6% of the areas undergoing forest restoration, suggesting that restoration practices accelerate tree canopy restoration. Cutting tree and planting tree seedlings reduced treetop infestation by lianas, and increased tree richness and basal area over time. In addition, all areas submitted to forest restoration practices, regardless of age, presented lower lianas density and basal area than degraded forest edges. On the other hand, the density of trees in the natural regeneration is well below the density found on conserved edges used as references, even in the 16-year-old restoration. Our results suggest that although forest restoration practices improve the structure and richness of degraded forest edges, some indicators in the restoration areas are still far from being similar to the levels found in conserved edges.

Foram analisadas, para a detecção de plasmódios, 50 amostras de sangue de bugios (Alouatta guariba clamitans) resgatados de várias áreas circundadas pela Mata Atlântica, pertencentes à região metropolitana da cidade de São Paulo. Para tanto, 20 e 30 amostras das regiões de resgate norte e sul respectivamente, foram analisadas pelas técnicas de microscopia, análise molecular e sorologia. Apenas uma lâmina de animal proveniente da região sul foi positiva para Plasmodium sp. A fim de encontrar um consenso molecular (dois ou mais resultados idênticos em PCR), utilizamos três protocolos de PCR. A porcentagem de infecções por plasmódios, detectada por PCR foi de 13,3% (04/30) e 6.6% (02/30) para Plasmodium vivax e P. malariae respectivamente nos animais resgatados na região sul, enquanto que na região norte 25% (05/20) das amostras foram positivas apenas para Plasmodium vivax. As médias geométricas em imunofluorescência indireta (IFI) foram maiores para Plasmodium vivax, seguidas das médias para P. malariae e P. falciparum nas duas regiões. As porcentagens de positividade para anticorpos contra a proteína circumsporozoíta (CSP) foram 30% (9/30), 13,6% (3/22), 3,84% (1/26), 23% (7/30), 27,6% para Plasmodium vivax VK210, P. vivax VK247, P. vivax like, P. malariae/P. brasilianum e P. falciparum respectivamente em regiões ao sul e 10% (2/20), 30,8% (4/13), 11,1% (2/18), 15% (3/20), 33,3% (6/18) para P. vivax VK210, P. vivax VK247, P. vivax like, P. malariae/P. brasilianum e P. falciparum respectivamente em regiões ao norte. Com relação a positividade de anticorpos contra a proteína MSP-119, estas foram de 30% (9/30) para o sul e 10% (2/20) para o norte. Nenhuma amostra foi positiva para Pf- MSP119 / In order to detect Plasmodium, fifty blood samples of holler monkeys (Alouatta guariba clamitans), collected in areas surrounded by the Atlantic Forest and located in the metropolitan region of São Paulo city, were analysed. Thus, 20 and 30 samples from the northern and southern areas, respectivelly, were examined by microscopy techniques, molecular analysis and sorology. Only one animal slide from the Southern area was positive for Plasmodium sp. In order to achieve a molecular agreement (two or more identic results on PCR), three PCR protocols were applied. The percentage of Plasmodium infections detected by PCR was 13.3% (04/30) and 6.6% (02/30) for Plasmodium vivax and P. malariae, respectivelly, in animals collected in the Southern area. Meanwhile, in the Northern area, 25% (05/20) of the samples were exclusively positive for Plasmodium vivax. The geometric means titles in indirect immunofluorescence were higher for Plasmodium vivax followed by P. malariae and P. falciparum in both areas. Percentages of positive results for antibodies against circumsporozoite protein (CSP) were of 30% (9/30); 13.6% (3/22); 3.84% (1/26); 23% (7/30); 27.6% for Plasmodium vivax VK210, P.vivax VK247, P. vivax like, P.malariae/P.brasilianum and P. falciparum, respectively in Southern areas and 10% (2/20), 30.8% (4/13), 11.1% (2/18), 15% (3/20), 33.3% (6/18) for P. vivax VK210, P.vivax VK247, P. vivax like, P. malariae/P.brasilianum and P. falciparum, respectivelly, in Northern areas. Antibodies with positive results against MSP-119 protein were 30% (9/30) in the South and 10% (2/20) in the North. None of the samples were positive for Pf-MSP119

Em 1998 iniciou-se no campus da USP de Ribeirão Preto, SP, um projeto recuperação florestal entitulado "Floresta da USP", com o propósito de recompor,numa área de 75 ha, a floresta estacional semidecidual, um dos tipos de vegetação nativa da região. O presente estudo teve como objetivo avaliar as principais modificações que se processam neste novo habitat nos primeiros anos seguidos ao plantio, utilizando a comunidade de artrópodos e as relações de herbivoria como bioindicadores. Inicialmente, foram avaliados alguns parâmetros da estrutura do habitat em quatro sub-áreas com idades diferentes, comparando-as com um remanescente de floresta nativa existente nas proximidades. Entre estes mesmos locais, foi comparada a comunidade de artrópodos epígeos através de análise multivariada, buscando relacioná-las com variáveis ambientais. Além disso, numa das áreas foi acompanhada a dinâmica da comunidade de artrópodos associada à seis espécies vegetais (três pioneiras e três tardias), por dois anos consecutivos. Nas mesmas espécies vegetais utilizadas para a amostragem de artrópodos, foram avaliados os níveis de herbivoria e algumas características vegetais que poderiam influenciar na preferência por insetos herbívoros. Ficou demonstrado que as maiores transformações do habitat recomposto ocorrem nos dois primeiros anos seguidos ao plantio. As principais variáveis do habitat relacionadas com a fauna de artrópodos epígeos foram a altura da vegetação, presença de gramíneas invasoras e presença de um terceiro estrato arbóreo, exclusivo da mata nativa. Apesar de muito dissimilares da comunidade da mata, as comunidades das sub-áreas da Floresta da USP mostram uma tendência de se aproximarem da existente na mata de acordo com o tempo transcorrido após o plantio. Em relação à fauna de dossel, embora não se tenha observado diferença na riqueza, abundância e diversidade geral entre os dois anos seguidos ao plantio, foi detectada uma grande dissimilaridade de espécies e uma profunda reestruturação da abundância de organismos dentro das guildas. As formigas, tanto por sua abundância como riqueza, tiveram grande participação dentro das diversas variáveis da comunidade analisadas e, entre elas, as formigas cortadeiras foram também responsáveis por uma grande elevação nos níveis de herbivoria do primeiro para o segundo ano de acompanhamento, tanto em espécies iniciais quanto tardias. / In 1998 a recomposition project named "Floresta da USP" was started at the USP campus in Ribeirão Preto, SP, aiming at recovering a 75 ha area with the regional native vegetation, the seasonal semideciduous forest. This study evaluated the main changes that ocurried in this new habitat during the first years after planting, considering the arthropod community and the herbivory relationships as bioindicators. We measured some habitat structure parameters at four sites of different ages, contrasting them to the same parameters measured at a local forest patch. The epigeous arthropod community was compared among sites using multivariate analysis, including several environmental variables. We also monitored the community dynamics of arthropods, herbivory levels and leaf physical chemical caracteristics of six plant species (3 pioneers and 3 late successional) at one of the sites during two years as well as the main leaf variables that could have some effect on the herbivore preferences. Results indicated great chances in the first years of recomposition. Vegetation height, presence of alien grasses, and presence of a third stratum at the forest patch were the principal habitat features related to the epigeous arthropod community. Despite the high dissimilarity, arthropod community of recomposed sites had a tendency of reducing this dissimilarity over time in relation to the forest. Richness, abundance, and diversity of canopy arthropod community were not different between the two years. However, a high species dissimilarity was detected and a strong guild rearrangement concerning abundance from one year to another. There was a high number of species and individuals. Leaf-cutting ants were important to the ecosystem dynamics due to the high levels of herbivory imposed to several plant species.

A fauna de pequenos mamíferos e de carrapatos da Reserva Florestal do Morro Grande, Cotia, SP, foi investigada assim como microrganismos associados a eles. Coletas foram realizadas bimestralmente, e resultaram na captura de 158 pequenos mamíferos silvestres e cães, distribuídos em 126 roedores de 10 espécies, 26 marsupiais de 3 espécies, um tapiti, além de 6 cães domésticos inspecionados. Destes hospedeiros foram recolhidos 327 carrapatos de 9 espécies de 4 gêneros, e larvas de Amblyomma sp. Novos registros de hospedeiros foram acrescentados para as espécies I. aragaoi, I. loricatus, I. schulzei e de espécie morfologicamente semelhante a I. fuscipes. Simultaneamente, fizemos a pesquisa de exemplares em vida livre na vegetação por arraste e busca visual. Um total de 597 exemplares foram recolhidos e identificados, representando 9 espécies de 3 gêneros, além de larvas do gênero Amblyomma. Na sorologia por RIFI, com exceção dos cães domésticos que foram todos negativos, a soro reatividade apresentada para pequenos mamíferos silvestres sugere a circulação de cepas de Rickettsia naquela região. Dos 102 animais testados, 39 foram soro positivos e em 6 amostras nós sugerimos provável antígeno homólogo para R. bellii (3), R. rickettsii (2) e R. rhipicephali (1). Encontramos na quase totalidade dos espécimes adultos de I. aragaoi uma Rickettsia próxima à cepa endosiombionte de I. scapularis, e em uma fêmea de A. sculptum, sequências parciais do gene ompA foram similares a R. parkeri isoladas de A. triste no Brasil e na Argentina. Sequências geradas a partir de um fragmento do gene 18S rRNA de Hepatozoon sp. foram obtidas de amostras dos carrapatos I.c.f. fuscipes e I. schulzei, coletados sobre o roedor A. montensis. Outro hemoprotozoário encontrado foi um genótipo de Babesia sp. proveniente de pools de larvas e de ninfas de A. incisum, coletados em vida livre. Na investigação da presença de bactérias do gênero Coxiella, 14 amostras de diferentes espécies do gênero Amblyomma (A. aureolatum, A. brasiliense, A. incisum, A. naponense e A. sculptum) foram positivas, e as análises de homologia utilizando o marcador molecular 16S rDNA foram compatíveis com Coxiella endosimbiontes de carrapatos. / The fauna of small mammals and ticks of the reserved forest of Morro Grande (RFMG) was assessed and investigated, as well as associated infectious microorganisms. Sample collections were performed bimonthly, and resulted in 158 wild small mammals and dogs inspected, distributed in 126 rodents of 10 different species, 26 marsupials of 3 different species, a Tapiti, and also 6 domestic dogs. 327 ticks were collected from the mentioned hosts; these ticks were representatives of 9 species of 4 different genera, and Amblyomma sp. larvae. New hosts records were appended for 4 species of the genus Ixodes; I. aragaoi, I. loricatus, I. schulzei and a I. fuscipes simile species. Simultaneously, free roaming ticks were collected from the vegetation by dragging a flannel through the forest and visual search. A total of 597 ticks were collected and identified belonging to 9 species of 3 genera, as well as Amblyomma genus larvae. Serology arrays using RIFI technique were performed, and with exception of the domestic dogs that all were negative, the serum reactivity showed in the wild small mammals demonstrated the circulation of Rickettsia strains in the studied region. 39 animals of the 102 tested were positive and 6 samples had strong evidences of being homologous antigens for R. bellii (3), R. rickettsii (2), and R. rhipicephali (1). Molecular research of microorganisms in ticks showed that almost all the adult individuals of I. aragaoi were positive for a Rickettsia similar to an endosymbiont strain of I. scapularis, and in a female of A. sculptum partial sequences the gene of ompA were similar to R. parkeri isolated from A. triste in Brasil and Argentina. Sequences obtained from a fragment of the gene 18S rRNA of Hepatozoon sp. amplified from samples of the tick species I.c.f. fuscipes and I. schulzei, collected from a rodent A. montensis. Another Hemo-protozoon found was a genotype of Babesia sp. from pools of A. incisum larvae and nymphs, collected in the vegetation. For the bacteria of the genus Coxiella, 14 samples of different species of the genus Amblyomma (A. aureolatum, A. brasiliense, A. incisum, A. naponense and A. sculptum) were positive, and the similarity analyses using the 16S rDNA molecular marker were compatible with Coxiella endosymbiont of ticks.

O objetivo deste estudo foi desenvolver e validar modelos preditores para a fitomassa epigéa da mata atlântica, formação vegetal que cobre a Serra do Mar no estado de São Paulo. Em duas parcelas de 100m2, 82 árvores foram cortadas, ao nível do solo, e anotadas suas medidas de altura e diâmetro. As folhas foram separadas dos ramos para determinação do peso fresco da porção foliar e lenhosa. Amostras de cada fração foram secas em estufa a 80o C, até peso constante, para determinação do peso seco. As árvores foram distribuídas em duas amostras aleatórias, sendo uma utilizada para o desenvolvimento das equações de regressão, e a outra para validá-las. Os modelos foram desenvolvidos através da análise de regressão linear simples e múltipla, tendo como variável dependente o peso seco (PS) e, como variáveis independentes a altura (h), o diâmetro (d) e o (d2h). A análise de validação foi feita através do coeficiente de correlação de Pearson, teste t-Sudent pareado e através do erro padrão da estimativa. As melhores equações para estimar o peso seco das árvores foram: lnPS = -4,1519 + 1,06068 ln d2h (r2=0,82; sy/x= 0,42; ricc=0,92); lnPS = -6,7171 + 1,30308 ln d2h (r2=0,88; sy/x= 0,44; ricc=0,93) e lnPS = -6,80067 + 3,77738 ln d (r2=0,92; sy/x =0,37; ricc=0,87). / The purpose of this study was develop and validate equations to estimative the aboveground phytomass of the Atlantic Forest, at the Serra do Mar, São Paulo, Southeast Brazil. In two available plots of 100m2, 82 trees were cut down at ground level. From each tree height and diameter was determined. Leaves and woody material were separated in order to determine their fresh weights in field conditions. Samples of each fraction were oven dried at 80o C to constant weight to determine their dry weight. The trees data were divided into two random samples. One sample was used for the development of the regression equations, and the validation was done using other one. The models were developed using single and multiple linear regression analysis, where the dependent variable was the dry mass and the independent variables were height (h), diameter (d) and d2h. The validation was done using Pearson correlation coefficient, paired t-Student test and standard error of estimation. The best equations to estimate aboveground phytomass were: lnPS = -4,1519 + 1,06068 ln d2 h (r2=0,82; sy/x= 0,42; ricc=0,92); lnPS = -6,7171 + 1,30308 ln d2h (r2=0,88; sy/x= 0,44; ricc=0,93) and lnPS = -6,80067 + 3,77738 ln d (r2=0,92; sy/x =0,37; ricc=0,87).

Os produtos do metabolismo secundário, também conhecidos por produtos naturais, representam uma fonte inexplorada de compostos com atividade biológica. Os micro-organismos, entre eles os endófitos, são fontes promissoras de obtenção dessas substâncias. Assim sendo, essa pesquisa visou obter compostos de importância biotecnológica produzidos por fungos endofíticos isolados de folhas das plantas Anthurium alcatrazense, Begonia venosa e B. fischeri. Para isso, 5 linhagens de fungos endofíticos isolados dessas plantas (códigos P7BDA1F2, P8BDA1F1, AM29, D28 e D29) foram estudadas. A identificação desses micro-organismos foi realizada por meio de análises morfológicas e moleculares, revelando serem estas linhagens Hymenochaete-like, Trichoderma sp., Neopestalotiopsis sp., Aspergillus sp. e Diaporthe sp., respectivamente. A partir do extrato bruto de Hymenochaete-like (código P7BDA1F2) foram isolados os compostos 5,7-dimetoxiftalida e metil orselinato, os quais foram testados contra Leishmania (L.) infantum e alvo do proteassoma e não apresentaram atividade. A partir do extrato bruto de Trichoderma sp. (código P8BDA1F1) foram isolados os compostos trilongins BI-BIV. Estes apresentaram atividade inibitória ao fitopatógeno C. gloeosporioides, com MIC de 40, 320, 160 e 310 μM, respectivamente. As trilongins BI-BIV foram testadas contra a subunidade ChTL do proteassoma e apresentaram os valores de IC50 de 6,5 ± 2,7; 4,7 ± 1,8; 6,3 ± 2,2; e 2,7 ± 0,5 μM. Os compostos também foram testados ex vivo contra os amastigotas intracelulares de Leishmania (L.) infantum, mas não apresentaram seletividade. A partir do extrato bruto de Neopestalotiopsis sp. (código AM29), foi isolado um composto de massa molecular 366,0570 Da (que pode ser inédito na literatura), o qual apresentou atividade inibitória ao fitopatógeno P. sojae, com MIC de 312 μg mL-1. A partir dos extratos brutos de Aspergillus sp. e Diaporthe sp. foram isolados 9 compostos, cujas frações precursoras apresentaram atividade contra as bactérias formadoras de biofilme S. aureus e P. aeruginosa. Para a identificação desses compostos, análises adicionais precisam ser realizadas. Este é o primeiro relato do isolamento dos compostos 5,7-dimetoxiftalida e metil orselinato do basidiomiceto Hymenochaete-like. Também está sendo relatada pela primeira vez a atividade antifúngica das trilongins a C. gloeosporioides e contra o alvo do proteassoma, assim como o isolamento de um possível novo composto de Neopestalotiopsis sp. e sua atividade contra P. sojae. / Secondary metabolism products, also known as natural products, represent an unexplored source of compounds with biological activity. Microorganisms, including endophytes, are promising sources of these substances. Thus, this research aimed to obtain compounds with biotechnological importance produced by endophytic fungi isolated from leaves of the plants Anthurium alcatrazense, Begonia venosa and B. fischeri. To this end, 5 endophytic fungal strains isolated from these plants (codes P7BDA1F2, P8BDA1F1, AM29, D28 and D29) were studied. The identification of these microorganisms was carried out by morphological and molecular analyzes, revealing that these strains are Hymenochaete-like, Trichoderma sp., Neopestalotiopsis sp., Aspergillus sp. and Diaporthe sp., respectively. From the crude extract of Hymenochaete-like (code P7BDA1F2) the compounds 5,7-dimethoxyphthalide and methyl orselinate were isolated, which were tested against Leishmania (L.) infantum and proteasome target and showed no activity. From the crude extract of Trichoderma sp. (code P8BDA1F1) the trilongins BI-BIV were isolated. These compounds presented inhibitory activity to the plant pathogen C. gloeosporioides, with MIC of 40, 320, 160 and 310 μM, respectively. The trilongins BI-BIV were tested against the ChTL subunit of the proteasome and showed IC50 values of 6.5 ± 2.7, 4.7 ± 1.8, 6.3 ± 2.2, 2.7 ± 0, 5 μM. The compounds were also tested ex vivo against the intracellular amastigotes of Leishmania (L.) infantum, but did not show selectivity. From the crude extract of Neopestalotiopsis sp. (code AM29), a compound with molecular mass 366.0570 Da (which can be unpublished in the literature) was isolated, which presented inhibitory activity to the plant pathogen P. sojae, with MIC of 312 μg mL-1. From the crude extracts of Aspergillus sp. and Diaporthe sp. 9 compounds were isolated, whose precursor fractions showed activity against the biofilm forming bacteria S. aureus and P. aeruginosa. For the identification of these compounds, additional analyzes need to be performed. This is the first report of the isolation of the compounds 5,7-dimethoxyphthalide and methyl orselinate from the basidiomycete Hymenochaete-like. The antifungal activity of trilongins to C. gloeosporioides and against the proteasome target is also being reported for the first time, as well as the isolation of a possible new compound from Neopestalotiopsis sp. and its activity against P. sojae.

The Northeastern Atlantic Forest of Brazil contains thousands of forest fragments at different stages of regeneration, some recovering from abandoned agricultural fields, while others recovering from chronic disturbances such as fire, logging, and poaching. Some of these fragments kept protected for several reasons: corporate responsibility, compliance with the forest code, preservation of biodiversity, among others. Although these fragments are far from having the same species richness of plant and animal, they can perform important ecosystem services, such as protection of water bodies, reservoir of important nutrients and carbon (C). This is especially important if we consider that there are global initiatives such as REDD + with the objective of assessing secondary forests and forests in recovery process as important C pools. On the other hand, the management and preservation of these fragments depends on a solid knowledge about their structure and nutrient cycle. There is a relatively rich literature on the loss of biodiversity in these Northeastern forest fragments. Much less is available, however, about the structure and function of these fragments. This work intends to contribute to fill this gap, providing solid scientific information on four forest areas and a secondary forest, where a restoration program was implemented in the State of Alagoas, Northeast of Brazil. After a brief introduction, chapter one discusses the structure of these fragments through a complete forest inventory, where individuals density, height and diameter at breast height (DBH) were measured for each tree with DBH >= 10 cm. With these allometric data, we estimated the basal area and aboveground live biomass (AGLB), comparing these attributes with other estimates available in the literature. In chapter two, we investigated the distribution of nutrients in the forest fragments, where we measured the foliar concentration of C, nitrogen (N) and phosphorus (P). At the same time, we measured the litterfall mass in each fragment and its nutrient content for a one year period of sampling. With this information we were able to establish how these areas cycled their main limiting nutrients and C. Finally, in the last chapter we approached the partition of C and nutrient stocks, above and belowground, in order to evaluate the importance of C pools and nutrients in the forest fragments and understand the role of these fragments in a world that urgently needs to store C in a sustainable reservoir. / A Floresta Atlântica do Nordeste do Brasil contém milhares de fragmentos de florestas em diferentes estágios de regeneração, alguns se recuperando de campos agrícolas abandonados, enquanto outros se recuperam de distúrbios crônicos como incêndio, extração de madeira e caça furtiva. Alguns desses fragmentos ficaram protegidos por várias razões: responsabilidade corporativa, cumprimento do código florestal, preservação da biodiversidade, entre outros. Embora estes fragmentos estejam longe de ter a mesma riqueza de espécies vegetais e animais, podem desempenhar importantes serviços ecossistêmicos, como proteção de corpos d\'água, reservatório de importantes nutrientes e carbono. Isso é especialmente importante se considerarmos que há iniciativas globais como o REDD+ que visam avaliar florestas secundárias e de recuperação como importantes reservatórios de carbono (C). Por outro lado, a gestão e preservação destes fragmentos dependem de um conhecimento sólido sobre a sua estrutura e ciclo de nutrientes. Há uma literatura relativamente rica sobre a perda de biodiversidade nestes fragmentos florestais do Nordeste. No entanto, muito menos está disponível sobre a estrutura e o funcionamento destes fragmentos. Este trabalho pretende contribuir para o preenchimento desta lacuna, fornecendo informações científicas sólidas sobre quatro áreas florestais e uma floresta secundária, onde foi implantado um programa de restauração no Estado de Alagoas, Nordeste do Brasil. Após uma breve introdução, o capítulo um discute a estrutura desses fragmentos através de um inventário florestal completo, onde a densidade indivíduos, sua altura e diâmetro à altura do peito (DAP) foram medidos para cada árvore com DAP >= 10 cm. Com esses dados alométricos, estimamos a área basal e a biomassa viva acima do solo (AGLB), comparando esses atributos com outras estimativas disponíveis na literatura. No capítulo dois, investigamos a distribuição de nutrientes nos fragmentos florestais, onde medimos a concentração foliar de C, nitrogênio (N) e fósforo (P). Ao mesmo tempo, medimos durante um ano a massa da serapilheira em cada fragmento e seu teor de nutrientes. Com essas informações pudemos estabelecer como essas áreas ciclam seus principais nutrientes limitantes e C. Finalmente, no último capítulo abordamos a partição dos estoques de C e nutrientes, acima e abaixo do solo, com o objetivo de avaliar a importância dos pools de C e nutrientes nos fragmentos de floresta e entender qual o papel desses fragmentos em um mundo que necessita urgentemente estocar C em um reservatório sustentável.