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[en] BABEL: AN EXTENSIBLE FRAMEWORK FOR EASY RDF PUBLICATION FROM MULTIPLE DATA SOURCES USING TEMPLATES / [pt] BABEL: UM FRAMEWORK EXTENSÍVEL PARA A PUBLICAÇÃO DE RDF DE VÁRIAS FONTES DE DADOS UTILIZANDO TEMPLATES

EDGARD LUIZ MARX 03 January 2013 (has links)
[pt] A grande maioria dos dados que se encontram hoje na Web não estão preparados para a Web Semântica. Para facilitar e promover a conversão de dados, armazenados em bancos de dados relacionais e planilhas em particular, nós introduzimos a abordagem do Babel. Diferentemente das abordagens existentes, nomeadamente RDB2RDF, Babel e promove a conversão de dados em uma ampla variedade de formatos, que incluem OWL, RDFa, RSS e (X)HTML, além de RDF. A principal contribuição de Babel, no entanto, é sua facilidade de uso. Babel suaviza a curva de aprendizado, eliminando a necessidade de se familiarizar com técnicas de mapeamento complexas, que são substituídas pelo uso de templates. / [en] The vast majority of data on the Web today is not Semantic Web ready. To facilitate and promote the conversion of data, stored in relational databases and spreadsheets in particular, we introduce the Babel approach. Differently from existing approaches, notably RDBtoRDF, Babel outputs data in a wider range of formats, that include OWL, RDFa, RSS and (X)HTML, in addition to RDF. The main contribution of Babel, however, is its ease of use. Babel smoothes the learning curve by altogether eliminating the need of getting acquainted with complex mapping techniques, that are substituted by the use of templates.
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[en] FRAMEWORK TO SUPPORT DATABASE TUNING / [pt] FRAMEWORK PARA APOIAR A SINTONIA FINA DE BANCO DE DADOS

ANA CAROLINA BRITO DE ALMEIDA 05 August 2014 (has links)
[pt] Há uma crescente demanda por ferramentas que automatizem tarefas complexas relacionadas ao SGBD, tais como aquelas relacionadas às atividades de sintonia fina. Nestas ferramentas, existe uma falta de clareza sobre as decisões e as ações que são tomadas de forma automática. Essa tese propõe um framework para execução das heurísticas de sintonia fina para apoiar o DBA (e possivelmente outros usuários) nas escolhas envolvidas na atividade de sintonia fina. Esse trabalho de pesquisa inclui uma proposta de ontologia para a sintonia fina (automática ou não) que proporciona uma abordagem formal para decisões e inferências. A contribuição inovadora dessa abordagem é oferecer transparência e confiabilidade acerca das alternativas disponíveis para possíveis cenários no SGBD, por meio de justificativas concretas para as decisões que foram tomadas. Além disso, através do uso de uma ontologia específica, proporcionar a geração automática de novas práticas de sintonia fina, que podem ser obtidas a partir das práticas existentes (uso de inferências) ou de novas regras e conceitos que venham a surgir no futuro. Esta abordagem permite também a realização de combinações de heurísticas de sintonia fina em alto nível. / [en] There is a strong demand for automation of Database Management Systems (DBMS) tasks, as those related to self-management and self-tuning activities. However, whenever automatic decisions are made, there is also a lack of clearness about the considered decisions and actions. This thesis proposes a framework to support the DBA (and possibly other database users) on choices concerning tuning activities. This research work includes the proposal of an ontology for (autonomous or not) database tuning that enables a formal approach for decisions and inferences. The goals are to offer transparency and confidence on the available tuning alternatives with respect to the possible DBMS scenarios through a concrete justification about the decisions that are made. Moreover, new tuning practices may be obtained automatically as soon as new rules, concepts and practices are known. Finally, our approach enables an actual combination, at a high level of abstraction, of distinct database tuning strategies.
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[en] INSTANCE-BASED SCHEMA MATCHING / [pt] ALINHAMENTO DE ESQUEMAS BASEADO EM INSTÂNCIAS

DANIELA FRANCISCO BRAUNER 10 December 2008 (has links)
[pt] Um mediador é um componente de software que auxilia o acesso a fontes de dados. Com o advento da Web, a construção de mediadores impõe desafios importantes, tais como a capacidade de fornecer acesso integrado a fontes de dados independentes e dinâmicas e a habilidade de resolver a heterogeneidade semântica entre os esquemas destas fontes. Para lidar com esses desafios, o alinhamento de esquemas é uma questão fundamental. Nesta tese são propostas abordagens de alinhamento de esquemas de classificação (tesauros) e esquemas conceituais, utilizando instâncias como evidências para os mapeamentos. As abordagens propostas são classificadas em dois tipos: adaptativa e a priori, referindo-se, respectivamente, à descoberta dos mapeamentos de forma incremental ou à definição dos mapeamentos antes da implantação do mediador. Por fim, são apresentados experimentos para validação e teste das abordagens propostas. / [en] A mediator is a software component that helps accessing data sources. With the advent of the Web, the design of mediators imposes important challenges, such as the ability of providing integrated access to independent and dynamic data sources and the ability of resolving the semantic heterogeneity between different data source schemas. To deal with these challenges, schema matching is a fundamental issue. In this thesis, matching approaches for classification schemas (thesauri) and conceptual schemas are proposed, using instances as evidences for the mappings. The proposed approaches are classified as adaptative and a priori, referring to, respectively, the discovery of the mappings in an incremental way or the definition of the mappings before the deployment of the mediator. Finally, experiments to validate and test the proposed approaches are presented.
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Estudo da vulnerabilidade à erosão com a aplicação da Equação Universal de Perda de Solo na alta bacia hidrográfica do rio Jacaré Pepira, utilizando SIG/SPRING /

Costa, Ana Lúcia Carneiro da. January 2005 (has links)
Orientador: Carlos de Almeida Nóbrega / Banca: Luiz Roberto Cottas / Banca: Henry Lesjak Martos / Resumo: A expansão territorial do agronegócio e da área urbana na Alta Bacia Hidrográfica do Rio Jacaré Pepira impacta a preservação de seus recursos naturais. A erosão se destaca como um processo do meio físico que possui uma relação estreita com o uso do solo. Para estudo da vulnerabilidade à erosão realizou-se uma análise segmentada dos fatores naturais e antrópicos, apoiando-se no modelo matemático da Equação Universal de Perda de Solo (EUPS). O meio físico foi compartimentado nas sub-bacias que estão parcial ou totalmente inseridas na Área de Proteção Ambiental (APA) de Corumbataí. As sub-bacias foram consideradas como unidades de análise, com a medição de parâmetros morfométricos. Para estudo dos fatores antrópicos, realizou-se levantamentos de campo para caracterização do uso e manejo do solo praticado nas principais explorações agropecuárias com a identificação de feições erosivas lineares. As informações de ocupação do solo foram extraídas da classificação automática de imagens de satélite dos anos de 1988 (TM/Landsat) e 2004 (CBERS) com controle de campo. O trabalho apresentou como resultado o zoneamento da área quanto à susceptibilidade natural, vulnerabilidade e adequação ao uso do solo. As informações integradas em um banco de dados em SIG/SPRING permitem fornecer instrumentos para trabalhos de gerenciamento ambiental. / Abstract: Territorial expansion of agrobusiness and urban areas in the Jacaré Pepira River watershed impact its natural resources. Erosion stands out as a physical environment process that has a close relationship with land use. The study of erosion vulnerability was accomplished on a natural and human factors segmented analysis, based on Universal Soil Loss Equation (USLE) model. Physical environmental was shared on the sub-basin belong to APA de Corumbataí (Corumbataí Environmental Protection Area). Sub-basins were considered as units of analysis, witch the morfometric parameters measurements. Field work was used on human factor study, aiming the management characterization for main crops, including the identify of areas affected by gullies. Data about land use were obtained by automatic classification of 1988 (TM/Landsat) and 2004 (CBERS) satellite images with field control. Zoning of the area was accomplished based on natural erosion potential (PNE), erosion vulnerability and wishing land use. Data input to a GIS/SPRING database can provide tools for environmental management. / Mestre
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Proposta de uma base de conhecimento multilíngue on-line de expressões cromáticas da fauna e da flora /

Martins, Sabrina de Cássia. January 2016 (has links)
Orientador: Claudia Zavaglia / Banca: Maria Teresa Cabré Castellví / Banca: Márcio Sales Santiago / Banca: Gládis Maria de Barcellos Almeida / Banca: Eliane Gonçalves de Freitas / Resumo: A presente tese tem como objeto de estudo a terminologia da Fauna e da Flora cuja formação envolve o uso do vocabulário das cores. Nosso estudo abrange dois temas gerais: por um lado, a contribuição dos nomes de cores para a variação denominativa em terminologia a partir de uma perspectiva interlinguística; por outro, a descrição de tais variantes em uma obra lexicográfica especializada e multilíngue. A fim de delimitar a nossa pesquisa, concentramo-nos na análise de dois subdomínios da Biologia: a Botânica, especificamente as Angiospermas (monocotiledôneas e eudicotiledôneas), e a Zoologia, exclusivamente os Vertebrados (peixes, anfíbios, répteis, aves e mamíferos). Dessa forma, visamos, em primeiro lugar, ampliar o Dicionário Onomasiológico de Expressões Cromáticas da Fauna e Flora por meio da inserção em sua microestrutura dos correspondentes das palavras-entrada em línguas inglesa e italiana. Seguindo a metodologia proposta em nosso Mestrado (MARTINS, 2013), utilizamos o Corpus Web para a busca e validação dos correspondentes. Em segundo, uma vez verificada a existência de correspondentes para cada entrada, realizamos sua análise estrutural, observando o papel desses itens para a divulgação dos conceitos da Fauna e da Flora em outras culturas. Em terceiro, examinamos as possíveis causas que atuam na formação de tais unidades e que propiciam ou não a escolha do item cor nas línguas em estudo, isto é, português, inglês e italiano. Por último, ainda em relação à obra lexicografia... / Abstract: The present thesis has as its object of study the terminology of Fauna and Flora composed by color names. Hence, it deals with two major themes: on one hand, the contribution of color names to the denominative variation in Terminology from a interlinguistic perspective; on the other, the description of such variants in a multilingual and specialized lexicographical work. In order to delimit our research, we concentrate our analysis on two subdomains of Biology: Botany, specifically the Angiosperms (monocotyledons and dicotyledons), and Zoology, specifically the Vertebrates (fish, amphibians, reptiles, birds and mammals). In this manner, it aims, firstly, to extend the Onomasiological Dictionary of Chromatic Phrases of Fauna and Flora by inserting in the microstructure the equivalents of the entries in English and Italian languages. Following the methodology proposed in a prior research (MARTINS, 2013), we use the Corpus Web to collect and validate the equivalents. Secondly, once checked the existence of equivalents for each entry, it intends to realize their structural analysis, observing the role of these denominative variants to the propagation of Fauna and Flora concepts in other cultures. Thirdly, examining the probable causes that actuate in the formation of such units and that propitiate or not the choice of the color name in the languages in study, i.e., Portuguese, English and Italian. Finally, still regarding the lexicographical work, we propose to formulate an appropriate methodology for the implementation of an on-line platform that will contribute to minimize terminological variances in this area, to concepts normalization, as well as to the communication among cultures. We would like to emphasize that our interest is motivated by the active role of color names in the expansion of the lexicon and the study of this vocabulary demonstrates the importance of color ... / Doutor
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Ambiente de Data Warehousing para integração de dados de saúde pública em âmbito de gestão regional / Data warehousing environment for public healthcare data integration on the regional management scope

Oliva, Samuel Zanferdini 08 June 2015 (has links)
Estudos relacionados ao aperfeiçoamento na gestão de saúde descrevem casos de sucesso com soluções utilizando a implementação de Data Warehouse (DW) como um recurso para facilitar e melhorar a qualidade dos dados para gestão na área de saúde pública. O Mapa de Saúde consiste na descrição da distribuição geográfica de recursos humanos, de ações e de serviços de saúde ofertados pelo SUS e pela iniciativa privada, considerando-se o desempenho aferido a partir dos indicadores de saúde do sistema. A gestão em saúde pública carece de recursos que auxiliem efetivamente os processos de análise e tomada de decisão. O objetivo deste trabalho é contribuir para sanar esta carência, a partir do desenvolvimento de um ferramental de apoio à decisão fundamentado em bases de dados de indicadores de saúde determinados pelo Mapa de Saúde. Este ferramental consiste no planejamento e na implementação de um ambiente de Data Warehousing para integração de bases de dados legadas, oriundas dos documentos gerados pelas Redes Regionais de Atenção à Saúde (RRAS) e coletadas pela Secretaria de Saúde do Estado de São Paulo, fornecendo aos usuários gestores os recursos necessários para a geração de consultas ad-hoc complexas com flexibilidade e rapidez sobre os dados contemplados pelo Mapa de Saúde. As fases do processo de desenvolvimento são sete, a saber: (1) Análise dos dados definidos pelo Mapa de Saúde e disponibilizados pelas fontes públicas; (2) Modelagem e implementação de um banco de dados integrador; (3) Modelagem dimensional e implementação do DW; (4) Criação do processo de extração, transformação e carga; (5) Geração dos metadados e configuração do servidor de análises; (6) Análises; (7) Testes. Como resultado, todas as fases de desenvolvimento do ambiente de Data Warehousing foram cumpridas, bem como o procedimento de avaliação junto aos gestores. De acordo com a avaliação, o sistema cumpre de forma satisfatória o seu objetivo de tomar o processo de gestão de saúde mais efetivo, flexível e produtivo. / Studies related to the enhancement on health management describe instances of success with solutions concerning the Data Warehouse (DW) implementation as a resource to facilitate and improve data quality for management on health public area. The Health Map consists of the geographical description of human resources, actions and services distribution of health offered by the Brazilian National Health System and by the private sector, taking into account the existent installed capacity, the investment, and the performance assessed from system\'s health indicators. The goal of this project is to develop a decision support toolset based on health indicators databases defined by the Health Map. This toolset consists of the planning and the Data Warehousing environrnent implementation for the integration of legacy databases, arising from documents generated by the Regional Health Care Networks and collected by the São Paulo State Health Department, hence providing for users a necessary suite of tools for complex ad-hoc queries generation with flexibility and celerity over the data contemplated by the Health Map. Development process steps are seven, namely: (1) Analysis of data defined by the Health Map and available by public sources; (2) Integrator Database modeling and implementation; (3) DW dimensional modeling; (4) Creation of the extraction, transformation and load process; (5) Metadata generation and analysis server configuration; (6) Analysis; (7) Tests. As a result, the Data Warehousing environment development process steps were completely fulfilled, as well as tests and evaluation steps along with the health managers.
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Análise de frequências alélicas de 15 marcadores STR em alunos da Faculdade de Odontologia de Bauru / Not available

Frederico, Paulo Renato de Paula 14 December 2015 (has links)
Entre as muitas aplicações das tecnologias de identificação biológica humana, estão as finalidades forenses. O objetivo desta pesquisa foi verificar frequências alélicas de Short Tandem Repeat (STR) e os parâmetros estatísticos de interesse em genética de populações e forense para desenvolver o primeiro banco de dados populacional de DNA na Faculdade de Odontologia de Bauru, Universidade de São Paulo, (FOB/USP) para futuros usos forenses. Frequências alélicas de 15 locos autossômicos e do marcador de gênero amelogenina foram determinadas utilizando amostras de 200 μL de saliva doados por 296 alunos de graduação da FOB/USP, com idade ≥ 18 anos, após aprovação ética. Os testes laboratoriais foram feitos com kits comerciais. Resultados e parâmetros estatísticos foram obtidos por meio de programas clássicos: GeneMapper-ID-X, MS Excel 2002 versão 10.6871.6870, GenAlEx 6.5 e Arlequin 3.5, comparando quatro populações (brasileira, portuguesa, norte-americana e a população deste estudo). Os locos mais polimórficos foram D18S51 (17 alelos) e FGA (15 alelos), seguidos pelo D21S11 (13 alelos) e os menos polimórficos foram D16S539 e TH01 (7 alelos cada). A análise comparativa com amostra da população brasileira proveniente de estudos anteriores (n > 100.000) pelo teste goodness of fit X2 index não mostrou diferenças significativas entre estes grupos (p = 0,9999). Outros parâmetros estatísticos foram calculados comparando as populações: local (deste estudo), portuguesa e norte-americana. A análise de variância molecular (AMOVA) entre as três populações, entre as pessoas da mesma população e para cada pessoa de cada população mostrou que existe uma elevada variância individual (99%), que esta variância é mantida uniformemente entre as pessoas da mesma amostra/região (1%) e entre as três populações estudadas (0%). O estudo confirmou o elevado grau de polimorfismo e a alta heterozigosidade (96,5%) da população. Houve diferença significativa quanto ao gênero (79,7% mulheres) quando comparado à população brasileira em geral (50,4%), explicada pelas características do corpo discente da FOB/USP composto por 80,6% de pessoas do gênero feminino. Interessante foi a observação de uma microvariante alélica no loco D18S51, fora da escada padrão e da escala de abrangência do kit, correspondente ao alelo 29, ainda não definida na base de dados internacional (STRBase, atualizada em 07/08/2015). Esta microvariante deverá ser confirmada por testes familiares e sequenciamento de DNA para verificar a possibilidade de outra ocorrência familiar ou duplicação de nucleotídeos. No futuro, os dados obtidos neste estudo devem ser incorporados ao banco de dados da população brasileira e podem ser considerados como referência genética da população regional, ajudando a elucidar casos forenses. Após a confirmação, a potencial nova microvariante alélica contribuirá para a base de dados internacional STRBase. / There are many ways of applying biological human identification technologies, among these are forensic applications. The objective of this study was to verify allele frequencies for 15 autosomal short tandem repeat (STR) loci and develop the first human DNA population database at the Bauru School of Dentistry, University of São Paulo (FOB/USP), for future forensic uses. Allele frequencies for these STR loci and an amelogenin gender marker were determined using 200 μL samples of saliva donated by 296 undergraduates from FOB/USP who were ≥ 18 years old at the time of the sample collect after signing a consent form with ethical approval. For laboratory tests, commercial kits were used. Results and statistical parameters were obtained using the following software: GeneMapper IDX (version 1.5), MS Excel 2002 (version 10.6871.6870), GenAlEx (version 6.5) and Arlequin (version 3.5) to compare four populations (Brazil, Portugal, U.S. and this study population). Results indicated that the most polymorphic loci were D18S51 (17 alleles) and FGA (15 alleles), followed by D21S11 (13 alleles); the least polymorphic loci were D16S539 and TH01 (7 alleles each). Various Brazilian populations (n > 100,000) from other studies were compared with this studys Brazilian population using a goodness-of-fit chi-squared test, and no significant differences in these frequencies were observed between these two population groups (p = 0.9999). Other forensic and population genetic statistical parameters were calculated comparing this studys population with Portugal and U.S. populations. For example, an analysis of molecular variance (AMOVA) among all populations, among people of the same population and for each person for each population, showed that people have high individual variance (99%) and that this variance is maintained evenly between people of the same sample/region (1%) and among the three populations studied (0%). This study reinforced the conclusion of other allele frequency population studies for the 15 autosomal STR loci tested, confirming high polymorphic grade and high heterozygosity (96.5%). There were significantly more women in the study (79.7%) when compared to the general Brazilian population (50.4%) since the student body of FOB/USP is 80.6% female. Interestingly, an off-ladder D18S51 allele micro-variance corresponding to the allele 29, not yet identified, was found which should be confirmed using paternity and sequencing tests to verify the possibility of either familial occurrence or nucleotide duplication. In the future, due to the small differences found, the parameters obtained in this study should be incorporated into the Brazilian population database and be considered for a regional population genetic prototype database potentially aiding forensic cases with comparisons and calculations. After confirmation, the potentially new micro variant allele found could be included in the international STRBase.
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Emprego de ferramentas de quimioinformática no estudo do perfil metabólico de plantas e na desreplicação de matrizes vegetais / Application of chemoinformatic tools in the study of plant metabolic profiles and dereplication

Oliveira, Tiago Branquinho 10 September 2015 (has links)
Com o surgimento da era computacional com especial aplicação em química, as substâncias de origem naturais puderam ter suas informações armazenadas em bancos de dados. Desta forma, surge a oportunidade de se empregar bancos de dados de produtos naturais e de algumas ferramentas de quimioinformática como os estudos de Quantitative Structure-Retention Relationship (QSRR) para acelerar a identificação de substâncias em estudos metabolômicos. Este trabalho propôs o desenvolvimento de três estudos de QSRR, bem como a construção de um banco de dados (AsterDB) com estruturas químicas da família Asteraceae e informações a elas associadas (ex.: ocorrências botânicas e taxonômicas, atividade biológica, informações analíticas etc.) para auxiliar a desreplicação de substâncias em extratos vegetais. O primeiro estudo foi elaborado com 39 lactonas sesquiterpênicas (LST) analisadas em dois diferentes sistemas de solventes (MeOH-H2O 55:45 e MeCN-H2O 35:65), três grupos de descritores estruturais (2D-descr, 3D-1conf e 3D-weigh), dois diferentes conjuntos para treino e teste (26:13 e 29:10), quatro algoritmos para seleção de descritores (best first, linear forward - LFS, greedy stepwise e algoritmo genético - GA), três diferentes tamanhos de modelos (quatro, cinco e seis descritores) e dois métodos de modelagem (mínimos quadrados parciais - PLS e redes neurais artificiais - ANN). O segundo foi desenvolvido com 50 substâncias de diferentes classes químicas com intuito de avaliar as diferenças entre substâncias analisadas individualmente e em mistura em três diferentes equipamentos e dois métodos cromatográficos. O terceiro foi elaborado com 2.635 estruturas químicas com um teste externo comum a todos os modelos (25%, n = 656), três métodos de separação para teste e treino (partição baseada na resposta e baseada nos preditores 2D e 3D), três diferentes tamanhos de modelos selecionados por GA e dois métodos de modelagem (MLR e redes neurais feed-forward com regularização bayesiana - BRNN). O banco de dados AsterDB foi desenvolvido para ser preenchido de forma gradual e atualmente possui cerca de 2.000 estruturas químicas. O primeiro estudo de QSRR gerou bons modelos capazes de estimar o logaritmo do fator de retenção (logk) das LST com P2>0,81 para o sistema MeCN-H2O. O segundo estudo mostrou que não houve diferença estatística entre as substâncias analisadas individualmente e em mistura (p-valor>0,95) e que a correlação entre os dois métodos cromatográficos e equipamentos utilizados foi reprodutível (R>0,95). Estas análises mostraram que foi possível desenvolver modelos de QSRR para um método cromatográfico e equipamento e transpô-los para outro equipamento seguindo o uso de substâncias em comum. O terceiro estudo produziu modelos com boa capacidade de predição (P2>0,81) utilizando alta amplitude de espaço químico e rigor estatístico. Conclui-se que, estas informações podem ser utilizadas como uma plataforma piloto para análises de dados com objetivo de auxiliar na desreplicação de extratos de plantas em estudos metabolômicos / After the emergence of the computing era with special application in chemistry, all substances from natural sources might have their information stored in databases. Therefore, the opportunity arises to employ natural product databases and some chemoinformatic tools such as QSRR studies to speed up the identification of substances from metabolomic studies. This paper proposes the development of three QSRR studies as well as the building of a database (AsterDB) with chemical structures from the Asteraceae family and related information (i.e.: botanical and taxonomic occurrences, biological activity, analytical information, etc.) aiming to assist the dereplication of substances in plant extracts. The first study was carried out with 39 sesquiterpene lactones (STLs) analysed using two different solvent systems (MeOH-H2O 55:45 and MeCN-H2O 35:65), three groups of structural descriptors (2D-descr, 3D-1conf, and 3D-weigh), two different sets for training and testing (26:13 and 29:10), four algorithms for selection of descriptors (best first, LFS, greedy stepwise, and GA), three different model sizes (four, five, and six descriptors) and two modelling methods (PLS and ANN). The second study was developed with 50 compounds of different chemical classification in order to assess the differences between individual and mixed compounds analysed in three different equipments and two chromatographic methods. The third was elaborated with 2,635 chemical structures with a common external test to all models (25%, n = 656), three separation methods for testing- and training-set (based on response and on 2D and 3D predictors partitions), three different sizes of models selected by GA and two modelling methods (MLR and BrNN). The AsterDB database was developed to be populated gradually and currently, it has about 2,000 chemical structures. The first QSRR study generated good models, able to estimate the logarithm of the retention factor (logk) of STLs with P2>0.81 for the MeCN-H2O system. The second study showed that there was no statistical difference between the substances analysed individually and mixed (p-value>0.95) and the correlation between the two chromatographic methods and equipments used was reproducible (R>0.95). These analyses showed that it was possible to develop QSRR models for a chromatographic method and equipment and translate them into other equipment following the use of substances in common. The third study produced models with good predictive capacity (P2>0.81) using a high range of chemical space and statistical accuracy. In conclusion, this information can be used as a pilot platform for data analysis in order to assist in plant dereplication in metabolomics studies
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Replicação assíncrona em bancos de dados evolutivos / Asynchronous Replication in Evolutionary Databases

Domingues, Helves Humberto 02 June 2011 (has links)
A modelagem evolutiva de bancos de dados é necessária devido às frequentes mudanças de requisitos das aplicações. O desafio é ainda maior quando o banco de dados tem de atender simultaneamente a várias aplicações. A solução proposta por Scott Ambler para evolução utiliza refatorações e define um período de transição, durante o qual tanto o esquema antigo quanto o novo coexistem e os dados são replicados por meio de um processo síncrono que apresenta várias dificuldades, como a interferência no funcionamento normal das aplicações. Para minimizar essas dificuldades, esta tese propõe um processo assíncrono para manter atualizados esses esquemas e apresenta um protótipo de uma ferramenta para auxiliar as evoluções dos bancos de dados. A proposta foi validada por meio de um experimento em laboratório que comparou a solução aqui apresentada com a proposta por Ambler. / Evolutionary database modeling is necessary due to the frequent changes in application requirements. The challenge is greater when the database must support multiple applications simultaneously. The solution for evolution proposed by Scott Ambler is refactoring with a transition period, during which both the old and the new database schemas coexist and data is replicated via a synchronous process, what brings several difficulties, such as interference with the normal operation of applications. To minimize these difficulties, this thesis proposes an asynchronous process to keep these schemas updated and presents a prototype tool to evolve databases. The proposal was validated by a laboratory experiment in which the solution presented here was compared with the one proposed by Ambler.
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Busca de Inibidores Naturais Contra o Veneno de Apis Mellifera / A Search for Natural Inhibithiros Against Apis mellifera Venom

Jorge, Daniel Macedo de Melo 31 October 2008 (has links)
Os insetos são os mais numerosos animais encontrados no mundo, com mais de 675 mil espécies conhecidas. Pertencentes à ordem Hymenoptera, da superfamília Apoidea, as abelhas são encontradas distribuídas em aproximadamente 20 mil espécies. No Brasil estima-se que existam 1.700 espécies. Uma das principais espécies é a Apis mellifera, com ocorrência cosmopolita. A Apis mellifera, popularmente conhecida como abelha africanizada, é agressiva, enxameia várias vezes ao ano e utiliza uma grande variedade de locais para nidificar. Esse comportamento aumenta o contato direto entre o inseto e a população, aumentando o número de acidentes. Os acidentes com abelhas representam um problema de saúde pública em diversos países do mundo pela freqüência com que ocorrem e pela mortalidade que ocasionam. O presente estudo propõe a busca por inibidores naturais contra o veneno de abelhas. Um sistema e uma base de dados foram desenvolvidos para a integração entre dados de plantas medicinais antivenenos e os venenos de abelhas. As atividades anti-hemorrágica, anti-proteolítica, anti-miotóxica, antifosfolipase e anti-edema de plantas medicinais antiveneno foram analisadas por meio de ensaios farmacológicos. As possíveis interações entre as toxinas Melitina e Fosfolipase A2 com inibidores foram avaliadas, através do docking virtual. O banco de dados, denominado Bee Venom, foi implementado e os dados de bancos de dados públicos foram inseridos no sistema. O sistema foi liberado para acesso público no endereço eletrônico http://gbi.fmrp.usp.br/beevenom/. Durante a análise da proteína Melitina foram encontradas as regiões da proteína em que os possíveis inibidores devem interagir e identificadas as propriedades químicas que os inibidores devem possuir para interagir corretamente com a Melitina. Nas análises in silico foi possível identificar 10 possíveis inibidores que interagiram corretamente com o sítio ativo da Fosfolipase A2. Algumas espécies do Banco de Germoplasma da FMRP/USP foram obtidas e utilizadas nos experimentos de atividade fosfolipásica indireta e de Edema, sendo possível observar inibição do veneno total e da proteína Fosfolipase A2. Os compostos sintéticos e inibidores avaliados não causaram inibição em todos os experimentos avaliados. Já as plantas obtidas no laboratório de Toxinas Animais e Inibidores Naturais e Sintéticos causaram inibição do veneno total e da proteína Fosfolipase A2. / Insects are the most numerous animals worldwide, with more than 675 thousand known species. Belonging to Hymenoptera order, Apoidea, superfamily, bees are found distributed in approximately 20 thousand species. In Brazil there are about 1,700 species. One of the major species is Apis mellifera, with cosmopolitan occurrence. Apis mellifera, popularly known as Africanized bee, is aggressive, swarm several times per year and uses a great variety of locals to nidificate. This behavior raises the contact between the insect and the population, increasing the accidents numbers. Bee accidents represent a public health problem in many countries because of their frequency and mortality. The present study proposes to search for natural inhibitors of bee venom. A system and a data base have been developed to integrate anti-venom medicinal plants data and bee venoms. Plants activities against venom have been evaluated by farmacological assays, such as anti-hemorraghic, anti-proteolitic, anti-myotoxicity, anti-Phospholipase and anti-edema. The possible interactions between Melittin and Phospholipase A2 toxins with inhibitors have been evaluated by virtual docking. The data base, denominated Bee Venom, was implemented and the data from public data bases have been inserted in the system. The system was released to public access in the following address http://gbi.fmrp.usp.br/beevenom/. In Melittin analysis the protein regions which the inhibitors may act have been found and also the chemical properties that the inhibitors must have to interact with Melitina have been identified. During in silico analysis it was possible to identify 10 possible inhibitors that interacted well with Phospholipase A2 active site. Some plants species from FMRP/USP Germoplam Bank have been obtained and used in the indirect Phospholipase activity and edema, being possible to observe inhibitions of total venom and Phospholipase A2 protein. The synthetic compounds and inhibitors evaluated did not cause inhibition in any experiments. However, the plants obtained on Animals Toxins and Natural and synthetic Inhibitors laboratory have caused inhibition of total venom and Phospholipase A2 protein.

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