Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Saúde Animal, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-06-22T16:09:34Z No. of bitstreams: 1 2016_JoanaMarchesiniPalma.pdf: 717853 bytes, checksum: 483a7e73a4e40dc1e60cc9b7df5b180d (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2016-07-30T12:17:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_JoanaMarchesiniPalma.pdf: 717853 bytes, checksum: 483a7e73a4e40dc1e60cc9b7df5b180d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-30T12:17:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_JoanaMarchesiniPalma.pdf: 717853 bytes, checksum: 483a7e73a4e40dc1e60cc9b7df5b180d (MD5) / Este trabalho teve como objetivo realizar a detecção de cepas de Listeria monocytogenes de cortes cárneos bovinos bem como no ambiente de abatedouros frigoríficos localizados no Distrito Federal, promover a sorotipificação pela reação em cadeia da polimerase (PCR), realizar antibiograma e submeter às cepas à eletroforese de campo pulsado (Pulsed-field gel electrophoresis - PFGE). Foram analisados um total de 125 cortes cárneos bovinos, 45 amostras de swabs de carcaças bovinas e 43 amostras de swabs em que foram detectados um total de 13 cepas de Listeria monocytogenes, sendo 11 oriundas de cortes cárneos bovinos e duas cepas oriundas deswabs de ambiente em um abatedouro frigorifico. Não foram detectadas cepas de swabs de carcaça. Dentre as 13 cepas de Listeria monocytogenes foram encontradas seis cepas do sorotipo 4b, cinco do sorotipo 1/2c e duas cepas do sorotipo 1/2a. Dentre as 11 cepas de L. monocytogenes encontradas em cortes cárneos bovino, uma (9,1%) cepa apresentou resistência a eritromicina, outra (9,1%) cepa a gentamicina e outra a ciprofloxacina (9,1%) e todas as cepas (100%) apresentaram resistência ao Ácido Nalidíxico. Das duas (2) cepas oriundas de ralos de abatedouro frigorífico, todas (100%) apresentaram resistência ao Ácido Nalidíxico e a sulfonamidas. A análise por eletroforese de campo pulsante (PFGE) demonstrou 8 diferentes pulsotipos, em que foram agrupados em 3 diferentes grupos clonais, que coincidentemente se correlacionavam com os 3 diferentes sorotipos encontrados sugerindo um ampla disseminação desses perfis no Distrito Federal. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The aim of the present work was the analysis of Listeria monocytogenes strains in beef samples as well as slaughterhouse environment, located in the Federal District, promote serotyping by polymerase chain reaction (PCR), perform antibiotic susceptibility and submit the strains to Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). A total of 125 beef samples were analyzed, 45 samples of carcasses swabs and 43 swab samples. It detected 13 strains of Listeria monocytogenes, 11 in beef samples. and 2 in slaughterhouse environmental. No carcass swabs strains were isolated. Among the 13 strains of Listeria monocytogenes, was found six strains of serotype 4b, five serotype 1/2c and two strains of serotype 1/2a. Among the 11 strains of Listeria monocytogenes found in beef, one (9.1%) strain showed resistance to erythromycin, one (9.1%) strain to gentamicin, one to ciprofloxacin (9.1%) and all strains (100%) were resistant to nalidixic acid. The two (2) strains coming from the slaughterhouse drains, all (100%) were resistant to nalidixic acid and Sulfonamides. The analysis by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) showed 8 different pulsotypes, they were grouped into three different clonal groups, which coincidentally correlated with the three different serotypes found, what suggests a widespread dissemination of these profiles in the Federal District.

O objetivo deste trabalho foi estudar a influência de bactérias dos gêneros Bacillus e Lactobacillus, bem como de seus produtos metabólicos, na redução da viabilidade celular Saccharomyces cerevisiae, quando em cultura mista de levedura e bactérias ativas e tratadas. Também foi avaliado um meio alternativo de cultivo de bactérias e leveduras, constituído de caldo de cana diluído a 5o brix e suplementado com extrato de levedura e peptona. As bactérias Bacillus subtilis, Bacillus coagulans, Bacillus stearothermophilus, Lactobacillus fermentum e Lactobacillus plantarum foram cultivadas em associação com Saccharomyces cerevisiae (cepa Y-904) por 72 h a 32oC, sob agitação. A viabilidade celular, a taxa de brotamento e a população de células da levedura, a acidez total, a acidez volátil e o pH do meio foram determinados às 0, 24, 48 e 72 h do cultivo misto. Também foi determinada a população inicial e final dos microrganismos através de plaqueamento em profundidade, em meio de cultivo tradicional (PCA para os Bacillus, MRS-agar para os Lactobacillus e YEPD-agar para S. cerevisiae) e no meio constituído de caldo de cana. As culturas de bactéria foram tratadas através do calor (esterilização em autoclave a 120oC por 20 minutos), de agente antimicrobiano (Kamoran HJ na concentração de 3,0 ppm) ou da irradiação (radiação gama, com doses de 5,0 kGy para os Lactobacillus e 15,0 kGy para os Bacillus). Os resultados mostraram que apenas os meios de cultivo mais acidificados (com maiores concentrações de acidez total e volátil, e menores valores de pH), contaminados com as bactérias ativas L. fermentum e B. subtilis, provocaram diminuição da viabilidade celular da levedura. Excetuando a bactéria B. subtilis inativada por radiação, as demais bactérias tratadas pelos diferentes processos (calor, radiação e antimicrobiano) não causaram diminuição da viabilidade celular e da população das leveduras, indicando que a presença isolada dos metabólitos celulares dessas bactérias não foi suficiente para reduzir a porcentagem de células vivas e a densidade populacional da levedura. Para todos os microrganismos, as contagens obtidas com o cultivo em meio à base de caldo de cana foram semelhantes às obtidas nos meios tradicionais, provavelmente porque o meio alternativo simula a composição do mosto de caldo de cana-de-açúcar, do qual as bactérias foram isoladas do processo industrial de produção de etanol. Sendo assim, o meio de cultivo à base de caldo de cana-de-açúcar pôde substituir os meios tradicionais de cultivo da levedura e das bactérias testadas neste trabalho. / The aim of this work was to study the influence of the bacteria Bacillus and Lactobacillus, as well as their metabolic products, in reduction of cellular viability of Saccharomyces cerevisiae, when in mixed culture of yeast and active and treated bacteria. Also was to evaluated an alternative medium (MCC) for the cultivation of bacteria and yeast, constituted of sugarcane juice diluted to 5o Brix and supplemented with yeast extract and peptone. The bacteria Bacillus subtilis, Bacillus coagulans, Bacillus stearothermophilus, Lactobacillus fermentum and Lactobacillus plantarum were cultivated in association with yeast Saccharomyces cerevisiae (strain Y-904) for 72 h on 32oC, under agitation. The cellular viability, budding rate and population of S. cerevisiae, the total acidity, volatile acidity and pH of culture were determined from 0, 24, 48 e 72 h of mixed culture. Also were determined the initial and final of microorganism population across the pour plate method, in traditional culture medium (PCA for Bacillus, MRS-agar for Lactobacillus and YEPD-agar for yeast S. cerevisiae) and in medium constituted of sugarcane juice. The bacteria cultures were treated by heat sterilization (120oC for 20 minutes), antibacterial agent (Kamoran HJ in concentration 3,0 ppm) or irradiation (radiation gama, with doses of 5,0 kGy for Lactobacillus and 15,0 kGy for Bacillus). The results of the present research showed that just the culture mediums more acids (with higher concentrations of total and volatile acidity, and smaller values of pH), contaminated with active bacteria L. fermentum and B. subtilis, caused reduction on yeast cellular viability. Except the bacteria B. subtilis treated with radiation, the others bacteria treated by different procedures (heat, radiation e antibacterial) did not cause reduction on yeast cellular viability and population, indicating that the isolated presence of the cellular metabolic of theses bacteria was not enough to reduce the percentage of the yeast live cells and a density population. For all microorganisms, the counts obtained with the cultivation medium constituted of sugarcane juice were similar obtained in traditional mediums, probably because the alternative medium simulate the composition of sugarcane must, that the bacteria were isolated in industrial process of ethanol yield. However, the culture medium constituted of sugarcane juice could be replacing traditional culture mediums of yeast and bacteria tested in this work.

O objetivo deste trabalho foi estudar a influência de bactérias dos gêneros Bacillus e Lactobacillus, bem como de seus produtos metabólicos, na redução da viabilidade celular Saccharomyces cerevisiae, quando em cultura mista de levedura e bactérias ativas e tratadas. Também foi avaliado um meio alternativo de cultivo de bactérias e leveduras, constituído de caldo de cana diluído a 5o brix e suplementado com extrato de levedura e peptona. As bactérias Bacillus subtilis, Bacillus coagulans, Bacillus stearothermophilus, Lactobacillus fermentum e Lactobacillus plantarum foram cultivadas em associação com Saccharomyces cerevisiae (cepa Y-904) por 72 h a 32oC, sob agitação. A viabilidade celular, a taxa de brotamento e a população de células da levedura, a acidez total, a acidez volátil e o pH do meio foram determinados às 0, 24, 48 e 72 h do cultivo misto. Também foi determinada a população inicial e final dos microrganismos através de plaqueamento em profundidade, em meio de cultivo tradicional (PCA para os Bacillus, MRS-agar para os Lactobacillus e YEPD-agar para S. cerevisiae) e no meio constituído de caldo de cana. As culturas de bactéria foram tratadas através do calor (esterilização em autoclave a 120oC por 20 minutos), de agente antimicrobiano (Kamoran HJ na concentração de 3,0 ppm) ou da irradiação (radiação gama, com doses de 5,0 kGy para os Lactobacillus e 15,0 kGy para os Bacillus). Os resultados mostraram que apenas os meios de cultivo mais acidificados (com maiores concentrações de acidez total e volátil, e menores valores de pH), contaminados com as bactérias ativas L. fermentum e B. subtilis, provocaram diminuição da viabilidade celular da levedura. Excetuando a bactéria B. subtilis inativada por radiação, as demais bactérias tratadas pelos diferentes processos (calor, radiação e antimicrobiano) não causaram diminuição da viabilidade celular e da população das leveduras, indicando que a presença isolada dos metabólitos celulares dessas bactérias não foi suficiente para reduzir a porcentagem de células vivas e a densidade populacional da levedura. Para todos os microrganismos, as contagens obtidas com o cultivo em meio à base de caldo de cana foram semelhantes às obtidas nos meios tradicionais, provavelmente porque o meio alternativo simula a composição do mosto de caldo de cana-de-açúcar, do qual as bactérias foram isoladas do processo industrial de produção de etanol. Sendo assim, o meio de cultivo à base de caldo de cana-de-açúcar pôde substituir os meios tradicionais de cultivo da levedura e das bactérias testadas neste trabalho. / The aim of this work was to study the influence of the bacteria Bacillus and Lactobacillus, as well as their metabolic products, in reduction of cellular viability of Saccharomyces cerevisiae, when in mixed culture of yeast and active and treated bacteria. Also was to evaluated an alternative medium (MCC) for the cultivation of bacteria and yeast, constituted of sugarcane juice diluted to 5o Brix and supplemented with yeast extract and peptone. The bacteria Bacillus subtilis, Bacillus coagulans, Bacillus stearothermophilus, Lactobacillus fermentum and Lactobacillus plantarum were cultivated in association with yeast Saccharomyces cerevisiae (strain Y-904) for 72 h on 32oC, under agitation. The cellular viability, budding rate and population of S. cerevisiae, the total acidity, volatile acidity and pH of culture were determined from 0, 24, 48 e 72 h of mixed culture. Also were determined the initial and final of microorganism population across the pour plate method, in traditional culture medium (PCA for Bacillus, MRS-agar for Lactobacillus and YEPD-agar for yeast S. cerevisiae) and in medium constituted of sugarcane juice. The bacteria cultures were treated by heat sterilization (120oC for 20 minutes), antibacterial agent (Kamoran HJ in concentration 3,0 ppm) or irradiation (radiation gama, with doses of 5,0 kGy for Lactobacillus and 15,0 kGy for Bacillus). The results of the present research showed that just the culture mediums more acids (with higher concentrations of total and volatile acidity, and smaller values of pH), contaminated with active bacteria L. fermentum and B. subtilis, caused reduction on yeast cellular viability. Except the bacteria B. subtilis treated with radiation, the others bacteria treated by different procedures (heat, radiation e antibacterial) did not cause reduction on yeast cellular viability and population, indicating that the isolated presence of the cellular metabolic of theses bacteria was not enough to reduce the percentage of the yeast live cells and a density population. For all microorganisms, the counts obtained with the cultivation medium constituted of sugarcane juice were similar obtained in traditional mediums, probably because the alternative medium simulate the composition of sugarcane must, that the bacteria were isolated in industrial process of ethanol yield. However, the culture medium constituted of sugarcane juice could be replacing traditional culture mediums of yeast and bacteria tested in this work.

In recent years, the gram positive rods have been reported with an increasing frequency as nosocomial pathogens. The recognition those microorganisms as etiological agents of serious infections, such as bacterial sepsis, endocarditis, and catheter infections, have increased, especially in imunocompromised patients. Treatment of these infections has been problematic because the increase in resistance to antibiotics. Graves and sometimes fatal clinical outcomes due to combination of clinical and microbiologic difficulties, including an inappropriate therapy, the difficulty in identifying these organism and failure to recognize their significance, have been reported. Identification of gram positive rods often causes problems. The aim of this study was to propose the serial biochemical probes to identify in comparison with the trade system API Coryne and determine the antimicrobial susceptibility of Gram positive rods isolated from different clinical specimens of patients from the University of Santa Maria Hospital. Between January and December 2005, 50 Gram positive rods strains were isolated. The organisms were identified by conventional biochemical tests and the antimicrobial susceptibility testing was performed by disk-diffusion. Blood-culture 72% (n=36) was the most frequent source. The more prevalent microorganisms were coryneforms 48% (n=24) and Bacillus species, 44% (n=22). Antibiotic susceptibility tests showed good sensibility to vancomycin, linezolid, ciprofloxacin, imipenem and meropenem. However, 6% (n=3) of microorganisms isolated were multi-drug-resistant, included vancomycin, confirmed by the E-test. In our study we demonstrated the efficiency of the suggest battery, with similar efficacy as trade system, as a tool to identification of aerobic gram positive rod isolated from clinical sources. / Os bacilos Gram positivos, nos últimos anos, têm sido relatados com crescente freqüência como patógenos nosocomiais. O seu reconhecimento como agentes etiológicos de infecções sérias, tais como, sepsis bacteriana, endocardite e infecções em cateteres têm aumentado principalmente em pacientes imunocomprometidos. O tratamento destas infecções tornou-se problemático devido à elevação de sua resistência frente aos antibióticos comercialmente disponíveis. Graves e às vezes fatais conseqüências ocorrem devido à combinação de dificuldades clínicas e microbiológicas, incluindo falha na identificação, reconhecimento de sua importância e terapia inapropriada. A identificação dos bacilos Gram positivos freqüentemente causa problemas. No período de janeiro a dezembro de 2005 foram isoladas 50 cepas de bacilos Gram positivos de pacientes atendidos no Hospital Universitário de Santa Maria. Estes microrganismos foram identificados através de uma bateria proposta de provas bioquímicas convencionais em comparação com o sistema comercial API Coryne. Para a determinação da sensibilidade a antimicrobianos foi utilizada a metodologia de discodifusão. O maior número de isolamentos foi proveniente de hemoculturas 72% (n=36). Destacaram-se os corineformes 48% (n=24), entre eles o gênero Corynebacterium, e as espécies de Bacillus 44% (n=22). As bactérias pertencentes a este estudo demostraram boa sensibilidade frente à vancomicina, linezolida, ciprofloxacina, imipenem e meropenem. Entretanto 6% (n=3) destas cepas apresentaram multirresistência aos antimicrobianos testados, inclusive à vancomicina, confirmada pelo E-test. A bateria de provas bioquímicas sugerida para a identificação dos BGPs isolados de espécimes clínicos mostrou-se eficiente, com desempenho similar ao comercial disponível, porém mais barata.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-05-31T14:47:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 678274 bytes, checksum: 035d6d898c1ba0a9d2455fe9227848d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-31T14:47:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 678274 bytes, checksum: 035d6d898c1ba0a9d2455fe9227848d8 (MD5) Previous issue date: 2008-11-19 / A finalidade deste trabalho de pesquisa foi realizar contagem dos diferentes grupos microbianos presentes em grãos de kefir de origens diferentes, verificar suas características de morfologia, identificar isolados de leveduras e avaliar o potencial do soro de kefir esterilizado por filtração em membrana MILIPORE (membrana em éster de celulose, 0,22 μm de poro, 25 mm de diâmetro) em inibir o crescimento de microrganismos patogênicos Staphylococcus aureus (ATCC 6538), Escherichia coli (ATCC11229), Salmonella typhimurium (ATCC 6539), Listeria monocytogenes (ATCC 15313) e Bacillus cereus (RIBO 1222-173-S4). O kefir é um produto lácteo fermentado feito a partir da inoculação de grãos de kefir em leite, ou parte da bebida como cultura inicializadora, resultando em um produto semelhante ao iogurte, porém com características próprias devido, principalmente, à presença de CO 2 e etanol. Sua origem é antiga, estimada em mais de 2.000 anos a.C nas montanhas da região do Cáucaso. Os grãos de kefir avaliados foram obtidos em três diferentes regiões sendo dois do estado de Minas Gerais (Viçosa e Caratinga) e um do estado de São Paulo (São Paulo). As amostras de grãos de kefir 1 (Viçosa), kefir 2 (Caratinga) e kefir 3 (São Paulo), apresentaram distribuição morfológica média em relação à proporção de cocos, bacilos e leveduras de (18%, 59% e 23%) respectivamente. As contagens dos grupos microbianos observadas nas três amostras apresentaram resultados médios em Log UFC.mL -1 para BAA (7,07), Lactobacilos (8,05), Lactococos (4,76), Leuconostoc (8,18) e Leveduras (6,55). A identificação das leveduras isoladas das amostras de grãos de kefir apresentou Cândida kefir, Cândida dubliniensis, Pichia ohmeri e Cândida zeilanoides, com classificação de identificação que variou de boa a excelente utilizando o kit API 20 AUX. Todas as amostras de kefir avaliadas apresentaram redução de no mínimo 30% no crescimento dos patógenos em relação ao controle. As maiores inibições ocorreram para a amostra de kefir (2) para o crescimento de Bacillus cereus (RIBO 1222-173-S4) (86,8%) e Salmonela typhimurium (ATCC 6539) (73,05%) e amostra do kefir (1) para o crescimento de Bacillus cereus (RIBO 1222-173-S4)(72,88%). O patógeno que sofreu maior inibição em relação às três amostras de kefir foi, Bacillus cereus (RIBO 1222-173-S4) apresentando crescimento (76,69%) menor que o controle. A inibição de Staphylococcus aureos (ATCC 6538) nas três amostras avaliadas variou de (42,80% a 69,15%), para o crescimento de Escherichia coli (ATCC 11229) a faixa de inibição foi de (30,73% a 59,89%), sendo este patógeno o que mostrou a maior diferença de inibição em relação às três amostras de kefir, Salmonela typhimurium (ATCC 6539) apresentou faixa de inibição de (44,99% a 73,05%), Listeria monocytogenes (ATCC 15313) de (41,45% a 54,18%) e Bacillus cereus (RIBO 1222- 173-S4) de (70,38% a 86,80%). Essa capacidade de inibição apresentada é interessante porque justifica a sua caracterização como alimento funcional. Alem disso, a técnica utilizada no estudo viabiliza a avaliação da bebida “in vitro”. É a primeira vez que se utiliza o soro de kefir (bebida) esterilizado em membrana para avaliar essa inibição, uma vez que, devido à presença de polissacarídeos na bebida, os testes em placas impedem a difusão para os meios de cultura inviabilizando a avaliação por essa técnica. De acordo com os resultados obtidos nesse trabalho é possível concluir que os grãos de kefir das três diferentes origens avaliadas possuem características microbiológicas diferentes e capacidade antagonística frente a diferentes patógenos variada, refletindo a necessidade de se conhecer mais a respeito dos diversos grãos que existem no Brasil e no mundo. / The purpose of this study was to count different microbial groups in kefir grains of different origins; to verify the morphological characteristics and to identify yeast strains; and evaluate the potential of kefir serum sterilized by membrane filtration through Millipore filter (cellulose ester membrane, pores 0.22 UM, diameter 25 mm) for growth inhibition of the pathogenic microorganisms Staphylococcus aureus (ATCC 6538), Escherichia coli (ATCC11229), Salmonella typhimurium (ATCC 6539), Listeria monocytogenes (ATCC 15313) and Bacillus cereus (RIBO 1222-173-S4). Kefir is a milk product fermented by the inoculation of kefir grains in milk, or of part of the milk as initiating culture, resulting in a yogurt-like product, but with proper characteristics, mainly due to the presence of CO 2 and ethanol. The origin is ancient, estimated at over 2,000 years BC from the mountains of the Caucasus region. Kefir grains from the state of Minas Gerais (Viçosa and Caratinga) and from the state of Sao Paulo (Sao Paulo) were used here. The morphological distribution of the kefir grain samples 1 (Viçosa), 2 (Caratinga) and 3 (Sao Paulo) was average in relation to the proportion of cocci, bacilli and yeasts (18%, 59% and 23%, respectively). The counts of the microbial groups of the three samples showed average performance in Log UFC.mL -1 for BAA (7.07), Lactobacilli (8.05), Lactococci (4.76), Leuconostoc (8.18) and yeasts (6.55). Yeast isolation from the kefir grains samples identified Candida kefir, Candida dubliniensis, Pichia ohmeri and Candida zeylanoides. The yeasts were classified as good to excellent by the kit API 20 AUX. All kefir samples reduced the pathogen growth by at least 30% in comparison to the control. Highest inhibition was observed in sample 2 on the growth of Bacillus cereus (RIBO 1222-173-S4) (86.8%) and Salmonella typhimurium (ATCC 6539) (73.05%) and sample 1 on the growth of Bacillus cereus (RIBO 1222-173-S4). Highest inhibition by the three kefir samples was observed in the pathogen Bacillus cereus (RIBO 1222-173-S4) with a growth reduction of 76.69% compared to the control. The inhibition of Staphylococcus aureos (ATCC 6538) in the three samples ranged from 42.80% to 69.15%, and from 30.73% to 59.89% for Escherichia coli (ATCC 11229), where the growth inhibition range induced by the three kefir samples was greatest. The inhibition range of Salmonella typhimurium (ATCC 6539) was 44.99% to 73.05%, of Listeria monocytogenes ( ATCC 15313) from 41.45% to 54.18% and of Bacillus cereus (RIBO 1222-173-S4) from 70.38% to 86.80%. This inhibition capacity is interesting since it characterizes kefir as functional food. Furthermore, the beverage can be evaluated "in vitro" by the technique used here. It is the first time the kefir serum (beverage) was sterilized in membrane to evaluate this inhibition, since, due to the presence of polysaccharides, the spread of the medium is impeded in plate tests hampering the culture evaluation by this technique. Based on the results of this study it was possible to conclude that the kefir grains from the three different origins have different microbiological characteristics and antagonistic capacity towards different pathogens, which points to the need to learn more about the various grains that exist in Brazil and around the world. / Dissertação antiga, sem ficha catalográfica.

Made available in DSpace on 2015-04-22T22:00:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pamela Campos Levy.pdf: 4863540 bytes, checksum: 820e34768b005399acf73dec3e491ae5 (MD5) Previous issue date: 2012-08-24 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Tuberculosis (TB) is an infectious disease transmitted by Koch's bacillus, or Mycobacterium tuberculosis. An estimated 1.4 million people died of tuberculosis in 2010. About 95% of these deaths occurred in developing countries, or development. In Brazil, each year are registered more than 68,000 new cases. Currently, Amazon is the Brazilian state with the highest incidence rate of the disease. a of TB diagnostic methods, adopted by the Ministry of Health is examining smear of bright field. The smear is the count of bacilli in slides containing sputum samples of the patient, prepared and stained according to the methodology standard. Over the past five years, research related to the recognition of bacilli tuberculosis, using images obtained by microscopy bright field, has been carried out with a view to automating this diagnostic method, given the fact that the number high smear tests performed by professional induce eyestrain and due to diagnostic errors. This paper presents a new method of recognition and targeting of tubercle bacilli in slides fields of images, containing pulmonary secretions of the patient, stained by Kinyoun method. From these bacilli images of pixels and background samples were extracted for training classifier. Images were automatically broken down into two groups, according with substantial content. The developed method selects an optimal set of color characteristics of the bacillus and of the background, using the method of selection climbing characteristics. These features were used in a pixel classifier, a multilayer perceptron, trained by backpropagation algorithm. The optimal set of features selected, {GI, Y-Cr, La, RG, a}, from the RGB color spaces, HSI, YCbCr and Lab, combined with the network perceptron with eighteen (18) neurons in first layer three (3) and the second one (1) in the third (18-3-1), resulted in an accuracy of 92.47% in the segmentation of bacilli. The image discrimination method in relation to automated background content contributed to affirm that the method described in this paper it is more appropriate to target bacilli images with low content density background (more uniform background). For future work, new techniques to remove noise present in images with high density of background content (containing background many artifacts) should be developed. / A tuberculose (TB) é uma doença infectocontagiosa, transmitida pelo bacilo de Koch, ou Mycobacterium tuberculosis. Estima-se que 1,4 milhões de pessoas morreram de tuberculose em 2010. Cerca de 95% dessas mortes ocorreram em países subdesenvolvidos ou em desenvolvimento. No Brasil, a cada ano são registrados mais de 68 mil novos casos. Atualmente, o Amazonas é o estado brasileiro com a maior taxa de incidência da doença. Um dos métodos de diagnóstico da TB, adotado pelo Ministério da Saúde, é o exame de baciloscopia de campo claro. A baciloscopia consiste na contagem dos bacilos em lâminas contendo amostras de escarro do paciente, preparadas e coradas de acordo com metodologia padronizada. Nos últimos cinco anos, pesquisas relacionadas ao reconhecimento de bacilos da tuberculose, utilizando imagens obtidas por microscopia de campo claro, tem sido realizadas com vistas a automatização desse método diagnóstico, em face do fato de que o número elevado de exames de baciloscopia realizado pelos profissionais induzirem a fadiga visual e em consequência a erros diagnósticos. Esse trabalho apresenta um novo método de reconhecimento e segmentação de bacilos da tuberculose em imagens de campos de lâminas, contendo secreção pulmonar do paciente, coradas pelo método de Kinyoun. A partir dessas imagens foram extraídas amostras de pixels de bacilos e de fundo para treinamento do classificador. As imagens foram automaticamente discriminadas em dois grupos, de acordo com o conteúdo de fundo. O método desenvolvido seleciona um conjunto ótimo de características de cor do bacilo e do fundo da imagem, empregando o método de seleção escalar de características. Essas características foram utilizadas em um classificador de pixels, um perceptron multicamada, treinado pelo algoritmo backpropagation. O conjunto ótimo de características selecionadas, {G-I, Y-Cr, L-a, R-G, a}, proveniente dos espaços de cores RGB, HSI, YCbCr e Lab, combinado com a rede perceptron com 18 (dezoito) neurônios na primeira camada, 3 (três) na segunda e 1 (um) na terceira (18-3-1), resultou em uma acurácia de 92,47% na segmentação dos bacilos. O método de discriminação de imagens em relação ao conteúdo de fundo automatizado contribuiu para afirmar que o método descrito neste trabalho é mais adequado para segmentar bacilos em imagens com baixa densidade de conteúdo de fundo (fundo mais uniforme). Para os trabalhos futuros, novas técnicas para remover os ruídos presentes em imagens com alta densidade de conteúdo de fundo (fundo contendo muitos artefatos) devem ser desenvolvidas.

A multirresistência aos antibióticos observada em bacilos gram-negativos é um grave problema de saúde pública devido a alta morbidade e mortalidade apresentada, especialmente em instituições assistenciais de saúde. Como consequência do intenso uso de antibióticos, a multirresistência a esses fármacos é principalmente mediada por enzimas hidrolisantes, onde destaca-se as enzimas ?-lactamases, principal mecanismo de resistência aos ?-lactâmicos verificado em bacilos gram-negativos. Os esgotos de origem hospitalar e de estações de tratamento de esgoto (ETE) são considerados como reservatórios de bactérias multirresistentes pela presença de antibióticos que as selecionam e por favorecem a transmissão de determinantes de resistência. Nesse sentido, o presente estudo objetivou avaliar a multirresistência a antibióticos e a produção de enzimas ?-lactamases em bacilos gram-negativos isolados de efluente hospitalar e da estação de tratamento de esgoto, na cidade de Ribeirão Preto, SP. No hospital terciário, amostras de esgotos foram coletadas dos ambulatórios, das enfermarias e da junção do esgoto hospitalar. Na ETE, amostras foram coletadas na caixa de entrada do esgoto bruto e após ao tratamento. Dez microlitros foram semeados em ágar MacConkey, SalmonellaShigella, Cetrimide e TCBS e a identificação dos bacilos gram-negativos foi realizada pelo kit Bactray®. O teste de susceptibilidade aos antibióticos foi realizado pelo método de discodifusão em ágar. A detecção fenotípica de bacilos produtores de ESBL foi realizada pelos testes de sinergia de disco-duplo e disco combinado com ácido clavulânico, e para detecção de isolados produtores de carbapenemases foi utilizado os testes de disco combinado com ácido fenilborônico e EDTA e o teste Blue Carba. A PCR foi utilizada para amplificação dos genes codificadores de ESBL e carbapenemases. No total, 45 bacilos gram-negativos foram isolados, sendo as espécies Klebsiella pneumoniae e Pseudomonas aeruginosa as de maiores prevalências. Ampla resistência foi verificada aos antibióticos ?-lactâmicos, sendo a resistência ao aztreonam, a cefepime e a cefotaxima mais expressiva nos isolados do esgoto hospitalar, com diferenças estatisticamente significante (p<0,05). O fenótipo multidroga resistente foi atribuído a 33,3%, nos isolados exclusivamente do esgoto hospitalar, com diferença estatisticamente significante (p = 0,0025) em relação aos isolados do esgoto da ETE. Genes de ?-lactamases foram encontrados em 35,6% das bactérias, sendo o blaKPC e blaTEM os de maiores ocorrências, ambos em 17,8% dos isolados, e os genes blaSHV e blaCTX-M em 13,3% e 8,9%. Somente em um isolado de Enterobacter cloacae no esgoto tratado da ETE foi identificado o gene blaSHV, os demais isolados portadores dos genes de ?-lactamases foram encontrados no esgoto hospitalar. Os dados obtidos neste estudo são importantes levando em consideração que no Brasil o esgoto hospitalar pode ser lançado in natura na rede coletora municipal, no entanto, acredita-se que tal permissão favorece a disseminação da multirresistência bacteriana, posto que, os resultados demonstram alta frequência de bactérias portadoras de genes de resistência a antibióticos no esgoto hospitalar estudado. Assim, a implementação do tratamento de efluentes hospitalares, especialmente os de hospitais terciários, e adicionalmente ao tratamento da ETE evitaria a propagação dessas bactérias no ambiente e de impactar negativamente os recursos hídricos / Antibiotic multi-resistance observed in Gram-negative bacilli is a serious public health problem due to high morbidity and mortality, especially in health care institutions. As a consequence of the intense use of antibiotics, multi-resistance to these drugs is mainly mediated by hydrolyzing enzymes, in which ?-lactamases, the main ?-lactam resistance mechanism observed in Gramnegative bacilli, are prominent. Hospital sewage and wastewater treatment plants (WWTP) are considered reservoirs of multiresistant bacteria by the presence of antibiotics that select these bacteria and favor the transmission of resistance determinants. In this sense, the present study aimed to evaluate the antibiotics multi-resistance and the production of ?-lactamase enzymes in Gram-negative bacilli isolated from hospital effluent and the wastewater treatment plants in Ribeirão Preto city, SP. In the tertiary hospital, sewage samples from the outpatient clinics, rooms patients and the hospital sewage junction were collected. In the WWTP, raw and treated sewage were collected. Ten microliters were seeded on MacConkey, Salmonella-Shigella, Cetrimide and TCBS agar and the identification of Gram-negative bacilli was performed by the Bactray® kit. Antibiotic susceptibility test was performed by agar-diffusion method. Phenotypic detection of ESBL-producing bacilli was performed by double-disc and discsynergy tests combined with clavulanic acid, and for the detection of carbapenemase-producing isolates the combined disk tests with phenylboronic acid and EDTA and Blue Carba test were used. PCR amplification of ESBL and carbapenemases-encoding genes was used. In total, 45 Gram-negative bacilli were isolated, and Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa being the most prevalent. Extensive resistance was verified to ?-lactam antibiotics and resistance to aztreonam, cefepime and cefotaxime was more pronounced in hospital sewage isolates, with statistically significant differences (p<0.05). Multidrug-resistant phenotype was attributed to 33.3% in isolates exclusively from hospital sewage, with a statistically significant difference (p = 0.0025) in relation to the sewage isolates from the WWTP. ?-lactamase genes were found in 35.6% of the bacteria, with blaKPC and blaTEM having the highest occurrences, both in 17.8% of the isolates, and the blaSHV and blaCTX-M genes in 13.3% and 8, 9%. Only in an isolate of Enterobacter cloacae in the treated sewage from WWTP was the blaSHV gene identified, the other isolates carrying the ?-lactamases genes were found in hospital sewage. The data obtained in this study are important considering that in Brazil the hospital sewage can be released in nature in municipal collection network, however, it is believed that such permission favors the dissemination of bacterial multi-resistance, since, the results show high frequency of bacteria carrying antibiotic resistance genes in the hospital sewer studied. Thus, the implementation of treatment of hospital effluents, especially those in tertiary hospitals, and in addition to the treatment of WWTP would prevent the spread of these bacteria in the environment and negatively impact water resources

Nas últimas décadas, a incidência de infecções hospitalares causadas por bactérias Gram-negativas multirresistentes vem crescendo de maneira vertiginosa em todo o mundo, de modo que a Organização Mundial de Saúde (OMS) recentemente reconheceu essas infecções como uma preocupação mundial devido ao seu impacto negativo sobre as taxas de mortalidade intra-hospitalar e dos custos da assistência à saúde, afetando tanto os países desenvolvidos quanto os em desenvolvimento. Atualmente considera-se que o uso racional de antimicrobianos, a higienização das mãos e o isolamento de contato são as principais medidas disponíveis para contenção desse avanço. Porém, elas são apenas parcialmente efetivas e de implementação trabalhosa e onerosa. Assim, considera-se necessário o desenvolvimento de formas mais simples e eficientes para lidar com esse problema. No presente estudo, nos propusemos a avaliar o impacto da administração de um produto simbiótico a pacientes colonizados e/ou infectados por bactérias Gram-negativas multirresistentes sobre a incidência subsequente de infecções hospitalares relacionadas ao trato respiratório e urinário. Trata-se de um ensaio clínico randomizado, duplamente cego, controlado com placebo, cuja intervenção consistiu na administração oral ou enteral diária de 1010 unidades de Lactobacillus bulgaricus e 1010 unidades de Lactobacillus rhamnosus associados a fruto-oligosacarídeos durante 7 dias, a pacientes internados em um hospital terciário, com colonização prévia por bactérias Gram-negativas multirresistentes, demonstrada por meio de cultura seletiva de swab retal. O desfecho primário do estudo foi a incidência de infecção hospitalar posterior à intervenção, que, na análise do tipo intenção de tratar foi 18/48 (37,50%) no grupo experimental e 12/53 (22,64%) no grupo controle (odds ratio ajustado=1,95, IC95%=0,69-5,50, p=0,21). Os desfechos secundários principais, também de acordo com a análise intenção de tratar, foram: o tempo de internação hospitalar; sendo a mediana de 17 dias no grupo controle e 31 dias no grupo experimental (p= 0,07), taxas de óbito; com valores de 3,77% no grupo placebo e 8,33% no grupo simbiótico (odds ratio ajustado = 1,34, IC95%= 0,454,00, p= 0,61) e ocorrência de eventos adversos; 7,55% no grupo que utilizou placebo e 6,25% no grupo sob intervenção (p= 1,00). Os dados obtidos pelo estudo nos levam à conclusão de que o simbiótico estudado demonstrou-se inefetivo na prevenção de infecções hospitalares do trato respiratório e urinário em pacientes colonizados e/ou infectados por bactérias Gram-negativas multirresistentes. / In recent decades the incidence of multidrug resistant Gram-negative nosocomial infections has been dramatically raising in the whole world. The World Health Organization (WHO) recently recognized nosocomial infections as a global concern due to its negative impact on patients, health care workers and health care institutions, affecting developed countries as well as developing ones. They negatively impact in-hospital mortality and healthcare related costs. Antibiotic stewardship, hand hygiene promotion and contact precautions are the main available measures to control such multidrug resistant Gram-negative organisms in hospitals. However, they are only partially effective as well as difficult to be implemented and expensive. Therefore, simpler and more effective actions are thought to be helpful and urgent. In the main study, we propose to analyze the impact of the administration of a symbiotic product on patients colonized and/or infected by Gram-negative multidrug resistant bacteria upon the subsequent incidence of respiratory and urinary tract nosocomial infections. A randomized, double- blinded, placebo controlled, clinical trial was proposed in order to provide oral or enteral daily administration of 1010 units of Lactobacillus bulgaricus and 1010 units of L. rhamnosus associated with fructo-oligosacharide (FOS) during 7 days, to previously colonized patients with multi-resistant Gram-negative bacteria, identified through selective culture of rectal swab, hospitalized in a tertiary-care hospital. The primary outcome was the incidence of nosocomial infections after the intervention, which in the intention to treat analysis was 18/48 (37,50%) in the experimental group versus 12/53 (22,64%) in the control group (adjusted odds ratio= 1,95, IC95%= 0,69-5,50, p=0,21). Secondary outcomes, according to intention to treat analysis, were hospital length of stay: median of 17 days in the control group and 31 days in the symbiotic group (p= 0,07), mortality rates: 3,77% in the placebo group versus 8,33% in the experimental group (adjusted odds ratio = 1,34, IC95%= 0,45 4,00, p= 0,61) and adverse effects: 7,55% in the control group and 6,25% in the intervention group (p= 1,00). The results of this study leads to the conclusion that the studied symbiotic proved to be ineffective to prevent nosocomial respiratory and urinary tract infections in patients colonized and/or infected by Gram-negative multi-resistant bacteria.

O presente trabalho visou identificar e caracterizar três cepas, BRA1, BRA3 e BRA5, isoladas do resíduo de bauxita da região Sul de Minas Gerais. Foi realizado o seqüenciamento do gene 16S RNA ribossomal utilizando dois pares de primers em que foi possível seqüenciar 1300pb de cada cepa isolada. Testes bioquímicos e metabólicos complementares foram realizados a fim de caracterizar os isolados. Os resultados indicaram que a cepa BRA1 foi identificada com 99,7% de similaridade com Bacillus cohnii e caracterizada como: Gram-positiva; redutora de nitrato, catalase, oxidase e amilase positiva; faixa de crescimento entre pH 7 e 10; tolerante às concentrações de 0 a 10% de NaCl, e; faixa de temperatura de 20 a 40ºC. A cepa BRA3 foi identificada com 99,7% de similaridade com Bacillus pseudofirmus e caracterizada como: Gram-positiva; catalase e amilase positiva; oxidase negativa e não redutora de nitrato; faixa de crescimento entre pH 7 e 10; tolerante às concentrações de 5 a 10% de NaCl, dependente do íon Na+ para crescimento, e; faixa de temperatura de 10 a 40ºC. Com os resultados da técnica de seqüenciamento, a cepa BRA5 foi identificada com 99,7% de similaridade com Bacilus clarkii e Bacillus polygoni. Após testes bioquímicos e fisiológicos, a cepa BRA5 ficou mais próxima às características bioquímicas do Bacillus clarkii, caracterizada como: Gram-positiva; catalase e oxidase positiva, redutora de nitrato e amilase negativa; faixa de crescimento entre pH 8 e 10; tolerante às concentrações de 5 a 10% de NaCl, dependente do íon Na+ para crescimento, e; faixa de temperatura de 20 a 40ºC. A utilização dos açúcares: glicose, frutose, sacarose e manitol pelas cepas foi positiva e os ácidos mais produzidos a partir das fontes de carbono foram os ácidos acético, isobutírico, isovalérico, entre outros. As cepas BRA1, BRA3 e BRA5 utilizando glicose como fonte de carbono foram capazes de diminuir o pH do meio de 10,5 para aproximadamente 9,3, 9,5 e 9, respectivamente. A identificação e caracterização dos isolados foram bem sucedidas e os resultados apresentados estão de acordo com os encontrados na literatura. / This study aimed to identify and characterize three strains BRA1, BRA3 and BRA5 isolated from bauxite residue in the Southern region of Minas Gerais. Sequencing of 16S ribosomal RNA gene was carried out using two pairs of primers, which allowed high quality sequencing of 1300pb from each isolated strain. Additional biochemical tests were conducted to characterize the strains. The results indicated that strain BRA1 was identified with 99.7% similarity with B. cohnii and characterized as: Gram-positive; positive for nitrate reduction, catalase, oxidase and amylase; growth range between pH 7 and 10; tolerant to concentrations of 0 to 10% NaCl, and; growth is observed between 20 and 40 °C. The strain BRA3 was identified with 99.7% similarity with Bacillus pseudofirmus and characterized as: Gram-positive; positive for catalase and amylase; negative for oxidase and nitrate reduction; growth range between pH 7 and 10; tolerant to concentrations of 5 to 10% NaCl, Na+ ion dependent for growth, and; growth is observed between 10 and 40 °C. In the results of the sequencing analysis, strain BRA5 was identified with 99.7% similarity with Bacillus clarkii and Bacillus polygoni. After biochemical and physiological tests, the strain BRA5 was closest to the biochemical characteristics of Bacillus clarkii, characterized as Gram-positive; positive for catalase and oxidase, non-nitrate reduction, and amylase; growth range between pH 8 and 10; tolerant to concentrations of 5 to 10% NaCl, Na + ion dependent for growth, and; growth is observed between 20 and 40 °C. The use of sugars: glucose, fructose, sucrose and mannitol was positive and the higher amount of acids produced from the carbon sources were acetic, isobutyric, isovaleric, among others. Strains BRA1, BRA3 and BRA5 using glucose as a carbon source were able to decrease the medium pH 10.5 to approximately 9.3, 9.5 and 9, respectively. The identification and characterization of isolates were successful and the results presented are consistent with those found in the literature. / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - FAPEMIG

Nas últimas décadas, a incidência de infecções hospitalares causadas por bactérias Gram-negativas multirresistentes vem crescendo de maneira vertiginosa em todo o mundo, de modo que a Organização Mundial de Saúde (OMS) recentemente reconheceu essas infecções como uma preocupação mundial devido ao seu impacto negativo sobre as taxas de mortalidade intra-hospitalar e dos custos da assistência à saúde, afetando tanto os países desenvolvidos quanto os em desenvolvimento. Atualmente considera-se que o uso racional de antimicrobianos, a higienização das mãos e o isolamento de contato são as principais medidas disponíveis para contenção desse avanço. Porém, elas são apenas parcialmente efetivas e de implementação trabalhosa e onerosa. Assim, considera-se necessário o desenvolvimento de formas mais simples e eficientes para lidar com esse problema. No presente estudo, nos propusemos a avaliar o impacto da administração de um produto simbiótico a pacientes colonizados e/ou infectados por bactérias Gram-negativas multirresistentes sobre a incidência subsequente de infecções hospitalares relacionadas ao trato respiratório e urinário. Trata-se de um ensaio clínico randomizado, duplamente cego, controlado com placebo, cuja intervenção consistiu na administração oral ou enteral diária de 1010 unidades de Lactobacillus bulgaricus e 1010 unidades de Lactobacillus rhamnosus associados a fruto-oligosacarídeos durante 7 dias, a pacientes internados em um hospital terciário, com colonização prévia por bactérias Gram-negativas multirresistentes, demonstrada por meio de cultura seletiva de swab retal. O desfecho primário do estudo foi a incidência de infecção hospitalar posterior à intervenção, que, na análise do tipo intenção de tratar foi 18/48 (37,50%) no grupo experimental e 12/53 (22,64%) no grupo controle (odds ratio ajustado=1,95, IC95%=0,69-5,50, p=0,21). Os desfechos secundários principais, também de acordo com a análise intenção de tratar, foram: o tempo de internação hospitalar; sendo a mediana de 17 dias no grupo controle e 31 dias no grupo experimental (p= 0,07), taxas de óbito; com valores de 3,77% no grupo placebo e 8,33% no grupo simbiótico (odds ratio ajustado = 1,34, IC95%= 0,454,00, p= 0,61) e ocorrência de eventos adversos; 7,55% no grupo que utilizou placebo e 6,25% no grupo sob intervenção (p= 1,00). Os dados obtidos pelo estudo nos levam à conclusão de que o simbiótico estudado demonstrou-se inefetivo na prevenção de infecções hospitalares do trato respiratório e urinário em pacientes colonizados e/ou infectados por bactérias Gram-negativas multirresistentes. / In recent decades the incidence of multidrug resistant Gram-negative nosocomial infections has been dramatically raising in the whole world. The World Health Organization (WHO) recently recognized nosocomial infections as a global concern due to its negative impact on patients, health care workers and health care institutions, affecting developed countries as well as developing ones. They negatively impact in-hospital mortality and healthcare related costs. Antibiotic stewardship, hand hygiene promotion and contact precautions are the main available measures to control such multidrug resistant Gram-negative organisms in hospitals. However, they are only partially effective as well as difficult to be implemented and expensive. Therefore, simpler and more effective actions are thought to be helpful and urgent. In the main study, we propose to analyze the impact of the administration of a symbiotic product on patients colonized and/or infected by Gram-negative multidrug resistant bacteria upon the subsequent incidence of respiratory and urinary tract nosocomial infections. A randomized, double- blinded, placebo controlled, clinical trial was proposed in order to provide oral or enteral daily administration of 1010 units of Lactobacillus bulgaricus and 1010 units of L. rhamnosus associated with fructo-oligosacharide (FOS) during 7 days, to previously colonized patients with multi-resistant Gram-negative bacteria, identified through selective culture of rectal swab, hospitalized in a tertiary-care hospital. The primary outcome was the incidence of nosocomial infections after the intervention, which in the intention to treat analysis was 18/48 (37,50%) in the experimental group versus 12/53 (22,64%) in the control group (adjusted odds ratio= 1,95, IC95%= 0,69-5,50, p=0,21). Secondary outcomes, according to intention to treat analysis, were hospital length of stay: median of 17 days in the control group and 31 days in the symbiotic group (p= 0,07), mortality rates: 3,77% in the placebo group versus 8,33% in the experimental group (adjusted odds ratio = 1,34, IC95%= 0,45 4,00, p= 0,61) and adverse effects: 7,55% in the control group and 6,25% in the intervention group (p= 1,00). The results of this study leads to the conclusion that the studied symbiotic proved to be ineffective to prevent nosocomial respiratory and urinary tract infections in patients colonized and/or infected by Gram-negative multi-resistant bacteria.