Made available in DSpace on 2015-09-25T12:23:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Iara Bezerra de Oliveira.pdf: 1487368 bytes, checksum: c1ade995803ef3483fdb1dad1f29ec47 (MD5) Previous issue date: 2014-06-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / There are several factors that influence the abundance and biomass bacterioplankton and their interactions in the plankton, among them, the inorganic and organic components, apart from the competition with phytoplankton and zooplankton predation by. Thus, the overall goal of this dissertation is to understand the dynamics of top-down and bottom-up control in bacterioplankton community structure in aquatic ecosystems located in the semiarid region. To this, were examined: i) the upward control (bottom-up) via the drivers of organic and inorganic bacterioplankton community biomass nutrients; ii) control by predation (top-down) and the competition in the semi-arid reservoirs through the relationship between communities (phytoplankton, bacterioplankton, zooplankton). Data were collected in the reservoir Poções and Camalaú, both located on the upper course of river Paraíba, Brazil. With fortnightly collections were conducted in two hydrological periods in 2012: April (dry season in the region) and June (rainy season in the region). In each shell collections occurred at two stations: Station 1- near the entrance of the main tributary (river Paraíba) and Station 2- next to the embankment of the reservoir and, at each station, water samples were collected for physical and chemical analysis and bacterioplankton, besides the realization of measures of primary productivity of phytoplankton. Zooplankton samples were collected by filtering 25 liters of water, plankton net. The data set shows that there is a positive correlation between the biomass of bacteria free and total phosphorus concentration (r 2 =0,14; p <0,05) , total nitrogen (r 2 = 0,10; p <0,05) and net primary production (r 2 = 0,14; p < 0,05) in the studied reservoirs. However, for shells with lower trophic level showed a strong negative correlation (r = -0,54; p< 0,05 ). The zooplankton groups, Rotifera and Cladocera showed a strong negative correlation with the biomass of bacterioplankton in the reservoirs of the semiarid region (r = -0,45; p< 0,05 ). The trophic status is an important factor in determining the dynamics and control of bacterioplankton community in the semiarid region reservoirs factor, where in eutrophic reservoirs considered a contole of combined (Bottom -up and Top -down) while on vessels with lesser degree occurs trophic who determines the biomass of the bacterial community is the bottom- up effect. We can conclude that the relationship between bacteria, phytoplankton and zooplankton in tropical systems are strong, but dependent on the type of aquatic system and its trophic state. Phytoplankton influences on bacterial dynamics through excretion of organic carbon and zooplankton through direct predation. In general, local factors such as availability of organic carbon, nutrients and presence of predators are sufficient to determine the structure of the microbial food web in the semiarid region systems. / Diversos são os fatores que influenciam a abundância e biomassa bacterioplanctônica e suas interações no plâncton, dentre eles, os componentes inorgânicos e orgânicos, além da competição com o fitoplâncton e a predação pelo zooplâncton. Desse modo, o objetivo geral desta dissertação é compreender a dinâmica do controle top-down e bottom-up na estrutura da comunidade bacterioplanctônica em ecossistemas aquáticos localizados na região semiárida. Para isso, foram analisados: i) o controle ascendente (Bottom-up) através dos nutrientes orgânicos e inorgânicos direcionadores da biomassa da comunidade bacterioplantônica; ii) o controle por predação (Top-down) e a competição em reservatórios do semiárido através da relação entre as comunidades fitoplanctônica, bacterioplanctônica e zooplanctônica. A amostragem foi realizada nos reservatórios de Poções e Camalaú, ambos inseridos no alto curso do rio Paraíba, semiárido brasileiro. Foram realizadas coletas com intervalos quinzenais em dois períodos hidrológicos no ano de 2012: abril (período de menor volume hídrico) e junho (período de maior volume hídrico). Em cada reservatório as coletas ocorreram em duas estações: estação 1 - próxima à entrada do principal tributário (rio Paraíba) e estação 2 - próxima ao talude do reservatório e, em cada estação, foram coletados amostras de água, para análises físicas e químicas e do bacterioplâncton, além da realização de medidas de produtividade primária do fitoplâncton. As amostras do zooplâncton foram coletas pela filtragem de 25 litros de água, em rede de plâncton. O estado trófico é um fator importante para determinar a dinâmica e o controle da comunidade bacterioplanctônica em reservatórios da região semiárida, onde, em reservatórios considerados eutróficos, ocorre um controle do tipo combinado (Bottom-up e Top-down), enquanto em reservatórios com menor grau de trofia (Camalaú) quem determina a biomassa da comunidade bacteriana é o efeito bottom-up. O conjunto de dados mostra que existe uma correlação positiva entre a biomassa de bactérias livres e a concentração de fósforo total (r 2 =0,14; p<0,05), nitrogênio total (r =0,10; p<0,05) e produção primária líquida (r 2 =0,14; p<0,05) nos dois reservatórios estudados. Porém, para os reservatórios com menor grau de trofia a produção primária líquida apresenta uma forte correlação negativa (r 2 = -0,54; p <0,05). Os grupos zooplanctônicos, Rotífera e Cladocera, apresentaram uma forte correlação negativa com a biomassa do bacterioplâncton nos reservatórios da região semiárida (r 2 = -0,45; p<0,05). Podemos concluir que as relações entre as bactérias, fitoplâncton e zooplâncton são fortes nos sistemas tropicais, mas dependentes do tipo de ecossistema aquático e seu estado trófico. O fitoplâncton parece influenciar na dinâmica bacteriana através da excreção de carbono orgânico, e o zooplâncton através da predação direta. Em geral, fatores locais como disponibilidade de carbono orgânico, nutrientes e presença de predadores são suficientes para determinar a estrutura da cadeia trófica microbiana em sistemas de região semiárida.

O uso da energia nuclear para as mais diversas finalidades tem se intensificado e destacado pelos benefícios que proporciona. A medicina diagnóstica e terapêutica, a agricultura, a indústria, a geração de energia elétrica, são alguns exemplos. Entretanto, o uso da energia nuclear gera rejeitos radioativos e estes requerem tratamento adequado para garantir a segurança ambiental e dos seres vivos. A biossorção e bioacumulação representam uma alternativa emergente, para o tratamento de rejeitos radioativos líquidos, proporcionando redução de volume e mudança de estado físico. Este trabalho teve como objetivos estudar biossorventes para promover o tratamento de rejeitos líquidos contendo Amerício-241, proporcionando redução de volume e mudando seu estado físico para sólido. Os biossorventes avaliados foram: Saccharomyces cerevisiae imobilizadas em alginato de cálcio, Saccharomyces cerevisiae livres e inativadas, alginato de cálcio, Bacillus subtilis, Cupriavidus metallidurans e Ochrobactrum anthropi. Os resultados foram bastante satisfatórios, chegando a 100 % em alguns casos. Esta técnica parece viável para a implantação no Laboratório de Rejeitos Radioativos do IPEN - CNEN/SP a curto prazo, por ser simples e de baixo custo. / The use of nuclear energy for many different purposes has been intensified and highlighted by the benefits that it provides. Medical diagnosis and therapy, agriculture, industry and electricity generation are examples of its application. However, nuclear energy generates radioactive wastes that require suitable treatment ensuring life and environmental safety. Biosorption and bioaccumulation represent an emergent alternative for the treatment of radioactive liquid wastes, providing volume reduction and physical state change. This work aimed to study biosorbents for the treatment of radioactive liquid wastes contaminated with americium-241 in order to reduce the volume and change the physical state from liquid to solid. The biosorbents evaluated were Saccharomyces cerevisiae immobilized in calcium alginate beads, inactivated and free cells of Saccharomyces cerevisiae, calcium alginate beads, Bacillus subtilis, Cupriavidus metallidurans and Ochrobactrum anthropi. The results were quite satisfactory, achieving 100% in some cases. The technique presented in this work may be useful and viable for implementing at the Waste Management Laboratory of IPEN CNEN/SP in short term, since it is an easy and low cost method.

A investigação de produtos naturais tem sido cada vez mais direcionada para o estudo de microrganismos, com destaque para aqueles do ambiente marinho. Neste trabalho foram estudadas linhagens bacterianas isoladas de tecidos da esponja Arenosclera brasiliensis, como parte de um estudo que tinha o objetivo de encontrar novas moléculas bioativas. O cultivo da linhagem bacteriana Pseudovibrio denitrificans Ab134 permitiu o isolamento e identificação de três compostos derivados de dibromotirosina, a fistularina-3 (26), o ácido verongidoico (27) e a 11-hidroxiaerotionina (28). Outros cinco compostos derivados de dibromotirosina foram detectados, em frações ainda impuras, através de análises por CLUE-qTOF e tiveram suas estruturas propostas de acordo com os íons de fragmentação observados no espectro de EMAR: aerotionina (29), um éster do ácido purpurocerático B (30), purealidina L (31) e aplisinamisina II (32). Este é o primeiro relato da produção dos derivados de dibromotirosina a partir de uma linhagem bacteriana e representa um forte indício de que tais compostos, comumente isolados de esponjas, são na verdade produzidos pela microbiota associada destes animais. O cultivo da linhagem fúngica Biatriospora sp. permitiu o isolamento e identificação de nove compostos diterpênicos da classe das fomactinas, sendo seis deles inéditos. As fomactinas são conhecidas por apresentarem potente atividade como inibidoras de receptores do PAF. As fomactinas S, P, U e I apresentaram bons resultados na inibição da ligação do PAF aos seus receptores. As fomactinas S e P foram também avaliadas em ensaio de re-população tumoral pós irradiação e foram capazes de inibir o fenômeno de re-população em concentração molar equivalente a antagonistas comerciais. Tal resultado sugere que a associação da radioterapia com antagonistas do PAF-R pode ser uma nova e eficiente alternativa terapêutica para inibição do crescimento de tumores. / Research on natural products is increasingly focusing on the study of microorganisms, especially those from the marine environment. In the present investigation, bacterial strains isolated from tissues of the sponge Arenosclera brasiliensis were studied in order to find new bioactive molecules. Cultivation of the bacterial strain P. denitrificans allowed the isolation and identification of three dibromotyrosine-derived compounds: fistularin-3 (26), verongidoic acid (27) and 11-hydroxyaerothionin (28). Another five dibromotyrosine-derived compounds were detected in still impure fractions by UPLC-qTOF analysis and had their structures proposed according to the fragmentation ions observed in the HRMS spectrum: aerothionin (29), the methyl ester of purpuroceric acid B (30), purealidin L (31) and aplisinamysin II (32). This is the first report of the production of dibromotyrosine derivatives by a bacterial strain and represents a strong indication that such compounds, commonly isolated from sponges, are actually produced by the associated microbiota of these animals. Cultivation of the fungal strain Biatriospora sp. allowed the isolation and identification of nine fomactin diterpenes, six of wich are new. Fomactins are known as inhibitors of PAF receptors. Fomactins S, P, U and I have shown good results in inhibiting the binding of PAF to their receptors. The fomatins S and P were also evaluated in the post-irradiation tumor re-population assay and were able to inhibit the re-population phenomenon at micromolar concentration equivalent to commercial antagonists. Such a result suggests that the association of radiotherapy with PAF-R antagonists may be a new and efficient therapeutic alternative in tumors.

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:37:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Everton Ricardi Lozano da Silva.pdf: 1285547 bytes, checksum: 985ef107fc92d11abb8864885e596668 (MD5) Previous issue date: 2006-03-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The objective of this research was evaluation "in vitro" the effect of fungicides and herbicides on Bacillus thuringiensis var. kurstaki (Btk). The five fungicides: epoxiconazole, fentin hydroxide, azoxystrobin, tebuconazole and carbendazim, and five herbicides: sulfentrazone, lactofen, imazethapyr, fenoxaprop and metribuzin were tested at two concentrations, on cells and spores, in nutrient agar (NA) - solid medium (SM), and in nutrient broth (NB) - liquid medium (LM), in addition to their metabolization (MT) by Btk. For cells, the phytosanitary products in NA were tested incorporated into the medium and on filter paper disks impregnated with the products. The evaluation consisted, respectively, of the number of CFU/mL and of the formation of an inhibition halo. For cells, the Bt+products+NB mixture was incubated in Erlenmeyer flasks (30± 2°C, 150rpm, 24h)an then the NB was diluted and inoculated onto NA; the number of CFU/mL was evaluated. The MT and spore tests were performed in liquid medium (water for MT and NB for spores). The effects of the products varied with the category (fungicide and herbicide), their concentrations, technique used, contact time, and developmental stage of the pathogen. The LM test is the most indicated to evaluate the effect of the products on cells. It was observed that most fungicides were compatible with cells, and only epoxiconazole and azoxystrobin were metabolized. The herbicides, independents of the concentrations, were incompatible with cells, and only sulfentrazone and imazethapyr were metabolized. Fentin hydroxide was the only product incompatible with spore / Objetivou-se comparar técnicas para a avaliação in vitro do efeito de fungicidas e herbicidas sobre Bacillus thuringiensis var. kurstaki (Btk). Foram testados cinco fungicidas: epoxiconazole, fentin hidróxido, azoxystrobin, tebuconazole e carbendazin, e cinco herbicidas: sulfentrazone, lactofen, imazethapyr, fenoxaprop e metribuzin, em duas concentrações, sobre células e esporos, em ágar nutriente (AN) - sólido (MS) e caldo nutriente (CN) - líquido (ML), além da metabolização (MT) destes por Btk. Para células, em AN os fungicidas foram testados incorporados ao meio e em discos de papel-filtro impregnados nos produtos. Avaliou-se, respectivamente, as UFC/mL e a formação de halo de inibição. Para células, a mistura Bt+produtos+CN foi incubada em erlemmeyers (30± 2°C, 150rpm, 24h), e em seguida, o meio CN foi diluído e inoculado em AN, avaliando-se o número de UFC/mL. Os testes de MT e esporos foram realizados em líquido (água para MT e CN para esporos). O efeito dos produtos variou conforme a categoria destes (fungicida e herbicida), concentrações, técnica, tempo de contato e fase/estágio do desenvolvimento do patógeno. O teste ML é o mais indicado para a avaliação do efeito em células, sendo observado que a maioria dos fungicidas mostrou-se compatível às mesmas, e apenas epoxiconazole e azoxystrobin foram metabolizados. Os herbicidas, independentes das concentrações, foram incompatíveis com as células, e somente sulfentrazone e imazethapyr foram metabolizados. Fentin hidróxido foi o único produto incompatível com esporos

O Atlântico Sul está entre os menos estudados dos oceanos, em relação às suas comunidades microbianas, apesar da importância ecológica e do interesse biotecnológico nos micro-organismos marinhos. Este potencial biotecnológico inclui a produção de enzimas como as lípases de endoglicanases, que podem ser utilizadas na produção de biocombustíveis, no processamento têxtil e na suplementação de detergentes. Neste contexto, o presente trabalho objetivou o isolamento, identificação filogenética e avaliação das atividades lipolíticas e endoglucanolíticas de bactérias cultivadas de sedimentos do leste do Oceano Atlântico Sul, e de águas da região da Elevação do Rio Grande. Para isto, oito amostras de sedimento e dezesseis de água foram coletadas em novembro de 2009 e novembro de 2011, para as referidas regiões do Oceano Atlântico Sul. Os micro-organismos foram cultivados e identificados pela análise de sequências de genes de RNA ribossômico 16S. Posteriormente, as atividades lipolíticas e endoglucanolíticas foram determinadas em ensaios em placas com diferentes substratos tais como Tween20, Tween40, Twen60, Tween80 para a atividade lipolítica, e carboximetilcelulose para a atividade endoglucanolítica. No total 212 linhagens foram isoladas e 138 foram identificadas filogeneticamente das duas áreas de estudo, em cinco classes diferentes e trinta gêneros, sendo as classes Gammaproteobacteria e Bacilli as mais freqüentes, assim como os gêneros Halomonas e Bacillus. Os sedimentos apresentaram maior diversidade em nível de espécie, enquanto que nas amostras pelágicas a diversidade foi maior em nível de gênero e classe. Dezoito linhagens isoladas parecem pertencer a espécies ainda não descritas de bactérias. As 212 linhagens foram testadas quanto às atividades enzimáticas. Mais que metade destes organismos apresentou algum tipo de atividade lipolítica, enquanto que a atividade endoglucanolítica foi restrita a dez linhagens. O método de isolamento direto em meio sólido contendo lipídeos foi o mais apropriado para a prospecção de bactérias lipolíticas. Os resultados deste trabalho atestam a necessidade de estudos sobre a microbiota marinha cultivável, bem como seu potencial para a obtenção de enzimas com uso industrial. / The South Atlantic is among the less studied oceans concerning its microbial communities, despite the ecological importance and the biotechnological interest related to marine microorganisms. In this context, the present work aimed the isolation, phylogenetic identification and evaluation of the lipolytic and endoglucanolytic activities of bacteria from sediments of the Eastern South Atlantic and waters from the Rio Grande Rise Region. For this, eight sediment samples and sixteen water samples were collected in two cruises conducted on November/2009 and November/2011 to the specified areas. Microorganisms were cultivated and identified by 16S rRNA sequences analysis. Lipolytic and endoglucanolytic activities were evaluated on plate assays with different substrates (Tween20, Tween40, Twen60, Tween80 for lypotytic activity, and carboximethilcellulose for endoglucanolytic activity). 138 bacteria were phylogenetically identified from the two studied areas in five different classes and thirty genera. The classe Gammaproteobacteria and Bacilli and the genera Halomonas and Bacillus were the most frequent identified. Higher species-level diversity was detected in sediments, but a higher genus- and class-level diversity was present on waters samples. Eighteen strains seem to belong to no yet described bacterial species. Two hundred and twelve strains were tested for the enzymatic activities. More than a half of the bacteria showed some kind of lipolysis, while the endoglucanolytic activity was restricted to ten strains. The direct isolation in solid media containg a lipidic substrate was the best method to prospect lipolytic bacteria. The results of this work attest the necessity of studies on the cultivable marine microbiota, as well as their potential for the prospection of industrially relevant enzymes.

Este estudo teve como objetivos avaliar a qualidade microbiológica de duas marcas de queijo tofu comercializadas em supermercado da cidade de Porto Alegre/RS. O queijo de soja foi primeiramente coletado e estocado refrigerado até chegar ao local de análise. Foram realizadas contagens de bactérias mesófilas, contagens e determinação de Staphylococcus coagulase positivo e negativo, contagens de coliformes a 35ºC e a 45ºC e confirmação de Escherichia coli, pesquisa de Bacillus cereus, de Salmonella sp. e de Listeria sp. Foi realizada a coleta de duas diferentes marcas, sendo um lote por mês, durante seis meses e foram analisadas cinco amostras de cada lote. Todas as amostras, de ambas as marcas, apresentaram unidades formadoras de colônia de mesófilos aeróbios acima de 4,3x105. Metade das amostras da marca A e 100% das amostras da marca B apresentaram a presença de coliformes a 45ºC e acima dos limites preconizados pela legislação e a presença de E. coli foi confirmada nestas amostras. Também foi verificado que 83% dos queijos tofu de ambas as marcas possuíam contagens de unidades formadoras de colônia para Staphylococcus coagulase positivo acima do que a legislação preconiza (RDC 12 de 2001 da Anvisa). Em nenhuma das análises realizadas foi detectada a presença de Salmonella sp., B. cereus e Listeria sp. Estes resultados mostram que os queijos analisados estão sendo comercializados com composição inapropriada de microrganismos que são potencialmente debilitantes e causadores de infecções e ou intoxicações alimentares. / The objective of this study was to evaluate the microbiological quality of two different trade-mark of tofu cheese sold in Porto Alegre/RS supermarket. The soy cheese was first collected and stored refrigerated until the performing of of the analyses. It was performed mesophilic bacteria counts, Staphylococcus coagulase positive and negative counts, coliforms counts and confirmation of the presence of Escherichia coli, also, search of Bacillus cereus, Salmonella sp. and Listeria sp. It was collected two different trade-mark during six months, one trade-mark each month, and it was analyzed five samples of each trade-mark. It was found the presence of > 4x105 units forming colonies of mesophilic bacteria in all samples of both trade-marks. Half the samples of the trade-mark A and 100% of the trade-mark B had fecal coliforms above the legal limits, and the presence of E. coli was confirmed in all those samples. It was also noticed that 83% of tofu samples, of both trade-mark, had coagulase positive Staphyloccocus counts above the legal limit (RDC 12 de 2001 Anvisa). In conclusion this study showed that the tofu of both trade-marks analyzed had higher numbers of microorganisms dangerous for human health because they could cause infections and/or food poisoning.

Orientador: Rogério de Castilho Jacinto / Coorientador: Frederico Canato Martinho / Banca: Eloi Dezan Junior / Banca: Giselle Prisiclla Cruz Abi Rached / Resumo: O objetivo deste estudo clínico foi avaliar a eficácia de dois sistemas rotatórios: HyFlex CM e ProTaper Next na remoção de bactérias cultiváveis e endotoxinas de canais radiculares infectados. Vinte e quatro canais radiculares de molares e pré-molares com necrose pulpar e lesão periapical foram selecionados e divididos aleatoriamente em 2 grupos: HyFlex CM (n = 12); e ProTaper Next (n = 12). As amostras foram coletadas antes e após o preparo biomecânico e inoculadas em frascos específicos. A irrigação foi realizada com hipoclorito de sódio a 2,5%. Um teste turbidimétrico LAL (Pyrogent 5000 - Lonza, Walkersville, MD, EUA) foi utilizado para quantificar endotoxinas. Cultura microbiológica foi utilizada para determinar a contagem de unidades formadoras de colônias bacterianas (UFC/mL). Os dados coletados foram analisados estatisticamente usando SigmaPlot 12.0 para Windows (Systat Software Inc., San Jose, CA). Foi realizado o teste estatístico de Two-Way ANOVA e o nível de significância foi de 5%. Nas coletas antes do preparo biomecânico, bactérias cultiváveis e endotoxinas foram evidenciadas em 100% das amostras. A análise de cultura revelou que não houve uma diferença estatisticamente significativa na redução bacteriana entre os dois sistemas de instrumentação. As endotoxinas estavam presentes em 100% dos canais após a instrumentação e não houve diferença estatística entre os dois sistemas na redução de endotoxinas. Assim, concluímos que ambos os sistemas de instrumentação for... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this clinical study was to compare the effectiveness of two rotary systems: HyFlex CM and ProTaper Next on the removal of cultivable bacteria and endotoxins from primarily infected root canals. Twenty-four root canals of molars and premolars with pulp necrosis were selected and randomly divided into 2 groups: HyFlex CM (n = 12); and ProTaper Next (n = 12). Samples were collected before and after the biomechanical preparation and inoculated in specific flasks. Irrigation was performed using 2.5% sodium hypochlorite. A kinetic turbidimetric lysate assay of limulus amoebocytes was used to quantify endotoxins. Microbiological culture was used to determine the count of bacterial colony forming units (CFU/mL). Data collected were statistically analyzed using SigmaPlot 12.0 for Windows (Systat Software Inc, San Jose, CA). The Two-Way ANOVA statistical test was performed and the level of significance was 5%. In the samples before the biomechanical preparation, cultivable bacteria and endotoxins were evidenced in 100% of the cases. The culture analysis revealed that there was no statistically significant difference in the bacterial reduction between the two instrumentation systems. Endotoxins were present in 100% of the canals after instrumentation, and there was no statistical difference between the two systems in endotoxin reduction. Thus, it was concluded that both instrumentation systems were effective in reducing root canal bacteria and endotoxins with primary endodont... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:05:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000437323-Texto+Completo-0.pdf: 4287591 bytes, checksum: a4736ecf5ed6c11a9d86f23c3c30d3b3 (MD5) Previous issue date: 2011 / Tuberculosis re-emerged in the mid 80s and currently about two million people die each year due to this disease. The resurgence of tuberculosis has become a threat to public health. The high susceptibility of HIV-infected patients and the proliferation of multi-drug resistant strains have created the need to develop new therapies. However, no new class of drugs against tuberculosis was developed in the last 45 years. Thus, it becomes imminent need to develop new antituberculosis agents. As purine metabolism could be implicated in mycobacterial latency the purine nucleoside phosphorylase (EC 2. 4. 2. 1) has been proposed as target for development of antibacterial drugs. PNP catalyzes the reversible cleavage in the presence of inorganic phosphate of N-ribosidic bonds of the purine nucleosides and deoxynucleosides, except adenosine. This reaction generates the purine base and ribose (deoxyribose)-1-phosphate. PNP is specific for purine nucleosides in the β-configuration and cleaves the glycosidic bond with inversion of configuration to produce α-ribose-1-phosphate. In this work PNP was crystallized in association with inosine, hypoxanthine and acyclovir, substrate, product and inhibitor, respectively, and data were collected using synchrotron radiation. In addition, molecular dynamics simulations and isothermal titration calorimetry experiments were used to provide detailed information on the dynamic properties and to investigate the profile and thermodynamic affinities of MtPNP associated with these molecules. With obtained results we hope to contribute to the search of new selective inhibitors for MtPNP, since differences between the mycobacterial and human enzyme binding sites have been also identified, making structure-based drug design feasible. / A tuberculose ressurgiu na metade dos anos 80 e, atualmente aproximadamente dois milhões de pessoas morrem por ano devido a esta doença. O ressurgimento da tuberculose tornou-se uma ameaça à saúde pública. A alta susceptibilidade dos pacientes infectados com HIV e a proliferação de cepas resistentes a múltiplas drogas têm criado a necessidade de se desenvolver novas terapias. No entanto, nenhuma nova classe de drogas contra a tuberculose foi desenvolvida nos últimos 45 anos. Deste modo, torna-se iminente a necessidade de se desenvolver novos agentes antituberculose. Como o metabolismo de purinas pode estar implicado na latência da micobactéria, a purina nucleosídeo fosforilase de Mycobacterium tuberculosis (MtPNP) (EC 2. 4. 2. 1) foi proposta como alvo para o desenvolvimento de drogas antibacterianas. A PNP catalisa a clivagem reversível, na presença de fosfato inorgânico, de ligações N-ribosídicas de nucleosídeos e desoxinucleosídeos de purina, com exceção da adenosina. Esta reação produz base púrica livre e ribose (desoxiribose)-1-fosfato. A reação se processa com inversão de configuração, de β-nucleosídeos para α-ribose-1-fosfato. Neste trabalho a PNP foi cristalizada em associação com inosina, hipoxantina e aciclovir, substrato, produto e inibidor, respectivamente, e os dados foram coletados utilizando radiação síncrotron. Além disso, a simulação por dinâmica molecular e experimentos de calorimetria por titulação isotérmica foram utilizadas para fornecer informações detalhadas acerca das propriedades dinâmicas, e investigar o perfil termodinâmico e afinidades da MtPNP associada com estas moléculas .Com os resultados obtidos nós esperamos contribuir para a busca de novos inibidores seletivos de MtPNP, já que as diferenças entre os sítios de ligação da enzima humana e de micobactéria foram identificadas, tornando viáveis projetos de desenho de drogas baseados na estrutura.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000439219-Texto+Completo-0.pdf: 722099 bytes, checksum: 87b93549e65018c129416830692d4bfc (MD5) Previous issue date: 2012 / Stenotrophomonas maltophilia is an important opportunistic and emerging pathogen commonly related to nosocomial infections and found in different environmental sources, including hospital settings. This microorganism is recognized for presenting intrinsic resistance to a range of important antimicrobials as well as to acquire resistance by horizontal gene transfer, which reduces the effective options for the treatment of infections caused by this organism. Therefore, the aim of this study was to determine the presence of S. maltophilia in the nosocomial environment and characterize the resistance of the environmental isolates, as well as clinical isolates obtained in the same hospital. Then, environmental samples were collected in the general ICU and the Unified Health System hospitalization unit of the São Lucas Hospital, Porto Alegre, Brazil. In addition, 100 clinical isolates were sent by the Clinical Pathology Laboratory of the same hospital. All samples were analyzed using a specific protocol for S. maltophilia detection by PCR developed in this study targeting 23S rRNA gene. Subsequently, the antimicrobial resistance was evaluated against ceftazidime, chloramphenicol, levofloxacin, minociclin and trimethoprim/sulfamethoxazole (TMP/SMX). The presence of integrons was verified in all isolates and those that presented reduced susceptibility to TMP/SMX was evaluated the presence of sul1 and sul2 gene, as well as was determined the plasmid profile. All isolates were submitted to detection of smf-1 gene. Among the 936 samples collected in the nosocomial environment, S. maltophilia was identified in 28.High rates of susceptibility to minocycline, levofloxacin and chloramphenicol were observed, and all of the 19 isolates that presented reduced susceptibility to TMP/SMX carried the sul1 gene, 14 of them presented class 1 integron and nine isolates showed simultaneously sul1 and sul2. All isolates that carried the sul2 gene also presented the 7. 3 kb plasmid. The smf-1 gene was detected in 31 S. maltophilia isolates. The presence of S. maltophilia in hospital environment and medical devices indicates the permanence of this microorganism in the nosocomial environment, what can constitute a risk to infection for other hospitalized patients. In addition, the data obtained in this study in relation to TMP/SMX susceptibility can suggest that the resistance to these drugs have the tendency to increase, especially due to resistance determinants to these drugs can be associated to mobile genetic elements, which may facilitate horizontal transfer and the spread of these resistance genes. / Stenotrophomonas maltophilia é um importante patógeno oportunista e emergente, comumente relacionado a infecções nosocomiais e encontrado em diferentes locais, incluindo o ambiente hospitalar. Este microrganismo é reconhecido por apresentar resistência intrínseca a uma gama importante de antimicrobianos, bem como por adquirir resistência através de transferência gênica horizontal, o que reduz as opções efetivas para o tratamento de infecções ocasionadas por este microrganismo. Desta forma, o objetivo deste estudo foi determinar a presença de S. maltophilia no ambiente hospitalar e caracterizar a resistência a drogas antimicrobianas dos isolados ambientais, bem como dos isolados clínicos obtidos no mesmo hospital. Para tanto, amostras ambientais foram coletadas na UTI Geral e no andar referente à internação pelo Sistema Único de Saúde (SUS) do Hospital São Lucas, Porto Alegre, Brasil. Além disso, 100 isolados clínicos foram cedidos pelo Laboratório de Patologia Clínica do mesmo hospital. Todas as amostras foram analisadas utilizando um protocolo de detecção específica de S. maltophilia através de PCR desenvolvido neste estudo, tendo o gene RNAr 23S como alvo. Posteriormente, foi avaliada a resistência dos isolados frente à ceftazidima, cloranfenicol, levofloxacina, minociclina e trimetoprim/sulfametoxazol (TMP/SMX). A presença de integrons foi verificada em todos os isolados e naqueles com suscetibilidade reduzida a TMP/SMX foi avaliada a presença dos genes sul1 e sul2, bem como foi determinado o perfil plasmidial. Todos os isolados foram submetidos à detecção do gene smf-1. De um total de 936 amostras coletadas no ambiente hospitalar, S. maltophilia foi identificada em 28.Foram observadas elevadas taxas de suscetibilidade à minociclina, levofloxacina e cloranfenicol e todos os 19 isolados que apresentaram suscetibilidade reduzida à combinação TMP/SMX carrearam o gene sul1, 14 destes apresentaram o integron de classe 1 e nove isolados apresentaram concomitantemente os genes sul1 e sul2. Todos os isolados que carrearam o gene sul2 apresentaram o plasmídeo de 7,3 kb. O gene smf-1 foi detectado em 31 isolados de S. maltophilia. A presença de S. maltophilia nos materiais e equipamentos hospitalares indica a permanência destas bactérias no ambiente hospitalar, podendo constituir risco para infecção de outros pacientes internados. Além disso, os dados obtidos neste estudo em relação à suscetibilidade à TMP/SMX podem sugerir que a resistência a esta combinação de drogas possa estar em ascensão, especialmente porque os determinantes de resistência a estas drogas podem estar associados a elementos genéticos móveis, o que facilitaria a transferência horizontal e a disseminação destes genes de resistência.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000437674-Texto+Completo-0.pdf: 1507951 bytes, checksum: 2f5468fe0bdb2401a723df07c96e2c43 (MD5) Previous issue date: 2011 / Acinetobacter baumannii is an important opportunistic pathogen commonly associated with nosocomial infections, especially in patients hospitalized in intensive care units (ICUs). This microorganism is renowned for its ability to survive under adverse conditions in the environment for extended periods, as well as to rapidly acquire resistance to antimicrobial drugs. Nowadays, the increasing antimicrobial resistance of A. baumannii has been a great challenge for the medical community, since there are few effective options for the treatment of infections caused by this organism. The aim of this study was to evaluate the presence of the A. baumannii from an ICU environment and to characterize the antimicrobial drug resistance of the isolates obtained, as well as of the isolates from patients in ICU of the same hospital in which it was collected environmental samples. For this, 886 environmental and gloves samples were collected from an ICU of São Lucas Hospital, Porto Alegre, Brazil, and 46 clinical isolates were obtained from the Laboratory of the same hospital. After the identification of the isolates as A. baumannii by PCR using as target 16S rDNA and blaOXA-51 genes, the resistance to 20 antimicrobial drugs and the production of metallo-beta-lactamases were evaluated in isolates presenting carbapenem reduced susceptibility. Also, it was evaluated the presence of integrons and blaOXA-23 and blaIMP genes by PCR. A. baumannii was identified in 9. 6% of environmental and glove samples collected. High percentage of multiresistant (MDR) isolates was found, as well as it was detected high rates of reduced susceptibility to carbapenems. All 89 isolates integron positive were MDR. Between isolates with reduced susceptibility to carbapenems, all presented blaOXA-23, and 41. 4% non-clinical and 54% clinical carried the blaIMP. High resistance to polymyxin B was detected, mainly in non-clinical isolates. Although high prevalence has been found in clinical and non-clinical isolates, the latter constitute a great concern, because they can indicate the hospital environment as a reservoir of MDR A. baumannii. / Acinetobacter baumannii é um importante patógeno oportunista comumente associado a infecções nosocomiais, especialmente em pacientes hospitalizados em unidades de tratamento intensivo (UTIs). Este organismo é reconhecido por sua capacidade de sobreviver em condições adversas no ambiente por períodos prolongados, bem como de facilmente adquirir resistência a drogas antimicrobianas. Atualmente, a crescente resistência antimicrobiana de A. baumannii tem constituído um grande desafio para a comunidade médica, uma vez que existem poucas opções efetivas para o tratamento de infecções causadas por este microrganismo. O objetivo deste estudo foi avaliar a presença de A. baumannii no ambiente de uma UTI e caracterizar a resistência a drogas antimicrobianas dos isolados obtidos, bem como de isolados de pacientes internados na UTI do mesmo hospital no qual as amostras ambientais foram coletadas. Para tanto, 886 amostras ambientais e de luvas foram coletadas de uma UTI do Hospital São Lucas, Porto Alegre, Brasil, e 46 isolados clínicos foram obtidos no Laboratório do mesmo hospital. Após a identificação dos isolados como A. baumannii através de PCR utilizando como alvos os genes rDNA 16S e blaOXA-51, foram determinadas a resistência a 20 drogas antimicrobianas previstas pelo CLSI e a produção de metalo-betalactamases em isolados com suscetibilidade reduzida aos carbapenêmicos. Também foi avaliada a presença de integrons e dos genes blaOXA-23 e blaIMP através de PCR. A. baumannii foi identificado em 9,6% das amostras ambientais e de luvas coletadas. Obteve-se um alto percentual de isolados multirresistentes (MDR), assim como foram detectadas alta taxas de suscetibilidade reduzida aos carbapenêmicos. Todos os 89 isolados que apresentaram integrons foram MDR. Dentre os isolados com suscetibilidade reduzida aos carbapenêmicos, todos apresentaram o gene blaOXA-23, e 41,4% não-clínicos e 54% clínicos carrearam o gene blaIMP. Alta resistência à polimixina B foi detectada, principalmente em isolados não-clínicos. Embora alta prevalência de resistência antimicrobiana tenha sido encontrada em isolados clínicos e não clínicos, os últimos constituem grande preocupação, pois podem indicar o ambiente hospitalar como um reservatório de A. baumannii MDR.