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Filogenia e perfil plasmidial de bactérias aeróbias formadoras de endósporos isoladas de solo

Orem, Juliana Capella de 05 April 2014 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2014. / Submitted by Larissa Stefane Vieira Rodrigues (larissarodrigues@bce.unb.br) on 2014-11-18T14:54:16Z No. of bitstreams: 1 2014_JulianaCapellaDeOrem.pdf: 1268500 bytes, checksum: 6af9f521d386911ca6747d4af1af37d7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-11-25T17:10:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_JulianaCapellaDeOrem.pdf: 1268500 bytes, checksum: 6af9f521d386911ca6747d4af1af37d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-25T17:10:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_JulianaCapellaDeOrem.pdf: 1268500 bytes, checksum: 6af9f521d386911ca6747d4af1af37d7 (MD5) / A endoesporulação constitui uma estratégia bacteriana de sobrevivência extremamente eficiente. Bactérias aeróbias formadoras de endósporo (Bafes) são isoladas dos mais diversos ambientes e acredita-se que essas tenham papel fundamental na ecologia destes sítios. As Bafes estão distribuídas em mais de 25 famílias e 200 gêneros dentro do filo Firmicutes que abriga bactérias em maioria Gram positivas, com baixo conteúdo G+C e parede celular muito rígida. A formação de endósporos é a característica mais marcante do filo, porém nem todas as linhagens possuem habilidade de esporular. As Bafes apresentam grande potencial biotecnológico e sua importância abrange diversas áreas como, por exemplo, médica, agrícola, ecológica e de biodefesa. Apesar da importância, as Bafes, coletivamente, são pouco estudadas. O conhecimento que existe hoje sobre esses microrganismos é extrapolado a partir do estudo de espécies individuais, notadamente o Bacillus subtilis e B. cereus e espécies relacionadas. Neste trabalho, foi avaliada a diversidade de Bafes isoladas de solo do Distrito Federal, por meio de filogenia baseada na comparação de sequências de genes rRNA 16S e do perfil plasmidial. O trabalho foi realizado com 45 linhagens denominadas SDF que fazem parte do acervo da coleção CBafes do Laboratório de Microbiologia/ LaBafes da UnB. Os dados obtidos durante a realização deste trabalho indicam uma grande diversidade entre as linhagens ambientais. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The endosporulation process is an extremely efficient strategy for bacterial survival. Aerobic endospore forming bacteria are isolated from the most diverse environments and it is likely that they play a major role in the ecology of those sites. These bacteria are allocated in more than 25 families and 200 genera within the Phylum Firmicutes. Most of the bacteria allocated in this Phylum stain Gram positive, have low G+C content and a very thick cell wall. The endosporulation is the main feature of the Phylum, but the ability to form spores is not present in all lineages. The aerobic endospore forming bacteria have great biotechnological potential and are of great importance to medical, agricultural, ecological and biodefense fields. Despite of their importance, there is little investigation on aerobic endospore forming bacteria. The present knowledge about them is extrapolated from studies on individual species, like Bacillus subtilis, B. cereus and related species. In this work it was assessed the diversity of aerobic endospore forming bacteria, isolated from Distrito Federal soil, by phylogeny based on comparison of 16S rRNA genes sequences and also by plasmid pattern. This study was performed with 45 lineages called SDF that belong to the collection of the Microbiology Laboratory/LaBafes of UnB. The data obtained in this work indicate a great diversity among the environmental lineages.
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Ultraestrutura e termorresistência de esporos e identificação de proteínas de bactérias aeróbias de solo do Distrito Federal

Cavalcante, Danilo de Andrade 10 April 2014 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2014. / Submitted by Cristiane Mendes (mcristianem@gmail.com) on 2014-11-20T18:58:01Z No. of bitstreams: 1 2014_DaniloDeAndradeCavalcante.pdf: 5572777 bytes, checksum: 480a0fa7c84d6ddba2d4bad240ad23a5 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2014-11-21T13:59:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_DaniloDeAndradeCavalcante.pdf: 5572777 bytes, checksum: 480a0fa7c84d6ddba2d4bad240ad23a5 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-21T13:59:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_DaniloDeAndradeCavalcante.pdf: 5572777 bytes, checksum: 480a0fa7c84d6ddba2d4bad240ad23a5 (MD5) / O solo é considerado o maior reservatório de bactérias aeróbias formadoras de endósporos (Bafes). Essas linhagens apresentam importância microbiológica e potencial biotecnológico em diversas áreas como a médica, agrícola, ecológica e de biodefesa. As Bafes estão distribuídas taxonomicamente dentro do filo Firmicutes, que abriga bactérias, em maioria, Gram positivas, com baixo conteúdo G+C e parede celular muito rígida. De um modo geral, o conhecimento atual sobre essas bactérias é limitado as espécies modelo, notadamente, o Bacillus subtilis, em adição aos B. cereus, B. thuringiensis e B. athracis. Estudos clássicos envolvendo esporos bacterianos investigados por microscopia eletrônica de transmissão revelaram a complexa ultraestrutura destas células. Essas características estruturais motivaram investigações para compreender como a estrutura é montada de modo a resultar no dispositivo celular mais resistente conhecido. Esses dados possibilitaram direcionar estudos evolutivos relacionados com as diferenças fenotípicas em um tipo celular supostamente preparado para resistir a estresses ubíquos, tanto de natureza física, quanto química. Durante este trabalho, o número de linhagens ambientais da Coleção de Bafes (CBafes) do Laboratório de Microbiologia/LaBafes da UnB foi ampliada em 125 linhagens e avaliada quanto a diversidade. Os esporos de dezenove linhagens de solo do DF (SDF) e a linhagem de Bacillus spp. FT9, também, parte do acervo, foram caracterizadas quanto à ultraestrutura, por microscopia eletrônica de transmissão e termorresistência, por calor úmido. Biomoléculas, como peptídeos e proteínas, produzidas durante o ciclo celular dessas linhagens também foram identificadas e analisadas quanto ao grau de pureza, por análises espectroscópicas e espectrometria de massa (MALDI-TOF). Os resultados obtidos, embora preliminares, reforçam a diversidade presente nas linhagens da CBafes, não somente dentro de uma visão taxonômica, como também quanto ao potencial de exploração biotecnológica e abertura para várias linhas de pesquisa. / Soil is considered the greatest aerobic endospore-forming bacteria (Aefbs) reservoir. These lineages present microbiological importance and biotechnological potential in diverse fields such as medical, agricultural, ecological and biodefense. Aefbs are widely distributed within the phylum Firmicutes, which houses mainly Gram-positive bacteria, presenting low G+C content, and rigid cell wall. Generally, the current knowledge regarding these species is limited to some model lineages, notably, Bacillus subtilis in addition to B. cereus, B. thuringiensis, and B. anthracis. Classic studies involving bacterial spores investigated by transmission electron microscopy revealed the complex ultrastructure of these cells. These structural characteristics have motivated investigations to understand how this structure is assembled to result in the most resistant living cell ever known. These data impelled evolutionary studies related to phenotypic diversions in a cell type supposed to be prepared to resist to both physical and chemical ubiquitous stresses. During this work the number of environmental lineages within the Aefbs Collection (CBafes) from the Aefbs Laboratory’ (LaBafes UnB) was increased by 125 lineages and assayed for diversity. Spores from nineteen selected DF soil lineages (SDFs) and the Bacillus spp. lineage FT9 were further investigated regarding ultrastructure, by transmission electron microscopy and thermoresistance, by wet-heat. Biomolecules such as peptides and proteins produced during SDFs cell cycles were also identified and inspected concerning the degree of purity, by spectroscopy analysis and mass spectrometry (MALDI-TOF). Though preliminary, these results enhance the knowledge on the diversity presented by the SDF lineages both from a taxonomic view and regarding the biotechnological potential. Taken together these data represent a whole new research line in the spore-forming biology.
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Estudo de bacterias aceticas de usina de açucar e alcool

Maeda, Alfredo Hitoshi 30 April 1997 (has links)
Orientador: Silvia Yuko Eguchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-22T14:28:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maeda_AlfredoHitoshi_M.pdf: 3409883 bytes, checksum: a7a2529cd543e1ba8cb8f9b6d5fb05ce (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: Bactérias acéticas do gênero Acetobacter foram identificadas em Usina de Açúcar e Álcool. Do total de 32 linhagens classificadas como Acetobacter sp, 11 (34,37 %) foram isoladas da peneira do "Cush-Cush", 3 (9,38 %) foram isoladas da parede do tanque de coleta do caldo de cana recém peneirado no "CushCush", 15 (46,87 %) foram isoladas do caldo de cana recém peneirado e 3 (9,38 %) foram isoladas da parede do Separador. As linhagens identificadas como bactérias acéticas foram testadas quanto a capacidade fermentativa em processo descontínuo. A taxa específica de produção de ácidos e a produtividade foram analisadas a partir das curvas de crescimento celular e de produção de ácidos. As linhagens Acetobacter sp CCT 2910, CCT 2023 e CCT 2924 apresentaram altas taxas de produção de ácidos, após 48 horas de fermentação, e as melhores taxas específicas de produção de ácidos e produtividades entre as cepas estudadas neste trabalho / Abstract: Acetic acid bacteria of the Acetobacter genus have been identified at the sugarcane mill, in ethanol plants. Out of a total of 32 strains, classified as Acetobactersp., 11 (34,37 %) have been isolated in the Cush-Cush sieve, 3 (9,38 %) have been isolated from the collect tank walls of the newly filtered sugar juice in the Cush-Cush, 15 (46,87 %) have been isolated from newly filtered sugar cane and 3 (9,38 %) have been isolated from the Separator. The strains identified as acetic acid bacteria have been tested as for their fermenting capacity in a discontinued processo The specific rate of acid production and productivity have been analysed based on the cell growth chart and acid production. The CCT 2910, CCT 2023 and CCT 2924 Acetobacter sp. strains have showed high acid production rates after 48 hours of fermenting and the best specific rates of acid production and productivity among of the strains studied in this paper / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos
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Biblioteca de perfis moleculares de bactérias aeróbias formadoras de endósporos obtidos por espectrometria de massa MALDI-TOF, com sistema de qualidade

Bezerra, Flávia Porto Carreiro Araújo 16 June 2015 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-02-29T16:53:19Z No. of bitstreams: 1 2015_FláviaPortoCarreiroAraújoBezerra.pdf: 4160441 bytes, checksum: 05cc8a02394f7c51e1842e9e9457b250 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-03-04T11:45:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_FláviaPortoCarreiroAraújoBezerra.pdf: 4160441 bytes, checksum: 05cc8a02394f7c51e1842e9e9457b250 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-04T11:45:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_FláviaPortoCarreiroAraújoBezerra.pdf: 4160441 bytes, checksum: 05cc8a02394f7c51e1842e9e9457b250 (MD5) / Bactérias aeróbias formadoras de endósporos (Bafes) possuem a capacidade de se diferenciarem em esporos notavelmente resistentes e apresentarem grande diversidade fisiológica, características que conferem importância ambiental, biotecnológica e sanitária, entre outras. A Coleção de Bafes (CBafes) compreende 154 linhagens (SDF) selvagens de Bafes isoladas do solo do Distrito Federal, Brasil, analisadas segundo abordagem polifásica, que envolve a caracterização fenotípica, genotípica, complementada por análises filogenética. Pela capacidade de resolução em nível de espécies, a espectrometria de massa MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption/ionization - time of flight mass spectrometry) foi, recentemente, adotada pelo Laboratório de Bafes (LaBafes) como técnica adicional na identificação e comparação de linhagens SDF. O presente projeto foi desenvolvido com a finalidade de estabelecer bases organizacionais e metodológicas, abalizadas em um sistema de Qualidade, para a construção de um banco de dados de perfis moleculares (biblioteca) suplementar à plataforma padrão de microrganismos do programa MALDI–Biotyper (Bruker Daltonics). A construção da biblioteca foi motivada pelos resultados iniciais da análise de doze estirpes por MALDI–TOF IC (do inglês: intact cell) MS e MALDI–Biotyper, que não apresentaram segura identificação em nível de espécie. A obtenção dos perfis de massa molecular foi realizado utilizando o extrato proteico de 55 linhagens, incluindo as doze iniciais. Apesar de ter ocorrido uma falha na aquisição dos perfis moleculares de dez estirpes, para a maioria obteve–se uniformidade de cultivos e boa reprodutibilidade dos espectros. Foram encontrados 30 picos correspondentes entre os perfis de massa de sete estirpes obtidos por ambas as técnicas. O objetivo de adquirir 24 espectros com elevação da linha de base inferior a 30%, para o cálculo do espectro principal, não foi alcançado para nenhuma das estirpes, contudo, as variáveis interferentes foram identificas. De 46 estirpes SDF analisadas pelo MALDI-Biotyper, 26 foram identificadas como pertencentes ao gênero Bacillus, Lysinibacillus, Brevibacillus ou Paenibacillus. Os resultados foram corroborados por resultados obtidos em paralelo por nosso grupo, tais como aqueles baseados em sequências de rDNA 16S de estirpes SDF. Porém, as análises fenotípicas, incluindo estudos da ultraestrutura de esporos, revelam maior diversidade intraespecífica. As etapas pré-analíticas foram estabelecidas, embora ainda necessitem de pequenos ajustes e estudos adicionais, que serão implementados, futuramente, para possibilitar a resolução de estirpes estreitamente relacionadas por MALDI–TOF MS. / Aerobic endospore-forming bacteria (AEFB) are capable of differentiating into remarkably resilient spores and have great physiological diversity, which provides environmental, biotechnology and health importance. The AEFB Collection (AEFBC) comprises 154 wild-type lineages isolated from soil of the Federal District, Brazil, which are being inspected on polyphasic approach involving phenotypic, genotypic, and phylogenetic characterization. For the resolution capability at species level, MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption / ionization - time of flight mass spectrometry) was recently adopted by Aerobic endospore-forming bacteria Laboratory (LaBafes) as an additional technique in identification and comparison between SDF strains. This project was developed in order to establish organizational and methodological bases authoritative in a Quality Assurance System, for the construction of a supplementary molecular profiles database (library) to the standard platform of microorganisms of MALDI-Biotyper program containing about 6,000 species of microorganisms (Bruker Daltonics), motivated by the initial results of twelve strains analyzed by IC (intact cell) MALDI-TOF MS and MALDI-Biotyper, with no secure identification at the species level. The attainment of the molecular weight profiles of the library was performed using the protein extract 55 strains, including the initial twelve strains. However, no molecular profiles for ten strains could be obtained. However, it was obtained uniformity of crops and reproducible spectra for most of the strains. Thirty peaks, obtained by both techniques, were found among the mass profiles of seven strains. The goal of obtaining 24 spectrums with elevated baseline less than 30% relative intensity has not been reached for any of the strains. Nevertheless, interfering variables were identified. From 46 SDF strains analyzed by MALDI-Biotyper, 26 were identified as belonging to the genus Bacillus, Lysinibacillus, Brevibacillus, or Paenibacillus. These results were corroborated by our results based on 16S rDNA sequences of SDF strains. However, the phenotypic analyzes, including spores ultrastructure studies reveal greater intraspecific diversity. The pre-analytical steps of this study were established, requiring minor adjustments. Further studies will be implemented to enable the resolution of closely related strains by MALDI-TOF MS for future approaches.
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Taxonomia molecular de Bacillus entomopatogenicos

Kaji, Denise Akiko 18 August 1993 (has links)
Orientador : Vanderlei Perez Canhos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-18T15:49:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kaji_DeniseAkiko_D.pdf: 5928225 bytes, checksum: 2d2fec6671a89cddc1769763cf34ecc3 (MD5) Previous issue date: 1993 / Resumo: Foi efetuado um estudo taxômico de 15 isolados entomopatogênicos de mostras de solos e insetos do Brasil com características de bactérias aeróbias, formadoras de endosporos e presença de cristal. Treze isolados acarretaram 100 % de mortalidade a larvas de Aedes fluviatilis em leituras observadas a 24 h. Os resultados dos testes de caracterização morfológica, bioquímica e fisiológica indicaram que 14 isolados pertencem a espécie Bacillus thuringiensis (B.t.) enquanto que o 15° foi determinado como Bacillus sphaericus (B.s.). Através dos perfis eletroforéticos de proteínas totais 11 B.t. isolados foram identificados como subespécie israelensis (sorotipo H-14, incluindo duas linhagens não sorotipadas), 1 como kurstaki (soro tipo H3a, 3b) e 1 como morT!isoni (sorotipo H8a, 8b). As linhagens de B. thuringiensis subsp. israelensis (B.t.i.) formaram um grupo homogêneo distinto das linhagens de referências tóxicas. a lepidópteros e coleópteros. O isolado identificado como B. sphaericus demonstrou alta similaridade com a linhagem 2362 através de testes de atividade larVicida; fagotipagem (fagotipo 3) e sorologia (H5). Os 11 isolados identificados como B.t.i. pela sorologia e/ou perfIS eletroforéticos de proteínas totais não apresentaram polimorflsmo quanto aos fragmentos de restrição, quando foram utilizadas sondas do gene 16S rRNA e do cristal de B.t.i.. A sonda do gene toxigêniro de B.t.i. demonstrou ser bastante específica para a subespécie israelensis, não apresentando hibridizaçóes Com outras subespécies. O gene do cristal de B.t.i. de referência IPS82 e isolados identificados como B.t.i. foram amplificados através da reação em cadeia da polimerase (PCR), digeridos com Sau3AI e separados por eletroforese. Os perfis de restrição destes fragmentos foram idênticos. Esses resultados indicam que os B.t.i. isolados no Brasil formam uni grupo. homogêneo e de organização genética bastante conservada. Outras 28 linhagens de referência representando 12 subespécies de B.t. com 9 sorotipos diferentes, 4 B. cereus e 4 B. anthracis foram incluídas na análise do perfil de hibridização com o gene 16S rRNA Os dados obtidos mostraram correspondência com os testes de sorologia (DE BARJAC & FRACHON, 1990) e a taxonomia numérica (PRIEST et ai., 1988) / Abstract: Fifteen bacterial isolates from Brazilian soil and insects with aerobic, endospores and crystal characteristics were taxonomically analysed. Thirteen strains were shown to be pathogenic to Aedes fluviatilis larvae causing 100 % mortality in 24 hours and two strains were non-pathogenic. The results of morphological, biochemical and physiological tests indicated that 14 strains belong B. thuringiensis (8.t.) while the remaining strain was identified as B. sphaericus. Electrophoresis ofwhole celI protein patterns helped in the identification of eleven isolates as israelensis (serotype H-14, including two non-serotypable strains), 1 as kurstaki (serotype H3a, 3b) and 1 as morrisoni (serotype H8a, 8b). Moreover, it was shown that alI B. thuringiensis subsp. israelensis (8.t.i.) strains. formed a homogenous group distinct from reference strains toxic for Lepidoptera or Coleoptera. The isolate identified as B. sphaericus presented high similarity with strain 2362 by larvicidal tests, phagotyping (group 3) and serotyping (H5). The is.olates identified as subspecies israelensis by serology and/or electrophoresis of whole cell proteins patterns showed the same patterns using restriction fragments length polymorphisms (RFLPs) analysis with the 16S rRNA and the crystal gene of B.t.i. as probes. The crystal gene of B.t.i. used as the probe was specific only to the subspecies israelensis. The crystal gene of B.t.i. reference (IPS82) and isolated strains of B.t.i. were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR), digested with Sau3AI and electrophoresed in agarose gel. The restriction fragment patterns obtained were identical. It confirmed as stated above that the B.t.i. isolates used in this study are a highly homogenous group with a conserva tive. genetic organization. Furthermore, 28B.t. reference strains representing 12 subspecies (with 9 different serotypes), 4 B. cereus and 4. B. anthracis were compared with regard to their ribosomal RNA gene restriction patterns. The results obtained match the serological tests (DEBARJAC & FRACHON, 1990) and numerical taxonomy studies (PRIEST et al., 1988). The results in this study suggest that the techniques could be an altemative to serological tests / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos
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Caracterização química e atividade biológica de extratos etanólicos de Curcuma longa e Bixa orellana /

Guedes, Juliana Campos Diniz January 2019 (has links)
Orientador: Elisa Helena Giglio Ponsano / Resumo: O objetivo deste estudo foi investigar a composição química e as atividades antimicrobiana e antioxidante dos extratos etanólicos de Curcuma longa e Bixa orellana, na busca por substituintes aos aditivos sintéticos utilizados na indústria de alimentos. Pela espectrometria de massa (GC-MS) foram identificados bisdemetoxicurcumina, demetoxicurcumina e curcumina no extrato de C. longa e prunina e naringenina no extrato de B. orellana. C. longa apresentou atividade antimicrobiana frente a Clostridium sporogenes e Staphylococcus aureus, com concentração bactericida mínima (CBM) de 25 mg/mL e 156 µg/mL, respectivamente. O extrato de B. orellana apresentou CBM de 50 mg/mL para C. sporogenes e 625 µg/mL para S. aureus. Nenhum dos extratos apresentou atividade bactericida para Escherichia coli e Salmonella Typhimurium. A atividade antioxidante dos extratos foi evidenciada pelos métodos Poder Antioxidante por Redução Férrica (FRAP) e Capacidade de Absorção do Radical Oxigênio (ORAC). O extrato de B. orellana apresentou maior atividade antioxidante pelos métodos FRAP e ORAC (277,70 e 455,17 mM trolox equivalente/g, respectivamente) do que o extrato de C. longa (129,74 e 217,98 mM trolox equivalente/g, respectivamente). Os efeitos biológicos dos extratos etanólicos de C. longa e B. orellana revelados no presente estudo apontaram seu potencial para a utilização na indústria de alimentos como uma alternativa aos aditivos sintéticos. / Abstract: The objective of this study was to investigate the chemical composition and the antimicrobial and antioxidant activities of Curcuma longa and Bixa orellana ethanolic extracts, in the search for alternatives to the synthetic additives used in the food industry. Mass spectrometry (GC-MS), identified bisdemethoxycurcumin, demethoxycurcumin and curcumin in the extract of C. longa and prunin and naringenin in the extract of B. orellana. C. long showed antimicrobial activity against Clostridium sporogenes and Staphylococcus aureus, with a minimum bactericidal concentration (MBC) of 25 mg/mL and 156 μg/mL, respectively. MBC of B. orellana extract was 50 mg/mL for C. sporogenes and 625 μg/mL for S. aureus. None of the extracts showed bactericidal activity against Escherichia coli and Salmonella Typhimurium. The antioxidant activity of the extracts was evidenced by the methods Iron Reduction Antioxidant Power (FRAP) and Oxygen Radical Absorption Capacity (ORAC). B. orellana extract had higher antioxidant activity by FRAP and ORAC (277.70 and 455.17 mM trolox equivalent/g, respectively) than C. longa extract (129.74 and 217.98 mM trolox equivalent/g, respectively). The biological effects of C. longa and B. orellana ethanolic extracts revealed in this study indicated their potential as an alternative to synthetic additives used in the food industry. / Mestre
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Identificação de bactérias não fermentadoras isoladas de pacientes com fibrose cística e em hemoculturas de pacientes internados no HC da Unicamp / Identification of non fermentative bacteria isolated from patients with cystic fibrosis and from blood cultures of hospitalized patients at Hospital de Clinicas Unicamp

Carvalho Filho, Élio Barreto, 1984- 03 May 2015 (has links)
Orientador: Carlos Emílio Levy / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-27T01:21:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarvalhoFilho_ElioBarreto_M.pdf: 1484872 bytes, checksum: da445ed854a5a8f11143d06dd28aab5c (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Introdução: Bacilos gram-negativos não fermentadores (BGN-NFs) são microrganismos que se caracterizam pela incapacidade de utilizar a glicose como fonte de energia pela fermentação, degradando-a pela via oxidativa. A identificação dos BGN-NFs continua sendo um desafio para os laboratórios de rotina em microbiologia pela dificuldade de identificação, em virtude, da baixa ocorrência em amostras ambulatoriais, assim como, pela falta de recursos rápidos, eficientes e pela complexidade e alto custo dos testes de identificação. Estes microrganismos têm importância clínica para pacientes imunocomprometidos com infecções sistêmicas e pacientes com Fibrose Cística, com infecções oportunistas pulmonares. Nosso objetivo foi utilizar técnicas fenotípicas e de espectrometria de massas para identificar BGN-NFs pouco frequentes isolados em amostras clínicas de pacientes com FC e de pacientes internados no Hospital de Clínicas-Unicamp. Método: Foram analisados 71 isolados de amostras clínicas recuperadas do Banco de bactérias do Laboratório de Microbiologia do HC-Unicamp, envolvendo Chryseobacterium indologenes, Elizabethkingia meningoseptica, Cupriavidus pauculus, Ochrobactrum anthropi, Ralstonia pickettii, Ralstonia mannitolilytica, Ralstonia insidiosa, identificados por técnicas fenotípicas (provas bioquímicas manuais padronizadas pelo Laboratório de Microbiologia [método fenotípico manual] e automatizadas pelo Vitek®2, Phoenix¿) e por espectrometria de massa MALDI-TOF MS (BioMerieux®) e MALDI BD (Becton& Dickson®). Para 41 isolados de Ralstonia spp e Ochrobactrum anthropi estes métodos também foram comparados com PCR, pois não foram encontrados oligonucleotídeos específicos para os demais BGN-NFs estudados. Resultados: pelo método Fenotípico Manual foi possível identificar ao nível de espécie 54,9% dos isolados, apenas gênero 19,7% e 25,4% não puderam ser identificados. Houve uma baixa concordância entre as técnicas Fenotípica Manual e a Automatizada Vitek®2, sendo de 50,7%, quando considerada a concordância pelo menos ao nível de gênero. A maior concordância verificou-se entre os dois equipamentos de MALDI-TOF, de 87,3%, quando considerada a concordância pelo menos ao nível de gênero. Discussão: Quando comparamos todos os métodos utilizados para identificação dos 71 isolados encontramos uma concordância simultânea de 23,9% (17/71), quando considerado pelo menos ao nível de gênero e apenas 2 (2,8%) ao nível de espécie. Quando comparamos os métodos Fenotípico Manual, Vitek®2, Phoenix®, MALDI MS, MALDI BD e incluindo PCR para a identificação de 41 amostras de Ralstonia spp e Ochrobactrum anthropi, encontramos uma concordância simultânea de 19,5% (8/41) quando considerado pelo menos ao nível de gênero e 2 (2,8%) de espécie. Possíveis justificativas para a baixa concordância entre as metodologias seriam a diversidade de princípios, de acurácia e de bancos de dados dos métodos. Conclusão: É muito baixa a concordância entre as diferentes metodologias utilizadas, sendo que os equipamentos de MALDI-TOF possuem entre si uma correlação muito boa para identificação de BGN-NFs, porém mostram-se discordantes aos níveis de confiança dos resultados. Foi encontrada uma importante limitação na PCR apresentando reação cruzada com gêneros testados, sugerindo não ser confiável para este fim. Para os gêneros estudados e as metodologias empregadas, a discordância dos resultados sugerem cautela pela possibilidade de erro de identificação / Abstract: Introduction: Gram-negative non-fermenting (GN-NFB) are microorganisms that are characterized by the inability to use glucose by fermentation as an energy source, degrading it by the oxidative pathway. The identification of BGN-NFS remains a challenge for the routine of microbiology laboratories, due to the low occurrence in outpatient samples, the lack of fast and efficient resources and the complexity and high cost of the tests. These microorganisms are clinically important for immunocompromised patients with systemic infections and patients with Cystic Fibrosis, with opportunistic pulmonary infections. Our goal was to use phenotypic and mass spectrometry techniques to identify uncommon GN-NFB isolated in samples from CF patients and patients admitted to the Hospital de Clinicas Unicamp. Method: 71 isolates recovered from clinical specimens were selected from the from the Microbiology Laboratory bacteria collection, previously identified by fenotipic methods as Chryseobacterium indologenes, Elizabethkingia meningoseptica, Cupriavidus pauculus, Ochrobactrum anthropi, Ralstonia pickettii, Ralstonia mannitolilytica, Ralstonia insidiosa. The samples were identified by in house Phenotypic manual method, automated by Vitek®2, by Phoenix¿ and MALDI-TOF mass spectrometry MS (BioMerieux®) and MALDI BD (Becton Dickson®). These methods were also compared to PCR for only 41 isolates of Ralstonia spp and Ochrobactrum anthropi, because they were not found specific primers for the other GN-NFB analised. Results: the phenotypic Manual method identified to species level 54.9% of the isolates, 19.7% only to genera and 25.4% were not identified. There was a poor correlation between the techniques phenotypic Manual method and Automated Vitek®2, with 50.7% of agreement, when considering at least in terms of gender. The best agreement of 87.3% occurred between the results of the two MALDI-TOF equipment, when considering the correlation of at least at the level of genus. Discussion: When comparing all the methods used for the identification of 71 isolates were found simultaneous agreement of 23.9% (17/71) when considered at least to genus level and only 2 (2.8%) to species level. When analyzed the phenotypic Manual method, Vitek®2, Phoenix®, MALDI MS, MALDI BD and PCR applied to 41-GN-NFB samples, simultaneous agreement were found for 19.5% (8/41) when considered at least to genus level and 2 (2.8%) to species. Possible reasons for the low agreement between the methodologies could be the diversity of principles, accuracy and databases of the methods. Conclusion: The two methods of MALDI-TOF have a very good correlation for GN-NFB identification, however showed discordance for the confidence levels of results. With the primers tested one important limitation of the PCR is the cross-reaction among many genera, suggesting not to be safe for the discrimination of the analyzed genera. For the genera and methods analised the discrepancy of results suggests caution because of the possibility of wrong identification / Mestrado / Saude da Criança e do Adolescente / Mestre em Ciências

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