Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El uso de antimicrobianos en medicina veterinaria al igual que en medicina humana constituye una herramienta fundamental en la terapia y profilaxis de las enfermedades bacterianas. Esto ha llevado a que bacterias de origen animal adquieran resistencia a varios de los antimicrobianos usados y en consecuencia aparezca el riesgo de diseminar este fenotipo de resistencia a bacterias de origen humano o viceversa. El fenómeno de resistencia a los antimicrobianos es un proceso natural y progresivo que se disemina en la población bacteriana. Se han identificado diferentes elementos que favorecen esta diseminación mediante eventos de transferencia genética. Los integrones son estructuras genéticas móviles con capacidad de integrar la información de uno o varios genes de resistencia a antimicrobianos y facilitan la diseminación horizontal de la resistencia. Debido a que constituyen una fuente muy importante de transmisión y diseminación de la multirresistencia es frecuente encontrar integrones en bacterias que presentan resistencia a antimicrobianos. El objetivo de este estudio fue determinar la presencia de integrones clase 1 y 2 y su asociación estructural con los genes que codifican resistencia a tetraciclina, estreptomicina y trimetoprim en cepas de Salmonella spp y E. coli aisladas desde cerdos y aves faenados en la Región Metropolitana de Chile. Para el desarrollo de este trabajo se utilizaron 35 cepas de Salmonella spp aisladas desde cerdos y 38 cepas aisladas desde aves; en el caso de E. coli, 90 cepas aisladas desde cerdos y 87 cepas aisladas desde aves, cuyo patrón de susceptibilidad a antimicrobianos había sido previamente caracterizado. Se utilizó la técnica de la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) para determinar la presencia de los integrones y de los genes que codifican resistencia a los antimicrobianos descritos anteriormente. El 73.4% de las E. coli aisladas desde cerdos y el 28.7% aisladas desde aves presentaron al menos una de las clases de integrón. En las cepas de Salmonella spp aisladas desde cerdos se determinó que el 45.7% presentó una de las clases de integrón. En cambio, Salmonella spp aisladas desde aves no presentaron integrones. Del total de bacterias que presentaron integrones se determinó que el integrón clase 1 es más frecuente que el clase 2. En el total de cepas con integrón se evidenció la presencia de los genes que codifican la resistencia a trimetoprim (dhrfIa), estreptomicina (aad1a) y tetraciclina ( (tetA(A); tetA(B) ). Sin embargo, en ambas clases de integrones sólo se determinó la asociación estructural con los genes que codifican resistencia a trimetoprim (dhfrIa) y estreptomicina (aad1a). Finalmente, el análisis de los resultados permite evidenciar que la resistencia bacteriana a ciertos antimicrobianos está asociada a la presencia de integrones, elementos genéticos que favorecen la diseminación de este fenómeno de resistencia. Por ello, esta información aporta antecedentes moleculares que demuestran la urgente necesidad de instaurar e implementar programas de monitoreo y control farmacológico en la industria de productos alimenticios de origen animal. De esta forma, se podrá contar con más herramientas que permitan enfrentar correctamente aspectos relacionados con la inocuidad alimentaria, sobre todo cuando las empresas de producción animal y las políticas nacionales tienen como objetivo posicionar a Chile como una potencia agropecuaria

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Actualmente, los antimicrobianos son la principal herramienta terapéutica para tratar las infecciones bacterianas tanto en el ser humano como en los animales. No obstante, pocos años después de su utilización comercial, se comenzó a observar que éstos inducían la aparición de mecanismos de resistencia en las bacterias susceptibles. Este tema es actualmente una gran preocupación mundial en Medicina Humana y Veterinaria y dentro de las medidas utilizadas para enfrentar este riesgo, están el uso de antimicrobianos bajo receta médica y la instauración de programas permanentes de monitoreo de la resistencia bacteriana. El objetivo de este estudio, es evaluar los niveles de resistencia en bacterias indicadoras aisladas de bovinos de carne de la X y XI región frente a diferentes antimicrobianos, con el fin de entregar información que permita al médico veterinario utilizar adecuadamente estos agentes quimioterápeuticos, como también aportar a los futuros programas de monitoreo de la resistencia antimicrobiana que se puedan realizar a nivel nacional. Para evaluar la resistencia bacteriana, se utilizó el Método de Dilución en Placa con el fin de determinar la Concentración Mínima Inhibitoria (MIC) de cada cepa bacteriana. Se trabajó con 168 cepas previamente aisladas de materia fecal de bovinos de las provincias de Valdivia, Osorno, Llanquihue y Coyhaique de Chile, 77 correspondientes a E.coli y 91 a Enterococcus spp. Estas fueron, aisladas y tipificadas en el laboratorio de Microbiología de la Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad Austral de Chile. En un 9% de las cepas de E.coli se detectó resistencia a oxitetraciclina; todas las cepas resultaron sensibles a cefotaxima, cefazolina, gentamicina, estreptomicina, flumequina, enrofloxacino, ciprofloxacino, sulfametoxazol + trimetoprim, ácido nalidíxico y ácido oxolínico. En el caso de Enterococcus spp. se encontró un bajo porcentaje de resistencia: fue de un 3% a oxitetraciclina y todas las cepas fueron sensibles a penicilina, amoxicilina + ácido clavulánico, enrofloxacino, ciprofloxacino, eritromicina, gentamicina, estreptomicina, cloramfenicol y vancomicina

A mancha bacteriana, doença causada por Xanthomonas campestres pv. passiflorae, apresenta-se como uma das mais importantes doenças do maracujazeiro, podendo limitar a produção dessa frutífera em algumas regiões do País. O uso de resistência genética e controle químico, juntamente com o emprego de medidas de exclusão, são as práticas de controle da doença mais recomendadas. Cinqüenta isolados patogênicos de Xanthomonas campestres pv. passiflorae, coletados em áreas produtoras de maracujá, foram genotipados com marcadores do tipo RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) afim de se estabelecer o grau de similaridade genética entre eles. Os resultados indicaram que todos os isolados diferiram entre si. Não foi encontrado nenhum isolado idêntico. A análise de agrupamento separou os isolados em 11 diferentes grupos, considerando 90% como valor limite de similaridade genética. Houve um alto grau de variabilidade genética entre os isolados, com valores de 82 a 95%, não havendo contudo correlação aparente entre origens geográficas e similaridade genética. Isso pode ser uma indicativa de que populações de X. c. pv. passiflorae são compostas por um mosaico de genótipos. Em adição, isolados geneticamente distintos foram isolados de uma mesma planta, indicando a possibilidade de infecções múltiplas. Com base no dendrograma, os cinco isolados mais divergentes foram selecionados para ensaios de inoculação em plantas de maracujá. Os resultados indicaram a existência de variação em níveis de agressividade entre isolados, verificado pela variação significativa da porcentagem de área lesionada, que variou de 3,086 a 31,825 cm2. Este é o primeiro relato da variação de patogenicidade desta espécie de Xantomhonas e esses resultados mostraram a importância de se considerar o genótipo bacteriano na seleção de variedades resistentes. Doze isolados foram testados quanto a sua sensibilidade in vitro a cobre e aos antibióticos streptomicina e oxitetraciclina. Os isolados de X. c. pv. passiflorae apresentaram pouca variação em relação a sensibilidade a cobre quando cultivadas na presença de 100ppm deste elemento. Apesar disto, todos os isolados tiveram seu crescimento reduzido acima de 80% nesta concentração. Nenhuma correlação foi encontrada entre as diferenças na sensibilidade e a origem geográfica dos isolados. Em geral, os mesmos resultados foram encontrados no teste com antibióticos. Algumas diferenças foram encontradas a 1.200 ppm e 2.400 ppm do produto comercial Agrimicina, todos os isolados tiveram seu crescimento reduzido a níveis de 96% a 1.200 ppm e acima de 98% a 2.400. Estes resultados indicam níveis de sensibilidade normal dos isolados coletados e reforçam a importância desses produtos como agentes de controle de X. c. pv. passiflorae. / The disease bacterial spot, caused by Xanthomonas campestris pv. passiflorae, is one of the most important disease of passion-fruit, which can limit its production in some regions of Brazil. The use of genetic resistance and chemical control, as well as the adoption of exclusion measures are the more recommended practices for the control of this disease. Fifty pathogenic isolates of Xanthomonas campestris pv. passiflorae, collected from production areas, were genotyped with RAPD markers (Random Amplified Polymorphic DNA) in order to establish the degree of their genetic similarities. The results indicated that all the isolates differed from each other, i.e., no identical isolates were found. Clustering analysis grouped the isolates in 11 clusters considering 90% of similarity as the threshold value. There was a high degree of genetic variability among isolates, which varied from 82 to 95%, and no apparent correlation between their geographical origin and their clustering pattern, indicating that populations of Xanthomonas campestris pv passiflora are composed of a mosaic of genotypes. In addition, distinct isolates were found in the same plant, indicating the possibility of multiple infection. Based on the dendrogram, the five more divergent isolates were selected for inoculation trials in Passiflora edulis f. flavicarpa plants. The results showed a variation in the agressivness, as indicated by significant variation in the percentage of lesioned area, which ranged from 3,086 to 31,825 cm2. This is the first report of variation in pathogenicity in X. c. passiflora and the results highlights the importance of considering the genotype of the bacterium during the selection of resistant varieties. Five isolates were tested for their in vitro sensitivity to copper and the antibiotics streptomycin and oxytetracyclin. X. c. pv. passiflorae isolates varied slightly regarding their sensitivity to copper when grown in the presence of 100 ppm of this element. Notwithstanding, all isolates had their growth reduced to levels above 80% at this concentration. No correlation was found between the differences in sensitivity and the geographic origin of the isolates. In general, the same results were found in the screening with antibiotics. Albeit some differences were found at 1.200 and 2.400 ppm of the commercial product Agrimicin, all isolates had their growth reduced to levels above 96% at 1.200 ppm and above 98% at 2.400. These results indicate normal sensitivity levels of the bacterium collected from these areas and reinforce the importance of these chemicals as control agents of X. c. pv. passiflorae.

Orientador: Camila Marconi / Resumo: A microbiota vaginal normal é predominantemente composta por espécies de Lactobacillus spp., enquanto que o principal tipo de alteração de microbiota vaginal, a vaginose bacteriana (VB), é composta por uma diversidade de bactérias, não pela predominância de uma única espécie. Todavia, dentre as bactérias mais prevalentes nessa condição estão Atopobium vaginae e Gardnerella vaginalis, espécies conhecidamente produtoras de fatores de virulência, dentre eles a capacidade de formar biofilmes vaginais, dificultando a ação de drogas antimicrobianas, como o metronidazol, para o tratamento da VB. No caso particular da G. vaginalis deve-se destacar a produção de sialidases por algumas linhagens que conferem a capacidade de comprometer a barreira mucosa e degradar IgA vaginal, contribuindo para a adesão e proliferação de diversas espécies bacterianas que pertencem ao core patológico da VB. Entretanto, a ação das sialidases sobre a composição desse microbioma vaginal ainda não foi investigada. Dessa forma, os objetivos desse estudo foram: (1) determinar se as cargas cérvico-vaginais das espécies A. vaginae e G. vaginalis na VB estão associadas com o desfecho do tratamento, utilizando o tratamento convencional com metronidazol; (2) avaliar a influência da presença do gene da sialidase de G. vaginalis e da produção de sialidases sobre a composição do microbioma vaginal. Para tanto, foram incluídas 245 mulheres em idade reprodutiva no primeiro estudo, classificadas de acordo com o padrão d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

O atual cenário mundial das mudanças climáticas, somado ao aquecimento global e ao aumento das áreas em processo de desertificação tem impactado diretamente nos padrões de produção agrícola. A Caatinga é um bioma que só ocorre no Brasil e possui um clima semiárido, quente e de baixa pluviosidade, sendo que na estação seca a temperatura do solo pode chegar até 60ºC. A Caatinga apresenta uma grande riqueza de ambientes e espécies, e boa parte dessa diversidade não é encontrada em nenhum outro bioma. Uma característica muito peculiar da Caatinga é a existência de duas estações bem contrastantes durante o ano, o inverno caracterizado por ser a estação da chuva e o verão a época da seca. A vegetação é composta por Euforbiáceas, Bromeliáceas e Cactáceas, dentre as quais destacam-se o Cereus jamacaru (mandacaru), Pilosocereus gounellei (xique-xique) e Melocactus sp. (cabeça-de-frade). O mandacaru planta que sobrevive às altas temperaturas e baixa disponibilidade de água da Caatinga possui adaptações morfológicas estruturais que contribuem para a sobrevivência da mesma. Além dessas adaptações a comunidade microbiana da rizosfera foi estudada para descobrir quais micro-organismos presentes nesse ambiente auxiliam na manutenção do hospedeiro frente a essas condições adversas. Assim como, quais grupos e funções são mais abundantes nessas condições. Nesse estudo foi feito o sequenciamento parcial do gene 16S rRNA e do DNA total da rizosfera de mandacaru. A comunidade bacteriana foi bem representada pelos filos Actinobacteria, Proteobacteria e Acidobacteria, sendo que o filo Actinobacteria foi mais abundante na seca de acordo com o sequenciamento metagenômico e o filo Acidobacteria foi mais abundante no período de chuva. Em geral o sequenciamento do gene 16S rRNA, indicou que Actinobacteria e Proteobacteria são os filos mais abundantes e os genes relacionados às funções de resistência a doenças foram mais abundantes na estação seca, enquanto genes relacionados ao metabolismo do nitrogênio foram mais abundantes durante o período chuvoso, revelando assim, um pouco do potencial que o microbioma da rizosfera de mandacaru possui para auxiliar a planta hospedeira. / The present world scenario of climate change, global warming and the increase in areas undergoing desertification, have directly impacted on current patterns of agricultural crop production. The Caatinga is a specific Brazilian biome because of its semi-arid climate, hot and low rainfall, and the temperature that reaches the 60°C in the dry season. The Caatinga has a huge biodiversity and much of its diversity is not found in any other biome. A peculiar characteristic of the Caatinga biome is the occurrence of two very contrasting seasons during the year, the winter which is characterized by a rainy season and summer the dry season. The vegetation is composed by Euphorbiaceae , Bromeliaceae and Cactaceae, represented by Cereus jamacaru (Mandacaru) Pilosocereus gounellei (xique-xique) and Melocactus sp. (head-to-brother). Mandacaru is the plant that can survive through the specifics climate conditions of the Caatinga biome such as high temperatures and low water availability and this is probably due to some structural and morphological adaptations that contribute to its survival. Therefore, we assessed which microorganisms are associated with the plant rhizosphere, and which microbial groups contribute to the maintenance of the host throughout these adverse conditions. Also, we identified which are the most abundant microbial groups in these conditions and which microbial functions are more abundant in both evaluated seasons. Thus the present study assessed the mandacaru rhizosphere microbiome through a partial 16S rRNA gene sequencing and metagenomic sequencing. The bacterial community was well represented by the phyla Actinobacteria, Proteobacteria and Acidobacteria. The Actinobacteria was the most abundant microbial phyla in the dry season according to shotgun sequencing while the Acidobacteria was the most abundant microbial phyla in the rainy season. Overall, the 16S rRNA sequencing indicated that Actinobacteria and Proteobacteria were the most abundant groups and additionally, and genes related to disease resistance functions were more abundant in the dry season. Genes related to nitrogen metabolism were more abundant during the rainy season revealing some of the potential traits that the mandacaru can explore from its microbiome.

A Doença Periodontal é causada pelo acúmulo de placa bacteriana sobre os dentes e estruturas adjacentes. As plantas medicinais são utilizadas como um meio de tratamento há muitos anos, sendo o resultado do acúmulo do conhecimento popular. No entanto, elas são utilizadas com pouco critério. Do ponto de vista da odontologia, as plantas medicinais ainda têm sido pouco estudadas. A comprovação clínica dos efeitos do sumo de Kalanchoe gastonis-bonnieri (KGB) a 10% sobre o desenvolvimento do biofilme bacteriano e cálculo dentário em cães pode oferecer alternativa valiosa para o tratamento e prevenção da doença periodontal, ou o prolongamento dos efeitos do tratamento cirúrgico clássico. Desta forma, seriam reduzidos os riscos do tratamento cirúrgico, o custo terapêutico, o surgimento de cepas bacterianas resistentes, e a ocorrência de efeitos colaterais, além de serem fornecidos subsídios para uso em outras espécies, inclusive a humana, com aproveitamento de recursos naturais amplamente disponíveis e ainda pouco conhecidos e utilizados, propiciando a transferência tecnológica para o setor produtivo. O presente estudo objetivou utilizar o método de análise computadorizada, para medição de área de placa bacteriana e cálculo dentário nos dentes de cães, por meio da comparação entre os grupos tratado (sumo de KGB a 10%), controle negativo (solução fisiológica a 0,9%) e controle positivo (gluconato de clorexidina a 0,12%). Foram utilizados 34 cães da raça Beagle com similares características e mantidos sob o mesmo manejo e dieta alimentar. As avaliações da cavidade oral após o tratamento periodontal sob anestesia geral inalatória, dia zero, ocorreram para placa bacteriana, no dia sete, e para cálculo dentário, no dia. O sumo de Kalanchoe gastonis-bonnieri a 10% apresentou eficácia no controle da formação da placa bacteriana em relação ao grupo controle negativo, e do cálculo dentário em relação aos grupos controles negativo e positivo, obtendo-se diferença significante para estes três julgamentos. Então, este poderia ser utilizado como um coadjuvante na prevenção da doença periodontal. São necessários estudos complementares a longo prazo para comprovação da ausência efeitos colaterais, além da descoberta do mecanismo de ação do sumo de Kalanchoe gastonis-bonnieri a 10% sobre o biofilme bacteriano e o cálculo dentário. / The Periodontal Disease is caused by dental plaque accumulation on teeth and adjacent structures. Medicinal plants are used as a means treatment for many years, being the result of the accumulation of popular knowledge. However, they are used with little criterion. From the standpoint of Dentistry, the medicinal plants still has been little studied. The clinical proof of the effects of the extract of the plant Kalanchoe gastonis-bonnieri (KGB) on biofilm and calculus in dogs can offer valuable alternative for the treatment and prevention of periodontal disease, or even a continuation of treatment effects surgical classic. Thus, the risks would be reduced from surgical treatment, the cost of therapy, the emergence of resistant bacterial strains, and the occurrence of side effects, and subsidies are provided for use in other species, including humans, with use of natural resources widely available and still little known and used, providing, including technology transfer to the productive sector. This study aims to evaluate the computerized analysis method for measurement of dental plaque and calculus areas on the teeth of dogs, by comparison between the traded (10% of KGB juice), negative control group (0,9% of saline solution) and positive control group (chlorhexidine 0.12% sprayed in the oral cavity daily). 34 Beagle dogs with similar characteristics and kept under the same management and diet were used. Evaluations of oral cavity after the periodontal treatment (performed under general inhalation anesthesia) and after seven days for dental plaque, and 28 for calculus. The 10% of Kalanchoe gastonis-bonnieri juice showed efficacy in controlling the formation of plaque compared to the negative control group, and dental calculus in relation to negative and positive control groups, obtaining significant difference for these three trials. Thus, this could be used as an adjunct in the prevention of periodontal disease. Nevertheless, further studies are needed to prove the long-term absence of side effects, in addition, the discovery of the mechanism of action of to 10% Kalanchoe gastonis-bonnieri juice on the bacterial biofilm and dental calculus formation.

O estabelecimento de biofilmes microbianos em superfícies é responsável por inúmeros problemas, já que estes podem constituir uma fonte de microrganismos patogênicos e deteriorantes. A formação dos biofilmes é precedida pela adesão dos microrganismos, assim, medidas que inibem ou reduzem essa adesão contribuem para a redução da formação de biofilmes. Uma alternativa para reduzir a adesão é o tratamento prévio das superfícies com biossurfatantes, agentes tensoativos de origem microbiana que apresentam baixa toxicidade, a vantagem de serem biodegradáveis, possuindo ainda atividade antimicrobiana e antiadesiva. O principal objetivo deste trabalho foi avaliar a potencialidade dos biossurfatantes surfactina e ramnolipídeo como agentes inibidores da adesão de Listeria monocytogenes ATCC 19112, Staphylococcus aureus ATCC 25923, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Micrococcus luteus ATCC 4698 e Serratia marcescens ATCC 8100 em superfícies de poliestireno. Também foi estudada a influência de diferentes meios de cultura (TSYEA, ágar lactosado e ágar peptonado) e temperaturas (35ºC, 25ºC e 4ºC) sobre a adesão bacteriana. A surfactina apresentou maior capacidade em reduzir a adesão das bactérias em estudo, quando comparada ao ramnolipídeo. O meio TSYEA foi o que promoveu maior adesão ao poliestireno para maioria das bactérias. O condicionamento da superfície com surfactina reduziu entre 63% e 66% a adesão de L. monocytogenes, S. aureus e M. luteus (cultivadas em TSYEA). As melhores respostas antiadesivas foram obtidas quando o condicionamento da superfície e o ensaio de adesão foram realizados a 4ºC. A caracterização das superfícies de poliestireno (medidas de AC) e das superfícies bacterianas (teste MATS) forneceram informações que nos permitiram propor explicações sobre os fatores que influenciam o processo de adesão dos microrganismos nesta superfície, assim como o efeito antiadesivo exibido pela surfactina. Os resultados evidenciam a potencialidade do uso de surfactina como agente antiadesivo em superfícies de poliestireno, podendo atuar na inibição da adesão de vários patógenos. / Development of microbial biofilms on surfaces leads to various problems, since then can be a source of pathogenic microorganisms. Biofilms development are preceded by microbial adhesion, thus, procedures that inhibit or reduce adhesion contribute to reduce biofilm formation. An alternative to decrease bacterial attachment is the preconditioning of surfaces with biosurfactants, surface active products of microbial origin. This group of compounds has low toxicity, are biodegradable and present antimicrobial and anti-adhesive properties. The main goal of this study was to evaluate the potencial use of surfactin and rhamnolipid biossurfactants in the reduction of the adhesion of Listeria monocytogenes ATCC 19112, Staphylococcus aureus ATCC 25923, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Micrococcus luteus ATCC 4698 and Serratia marcescens ATCC 8100 on polystyrene surfaces. The research was carried out using three different nutritive media (TSYEA, lactose agar and peptone agar) and three different temperatures (35ºC, 25ºC e 4ºC). Surfactin showed a higher capacity to reduce bacterial adhesion than rhamnolipid. When cultivation was performed in TSYEA, most of the bacterial species showed the highest values of adhesion to polystyrene. Surface preconditioning with surfactin reduces 63% to 66% the adhesion of L. monocytogenes, S. aureus e M. luteus (culture media TSYEA). The most significant anti-adhesive results were obtained when both, preconditioning and adhesion assay were carried out at 4ºC. Polystyrene surfaces characterization (contact angle measurements) and bacterial cells characterization (MATS test) provided information that allowed some explanation about the factors that influence microbial adhesion process on this surface and the anti-adhesive effect caused by surfactin. The results showed that surfactin has a great potencial to be used as anti-adhesive compound on polystyrene surfaces, reducing the attachment of several pathogenic bacteria.

Escherichia coli isoladas de infecções do trato urinário (ITU) são conhecidas como E. coli uropatogênicas (UPEC). Dentre as E. coli diarreiogênicas, o patótipo denominado E. coli enteroagregativa (EAEC) é definido pela produção do padrão de adesão agregativa em células epiteliais cultivadas. Estudos recentes mostraram que algumas cepas de UPEC albergam propriedades de virulência de EAEC, indicando que cepas de EAEC podem causar ITU. Assim sendo, o objetivo deste estudo foi analisar as relações filogenéticas entre cepas de EAEC que apresentam marcadores genéticos de E. coli extraintestinais (ExPEC) e cepas de UPEC com e sem marcadores genéticos de EAEC. Para tal, foram selecionadas 92 EAEC, 8 UPEC com e 10 sem marcadores de EAEC. As 92 EAEC foram analisadas quanto à presença dos genes considerados como marcadores de cepas de ExPEC (papA/papC, sfa/foc, afa/dra, iutA, kpsMT II), detectando 30 (32,6%) cepas com esse perfil. Estas 30 cepas foram selecionadas para análises de filogrupos e multilocus sequence type (MLST) junto às cepas de UPEC. Foi observado que 17 (54,4%) cepas de EAEC e 3 (16,6%) de UPEC pertenceram ao filogrupo A, 2 (6,45%) EAEC e 1 (5,5%) UPEC ao filogrupo B1, 3 (9,68%) EAEC e 8 (44,4%) UPEC ao filogrupo B2, 6 (19,35%) EAEC e 2 (11,1%) UPEC ao filogrupo D, 1 (3,2%) EAEC e 4 (22,2%) UPEC ao filogrupo E, 1 (3,2%) EAEC ao filogrupo F e 1 EAEC (3,2%) não pôde ser classificada de acordo com esta metodologia. Comparando os dois grupos de UPEC notou-se que dentre as cepas com marcadores de EAEC 3 (37,5%) pertenceram ao filogrupo E, 2 (25%) aos filogrupos A e D e 1 (12,5%) ao filogrupo B1. Dentre as cepas sem marcadores de EAEC 1 (10%) pertenceu ao filogrupo A, 1 (10%) ao filogrupo E e 8 (80%) ao filogrupo B2. As análises de MLST através do sequenciamento dos genes recA, fumC, icd, mdh, purA, adk e gyrB permitiram determinar 42 sequence types (ST) distintos, dos quais 22 foram descritos neste estudo. Os mais comuns foram o ST 10 (5 cepas) e ST 95 e ST 746 (ambos com 2 cepas cada). A árvore filogenética gerada confirmou esses dados, mostrando o grupamento das cepas de EAEC com marcadores de ExPEC com as cepas de UPEC com marcadores de EAEC. Em resumo, o presente estudo mostrou que um subgrupo de cepas de EAEC está inserido nos mesmos grupos filogenéticos de cepas de UPEC com marcadores de EAEC apresentando, portanto, correlação filogenética. Houve diferenças de distribuição filogenética entre cepas de UPEC com e sem marcador de EAEC. Concui-se que cepas de EAEC podem apresentar potencial uropatogênico, tanto no curso de uma infecção diarreica, quanto em carreadores assintomáticos. / Escherichia coli isolated from urinary tract infections (UTI) are known as uropathogenic E. coli (UPEC). Among the diarrheagenic E. coli, the enteroaggregative E. coli (EAEC) pathotype is defined by the production of the aggregative adherence on cultured epithelial cells. Recent studies have shown that some UPEC strains harbor virulence properties of EAEC, indicating that EAEC strains can cause UTI. Therefore, the aim of this study was to analyze the phylogenetic relationships among EAEC strains that have genetic markers of extraintestinal E. coli (ExPEC) and UPEC strains, with and without genetic markers of EAEC. For that reason, we selected 92 EAEC, 8 UPEC with and 10 without EAEC markers. The 92 EAEC were analyzed for the presence of genes considered as markers for ExPEC strains (papA/papC, sfa/foc, afa/dra, iutA, kpsMT II), detecting 30 (32.6%) strains with that profile. These 30 strains were selected for phylogroup and multilocus sequence type (MLST) analysis with the UPEC strains. It was observed that 17 (54.4%) EAEC and 3 (16.6%) UPEC belonged to the phylogroup A, 2 (6.45%) EAEC and 1 (5.5%) UPEC to the phylogroup B1, 3 (9.68%) EAEC and 8 (44.4%) UPEC to the phylogroup B2, 6 (19.35%) EAEC and 2 (11.1%) UPEC to the phylogroup D, 1 (3.2%) EAEC and 4 (22.2%) UPEC to the phylogroup E, 1 (3.2%) EAEC to the phylogroup F and 1 (3.2%) EAEC could not be classified according to this methodology. Comparing the two groups of UPEC it was observed that among the UPEC strains with EAEC markers, 3 (37.5%) belonged to the phylogroup E, 2 (25%) to the phylogroups A and D and 1 (12.5%) to the phylogroup B1. Among the UPEC strains without EAEC markers, 1 (10%) belonged to the phylogroup A, 1 (10%) to the phylogroup E and 8 (80%) to the phylogroup B2. The MLST analysis by sequencing of recA, fumC, icd, mdh, purA, adk and gyrB genes allowed to determine 42 distinct sequence types (ST), of whom, 22 were described in this study. The most common were ST 10 (5 strains), and ST 95 and ST 746 (both with two strains each). The phylogenetic tree generated confirmed that data, showing the clustering of EAEC strains (harboring ExPEC markers) with the UPEC strains (harboring EAEC markers). In summary, the current study showed that a subgroup of EAEC strains are clustered in the same phylogenetic groups of UPEC strains with EAEC markers and, thus, present phylogenetic correlation. Also, there were differences in phylogenetic distribution among UPEC strains with and without EAEC markers. In conclusion, EAEC strains may have uropathogenic potential, either in the course of a diarrheal infection or in asymptomatic carriers.

A quitosana é um polisacarídeo obtido pela desacetilação das moléculas de quitina, principal constituinte de alguns fungos e do exoesqueleto de crustáceos e insetos. Os grupos amino presentes na quitosana conferem-lhe importantes propriedades biológicas, como a biodegradação, biocompatibilidade, atividade/efeitos imunológicos e atividade antibacteriana. A desacetilação da quitina é um processo cuja conversão é agressiva, já que exige o ataque da quitina em solução de álcalis em alta concentração e à quente, com duração de 6 a 8 horas. Neste trabalho, carapaças de siri da espécie Charybdis hellerii foi fragmentada e pré-tratada para a obtenção da quitosana e cada etapa, desde o pré-tratamento do material in natura à sua conversão em quitosana, foi investigada detalhadamente. Observou-se que dose e taxa de dose não influenciaram no pré-tratamento ou na etapa de desacetilação da quitina; na dose de 20 kGy (gama ou feixe de elétrons), o processo de conversão teve duração de 60 minutos. A quitosana obtida teve baixa massa molar e grau de desacetilação comparável á quitosana padrão (SA), dependendo das condições de irradiação. Além disso, apresentou inibição da atividade bacteriana tanto livre como imobilizada em substratos poliméricos de polipropileno e de polietileno processados também por radiação ionizante. / Chitosan is a polysaccharide obtained from chitins molecule deacetylation, which is the main composition of certain fungi species and crustaceans and insects exoskeleton. The amino groups present in chitosan give it important biological properties such as biodegradability and biocompatibility, activity/immunological effects and antibacterial healing. The deacetylation of chitin is an aggressive process, which reaction processes in 6 to 8 hours under hot concentrated alkali solution. In this work, Charybdis hellerii crab shells was fragmented and pre-treated for chitosan obtention and each conversion step, from in natura material pre-treatment to final chitosan, were investigated in deteails. It was observed dose and dose rate have not influence neither pre-treatment nor chitin deacetylation steps; at 20 kGy (from gamma or electron beam sources), the conversion process was performed in 60 minutes. The obtained chitosan presented low weight and deacetylation degree compared to standard chitosan, considering specific irradiation conditions. Also, obtained chitosan presented bacterial inactivity as a free compoud as immobilized onto polymeric substrates such polypropylene and polyethylene, also processed by ionizing radiation.

O atual cenário mundial das mudanças climáticas, somado ao aquecimento global e ao aumento das áreas em processo de desertificação tem impactado diretamente nos padrões de produção agrícola. A Caatinga é um bioma que só ocorre no Brasil e possui um clima semiárido, quente e de baixa pluviosidade, sendo que na estação seca a temperatura do solo pode chegar até 60ºC. A Caatinga apresenta uma grande riqueza de ambientes e espécies, e boa parte dessa diversidade não é encontrada em nenhum outro bioma. Uma característica muito peculiar da Caatinga é a existência de duas estações bem contrastantes durante o ano, o inverno caracterizado por ser a estação da chuva e o verão a época da seca. A vegetação é composta por Euforbiáceas, Bromeliáceas e Cactáceas, dentre as quais destacam-se o Cereus jamacaru (mandacaru), Pilosocereus gounellei (xique-xique) e Melocactus sp. (cabeça-de-frade). O mandacaru planta que sobrevive às altas temperaturas e baixa disponibilidade de água da Caatinga possui adaptações morfológicas estruturais que contribuem para a sobrevivência da mesma. Além dessas adaptações a comunidade microbiana da rizosfera foi estudada para descobrir quais micro-organismos presentes nesse ambiente auxiliam na manutenção do hospedeiro frente a essas condições adversas. Assim como, quais grupos e funções são mais abundantes nessas condições. Nesse estudo foi feito o sequenciamento parcial do gene 16S rRNA e do DNA total da rizosfera de mandacaru. A comunidade bacteriana foi bem representada pelos filos Actinobacteria, Proteobacteria e Acidobacteria, sendo que o filo Actinobacteria foi mais abundante na seca de acordo com o sequenciamento metagenômico e o filo Acidobacteria foi mais abundante no período de chuva. Em geral o sequenciamento do gene 16S rRNA, indicou que Actinobacteria e Proteobacteria são os filos mais abundantes e os genes relacionados às funções de resistência a doenças foram mais abundantes na estação seca, enquanto genes relacionados ao metabolismo do nitrogênio foram mais abundantes durante o período chuvoso, revelando assim, um pouco do potencial que o microbioma da rizosfera de mandacaru possui para auxiliar a planta hospedeira. / The present world scenario of climate change, global warming and the increase in areas undergoing desertification, have directly impacted on current patterns of agricultural crop production. The Caatinga is a specific Brazilian biome because of its semi-arid climate, hot and low rainfall, and the temperature that reaches the 60°C in the dry season. The Caatinga has a huge biodiversity and much of its diversity is not found in any other biome. A peculiar characteristic of the Caatinga biome is the occurrence of two very contrasting seasons during the year, the winter which is characterized by a rainy season and summer the dry season. The vegetation is composed by Euphorbiaceae , Bromeliaceae and Cactaceae, represented by Cereus jamacaru (Mandacaru) Pilosocereus gounellei (xique-xique) and Melocactus sp. (head-to-brother). Mandacaru is the plant that can survive through the specifics climate conditions of the Caatinga biome such as high temperatures and low water availability and this is probably due to some structural and morphological adaptations that contribute to its survival. Therefore, we assessed which microorganisms are associated with the plant rhizosphere, and which microbial groups contribute to the maintenance of the host throughout these adverse conditions. Also, we identified which are the most abundant microbial groups in these conditions and which microbial functions are more abundant in both evaluated seasons. Thus the present study assessed the mandacaru rhizosphere microbiome through a partial 16S rRNA gene sequencing and metagenomic sequencing. The bacterial community was well represented by the phyla Actinobacteria, Proteobacteria and Acidobacteria. The Actinobacteria was the most abundant microbial phyla in the dry season according to shotgun sequencing while the Acidobacteria was the most abundant microbial phyla in the rainy season. Overall, the 16S rRNA sequencing indicated that Actinobacteria and Proteobacteria were the most abundant groups and additionally, and genes related to disease resistance functions were more abundant in the dry season. Genes related to nitrogen metabolism were more abundant during the rainy season revealing some of the potential traits that the mandacaru can explore from its microbiome.