Orientador: Danisio do Prado Munari / Coorientador: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Banca: Marta Fonseca Martins / Resumo: A mastite é responsável por grandes perdas econômicas na bovinocultura leiteira e necessita de maior compreensão de suas bases genéticas para que métodos de melhoramento genético possam ser desenvolvidos. Neste sentido, estudos de expressão gênica têm sido empregados. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1. Detectar, por meio de três métodos computacionais distintos, a expressão gênica diferencial de dados obtidos por sequenciamento de RNA extraído de glândula mamária mantida em um sistema extracorpóreo de bovinos de leite mestiços Holandês-Zebu e infectada experimentalmente com Streptococcus agalactiae; 2. Estudar o perfil de expressão do total de genes identificados e aqueles comuns aos três métodos relacionados ao desenvolvimento da mastite, a fim de contribuir para melhor entendimento de processos biológicos, de componente celular e função molecular e vias biológicas envolvidas com a expressão desta característica. Quatro vacas foram abatidas e os úberes foram colhidos, perfundidos e inoculados com S. agalactiae. Para cada úbere, dois quartos foram inoculados (anterior esquerdo - AE; e posterior esquerdo - PE) e dois quartos foram utilizados como controle (anterior direito - AD; e posterior direito - PD). Biópsias foram feitas do tecido alveolar nos tempos 0 e 3 horas após a perfusão do tecido. O RNA das amostras foi extraído e sequenciado com a plataforma HiSeq2000 (Illumina). A partir das leituras obtidas os transcritos foram montados utilizando como referência ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mastitis is responsible for huge economic losses in dairy cattle production which requires a better understanding of its genetic bases in order that genetic breeding methods could be developed. Therefore, some gene expression studies have been developed. The aims of this study were: 1. To detect, through three different computational methods, the differential gene expression data obtained by RNA sequencing from mammary glands of Holstein-Zebu crossbred dairy cattle, kept in an extracorporeal system and experimentally infected with Streptococcus agaclatiae; 2. To study the total gene expression profile and those genes common to the three methods, related with mastitis, in order to contribute to a better understanding of biological processes, cellular components, molecular functions and metabolic pathways related with the expression of this trait. Four cows were slaughtered and its udders were perfused and inoculated with S. agalactiae. For each udder, 2/4 were inoculated (front left - AE, and rear left - PE) and 2/4 were used as control (front right - AD, and rear right - PD). Biopsies were obtained from the alveolar tissue at 0 and 3 hours after the tissue perfusion. The RNA sample was extracted and sequenced with HiSeq 2000 platform (Illumina). From the reads obtained transcripts were assembled using as the reference the bovine genome annotation UMD 3.1, and then were evaluated for differential expression and functionality. Methods that assumes negative binomial distribution... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: José Luiz Laus / Coorientador: Renato Pariz Maluta / Banca: Paola Castro Moraes / Banca: Cristiane dos Santos Honsho / Resumo: O tratamento cirúrgico para a catarata, pela facoemulsificação, é atualmente o mais aceito e praticado. A utilização de lentes intraoculares (LIO), indicadas para a correção da emetropia e para a profilaxia da opacificação da cápsula posterior, pode, todavia, ensejar contaminação advinda da cavidade nasal e da conjuntiva palpebral, além do ambiente, da equipe cirúrgica, de materiais e de instrumentais. Com o trabalho, objetivou-se a identificação de linhagens de bactérias presentes nas secreções nasal e conjuntival e no humor aquoso de cães submetidos à facoemulsificação com implante de lentes intraoculares, bem como a caracterização da diversidade genética entre as populações encontradas, empregando-se o sequenciamento da região 16S rDNA de microrganismos, após seleção de diferentes grupos pela Rep-PCR, com o primer BoxA1 associado ao BoxC1R. Encontraram-se bactérias dos gêneros Enterobacter, Staphylococcus, Streptococcus e Pantoea e a espécie Staphylococcus aureus. Pela PCR-RFLP, utilizando-se a enzima MboI, identificaram-se espécies de Staphylococcus, como o S. pseudointermedius. Foram encontrados dois exemplares de Staphylococcus aureus coagulase positivo, pela PCR, confirmados pelo teste bioquímico da coagulase. Os isolados foram submetidos à Rep-PCR com marcadores moleculares Rep1R-I associado ao Rep2, Eric2 e BoxC1R. Encontrou-se alta variabilidade genética entre eles, notadamente quanto ao gênero Staphylococcus. O sequenciamento da região 16S rDNA e a Rep-PCR foram factíveis na detecção da diversidade genética. Oito isolados do gênero Enterobacter em secreção conjuntival e, ao mesmo tempo, no humor aquoso, apresentaram distância genética de 0.000. Cinco por cento dos pacientes submetidos à facoemulsificação com implante de LIO apresentaram contaminação do humor aquoso, por Enterobacter spp / Abstract: Phacoemulsification is the surgical treatment most commonly performed and accepted for cataracts. The use of artificial intraocular lens (IOL), indicated to achieve emetropy and as an aid on the prophylaxis of posterior capsule opacification, may, however, give rise to contamination arising from the nasal cavity and palpebral conjunctiva, in addition to the environment, the surgical staff, materials and instrumental. The goal of this research was to identify strains of bacteria present in the nasal and conjunctival secretions and aqueous humor of dogs undergoing phacoemulsification with implantation of intraocular lenses, as well as the characterization of genetic diversity among populations found using it sequencing of 16S rDNA of microorganisms, after selection of different groups by Rep-PCR with the primer BoxA1 associated BoxC1R. This study founded genders of bacteria like Enterobacter, Staphylococcus, Streptococcus and Pantoea and Staphylococcus aureus species. PCR-RFLP, using the enzyme MboI, identified Staphylococcus species such as S. pseudointermedius. Two copies of coagulase positive Staphylococcus aureus, founded by PCR, were confirmed by biochemical coagulase test. All of isolates was submitted by Rep-PCR with molecular markers Rep1R-I associated with Rep2, Eric2 and BoxC1R. It was found high genetic variability among them, especially regarding the gender Staphylococcus. Sequencing of 16S rDNA and Rep-PCR were effective in detecting genetic diversity. Eight isolates of gender Enterobacter in the conjunctival secretion and, at the same time, in aqueous humor, showed genetic distance of 0.000. Five percent of patients submitted to phacoemulsification with IOL implantation showed contamination in aqueous humor, by Enterobacter spp / Mestre

Orientador: Oliveiro Caetano Freitas Neto / Coorientador: Angelo Berchieri Junior / Banca: Nilce Maria Soares / Banca: Rafael Antonio Casarin Penha Filho / Resumo: Salmonella Gallinarum (SG) é o agente etiológico do tifo aviário (TA), uma doença sistêmica grave responsável por perdas econômicas para a indústria avícola em todo o mundo. TA foi considerado sob controle no Brasil e em países desenvolvidos. No entanto, nos últimos anos, inúmeros surtos dessa enfermidade têm sido identificados em lotes de aves de vários estados do Brasil. Com intuito de investigar fatores que pudessem ajudar a compreender a epidemiologia destes surtos, o presente estudo foi realizado. Foram avaliadas: (i) as possíveis alterações na patogenicidade de uma estirpe de SG isolada de um dos surtos recentes de TA, para as aves de linhagens comerciais utilizadas atualmente no Brasil; (ii) as possibilidades de transmissão de SG por via vertical e durante a incubação de ovos; (iii) a influência do uso antimicrobianos na persistência de SG na ave e consequente transmissão vertical; (iv) os perfis genéticos das estirpes isoladas anteriormente e, recentemente, por PFGE. No presente estudo, aves de linhagens mais suscetíveis infectadas por SG apresentaram alterações patológicas de maior intensidade e altas taxas de mortalidade, enquanto que as aves de linhagens mais resistentes apresentaram a mortalidade e sinais clínicos de forma mais branda. No entanto, foram capazes de manter SG por períodos mais longos que as aves de linhagens susceptíveis. SG não foi recuperada dos ovos produzidos por aves suscetíveis ou resistentes. A transmissão vertical não foi observada, embora a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Salmonella Gallinarum (SG) causes fowl typhoid (FT) a severe systemic disease responsible for economic losses to the poultry industry worldwide. FT was considered under control in Brazil and in developed countries. Nonetheless, in recent years has been identified on farms in several states of Brazil. In order to investigate the epidemiological reasons behind this large FT outbreak, the present study was carried out to assess: (i) possible changes in the patogenicity of a strain of SG isolated from a recent outbreak to chickens of white and brown lines of layers; (ii) transmission through eggs and hatching; (iii) the interference of antibiotic to the persistence of SG in the bird and to vertical transmission; (iv) the genetic profiles of strains isolated previously and recently by PFGE. Susceptible lines showed extensive pathological changes and high mortality rates, whereas in resistant lines mortality and clinical signs were almost absent. Although, they could maintain SG for longer periods than the susceptible lines did. SG was not recovered from any egg laid by birds from susceptible or resistant either. Vertical transmission was not observed although newborn chicks were infected due the contact during incubation. Antibiotic therapy was effective at reducing mortality but was not able to clear the infection and neither to favour vertical transmission. Strains did exhibit very similar genetic profiles, suggesting they have been circulating in Brazilian flocks for more than 20 years. Failures in components of biosecurity programs, probably, would be the responsible for the FT spread in Brazil / Mestre

Orientador: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Angela Cleusa de Fátima Banzatto de Carvalho / Banca: Laudicéia Giacometti Lopes / Resumo: O gelo é um excelente meio de prolongar o frescor do peixe e na indústria alimentícia tem um dos mais importantes papéis, uma vez que retarda a multiplicação bacteriana e, se fabricado sob más condições sanitárias pode se tornar um fator de risco para os consumidores. Sendo assim, este estudo objetivou avaliar a qualidade microbiológica do gelo utilizado na conservação do pescado por meio da quantificação de microrganismos heterotróficos mesófilos e psicrotróficos viáveis, coliformes totais e termotolerantes, além de investigar a presença de Escherichia coli, Staphylococcus aureus e Salmonella spp. Para tal, foram colhidas 63 amostras de gelo de seis estabelecimentos, sendo cinco hipermercados e uma peixaria, situados no município de Ribeirão Preto/SP. Os resultados obtidos mostraram populações de microrganismos heterotróficos mesófilos variando entre 1,0 x 10 e 3,0 x 104 UFC.mL-1 e psicrotróficos variando entre 1,0 x 10 e 1,0 x 106 UFC/mL, sendo que 19,05% das amostras contendo microrganismos mesófilos encontravam-se com populações acima do permitido pela legislação vigente. Já 22,22% das amostras foram positivas para coliformes totais e 9,52% para coliformes termotolerantes. A presença de Staphylococcus aureus foi confirmada em três amostras, E. coli e Salmonella spp. não foram encontradas. Portanto, a avaliação da qualidade microbiológica do gelo, neste experimento, permitiu concluir que a água utilizada na fabricação de gelo utilizado para conservação de pescado comercializado nos estabelecimentos pode ser contaminada por manuseio inadequado e seu incorreto acondicionamento, o que é um fator de risco para a saúde do consumidor uma vez que o gelo em contato com o peixe pode contaminá-lo / Abstract: The ice is an excellent way to prolong the freshness of the fish and in the food industry has one of the most important roles, since it slows the bacterial growth, and if it is manufactured under poor sanitary conditions could become a risk factor for consumers. So, this study had as objective to evaluate the microbiological quality of the ice used in the seafood conservation by counting of mesophilic and psychrotrophics, total and thermoresistant coliforms and to investigate the presence or not of Escherichia coli, Staphylococcus aureus e Salmonella spp. For such, sixty-three samples of ice were collected from five supermarkets and one fish market located in the municipality of Ribeirão Preto/SP. The results showed populations of mesophilic heterotrophic microorganisms ranging from 1,0 x 10 to 3,0 x 104 UFC/mL and psychrotrophics ranging from 1,0 x 10 to 1,0 x 106 UFC/mL, being 19,05% of the samples containing mesophilic microorganisms above the allowed by the current legislation. It was found that 22,22% of the samples were positive for total coliforms and 9,52% for thermoresistant. The presence of Staphylococcus aureus was confirmed in three samples and E. coli and Salmonella spp. were not found. So, the evaluation of the microbiological quality in this study permitted to conclude that though there is a specific legislation about water quality, the unpotable water still in use in the ice manufactured utilized in the seafood conservation commercialized in food stores, what is a risk factor to the consumers health since the ice in contact with the fish can contaminate it / Mestre

Orientador: Márcia Garcia Ribeiro / Banca: Antonio Carlos Paes / Banca: Lisiane de Almeida Martins / Resumo: A diarreia é causa comum de morbimortalidade em potros neonatos. Os principais agentes causais de origem bacteriana na enterite em potros são: Salmonella spp., Escherichia coli, Clostridium difficile, Clostridium perfringens e Rhodococcus equi. Foram colhidas 80 amostras de fezes de potros com diarreia e 26 sem diarreia, perfazendo 106 animais com idade até três meses de idade, de diferentes raças, provenientes de propriedades do interior do estado de São Paulo. Foi investigado fatores de virulência de Escherichia coli, caracterização dos sorotipos de Salmonella spp., detecção de toxinas de Clostridium difficille e Clostridium perfringens, e perfil de sensibilidade microbiana das linhagens de E. coli e Salmonella spp. Foram isoladas 64 (60,3%) estirpes de Escherichia coli, o gene fimH em 34 (53,9%) linhagens, o gene ag43 em 33 (52,3%) estirpes e o gene papC em seis (9,5%) isolados. Foram isoladas 17 (16,0%) linhagens do gênero Salmonella. Foram identificadas 20 linhagens de Clostridium perfringens,17 positivos para toxina A e três a toxina A beta 2. Duas amostras de fezes foi isolado Clostridium difficile, produtores das toxinas A/B. Infere-se no presente estudo a complexidade etiológica na enterite de potros até três meses de idade, a baixa relação dos fatores de virulência de E. coli pesquisados com linhagens isoladas de animais com diarreia, a relevância em saúde pública dos sorotipos de Salmonella spp. identificados nos potros, o predomínio da toxina A nos isolados de C. perfringens e C. difficile, e a necessidade da adoção de tratamento das enterites com respaldo dos testes de sensibilidade microbiana / Abstract: Diarrhea is a common cause of morbidity and mortality in neonatal foals. The main causative agents of bacterial of enteritis in foals are: Salmonella spp., Escherichia coli, Clostridium difficile, Clostridium perfringens and Rhodococcus equi. Were collected 80 stool samples from foals with diarrhea and 26 without diarrhea, totaling 106 animals, aged three months old, different races and from properties in the state of São Paulo. Were investigated virulence factors from E. coli, characterization of the serotypes of Salmonella spp., detection of toxins of Clostridium perfringens and Clostridium difficille, and antimicrobial susceptibility to E. coli and Salmonella spp. strains. Were isolated 64 (60.3%) E. coli strains, the detection of the fimH gene in 34 (53.9%) strains, the gene ag43 in 33 (52.3%) strains and gene papC in six (9 , 5%) isolated. We isolated 17 (16.0%) strains of Salmonella. Were identified 20 strains of Clostridium perfringens, 17 detected the toxin A and three the toxin A beta 2. Two stool specimens was isolated Clostridium difficile toxin producer A / B. It is inferred in the present study the complexity enteritis in foals up to three months, the low ratio of virulence factors of E. coli strains isolated from animals with diarrhea, the public health relevance of the serotypes of Salmonella spp. identified in foals, the prevalence of toxin A in isolates of C. perfringens and C. difficile, and the need to adopt the treatment of bacterial enteritis in foals with the backing of microbial sensitivity tests / Mestre

Orientador: Flávio Ruas de Moraes / Banca: Luiz Edvaldo Pezzato / Banca: Maurício Laterça Martins / Resumo: Este trabalho estudou o efeito do cortisol exógeno e do tamanho dos peixes na susceptibilidade à infecção por Aeromonas hydrophila em Piaractus mesopotamicus. Foram testadas quatro concentrações da bactéria (zero; 6x106; 6x107 e 6x108 ufc/mL) em peixes submetidos ou não a injeção de 0,04 mg cortisol/kg de peso vivo, divididos em dois blocos de acordo com o peso (entre 15 e 25g e 30 e 40g), totalizando 16 caixas, cada uma com seis peixes. O cortisol foi injetado intraperitonealmente no lado esquerdo do abdome do peixe, 24 horas antes da inoculação com bactéria. Os inóculos de A. hydrophila foram diluídos em solução salina até a obtenção das concentrações desejadas, e inoculados intraperitonialmente no lado direito do abdome, tornando possível a identificação de possíveis lesões provocadas pelas injeções. Durante sete dias foram observadas, a cada 12 horas, a mortalidade e os sinais clínicos, sendo feita necropsia dos peixes mortos. Os sobreviventes foram necropsiados ao final do experimento. A aplicação do cortisol exógeno e o tamanho dos peixes não interferiram na ocorrência de sinais clínicos, uma vez que somente os inoculados com a maior concentração da bactéria apresentaram pequena lesão hemorrágica no local da injeção, independentemente do tamanho e da presença do cortisol exógeno. Peixes dos grupos que receberam as duas maiores concentrações de bactérias apresentaram a cavidade abdominal hemorrágica. Observou-se que apenas a maior concentração de bactéria provocou a morte dos animais durante o período estudado. Verificou-se a interferência do cortisol e do tamanho do peixe na susceptibilidade à Aeromonas hydrophila, sendo que as altas taxas de mortalidade ocorrem mais rapidamente em peixes menores e que receberam a injeção de cortisol / Abstract: The present work evaluated the effects of exogenous cortisol and fish size in the susceptibility for Aeromonas hydrophila infection in Piaractus mesopotamicus. Four bacteria concentrations (zero; 6x106; 6x107 and 6x108 cfu/mL) were tested in fish injected or not with 0.04 mg of cortisol/body weight 24 hours before bacteria inoculation. Fish were divided in two groups by weight, ranging from 15 to 25g and from 30 to 40g, occupying 16 tanks with six fish each. Cortisol was injected intraperitoneally on the left side of fish abdomen. Aeromonas hydrophila inoculums were diluted in saline solution to reach the expected concentrations. Bacteria were injected intraperitonially on the right side of the abdomen, therefore, it was possible to identify any lesions caused by both injections. Mortality and clinical signs were observed every 12 hours during seven days. Necropsy was performed as soon as possible in dead fish, and in all of survivor fish at the end of the test. Exogenous cortisol applications and fish size did not present influence in the occurrence of clinical signs, as well only fish inoculated with the highest bacteria concentration showed a small hemorrhagic lesion in the injection point, independently of size and presence of exogenous cortisol. Fish that received the two highest concentrations of bacteria showed hemorrhagic abdominal cavity. Only the highest bacteria concentration caused death of the animals during the experiment. It was possible to observe the influence of cortisol and fish size in the susceptibility to A. hydrophila hence the higher mortality occurs faster in small fish that received the cortisol injection / Mestre

Orientador: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Angela Cleusa de Fatima Banzatto de Carvalho / Banca: Francisca Neide Costa / Resumo: Tem sido evidente o aumento no consumo de pescado, especialmente do salmão (Salmo salar) sob a forma "in natura", em pratos da cozinha oriental. Como conseqüência, tem havido maior preocupação quanto às suas características higiênico-sanitárias, tendo em vista a facilidade que microrganismos encontram para se desenvolverem em sua carne, o que pode expor os consumidores a agentes que causam desde uma simples gastrenterite até o óbito. Diante desta preocupação, desenvolveu-se este estudo com objetivos de avaliar características microbiológicas do salmão por meio da quantificação de microrganismos heterotróficos mesófilos, coliformes totais e termotolerantes, o perigo de veiculação de Vibrio parahaemolyticus, Staphylococcus aureus, Salmonella sp., Escherichia coli e Aeromonas sp. através da carne e contribuir com subsídios técnicos para criar uma legislação brasileira com padrões microbiológicos específicos para o pescado consumido cru. Foram colhidas 31 amostras de salmão, 16 refrigeradas e 15 congeladas, no comércio varejista de cidades da região nordeste do estado de São Paulo. Os resultados obtidos mostram populações de microrganismos heterotróficos mesófilos variando entre 1,0 x 10 e 3,9 x 106 UFC/g, coliformes totais e termotolerantes em, respectivamente, 32,24% e 19,33% das amostras e Aeromonas sp. em 35,48% das amostras com variação populacional de 2,0 x 102 a 8,0 x 103 UFC/g. Ainda houve a presença de Staphylococcus aureus em uma amostra e ausência de Vibrio parahaemolyticus, Salmonella sp. e Escherichia coli. Os resultados obtidos podem servir de parâmetro para a criação de um padrão microbiológico específico para o pescado consumido cru e servem também de alerta para os consumidores do produto tendo em vista a veiculação de microrganismos potencialmente patogênicos. / Abstract: The increasing of seafood consumption has become evident especially in the use of salmon (Salmo salar) consumed raw in oriental dishes. Consequently, it has risen up the concern related to their hygienic-sanitary characteristics due to the facility that microorganisms multiply in the meat which can expose consumers to the causative agents of a mild gastroenteritis until the death. Regarding such informations, this study was aimed to evaluate microbiological characteristics of salmon by quantifying microrganisms heterotrophic mesophiles, total coliforms and thermotolerant. It was also evaluated the danger of transmission of Vibrio parahaemolyticus, Staphylococcus aureus, Salmonella sp., Escherichia coli and Aeromonas sp. on the fish muscle and contributed to technical informations to create a Brazilian regulations about specific microbiological standards for consumption of raw seafood. Thirty-one samples of salmon were collected, 16 chilled and 15 frozen, from the retail market in cities of the northeast region of São Paulo State. The results show populations of mesophilic heterotrophic microorganisms ranging from 1.0 x 10 and 3.9 x 106 CFU/g, in total and fecal coliforms, respectively, 32.24% and 19.33% of samples and Aeromonas sp. in 35.48% of samples ranging population of 2.0 x 102 to 8.0 x 103 CFU/g. Staphylococcus aureus was present in one sample and were not found Vibrio parahaemolyticus, Salmonella sp. and Escherichia coli. The results may serve as a parameter for the establishment of a microbiological standard for the consumption of raw seafood and also as a warning to consumers of the product for the presence of potentially pathogenic microorganisms. / Mestre

Orientador: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Laura Satiko Okada Nakaghi / Banca: Karina Paes Bürger / Banca: Ana Maria Centola Vidal Martins / Resumo: A carcinicultura é uma atividade que vem se expandindo, assim como o consumo do camarão, considerado um alimento saudável por sua qualidade nutricional. Nesse contexto é importante garantir a oferta de um produto de qualidade microbiológica, que atenda às exigências do mercado alimentício e não ofereça riscos à saúde do consumidor. Assim, objetivou-se verificar a relação entre a contaminação do camarão Macrobrachium amazonicum e o ambiente de criação, além de comparar os resultados obtidos com a legislação vigente. Para tanto, foi verificada a qualidade microbiológica do camarão, sedimento e água do viveiro onde estes foram cultivados, enumerando coliformes totais e termotolerantes e Staphylococcus coagulase positiva, e verificando a presença de Escherichia coli patogênica e Salmonella spp. Os resultados evidenciaram que as amostras de água encontraram-se em conformidade com os limites estabelecidos pela legislação, enquanto que para camarão uma amostra estava fora do limite exigido para Staphylococcus coagulase positiva e para Salmonella spp. as demais apresentavam-se de acordo com a legislação. As amostras de camarão apresentaram correlação com a água e sedimento do viveiro, demonstrando que a contaminação microbiológica do viveiro reflete na qualidade do camarão. O monitoramento da qualidade da água e a adoção do manejo correto na carcinicultura assumem grande importância para garantir a produção de camarões de boa qualidade, atendendo às exigências do mercado para comercialização e a segurança na saúde do consumidor / Abstract: Shrimp farming is an activity that is expanding, as well as the consumption of shrimp, considered a healthy food due to your nutritional quality. In this context, it is important to ensure the supply of a product of microbiological quality, which meets the requirements of the food market and does not offer risks to consumer health. Thus, this study aim to verify the relationship between contamination of shrimp Macrobrachium amazonicum and culture environment and to compare the results obtained with the Brazilian legislation for water and shrimp. Thereunto, we investigated the microbiological quality of the shrimp, sediment and water of the pond where they were grown, enumerating total and thermotolerant coliforms and Staphylococcus coagulase positive, and investigating the presence of pathogenic Escherichia coli and Salmonella. The water samples were obeying the limits established by legislation, while a sample of shrimp was out of range required for Staphylococcus coagulase positive and for Salmonella all samples were in accordance with the law. Samples of shrimp were correlated with the water and sediment of the pond, showing that the microbiological contamination of the pond reflects the quality of shrimp. The monitoring of water quality and the adoption of the correct management in shrimp farming are very important to ensure that shrimp production of good quality, acordding the market requirements and consumer health safety / Mestre

Orientador: Ary Fernandes Júnior / Resumo: As doenças infecciosas, incluindo aquelas transmitidas por alimentos, causadas por micro-organismos ainda representam uma grande preocupação, especialmente devido ao surgimento de bactérias resistentes aos antimicrobianos atualmente em uso. Várias substâncias provenientes de plantas exibem atividades inibitórias sobre micro-organismos, sendo uma estratégia empregada para buscas de novos fármacos que interfiram nos mecanismos de resistência. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito inibitório de cinco compostos voláteis majoritários encontrados em óleos essenciais de algumas plantas (eugenol, cinamaldeído, terpineol, geraniol e citronelol) sobre bactérias Gram-positivas e Gram-negativas (padrões ATCC e isolados clínicos) para determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM) pela metodologia da microdiluição (Resazurin Microtiter Assays-REMA). Além disto, foram testadas combinações entre os compostos e drogas antimicrobianas de uso convencional para verificação de sinergismo e a influência de concentrações subinibitórias dos compostos na produção de enterotoxinas estafilococócicas dos tipo A, B, C e D. A fim de ilustrar o efeito dessas substâncias nas células bacterianas de E. coli e MRSA e na formação do septo divisional em X. citri, foram feitas imagens por microscopia eletrônica de transmissão (MET) e microscopia de fluorescência, respectivamente. O composto que apresentou melhor atividade antimicrobiana sobre as linhagens bacterianas testadas foi o cinamaldeído com ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Orientador: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Marli Teixeira de Almeida Minhoni / Banca: Renate Krause Sakate / Banca: Luís Otavio Saggion Beriam / Banca: Ivan Paulo Bedendo / Resumo: A murcha-de-curtobacterium, causada por Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff), é uma das principais doenças bacterianas da cultura do feijoeiro, acarretando grandes perdas na produção dessa cultura. Até o momento existem poucas informações sobre os diferentes nichos de sobrevivência desta bactéria e de sua gama de hospedeiras. Em vista disso, este trabalho teve por objetivos principais verificar a capacidade de sobrevivência saprofítica de Cff em restos de cultura de feijoeiro mantidos na superfície do solo e enterrados à 20 cm de profundidade; a influência da temperatura, umidade e do tipo de solo no período de sobrevivência da bactéria em solo; determinar a gama de hospedeiras de Cff inoculadas artificialmente, tanto por ferimento no caule, como por aspersão de suspensão bacteriana na parte aérea das plantas; a capacidade de colonização de Cff do rizoplano de plantas de aveia e trigo; e o efeito do pré-plantio de aveia e trigo na ocorrência da murcha-de-curtobacterium. Quanto à capacidade de sobrevivência de Cff em restos de cultura de feijoeiro, foi demonstrado que a bactéria possui menor capacidade de sobrevivência quando os restos vegetais são incorporados ao solo e também em épocas com maiores índices de precipitação e temperaturas mais altas. O período de sobrevivência do patógeno nos restos culturais de feijoeiro mantidos na superfície do solo variou entre 165 e 240 dias e nos restos vegetais enterrados a 20 cm de profundidade, o período de sobrevivência foi inferior a 30 dias. Quanto à sobrevivência de Cff na forma de células livres no solo, foi verificado que a temperatura, a umidade e o tipo do solo têm influencia na capacidade de sobrevivência da bactéria. O tempo de sobrevivência de Cff variou entre dois e quinze dias. Das 30 espécies botânicas inoculadas artificialmente com Cff, a bactéria causou lesões na parte... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bacterial wilt caused by Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff) is one of the main bacterial diseases affecting bean culture, leading to great losses in its production. So far there is scarce information about the different survival niches and host range of this bacterium. Thus, the present study had as major aims to verify Cff capability of saprophytically surviving in bean debris kept on the soil surface and buried at 20 cm depth; to assess the influence of temperature, humidity and soil type on the survival period of this bacterium in soil; to determine the host range for artificially inoculated Cff, either through stem injury or through bacterial sprinkling onto the shoot of plants; to verify Cff capability of colonizing the rhizoplane of oat and wheat plants; and to assess the effect of oat and wheat pre-planting on the occurrence of bean bacterial wilt. Cff had decreased capability of surviving in bean debris when the latter were incorporated into the soil and during periods of higher rainfall rates and temperatures. The pathogen survival period in bean culture remnants kept on the soil surface ranged from 165 and 240 days, while in plant debris buried at 20 cm depth the survival period was inferior to 45 days. The survival capability of Cff as free cells in soil was influenced by temperature, humidity and soil type. Cff survival time varied between two and fifteen days. Of 30 plant species artificially inoculated with Cff, bean and soy shoot had lesions caused by the bacterium which endophytically colonized wheat leaves and soy and wheat stem and leaves. Cff was also shown to have no capability of colonizing oat and wheat rhizoplane while the pre-planting of these grass plants, before bean culture establishment, had no effect on the occurrence of bean bacterial wilt / Doutor