Thesis (Ph.D.)--University of Hong Kong, 1997. / Includes bibliographical references (leaf 129-150) Also available in print.

Thesis (Ph.D.) - University of Queensland, 2005. / Includes bibliography.

Thesis (Ph. D.)--Case Western Reserve University, 2007. / [School of Medicine] Department of Pharmacology. Includes bibliographical references. Available online via OhioLINK's ETD Center.

A capacidade de adquirir, com facilidade, resistência à terapia antimicrobiana torna-se uma das características mais estudadas em Acinetobacter sp., mundialmente conhecido por estar relacionado a surtos de infecções associadas à assistência a saúde (IAAS) e por ser apontado como um grave problema de saúde pública. Embora isolados clínicos desse gênero sejam extensivamente estudados quanto à presença e a diversidade de genes do tipo OXA-carbapenemases,existem poucos estudos sobre essa relação em isolados ambientais. Este trabalho teve como objetivo determinar a presença de carbapenemases do tipo OXA (e sua diversidade), de ISAba1 e de sua relação com as carbapenemases em isolados clínicos e de esgoto hospitalar de Acinetobacter sp. na cidade de Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Um total de 310 isolados (145 clínicos e 165 ambientais) foram submetidos a análise por PCR das regiões genéticas de interesse. A diversidade dos genes do tipo blaOXA-51 foi realizada por DGGE. Os resultados indicam a presença do gene blaOXA-58 em um isolado, pela primeira vez no Brasil. A sequência ISAba1 foi frequentemente encontrada (92,9%), porém, a sua associação com blaOXA-51 foi baixa e encontrada em 9,8% dos isolados clínicos e em 6,5% dos isolados ambientais. A análise de diversidade revelou uma baixa freqüência de alelos de OXA-51 entre os isolados estudados, sendo blaOXA-65 a variante mais encontrada. Contudo, podemos afirmar que o esgoto hospitalar analisado constitui-se de uma fonte de contaminação de bactérias patogênicas e que as precárias políticas de saneamento podem proporcionar a disseminação de multirresistência para o meio ambiente. / The ability of easily acquiring resistance to antimicrobial therapy becomes one of the most studied features in Acinetobacter sp., world renowned for being related to outbreaks of infection associated with health care and for being appointed as a serious public health problem. Although clinical isolates of this genus are extensively studied for the presence and diversity of OXAcarbapenemase genes, there are few studies about this relationship in environmental isolates. This study aimed to determine the presence of OXAtype carbapenemases (and yours diversity), of ISAba1 and its relationship with carbapenemases in clinical and hospital sewage isolates of Acinetobacter sp. in Porto Alegre, Rio Grande do Sul. A total of 310 strains (145 of clinical origin and 165 of environmental origin) were subjected to PCR analysis of genetic regions of interest. The diversity of blaOXA-51-like genes was performed by DGGE. The results indicate the presence of the gene blaOXA-58 in an isolated, for the first time in Brazil. ISAba1 was frequently found (92.9%) but its association with blaOXA-51-like was low and was found in 9.8% of clinical isolates and in 6.5% of environmental isolates. The diversity analysis showed that there is a low frequency of alleles of OXA-51 among the studied isolates being blaOXA-65 variant the most often found. However, we can state that the hospital sewage is considered to be a source of pathogenic bacteria contamination and that the poor sanitation politics contributes to the spread of multidrug resistance in the environment.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / CAPES: BEX0612/02-2 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / As infecções causadas por P. aeruginosa são freqüentemente de difícil tratamento devido à virulência e a resistência a vários antimicrobianos apresentados por este patógeno. Os carbapenens são geralmente o tratamento de escolha para infecções causadas por P. aeruginosa multirresistentes, porém, a resistência a estes compostos tem aumentado rapidamente, principalmente, devido ao surgimento de amostras produtoras de metalo-ß-lactamases. Os objetivos deste estudo foram: i) avaliar o perfil de sensibilidade a antimicrobianos das amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenens isoladas de hospitais brasileiros; ii) avaliar a freqüência da produção de MPL entre as amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenens; iii) avaliar o perfil de sensibilidade a antimicrobianos das amostras de P. aeruginosa produtoras de MβL pela técnica de microdiluição em caldo; iv) detectara presença dos genes biasSPM-1, blaIMP-1, blaVIM-1, e blaVIM-2 entre as amostras de P. aeruginosa produtoras de MßL; v) avaliar a presença de variantes alélicos do gene blasIPM-1, entre as amostras de P. aeruginosa produtoras da MPL do tipo SPM-1, e vi) avaliar a similaridade genética entre as amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenens produtoras de MßL. Foram avaliadas 206 amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenens isoladas entre 2001 e 2003, de 25 centros médicos. As 206 amostras foram testadas pelo método de disco-difusão. Os testes de sensibilidade foram realizados de acordo com a padronização do "National Committee for Clinical Laboratory Standards" (NCCLS). Os isolados resistentes aos carbapenens foram triados para a produção de metalo-ß-lactamases pelo teste de aproximação de discos utilizando dois inibidores enzimáticos (EDTA e ácido 2mercaptopropiônico). A produção de MßL foi confirmada pela metodologia do Etest® (fita Etest©MBL). Em seguida foi realizada a técnica de PCR para a pesquisa dos genes blaIMP-1, blaVIM-1, bIaVIM-2 e blaSPM-1. A avaliação da similaridade genética entre as amostras produtoras de MßL foi realizada pela técnica da ribotipagem automatizada e PFGE. Para fins comparativos, também foram selecionadas para análise da similaridade genéticaamostras não produtoras de MßL isoladas em centros médicos, que apresentavam amostras de P. aeruginosa produtoras de MPL. Altas taxas de resistência a maioria dos antimicrobianos foram observadas entre as amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenes…(au). / Infections caused by Pseudomonas aeruginosa are often difficult to treat because of its virulence and antimicrobial resistance. Carbapenems are usually active against multiresistant P. aeruginosa, but resistant to these compounds has been increasing rapidly. High-level resistance to carbapenems is still uncommon in P. aeruginosa and is usually indicative of metallo-β-lactamases (MβL). The purpose of the study were to evaluate the antimicrobial susceptibility profiles of carbapenems resistant P. aeruginosa isolated from Brazilian Hospitals, were to detect the presence of gene blaSPM-1, blaIMP-1, blaVIM-1 e blaVIM-2 and to evaluate the genetic similarity of P. aeruginosa resistant to carbapenems. Were evaluated 206 P. aeruginosa resistant to carbapenems collected during 2001 – 2003 from 25 medical centers. Antimicrobial susceptibilities testing to selected agents were determined by disk diffusion to 206 strains. The suscepptibility testing were to using the reference “National Committee for Clinical Laboratory Standards” (NCCLS). Carbapenems resistant isolates were screened for MβL production by disk approximation test using 2 enzyme inhibitors (EDTA and 2-mercaptopropionic acid). The procedure was confirmed by Etest (Etest MBL strip) and also by PCR assays using the following primers blaIMP-1, blaVIM-1, blaVIM-2 e blaSPM-1. The genetic similarity was performed in MβL producers strains and one negative-MβL strains for medical centers by automated ribotyping and PFGE. High resistance rates to majority of the antimicrobial agents were demonstrated. The polymyxins were the most active antimicrobial agents evaluated with 100,0% of susceptibility rate to all strains. The MβL production was detected in 98 (47,6%) of 206 strains. The blaSPM-1 gene was detected in 82 strains (83,7%) and blaIPM-1 gene in 3 strains (16,3%). Thirteen isolates did not show PCR amplification for none of the primers used. The analysis of genetic similarity showed a clonal diversity among the 98 carbapenems-resistant strains (46 ribogroups). CONCLUSION: This study indicates high prevalence of MβL producing in carbapenems-resistant P. aeruginosa and clonal dissemination these microrganism to a wide geographic area of Brazil. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

A capacidade de adquirir, com facilidade, resistência à terapia antimicrobiana torna-se uma das características mais estudadas em Acinetobacter sp., mundialmente conhecido por estar relacionado a surtos de infecções associadas à assistência a saúde (IAAS) e por ser apontado como um grave problema de saúde pública. Embora isolados clínicos desse gênero sejam extensivamente estudados quanto à presença e a diversidade de genes do tipo OXA-carbapenemases,existem poucos estudos sobre essa relação em isolados ambientais. Este trabalho teve como objetivo determinar a presença de carbapenemases do tipo OXA (e sua diversidade), de ISAba1 e de sua relação com as carbapenemases em isolados clínicos e de esgoto hospitalar de Acinetobacter sp. na cidade de Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Um total de 310 isolados (145 clínicos e 165 ambientais) foram submetidos a análise por PCR das regiões genéticas de interesse. A diversidade dos genes do tipo blaOXA-51 foi realizada por DGGE. Os resultados indicam a presença do gene blaOXA-58 em um isolado, pela primeira vez no Brasil. A sequência ISAba1 foi frequentemente encontrada (92,9%), porém, a sua associação com blaOXA-51 foi baixa e encontrada em 9,8% dos isolados clínicos e em 6,5% dos isolados ambientais. A análise de diversidade revelou uma baixa freqüência de alelos de OXA-51 entre os isolados estudados, sendo blaOXA-65 a variante mais encontrada. Contudo, podemos afirmar que o esgoto hospitalar analisado constitui-se de uma fonte de contaminação de bactérias patogênicas e que as precárias políticas de saneamento podem proporcionar a disseminação de multirresistência para o meio ambiente. / The ability of easily acquiring resistance to antimicrobial therapy becomes one of the most studied features in Acinetobacter sp., world renowned for being related to outbreaks of infection associated with health care and for being appointed as a serious public health problem. Although clinical isolates of this genus are extensively studied for the presence and diversity of OXAcarbapenemase genes, there are few studies about this relationship in environmental isolates. This study aimed to determine the presence of OXAtype carbapenemases (and yours diversity), of ISAba1 and its relationship with carbapenemases in clinical and hospital sewage isolates of Acinetobacter sp. in Porto Alegre, Rio Grande do Sul. A total of 310 strains (145 of clinical origin and 165 of environmental origin) were subjected to PCR analysis of genetic regions of interest. The diversity of blaOXA-51-like genes was performed by DGGE. The results indicate the presence of the gene blaOXA-58 in an isolated, for the first time in Brazil. ISAba1 was frequently found (92.9%) but its association with blaOXA-51-like was low and was found in 9.8% of clinical isolates and in 6.5% of environmental isolates. The diversity analysis showed that there is a low frequency of alleles of OXA-51 among the studied isolates being blaOXA-65 variant the most often found. However, we can state that the hospital sewage is considered to be a source of pathogenic bacteria contamination and that the poor sanitation politics contributes to the spread of multidrug resistance in the environment.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: K. pneumoniae e um importante patogeno no ambiente hospitalar. Os antimicrobianos da classe dos carbapenens tem sido amplamente utilizados para o tratamento das infeccoes causadas por amostras de K. pneumoniae produtoras de β-lactamases de amplo espectro. As metalo-β-Iactamases (MβL) sao enzimas bacterianas com habilidade de hidrolisar os carbapenens e, embora, ainda sejam raras, amostras de K. pneumoniae produtoras de MβL tem sido reportadas com uma frequencia cada vez maior. Objetivo: Avaliar os mecanismos de resistencia a carbapenens em amostras de K. pneumoniae. Metodologia: Nove amostras de K. pneumoniae isoladas ate o momento na cidade de São Paulo foram avaliadas. A relacao genetica entre estas amostras foi estudada utilizando-se a tecnica de PFGE. Os testes de sensibilidade aos antimicrobianos foram realizados pela tecnica de diluicao em agar, segundo as padronizacoes do NCCLS. A tecnica da reacao em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para determinar a presenca dos genes responsaveis pela codificacao das MβL, assim como para 0 contexto genetico que abriga estes genes. A deteccao de outros mecanismos de resistencia, como alteracoes da permeabilidade da membrana externa e a presenca de efluxo, tambem foi realizada em todas as amostras. Resultados: Todas as amostras foram altamente resistentes a ceftazidima (MIC, 128 µg/ml), apresentando tambem resistencia a imipenem (MIC, 128 µg/ml) e a meropenem (MIC, 64 µg/ml). Dentre as nove amostras de K. pneumoniae, todas apresentaram produto de amplificacao de PCR positivo para o gene blaIMP-1. A resistencia aos carbapenens tambem foi correlacionada a ausencia de uma proteina de membrana externa de aproximadamente 36 kDa. A diminuicao da expressao...(au) / Background: The increasing prevalence of multi-drug resistant Klebsiella pneumoniae (KPN) isolates is an emerging problem worldwide. Integrons are common among these bacteria and play an important role in the development, capture and expression of resistance genes. Methods: The genetic context around the blaIMP-1 gene was evaluated in 8 clonally related KPN isolates, recovered from a hospital from the city of Sao Paulo (SP), Brazil. The integron was revealed by a walking sequencing strategy. The plasmid obtained from the index isolate was electroporated into Escherichia coli XL1 Blue. Selection of recipient cells was performed in 5 µg/ml ceftazidime plates. Plasmid size was calculated based on the size of the plasmid restriction fragments. The amplicon of the dfr gene was cloned in TOPO vector and transformed into E. coli host. Trimethoprim MICs were performed by NCCLS agar dilution. Results: PCR and sequence analysis revealed that the strain carried two different class 1 integrons, a copy of the previously described In86 and a new integron, named In87. In86 carried blaIMP-1 in the first position, followed by aacA30 and aadA1 genes. The second integron, In87, carried a single gene cassette closely related to dfr22. The product of dfr23 showed 99% of amino-acid homology with DFR22 (one amino-acid substitution, Ser121-Tyr). Further characterization of the isolates revealed that In86 was likely to be located in a non-transferable 30 Kb plasmid. Conclusions: IMP-1 producing Acinetobacter spp. recently isolated in SP was the likely source of In86 acquisition since they carry an identical integron to those encountered in the studied KPN isolates. The presence of trimethoprim resistance gene cassettes in class 1 integrons which normally harbor sul1 gene at the 3’CS is most likely driven by the use of trimethoprimsulfamethoxazole combination. / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo – FAPESP / BV UNIFESP: Teses e dissertações

A capacidade de adquirir, com facilidade, resistência à terapia antimicrobiana torna-se uma das características mais estudadas em Acinetobacter sp., mundialmente conhecido por estar relacionado a surtos de infecções associadas à assistência a saúde (IAAS) e por ser apontado como um grave problema de saúde pública. Embora isolados clínicos desse gênero sejam extensivamente estudados quanto à presença e a diversidade de genes do tipo OXA-carbapenemases,existem poucos estudos sobre essa relação em isolados ambientais. Este trabalho teve como objetivo determinar a presença de carbapenemases do tipo OXA (e sua diversidade), de ISAba1 e de sua relação com as carbapenemases em isolados clínicos e de esgoto hospitalar de Acinetobacter sp. na cidade de Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Um total de 310 isolados (145 clínicos e 165 ambientais) foram submetidos a análise por PCR das regiões genéticas de interesse. A diversidade dos genes do tipo blaOXA-51 foi realizada por DGGE. Os resultados indicam a presença do gene blaOXA-58 em um isolado, pela primeira vez no Brasil. A sequência ISAba1 foi frequentemente encontrada (92,9%), porém, a sua associação com blaOXA-51 foi baixa e encontrada em 9,8% dos isolados clínicos e em 6,5% dos isolados ambientais. A análise de diversidade revelou uma baixa freqüência de alelos de OXA-51 entre os isolados estudados, sendo blaOXA-65 a variante mais encontrada. Contudo, podemos afirmar que o esgoto hospitalar analisado constitui-se de uma fonte de contaminação de bactérias patogênicas e que as precárias políticas de saneamento podem proporcionar a disseminação de multirresistência para o meio ambiente. / The ability of easily acquiring resistance to antimicrobial therapy becomes one of the most studied features in Acinetobacter sp., world renowned for being related to outbreaks of infection associated with health care and for being appointed as a serious public health problem. Although clinical isolates of this genus are extensively studied for the presence and diversity of OXAcarbapenemase genes, there are few studies about this relationship in environmental isolates. This study aimed to determine the presence of OXAtype carbapenemases (and yours diversity), of ISAba1 and its relationship with carbapenemases in clinical and hospital sewage isolates of Acinetobacter sp. in Porto Alegre, Rio Grande do Sul. A total of 310 strains (145 of clinical origin and 165 of environmental origin) were subjected to PCR analysis of genetic regions of interest. The diversity of blaOXA-51-like genes was performed by DGGE. The results indicate the presence of the gene blaOXA-58 in an isolated, for the first time in Brazil. ISAba1 was frequently found (92.9%) but its association with blaOXA-51-like was low and was found in 9.8% of clinical isolates and in 6.5% of environmental isolates. The diversity analysis showed that there is a low frequency of alleles of OXA-51 among the studied isolates being blaOXA-65 variant the most often found. However, we can state that the hospital sewage is considered to be a source of pathogenic bacteria contamination and that the poor sanitation politics contributes to the spread of multidrug resistance in the environment.

Submitted by Marcelo Andrade Silva (marcelo.andradesilva@ufpe.br) on 2015-03-09T14:41:01Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Valdemir Vicente da Silva Júnior.pdf: 1457648 bytes, checksum: c499026f0a26b07d06d850f098d6dc61 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-09T14:41:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Valdemir Vicente da Silva Júnior.pdf: 1457648 bytes, checksum: c499026f0a26b07d06d850f098d6dc61 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / Pseudomonas aeruginosa é uma bactéria gram-negativa conhecida por causar infecções oportunistas em diversos sítios do corpo humano principalmente tendo como destaque as infecções das vias aéreas. Estes patógenos apresentam resistência intrínseca a várias classes de agentes antimicrobianos, e notável habilidade em adquirir outros mecanismos de resistência, como por exemplo, a ação de enzimas beta-lactamases. Os genes que codificam essas enzimas geralmente são adquiridos através de mecanismos de transferência genética intra e/ou interespécies. A ação dessas beta-lactamases juntamente com outros mecanismos de resistência é frequentemente a razão das falhas terapêuticas durante o tratamento das infecções. Sendo assim, o presente estudo visou determinar a frequência genotípica de beta-lactamases do tipo ESBL (Beta-lactamases de espectro estendido) em isolados de P.aeruginosa provenientes do Hospital das Clínicas de Pernambuco (HC-UFPE). Os 159 isolados tiveram seu DNA extraído através do kit Brazol. O DNA obtido da extração foi quantificado e diluído para então iniciar a pesquisa genética através da técnica de PCR. Os isolados foram selecionados para pesquisa molecular de acordo com o perfil de resistência. Para o gene blaTEM, 1,41% (1/71) apresentou positividade; com relação ao blaGES observou-se que 2 isolados dos 54 testados (3,92%) carreavam o gene, após sequenciamento e análise in silico verificou-se que se tratava da GES-1; a tipagem molecular por ERIC-PCR demonstrou que os dois isolados são geneticamente relacionados. Esses achados possuem importância epidemiológica molecular dado que o gene blaGES em P.aeruginosa ainda não foi descrito no nordeste Brasileiro e o gene blaTEM em P.aeruginosa não foi relatado no Brasil; e portanto, servem de alerta para uma possível disseminação desses genes que contribuem de forma expressiva na resistência apresentada por isolados de P.aeruginosa.