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Perfil de suscetibilidade em bastonetes gram negativos não fermentadores isolados de amostra de água superficial submetida a tratamento com antimicrobiano / Susceptibility profile in gram negative non-fermenters rods isolated from surface water samples submitted to antimicrobial treatmentChaves, Magda Antunes de January 2017 (has links)
Bactérias Gram-negativas não fermentadoras são frequentemente encontradas em águas superficiais, sendo muitas vezes carregadoras de múltipla resistência. O presente trabalho teve como objetivo principal analisar a participação de Pseudomonas sp. e Acinetobacter sp. na manutenção da resistência a antimicrobianos em quatro pontos na laguna de Tramandaí e se a presença deles poderia contribuir para a sua permanência. As amostras de água superficial foram coletadas em quatro pontos de coleta na laguna e submetidas a tratamento com os antimicrobianos: ácido nalidíxico, ceftazidima, imipenem e tetraciclina na concentração de 20mg/L. Em cada ponto de coleta uma das alíquotas não foi suplementada com os mesmos sendo utilizada como controle. Os isolados de Pseudomonas sp. foram identificados por provas bioquímicas e MALDI-TOF MS, enquanto que os isolados de Acinetobacter sp. somente por provas bioquímicas. O perfil de suscetibilidade de ambos foi avaliado pela técnica de disco-difusão e a produção de ESBL pela técnica de disco combinado. Os pontos 3 e 4 foram os que exibiram maior número de isolados resistentes. Os maiores percentuais de resistência estiveram associados às amostras submetidas ao tratamento com antimicrobianos. Em todos os pontos de coleta foram encontrados isolados de P. aeruginosa e Acinetobacter sp. multirresistentes. Ambas amostras (com e sem tratamento) exibiram diferentes padrões de resistência nos diferentes pontos de coleta e tanto isolados de P. aeruginosa como de Acinetobacter sp. exibiram isolados produtores de ESBL. A presença de P. aeruginosa e Acinetobacter sp. multirresistentes na Laguna de Tramandaí atenta para o risco de disseminação de resistência neste ambiente e que o mesmo pode estar atuando como reservatório de resistência. / Non-fermenting Gram-negative bacteria are often found in surface water, and are often carriers of multiple resistance to antimicrobials. The present work had as main objective to analyze the role of Pseudomonas sp. and Acinetobacter sp. in maintaining antimicrobial resistance at four points in the Tramandaí lagoon. The surface water samples were collected at four sampling points in the lagoon and treated with the antimicrobials: nalidixic acid, ceftazidime, imipenem and tetracycline at a concentration of 20mg/L. At each collection point, one of the aliquots was not supplemented with the antimicrobial and were used as the control for the treatment. The isolates of Pseudomonas sp. were identified by biochemical tests and MALDITOF MS, whereas the isolates of Acinetobacter sp. were identified only by biochemical tests. The susceptibility profile of both was evaluated by the disc diffusion method and the ESBL production by the combined disk method. Sampling points 3 and 4 showed the highest number of resistant isolates. The highest percentages of resistance were associated with the samples that were submitted to antimicrobial treatment. In all sampling points, multiresistant P. aeruginosa and Acinetobacter were isolated. Both samples (with and without treatment) showed different resistance patterns within the sampling points. P. aeruginosa and Acinetobacter sp. isolates exhibited ESBL producers. The presence of multiresistant P. aeruginosa and Acinetobacter sp. in the Tramandaí Lagoon attempted to the risk of spreading resistance in the aquatic environment, since it can act as a reservoir of resistance.
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Análise do perfil de sensibilidade a antimicrobianos, similaridade genética e adequação da terapia antimicrobiana em amostras de Enterobacter spp. resistentes a cefalosporina de quarta geração isoladas em hemoculturas no Hospital São Paulo / Analysis of antimicrobial susceptibility patterns, genetic similarity and antimicrobial therapy adequacy in forth generation cephalosporin resistent Enterobacter spp isolated from bloodstream at hospital São PauloSilva, Juliana Bertoli da [UNIFESP] January 2005 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0
Previous issue date: 2005 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O Enterobacter spp. é um patógeno clinicamente importante em infecções de corrente sangüínea, e está freqüentemente associado à resistência às cefalosporinas de amplo espectro. Neste microrganismo, a resistência geralmente ocorre devido à desrepressão do gene ampC, mas outros mecanismos de resistência também podem existir, como a produção de beta-lactamases de espectro ampliado mediada por plasmídios (ESBL), o que limita as opções da terapêutica antimicrobiana. Objetivos: A análise do perfil de sensibilidade, da resistência à cefalosporina de quarta geração, da similaridade genética, e da adequação da terapia antimicrobiana entre amostras de Enterobacter spp. isoladas em infecções de corrente sangüínea no complexo Hospital São Paulo/
UNIFESP, em 2003 e 2004. Métodos: Um total de 93 amostras de bacteremia,
consecutivamente coletadas entre janeiro de 2003 e março de 2004, foram testadas
quanto ao perfil de sensibilidade para 7 agentes antimicrobianos, utilizando a
metodologia do Etest e, seguindo o procedimento para os testes de ágar difusão,
descritos pelo NCCLS. Foram utilizadas fitas de Etest ESBL screen para a detecção de
beta-lactamases de espectro ampliado nos isolados de Enterobacter spp.. As amostras
de Enterobacter spp. resistentes à cefepima foram selecionadas para a avaliação da
similaridade genética através da ribotipagem automatizada, e os dados clínicos e
demográficos dos pacientes com hemocultura positiva para esses isolados foram
avaliados quanto a adequação da terapia antimicrobiana. Resultados: As taxas de
resistência em Enterobacter spp. variaram de 28% para ceftazidima, 18,3% para
cefotaxima e 12,9% para cefepima. O imipenem foi o antimicrobiano mais ativo (100%
de sensibilidade), mesmo contra os isolados AmpC estavelmente desreprimidos. A
ordem decrescente de atividade (% sensibilidade) contra os 93 isolados testados foi:
imipenem (100%) >amicacina (86,0%) >cefepima (84,9%) = gatifloxacina (84,9%)
>piperacilina/tazobactam (81,7%) >ceftazidima (72,0%) >cefotaxima (68,8%). Apenas
46,2% dos isolados de Enterobacter spp. resistentes à ceftazidima apresentaram
sensibilidade à cefepima. A resistência cruzada com outros antimicrobianos foi comum
entre as amostras resistentes à ceftazidima e àquelas resistentes à cefepima. A
produção de ESBL foi encontrada em 5 isolados de Enterobacter spp.. Foram
observados 7 ribotipos distintos entre as 14 amostras de Enterobacter spp. resistentes
à cefepima. Os pacientes com bacteremia por Enterobacter spp. resistente à cefepima,
em sua maioria, possuíam doença de base potencialmente ou rapidamente fatal e
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encontravam-se internados em unidades de terapia intensiva ou unidades cirúrgicas.
Cinco entre 16 pacientes com bacteremia por Enterobacter spp. com sensibilidade
reduzida à cefepima receberam terapia antimicrobiana inicial apropriada. A taxa de
mortalidade foi maior no grupo com terapia antimicrobiana empírica inadequada
comparado aquele com terapia antimicrobiana adequada. Conclusões: Este estudo
mostrou altas taxas de resistência à cefepima em Enterobacter spp. isolados de
bacteremia, devido a presença de mecanismos adicionais de resistência além da
produção de ESBL, e sugere que o uso prévio das cefalosporinas de amplo espectro
pode estar relacionado com a emergência de isolados resistentes, e que a terapia
antimicrobiana empírica inadequada pode estar associada a maior mortalidade entre
esses pacientes. A grande variabilidade genética encontrada entre as amostras de
Enterobacter spp. resistentes à cefepima alerta à importância da política do uso
apropriado dos agentes antimicrobianos, particularmente das cefalosporinas de amplo
espectro, para restringir a seleção de isolados resistentes. / Background: Enterobacter spp. is an important clinical pathogen in nosocomial bloodstream infections that frequently exhibits resistance to high spectrum cephalosporins. In this microrganism, resistance is usually due to derepression of AmpC locus, but other resistance mechanisms can also occur, like plasmid-encoded extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs), which makes antimicrobial therapy options much more limited. Purpose: The main objectives of this study were to evaluate susceptibility profile, fourth-generation cephalosporin resistance, genetic similarity, and
antimicrobial therapy adequacy among Enterobacter spp. isolated from bloodstream
infections at Hospital São Paulo complex, in 2003 and 2004. Methods: A total of 93
bloodstream isolates consecutively collected between January 2003 and March 2004
were susceptibility tested for 7 broad-spectrum agents by using Etest and following the
NCCLS procedures for agar difusion tests. ESBL Etest strips for the detection of
extended-spectrum beta-lactamases were used to determine ESBL phenotypes in
Enterobacter spp. strains. The bloodstream cefepime-resistant Enterobacter spp. were
further selected for molecular typing by automated ribotyping, and the medical records
of all patients with positive blood culture for these cefepime resistant pathogens were
examined to evaluate antimicrobial therapy adequacy and the effect of inappropriate
empirical antibiotic therapy on patients outcome. Results:. Resistance rates among
Enterobacter spp. ranged from 28% for ceftazidime, 18,3% for cefotaxime and 12,9%
for cefepime. Imipenem showed the highest susceptibility rate (100.0% susceptible) and
was active even against the stably derepressed AmpC-producers. The overall rank
order of spectrum (% susceptible) was: imipenem (100%) amikacin (86,0%) >cefepime
(84,9%) = gatifloxacin (84,9%) >piperacillin/tazobactam (81,7%) >ceftazidime (72,0%)
>cefotaxime (68,8%). Only 46,2% of ceftazidime-resistant Enterobacter spp. were
susceptible to cefepime. Co-resistance to other antimicrobial agents was common amog
ceftazidime-resistant and cefepime-resistant isolates. Five strains of Enterobacter spp.
were phenotypically detected as ESBL producers. Seven distinct ribotyping patterns
were observed among the 14 cefepime-resistant Enterobacter spp.. Most of cefepimeresistant
Enterobacter spp. bacteremias were from patients with severe comorbidities
and admitted in intensive care units or surgical units. Of the 16 patients infected with
cefepime-susceptibility-reduced Enterobacter spp., 5 received appropriate initial
antimicrobial therapy. The mortality rate was higher in the inadequately treated group.
Conclusions: This study shows high rates of cefepime resistance in bloodstream Enterobacter spp. isolates due to the presence of additional mechanisms of antimicrobial resistance, other than ESBL production; and suggests that previous broadspectrum cephalosporin administration could be related to resistance emergence, and empirical inappropriate antimicrobial therapy could adversely affect patients outcome.
The great genomic variability found among cefepime-resistant Enterobacter spp.
highlights the importance of appropriate use of antimicrobial agents, particularly broadspectrum
cephalosporins, to restrict selection of resistant isolates. / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Caracterização de metalo-beta-lactamases produzidas por amostras de pseudomonas aeruginosa isoladas em dois hospitais de Porto AlegreMartins, Andreza Francisco January 2005 (has links)
Introdução: P. aeruginosa é o principal agente causador de infecção hospitalar sendo a primeira causa de pneumonia nosocomial em hospitais brasileiros. Os carbapenêmicos são geralmente o tratamento empírico de escolha para infecções graves causadas por esta bactéria. Entretanto, seu uso tem sido limitado pelas elevadas taxas de resistência entre os isolados de P. aeruginosa principalmente os produtores de metalo-β-lactamases (Mβla). Objetivos: Caracterizar e avaliar a produção de metalo-β-lactamase em amostras de Pseudomonas aeruginosa resistentes a ceftazidima e/ou imipenem em dois hospitais universitários de Porto Alegre. Métodos: O método de disco difusão padronizado pelo NCCLS foi utilizado para avaliar o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos. Um teste de aproximação de discos utilizando ceftazidima com ácido 2-mercaptopropiônico foi utilizado para triagem de amostras produtoras de Mβla. A fita de Etest combinada imipenem com EDTA também foi utilizada como teste fenotípico. Os resultados destes dois testes foram comparados à PCR para pesquisa dos genes blaSPM-1, blaIMP-1 e blaVIM-2 .Os isolados produtores de Mβla foram submetidos a tipagem molecular pela técnica de macrorestrição de DNA seguida de pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). O perfil de hidrólise para o imipenem foi avaliado nas amostras produtoras de Mβla através da variação de absorção medida a 298 nm. Resultados: Dos 92 isolados clínicos analisados, 33 foram positivos no teste de aproximação de discos. Destes, 18 foram produtores de SPM-1 e 5 de IMP-1. Todas as amostras produtoras de SPM-1 apresentaram razão de IP/IPI na fita combinada ≥ 8. Os 18 isolados de SPM-1 foram classificados como um único padrão de PFGE que foi o predominante. Seis isolados pertenciam a um segundo padrão de PFGE, sendo que cinco destes eram IMP-1. O perfil de hidrólise mostrou que os isolados produtores de SPM-1 degradam mais efetivamente o imipenem quando comparado aos produtores de IMP-1 e aos não produtores de Mβla. Conclusões: Há uma alta prevalência de Mβla entre isolados de P. aeruginosa resistentes a imipenem e/ou ceftazidima. O gene SPM-1 é o elemento genético mais prevalente entre as amostras de P. aeruginosa Mβla positivas e a disseminação clonal têm contribuído para os elevados níveis de resistência aos carbapenêmicos entre os isolados de P. aeruginosa nos hospitais deste estudo.
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Influência da produção de metalo-ß-lactamase na mortalidade de pacientes com infecções nosocomiais por pseudomonas aeruginosaZavascki, Alexandre Prehn January 2005 (has links)
Resumo não disponível
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Perfil da susceptibilidade e tipagem molecular de acinetobacter spp. multirresistentes em um hospital universitário no sul do BrasilSoares, Fabiana da Silva Correa January 2006 (has links)
Resumo não disponível.
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[Beta]-lactamases na família enterobacteriaceae : métodos de detecção e prevalênciaOliveira, Kátia Ruschel Pilger de January 2008 (has links)
Entre membros da Família Enterobacteriaceae a produção de β-lactamases de espectro estendido (ESBL – Extended-Spectrum β-lactamase) se constitui em um importante mecanismo de resistência a antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de ESBL em diferentes gêneros da Família Enterobacteriaceae em um hospital universitário no sul do Brasil. Além disso, avaliou-se o teste de triagem proposto pelo CLSI, o teste que utiliza discos combinados e técnica de PCR para detecção de ESBL na Família Enterobacteriaceae. De forma complementar, foi feita pesquisa de KPC em amostras com resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem. Foram analisados 731 isolados da Família Enterobacteriaceae, obtidos a partir de amostras clínicas de pacientes hospitalizados. A prevalência de isolados produtores de ESBL na Família Enterobacteriaceae foi de 26,8% (196/731). Destacam-se Providencia spp. com uma prevalência de 91,7% (11/12), seguida de Klebsiella pneumoniae com 56,7% (59/104) e Enterobacter spp. com 40,7% (48/118). Entre os antibióticos utilizados no Teste Confirmatório Fenotípico, a cefepima foi o substrato que detectou o maior percentual dos isolados (90,6% - 183/202) como produtores de ESBL. Utilizando a técnica de PCR foi possível detectar blaTEM em 89,6% (208/232), blaSHV em 59% (137/232) e blaCTX-M em 37,9% (88/232) dos isolados. Comparando o perfil de suscetibilidade global das amostras ESBL com as demais amostras consideradas como não produtoras de ESBL, notou-se um grande decréscimo na sensibilidade de todos antimicrobianos testados (p < 0,05) nas ESBL positivas. Apenas os carbapenêmicos (Imipenem e Meropenem) apresentaram total eficácia in vitro. Outros antibióticos com maior percentual de sensibilidade para isolados produtores de ESBL foram Amicacina, Doxaciclina e Piperacilina/Tazobactam com 35,1%, 29,9% e 28,0% de sensibilidade, respectivamente. Entre os microrganismos com teste de triagem para ESBL positivo, 39 apresentaram resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem, mas em nenhuma destas amostras foi detectado o gene blaKPC por técnica de PCR.
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Avaliação da prevalência de Carbapenemases em amostras de Enterobactérias isoladas no complexo Hospital São Paulo/UNIFESP / Prevalence of Enterobacteriaceae-producing carbapenemases from Hospital São Paulo/UNIFESP complexNicoletti, Adriana Giannini [UNIFESP] 28 April 2010 (has links) (PDF)
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Previous issue date: 2010-04-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Objetivo: O objetivo principal deste estudo foi avaliar a presença de carbapenemases entre amostras de enterobactérias isoladas no Complexo Hospital São Paulo (UNIFESP) entre junho e julho de 2008. Métodos: A detecção dos genes codificadores de MBL e KPC foi realizada pela técnica de PCR. O teste de triagem foi realizado para detectar a presença de enterobactérias com sensibilidade reduzida aos carbapenens, as quais foram submetidas ao teste de sensibilidade aos antimicrobianos pela técnica de ágar diluição. As amostras que confirmaram a sensibilidade reduzida a pelo menos um dos carbapenens foram submetidas ao teste de Hodge modificado, ao teste de hidrólise de β-lactâmicos e à pesquisa fenotípica e genotípica da produção de ESBL e AmpC plasmidial. A avaliação do perfil de proteínas de membrana externa foi realizada através da amplificação e seqüenciamento dos genes codificadores das porinas OmpK35 e OmpK36. A avaliação da relação genética entre as amostras com redução da sensibilidade aos carbapenens foi realizada pelo método de ribotipagem automatizada. A determinação dos grupos de incompatibilidade plasmidial foi realizada conforme descrito por Carattoli et al., 2005 e Götz et al., 1996, para 10% das amostras incluídas no estudo e para as amostras controles produtoras de MBL. Resultados: 450 amostras clínicas de enterobactérias foram estudadas. Os genes codificadores das carbapenemases do tipo MBL e KPC não foram detectados em nenhuma amostra. A taxa de sensibilidade ao meropenem, imipenem e ertapenem entre estas amostras foi de 99,3%, 98,4% e 98%, respectivamente. Os isolados com sensibilidade reduzida a pelo menos um dos carbapenens totalizaram 2,9% das amostras. Destes, somente 45,5%, (5 amostras de Klebsiella pneumoniae) confirmaram este fenótipo pela ágar diluição. O teste de Hodge e o teste de hidrólise não detectaram a produção de carbapenemases nestas amostras. Os mecanismos de resistência responsáveis pela redução de sensibilidade aos carbapenens nas amostras de K. pneumoniae foram a produção de ESBL (blaCTX-M, blaSHV e/ou blaTEM) associada a alteração nas proteínas de membrana externa (n=4), ou somente a alteração das proteínas de membrana externa (n=1). Destas amostras, três K. pneumoniae foram classificadas como pertencentes ao mesmo ribogrupo. A determinação dos grupos de incompatibilidade plasmidial foi realizada para verificar se as amostras não adquiriam os genes codificadores de MBL devido à incompatibilidade entre os plasmídeos carreadores de tais genes e os plasmídeos presentes nas amostras de enterobactérias. Não houve amplificação dos genes relacionados aos grupos de incompatibilidade plasmidial em 58,5% das amostras. Os grupos de incompatibilidade plasmidial encontrados nas demais amostras foram I1, FIA, FIB, FIC, FrepB, FIIs, P, K/B, N, L/M, A/C e Q. Somente para duas das sete amostras controles produtoras de MBL foi possível realizar a tipagem plasmidial, S. marcescens produtora de IMP-1 (IncQ) e E. cloacae produtor de IMP-1 (IncQ e IncA/C). Conclusões: Apesar da grande prevalência de P. aeruginosa e Acinetobacter spp. produtores de MBL no Hospital São Paulo, a produção de carbapenemases por enterobactérias com diminuição da sensibilidade aos carbapenens não foi detectada. A sensibilidade reduzida aos carbapenens ocorre devido à associação de β-lactamases com alteração das proteínas da membrana externa. A hipótese da não transferência dos genes codificadores de MBL devido à incompatibilidade dos plasmídeos carreadores de tais genes e os plasmídeos naturalmente presentes nas enterobactérias não pode ser confirmada porque as amostras de enterobactérias apresentavam plasmídeos não tipavéis pelas técnicas utilizadas. / Objective: The aim of this study was to evaluate the presence of carbapenemases in Enterobacteriaceae isolated in Hospital São Paulo Complex (UNIFESP) between June and July 2008. Methods: The presence of MBL- and KPC-encoding genes was investigated by PCR. A screening test was conducted to detect isolates non-susceptible to at least one carbapenem. The antimicrobial susceptibility profile was determined by the CLSI agar dilution method for all isolates non-susceptible to carbapenens. Modified Hodge test and the detection of β-lactam hydrolysis, carried out by spectrophotometer assays, were conducted for the isolates that confirmed to be non-susceptible to at least one carbapenem. The production of ESBL or plasmid-mediated AmpC β-lactamases was investigated by phenotypic tests and their respective encoding genes were investigated by PCR. Amplifications of ompK35 and ompK36 genes were performed to evaluate whether outer membrane proteins (OMPs)-encoding genes were disrupted or missing. Clonality among isolates non-susceptible to carbapenens was assessed by automated ribotyping. The incompatibility groups of plasmids were determined by PCR-based replicon typing as previously described by Carattoli et al., 2005 and Götz et al., 1996, for 10% of the isolates included in this study and of 7 MBL-producing control strains. Results: 450 Enterobacteriaceae clinical isolates were investigated. The MBL and KPC-encoding genes were not detected in any isolate. The susceptibility rate to meropenem, imipenem and ertapenem were 99.3%, 98.4% and 98%, respectively. Overall, 2.9% of the isolates were classified as nonsusceptible to carbapenens. Of those, only 45.5% (5 K. pneumoniae isolates) confirmed to be non-susceptible to at least one carbapenem by the agar dilution technique. The modified Hodge test and the β-lactam hydrolysis by spectrophotometer assays did not detect carbapenemase production in these isolates. The mechanisms conferring reduced susceptibility to carbapenems among these isolates are the production of ESBL (blaCTX-M, blaSHV and/or blaTEM) associated with altered OMPs (n=4), or only altered OMPs (n=1). Three K. pneumoniae isolates non-susceptible to carbapenens were clustered in one ribogroup. The determination of plasmids’ incompatibility group was carried out to verify if transmission of MBL-encoding genes was prevented due to incompatibility between plasmids occurring in the Enterobacteriaceae clinical isolates studied and those carrying MBL-encoding genes. The incompatibility group of 58.5% of isolates could not be determined due to lack of amplification. Among the remaining isolates the incompatibility groups I1, FIA, FIB, FIC, FrepB, FIIs, P, K/B, N, L/M, A/C and Q were found. Among the MBL producers, the incompatibility group could be determined only for two IMP-1 producers, S. marcescens (IncQ) and E. cloacae (IncQ and IncA/C). Conclusions: While MBL-production is highly prevalent among P. aeruginosa and Acinetobacter spp. clinical isolates from Hospital São Paulo, Enterobacteriaceae isolates nonsusceptible to carbapenens due to carbapenemase production were not detected. In contrast, reduced susceptibility to carbapenems occurred due to the association of β-lactamase production with altered OMPs. The hypothesis that incompatibility between plasmids could have prevented transmission of MBL-encoding genes from non-fermenter rods to Enterobacteriaceae could not be confirmed since most strains presented non-typable plasmid content. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Mineração de dados metagenômicos visando a análise da diversidade de serina Beta-Lactamases em diferentes ambientesFróes, Adriana Machado January 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O uso inadequado de antibióticos tem causado um grande impacto na saúde pública devido à seleção e aumento de bactérias patogênicas multirresistentes e de difícil tratamento. Dentre os antibióticos administrados na área clínica, os \03B2-lactâmicos são os mais usados e atuam no bloqueio da síntese da parede celular bacteriana, levando à sua morte. Bactérias desenvolveram resistência a esses antibióticos, devido, inclusive, à produção de \03B2-lactamases que são capazes de clivar o anel \03B2-lactâmico, permitindo que a síntese da parede celular bacteriana ocorra. Os hospitais são uma grande fonte de seleção de bactérias multirresistentes, passando para os esgotos municipais e ambientes, mas pouco se sabe a respeito da prevalência e diversidade desses genes em esgotos hospitalares. Sendo assim, o presente trabalho teve como objetivo a exploração taxonômica e funcional do metagenoma dos esgotos de dois hospitais do Rio (EHRJ), assim como a análise da diversidade de \03B2-lactamases presentes nesses hospitais e em bases de dados metagenômicos públicas (CAMERA e IMG/M). A análise taxonômica das sequências dos esgotos hospitalares do Rio revelou maior abundância de Firmicutes (~55%) e Bacteroidetes (~30%) em ambas as amostras hospitalares. A mineração de \03B2-lactamases foi realizada através de buscas com perfis HMM para cada classe (A, C e D) em bases de dados metagenômicos, incluindo a de EHRJ
Os resultados indicaram a presença de prováveis homólogos de \03B2-lactamases nos diferentes ambientes, tendo sua anotação funcional confirmada por similaridade com bases de domínios conservados e filogenia, mostrando ser um método sensível e eficaz. Em relação às amostras de esgotos hospitalares, a filogenia mostrou que essas sequências foram agrupadas próximas às \03B2-lactamases representativas dos grupos Firmicutes e Bacteroidetes, corroborando com os resultados de análise taxonômica. As sequências das amostras EHRJ formaram um clado entre si, na maioria das vezes, distantes das sequências dos diferentes projetos metagenômicos previamente estudados de outros ambientes que agruparam próximas de sequências representativas do grupo Proteobacteria, em sua maioria. O hospital da Zona Sul do Rio apresentou uma maior abundância de \03B2-lactamases da classe A (50%), enquanto no hospital da Zona Norte a classe D (55%). Em relação às subclasses de \03B2-lactamases, ACC (53%), CfxA (65%), OXA-10 (30%) e LCR-1 (27%) foram as subclasses de \03B2-lactamases mais abundantes detectadas no efluente da Zona Sul, enquanto nas amostras da Zona Norte as mais abundantes foram CfxA (28,4%) e CEPA (20%), ACC e FOX (~20%) e OXA-10 (32%). Essa diferença na distribuição dessas subclasses pode estar relacionada com a quantidade e tipos de antibióticos \03B2-lactâmicos administrados em cada hospital. A análise taxonômica revelou que Firmicutes (~55%) e Bacteroidetes (~30%) foram os grupos mais abundantes presentes nas amostras de esgotos hospitalares do Rio / The misuse of antibiotics has caused a huge
impact
on public health because of the
selection and increase of multiresistent pathogenic bacteria
, making its treatment
extremely hard
.
Among the antibiotics taught in the clinical area, ß
-
lactamics are
the
most used and acts on blocking the bacteria cel
l wall synthesis
,
causing its death.
However, bacteria have evolved resistence to these antibiotics due mainly to the
production of β
-
lactamases
which are capable of cleaving the β
-
lactam ring,
allowing
the cell wall synthesis to occur
.
Hospitals are a gre
at source of multiresistant bacteria
selection
,
and it passes to municipal and environments effluents
.
However, little is
known about the real prevalence of these genes in hospitals sewage. This work
applied high
-
throughput sequenc
ing and metagenomic analy
ses to explore the
diversity and functional analysis in bacterial community from two sewage hospitals in
Rio de Janeiro
-
RJ and also to study the diversity of
β
-
lactamases
in those two
hospitals environments, including those available in public databases su
ch as
CAMERA and IMG/M
.
S
earches with pHMMs were performed
against
metagenomes
datasets
using
appropriate
profiles
for
studies
concerning
β
-
lactamases
diversity.
Besides, functional and taxonomic characterization of β
-
lactamases
was performed
using samples
from the two hospitals sewage, including phylogenetic analysis of the
possible β
-
lactamases
.
Results from the searches with
pHMMs
showed that these
profiles were capable of mining β
-
lactamases from different sources, checked by
similarity analysis with conserved patterns databases and phylogeny showing the
efficacy and sensitivity of our pHMM
-
based approach in detecting putative β
-
l
actamases sequences. Phylogeny assisted to classify these enzymes showing the
sewage hospitals probable β
-
lactamases grouped along the same clade and close to
Firmicutes and Bacteroidetes sequences, and distant from probable β
-
lactamases
retrieved from met
agenomic projects from environmental (especially aquatic and
terrestrial), engineered and host
-
associated ecossystems, which grouped closer to β
-
lactamases from Proteobacteria, mainly.
Hospital from
South Zone (SZ) of Rio
presented a greater abundance of
c
lass A
β
-
lactamases (50%), while in the hospital
from North Zone (NZ) were
class D (55%). Concerning the subclasses
of
β
-
lactamases,
ACC (53%), CfxA (65%), OXA
-
10 (30%) and LCR
-
1 (27%) were the
most abundant
detected on sewage samples from the SZ hospital
of Rio as on
samples from NZ hospital the most abundant were CfxA (28,4%) and CEPA (20%),
ACC and FOX (~20%) and OXA
-
10 (32%). Such difference in this subclasses
distributions could be related to the quantities and types of
β
-
lactams
antibiotics
administe
red in the two hospitals.
Taxonomic analysis revealed that Firmicutes
(~55%) and Bacteroidetes (~30%) were the most abundant groups composing the
hospital sewage samples from Rio
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[Beta]-lactamases na família enterobacteriaceae : métodos de detecção e prevalênciaOliveira, Kátia Ruschel Pilger de January 2008 (has links)
Entre membros da Família Enterobacteriaceae a produção de β-lactamases de espectro estendido (ESBL – Extended-Spectrum β-lactamase) se constitui em um importante mecanismo de resistência a antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de ESBL em diferentes gêneros da Família Enterobacteriaceae em um hospital universitário no sul do Brasil. Além disso, avaliou-se o teste de triagem proposto pelo CLSI, o teste que utiliza discos combinados e técnica de PCR para detecção de ESBL na Família Enterobacteriaceae. De forma complementar, foi feita pesquisa de KPC em amostras com resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem. Foram analisados 731 isolados da Família Enterobacteriaceae, obtidos a partir de amostras clínicas de pacientes hospitalizados. A prevalência de isolados produtores de ESBL na Família Enterobacteriaceae foi de 26,8% (196/731). Destacam-se Providencia spp. com uma prevalência de 91,7% (11/12), seguida de Klebsiella pneumoniae com 56,7% (59/104) e Enterobacter spp. com 40,7% (48/118). Entre os antibióticos utilizados no Teste Confirmatório Fenotípico, a cefepima foi o substrato que detectou o maior percentual dos isolados (90,6% - 183/202) como produtores de ESBL. Utilizando a técnica de PCR foi possível detectar blaTEM em 89,6% (208/232), blaSHV em 59% (137/232) e blaCTX-M em 37,9% (88/232) dos isolados. Comparando o perfil de suscetibilidade global das amostras ESBL com as demais amostras consideradas como não produtoras de ESBL, notou-se um grande decréscimo na sensibilidade de todos antimicrobianos testados (p < 0,05) nas ESBL positivas. Apenas os carbapenêmicos (Imipenem e Meropenem) apresentaram total eficácia in vitro. Outros antibióticos com maior percentual de sensibilidade para isolados produtores de ESBL foram Amicacina, Doxaciclina e Piperacilina/Tazobactam com 35,1%, 29,9% e 28,0% de sensibilidade, respectivamente. Entre os microrganismos com teste de triagem para ESBL positivo, 39 apresentaram resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem, mas em nenhuma destas amostras foi detectado o gene blaKPC por técnica de PCR.
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Caracterização de metalo-beta-lactamases produzidas por amostras de pseudomonas aeruginosa isoladas em dois hospitais de Porto AlegreMartins, Andreza Francisco January 2005 (has links)
Introdução: P. aeruginosa é o principal agente causador de infecção hospitalar sendo a primeira causa de pneumonia nosocomial em hospitais brasileiros. Os carbapenêmicos são geralmente o tratamento empírico de escolha para infecções graves causadas por esta bactéria. Entretanto, seu uso tem sido limitado pelas elevadas taxas de resistência entre os isolados de P. aeruginosa principalmente os produtores de metalo-β-lactamases (Mβla). Objetivos: Caracterizar e avaliar a produção de metalo-β-lactamase em amostras de Pseudomonas aeruginosa resistentes a ceftazidima e/ou imipenem em dois hospitais universitários de Porto Alegre. Métodos: O método de disco difusão padronizado pelo NCCLS foi utilizado para avaliar o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos. Um teste de aproximação de discos utilizando ceftazidima com ácido 2-mercaptopropiônico foi utilizado para triagem de amostras produtoras de Mβla. A fita de Etest combinada imipenem com EDTA também foi utilizada como teste fenotípico. Os resultados destes dois testes foram comparados à PCR para pesquisa dos genes blaSPM-1, blaIMP-1 e blaVIM-2 .Os isolados produtores de Mβla foram submetidos a tipagem molecular pela técnica de macrorestrição de DNA seguida de pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). O perfil de hidrólise para o imipenem foi avaliado nas amostras produtoras de Mβla através da variação de absorção medida a 298 nm. Resultados: Dos 92 isolados clínicos analisados, 33 foram positivos no teste de aproximação de discos. Destes, 18 foram produtores de SPM-1 e 5 de IMP-1. Todas as amostras produtoras de SPM-1 apresentaram razão de IP/IPI na fita combinada ≥ 8. Os 18 isolados de SPM-1 foram classificados como um único padrão de PFGE que foi o predominante. Seis isolados pertenciam a um segundo padrão de PFGE, sendo que cinco destes eram IMP-1. O perfil de hidrólise mostrou que os isolados produtores de SPM-1 degradam mais efetivamente o imipenem quando comparado aos produtores de IMP-1 e aos não produtores de Mβla. Conclusões: Há uma alta prevalência de Mβla entre isolados de P. aeruginosa resistentes a imipenem e/ou ceftazidima. O gene SPM-1 é o elemento genético mais prevalente entre as amostras de P. aeruginosa Mβla positivas e a disseminação clonal têm contribuído para os elevados níveis de resistência aos carbapenêmicos entre os isolados de P. aeruginosa nos hospitais deste estudo.
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