Geotrichum candidum est une levure hémiascomycète ubiquitaire longtemps considérée comme un champignon filamenteux. C'est l'une des levures les plus fréquemment trouvées dans les fromages dans les quelles elle contribue à l'affinage. Dans le cadre du projet ANR ALIA Food Microbiomes en partenariat avec des industriels fromagers et producteur de levain, nous avons caractérisé l'espèce G. candidum par une étude phylogénétique et placé de manière non ambigüe G. candidum parmi les levures hémiascomètes. Une analyse MLST a permis de séparer les souches étudiées en deux groupes. Le premier contient essentiellement des souches environnementales tandis que le second ne contient que des souches isolé du fromage. Cela suggère une certaine sélection ou spécialisation d'un groupe de souche dans la fabrication du fromage. Une méthode de typage inter LTR plus discriminante a permis de typer l'ensemble des souches et peut fournir aux industriels un outil robuste pour le suivi d'une souche en production. Le génome de G. candidum CLIB 918 = ATCC 204307 a été séquencé. Les premières analyses ont mis en évidence des discontinuités évolutives parmi les gènes qui le composent. Parmi les 6802 gènes identifiés, 315 gènes présentent des orthologues chez les champignons filamenteux et non chez les levures. Cela suggère que durant l'évolution, G. candidum a conservé un grand nombre de gènes qui a été perdu chez les autres levures ou en a reçu certain par transfert horizontal de gènes. L'existence de ce même type de gènes chez d'autre levure ayant une position basale dans l'arbre des hémiascomycètes, suggère que G. candidum et ces levures ont une position intermédiaire lors de la transition évolutive champignon vers levure. Il est à noter que certains d'entre eux sont impliqués dans le métabolisme et pourraient jouer un rôle dans l'adaptation de cette levure à la fabrication du fromage.

Les fluctuations climatiques Quaternaires (<2.5 Ma) offrent un contexte approprié à l'étude de l'impact du changement climatique actuel sur la biodiversité. La dernière glaciation, dont le maximum glaciaire s'est terminé il y a environ 19 000 ans, a ainsi largement participé à la distribution des espèces actuelles. Les derniers milliers d'années constituent donc une période propice à l'étude de la mise en place et du maintien de la biodiversité.L'objectif de ma thèse a été de mieux comprendre comment une espèce de rongeur forestier apparue il y a environ 2 Ma, le campagnol roussâtre (Myodes glareolus), a répondu à ces cycles du Quaternaire. Mon étude s'est basée sur une approche morphométrique de plusieurs caractères impliqués dans la mastication (mandibule et molaires), visant à quantifier la différenciation de forme associée à l'influence de différents facteurs.Des résultats contrastés ont été obtenus selon le caractère considéré, la mandibule montrant une importante variabilité liée aux variations de la structure d'âge des populations. Au contraire, les molaires ont pu être utilisées comme marqueur de la structuration biogéographique du campagnol roussâtre.L'étude dans l'actuel des variations de taille et de forme des molaires et mandibules du campagnol roussâtre Myodes glareolus a nécessité l'intégration de thématiques variées touchant au patrimoine génétique des organismes, à leur développement, aux traits d'histoire de vie, à l'environnement, etc. Ceci a permis de mieux appréhender la complexité des processus conduisant à la grande diversité des patrons de forme observés chez le campagnol roussâtre.

Les changements climatiques et d'usages des sols sont des facteurs clés affectant la biodiversité. Par ailleurs, la nécessité de concilier production agricole et biodiversité, en améliorant les mesures de conservation existantes et en intégrant les considérations environnementales dans les futures politiques agricoles, est devenue une préoccupation majeure. L'objectif de la thèse était d'étudier comment les changements environnementaux (climatiques et d'usages des sols agricoles) et les mesures de conservation mises en œuvre en réponse à ces pressions environnementales, sont susceptibles d'affecter les communautés d'oiseaux nicheurs. Une première partie de mes travaux a porté sur l'évaluation des effets des mesures agro-environnementales (MAE) récemment mises en œuvre en France. Ces travaux mettent en évidence l'efficacité mitigée des MAE dans leur ensemble, bien que certaines semblent pouvoir améliorer la dynamique des populations en déclin. Dans une seconde partie, j'ai cherché à prédire les impacts potentiels des changements environnementaux futurs sur les communautés d'oiseaux. Les prédictions des impacts potentiels de différents scénarios PAC à l'horizon 2020 m'ont tout d'abord permis de mettre en évidence la nécessité de développer des scénarios à fine échelle spatiale, tenant compte de la diversité des systèmes agricoles en France. J'ai donc développé différents scénarios de changements d'assolements à l'échelle des petites régions agricoles, certains étant déclinés à deux échelles de prise de décision politique : nationale et régionale. Les prédictions des impacts de ces scénarios combinés à différents scénarios de changements climatiques et d'usage des sols, nous permettent notamment de mettre en évidence que la régionalisation de politiques d'extensification en fonction des agrosystèmes, pourrait permettre de maximiser la conservation des communautés d'oiseaux communs en milieu agricole. En conclusion, le développement de telles approches prédictives est utile pour prédire les impacts des changements potentiels du climat et de l'utilisation des terres, et est par conséquent un réel outil d'aide à la décision pour élaborer les futures politiques agricoles

Depuis plus de 40 ans, les mobilisations autour d'enjeux environnementaux interrogent les relations que l'homme entretient avec la nature. Mais toutes les questions d'environnement ne retiennent pas l'attention des pouvoirs publics et du public. Fondée sur une approche constructiviste de sociologie des problèmes publics et de sociologie cognitive, la thèse permet de comprendre, à partir de l'exemple de la conservation des bois morts, comment cette question a été instituée en problème public - sous l'impulsion de scientifiques et de responsables d'associations environnementales - et inscrite à l'agenda des politiques environnementales. Si la dimension sectorielle de ce type de problème a rendu difficile sa médiatisation, la thèse montre aussi qu'il a bénéficié de l'alignement du cadre interprétatif sur des catégories de problèmes publics déjà identifiés comme celui de la biodiversité. La thèse interroge également la production normative inhérente à la publicisation de cette question ainsi que les conditions d'élaboration de solutions. Si la production de normes censées résoudre ces problèmes est de plus en plus décentralisée et négociée, ce travail de normalisation montre ses limites en termes d'asymétrie de pouvoir, de légitimité sociale accordée aux différents acteurs de la négociation et de l'hétérogénéité des référentiels qui reposent parfois sur des compromis minimalistes et fonctionnels. Malgré cette absence de cadres interprétatifs et de référentiels normatifs stabilisés, les forestiers de terrain, enquêtés dans les Landes de Gascogne et la forêt de Rambouillet, se montrent de plus en plus réceptifs à la question de la biodiversité associée aux bois morts mais aussi à l'utilisation de cette biomasse comme source d'énergie renouvelable. Notre approche de sociologie cognitive, et en particulier de la pensée technique, montre que cette mise en concurrence et ce recadrage autour de problèmes publics environnementaux présentés comme d'égale importance interrogent à nouveau les forestiers sur leur façon de concilier éthique environnementale et économie dans le cadre de leur gestion forestière.

Les espaces verts en ville ont longtemps été perçus comme des espaces réservés à des fins exclusivement récréatives. Il en a résulté des espaces uniformes, sans grande variété de végétaux. Or, depuis la prise de conscience des problématiques environnementales urbaines, la notion de biodiversité en ville est maintenant reconnue dans certaines politiques de protection des espaces verts. Cependant, il reste à savoir si cette prise de conscience est basée sur une interprétation juste du rôle de la biodiversité et surtout si elle est articulée dans la gestion et l'aménagement urbains. Des avancées dans la recherche écologique ont conduit à de nouveaux concepts issus de l'écologie du paysage qui soutiennent les bases des nouvelles stratégies de conservation. Cette recherche vise à explorer les fondements sur lesquels s'appuient les politiques et programmes municipaux dont la Ville de Montréal s'est dotée afin de mettre en valeur ses espaces verts. Nous avons tout d'abord analysé cet ensemble de documents d'orientations et de politiques afin de déterminer les fonctions allouées aux espaces verts. Nous avons ensuite procédé à l'analyse de l'approche de conservation de la biodiversité ainsi que de son application sur le territoire montréalais. L'analyse de l'application porte sur le territoire de la Trame verte de l'Est. Les résultats de notre analyse montrent une vision réductrice des rôles que les espaces verts peuvent accomplir au sein de la ville. Nous avons aussi constaté que la planification de la conservation est basée sur une conception « statique » des écosystèmes et en ce sens, peu de nouvelles idées issues notamment de l'écologie du paysage ont été intégrées à la planification. En conclusion, cette démarche montréalaise de revalorisation des espaces verts ne s'inscrit ni dans une gestion intégrée de la ville, ni dans une approche holistique des espaces verts, comportant ainsi des risques pour la protection à long terme de la biodiversité en ville. Enfin, l'application du modèle de Réserve de la biosphère urbaine est explorée pour Montréal. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Biodiversité en milieu urbain, Montréal, connectivité, Réseau écologique, Gestion écosystémique, Services écosystémiques, Espaces verts, Politique de protection et de mise en valeur des milieux naturels, Réserve de la biosphère urbaine.

Cette recherche se situe à l'intersection des sciences politiques et de la philosophie. Elle dresse une analyse sélective des principales dimensions éthiques et politiques du système de gouvernance environnementale et de son régime de conservation de la diversité biologique. L'hypothèse principale autour de laquelle s'est construite toute l'argumentation pose les rapports de force entre les acteurs de la gouvernance environnementale et les différentes conceptions éthiques de la conservation de la nature, de l'environnement et du développement, comme les éléments et variables structurant la hiérarchie et le mode de fonctionnement, vertical et horizontal, de la gouvernance environnementale. Autrement dit, les dynamiques du jeu des acteurs internationaux, dont les intérêts et les visions divergent, se reflètent dans la structure de la gouvernance environnementale, dans les accords et dans la problématique d'application des accords à l'échelle des États des AME (Accords Multilatéraux Environnementaux). La méthode choisie mêle analyse du discours et analyse systémique et elle sélectionne de manière instrumentaliste les contributions des principales théories des relations internationales à l'analyse de la gouvernance environnementale. Notre démonstration se fait autour de trois niveaux d'analyse. D'abord, et c'est l'objet du premier chapitre, nous identifions les fondements théoriques et discursifs de la gouvernance environnementale depuis les années 1960, et montrons comment la Banque Mondiale est l'acteur central de cette gouvernance, tant au niveau de la production du discours qu'à celui de l'échiquier des négociations. Dans un second temps, nous démontrons, à travers l'analyse des concepts et textes constitutifs du régime de conservation de la diversité biologique, comment se traduisent ces rapports de force, notamment à travers la notion de ressource génétique. Enfin, à travers des études des fondements de l'idéologie moderne de la propriété et de l'histoire de la gestion des ressources naturelles, nous montrons qu'à l'inverse de ce que peut laisser entendre l'approche communautaire de la Banque Mondiale, ce sont les dynamiques et les visions globales qui vont structurer l'organisation locale et générer des formes de résistance. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : gouvernance environnementale, régime de conservation de la diversité biologique, biotechnologie, propriété, rapport de force, éthique.

La modification des attributs forestiers et des composantes structurales tel les débris ligneux grossiers lors des activités de récolte forestière peut entraîner la disparition des espèces qui leur sont associées. En effet, une part importante de la biodiversité des écosystèmes boréaux est associée aux débris ligneux grossiers (arthropodes, champignons, bactéries, micro-mammifères et végétaux). De par leur grande sensibilité aux modifications environnementales (ensoleillement, température de l'air, nombre de débris ligneux grossiers), les bryophytes sont de bons indicateurs de ces changements. On désigne épixylique une bryophyte dont le substrat de prédilection est le bois en décomposition. Celles-ci peuvent donc être utilisées pour évaluer la disponibilité et la qualité des débris ligneux grossiers. Trois niveaux de perturbation (reflétant un gradient d'impact des activités forestières) sont utilisés pour observer la réponse des épixyliques : un témoin non perturbé, une coupe adaptée avec maintien du couvert (CAMC) et une coupe totale. L'objectif de cette étude est de voir si la coupe avec maintien du couvert pourrait maintenir une riche communauté d'épixyliques. Cette technique de récolte pourrait atténuer les changements environnementaux, notamment la destruction des débris ligneux grossiers. Les hypothèses sont : 1) les caractéristiques des débris ligneux grossiers sont corrélées avec le gradient de sévérité des traitements; 2) l'ouverture de la canopée et la température ambiante au niveau du débris ligneux grossiers sont plus élevées après la récolte et corrélées avec le gradient; 3) ces changements entrainent des différences dans la communauté des bryophytes le long du gradient. Au total, 225 débris ligneux grossiers distribués dans 45 parcelles permanentes (appartenant au dispositif du RECPA) ont été sondés pour évaluer leurs caractéristiques ainsi que pour procéder à l'inventaire des bryophytes. Les résultats de la sélection de modèles montrent que le traitement n'affecte pas directement la richesse des épixyliques, mais plutôt agit sur trois facteurs qui en retour affectent la richesse des épixyliques : l'ouverture de la canopée, le diamètre moyen et la classe de décomposition. Les habitats peu ouverts présentant de gros débris ligneux grossiers bien décomposés ont ainsi montré une richesse spécifique supérieure. Le fait que la majorité des épixyliques furent retrouvées plus communément au sol que sur les débris ligneux grossiers était inattendu. Les conclusions de cette étude démontrent que la coupe adaptée avec maintien du couvert offre le microclimat et une disponibilité de débris ligneux grossiers de qualité plus propice à la colonisation par les épixyliques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Bryophytes épixyliques, débris ligneux grossiers, épinette noire, paludification, aménagement écosystémique

Les perturbations naturelles sont des processus fondamentaux qui produisent des changements dans les écosystèmes forestiers. Les changements spatio-temporels dans l'assemblage des communautés forestières et les réponses individuelles des espèces aux perturbations naturelles dans des peuplements de Abies balsamea-Betula spp. ont été examinés. Je me suis intéressé à: (a) décrire la diversité et l'abondance des espèces après des perturbations de sévérité modérée, et les principaux facteurs qui affectent les réponses, (b) comparer la diversité et l'abondance des espèces au sein de trois régions distinctes, au niveau physiographique, à travers la zone boréale mixte, (c) examiner la diversité et l'abondance des espèces par rapport aux différents niveaux de mortalité causés par des perturbations naturelles (les trouées de canopée, les perturbations de sévérité modérée, le feu catastrophique), et (d) déterminer la variation des intervalles de retour pour les diverses perturbations représentant les composantes principales du régime de perturbations naturelles à travers la zone de forêt boréale mixte du Québec, Canada (à noter que cette section est dans l'Annexe 1). Les ordinations canoniques, les indices de diversité et les modèles univariés furent les principaux outils analytiques utilisés pour examiner les réponses de la végétation. Les facteurs écologiques comme la composition du peuplement avant la perturbation et la densité de débris ligneux grossiers ont fortement influencé la diversité et l'abondance de la végétation à la suite de perturbations de sévérité modérée, alors que les types de perturbations n'ont eu que des impacts mineurs sur les patrons. Différentes séries de facteurs ont déterminé la diversité et l'abondance de la végétation ligneuse après perturbation à travers la zone de forêt boréale mixte, avec l'importance d'un facteur particulier dépendant des caractéristiques spécifiques de l'habitat local. La composition du peuplement avant perturbation et la densité de débris ligneux grossiers furent les seuls facteurs affectant fortement la diversité et l'abondance dans tous les emplacements examinés. La variation dans la diversité alpha (α), gamma (S), et bêta (β) a été observée à travers la région. Shannon's H était le plus haut le long de la Côte Nord et le plus bas dans la Péninsule Gaspésienne. Les valeurs de evenness (J) indiquent que la variation dans les abondances relatives des espèces d'arbres de la canopée était plus grande le long de la Côte Nord par rapport à la Péninsule Gaspésienne. Les sites trouvé en Temiskaming-Abitibi ont eu des valeurs intermédiaires pour H et J. Pourtant, malgré des différences physiographiques considérables à travers la région, des patrons de régénération similaires ont été observés partout, avec les peuplements convergeant généralement vers la prédominance de résineux à la suite de perturbations de sévérité modérée. Les trouées de canopée et les perturbations de sévérité modérée n'ont pas changé le cours de la succession, tandis que les feux catastrophiques ont modifié substantiellement la communauté végétale, les espèces de début de succession intolérantes à l'ombre devenant dominantes. La densité et la diversité des espèces d'arbres et arbustes de sous-étage, mi-tolérantes et intolérantes à l'ombre ont augmenté alors que la mortalité augmentait. Les estimations de richesse d'espèces les plus élevées furent observées suite aux feux catastrophiques, plusieurs des espèces s'établissant exclusivement sous ces conditions. L'abondance relative de la régénération d'arbres de la canopée fut la plus similaire suite à des trouées de canopée et des perturbations de sévérité modérée. Au niveau de la communauté d'arbustes et d'arbres de sous-étage, les abondances relatives des espèces ont été les plus similaires suite à des perturbations de sévérité modérée et des feux catastrophiques. Les réponses de la végétation aux perturbations de sévérité modérée ont donc eu des traits communs avec les deux extrêmes du gradient de mortalité causé par des perturbations naturelles, mais pour des strates de régénération différentes. Ainsi, un changement graduel et linéaire dans les abondances relatives d'espèces; c.-à-d., de tolérant à intolérant à l'ombre avec des niveaux de mortalité croissants, n'a pas été observé. On a plutôt remarqué des seuils où des changements soudains et importants dans la composition de la communauté sont arrivés, les limites de ces changements étant dépendants de la strate de végétation en question. Les intervalles de retour estimés pour des trouées de canopée, des perturbations de sévérité modérée et des feux catastrophiques furent respectivement de 30,39, et entre 170 et 250 ans. Pour la tordeuse des bourgeons d'épinette et le chablis total, ceux-ci furent respectivement de 40 et 17 000 ans. L'agrégation spatiale des divers types de perturbations a été observée, certains secteurs étant plus enclins à l'apparition d'épidémies de tordeuse des bourgeons d'épinette ou au chablis total. L'émergence d'épidémies de tordeuse des bourgeons d'épinette fut dépendante de la densité de sapin baumier présente. Les chablis totaux ont eu tendance à arriver près des secteurs plats et dépressions présents à proximité des lacs dans les emplacements continentaux, alors que les chablis des emplacements côtiers ont plutôt été associés avec les conditions de haut de pente. Les patrons et processus spatio-temporels de perturbations naturelles dans les forêts boréales mixtes d'Abies balsamea-Betula spp. sont conformes à un régime de perturbations caractérisé par des événements fréquents et partiels et des événements rares et catastrophiques. Dès lors, la prédominance de conditions associées aux forêts de fin de succession à travers le paysage est favorisée. Le régime actuel de perturbations diffère nettement des modèles historiques des 400 dernières années, caractérisés par la prédominance des feux catastrophiques comme types de perturbations. L'augmentation prévue des intervalles de temps entre feux catastrophiques peut ainsi mener à une diversité de végétation réduite dans le système. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Dynamique de perturbations naturelles, Trouées de canopée, Perturbations de sévérité modérée, Tordeuse des bourgeons d'épinette, Chablis total, Feu catastrophique, Diversité et abondance de la végétation ligneuse, Intervalles de retour, Forêt boréale mixte de Abies balsamea-Betula spp.

De multiples analyses géochimiques (isotopes du carbone et du soufre, spéciation du fer, contenu en carbone et soufre dans le sédiment et éléments traces) ont été effectuées pour étudier les influences environnementales sur la diversification de la faune d'Édiacara (~570 Ma), à l'Ordovicien inférieur et moyen (~470 Ma), aux extinctions de masse de l'Ordovicen (~445 Ma) et de la limite Permien-Trias (~251 Ma). Les enregistrements haute-résolution de o13 Cet de o13 C org d'une section provenant de Honghuayuan (Sud de la Chine) ont montré une élévation de +8%o du o13 C dans le Floian de l'Ordovicien. Cela implique une hausse du taux d'enfouissement de la matière organique pendant la première partie de l'Ordovicien récent qui aurait pu contribuer au refroidissement climatique et déclencher cet évènement. Les deux valeurs positives du o13Corg correspondent aux deux pulses de l'extinction de masse de l'Ordovicien. Cela implique des changements dans le cycle biogéochimique du carbone qui sont associés à ['extinction de masse de l'Ordovicien. Les valeurs élevées de o34S de la pyrite, le bref passage à des valeurs négatives du o34S de 20%o, associés à un ralentissement de la glaciation traduiraient des conditions anoxiques dans l'océan profond pendant la période hirnantienne. Ces conditions anoxiques pourraient avoir pris part à l'extinction de masse à la fin de l'Ordovicien dans le Sud de la Chine et probablement ailleurs. La spéciation des isotopes du Fe et du S, les données de pyrite provenant de la formation de Sheepbed (Canada) et de Doushantuo (Chine) ont suggéré que J'oxygénation progressive des eaux de fond pourrait avoir permis l'apparition burtale des animaux au début de l'Édiacarien et avoir déclenché leur diversification.. Les données isotopiques de C et S, à la limite Pr-T de Nhi Tao (Vietnam), exposent un appauvrissement en 34S, des valeurs négatives du o13 C des carbonates, et une variation positive significative entre les horizons pyriteux (proxy : [S]py et o34Spy) et o13 C de carbonate (10-20 cm). Ces données isotopiques suggèrent que la remontée des eaux profondes anoxiques pourrait avoir servie comme mécanisme de déclenchement pour l'extinction de masse du Permien. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : diversification, extinction de masse, isotope du carbone, isotope du soufre, spéciation du Fe, procédé de refroidissement, oxique, anoxique

Face à la crise actuelle d'extinction des espèces, la compréhension des mécanismes reliant la biodiversité au fonctionnement des écosystèmes est devenue primordiale. Malgré une réduction des émissions atmosphériques de SO2 et NOx, l'acidification des eaux de surface demeure une cause majeure d'érosion de la biodiversité. Cette situation est préoccupante dans les Vosges, où une restauration par épandages aériens d'amendements a été adoptée comme alternative potentielle. 2 bassin-versants ont ainsi fait l'objet d'apports calco-magnésiens. La proximité d'écosystèmes acidifiés, restaurés et sains offre l'opportunité d'étudier, in situ, les relations biodiversité/fonctionnement. La décomposition de la MO allochtone dont les principaux acteurs sont les hyphomycètes aquatiques et les invertébrés détritivores, représente un processus clé du fonctionnement des cours d'eau de tête de bassin. Une expérience de dégradation de feuilles a été réalisée dans 6 ruisseaux présentant différents degrés d'acidité, avant et après amendement de 2 d'entre eux. Nos résultats montrent que l'acidification affecte la vitesse de dégradation des litières, ainsi que les communautés de détritivores et de décomposeurs, en particulier la diversité des hyphomycètes. L'amélioration chimique d'un ruisseau amendé, s'est rapidement accompagnée d'une recolonisation fongique et d'une restauration fonctionnelle partielle. Une relation entre la richesse en hyphomycètes et les taux de décomposition a été mise en évidence. Leur diversité influencerait ce processus, en augmentant l'appétence des litières pour certains déchiqueteurs. L'hypothèse d'un réseau trophique dépendant de la richesse fongique a été proposée.