Magister en Ciencias Biológicas con mención en Ecología y Biología Evolutiva / http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/106705

Magíster en Ciencias, Mención Computación / Ingeniero Civil Matemático / Una red Booleana es un modelo de redes en el cual, cada nodo o elemento de la red tiene asociado una función Booleana que determina el estado del nodo respectivo, y de esta forma la evolución de la red en el tiempo. Los puntos fijos de una red Booleana, esto es, estados particulares de la red que permanecen constantes en el tiempo, han ganado importancia, por ejemplo, en el contexto de redes de regulación génica, donde los puntos fijos tienen un correlato biológico. Para cada red finita y estado inicial posible, dentro de una cantidad finita de actualizaciones de la red, los estados de la red alcanzarán un punto fijo o un ciclo límite, la cual es una secuencia de estados de la red que se repiten a lo largo del tiempo. Puntos fijos y ciclos límites son denominados atractores de la red. En este trabajo nos concentramos en estudiar ciertos aspectos de los atractores de redes Booleanas, incluyendo aspectos computacionales, caracterizaciones, entre otros, utilizando la noción de "filtro'' de una red. Un filtro es un procedimiento consistente en aplicar de forma iterativa transformaciones a una red, cada una de las cuales simula con dinámica paralela cierto modo de actualización, produciendo una nueva red cuyas propiedades y dinámica pueden ser relacionadas con la red inicial. Se ha mostrado que estos filtros pueden ser muy útiles, dado que filtros asociados a actualizaciones secuenciales pueden entregar información eficientemente sobre los puntos fijos de una red (Goles y Salinas 2010). Nuestro análisis se restringe a redes Booleanas disyuntivas, lo cual permite concentrarse solo en la topología de la red. Nos concentramos además en esquemas de actualización bloque-secuencial, los cuales son una generalización de los esquemas paralelo y secuencial. Los principales resultados de este trabajo establecen cotas polinomiales para la complejidad de tiempo de un filtro, así como condiciones sobre la red y esquema de entrada que aseguran ciertas propiedades en la red de salida, incluyendo la remoción de ciclos límites. Los resultados obtenidos hacen uso de teoría de matrices positivas, y fueron formulados con la ayuda de simulaciones computacionales ejecutadas con una aplicación desarrollada para este fin.

Asocia los factores de riesgo ocupacional con el daño en el ADN espermático medido con el ensayo Cometa en base a un modelo descriptivo. Un total de 137 pacientes participaron en el estudio, entre marzo del 2016 y marzo del 2017, a los cuales se les realizó una encuesta. Se realizó el espermatograma y la electroforesis en gel de agarosa de células individuales o ensayo Cometa, encontrando que los pacientes con ocupaciones de alto riesgo (agricultores; cocineros; taxistas; soldadores; electricistas; electrónicos y operarios químicos) tienen mayor daño a nivel de ADN espermático que los pacientes de bajo riesgo (personal de oficina; comerciantes; inspectores; estibadores y docentes), el porcentaje de intensidad fue 44.72±16.07 y 15.55 ± 16.51 respectivamente (p=0.0001). En el caso de los pacientes con ocupaciones de bajo riesgo el porcentaje de intensidad fue 12.04±15.33 para normozoospérmicos y 20.48±17.12 para varones con algún parámetro seminal alterado, encontrándose diferencia significativa (p=0.0175). Además, los pacientes expuestos a más factores de riesgo ocupacional presentan un espdaño mayor a nivel de ADN espermático a diferencia de los no expuestos (momento de la cola: p=0.0167; porcentaje de intensidad: p=0.0334; longitud de la cola: p=0.0167). Se evidenció que, la edad y a más años trabajando en actividades de alto riesgo (p < 0.05), mayor era el daño a nivel de ADN espermático. En la presente investigación no se observaron diferencias significativas a nivel de parámetros seminales y ocupación (p ≥ 0.05). Se concluye que, la suma de los factores de riesgo ocupacional está asociada al daño en el ADN espermático y las ocupaciones de alto riesgo presentan mayor daño, por ello es importante que los varones en edad fértil tengan acceso a la información sobre los riesgos laborales potenciales y a la prevención para evitar la exposición y preservar su salud reproductiva. / Tesis

El documento digital no refiere un asesor / Establece la tendencia histórica de los factores en la dinámica del dengue en la ciudad de Guayaquil, durante el período 2008 - 2013. Utilizando un estudio observacional, de tipo descriptivo ecológico. En sus resultados, coincide que en la época de invierno se encuentra el mayor número de casos, pero con presencia durante todo el año; y al paso de los años 2010 y 2012 fueron de mayor incidencia, con una variabilidad en su comportamiento. Las variables ambientales mostraron hallazgos, en el que a más temperatura, con humedad por encima del 70% y escasos vientos, estos provocan condiciones para que pueda existir un incremento en la transmisión de la enfermedad. Además, los picos epidémicos de dengue presentados en los dos primeros períodos de cada año se relacionan en los mismos períodos con los índices de Breteau elevados considerados de alto riesgo, pudiendo influir en la transmisión de la enfermedad. Se comprueba la presencia de los 4 serotipos de virus circulante de dengue en Guayaquil, considerándose la existencia de circulación simultánea de DEN1, DEN2, y DEN4 durante los últimos 3 años. Por la historicidad de lo acontecido anteriormente en Guayaquil sobre la existencia del virus y personas susceptibles con infecciones previas, se ha creado una situación que pone en riesgo de dengue grave en un futuro próximo. / Tesis

La helada se caracteriza por el descenso de la temperatura del aire bajo los cero grados Celsius, es uno de los problemas más severos para la agricultura andina, siendo las regiones más afectadas del Perú, aquellas ubicadas entre los 2 500 y 3 500 metros sobre el nivel del mar (m.s.n.m.). Estudios a nivel morfológico y fisiológico indican que las papas nativas constituyen importantes fuentes de genes relacionados con la tolerancia a heladas. Sin embargo, aún son desconocidos los mecanismos moleculares de tolerancia en estas papas. La tecnología de secuenciación de RNA (RNA-seq) es una excelente herramienta para identificar cambios en el perfil de expresión de los genes. En este estudio, utilizando RNA-seq, realizamos un análisis comparativo del transcriptoma de dos variedades de Solanum tuberosum subsp. andigena con respuesta contrastante al estrés de helada. Se alinearon más de 199 millones de lecturas usando el genoma de referencia Solanum tuberosum Group Phureja, que correspondió al 82.3% de las lecturas totales obtenidas tras el secuenciamiento. Se identificaron 279 y 160 genes expresados diferencialmente en Yana Manwa (YM, variedad tolerante al estrés por helada) y Yuraq Gaspar (YG, variedad susceptible), respectivamente. En general, los genes expresados diferencialmente enriquecidos (DEGs) estuvieron implicados en la estructura de la pared celular, metabolismo de carbohidratos, enzimas con actividad antioxidante. Además, identificamos DEGs asociados a diferentes factores de transcripción. Estos resultados proporcionan nuevos conocimientos sobre los sistemas de regulación de la tolerancia a la congelación de la papa y proporcionan recursos genéticos para estudios posteriores. / Tesis

Memoria para optar al título de Arquitecto / El patrimonio natural de Punta de Choros es el sustento económico de la localidad y se explota en dos ejes principales. A través del turismo en primer lugar y por la pesca artesanal, a través del sistema de extracción AMERB. Es por ello la importancia que ha tomado el conservar y proteger el ecosistema marino. La caleta se ha convertido en la segunda más productiva de la región y contribuye en un gran porcentaje al desembarque de bentónicos a nivel nacional. (locos, ostiones, lapas, erizos) A pesar de esto, éstas actividades económicas están condicionadas a la estacionalidad del turismo y de la pesca (vedas) con lo que los pescadores están una gran parte del año sin trabajo en la zona por lo que migran hacia otros lugares para poder generar sustento económico. Esto afecta directamente al desarrollo del pueblo de Punta de Choros en ámbitos de infraestructura, equipamiento y educación con lo que el pueblo queda lejos de poder responder de manera sustentable a la demanda turística y a la potencialidad que tiene el lugar de generar actividades de investigación (“hotspot”) y de una efectiva difusión del ecosistema marino. La falta de desarrollo y consolidación del lugar genera un desconocimiento de la importancia de proteger las especies y el mar por sobretodo, sumado a esto, la demanda energética del país y sobretodo de la región, da cabida a que proyectos energéticos de alto impacto ambiental sean una constante amenaza al considerar su implementación en ésta área. Es necesario entonces fomentar actividades complementarias a las extractivas que existen hoy y desarrollar infraestructura adecuada para los visitantes de manera de poder combatir con la estacionalidad y así contribuir al desarrollo del potencial que tiene Punta de Choros como ícono en la Conservación Marina en Chile y el mundo. El proyecto de arquitectura CIMEB, se proyecta como un centro de investigación y desarrollo de tecnologías que vayan en fomento y sustentabilidad de la actividad pesquera artesanal en las Áreas de manejo, mediante una transferencia tecnológica y comunicación efectiva entre ciencia y agentes extractores de manera de generar planes de repoblamiento y una difusión de la biodiversidad marina a través de un turismo científico y de contemplación. Es necesario entender que cada actividad humana genera un desencadenamiento en el ecosistema por lo que hay que interactuar con el medio de manera de no causar impactos en la estructura marina.

Seminario de Título entregado a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Título de Bióloga con mención Medio Ambiente. / La pérdida y degradación de los bosques templados de Sudamérica son perturbaciones que alteran la estructura del hábitat, lo que puede repercutir negativamente sobre las especies dependientes del bosque, como es el caso de Dromiciops gliroides, un marsupial arbóreo endémico de estos bosques. Se espera que la ocurrencia y actividad de D. gliroides sea mayor en hábitats con menor grado de perturbación, ya que presentan una estructura vegetal más compleja, a diferencia de hábitats con mayor grado de perturbación, en los cuales la estructura vegetal es más simple, limitando su dispersión y refugio. Se realizó un monitoreo con cámaras trampa y se caracterizó la estructura vegetal de doce sitios con diferentes niveles de perturbación (bosque nativo, bosque secundario, bosque sujeto a tala y plantaciones forestales abandonadas) en el sur de Chile, en un rango norte-sur de 450 km, durante el verano austral (diciembre, 2017 a marzo, 2018). Se utilizaron Modelos Aditivos Generalizados Mixtos para determinar los factores que explican su ocurrencia a nivel regional, junto a un análisis de actividad. Dromiciops gliroides estuvo presente en todos los sitios, sin embargo, la ocurrencia y la actividad disminuyó al aumentar el grado de perturbación, con una actividad significativamente diferente entre bosque nativo-secundario y plantación. El porcentaje de arbustos fue la variable que explicó una mayor ocurrencia, tanto a escala regional como en la condición de bosque nativo. La ocurrencia fue mayor al inicio del verano en los sitios más perturbados y al final del verano en los sitios más conservados, probablemente debido a la abundancia de frutos maduros. En conclusión, la perturbación de hábitat altera la dinámica temporal (estacional y diaria) de D. gliroides, disminuyendo su ocurrencia y actividad. / Habitat loss and degradation are threatening the temperate forests of South America, bein likely to alter habitat structure. These structure changes can have negative impacts on forest dependent species, such as Dromiciops gliroides, an arboreal marsupial endemic to these forests. It is expected that D. gliroides occurrence and activity of will be higher in habitats with a lower disturbance degree, undisturbed sites present a more complex vegetation structure compared to the disturbed sites, where a simpler structure will be limiting dispersion and refuge. We conducted a camera-trap monitoring and characterized vegetation structure from twelve sites with different disturbance levels (primary forest, secondary forest, logged forest, and abandoned forest plantations) in southern Chile, in a 450-km north-south range during the austral summer (December 2017 to March 2018). Mixed Generalized Additive Models were used to determine the factors that explain the occurrence at regional level, along with an activity analysis. Dromiciops gliroides was present in all sampling sites, however, its occurrence and activity decreased as disturbance increased, finding significant activity differences between the secondary forest and the plantation. Shrub percentage was the variable that explained most of the variation in occurrence, both on a regional scale as well as in the native forest condition. Occurrence was higher at the beginning of the summer in the most disturbed sites, and at the end of summer in the most conserved sites, probably due to the abundance of ripe fruits. In conclusion, habitat disturbance alters D. gliroides temporal dynamics (seasonal and daily), decreasing their occurrence and activity. / Proyecto N° 111601 de FONDECYT.

Seminario de Título entregado a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Título de Biología con mención en Medio Ambiente. / En las últimas décadas, se han incrementado las investigaciones acerca del impacto de la pesquería en diversos aspectos biológicos de las especies con valor comercial, como por ejemplo la reducción de la abundancia y el tamaño de los individuos de las poblaciones. El presente estudio evaluó la relación de la pesca artesanal sobre los tamaños de Ovalipes trimaculatus (jaiba remadora) en el periodo 2002 -2014 en las costas de la Región del Maule. Para ello se cuantificó los anchos del caparazón o cefalotorax y la relación alométrica (ancho cefalotórax/peso total) año a año tanto para machos como para hembras. Con el fin de detectar alguna respuesta a las variaciones de los tamaños, se estimó una variable pesquera, largo asintótico (L∞), con un modelo pesquero de von Bentalanffy la cual se correlacionó con la intensidad de pesca medida en desembarques por año y variables ambientales tales como la temperatura superficial del mar y la concentración de clorofila-a. Estas correlaciones consideraron retardos o lags con el fin de explorar efectos desfasados entre anchos asintóticos y la pesca artesanal y las variables ambientales. Los resultados mostraron que: 1) los machos presentaron una alometría positiva la cual varió entre años y las hembras una alometría negativa global y por año, 2) las estimaciones del ancho del caparazón no presentó una disminución constante durante el periodo de análisis para ambos sexos, 3) se detectó una correlación negativa y significativa indicando que, al aumentar el esfuerzo de pesca, disminuye el tamaño de las hembras luego de dos y tres años, 4) La temperatura superficial del mar se asoció positivamente con el ancho asintótico en los machos y 5) la clorofila-a se correlacionó positivamente con el tamaño de las hembras. Estos resultados sugieren que no solo las variables ambientales pueden asociarse con los tamaños de la especie de estudio, sino también la pesca artesanal. A diferencia de otras especies que han mostrado reducciones del tamaño sostenidas en el tiempo debido a las pesquerías, O. trimaculatus mostró reducciones reversibles del tamaño en el tiempo, posiblemente debido a los grandes tamaños poblacionales. En este sentido, se requiere analizar los datos de las tallas de pesquerías desde un enfoque holístico que incorpore factores ambientales como pesqueros junto con sus variaciones temporales a distintas escalas. Por lo tanto, la información obtenida en este seminario de título podría ser considerada en la generación de planes de manejo que aseguren una pesca artesanal en miras de un desarrollo sustentable. / In recent decades, research has focused on the impact of the fishery on several biological features of the commercially important species, such as the reduction of the abundance and the size of the individuals within populations. This study evaluated the relationship between the artisanal fishing and the sizes of the Ovalipes trimaculatus (crab rowing) in the period 2002-2014 on the coasts of the Maule Region. The carapace or cephalothorax widths was measured and the allometric ratio (cephalothorax width/total weight) per year was estimated for both males and females. In order to detect a pattern for the variations in sizes, the asymptotic length (L∞) obtained with von Bertalanffy model, was correlated with the fishing intensity measured in landings per year and the environmental variables such as the sea surface temperature and the chlorophyll-a concentration. These correlations considered delays or lags to explore a delay of the effect of the artisanal fisheries and the aforementioned environmental variables with the asymptotic widths of crabs. The main results were: 1) males showed a positive allometry with variation among years and females showed negative allometry without variation among years, 2) the estimates of the width of the carapace did not showed a constant decrease during the analysis period both for males and for females, 3) a significant negative correlation was detected showing a female size decrease associated with the fishing effort increasing with a lag of two and three years, 4) the surface temperature was positively associated with the asymptotic width in the males and 5) the chlorophyll-a correlated positively with the female size. These results showed that both fishery and environmental variables can influence the sizes O. trimaculatus. Unlike other species that have shown sustained size reductions over time due to fisheries, O. trimaculatus showed reversible reductions in size over time, possibly due to large population sizes. In this sense, it is necessary to analyze the data of the sizes of fisheries from a holistic approach that incorporates environmental factors such as fishing along with their temporal variations at different scales. Therefore, information obtained in this research could be considered in a development of a sustainable artisanal fishery of crabs.

Seminario de Título entregado a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Título de Biólogo Ambiental. / Un banco de semillas es una acumulación de semillas en el suelo con potencial de germinar, y se encuentra en equilibrio cuando la cantidad de semillas presentes en este no varían significativamente a lo largo del tiempo. Un desequilibrio del banco de semillas puede poner en riesgo la supervivencia de una población local. El aumento en la altitud provoca cambios ambientales, generando estrés ambiental sobre las poblaciones, alterando la producción y sobrevivencia de semillas, lo cual puede afectar al banco de semillas, por lo que determinar el balance del banco a distintas altitudes ayuda en parte a entender las limitaciones a la expansión de una especie invasora hacia mayores alturas. En este estudio se analizó el equilibrio del banco de semillas de Eschscholzia californica, especie invasora en Chile, entre los 1000 a 2300 msnm en el camino que une Santiago y Farellones, Chile central. El equilibrio del banco fue analizado en dos escalas de tiempo: intraanual, medido en la misma temporada antes y después de la lluvia de semillas; e interanual, estudiado a lo largo de los años. Se esperaba un desequilibrio a escala intra e interanual en el banco de semillas a medida que se asciende por un gradiente altitudinal, causado por un aumento del estrés ambiental, donde a mayores altitudes ocurre una mayor salida de semillas por muerte y/o una menor entrada por fecundidad, mientras que, a bajas altitudes, ocurriría todo lo contrario. Se encontró que para las escalas inter e intraanual, el banco de semillas está en equilibrio para todos los rangos altitudinales medidos. El balance del banco de semillas se produjo posiblemente por una gran salida de semillas por depredación, dispersión, hundimiento, o germinación, que en total igualen el ingreso por lluvia de semillas. / A seed bank is an accumulation of seeds in the soil with the potential to germinate, and is in equilibrium when the amount of seed present does not vary significantly over time. An imbalance in the seed bank can jeopardize the survival of a local population. An increase in altitude is associated with environmental change, generating environmental stress on populations, altering the production and survival of seeds, which can affect the size of seed bank. Determining the balance of the bank at different altitudes helps in part to understand the limitations to the expansion of an invasive species towards greater altitudes. In this study, the equilibrium of the seed bank of Eschscholzia californica, an invasive species in Chile, was analyzed between 1000 and 2300 meters above sea level along the road that unites Santiago and Farellones, central Chile. The balance of the bank was analyzed in two temporal scales: intraannual, measured in the same season before and after the seed rain; and interannual, studied over two years. An imbalance of intra and interannual scale was expected in the seed bank as altitude increases caused by an increase in environmental stress, where at greater altitudes there is greater seed output due to death and/or a lower input by fecundity, while, at low altitudes, the opposite is expected. It was found that the seed bank is in equilibrium for all measured altitudinal ranges at both the inter and intraannual scales. The balance of the seed bank was possibly due to high seed loss due to predation, dispersion, subsidence, or germination, which in total equals the income of seed via the seed rain. / Proyectos Fondecyt 114000, Fondecyt 1180193, ICM-P05-002 (IEB) y PFB-23 por ayudar con el financiamiento del proyecto.

Tesis entregada a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al grado de Magíster en Ciencias Biológicas. / Los carnívoros poseen grandes rangos de distribución y una alta demanda de proteínas en su dieta, por lo que entran frecuentemente en conflicto con productores de ganado alrededor del mundo, ya que el ganado representa una presa abundante, fácil de capturar y energéticamente rentable para los carnívoros. Por este motivo los carnívoros se han vuelto quizás las especies más severamente amenazadas por el control letal, haciendo urgente el desarrollo de estrategias de control no letal que permitan compensar en parte la perdida de hábitat y faciliten su coexistencia en ambientes antropogénicos con la población humana. Los repelentes primarios ofrecen una alternativa de fácil acceso, en mamíferos los repelentes utilizados por más tiempo han sido aquellos dirigidos al gusto u olfato. Basados en el uso de componentes naturales o artificiales, estos repelentes buscan generar señales que indiquen a los animales que una fuente de alimento no es palatable o bien hay un riesgo inminente próximo a ellos y por ello deberían evitar ese alimento. En este contexto, en el primer capítulo realizamos una revisión bibliográfica para contextualizar el uso de repelentes primarios en mamíferos y particularmente para analizar su efectividad en especies carnívoras y omnívoras. Por un lado, mientras los repelentes si logran un efecto en los herbívoros, los antecedentes disponibles no sugieren un efecto repelente consistente en las especies carnívoras u omnívoras, quienes responden a diferentes señales químicas o semioquímicas, comparadas con aquellas que repelen a los herbívoros. Sin embargo, nuestra revisión sugiere que el uso de un arreglo más complejo de olores de un depredador podría repeler a carnívoros más pequeños. En el segundo capítulo utilizamos olor corporal completo de perro maremma para analizar la densidad de abandono de alimento de los zorros en un sistema de ganadería extensiva en Isla Riesco en Magallanes. Efectivamente el olor a maremma reduce el consumo de alimento de los zorros. Este efecto estaría asociado a la amenaza por competencia que representaría la presencia del maremma para los zorros. / Carnivores, because their large ranges of distribution and a high demand for protein in their diet, frequently come into conflict with livestock producers around the world, as cattle represent an abundant, easy-to-catch, and energy-efficient prey for carnivores. For this reason, carnivores have perhaps become the most severely threatened species by lethal control, making urgent the development of non-lethal control strategies that compensate in part for the loss of habitat for carnivores and facilitate their coexistence in anthropogenic environments with the human population. Primary repellents offer an easily accessible alternative, in mammals the repellents used for the longest time have been those directed to taste or smell. Based on the use of natural or artificial components, these repellents seek to generate signals that indicate to the animals that a food source is not palatable or there is an imminent risk close to them and therefore should avoid that food. In this context, in the first chapter we conducted a literature review to contextualize the use of primary repellents in mammals and particularly to analyze their effectiveness in carnivorous and omnivorous species. While repellents do have an effect on herbivores, the available antecedents do not suggest a consisting repellent effect on carnivorous or omnivorous species, which responding to different chemical or semiochemical signals, compared with those that repel herbivores. However, our review suggests that the use of a more complex arrangement of odors from a predator could repel small to medium carnivores. In the second chapter, we used full body odor of the Maremma dog to analyze the density of food abandonment of foxes in an extensive livestock system in Isla Riesco in Magallanes. Indeed, the smell of maremma reduces fox food consumption. This effect would be associated with the threat of competition that would represent the presence of the maremma for foxes.