As sínteses de nanopartículas de ouro (AuNPs) com os agentes redutores e estabilizantes citrato de sódio e goma arábica bem como sua caracterização foram estudadas neste trabalho. As sínteses foram realizadas por meio de aquecimento e uso de radiação gama em fonte de 60Co nas doses 1, 7,5 e 15 kGy. Neste contexto, foram estudadas as propriedades e a estabilidade das AuNPs formadas por meio de técnicas de caracterização tais como espectroscopia de absorção UV-Vis, verificando as bandas características das AuNPs assim como a estabilidade física das mesmas. As amostras sintetizadas com citrato de sódio (AuCit) apresentaram comprimentos de onda que variaram entre 520 e 525 nm e as amostras sintetizadas com goma arábica (AuGA) apresentaram comprimentos de onda entre 530 e 540 nm. A análise de espalhamento de luz dinâmica, do inglês \"Dynamic Light Scattering\" (DLS) foi utilizada para determinar o tamanho hidrodinâmico das nanopartículas formadas no período de três meses, demonstrando que as amostras AuCit apresentaram tamanhos hidrodinâmicos médios que variaram de 20 a 50 nm enquanto que as amostras AuGA sintetizadas por aquecimento e com uso de radiação gama apresentaram tamanhos hidrodinâmicos médios que variaram de 50 a 115 nm. As análises de microscopia eletrônica de varredura com emissão de campo (MEV-FEG) e microscopia eletrônica de transmissão (MET) foram utilizadas para determinar a distribuição real de tamanhos das nanopartículas e sua forma geométrica. Nesta caracterização as AuGA apresentaram diâmetros menores do que os analisados por DLS, sugerindo assim possível encapsulamento das AuNPs. / This study focuses on the synthesis and characterization of gold nanoparticles (AuNPs) with reducing agents and stabilizing sodium citrate and gum arabic. The synthesis was carried out by heating and use of gamma radiation source 60Co in doses 1, 7.5 and 15 kGy. In this context, we studied the properties and stability of AuNPs formed through characterization techniques such as UV- Vis absorption, checking the characteristics of AuNPs bands as well as the physical stability thereof. The samples synthesized with sodium citrate (AuCit) showed wavelengths ranging from 520 to 525 nm and the samples synthesized with gum arabic (AuGA) showed wavelengths between 530 and 540 nm. The dynamic light scattering analysis (DLS) was used to determine the hydrodynamic diameter of nanoparticles formed during a period of three months, demonstrating that AuCit samples showed mean hydrodynamic sizes ranging from 20 to 50 nm while AuGA samples synthesized by heating and the use of gamma radiation had mean hydrodynamic sizes ranging 50 - 115 nm. Analysis of scanning electron microscope with field emission (SEM - FEG) and transmission electron microscopy (TEM) were used to determine the actual size distribution of nanoparticles and their geometric shape. The characterization of the AuGA showed smaller diameters in comparison to the one resulted from the DLS analysis, thus suggesting possible encapsulation of AuNPs.

Os fungos endofíticos merecem um destaque especial devido a sua diversidade, e consequentemente ao aumento da probabilidade de descoberta de metabólitos. Este trabalho teve por objetivo isolar fungos endofíticos das folhas da Annona crassiflora, selecionar os de melhor atividade e testá-los quanto à capacidade em produzir metabólitos bioativos com atividade antimicrobiana, antioxidante e antiproliferativa. Foram isolados 192 fungos em diferentes períodos do ano, sendo a maior quantidade isolada a partir de folhas adultas. Após o isolamento foi preparado extrato de acetato de etila, e avaliada a atividade dos extratos. Para a análise da atividade antimicrobiana foram utilizados os micro-organismos Staphylococcus aureus ATCC 6538, Escherichia coli ATCC 25922 e Candida albicans ATCC 10231, e foi obtida a atividade de 73,22% contra pelo menos um dos micro-organismos. Contra o S. aureus a atividade dos extratos foi de 45,54%, a C. albicans foi inibida por 31,25% dos extratos, e 54,46% dos extratos foram capazes de inibir a E. coli. A partir destes resultados foram selecionados os extratos fúngicos: A1F2F1, A4F14F1 e A5F18F7. A concentração inibitória mínima contra S. aureus foi de 250-500 μg/mL para o extrato A5F18F7, 500-1000 μg/mL para o extrato A4F14F1 e A1F2F1 não apresentou atividade nas concentrações testadas. O extrato A5F18F7 demonstrou capacidade bactericida na concentração de 1000 μg/mL. Nas análises de atividade antioxidantes o extrato A4F14F1 destacou frente aos demais em todos os testes e ainda obteve uma maior quantidade de compostos fenólicos totais. Os resultados de atividade antiproliferativa demonstraram resultados promissores para o extrato A4F14F1, sendo esta avaliada como potente contra linhagens de células tumorais e uma baixa atividade contra linhagens celulares não tumorais. Através da análise da composição química desses extratos não foi possível identificar compostos que pudessem ser responsáveis pelas atividades testadas, porém foi possível determinar a presença do ácido butanodióico que consiste em um composto de ampla utilização em diversas áreas. Portanto os resultados sugerem a potencialidade dos extratos, e destacam a importância do estudo dos fungos endofíticos, já eles podem ser uma fonte para várias novas substâncias com atividade de interesse farmacológico. / The endophytic fungi deserve a special mention because of its diversity, and consequently the increased probability of discovery metabolites. This study aimed to isolate endophytic fungi from the leaves of Annona crassiflora, select the best activity and test them for their ability to produce bioactive metabolites with antimicrobial activity, antioxidant and antiproliferative. Were isolated 192 fungi in different periods of the year, being the largest single amount from adult leaves. After isolation extract was prepared in ethyl acetate, and evaluated the activity of the extracts. For the analysis of the antimicrobial activity of micro-organisms Staphylococcus aureus ATCC 6538, Escherichia coli ATCC 25922 and Candida albicans ATCC 10231 were used, and the activity of 73.22% against at least one of the micro-organisms was obtained. Against S. aureus activity of the extracts was 45.54% C. albicans was inhibited by 31.25%, and 54.46% of the extract the extracts were able to inhibit E. coli. From these results we selected the fungal extracts: A1F2F1, A4F14F1 and A5F18F7. The minimum inhibitory concentration against S. aureus was 250-500 mg / mL for the extract A5F18F7, 500-1000 mg / mL for A4F14F1 and A1F2F1 extract was inactive at the tested concentrations. The A5F18F7 extract showed bactericidal activity at 1000 mg / mL. In the analyzes of antioxidant activity extract A4F14F1 emphasized compared to other all the tests and still got a larger amount of phenolic compounds. The results of the antiproliferative activity shown promising results for A4F14F1 sample, this being evaluated as potential against tumor cells and a low activity against non-cancer cell lines. By analyzing the chemical composition of these extracts was not possible to identify compounds that could be responsible for the activities tested, but it was possible to determine the presence of butanedioic acid consisting of a compound widely used in various fields. Therefore the results suggest the potential of the extracts, and highlight the importance of the study of endophytic fungi, since they can be a source for several new substances with pharmacological activity of interest. / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - FAPEMIG

As sínteses de nanopartículas de ouro (AuNPs) com os agentes redutores e estabilizantes citrato de sódio e goma arábica bem como sua caracterização foram estudadas neste trabalho. As sínteses foram realizadas por meio de aquecimento e uso de radiação gama em fonte de 60Co nas doses 1, 7,5 e 15 kGy. Neste contexto, foram estudadas as propriedades e a estabilidade das AuNPs formadas por meio de técnicas de caracterização tais como espectroscopia de absorção UV-Vis, verificando as bandas características das AuNPs assim como a estabilidade física das mesmas. As amostras sintetizadas com citrato de sódio (AuCit) apresentaram comprimentos de onda que variaram entre 520 e 525 nm e as amostras sintetizadas com goma arábica (AuGA) apresentaram comprimentos de onda entre 530 e 540 nm. A análise de espalhamento de luz dinâmica, do inglês \"Dynamic Light Scattering\" (DLS) foi utilizada para determinar o tamanho hidrodinâmico das nanopartículas formadas no período de três meses, demonstrando que as amostras AuCit apresentaram tamanhos hidrodinâmicos médios que variaram de 20 a 50 nm enquanto que as amostras AuGA sintetizadas por aquecimento e com uso de radiação gama apresentaram tamanhos hidrodinâmicos médios que variaram de 50 a 115 nm. As análises de microscopia eletrônica de varredura com emissão de campo (MEV-FEG) e microscopia eletrônica de transmissão (MET) foram utilizadas para determinar a distribuição real de tamanhos das nanopartículas e sua forma geométrica. Nesta caracterização as AuGA apresentaram diâmetros menores do que os analisados por DLS, sugerindo assim possível encapsulamento das AuNPs. / This study focuses on the synthesis and characterization of gold nanoparticles (AuNPs) with reducing agents and stabilizing sodium citrate and gum arabic. The synthesis was carried out by heating and use of gamma radiation source 60Co in doses 1, 7.5 and 15 kGy. In this context, we studied the properties and stability of AuNPs formed through characterization techniques such as UV- Vis absorption, checking the characteristics of AuNPs bands as well as the physical stability thereof. The samples synthesized with sodium citrate (AuCit) showed wavelengths ranging from 520 to 525 nm and the samples synthesized with gum arabic (AuGA) showed wavelengths between 530 and 540 nm. The dynamic light scattering analysis (DLS) was used to determine the hydrodynamic diameter of nanoparticles formed during a period of three months, demonstrating that AuCit samples showed mean hydrodynamic sizes ranging from 20 to 50 nm while AuGA samples synthesized by heating and the use of gamma radiation had mean hydrodynamic sizes ranging 50 - 115 nm. Analysis of scanning electron microscope with field emission (SEM - FEG) and transmission electron microscopy (TEM) were used to determine the actual size distribution of nanoparticles and their geometric shape. The characterization of the AuGA showed smaller diameters in comparison to the one resulted from the DLS analysis, thus suggesting possible encapsulation of AuNPs.

As transformações recentes no perfil dos mercados de consumo de cosméticos, aliadas aos avanços das pesquisas em biotecnologia, têm propiciado novas oportunidades para diversos segmentos industriais contemporâneos. Uma das inovações representativas desse processo está associada ao desenvolvimento de produtos cosméticos baseados na crescente utilização da biodiversidade de origem vegetal. Tendo como base geral as relações entre a biodiversidade, a biotecnologia e a bioindústria, o objetivo central deste trabalho consiste em analisar algumas experiências em curso na produção de cosméticos derivados de diversos tipos de ativos naturais e, ao mesmo tempo, avaliar as tendências e os desafios representados por esse segmento industrial. Constituem objeto de levantamento empírico, um grupo selecionado e representativo desse segmento de indústrias de diferentes portes instaladas no Brasil, destacando-se aquelas localizadas no estado de São Paulo, onde ocorre atualmente a sua maior concentração, e também na região de Provence-Alpes-Cotê DAzur, localizada na França. São examinadas sob essa perspectiva, também, algumas experiências internacionais mais conhecidas e que têm se destacado no mercado mundial de cosméticos justamente pela sua liderança e seu pioneirismo nessa modalidade de inovação. / The recent changes in the profile of consumer markets for cosmetics, allied to advances in biotechnology research have provided new opportunities for several contemporaneous industries segments. One of the representative innovations of this process is associated to the development of cosmetic products based on the growing use of the biodiversity with vegetal origin. Based on the relationships between biodiversity, biotechnology and the bio-industry, the objective of this thesis is to analyze some experiences in progress about the production of cosmetics derived from various types of natural assets and, at the same time, evaluate trends and challenges represented by this industrial segment. Constitute object of empirical study, a selected and representative group of this industries segment from different sizes located in Brazil, especially those located in the state of São Paulo, where there is currently its higher concentration, and also in the region of Provence-Alpes-Côte d\'Azur, located in France. Some of the most know international experiences have been examined from this perspective, as well. Those that have been prominent in the global cosmetics market precisely for its leadership and its pioneering on this type of innovation.

Orientador: Maria Célia Bertolini / Co-orientador: Fernanda Barbosa Cupertino / Banca: Ian Malavazi / Banca: Márcia Eliana da Silva Ferreira Balieiro / Resumo: O fungo filamentoso Neurospora crassa é um organismo modelo amplamente utilizado para estudos de diversos aspectos da biologia dos eucariotos. Nosso laboratório tem utilizado este fungo para estudar os mecanismos moleculares e bioquímicos envolvidos na regulação do metabolismo de glicogênio. A avaliação de uma coleção de linhagens mutantes individualmente nocauteadas em genes que codificam fatores de transcrição permitiu identificar várias proteínas potencialmente envolvidas na regulação do metabolismo de glicogênio do fungo N. crassa. Dentre as proteínas, o fator de transcrição FLBC foi identificado como uma possível proteína regulatória do metabolismo de glicogênio. A linhagem mutante apresentou alterações no perfil de acúmulo de glicogênio e na expressão do gene gsn em relação à linhagem selvagem, quando submetidas a estresse térmico. Estudos preliminares realizados anteriormente em nosso laboratório mostraram severas alterações morfológicas na linhagem flbCKO, como reduzida capacidade de conidiação, com a presença de poucos microconídios, formação de hifas aéreas reduzidas, morfologia das extremidades das hifas alterada, aspecto e morfologia alterados das colônias e produção acentuada do pigmento melanina, indicando que a proteína FLBC desempenha importante papel no desenvolvimento do fungo. O fator de transcrição FLBC, objeto de estudo deste trabalho, é uma proteína homóloga às proteínas FlbC e FLE1 dos fungos Aspergillus nidulans e Podospora anserina, respectivamente, ambas envolvidas nos processos de conidiação e desenvolvimento dos fungos. O objetivo deste trabalho foi realizar uma caracterização funcional detalhada deste fator de transcrição em N. crassa. Análises de expressão gênica mostraram níveis elevados do transcrito flbC durante o crescimento vegetativo do fungo e após a indução do desenvolvimento assexual. A linhagem nocaute mostrou uma desregulação... / Abstract: The filamentous fungus Neurospora crassa is a model organism widely used for studies of several aspects of the biology in eukaryotes. We have been studying the molecular and biochemical mechanisms involved in glycogen metabolism regulation in this fungus. The screening of a knocked-out strains set in genes encoding transcription factors has identified many proteins likely involved in the regulation of glycogen metabolism in the fungus N. crassa. Among the proteins, the transcription factor FLBC was identified as a regulatory protein of the glycogen metabolism. The mutant strain showed changes in the glycogen accumulated and in the gsn gene expression when compared to the wild-type strain under heat stress. Preliminary studies carried out in our laboratory showed severe morphological changes in the strain flbCKO, such as reduced ability to conidiate, presence of a few microconidia, reduced production of aerial hyphae, altered morphology of hyphae tips, changes in the colonies morphology and high production of the pigment melanin, suggesting that FLBC plays an important role in the fungus development. The transcription factor FLBC, object of study in this work, is the Aspergillus nidulans and Podospora anserina FlbC/FLE1 homologous protein, respectively, both involved in conidiation and fungal growth. The purpose of this study was to perform functional characterization of this transcription factor in N. crassa. Analysis of gene expression showed high levels of the transcript flbC during vegetative growth and after induction of asexual development. The knockout strain presented a misregulation in the accumulation of reserve carbohydrate (glycogen and trehalose) during vegetative growth accumulating higher levels of both carbohydrates as compared to the wildtype strain. Analysis of gene expression in the strains wild-type and flbCKO showed that gdn (encoding for debranching enzyme) and gpn (encoding glycogen phosphorylase) genes are... / Mestre

Orientador: Michel Brienzo / Banca: Fernando Masarin / Banca: Jonas Contiero / Resumo: Materiais como o bagaço de cana-de-açúcar, são fartos na natureza e representam fontes renováveis para a extração de moléculas de interesse econômico, como as hemiceluloses. Entretanto, os métodos de extração dessas macromoléculas precisam ser melhor desenvolvidos para aplicação industrial. Deste modo, o objetivo principal do trabalho foi o desenvolvimento de uma metodologia de extração de hemicelulose com alto rendimento e pureza utilizando frações da biomassa de cana-de-açúcar: folha e colmo: entrenó, nó e fração externa. Foram avaliadas duas estratégias: uma prévia deslignificação da biomassa; e deslignificação da hemicelulose extraída de material não deslignificado. As hemicelulose extraídas foram avaliadas como substrato para determinação de atividade enzimática de xilanase. O método de extração de hemicelulose empregou 10g de cada biomassa tratadas com peróxido de hidrogênio em concentrações de 3 e 6% (m/v), em volume reacional de 200mL, por 4h, a 75 rpm, a 25˚C. Após a reação, o pH foi corrigido com HCl 6 mols/L até 6, e cerca de 4 lavagens com etanol foram aplicadas. As reações de deslignificação das biomassas ocorreram em condições específicas para cada reagente: clorito de sódio (5, 10 e 20% m/m a 80°C/1 a 3h), peróxido de hidrogênio (5, 10 e 20% m/m a 25°C/4h) e sulfito de sódio (5,10 e 20% m/m a 121°C/30 min). A deslignificação da hemicelulose seguiu a mesma metodologia da deslignificação da biomassa, no entanto com concentração de 10% do reagente de deslignificaç... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Materials such as sugarcane bagasse are abundant in nature and represent renewable sources for the extraction of molecules of economic interest, such as hemicelluloses. However, the extraction methods for these macromolecules need to be better developed for industrial application. Thus, the main objective of the work has been the development of a hemicellulose extraction method with high yield and purity using fractions of sugarcane biomass: leaf and stem: internode, node, and external fraction. Two strategies have been evaluated: a prior delignification of the biomass, and the delignification of the hemicellulose extracted from nondelignified material. The extracted hemicellulose has been evaluated as a substrate for the determination of enzymatic activity of xylanase. The hemicellulose extraction method has employed 10g of each biomass treated with hydrogen peroxide in concentrations of 3 and 6% (m/v), in a reaction with volume of 200mL, for 4h, at 75 rpm, at 25ºC. After the reaction, the pH has been corrected with HCl 6 mol/L to 6, and about 4 washes with ethanol have been applied. The biomass delignification reactions have occurred under specific conditions for each reagent: sodium chlorite (5, 10, and 20% w/w 80 °C / 1 to 3h), hydrogen peroxide (5, 10, and 20% w/w 25°C/4h), and sodium sulfite (5.10 and 20% w/w 121°C/30 min). The delignification of the hemicellulose has followed the same methodology of delignification of the biomass, however with a concentration of 10% of... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-07-07T12:57:05Z No. of bitstreams: 1 471707 - Texto Completo.pdf: 875696 bytes, checksum: 681f03e704120fe92558e48e363af3d4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-07T12:57:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 471707 - Texto Completo.pdf: 875696 bytes, checksum: 681f03e704120fe92558e48e363af3d4 (MD5) Previous issue date: 2015-03-27 / Introduction : Non-living tissues have shown to be an important source of biomaterials, with advantages such as hydrophilicity, low toxicicidade, low immunogenicity, in addition to good adherence and cell multiplication. However, for these biomaterials to be used, techniques of descellularization is being used to make it less antigenic and also to serve as scaffolds.Objectives : The present study aims to compare different agents of descellularization regarding the above mentioned parameters, using detergents known to be effective for these processes.Materials and Methods : The samples used in this study were obtained from saphenous veins of seven individuals donors, in treatment of myocardial revascularization surgery and provided by the team of cardiovascular surgery of Hospital S?o Lucas da PUCRS, after signing the informed consent form.These samples were tested simultaneously three different detergents, sodium dodecyl sulfate (SDS), TRITON-X and trypsin, in addition to a control group containing Phosphate-Buffered Saline (PBS). After the process of descellularization and prior to the determination of cellularity, the samples were fixed in buffered formalin 10% during 24 hours, included in paraffin, sectioned (5 ?) and stained with hematoxylin and eosin. The number of cores was quantified in a radius of 0.025 mm (objective 40x), in duplicate, corresponding to eight fields, with the aid of the software Image Pr?-Plus 4.5.1. Data were analyzed using a model of analysis of variance for repeated measures (randomized blocks) with adjustment for multiple comparisons procedure of Finner's procedure were used.Results : The results evaluated all treatments showed a decrease in the number of cells, and the SDS the agent with greater descellularization. The TRITON-X and the Trypsin obtained similar values and there was no difference between them, for this process.Conclusion : In this way, it could be demonstrated that all detergents used, and the methodology it self, acts as agentes of descellularization in human veins and proved to be a promising agents to remove cells. / Introdu??o : Tecidos n?o vivos tem se mostrado uma importante fonte de biomateriais, apresentando vantagens como hidrofilidade, baixa toxicicidade, baixa imunogenicidade, al?m de boa ades?o e multiplica??o celular. Contudo, para que esses biomateriais sejam utilizados, t?cnicas de descelulariza??o v?m sendo utilizadas para que sejam menos antig?nicos e tamb?m para que sirvam como scaffolds.Objetivos : O presente estudo tem o objetivo de comparar diferentes agentes de descelulariza??o quanto aos par?metros citados acima, utilizando detergentes reconhecidamente eficazes para esses processos.Materiais e M?todos : As amostras utilizadas neste estudo foram obtidas de veias safenas de sete indiv?duos doadores, em tratamento de cirurgia de revasculariza??o do mioc?rdio e fornecidas pela equipe de cirurgia cardiovascular do Hospital S?o Lucas da PUCRS, ap?s assinatura do termo de consentimento livre e esclarecido (TCLE). Nessas amostras foram testados simultaneamente tr?s diferentes detergentes, s?dio dodecil sulfato (SDS), TRITON-X e tripsina, al?m de um grupo controle, contendo Phosphate-Buffered Saline (PBS) e um controle ?a fresco?. Ap?s o processo de descelulariza??o e previamente ? determina??o da celularidade, as amostras foram fixadas em formalina tamponada 10% durante 24horas, inclu?das em parafinas, seccionadas (5?) e coradas com hematoxilina e eosina. O n?mero de n?cleos presentes foi quantificado em um raio de 0,025 mm (objetiva 40x), em duplicata, correspondente a oito campos, com o aux?lio do software Image Pr?-Plus 4.5.1. Os dados foram analisados em modelo de an?lise de vari?ncia de medidas repetidas (blocos casualizados) com ajuste de compara??es m?ltiplas pelo procedimento de Finner.Resultados : Dos resultados avaliados todos os tratamentos mostraram um decr?scimo no n?mero de c?lulas, sendo o SDS o agente com maior descelulariza??o. O TRITON-X e a Tripsina obtiveram valores similares e n?o houve diferen?a entre eles, para esse processo.Conclus?o : Dessa forma, demonstrou-se que todos os detergentes empregados agem como descelularizadores em veias humanas, e mostram-se como promissores agentes de remo??o celular.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T18:11:30Z No. of bitstreams: 1 OrzenilBonfimdaSilvaJuniorTeseParcial2017.pdf: 781918 bytes, checksum: 8eef627ca550957f6bfa1f46e54c687c (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-08T18:11:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 OrzenilBonfimdaSilvaJuniorTeseParcial2017.pdf: 781918 bytes, checksum: 8eef627ca550957f6bfa1f46e54c687c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-08T18:11:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OrzenilBonfimdaSilvaJuniorTeseParcial2017.pdf: 781918 bytes, checksum: 8eef627ca550957f6bfa1f46e54c687c (MD5) Previous issue date: 2017-07-11 / In the last twenty-five years, we have witnessed the wide adoption of DNA markers for the study of genetic variation in many organisms. A DNA marker must have two or more identifiable allelic DNA sequences to be useful. It usually does not have a biological effect, but instead functions as a traceable landmark in the genome, found in a specific location, and transmitted by the standard laws of inheritance from one generation to the next. Its application goes beyond genetic mapping and includes the analysis of genetic diversity, marker-trait association studies, marker assisted selection and, more recently, with the advent of wholegenome sequencing, whole-genome association and genomic selection. Among the several types of DNA sequence polymorphisms that can be used as DNA marker, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) are the most powerful for large-scale variation analysis. There are vast numbers of SNPs in every genome and they can be typed by methods that have been proven easy to automate. Detection of alternative alleles is rapid and effortless because it is based on well-known polymerase chain reaction and DNA oligomer hybridization assays. Various strategies have been devised to discriminate alleles at a SNP, including fixed DNA arrays technologies, solution hybridization techniques and many sequencing-based genotyping. In our study, we have developed high-throughput DNA marker systems for non-model, highly heterozygous, diploid tree species. We took advantage of the combined power of Next Generation Sequencing (NGS) technologies, well-established highly automated methods of SNP typing and bioinformatics algorithms to perform genome-wide DNA variation analysis. We used whole genome resequencing of pooled individuals to develop a high-density 60K SNP chip for Eucalyptus species (EucHIP60k) providing a 96% genome-wide coverage with 1 SNP/12???20 kbp, and 47,069 SNPs at ??? 10 kb from 30,444 of the 33,917 genes in the Eucalyptus genome. We then used high-density SNP data and whole-genome pooled resequencing to examine the landscape of population recombination (??) and theta (??), assess the extent of linkage disequilibrium (r2) and build the highest density linkage maps for Eucalyptus to date. Chromosome-wide ancestral recombination graphs allowed us to date the split of Eucalytpus grandis (1.7???4.8 million yr. ago) and identify a scenario for the recent demographic history of the species. In a final set of studies, we built the first genome assembly for a Neotropical forest tree, the Pink Ip?? (Handroanthus impetiginosus), a highly-valued keystone timber species. Genome sequence was screened for the development of a targeted-capture sequencing system for SNP genotyping consisting of nearly 24,000 probe sequences. This genotyping system showed flexibility as it allowed the identification of SNPs across different populations of the species in moderate sample sizes. The good genome coverage, consistent Ts/Tv ratio estimated across samples and fair technical reproducibility between replicates, in terms of recall and precision of the SNP calling and accuracy on genotypes, indicate that this genotyping platform can be confidently used to estimate population genetics parameters and carry out population genomics investigations at the genome-wide scale / ***

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 400848.pdf: 845159 bytes, checksum: 8c58174c9e78cd5ecdd6aca7c1bd46db (MD5) Previous issue date: 2008-04-04 / Este estudo versa sobre a centralidade que as biotecnologias v?m assumindo na constitui??o e compreens?o da subjetividade na contemporaneidade a partir de uma pesquisa que analisa a prolifera??o das biotecnologias e a intensifica??o de enunciados sobre as mesmas na vida cotidiana. Tomando as ferramentas conceituais oferecidas pelos trabalhos de Bruno Latour e Michel Foucault, iniciase esta tese pela an?lise da constitui??o da mesma, que ? permeada por quest?es pol?ticas, ?ticas, institucionais e te?ricas. Em seguida, aponta-se para transmuta??es que as biotecnologias v?m provocando nos modos de conceber o biol?gico, a vida, o corpo e o eu, sustenta-se que, na contemporaneidade, a biotecnologia tem se constitu?do em um novo dispositivo pol?tico, no sentido utilizado por Foucault. Compondo uma abordagem metodol?gica com base nos estudos cient?ficos e na arquegenealogia foucaultiana, explora-se a dispers?o de enunciados sobre biotecnologias em comunica??es cient?ficas e midi?ticas (retiradas de peri?dicos cient?ficos, jornais, revistas, televis?o e internet). Sugerese a constitui??o de um modo de ser biotecnol?gico, ou seja, sujeitos h?bridos de humanos e n?o-humanos compostos por subst?ncias org?nicas e n?o-org?nicas. A partir disso s?o analisadas as rela??es entre diferentes no??es de subjetividade, que emergem historicamente vinculadas a campos de saber e poder, bem como racionalidades de governo. Por fim, discute-se como a psicologia participa dessa rede contempor?nea em que as biotecnologias tornam-se cada vez mais importantes para a compreens?o do mundo e daquilo que estamos nos tornando. Considerando as novas alian?as do campo psi com as biotecnologias, s?o problematizadas algumas interven??es tradicionais e recentes da psicologia. Al?m disso, pontua-se nesta tese a contribui??o de Bruno Latour e Michel Foucault para os modos de fazer pesquisa e produzir conhecimento na psicologia, frente ?s mudan?as e desafios da sociedade contempor?nea.

A ascorbato peroxidase (APX) é uma das principais enzimas do sistema de detoxificação de espécies reativas de oxigênio (ERO) em plantas, catalisando a conversão do peróxido de hidrogênio em água usando o ascorbato como doador de elétrons. No arroz, oito genes codificam APX. O presente estudo teve como objetivo avaliar o papel das enzimas de APXs em arroz, através da determinação das localizações subcelulares das diferentes isoformas, do estudo da expressão gênica e da caracterização detalhada do efeito do silenciamento das isoformas cloroplastídicas (chlAPXs) no metabolismo da planta, em condições normais e na resposta à estresses abióticos. A expressão diferencial das diferentes isoformas de APXs em condições de estresses abióticos varia entre as espécies e com a intensidade e duração do estresse. A localização subcelular de OsAPX1 e OsAPX2 no citosol, OsAPX3 e OsAPX4 nos peroxissomos, OsAPX5 no cloroplasto/mitocôndria, OsAPX6 na mitocôndria e OsAPX7 no cloroplasto foram confirmadas em protoplastos de arroz. Plantas duplamente silenciadas para os genes OsAPX7/OsAPX8 não apresentam alterações fenotípicas, no entanto possuem alterações no metabolismo antioxidante sob condições normais de crescimento. Análises proteômicas dessas plantas revelaram que várias rotas importantes foram afetadas, especialmente proteínas envolvidas com processos fotossintéticos. Plantas silenciadas submetidas a estresse de alta luz (HL) e metil viologênio (MV) mostraram que as chlAPXs são importantes na proteção antioxidante em arroz. Alterações como fotodanos, fotoinibição e bloqueio do transporte de elétrons foram observadas nas plantas silenciadas submetidas a estresses abióticos, gerando grandes distúrbios na atividade fotoquímica. No entanto, sob alta luz as chlAPXs parecem não serem essenciais para a proteção de fotodanos, fotoinibição e danos oxidativos dirigidos pela alta luz no fotossistema II. Plantas silenciadas e não-transformadas (NT) exibem diferenças na fotossíntese sob condições normais de crescimento, bem como quando submetidas a estresses abióticos. / Ascorbate peroxidase (APX) is a major enzyme of the Reactive Oxygen Species (ROS) detoxification system in plants, catalyzing the conversion of hydrogen peroxide into water using ascorbate as electron donor. In rice eight genes encode APX. This study aimed to evaluate the role of APX enzymes in rice, through subcellular localization of the different isoforms, the study of gene expression and detailed characterization of chloroplastic APXs (chlAPXs) silencing in plant metabolism under normal conditions and in response to abiotic stresses. The differential expression of the different isoforms of APXs under abiotic stress conditions varies among species, and depends on the intensity and duration of stress. The subcellular localization of OsAPX1 and OsAPX2 in cytosol, OsAPX3 and OsAPX4 in peroxisomes, OsAPX5 in cloroplast/mitochondria, OsAPX6 in mitochondria and OsAPX7 in chloroplast were confirmed in rice protoplasts. Double silenced plants in OsAPX7/OsAPX8 genes did not show phenotypic changes; however presented alterations in the antioxidant metabolism under normal growth conditions. Proteomic analysis revealed that in theses plants several important pathways were affected, especially proteins involved with photosynthetic process. Silenced plants subjected to high light (HL) and methyl viologen (MV) stresses show that the chlAPXs are important in the antioxidant protection in rice. Alterations such photodamage, photoinhibition and obstruction of the electron transport were observed in silenced plants subjected to abiotic stresses, generating great disturbances in photochemical activity. However, under high light the chlAPXs appear not be essential to the protection of photodamage, photoinhibition and oxidative damage triggered by HL in photosystem II (PSII). Silenced and non-transformed (NT) plants exhibit differences in photosynthesis under normal growth conditions, as well as, when subjected to abiotic stress.