Orientador : Flávio Abranches Pinheiro / Banca: Izabel Cristina Takitane / Banca: Ciro Moraes Barros / Banca: Geraldo Sant'Ana C. de Barros / Banca: Evaristo Marzabal Neves / Resumo: A bovinocultura de corte é de reconhecida importância no agronegócio brasileiro (mercado interno e externo), sendo que o país tem o segundo rebanho bovino mundial, com cerca de 80% destinados a produção de carne (maioria de zebuínos). Um dos limitantes desta atividade é a reprodução dos animais, que permite que o rebanho cresça em número e qualidade. Atuando-se sobre a reprodução, pode-se melhorar a conversão alimentar, diminuindo o custo. A inseminação artificial (IA) tem grande importância na obtenção de ganhos quantitativos e qualitativos (e.g. ganho genético), além de permitir um melhor controle do rebanho. Novas tecnologias de inseminação estão sendo aperfeiçoadas, inclusive tratamentos hormonais que possibilitam a IA com tempo fixo (IATF). Considerando a questão energética, é importante o desenvolvimento de tecnologias que otimizem os gastos energéticos na bovinocultura. Este trabalho tem por objetivo avaliar os custos econômicos (valores em reais, julho de 2003) nos manejos reprodutivos: IA convencional (IAC), IATF (GnRH-PGF2 -GnRH, GnRH-PGF2 -BE), GP (controle, GnRH-PGF2 e IA) e Monta; em vacas Nelore (zebuínos), além de fazer considerações sobre o gasto energético biológico destes manejos. A partir de dados obtidos em uma fazenda comercial da região de Botucatu, SP, foram realizadas análises de custos de reprodução de bezerros, nas tecnologias de IAC, IATF (grupos GPG-9, GPG-12, GPE-15 e GPE-18) e GP (GP-21 e GP-24) associados à Monta; e Monta-Simulado. O melhor Custo Total Unitário de reprodução por bezerro (CTU) foi observado na IAC (R$ 127,00) com taxa de prenhez (TxPr) de 84%. Na IATF, o melhor resultado foi do grupo GPE-15 (R$ 130,00, TxPr 74%)...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Beef cattle is a very important sector in Brazilian agribusiness, both in domestic and international market. Brazil has the second largest bovine herd in the world, with 80% of beef cattle (mostly Bos indicus). A limiting factor of this activity is the animal reproduction, which allows herd improvement and growth. Acting on reproduction may allow improvements on feed conversion, diminishing costs. Artificial insemination (AI) is a way of obtaining quantitative and qualitative gains (genetic improvement), in addition to a better herd management. New technologies on AI are been developed, including hormonal treatments which allow timed fixed AI (TAI). Besides, on the energetic approach, the development of new technologies optimizing energy expenses is also very important. The aim of this study was to evaluate the economic costs (in Reais, July 2003) on several reproductive handlings: Conventional AI (IAC), Timed AI (TAI; GnRH-PGF2 -GnRH; GnRH-PGF2 -BE), Synchronized estrus GP (control, GnRH-PGF2 and AI) and Natural Service; in Nelore cows (Bos indicus), in addition to making short considerations regarding energetic expenses on those handlings. Reproduction costs analysis were performed on data obtained on a commercial farm in Botucatu, SP, on IAC and TAI (groups GPG-9, GPG-12, GPE-15 and GPE-18) and GP (GP-21 e GP-24) associated to Natural Service; and simulated Natural Service group. The best total reproduction cost per calf (CTU, R$ 127,00) was observed in IAC with the pregnancy rate (TxPr) of 84%; otherwise, in TAI, the best result was from GPE-15 (R$ 130,00, TxPr 74%). The simulated Natural Service group had a CTU of R$ 116,00, with TxPr of 87%. The other groups obtained CTUs of R$163,00 (GPG-12, TxPr 69%), R$174,00 (GPE-18, TxPr 68%), R$181,00 (GP-21, TxPr 59%), R$ 189,00 (GPG-9, TxPr 67%) e R$ 338,00 (GP-24 TxPr 31%)...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: A idade ao primeiro parto (IPP) e a produtividade acumulada (PAC) são características utilizadas para avaliar o desempenho reprodutivo dos bovinos de corte. Com o objetivo de estudar a variação fenotípica destas características e as associações genéticas existentes com outras de interesse econômico, dados de animais do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN - Nelore Brasil) foram utilizados para estimar, pelo método de máxima verossimilhança restrita, parâmetros genéticos e tendências genéticas de IPP e PAC. Análises bi-característica foram efetuadas entre IPP e PAC e entre estas e peso corporal das fêmeas corrigido para 365 (P365) e 450 (P450) dias de idade, e perímetro escrotal dos machos corrigidos para 365 (PE365), 450 (PE450), 550 (PE550) e 730 (PE730) dias de idade. As tendências genéticas de PAC e IPP foram favoráveis indicando que os critérios de seleção adotados nestas fazendas estão favorecendo estas características. As médias de herdabilidades estimadas para IPP e PAC foram de 0,03 e 0,19, respectivamente. A seleção baseada no P365 ou P450 visando melhorar a IPP seria mais eficiente do que a seleção direta para esta característica. A seleção com base na PAC poderá favorecer as fêmeas com maiores P365, P450 e menores IPP. Nestes rebanhos, o perímetro escrotal não está associado geneticamente a IPP e ao índice PAC. / Abstract: Age at First Calving (AFC) and Accumulated Productivity (ACP) are traits used to evaluate the reproductive performance of the beef cattle. The knowledge of the existing genetic relationships between these traits and those that respond to the selection can aid the selective process. Data of a Brazilian Nelore cattle breeding program were used to estimate via REML the genetic, phenotypic and environmental parameters as well as the genetic trends of AFC and ACP. Bi-trait analyses were performed between AFC and ACP and between these traits and the heifers’ body weight adjusted to 365 (W365) and 450 (W450) days of age, and the males’ scrotal circumference adjusted to 365 (P365), 450 (P450), 550 (P550) and 730 (P730) days of age. The genetic trends of the AFC and ACP were favorable, indicating genetic gains of -0.011 days per year for AFC and 0.1655 kg of weaned calves per year for ACP. The means of estimated heritabilities for AFC and ACP were 0.03 and 0.19, respectively. The indirect selection for AFC by W365 and W450 is more efficient than the direct selection. The estimated genetic correlations indicated that the heavier heifers at these ages were the ones that produced more kilograms of weaned calves per year and had earlier AFC. In these herds, the males’ scrotal circumference was not genetically associated with AFC and ACP. / Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientadora: Cláudia Cristina Paro de Paz / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Raysildo Barbosa Lôbo / Mestre

Orientador: Maurício Mello de Aguiar / Coorientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Banca: Alfredo Ribeiro de Freitas / Banca: Andrea Roberto Bueno Ribeiro / Resumo: A reatividade é um dos aspectos do temperamento animal e é definido como as reações dos animais a diferentes situações de manejo, sendo tais reações invariavelmente associadas a estímulos ocasionados pela presença humana. É, portanto, uma característica de importância econômica, pois além de ter relação com aspectos facilitadores do manejo está relacionada com características produtivas, sendo assim, é uma característica passível de ser utilizada como critério de seleção. Os objetivos do presente trabalho foram estudar as associações existentes entre variáveis de reatividade e possíveis efeitos de fatores de ambiente sobre essa característica, além de avaliar a possibilidade de seleção para essa característica por meio de estimativas de parâmetros genéticos. Foram utilizados dados de 800 novilhos da raça Nelore, de três safras (2007, 2008 e 2009), oriundos de cinco fazendas, confinados aproximadamente aos 18 meses de idade, em dois locais. Foram realizadas no mínimo duas avaliações para cada animal, por meio de duas metodologias para a avaliação da reatividade, o escore de agitação na balança de pesagem (EA) e a velocidade de saída (VSaída). As variáveis escore de deslocamento (DESL), escore de tensão (TENS), escore de mugido (MUG), escore de coice (COI), escore de respiração (RESP), escore de posição corporal (PC), escore composto (EC) e velocidade de saída (Vsaída) foram transformadas e, com base na análise de componentes principais, duas novas variáveis foram obtidas, escore de reatividade 1 (ER1) e escore de reatividade 2 (ER2). As variáveis DESL, TENS, EC, VSaída, ER1 e ER2 foram analisadas pelo procedimento Mixed, utilizando-se um modelo de medidas repetidas com os seguintes efeitos: safra (ano de nascimento), local de confinamento (local), interação safra-local, origem do animal, animal aninhado... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico a / Abstract: Reactivity is one aspect of animal temperament and is defined as the reactions of the animal to different management situations associated to reaction stimulus to human presence. It is an important trait, besides its relation with easy of management, it is related with productive traits, so it is a candidate to be a selection criterion. The objectives of this study were to understand the associations among reactivity traits and environmental factors affecting them, and to evaluate the trait as a selection criterion. Data on 800 Nelore steers, out of three crops (2007, 2008 e 2009), from five herds, confined at 18 months of age in two feedlots were used. At least two reactivity evaluations were made in each animal, using two methodologies: agitation score on weighing scale and flight speed. The traits movement score (MS), tenseness score (TS), vocalization score (VS), body position score (BP), breathing score BS), kicking score (KS), compound score (CS) and flight speed (FS) were transformed and, based on principal components analyses, two new variables were created, reactivity score 1 (RS1) and reactivity score 2 (RS2). The variables MS, TS, CS, FS, RS1 and RS2 were analyzed using the Mixed procedure with a repeated measures model that besides the overall mean included the effects of crop (year of birth), feedlot, the interaction crop x feedlot, herd, steer within crop-herd-feedlot (error a), measure and residual, and another model where measure was substituted for the covariate days in feedlot. All effects in the model affected significantly the traits studied, with the exception of feedlot for FS and crop for RS1. In general, reactivity got better from the beginning to the end of the feedlot. Genetic parameters were estimated for untransformed MS, TS, CS and FS by the derivative free restricted maximum likelihood method with... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: As características reprodutivas são as principais determinantes da eficiência biológica e econômica dos sistemas de produção de carne bovina. Do ponto de vista econômico, na bovinocultura de corte, a eficiência reprodutiva é a característica mais importante, seguida das características de crescimento e, por último, das características de carcaça. Além desses aspectos, as características reprodutivas também influenciam o ganho genético ou resposta à seleção, pois estão relacionadas à intensidade de seleção.Os objetivos deste trabalho foram verificar a presença de interação genótipo - ambiente (IGA) para idade ao primeiro parto (IPP) e para dias para o primeiro parto (DPP) em rebanhos de bovinos da raça Nelore criados a pasto em diferentes condições ambientais utilizando modelos de normas de reação. Foram utilizados dados de idade ao primeiro parto e dias para o primeiro parto de 27.448 fêmeas da raça Nelore, filhas de 647 touros, e nascidas entre 1984 a 2005, pertencentes a 29 rebanhos que participam do Programa de Melhoramento Genético da Conexão Delta G. No modelo de normas de reação, os componentes de variâncias e valores genéticos são regredidos sobre alguma característica ou indicador de variabilidade ambiental (gradiente ambiental). Para a formação dos gradientes ambientais (GA), foram consideradas as variáveis de fazenda (nascimento e sobreano), estação de nascimento (verão; outono; inverno; primavera) e grupo de manejo (ao nascimento, a desmama e ao sobreano). Posteriormente, os GA com médias de ganho de peso pós-desmama semelhantes foram agrupadas em oito classes. O modelo incluiu o efeito genético aditivo direto como efeito aleatório e, como fixo, o grupo de contemporâneos (GC). O software WOMBAT foi utilizado para realizar as analises para as... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study were to verify the presence of genotype-environment interaction for age at first calving (AFC) and days to the first calving (DFC) in Nelore cattle raised on pasture under differents environmental conditions. Data for age at first calving and days to the first calving from 27,448 Nelore females, daughters of 647 bulls and born between 1984 to 2005, belonging to 29 participating herds in the Program for Genetic Improvement Conexão Delta G. In the model of reaction norms, the variance components and breeding values are regressed on some characteristics or environmental variability indicator (environmental gradient). For the formation of the environmental gradients (EG), the variables farm (birth and yeaning), birth season (summer, autumn, winter and spring) and management group ( birth, weaning and yearling) were considered . Subsequently, the EG with similar mean post-weaning weight gain were grouped into eight classes. The model included the direct genetic effect as random effect and as fixed the contemporary group (CG). The WOMBAT software was used to perform the analysis for AFC and DFC, using an animal model, which includes as fixed effect the contemporary group and as random the animal and residual, while for DFC the model included as fixed effects the contemporary group, type of service, calf sex and variable qualifying the sexual precocity of females (early/late) and as random the animal and residual. The CG was formed by the farm (birth and yeaning), birth season (summer, autumn, winter and spring) and management group (birth, weaning and yearling). In the random regression analysis (reaction norms), we used linear Legendre polynomials, regressed on the post-weaning weight gain adjusted for each class of EG (eight classes). Linear Legendre polynomials were also... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Coorientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: José Fernando Garcia / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: Na bovinocultura de corte, a probabilidade de prenhez precoce é uma característica de grande relevância devido ao alto valor econômico associado. Essa característica apresenta elevados valores de herdabilidade e há possibilidade de ganho genético por seleção. Todavia, a característica é de limiar com distribuição binária e suposições são feitas no intuito de analisá-la. Marcadores moleculares podem vir a auxiliar na avaliação genética desses animais, além de promover diminuição do intervalo de gerações. A proteína JY-1 é uma proteína específica dos oócitos de bovinos e que atua nas células da granulosa em co-ação com o LH e no desenvolvimento embrionário inicial podendo influenciar a chance de prenhez. Marcadores moleculares foram usados para estudar o gene JY-1 e foram encontrados sete polimorfismos do tipo SNP no éxon 3. As posições dos SNPs no referido éxon e as substituições são: 163 (T/C), 281(T/C), 321(T/C), 532(T/C), 652 (A/G), 679(T/C) e 722 (G/C) (Genbank: JN592587 JF262042.2). O SNP 163 está em região codificante e causa substituição de uma prolina por uma leucina. Os demais SNPs estão em região 3'UTR. Os SNPs 163, 281, 321 e 679 foram genotipados em 297 novilhas da raça Nelore. Os SNPs 163, 321 e 679 estavam em desequilíbrio de ligação entre si e em equilíbrio com o 281. Os genótipos não apresentaram correlação com probabilidade de prenhez precoce e características de crescimento (P<0,05) / Abstract: In beef cattle production, the sexual precocity is important because of the high associated economic value. The heritability values are high which permits genetic gain by selection. However, it is a threshold trait with binary distribution and suppositions are done in order to analyze it. So, molecular markers may auxiliary the genetic evaluation of these animals and reduce the generation interval. The JY-1 protein is an oocyte specific cattle protein and acts in granulose cells with LH and also in early embryo development and may influence sexual precocity. The gene of the protein was analyzed by molecular markers and seven SNP polymorphisms were found in exon 3. The SNPs positions in the exon and the substitutions were: 163 (T/C), 281(T/C), 321(T/C), 532(T/C), 652 (A/G), 679(T/C) e 722 (G/C) (Genbank: JN592587 JF262042.2) The SNP 163 is in CDS region and it causes a substitution of a prolin by a leucin. The others SNPs are in 3'UTR region. The SNPs 163, 281, 321 and 679 were genotyped in 297 Nellore heifers. The SNPs 163, 321 and 679 were in linkage disequilibrium among them and the SNP 281 was in equilibrium. The genotypes did not show correlation with sexual precocity and growth traits (P<0.05) / Mestre

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Saulo da Luz e Silva / Resumo: As técnicas de biologia molecular utilizadas no melhoramento genético são uma alternativa para o aperfeiçoamento de características de interesse zootecnico. São publicados na literatura novos polimorfismos de genes candidatos posicionais ou funcionais com potencial de aplicação na seleção assistida por marcadores. Os genes IGF2, PMCH e RORC se apresentam, em função de pesquisas recentes, como candidatos para características de interesse em animais de produção. Os objetivos foram estimar as frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos IGF2/MboII, DQ499531.1:g.134A>T e DQ667048.1:g.3290G>T em bovinos de corte de diferentes grupos genéticos e avaliar a ocorrência de associações entre esses polimorfismos e características relacionadas à composição da carcaça e a qualidade de carne em animais abatidos em idade jovem. Foram utilizados dados de qualidade de carne e carcaça de 499 animais da raça Nelore e seus cruzamentos com raças taurinas. As frequências alélicas encontradas permitiram inferir que os alelos dos polimorfismos IGF2/MboII e DQ667048.1:g.3290G<T RORC diferem entre as subespécies Bos indicus e Bos taurus. Embora a relação entre o polimorfismo IGF2/MboII e a EGS nos animais estudados não tenha sido significativa após correção para múltiplos testes, sugerem que mais estudos devem ser realizados para verificar a influência desse polimorfismo sobre esta características de interesse em bovinos. Os SNPs estudados dos genes PMHC e RORC, com base nos resultados, inadequados para uso na seleção assistida por marcadores em bovinos com composição genética semelhantes as utilizadas nesta pesquisa / Abstract: The techniques used in molecular breeding are an alternative for the improvement of characteristics of zootechnical interest. Are published in the literature a new polymorphisms positional and functional of candidate genes with potential application in marker-assisted selection. The gene IGF2, PMCH and RORC are present, according to recent research, as candidates for traits of interest in farm animals. The objectives were to estimate the allele and genotype frequencies of polymorphisms IGF2/MboII, DQ499531.1: g.134A> T and DQ667048.1: g.3290G> T in beef cattle of different groups genetic and evaluate the occurrence of associations between these polymorphisms and traits related to carcass composition and meat quality in animals slaughtered at a young age. Data of meat quality and carcass of 499 Nellore and its crosses with taurine. Based on the results we can conclude that the allele frequencies found possible to infer that the alleles of the polymorphisms and IGF2/MboII DQ667048.1: g.3290G <T differ between subspecies Bos indicus and Bos taurus and although the relationship between polymorphism IGF2/MboII and EGS in the animals studied was not significant after correction for multiple tests, suggest that more studies should be performed to verify the influence of this polymorphism on this interesting traits in cattle. The SNPs studied genes RORC and PMHC seem, based on the results unsuitable for use in marker-assisted selection in cattle with the genetic composition similar those used in this study / Mestre

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estudar a associação genética entre características indicadoras de temperamento e de precocidade sexual de fêmeas bovinas da raça Nelore. Foram utilizados dados de temperamento de 7.500 bovinos machos e fêmeas com 18 meses de idade (sobreano) das safras de 2008 e 2009 da Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). As características indicadoras de precocidade sexual das fêmeas foram obtidas a partir do arquivo zootécnico da fazenda, para animais nascidos entre os anos de 1984 e 2009. O temperamento foi avaliado durante o manejo de pesagem ao sobreano por meio do teste de movimentação na balança (MOV), atribuindo-se escores de 1 (nenhum movimento) a 5 (animal salta, elevando os membros superiores pelo menos 2,5 centímetros do solo), teste de velocidade de fuga (VF), com uso de um dispositivo de células fotoelétricas que registra o tempo (em segundos) para percorrer uma distância determinada ao sair do tronco de contenção após o manejo de pesagem e o escore de temperamento (ET) realizado pela AJ, atribuindo-se escores 1 (animal calmo) a 5 (animal muito reativo - comportamento agressivo ao observador). Como características indicadoras de precocidade sexual foram utilizadas: a idade ao primeiro parto, em dias (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (PRECO), característica binária, com escore 2 para as novilhas que pariram até 30 meses de idade e escore 1 para as que falharam. Para a estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para as características estudadas foi utilizada a Inferência Bayesiana. Para VF e IPP foi utilizado um modelo linear e para MOV, ET e PRECO um modelo não-linear (threshold). As estimativas de herdabilidade a posteriori para VF, MOV, ET, IPP e PRECO foram 0,27, 0,11, 0,16, 0,09 e 0,44, respectivamente. As correlações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic associations between temperament and female sexual precocity traits in Nellore beef cattle. The temperament was assessed for 7,500 male and female cattle, at 18 months of age (yearling) and born in 2008 and 2009, from the herd of Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). The female sexual precocity traits were obtained from the files of the farm for animals born between 1990 and 2009. Temperament was evaluated during the handling for weight determination using a movement score (MOV), assigning scores from 1 (no movement) to 5 (animal jumps, raising the forelegs at least 2.5 cm of the soil); the flight speed (VF), using an electronic device that records the speed at which the animals exit the crush (in m/s) and; temperament score (ET), already in use by AJ, assigning a score from 1 (animal calm) to 5 (animal very reactive - aggressive behavior toward the observer). The female sexual precocity traits used were: age at first calving, in days (IPP) and; occurrence of precocious pregnancy (PRECO), a binary trait in scores of 2 for heifers that calved until 30 months of age and, 1 for the heifers that failed. Bayesian Inference was used for estimation of (co)variance components and genetic parameters. For VF and IPP, a linear model was applied and for MOV, PRECO and ET, a threshold model. The heritability estimates for VF, MOV, ET, IPP and PRECO were 0.27, 0.11, 0.16, 0.09 and 0.44, respectively. The genetic correlations of IPP with VF (0.14), MOV (0.13) and ET (0.09) were all low, as well as for PRECO with VF (-0.19), MOV (-0.03) and ET (-0.03). Although low, all correlations were in a favorable direction, indicating that the temperament is positively associated with sexual precocity. These results suggest that to improve the beef cattle temperament and the sexual precocity, these traits... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Juliana Meola / Resumo: Os marcadores genéticos podem auxiliar na seleção em características de importância econômica com a definição de regiões no DNA que expliquem proporções de sua variação. Este estudo teve como objetivo verificar a existência dos polimorfismos GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C e GHR g.257A>G em bovinos Nelore pertencentes ao programa de seleção da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho-SP, avaliar a influência da seleção para peso sobre estes polimorfismos, além de, analisar suas associações com o peso corporal em diferentes idades, altura na garupa ao ano e ao sobreano, espessura de gordura na carcaça e área de olho de lombo. Foram genotipados 645 animais por PCR-RFLP. As análises de associação foram realizadas com a técnica dos modelos mistos, considerando o efeito de dois marcadores e a interação entre os mesmos. Apenas os marcadores GH1 g.1047T>C e GHR g.229T>C foram polimórficos, no entanto não estão sobre efeito da seleção aplicada ao rebanho. Foi observada associação do marcador GHR g.229T>C com a área de olho de lombo (p<0,03) e efeito da interação entre os marcadores sobre o peso corporal de fêmeas aos 550 dias de idade (p<0,04). Assim, o marcador GHR g.229T>C caracteriza um potencial instrumento de auxílio para a seleção nesse rebanho e o efeito de interação deve ser considerado em situações em que seja conhecida a interatividade entre dois genes / Abstract: The genetic markers can assist the selection of economic important traits with the definition of DNA regions that explain part of the trait variation. This work has the aim to verify the presence of polymorphisms GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C and GHR g.257A>G in Nellore cattle from the selection program of Animal Science Experimental Station, Sertãozinho-SP, evaluate the influence of the growth selection in these polymorphisms and analyze their association with body weight at different ages, hump height at 378 days and 550 days, carcass fat thickness and rib eye area. 645 animals were genotyped by PCR-RFLP. The association analyses were performed using the mixed model considering the two markers effect and the interaction among markers. Only the markers GH1 g.1047T>C and GHR g.229T>C were polymorphic, however they were no under effect of the selection. It was observed association between the marker GHR g.229T>C and the trait rib eye area (p<0,03) and effect the interaction among the two markers with the dam body weight at 550 days of age (p<0,04). Therefore, the marker GHR g.229T>C can be a potential tool to assist selection of females in this herd. The interaction effect may be considered in the cases that the interaction between the genes is known / Mestre

Orientador: Mauricio Mello de Alencar / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Luiz Lehmann Coutinho / Resumo: Um maneira de identificar regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é por meio de genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). Essas assinaturas de seleção podem ser identificadas principalmente pelas frequências alélicas, altas e não usuais, dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs, por meio do software AlphaPhase. A reconstrução dos haplótipos e a detecção de assinaturas de seleção recentes foram realizadas por meio do software Sweep v1.1, que faz uso da aplicação da metodologia da homozigose do haplótipo estendido (EHH). A identificação dos genes foi realizada pela localização das regiões de assinaturas de seleção por meio da plataforma Gbrowse UMD 3.1 e a anotação funcional foi conduzida com o auxílio da ferramenta de classificação funcional de genes, disponível no programa DAVID. Foram detectadas mais de 2000 regiões de possíveis assinaturas de seleção recente e 545 genes posicionais. Vários genes foram relacionados com crescimento, metabolismo muscular e adiposo, características reprodutivas e sistema imunológico. Os resultados encontrados podem auxiliar o avança das pesquisas na raça Nelore, como o estudo de associação ampla do genoma das regiões significativas com os fenótipos das características de interesse / Abstract: One way to identify genomic regions controlling complex traits under selection is by genotyping on high density platforms of single nucleotide polymorphisms (SNPs). Selection signatures can be identified mainly by allele frequencies, unusual high, of adjacent loci to favorable mutations. With the purpose to detect evidence of recent selection signatures in Nellore cattle genome, 796 individuals were genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip, which has more than 777,000 SNPs and, after that, phase of SNPs were inferred by AlphaPhase 1.1. Haplotypes reconstruction and detection of recent selection signatures were realized using Sweep v1.1, applying Extended Haplotype Homozygosity methodology (EHH). Gene identification was performed by the location of selection signatures regions through the Gbrowse UMD 3.1 platform and the functional annotation was made using the tool of the functional classification of genes, available in the software DAVID. We detected more than 2,000 possible regions of recent selection signatures and 545 positional genes. Several genes were related to growth, muscle and fat metabolism, immune and reproductive characteristics. These results may help the progress of research in Nellore cattle, as the study of genome-wide association of significant regions with the phenotypes of interest / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: O hormônio da grelina é produzido pela parede do estômago e possui principal função orexígena, além de estimular a secreção do hormônio do crescimento e atuar no balanço energético, sendo proposto como gene candidato para identificação de marcadores genéticos associados com características de importância econômica. Marcadores genéticos moleculares quando associados a características de importância econômica podem auxiliar na avaliação genética, diminuir o intervalo de gerações e aumentar o ganho genético dos animais. Foram utilizados 231 animais para estudar o gene do hormônio da grelina (GHRL) para a identificação de marcadores moleculares e foram encontrados seis polimorfismos do tipo SNP no íntron 2 e 4 e no éxon 5. As posições dos SNPs no gene e as substituições são: g.1905 A>G, g.2068 T>C, g.4190 T>C, g.4269 A>G, g.4384 T>C, g.4450 T>C, sendo que três SNPs estavam em desequilíbrio de ligação. Os SNPs foram encontrados em regiões intrônicas e 3'UTR, entretanto, houve associações de SNPs, utilizando o Teste F, com as características peso ao ano para machos (P378), peso ao sobreano para fêmeas (P550), consumo de matéria seca (CMS); área de olho de lombo ao ano (AOLa); altura na garupa em fêmeas (ALTf); espessura de gordura subcutânea no lombo (EGLa) e na garupa (EGGa) ao ano (P≤0,05). Foram formados haplótipos, mas apenas os haplótipos associados com característica EGGa apresentaram diferenças significativas (P≤0.05). Também houve aplicação do teste de Bonferroni para todas as análises, entretanto apenas os haplótipos associados com a característica EGGa apresentaram diferenças significativas para esse teste / Abstract: The hormone ghrelin is produced by stomach wall and has main function is food intake, besides stimulating the secretion of growth hormone and act on energy balance, it is proposed as a candidate gene for identification of genetic markers associated with important economic traits. When molecular genetic markers associated with traits of economic importance in the genetic evaluation may help decrease the generation interval and increasing the gain genetic of the animals. Were used 231 animals to study the hormone ghrelin gene (GHRL) for the identification of molecular markers and six SNP polymorphisms were found in intron 2 and 4 and exon 5. The positions of the SNP in the gene and yours substitutions are: g.1905 A> G, g.2068 T> C, g.4190 T> C, g.4269 A> G, g.4384 T> C, T g.4450 > C, and three SNP were in linkage disequilibrium. The SNP were found in intronic and 3'UTR regions, however, there were associations of SNPs using the F test, with traits male weight at 378 days of age (P378), heifer weight at 550 days of age (P550), dry matter intake (CMS), longissimus mucle area (AOL); heifer height (ALTf), backfat thickness (EGL) and rump fat thickness croup (EGG) (P ≤ 0.05). Haplotypes were formed, but only the haplotypes associated with characteristic EGG significant differences (P ≤ 0.05). There was also applying the Bonferroni test for all analyzes, however only the haplotypes associated with the characteristic EGG significant differences for this test / Mestre