Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 781465 bytes, checksum: 3b08d22f3a340c15fbd55a6c93d948c6 (MD5) Previous issue date: 2011-02-22 / Listeria monocytogenes is a foodborne pathogen and differs from other pathogens by its psycrotrophic characteristic, due to its ability of growing at refrigerator temperatures. This pathogen is also known as resistant to pH changes and different concentrations of NaCl. However, its main form of resistance is conferred by its ability to adhere and form biofilms. In this work, besides studying the adhesion of L. monocytogenes in different culture conditions, we performed a molecular technique, pulsed‐field gel electrophoresis (PFGE), to characterize distinct cultures isolates from beef processing plants. First, tests were conducted to evaluate the adhesion of L. monocytogenes cultures using a method with microtiter plates considering distinct inoculums concentrations. In a second step, the adhesion ability was evaluated considering distinct culture media (brain‐heart infusion ‐ BHI, trypticase soy broth ‐ TSB, beef extract ‐ BE, all at their usual composition and diluted at 1:10), carbohydrate sources (rhamnose, glucose, fructose and maltose), NaCl concentrations (0.5%, 2.5%, 5.0%, 7.5% and 10.0%), pH (5.0, 7.0 and 9.0), and incubation temperatures (4 °C, 10 °C, 25 °C and 35 °C). After assessing the adhesion of Listeria monocytogenes, will be performed pulsed field gel electrophoresis to assess the genetic profile of each isolate. With this technique, we can classify the isolates according to their profiles and to correlate the enzymatic capacity to adhere to the origin in the processing of beef. Considering the initial results, all cultures were tested at 108 CFU/mL e classified as their adhesion ability: weak (8 cultures), moderate (17) and strong (4). The cultures presented higher adhesion ability at non‐diluted cultures media (mainly brain and heart infusion), pH 7.0, incubation at 25 and 37 °C, and NaCl concentrations of 5 and 7%. No relevant differences were observed for adhesion considering the distinct carbohydrate sources. The cultures were characterized by PFGE, using AscI and ApaI as restriction enzymes. The analysis identified two clusters for serotypes 4b and 1/2a with similarities of 48% and 68% respectively, evidencing the persistence of some strains in the environment of beef production and processing. The obtained results indicated that the adhesion of L. monocytognes is related to their optimal growing conditions, despite a wide variation of characterized pulsotypes. / Listeria monocytogenes é um patógeno alimentar e se diferencia dos demais patógenos por apresentar características psicotróficas, podendo se desenvolver em temperaturas de refrigeração. Este patógeno também é conhecido por resistir a variações de pH e diferentes concentrações de NaCl. Entretanto, sua principal forma de resistência é conferida pela sua capacidade de adesão e de formar biofilmes. Neste trabalho, a capacidade de adesão de 29 culturas de L. monocytogenes isoladas de plantas de processamento de carne bovina foi avaliada considerando diferentes condições de cultivo, e caracterizadas através da técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE). Inicialmente, as culturas foram avaliadas quanto a capacidade de adesão pelo método com placas de microtitulação considerando diferentes concentrações populacionais dos inóculos. Em seguida, as culturas foram avaliadas quanto a capacidade de adesão pelo mesmo procedimento considerando diferentes meios de cultura (infusão cérebro‐coração ‐ BHI, caldo tripticase de soja ‐ TSB, caldo de carne ‐ CC, todos em suas composições usuais e diluídos 1:10), fontes de carboidratos (rhamnose, glicose, frutose e maltose), concentrações de NaCl (0.5%, 2.5%, 5.0%, 7.5% e 10.0%), pH (5.0, 7.0 e 9.0), e temperaturas de incubação (4 °C, 10 °C, 25 °C e 35 °C). Considerando os resultados iniciais, todos os testes foram conduzidos com as culturas em concentração aproximada de 108 UFC/mL, e classificadas quanto a sua capacidade de adesão: fraca (8 culturas), moderada (17) e forte (4). Em geral, as culturas apresentaram maior taxa de adesão em meio de cultura BHI, com pH 7,0, incubação a 25 e 37°C, e em concentrações de NaCl a 5,0 e 7,0%. Não foram observadas diferenças relevantes entre as taxas de adesão considerando diferentes fontes de carboidrato. A caracterização molecular das culturas foi realizada pela técnica de PFGE utilizando as enzimas de restrição AscI e ApaI. PFGE produziu clusters para os sorotipos 4b e 1/2a, com similaridades de 48% e 68% respectivamente, e evidenciou a persistência de algumas cepas no ambiente de produção e manipulação de carne bovina. Os resultados obtidos evidenciam que a capacidade de adesão de L. monocytogenes está relacionada às suas condições ideais de desenvolvimento, além de grande variação nos pulsotipos caracterizados.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1233057 bytes, checksum: 7aee1afa76fe5f068f40317eabe22e61 (MD5) Previous issue date: 2011-06-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Bovine meat production is a fundamental sector of land business in Brazil. Brazil is the second world producer of beef and the first world exporter, to over one hundred countries worldwide. The preservation of these markets depend on the compliance to a broad set of laws established by the importing countries in order to preserve their herds health, consumer protection and to promote the consolidation of international market relationship. Importers countries legislation have always been a model for development of such norms in Brazil. European laws have always been an important model for Brazil, as Europe has been, until the end of the decade of 1990 the most important importer of Brazilian beef. Still today, even if Europe is no longer the most relevant market for Brazilian bovine meat, it requires attention as it pays more than the others to have Brazilian beef. Generally food safety laws are based on the application of worldwide known procedures such as the good handling procedures (GHP) and the Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP). The guarantee of microbiological safety of exported beef is certified through the direct search for pathogenic microorganisms or through the indirect search for hygiene indicating bacteria. The most commonly searched bacteria are the mesophilic aerobic count (AM), Enterobacteriaceae (EB), total coliforms (CT) and Escherichia coli (EC). For what concerns to pathogenic bacteria, Listeria monocytogenes stands out for its association to beef products and its high pathogenicity. From September, 2009, until November, 2010, we analysed 103 bovine carcasses slaughtered in 3 abattoirs in the state of Minas Gerais. In any carcass we collected swab samples after bleeding (A), after hide removal (B), after evisceration and carcass splitting (C) and after final washing, before chilling (D). The samples were analysed for the counting of indicating bacteria (AM, EB, CT, EC, using Petrifilm platesTM) and for the presence of Listeria spp. And L. monocytogenes, according to ISO 11.290-1 protocol. Those isolates, suspected to be Listeria spp. Were submitted to a multiplex PCR protocol for the confirmation of genus and the identification of L. monocytogenes. All indicating bacteria showed significant different concentration (P < 0,05) between the point A and the followings. AM also showed significant different concentration between point C ant the others (P < 0,05) and CT showed significant differences between points B and C (P < 0,05). We found Listeria spp. In 28 carcasses. Among these, 4 were positive for L. monocytogenes. The contamination for Listeria spp. was significant concentrated at point A (P < 0,05). For the low number of isolates we couldn t find significant contamination points for L. monocytogenes (P > 0,05), even if it was more concentrated at point A than at the others. The indicating bacteria count and the prevalence of Listeria spp. and L. monocytogenes were lower than found in literature, indicating that in the abattoirs we analysed, good hygienic procedures are adopted during slaughtering and carcass processing, helping to obtain a proper reduction of indicating bacteria, Listeria spp. and L. monocytogenes. / A produção de carne bovina é um elemento fundamental do setor agropecuário no Brasil. Atualmente o país é o segundo maior produtor e o primeiro exportador deste alimento para mais de cem países no mundo inteiro. A manutenção desses mercados requer o cumprimento das leis, estabelecidas pelos países importadores, com o fim de proteger a saúde do rebanho, dos consumidores e promover a consolidação dos parceiros comerciais internacionais. As legislações dos países importadores sempre foram um modelo para o desenvolvimento das normas no Brasil. As legislações européias possuem grande destaque, uma vez que a Europa foi principal mercado de carne bovina para o Brasil até a década de 1990. Atualmente a Europa já não é mais o maior importador, mas sempre tem destaque pela alta valorização da carne bovina brasileira. Geralmente as legislações relacionadas à segurança dos alimentos são baseadas na análise dos riscos e na aplicação de ferramentas de controle, como as boas práticas de produção e análise de perigos e pontos críticos de controle. A garantia da segurança microbiológica das carnes exportadas é certificada realizando a pesquisa direta dos patógenos ou a pesquisa indireta, avaliando a contaminação por microrganismos indicadores de higiene. Os grupos microbianos mais frequentemente pesquisados são aeróbios mesófilos (AM), enterobactérias (EB), coliformes totais (CT) e Escherichia coli (EC). Em relação a patógenos, Listeria monoctyogenes possui grande destaque devido a sua alta associação com produtos cárneos e alta patogenicidade. De Setembro de 2009 a Novembro de 2010, foram analisadas 103 carcaças de bovinos abatidos em 3 abatedouros fiscalizados pelo Serviço de Inspeção Federal no estado de Minas Gerais. Em cada carcaça foram coletadas amostras superficiais pela técnica do esfregaço depois da sangria (ponto A), depois da esfola (ponto B), depois da evisceração e divisão da carcaça ao meio (ponto C) e antes da entrada na câmara de refrigeração (ponto D). As amostras foram submetidas a análises microbiológicas para enumeração de microrganismos indicadores de higiene (AM, EB, CT e EC, usando placas Petrifilm ), e pesquisa de Listeria spp. e L. monocytogenes (ISO 11.290-1). Os isolados caracterizados como suspeitos de Listeria spp. foram submetidos a um protocolo de PCR multiplex para confirmação do gênero e identificação da espécie L. monocytogenes. Para todos os microrganismos indicadores enumerados foram verificadas diferenças significativas (P < 0,05) entre as contagens observadas no ponto A e as demais. AM apresentaram diferenças significativas (P < 0,05) de contaminação entre o ponto C e os outros pontos de coleta. CT mostraram diferenças significativas de contaminação (P < 0,05) entre os pontos B e C. Foram encontradas 28 carcaças positivas para Listeria spp. Entre estas, 4 foram positivas por L. monocytogenes. Houve uma significativa concentração da contaminação por Listeria spp. no ponto A (P < 0,05), sem diferenças significativas de contaminação entre os pontos considerando L. monocytogenes (P > 0,05). A ocorrência observada de Listeria spp. e L. monocytogenes foi menor que a observada na literatura consultada, assim como as contagens dos microrganismos indicadores de higiene. Esses resultados indicam que os frigoríficos analisados aplicam procedimentos higiênicos adequados nos processos de abate de bovinos e obtenção de carcaças, auxiliando a redução dos níveis de contaminação por microrganismos indicadores de higiene e ocorrência de Listeria spp. e L. monocytogenes.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:47:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 923921 bytes, checksum: d9960f8712ff73e2c02115db569f6b01 (MD5) Previous issue date: 2012-11-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Salmonella spp. are a major cause of foodborne disease worldwide and are associated with the ingestion of contaminated animal origin food, such as meat, eggs and milk. Traditional methods for detection of Salmonella spp. are laborious and require several days to obtain results; because of this, the development and evaluation of methodologies that are more sensitive, specific and rapid, such as the Polymerase Chain Reaction (PCR), are needed. In this study, we evaluated six primer pairs for Salmonella detection by PCR: 139/141 (targeting a specific region of invA gene), OMPCF/OMPCR and S18/S19 (ompC gene), LHNS-531/RHNS-682 (hns gene), ST11/ST15 (chromosomal random fragment) and SIFBF/SIFBR (sifB gene). Several isolates of Salmonella spp. and other microorganisms were used for determining the efficiency of the primers. SIFBF/SIFBR primer pair presented the best performance because it amplified the target region in all Salmonella isolates, and didn't yield any false positives or nonspecific bands. Considering these results, SIFBF and SIFBR primers were selected and used to develop a PCR assay for Salmonella spp. detection at different enrichment steps of the conve ntional detection method, in beef samples artificially inoculated with this pathogen at approximate concentrations of 101, 102 and 103 CFU/25 g. Although it was not possible to detect Salmonella spp. in the samples before enrichment, the protocol was capable of detecting the pathogen in all enrichment steps of the conventional methodology: Buffered Peptone Water after 18 h incubation, Rappaport-Vassiliadis Soya Broth and Müller-Kauffmann Tetrathionate Novobiocin Broth. These results indicate that the proposed protocol was viable to detect Salmonella spp. in beef in intermediate stages of the conventional isolation protocol, substantially reducing the time required to obtain final results. Additional studies are necessary to evaluate the proposed protocol in meat naturally contaminated with Salmonella spp. / Salmonella spp. estão entre os principais causadores de toxinfecções alimentares em todo o mundo, estando associados à ingestão de alimentos de origem animal contaminados, como carne, ovos e leite. Os métodos tradicionais de detecção de Salmonella spp. são laboriosos e requerem vários dias para obtenção de resultados, o que determina a necessidade de desenvolvimento e avaliação de metodologias mais sensíveis, específicas e rápidas, como a Reação de Polimerização em Cadeia (PCR). Neste trabalho, foram avaliados seis pares de oligonucleotídeos iniciadores para detecção de Salmonella por PCR: 139/141 (que tem como alvo uma região conservada do gene invA), OMPCF/OMPCR e S18/S19 (gene ompC), LHNS-531/RHNS-682 (gene hns), ST11/ST15 (fragmento cromossomal randômico) e SIFBF/SIFBR (gene sifB). Diversos isolados de Salmonella spp. e de outros micro-organismos foram utilizados na determinação da eficiência dos oligonucleotídeos. O par SIFBF/SIFBR apresentou o melhor desempenho, com amplificação da região alvo em todos os isolados de Salmonella, e ausência de resultados falsos positivos e bandas inespecíficas. Considerando esses resultados, os oligonucleotídeos SIFBF e SIFBR foram selecionados e utilizados no desenvolvimento de um protocolo de PCR para detecção de Salmonella spp. em diferentes etapas de enriquecimento da metodologia convencional de detecção, em amostras de carne bovina artificialmente inoculadas com o patógeno nas concentrações aproximadas de 101, 102 e 103 UFC/25 g. Embora não tenha sido possível a detecção de Salmonella spp. nas amostras antes do enriquecimento, o protocolo foi capaz de detectar o patógeno em todas as etapas de enriquecimento da metodologia convencional: Água Peptonada Tamponada após 18 h de incubação, caldo Soja Rappaport-Vassiliadis e caldo Müller-Kauffmann Tetrationato Novobiocina. Esses resultados indicam que o protocolo proposto foi viável para detectar Salmonella spp. em carne bovina em etapas intermediárias da metodologia convencional de isolamento, reduzindo substancialmente o tempo requerido para obtenção de resultados finais. Estudos complementares são necessários para avaliação do protocolo em sistemas cárneos contaminados naturalmente por Salmonella spp.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:47:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1420227 bytes, checksum: 6a4ef5b8564c78036999d045362d4595 (MD5) Previous issue date: 2013-07-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Listeria monocytogenes is a foodborne pathogen often associated to beef cuts and meat products. Its presence in beef cuts is usually related to cross contamination during processing, once L. monocytogenes is naturally part of its environmental microbiota. The consumption of food contaminated with this pathogen, mainly ready-to-eat products, can determine listeriosis, a severe disease specially to risk groups such as pregnant women, children, elderly, and immune-compromised adults, leading to mortality rates of 20 to 30% in cases of systemic infection. Despite listeriosis being considered as an infrequent disease, its high severity and mortality and consequent economic losses determine a wide range of studies focusing on L. monocytogenes. The present study aimed the assessment of the occurrence of Listeria spp. and L. monocytogenes in a beef processing plant and beef cuts, and the characterization of the obtained isolates by phenotypic and molecular methodologies. A total of 272 environmental, utensils and beef cuts samples was collected between 2009 and 2012 in a slaughterhouse located in Minas Gerais state, Brazil. Samples were obtained by surface swabbing (400 cm²) and subjected to Listeria spp. and L. monocytogenes detection according protocols ISO 11290-1 and ISO 11290-2. Suspect isolates were subjected to biochemical identification, molecular serotyping, sequencing of atypical PCR products, pulsed field gel electrophoresis (PFGE), detection of virulence genes by PCR (inlA, inlB, inlC, inlJ, plcA, hlyA, actA e iap), and phenotypic tests of antimicrobials resistance. Listeria spp. was identified in 61 samples (22.4%), being L. monocytogenes in 23 (8.5%), L. innocua in 46 (16.9%), and L. seeligeri in 1 (0.37%). A total of 231 isolates was obtained and identified as L. monocytogenes (96), L. innocua (129), and L. seeligeri (6). Among L. monocytogenes isolates, 1/2c or 3c serotype was the most prevalent (74/96), being present in 21 of the 23 positive samples; 15 isolates were identified as serotype 4b atypical and 7 as serotype 1/2b, 3b or 7. PFGE demonstrated the genetic diversity of the isolates and indicated possible contamination routes in the beef processing environment. The isolates were clustered in 6 major groups and 20 pulsetypes after macro-restriction by ApaI and AscI. Isolates with distinct serotypes were grouped in same groups, but never in a same pulsetype. Isolates obtained from distinct samples presented identical genetic profile, as observed in isolates obtained from distinct sampling visits. All tested virulence genes were identified in all L. monocytogenes isolates. Based on PFGE, 20 isolates were selected and tested by phenotypic tests to identify their resistance profiles against 15 antimicrobials; the isolates presented sensitivity to all tested antimicrobials, but 19 isolates were resistant to sulfamethoxazole and 2 also to trimethoprim. Other 2 isolates presented multidrug resistance (gentamicin, tobramycin, clindamycin, trimethoprim, and sulfamethoxazole) and 8 isolates presented intermediary resistance to erythromycin. The obtained data indicate the persistence of L. monocytogenes strains in the beef environment processing of the studied slaughterhouse, possible contamination routes, and the occurrence of multi-drug resistant isolates, to antimicrobials usually considered in the listeriosis treatment. / Listeria monocytogenes é um patógeno de origem alimentar frequentemente associado à carne bovina e produtos cárneos. A presença de L. monocytogenes em cortes cárneos normalmente está associada a contaminações cruzadas durante o processamento, já que esta bactéria está naturalmente presente no ambiente industrial. O consumo de alimentos contaminados por L. monocytogenes, principalmente alimentos prontos para consumo, pode causar a listeriose, considerada uma doença grave que acomete principalmente indivíduos de grupos de risco como gestantes, crianças, idosos e adultos imunocomprometidos, levando a uma alta taxa de mortalidade (20 a 30%) nos casos de infecção sistêmica. A listeriose é considerada uma doença rara, mas L. monocytogenes tem sido alvo de muitas pesquisas nas últimas décadas devido à severidade da doença, da alta taxa de mortalidade e aos prejuízos econômicos causados. Assim, o objetivo do presente estudo foi verificar a ocorrência de Listeria spp. e L. monocytogenes em uma planta de processamento de carne bovina e cortes cárneos e caracterizar por técnicas fenotípicas e moleculares os isolados obtidos. Um total de 272 amostras de ambiente, utensílios e cortes cárneos foi analisado entre os anos de 2009 e 2012, todas coletadas em um frigorífico localizado no Estado de Minas Gerais. Todas as amostras foram obtidas por swab superficial (400 cm²) e submetidas à detecção de Listeria spp. e L. monocytogenes pelos protocolos ISO 11290-1 e ISO 11.290-2 (2004) e isolados suspeitos foram submetidos a identificação bioquímica, sorotipagem molecular, sequenciamento dos produtos atípicos, eletroforese em gel em campo pulsado (PFGE), detecção de genes de virulência (inlA, inlB, inlC, inlJ, plcA, hlyA, actA e iap) e testes de resistência a antimicrobianos. Listeria spp foi identificada em 61 (22.4%) das amostras analisadas, L. monocytogenes em 23 (8.5%), L. innocua em 46 (16.9%), e L. seeligeri em 1 (0.37%). Um total de 231 isolados foi obtido e identificado como L. monocytogenes (n = 96), L. innocua (n = 129), L. seeligeri (n = 6). Entre os isolados de L. monoytogenes, sorotipo 1/2c ou 3c foi o mais prevalente (74/96), estando presente em 21/23 amostras, seguido pelo sorotipo 4b atípico (15/96) e sorotipo 1/2b, 3b ou 7 (7/96). PFGE mostrou a diversidade genética entre os isolados e indicou possíveis rotas de contaminação dentro do ambiente de processamento de carne bovina. Os 96 isolados foram agrupados em 6 grupos subdivididos em 20 pulsotipos através da combinação dos padrões de restrição das enzimas ApaI e AscI. Diferentes sorotipos compartilharam mesmos grupos genéticos, mas não o mesmo pulsotipo. Ainda foi verificado que isolados recuperados de diferentes origens apresentaram mesmo perfil genético, e alguns isolados obtidos em diferentes visitas também foram agrupados no mesmo pulsotipo. Todos os genes de virulência (inlA, inlB, inlC, inlJ, plcA, hlyA, actA e iap) investigados foram detectados em todos os isolados de L. monocytogenes. De maneira geral, os 20 isolados testados (um representante de cada pulsotipo) apresentaram sensibilidade à maioria dos antimicrobianos, entretanto 19 isolados foram resistentes a sulfametoxazole e dois também foram resistentes a trimetropim. Outros dois isolados apresentaram múltipla resistência (gentamicina, tobramicina, clindamicina, trimetoprim, e sulfametoxazole) e oito mostraram resistência intermediária a eritromicina. Os dados obtidos indicam a persistência de cepas de L. monocytogenes no ambiente de processamento de carne bovina, possíveis rotas de contaminação, e a ocorrência de isolados multi-resistentes a antimicrobianos usualmente utilizados no tratamento de listeriose.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:47:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 712661 bytes, checksum: ba47e1954ea7598a78e385aeeb301908 (MD5) Previous issue date: 2013-07-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Considering the importance that bovine meat represents to Brazil &#769;s economy, developed studies in production &#769;s chain are fundamental to garantee the quality and microbiological safety of these products. Obtaining quality and safe meat products can garantee Brazil as largest exporter of bovine meat, enaibling the country to attend the international criteria, beyond ensuring a high quality and safe product for your own population. In this scenario, the present study aimed in the evaluation of the presence of pathogenic E. coli and the evaluation of the contamination by hygiene indicators microorganisms of different steps in 3 different bovine slaughter plants located at Minas Gerais state, Brazil. Two isolates of E.coli containing de stx1 gene and one isolate containing the uidA gene (O157:H7) were founded at two differents slaughterhouses. In relation to hygiene indicators microorganisms count, mean counts of carcass contamination showed a considerable decrease between steps I e II, with a significative raise in step III (p < 0.05). Although the mean counts in the slaughterhouse &#769;s environment and processing were low, high counts of coliforms and E. coli in packaged meat products showed failures or problems in handling these products. / Considerando a importância que a carne bovina representa para a economia do Brasil, estudos que sejam desenvolvidos na cadeia de produção a fim de garantir qualidade e segurança microbiológica desses produtos são fundamentais. A obtenção de produtos cárneos com qualidade e segurança microbiológica pode garantir a posição do Brasil como maior exportador mundial de carne bovina, possibilitando atender aos critérios internacionais, além de assegurar para a população um produto de alta qualidade e seguro. Dentro desse cenário, o presente estudo visou a avaliação da presença de cepas patogênicas de E. coli e a contaminação por micro-organismos indicadores de higiene em diferentes etapas da linha de processamento da carne bovina em 3 frigoríficos localizados no estado de Minas Gerais. Foram encontrados dois isolados de E. coli com o gene stx1 e um isolado com o gene uidA (O157:H7), em dois frigoríficos diferentes. Em relação as contagens de micro-organismos indicadores de higiene, as contagens médias em carcaças mostram um decréscimo considerável entre as etapas I e II, com significativo aumento na etapa III (p < 0.05). Embora as médias de contagens em ambiente e processamento tenham sido baixas, as altas contagens de coliformes e E. coli nos produtos cárneos embalados evidenciam falhas ou problemas na manipulação desses produtos.

Submitted by ADRIANA FERREIRA DE MORAES OLIVEIRA null (adriana_fmoraes@hotmail.com) on 2017-10-03T16:42:02Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_ADRIANA_FERREIRA_MORAES_OLIVEIRA.pdf: 1802472 bytes, checksum: 2e72d056dceb5e7d125126fa020fc919 (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-10-03T17:07:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveira_afm_me_jabo.pdf: 1802472 bytes, checksum: 2e72d056dceb5e7d125126fa020fc919 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-03T17:07:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveira_afm_me_jabo.pdf: 1802472 bytes, checksum: 2e72d056dceb5e7d125126fa020fc919 (MD5) Previous issue date: 2017-09-05 / Entre 1995 e 2015 ocorreu grande elevação na produção canavieira paulista, passando de aproximadamente 158 milhões de toneladas na safra 1995/96 para aproximadamente 368 milhões de toneladas na safra 2015/2016. O objetivo do trabalho foi o de utilizar a metodologia de dados em painel contendo os trinta 30 principais Escritórios de Desenvolvimento Rural do estado de São Paulo para mensurar as elasticidades do preço da cana-de-açúcar e o da carne bovina sobre a oferta e nas suas duas formas: área de corte e produtividade canavieira no estado de São Paulo e também nas regiões tradicionais: Norte, Central e Leste e nas regiões de expansão do estado: Oeste e Sudoeste do estado. As mensurações das elasticidades do preço da cana-de-açúcar defasadas mostraram - se significativas quanto ao impacto na oferta de cana-de-açúcar, na área plantada e na produtividade tanto no estado de São Paulo como nas regiões analisadas. Como esperado pela teoria econômica, o preço da cana-de-açúcar demonstrou impactar positivamente na oferta, elevações de preço geram elevações na produção de cana-de-açúcar. Para o estado de São Paulo, constatou-se influência de quatro defasagens no preço da cana-de-açúcar sobre a produção, área plantada e produtividade. A segunda defasagem apresentou maiores coeficientes para a produção e a área de respectivamente 0,21 para a produção e 0,12 para a área. Quanto à produtividade, a quarta defasagem apresentou maiores coeficientes. O preço de carne bovina apresentou elasticidade negativa para a oferta de cana-de-açúcar e área plantada na segunda defasagem de respectivamente -0,227 e -0,26. Portanto, reduções nos seus preços desencadeiam elevação na produção de cana-de-açúcar. Constatou-se ainda maiores impactos dos preços da cana-de-açúcar e da carne bovina nas regiões de expansão em relação em relação às regiões tradicionais. / Between 1995 and 2015, there was a great increase in sugarcane production in São Paulo, going from approximately 158 million tons in the 1995/96 harvest to approximately 368 million tons in the 2015/2016 harvest. The objective of this study was to use the panel data methodology of the thirty 30 main Rural Development Offices of the state of São Paulo to measure the elasticities of the price of sugarcane and that of beef on the supply and in the its two forms: area of sugarcane crop and productivity in the state of São Paulo and also in the traditional regions: North, Central and East and in the regions of expansion of the state: West and Southwest of the state. Measurements of lagged sugarcane price elasticities were significant in terms of impact on sugarcane supply, planted area, and productivity both in the state of São Paulo and in the regions analyzed. As expected by economic theory, the price of sugarcane has been shown to have a positive impact on supply, price increases lead to increases in the production of sugarcane. For the state of São Paulo, there was influence of four lags in the price of sugarcane on production, planted area and productivity. The second lag presented higher coefficients for the production and the area of respectively 0.21 for the production and 0.12 for the area. As to productivity, the fourth lag presented higher coefficients. The price of beef showed a negative elasticity for the supply of sugarcane and planted area in the second lag of -0.227 and -0.26 respectively. Therefore, reductions in their prices trigger an increase in the production of sugarcane. There were also higher impacts of sugarcane and beef prices in the expansion regions in relation to the traditional regions.

Submitted by Jéssica Moraes Malheiros (jessicamalheiros@yahoo.com.br) on 2018-05-03T18:53:41Z No. of bitstreams: 1 TESE MALHEIROS, J. M..pdf: 1363679 bytes, checksum: 33291bc89815d196826e037eeda5b237 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-05-04T18:11:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 malheiros_jm_dr_jabo.pdf: 1400936 bytes, checksum: bf9a223495b522a13300edf9c4026a2e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-04T18:11:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 malheiros_jm_dr_jabo.pdf: 1400936 bytes, checksum: bf9a223495b522a13300edf9c4026a2e (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente trabalho teve como objetivo avaliar a associação da expressão gênica e proteômica com a maciez da carne de bovinos da raça Nelore. A partir de uma população de 90 animais foram selecionados três grupos experimentais por meio da análise de força de cisalhamento (FC) e índice de fragmentação miofibrilar (MFI), sendo: carne moderadamente macia, carne moderadamente dura e carne muito dura. A expressão dos genes foi avaliada por meio da análise de PCR em tempo real e a análise proteômica foi realizada com base na separação de proteínas por meio da eletroforese bidimensional (2D-PAGE) e caracterizção por espectrometria de massas com ionização eletrospray (ESI-MS/MS). A expressão da isoforma da calpastatina (CAST2) mostrou-se up regulated (P<0,05) nos grupos de carne moderadamente dura e muito dura. Os genes HSP90AA1, DNAJA1 e HSPB1, os quais representam as proteínas de choque térmico Hsp90, Hsp40 e Hsp27, respectivamente, mostraram expressão down regulated (P<0,05) no grupo de carne moderadamente macia em relação ao grupo de carne muito dura. Na análise proteômica, a expressão do spot protéico das enzimas metabólicas TPI e PGM1, proteína estrutural PFN1 e aminiopeptidase LAP3 se mostraram up regulated (P<0,05) no grupo de carne moderadamente macia, enquanto que a expressão das proteínas estruturais (ACTA1, ACTB, ACTG1 e MLC1), estresse oxidativo (PRDX6, PRDX2, PRDX1 and PARK7), proteínas de choque térmico (HSP90AA1, HSP90AB1, HSPA1A, HSPA1B, HSPA1L, HSPD1 e HSPB1), e co-chaperonas e regulação celular (CD37, STIP1 e ARHGDIA) se mostraram down regulated (P>0,05) no mesmo grupo experimental. Estes resultados fornecem uma visão importante de novos possíveis marcadores biológicos atuantes no processo de amaciamento da carne, o que pode colaborar para melhor entender e gerar novas estratégias de seleção nos programas de melhoramento genético de bovinos Nelore. / The objective of this study was to evaluate the association of gene expression and proteomics with meat tenderness in Nellore cattle. From population of 90 animals three experimental groups were selected by shear force (SF) and/or myofibrillar fragmentation index (MFI): moderately tender meat, moderately tough meat and very tough meat. Gene expression was evaluated by real-time PCR and proteomics analysis was performed based on protein separation by two-dimensional gel electrophoresis (2D-PAGE) and characterisation by eletrospray ionisation mass spectrometry (ESI-MS/MS). Expression of the calpastatin isoform (CAST2) was up-regulated (P<0.05) in the moderately tough and very tough meat groups. Expression of the HSP90AA1, DNAJA1 and HSPB1 genes, wich represent the heat shock proteins Hsp90, Hsp40 and Hsp27, respectively, were down-regulated (P<0.05) in the moderately tender meat in relation to the very tough group. In the proteomics analysis, the expression of the protein spots of metabolism TPI1 and PGM1, structural protein PFN1, and aminopeptidase LAP3 were up regulated (P<0.05) in the moderately tender meat, while the expression of structural proteins (ACTA1, ACTB, ACTG1 and MLC1), oxidative stress (PRDX6, PRDX2, PRDX1 and PARK7), heat shock protein (HSP90AA1, HSP90AB1, HSPA1A, HSPA1B, HSPA1L, HSPD1 and HSPB1) and co-chaperones and cellular regulatory (CD37, STIP1 and ARHGDIA) were down regulated (P>0.05) in the same experimental group. The present results suggest an important view of possible new biological markers in the meat tenderization process, wich permit to unsderstand and generate new strategies for selection in Nellore cattle breeding programs. / FAPESP: 15/13021-1

Orientador: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Karina Paes Bürguer / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Maria Izabel Merino de Medeiros / Banca: Hinig Isa Godoy Vicente / Resumo: A Escherichia coli O157:H7 é um patógeno emergente, responsável por causar diversos surtos de doenças de origem alimentar no mundo, sendo a ingestão de carne bovina contaminada por conteúdo intestinal dos animais durante as etapas do abate, o principal modo de transmissão da bactéria. Diante do exposto e da escassez de dados sobre a ocorrência do microrganismo no Brasil, foi estudada a presença e a origem ou fonte de contaminação de E. coli O157:H7 e de outros sorotipos patogênicos nas etapas do fluxograma de abate, realizada a confirmação sorológica dos sorotipos e de alguns genes de virulência, a possível origem comum dos isolados no matadouro-frigorífico e na carne, e o comportamento frente à ação de antimicrobianos. Foram colhidas 349 amostras de 9 locais e a bactéria foi isolada pela metodologia convencional, utilizando o ágar CT-SMAC, sendo os isolados caracterizados pela PCR. A PFGE foi utilizada na análise do perfil genético de alguns isolados e 15 antimicrobianos foram utilizados no teste de susceptibilidade. Os resultados mostram a presença de E. coli O157:H7 em 12,0% dos animais e de E. coli não-O157 em 32% deles e em 9,52% das amostras de facas, com destaque para a E. coli O26 presente em 8,0% dos animais e nas facas, e a E. coli O113 em 2,0% dos animais. Foi observado STEC O157:H7 em 12,0% e EPEC O157:H7 em 6,0% dos animais, STEC O26 em 4,76% das facas, EPEC O26 em 8,0% dos animais e 4,76% das facas, e STEC O113 em 2,0% dos animais, sendo relatada pela primeira vez a presença de STEC O26 sorbitol-negativa. Alta porcentagem de similaridade e um clone de E. coli O157:H7 foram encontrados entre amostras de fezes e pele de animais provenientes da mesma fazenda, um clone de E. coli O26 na pele de três animais da mesma fazenda e alta porcentagem de similaridade do sorotipo entre isolados de pele... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Escherichia coli O157:H7 is an emergent pathogen responsible to cause several outbreaks of foodborne disease in the world, and the ingestion of the meat contaminated with animal intestinal contents in the slaughterhouse steps is the main way of the bacteria transmission. Given the above and the paucity of data about the microrganism's occurence in Brazil, the presence and the origin or the source of contamination of E. coli O157:H7 and others pathogenic serotypes, was studied in the flowchart steps of slaughtherhouse, performed serologic confirmation of serotypes and some virulence genes, a possible common origin of the isolates in the slaughterhouse and in the meat, and the behavior to the antimicrobial action. 349 samples were collected from nine locations and the bacterium was isolated by the conventional method using the CT-SMAC agar, and the isolates were characterized by PCR. PFGE was used to analyze the genetic profile of some isolates and 15 antimicrobial were used in the susceptibility test. The results show the presence of E. coli O157: H7 in 12.0% of animals and E. coli non-O157 in 32% of them, and in 9.52% of knives samples, especially E. coli O26 present in 8.0% of animals and knives, and E. coli O113 in 2.0% of animals. STEC O157:H7 was observed in 12.0% and EPEC O157:H7 in 6.0% of animals, STEC O26 in 4.76% knives, EPEC O26 in 8.0% of animals and 4.76% knives, and STEC O113 in 2.0% of animals, being first reported the presence of sorbitol-negative STEC O26. High percentage of similarity and a clone of E. coli O157:H7 were found between animal's skin and stool samples from the same farm, a clone of E. coli O26 in three animal's skin from the same farm and high percentage of serotype similarity between the isolates from skin, external carcass muscle and wastewater from washing carcass, and its presence... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Luis Artur Loyola Chardulo / Banca: Maurício Medeiros Cabral / Banca: Saulo da Luz e Silva / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Paulo Roberto Rodrigues Ramos / Resumo: Este trabalho foi conduzido com o objetivo de estudar o padrão de crescimento do tecido muscular por caracterização das fibras musculares durante o desenvolvimento animal e suas conseqüências na maciez final da carne de bovinos da raça Nelore. Foram utilizados 20 animais da raça Nelore criados no modelo biológico superprecoce. Durante o crescimento foi realizada biopsia nos animais para analisar a composição do tecido muscular no animal in vivo e sua influência na qualidade da carne postmortem. A área e diâmetro das fibras SO, FOG e FG (fibras oxidativas, oxidativas-glicolíticas e glicolíticas) apresentaram correlações (P<0,01) entre elas demonstrando que o crescimento é um evento que ocorre concomitantemente para os diferentes tipos de fibras. Com relação aos parâmetros de qualidade de carne foi encontrada correlação positiva entre a área e diâmetro das fibras FG e valores de força de cisalhamento (rp=0,68, P<0,05; rp=0,81, P<0,01 respectivamente) e correlações negativas entre área e diâmetros das fibras FG e índice de fragmentação miofibrilar, ambos medidos na carne com 48 horas de resfriamento (rp= -0,75, P<0,01; rp= -0,58, P>0,05 respectivamente). Desta maneira podemos inferir que o tamanho da fibra muscular pode influenciar negativamente nas características de qualidade de carne, em especial a maciez. / Abstract: The present work was lead with objective to study the standard of growth of the tissue muscular by characterization of the muscular fibers during the animal development and the consequences in the final meat tenderness of bovines of Nellore breed. Twenty animals of Nellore breed had been feedlot in the superprecoce' biological model. During the growth samples were collected by biopsy in animals to analyze the composition of muscular tissue in living animal and the influence in the meat quality on the postmortem. The area and diameter of fibers SO, FOG and FG (slow oxidative, fast oxidative-glicolitic and fast glicolitic), had showed correlations (P<0,01) between them demonstrating that growth is an event which occurs concomitantly for different types of fibers. In relation to the characteristics of meat quality it was found a positive correlation between the area and diameter of fibers FG and shear force values (rp=0,68, P<0,05; rp=0,81, P<0,01 respectively) and negative correlations between FG area and diameters of fibers and myofibrilar fragmentation index, both measured in the meat with 48 hours of cooling (rp= -0,75, P<0,01; rp= -0,58, P>0,05 respectively). In this way we can infer which size of muscular fiber can influence negatively in meat quality characteristics of, tenderness especially. / Doutor

Resumo: Devido inúmeras alterações ocorridas no mercado consumidor de carne bovina, tornou-se necessário à evolução do mercado de carne bovina de qualidade. Objetivando tais mudanças, foram estabelecidos os fatores produtivos e industriais que influenciam os padrões de qualidade da carne bovina. A pesquisa de campo foi desenvolvida nas regiões de Barretos, Ribeirão Preto e São José do Rio Preto (SP) e teve início com a definição dos frigoríficos pelo Serviço de Inspeção de Produtos de Origem Animal, que estavam estabelecidos nas regiões acima citadas. Foram identificados seis frigoríficos nas três regiões e aplicados questionários objetivando o levantamento dos procedimentos e tecnologias adotadas nos processos que influenciam direta ou indiretamente os fatores relacionados à qualidade da carne bovina. Após esta etapa foram entrevistados os produtores, obtendo informações relacionadas aos processos e tecnologias adotadas pelo setor para os fatores da qualidade. Para análise estatística, foi utilizada a metodologia da Análise de Correspondência Simples. Como conclusão deste trabalho de pesquisa verificou-se a falha existente na cadeia produtiva da carne de qualidade, já que os dois elos mais importantes, acabam adotando estratégias que tornam o processo produtivo e industrial bastante heterogêneo, criando desta forma, empecilhos ao crescimento do setor. / Abstracts: Dune to numberless change occurred in the consumption market of bovine meat became necessary the evolution of the market of the quality of the bovine meat. To materialize that change, was established the products factors and the industrials that influence the standard of the quality of the bovine meet. The camp search was developed around Barretos, Ribeirão Preto and São José do Rio Preto (SP) and had beginning with definition of the meet industry by Animal Products Inspection Service, that was established and the mentioned area. It was identified six meat industry in the three areas and applied questionnaires objecting the procedures and technology survey adapted in the process and the adapted technologies in the process that influence direct or indirect on the related factors by the bovine meet quality. After this step was interviewed the producer, obtained information related to process and technologies adapted by the sector for the quality factor. For the statistic analysis, was utilized the methodology of "Analysis of Simple Correspondence". The conclusion of this search work it was checked the fail existent in the quality of meet production line, them the two most important link, ended adapting strategy that become the production process and industrial a quite like heterogeneous, creating in this farm, impediments for the growth of the sector. / Orientador: José Jorge Gebara / Coorientador: José Gilberto de Souza / Banca: Manoel Antonio de Almeida Monteiro / Banca: João Luiz Cardoso / Mestre