Im experimentellen Ansatz sollte mithilfe der CRISPR-Cas9-Methode eine gerichtete ALK1-Rezeptor-Eliminierung in myoblastischen C2C12-Zellen durchgeführt werden. Nach erfolgreicher Klonierung der jeweiligen, für den Typ-I-Rezeptor ALK1-kodierenden, gRNA-Sequenzen in die Puro- und GFP-CRISPR-Plasmide gelang der mittels Lipofektion durchgeführte Transfer der vier klonierten Plasmide in die C2C12-Zellen. Parallel aufgetaut wurden C2C12*ALK2- sowie ALK3-Knockout-Zelllinien, welche zuvor durch die Masterandin L. Wiesmann, ebenfalls mithilfe der CRISPR-Cas9-Methode, induzierte Knockouts der jeweiligen Rezeptoren ALK2 sowie ALK3 enthielten. Anschließend erfolgte die Puromycin-Selektion der mit den Puro-Klonen transfizierten C2C12*ALK1-3, ALK1-4-, ALK2- sowie ALK3-KO-Zellpopulationen. Die Zellen der C2C12*ALK1-3-KO-Population überlebten die Selektion trotz erneuter Durchführung der Transfektion sowie Selektion nicht. Somit erfolgte die Kultivierung der verbliebenen Zellen der C2C12*ALK1 4-, C2C12*ALK2- sowie C2C12*ALK3-KO-Population. Anschließend galt es zu untersuchen, wie responsiv die einzelne KO-Zelle für verschiedene Liganden ist. Im Rahmen der Durchführung differenter, zellbasierter Versuche wie der qPCR, des Western Blots und des ALP-Assays wirkten verschiedene BMPs auf die KO-Populationen ein. Somit konnten die BMP-induzierten, nachfolgenden Ereignisse wie die mRNA-Expression, die SMAD-Phosphorylierung sowie die Induktion der ALP-Expression innerhalb der KO-Populationen genauer betrachtet werden. Es ist allgemein bekannt, dass ALK1 sowohl bei der Angiogenese als auch bei der kardio-vaskulären Homöostase eine wichtige Rolle übernimmt. ALK1 ist vermutlich für die Gefäßneubildung in manchen Tumoren verantwortlich und auch die vaskuläre Erkrankung „Hereditäre hämorrhagische Teleangiektasie (HHT)“ steht im Zusammenhang mit einer Mutation des ALK1-Rezeptorgens. BMP9 beeinflusst als ALK1-bindender Ligand neben der Tumorentwicklung und der Angiogenese auch die osteogene Differenzierung mesenchymaler Stammzellen. Im Hinblick auf zukünftige Versuche sind daher weitere, noch aussagekräftigere Ergebnisse erstrebenswert, allerdings unter der Verwendung von ausschließlich homozygoten KO-Zelllinien. Weitere Erkenntnisse über die Rolle des ALK1-Rezeptors in BMP-vermittelter Signaltransduktion könnten für therapeutische Ansätze bei der Behandlung von vaskulären Erkrankungen und Tumorprogression sowie bei der Förderung der Knochenregeneration und -heilung hilfreich sein. / In the experimental approach, targeted ALK1 receptor elimination was to be performed in myoblastic C2C12 cells using the CRISPR-Cas9 method. After successful cloning of the respective gRNA sequences coding for the type I receptor ALK1 into the Puro and GFP-CRISPR plasmids, the four cloned plasmids were transferred into the C2C12 cells by lipofection. In parallel, C2C12*ALK2 and ALK3 knockout cell lines were thawed, which previously contained knockouts of the respective ALK2 and ALK3 receptors induced by the master student L. Wiesmann, also using the CRISPR-Cas9 method. Puromycin was then used to select the C2C12*ALK1-3, ALK1-4, ALK2 and ALK3-KO cell populations transfected with the Puro clones. The cells of the C2C12*ALK1-3-KO population did not survive the selection despite renewed transfection and selection. The remaining cells of the C2C12*ALK1-4, C2C12*ALK2 and C2C12*ALK3-KO populations were therefore cultivated. It was then necessary to investigate how responsive the individual KO cells are to different ligands. By performing different cell-based experiments such as qPCR, Western blot and ALP assay, different BMPs affected the KO populations. Thus, the BMP-induced downstream events such as mRNA expression, SMAD phosphorylation and induction of ALP expression within the KO populations could be analysed precisely.

Among the defense strategies developed in microbes over millions of years, the innate adaptive CRISPR-Cas immune systems have spread across most of bacteria and archaea. The flexibility, simplicity, and specificity of CRISPR-Cas systems have laid the foundation for CRISPR-based genetic tools. Yet, the efficient administration of CRISPR-based tools demands rational designs to maximize the on-target efficiency and off-target specificity. Specifically, the selection of guide RNAs (gRNAs), which play a crucial role in the target recognition of CRISPR-Cas systems, is non-trivial. Despite the fact that the emerging machine learning techniques provide a solution to aid in gRNA design with prediction algorithms, design rules for many CRISPR-Cas systems are ill-defined, hindering their broader applications. CRISPR interference (CRISPRi), an alternative gene silencing technique using a catalytically dead Cas protein to interfere with transcription, is a leading technique in bacteria for functional interrogation, pathway manipulation, and genome-wide screens. Although the application is promising, it also is hindered by under-investigated design rules. Therefore, in this work, I develop a state-of-art predictive machine learning model for guide silencing efficiency in bacteria leveraging the advantages of feature engineering, data integration, interpretable AI, and automated machine learning. I first systematically investigate the influential factors that attribute to the extent of depletion in multiple CRISPRi genome-wide essentiality screens in Escherichia coli and demonstrate the surprising dominant contribution of gene-specific effects, such as gene expression level. These observations allowed me to segregate the confounding gene-specific effects using a mixed-effect random forest (MERF) model to provide a better estimate of guide efficiency, together with the improvement led by integrating multiple screens. The MERF model outperformed existing tools in an independent high-throughput saturating screen. I next interpret the predictive model to extract the design rules for robust gene silencing, such as the preference for cytosine and disfavoring for guanine and thymine within and around the protospacer adjacent motif (PAM) sequence. I further incorporated the MERF model in a web-based tool that is freely accessible at www.ciao.helmholtz-hiri.de. When comparing the MERF model with existing tools, the performance of the alternative gRNA design tool optimized for CRISPRi in eukaryotes when applied to bacteria was far from satisfying, questioning the robustness of prediction algorithms across organisms. In addition, the CRISPR-Cas systems exhibit diverse mechanisms albeit with some similarities. The captured predictive patterns from one dataset thereby are at risk of poor generalization when applied across organisms and CRISPR-Cas techniques. To fill the gap, the machine learning approach I present here for CRISPRi could serve as a blueprint for the effective development of prediction algorithms for specific organisms or CRISPR-Cas systems of interest. The explicit workflow includes three principle steps: 1) accommodating the feature set for the CRISPR-Cas system or technique; 2) optimizing a machine learning model using automated machine learning; 3) explaining the model using interpretable AI. To illustrate the applicability of the workflow and diversity of results when applied across different bacteria and CRISPR-Cas systems, I have applied this workflow to analyze three distinct CRISPR-Cas genome-wide screens. From the CRISPR base editor essentiality screen in E. coli, I have determined the PAM preference and sequence context in the editing window for efficient editing, such as A at the 2nd position of PAM, A/TT/TG downstream of PAM, and TC at the 4th to 5th position of gRNAs. From the CRISPR-Cas13a screen in E. coli, in addition to the strong correlation with the guide depletion, the target expression level is the strongest predictor in the model, supporting it as a main determinant of the activation of Cas13-induced immunity and better characterizing the CRISPR-Cas13 system. From the CRISPR-Cas12a screen in Klebsiella pneumoniae, I have extracted the design rules for robust antimicrobial activity across K. pneumoniae strains and provided a predictive algorithm for gRNA design, facilitating CRISPR-Cas12a as an alternative technique to tackle antibiotic resistance. Overall, this thesis presents an accurate prediction algorithm for CRISPRi guide efficiency in bacteria, providing insights into the determinants of efficient silencing and guide designs. The systematic exploration has led to a robust machine learning approach for effective model development in other bacteria and CRISPR-Cas systems. Applying the approach in the analysis of independent CRISPR-Cas screens not only sheds light on the design rules but also the mechanisms of the CRISPR-Cas systems. Together, I demonstrate that applied machine learning paves the way to a deeper understanding and a broader application of CRISPR-Cas systems. / Unter den Verteidigungsstrategien, welche sich über Millionen von Jahren in Mikroben entwickelt haben, hat sich das angeborene adaptive CRISPR-Cas Immunsystem in vielen Bakterien und den meisten Archaeen verbreitet. Flexibilität, Einfachheit und Spezifizität von CRISPR-Cas Systemen bilden die Grundlage für CRISPR-basierten genetischen Werkzeugen. Dennoch verlangt die effiziente Anwendung CRISPR-basierter genetischer Werkzeuge ein rationales Design, um die Effektivität zu maximieren und Spezifizität zu gewährleisten. Speziell die Auswahl an Leit-RNAs, oder auch „guide“ RNAs (gRNAs), welche eine essentielle Rolle in der Ziel-Erkennung des CRISPR-Cas Systems spielen, ist nicht trivial. Trotz aufkommender Techniken des maschinellen Lernens, die mit Hilfe von Vorhersage-Algorithmen eine Unterstützung im gRNA-Design darstellen, sind die Design-Regeln für viele CRISPR-Cas Systeme schlecht definiert und die breite Anwendung dadurch bisher gehindert. CRISPR Interferenz (CRISPRi), eine Methode der Genrepression, nutzt ein katalytisch inaktives Cas-Protein, um die Gen-Transkription zu verhindern und ist eine führende Technik für Gen-Funktionsstudien, der Manipulation von Stoffwechselwegen und genomweiter Screens in Bakterien. Auch wenn viele der Anwendungen vielversprechend sind, ist die Umsetzung aufgrund der wenig untersuchten Design-Regeln schwierig. Daher entwickele ich in dieser Arbeit ein hochmodernes auf maschinellem Lernen basierendes Modell für die Vorhersage der gRNA Genrepressions-Effizienz in Bakterien, wobei die Merkmalskonstruktion, Datenintegration, interpretierbare künstliche Intelligenz (KI) und automatisiertes maschinelles Lernen genutzt wurden. Zuerst untersuche ich systematisch die Einflussfaktoren, welche zum Ausmaß der Depletion in genomweiten CRISPRi-Screens zur Gen-Essentialität in Escherichia coli beitragen und demonstriere den überraschend dominanten Beitrag genspezifischer Effekte, wie z. B. dem Genexpressionslevel. Diese Beobachtungen erlaubten mir die genspezifischen Störvariablen mit einem sogenannten mixed-effect random forest (MERF) Modell zu segregieren, um eine bessere Einschätzung der gRNA Effizienz zu erreichen und durch die Integration zusätzlicher Screen-Daten noch weiter zu verbessern. Das MERF Modell übertraf dabei bereits existierende Werkzeuge in einem unabhängigen Hochdurchsatz Sättigungs-Screen. Als nächstes interpretiere ich die Modell Vorhersage, um Design-Regeln für eine solide Genrepression zu extrahieren, wie z. B. eine Präferenz für Cytosin und eine Abneigung gegenüber Guanin und Thymin innerhalb und der „protospacer adjacent motif“ (PAM) direkt umgebenden Sequenz. Weiterhin integrierte ich das MERF Modell in einem Web-basierten Werkzeug, welches unter www.ciao.helmholtz-hiri.de frei zugänglich ist. Ein Vergleich von existierenden Werkzeugen mit dem MERF Modell zeigt, dass alternative, für CRISPRi in Eukaryoten optimierte, gRNA Design-Werkzeuge schlecht abschneiden, sobald sie in Bakterien angewandt werden. Dies lässt Zweifel an einer robusten Übertragbarkeit dieser Vorhersage-Algorithmen zwischen verschiedenen Organismen. Zusätzlich haben CRISPR-Cas Systeme, trotz einiger genereller Gemeinsamkeiten, höchst diverse Wirkungsmechanismen. Die Vorhersagemuster eines Datensets sind daher schlecht generalisierbar, sobald sie auf andere Organismen oder CRISPR-Cas Techniken angewandt werden. Diese Lücke kann mit dem hier präsentierten Ansatz des maschinellen Lernens für CRISPRi geschlossen werden und als eine Vorlage für die Entwicklung effektiver Vorhersage-Algorithmen für spezifische Organismen oder CRISPR-Cas Systeme dienen. Der explizite Arbeitsablauf beinhaltet drei Hauptschritte: 1) Aufnehmen des Merkmalsets des jeweiligen CRISPR-Cas Systems bzw. der CRISPR-Cas Technik; 2) Optimierung des maschinellen Lernen Modells durch automatisiertes maschinelles Lernen; 3) Erklärung des Modells mit interpretierbarer KI. Um die Anwendbarkeit des Arbeitsablaufs und die Diversität der Ergebnisse, im Zusammenhang mit unterschiedlichen Organismen und CRISPR-Cas Systemen, zu demonstrieren, habe ich diese Arbeitsschritte zur Analyse drei unterschiedlicher genomweiter Screens angewandt. Von dem CRISPR „base editor“ Essentialitäts-Screen in E. coli, konnten die PAM Präferenzen und der Sequenzkontext innerhalb des Editierungsfensters für eine effiziente Editierung abgeleitet werden. Beispielsweise tragen ein A an der zweiten PAM Position, ein A/TT/TG an der PAM direkt nachgeschalten Position und ein TC an der vierten oder fünften gRNA Position zur effizienten Editierung bei. Im CRISPR-Cas13a Screen in E. coli, stellten wir eine starke Korrelation zwischen dem Genexpressionslevel und der gRNA-Depletion fest. Zusätzlich ist das Expressionslevel des Ziel-Gens der stärkste Vorhersagefaktor des Modells, was das Expressionslevel als Hauptdeterminante für die Cas13-induzierte Immunität hervorhebt und die bessere Charakterisierung von CRISPR-Cas13 Systemen ermöglicht. Aus dem CRISPR-Cas12a Screen in Klebsiella pneumoniae, habe ich gRNA Design Regeln für die robuste antimikrobielle Aktivität über unterschiedliche K. pneumoniae Stämme hinweg extrahiert und einen Vorhersage-Algorithmus für das gRNA Design bereitgestellt. Dies ermöglicht die Nutzung von Cas12a als eine alternative Lösung, um Antibiotikaresistenzen zu bekämpfen. Zusammengefasst präsentiert diese Thesis einen akkuraten Vorhersage-Algorithmus für die CRISPRi gRNA Effizienz in Bakterien und gibt Einblicke in die Determinanten für eine effiziente Genrepression und optimales gRNA Design. Die systematische Exploration führte zu einem robusten Ansatz des maschinellen Lernens für effektive Modell Entwicklungen in unterschiedlichen bakteriellen Spezies und CRISPR-Cas Systemen. Durch die Anwendung dieses Ansatzes auf unabhängige CRISPR-Cas Screens, konnte ich nicht nur wichtige Design Regeln ableiten, sondern auch die Mechanismen der jeweiligen CRISPR-Cas Systeme besser erleuchten. Zu guter Letzt demonstriere ich hier, dass angewandtes maschinelles Lernen den Weg zu einem tieferen Verständnis und einer breiteren Anwendung von CRISPR-Cas Systemen ebnen kann.

In 2020, cancer was the leading cause of death worldwide, accounting for nearly 10 million deaths. Lung cancer was the most common cancer, with 2.21 million cases per year in both sexes. This non-homogeneous disease is further subdivided into small cell lung cancer (SCLC, 15%) and non-small cell lung cancer (NSCLC, 85%). By 2023, the American Cancer Society estimates that NSCLC will account for 13% of all new cancer cases and 21% of all estimated cancer deaths. In recent years, the treatment of patients with NSCLC has improved with the development of new therapeutic interventions and the advent of targeted and personalised therapies. However, these advances have only marginally improved the five-year survival rate, which remains alarmingly low for patients with NSCLC. This observation highlights the importance of having more appropriate experimental and preclinical models to recapitulate, identify and test novel susceptibilities in NSCLC. In recent years, the Trp53fl/fl KRaslsl-G12D/wt mouse model developed by Tuveson, Jacks and Berns has been the main in vivo model used to study NSCLC. This model mimics ADC and SCC to a certain extent. However, it is limited in its ability to reflect the genetic complexity of NSCLC. In this work, we use CRISPR/Cas9 genome editing with targeted mutagenesis and gene deletions to recapitulate the conditional model. By comparing the Trp53fl/fl KRaslsl- G12D/wt with the CRISPR-mediated Trp53mut KRasG12D, we demonstrated that both showed no differences in histopathological features, morphology, and marker expression. Furthermore, next-generation sequencing revealed a very high similarity in their transcriptional profile. Adeno-associated virus-mediated tumour induction and the modular design of the viral vector allow us to introduce additional mutations in a timely manner. CRISPR-mediated mutation of commonly mutated tumour suppressors in NSCLC reliably recapitulated the phenotypes described in patients in the animal model. Lastly, the dual viral approach could induce the formation of lung tumours not only in constitutive Cas9 expressing animals, but also in wildtype animals. Thus, the implementation of CRISPR genome editing can rapidly advance the repertoire of in vivo models for NSCLC research. Furthermore, it can reduce the necessity of extensive breeding. / Krebs war mit fast 10 Millionen Todesfällen weltweit die häufigste Todesursache in 2020. Mit 2,21 Millionen Fällen pro Jahr in beiden Geschlechtern kombiniert war Lungenkrebs die häufigste Unterart. Auszeichnend für dieses Krankheit ist die hohe Komplexität und Heterogenität. Daher wird diese weiter in kleinzelligen Lungenkrebs (SCLC, 15 %) und nicht-kleinzelligen Lungenkrebs (NSCLC, 85 %) unterteilt. Die American Cancer Society schätzt, dass bis 2023 13 % aller neuen Krebsfälle und 21 % aller geschätzten Krebstodesfälle auf das nicht-kleinzellige Lungenkarzinom entfallen werden. In den letzten Jahren hat sich die Behandlung von Patienten mit nicht-kleinzelligem Lungenkarzinom durch die Entwicklung neuer therapeutischer Maßnahmen und das Anwenden personalisierter Therapien verbessert. Allerdings haben diese Fortschritte die Fünfjahresüberlebensrate nur geringfügig verbessert, die für Patienten mit NSCLC nach wie vor alarmierend niedrig ist. Diese macht deutlich, wie wichtig es ist, über geeignetere experimentelle und präklinische Modelle zu verfügen, um neue Therapieansätze beim NSCLC zu rekapitulieren, zu identifizieren und zu testen. In der letzten Dekade war das von Tuveson, Jacks und Berns entwickelte Trp53fl/fl KRaslsl-G12D/wt-Mausmodell das wichtigste In-vivo-Modell zur Untersuchung von NSCLC. Dieses kann grundlegend das Krankheitsbild von NSCLC wiederspiegeln. Es ist jedoch nur begrenzt in der Lage, die genetische Komplexität von NSCLC im vollen Umfang zu refelktieren. In dieser Arbeit verwenden wir CRISPR/Cas9 Genome Editing mit gezielter Mutagenese und Gendeletionen, um das konditionale Modell zu rekapitulieren. Durch den Vergleich des Trp53fl/fl KRaslsl-G12D/wt mit dem CRISPR-vermittelten Trp53mut KRasG12D konnten wir zeigen, dass beide keine Unterschiede in Bezug auf histopathologische Merkmale, Morphologie und Markerexpression aufweisen. Darüber hinaus ergab die Analyse mittels Next Generation Sequencing 8Hochdruchsatz.Sequenzierung) eine sehr große Ähnlichkeit in ihrem Transkriptionsprofil. Die Adeno-assoziierte Virus-vermittelte Tumorinduktion und der modulare Aufbau des viralen Vektors ermöglichen es uns, zusätzliche Mutationen zeitnah einzuführen. Die CRISPR-vermittelte Mutation von häufig mutierten Tumorsuppressoren bei NSCLC rekapitulierte zuverlässig die bei Patienten beschriebenen Phänotypen im Tiermodell. Schließlich konnte der duale virale Ansatz die Bildung von Lungentumoren nicht nur in konstitutiv Cas9 exprimierenden Tieren, sondern auch in Wildtyp-Tieren induzieren. Somit kann die Anwendung von CRISPR-Genome Editing das Repertoire an In-vivo- Modellen für die NSCLC-Forschung rasch erweitern. Darüber hinaus kann es die Notwendigkeit umfangreicher Züchtungen verringern.

京都大学 / 新制・課程博士 / 博士(農学) / 甲第25339号 / 農博第2605号 / 新制||農||1106(附属図書館) / 学位論文||R6||N5511 / DFAM / 京都大学大学院農学研究科応用生物科学専攻 / (主査)教授 大門 高明, 教授 松浦 健二, 教授 吉田 健太郎 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Agricultural Science / Kyoto University / DFAM

Les courriers électroniques sont devenus au cours des dernières années un moyen de communication privilégié. Leur nombre atteint des niveaux si élevés que leur manipulation par les entreprises devient difficile manuellement et requiert des méthodes automatiques. Les systèmes de suivi automatique permettent un traitement des messages et une augmentation de la facilité pour les utilisateurs qui désirent créer un courriel en réponse à une requête, à partir de messages archivés dans la bibliothèque de l’entreprise. Un des problèmes majeurs dans ce type d’application est la sélection de courriers électroniques archivés pertinents à la requête nouvellement soumise : il est nécessaire que le texte retourné par le système qui servira de base à la rédaction d’une réponse, soit en corrélation avec le sujet de la question posée. La recherche de la similarité entre les textes est donc une des principales tâches de ce système. L’objectif de nos travaux se situe toutefois à un niveau supérieur à la simple recherche de similarité entre courriers électroniques; nous avons comme objectif d’évaluer la similarité entre des textes comportant peu de mots. Pour cela, notre étude comporte deux parties distinctes: la recherche de similarités entre des mots afin d’élargir le vocabulaire d’un texte, e le calcul de la similarité entre les documents. Notre question de recherche consiste à identifier les techniques les plus pertinentes pour évaluer la similarité textuelle, et déterminer s’il est possible d’améliorer ces techniques par des combinaisons de méthodes de calcul de la similarité sémantique et de détection des cooccurrences de mots. Lors de nos expérimentations, nous avons cherché à améliorer la similarité sémantique entre les mots. Nous avons aussi proposé plusieurs méthodes pour élargir le vocabulaire des documents basées sur les résultats de la première partie de nos travaux. Nous avons enfin mesuré la similarité sémantique entre les documents modifiés, afin de les utiliser comme base à la rédaction d’une réponse à la nouvelle requête. Notre bilan nous indique que, grâce à nos calculs, il est possible d’améliorer les résultats de calcul de la similarité entre les mots (cosinus) en filtrant les cooccurrences. Cependant, une méthode de filtrage ne garantit pas nécessairement des améliorations, et peut même dégrader la capacité de détection de similarité textuelle. Une comparaison avec la technique du tf*idf nous a permis de constater que les résultats améliorés du cosinus, que nous avons obtenus, égalent pratiquement cette technique, sans pour autant la dépasser. / E-mails have recently become a popular mean of communication for exchanges between companies and their customers. However the increasing volume of messages makes manual processing difficult to achieve and automatic methods are foreseen as a more efficient solution. Automatic management systems help users in the processing of the messages and in the creation of a response from the messages kept in the company databases. One important question in this type of application is how to select existing e-mails to respond to a new request. The creation of new response messages requires texts pertaining to the new request topics. Finding similarity between documents is also an important task. Our goal for this research effort was to study how to detect similarity between small documents. To accomplish it, we followed a two-pronged approach: - finding similarity between words in order to augment a document’s vocabulary; - estimating similarity between documents, using all the similar words resulting from the previous step. We dedicated our work to determine the most interesting techniques to detect textual similarity between documents, and to improve those techniques using cooccurrences detection and lexical semantic similarity. During our experimentations, we tried different combinations, using cooccurrences detection and lexical similarity. We proposed techniques to augment the vocabulary of each message, based on different kind of reasoning to improve the estimation of similarity between documents. Our results indicate that the proposed augmentation techniques improve significantly the estimation of document similarity. The best results were obtained when using a combination of cooccurrences filter and cosine metric. However our experiments clearly indicate these results do not overcome the performance of similarity techniques based on tf*idf weights.

Titre de l'écran-titre (visionné le 16 janvier 2024) / Depuis les vingt dernières années, les monnaies sociales sont en plein essor, en Europe et au Québec notamment. Ces initiatives, souvent citoyennes, émergent en réponse à des préoccupations telles que les excès et les abus de la mondialisation, les inégalités économiques croissantes et les impacts environnementaux négatifs. Les monnaies sociales, qui s'adaptent aux contextes et réalités dans lesquels elles sont implantées, offrent une alternative permettant aux communautés de reprendre en main leur économie et de promouvoir des valeurs sociales et environnementales. La littérature scientifique sur le sujet s'attarde au fonctionnement de cette monnaie, à ses effets sur l'économie locale et les relations sociales de la communauté. Nous avons cherché à aller plus loin en faisant l'hypothèse que le Réseau Accorderie, un dispositif de monnaie sociale québécois qui repose sur l'échange de services entre ses membres et qui utilise le temps comme monnaie d'échange, peut être conçu comme un moteur de transformation sociétale et écologique. C'est par le prisme de la théorie de la décroissance que nous avons tenté d'évaluer la capacité de cette organisation à activer, par les pratiques quotidiennes des membres, certains principes de la décroissance, soit l'écologie, l'autonomie, la convivialité/le convivialisme et le care. À partir d'entretiens semi-dirigés auprès des membres, nous concluons que bien que les différents principes de la décroissance soient présents, à leur manière, dans les actions et réflexions des Accordeurs, c'est davantage le principe et les pratiques du care qui se démarquent comme composante essentielle des Accorderies en ce qu'ils structurent les relations sociales entre les membres et leur environnement, tant au niveau de la communauté, que plus largement envers la planète. L'organisation cultive et développe ainsi des conditions favorables aux rencontres et au développement du « prendre soin » dans l'acception la plus large du terme.

Qu'est-ce que la médecine maya contemporaine? Comment s'exprime-t-elle dans la région du Yucatan? Afin de répondre à ces questions, j'ai choisi, pour ce mémoire de maîtrise, de m'intéresser à la pratique de quatre praticiens de la médecine maya dans la région du Yucatan : Don Renato Dzul Puc, Leydi Dorante, Don Juan Hau et Don Luis Nah. Qu'ils soient médecins traditionnels, *sobadores*, prêtres ritualistes (*h-men*) ou autres, qu'ils exercent en milieu urbain ou rural, auprès d'une clientèle locale ou étrangère, les praticiens de la médecine maya composent avec des réalités traversées de luttes de pouvoir, de tensions, de frictions et d'enchevêtrements auxquels ils répondent en développant des façons de faire innovantes leur permettant d'adapter leur pratique à un contexte en rapide transformation. Dans ce travail de recherche, j'ai tenté de rendre compte des continuités, des transformations et des initiatives qui ont cours afin de tracer une esquisse de la médecine maya contemporaine dans la région du Yucatan. / What is contemporary Mayan medicine? How is it expressed in the Yucatan region? In order to answer these questions, I have chosen, for this Master's thesis, to focus on the practice of four practitioners of Mayan medicine in the Yucatan region: Don Renato Dzul Puc, Leydi Dorante, Don Juan Hau and Don Luis Nah. Whether they are traditional doctors, *sobadores*, ritualistic priests (*h-men*) or others, whether they practice in urban or rural settings, with local or foreign clientele, Mayan medicine practitioners deal with realities made up of power struggles, tensions, frictions, and entanglements, to which they respond by developing innovative ways of doing things that enable them to adapt their practice to a rapidly transforming context. In this research project, I have attempted to describe the continuities, transformations and initiatives that are taken place, in order to sketch out contemporary Mayan medicine in the Yucatan region.

Les aires protégées et de conservation autochtones (APCA), sont mises en place par les peuples autochtones depuis les quinze dernières années pour affirmer leurs droits et responsabilités vis-à-vis de leurs territoires traditionnels. Les APCA permettent aux peuples autochtones de mettre de l'avant une gestion communautaire de leur territoire traditionnel en favorisant un meilleur contrôle sur la gestion des ressources et une mise en valeur de la culture au sein de ces territoires protégés. Au Québec, pour refléter ce besoin des communautés autochtones de proposer leurs propres projets de conservation, le statut d'aires protégées d'initiative autochtone (APIA) fut créé en 2021, mais non définit légalement. Ce mémoire présente deux chapitres, dont le premier est une revue systématisée de la littérature. Celle-ci identifie et explore cinq facteurs de succès critiques à la mise en place d'APCA par les communautés autochtones dans l'Australie, la Nouvelle-Zélande, le Canada et les États-Unis. Les facteurs sont les éléments de motivation à la protection du territoire, la capacité interne de gestion, la participation des membres de la communauté, les capacités organisationnelles internes et le support financier. Ceux-ci permettent de juger des points faibles et forts d'une démarche de mise en place d'aire protégée autochtone par une communauté, et suggère des pistes de réflexion pour chacun de ces facteurs. Le deuxième chapitre s'intéresse particulièrement au cas du projet d'aire protégée Pipmuakan des Innus de Pessamit en se fixant pour objectif de documenter les fondements de la protection sous forme d'aire protégée d'initiative autochtone (APIA), et de développer une vision de mise en valeur du projet d'aire protégée Pipmuakan, compte tenu des fondements de la protection. Ce deuxième chapitre s'appuie sur une approche qualitative par le recueil du témoignage de 25 membres de la communauté lors de groupes de discussion semi- dirigés. Les résultats font état de l'intensité de l'activité industrielle, notamment forestière, sur le territoire de Pessamit (Nitassinan) et le besoin conséquent de la communauté de créer une aire protégée libre d'activités d'exploitation des ressources naturelles. Ce lieu protégé légalement pourrait alors servir, en plus de son but de restauration de la population du caribou forestier du Pipmuakan, à un programme soutenu par la communauté pour revitaliser la culture innue. Ce processus effectué au sein de l'aire protégée assurerait qu'aucune perturbation anthropique n'altère le paysage, fondant ainsi une base à long terme pour le renouvellement du processus de transmission de la culture innue par les détenteurs de savoirs jusqu'aux plus jeunes de la communauté. Ce projet est pour eux un moyen de reprendre en main leurs valeurs et leur identité, tout en développant l'expertise pour multiplier ce genre d'initiative sur l'ensemble du territoire.

Les traumatismes demeurent la principale cause de mortalité et de morbidité chez les jeunes adultes. Les traumatismes au bassin peuvent être mortels, principalement à cause d'un possible choc hypovolémique. Les fractures du bassin nécessitent une prise en charge rapide. Malheureusement, l'identification des patients avec une fracture pelvienne au préhospitalier est difficile et il existe actuellement peu d'interventions préhospitalières disponibles. La ceinture de compression pelvienne, une solution temporaire pour réduire le saignement, est utilisée à l'urgence, mais aussi au préhospitalier dans certaines provinces canadiennes et à l'international. Il y a toutefois une absence de consensus dans la littérature quant aux réels bénéfices associés et à savoir si son utilisation en préhospitalier dans notre système serait bénéfique. L'objectif de mon projet de maitrise était d'évaluer l'identification et la prise en charge des fractures du bassin à l'urgence et lors de la phase préhospitalière. Deux sous-études distinctes ont été utilisées pour établir le portrait de la situation dans la région de la Capitale-Nationale. Premièrement, une étude rétrospective de septembre 2017 à septembre 2021 comportant 228 patients traités au centre de traumatologie tertiaire à Québec. Cette étude a permis d'identifier un sous-triage élevé au préhospitalier et un manque de formation quant à l'installation de la ceinture dans les centres hospitaliers référents. La deuxième étude réalisée de juillet à août 2022 comportait deux cohortes prospectives : une collecte de données sur le terrain et une simulation à la Coopérative des techniciens ambulanciers du Québec (CTAQ). Sur le terrain, 29 patients ont été identifiés et 11 duos de paramédics ont participé à une simulation. Cette étude a permis de démontrer un manque de standardisation concernant l'évaluation du bassin au préhospitalier et par le fait même, des difficultés à bien les suspecter. Ces travaux s'inscrivent dans une lignée d'études portant sur l'amélioration des soins préhospitaliers d'urgence en traumatologie au Québec. / Trauma remains the leading cause of mortality and morbidity in young adults. Pelvic trauma can be fatal, mainly due to the hypovolemic shock sometimes associated with it. Pelvic fractures require rapid management to improve patient outcome. Unfortunately, identifying patients with pelvic fractures in the prehospital setting is difficult, and there are few pre-hospital interventions available. The pelvic binder, a temporary solution to reduce bleeding, is used in the emergency department, but also in the prehospital setting in some Canadian provinces and internationally. However, there is a lack of consensus in the literature as to the real benefits associated with it, and whether its use in the prehospital setting in our system would be beneficial. The aim of this master's project was to evaluate the identification and management of pelvic fractures in the emergency department and in the prehospital phase. Two separate sub-studies were used to establish a portrait of the situation in the *Capitale-Nationale* region. First, a retrospective study from September 2017 to September 2021 involving 228 patients who arrived directly or were transferred to the tertiary trauma center in Quebec City. This study identified high prehospital undertriage and a lack of training relative to pelvic binder installation in emergency departments. Secondly, a prospective cohort study was carried out from July to August 2022, involving two cohorts: data collection in the field and simulation at the *Coopérative des techniciens ambulanciers du Québec* (CTAQ). In the field, 29 patients were identified, and 11 paramedic duos participated in a case simulation. This study identified a lack of standardization in prehospital pelvis assessment, and consequently difficulties in correctly identifying them. This work is part of a line of studies to improve prehospital emergency care for traumatized patients in our healthcare system.

Avec les développements engendrés par le numérique et l'avènement de la gouvernance ouverte, les universités doivent faire preuve d'une meilleure ouverture envers les membres de leur communauté. Par ouverture, on entend l'ouverture opérationnelle qui dicte un usage des technologies de l'information (TI) dans une perspective transactionnelle misant sur l'amélioration de la qualité des services ainsi que la mise en ligne de l'information documentaire sur l'université et ses activités, l'ouverture politique, qui prône une meilleure transparence universitaire et encourage l'exercice de la collégialité, et l'ouverture technologique qui renvoie à la libération des données sur les activités dans des formats technologiques interopérables. Pour atteindre les finalités de l'ouverture, la disponibilité de la bonne information documentaire au bon moment pour le bon acteur s'avère nécessaire. Cela ne s'opère que par la mise en œuvre des stratégies permettant aux universités d'optimiser la gestion de leur information dans une perspective ouverte. Cette gestion, traduisant l'approche de l'archivistique ouverte, implique trois catégories d'acteurs, à savoir les dirigeants, les concepteurs et les usagers de l'information. Les dirigeants, soit les membres de l'équipe de direction, les responsables des unités académiques et administratives, de même que les professeurs, établissent les règles en lien avec la création, le traitement, la diffusion et la préservation à long terme de l'information documentaire. Les concepteurs, à savoir les archivistes, les communicateurs, les experts en TI, les analystes des données et les bibliothécaires, sont des spécialistes qui agissent sur le fond et la forme de l'information pour la rendre exploitable par des usagers. Ces derniers, étant à la fois des acteurs internes (ex. agents administratifs, étudiants) et externes (ex. journalistes, partenaires, etc.), consomment l'information documentaire en fonction de leurs préoccupations. Tous ces acteurs possèdent des attentes variées à l'égard de l'information, ce qui laisse entendre que leurs actions doivent être régulées par des mécanismes de gouvernance qui confèrent à chacun sa légitimité dans ce contexte d'ouverture. La recherche présentée est interdisciplinaire et de nature exploratoire-descriptive. Elle entend modéliser la gestion de l'information documentaire dans une perspective ouverte, et ce, en prenant l'information documentaire générée dans le cadre des activités de communication comme objet de modélisation. Ce modèle, développé dans une perspective de médiation culturelle, se focalise sur le balisage des interactions par des règles et la caractérisation des interdépendances entre les dirigeants, les concepteurs ainsi que les usagers. Il s'agit d'étudier les règles qui encadrent les actions de ces acteurs, à savoir celles régissant la conformité, la performance et l'identité. Ces règles rejoignent l'identité de l'université en tant qu'institution, organisation et communauté, et renvoient à la mise en ligne de l'information qui reflète la transparence de la gouvernance et l'exercice du pouvoir, la performance organisationnelle et l'implication communautaire. La modélisation de la gestion de l'information documentaire dans une perspective ouverte est réalisée au moyen d'une étude de cas simple, dont le terrain d'étude est l'Université Laval qui a élaboré sa stratégie de transformation numérique dans le but de soutenir ses activités. La collecte des données vise à identifier, par le biais d'entrevues semi-dirigées (individuelles et de groupe) et de la sélection de la documentation pertinente accessible sur les sites web de l'Université et ses unités, les acteurs impliqués dans la gestion de l'information, leurs règles et les contextes influençant leur mise en application. La collecte a aussi pour but de cartographier les moyens de médiation culturelle à mobiliser pour favoriser une meilleure mise en application de ces règles. Les données empiriques sont complétées par des données obtenues par le biais d'un sondage en ligne, dont le but est de cerner les perceptions des acteurs à l'égard de la gestion de cette information, des règles et des contraintes de leur mise en application et de l'importance qu'ils accordent à la médiation culturelle. Les résultats de cette recherche contribuent à l'avancement des connaissances sur l'étude de la gestion de l'information documentaire dans le contexte actuel de transformation numérique, en décrivant les interactions entre les acteurs impliqués. En termes pratiques, le modèle développé à l'issue de cette recherche servira de dispositif de pilotage des projets d'ouverture pour les universités en guidant leur démarche de transformation numérique. Le balisage des interactions des différents acteurs aidera ces établissements à trouver le juste équilibre entre les ambitions de l'ouverture et les contraintes qui l'entourent, tout en stimulant d'une façon rationnelle la valeur d'usage de l'information documentaire. / With the advent of open governance, aiming to redefine power relations between public institutions and their users by using information technologies, universities should demonstrate greater openness towards their communities. This openness has various implications at the operational, political, and technological levels. At the operational level, openness translates IT use to improve service quality and disseminate online recorded information about universities' activities. Politically speaking, openness encourages transparency and collegiality practices. At the technological level, it is about disclosing data in an open technological form for reuse. The availability of the right recorded information at the right time and for the right actor is therefore necessary. This can only be achieved by implementing strategies that allow universities to optimize the management of their recorded information in an open perspective. This translates the open archival approach, which involves three categories of actors, namely officers (professors and directors), experts (archivists, communicators, IT specialists, data analysts, and librarians) and users (students, administrative staff, journalists, partners, etc.). These actors have various expectations towards information, which means that their actions are to be regulated by governance mechanisms giving each of them legitimacy in this context of openness. This interdisciplinary and exploratory-descriptive study aims to model recorded information management from an open perspective, using documentary information generated as part of communication activities as the object of modelling. This model, developed from a cultural mediation perspective, focuses on the tagging of interactions by rules and the characterization of interdependencies between officers, experts and users. The aim is to study the rules that frame the actions of these actors, namely those governing their compliance, performance and identity. These are related, respectively, to the university's identity as an institution, an organization and a community, and refer to the online availability of recorded information reflecting, respectively, transparency and the exercise of power, organizational performance and community involvement. A simple case study will be used to model recorded information management from an open perspective. The case study is represented by Université Laval, which has developed a digital transformation strategy to support its teaching, research and administrative activities, as well as its community services. Data collection aims to identify, through semi-structured interviews (individual and focus groups) and the selection of relevant documentation accessible on the university's websites, the actors involved in recorded information management, their rules and the contexts influencing their application. It also aims to map out the means of cultural mediation that could be put in place to encourage better application of these rules. These empirical data are complemented by those obtained through an online survey in order to identify these actors' perceptions towards the management of this recorded information, the rules and constraints of their application, and the importance they attach to cultural mediation. The results of this research contribute to the advancement of knowledge on the study of recorded information management in the current context of digital transformation, by describing the interactions between the actors involved. In practical terms, the model developed as a result of this research will serve as an opening project management tool for universities undergoing digital transformation. By mapping out the interactions between the various actors, it will help these establishments strike the right balance between the ambitions of openness and the constraints that surround it, while rationally stimulating the use value of documentary information.