O ambiente perinatal é crucial para a programação metabólica e hormonal e a qualidade deste ambiente em roedores tem consequências fisiológicas e comportamentais em longo prazo. Condições desfavoráveis no período perinatal, época em que ocorre o desenvolvimento do sistema regulador do balanço energético podem reprogramar o metabolismo e ajustá-lo nesta condição por toda a vida. Um dos modelos experimentais de programação neonatal é obtido por meio da redução de ninhada, em que ninhadas são padronizadas para três ou quatro filhotes por mãe. O maior aporte nutricional em períodos precoces de desenvolvimento promove uma programação metabólica e os efeitos desta programação podem se estender durante toda a vida, com a sobrenutrição pós-natal levando à obesidade na vida adulta. Uma vez que os tecidos adiposos subcutâneo e abdominal são descritos como tecidos ativos na regulação de processos fisiológicos e patológicos, incluindo imunidade e inflamação torna-se importante avaliar se a sobrealimentação e o sobrepeso advindos da redução do tamanho da ninhada levam a alterações nas respostas comportamentais e inflamatórias em filhotes adultos. Em resposta ao lipopolissacarídeo, ratos machos adultos com sobrepeso de nosso estudo exibiram uma exacerbação das respostas comportamentais e aumento da febre, além de aumento nos níveis plasmáticos de corticosterona e de citocina pró-inflamatória IL-1β. Em conclusão, nossos resultados demonstram que o sobrepeso e suas consequências interferem na capacidade destes animais de reagirem ao desafio imunológico. Os experimentos foram desenvolvidos no Laboratório de Ciências Biomédicas da Universidade Federal de Alfenas. / The perinatal environment is crucial for metabolic and hormonal programming and the quality of the environment in rodents have physiological and behavioral consequences in long-term. Adverse conditions in the perinatal period, a time when there is the development of the regulatory system of energy balance can reprogram metabolism and adjust it in this condition for life. One of the experimental models of neonatal programming is obtained by reducing litter, where litters are standardized for three or four pups per mother. The largest nutritional supply in early periods of development promotes a metabolic programming and the effects of this program can extend throughout life, with the postnatal overnutrition leading to obesity in adulthood. Since subcutaneous and abdominal adipose tissues are described as active tissues in the regulation of physiological and pathological processes including immunity and inflammation it becomes important to evaluate if the overfeeding and overweight arising from reduction in litter size lead to changes in the behavioral and inflammatory responses in adult offspring. In response to lipopolysaccharide, overweight adult male rats of this study exhibited an exacerbation of behavioral responses and increase of fever besides an increased plasma levels of corticosterone and IL-1β proinflammatory cytokine. In conclusion, our results show that overweight and its consequences interfere with the ability of these animals to respond to immune challenge. The experiments were developed in the Biomedical Sciences Laboratory of the Federal University of Alfenas. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 graciela.pdf: 3846018 bytes, checksum: 8627ef4106394bfa14dc343ddcfbbbdb (MD5) Previous issue date: 2010-07-21 / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Vibrios genomes are not fully known. This thesis focused on the annotation of four draft genomes ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573), the performance comparison of three automated genome annotations (SABIA, RAST and GRC) and the identification of putative unique genes (strain specific genes) in the genomes. The genomes of Vibrios contained between 3,745 and 4,977 genes, of which 2,900 were real genes, 898 were hypothetic conserved genes and 385 were hypothetic genes. The majority of known gene products were related to general functions and unknown functions (R and S), metabolism and amino acid transport (E) and transcription (K) on the basis of the COG (clusters of ortologs group). The comparison of three automated genome annotation systems indicated that each system had advantages and disadvantagens. The SABIA Server revealed interactivity with many biologic databases, such as InterPro and Swiss-Prot. The RAST server was useful for comparative genomics of specific genomes and metagenomes. The GRC server was useful annotation offline as it can be installed and run on a local computer. The genomes of Vibrios showed differences in the genic content revealled by BLAST atlas and BLAST. Each genome showed 289 to 1,432 unique genes, resulting of comparisons with organisms phylogenetically closest related. The comparison of the genomes of V. alginolyticus 40B and V. alginolyticus 12G01 revealed that 40B has 541 unique genes. The comparison of V. communis 1DA3 and V. campbellii ATTC genome revealed 1,432 unique genes in 1DA3. V. mimicus VM573 and VM603 genomes showed 334 and 289 unique genes, respectively. The vast majority of unique genes were related with carbohidrates, stress response, virulence, cell wall and capsule, indicating that this sub-group of genes may be associated with adaptation of strains to differents habitats and ecologic niches. / Genomas de vibrios ambientais ainda são pouco conhecidos. O presente trabalho de dissertação de mestrado envolveu a anotação de quatro genomas parciais de vibrios ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573), a comparação da performance de três sistemas automáticos de anotação de genomas (SABIA, RAST, e GRC) e a determinação de genes putativos únicos de cada um dos quatro genomas. Os genomas de vibrios apresentaram entre 3.745 e 4.977 genes, dos quais em média 2.900 são válidos, 898 são conservados hipotéticos e 385 são hipotéticos. Os genomas apresentaram similaridade em termos de classes de grupos ortólogos com a maioria dos genes válidos identificados nas classes: funções gerais e desconhecidas(R e S), transporte e metabolismo de aminoácidos(E) e transcrição(K) de acordo com as classes de grupos ortólogos (COG) e a maioria das classes foram similares. A comparação entre os anotadores automáticos sugeriu que cada anotador apresenta prós e contras. O anotador SABIA apresenta uma grande interatividade com os bancos de dados biológicos, tais como o InterPro e Swiss-Prot. O anotador RAST é muito útil para comparação genômica do organismo de interesse com os diversos genomas e metagenomas presentes nos bancos públicos, enquanto que o anotador GRC pode ser utilizado localmente, sem a necessidade de acesso à internet. De acordo com as análises comparativas por meio da anotação realizada com o auxílio do BLAST e BLAST Atlas, os genomas de vibrios ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573) também apresentaram diferenças em termos de conteúdo gênico, indicando que cada linhagem de vibrio possui sub-grupos de genes únicos. Cada um dos quatro genomas apresentaram de 289 a 1.6432 genes únicos de acordo com o as comparações pareadas com os vizinhos filogenéticos mais próximos disponíveis nos bancos de dados. Assim, a comparação entre os genomas das linhagens V. alginolyticus 40B e V. alginolyticus 12G01 resultou na descoberta de 541 genes únicos na linhagem V. alginolyticus 40B. A comparação entre os genomas de V. communis 1DA3 e V. campbellii ATTC BAA-1116 resultou na descoberta de 1.432 genes únicos na linhagem V. communis 1DA3 e a comparação entre os genomas de V. mimicus VM603 e VM573 resultou na descoberta de 334 e 289 genes únicos, em cada uma destas linhagens. Há um predomínio de genes únicos, sobretudo, pertencentes as classes relacionadas com carboidratos, resposta ao estresse, virulência, aminoácidos e derivados, parede celular e cápsula, sugerindo que estes genes estariam associados com a adaptação das linhagens à diferentes condições ambientais e diferentes nichos ecológicos.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NickDisser.pdf: 4259889 bytes, checksum: ee955de15c6345917110d7b6dc4b9765 (MD5) Previous issue date: 2011-12-01 / Single nucleotide polymorphism, SNP, are common and may be responsible for di_erent phenotypes. The attention around this type of polymorphism was intensi_ed when it was discovered, through the sequencing project of the human genome, that they were responsible for most of the genetic variability (90%) of complete human genomes compared. Thus, presenting a frequency of occurrence of one SNP per 1.000-2.000bp intervals. Recently, several studies have focused on the detection of this type of polymorphism in bacterial genomes for use in bacterial strain typing and phylogeny reconstruction, for example. In this work we developed a methodology for detecting and _ltering SNPs for bacterial genomes in order to analyze the prevalence of this type of polymorphism. The methodology involves the use of sequence alignment algorithms and _lters developed in PERL programming language for the detection and filtering of SNPs in order to obtain a reliable final set. The occurrence of SNPs fits the concept of Poisson probability distribution because they are events that occur in an interval, in this case, coding sequences. Within this context, we also calculated the expected frequency of SNPs for each case using a Poisson probability distribution. SNPs that exceeded the expected frequency may be subject to diferent selective pressure. The methodology was tested and evaluated for genomes in five genera of the family Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella and Yersinia) and used in the case study of Klebsiella pneumoniae str. Kp13 genome, a bacteria causing nosocomial infection. The methodology has been able to detect and filter SNPs in diferent species of the family Enterobacteriaceae in accordance with data already published. For the four Klebsiella pneumoniae strains analyzed the occurrence of such polymorphism between the strains compared was observed. Thus, coding sequences with a number of SNPs higher than the expected frequency, obtained by the Poisson Probability Distribution, have been investigated to assess its possible association with the bacteria lifestyle. / Polimorfismos de Unico Nucleotídeo, SNP, são freqüentes e podem ser responsáveis por diferentes fenótipos. A atenção em torno deste tipo de polimorfismo se intensificou quando se descobriu, através do projeto de seqüenciamento do genoma humano, que eram responsáveis pela maior parte da variabilidade genética (90%) entre genomas humanos completos comparados. Com isso apresentando uma freqüência de ocorrência de 1 SNP em intervalos de 1.000-2.000pb. Recentemente vários estudos se concentraram na detecção desse tipo de polimorfismo em genomas bacterianos para uso em tipagem de estirpes e reconstrução de filogenia, por exemplo. Neste trabalho foi desenvolvida uma metodologia de detecção e filtragem de SNPs para genomas bacterianos visando a análise da prevalência desse tipo de polimorfismo. A metodologia envolve o uso de algoritmos de alinhamento de seqüência e filtros desenvolvidos na linguagem de programação PERL para a detecção e filtragem de SNPs com a finalidade de se obter um conjunto final confiável. A ocorrência de SNPs se encaixa no conceito de distribuição de probabilidade de Poisson por serem eventos que ocorrem em um intervalo, nesse caso, seqüência codificantes. Dentro deste contexto, também foi calculada a freqüência esperada de SNPs para cada caso estudado usando uma distribuição de probabilidade de Poisson. Microrganismos que apresentem SNPs em uma freqüência acima da esperada podem estar sujeitos a pressões seletivas diferenciadas. A metodologia foi testada e avaliada para genomas em cinco gêneros da família Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella e Yersinia) e utilizada no caso específico da bactéria Klebsiella pneumoniae str. Kp13, causadora de infecção nosocomial isolada no Brasil. A metodologia se provou capaz de detectar e filtrar SNPs em diferentes espécies da família Enterobacteriaceae em concordância com dados já publicados. Para as 4 estirpes de Klebsiella pneumoniae foi observada a ocorrência desse tipo de polimorfismo entre as estirpes comparadas. Desta maneira, seqüências codificantes com um número de SNPs maior que a freqüência esperada, obtida com a Distribuição de Probabilidade de Poisson, foram investigadas para averiguação da sua possível associação com o estilo de vida bacteriano.

Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-10-06T18:17:45Z No. of bitstreams: 1 Tese_Fernanda_Guedes.pdf: 14236831 bytes, checksum: f93e5c5d35139d93616f11dfb65f05f6 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-10-06T18:18:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Fernanda_Guedes.pdf: 14236831 bytes, checksum: f93e5c5d35139d93616f11dfb65f05f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-06T18:18:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Fernanda_Guedes.pdf: 14236831 bytes, checksum: f93e5c5d35139d93616f11dfb65f05f6 (MD5) Previous issue date: 2015-05-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Plants are frequently attacked by herbivores and pathogens. Plant defense response against pathogens aims to block their proliferation and colonization, and also impart long-term resistence. Rubber tree (Hevea spp), which is an outstanding latex productor, is strongly affected by the fungus Pseudocercospora ulei, that causes South American Leaf Blight (SALB), a disease that affects young leaves and is the main threat to rubber tree plantations. Some rubber tree genotypes are resistant while others are susceptible to SALB. So, the main goals of this work were increase our knowledge about Hevea response to fungal attack and find genes potencially involved with resistance. These were achieved by analysis of leaf transcriptome and interactome of different Hevea genotypes. NGS Sequencing and leaf transcriptome assembly of three resistant genotypes (F4542 - H.benthamiana, PA31 - H.pauciflora, MDF180 - H.brasiliensis) and one susceptible (PB314 -H.brasiliensis) at inoculated and non-inoculated conditions generated 50.239 contigs. Approximately 75% (33.988) of rubber tree contigs had some functional annotation. Similarity percentual found among the inoculated transcriptomes of the four genotypes (37% of contigs) suggests that rubber tree resistance to SALB is caused mainly by regulation of gene expression. Analysis of transcripts levels in inoculated and non-inoculated conditions of resistant genotypes indicates changes induced by fungal pathogen in expression profile of F4542 and PA31 are smaller than MDF180, a result compatible with observed lesions. Differencial expression analysis showed 1.795 differentially expressed contigs. Despite only 22% (10.138) of Hevea contigs had orthologs with Arabidopsis thaliana sequences, the first Hevea interactome was constructed based on interologs. Rubber tree protein-protein network, formed by 5.382 proteins and 72.702 interactions, shows features commonly observed in other biological networks like power law degree distribution and small-world-ness, also presenting some particularities. Modularity was also observed in Hevea interactome and funcional modules identified were involved with different biological process like metabolism, transcription and translation, signal transduction, response to hormone and stress. Multiple-criteria selection based in protein function, presence in resistant genotypes, expression profile and topological features resulted in 30 sequences potencially involved to defense response and resistance of Hevea spp to pathogenic fungus P.ulei. These sequences are target to experimental validation and to create resistant rubber tree cultivars. / Plantas são alvos frequentes de herbívoros e patógenos. As diferentes estratégias vegetais de defesa contra patógenos visam impedir sua proliferação e a colonização, além de conferir resistência de longa duração. A seringueira (Hevea spp), que se destaca por sua produção de borracha natural, é bastante afetada pelo fungo Pseudocercospora ulei, causador do Mal-das-folhas, uma doença que atinge folhas jovens e representa a principal ameaça a plantações de seringueira. Existem alguns genótipos de seringueira resistentes e outros suscetíveis ao Mal-das-folhas. Assim, os objetivos principais deste trabalho são ampliar o conhecimento sobre a resposta da seringueira ao ataque do fungo causador do Mal-das-folhas e buscar genes potencialmente envolvidos com sua resistência através da análise do transcriptoma e do interatoma de folhas de diferentes genótipos de Hevea spp. O sequenciamento NGS e montagem do transcriptoma da folha de três genótipos resistentes (F4542 - H.benthamiana, PA31 - H.pauciflora, MDF180 - H.brasiliensis) e um suscetível (PB314 - H.brasiliensis), nas condições inoculado e não-inoculado com Pseudocercospora ulei, geraram um total de 50.239 contigs. Cerca de 75% (33.988) dos contigs de seringueira tiveram alguma anotação funcional. O percentual de similaridade encontrado na composição do transcriptoma inoculado dos quatro genótipos (37% dos contigs) sugere que a resistência da seringueira ao Mal-das-Folhas é causada principalmente pela regulação dos níveis de expressão gênica. A análise dos níveis dos transcritos nas condições inoculada e não-inoculada dos genótipos resistentes indicam também que as mudanças induzidas pelo patógeno no perfil de expressão do transcriptoma de F4542 e PA31 são menos pronunciadas do que em MDF180, um resultado compatível com as lesões observadas. A análise de expressão diferencial revelou um total de 1.795 contigs diferencialmente expressos nos genótipos estudados. Apesar de apenas 22% (10.138) dos contigs de seringueira terem ortólogo com sequências de Arabidopsis thaliana, foi construído o primeiro interatoma de seringueira a partir dos interólogos desta espécie modelo. A rede proteína-proteína de seringueira, formada por 5.382 proteínas e 72.702 interações entre elas, apresenta características comumente encontradas em outras redes biológicas como a distribuição de conectividade segundo lei de potência e rede do tipo ``mundo pequeno'', apresentando também algumas particularidades. Foi observada a modularidade no interatoma de Hevea, com a detecção de módulos funcionais envolvidos em diferentes processos biológicos como metabolismo, transcrição e tradução, transdução de sinais, respostas a hormônios e estresse. A associação de critérios como a função da proteína, sua presença nos genótipos resistentes, seu perfil de expressão e posicionamento nas redes de seringueira permitiu a seleção de 30 sequências potencialmente envolvidas com a resposta de defesa e resistência da seringueira ao patógeno P.ulei, que constituem alvos de comprovação experimental e melhoramento para criar cultivares resistentes.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2015-11-06T17:43:31Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Ressiliane Ribeiro Prata .pdf: 4723739 bytes, checksum: fa17960ea77a3fa61268cd5668277d19 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-06T17:43:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Ressiliane Ribeiro Prata .pdf: 4723739 bytes, checksum: fa17960ea77a3fa61268cd5668277d19 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2007-06-19 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The work describes the anatomy of the stem and root Maytenus guyanensis Klotzsch ex Reissek, emphasizing the location of the active ingredients and providing data on the use and sale of espéciemedicinal the population of Manaus, AM. / O trabalho descreve a anatomia do caule e raiz de Maytenus guyanensis Klotzsch ex Reissek, enfatizando a localização dos princípios ativos e fornecendo dados relativos ao uso e venda da espéciemedicinal pela população de Manaus, AM.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-04T18:29:03Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Ana Paula Costa de Carvalho.pdf: 2003966 bytes, checksum: 68aa721e528f0278eed6af11f939591d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-04T18:29:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Ana Paula Costa de Carvalho.pdf: 2003966 bytes, checksum: 68aa721e528f0278eed6af11f939591d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-06-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Neotropical cichlids are a diverse group, which comprises about 60 genera and at least 1300 species are recognized. They are distributed in Central and South America, Texas, West Indies, Africa, Madagascar, Syria, Israel, Iran, Sri Lanka, southern coast of India. The diversity found in the Cichlid family covers the most different morphological and ecological aspects that facilitate the adaptation of this fish family. In addition, evidence based on molecular data showed that most of the diversification of the Neotropical fish fauna occurred recently. These features make it difficult to understand the taxonomy and identification of this fauna, becoming a major challenge for molecular tools. In this context, this study aimed to test the effectiveness of DNA barcode methodology (COI gene) to identify and delineate the diverse ictiofauna of freshwater cichlids in the Neotropics. For this purpose, 59 species of Amazon basin fish were analyzed, being sampled by up to five specimens, morphologically identified beforehand, and 147 DNA barcode sequences obtained. Morphological data were combined with the molecular where only nine species showed agreement in both methods of identification. Of the 45 species analyzed, 40 (88.8%) were correctly identified by the barcode sequencing. The main values of intraspecific and interspecific genetic divergence by K2P in molecular clusters were 0% and 55%. Seven cryptic species (15.5%) as well as seven complexes of species (15.5%) were verified and approximately five species (11.2%) showed absence of mutual monophyly. This study is the first to analyze a large number of freshwater fish species in South America, including a large number of closely related species. The results confirmed the effectiveness of barcode to signal cryptic species and species complexes, which have recently undergone a process of irradiation, in addition to discriminate most species analyzed. The results also revealed genetic differences suggesting reproductive isolation and cryptic speciation in seven species. Finally, the results will contribute significantly for the Life Barcode International Project, and for the FISH-BOL campaign providing sequences of barcodes on the identification of these species by specialists and non-specialists, as well as allowing them to be available for use in other applications. / Os ciclídeos neotropicais constituem um grupo variado, no qual compreendem cerca de 60 gêneros e pelo menos 1300 espécies são reconhecidas. São distribuídas na América Central e do Sul, Texas, Índias Ocidentais, África, Madagascar, Síria, Israel, Irã, Sri Lanka, litoral do sul da Índia. A diversidade encontrada na família Cichlidae abrange os mais diferentes aspectos morfológicos e ecológicos, que facilitam na adaptação dos peixes desta família. Além disso, evidências com base nos dados moleculares mostraram que a maior parte da diversificação da ictiofauna Neotropical ocorreu recentemente. Estas características tornam difícil a compreensão da taxonomia e identificação dessa fauna, tornando um grande desafio para as ferramentas moleculares. Neste contexto, o presente estudo teve como objetivo testar a eficácia da metodologia do código de barras de DNA (gene COI) para identificar e delimitar a ictiofauna diversificada de ciclídeos em água doce da região Neotropical. Para esta finalidade, foram analisadas 59 espécies de peixes na bacia Amazônica, sendo amostrado por até cinco espécimes, identificadas a priori morfologicamente, e obtidas 147 sequências de código de barras de DNA. Foram combinados os dados morfológicos com os moleculares, onde apenas nove espécies apresentaram concordância em ambos os métodos de identificação. Das 45 espécies analisadas, 40 (88,8%) foram corretamente identificadas pelas sequências de códigos de barras. Os principais valores de divergência genética intraespecífica e interespecífica pelo K2P nos agrupamentos moleculares foram 0% e 55%. E verificou-se sete espécies crípticas (15,5%), sete complexos de espécies (15,5%) e aproximadamente cinco espécies (11,2%) mostraram ausência de monofilia recíproca. Este estudo é o primeiro analisar um grande número de espécies de peixes de água doce da região Neotropical, incluindo um grande número de espécies estreitamente relacionadas. Os resultados confirmaram a eficácia do código de barras para sinalizar espécies crípticas e complexos de espécies, que passaram recentemente por um processo de irradiação, além de discriminar a maioria das espécies analisadas. Os resultados também revelaram divergências genéticas sugestivas de isolamento reprodutivo e especiação críptica em sete espécies. Enfim, os resultados obtidos contribuirão significamente para o projeto Internacional do Código de Barras da Vida, e para a campanha FISH-BOL fornecendo as sequências de código de barras para uso na identificação dessas espécies por especialistas e não-especialistas, e permitindo-lhes estar disponível para uso em outras aplicações.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-04T18:49:06Z No. of bitstreams: 2 Tese_Marcio Soares Ferreira.pdf: 1241069 bytes, checksum: 7570760560cbd3f3071069e76fc3e213 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-04T18:49:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_Marcio Soares Ferreira.pdf: 1241069 bytes, checksum: 7570760560cbd3f3071069e76fc3e213 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-08-07 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Nitric oxide is produced from L-arginine by the enzyme nitric oxide synthase and is a signaling molecule with important role in cardiovascular homeostasis, neurotransmission, immune defenses, vasodilation and muscle performance, among others. Besides being the precursor of the synthesis of nitric oxide, arginine has been reported as a supplement to reduce stress and increase performance, since it increases the production of nitric oxide, increasing blood perfusion during exercise. This study aimed to verify if the muscle nitric oxide acts to delay fatigue of exercised fish. It also aims to identify whether supplementation of fish feed with arginine or L-NAME (its antagonist) can interfere with swimming performance or its resistance to stress of exercise. Both species were subjected to the following experiments: (a) incremental exercise until fatigue (ucrit); (B) prolonged and moderate exercise (30 cm/s for 12 hours); (C) hypoxia with access to the water surface; (D) hypoxia without access to the water surface; and (e) feed supplementation with arginine, L-NAME (1 g/Kg of feed) or equivalent amount of alanine to balance nitrogen, and exposure of animals to subsequent exercise. The results indicate that nitric oxide in tambaqui only rises at fatigue, and in matrinchã nitric oxyde takes place in the early stages of the swimming, helping to delay fatigue by delaying energy dependence of white muscle and the consequent accumulation of lactate. Results also indicates that feed supplementation with small amounts of arginine can not increase swimming performance in both species, but it can help in the recovery of matrinchã by allowing a better blood perfusion, and of the tambaqui, by raising the response of the cortisol to exercise. / O óxido nítrico é produzido a partir da L-arginina pela enzima Sintase do óxido nítrico, sendo uma molécula sinalizadora com papel importante na homeostase cardiovascular, neurotransmissão, defesas imunológicas, vasodilatação e desempenho muscular, entre outras. A arginina, por ser a precursora do óxido nítrico, tem sido relatada como um suplemento para reduzir o estresse e aumentar o desempenho, na medida que aumentaria a perfusão sanguínea durante o exercício. Este trabalho teve como objetivo verificar se o óxido nítrico muscular atua para retardar a fadiga de peixes exercitados. Tem também como objetivo verificar se a suplementação da ração dos peixes com a arginina ou L-NAME (seu antagonista) pode interferir no desempenho natatório ou na sua resistência ao estresse do exercício. Ambas as espécies foram submetidas aos seguintes experimentos: (a) exercício incremental até a fadiga (Ucrit); (b) exercício prolongado e moderado (30 cm/s por 12 horas); (c) hipóxia com acesso à superfície da água; (d) hipóxia sem acesso à superfície da água; e (e) suplementação da ração com 1 g/Kg de ração de arginina, L-NAME ou equivalente em nitrogênio de alanina, e subsequente exposição dos animais ao exercício. Os resultados indicam que em tambaqui o óxido nítrico só se eleva na fadiga, e em matrinchã sua atuação ocorre nas fases iniciais do exercício, ajudando a retardar a fadiga por postergar a utilização intensa dos músculos brancos e o consequente acúmulo de lactato. Indicam também que a suplementação da ração com pequenas quantidades de arginina não melhora o desempenho natatório em nenhuma espécie, mas pode ajudar na recuperação do matrinchã por permitir uma melhor perfusão sanguínea, e na do tambaqui, por meio do aumento das respostas do cortisol ao exercício.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-06T18:56:25Z No. of bitstreams: 2 Tese_ Rafael Boldrini.pdf: 27697112 bytes, checksum: 298451508db152ae44c72bdfc4564de7 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-06T18:56:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_ Rafael Boldrini.pdf: 27697112 bytes, checksum: 298451508db152ae44c72bdfc4564de7 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-03-02 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The exemplars of the genus Camelobaetidius Demoulin, 1966 are common in lotic habitats, where the nymphs can be found above rocks, or on fallen trunks in areas of current. They posses a Pan American distribution, from Argentina to Canada. They are considered the sister group of the genus Corinnella Thomas & Dominique, 2006. The genus consists of 44 species, 25 of them are described based only on nymphs, five based on adults, 13 based on nymphs and male imago, and one based on nymph and femele imago. Many species have large area of distribution, with location and longitudinal variation in characters historically considered important for the taxonomy of Baetidae. The genus consists of three morphotypes, which were never tested by phylogenetic analyzes, based on a scientific method, to test if these morphotypes are related, as well as was also never tested the proposal that Dactylobaetis Traver & Edmunds, 1968 was a junior synonym of Camelobaetidius. The aim of this study were: adapt/redescribe descriptions of some species of Camelobaetidius; describe unknown stages of previously known species; inventory the species of Camelobaetidius from different areas of Brazil; present a hypotheses of phylogenetic relationship between species of Camelobaetidius; test the monophyly of the genus based on formal phylogenetic analysis; and develop an identification key to the nymphs of the genus. In this study, the genus Camelobaetidius was considered paraphyletic; was proposed the description of two new genera; where described seven species of Camelobaetidius and one new species of Corinnella; was tested the genetic variability of Camelobaetidius billi based on Cytochrome Oxidase (COI) mitochondrial gene; two adults of the genus Camelobaetidius where described; has been updated the distribution record of the genus; was adequated a methodology for transport and rearing nymhps of Baetidae, and proposed a key to the species of genus Corinnella, New Genus B and Camelobaetidius. / O exemplares do gênero Camelobaetidius Demoulin, 1966 são comuns em habitat de corredeiras, as ninfas podem ser encontradas sobre pedras ou em troncos caídos em regiões com corredeiras. Possui distribuição Pan Americana, sendo encontrado da Argentina até o Canadá. Atualmente é considerado grupo irmão do gênero Corinnella Thomas & Dominique, 2006. O gênero é composto por 44 espécies, destas, 25 são descritas com base apenas em ninfas, cinco com base em adultos, 13 com base em ninfas e imago macho e uma com base em ninfa e imago fêmea. Muitas espécies apresentam grande área de distribuição, com variação local e longitudinal em caracteres historicamente considerados importantes para a taxonomia de Baetidae. O gênero é composto por três morfótipos, sendo que nunca foram realizados análises filogenéticas que testassem, com base em um método científico, se esses morfótipos são relacionados, assim como nunca foi testada a proposta na qual Dactylobaetis Traver & Edmunds, 1968 foi considerado sinônimo júnior de Camelobaetidius. Os obejtivos desse estudo foram: Adequar/redescrever as descrições de algumas espécies de Camelobaetidius; descrever estágios desconhecidos de espécies previamente conhecidas; inventariar as espécies de Camelobaetidius de diversas áreas do Brasil; apresentar hipóteses de relacionamento filogenético entre as espécies de Camelobaetidius; testar a monofilia do gênero com base em análises filogenéticas formais; e elaborar uma chave de identificação para as ninfas das espécies do gênero. Nesse estudo, o gênero Camelobaetidius foi considerado parafilético; foi proposta a descrição de dois novos gêneros; foram descritas sete espécies de Camelobaetidius e uma espécie nova de Corinnella; foi testado a variabilidade genética de Camelobaetidius billi com base no gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (COI); foram descritos dois adultos do gênero Camelobaetidius; foi atualizado o registro de distribuição das espécies do gênero; foi adequado um novo sistema de transporte e criação de espécies de Baetidae e foi proposta uma chave para as espécies do gêneros Corinnella, Gênero novo B e Camelobaetidius.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-22T20:16:32Z No. of bitstreams: 2 Tese_Jackson Pantoja Lima.pdf: 1894708 bytes, checksum: 9e706c1c34aaa4a572735a19034c0593 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-22T20:16:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_Jackson Pantoja Lima.pdf: 1894708 bytes, checksum: 9e706c1c34aaa4a572735a19034c0593 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2012-01-25 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Turtles are resources historically exploited by human populations in Amazonian ecosystems. Naturalists report that Indians large numbers of animals in ponds in the villages for address consumption during the high water period. Turtle nesting beaches, known locally as "tabuleiro de bicho-de-casco", are distributed along of the Purus River. Abufari Beach (5 ° 22'12 "S and 63 ° 01'06" W), is located in the Abufari Biological Reserve (RBA), in the municipality of Tapauá. This beach is one of the few remaining of from this abundant period for the turtles in the Purus River. RBA belongs to the indirect use-category of Conservation Units and has as its goal the research and conservation of fauna and flora. This study evaluated the consumption of turtles, traditional ecological knowledge of fishermen on turtle ecology, population structure and density of turtles in the Biological Reserve. We estimated a consumption of more than 20,000 turtles of three species of Podocnemis (P.expansa, P. unifilis and P. sextuberculata) in 2007 in the urban area, and one trade of than $ 400,000 between 2006 and 2007. Based on the popular knowledge were produce maps of distribution of fishing area, hunting and harvest of forest wood and non-timber and as areas of occurrence and movement patterns of turtles in the floodplain of the Purus River. The maps and oral history showed that most of the 16 major nesting areas of P. expansa among Abufari (RBA) and Sacado Santa Luzia (Sustainable Development Reserve Piagaçu Purus -RDSPP) have been extinct, leaving only the Abufari and Tauamirim Beach ́s. Through experimental fisheries on sites indicated on the maps we captured 3,377 turtles ( 2,390 captured with bag net in the channels Abufari and Chapéu stream) and 987 turtles with seine nets on "boiador" of the Linda Vista at 2006 and 2007 years. We estimated 2,833 females of P. expansa, 3,648 P. sextuberculata and 235 P. unifilis using the Abufari Beach between August and November 2007. Total production for the three species on the Abufari beach was estimated at 353,688 hatchling turtles. Traditional knowledge was efficient for describing movement and factors that influence the movements of migration of turtles. Consolidation of this conservation policy would be important for including all users of the resources or those are affected by its management and the conservation of turtles, but it is necessary to change the rules of the Brazilian fauna. / Quelônios são recursos historicamente explorados por populações humanas nos ecossistemas aquáticos amazônicos. Naturalistas relatam que indígenas mantinham grande quantidade de animais em currais nas aldeias para suprir a falta de alimento no período de águas altas. Praias de desova de quelônios, conhecidas regionalmente como “tabuleiros de bicho-de-casco” estavam distribuídas ao longo de toda a extensão do rio Purus, um dos tributários do rio Amazonas. O tabuleiro de Abufari (5o22’12”S e 63o01’06”W), situado na Reserva Biológica de Abufari (RBA), município de Tapauá, é um dos remanescentes deste período áureo dos quelônios. RBA pertence à categoria de Unidades de Conservação de uso indireto e tem como finalidade a pesquisa e conservação da fauna e flora. O presente estudo avaliou o consumo de quelônios, o conhecimento tradicional ecológico dos pescadores sobre a ecologia de quelônios, a estrutura populacional e densidades de quelônios na Reserva Biológica. Foi estimado um consumo superior a 20 mil quelônios de três espécies de Podocnemis (P.expansa, P. unifilis e P. sextuberculata) no ano de 2007 na zona urbana, movimentado mais de R$ 400.000 entre 2006 e 2007. Com base no conhecimento popular produzimos mapas de distribuição de área de pesca, caça, exploração de recursos florestais madeireiros e não-madeireiros e áreas de ocorrências e padrões de movimentação de quelônios na várzea do rio Purus. Os mapeamentos e a história oral mostraram que a maioria das 16 grandes áreas de desova de P. expansa existentes entre Abufari (RBA) e Sacado de Santa Luzia (RDS-PP) foram dizimadas ou extintas, restando somente o tabuleiro de Abufari e Tauamirim. Por meio de pescarias experimentais em locais indicados nos mapeamentos foram capturados 3377 quelônios, sendo 2390 com rede capa-saco nos canais do igarapé do Chapéu e canal do rio Abufari e 987 quelônios com rede de cerco no “boiador” da Linda Vista entre 2006 e 2007. Foram estimados 2.833 fêmeas de P. expansa, 3648 de P. sextuberculata e 235 P. unifilis nidificando na praia do Abufari entre agosto e novembro de 2007. A produção total para as três espécies na praia do Abufari foi estimada em 353.688 filhotes de quelônios. O conhecimento tradicional se mostrou eficiente na descrição de áreas de movimentação e fatores que influenciam o processo de movimentação dos quelônios. Para o fortalecimento da política de conservação de fauna seria importante incluir todos os usuários do recurso ou que sejam afetados pelo seu manejo, na conservação de quelônios, mas para isso se faz necessário a alteração da legislação de fauna brasileira.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-26T19:42:40Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Patricia Oliveira Maciel.pdf: 6121615 bytes, checksum: 0c6f3f7ccfb4842794ca3c5c3e8bf811 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-26T19:42:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Patricia Oliveira Maciel.pdf: 6121615 bytes, checksum: 0c6f3f7ccfb4842794ca3c5c3e8bf811 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2009-08-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / In order to contribute with research on the use of chemical therapeutics in aquaculture, especially involving native fish species such as the tambaqui, Colossoma macropomum, the present study aimed to evaluate the antihelmintic praziquantel toxic effects on tambaqui through hematological analysis (Chapter 1) and, complementarily, to evaluate its efficacy to control monogenea parasites (Chapter 2). In Chapter 1, bath of 3.12; 6.25; 12.5; 25 and 50 mg of praziquantel/L during 0.5; 1 and 24 hours of exposure were tested. Among the blood parameters evaluated, hemoglobin concentration and mean corpuscular hemoglobin decreased in fish exposed during 24 hr and hyperglycemia was observed on those exposed to the highest concentrations of praziquantel (25 and 50 mg/L) in all bath duration. Results suggest that praziquantel concentrations of 25 and 50 mg/L affect tambaqui homeostasis, regardless the exposing time, and may cause fish mortality. Besides, this study corroborate with the hypothesis that tambaqui aquatic surface respiration (ASR), with the formation of mouth lips, may be stimulated by the reduction of tissue oxygen concentration (hypoxemia), regardless water dissolved oxygen concentration. In Chapter 2, five praziquantel concentrations were tested: 0; 6.25; 12.5; 25 and 35 mg/L in 24 hr baths and blood parameters and fish parasite load were evaluated. In most treatments efficacy was under 60%, except for the treatment with 12.5 mg/L which resulted in 61.8% efficacy. This study indicated that lower praziquantel concentrations were more efficient in controlling the parasites and high concentration of the product induced fish leukocyte alterations comparable to stress, such as lymphopenia, monocytosis, neutrophylia, and hyperglycemia. / Visando contribuir com os estudos sobre o uso de quimioterápicos na aqüicultura, principalmente em espécies nativas como o tambaqui Colossoma macropomum, o presente estudo teve como objetivo avaliar o anti-helmíntico praziquantel quanto aos seus possíveis efeitos tóxicos sobre tambaquis, utilizando como indicador as análises hematológicas (Capítulo 1); além de avaliar a eficiência deste fármaco no controle de parasitas monogenóides (Capítulo 2). No Capítulo 1, foram testadas, na forma de banhos, as concentrações de 3,12; 6,25; 12,5; 25 e 50 mg de praziquantel/L nos tempos de 0,5; 1 e 24 horas de exposição. Dos parâmetros sanguíneos avaliados, a concentração de hemoglobina e a hemoglobina corpuscular média apresentaram uma diminuição nos peixes mantidos por 24 h e uma hiperglicemia naqueles expostos às maiores concentrações de praziquantel (25 e 50 mg/L) em todos os tempos de exposição. Os resultados sugerem que o praziquantel nas concentrações de 25 e 50 mg/L, independente do tempo de exposição, alteram a homeostase fisiológica dos tambaquis, podendo causar até a morte dos animais. Além disso, esse estudo corrobora com a hipótese de que a respiração na superfície aquática (RSA), com formação de lábios em tambaqui, pode ser estimulada pela diminuição de oxigênio tecidual (hipoxemia), independente do oxigênio na água. No Capítulo 2, foram testadas 5 concentrações de praziquantel: 0; 6,25; 12,5; 25 e 35 mg/L em banhos de longa duração (24 h) e avaliados os parâmetros sanguíneos e a carga parasitária dos peixes. Na maioria dos tratamentos, a eficácia esteve abaixo de 60%, com exceção do tratamento com 12,5 mg/L que obteve 61,8% de eficácia. Os resultados indicaram que as menores concentrações de praziquantel foram as mais eficientes na redução da carga parasitária e as altas concentrações do fármaco induziram nos peixes alterações leucocitárias compatíveis com estresse como linfopenia, monocitose, neutrofilia, e hiperglicemia.