Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:36:20Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoSuscetibilidadeInVitro.pdf: 1683274 bytes, checksum: 9513eec5b0e41bedde9a08f37813a32c (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-24T11:41:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoSuscetibilidadeInVitro.pdf: 1683274 bytes, checksum: 9513eec5b0e41bedde9a08f37813a32c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T11:41:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoSuscetibilidadeInVitro.pdf: 1683274 bytes, checksum: 9513eec5b0e41bedde9a08f37813a32c (MD5) Previous issue date: 2015-06-18 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / FADESP - Fundação de Amparo e Desenvolvimento da Pesquisa / Cromoblastomicose (CBM) é uma micose por implantação fúngica na pele, de evolução crônica, causada pela inoculação traumática de fungos dematiáceos. O Estado do Pará é uma das principais áreas endêmicas, sendo F. pedrosoi o principal agente etiológico. A baixa taxa de cura é reflexo da falta de um esquema terapêutico padronizado e da escassez de dados relacionados a suscetibilidade de fungos negros aos fármacos disponíveis para o tratamento. O principal objetivo deste trabalho foi avaliar a suscetibilidade in vitro de isolados clínicos de Fonsecaea spp. frente a nove antifúngicos, correlacionando as Concentrações Inibitórias Mínimas (CIM) do itraconazol (ITZ) com a evolução clínica e os tipos de lesões, além de quantificar os níveis plasmáticos de ITZ e Hidroxi-ITZ (ITZOH) em pacientes atendidos na Unidade de Referência Especializada em Dermatologia Sanitária do Estado do Pará Dr. Marcello Candia. Os 38 isolados clínicos de Fonsecaea foram avaliados em relação ao ITZ, cetoconazol (CTZ), posaconazol (PCZ), voriconazol (VCZ), fluconazol (FCZ), anfotericina B (ANF B), caspofungina (CAS), terbinafina (TBF) e 5-fluorocitosina (5-FLU), de acordo com as recomendações do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI, documento M38-A2). A CIM para cada fármaco utilizado foi obtida após 5 dias de incubação a 30°C, e dentre os fármacos testados, o PCZ foi o mais efetivo (CIM 0.28 μg/ml, CFM 4.35 μg/ml) podendo ser uma alternativa terapêutica em isolados não sensíveis ao ITZ. Os resultados da correlação entre a CIM do ITZ e a evolução clínica demonstraram que os pacientes com piora tiveram um valor médio ± erro padrão da média (0.90 ± 0.10 μg/ml) superior aos sem melhora (0.45 ± 0.05 μg/ml) com melhora (0.59 ± 0.05 μg/ml) e cura (0.45 ± 0.05 μg/ml), com diferença significativa (p < 0.05) entre os grupos. Não houve correlação entre o CIM do ITZ e os tipos de lesões dos pacientes. Observamos uma grande variabilidade interindividual entre os níveis plasmáticos de ITZ e ITZOH, sendo importante destacar que o ITZOH estava até 3 vezes mais elevado no plasma dos pacientes (p < 0.001), o que pode contribuir para atividade antifúngica do tratamento e sugere uma importante contribuição deste metabólito na terapia. Por fim, avaliamos três pacientes que foram submetidos a altas doses de ITZ, 600 mg/dia, com aumento significativo dos níveis plasmáticos de ITZOH (p=0.0148) e uma concentração >1000 ng/ml na somatória ITZ+ITZOH, considerada satisfatória para a maioria das infecções fúngicas, além de apresentarem melhora do quadro clínico. Em resumo, nossos dados 1) confirmam F. pedrosoi como o principal agente etiológico da CBM no Pará; 2) não evidenciam correlação entre as lesões, as espécies e a sensibilidade ao ITZ; 3) demonstram que ITZ, VCZ e PCZ foram os fármacos com menor CIM, sendo que o PCZ apresentou a menor CFM; 4) correlacionam o metabólito ITZOH com a evolução clínica dos pacientes e; 5) indicam que o uso de altas doses de até 600 mg/dia de ITZ podem ser usadas em pacientes que não respondem a doses terapêuticas menores. / Chromoblastomycosis (CBM) is a fungal infection by implantation in the skin, with a chronic evolution, caused by traumatic inoculation of dematiaceous fungi. Pará state is one of the most important endemic areas in Brazil, and F. pedrosoi is the most prevalent agent. The low cure rate is consequence of the lack of a standardized treatment regimen and there are a few works related to susceptibility of black fungi to the drugs available for treatment. The main objective of this study was to evaluate in vitro susceptibility of clinical isolates of Fonsecaea spp. against nine antifungals, correlating itraconazole (ITZ) minimal inhibitory concentrations (MIC) and minimal fungicidal concentrations (MFC) with clinical outcome and the types of lesions. Furthermore, plasma levels of ITZ and ITZOH were measured in patients treated in Dr Marcello Candia Reference Unit in Sanitary Dermatology (UREMC, Pará State). Thirty-eight clinical isolates of Fonsecaea spp. were evaluated against ITZ, ketoconazole (CTZ), posaconazole (PCZ), voriconazole (VCZ), fluconazole (FCZ), amphotericin B (ANF B), caspofungin (CAS), terbinafine (TBF) and 5-fluorocytosine (5-FLU), according to the protocol of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI, M38-A2 document). After 5 days of incubation at 30°C, MICs were determined visually evaluating fungal growth in different drug concentrations, in comparison to the drug-free control wells. PCZ was the most effective (MIC 0.28 μg/ml, MFC 4.35 μg/ml) drug. The correlation between the MIC to ITZ and clinical outcome results demonstrate that patients with worsening had a media value ± SEM (0.90 ± 0.10 μg/ml) superior to no improvement (0.45 ± 0.05 μg/ml) or improvement (0.59 ± 0.05 μg/ml) and cure (0.45 ± 0.05 μg/ml), with a significant difference (p < 0.05) among the groups. There was no correlation between ITZ CIM and types of lesions. We observed a large inter-individual variability of ITZ and ITZOH plasma levels. ITZOH was up to 3 times higher in the plasma of patients (p < 0.001), which can contribute to the antifungal treatment and suggests an important participation of this metabolite in therapy. Lastly, we evaluated three patients who underwent high dose 600 mg/day ITZ with a significant increase of ITZOH (p= 0.0148) plasma levels. In summary, our data 1) confirmed F. pedrosoi as the main agent of CBM in Pará; 2) did not show correlation between the lesions, species and ITZ sensitivity; 3) Showed that ITZ, VCZ and PCZ are the drugs with lower CIM, wherein PCZ had the lowest MFC; 4) correlated the metabolite ITZOH with the clinical evolution of patients and; 5) indicated that the use of high doses of up to 600 mg/day ITZ can be used in patients who do not respond to lower therapeutic doses.

Submitted by Nathalya Silva (nathyjf033@gmail.com) on 2017-04-07T17:30:15Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_BiodiversidadeBacterianasFermentação.pdf: 6853574 bytes, checksum: 5de6a4fbf13df35b52431b1ad2a200f7 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-04-10T12:02:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_BiodiversidadeBacterianasFermentação.pdf: 6853574 bytes, checksum: 5de6a4fbf13df35b52431b1ad2a200f7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T12:02:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_BiodiversidadeBacterianasFermentação.pdf: 6853574 bytes, checksum: 5de6a4fbf13df35b52431b1ad2a200f7 (MD5) Previous issue date: 2015-06-22 / Frutos de açai (Euterpe oleracea) (FA) e uma gama de produtos derivados desse fruto são um exemplo de sucesso comercial de um produto regional genuinamente brasileiro no mercado global. Os FA sofrem fermentação espontânea durante o pós-colheita devido, principalmente, sua elevada carga microbiana e aos fatores intrínsecos e extrínsecos favoráveis. A biodiversidade da comunidade microbiana em FA e sua evolução em três origens geográficas e duas condições de fermentação foram estudadas. Métodos independente de cultivo baseados no gene 16S rRNA de quinze amostras revelaram que os filos Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Bacteroidetes e Acidobacteria foram os mais abundantes. Ao nível do gênero, foram identificados a Massilia (taxon com mais de 50% das sequências e constante durante as 30h de fermentação), Pantoea (taxon com o maior aumento durante a fermentação), Naxibacter, Enterobacter, Klebsiella e Raoultella, formando a microbiota bacteriana dos FA. Atributos relacionados à promoção de crescimento vegetal (sideróforos) e outros compostos como, por exemplo, o poli-3-hidroxibutirato (PHB) e a violaceína podem promover a preponderância de Massilia em resposta a condições de estresse do fruto. Análises de beta diversidade demonstraram que os parâmetros de qualidade dos FA (pH, sólidos solúveis, acidez titulável e lípidos) e de análise elementar (C, N, H e razão C/N) não foram capazes de correlacionar padrões de grupos taxonômicos em FA. Este trabalho oferece novos conhecimentos e perspectivas sobre a composição da comunidade bacteriana nativa nos FA em função de sua fermentação espontânea durante o período do pós-colheita. / Açai (Euterpe oleracea) fruits (AF) and a wide variety of products derived from this fruit are an example of success of a local and typically Brazilian product on the global market. The AF suffer spontaneous fermentation during postharvest due mainly to its high microbial load and the favourable intrinsic and extrinsic parameters. The biodiversity of microbial community in AF and their evolution between three geographical origins and two fermentation conditions were examined. Culture-independent methods based on 16S rRNA from fifteen samples revealed that Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Bacteroidetes and Acidobacteria were the most abundant phyla. At genus level, were identified Massilia (taxon with more than 50 % of sequences remaining constant during the 30 h of fermentation), Pantoea (taxon with the highest increase during fermentation), Naxibacter, Enterobacter, Raoultella and Klebsiella, forming the carposphere bacterial microbiota of AF. Attributes related to plant growth promotion (siderophores) and others compounds e.g. poly-3-hydroxybutyrate (PHB) and violacein in response to stress conditions could improve the Massilia preponderance. Beta diversity showed that quality parameters of AF (pH, soluble solids, titratable acididy and lipids) and elemental analysis (C, N, H and C/N ratio) were unable to establish microbial patterns in AF. This research offers new insights and perspectives of the indigenous bacterial community composition on AF as a function of spontaneous fermentation during postharvest.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-06-09T11:35:22Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CianotoxinasOstrasAguas.pdf: 1711540 bytes, checksum: eb11c36e72609b2319a594f916b74184 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-06-12T14:32:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CianotoxinasOstrasAguas.pdf: 1711540 bytes, checksum: eb11c36e72609b2319a594f916b74184 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T14:32:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CianotoxinasOstrasAguas.pdf: 1711540 bytes, checksum: eb11c36e72609b2319a594f916b74184 (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Cianobactérias são organismos procarióticos fotossintetizantes e em condições favoráveis ao seu crescimento podem formar florações. Também são capazes de produzir cianotoxinas, metabólitos secundários que possuem efeito tóxico para organismos eucarióticos inclusive o homem. Como parte do fitoplâncton as cianobactérias participam das cadeias alimentares, sendo assim a ingestão de moluscos que tenham se alimentado continuamente de cianobactérias tóxicas e acumulado as toxinas em seus tecidos gera a possibilidade de transferência para o homem através de seu consumo trazendo sérios riscos à sua saúde. Ainda são escassos estudos sobre a contaminação (por cianotoxinas) de moluscos destinados ao consumo humano. Logo, este estudo consistiu em verificar a ocorrência de cianotoxinas em águas de cultivo e no tecido de ostras destinadas ao consumo humano. As coletas de água e de ostras foram realizadas em cultivos de dois municípios localizados no nordeste do Pará. A pesquisa por cianotoxinas foi realizada através de Cromatografia Líquida de Alta Eficiência, HPLC. As cianobactérias presentes na água, as isoladas e as cultivadas a partir das conchas das ostras foram identificadas. Não foram detectadas microcistinas e saxitoxinas nas amostras de água e nos extratos de ostras de ambos locais de cultivo. Contudo, foram identificados três gêneros de cianobactérias – Aphanizomenon, Oscillatoria e Phormidium, em Curuçá e três gêneros de cianobactérias em São Caetano de Odivelas – Aphanothece, Oscillatoria e Phormidium, todos conhecidos por conter espécies tóxicas. Foi detectada a presença de saxitoxinas em extratos de culturas de cianobactérias a partir das conchas das ostras de ambos os locais de cultivo, indicando a presença de espécies tóxicas apesar da ausência de floração. Neste estudo, verificou-se que os locais de cultivo de ostras encontram-se adequadas para o consumo, livres de contaminação por microcistinas e saxitoxinas, no entanto, se faz necessária a implantação de uma legislação específica e o monitoramento desses cultivos a fim de assegurar a saúde dos consumidores. / Cyanobacteria are photosynthetic prokaryotic organisms and under conditions favorable to their growth can form blooms. They are also capable of producing cyanotoxins, secondary metabolites that have a toxic effect on eukaryotic organisms including man. As part of phytoplankton the cyanobacteria participate in the food chains, thus the ingestion of shellfish, that have been continuously fed toxic cyanobacteria and accumulated the toxins in their tissues generates the possibility of transfer to the man through their consumption bringing serious risks to their health. There is still very little research on the contamination (by cyanotoxins) of shellfish intended for human consumption. Therefore, this study was to verify the occurrence of cyanotoxins in culture waters and in the tissue of oysters destined for human consumption. The water and oyster samples were collected from two municipalities located in the northeast of Pará. The cyanotoxins research was performed using High Performance Liquid Chromatography (HPLC). The cyanobacteria present in the water, isolated and cultured from oyster shells were identified. No microcystins and saxitoxins were detected in water samples and oyster extracts from both growing sites. However, three genera of cyanobacteria - Aphanizomenon, Oscillatoria and Phormidium were identified in Curuçá and three genera of cyanobacteria in São Caetano de Odivelas - Aphanothece, Oscillatoria and Phormidium, all known to contain toxic species. The presence of saxitoxins in extracts from cyanobacterial cultures was detected from the oyster shells of both growing sites, indicating the presence of toxic species despite the absence of bloom. In this study, it was verified that the cultivation of oyster sites are suitable for consumption, free of contamination by microcystins and saxitoxins, however, it is necessary to implement specific legislation and the monitoring of these crops in order to ensure consumer health.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissFPPR.pdf: 2166377 bytes, checksum: e236f2b096f8ae23ef8e7556eed399e4 (MD5) Previous issue date: 2004-12-03 / The morphology and size of bacterial cells taken from three reservoirs in different trophic state (Barra Bonita eutrophic, Broa mesotrophic and Lagoa Dourada - oligotrophic), were analysed through images acquired by epifluorescence microscopy (with DAPI fluorescent stain). In these water-bodies, the relative frequencies were calculated for each bacterial morphotype (coccus, coccobacillus, bacillus, vibrio, filament and spirillum) and biovolume. The relative frequencies of biovolumes and morphotypes were converted into indexes of size diversity (SDI) and morphological diversity (MDI) using the Shannon Index for calculations, and population densities (D) were also estimated. These values were compared with the mean trophic state index (mTSI) calculated for each environment. Among the physical and chemical variables, total phosphorus discriminated most clearly between different trophic states during the studied period, while among biological variables, bacterial population density was the most significant indicator of the trophic state of the environments. The MDI proved to be significantly different between the eutrophic and oligotrophic environments, as well as between the mesotrophic and oligotrophic reservoirs, but not consistently so between the eutrophic and mesotrophic, possibly because of the similarity of the trophic state in the last two. The SDI was found to differentiate significantly between the eutrophic and oligotrophic environments, but not between either of these and the mesotrophic. In the oligotrophic environment there was an extremely significant negative linear correlation (r = - 0.9735, p = 0.001) between mTSI and MDI; this correlation was especially significant with chlorophyll concentration (Chla) but not significant with the other components of the mTSI. / A análise da morfologia e do tamanho de células bacterianas de três reservatórios em diferentes estados tróficos (Barra Bonita eutrófico, Broa mesotrófico e Lagoa Dourada oligotrófico) foi feita com imagens obtidas por microscopia de epifluorescência (coloração com DAPI). Em cada ambiente foram estimadas as freqüências relativas de cada morfotipo estudado (coco, cocobacilo, bacilo, víbrio, filamento e espirilo) assim como dos biovolumes dos organismos. As freqüências relativas dos biovolumes e dos morfotipos foram transformadas em índices de diversidade de tamanho (IDT) e de diversidade morfológica (IDM), respectivamente, calculados pelo índice de Shannon e foram estimadas as densidades populacionais (D). Estes valores foram comparados com os índices de estado trófico médios (IETm) calculados para os ambientes. Entre as variáveis físicas e químicas, o fósforo total representou o mais claro divisor de estado trófico dos ambientes, no período estudado, enquanto entre as variáveis biológicas a densidade populacional bacteriana foi o indicador mais significativo do estado de trofia dos ambientes. O IDM revelou-se um indicador significativo entre o ambiente eutrófico e o oligotrófico, e entre o mesotrófico e o oligotrófico, mas não tão consistente entre o eutrófico e o mesotrófico, possivelmente devido à proximidade do estado trófico entre eles. O IDT revelou-se um indicador significativo entre o ambiente eutrófico e oligotrófico mas não entre cada um desses e o mesotrófico. No ambiente oligotrófico constatou-se uma correlação linear negativa, extremamente significante (r = - 0,9735 e P = 0,001), entre IET e IDM; esta correlação mostrou-se significativa com a concentração de cloforila a e não significativa com os demais componentes do IETm.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseAQLS.pdf: 12035597 bytes, checksum: 9708ca94fb3128572883e445067600b8 (MD5) Previous issue date: 2007-12-11 / The plant Murraya paniculata is native in Asia where its root barks have produced the contraceptive and hormonal alkaloid yuehchukene. In Brazilian specimens no alkaloid was detected. This had inspired new researches about the microorganisms that interact with it in Brazil, including the present work. Therefore, 1711 endophytic microorganisms were isolated from four host plants, in São Paulo State, and the seasonal colonization indexes, the microbial frequencies and the specificities of the identified groups per tissues (microhabitats) were verified. Among the obtained endophytes, 1061 were filamentous fungi and 650 were bacteria, with 62% and 38% of frequency and 33% and 20% of colonization index, respectively. The colonization indexes of the bacteria in comparison to the of fungi were lower in all gatherings and hosts, principally for leaves that, had shown the bigger frequency for the fungi and the smaller for the bacteria. Fungi were clustered in 20 morphological groups, 15 identified to genus level and five unknown, including two Mycelia sterilia. The recognized genera were Fusarium, Colletotrichum and its teleomorphs Giberella and Glomerella respectively, Trichoderma, Phomopsis, Paecilomyces, Penicillium, Aspergillus, Epicoccum, Pestalotiopsis, Alternaria, Xylaria, Nigrospora and Guignardia and the unknown were named A-E groups. The more frequent genera were rich in diversity, according to morphological and molecular data. A more diversity of fungi genera were verified in the winter (17) and a less in the spring (9) as the endophytic fungi were smaller in quantity in the summer (44.7%) and greater in the autumn (77.7%). From a sample of 59 isolates and six fungi as prototypes genomic DNAs were obtained and their ITS-1 regions were sequenced. The unknown strain B (Fed) had sequenced its 5.8s and ITS-2 regions. 21 species were identified by their ITS-1 regions and two others were hypothesized as novelty: one Trichoderma and the Fed that all morphological and chemotaxonomic studies appoint as a new species. Trichoderma associated to M. paniculata were in majority from barks and had showed great diversity of species (9). It was evaluated too the potential of the endophytes from host for bioactive metabolite production. The more promising groups for extracellular substances were the fungi Penicillium, with bactericidal and antiprotozoal actions, Pestalotiopsis, active against Candida, and Trichoderma, with fungicidal and bactericidal activities. For Fed it was noted its intracellular metabolites as strong bactericidal and its volatiles as anti-fungi. By looking for the active principles of those microorganisms, from Penicillium citrinum the citrinin and an undetermined alkaloid were obtained and from Trichoderma koningii 13 metabolites, including four koninginins related to those biological activities observed were identified. From Fed-3, 10 substances were obtained, seven fixed and three volatile, including a novel manosil guaiane type sesquiterpene and the new, as natural substances, 3-Hydroxy-5-phenylmethyl- (3S,5R)-b10-O-tetrahydrofuran-2-one and chloroacetonitrile. The chloroacetonitrile was suggested as the active principle of the Fed s volatiles. This work was important to reveal the diversity of the endophytes from Brasilian M. paniculata, the high variability of their more frequent genera, two possible novel species and the potential of them to produce bioactive and new metabolites. This work is hoped to contribute for understanding the endophytic microorganism biodiversity as well as their chemical and biotechnological potential. / A planta Murraya paniculata é de origem asiática e em seu continente de origem foi isolado, das cascas das raízes, o alcalóide yuehchukeno que apresenta atividade anticoncepcional e hormonal. Em espécimes brasileiros nenhum alcalóide foi detectado, o que inspirou novas pesquisas envolvendo o estudo dos microrganismos que interagem com esta, incluindo o presente trabalho. Assim, foram isolados 1.711 microrganismos endofíticos de quatro hospedeiras, no estado de São Paulo, verificando-se os índices de colonização sazonal, a freqüência e a especificidade dos grupos identificados por tecidos (micro-habitat). Dos isolados, 1.061 eram fungos filamentosos e 650 eram bactérias, com freqüências de 62% e 38% e índices de colonização de 33% e 20%, respectivamente. Os menores índices de colonização foram observados para as bactérias em todas as coletas, principalmente nas folhas que apresentaram a maior freqüência para os fungos. Os fungos endofíticos foram classificados em 20 grupos morfológicos, 15 identificados ao nível de gênero e cinco desconhecidos, sendo dois Micelia sterilia. Os gêneros identificados foram Fusarium, Colletotrichum e seus telemorfos Giberella e Glomerella rescpectivamente, Trichoderma, Phomopsis, Paecilomyces, Penicillium, Aspergillus, Epicoccum, Pestalotiopsis, Alternaria, Xylaria, Nigrospora e Guignardia e os não identificados foram denominados como grupos A-E. Foi também detectada grande diversidade dentro dos gêneros mais freqüentes, pela morfologia e por marcadores moleculares. Foi verificada maior diversidade de gêneros de fungos no inverno (17) que na primavera (9). A população de fungos endofíticos foi menor no verão (44,7%) em contraste com o outono (77,7%). De uma amostragem de 59 isolados e seis controles foram extraídos os DNAs genômicos e seqüenciadas as regiões ITS-1. Para a linhagem indeterminada B (Fed) foi sequenciada a região 5,8s e a ITS-2. Foram identificadas 21 espécies pela região ITS-1 e detectadas duas possíveis espécies novas: uma de Trichoderma e o Fed cujos estudos morfológicos e quimiotaxonômicos apóiam esta hipótese. Os Trichoderma associados a M. paniculata foram isolados principalmente das cascas e apresentaram 9 espécies, sendo uma indeterminada. Foi também avaliado o potencial para produção de substâncias bioativas de endófitos. Os grupos mais promissores para a produção de substâncias extracelulares foram os dos fungos Penicillium com ação bactericida e anti-protozoária, Pestalotiopsis candicida e Trichoderma fungicida e bactericida. Fed com substâncias intracelulares de forte ação bactericida e de voláteis fungicidas. Buscou-se ainda o isolamento dos princípios ativos tendo sido isolados de Penicillium citrinum a citrinina e um alcalóide indeterminado, de Trichoderma koningii 13 substâncias, das quais quatro koningininas relacionadas às atividades biológicas detectadas. De Fed-3 foram identificadas 10 substâncias, sete fixas e três voláteis, incluindo um sesquiterpeno guaiano manosilado inédito e as substâncias 3-Hidróxi- 5-fenilmetil-(3S,5R)-b10-O-tetrahidrofuran-2-ona e cloroacetonitrila, isoladas pela primeira vez de fonte natural. A esta última é sugerida a ação fungicida dos voláteis. Esta pesquisa foi oportuna ao revelar a diversidade de microrganismos associados à hospedeira, a alta variabilidade entre e dentre os gêneros, incluindo duas possíveis novas espécies, e o potencial na produção de moléculas bioativas e inéditas. Espera-se ter contribuído para o conhecimento da biodiversidade dos microrganismos endofíticos e do potencial químico e biotecnológicos que eles representam.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseMMC.pdf: 1659751 bytes, checksum: dd8f48eed3b28e6adc0fdaf4cb6b40fe (MD5) Previous issue date: 2005-01-31 / Due to the ever-increasing amounts of nitrogenous and phosphates fertilizers which are used for crop production, the great energy need for the production of these, and to the environmental impact provoked by the lixiviate, it is becoming very important to try to extend biological nitrogen fixation to nonlegume, as well as the use of the solubilization of inorganic phosphate of reservations of the soil for the bacterias turning it available the plants in general. It is also important the understanding of the interaction bacteria-plant in the production of the auxin IAA and your use in the increase of the crop production, besides the knowledge of the diversity of endophytic bacterias for a possible use of the same in several ways, due to your adaptation to the internal conditions of the plants. This way, this work had as objectives to study the diversity of bacterias endofíticas in the culture of the corn (Zea mays) and to select endophytic with potential for the growth promotion and your activity in the plant. This work had as objectives study the diversity of endophytic bacterias in the culture of maize (Zea mays) and to select of their plant-growth promoting potential and activity in the plant. The diversity was evaluated in plants collected at four places of the State of São Paulo and the identification was performed by the fatty acids method extraction (FAME). A great number of bacterias was isolated where the difference can be observed in the diversity in relation to the places. The largest diversity of species was observed at the place of Lins. The group Proteobacteria prevailed in the endophytic bacterial communities being the &#947;- subdivision and in the Enterobacteriaceae Famíly the most frequent and with larger diversity. The most frequent genus were Stenotrophomonas and Bacillus. The populations endophytic maize present characteristics related to the plant growth promotion as, production of IAA, nitrogen fixation, and to solubilize phosphate. The different cultivation conditions and genotypes, as well as of developmental stage they might have influenced the observed physiologic diversity. Endophytic bacterias belonging to the species Klebsiella pneumoniae, Microbacterium saperdae, Stenotrophomonas maltophilia, Enterobacter cloacae, Bacillus megaterium and Pseudomonas mucidolens promoted the increase of root weight and of the aerial part of maize plants, presenting to application potential. / Devido ao emprego sempre crescente da quantidade de fertilizantes nitrogenados e fosfatados necessários à produção agrícola, a alta exigência energética para a produção dos fertilizantes, e ao impacto ambiental provocado pela lixiviação destes produtos, torna-se muito importante estender o processo de fixação biológica de nitrogênio a plantas não leguminosas, bem como a utilização de fosfato inorgânico de reservas do solo, disponível através da solubilização pelas bactérias, para as plantas de forma geral. Além disso, é importante o entendimento da interação bactéria-planta na produção da auxina AIA, bem como o conhecimento da diversidade das bactérias endofíticas para sua utilização no aumento da produção agrícola, pois vários fatores interagem nesta interação. Assim, este trabalho teve como objetivos estudar a diversidade de bactérias endofíticas na cultura do milho (Zea mays), selecionar linhagens com potencial para a promoção de crescimento e testar a atividade na planta. A diversidade foi avaliada em plantas coletadas em quatro localidades do Estado de São Paulo e a identificação das bactérias foi realizada pelo método de extração dos ácidos graxos (FAME). Foi isolado um grande número de bactérias e observou-se uma diferença na diversidade em relação às diferentes localidades. O grupo Proteobacteria prevaleceu nas comunidades bacterianas endofíticas sendo a subdivisão gama (&#947;) e a Família Enterobacteriaceae as mais freqüentes e com maior diversidade. Os gêneros mais freqüentes foram Stenotrophomonas e Bacillus. As populações endofíticas de milho isoladas das quatro localidades amostradas, apresentam características relacionadas à promoção de crescimento vegetal como, produção de AIA, capacidade de fixação de nitrogênio e de solubilização de fosfato. As diferentes condições de cultivo, os genótipos, bem como de estádios fenológicos podem ter influenciado a diversidade e diversidade fisiológica observada. As bactérias endofíticas pertencentes às espécies Klebsiella pneumoniae, Microbacterium saperdae, Stenotrophomonas maltophilia, Enterobacter cloacae, Bacillus megaterium e Pseudomonas mucidolens promoveram o aumento de peso de raiz e da parte aérea de plantas de milho, apresentando potencial para utilização.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 BEGHELLI_Frederico_2011.pdf: 1917352 bytes, checksum: 6e96950126e3e035b5f202756ee4463c (MD5) Previous issue date: 2011-03-14 / Universidade Federal de Minas Gerais / The objectives of this work were the benthic macroinvertebrate community characterization from Itupararanga Reservoir, High Sorocaba Basin, SP, Brazil and the identification of the main abiotic factors wich affects the structure and distribution of those organisms. Samplings were taken with Van-Veen grab three times (cumulative samplings). The samplings were taken at three reservoir&#8223;s zones: riverine zone, transitional and lacustrine ones and at two regions: litoral and central ones. Furthermore, it was taken samples during the wet (December 2009 and February 2010) and dry seasons (June and August 2010). The dissolved oxygen concentrations, electric conductivity, pH, transparency and depth near the bottom were reccorded in situ by using a multiprobe and Secchi disc in all sample points. With the objective to verify witch environmental variables would be the most important for the benthic macroinvertebrates community characterization, a correspondence canonical analisis (CCA) was done by the main taxa density logarithm and the water and sediment variables data matrix. The total number of reccorded taxa was 28. The Diptera family Chironomidae was the richest group (19 taxa). The Tubificinae (Clitellata, Naididae) were numerically dominants during the wet season and the Chironomidae (Diptera) were it during the dry one. Similarity analysis was performed in order to test the spatial heterogeneity hypotesis even in the longitudinal either in the transversal directions and the seasonly effects over the community. The results points to the occurrence of the spatial heterogeneity in both directions. So the reservoir diverges either in riverine, transitional and lacustrine zones, and central and litoral regions. The riverine zone is more distinctive than the others. This zone is characterized by having high nutrient concentrations (even in the water, either in the sediment) and coarse sediment. Moreover, the characteristic taxa are: Limnodrillus hoffmeisteri, Branchiura sowerbyi and Chironomus sp. It has high density values and dominance when compared to the other zones. The transitional and lacustrine zones presents some more intense transversal heterogeneity with more rich and diverse communities near the margins. It was noticed that the benthic macroinvertebrates responses to spatial gradient of environmental conditions in both senses, the longitudinal, and the transversal. Factors associated to environmental impacts and natural factors like granulometric sediment composition or depth can be determinants to the structure and composition of the community. The Itupararanga Reservoir is in eutrophication process and the riverine zone is the most affected area because it receives more directly the possible headwater impacts / Os objetivos deste trabalho foram a caracterização da comunidade de macroinvertebrados bentônicos da Represa de Itupararanga, Bacia do Alto Sorocaba, SP e a identificação de fatores abióticos determinantes da estrutura e distribuição destes organismos. Foram realizadas coletas com draga do tipo Van-Veen em triplicada (amostras cumulativas). As coletas foram realizadas em três zonas distintas da represa: zona de rio, zona de transição e zona de lago e em duas regiões: litoral e central. Além disso, foram realizadas duas coletas durante a estação chuvosa (dezembro de 2009 e fevereiro de 2010) e duas durante a estação seca (junho e agosto de 2010). Foram realizadas análises in situ de teor de oxigênio dissolvido, condutividade elétrica, temperatura, pH, transparência e profundidade d&#8223;água próxima ao sedimento com a utilização de multisonda e disco de Secchi em todos os pontos amostrais. Em laboratório, foram determinadas as concentrações de fósforo total e clorofila a da subsuperfície a fim de se calcular o índice de estado trófico, em cada zona de amostragem. Com relação ao sedimento, foram determinados o teor de matéria orgânica, concentrações de fósforo e nitrogênio totais e composição granulométrica para todos os pontos amostrais. Com o objetivo de se verificar quais variáveis ambientais seriam mais importantes na caracterização da comunidade de macroinvertebrados bentônicos, foi realizada uma análise de correspondência canônica (ACC) a partir da matriz de dados da água e do sedimento e logarítimo da densidade de organismos dos principais táxons. No total foram registrados 28 táxons. A família de Diptera Chironomidae foi o grupo responsável pela maior riqueza (19 táxons). Os Tubificinae (Clitellata, Naididae) foram numericamente dominantes durante a estação chuvosa e os Chironomidae (Diptera) durante a estação seca. Foram realizadas análises de similaridade para se testar a hipótese de heterogeneidade espacial tanto no sentido transversal quanto longitudinal e efeitos da sazonalidade sobre as comunidades. Os resultados indicam haver a heterogeneidade espacial diferenciando a represa em zonas de rio, de transição e de lago, bem como em região litoral e central. A zona de rio diferencia-se mais intensamente das demais. Esta zona é caracterizada por maiores concentrações de nutrientes (no sedimento e na água) bem como por possuir sedimento mais grosseiro. Além disso, apresenta como táxons característicos Limnodrillus hoffmeisteri, Branchiura sowerbyi e Chironomus sp. Também caracteriza-se por elevados valores de densidade quando em comparação com os demais pontos amostrais e elevada dominância. As zonas de transição e lago apresentaram forte diferenciação transversal com comunidades mais ricas e com maior diversidade próximas às margens. Observou-se que os macroinvertebrados bentônicos respondem a um gradiente espacial de condições ambientais tanto no sentido longitudinal quanto transversal sendo que tanto fatores relacionados à impactos no ambiente quanto fatores naturais como composição granulométrica e profundidade podem ser determinantes na composição e estrutura da comunidade. A Represa de Itupararanga encontra-se em processo de eutrofização sendo que a zona de rio é a área mais afetada por receber diretamente os possíveis impactos a montante.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseIL.pdf: 3670762 bytes, checksum: f9b79de7fd8b8efb05cca3e3098d1522 (MD5) Previous issue date: 2007-08-31 / Financiadora de Estudos e Projetos / As inter-relações entre as comunidades planctônicas e o ambiente foram estudadas no Reservatório do Fazzari (21°58'S e 47°53'W), São Carlos, SP, utilizando-se mesocosmos com diferentes relações entre os compartimentos do sistema aquático: aberto para o sedimento e para a atmosfera, aberto apenas para a atmosfera e aberto apenas para o sedimento. Os experimentos foram conduzidos durante 21 dias, em dois períodos: no final da estação chuvosa (abril) e durante a estação seca (agosto/setembro). O Reservatório do Fazzari foi caracterizado como um ambiente de águas ácidas, bem oxigenado e com baixo grau de trofia em função de suas concentrações de nutrientes (fósforo e nitrogênio) e de clorofila a, não sendo observadas diferenças significativas entre os dois períodos estudados. Concentrações expressivas de matéria orgânica e de r-total (médias de 41% e 1.107 Ilg g-l, respectivamente) foram determinadas no sedimento, o qual apresentou um importante papel na acumulação e na retenção de nutrientes. A oxigenação de toda a coluna d'água e os baixos valores de pH favoreceram a imobilização do fósforo neste compartimento. O aporte de partículas via atmosfera, por sua vez, não representou uma importante fonte de nutrientes para este sistema. A presença do sedimento nos mesocosmos esteve associada aos maiores incrementos das concentrações de íon amônio, clorofila a e de densidade populacional do fitoplâncton, enquanto no mesocosmo fechado para este compartimento, estes incrementos foram menores ou não ocorreram. Os resultados obtidos sugerem que as comunidades fitoplanctônicas foram limitadas pelas baixas concentrações de íon amônio e de nitrato, sendo sua composição caracterizada pelo predomínio de algas mixotróficas (Dinobryon sp e representantes de Dinophyceae). O zooplâncton, por sua vez, foi caracterizado pelo predomínio expressivo do phylum Rotifera (destaque para Polyarthra aff. vulgaris e Keratella cochlearis). Entre os Cladocera e os Copepoda, os principais táxons registrados foram Bosminopsis deitersi e o Cyclopoida Tropocyclops prasinus meridionalis. As variações das densidades populacionais de bactérias e de nanoflagelados, associadas às densidades de rotíferos e de algas mixotróficas, sugerem que a rede trófica microbiana teve um papel de destaque na manutenção da estrutura biológica deste sistema. A predação (controle "top down") foi o principal mecanismo de controle das densidades bacterianas e de nanoflagelados, embora seja provável a ocorrência simultânea do controle "bottom-up".

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:30:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseRF.pdf: 1749892 bytes, checksum: 8ed23527333a9adbbafc95558e9a91d8 (MD5) Previous issue date: 2005-06-10 / Financiadora de Estudos e Projetos / Strains Lc (CCT 7277) and Lg (CCT 7137), isolated from landfill leachate-contaminated groundwater and found to produce exopolysaccharides (ESP), were characterized by polyphasic taxonomy. The growth and EPS production of Lg strain on sugarcane molasses, at concentrations between 2% and 10% and on the standard GYM medium were studied and its responses to nutrient starvation were analysed. Morphological, biochemical, chemotaxonomic and molecular tests indicated that Lc and Lg have properties typical of Gordonia polyisoprenivorans DSM 44303T. Viable cell counts revealed that GYM medium was the best for growth (µmax = 0,232 h-1). EPS production started during the exponential phase and continued during the stationary phase, in all culture media. After 24h of stationary phase, G. polyisoprenivorans CCT 7137 showed a highest total EPS production in 6% (172,86 g/l) and 10% (139,47 g/l) sugarcane molasses media, a highest EPS production for unit of cellular concentration in 10% sugarcane molasses medium (39,03 x 10- 11g/UFC) and a highest porcentage of free EPS in 2%, 6% e 10% sugarcane molasses media (88,37%, 62,4% e 64,22%, respectively). G. polyisoprenivorans CCT 7137 showed three responses to nutrient starvation: a decrease in the cell viability (13,7% and 3,25% after 7 and 56 days respectively), a reduction in cell size (from 0,55 to 0,33 µm3) and a cell shape change (from rod to coccobacillus). G. polyisoprenivorans CCT 7277 and CCT 7137 are two of six strains of G. polyisoprenivorans so far isolated and recorded in the literature, and the first strains found in a brazilian ecosystem. The data presented here suggest the potencial of G. polyisoprenivorans CCT7137 to be used as ultramicrobacteria in porous media experiments such as to aim for the study of sugarcane molasses as nutrient source for in situ EPS to biorremediate contaminated sites through the biobarrier technology. / As linhagens Lc (CCT 7277) e Lg (CCT 7137), isoladas da água subterrânea contaminada pelo chorume de um antigo aterro controlado (São Paulo, Brasil) e produtoras de exopolissacarídeos (EPS), foram caracterizadas por taxonomia polifásica. A linhagem Lg teve a) o crescimento e a produção de EPS analisados em meio GYM e em diferentes concentrações de melaço-de-cana de açúcar (entre 2% e 10%) e b) o desempenho avaliado quando submetida ao processo de desnutrição. As análises morfológicas, bioquímicas, quimiotaxonômicas e moleculares mostraram que as linhagens Lc e Lg possuem propriedades típicas da linhagem tipo de Gordonia polyisoprenivorans (DSM 44302T). A análise do número de células viáveis mostrou que o meio GYM foi o que mais favoreceu o crescimento da bactéria (µmax = 0,232 h-1). A produção de EPS , em todos os meios de cultura, iniciou-se durante a fase exponencial e continuou ao longo da fase estacionária de crescimento. Após 24h de fase estacionária foi detectada uma maior produção de EPS total nos meios melaço 6% (172,86 g/l) e 10% (139,47 g/l), uma maior produção de EPS total por unidade de concentração celular no meio melaço 10% (39,03 x 10-11g/UFC) e uma maior porcentagem de EPS livre nos meios melaço 2%, 6% e 10% (88,37%, 62,4% e 64,22% do total de EPS, respectivamente). G. polyisoprenivorans CCT 7137 apresentou, como respostas de sobrevivência à desnutrição, redução da densidade de células cultiváveis (13,7% e 3,25% após 7 e 56 dias, respectivamente), redução no volume celular (de 0,55 para 0,33 µm3) e alteração da forma celular que passou de bastonete para cocobacilar. Gordonia polyisoprenivorans CCT 7277 e CCT 7137 constituem duas das seis linhagens de G. polyisoprenivorans até então isoladas e as primeiras isoladas de ecossistema brasileiro, Os dados obtidos no presente trabalho mostraram o potencial de G. polyisoprenivorans CCT7137 para ser utilizada como ultramicrobactéria em testes em meio poroso e para se estudar a utilização de melaço de cana-de-açúcar como meio nutriente para a produção de EPS in situ visando a biorremediação de ambientes impactados, utilizando a tecnologia de biobarreiras.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissKYK.pdf: 979832 bytes, checksum: b4f8dd12d53ca1f1f19852dfb9661856 (MD5) Previous issue date: 2006-04-24 / Financiadora de Estudos e Projetos / Fifty-nine water samples from Feijão River, Monjolinho River and the Water Treatment Station (SAAE) were analyzed, and 51 were positive for mycobacteria. Concerning the two procedures of decontamination, we obtained 83.0% of positive samples isolated with sulfuric acid and 39.0% with cetylpyridinium chloride. We recovered 425 strains of mycobacteria, and 402 were characterized concerning growth rate and pigment production. In drinking water samples there were predominance of mycobacteria with slow growth, wherein 66.7% were scotochromogenics species and 47.5% were identified as M. lentiflavum. The identification was done through biochemical tests and phenotypics features (classical methodology), micolic acid analyses by thinlayer chromatography (TLC) and PCR-Restriction Analysis (PRA). Through the classical methodology associated to TLC 33.3% of the mycobacteria were identified and 18 species were defined. From the 402 mycobacteria 93 strains were selected and submitted to PRA, being 35 identified by the classical and molecular methodology, 51 only identified by PRA and 40% remained obscure concerned identification. The PRA pattern 440 in BstEII and 130/110 in HaeIII was defined as M. new. This pattern was found for 24 strains. For an accurate identification, the association of different methodologies is necessary. / Foram analisadas 59 amostras de água provenientes do Ribeirão do Feijão, Rio do Monjolinho e da Estação de Tratamento de Água (SAAE), das quais 51 foram positivas para o isolamento de micobactérias. Dos dois procedimentos de descontaminação, obtivemos 83,0% de amostras positivas para isolamento com ácido sulfúrico e 39,0% com cloreto de cetilpiridínio. Houve recuperação de 425 cepas de micobactérias, sendo 402 caracterizadas com relação a velocidade de crescimento e formação de pigmentação. Em amostras de água tratada, houve o predomínio de micobactérias de crescimento lento, sendo que dessas, 66,7% foram espécies escotocromógenas, e 47,5% identificadas como M. lentiflavum. A identificação foi realizada por testes bioquímicos e fenotípicos (metodologia clássica), análise de ácidos micólicos por cromatografia em camada delgada (TLC) e PCR-Restriction Analysis (PRA). Pela metodologia clássica associada ao TLC, foram identificadas 33,3% das micobactérias e definidas 18 espécies. Das 402 micobactérias, 93 foram selecionadas e submetidas ao PRA, sendo 35 identificadas pela metodologia clássica e molecular, 51 identificadas somente pelo PRA e havendo discordância de 40,0% entre as identificações. O padrão de PRA 440 em BstEII e 130/110 em HaeIII foi definido como M. new, sendo obtido em 24 cepas. Para uma identificação acurada, concluímos que é necessária a associação de mais de uma metodologia.