Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-26T14:04:46Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PapelColesterolBiossintese.pdf: 1985927 bytes, checksum: 27ddccf1dcf41767a3241f1f42d6e49e (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-27T13:36:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PapelColesterolBiossintese.pdf: 1985927 bytes, checksum: 27ddccf1dcf41767a3241f1f42d6e49e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-27T13:36:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PapelColesterolBiossintese.pdf: 1985927 bytes, checksum: 27ddccf1dcf41767a3241f1f42d6e49e (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Diferentes espécies de micobactérias são agentes causadores de significativas doenças em seres humanos como, por exemplo, a tuberculose. Todas as micobactérias possuem uma complexa e distinta parede celular, conferindo características físico-químicas exclusivas ao gênero Mycobacterium, protegendo-o contra o sistema imune e entrada de muitos antibióticos. Durante a infecção, o bacilo é capaz de se adaptar ao ambiente inóspito, nutrindo-se de fontes lipídicas alternativas, principalmente o colesterol, da própria célula hospedeira (macrófagos). Este perfil nutricional tem sido considerado essencial para a divisão bacilar e consecutivamente progressão da doença. Diante disso, o presente trabalho tem por objetivo avaliar em Mycobacterium smegmatis (espécie saprofítica) a modulação in vitro da biossíntese de constituintes bioativos da parede celular após o consumo de colesterol. Como resultado, verificamos por Cromatografia de Camada Delgada (CCD) que a adaptação do bacilo ao microambiente de escassez nutricional (cultivo em Meio Mínimo – MM) conseguiu manter a biossíntese e o acúmulo dos principais constituintes da parede celular, quando o cultivo ocorre na presença de alguma fonte definida de carbono e energia (glicerol e/ou colesterol). Dentre estes constituintes essenciais sem alterações, verificamos o Trealose de dimicolato (TDM) e os fosfolipídios Fosfatidilinositol (PI), Fosfatidilinositol manosídeos (PIMs), Cardiolipina (CL) e Fosfatidiletanolamina (PE). Diferentemente a esse resultado, o ácido micólico apresentou acúmulo representativo ao cultivo em meio 7H9 somente quando o MM estava igualmente suplementado com glicerol. Este resultado foi confirmado pela marcação álcool-ácido resistente com o marcador fluorescente auroamina, sugerindo alterações nas propriedades físico-químicas da parede celular. Por outro lado, o cultivo em MM favoreceu o acúmulo de Glicopeptídeolipídios (GPLs), independente da suplementação por glicerol e/ou colesterol. Esta perturbação na biossíntese da parede celular alterou o perfil hidrofóbico do bacilo, independentemente da fonte de carbono e energia, porém não alterou a resistência ou sensibilidade a antibióticos. Estes resultados mostram claramente que a biossíntese da parede celular pode sofre modulações em condições de escassez nutricional, e que a presença ou ausência de colesterol, como ocorrido durante a infecção, não altera significativamente a fisiologia do bacilo a ponto de torna-lo mais vulnerável a ação de antibióticos, sugerindo que tais modificações possam também ocorrer durante a infecção, mantendo o bacilo viável, até o desenvolvimento da doença propriamente dita. / Different Mycobacterium species are causative agents of disease in humans, for example, the tuberculosis. All mycobacteria have a complex cell wall, distinct of others bacteria, conferring specific physic-chemical characteristic to Mycobacterium genus, due to protect against immune system and waterproofing against the intake of much antibiotics. During infection, the bacillus is able to adapter to harsh environment, due to consumption of cholesterol from itself host cell (macrophages) as alternative carbon and energy source. That nutritional aspect has been considered as essential for division of bacilli and consecutive progress of tuberculosis disease. The present study has as objective to evaluate in vitro the modulation of saprophytic Mycobacterium smegmatis cell wall biosynthesis after cholesterol consumption as primordial energy and carbon source. As results, we are found by Thin Layer Chromatography (TLC) that bacillary adaptation to microenvironment with poor nutrient (minimal media – MM) maintained the biosynthesis and accumulation of essential cell wall components, when the growth occurs in presence of someone defined carbon and energy source (glycerol and/or cholesterol). Among them without changes, we analyzed Trehalose Dimicolate (TDM) and the phospholipids (phosphatidylinositol (PI), phosphatidylinositol manosides (PIMs), Cardiolipin (CL) and phosphatidylethanolamine (PE)). Differently of these results, the micolic acid showed representative accumulation, comparing with 7H9 culture, only when the MM was supplemented with glycerol. This result was confirmed by alcohol-acid staining using fluorescent auroamine dye, suggesting some changes in physic-chemistry cell wall properties. On the other hands, the MM culture induced the accumulation of glycopeptidolipids (GPLs), independently of glycerol/cholesterol supplementation. Such disturbance in cell wall biosynthesis also changed the bacillary hydrophobicity in all MM groups, but does not change the resistance and sensibility to antibiotics. Those results clearly show that cell wall biosynthesis might be modulate during nutritional shortage, and such presence or absence of cholesterol, as occurs during infection, does not significantly change the bacillary physiology to become vulnerable for antibiotics. It suggests that such modulations might also occur during infection, maintaining the bacilli available to develop the tuberculosis diseases.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:43:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseVariacoesGenomicas.pdf: 1857913 bytes, checksum: 513536f42bf2753021a281a5f32cef7d (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-24T13:51:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseVariacoesGenomicas.pdf: 1857913 bytes, checksum: 513536f42bf2753021a281a5f32cef7d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T13:51:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseVariacoesGenomicas.pdf: 1857913 bytes, checksum: 513536f42bf2753021a281a5f32cef7d (MD5) Previous issue date: 2015-08-29 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Os polimorfismos COMT Val158Met e ZDHHC8 rs175174 têm recebido papel de destaque no estudo molecular da esquizofrenia não apenas por estarem localizados no principal locus de suscetibilidade da doença, 22q11, mas também por relacionarem-se, respectivamente, ao estado dopaminérgico do córtex pré-frontal e à atividade de diversas proteínas em células neuronais. Para avaliar a influência dos genótipos polimórficos na esquizofrenia, genotipamos por PCR em tempo real 130 pacientes e 175 controles de uma população do Norte do Brasil. Nossos resultados indicaram uma ausência de associação entre ambos os polimorfismos com a chance de esquizofrenia na população estudada. Todavia, quando categorizada por sexo, encontramos uma associação dicotômica entre o genótipo Met/Met do polimorfismo COMT Val158Met e a suscetibilidade à esquizofrenia, conferindo uma chance maior da doença em homens (OR = 10,76; IC 95% = 2,09–55,34; p = 0,004) que em mulheres (OR = 0,23; IC 95% = 0,07–0,69; p =0,009). Além disso, a análise de variância revelou uma associação dos genótipos Val/Met (COMT Val158Met) e GG (ZDHHC8 rs175174) com maiores médias de idade de início da esquizofrenia. Nosso estudo suporta a hipótese de associação dependente de gênero do polimorfismo COMT Val158Met com a esquizofrenia, além de apontar uma influência de ambos os polimorfismos estudados com a idade de início da doença. / The COMT Val158Met and ZDHHC8 rs175174 polymorphisms have received increased attention in the molecular study of schizophrenia not only because they are localised to the main susceptibility locus of the disease, 22q11, but also because they are related to the dopaminergic status of the prefrontal cortex and the activity of several neuronal proteins, respectively. To evaluate the influence of the polymorphic genotypes on schizophrenia, we used real-time PCR to genotype 130 patients and 175 controls in a population from the North Region of Brazil. Our results indicated an absence of association between both polymorphisms and the likelihood of schizophrenia in the population studied. However, when categorised by gender, we found a dichotomous association between the Met/Met genotype of the COMT Val158Met polymorphism and susceptibility to schizophrenia, conferring a higher probability of disease in men (OR = 10.76; CI 95% = 2.09–55.34; p = 0.004) than in women (OR = 0.23; CI 95% = 0.07–0.69; p =0.009). Moreover, the variance analysis showed an association of the genotypes Val/Met (COMT Val158Met) and GG (ZDHHC8 rs175174) with higher average age at onset of schizophrenia. Our study supports the hypothesis of a gender-dependent association of the COMT Val158Met polymorphism with schizophrenia, in addition to suggesting an influence of both polymorphisms studied on the age at disease onset.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-27T13:37:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoPotencialCitotoxico.pdf: 897699 bytes, checksum: 7a4eadf723c3256711376abf0691cf05 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-30T12:44:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoPotencialCitotoxico.pdf: 897699 bytes, checksum: 7a4eadf723c3256711376abf0691cf05 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-30T12:44:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoPotencialCitotoxico.pdf: 897699 bytes, checksum: 7a4eadf723c3256711376abf0691cf05 (MD5) Previous issue date: 2016-08-08 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Piroxicam é um AINE que pertence farmacologicamente a classe oxicam e é indicado para tratar diversos males como artrite reumatoide, dismenorreia primária, endometriose, entre outros. Suas propriedades anti-inflamatórias são bem conhecidas e está relacionada a sua capacidade não seletiva de inibição reversível das COXs, mas sabese pouco a respeito de sua atividade citotóxica e de sua ação no DNA. São escassos dados a respeito dos possíveis efeitos genotóxicos do Piroxicam em células de mamíferos. Esses efeitos podem ser monitorados para a prevenção e controle de algumas reações adversas e efeitos colaterais importantes. O presente estudo foi delineado para investigar os possíveis efeitos genotóxicos e citotóxicos induzidos in vitro pelo fármaco Piroxicam em linhagem de rim de macaco verde africano (VERO). A viabilidade das células expostas ao Piroxicam foi avaliada pelo ensaio MTT, a citotoxicidade do Piroxicam foi verificada pela quantificação de apoptose e necrose utilizando corantes fluorescentes (Hoechst, iodeto de propídeo e diacetato de fluoresceína) e a genotoxicidade do Piroxicam foi avaliada pelo teste do cometa. Os resultados do ensaio de viabilidade celular mostraram que o Piroxicam reduz significativamente (p<0,05) a viabilidade das células nas concentrações de 1,0 mM, 2,0 mM, 4,0 mM e 8,0 mM. Observou-se também que o Piroxicam induz morte significativa (p<0,01) por apoptose em todas concentrações testadas, tanto para tratamento de 24h quanto para 48h. No caso do ensaio cometa, não houve danos ao DNA em nenhuma concentração testada. Os dados defendem a ideia de que o Piroxicam possui atividade citotóxica, mas não apresenta potencial genotóxico nas condições testadas. / The Piroxicam is a NSAID that pharmacologically belongs to oxicam class and is indicated to treat various ailments such as rheumatoid arthritis, primary dysmenorrhea, endometriosis, among others. Its anti-inflammatory properties are well known and is related to its non-selective ability to reversible inhibition of COX, but it is known little about their cytotoxic activity and its effect on DNA. There are few data on the possible genotoxic effects of Piroxicam in mammalian cells. These effects can be monitored for the prevention and control of some adverse reactions and major side effects. This study was designed to investigate the possible genotoxic and cytotoxic induced in vitro by Piroxicam drug in kidney line of African green monkey (VERO). The viability of cells exposed to piroxicam was evaluated by MTT assay, cytotoxicity of piroxicam was verified by quantifying apoptosis and necrosis using fluorescent dyes (Hoechst, propidium iodide and fluorescein diacetate) and genotoxicity of piroxicam was evaluated by the comet assay. The results of the cell viability assay showed that Piroxicam reduces significantly (p <0.05) cell viability in the concentrations of 1.0 mM, 2.0 mM, 4.0 mM and 8.0 mM. It is also noted that piroxicam induced significant killing (p <0.01) by apoptosis in all concentrations tested, both as to 24h treatment 48h. In the case of the comet assay, there was no damage to the DNA in any concentration tested. The data support the idea that piroxicam has a cytotoxic activity, but has no genotoxic potential in the tested conditions.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-27T13:47:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PerfilExpressaoMetilacao.pdf: 2486152 bytes, checksum: b0cef2815d4aac67e90b4244b18b484c (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-04-05T13:27:57Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PerfilExpressaoMetilacao.pdf: 2486152 bytes, checksum: b0cef2815d4aac67e90b4244b18b484c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-05T13:27:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_PerfilExpressaoMetilacao.pdf: 2486152 bytes, checksum: b0cef2815d4aac67e90b4244b18b484c (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O complexo Polycomb (PcG) é constituído por fatores multiproteicos que medeiam a repressão de diversos genes no organismo. As proteínas PcG são divididas em dois complexos distintos, PRC1 e PRC2, sendo que PRC1 tem atividade ligase E3, catalisando a mono-ubiquitinação da histona H2A nos resíduos de lisina na posição 119 (H2AK119ub), enquanto PRC2 tem atividade metiltransferase, mediando a mono, di, e trimetilação na histona H3 nos resíduos de lisina na posição 27 (H3K27me2/3). Sabe-se que PRC1 é subdivido em complexos não canônicos e canônicos, sendo este último composto por proteínas CBX (CBX2, CBX4, CBX6, CBX7 ou CBX8). Já PRC2, compreende três proteínas centrais: SUZ12, EED e EZH1 ou EZH2, que é a proteína metiltransferase responsável por conferir a principal atividade enzimática ao complexo PRC2. Sabe-se que a desregulação das proteínas PcG pode alterar vias relacionadas ao desenvolvimento, ocasionando um aumento desordenado de proliferação celular, inibição da apoptose, e aumento das células tumorais. Dentre os tumores com alteração na expressão de PcG, estão os tumores mamários. Em caninos, este tipo de tumor é a neoplasia mais frequente em cadelas. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo avaliar o padrão de metilação e expressão dos genes CBX2 e CBX7 (PRC1), e EED, EZH2 e SUZ12 (PRC2) em tumores de mama em cadelas do estado do Pará. Para isso, foram avaliadas 83 amostras de tecido neoplásico e não-neoplásico, provenientes de 40 animais, coletadas no Hospital Veterinário da Universidade Federal Rural da Amazônia. Para a análise do padrão de metilação, as amostras foram convertidas por ação do bissulfito de sódio e submetidas à técnica de Bissulfite sequence PCR para detecção das possíveis áreas metiladas. Para a análise da expressão de RNA, foi feita a conversão a cDNA e posterior quantificação dos transcritos usando a detecção por sonda Taqman. A emissão da fluorescência foi captada com o auxílio do ABI PRISM 7500 Sequence Detection System. As análises estatísticas foram realizadas pelos testes Kruskal-Wallis e Teste T Mann Whitnae, para avaliar as associações dos padrões de metilação com os níveis de expressão, e destes com progressão tumoral e demais características clinicopatológicas, sendo os resultados considerados significativos quando p< 0,05. / The Polycomb complex (PcG) consists of multiprotein factors that mediate the repression of various genes in the body. PcG proteins are divided into two distinct complexes, PRC1 and PRC2, with PRC1 having E3 ligase activity, catalyzing the mono-ubiquitination of histone H2A at lysine residues at position 119 (H2AK119ub), while PRC2 has methyltransferase activity, mediating mono, di, and trimethylation on histone H3 at lysine residues at position 27 (H3K27me2 / 3). It is known that PRC1 is subdivided into non-canonical and canonical complexes, the latter being composed of CBX proteins (CBX2, CBX4, CBX6, CBX7 or CBX8). Already PRC2, it comprises three central proteins: SUZ12, EED and EZH1 or EZH2, which is the methyltransferase protein responsible for conferring the main enzymatic activity to the PRC2 complex. It is known that deregulation of PcG proteins may alter developmental pathways, causing a disordered increase in cell proliferation, inhibition of apoptosis, and increase of tumor cells. Among the tumors with altered expression of PcG are mammary tumors. In canines, this type of tumor is the most frequent neoplasm in bitches. Thus, the objective of this study was to evaluate the methylation and expression pattern of the CBX2 and CBX7 (PRC1), and EED, EZH2 and SUZ12 (PRC2) genes in breast tumors in dogs from the state of Pará. Samples of neoplastic and non-neoplastic tissue from 40 animals collected at the Veterinary Hospital of the Federal Rural University of Amazônia. For the analysis of the methylation pattern, the samples were converted by sodium bisulfite and submitted to the Bissulfite sequence PCR technique to detect possible methylated areas. For analysis of RNA expression, cDNA conversion and subsequent quantification of transcripts were performed using Taqman probe detection. Fluorescence emission was captured with the aid of the ABI PRISM 7500 Sequence Detection System. Statistical analyzes were performed using the Kruskal-Wallis test and the Mann Whitnae test to evaluate the associations of methylation patterns with expression levels, and those with tumor progression and other clinicopathological characteristics. The results were considered significant when p <0, 05.

Bovine anaplasmosis is caused by Anaplasma marginale and A. centrale. The most pathogenic and important species for cattle production is A. marginale, and is widely distributed in tropical, subtropical and temperate regions of the world. A. marginale is an intra-erythrocyte rickettsia of susceptible ruminants, biological and mechanically transmitted by ticks and hematophagous insects. The tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus is the main vector of A. marginale in Brazil. The congenital form of transmission in cattle may occur, causing the neonatal anaplasmosis. The outer membrane of A. marginale includes six well characterized major surface proteins, MSP1a, MSP1b, MSP2, MSP3, MSP4 and MSP5, which play important role in the development of the immune response of infected animals. In this study, we have used the Phage Display technology to identify specific peptides that were immunoreactive to monoclonal antibodies anti-A. marginale proteins. Peptide selection was performed using a subtractive selection of a peptide library with 12 random amino acids, Ph.D.-12, expressed on the surface of the M13 filamentous phage concurrently against the anti-MSP1a and anti-MSP2. After four rounds of selection and validation by ELISA, the selected peptides have recognized only the anti-MSP1. Analysis of bioinformatics identified 45 peptides, which showed the protein consensus sequence STxS that was represented in 78% of selected phages. Due to the multiple motif repeats found in MSP1 protein, the STSSxL motif may become an important biological target, with potential use in diagnostic tests and vaccine for the control of Anaplasma marginale. / Anaplasmose bovina é uma infecção causada por Anaplasma marginale e A. centrale. A espécie mais patogênica e de maior importância para bovinos é a A. marginale e está amplamente distribuída nas regiões tropicais, subtropicais e temperada do mundo. A. marginale é uma rickettsia intraeritrocitária de ruminantes susceptíveis, transmitido biológica e mecanicamente por carrapatos e insetos hematófagos. O carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus é o principal transmissor de A. marginale no Brasil. A forma congênita de transmissão em bovinos pode ocorrer, ocasionando a anaplasmose neonatal. A membrana externa do A. marginale inclui seis proteínas principais de superfície (MSPs) bem caracterizadas, designadas de MSP1a, MSP1b, MSP2, MSP3, MSP4 e MSP5 e desempenham papel importante no desenvolvimento da resposta imune de animais infectados. Para o desenvolvimento deste estudo, foi utilizada a técnica de Phage Display para identificar peptídeos ligantes a anticorpos monoclonais reativos a proteínas de Anaplasma marginale a partir de bibliotecas de peptídeos recombinantes por meio da tecnologia Phage Display. Para seleção dos peptídeos foi realizado uma seleção subtrativa utilizando uma biblioteca de peptídeos com 12 aminoácidos randômicos, Ph.D.-12, expressa na superfície do fago filamentoso M13 concomitantemente contra os anticorpos anti-MSP1a e anti-MSP2. Após quatro ciclos de seleção e validação por ELISA, o conjunto de peptídeos selecionados apresentou ser unicamente reconhecido pelo anticorpo anti- MSP1. Análises de bioinformática identificaram 45 peptídeos, que apresentaram o motivo proteico consenso STxS, representado em 78% dos fagos seqüenciados. Devido aos múltiplos sítios repetidos encontrados na proteína MSP1, o motivo proteíco STSSxL pode ser um importante alvo biológico, com potencial utilização em ensaios diagnósticos e vacinais para o controle de Anaplasma marginale. / Mestre em Genética e Bioquímica

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:30:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 471774 bytes, checksum: 5e643026f3d91d5d68b2c035112de460 (MD5) Previous issue date: 2008-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Melipona rufiventris, Lepeletier, 1836 and M. mondury, Smith, 1863 (Hymenoptera, Apidae) are species genetically close popularly known as "uruçu amarela". Recent studies, using molecular markers showed that the population of "uruçu amarela" in Minas Gerais form distinct groups. M. mondury comes from the Atlantic Forest region, whereas M. rufiventris and a third species, known as Melipona sp. but not yet identified comes from the biome "Cerrado". The goal of this work was to study the genetic relationships between the population of "uruçu amarela" in the State of Minas Gerais using the ISSR molecular markers. 79 colonies from 10 different locations were used. The extracted DNA was amplified using nine ISSR primers and for the analysis one individual per colony was used. For the estimation of genetic differentiation the following analysis were done: (i) Percentage of polymorphic loci (P) and genetic diversity (ii) Genetic dissimilarity using the index of Dice and the method UPGMA (iii) Analysis of molecular variance (AMOVA) and &#966;st. The findings showed a high polymorphism in molecular level among the colonies studied. In the grouping analysis the formation of three distinct groups, composed by M. mondury, M. rufiventris, Melipona sp.. We observed Melipona sp. the population of Urucuia showed significant genetic divergence in relation to the other samples. / Melipona rufiventris, Lepeletier, 1836 e M. mondury, Smith, 1863 (Hymenoptera, Apidae) são espécies geneticamente similares, popularmente conhecidas como uruçu amarela. Estudos recentes, utilizando marcadores moleculares mostraram que as populações de uruçu amarela em Minas Gerais formam grupos distintos, sendo M. mondury pertencente à região de Mata Atlântica, M. rufiventris e uma terceira espécie, ainda não identificada aqui denominada de Melipona sp., pertencentes à região do Cerrado. O objetivo deste trabalho foi estudar as relações genéticas entre as populações de uruçu amarela no Estado de Minas Gerais, utilizando-se marcadores moleculares ISSR. Foram utilizadas 79 colônias oriundas de 10 localidades diferentes. Para cada colônia, extraiu-se DNA de um indivíduo e utilizouse nove primers ISSR na amplificação. Para a estimativa da diferenciação genética foram realizadas as seguintes análises: (i) Percentual de locos polimórficos (P) e a estimativa da diversidade genética (He); (ii) Dissimilaridade genética utilizando-se o índice de Dice e o método UPGMA; (iii) Análise de variância molecular e &#966;st. Os resultados obtidos mostraram um elevado polimorfismo em nível molecular entre as colônias estudadas. A análise de agrupamento resultou na formação de três grupos distintos representados pelas populações de M. mondury, M. rufiventris e Melipona sp.. No grupo formado pelas populações de Melipona sp. destacam-se as colônias oriundas de Urucuia - MG por apresentarem maior divergência genética em relação às demais localidades.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 581223 bytes, checksum: 48f92fffa70cb8c813c4cf6aea635f38 (MD5) Previous issue date: 2013-07-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This objective of this work was to evaluate the potential of 12 lines of beans in order to obtain segregating populations with potential for extracting lines with high grain yield, resistance to major pathogens that attack the culture, erect plant architecture and black grains accepted commercially. Thus, these 12 lines were placed into two groups (G1 and G2 ) to compose a partial diallel in a 5 x7 design. Group 1 was composed of black grain and erect plant architecture while the second group was composed of Carioca bean lines and resistant to the main fungal diseases that occur in beans crop. The thirtyfive F1 hybrids and 12 parents were assessed in the 2012 winter harvest. A randomized block design with three replications and three 1-metter row plot were used. Severity of angular leaf spot (in the field), the plant architecture and grain yield were all evaluated. Data were analyzed according to the partial diallel model proposed by Geraldi and Miranda Filho (1988) using parents and F1's. Regarding severity of angular leaf spot, significant effects were observed in both overall combining ability of groups 1 (OCA1) and 2 (OCA2) and specific combining ability (SCA) of hybrids between the groups. Three lines of Group 1 and three lines of Group 2 stood out for frequency of angular spot resistant alleles: Xamego , BRS Valente and TB 94-01 and BRS Estilo, VC 20 and CNFC 10720, respectively. Considering the architecture of plants, only CGC of Group 1 had a significant effect, especially TB 94-01, L 20 and BRS Valente. As for grain yield, significant effects of overall combining ability of group 2 (OCA2) and specific combining ability (SCA) were found. Lines BRS Estilo and CNFC 10720 stood out for frequency of favorable alleles. Additive effects were predominant in the genetic control of three characters. The crossings BRS Valente / BRS Estilo and BRS Valente / CNFC 10720 stand out in obtaining potential populations for extracting of promising lines for resistance to angular leaf spot, erect plant architecture and grain yield. / Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial de 12 linhagens de feijão visando a obtenção de populações segregantes com potencial para a extração de linhagens que associem alta produtividade de grãos, resistência aos principais patógenos que assolam a cultura, arquitetura ereta de planta e grãos tipo preto aceitos comercialmente. Para tal, essas 12 linhagens foram dispostas em dois grupos (G1 e G2) para compor um dialelo parcial num esquema (5 x 7). O grupo 1 foi composto por linhagens de grãos preto e arquitetura ereta de planta enquanto o grupo 2 de linhagens de grãos carioca e resistentes às principais doenças fúngicas que ocorrem na cultura do feijoeiro. Os 35 híbridos F1 s e os 12 genitores foram avaliados na safra do inverno de 2012. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados com três repetições e parcelas de três linhas de um metro. Foram avaliadas a severidade de mancha-angular (no campo), a arquitetura de plantas e a produtividade de grãos. Os dados foram analisados de acordo com o modelo de dialelo parcial proposto por Geraldi e Miranda Filho (1988) utilizando pais e F1 s. Para a severidade de mancha-angular foram observados efeitos significativos tanto para a capacidade geral de combinação dos grupos 1 (CGC1) e 2 (CGC2) quanto para a capacidade específica de combinação (CEC) dos híbridos entre os grupos. Em relação à freqüência de alelos de resistência à mancha-angular destacaram-se três linhagens do grupo 1 (Xamego, BRS Valente e TB 94-01) e três do grupo 2 (BRS Estilo, VC 20 e CNFC 10720). Considerando a arquitetura de plantas, apenas a CGC do grupo 1 apresentou efeito significativo, com destaque para as linhagens TB 94-01, L 20 e BRS Valente. Já para produtividade de grãos, foram observados efeitos significativos da capacidade geral de combinação do grupo 2 (CGC2) e específica de combinação (CEC). Neste grupo destacaram-se as linhagens BRS Estilo e CNFC 10720 quanto à freqüência de alelos favoráveis. Houve predominância de efeitos aditivos no controle genético dos três caracteres. Os cruzamentos BRS Valente / BRS Estilo e BRS Valente / CNFC 10720 se destacam na obtenção de potenciais populações para a extração de linhagens promissoras quanto à resistência à mancha-angular, arquitetura ereta de plantas e produtividade de grãos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1133771 bytes, checksum: 640defa7d0749c719bdf5d760421654a (MD5) Previous issue date: 2007-07-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Sequences potentially involved with the coffee resistance were identified, by in silico analyses, using information generated by the Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). For that, three strategies were used. Initially, keywords related to the plants resistance mechanism to pathogens were searched in scientific literature and used as drivers for data mining. Using the available tools at the PBGC bioinformatics platform, ESTs (Expressed Sequence Tags) related to each one of these words were identified. The search for similarities between some published sequences and sequences from the PBGC, by using the BLAST program was another strategy. The Electronic Northern, a tool developed by the Laboratório de Genômica e Expressão (LGE), was also used. Those strategies allowed the identification of 14,060 sequences of the PBGC. These sequences were similar to proteins known to be related to de plant disease defense process, for instance chitinase, kinase protein, cytochrome P450, disease resistance protein, pathogenesis related protein, LRR and NBS proteins, hypersensibility induced protein among others. The biological processes with witch these sequences are involved included metabolism, transport, transcription regulation, protein folding, biosynthesis and others. The ontology-based global analysis for molecular function showed that the genes are involved with metabolism, external stimulus response, cellular differentiation, nucleic acid binding, nucleotide binding, defense response, apoptosis and others. Aiming to verify the involvement of these sequences with the coffee tree resistance to leaf rust, 40 primers were designed to amplify the mined sequences. The primers were synthesized using the computational program Primer3 and their stability was tested by the program PrimerSelect. Different PCR conditions were tested. Using optimized reaction and amplification conditions, those 40 primers were tested in 12 resistant and 12 susceptible genotypes to Hemileia vastatrix, fungus that causes coffee leaf rust. Twenty nine of those resulted in unique and sharp bands, and only one of these was polymorphic. The 40 primers permitted to find one molecular marker polymorphic between the resistant and susceptible genotypes. This marker amplifies a region of the DNA which corresponds to a Coffea Arabica ORF for disease resistance protein. / Seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas, por meio de análise in silico, a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). Para isso foram usadas três estratégias. Inicialmente, palavras-chave correspondentes a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram identificadas na literatura e utilizadas como iscas para a mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, foram identificadas ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências públicas envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças com as seqüências do PBGC, por meio do programa BLAST. Utilizou-se, também, o Electronic Northern, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 14.060 seqüências do PBGC. Essas seqüências apresentaram similaridade com proteínas conhecidamente relacionadas com o processo de defesa da planta contra doenças como, por exemplo, quitinase, proteína quinase, citocromo P450, proteína de resistência a doenças, proteína relacionada com patogênese, proteínas com domínio LRR e NBS, proteínas induzidas por hipersensibilidade, entre outras. Os processos biológicos com os quais essas seqüências estão envolvidas incluíram metabolismo, transporte, regulação da transcrição, enovelamento de proteínas, biossíntese entre outros. A análise global baseada em ontologia de função molecular das seqüências obtidas mostrou que os genes estão envolvidos com metabolismo, resposta a estímulos externos, diferenciação celular, ligação a ácidos nucléicos, ligação a nucleotídeos, resposta de defesa, apoptose entre outras. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados 40 primers para amplificar algumas das seqüências mineradas. Os primers foram desenhados com o programa computacional Primer3 e a estabilidade desses foi verificada por meio do programa PrimerSelect. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram analisadas. Utilizando as condições de reação e amplificação otimizadas, os 40 primers foram testados em 12 genótipos resistentes e 12 susceptíveis a Hemileia vastatrix, fungo causador da ferrugem. Vinte e nove destes 40 primers resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo um polimórfico. Este trabalho permitiu obter, até o momento, um marcador molecular polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. Esse marcador, denominado CARF 005, amplifica uma região do DNA que corresponde a uma ORF parcial de Coffea arabica que codifica uma proteína de resistência a doenças.

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Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 492128 bytes, checksum: 4591b57e36d0c8c37588137394b8de46 (MD5) Previous issue date: 2008-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Carica papaya is one of the most economically important species of the Caricaceae family, with many industrial applications. Despite its importance, there is little information covering the cytogenetic and cytometric characterization of this species. Hence, this study is justified by the need to increase the knowledge related to papaya karyotype, nuclear DNA content and base composition. The specific objectives of this study were to: characterize papaya chromosomes, using image analysis resources; apply the acridine orange staining to mitotic chromosomes of C. papaya to identify nucleolar organizers regions (NORs); estimate the nuclear DNA content and determine the base composition of male, female and hermaphrodite plants of C. papaya, by the use of flow cytometry and verify if the cytometric data can differentiate the three sex types with regard to their DNA content and base pair frequencies. Root tips from hermaphrodite plants were pre-treated with amiprophosmethyl (APM) 3 µM for 15h, at 4ºC and fixed. Slides were prepared by cellular dissociation and air drying, and submitted to Giemsa and acridine orange staining. The association of cellular dissociation and air drying techniques to Giemsa conventional staining resulted in metaphasic and prometaphasic cells with individual and well spread chromosomes, without overlaps, with well defined primary and secondary constrictions. These characteristics enabled the homologues pairing and morphological classification of the chromosomes, with karyograms assembly of a hermaphrodite plant, which had 18 chromosomes, being 7 pairs metacentrics (1, 2, 3, 4, 5, 7 and 8) and 2 submetacentrics (6 and 9). The acridine orange staining allowed the identification of yellowish green bands in two chromosomes (1 and 2). The strong bands corresponded to NOR flanking regions, as sustained by the localization of chromosome 1 associated to the nucleolus. Considering the obtained results by the cytogenetic techniques, there were no morphological differences that could evidence a possible heteromorphic pair of chromosomes in the hermaphrodite plant of C. papaya. For the application of flow cytometry, leaves from the three sexual forms of papaya were submitted to the chopping procedure in an isolation buffer, followed by a staining buffer. The obtained suspension was passed through a filter and analyzed in a flow cytometer, to determine the total nuclear DNA content and base composition. The cytometric analyses evidenced histograms with peaks of G0/G1 nuclei with coefficients of variation (CVs) lower than 5%. The analysis of male, female and hermaphrodite plants nuclei, stained with propidium iodide (PI), allowed the calculation of the mean 2C DNA values, which were 0.67, 0.65 and 0.65 pg, respectively, and statistically equal, by the F test, for the three sex forms. The analysis of nuclei stained with 4 ,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) and chromomicin A3 (CMA3) enabled the calculation of AT/GC base pair frequencies of the three sex types, also statically equal, by the F test. Therefore, there was no significant difference between the three sex forms of papaya in relation to their total nuclear DNA content and base pair composition. In relation to the obtained mean values of nuclear DNA content and considering the morphological similarity of papaya chromosomes, each one of the 18 chromosomes would have, on average, 0.036 to 0.037 pg of DNA. Hence, in order to identify a probable pair of heteromorphic chromosomes, a tiny portion of the chromosome would have to be distinguished, corresponding to an amount of DNA under the limits of resolution of the cytogenetic and cytometric techniques employed in this study. / O mamoeiro, Carica papaya, é a espécie da família Caricaceae considerada mais importante economicamente, possuindo diversas aplicações industriais. Apesar de sua importância, são poucos os dados envolvendo a caracterização citogenética e citométrica dessa espécie. Portanto, o presente estudo visa ampliar o conhecimento com relação ao cariótipo, ao tamanho do genoma e à relação de bases do mamoeiro. Os objetivos específicos foram: caracterizar morfologicamente os cromossomos de C. papaya, utilizando recursos de análise de imagem; aplicar a coloração de laranja de acridina aos cromossomos mitóticos de C. papaya, para a identificação de regiões organizadoras do nucléolo (RONs); estimar o conteúdo de DNA nuclear e determinar a composição de bases de plantas masculinas, femininas e hermafroditas de C. papaya, por meio da técnica de citometria de fluxo e verificar se os dados citométricos possibilitam diferenciar os três tipos sexuais quanto ao tamanho genômico e à relação de bases AT/GC. Para isso, raízes de plantas hermafroditas foram pré-tratadas com amiprofos-metil (APM), 3 &#956;M, por 15h, a 4ºC e fixadas. Lâminas foram preparadas por dissociação celular e secagem ao ar e submetidas à coloração com Giemsa e com laranja de acridina. A associação das técnicas de dissociação celular e secagem ao ar, com a coloração convencional com Giemsa resultou na obtenção de células metafásicas e prometafásicas com cromossomos individualizados, bem espalhados na lâmina e sem sobreposições, com constrições primárias e secundárias bem definidas. Essas características possibilitaram o pareamento dos homólogos e a classificação morfológica dos cromossomos, com a montagem de cariogramas de uma planta hermafrodita de C. papaya, que apresentou número cromossômico de 2n = 18, sendo sete pares metacêntricos (1, 2, 3, 4, 5, 7 e 8) e dois submetacêntricos (6 e 9). A coloração com laranja de acridina possibilitou a identificação de bandas verde-amareladas em dois cromossomos (1 e 2). As bandas que emitiram maior intensidade de fluorescência corresponderam às regiões flanqueadoras das RONs, como salientado pela localização do cromossomo 1 associado ao nucléolo. Considerando os resultados obtidos por meio das técnicas citogenéticas, não houve diferenças morfológicas que evidenciassem um possível par de cromossomos heteromórficos na planta hermafrodita. Para a aplicação da citometria de fluxo, folhas de plantas dos três tipos sexuais de mamão foram submetidas ao procedimento de cortes seqüenciais em tampão de extração, seguidos do tampão de coloração. A suspensão obtida foi filtrada e analisada em citômetro de fluxo, para a determinação do conteúdo de DNA nuclear total e da composição de bases AT e GC. As análises citométricas realizadas possibilitaram a geração de histogramas com picos de núcleos G0/G1 com coeficientes de variação (CVs) menores do que 5%. A análise dos núcleos de plantas masculinas, femininas e hermafroditas de C. papaya, corados com iodeto de propídio (IP), permitiu calcular os valores médios 2C de DNA, que foram 0,67, 0,65 e 0,65 pg, respectivamente, sendo estatisticamente iguais, pelo teste F, para os três sexos. A análise dos núcleos corados com 4 ,6- diamidino-2-fenilindol (DAPI) e cromomicina A3 (CMA3) possibilitou o cálculo das freqüências de pares de bases AT e GC para os três tipos sexuais, também estatisticamente iguais, de acordo com o teste F. Portanto, não houve diferença significativa quanto ao tamanho genômico ou quanto à relação de pares de bases entre os três sexos do mamoeiro. Com relação aos valores médios de conteúdos absolutos de DNA nuclear observados, e considerando a semelhança morfológica dos cromossomos de C. papaya, cada um dos 18 cromossomos teria, em média, 0,036 a 0,037 pg de DNA. Conseqüentemente, para a identificação de um provável par de cromossomos heteromórficos, ter-se-ia de se distinguir uma porção muito pequena do cromossomo, com uma quantidade de DNA que estaria abaixo do limite de resolução das técnicas citogenéticas e citométricas utilizadas.