Os microssatélites ou Short Tandem Repeats (STRs) são marcadores moleculares que caracterizam-se por altos níveis de heterozigozidade, dispersão uniforme, alto nível de reprodutividade, codominância e possibilidade de genotipagem por métodos rápidos e simples. Devido a estas características, estes marcadores têm sido amplamente utilizados em genética de populações, estudos evolutivos e análises forenses. Na presente tese, foram utilizados STRs autossômicos e de cromossomos sexuais (X e Y) para a avaliação da estrutura genética da população do Rio Grande do Sul (RS). Grupos ameríndios brasileiros foram também investigados, como uma das populações parentais importantes para a formação da atual população do RS. Para tanto, foram avaliados os sistemas D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX e TH01 (autossômicos); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 e DXS10011 (do cromossomo X) e DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, e DYS385 (do cromossomo Y). As amostras utilizadas foram amplificadas através da técnica de reação em cadeia da polimerase, a partir de primers com fluorórofos incorporados. Os produtos de amplificação foram posteriormente determinados por intermédio de separação em eletroforese capilar. Os resultados obtidos a partir de STRs autossômicos demonstraram a ausência de subestruturação quando a população do Rio Grande do Sul foi comparada com populações 6 de outras regiões do país. As análises de mistura racial exibiram um padrão caracterizado pela predominância da contribuição européia, seguida por ameríndia e africana. As estimativas de miscigenação por regiões do Estado revelaram que a porção oeste do Rio Grande do Sul exibiu os maiores níveis de contribuição ameríndia, se comparados com o restante do Estado. As análises de relacionamento genético, obtidas a partir de dados produzidos na presente tese e também de outras populações, demonstraram que a população do Rio Grande do Sul apresenta maior proximidade genética com a Argentina do que com alguns Estados brasileiros. Em relação às análises realizadas a partir de microssatélites do cromossomo Y, nossos resultados, corroborando estudos prévios, demonstraram uma forte predominância da contribuição européia para a população do Estado, seguida por níveis insignificantes de contribuição africana e ausência de contribuição ameríndia. Os resultados obtidos por intermédio dos marcadores de cromossomo X, para amostras do Rio Grande do Sul e de um pool de amostras de ameríndios, revelaram maiores níveis de desequilíbrio de ligação para o grupo ameríndio, sendo provavelmente reflexos da estruturação populacional relacionada à ação de gargalo de garrafa e à deriva genética. Os níveis de desequilíbrio de ligação encontrados para a amostra sulina foram de menor intensidade, e provavelmente correlacionados à miscigenação. Outrossim, as análises realizadas a partir destes marcadores demonstraram ainda uma maior proximidade das distribuições alélicas da amostra do Rio Grande do Sul com populações européias; enquanto que, para o grupo ameríndio, os resultados revelaram uma maior similaridade com as populações asiáticas. Os dados obtidos na presente Tese confirmam alguns resultados encontrados a partir de análises com outras populações brasileiras, mas também trazem novas informações, que devem ser investigadas em outras amostras populacionais, a fim de que se estabeleça o seu real significado. / Microsatelites or Short Tandem Repeats (STR) are molecular markers characterized by high levels of heterozygozity, uniform dispersal among the human genome, codominance and possibility of genotyping by fast and simple laboratory methods. Due to these characteristics, these markers have been widely used in population genetics, evolution studies and forensic genetics. In the present work, we used autosomes, as well as X-STRs and Y-STRs, to evaluate the genetic structure of the Rio Grande do Sul (RS) population. Amerindian groups were also investigated, due to their importance, as a parental group, for the formation of the present RS population. For this purpose, markers D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX and TH01 (autosomic); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 and DXS10011 (from the X chromosome) and DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS385 (from the Y chromosome ) were used. The samples were amplified by PCR with fluorescent primers, and the PCR products were then analyzed by capillary electrophoresis. Regarding the autosomic STR results, no substructuring was observed between Rio Grande do Sul and other Brazilian regions. The admixture analysis revealed a pattern characterized by the predominance of European, followed by Amerindian and African contributions. The admixture estimates from the western region of Rio Grande do Sul 8 showed a higher Amerindian contribution, if compared with the rest of the state. Genetic relationship analyses, undertaken from the comparisons of the data obtained herein and from other populations, demonstrated that Rio Grande do Sul inhabitants are genetically closer to Argentineans than to other Brazilians. The Y-STR analysis, as in previous studies, showed a higher predominance of European contribution for the patrilineages from Rio Grande do Sul, followed by negligible levels of African contribution and absence of Amerindian contribution. The X-STR results, obtained for a sample from Rio Grande do Sul and another composed by a pool of Amerindian tribes, revealed higher levels of linkage disequilibrium for the latter, probably determined by population structure, derived from bottleneck events and random genetic drift. The levels of linkage disequilibrium found for the RS sample are probably determined by admixture events. Moreover, the X-STR analysis demonstrated a higher proximity from the allelic distributions of the RS population with European populations; whereas, for the Amerindians, our results revealed a closer similarity with the allelic distributions of Asian populations, as expected. The data obtained in the present work corroborate previous results found in other Brazilian populations. However, they also bring new information, which should be investigated in other samples, to verify its real significance.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2001-02-21Bitstream added on 2014-06-13T21:07:59Z : No. of bitstreams: 1 lima_jfs_dr_rcla.pdf: 2743915 bytes, checksum: 1c051fa4de489a04cb215276b7d9ad67 (MD5) / Foram coletados exemplares roedores de pequenos porte em diversas localidades do estado do Tocantins, distribuídas em 3 tipos de região de acordo a vegetação predominante: Norte sob a influência da Floresta Amazônica, Centro-Sul e Leste sob influência do Cerrado e Médio Araguaia constituído pelo complexo da Ilha do Bananal. As preparações cromossômicas foram submetidas à coloração convencional, assim como às técnicas de bandas G, C e RON. Diferenciação cromossômica foi produzida nos cromossomos de alguns indivíduos, após tratamento das células com brometo de etídio. Foram cariotipados um total de 102 exemplares distribuídos em 9 gêneros e 12 espécies: Bolomys lasiurus (2n=34 e NA=34), Calomys tener (2n=66 e NA=66), Calomys sp.n. (2n=46 e NA=66), Nectomys rattus (2n=52, 53 e NA=52, 54), Oligoryzomys flavescens (2n=64 e NA=66), Oligoryzomys sp.n. (2n=70 e NA=76), Oryzomys megacephalus (Cariótipo A com 2n=54 e NA=62; Cariótipo B com 2n=52/53 e NA=58/60), Oryzomys gr. subflavus (2n=46 e NA=56), Rhipidomys macrurus (2n=44 e NA=48), pertencentes à família Cricetidae; Proechimys roberti (2n=30 e NA=54), Trichomys apereoides (2n=30 e NA=54), pertencentes à família Echimyidae; e Rattus rattus (2n=38 e NA=58), pertencente a família Muridae. Da espécie Oecomys gr. concolor, não obtivemos preparações cromossômicas. A grande maioria das espécies tem ocorrência relatada para as regiões Norte e Centro-Oeste do Brasil e a respectiva cariologia já é conhecida. Observa-se que os cariótipos encontrados são, de maneira geral, similares ou idênticos àqueles descritos na literatura, com raros casos de polimorfismos cromossômicos. Alguns exemplares da / Small rodents were collected at different sites in the state of Tocantins, distributed into three types of region according to the predominant vegetation: North, under the influence of the Amazon Forest, Mid-South and East under the influence of the Cerrado, and Middle Araguaia consisting of the complex of Bananal Island. The chromosomal preparations were submitted to conventional staining, as well as to G, C and NOR banding techniques. Chromosome differentiation was produced in the chromosomes of some individuals, after cell treatment with ethidium bromide. A total of 102 specimens were karyotyped, and they were distributed into 9 genera and 12 species: Bolomys lasiurus (2n=34 and NA=34), Calomys tener (2n=66 and NA=66), Calomys sp.n. (2n=46 and NA=66), Nectomys rattus (2n=52, 53 and NA=52, 54), Oligoryzomys flavescens (2n=64 and NA=66), Oligoryzomys sp.n. (2n=70 and NA=76), Oryzomys megacephalus (Karyotype A with 2n=54 and NA=62; Karyotype B with 2n=52/53 and NA=58/60), Oryzomys gr subflavus (2n=46 and NA=56), and Rhipidomys macrurus (2n=44 and NA=48), belonging to the family Cricetidae; Proechimys roberti (2n=30 and NA=54) and Trichomys apereoides (2n=30 and NA=54), belonging to the family Echimyidae, and Rattus rattus (2n=38 and NA=58), belonging to the family Muridae. Chromosome preparation from Oecomys gr. concolor were not obtained. The majority of the species have been reported to occur in the Northern and Mid-Western regions of Brazil and their karyology is already known. The...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2014-08-13T18:01:02Z : No. of bitstreams: 1 000748011_20150228.pdf: 573819 bytes, checksum: 3344da0365a81a0bf0b11e133955fde8 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-03T12:45:21Z: 000748011_20150228.pdf,Bitstream added on 2015-03-03T12:45:57Z : No. of bitstreams: 1 000748011.pdf: 3605502 bytes, checksum: f4aa4b916761c5c5f0617ddd061382d8 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente etiológico do cancro cítrico, uma doença severa que afeta plantas de citros em todo o mundo e para a qual não há uma forma eficaz de controle. A obtenção do genoma de Xac sem dúvida representou um marco nos estudos deste microrganismo, porém, muito pouco ainda se sabe sobre alguns de seus processos essenciais como replicação e segregação do material genético, septação, divisão e crescimento celular. A segregação cromossômica é um processo essencial em todas as células vivas. Esse processo envolve uma precisa replicação e particionamento do cromossomo para garantir uma fiel transmissão da informação genética para as células filhas. Esses mecanismos veem sendo extensivamente caracterizados em eucariotos, porém ainda não são muito bem compreendidos em procariotos. Contudo, relatos recentes mostraram que bactérias possuem um sistema tipo mitótico no qual a sequência parS é ligada a ParB e puxada por ParA durante a segregação cromossômica. Nesse trabalho foi identificado e caracterizado um ativo sistema tipo ParAB/parS no fitopatógeno Xac. Várias evidências moleculares e citológicas indicam que ParAB/parS está envolvido no particionamento cromossômico de Xac: i) ParB-GFP localiza-se em um único cluster nas bordas do nucleoide; ii) ParB pode interagir com sequências de ligação parS in vitro e in vivo e realizar spreading lateral, sugerindo a formação de um complexo centromérico ParB/parS; iii) a dinâmica de ParB/parS sugere um modelo assimétrico de segregação cromossômica em Xac; iv) enquanto a super expressão de ParA e ParB não alteram a morfologia celular, mutações em parB acarretam na filamentação celular, formação de células em cadeias e sem nucleoide, prejudicando a segregação cromossômica e/ou divisão celular; v) a localização subcelular de ParBGFP e ZapA-mCherry evidenciam o envolvimento entre segregação ... / The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a severe disease that affects citrus plants worldwide. An effective control for the citrus canker is not available yet, and the elimination of infected plants continues to be the recommended practice to control the disease. Although the genome sequence of Xac has been available for almost a decade, its biology is not well known and there is a lack in the literature of studies concerning chromosome segregation and cell division of this plant pathogen. Chromosome segregation is an essential process to all living cells. This process involves a precise replication and partitioning of the chromosome in order to obtain a faithful transmission of hereditary information to the daughter cells. These mechanisms have been extensively characterized in eukaryotes but are still not well understood in prokaryotes. However, recent reports have shown that bacteria have a mitotic-like system in which the parS sequence is bound by ParB and pulled by ParA during chromosome segregation. In this work it was identified and characterized an active ParAB/parS system in the Xac plant pathogen. Several molecular and cytological evidence indicate that ParAB/parS is involved in chromosome partitioning in Xac: i) ParB-GFP localizes into a single cluster at the edges of the nucleoid, as shown for other ParB-like factors; ii) ParB can interact with parS binding sites in vitro and in vivo through a nucleation mechanism followed by lateral spreading, suggesting the formation of a ParB/parS centromerelike complex; iii) ParB/parS dymanic suggests an asymmetric model of chromosome segregation; iv) whereas the overexpression of both ParA and ParB does not cause any cell morphology defect, a parB mutation renders cells filamentous and often anucleate, which suggests impaired chromosome segregation and/or cell division; v) ParB-GFP and ZapA-mCherry (marker for the Z-ring) localization ...

Resumo: Foram analisadas citogeneticamente quatro espécies de peixes do gênero Gymnotus, G. sylvius, G. pantherinus, G. inaequilabiatus e G. cf. carapo de componentes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e citomoleculares (coloração com os fluorocromos base-específicos CMA3 e DAPI, hibridação in fluorescente situ (FISH) com sondas de DNAr 18S e 5S, sonda teloméricas (TTAGGG)n e sonda obtida do cromossomo portador das RONs de G. carapo da bacia Amazônica por Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) e caracterização e organização genômica do DNAr 5S). G. sylvius apresentou número diplóide de 40 cromossomos (22m+12sm+6st); G. pantherinus apresentou número diplóide de 52 cromossomos (32m+18sm+2st) e G. inaequilabiatus (42m+10sm+2a) e G. cf. carapo (38m+12sm+4st) apresentaram 54 cromossomos. O bandamento C evidenciou a marcação de pequenos blocos centroméricos em todos os cromossomos de todas as espécies, sendo, porém, detectadas algumas marcações intersticiais em G. sylvius e grandes blocos intersticiais nos cromossomos de G. inaequilabiatus, G. cf. carapo e G. pantherinus. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico nas quatro espécies e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S e a coloração com o fluorocromo CMA3. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou marcações em até dezessete pares de cromossomos em G. inaequilabiatus e em até quinze pares em G. cf. carapo; dois pares cromossômicos em G. pantherinus e um par em G. sylvius. A hibridação com a sonda para a sequência telomérica (TTAGGG)n revelou marcações nos telômeros de todos os cromossomos dos representantes destas quatro espécies, além de blocos intersticiais no primeiro... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Four fish species of the genus Gymnotus comprised by G. sylvius, G. pantherinus, G. inaequilabiatus and G. cf. carapo from different Brazilian hydrographic basins were analyzed using classic cytogenetic (coloration with Giemsa, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques with base-specific fluorochrome DAPI and CMA3, fluorescence in situ hybridization (FISH) with probes consisting of 18S and 5S rDNA, telomeric sequences (TTAGGG)n and whole chromosome prepared by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) of the NOR chromosome, obtained of G. carapo from Amazon basin, as well as a characterization and genomic organization of 5S rDNA. G. sylvius presented a diploid number of 40 chromosomes (22m+12sm+6st); G. pantherinus presented a karyotype with 52 chromosomes (32m+18sm+2st) and G. inaequilabiatus (42m+10sm+2a) and G. cf. carapo (38m+12sm+4st) presented 54 chromosomes. All the species presented the constitutive heterochromatin located in the centromeric region of all chromosomes. Besides that, some interstitial marks were detected in G. sylvius and large interstitial blocks were identified at the chromosomes of G. inaequilabiatus, G. cf. carapo and G. pantherinus. NORs were identified in only one chromosome pair in all species and were coincident with the in situ hybridization using probes of 18S rDNA and the fluorochrome CMA3. FISH using the probes of 5S rDNA revealed marks up to seventeen chromosome pairs in G. inaequilabiatus and up to fifteen pairs in G. cf. carapo, two chromosome pairs in G. pantherinus and one pair in G. sylvius. The telomeric probes were localized at the telomeres of all chromosomes in the four species, as well as interstitial telomeric sequence in the first metacentric pair in G. sylvius and along the NORs in G. inaequilabiatus and G. cf. carapo. The amplification, cloning, sequencing and in situ hybridization... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Orlando Moreira Filho / Mestre

Orientador : Henrique Ferreira / Banca: José Belasque Junior / Banca: Celson Eduardo Benedetti / Banca: Maria Célia Bertolini / Banca: Franklin Behlau / Resumo: A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente etiológico do cancro cítrico, uma doença severa que afeta plantas de citros em todo o mundo e para a qual não há uma forma eficaz de controle. A obtenção do genoma de Xac sem dúvida representou um marco nos estudos deste microrganismo, porém, muito pouco ainda se sabe sobre alguns de seus processos essenciais como replicação e segregação do material genético, septação, divisão e crescimento celular. A segregação cromossômica é um processo essencial em todas as células vivas. Esse processo envolve uma precisa replicação e particionamento do cromossomo para garantir uma fiel transmissão da informação genética para as células filhas. Esses mecanismos veem sendo extensivamente caracterizados em eucariotos, porém ainda não são muito bem compreendidos em procariotos. Contudo, relatos recentes mostraram que bactérias possuem um sistema tipo mitótico no qual a sequência parS é ligada a ParB e puxada por ParA durante a segregação cromossômica. Nesse trabalho foi identificado e caracterizado um ativo sistema tipo ParAB/parS no fitopatógeno Xac. Várias evidências moleculares e citológicas indicam que ParAB/parS está envolvido no particionamento cromossômico de Xac: i) ParB-GFP localiza-se em um único cluster nas bordas do nucleoide; ii) ParB pode interagir com sequências de ligação parS in vitro e in vivo e realizar spreading lateral, sugerindo a formação de um complexo centromérico ParB/parS; iii) a dinâmica de ParB/parS sugere um modelo assimétrico de segregação cromossômica em Xac; iv) enquanto a super expressão de ParA e ParB não alteram a morfologia celular, mutações em parB acarretam na filamentação celular, formação de células em cadeias e sem nucleoide, prejudicando a segregação cromossômica e/ou divisão celular; v) a localização subcelular de ParBGFP e ZapA-mCherry evidenciam o envolvimento entre segregação ... / Abstract: The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a severe disease that affects citrus plants worldwide. An effective control for the citrus canker is not available yet, and the elimination of infected plants continues to be the recommended practice to control the disease. Although the genome sequence of Xac has been available for almost a decade, its biology is not well known and there is a lack in the literature of studies concerning chromosome segregation and cell division of this plant pathogen. Chromosome segregation is an essential process to all living cells. This process involves a precise replication and partitioning of the chromosome in order to obtain a faithful transmission of hereditary information to the daughter cells. These mechanisms have been extensively characterized in eukaryotes but are still not well understood in prokaryotes. However, recent reports have shown that bacteria have a mitotic-like system in which the parS sequence is bound by ParB and pulled by ParA during chromosome segregation. In this work it was identified and characterized an active ParAB/parS system in the Xac plant pathogen. Several molecular and cytological evidence indicate that ParAB/parS is involved in chromosome partitioning in Xac: i) ParB-GFP localizes into a single cluster at the edges of the nucleoid, as shown for other ParB-like factors; ii) ParB can interact with parS binding sites in vitro and in vivo through a nucleation mechanism followed by lateral spreading, suggesting the formation of a ParB/parS centromerelike complex; iii) ParB/parS dymanic suggests an asymmetric model of chromosome segregation; iv) whereas the overexpression of both ParA and ParB does not cause any cell morphology defect, a parB mutation renders cells filamentous and often anucleate, which suggests impaired chromosome segregation and/or cell division; v) ParB-GFP and ZapA-mCherry (marker for the Z-ring) localization ... / Doutor

Orientador: Fabio Porto-Foresti / Resumo: Dentre os peixes Neotropicais, o gênero Astyanax é caracterizado como um dos mais comuns e diversificados, representado por 147 espécies, das quais pelo menos 12 destas espécies têm demonstrado a presença de elementos adicionais denominados cromossomos B em seu genoma. No entanto, muitas vezes estas informações encontram-se dispersas ou fragmentadas. Assim, no presente estudo reportamos a diversidade de cromossomos B no gênero Astyanax, projetando nichos ecológicos preferenciais entre as espécies e populações B+ e B- do grupo em cenários do passado (Last Glacial Maximum - LGM: 22.000 e Mid-Holoceno - MD: 6.000 anos atrás), presente e futuro (2.060), além de análises populacionais de A. bockmanni a partir do mtDNA D-loop. Os períodos LGM e MH registraram ampla ocorrência de populações B+ e B- em boa parte das regiões Sudeste, Norte, Centro-Oeste e parte da Bahia. No presente observamos áreas favoráveis B+ e B- quase que exclusivamente em parte de SP, MG, PR, RJ, MT e ES. Para 2.060, verificamos áreas preferenciais B+ quase que exclusivamente em parte de MG, RJ e SP. Quando sobrepostos, os cenários indicam um acúmulo das populações B+ em uma mesma área, padrão não observado nas populações B-, sugerindo que a região sobreposta poderia representar uma zona climaticamente estável para populações B+ desde o LGM, já que nenhuma população B- foi mantida nesta região. Análises qPCR indicaram a presença de cromossomos BM em seis populações de A. bockmanni. A partir do mtDNA D-loop em 1... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among the Neotropical fish, the genus Astyanax is characterized as the most common and diversified, represented by 147 species, of which at least 12 of these species have demonstrated the presence of additional elements denominated B chromosomes in their genome. However, this information is often scattered or fragmented. Thus, in the present study we report the diversity of B chromosomes in the Astyanax genus, projecting preferential ecological niches among the species and B+ and B- populations of the group in scenarios of the past (Last Glacial Maximum - LGM: 22.000 and MidHoloceno - MD: 6.000 years ago), present and e future (2.060), in addition to population analyzes of A. bockmanni from the mtDNA D-loop. The LGM and MH periods recorded a large occurrence of B+ and B- populations in most of the Southeast, North, Central West regions and part of Bahia State. In the present we observed favorable areas B+ and B- almost exclusively in part of SP, MG, PR, RJ, MT and ES. For 2.060, we see B+ preferred areas almost exclusively in part of MG, RJ and SP States. When overlapping, the scenarios indicate an accumulation of B+ populations in the same area, a pattern not observed in B- populations, suggesting that the overlapping region could represent a climatically stable zone for B+ populations since the LGM period, since no B- population was maintained in this region. qPCR analyzes indicated the presence of BM chromosomes in six A. bockmanni populations. From the D-loop mtDNA in 16 ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fabio Porto-Foresti / Resumo: Os cromossomos B são cromossomos adicionais de natureza dispensável e estão amplamente distribuídos entre os genomas dos eucariotos. Sua estrutura, origem, função, manutenção e comportamento são particulares nos diferentes grupos de uma maneira espécie-específica. Dentre os peixes portadores de cromossomos B da região Neotropical podemos destacar a espécie Prochilodus lineatus (Valenciennes, 1836), sendo uma espécie de grande ocorrência na bacia do rio de La Plata. Citogeneticamente, essa espécie apresenta um número diploide composto por 54 cromossomos dos tipos meta/submetacêntrico e apresenta um interessante sistema de microcromossomos B, que pode ocorrer variação interindividual de zero a nove supranumerários, além de apresentar polimorfismo, sendo encontrados três variantes morfológicas (acrocêntrica, metacêntrica e submetacêntrica). P. lineatus pode ser considerada uma espécie modelo de peixe Neotropical para estudos concernentes à origem, comportamento e evolução dos cromossomos B, devido à facilidade de captura, manejo, elevada frequência de supranumerários, além de ter sido utilizada em vários estudos pioneiros relacionados a estrutura, herança e origem dos Bs nos peixes. Entretanto, ainda pouco se sabe sobre a ocorrência dos cromossomos B em P. lineatus ao longo da bacia do rio de La Plata, onde esta espécie esta amplamente distribuída, pois a maioria dos estudos foram conduzidos na população do rio Mogi Guaçu. Diante disto, o presente estudo teve como objetivo estud... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: B chromosomes are additional chromosomes of a dispensable nature and are widely distributed among eukaryotic genomes. Their structure, origin, function, maintenance and behavior are particular in the different groups in a species-specific manner. Among the fish with B chromosomes of Neotropical region we can highlight a species Prochilodus lineatus (Valenciennes, 1836), being a species of great occurrence in the La Plata River basin. Cytogenetically, this species presents a diploid number of 54 chromosomes of the meta/submetacentric types and presents an interesting system of microchromosomes B, which can occur interindividual variation from zero up to nine supernumeraries, besides presenting polymorphism, being found three morphological variants (acrocentric, metacentric and submetacentric). P. lineatus can be considered a model species of Neotropical fish for studies concerning the origin, behavior and evolution of B chromosomes, due to the ease of capture, handling, high frequency of supernumerary, and has been used in several pioneering studies related to the structure, inheritance and origin of Bs in fish. However, little is known about the occurrence of B chromosomes in P. lineatus along the La Plata basin, where this species is widely distributed, since most of the studies were conducted in the Mogi Guaçu River population. Therefore, the present study had as objective to study the occurrence of supernumerary in neotropical fish, besides carrying out a study on the dist... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Os microssatélites ou Short Tandem Repeats (STRs) são marcadores moleculares que caracterizam-se por altos níveis de heterozigozidade, dispersão uniforme, alto nível de reprodutividade, codominância e possibilidade de genotipagem por métodos rápidos e simples. Devido a estas características, estes marcadores têm sido amplamente utilizados em genética de populações, estudos evolutivos e análises forenses. Na presente tese, foram utilizados STRs autossômicos e de cromossomos sexuais (X e Y) para a avaliação da estrutura genética da população do Rio Grande do Sul (RS). Grupos ameríndios brasileiros foram também investigados, como uma das populações parentais importantes para a formação da atual população do RS. Para tanto, foram avaliados os sistemas D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX e TH01 (autossômicos); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 e DXS10011 (do cromossomo X) e DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, e DYS385 (do cromossomo Y). As amostras utilizadas foram amplificadas através da técnica de reação em cadeia da polimerase, a partir de primers com fluorórofos incorporados. Os produtos de amplificação foram posteriormente determinados por intermédio de separação em eletroforese capilar. Os resultados obtidos a partir de STRs autossômicos demonstraram a ausência de subestruturação quando a população do Rio Grande do Sul foi comparada com populações 6 de outras regiões do país. As análises de mistura racial exibiram um padrão caracterizado pela predominância da contribuição européia, seguida por ameríndia e africana. As estimativas de miscigenação por regiões do Estado revelaram que a porção oeste do Rio Grande do Sul exibiu os maiores níveis de contribuição ameríndia, se comparados com o restante do Estado. As análises de relacionamento genético, obtidas a partir de dados produzidos na presente tese e também de outras populações, demonstraram que a população do Rio Grande do Sul apresenta maior proximidade genética com a Argentina do que com alguns Estados brasileiros. Em relação às análises realizadas a partir de microssatélites do cromossomo Y, nossos resultados, corroborando estudos prévios, demonstraram uma forte predominância da contribuição européia para a população do Estado, seguida por níveis insignificantes de contribuição africana e ausência de contribuição ameríndia. Os resultados obtidos por intermédio dos marcadores de cromossomo X, para amostras do Rio Grande do Sul e de um pool de amostras de ameríndios, revelaram maiores níveis de desequilíbrio de ligação para o grupo ameríndio, sendo provavelmente reflexos da estruturação populacional relacionada à ação de gargalo de garrafa e à deriva genética. Os níveis de desequilíbrio de ligação encontrados para a amostra sulina foram de menor intensidade, e provavelmente correlacionados à miscigenação. Outrossim, as análises realizadas a partir destes marcadores demonstraram ainda uma maior proximidade das distribuições alélicas da amostra do Rio Grande do Sul com populações européias; enquanto que, para o grupo ameríndio, os resultados revelaram uma maior similaridade com as populações asiáticas. Os dados obtidos na presente Tese confirmam alguns resultados encontrados a partir de análises com outras populações brasileiras, mas também trazem novas informações, que devem ser investigadas em outras amostras populacionais, a fim de que se estabeleça o seu real significado. / Microsatelites or Short Tandem Repeats (STR) are molecular markers characterized by high levels of heterozygozity, uniform dispersal among the human genome, codominance and possibility of genotyping by fast and simple laboratory methods. Due to these characteristics, these markers have been widely used in population genetics, evolution studies and forensic genetics. In the present work, we used autosomes, as well as X-STRs and Y-STRs, to evaluate the genetic structure of the Rio Grande do Sul (RS) population. Amerindian groups were also investigated, due to their importance, as a parental group, for the formation of the present RS population. For this purpose, markers D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX and TH01 (autosomic); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 and DXS10011 (from the X chromosome) and DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS385 (from the Y chromosome ) were used. The samples were amplified by PCR with fluorescent primers, and the PCR products were then analyzed by capillary electrophoresis. Regarding the autosomic STR results, no substructuring was observed between Rio Grande do Sul and other Brazilian regions. The admixture analysis revealed a pattern characterized by the predominance of European, followed by Amerindian and African contributions. The admixture estimates from the western region of Rio Grande do Sul 8 showed a higher Amerindian contribution, if compared with the rest of the state. Genetic relationship analyses, undertaken from the comparisons of the data obtained herein and from other populations, demonstrated that Rio Grande do Sul inhabitants are genetically closer to Argentineans than to other Brazilians. The Y-STR analysis, as in previous studies, showed a higher predominance of European contribution for the patrilineages from Rio Grande do Sul, followed by negligible levels of African contribution and absence of Amerindian contribution. The X-STR results, obtained for a sample from Rio Grande do Sul and another composed by a pool of Amerindian tribes, revealed higher levels of linkage disequilibrium for the latter, probably determined by population structure, derived from bottleneck events and random genetic drift. The levels of linkage disequilibrium found for the RS sample are probably determined by admixture events. Moreover, the X-STR analysis demonstrated a higher proximity from the allelic distributions of the RS population with European populations; whereas, for the Amerindians, our results revealed a closer similarity with the allelic distributions of Asian populations, as expected. The data obtained in the present work corroborate previous results found in other Brazilian populations. However, they also bring new information, which should be investigated in other samples, to verify its real significance.

Orientador: Fausto Foresti / Banca: Claudio Oliveira / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Sanae Kasahara / Banca: Susana Suely Rodrigues Milhomem / Resumo: Foram analisados exemplares de peixes das espécies Characidium cf. fasciatum, C. cf. zebra, C. cf. lagosantense, Characidium sp. e três amostras de C. cf. gomesi, representantes da subfamilia Characidiinae e uma amostra de Crenuchus spilurus, representante de Crenuchiinae, com o uso de técnicas citogenéticas convencionais por coloração com Giemsa, localização das RONs pela impregnação com Nitrato de prata, bandamento C e moleculares, de hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S e 5S, sondas produzidas a partir do cromossomo sexual W e uma sonda produzida a partir do genoma de C. cf. zebra, com ênfase nas sondas produzidas a partir do cromossomo sexual W. Todas as espécies de Characidium apresentaram número diplóide de 50 cromossomos, com predominância de cromossomos dos tipos meta e submetacêntricos, tendo sido observada também a ocorrência de cromossomos supranumerários em uma amostra de C. cf. gomesi e a presença de um sistema de cromossomos sexuais do tipo ZZ-ZW nas espécies Characidium cf. gomesi, Characidium cf. fasciatum, Characidium sp. As espécies Characidium cf. zebra, Characidium cf. lagosantense e Crenuchus spilurus não apresentaram cromossomos sexuais diferenciados. A técnica de pintura cromossômica utilisando sondas produzidas a partir de cromossomos microdissecados e amplificação por DOP-PCR foi realizada para testar a homeologia dos cromossomos sexuais Z e W encontrados em sete amostras de Characidium. Foram produzidas sondas a partir do cromossomo W de Characidium cf. gomesi (DCg) e de Characidium cf. fasciatum (DCf). As sondas mostraram sinais de hibridação nos cromossomos Z e W em Characidium cf. gomesi, Characidium cf. fasciatum, Characidium sp., evidenciando homeologias entre os cromossomos sexuais existentes e uma possível origem comum deste sistema de diferenciação sexual nestas espécies. Por outro lado, em Characidium...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: We analyzed samples of fish species Characidium cf. fasciatum, C. cf. zebra, C. cf. lagosantense, Characidium sp. and three strains of C. cf. gomesi, representatives of the subfamily Characidiinae and a sample of Crenuchus spilurus, representative Crenuchiinae, using conventional cytogenetic techniques for staining with Giemsa, location of NORs by impregnation with silver nitrate, C-banding and molecular cytogenetic techniques for fluorescence in situ hybridization with probes of 18S and 5S rDNA, probes produced from the sex chromosome W and a probe generated from the genome of C. cf. zebra, with emphasis on probes produced from the sex chromosome W. All species of Characidium showed a diploid number of 50 chromosomes, with the predominance of chromosomes of metacentric and submetacentric types. The occurrence of supernumerary chromosomes was observed in one sample of C. cf. gomesi and also the presence of a system of sex chromosome ZZ-ZW was observed in Characidium cf. gomesi, Characidium cf. fasciatum, Characidium sp. The species Characidium cf. zebra, Characidium cf. lagosantense and Crenuchus spilurus showed no differentiated sex chromosomes. The technique of chromosome painting using probes produced by microdissected chromosomes amplified by DOP-PCR was performed to test the homeology of Z and W sex chromosomes found in seven species of Characidium. Probes were produced from the W chromosome of Characidium cf. gomesi (DCg) and Characidium cf. fasciatum (DCf). The probes showed hybridization signals on chromosomes Z and W in Characidium cf. gomesi, Characidium cf. fasciatum, Characidium sp., showing homeology between sex chromosomes in the species and a possible common origin of this sexual differentiation system in these species. Moreover, in Characidium cf. zebra, Characidium cf. lagosantense and Crenuchus spilurus the hybridization with ...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Considerando a importância do comportamento meiótico e da recombinação para regular os níveis de variabilidade genética, realizamos o primeiro estudo sobre a meiose masculina e feminina de seis membros do grupo da Drosophila willistoni, um dos mais representativos da família Drosophilidae na região Neotropical. Como ponto de partida, foi necessário padronizar condições técnicas para tal, adaptando protocolos pré-existentes e estabelecidos por outros autores para espécies procedentes do Hemisfério Norte, como a cosmopolita Drosophila melanogaster e a D. ananassae. A qualidade dos preparados e a resolução por nós encontradas para as espécies do grupo willistoni, foi muito superior às obtidas para D. melanogaster, sendo comparável com a excelência das figuras meióticas propiciadas pela D. ananassae. Apesar do baixo número de células em divisão (cerca de 45% dos machos, em média) detectadas, conseguimos caracterizar as fases da divisão meiótica em primórdios das gônadas de larvas macho de D. willistoni e o padrão de sinapse do par sexual e dos autossomos. Inicialmente, foi realizada a análise de duas diferentes populações, cuja prole apresenta sinais de instabilidade genética (como hipermutabilidade e atrofia gonadal), sob condições de cultivo em temperaturas fisiológica e restritiva. Em machos de ambas as linhagens (exceto em uma delas, onde observou-se um indivíduo aneuplóide XO), e nos machos da primeira geração de cruzamento entre as duas populações, não foram observadas irregularidades meióticas nem aberrações cromossômicas, tanto sob temperatura fisiológica, quanto restritiva. Análise posterior da população híbrida, mantida em laboratório, entretanto, permitiu a detecção de quebras, de pontes anafásicas, e de figuras compatíveis com quiasmas no segundo par cromossômico No braço esquerdo do cromossomo II (o chamado IIL) nesta população híbrida, segregam três inversões, a IILF (sub-terminal) e as inversões IILD+E, (na região mediana). Analisando paralelamente as configurações dos cromossomos politênicos interfásicos das glândulas salivares larvais e os meióticos dos primórdios das gônadas de cada larva macho individualmente, observou-se que sempre que ocorreram pontes anafásicas, os indivíduos eram heterozigotos para pelo menos a inversão IILF, e que as quebras detectadas no segundo cromossomo ocorreram na região subterminal de um dos braços. Estes achados fazem supor que nestes machos, estaria havendo recombinação dentro da alça de inversão formada em heterozigotos para a inversão IILF, o que necessita ser testado através de dados genéticos, em estudos futuros. Em machos de uma população natural desta espécie, também observou-se figuras compatíveis com quiasmas na parte terminal do mesmo braço esquerdo do segundo cromossomo, onde segrega a inversão IILH. Já a meiose de machos de uma população de cada uma das espécies crípticas D. paulistorum, D. tropicalis, D. equinoxialis, D. insularis e da não críptica D. nebulosa, mostrou-se regular, não sendo encontradas evidências de não-disjunções, quebras e pontes anafásicas, como em D. willistoni, apesar de todas elas apresentarem polimorfismo cromossômico para inversões paracêntricas (embora menor). O estudo futuro de novas populações deverá esclarecer se a D. willistoni suporta ou não, maiores níveis de recombinação em machos do que as outras espécies, e se estes achados podem ser interpretados como uma estratégia da D. willistoni (considerada como ancestral às outras) para manter altos níveis de polimorfismo, sem perdas gaméticas importantes, nem comprometimento da estabilidade de seu sistema genético A meiose de fêmeas de Drosophila willistoni e de D. paulistorum também foi caracterizada em linhagens igualmente polimórficas, de ambas as espécies. A detecção citológica de recombinação, entretanto, não foi possível, devido à peculiaridade dos cromossomos de oócitos, de assumirem a forma de cariossomo, altamente compactada justo nas fases de prófase I.