Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-04Bitstream added on 2014-06-13T20:42:09Z : No. of bitstreams: 1 vieira_g_dr_botfca.pdf: 442648 bytes, checksum: 25166738e717b13e4eef11f73bdc84f6 (MD5) / Motivados pelo interesse internacional no álcool combustível (etanol) e com a crescente demanda interna, o setor sucro-alcooleiro está em franca expansão, seja em novas unidades produtoras ou aquisições e fusões. Este cenário tem levado à expansão da área plantada. Os objetivos principais deste trabalho foram proceder a análise energética da cultura e realizar o levantamento do custo de produção nas condições de corte manual com queima prévia da palha e corte mecanizado sem a queima do canavial, ao longo de cinco anos de produção (2001 – 2006). O trabalho foi realizado em uma usina produtora de açúcar e álcool do interior do Estado de São Paulo, considerada de médio porte e com utilização das melhores técnicas de produção. Incluem-se aqui desde o preparo de solo das áreas a renovar, plantio, tratos culturais e cinco colheitas. Na estrutura de dispêndios energéticos foram quantificadas as entradas de energia (input) e as saídas de energia (output), determinando-se a eficiência cultural de um ciclo completo na produção de cana-de-açúcar. Paralelamente, foram calculados os custos de produção por fases e também do ciclo completo para se produzir cana-de-açúcar. Os resultados evidenciaram, para a cana queimada, uma dependência de 66,33% de energia do tipo direta com destaque para a fonte biológica em 51,80%, sendo as formas de energia contidas nas mudas e na mão-de-obra responsáveis por 50% e 1,8% da participação, respectivamente. De maneira geral, destacou-se também o dispêndio energético de 66,33% de energia do tipo direta com destaque para a fonte biológica em 51,80%, sendo as formas de energia contidas nas mudas e na mão-de-obra responsáveis por 50% e 1,8% da participação, respectivamente... / Motivated by the international interest in alcohol fuel (ethanol) and with internal growing demand, the sugar-alcohol sector is in imminent expansion, both new produtive units and acquition and fusion. This scene has expanded cultivated area. The main objectives of this work were to proceed the culture energetic analysis and make prime cost on manual cutting conditions with previous straw burning and mechanic cutting without cane plantation burning between 2001 and 2006. The work was achieved at a cane and alcohol factory in the country of the state of São Paulo, considered medium productivity and with the use of better production techniques. It was here included the ground preparing, plantation, culture treatment and five crops. On energetic consumption, energy input and output were quantified, determining culture efficiency of a whole cycle on sugar cane production. The results showed, to burned cane, a dependency of 66,33% of direct type energy with great attention to biological source 51,80%, being energy kinds contained in seedling and workmanship responsible for 50% and 1,8% respectively. In general terms, energetic consumption detached due to fertilizing representing 29,65% and fossil fuel, 14,25%. The liquid energy found on this system was 2.030.792,97 MJ/ha with culture efficiency of 20,90. On no-burning crop system, a dependency of energy equivalent to 71,77% was established. The participation of biological sources also stood out in the interior...(Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2002-02Bitstream added on 2014-06-13T20:02:37Z : No. of bitstreams: 1 caldeira_dsa_dr_botfca.pdf: 968254 bytes, checksum: 7db7d07107a2f66008ce8fd192d08f64 (MD5) / The aim of this work was to verify the green cane (Saccharum spp) harvesting unburned trash interference in budding, tilling, growth, yield and clay soil fertility during a three years period. Different fertilizers were applied to the trash surface in three distinct procedures. Trash was managed in order to be unaltered on the soil (M1); trash was completely withdrawn from soil (M2); trash was withdrawn only from planting line (M3). The used fertilizers were urea (T2), filter cake (T3), vinasse (T4), vinasse + urea (T5), filter cake + urea (T6) and no fertilizers (T1), in order to verify the these treatments behavior along the cultivation years. The research was performed in Igaraçu do Tietê city, in the State of São Paulo, in an area owned by a sugarcane plant named Usina da Barra. The RB806043 was used in the third harvest and the adopted experimental delineating was randomized blocks, factorial scheme 3X6 in three repetitions, totaling 54 experimental splittings of 70 m2 . Chemical soil evaluations were performed, and through a monthly survey of the tilling number the budding and tilling evaluation were performed. The parameters considered were the total number of culms per splitting; average culm weight; average culm height and diameter; industrialized culm yield; culm technological analysis and the amount of trash related to the residual yield of this culture. Data were submitted to the variance analysis and compared by the Tukey test. The experimental group analysis was performed to verify the results combination in the three experimental years. Significantly variations that could indicate the effect of the treatment on the soil fertility were not observed, excluding K and P that showed increasing values in the treatments where vinasse and filter cake were applied...(Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:46Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-21Bitstream added on 2014-06-13T20:02:57Z : No. of bitstreams: 1 viel_sr_dr_jabo.pdf: 828115 bytes, checksum: b974e906f04ebb44b4d4434000bd82f4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Visando melhorias qualitativas na criação de Cotesia flavipes Cameron, 1891, realizaram-se testes com alimentação de adultos antes do parasitismo em Diatraea saccharalis Fabricius,1794, com 14 dietas: (2,5%; 5% e 10% sacarose; 2,5%; 5% e 10% sacarose + 2,5% lêvedo de cerveja; 2,5%; 5% e 10% mel; 2,5%; 5% e 10% mel + 2,5% lêvedo de cerveja; 2,5% lêvedo de cerveja; água) e testemunha. Avaliaramse: adultos emergidos, razão sexual, porcentagem de emergência, peso das massas de pupas e a longevidade nas gerações F1 e F2. O delineamento foi o inteiramente casualizado com 15 tratamentos e cinco repetições. As dietas a base de 5% de sacarose, 5 e 10% de mel aos adultos de C. flavipes podem proporcionar acréscimo considerável na longevidade dos parasitoides. O consumo de dietas artificiais por C. flavipes antes do parasitismo em D. saccharalis proporcionou melhorias qualitativas. O estudo visou ainda testar um protocolo de qualidade de C. flavipes, quanto à eficiência na busca pelo hospedeiro D. saccharalis. Foi usada uma arena de testes (copo plástico translúcido de 700 mL, com tampa). Lagartas de D. saccharalis foram colocadas em tolete de cana-de-açúcar de 13 cm, perfurado transversalmente e oferecidas ao parasitoide. Os tratamentos foram: (0, 6, 12, 18 e 24 horas de fotofase - L), (6, 12, 18 e 24 horas de disponibilidade do hospedeiro - H), (1, 2, 3, 4 e 5 lagartas por arena - T) e o orifício de entrada da lagarta na cana-de-açúcar (aberto - A ou fechado - F). Foram realizados os testes de Kolmogorov e a homogeneidade da variância foi analisada pelo teste de Bartlett, além das análises de agrupamento e de componentes principais. Foi criado um Índice de performance da qualidade (IPQ), que foi determinante na escolha do melhor tratamento. Foi proposto, o uso do tratamento: 6 horas de disponibilidade... / Aiming at qualitative improvements in the rearing of Cotesia flavipes, tests were carried out with adults feed before parasitism in Diatraea saccharalis, with 14 diets (2.5%, 5% and 10% sucrose, 2.5%, 5% and 10% sucrose + 2.5% brewer's yeast, 2.5%, 5% and 10% honey, 2.5%, 5% and 10% honey + 2.5% yeast, 2.5% yeast, water) and control. Were evaluated: emerging adults, sex ratio, percentage of emergency, mass weight of pupae, and longevity in F1 and F2 generations. The design was completely randomized with 15 treatments and five repetitions. The diets based on 5% sucrose, 5 and 10% honey to adults of C. flavipes, may provide considerable increase in longevity. Consumption of artificial diets by C. flavipes before parasitism in D. saccharalis provides quality improvements. The study also aimed to test a protocol for quality of C. flavipes, for efficiency in the search for host D. saccharalis. We used a testing arena (700 mL plastic cup with lid). Larvae of D. saccharalis were placed in 13 cm cutting canes, drilled across, and offered to the parasitoid. The treatments were: (0, 6, 12, 18 and 24 hours of photophase - L) (6, 12, 18 and 24 hours of availability of the host - H) (1, 2, 3, 4 and 5 larvae per arena - T) and the entrance hole of the larvae in sugar cane (open - A or closed - F). We performed the Kolmogorov´s test and the homogeneity of variance was analyzed by Bartlett's test. Were also carried out cluster analysis and principal components. It created an index of performance quality (IPQ). It is proposed the use of treatment 6 hours of availability, 0 hours of light, one larvae per arena, using the cutting cane with the hole closed, as quality protocol C. flavipes

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-09Bitstream added on 2014-06-13T20:03:31Z : No. of bitstreams: 1 gimenez_dfj_dr_jabo.pdf: 760636 bytes, checksum: 91584879fb83afb169e4a8b77f2fc8c1 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é uma das mais importantes culturas e o Brasil é considerado o maior produtor mundial de etanol. Entretanto, sua produção é diretamente influenciada pelos estresses ambientais, entre eles, o déficit hídrico. Sendo assim, o objetivo do trabalho foi avaliar o comportamento, por meio de análises biométricas e bioquímica de três cultivares de cana-de-açúcar tolerantes (SP83-5073 e RB86-7515) e sensível (SP86-155) ao estresse por déficit hídrico, e verificar a expressão gênica diferencial dependente do genótipo, utilizando a técnica de cDNA-AFLP. Aos 186 dias após o plantio, em casa de vegetação, as cultivares foram submetidas a 1, 3, 5 e 10 dias de supressão da rega. Foi verificado na cultivar RB86-7515 o maior diâmetro do colmo, matéria fresca e seca de folhas e bainha e na cultivar SP86-155, maior altura inicial, número de folhas e matéria fresca de colmo. O teor de prolina livre nos palmitos foi estatisticamente significativo a partir do terceiro dia de supressão da rega, onde foi verificada a maior média na cultivar RB86-7515, com 10 dias. Pela técnica de cDNA-AFLP, foram detectados fragmentos expressos (FEs), identificados pela ausência do fragmento na cultivar sensível e fragmentos exclusivos expressos nas cultivares tolerantes (FEs-T) mas desde que ausentes em suas planta controle. Com 10 combinações de primers seletivos EcoRI/MseI, em gel de poliacrilamida, foram observados 1.077 fragmentos expressos nas cultivares tolerantes controle e sob estresse hídrico. Destes, 463 fragmentos na SP83-5073, sendo 170 fragmentos nas plantas sob estresse hídrico e 18 fragmentos exclusivos. Na RB86-7515, observou-se 614 fragmentos, onde 283 fragmentos nas plantas sob supressão da rega e 30 fragmentos exclusivos. A análise comparativa do perfil de expressão revelou fragmentos de transcritos... / Sugarcane (Saccharum spp.) is one of the most important crops and Brazil is the largest world producer of ethanol. However, their production is directly influenced to environmental stresses, as a water stress. So, the aims of this research were to evaluate the behavior of three sugarcane tolerant cultivars (SP83-5073 e RB86-7515) and sensitive (SP86-155) to water stress by biometrical and biochemical analysis, and verified the differential gene expression genotype dependent, using the cDNA-AFLP technique. At 186 days after planting, in greenhouse, cultivars were submitted to 1, 3, 5 and 10 days of water suppression. In cultivar RB86-7515, were observed the largest stalk diameter, leaves and sheath fresh and dried weigh and in cultivar SP86-155, largest initial height, leaves number and stalk fresh mass. Free proline content in sugarcane heart was statistically significative after the 3rd day of water suppression, which the large media was observed in cultivar RB86-7515, with 10 days of water suppression. Through cDNA-AFLP technique, expressed fragments were detected, identified by the fragment absence in sensitive cultivar, and exclusive fragments were expressed in tolerant cultivars, but absent in control plants. Using 10 combinations of selective primers EcoRI/MseI, in poliacrilamide gel, 1,077 expressed fragments in control tolerant cultivars and under water stress were observed. From this total, 463 fragments in SP83-5073, 170 fragments in water-stressed plants and 18 exclusive fragments. In RB86-7515, 614 fragments were observed, 283 fragments in plants under water suppression and 30 exclusive fragments. Profile expression comparative analysis showed fragments of similar transcriptions to sorghum P450 Citocrome, beta-glucosidase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and DNA Helicase. These... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-13Bitstream added on 2014-06-13T19:02:46Z : No. of bitstreams: 1 000748429.pdf: 2069123 bytes, checksum: b45ab08e57c410c9d5df9bf6f9d8e339 (MD5) / O Brasil é líder mundial na produção de cana-de-açúcar e o maior exportador mundial de açúcar. O aumento da produtividade da cana-deaçúcar se deve a vários fatores sendo um dos principais a obtenção de novas cultivares e a interpretação da interação genótipo por ambiente (GEI), realizado nos estágios finais de seleção dos programas de melhoramento genético de cana-de-açúcar, torna-se essencial durante o processo de obtenção de novos cultivares. Para poder selecionar os melhores genótipos frente à GEI, os genótipos são avaliados em diversos ambientes (locais e anos) e há o interesse em saber qual o melhor genótipo, baseado no desempenho fenotípico de caracteres de interesse, como, por exemplo, a tonelada de cana por hectare (TCH), que é a principal medida de produtividade de cana-de-açúcar. Sendo a GEI um complicador para o melhorista durante a seleção de genótipos superiores, faz-se necessário a utilização de modelos matemáticos ou estatísticos que consigam identificar de maneira eficiente tais genótipos superiores. Geneticistas e biometristas tem utilizado diversos métodos, porém, não existe um consenso. Assim, neste trabalho, a partir de um estudo de simulação realizado no ambiente computacional R, apresenta-se uma comparação entre três métodos: (i) Eberhart-Russel; (ii) AMMI; (iii) e modelo misto (REML / BLUP). Verificou-se a eficiência de cada método na detecção da GEI e discutiu-se as particularidades de cada um deles do ponto de vista estatístico. No total, simularam-se sessenta e três casos os quais consideraram as mais diversas condições para a introdução da GEI, sendo que, cada um dos três métodos, avaliaram mais do que trinta e quatro milhões e vinte mil dados. Assim, a partir dos resultados encontrados neste trabalho pode-se concluir que cada método detecta a GEI de uma maneira diferente e possui suas limitações... / Brazil is the world leader in sugarcane production, and the largest sugar exporter. Developing new varieties is one of the main factors that contribute to yield increase, and the interpretation of genotype-by-environment interaction (GEI) at the final selection stage is an important consideration in yield estimation. In order to select the best genotypes, varieties are tested in different environments (locations and years), and breeders need to estimate the phenotypic performance for principle traits such as tons of cane yield per hectare (TCH). Since GEI affects breeder selection of superior genotypes it is necessary to use mathematical or statistical models that account for GEI and are able to efficiently identify such genotypes. Geneticists and biometricians have used different methods and there is no clear consensus of the best method. In this paper we present a comparison of three methods, viz. (i) Eberhart-Russel; (ii) AMMI; (iii) and mixed model (REML / BLUP), in a simulation study performed in the R computing environment to verify the effectiveness of each method in detecting GEI, and assess the particularities of each method from a statistical standpoint. In total, 63 cases representing different conditions were simulated, generating more than 34 million data points for analysis by each of the three methods. The results illustrated that each method detects GEI in a different way, and each has some limitations. All three methods detected GEI effectively, but the mixed model showed higher sensitivity. When applying GEI analysis in practice it is important to first verify the assumptions inherent in each model, and respect these limitations in choosing the method to be used

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-09Bitstream added on 2014-06-13T19:02:46Z : No. of bitstreams: 1 dedemo_gc_dr_jabo.pdf: 863587 bytes, checksum: b47ae11ff9b870e9b2143acb6e76251b (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A cana-de-açúcar tem adquirido crescente importância no cenário mundial, não somente pela produção do açúcar, mas devido ao grande potencial como cultura bioenergética, sendo utilizada na produção do etanol, uma fonte energética alternativa, ecologicamente limpa e renovável e como co-geradora de energia elétrica através da queima do bagaço. O Brasil destaca-se mundialmente como o maior produtor da cultura e exportador de açúcar e etanol. Porém, esta cultura está sujeita a diferentes estresses ambientais, dentre os quais, a disponibilidade de água representa o principal fator que influencia o crescimento e o desenvolvimento vegetal e, conseqüentemente, a produtividade. Dessa forma, para a identificação dos possíveis genes envolvidos nas respostas de tolerância à seca em cana-de-açúcar, realizou-se, por meio da técnica de cDNA-AFLP, a análise comparativa do perfil de transcritos de duas cultivares tolerantes, SP83-5073 e RB867515 com o perfil de expressão da cultivar sensível à seca, SP86-155, quando submetidas a suspensão da rega por 1, 3, 5 e 10 dias. Com 14 combinações de primers seletivos EcoRI/MseI, foram detectados no gel de poliacrilamida, 1.316 fragmentos derivados de transcritos (FDTs) que foram diferencialmente expressos entre as cultivares tolerantes e a sensível, submetidas ao estresse hídrico (1, 3, 5 e 10 dias). Destes, 630 FDTs foram identificados na cultivar SP83-5073 e 686 FDTs na cultivar RB867515. A análise comparativa do perfil de expressão associado ao genótipo da cana-de-açúcar revelou fragmentos de transcritos similares a genes envolvidos em eventos moleculares relacionados às respostas das plantas a diferentes estresses, inclusive ao causado pela seca. Estes genes atuam na sinalização hormonal, regulação da transcrição gênica, senescência, transposição de DNA... / The sugarcane has increased importance in the world not only for sugar production, but also due to the great potential as a generator energy because ethanol production, it is a renewable, alternative energy source, ecologically clean and as energy cogeneration through burning of bagasse. Brazil is the world’s largest crop producer and exporter of sugar and ethanol. However, this crop is exposed to different kinds of stress, among which; the availability of water is noticeable as the main factor that negatively influences the vegetable growth and, therefore, the productivity. In order to identify the possible genes involved in the responses to drought tolerance in sugarcane crops, the comparative analysis of transcripts profile from two tolerant cultivars, SP83-5073, RB867515 and the sensitive cultivar SP86-5073, after has been submitted to the interruption of irrigation for 1, 3, 5 and 10 days were performed using the cDNA-AFLP technique. With 14 combinations of EcoRI/MseI selective primers, there was detected on a polyacrylamide gel, 1,316 transcript-derived fragments (TDFs) differently expressed between tolerant and sensitive cultivars submitted to water deficit (1, 3, 5 and 10 days). From these, 630 TDFs were identified on the cultivar SP83-5073 and 686 TDFs corresponded to the cultivar RB867515. The comparative analysis of genotype dependent gene expression profile in sugarcane revealed fragments similarity with genes involved in many molecular events related to the responses of plants to different stresses, including those caused by drought. These genes work in hormonal signaling, regulation of gene transcription, senescence, DNA transposition, transport of amino acids, respiration and metabolism of carbohydrates. However, nine TDFs possibly represent still unknown genes, which may be developing important roles on the responses to drought and contributing to the trait of tolerance

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-12Bitstream added on 2014-06-13T19:02:46Z : No. of bitstreams: 1 xavier_ma_dr_jabo.pdf: 383811 bytes, checksum: 75b3fb6a255ac1d7e9d6d81cb3cea6cc (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os programas de melhoramento de cana-de-açúcar buscam desenvolver novos métodos e estratégias de seleção nas fases iniciais. Dentro deste contexto com o objetivo de ampliar a eficiência dos processos de identificação de genótipos e famílias superiores de cana-de-açúcar, foi proposto um Ponto de Mérito de Família (PMF), que considera as médias e os desvios padrões para cada família. As avaliações identificaram genótipos selecionados que apresentam ganhos médios de três pontos de Brix e identificou sete famílias com correlação positiva para TCH e Brix. Possibilitaram também a seleção de 69 genótipos com PMF mínimo acima de 169,20 toneladas de colmos.hectare-1 e 18,01 de Brix, avaliados em ciclo de cana soca aos 10 meses de idade fisiológica no mês de fevereiro. Quanto aos parâmetros genéticos, tanto as amplitudes de predição (2,98% Brix e 32,72 TCH) quanto às estimativas da herdabilidade média entre famílias para TCH e Brix (0,64 e 0,86) indicaram possibilidade de explorar eficientemente a seleção entre e dentro das famílias. O atributo biométrico mais associado ao componente de produção TCH e Biomassa foi o número de colmos, apresentando valores de 0,79 e 0,85, respectivamente. Dos 69 genótipos superiores para TCH e Brix selecionados pelo PMF, 49 foram originados de policruzamentos, dos quais 73% tiveram a identificação do parental masculino reveladas pela utilização de marcadores microssatélites, o que permitirá repetir combinações que provavelmente aumentam as chances de ocorrência de genótipos superiores / The sugar cane crop breeding programs in Brazil search developing new methods and strategies of selection in the initial phases. In this context, with the objective of increase the efficient of the process of superior sugar cane genotypes and families identification, it was proposed the Family Merit Point (FMP) that considers the means and the standard deviations to each evaluated family. With the evaluations were possible identified genotypes with mean of gains in order to increase three points to Brix and were identified too, seven families with positive correlation to TSH and Brix. It was possible also the selection of 69 genotypes with minimum FMP over 169.20 tons of sugar cane per hectare and 18.01% of Brix, both evaluated in ratoon sugar cane cycle with ten physiologic months old on February. Regarding the genetic parameters, both the prediction ranges (2.98% Brix and 32.72 TSH) as the mean heritabilities estimations between families to TSH and Brix (0.64 and 0.86) have indicating the possibility to explore efficiently the selection within and between families. The biometric feature more associated to the production components TSH and biomass was the number of the stalks, showing values of 0.79 and 0.85, respectively. From 69 superiors genotypes to TSH and Brix selected by FMP, 49 were obtained from policross, which 73% had a male parenthood identified by microsatellites markers, that will allow the repetition of those crosses and may increasing the chance of occurring superiors genotypes

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:43:08Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_fa_dr_jabo.pdf: 1200881 bytes, checksum: de16e9283bd6c69ea47cb6957b6c81fb (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A seca é o principal estresse abiótico que afeta a produtividade das plantas. Para detectar os genes expressos sob condições de deficiência hídrica foi desenvolvido um estudo de expressão gênica usando plantas de cana-de-açúcar tolerantes (cv. SP83-5073) e sensíveis (cv. SP90-1638) à seca. A metodologia de macroarranjos de DNA foi empregada para monitorar a expressão gênica de 3.575 clones de folhas de cana-de-açúcar e os resultados foram confirmados por PCR quantitativo. Na cultivar tolerante 165 genes foram identificados em resposta ao déficit hídrico severo, em contraste à cultivar sensível, na qual um maior número de genes (n = 432) foi diferencialmente expresso ao longo do tratamento de deficiência hídrica. A cultivar tolerante ativou um menor número de genes em função do déficit hídrico aplicado. No entanto, 94% destes genes foram induzidos, enquanto na cultivar sensível 45% dos genes diferencialmente expressos foram reprimidos sob condições de deficiência hídrica. Comparando os perfis de expressão identificados em cada planta verifica-se que aproximadamente 55% dos genes expressos na cultivar tolerante também foram comuns à cultivar sensível, a maioria exibindo um perfil de expressão muito similar entre os genes induzidos. A classificação funcional dos genes foi realizada com base no papel exercido pela proteína no metabolismo celular, e mostrou que importantes vias metabólicas relacionadas ao déficit hídrico foram reprimidas na resposta das plantas sensíveis à seca. Além disso, 50% dos transcritos identificados em cada cultivar representam novos genes, os quais não estão descritos nos bancos de dados ou cuja função ainda não foi caracterizada / Drought is a major abiotic stress that affects the plant productivity. To detect expressed genes under drought conditions, a gene expression study using tolerant (SP83-5073) and sensitive (SP90-1638) sugarcane plants was performed. Macroarray methodology was used to monitor the gene expression profile of the 3,575 cDNA clones from sugarcane leaves and the results were confirmed by real time PCR analysis. For the tolerant cultivar 165 genes were identified in response to severe water stress, contrasting with sensitive cultivar, in which a higher number of genes (n = 432) were responsive to the stress-treatment. Tolerant cultivar expressed a few genes in stress conditions. However 94% of them were induced, while for sensitive cultivar 45% of the differentially expressed genes were down-regulated under water stress conditions. Comparing the gene expression profiles identified in each cultivar, it is possible to verify that 55% of the expressed genes in tolerant cultivar were also observed in sensitive cultivar, the majority showing a very similar gene expression pattern. Functional gene classification was performed according to roles in cellular metabolism, and showed that important drought-pathways were repressed in sensitive plants response. Besides, 50% of the identified transcripts in each cultivar represent novel genes, which were not described in databases or whose functions were not characterized yet

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-06-12Bitstream added on 2014-06-13T20:43:08Z : No. of bitstreams: 1 rossi_jr_dr_jabo_parcial.pdf: 88852 bytes, checksum: f0badc33849f0f480aac58f70772e600 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-01-16T10:37:50Z: rossi_jr_dr_jabo_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-01-16T10:38:35Z : No. of bitstreams: 1 000671176.pdf: 1093299 bytes, checksum: d1fd5a36d749654ea04ac75ca09f863d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A caracterização molecular de 46 isolados de Bacillus thuringiensis foi realizada por meio da técnica de PCR com os oligonucleotídeos iniciadores gerais Gral-cry8(d)/Gral-cry8(r), resultando na identificação do isolado BT_I622 como portador do gene cry8 (coleóptero-específico). O fragmento obtido de aproximadamente 376 pares de base (pb), localizado na porção inicial do gene, foi clonado em vetor pGEM®-T Easy, sequenciado e analisado por bioinformática. A determinação da sequência completa do gene cry8 presente no isolado BT_I622, foi realizada pela estratégia de “primer walking” com a utilização de oligonucleotídeos específicos. Os iniciadores foram elaborados através do programa Primer3, com base nas sequências de genes cry8 depositadas no banco de dados público GenBank (NCBI) e, por meio da análise das sequências geradas com o par de oligonucleotídeos gerais utilizados inicialmente na caracterização dos isolados. As amplificações com diferentes combinações de iniciadores resultaram na obtenção de fragmentos em torno de 1420, 3302, 628, 1580, 508 e 510 pb, os quais foram clonados, sequenciados e analisados pelos programas Phred/Phrap/Consed visando a montagem do gene. A sequência contendo 3531 pb foi comparada ao GenBank pela ferramenta BLASTn, apresentando 98% de similaridade com o gene cry8Ka2. Paralelamente, a sequência de aminoácidos deduzida (1176 aa) revelou 75% de identidade com a proteína Cry8Ba1 na análise com o algoritmo BLASTp, demonstrando que o isolado BT_I622 é portador de um novo gene cry8. Os bioensaios indicaram que as larvas de Sphenophorus levis são sensíveis a nova proteína Cry8 de B. thuringiensis / The molecular characterization of 46 Bacillus thuringiensis isolates was carried out using the PCR technique with primers designed to detect cry8 genes (Gral-cry8(d)/Gral-cry8(r)), resulting in the identification of the isolate BT_1622 as a cry8 gene carrier (coleopteran specific). The ca. 376 base pairs (bp) fragment obtained was located in the initial part of the gene, which was cloned into the plasmid pGEM®-T Easy, sequenced and analyzed by bioinformatics. The complete sequence determination of this gene found within isolate BT_1622 was done using the “primer walking” strategy. The primers were designed using the software Primer3, comparing to previously sequenced cry8 genes found in the public database GenBank (NCBI) and analyzing the sequences generated with the pair of general primers used initially in the characterization of isolates. The amplifications with different primer combinations resulted other fragments of this gene with 1,420; 3,302; 628; 1,580; 508 and 510 bp, which were cloned, sequenced and analyzed using the software Phred/Phrap/Consed to obtain the full gene. The 3,531 bp sequence was compared to the GenBank using the BLASTn tool, and showed 98% of similarity with the gene cry8Ka2. Also, the deduced amino acid sequence (1,176 amino acids) showed 75% identity to the Cry8Ba1 using the algorithm BLASTp, demonstrating that the isolate BT_1622 carriers a new cry8 gene. The bioassay results indicated that the Sphenophorus levis larvae are sensitive to the new Cry8 protein of B. thuringiensis

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-26Bitstream added on 2014-06-13T19:21:45Z : No. of bitstreams: 1 candido_ls_dr_jabo.pdf: 353516 bytes, checksum: 558afbc2e53f99cba40d8df1130c2f00 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Nos programas de melhoramento de cana-de-açúcar grande número de clones são avaliados todos os anos, em experimentos realizados em diferentes safras, épocas e regiões. E como é cada vez mais difícil selecionar os melhores genótipos fenotipicamente, o uso de métodos precisos de análise estatística é necessário, a fim de garantir maior confiabilidade ao processo seletivo. A avaliação genética com base em modelos mistos do tipo REML/BLUP (máxima verossimilhança restrita/ melhor predição linear não-viesada) tem merecido atenção especial dos pesquisadores. Outra questão importante durante o processo de seleção é a avaliação de possíveis efeitos da alocompetição sofrida pelos genótipos nos experimentos, pois, um genótipo em alocompetição pode ter comportamento diferente quando plantado comercialmente, apenas em autocompetição. Por essa razão, estratégias de análise que modelam a dependência espacial na forma de covariância, têm sido utilizadas no melhoramento com o objetivo de neutralizar os efeitos da competição entre parcelas vizinhas, além de aumentar a precisão experimental. Para o estudo desses fatores, foram utilizados dados de 1º e 3º corte, do atributo tonelada de cana/ha (TCH), da rede de ensaios estaduais do programa de melhoramento do Centro de Cana–IAC, instalados no ano de 2002. O delineamento experimental foi o de blocos casualizados com 3 repetições, sendo que a casualização em cada bloco foi feita uma única vez, de forma que em todos os experimentos, os genótipos tivessem sempre os mesmos vizinhos. As parcelas experimentais foram constituídas de cinco linhas de 8m espaçadas a 1,50m. De maneira geral, a análise por modelo misto e a análise tradicional apresentaram poucas diferenças em relação aos parâmetros avaliados e ao ordenamento dos genótipos, assim... / In the programs for sugarcane improvement large number of clones are evaluated each year, in experiments realized in different crops, seasons and regions. And it is increasingly difficult to select the best genotypes phenotypically, the use of precise methods of statistical analysis is needed to ensure greater reliability in the selection process. The genetic evaluation based on mixed models of the type REML / BLUP (restricted maximum likelihood / best linear unbiased prediction) has deserved special attention from researchers. Another important issue during the selection process is the evaluation of possible effects of allocompetition suffered by the genotypes in the experiments, because a genotype in allocompetition may have different behavior when planted commercially, only in autocompetition. Therefore, strategies of analysis to model the spatial dependence in the form of covariance, have been used in improvement with the objective of neutralizing the effects of competition between neighboring plots, besides increasing the experimental precision. For the study of these factors, we used data from 1st and 3rd cuts, of the attribute tons of cane per hectare (TCH), than the network experiments state test of the improvement program of the Centro de Cana-IAC, Brazil, installed in 2002. The experimental design was a randomized block with 3 replications, with each block randomization was performed only once, so that in all experiments, the genotypes have the same neighbors. The experimental plots consisted of five lines of 8 m spaced to 1.50 m. In general, the mixed model analysis and traditional analysis showed little difference with respect to the parameters evaluated and the ranking of genotypes, as well as the use of different methodologies for the neighborhood analysis contributed little to increase the experimental precision. The effects of... (Complete abstract, click electonic access below)