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Identificação de regiões genômicas e genes candidatos associados com qualidade de carne e conteúdo de minerais no músculo em bovinos da raça NeloreTizioto, Polyana Cristine 27 March 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-03-27 / Universidade Federal de Minas Gerais / This thesis is divided into three chapters in order to facilitate the understanding of the experiments that will be presented. The first chapter refers to a concise literature review, which covers the main theoretical themes and justifications regarding the developed experiments presented in the following chapters. The second chapter presents two genome-wide association studies in Nellore cattle, being the first for meat quality traits and the second for the mineral content of the Longissimus dorsi muscle. Considering the importance of beef tenderness for producer, the third chapter deals with the strategy used to identify candidate genes that explain the variation in this trait in Nellore breed. The experimental results suggested that meat quality traits and mineral content of skeletal muscle is at least partially genetically determined. Most quantitative trait loci (QTLs) identified is of small effects, revealing the polygenic background of those traits and the importance of applications that consider variation at the genomic level. However, some major effect QTLs were found for muscle pH , iron, selenium , zinc and calcium content in muscle, which accounted for 4.01 , 6.53 , 3.53 , 2.59 and 2.55% of the additive genetic variance , respectively. Through these studies, we produced an extensive list of candidates genes and metabolic pathways related to economic interest traits in beef cattle, which should contribute to the understanding of the their underlying genetic mechanisms. A genome-wide association approach still not economically feasible for beef producers, therefore candidate genes strategy is interesting because of its major accessibility. KCNJ11, MyoD1 and ASAP1 candidate genes were identified as explaining part of the variation in meat tenderness of Nellore breed. The validation of genomic regions and candidate genes identified in this study and future mapping of causal mutations should contribute to the implementation of marker-assisted selection and for the genomic selection of traits of economic interest in Nellore cattle. / A presente tese encontra-se dividida em três capítulos com o intuito de facilitar o entendimento dos experimentos apresentados. O primeiro capítulo refere-se a uma concisa revisão bibliográfica, a qual aborda os principais embasamentos teóricos e as justificativas dos experimentos desenvolvidos que serão apresentados nos demais capítulos. O segundo capítulo apresenta dois estudos de associação genômica ampla na raça Nelore, sendo o primeiro para características de qualidade de carne e o segundo para o conteúdo de minerais no músculo Longissimus dorsi. Considerando a importância da maciez da carne para a pecuária de corte nacional, o terceiro capítulo aborda a estratégia de genes candidatos utilizada para identificar genes que explicam a variação dessa característica em bovinos da raça Nelore. Os resultados dos experimentos realizados indicaram que as características de qualidade de carne e conteúdo de minerais no músculo esquelético são pelo menos parcialmente determinadas geneticamente. A maioria dos loci para características quantitativas (QTLs) identificados são de efeitos pequenos, revelando a natureza poligênica das características avaliadas e a importância da aplicação de avaliações que considerem a variação de polimorfismos em nível genômico. No entanto, alguns QTLs de efeitos maiores foram identificados, como por exemplo, para pH muscular, conteúdo de ferro, selênio, cálcio e zinco no músculo, os quais explicaram 4,01, 6,53, 3,53, 2,59 e 2,55 % da variância genética aditiva, respectivamente. Por meio destes estudos, produzimos uma ampla lista de genes candidatos relacionados com características de interesse econômico para pecuária de corte, os quais devem contribuir para o entendimento dos mecanismos genéticos subjacentes às essas características. A estratégia de associação genômica ampla ainda não é economicamente viável para os produtores de gado de corte, sendo assim a estratégia de genes candidatos ainda é interessante devido sua maior acessibilidade e menor custo. Os genes candidatos KCNJ11, MyoD1 e ASAP1 foram identificados como explicando parte da variação da maciez de carne de animais raça Nelore. A validação das regiões genômicas e genes candidatos identificados neste estudo e o futuro mapeamento de mutações causais devem contribuir para implementação da seleção assistida por marcadores e ainda para a seleção genômica de características de interesse econômico na raça Nelore.
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Estimulação eletrica, tipo de desossa e taxas de resfriamento da carne bovina (MM. Longissimus Lumborum e Semitendinosus) : efeitos em caracteristicas fisicas, fisico-quimicas, sensoriais e bacteriologicas / Electrical stimulation, type of boning and chilling rates of bovine meat ( (MM. Longissimus Lumborum and Semitendinosus)Cardoso, Susana 26 September 2005 (has links)
Orientador: Nelson Jose Beraquet / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-05T02:04:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2005 / Resumo: Tecnologias de aceleração da conversão de músculo em carne são utilizadas com eficácia em importantes países produtores e exportadores mundiais de carnes (Austrália, Nova Zelândia), enquanto que isso não ocorre no Brasil. Com o objetivo de avaliar o uso de técnicas aceleradoras da conversão de músculo bovino em carne, particularmente estimulação elétrica, desossa a quente e condicionamento a altas temperatura e medir seu efeito sobre características físicas, físicoquímicas, sensoriais e bacteriológicas da carne, foi realizado este estudo. Um lote de 40 novilhos da raça Nelore (Bos indicus), criados sob regime de pastejo (30-36 meses de idade com peso vivo médio de 450 kg) foi abatido na Planta Piloto do Centro de Tecnologia de Carnes do ITAL em Campinas/SP. Os animais foram submetidos a 5 tratamentos: EQ25, EQ15 e EQ0 (estimulação elétrica, desossa a quente e condicionamento a 25°C; 15°C e 0°C, respectivamente), EF (estimulação elétrica, desossa a frio 24 horas pós sangria) e NEF (não estimulado eletricamente, desossa a frio 24 horas pós sangria). Estimulação elétrica de baixa voltagem foi aplicada imediatamente após a sangria por meio do estimulador elétrico Jarvis BV80 [20 V (rms); 60 Hz; 0.25 A; por 90s, alternando 5s estimulação e 1s sem estimulação]. A desossa a quente foi realizada aproximadamente 45 min pós sangria. Os músculos estudados foram o Longissimus lumborum (LL) e o Semitendinosus (ST). As amostras dos tratamentos EQ25 e EQ15, após condicionamento por 10 horas, foram resfriadas gradativamente em câmaras de 7°C e em seguida a 3°C até que a temperatura dos cortes atingisse 10°C e 5° C, respectivamente. Todas as amostras formam maturadas a 0±2°C por 14 dias. Nos músculos LL e ST foram realizadas determinações de pH, do valor R, da capacidade de retenção de água, da perda de peso por exsudação, da perda de peso por cocção, da cor (L*, a*, b*) e da força de cisalhamento de Warner-Bratzler. Na análise sensorial usou-se a técnica de Análise Descritiva Quantitativa (ADQ), avaliando-se os atributos maciez, suculência e sabor de carne maturada. Foram realizadas análises bacteriológicas de enumeração de coliformes totais e fecais, contagem total de bactérias aeróbias psicrotróficas e clostrídios sulfito redutores Os resultados experimentais foram submetidos à ANOVA e foram feitas análises de comparação das médias utilizando-se o teste de Duncan (p=0,05). A taxa de declínio de pH dos músculos das carcaças eletricamente estimuladas não foi afetada pela temperatura de condicionamento. A glicólise do músculo ST foi mais rápida que a do LL, tendo o músculo ST atingido pHs abaixo de 6,0 já na 2a hora post mortem enquanto isso ocorreu no LL na 6a hora post mortem. Músculos LL do tratamento NEF apresentaram a menor taxa glicolítica (pH24=5,91), os maiores valores de força de cisalhamento (6,86 kgf/2o dia post mortem) e os menores escores de maciez (4,6/2o dia post mortem) quando comparado com os demais tratamentos nos mesmos tempos. A utilização de temperatura de condicionamento de 25°C (EQ25) resultou em músculos LL com menores forças de cisalhamento (5,64kgf/2o dia post mortem). Após 7 dias de maturação o LL de todos os tratamentos onde empregou-se estimulação elétrica apresentaram força de cisalhamento de mesma magnitude (4,85-5,78kgf) e aos 14 dias de maturação os LL do tratamento NEF (6,01kgf) e os do EQ0 (5,11kgf) apresentaram os maiores valores. Houve aumento na maciez e redução da força de cisalhamento do LL no decorrer da maturação; para o músculo ST esse efeito foi muito menor, uma vez que todos os tratamentos resultaram em carnes com altas forças de cisalhamento. No decorrer do tempo de maturação, para ambos os músculos, ocorreu um aumento nas perdas de peso por exsudação e na capacidade de retenção de água, mas as perdas de peso por cocção ficaram inalteradas. Para o ST foram observadas maiores perdas de peso por cocção (38,91-41,28%) quando comparado com as do LL (25,03-29,40%), atribuídas em parte a sua rápida glicólise e em parte ao método de cocção sob temperatura mais alta. Imediatamente após a desossa, os músculos LL desossados a quente foram em geral mais escuros (L*=23,13-25,16) do que os desossados a frio (L*=28,68-31,22). Os músculos ST do tratamento EF apresentaram altos valores de luminosidade (L*=42,75-44,93) e de intensidade de amarelo (b*=9,03-12,60), diferentes dos demais tratamentos. Baixas contagens bacteriológicas foram encontradas para os coliformes totais e para os microrganismos aeróbios psicrotróficos, bem como não foi detectada a presença de coliformes fecais e clostrídios sulfito redutores nos músculos estudados até 14 dias post mortem, indicando que o abate e o processamento dos cortes transcorreram em condições satisfatórias de higiene. A desossa a quente, com ou sem condicionamento sob altas temperaturas, resulta em carnes com características qualitativas iguais ou superiores àquelas desossadas convencionalmente, com evidências de que o uso da estimulação elétrica é imprescindível neste processo / Abstract: Technologies for the acceleration of the conversion of muscle into meat are used by some of the most important countries in the production and export of meat (Australia, New Zealand) whereas this still not happens in Brazil. This study was conducted with the aim of evaluating some of the techniques of accelerated meat production such as electrical stimulation, hot boning and high temperature conditioning and measure its effects on physical, sensory and bacteriological characteristics of meat. Forty Nelore (Bos indicus) pasture-fed steers (30-36 months of age and average slaughter weights of approximately 450 kg) were slaughtered in the plant pilot of the Meat Technology Centre of Institute of Food Technology in Campinas/SP. Animals were stunned and bled. The bleeding was considered time zero for all analysis. Low voltage electrical stimulation (LVES) with a JARVIS BV 80 stimulator [20 V (rms); 60 Hz; 0.25 amps; for 90s alternating 5s on, 5s off] was applied immediately after exsanguination. The animals were randomly assigned to five treatments and two replications for each slaughtering session. The M. Longissimus lumborum (LL) and M. Semitendinosus (ST) were the muscles studied. The hot boned (HB) muscles were excised from the electrically stimulated carcasses after approximately 45 min post mortem (p.m) and conditioned for ten hours at 25°C (ESHB25), 15°C (ESHB15) and 0°C (ESHBO). Conventionally chilled (CC) carcasses were boned 24 h p.m., stimulated (ESCC) or not stimulated (NESCC). For the ESHB25 and ESHB15 treatments, after 10 hours of conditioning the pieces were moved to another storage room at 7°C until the temperature in the centre of the muscle reached 10° C. After this the pieces were moved again to another storage room at 3°C and left there until the temperature in the centre of the piece reached 5° C. In the final stage all pieces for all treatments were left in a storage room at 0 ±2°C for ageing up to seven and 14 days p.m.. pH and R-Value (A250/A260) determinations were carried out in the muscle. Shear forces were determined with a TA.XT2i Texture Analyzer coupled with a Warner-Bratzler probe. The following measurements were done at 2, 7 and 14 days p.m.: water holding capacity, drip loss, cooking loss and color (L*, a*, b* CIELAB System). Sensory analysis (DQA) was applied in a lab environment considering the attributes tenderness, flavor and juiciness. Bacteriological analysis included enumeration of total and faecal coliforms, total counts of phsychrotrophic aerobes and sulphite reducing clostridia. Analysis of variance (ANOVA) was used to test for treatment and block effects significance and Duncan Test was used to detect means differences (p<0.05). Only the muscles LL and ST of the ESHB0 treatment were submitted to temperature-time conditions that cold shortening could occur, as confirmed by the increase in its shear force at the 2nd day p.m.. After ageing, this difference was not noticed. The pH drop of the muscles electrically stimulated was not affected by de conditioning temperature. ST muscle presented a faster glycolysis than the LL, reaching pHs below 6,0 at the 2nd hours post mortem (p.m.) whereas this happened to the LL muscles after 6h post mortem. LL muscles of the NESCC treatment present the lowest glycolitic rates (ph24=5.91), highest Warner-Bratzler shear forces (6.86kgf/2nd day p.m.). After 7 days of ageing the LL of all treatments had shear forces of the same magnitude (4.85-5.78kgf). After 14 days of ageing only LL of treatment NESCC (6.01kgf) and ESHB0 (5.11kgf) had highest shear force values. For LL muscles ageing increased tenderness and decreased shear force values whereas to ST muscles there was no significant effect as meat for all treatments were considered tough. Ageing increased exsudation losses and reduced water holding capacity but did not affect cooking losses. ST muscles had higher cooking losses (38.91-41.28%) when compared to LL muscles (25,03-29,40%), which could be caused in part to is rapid glycolisis and also to the higher cooking temperature used. Immediately after deboning the hot boned LL muscles were darker (L*=23.13-25.16) than those cold boned (L*=28.68-31.22). NESCC ST muscles had highest L* values ranging from 42.75-44.93 and b* values (b*=9.03-12.60). Lower bacteriological counts were found to total coliforms and psychrotropic aerobes, and there was no presence of faecal coliforms and sulphite reducing clostridia up to 14 days p.m.. This was a clear indication of a good hygiene during slaughter and cutting of meat. Hot boning with or without the use of conditioning at high temperatures can produce meat with the same or superior quality characteristics of that cold boned, with strong evidence that the use of electrical stimulation is essential / Doutorado / Doutor em Tecnologia de Alimentos
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Características de carcaça e atributos de qualidade da carne em novilhas puras e cruzadas da raça Bonsmara / Beef carcass traits and quality attributes of purebred and crossbreds Bonsmara heifersGomig, Thaísa, 1987- 24 August 2018 (has links)
Orientador: Pedro Eduardo de Felício / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-24T02:09:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2013 / Resumo: A raça Bonsmara foi desenvolvida na África do Sul por meio de cruzamentos das raças Afrikaner, Shortorn e Hereford e seleção genética gerando animais adaptados ao clima tropical e com potencial de produção de carne desejável. Os objetivos deste estudo foram avaliar características de carcaça e atributos da qualidade da carne de novilhas Bonsmara puras terminadas em confinamento (cana de açúcar e concentrado) (grupo 1) ou terminadas em pastejo (B. brizantha) com suplementação de alta energia (grupo 2); e de novilhas cruzadas em diferentes proporções com Bos indicus (grupo 3: 87,5% Bonsmara; grupo 4: 75% Bonsmara; e grupo 5: 50% Bonsmara) terminadas com a mesma dieta das novilhas do grupo 2. As comparações das 61 novilhas foram feitas a partir do período de 120 dias de terminação. Foram avaliados: peso vivo (PV); conformação e acabamento de carcaça; maturidade fisiológica e cronologia dentária; peso de carcaça quente (PCQ), rendimento de carcaça, área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura, queda de pH do M. longissimus dorsi durante o resfriamento, maciez objetiva (WBSF), maciez sensorial, comprimento de sarcômero, grau de mármore visual, teor de umidade e lipídios totais e alterações de cor ao longo de 96 horas de exposição ao oxigênio. Houve efeito da alimentação sobre o PV (p < 0,05). Animais e carcaças do grupo 1 foram mais pesados (PV = 557 kg ao final do experimento; PCQ = 291 kg) do que novilhas do grupo 2 (PV = 463 kg; PCQ = 246 kg). O teor de lipídios totais e grau de mármore foram maiores (p < 0,05) na carne de novilhas do grupo 1 (7,4% e 431 respectivamente) do que no grupo 2 (4,4% e 305 respectivamente). O grupo 2 produziu carne com maior teor de lipídios (p < 0,05) do que os grupos de novilhas cruzadas (grupo 3 = 3,8%; grupo 4 = 3,7%; e grupo 5 = 3,12%). Novilhas do grupo 2 também tiveram maior média de AOL (73,94 cm2) (p < 0,05) do que os demais grupos. Comparando os grupos segundo os novos padrões de WBSF do USDA (< 3,9 kg; < 4,4 kg; e > 4,4 kg), foram verificadas diferentes distribuições de frequências entre as classes de maciez. A carne de novilhas do grupo 1 (70% das amostras) ou do grupo 2 (75% das amostras) foram classificadas como "muito macias" (WBSF < 3,9 kg). À medida que aumentou a proporção de genes Bos indicus nos grupos de novilhas observaram-se maiores frequências de amostras de carne dos grupos 3, 4 e 5 classificadas como < 4,4 kg ("macias") ou como > 4,4 kg. Nas curvas de alterações de cor verificaram-se maiores inclinações tanto no aumento de valores de L*, como na diminuição de valores de a* e b* do grupo 1 ao longo do tempo de exposição ao oxigênio, sugerindo que a alimentação influenciou na velocidade de oxigenação da carne. A raça Bonsmara representa uma alternativa genética para regiões tropicais que, aliada a estratégias de nutrição, poderá produzir carne bovina macia e com um desejável grau de mármore / Abstract: The Bonsmara breed evolved in South Africa by crossbreeding of Afrikaner, Shortorn e Hereford, and genetic selection generating animals adapted to the tropical climate with potential for production of desirable meat. The aims of this study was to evaluate carcass characteristics and meat quality attributes of Bonsmara purebred heifers in feedlot (sugar cane and concentrate) (group 1) or finished on pasture (B. brizantha) with high energy supplementation (group 2), and in crossbred heifers with different proportions of Bos indicus (group 3: 87,5% Bonsmara; group 4: 75% Bonsmara; and group 5: 50% Bonsmara ) finished as the purebreds of group 2. Comparisons of the 61 heifers were made at the end of the 120-day period of feeding . There were evaluated: body weight (BW); carcass conformation and fatness; bone maturity and dental chronology, hot carcass weight (HCW), dressing percentage, ribeye area (REA), fat thickness, pH fall during cooling, objective tenderness (WBSF), sensory tenderness, sarcomere length, visual marbling, moisture content, total lipids and color changes over 96 hours of exposure to oxygen. There was significant effect on BW (p < 0,05). Animals and carcasses from group 1 were heavier (BW = 557 kg at the end of the experiment; HCW = 291 kg) than heifers in group 2 (BW = 463 kg; HCW = 246 kg). The total lipid content and marbling were higher (p < 0,05) in group 1 (7,4% and 431 respectively) than in group 2 ( 4,4% and 305 respectively). Group 2 produced meat with higher lipid content than the groups of crossbred heifers (group 3 = 3,8%, group 4 = 3,7%, and group 5 = 3,1%). Heifers in group 2 also had higher REA (73,94 cm2) (p < 0,05) than crossbred heifers. There were observed different frequency distributions among the classes of tenderness according to the new WBSF ranges in the new USDA standards (< 3,9 kg, < 4,4 kg and > 4,4 kg). The heifers in Group 1 (70% of the samples) and group 2 (75% of the samples) were classified as very tender (WBSF < 3,9 kg). As the proportion of Bos indicus genes in the composition of the heifers increases there were observed higher frequencies of meat samples from groups 3, 4 and 5 classified as < 4,4 kg (tender) or > 4,4 kg . In the curves of color changes observed much steeper slopes in increasing values of L*, as in lower values of a* and b* in group 1 over the time of exposure to oxygen, suggesting that the feeding effect had on the rate of oxygenation of the meat. The Bonsmara represents a genetic alternative to tropical regions, coupled with nutrition strategies to produce tender beef and desirable beef marbling scores / Mestrado / Tecnologia de Alimentos / Mestra em Tecnologia de Alimentos
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Avaliação dos efeitos de polimorfismos e da origem parental do alelo na expressão de genes candidatos à característica maciez da carne em bovinos da raça NeloreSouza, Marcela Maria de 29 February 2012 (has links)
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Previous issue date: 2012-02-29 / Financiadora de Estudos e Projetos / Tenderness is the main trait appreciated by consumers of bovine meat, however Nellore animals that comprise the largest part of Brazilian cattle, have lower tenderness when compared with European animals. In this way, it is essential understand the variability of genes associated to tenderness as well as their mechanisms of allelic expression, considering that deviations of expression depending on the parental origin of the allele have been described for some genes, and these phenomena must be understood to be incorporated in animal breeding programs. Therefore, the aim of this study was to evaluate the variability of SNPs in candidate genes for tenderness and investigate the expression pattern of their alleles. For this purpose, genotypes of SNPs in CAST, CAPN1, DGAT1, leptin, KCNJ11 and IGFBP3 genes were determined in 30 sires, in which the genes DGAT1, leptin and IGFBP3 were not polymorphic. After this, polymorphic SNPs in population of sires were genotyped in their offspring by TaqMan® assay in real time PCR, followed by allelic expression analysis. In the expression analysis, to discriminate each allele of the gene it was utilized one SNP, or two in the case of KCNJ11. All genes presented biallelic expression in adult muscular tissue. However, with exception of CAPN1 for which the allelic expression difference was not significant, the allelic expression ratio was significantly different of 1 for SNP of CAST (1.3±0.03) and the two SNPs of KCNJ11 SNP 2126T>C (1.2±0.04) and SNP 2942C>T (1.46±0.04). Differential allelic expression (DAE) found in SNP 2126T>C of KCNJ11 and in CAST were not influenced by parental origin of allele, but the differences in allelic expression for SNP 2942C>T of gene KCNJ11 showed parental origin effect and influence by genotype of the other SNP of KCNJ11. It was conclude that the CAST, CAPN1 and KCNJ11 are polymorphic in this population, they are not imprinted, but CAST and KCNJ11 showed differential allelic expression. / A maciez é o principal atributo apreciado pelos consumidores da carne bovina, no entanto, animais da raça Nelore, que compõem a maior parte do rebanho brasileiro, apresentam carne menos macia, quando comparados a animais de origem europeia. Assim, é fundamental compreender a variabilidade de genes associados à maciez além de seus mecanismos de expressão alélica, já que desvios da expressão em função da origem parental do alelo têm sido descritos para alguns genes e tais fenômenos precisam ser compreendidos para serem incorporados nos programas de melhoramento animal. Portanto, o objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade de SNPs contidos em genes candidatos a influenciar a maciez da carne e compreender o padrão de expressão de seus alelos. Para isso, os genótipos para SNPs contidos nos genes CAST, CAPN1, DGAT1, leptina, KCNJ11 e IGFBP3 foram determinados em uma população de 30 touros, nos quais os genes DGAT1, leptina e IGFBP3 não se mostraram polimórficos. Os SNPs polimórficos na população de touros foram então genotipados na progênie, por ensaio TaqMan® em PCR em tempo real, seguida da avaliação da expressão alélica dos mesmos. Na análise de expressão utilizou-se um SNP para discriminar cada alelo do gene, ou dois SNPs, no caso do KCNJ11. O padrão de expressão de todos os genes foi bialélico no tecido muscular adulto. Entretanto, com exceção do CAPN1, para o qual a diferença de expressão alélica não foi significativa, as razões de expressão alélica foram significativamente diferentes de 1 para os genes CAST (1,3±0,03) e os dois SNPs analisados do KCNJ11 SNP 2126T>C (1,2±0,04) e SNP 2942C>T (1,46±0,04). A expressão alélica diferencial (EAD) encontrada no SNP 2126T>C do KCNJ11 e no CAST não foram influenciadas pela origem parental do alelo, mas a diferença de expressão alélica no SNP 2942C>T do gene KCNJ11 apresentou efeito de origem parental, além da influencia do genótipo do outro SNP do KCNJ11. Concluiu-se então que os genes CAST, CAPN1 e KCNJ11 são polimórficos na população, não são imprinted, mas os genes CAST e KCNJ11 apresentam expressão alélica diferencial.
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Controle epigenético da expressão do gene CAST, relacionado à maciez de carne em bovinos de corteRocha, Marina Ibelli Pereira 02 August 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013-08-02 / The Meat tenderness, a trate of economic importance in animal production, is influenced by the intensity of the degradation of myofibrillar proteins in post-mortem. The μ-calpain is the main enzyme responsible for meat tenderness of skeletal muscle, and, conversely, the calpastatin, which is encoded by the CAST gene, acts as endogenous inhibitor of calpain and thus decreases the extent of proteolysis in skeletal muscle. Polymorphisms in CAST were associated with enzyme activity and shear force, indicating the great importance of the study of CAST gene regulation. It is known that the transcription of most genes is stably suppressed in most tissues and only remains active in their tissue of expression and in certain developmental stages, and that can be controlled by epigenetic events such as methylation of DNA cytosine that is identified by sequencing of bisulfite-treated DNA. The aim of this study was to evaluate if there was preferential expression, of tissue, genotype and stage of development for the CAST gene in liver, muscle and skin of fetuses and muscle and liver of homozygous and heterozygous adult cattle for the A> G exon 30/3'UTR polymorphism, evaluated by real-time PCR with SYBR ® fluorophore, and to verify if the differential expression is regulated by the methylation status of promoter region. Differential gene expression analyses were normalized to the reference gene RPS-9. When we analyzed the tissue-specific expression in fetuses, the CAST gene was 2 times more expressed in liver than in skin (p <0.05) and almost two times more expressed in liver than in muscle (p <0.05). It was also found that this gene was 1.83 x up regulated in adult muscle when compared to fetal muscle (p <0.05), showing differential expression in the developmental stage. Differences in expression between genotypes were also found, when comparing the homozygous genotype to the heterozygous genotype (used as calibrator). Fetal samples of muscle and skin of individuals with GG genotype presented higher expression (p <0.05) of CAST gene (2x and 1,74 x, respectively, compared to heterozygous) and muscle of animals with AA genotypes also presented higher expression (1.4x compared to AG). In adult animals, the gene was up regulated in liver and muscle of individuals with GG genotype (2x and 1.63x more than AG, respectively) and was less expressed in the liver of homozygote AA (0,32x less than AG) (p <0.05). The presence of a CpG island in the promoter region of the gene CAST was identified and the methylation status was studied after bisulfite treatment, cloning of the fragment and sequencing of clones. The CpG island was hypomethylated in different tissues: 0.63% of methylated CpG dinucleotides in fetal muscle, 0.43% in fetal liver and 0.61% in adult muscle. According to the different genotypes the island was methylated in 0.61%, 0 49%, 0.60% in animal with AA genotype, 0.81%, 0.35%, 0.34% in AG, 0.4%, 0.45% ,0.9% in GG in fetal muscle, fetal liver and adult muscle respectively. In our results we show that the CpG island is hypomethylated and can allow transcription of the gene but the methylation does not explain the differences in expression within tissues, developmental stage and genotypes of the CAST gene. / A maciez da carne, uma característica de grande interesse econômico, é influenciada pela intensidade da degradação de proteínas miofibrilares no período pós-mortem. A μ-calpaína é a principal enzima responsável pelo amaciamento do músculo esquelético, e de maneira oposta, a calpastatina que é codificada pelo gene CAST, atua como inibidor endógeno das calpaínas e, portanto, diminui a taxa e extensão da proteólise no músculo esquelético. Polimorfismos no gene CAST já foram associados à atividade da enzima e à força de cisalhamento, indicando a grande importância no estudo da regulação desse gene. Sabe-se que a transcrição da maior parte dos genes é reprimida estavelmente na maioria dos tecidos e só permanece ativa nos seus tecidos de expressão e em determinados estádios do desenvolvimento, e que isso pode ser controlado por eventos epigenéticos como a metilação de citosinas do DNA, passível de identificação por sequenciamento de DNA tratado com bissulfito. Os objetivos deste estudo foram avaliar se ocorre expressão preferencial de tecido, de genótipo e de estádio do desenvolvimento para o gene CAST em fígado, músculo e pele de fetos e músculo e fígado de animais adultos em bovinos homozigotos e heterozigotos para o polimorfismo A>G no éxon 30/3 UTR por meio de PCR em tempo real com o fluoróforo SYBR®. Além disso, foi verificado se a expressão diferencial do gene é regulada pelo status de metilação no seu promotor. Todas as expressões foram normalizadas para o gene referência RPS-9. Em fetos o gene CAST foi duas vezes mais expresso (p<0,05) em fígado do que em pele e quase duas vezes mais expresso (p<0,05) em fígado do que em músculo. Também foi encontrado aumento na expressão do gene de 1,83 x (p<0,05) em músculo adulto quando comparado a músculo fetal, evidenciando expressão diferencial de estádio de desenvolvimento. Quando analisadas as diferenças de expressão entre genótipos, comparando o genótipo homozigoto com o genótipo heterozigoto (usado como calibrador) foi encontrado, em amostras de fetos, um aumento de expressão (p<0,05) do gene CAST em músculo e pele de indivíduos GG (2x e 1,74x, respectivamente, em relação a heterozigotos) e músculo de indivíduos AA (1,4x em reação a AG). Em amostras de animais adultos, o gene foi mais expresso em fígado e músculo de indivíduos GG (2x e 1,63x mais que AG, respectivamente) e foi menos expresso (p<0,05) em fígado de indivíduos homozigotos AA (0,32x menos que AG). Foi identificada a presença de uma ilha CpG na região promotora do gene CAST e foi realizado tratamento do DNA com bissulfito, a clonagem do fragmento e o sequenciamento de clones. A ilha CpG mostrou-se hipometilada nos diferentes tecidos: 0,63% de dinucleotídeos CpG metilados em músculo fetal, 0,43% em fígado fetal e 0,61% em músculo adulto; e nos diferentes genótipos: 0,61%, 0,49% e 0,60% em AA, 0,81%, 0,35%, 0,34% em AG, 0,4%, 0,45% e 0,9% em GG em músculo fetal, fígado fetal e músculo adulto respectivamente. Assim a hipometilação da ilha CpG pode permitir a transcrição do gene, mas não explica as diferenças de expressão entre tecidos, estádio de desenvolvimento e genótipo para o genes CAST.
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