Depuis une trentaine d’années, des recherches en linguistique et en psycholinguistique ont permis de mieux comprendre l’appropriation de la langue écrite par le jeune enfant. De façon complémentaire, des travaux, à visée didactique, ont questionné les pratiques d’enseignement afin de mettre au jour celles qui sont le plus favorables à l’appropriation de l’écriture. Plusieurs études concluent que les activités d’écriture approchée, par la résolution de problèmes graphiques, suivie d’un entretien métagraphique et accompagnée d’un étayage serré de l’enseignant, facilitent la conceptualisation de la langue écrite dans les premières années de l’apprentissage. Notre recherche s’inscrit dans ces différents paradigmes. Ainsi, notre analyse met en regard l’évolution des compétences scripturales et métalinguistiques des élèves et les pratiques observées d’enseignement de l’écriture mises en œuvre par leurs enseignants. A cette fin, deux classes, de 23 élèves, âgés de 5 à 8 ans, ont été suivis du milieu de la dernière année de maternelle à la fin de la 2ème primaire et régulièrement soumis à des épreuves évaluant leurs compétences d’écriture, de lecture et leurs compétences métagraphiques. Nous nous appuyons plus particulièrement sur les résultats obtenus par 15 élèves, issus des deux groupes, qui ont participé à l’ensemble des évaluations, menées aux 7 moments de la recherche. L’analyse de deux pratiques d’enseignement de l’écriture, observées en début, milieu et fin de 1ère primaire, est croisée avec les résultats longitudinaux obtenus par les 15 élèves de notre échantillon. L’étude de cas confirme les bénéfices de la pratique régulière d’écriture approchée sur le développement des compétences évaluées chez les élèves. Moyennant certains aménagements, les grilles d'analyse élaborées pour cette étude (analyse des compétences de scripteur, des verbalisations métagraphiques et des actions d’enseignement de l’écriture) pourront être utilisées en formation d'enseignants. / The researches led in linguistics and in psycholinguistics since thirty years enabled to understand better the appropriation of written language by young children. In a complementary way, works, with didactic aims, questioned teaching practices to bring to light those who are the most favorable to the appropriation of spelling. Several studies conclude that invented spelling activities, including the resolution of orthographic problems, followed by a metagraphic interview and along with a tight feedback of the teacher, facilitate the conceptualization of written language in the first years of the learning. Our research joins in these various paradigms. To understand the essence of young writers’ written productions, our analysis looks simultaneously at the evolution of the students’ scriptural and metalinguistic skills and at the observed practices of teaching to spell implemented by their teachers. To this aim, two groups of 23 pupils, from 5 to 8 years old, were followed from the middle of the last year of kindergarten to the end of the 2nd year of primary school. The pupils were regularly submitted to tests to assess their spelling and reading skills and their metagraphic skills. We lean more particularly on the results of 15 students, from both groups, which participated in all the assessments, led at the 7 moments of the research. The analysis of two practices of teaching to spell, observed at three moments (at the beginning, middle and at the end) of the 1st year of primary school, is crossed with the longitudinal results obtained by the 15 students of our sample. The case study confirms the benefits of the regular practice of invented spellings on the development of the assessed skills. The methodological tools of analysis developed for this study (analysis grid of writer’s skills, of metagraphic verbalizations and of actions of teaching to spell) can be used in teachers' training, under some adjustments.

Nos travaux de thèse se situent dans le domaine des Systèmes d'Aide à la Décision (SAD) pour les situations dynamiques fondées sur les expériences passées. Plusieurs approches telles que les Réseaux de Neurones, Réseau de Petri et les Modèles de Markov Cachés ont été utilisées dans ce contexte mais elles souffrent de limites dans la gestion automatique et en temps réel des paramètres dynamiques. Nous proposons une architecture multi-agent multicouche fondée sur le raisonnement à partir de cas dynamique et incrémentale (RàPCDI) capable d’étudier les situations dynamiques (reconnaissance, prédiction, et apprentissage de situations). Nous proposons une approche générique qui acquiert elle-même les connaissances du système dynamique étudié. En outre, les systèmes de RàPC statiques souffrent de limites dans la gestion des paramètres dynamiques et ils sont incapables de détecter automatiquement l’évolution de ses paramètres ainsi que de s’adapter aux changements de la situation en cours d’évolution. En se basant sur le raisonnement à partir de cas et sur le paradigme multi-agent, nous proposons une modification du cycle statique de RàPC dans le but d’introduire un processus dynamique de raisonnement à partir de cas fondé sur une mesure de similarité dynamique, capable d'évaluer en temps réel la similarité entre une situation dynamique en cours de progression (cas cible) et des expériences passées stockées dans la mémoire du système (des cas sources) afin de prédire la suite de la situation cible. Nous validons l’approche proposée par la mise en œuvre d'un prototype de Tuteur Intelligent. Dans notre approche Incremental Dynamic Case Based Reasoning-Multi-Agent System (IDCBR-MAS), les expériences passées sont modélisées sous la forme des traces. Elles comprennent les productions et les actions résultantes de l’interaction de l'apprenant avec la plateforme d'apprentissage. IDCBR-MAS a été modélisé suivant la méthodologie AUML. Ses agents ont été développés en se basant sur JAVA et la plateforme SMA/JADE. / AOur thesis works are related in the field of Decision Support System (DSS) for dynamic situations based on past experiences. Several approaches have been used in this area such as neural networks, Petri Nets and Hidden Markov Model but they suffer from some limitations in automated real-time management dynamic parameters. We propose a multi-agent multi-layer architecture based on Incremental Dynamic Case-Based Reasoning (IDCBR) able to study dynamic situations (recognition, prediction, and learning situations). We propose a generic approach able to learn automatically from their experiences in order to acquire the knowledge automatically. In addition, the static CBR systems suffer from some limitations such as the problem of the static management for dynamic parameters of the situation and they are unable to detect automatically the changes in its parameters in order to adapt the situation during their evolution. Based on the Case-Based Reasoning and multi-agent paradigm, we propose a modification of the static CBR cycle in order to introduce a dynamic process of Case-Based Reasoning based on a dynamic similarity measure able to evaluate in real time the similarity between a dynamic situation in current progress (target case) and past experiences stored in the memory (sources case) in order to predict the target case in the future. We validate the approach proposed by the implementation of an intelligent tutoring system prototype. In our approach Incremental Dynamic Case-Based Reasoning-Multi-Agent System (IDCBR-MAS), the past experiences are structured and modeled as traces. They include the interaction of the learner with the platform, which include history, chronology of interactions and productions left by the learner during his/her learning process. IDCBR-MAS designed and modeled with AUML language. Its agents have been implemented with JAVA and SMA / JADE platform.

La présente étude avait comme objectif d'examiner la manière dont des enseignants francophones ayant participé à l'initiative du ministère de l'Éducation de l'Ontario Pratique réflexive sur la littératie chez les garçons de la maternelle à la 12e année avaient intégré la pratique réflexive dans leur salle de classe pour mettre en œuvre des pratiques susceptibles d'aider les garçons en matière de littératie. S'appuyant sur l'étude de cas, la thèse a recueilli des données au moyen d'entrevues semi-structurées menées auprès de 14 participants recrutés dans quatre écoles de différents conseils scolaires francophones de l'Ontario. Les résultats ont révélé que la collaboration entre les enseignants avait joué un rôle de premier plan dans le cadre de leur démarche de pratique réflexive et que ce travail de collaboration avait mis en évidence certaines pratiques privilégiées par les enseignants pour contribuer à l'apprentissage de la littératie chez les garçons. On constate que les enseignants ont mis l'accent sur la diversification des ressources pédagogiques, l'utilisation de la technologie, le développement de la communication orale et la différenciation pédagogique. Les enseignants étaient unanimes pour dire que les pratiques pédagogiques mises en place à travers la pratique réflexive avaient amélioré l'attitude des garçons envers la littératie, surtout envers les activités de lecture, mais que ces pratiques n'avaient pas contribué à améliorer le rendement des garçons de manière systématique. En conclusion, cette recherche apporte une contribution importante du fait qu'il s'agit de la première étude effectuée sur la pratique réflexive en lien avec la littératie chez les garçons en contexte francophone minoritaire. L'étude permettra aux responsables des programmes et politiques scolaires de s'appuyer sur les résultats de la recherche afin d'élaborer de nouveaux programmes de développement professionnel et aux enseignants d'explorer certains aspects mis en évidence dans l'étude afin de mieux cibler leurs interventions en salle de classe.

Depuis 2006, les artistes de indie rock sont les vedettes de « sessions audiovisuelles » diffusées sur le web, dans lesquelles les musiciens font des prestations dans des lieux inusités. Les artistes et publics revendiquant l’authenticité ont rapidement adhéré à cette vague de productions qui se manifestent surtout sur des sites musicaux et médiatiques (La Blogothèque, Black Cab Sessions, BRBR, La Fabrique culturelle, Bande à part, etc.), des sites commandités (Burberry Sessions, Scion Sessions, Nokia Lumia Live Sessions, etc.) et à la télévision (Mange ta ville, Voir, Formule Diaz, Fabriqué au Québec, etc.). Dans le cadre de cette recherche, nous avons voulu explorer la quête d’authenticité dans les médiations de la musique pour déterminer comment les intermédiaires culturels arrivent à respecter la nécessité perçue de favoriser une communication directe entre créateurs et publics. L’approche des production studies nous a permis de bien évaluer le rôle et le discours des artisans de la télévision culturelle, en particulier leurs visions artistiques et créatives dans le travail de médiation. Nous avons utilisé une méthode qualitative pour étudier le travail des intermédiaires culturels, soit l’étude de cas mobilisant des principes ethnographiques. Les conclusions font ressortir le double rôle de producteurs/consommateurs des artisans à l’étude comme moyen d’assurer l’authenticité des productions, le brouillage des frontières dans le travail des intermédiaires culturels (entre activités professionnelles et personnelles, entre jugement professionnel et goûts personnels, entre rôles d’administrateurs, artistes et publics, etc.) et la perception des publics de ces productions.

À travers une recherche historique, nous explorerons les modèles qui ont orientés successivement les cliniciens confrontés à la psychose, tant leurs conceptions à propos du traitement qu’à propos de l’évolution et de la terminaison de la pathologie mentale. Deux paradigmes actuels seront plus précisément questionnés : celui de la psychiatrie contemporaine qui redécouvre depuis peu les possibilités de rémission de la psychose ; et celui de la psychanalyse, qui propose une autre définition, tant de la psychose que de la guérison, particulièrement avec Lacan. Puis, en nous plaçant dans ce deuxième paradigme, nous nous appuierons sur la clinique pour montrer comment s’élaborent de façon dynamique les solutions élégantes à la psychose. Les notions lacaniennes de compensation, suppléance, sinthome seront explorées. Nous proposerons de lire les symptômes à partir de leur fonction dans l’économie subjective pour en dresser une cartographie clinique nécessaire pour sortir d’une vision déficitaire de la psychose. Puis, en nous appuyant sur les témoignages de deux sujets psychotiques, l’un ayant rédigé ses mémoires, l’autre rencontré durant plusieurs années, nous proposeront de montrer en quoi l’élaboration d’une solution élégante singulière peut être le résultat d’un processus subjectif. Il s’agit de défendre l’existence de possibilités de suppléances à la psychose clinique, d’en proposer une lecture qui ne cède pas sur la singularité, mais qui tienne compte de quelques balises propre à la structure et aux conditions du lien social. / Through a historical research, we will explore the models that guided the clinicians confronted to psychosis; their conception of the treatment as much as evolution and outcome of mental pathology. Two current paradigms will be discussed: the contemporary psychiatry, which is newly rediscovering the possibilities of a remission in psychosis; and psychoanalysis, that offers another definition of psychosis as much as another definition of recovery/healing, especially with Lacan teaching.Then, following this second paradigm, and helped with clinical cases studies, we will show the dynamic development of the elegant solutions to psychosis. We will explore the lacanian concepts of compensation, supplementation, and sinthome. We will suggest to read the symptoms from their role in subjective economy in order to draw a clinical map, which is an essential key to stop considering psychosis as a deficit. Finally, with the help of two psychotic subjects; one who wrote his memories, and one met during several years; we will suggest that elaboration of a singular elegant solution can be resulting from a subjective process. We will defend that supplementations to clinical psychosis exist. We will offer a reading that does not only consider singularity, but that also consider some specific markers of the psychotic structure regarding some social link conditions.

The development of molecular tools that enable precise manipulation and control of biological systems would allow for a broader understanding of cellular functions and applications in biotechnology, synthetic biology, and therapeutic research. The discovery of CRISPR/Cas systems and the understanding and repurposing of their mechanisms have revolutionized the field of molecular biology. Here, I identified and characterized novel CRISPR/Cas systems and applied them for different in vivo and in vitro applications. In this work, I interrogated various Cas13 effector proteins and identified the most efficient Cas13 effector (CasRx) for in planta applications. I adapted CasRx to engineer plant immunity against different plant RNA viruses. CasRx showed robust activity and specificity against RNA viruses, demonstrating its suitability for studying key questions relating to virus biology. To expand the Cas13 toolbox and enable new applications, I performed a homology search of Cas13 enzymes in prokaryotic genomes and metagenomes, and identified previously uncharacterized, novel CRISPR/Cas13 effector proteins. I first identified and functionally characterized a small size, miniature Cas13 effector (named here as mCas13) and combined it with isothermal amplification to develop a simple and sensitive CRISPR-based SARS-CoV-2 diagnostic platform. In addition, I discovered and biochemically characterized the first known thermostable Cas13 proteins and showed that these thermostable proteins are phylogenetically related. I harnessed the unique features of these thermostable enzymes to develop the first one-pot, RT-LAMP coupled Cas13-based nucleic acid detection assay, which was utilized for highly sensitive, specific, and easily programmable detection of SARS-CoV-2 and other viruses. Lastly, I utilized CRISPR/Cas12a to develop a detection assay of plant ssDNA geminiviruses with easy-to-interpret visual readouts, making it suitable for point-of-use applications. In addition, I leveraged the self vs. non-self-discrimination and pre-crRNA processing capabilities of CRISPR/Cas12a, with the allosteric transcription factors (aTFs)- regulated expression of CRISPR array to engineer a field-deployable small molecule detection platform. I demonstrated the ability of the developed platform to detect different tetracycline antibiotics with high sensitivity and specificity. In conclusion, my work demonstrates that the discovery and characterization of programmable nucleic acid targeting systems could enable their utility for biotechnological innovations, including technologies for inhibition of viral replication and diagnostics.

The ability to precisely regulate gene expression patterns and to modify genome sequence in a site-specific manner holds much promise in determining gene function and linking genotype to phenotype. DNA-binding modules have been harnessed to generate customizable and programmable chimeric proteins capable of binding to site-specific DNA sequences and regulating the genome and epigenome. Modular DNA-binding domains from zinc fingers (ZFs) and transcriptional activator-like effectors (TALEs) are amenable to engineering to bind any DNA target sequence of interest. Deciphering the code of TALE repeat binding to DNA has helped to engineer customizable TALE proteins capable of binding to any sequence of interest. Therefore TALE repeats provide a rich resource for bioengineering applications. However, the TALE system is limited by the requirement to re-engineer one or two proteins for each new target sequence. Recently, the clustered regularly interspaced palindromic repeats (CRISPR)/ CRISPR associated 9 (Cas9) has been used as a versatile genome editing tool. This machinery has been also repurposed for targeted transcriptional regulation. Due to the facile engineering, simplicity and precision, the CRISPR/Cas9 system is poised to revolutionize the functional genomics studies across diverse eukaryotic species. In this dissertation I employed transcription activator-like effectors and CRISPR/Cas9 systems for targeted genome regulation and editing and my achievements include: 1) I deciphered and extended the DNA-binding code of Ralstonia TAL effectors providing new opportunities for bioengineering of customizable proteins; 2) I repurposed the CRISPR/Cas9 system for site-specific regulation of genes in plant genome; 3) I harnessed the power of CRISPR/Cas9 gene editing tool to study the function of the serine/arginine-rich (SR) proteins.

L'exploitation, a posteriori, des données médicales accumulées par les praticiens représente un enjeu majeur pour la recherche clinique comme pour le suivi personnalisé du patient. Toutefois les professionnels de santé manquent d'outils adaptés leur permettant d'explorer, comprendre et manipuler aisément leur données. Dans ce but, nous proposons un algorithme de structuration d'éléments par similarité et représentativité. Cette méthode permet de regrouper les individus d'un jeu de données autour de membres représentatifs et génériques aptes à subsumer les éléments et résumer les données. Cette méthode, procédant dimension par dimension avant d'agréger les résultats, est adaptée aux données en haute dimension et propose de plus des résultats transparents, interprétables et explicables. Les résultats obtenus favorisent l'analyse exploratoire et le raisonnement par analogie via une navigation de proche en proche : la structure obtenue est en effet similaire à l'organisation des connaissances utilisée par les experts lors du processus décisionnel qu'ils emploient. Nous proposons ensuite un algorithme de détection d'anomalies qui permet de détecter des anomalies complexes et en haute dimensionnalité en analysant des projections sur deux dimensions. Cette approche propose elle aussi des résultats interprétables. Nous évaluons ensuite ces deux algorithmes sur des données réelles et simulées dont les éléments sont décrits par de nombreuses variables : de quelques dizaines à plusieurs milliers. Nous analysant particulièrement les propriétés du graphe résultant de la structuration des éléments. Nous décrivons par la suite un outil de prétraitement de données médicales ainsi qu'une plateforme web destinée aux médecins. Via cet outil à l'utilisation intuitif nous proposons de structurer de manière visuelle les éléments pour faciliter leur exploration. Ce prototype fournit une aide à la décision et au diagnostique médical en permettant au médecin de naviguer au sein des données et d'explorer des patients similaires. Cela peut aussi permettre de vérifier des hypothèses cliniques sur une cohorte de patients. / A posteriori use of medical data accumulated by practitioners represents a major challenge for clinical research as well as for personalized patient follow-up. However, health professionals lack the appropriate tools to easily explore, understand and manipulate their data. To solve this, we propose an algorithm to structure elements by similarity and representativeness. This method allows individuals in a dataset to be grouped around representative and generic members who are able to subsume the elements and summarize the data. This approach processes each dimension individually before aggregating the results and is adapted to high-dimensional data and also offers transparent, interpretable and explainable results. The results we obtain are suitable for exploratory analysis and reasoning by analogy: the structure is similar to the organization of knowledge and decision-making process used by experts. We then propose an anomaly detection algorithm that allows complex and high-dimensional anomalies to be detected by analyzing two-dimensional projections. This approach also provides interpretable results. We evaluate these two algorithms on real and simulated high-dimensional data with up to thousands of dimensions. We analyze the properties of graphs resulting from the structuring of elements. We then describe a medical data pre-processing tool and a web application for physicians. Through this intuitive tool, we propose a visual structure of the elements to ease the exploration. This decision support prototype assists medical diagnosis by allowing the physician to navigate through the data and explore similar patients. It can also be used to test clinical hypotheses on a cohort of patients.

PURPOSE: The purpose of this qualitative descriptive study was to explore the experiences of emerging adults with idiopathic CAS, as they reflected on their transitions through childhood, adolescence, and young adulthood. SPECIFIC AIMS: Describe the experiences of emerging adults with idiopathic CAS as they reflect on developmental stages of childhood, adolescence, and young adulthood, including the situational experiences of transition occurring between elementary, middle, high school, and post-secondary education, training, or work. Identify strategies and the effectiveness of the strategies utilized by emerging adults with idiopathic CAS to manage experiences during different developmental stages and situational experiences of transition occurring between elementary, middle, high school, and post-secondary education, training, or work. FRAMEWORK: Meleis’ Transitions Theory. DESIGN: A qualitative descriptive design with purposive sampling was used. Data was analyzed using thematic analysis. RESULTS: Findings support the use of Transitions Theory. Three major themes were identified: The Child’s Environment, Implications of CAS, and Strategies. The school environment contributed to many implications for children. Older children were able to develop strategies to overcome challenges. In the school setting, children did not access nurses for concerns related to their CAS. CONCLUSIONS: CAS creates many challenges for children. Emerging adults with CAS report that environments in which people are knowledgeable, patient, understanding, accepting, and supportive help them express themselves freely despite their speech impairment. The nurse’s role in supporting children with CAS during grade school is untapped as they were largely invisible to the children as a potential resource for anything other than an injury or illness. To better facilitate supportive environments in which children with CAS can flourish, nursing assessment and interventions are needed.

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