A fibropapilomatose (FP) é uma doença emergente com alta prevalência em tartarugas, caracterizada por múltiplos papilomas, fibromas e fibropapilomas cutâneos ou viscerais. Essa doença foi denominada inicialmente de “green turtle fibropapillomatosis” (GTFP) por ter sido registrada pela primeira vez em tartarugasverdes (Chelonia mydas). Na costa brasileira, o primeiro registro de FP foi em 1986 no Estado do Espírito Santo (ES) e, durante o período de 2000 a 2004, das 4.471 tartarugas-verdes examinadas, 14,96% apresentavam tumores. O agente etiológico da FP nas tartarugas-verdes ainda é incerto, mas acredita-se que seja de caráter multifatorial uma vez que poluição, temperatura da água e outros fatores interferem na ocorrência dos tumores. Um herpesvírus tem sido isolado de fibropapilomas e está presente em 95% das infecções naturais e 100% dos tumores induzidos experimentalmente. O objetivo deste estudo foi investigar a presença e caracterizar o vírus associado à FP em tartarugas-verdes, determinar a carga viral, pigmentação e escore de tumores e verificar a condição corporal das tartarugas; além de fazer a associação entre essas características. Este estudo foi dividido em três manuscritos. No primeiro, documentamos a ocorrência da FP em uma tartaruga-verde no Estado do Rio Grande do Sul (RS). O segundo e o terceiro trabalhos foram realizados com amostras de fibropapilomas de tartarugas-verdes encontradas nos estados do Ceará (CE), Bahia (BA), Espírito Santo (ES) e São Paulo (SP) porque esses estados apresentam uma frequência alta de FP e/ou um grande número de animais capturados em anos anteriores. O segundo estudo relata o sequenciamento de um fragmento de DNA do gene da DNA polimerase do herpesvírus em 38 amostras de fibropapilomas que revelam a ocorrência de seis variantes do vírus no Brasil. O último estudo relata a analise, por PCR e PCR em tempo real, de 175 amostras de fibropapilomas coletados nos estados de CE, BA, ES e SP e faz a associação da carga viral com o tipo de superfície dos tumores (lisa ou verrucosa), presença de pigmentação, condição corporal e escore de tumores nas tartarugas. Quarenta e três amostras foram submetidas à análise histopatológica para determinar o tipo de lesão. Quarente e cinco amostras de pele de tartarugas coletadas na Ilha de Trindade (livre de FP) foram analisadas em busca da presença do vírus. Todas as amostras de Trindade foram negativas para a presença do vírus e 87% das amostras foram positivas na PCR em tempo real. A maioria das amostras (75%) foi coletada de tartarugas sadias, 33% tinham escore de tumores 1, 28% escore 2 e 39% escore 3. Setenta por cento dos tumores eram verrucosos e 41% eram pigmentados. A carga viral máxima foi de 889.674,98 cópias/mg de tumor e animais com tumores de escore 3 apresentaram as mais altas cargas virais. Altas cargas virais também estavam associadas de forma significativa aos animais com fibropapilomatose encontrados mortos em SP e BA e a superfície verrugosa dos tumores nas tartarugas amostradas no CE. / The fibropapillomatosis (FP) is an emerging disease with high prevalence in turtles, characterized by multiple cutaneous or visceral papillomas, fibromas and fibropapillomas. The disease was initially called green turtle fibropapillomatosis (GTFP) because it was first recorded in green turtles (Chelonia mydas). In the Brazilian coast, the FP was first recorded in 1986 in the State of Espirito Santo, and during the period of 2000 until 2004, 14.96% of the 4471 green turtles examined had tumors. The etiologic agent of FP in green turtles is still uncertain, but is believed to be multifactorial, as pollution, water temperature and other factors. A herpesvirus has been isolated from fibropapillomas and is present in 95% of the natural FP and 100% of the experimentally induced tumors. The objective of the present study was to investigate the presence of the virus associated with FP in green turtles and characterize FP lesions, as viral load, pigmentation, body condition and score of tumors, in addition to making the association between these traits. The study was divided into three manuscripts. The first documented the occurrence of FP in green turtles in RS. The second and third study was performed with samples of fibropapillomas of green turtles from the states of Ceará (CE), Bahia (BA), Espírito Santo (ES) and São Paulo (SP) because these states have a high incidence of FP and/or a large number of animals captured in previous years. The second study reports the sequence of a DNA fragment of the herpesvirus from 38 samples of FP, which revealed the occurrence of six virus variants in Brazil. The final study reports the analysis thought PCR and real time PCR of 175 fibropapillomas collected from turtles in the states of CE, BA, ES and SP, and makes the association of viral load with the surface of tumors (smooth or warth), pigmentation, body condition and score of the tumors. Fortythree samples were subjected to histopathological analysis to determine the type of injury and skin samples from 45 turtles collected in the Ilha de Trindade (free FP) were analyzed for the presence of the virus. All samples of the Ilha de Trindade were negative for the virus and 87% of samples were positive in real-time PCR. The majority of the samples (75%) was collected from healthy turtles, 33% had tumors with score 1, 28% score 2 and 39% score 3. Seventy percent of the tumors were warty and 41% were pigmented. The maximum viral load was 889,674.98 copies/mg of tumor and tumors with score 3 had the highest viral loads. High viral loads were also significantly associated with FP from the animals dying in SP and BA, and to tumors with warty surface from the CE.

O gênero Hypericum, originário da Europa e Ásia, apresenta uma ampla distribuição em regiões tropicais e subtropicais e compreende aproximadamente 460 espécies. Destas, 20 têm ocorrência natural no Brasil, e concentram-se principalmente na Região Sul do país. As espécies deste gênero são amplamente utilizadas na medicina popular, devido as suas propriedades antivirais, antimicrobianas e antidepressivas. Devido à possibilidade de se explorar tais propriedades, há necessidade de estudos que auxiliem na compreensão taxonômica das espécies nativas da flora brasileira, buscando melhor entender a citogenética e a biologia floral, a fim de se obter meios que possibilitem incluí-las em programas de melhoramento genético. O presente trabalho teve por objetivos determinar o número cromossômico, analisar a meiose e a fertilidade do pólen em diferentes populações de H. caprifoliatum em comparação com H. cf carinatum, H. polyanthemum e H. perforatum. Um total de 18 populações foram analisadas. Os resultados constituem-se nas primeiras informações citogenéticas para as espécies, com exceção de H. perforatum. Os cromossomos destas espécies são muito pequenos (ca. 1,0 - 2,0 μm), numerosos e de difícil análise. O número cromossômico obtido foi de 2n cerca de (ca.) 48, para H. caprifoliatum e H. cf carinatum, e de 2n=32 para H. perforatum e cerca de 2n=32 para H. polyanthemum. Irregularidades na meiose foram observadas com maior freqüência em H. caprifoliatum e H. cf carinatum. A fertilidade do pólen variou de 42% e 89% entre as populações, sendo que foi observada uma grande variabilidade no tamanho dos grãos entre e dentro de populações, para H. caprifoliatum e H. cf carinatum, sugerindo que estas espécies, assim como outras do gênero, se reproduzem por apomixia. / The genus Hypericum, originated from Europe and Asia, is widely distributed in tropical and subtropical regions and contains around 460 species. From these, 20 occur naturally in Brazil, concentrated in the Southern Region. Hypericum species are widely used in folk medicine, due to their antiviral, antimicrobian and antidepressive properties. In order to explore these properties, studies that help to a better understanding of the Brazilian native species taxonomy, cytogenetics and floral biology are needed, aiming to include these species in genetic breeding programs. The objective of the present work was to determine chromosome numbers and to analyse meiosis and pollen fertility in different H. caprifoliatum populations, in comparison to H. cf carinatum, H. polyanthemum and H. perforatum. A total of 18 populations were studied. The results obtained are the first cytogenetic informations for these species, except H. perforatum. These species chromosomes are very small (ca. 1- 2 μm) in relative large numbers and of difficult analyses. The number of chromosomes was ca. 2n=48 for a H. caprifoliatum e H. cf carinatum, and 2n=32 for H. perforatum and ca. 2n=32 for H. polyanthemum. Meiotic irregularities were more frequent in H. caprifoliatum and H. cf carinatum. Pollen fertility ranged from 42% to 89% among the populations and a great variability in pollen grain sizes was found within and among H. caprifoliatum and H. cf carinatum populations, suggesting that these species, as other of the genus, reproduce by apomixis.

PINHEIRO, L. F. Avaliação das alterações cromossômicas através das técnicas de citogenética clássica e molecular em pacientes com síndrome mielodisplásica. 2014. 84 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by PPG Patologia (pgpatol@ufc.br) on 2017-08-21T18:00:38Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_lfpinheiro.pdf: 1550266 bytes, checksum: 0349b422a08a35ea0b6833027a94ce7e (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-08-22T12:05:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_lfpinheiro.pdf: 1550266 bytes, checksum: 0349b422a08a35ea0b6833027a94ce7e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-22T12:05:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_lfpinheiro.pdf: 1550266 bytes, checksum: 0349b422a08a35ea0b6833027a94ce7e (MD5) Previous issue date: 2014-07-18 / Myelodysplastic syndrome (MDS) represents a heterogeneous group of hematopoietic disorders, originated from a somatic mutation in stem cells.In patients with myelodysplastic syndromes, the chromosomal abnormalities confirm the clonality of the disease, identify peculiar biological and clinical entities, allow stratification of prognosis, predicting the likelihood of progression into acute myeloid leukemia and overall survival, and provide fundamental help not only in making a differential diagnosis, but also in introducing patients to innovative therapeutic options. This study was retrospective, aimed to evaluate the classical and molecular cytogenetic abnormalities in patients with myelodysplastic syndrome. The study of chromosomal abnormalities by G-banding was performed in 138 samples of patients with MDS. Chromosomal abnormalities at diagnosis were detected in 43/99 (43.4%) of the cases studied. Evaluated the effectiveness of the technique of fluorescence in situ hybridization for detection of the most common chromosomal abnormalities (-5/5q-, -7/7q-, +8,) in 30 patients with MDS who had a low mitotic index (≤ 10 metaphase) to conventional methodology. With the panel of FISH probes used, additional benefit was detected in two cases (6.6%). By associating the clinical laboratory variables with the karyotype, it was observed that patients whose karyotype was normal type, had higher survival (p <0.05) than those who had changed the type karyotype. Patients who belonged to the favorable cytogenetic risk group also had better survival rates compared to the other groups (p <0.05). The best strategy for genetic study of patients with MDS, in order to optimize the cost / benefit consists in the sequential application of the techniques of conventional and molecular cytogenetics, which should be seen as complementary in the genetic characterization of myelodysplastic syndromes. FISH, yet offering little extra, should be used in cases that do not show metaphase or low mitotic index / A Síndrome Mielodisplásica (SMD) é uma doença hematopoética heterogênea clonal, originada a partir de uma mutação somática nas células progenitoras hematopoeticas..Nos pacientes com SMD, as alterações cromossômicas permitem confirmar a clonalidade da doença, identificar categorias clínicas e biológicas específicas, estratificar os pacientes em categorias de prognóstico, prever a probabilidade de progressão para leucemia mielóide aguda e a sobrevida global e selecionar os pacientes que podem beneficiar-se de terapias inovadoras. O presente estudo, de caráter retrospectivo, teve como principal objetivo avaliar as alterações citogenéticas clássicas e moleculares em pacientes com síndrome mielodisplásica. O estudo das alterações cromossômicas foi realizado por bandamento G, em 138 amostras de pacientes portadores de SMD. Foram detectadas alterações cromossômicas, ao diagnóstico, em 43/99 (43,4%) dos casos estudados. Avaliamos a eficácia da técnica de hibridação in situ com fluorescência, na detecção das anomalias cromossómicas mais comuns (-5/5q-, -7/7q-, +8,) em 30 pacientes portadores de SMD que apresentavam baixo índice mitótico (≤ 10 metáfase) à metodologia convencional. Com o painel de sondas de FISH utilizado, foi detectado benefício adicional de 2 casos (6,6%). Ao associarmos as variáveis clínico laboratoriais com o cariótipo, observou-se que os pacientes cujo cariótipo era normal, obtiveram maior sobrevida (p < 0,05) em relação aqueles que apresentavam cariótipo alterado. Os pacientes que pertenciam ao grupo de risco citogenético favorável também apresentaram maior sobrevida em comparação aos demais grupos (p < 0,05). A melhor estratégia de estudo genético dos doentes com SMD, visando a optimização da relação custo/benefício, consiste na aplicação sequencial das técnicas de citogenética convencional e molecular, devendo estas ser encaradas como complementares na caracterização genética das síndromes mielodisplásicas. A FISH, ainda que ofereça pouco acréscimo, deve ser usada nos casos que não apresentem metáfase ou baixo índice mitótico

Sisyrinchium palmifolium L. é a espécie do gênero Sisyrinchium L. que apresenta maior distribuição e abundância na região Sul do Brasil. Este estudo busca melhor compreender a espécie S. palmifolium L. subsp. palmifolium e outras espécies pertencentes ao mesmo clado infragenérico através de análises citogenéticas e moleculares. Foram analisados 15 acessos, incluindo-se quatro espécies do clado IV (S. palmifolium subsp. palmifolium, S. decumbens Ravenna, S. nidulare (Hand.-Mazz.) I.M.Johnst e S. rectilineum Ravenna). As análises citológicas compreenderam determinação de número cromossômico, estudo cariotípico, comportamento meiótico, viabilidade e morfologia de pólen, além do conteúdo de DNA. Três das espécies investigadas tiveram seu número cromossômico determinado pela primeira vez, sendo estas diploides (2n = 2x = 18). Tais espécies apresentaram comportamento meiótico regular e alta viabilidade polínica (acima de 87%). Todas as espécies apresentaram grãos de pólen do tipo oblado esferoidal. Os dados relativos ao tamanho de genoma mostraram uma clara diferença entre as quatro espécies estudadas com valores 2C variando de 2.64 pg em S. decumbens a 5.30 pg em S. rectilineum. Tal variação reflete o tamanho dos cromossomos das espécies analisadas. Resultados preliminares de cariótipo revelaram que em S. decumbens os cromossomos variam de pequenos a médios enquanto S. palmifolium subsp. palmifolium e S. rectilineum possuem cromossomos médios a grandes. Apesar de apresentarem tamanhos cromossômicos diferentes, os cariótipos de S. decumbens, S. palmifolium subsp. palmifolium e de S. rectilineum parecem representar arquiteturas semelhantes, sendo que cromossomos submetacêntricos predominam entre as espécies. disso, observou-se que os cariótipos dessas espécies são simétricos. Com relação a Sisyrinchium decumbens, espécie endêmica do Sul do Brasil e com distribuição restrita, foi realizado o estudo da diversidade genética de três populações. Dados de variabilidade intra e interpopulacionais foram obtidos com marcadores de ISSR. Alto polimorfismo e grande variação genética entre indivíduos nas populações foram observados. Valores de FIS = 0,68 e FST = 0,32 indicaram que a maior parte da variação encontra-se ao nível intrapopulacional e não entre as populações. Esses resultados, associados à PCoA, revelaram importante estruturação genética das populações. O teste de Mantel mostrou não haver correlação entre distâncias genéticas e geográficas. O tipo de dispersão das sementes (barocoria, neste caso) e o comportamento dos polinizadores dessa espécie podem estar contribuindo de maneira significativa para que estas populações se mantenham como entidades separadas. Este estudo revela, de forma inédita, a diversidade e estruturação populacional de uma espécie endêmica de Sisyrinchium. Também é reforçada, pelas análises de número cromossômico e de morfologia do grão de pólen, a forte relação filogenética dessa espécie com S. palmifolium subsp. palmifolium, S. nidulare e S. rectilineum, enquanto que as diferenças no tamanho de genoma e de cromossomos possibilitaram a diferenciação das espécies abordadas. / Sisyrinchium palmifolium L. is the most abundant and widely distributed species within Sisyrinchium L. in southern Brazil. This study aims a better comprehension of S. palmifolium L. subsp. palmifolium and other species belonging to the same infrageneric clade through cytogenetical and molecular analyses. Fifteen accessions were assessed which included four species from the clade IV (S. palmifolium subsp. palmifolium, S. decumbens Ravenna, S. nidulare (Hand.-Mazz.) I.M.Johnst and S. rectilineum Ravenna). Cytological analyses included chromosome number determination, karyotype study, meiotic behaviour, pollen viability and morphology, and DNA content. Three of the investigated species had their chromosome number determined for the first time; all of which were diploids (2n = 2x = 18). These species presented stable meiotic behaviour and high pollen viability (over 87%). All species had oblate spheroidal type pollen grains. Data regarding genome size showed a clear difference between the four studied species, which had 2C values ranging from 2.64 pg in S. decumbens to 5.30 pg em S. rectilineum. Such variation reflects the chromosome sizes of the analysed species. Preliminary karyotype results revealed that in S. decumbens, chromosome sizes range from small to medium whereas S. palmifolium subsp. palmifolium and S. rectilineum have medium to large chromosomes. In spite of having different chromosome sizes, S. decumbens, S. palmifolium subsp. palmifolium and S. rectilineum appear to have similar karyotypic architectures, in which there is a predominance of submetacentric chromosomes among the species. We also found that these species have symmetrical karyotypes. Concerning Sisyrinchium decumbens, an endemic species to southern Brazil with restricted distribution, a study on the genetic diversity of three populations was carried out. Data on intra and interpopulational variability were obtained from ISSR markers. High polymorphism and great genetic variability among individuals within populations were observed. FIS and FST values (0.68 and 0.32, respectively) indicated that genetic variation was mostly found at the intrapopulational level rather than among populations. These results, associated with the PCoA, reveal an important genetic structuring of these populations. Mantel test showed no correlation between genetic and geographic distances. The type of seed dispersal (barochory, in this case) and pollinator behaviour may significantly contribute to this species’s population structure. This study reveals, for the first time, the diversity and population structure of an endemic Sisyrinchium species. By means of chromosome number and pollen grain morphology analyses, the strong phylogenetic relations of this species with S. palmifolium subsp. palmifolium, S. nidulare and S. rectilineum is reinforced, while differences in genome sizes and chromosome sizes enabled the differentiation of the species assessed in this work.

Columbidae é uma família da Classe Aves, Ordem Columbiformes que inclui os pombos, pombas e rolas e compreende cerca de 300 espécies, distribuída em todos os continentes. Devido a diversidade deste grupo, espécies desta família foram alvos de vários estudos, incluindo citogenéticos. Apesar de que a maioria dos estudos citogenéticos em espécies da família Columbidae foram baseados apenas na citogenética clássica (coloração convencional e bandeamentos cromossômicos), resultados interessantes foram observados, tais como a variação do número diploide e a ocorrência de rearranjos intercromossômicos e intracromossômicos. Estes estudos influenciaram na escolha da família Columbidae para o desenvolvimento desta Tese. Nas últimas décadas houve um grande esforço para reconstruir a filogenia das aves atuais, mas a análise dos cariótipos através de técnicas de citogenética molecular, tais como a pintura cromossômica ainda limita-se a poucas ordens. Considerando que a última revisão dos dados citogenéticos é de 2007, no capítulo I realizamos uma revisão sobre o genoma das Aves, incluindo dados de citogenética clássica e molecular. No capítulo II nós realizamos a caracterização do cariótipo de nove espécies da família Columbidae, sendo que uma delas foi descrita pela primeira vez (Geotrygon violacea) e mapeamos a distribuição de sequências repetitivas (rDNA 18S e microssatélites). No capítulo III realizamos a pintura cromossômica comparative em quatro espécies da família Columbidae (Zenaida auriculata, Columba livia, Columbina picui e Leptotila verreauxi). A pintura cromossômica foi realizada utilizando sondas cromossomo-específica de Gallus gallus (GGA), Leucopternis albicollis (LAL) e de Z. auriculata (ZAU). As sondas de ZAU foram desenvolvidas durante o doutorado sanduíche relalizado na Universidade de Cambridge (2017). A pintura cromossômica com as sondas de GGA e ZAU demonstraram a conservação da maioria dos macrocromossomos, exceto a fusão entre os cromossomos ancestrais 6 e 7 em L. verreauxi. Entretanto, os sinais de hibridização das sondas de ZAU foram mais intensos do que GGA. As sondas de LAL confirmaram os resultados obtidos com as sondas de GGA e ZAU, mas revelaram também uma complexa reorganização do cromossomo homólogo ao GGA1 nas quatro espécies analisadas, involvendo inversões paracêntricas e pericêntricas. Além disso, inversões nos cromossomos homólogos ao GGA2 foram identificadas em C. picui e L. verreauxi. A ocorrência da reorganização dos cromossomos homólogos ao GGA1 nas quatro espécies analisadas neste capítulo e em espécies da Ordem Passeriformes analisados previamente, corroboram com a recente proposta de divergência das Neoaves (Columbea e Passerea). No capítulo IV realizamos a pintura cromossômica com as sondas de ZAU e GGA na espécie Jacana jacana (Charadriiformes), com o objetivo de verificar a eficiência das sondas desenvolvidas durante o doutorado sanduíche. Observamos sinais de hibridização mais intensos para as sondas de ZAU do que GGA, o que diminui o viés na interpretação dos dados. Também identificamos uma extensa reorganização cromossômica na espécie J. jacana, que em comparação com dados da literatura, demonstra que espécies da Ordem Charadriiformes passaram por uma evolução cromossômica exclusiva. Os resultados desta Tese demonstram que distintos rearranjos ocorreram durante a evolução cromossômica das espécies da família Columbidae e também na espécie J. jacana. Além disso, as sondas de ZAU mostraram-se como uma importante ferramente para comparações cromossômicas em espécies de Aves, principalmente Neoaves. / Columbidae is a family of Class Aves, Order Columbiformes that includes the pigeons, doves and rolas and comprises about 300 species, distributed in all the continents. Due to the diversity of this group, species of this family were the targets of several studies, including cytogenetics. Although most cytogenetic studies on species of the Columbidae family were based only on classical cytogenetics (conventional staining and chromosomal banding), interesting results were observed, such as diploid number variation and the occurrence of interchromosomal and intrachromosomal rearrangements. These studies influenced the choice of the Columbidae family for the development of this thesis. In recent decades there has been a great effort to reconstruct the phylogeny of current birds, but the analysis of karyotypes through molecular cytogenetic techniques such as chromosome painting is still limited to a few orders. Considering that the last revision of the cytogenetic data is from 2007, in chapter I we conducted a review on the genome of Birds, including classical and molecular cytogenetic data. In chapter II we performed the karyotype characterization of nine species of the Columbidae family, one of which was described for the first time (Geotrygon violacea) and mapped the distribution of repetitive sequences (18S rDNA and microsatellites). In Chapter III we performed comparative chromosome painting on four species of the family Columbidae (Zenaida auriculata, Columba livia, Columbina picui and Leptotila verreauxi). Chromosome painting was performed using chromosome-specific probes from Gallus gallus (GGA), Leucopternis albicollis (LAL) and Z. auriculata (ZAU). The ZAU probes were developed during the “Doutorado sanduiche” at the University of Cambridge (2017). The chromosome painting with GGA and ZAU probes demonstrated the conservation of most of the macrochromosomes except the fusion between the ancestral chromosomes 6 and 7 in L. verreauxi. However, hybridization signals from the ZAU probes were more intense than GGA. LAL probes confirmed the results obtained with the GGA and ZAU probes, but also revealed a complex rearrangement of the chromosome homologous to GGA1 in the four species analyzed, involving paracentric and pericentric inversions. In addition, inversions in chromosomes homologous to GGA2 were identified in C. picui and L. verreauxi. The occurrence of the reorganization of homologous GGA1 chromosomes in the four species analyzed in this chapter and in species of the Passeriformes Order analyzed previously, corroborate with the recent proposal of divergence of the Neoaves (Columbea and Passerea). In chapter IV we performed the chromosome painting with the ZAU and GGA probes in the Jacana jacana (Charadriiformes) species, with the objective of verifying the efficiency of the probes developed during the “Doutorado sanduiche”. We observed more intense hybridization signals for the ZAU probes than GGA, which reduces the bias in the interpretation of the data. We also identified an extensive chromosome reorganization in the J. jacana species, which, in comparison with literature data, shows that species of the Order Charadriiformes underwent a unique chromosomal evolution. The results of this thesis demonstrate that distinct rearrangements occurred during the chromosome evolution of the species of the family Columbidae and also in the species J. jacana. In addition, the ZAU probes proved to be an important tool for chromosome comparisons in species of Birds, especially Neoaves.

O gênero Hypericum, originário da Europa e Ásia, apresenta uma ampla distribuição em regiões tropicais e subtropicais e compreende aproximadamente 460 espécies. Destas, 20 têm ocorrência natural no Brasil, e concentram-se principalmente na Região Sul do país. As espécies deste gênero são amplamente utilizadas na medicina popular, devido as suas propriedades antivirais, antimicrobianas e antidepressivas. Devido à possibilidade de se explorar tais propriedades, há necessidade de estudos que auxiliem na compreensão taxonômica das espécies nativas da flora brasileira, buscando melhor entender a citogenética e a biologia floral, a fim de se obter meios que possibilitem incluí-las em programas de melhoramento genético. O presente trabalho teve por objetivos determinar o número cromossômico, analisar a meiose e a fertilidade do pólen em diferentes populações de H. caprifoliatum em comparação com H. cf carinatum, H. polyanthemum e H. perforatum. Um total de 18 populações foram analisadas. Os resultados constituem-se nas primeiras informações citogenéticas para as espécies, com exceção de H. perforatum. Os cromossomos destas espécies são muito pequenos (ca. 1,0 - 2,0 μm), numerosos e de difícil análise. O número cromossômico obtido foi de 2n cerca de (ca.) 48, para H. caprifoliatum e H. cf carinatum, e de 2n=32 para H. perforatum e cerca de 2n=32 para H. polyanthemum. Irregularidades na meiose foram observadas com maior freqüência em H. caprifoliatum e H. cf carinatum. A fertilidade do pólen variou de 42% e 89% entre as populações, sendo que foi observada uma grande variabilidade no tamanho dos grãos entre e dentro de populações, para H. caprifoliatum e H. cf carinatum, sugerindo que estas espécies, assim como outras do gênero, se reproduzem por apomixia. / The genus Hypericum, originated from Europe and Asia, is widely distributed in tropical and subtropical regions and contains around 460 species. From these, 20 occur naturally in Brazil, concentrated in the Southern Region. Hypericum species are widely used in folk medicine, due to their antiviral, antimicrobian and antidepressive properties. In order to explore these properties, studies that help to a better understanding of the Brazilian native species taxonomy, cytogenetics and floral biology are needed, aiming to include these species in genetic breeding programs. The objective of the present work was to determine chromosome numbers and to analyse meiosis and pollen fertility in different H. caprifoliatum populations, in comparison to H. cf carinatum, H. polyanthemum and H. perforatum. A total of 18 populations were studied. The results obtained are the first cytogenetic informations for these species, except H. perforatum. These species chromosomes are very small (ca. 1- 2 μm) in relative large numbers and of difficult analyses. The number of chromosomes was ca. 2n=48 for a H. caprifoliatum e H. cf carinatum, and 2n=32 for H. perforatum and ca. 2n=32 for H. polyanthemum. Meiotic irregularities were more frequent in H. caprifoliatum and H. cf carinatum. Pollen fertility ranged from 42% to 89% among the populations and a great variability in pollen grain sizes was found within and among H. caprifoliatum and H. cf carinatum populations, suggesting that these species, as other of the genus, reproduce by apomixis.

Os objetivos do presente trabalho foram: a) determinar o número cromossômico de diferentes populações de M. ilicifolia ocorrentes no Rio Grande do Sul; b) estimar viabilidade do pólen e o índice meiótico; c) estudar o comportamento meiótico; d) caracterizar sementes desta espécie quanto ao peso e analisar a produção de sementes por fruto.

Columbidae é uma família da Classe Aves, Ordem Columbiformes que inclui os pombos, pombas e rolas e compreende cerca de 300 espécies, distribuída em todos os continentes. Devido a diversidade deste grupo, espécies desta família foram alvos de vários estudos, incluindo citogenéticos. Apesar de que a maioria dos estudos citogenéticos em espécies da família Columbidae foram baseados apenas na citogenética clássica (coloração convencional e bandeamentos cromossômicos), resultados interessantes foram observados, tais como a variação do número diploide e a ocorrência de rearranjos intercromossômicos e intracromossômicos. Estes estudos influenciaram na escolha da família Columbidae para o desenvolvimento desta Tese. Nas últimas décadas houve um grande esforço para reconstruir a filogenia das aves atuais, mas a análise dos cariótipos através de técnicas de citogenética molecular, tais como a pintura cromossômica ainda limita-se a poucas ordens. Considerando que a última revisão dos dados citogenéticos é de 2007, no capítulo I realizamos uma revisão sobre o genoma das Aves, incluindo dados de citogenética clássica e molecular. No capítulo II nós realizamos a caracterização do cariótipo de nove espécies da família Columbidae, sendo que uma delas foi descrita pela primeira vez (Geotrygon violacea) e mapeamos a distribuição de sequências repetitivas (rDNA 18S e microssatélites). No capítulo III realizamos a pintura cromossômica comparative em quatro espécies da família Columbidae (Zenaida auriculata, Columba livia, Columbina picui e Leptotila verreauxi). A pintura cromossômica foi realizada utilizando sondas cromossomo-específica de Gallus gallus (GGA), Leucopternis albicollis (LAL) e de Z. auriculata (ZAU). As sondas de ZAU foram desenvolvidas durante o doutorado sanduíche relalizado na Universidade de Cambridge (2017). A pintura cromossômica com as sondas de GGA e ZAU demonstraram a conservação da maioria dos macrocromossomos, exceto a fusão entre os cromossomos ancestrais 6 e 7 em L. verreauxi. Entretanto, os sinais de hibridização das sondas de ZAU foram mais intensos do que GGA. As sondas de LAL confirmaram os resultados obtidos com as sondas de GGA e ZAU, mas revelaram também uma complexa reorganização do cromossomo homólogo ao GGA1 nas quatro espécies analisadas, involvendo inversões paracêntricas e pericêntricas. Além disso, inversões nos cromossomos homólogos ao GGA2 foram identificadas em C. picui e L. verreauxi. A ocorrência da reorganização dos cromossomos homólogos ao GGA1 nas quatro espécies analisadas neste capítulo e em espécies da Ordem Passeriformes analisados previamente, corroboram com a recente proposta de divergência das Neoaves (Columbea e Passerea). No capítulo IV realizamos a pintura cromossômica com as sondas de ZAU e GGA na espécie Jacana jacana (Charadriiformes), com o objetivo de verificar a eficiência das sondas desenvolvidas durante o doutorado sanduíche. Observamos sinais de hibridização mais intensos para as sondas de ZAU do que GGA, o que diminui o viés na interpretação dos dados. Também identificamos uma extensa reorganização cromossômica na espécie J. jacana, que em comparação com dados da literatura, demonstra que espécies da Ordem Charadriiformes passaram por uma evolução cromossômica exclusiva. Os resultados desta Tese demonstram que distintos rearranjos ocorreram durante a evolução cromossômica das espécies da família Columbidae e também na espécie J. jacana. Além disso, as sondas de ZAU mostraram-se como uma importante ferramente para comparações cromossômicas em espécies de Aves, principalmente Neoaves. / Columbidae is a family of Class Aves, Order Columbiformes that includes the pigeons, doves and rolas and comprises about 300 species, distributed in all the continents. Due to the diversity of this group, species of this family were the targets of several studies, including cytogenetics. Although most cytogenetic studies on species of the Columbidae family were based only on classical cytogenetics (conventional staining and chromosomal banding), interesting results were observed, such as diploid number variation and the occurrence of interchromosomal and intrachromosomal rearrangements. These studies influenced the choice of the Columbidae family for the development of this thesis. In recent decades there has been a great effort to reconstruct the phylogeny of current birds, but the analysis of karyotypes through molecular cytogenetic techniques such as chromosome painting is still limited to a few orders. Considering that the last revision of the cytogenetic data is from 2007, in chapter I we conducted a review on the genome of Birds, including classical and molecular cytogenetic data. In chapter II we performed the karyotype characterization of nine species of the Columbidae family, one of which was described for the first time (Geotrygon violacea) and mapped the distribution of repetitive sequences (18S rDNA and microsatellites). In Chapter III we performed comparative chromosome painting on four species of the family Columbidae (Zenaida auriculata, Columba livia, Columbina picui and Leptotila verreauxi). Chromosome painting was performed using chromosome-specific probes from Gallus gallus (GGA), Leucopternis albicollis (LAL) and Z. auriculata (ZAU). The ZAU probes were developed during the “Doutorado sanduiche” at the University of Cambridge (2017). The chromosome painting with GGA and ZAU probes demonstrated the conservation of most of the macrochromosomes except the fusion between the ancestral chromosomes 6 and 7 in L. verreauxi. However, hybridization signals from the ZAU probes were more intense than GGA. LAL probes confirmed the results obtained with the GGA and ZAU probes, but also revealed a complex rearrangement of the chromosome homologous to GGA1 in the four species analyzed, involving paracentric and pericentric inversions. In addition, inversions in chromosomes homologous to GGA2 were identified in C. picui and L. verreauxi. The occurrence of the reorganization of homologous GGA1 chromosomes in the four species analyzed in this chapter and in species of the Passeriformes Order analyzed previously, corroborate with the recent proposal of divergence of the Neoaves (Columbea and Passerea). In chapter IV we performed the chromosome painting with the ZAU and GGA probes in the Jacana jacana (Charadriiformes) species, with the objective of verifying the efficiency of the probes developed during the “Doutorado sanduiche”. We observed more intense hybridization signals for the ZAU probes than GGA, which reduces the bias in the interpretation of the data. We also identified an extensive chromosome reorganization in the J. jacana species, which, in comparison with literature data, shows that species of the Order Charadriiformes underwent a unique chromosomal evolution. The results of this thesis demonstrate that distinct rearrangements occurred during the chromosome evolution of the species of the family Columbidae and also in the species J. jacana. In addition, the ZAU probes proved to be an important tool for chromosome comparisons in species of Birds, especially Neoaves.

Sisyrinchium palmifolium L. é a espécie do gênero Sisyrinchium L. que apresenta maior distribuição e abundância na região Sul do Brasil. Este estudo busca melhor compreender a espécie S. palmifolium L. subsp. palmifolium e outras espécies pertencentes ao mesmo clado infragenérico através de análises citogenéticas e moleculares. Foram analisados 15 acessos, incluindo-se quatro espécies do clado IV (S. palmifolium subsp. palmifolium, S. decumbens Ravenna, S. nidulare (Hand.-Mazz.) I.M.Johnst e S. rectilineum Ravenna). As análises citológicas compreenderam determinação de número cromossômico, estudo cariotípico, comportamento meiótico, viabilidade e morfologia de pólen, além do conteúdo de DNA. Três das espécies investigadas tiveram seu número cromossômico determinado pela primeira vez, sendo estas diploides (2n = 2x = 18). Tais espécies apresentaram comportamento meiótico regular e alta viabilidade polínica (acima de 87%). Todas as espécies apresentaram grãos de pólen do tipo oblado esferoidal. Os dados relativos ao tamanho de genoma mostraram uma clara diferença entre as quatro espécies estudadas com valores 2C variando de 2.64 pg em S. decumbens a 5.30 pg em S. rectilineum. Tal variação reflete o tamanho dos cromossomos das espécies analisadas. Resultados preliminares de cariótipo revelaram que em S. decumbens os cromossomos variam de pequenos a médios enquanto S. palmifolium subsp. palmifolium e S. rectilineum possuem cromossomos médios a grandes. Apesar de apresentarem tamanhos cromossômicos diferentes, os cariótipos de S. decumbens, S. palmifolium subsp. palmifolium e de S. rectilineum parecem representar arquiteturas semelhantes, sendo que cromossomos submetacêntricos predominam entre as espécies. disso, observou-se que os cariótipos dessas espécies são simétricos. Com relação a Sisyrinchium decumbens, espécie endêmica do Sul do Brasil e com distribuição restrita, foi realizado o estudo da diversidade genética de três populações. Dados de variabilidade intra e interpopulacionais foram obtidos com marcadores de ISSR. Alto polimorfismo e grande variação genética entre indivíduos nas populações foram observados. Valores de FIS = 0,68 e FST = 0,32 indicaram que a maior parte da variação encontra-se ao nível intrapopulacional e não entre as populações. Esses resultados, associados à PCoA, revelaram importante estruturação genética das populações. O teste de Mantel mostrou não haver correlação entre distâncias genéticas e geográficas. O tipo de dispersão das sementes (barocoria, neste caso) e o comportamento dos polinizadores dessa espécie podem estar contribuindo de maneira significativa para que estas populações se mantenham como entidades separadas. Este estudo revela, de forma inédita, a diversidade e estruturação populacional de uma espécie endêmica de Sisyrinchium. Também é reforçada, pelas análises de número cromossômico e de morfologia do grão de pólen, a forte relação filogenética dessa espécie com S. palmifolium subsp. palmifolium, S. nidulare e S. rectilineum, enquanto que as diferenças no tamanho de genoma e de cromossomos possibilitaram a diferenciação das espécies abordadas. / Sisyrinchium palmifolium L. is the most abundant and widely distributed species within Sisyrinchium L. in southern Brazil. This study aims a better comprehension of S. palmifolium L. subsp. palmifolium and other species belonging to the same infrageneric clade through cytogenetical and molecular analyses. Fifteen accessions were assessed which included four species from the clade IV (S. palmifolium subsp. palmifolium, S. decumbens Ravenna, S. nidulare (Hand.-Mazz.) I.M.Johnst and S. rectilineum Ravenna). Cytological analyses included chromosome number determination, karyotype study, meiotic behaviour, pollen viability and morphology, and DNA content. Three of the investigated species had their chromosome number determined for the first time; all of which were diploids (2n = 2x = 18). These species presented stable meiotic behaviour and high pollen viability (over 87%). All species had oblate spheroidal type pollen grains. Data regarding genome size showed a clear difference between the four studied species, which had 2C values ranging from 2.64 pg in S. decumbens to 5.30 pg em S. rectilineum. Such variation reflects the chromosome sizes of the analysed species. Preliminary karyotype results revealed that in S. decumbens, chromosome sizes range from small to medium whereas S. palmifolium subsp. palmifolium and S. rectilineum have medium to large chromosomes. In spite of having different chromosome sizes, S. decumbens, S. palmifolium subsp. palmifolium and S. rectilineum appear to have similar karyotypic architectures, in which there is a predominance of submetacentric chromosomes among the species. We also found that these species have symmetrical karyotypes. Concerning Sisyrinchium decumbens, an endemic species to southern Brazil with restricted distribution, a study on the genetic diversity of three populations was carried out. Data on intra and interpopulational variability were obtained from ISSR markers. High polymorphism and great genetic variability among individuals within populations were observed. FIS and FST values (0.68 and 0.32, respectively) indicated that genetic variation was mostly found at the intrapopulational level rather than among populations. These results, associated with the PCoA, reveal an important genetic structuring of these populations. Mantel test showed no correlation between genetic and geographic distances. The type of seed dispersal (barochory, in this case) and pollinator behaviour may significantly contribute to this species’s population structure. This study reveals, for the first time, the diversity and population structure of an endemic Sisyrinchium species. By means of chromosome number and pollen grain morphology analyses, the strong phylogenetic relations of this species with S. palmifolium subsp. palmifolium, S. nidulare and S. rectilineum is reinforced, while differences in genome sizes and chromosome sizes enabled the differentiation of the species assessed in this work.

A fibropapilomatose (FP) é uma doença emergente com alta prevalência em tartarugas, caracterizada por múltiplos papilomas, fibromas e fibropapilomas cutâneos ou viscerais. Essa doença foi denominada inicialmente de “green turtle fibropapillomatosis” (GTFP) por ter sido registrada pela primeira vez em tartarugasverdes (Chelonia mydas). Na costa brasileira, o primeiro registro de FP foi em 1986 no Estado do Espírito Santo (ES) e, durante o período de 2000 a 2004, das 4.471 tartarugas-verdes examinadas, 14,96% apresentavam tumores. O agente etiológico da FP nas tartarugas-verdes ainda é incerto, mas acredita-se que seja de caráter multifatorial uma vez que poluição, temperatura da água e outros fatores interferem na ocorrência dos tumores. Um herpesvírus tem sido isolado de fibropapilomas e está presente em 95% das infecções naturais e 100% dos tumores induzidos experimentalmente. O objetivo deste estudo foi investigar a presença e caracterizar o vírus associado à FP em tartarugas-verdes, determinar a carga viral, pigmentação e escore de tumores e verificar a condição corporal das tartarugas; além de fazer a associação entre essas características. Este estudo foi dividido em três manuscritos. No primeiro, documentamos a ocorrência da FP em uma tartaruga-verde no Estado do Rio Grande do Sul (RS). O segundo e o terceiro trabalhos foram realizados com amostras de fibropapilomas de tartarugas-verdes encontradas nos estados do Ceará (CE), Bahia (BA), Espírito Santo (ES) e São Paulo (SP) porque esses estados apresentam uma frequência alta de FP e/ou um grande número de animais capturados em anos anteriores. O segundo estudo relata o sequenciamento de um fragmento de DNA do gene da DNA polimerase do herpesvírus em 38 amostras de fibropapilomas que revelam a ocorrência de seis variantes do vírus no Brasil. O último estudo relata a analise, por PCR e PCR em tempo real, de 175 amostras de fibropapilomas coletados nos estados de CE, BA, ES e SP e faz a associação da carga viral com o tipo de superfície dos tumores (lisa ou verrucosa), presença de pigmentação, condição corporal e escore de tumores nas tartarugas. Quarenta e três amostras foram submetidas à análise histopatológica para determinar o tipo de lesão. Quarente e cinco amostras de pele de tartarugas coletadas na Ilha de Trindade (livre de FP) foram analisadas em busca da presença do vírus. Todas as amostras de Trindade foram negativas para a presença do vírus e 87% das amostras foram positivas na PCR em tempo real. A maioria das amostras (75%) foi coletada de tartarugas sadias, 33% tinham escore de tumores 1, 28% escore 2 e 39% escore 3. Setenta por cento dos tumores eram verrucosos e 41% eram pigmentados. A carga viral máxima foi de 889.674,98 cópias/mg de tumor e animais com tumores de escore 3 apresentaram as mais altas cargas virais. Altas cargas virais também estavam associadas de forma significativa aos animais com fibropapilomatose encontrados mortos em SP e BA e a superfície verrugosa dos tumores nas tartarugas amostradas no CE. / The fibropapillomatosis (FP) is an emerging disease with high prevalence in turtles, characterized by multiple cutaneous or visceral papillomas, fibromas and fibropapillomas. The disease was initially called green turtle fibropapillomatosis (GTFP) because it was first recorded in green turtles (Chelonia mydas). In the Brazilian coast, the FP was first recorded in 1986 in the State of Espirito Santo, and during the period of 2000 until 2004, 14.96% of the 4471 green turtles examined had tumors. The etiologic agent of FP in green turtles is still uncertain, but is believed to be multifactorial, as pollution, water temperature and other factors. A herpesvirus has been isolated from fibropapillomas and is present in 95% of the natural FP and 100% of the experimentally induced tumors. The objective of the present study was to investigate the presence of the virus associated with FP in green turtles and characterize FP lesions, as viral load, pigmentation, body condition and score of tumors, in addition to making the association between these traits. The study was divided into three manuscripts. The first documented the occurrence of FP in green turtles in RS. The second and third study was performed with samples of fibropapillomas of green turtles from the states of Ceará (CE), Bahia (BA), Espírito Santo (ES) and São Paulo (SP) because these states have a high incidence of FP and/or a large number of animals captured in previous years. The second study reports the sequence of a DNA fragment of the herpesvirus from 38 samples of FP, which revealed the occurrence of six virus variants in Brazil. The final study reports the analysis thought PCR and real time PCR of 175 fibropapillomas collected from turtles in the states of CE, BA, ES and SP, and makes the association of viral load with the surface of tumors (smooth or warth), pigmentation, body condition and score of the tumors. Fortythree samples were subjected to histopathological analysis to determine the type of injury and skin samples from 45 turtles collected in the Ilha de Trindade (free FP) were analyzed for the presence of the virus. All samples of the Ilha de Trindade were negative for the virus and 87% of samples were positive in real-time PCR. The majority of the samples (75%) was collected from healthy turtles, 33% had tumors with score 1, 28% score 2 and 39% score 3. Seventy percent of the tumors were warty and 41% were pigmented. The maximum viral load was 889,674.98 copies/mg of tumor and tumors with score 3 had the highest viral loads. High viral loads were also significantly associated with FP from the animals dying in SP and BA, and to tumors with warty surface from the CE.