Não informado. / No presente trabalho fazemos um estudo sobre transformações geométricas no plano, explorando características geométricas e algébricas. A relação entre a geometria e a álgebra é responsável por extraordinários progressos na matemática e suas aplicações. Nosso objetivo inicial é apresentar algumas das principais transformações geométricas, a exemplo das Homotetias, das Translações, de Cisalhamentos, das Simetrias, das Rotações, das Re exões, das Isometrias, etc., de forma intuitiva e ilustrando com exemplos simples. Em seguida exploramos características algébricas elementares que permitem tratar e generalizar o estudo de transformações. Apresentamos ainda os conceitos de Mor smos e Deformações de imagens utilizando noções, por exemplo, como Combinação Linear Convexa.

Submitted by Marcos Samuel (msamjunior@gmail.com) on 2017-06-02T14:00:31Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - José Roberto.pdf: 2019621 bytes, checksum: bd0e80b8c1a9575a30ffdb71186ab3a9 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Reis (vanessa.jamile@ufba.br) on 2017-06-08T11:18:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - José Roberto.pdf: 2019621 bytes, checksum: bd0e80b8c1a9575a30ffdb71186ab3a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-08T11:18:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - José Roberto.pdf: 2019621 bytes, checksum: bd0e80b8c1a9575a30ffdb71186ab3a9 (MD5) / Tendo em vista que um conceito matemático possui várias formas de representação e a fim de contribuir para o ensino dos sistemas de equações e inequações lineares no ensino médio, nesta dissertação, abordaremos os sistemas lineares de modo a considerar seu significado geométrico. Tal abordagem é feita por meio de uma breve apresentação sobre geometria analítica no plano e no espaço, vetores no plano e no espaço, matrizes, determinantes, regra de Cramer e o método do escalonamento. Nos limitaremos a dimensão dois e três para permitir o uso da intuição geométrica de forma acessível aos educandos da educação básica.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-02-15Bitstream added on 2014-06-13T20:02:20Z : No. of bitstreams: 1 corseuil_cw_dr_botfca.pdf: 742121 bytes, checksum: 2cf7661c6e16cc805ed69658fbd2dba9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A utilização das terras para o desenvolvimento de atividades como agricultura e pecuária tem causado grandes alterações no meio ambiente, principalmente quando estas são praticadas de forma intensiva, desconsiderando a fragilidade e aptidão dos recursos naturais. Nesse contexto, é essencial que se faça o planejamento das atividades agrícolas, considerando os vários critérios ambientais envolvidos no processo de tomada de decisão. Desta forma, o presente estudo teve por objetivo analisar a adequação de uso agrícola das terras de uma microbacia, por meio do método de análise de multicritérios em ambiente de sistema de informação geográfica (SIG). A microbacia do Arroio Ajuricaba, localizada no Município de Marechal Cândido Rondon-PR, compreende uma área de aproximadamente 1.681,00 ha e está situada entre as coordenadas UTM 787.309m E e 793.892m E; 7.275.026m N e 7.281.310m N, do Fuso 21. A microbacia localiza-se nas proximidades do lago da Usina Hidrelétrica de ITAIPU - Binacional, a qual é contribuinte, e faz parte da bacia hidrográfica do Paraná III, região oeste do Estado do Paraná, integrando a bacia hidrográfica do Rio São Francisco Verdadeiro. Utilizou-se como material, uma base cartográfica digital na escala 1:50.000; o mapa de solos da microbacia elaborado em escala de semidetalhe e imagens do satélite Landsat 7 ETM+. Para os processos de análise foram identificados dois grupos de critérios: as restrições (áreas de preservação permanentes, rede viária e os corpos de água), que conferem 2 uma limitação total à exploração agrícola das terras, e os fatores (aptidão agrícola das terras, declividade do terreno e uso da terra), que atribuem graus de adequação para o mesmo fim. O cruzamento dos mapas de restrições e fatores foi realizado por meio da metodologia de análise de múlticritérios, baseada... / The use of lands in the development of agricultural activities has been causing great alterations in the environment, mainly when these activities are practiced in an intensive way, disrespecting the fragility and aptitude of the natural resources. Considering these issues, it is essential to plan the agricultural activities, taking into consideration the several environmental criteria involved in the process of decision making. Within this context, the present study analyzes the adequacy of land use for agriculture of a microbasin, using multicriteria analysis methodology with geographic of information system (GIS). The Stream Ajuricaba Microbasin, located at Marechal Cândido Rondon-PR city, corresponds to an area of approximately 1.681,00 ha and is located between the 787.309 m E and 793.892m E; 7.275.026 m N and 7.281.310m N UTM coordinates, of 21 zone. The microbasin is near the lake of the ITAIPU binational hydroelectric plant, which is not only a contributor, but also part of the hydrographic basin of Paraná III, west region of Paraná State, thus, integrating the hydrographic basin of the São Francisco Verdadeiro River. A digital cartographic base in the 1:50.000 scale, the soil map of the microbasin made in a semi-detailed way and images from the Landsat 7 ETM+ satellite were used. Two criteria groups were identified in order to perform the analysis process: the restrictions (permanent preservation areas, road net and the wash bodies) that apply a total limitation related to the land exploration for agriculture, and the factors (land suitability for agriculture, soil declivity and vegetable use and coverage) that attribute levels of adequacy to the same target. The crossing of restrictions and factors maps was performed using the multicriteria analysis methodology with GIS. That methodology is based on the weighed linear combination (WLC). The results... (Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-31Bitstream added on 2014-06-13T20:52:15Z : No. of bitstreams: 1 sartori_aac_me_botfca.pdf: 1545646 bytes, checksum: 2a12c4231007bbdc6a9decf7078f30c2 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A Bacia do Rio Pardo representa muito bem a situação de grande parte do território, onde a fragmentação florestal é um dos resultados do processo desordenado de uso e ocupação do solo. O objetivo do presente trabalho foi definir as áreas prioritárias para favorecer a conectividade entre os fragmentos florestais, visando à restauração florestal. Utilizou-se a abordagem multicriterial, em ambiente SIG, com Método da Combinação Linear Ponderada, para combinação dos fatores (características da paisagem) importantes ao objetivo do trabalho. Para estabelecer os fatores, seus respectivos pesos de compensação (expressam a ordem de importância dos fatores no processo de decisão) e restrições (categorias restritivas das características) empregaram-se a Técnica Participatória e o Processo Hierárquico Analítico, no próprio SIG. A princípio os fatores selecionados foram: proximidade entre fragmentos de maior área nuclear; proximidade à cobertura florestal; proximidade à rede hidrográfica; distância aos centros urbanos; erodibilidade; e declividade. Para obtenção desses fatores foram necessários os planos de informação: uso e cobertura do solo; fragmentos de floresta; área nuclear dos fragmentos de floresta; rede hidrográfica; centros urbanos, declividade; e erodibilidade do solo. O resultado obtido foi um mapa de áreas prioritárias, com graus de prioridade representados de forma contínua no espaço de 255 níveis. Para facilitar a visualização e também a análise dos resultados, o mapa foi reclassificado, de maneira a apresentar apenas cinco graus de prioridade. A partir dos resultados obtidos, pode-se concluir que: a Avaliação Multicritérios, em ambiente SIG, é adequada ao mapeamento de áreas prioritárias à restauração florestal em bacias hidrográficas, o método da Combinação Linear Ponderada é flexível, fácil de ser implementado, e permite... / The Pardo River Basin provides a good representation of the situation of the region, where forest fragmentation is a result of the haphazard process of the land use and occupation. The aim of this study was to define the priority areas to facilitate connectivity between forest fragments in order to forest restoration. Multicriteria approach with Weighted Linear Combination was used for combination of factors (landscape features). To establish the factors, their weights compensation (expressing the relative importance of factors in decision making) and the restrictions (restrictive category of characteristics) it was used to Participatory Technical and Analytic Hierarchy Process. The selected factors were: proximity of fragments of larger nuclear area, proximity to forest area, proximity to water, distance to urban centers; soil erodibility, and slope. The result obtained was a map of priority areas, with levels of priority represented on a continuous way, from 0 to 255. To facilitate the visualization and the analysis of results, the map was reclassified, with only five levels of priority. It was concluded, from the results, that the Multicriteria Evaluation ,in a Geographical Information Systems (GIS), is appropriate to the mapping of priority areas for forest restoration in river basins, the method of Weighted Linear Combination is flexible, easy to be implement, and allows the interaction of knowledge (researchers, analysts) and landscape features, determining the robustness of the solution for decision making; multicriteria analysis, based on Analytical Hierarchy Process (AHP), is essential in evaluating the factors, it uses a pair wise comparison between factors to determine the relative importance of each one, reducing subjectivity and subsidizing the creation of better scenarios for the decision maker; and the map of adequacy, for forest recovery River Basin Pardo-SP... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Sérgio Campos / Banca: Lincoln Gehring Cardoso / Banca: Ana Maria Conte e Castro / Banca: Pedro Roberto de A. Madruga / Banca: Sérgio Pascoal de Campos / Resumo: A utilização das terras para o desenvolvimento de atividades como agricultura e pecuária tem causado grandes alterações no meio ambiente, principalmente quando estas são praticadas de forma intensiva, desconsiderando a fragilidade e aptidão dos recursos naturais. Nesse contexto, é essencial que se faça o planejamento das atividades agrícolas, considerando os vários critérios ambientais envolvidos no processo de tomada de decisão. Desta forma, o presente estudo teve por objetivo analisar a adequação de uso agrícola das terras de uma microbacia, por meio do método de análise de multicritérios em ambiente de sistema de informação geográfica (SIG). A microbacia do Arroio Ajuricaba, localizada no Município de Marechal Cândido Rondon-PR, compreende uma área de aproximadamente 1.681,00 ha e está situada entre as coordenadas UTM 787.309m E e 793.892m E; 7.275.026m N e 7.281.310m N, do Fuso 21. A microbacia localiza-se nas proximidades do lago da Usina Hidrelétrica de ITAIPU - Binacional, a qual é contribuinte, e faz parte da bacia hidrográfica do Paraná III, região oeste do Estado do Paraná, integrando a bacia hidrográfica do Rio São Francisco Verdadeiro. Utilizou-se como material, uma base cartográfica digital na escala 1:50.000; o mapa de solos da microbacia elaborado em escala de semidetalhe e imagens do satélite Landsat 7 ETM+. Para os processos de análise foram identificados dois grupos de critérios: as restrições (áreas de preservação permanentes, rede viária e os corpos de água), que conferem 2 uma limitação total à exploração agrícola das terras, e os fatores (aptidão agrícola das terras, declividade do terreno e uso da terra), que atribuem graus de adequação para o mesmo fim. O cruzamento dos mapas de restrições e fatores foi realizado por meio da metodologia de análise de múlticritérios, baseada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The use of lands in the development of agricultural activities has been causing great alterations in the environment, mainly when these activities are practiced in an intensive way, disrespecting the fragility and aptitude of the natural resources. Considering these issues, it is essential to plan the agricultural activities, taking into consideration the several environmental criteria involved in the process of decision making. Within this context, the present study analyzes the adequacy of land use for agriculture of a microbasin, using multicriteria analysis methodology with geographic of information system (GIS). The Stream Ajuricaba Microbasin, located at Marechal Cândido Rondon-PR city, corresponds to an area of approximately 1.681,00 ha and is located between the 787.309 m E and 793.892m E; 7.275.026 m N and 7.281.310m N UTM coordinates, of 21 zone. The microbasin is near the lake of the ITAIPU binational hydroelectric plant, which is not only a contributor, but also part of the hydrographic basin of Paraná III, west region of Paraná State, thus, integrating the hydrographic basin of the São Francisco Verdadeiro River. A digital cartographic base in the 1:50.000 scale, the soil map of the microbasin made in a semi-detailed way and images from the Landsat 7 ETM+ satellite were used. Two criteria groups were identified in order to perform the analysis process: the restrictions (permanent preservation areas, road net and the wash bodies) that apply a total limitation related to the land exploration for agriculture, and the factors (land suitability for agriculture, soil declivity and vegetable use and coverage) that attribute levels of adequacy to the same target. The crossing of restrictions and factors maps was performed using the multicriteria analysis methodology with GIS. That methodology is based on the weighed linear combination (WLC). The results... (Complete abstract, click electronic access below) / Doutor

Atualmente, ao testar hipóteses utiliza-se como convenção um valor fixo (normalmente 0,05) para o Erro Tipo I máximo aceitável (probabilidade de Rejeitar H0 dado que ela é verdadeira) , também conhecido como nível de significância do teste de hipóteses proposto, representado por alpha. Na maioria das vezes nem se chega a calcular o Erro tipo II ou beta (probabilidade de Aceitar H0 dado que ela é falsa). Tampouco costuma-se questionar se o alpha adotado é razoável para o problema analisado ou mesmo para o tamanho amostral apresentado. Este texto visa levar à reflexão destas questões. Inclusive sugere que o nível de significância deve ser função do tamanho amostral. Ao invés de fixar-se um nível de significância único, sugerimos fixar a razão de gravidade entre os erros tipo I e tipo II baseado nas perdas incorridas em cada caso e assim, dado um tamanho amostral, definir o nível de significância ideal que minimiza a combinação linear dos erros de decisão. Mostraremos exemplos de hipóteses simples, compostas e precisas para a comparação de proporções, da forma mais convencionalmente utilizada comparada com a abordagem bayesiana proposta. / Usually the significance level of the hypothesis test is fixed (typically 0.05) for the maximum acceptable Type I error (probability of Reject H0 as it is true), also known as the significance level of the hypothesis test, represented here by alpha. Normally the type II error or beta (probability of Accept H0 as it is false) is not calculed. Nor often wonder whether the alpha adopted is reasonable for the problem or even analyzed for the sample size presented. This text aims to take the reflection of these issues. Even suggests that the significance level should be a function of the sample size. Instead of fix a unique level of significance, we suggest fixing the ratio of gravity between type I and type II errors based on losses incurred in each case and so, given a sample size, set the ideal level of significance that minimizes the linear combination of the decision errors. There are examples of simple, composite and sharp hypotheses for the comparison of proportions, the more conventionally used form compared with the Bayesian approach proposed.

Atualmente, ao testar hipóteses utiliza-se como convenção um valor fixo (normalmente 0,05) para o Erro Tipo I máximo aceitável (probabilidade de Rejeitar H0 dado que ela é verdadeira) , também conhecido como nível de significância do teste de hipóteses proposto, representado por alpha. Na maioria das vezes nem se chega a calcular o Erro tipo II ou beta (probabilidade de Aceitar H0 dado que ela é falsa). Tampouco costuma-se questionar se o alpha adotado é razoável para o problema analisado ou mesmo para o tamanho amostral apresentado. Este texto visa levar à reflexão destas questões. Inclusive sugere que o nível de significância deve ser função do tamanho amostral. Ao invés de fixar-se um nível de significância único, sugerimos fixar a razão de gravidade entre os erros tipo I e tipo II baseado nas perdas incorridas em cada caso e assim, dado um tamanho amostral, definir o nível de significância ideal que minimiza a combinação linear dos erros de decisão. Mostraremos exemplos de hipóteses simples, compostas e precisas para a comparação de proporções, da forma mais convencionalmente utilizada comparada com a abordagem bayesiana proposta. / Usually the significance level of the hypothesis test is fixed (typically 0.05) for the maximum acceptable Type I error (probability of Reject H0 as it is true), also known as the significance level of the hypothesis test, represented here by alpha. Normally the type II error or beta (probability of Accept H0 as it is false) is not calculed. Nor often wonder whether the alpha adopted is reasonable for the problem or even analyzed for the sample size presented. This text aims to take the reflection of these issues. Even suggests that the significance level should be a function of the sample size. Instead of fix a unique level of significance, we suggest fixing the ratio of gravity between type I and type II errors based on losses incurred in each case and so, given a sample size, set the ideal level of significance that minimizes the linear combination of the decision errors. There are examples of simple, composite and sharp hypotheses for the comparison of proportions, the more conventionally used form compared with the Bayesian approach proposed.

Nas duas últimas décadas, houve um enorme aumento no número de estruturas proteicas resolvidas, e entre elas há uma variedade imensa de proteínas com mais de uma conformação observada. Essa quantidade incontestável de dados experimentais corroboram a hipótese de que cada proteína exista num espaço conformacional próprio, onde ela possa adotar inúmeras conformações, umas mais distintas ou estáveis que outras. Essas conformações estão distribuídas nesse espaço de acordo com sua energia potencial, que pode ser definida como uma superfície cheia de rugosidades, poços e barreiras energéticas. Duas conformações distantes nesse espaço são muito diferentes entre si, enquanto que duas conformações próximas são mais semelhantes. Da mesma forma, se distinguem os movimentos necessários para passar de uma conformação à outra. Para uma proteína passar de um estado a outro, geralmente identificados com grandes mudanças conformacionais, é necessário um movimento coletivo. Por ser de grande amplitude, esse tipo de movimento ocorre com baixa frequência, e dificilmente é observado em simulações clássicas de dinâmica molecular. Assim, existem métodos dedicados à obtenção destes movimentos, como a análise de modos normais, os modelos de redes elásticas e a análise de componentes principais. Neste trabalho, adaptamos o método de transformada de Fourier para recuperar modos harmônicos que compõem uma trajetória simulada suficientemente longa para analisar três proteínas distintas quanto a seus movimentos biológicos de importância funcional. Uma é a DEA, cuja simetria hexagonal observamos influenciar nos modos coletivos e na transição entre estados. Outra é a MosR, que simulamos em seus dois estados diferentes, oxidado ou reduzido, para encontrar como a oxidação é capaz de impedir os movimentos coletivos que levam à conformação ligada ao DNA. Nestas duas proteínas, observamos que nenhum modo por si só é responsável pela transição entre as conformações experimentais, mas que eles dependem de outros modos ou outras mudanças conformacionais ocorrendo de forma combinada. A terceira proteína analisada é um regulador transcricional, assim como a MosR, a ElrR, cuja estrutura é conhecida somente na forma apo. Neste trabalho, construímos modelos da ElrR ligada ao DNA pela combinação linear de modos harmônicos para modelar um possível ligante na nova conformação do sítio alostérico. As amplitudes usadas nessa combinação foram obtidas pelo método de mínimos quadrados, visando minimizar o desvio em relação somente às coordenadas que as hélices de reconhecimento devem apresentar para se ligar ao sítio de DNA. Este prognóstico foi feito pela análise metódica das estruturas de 27 reguladores transcricionais, homodiméricos com o motivo HTH, em complexo com DNA. Essa análise também nos permitiu descrever a estereoquímica do encaixe das hélices de reconhecimento nos sulcos maiores do DNA com novos parâmetros geométricos, intimamente relacionados com a simetria do complexo, com a sequência de resíduos das hélices de reconhecimento e com a sequência de bases do sítio de DNA, de forma a auxiliar na modelagem de novos complexos. / There was an enormous increase in the deposited protein structures in the past two decades, among them there is a great variety of proteins with more than one observed conformation. This undenieble amount of experimental data ratify the hypothesis that each protein posseses its own conformational space, where it can adopt countless conformations, some more distinct or stable than others. These conformations are distributed in the space according to its potential energy, which maybe defined as a rough landscape fulled with energetic wells and barriers. Two conformations lying apart from each other in this landscape do not carry much resemblances, while neighbouring conformations are very similar. The motions required to get one conformation to another are just as distinguishable. There must be a collective motion inbetween two states of a protein, commonly characterized by large conformation changes. This type of motion is related to large amplitudes and low frequencies, thus it is hardly seen in classical molecular dynamics simulations. Therefore, there are dedicated methods to obtain these motions, as normal modes analysis, elastic network models and essential dynamics. In this work we adapted the method of Fourier transform filtering to retrieve harmonic modes that compose a simulated trajectory and thus analise the biological motions with functional importance of three distinct proteins. One is DEA, which hexagonal symmetry was observed to affect its collective motions and the transition between biological states. Another protein is MosR, which we simulated in two different states, oxidized or reduced, to learn how the formation of a disulphide bridge is able to preclude the collective motions that lead to a DNA-binding conformation. With these two proteins we observed that no mode by itself is responsible for the transition between experimental conformations, and they actually depend on other conformational changes occurring in a combined manner. The third protein that we analised, ElrR, is a transcriptional regulator, like MosR, which structure is known only on its apo form. Hence in this work we built models of ElrR bound to DNA by the linear combination of harmonic modes aiming to model a ligand that would fit in the allosteric site upon the conformational changes driven by the collective motions. The amplitudes we used in this method were calculated by the least square method to minimize the deviation to the positions of the recognition helices when bound to the DNA. This prognostic of the target position of the recognition helices was made upon the methodical analysis of 27 structures of homodimeric transcriptional regulators, that present the Helix-Turn-Helix motif, complexed with DNA. This approach allowed us to describe the stereochemical fitting of the recognition helices into the DNA major grooves with new geometrical parameters intimatelly related to the symmetry of the complex, the residue sequence of the recognition helices and the base sequence of the DNA site, providing thus support to model new complexes.

Nas duas últimas décadas, houve um enorme aumento no número de estruturas proteicas resolvidas, e entre elas há uma variedade imensa de proteínas com mais de uma conformação observada. Essa quantidade incontestável de dados experimentais corroboram a hipótese de que cada proteína exista num espaço conformacional próprio, onde ela possa adotar inúmeras conformações, umas mais distintas ou estáveis que outras. Essas conformações estão distribuídas nesse espaço de acordo com sua energia potencial, que pode ser definida como uma superfície cheia de rugosidades, poços e barreiras energéticas. Duas conformações distantes nesse espaço são muito diferentes entre si, enquanto que duas conformações próximas são mais semelhantes. Da mesma forma, se distinguem os movimentos necessários para passar de uma conformação à outra. Para uma proteína passar de um estado a outro, geralmente identificados com grandes mudanças conformacionais, é necessário um movimento coletivo. Por ser de grande amplitude, esse tipo de movimento ocorre com baixa frequência, e dificilmente é observado em simulações clássicas de dinâmica molecular. Assim, existem métodos dedicados à obtenção destes movimentos, como a análise de modos normais, os modelos de redes elásticas e a análise de componentes principais. Neste trabalho, adaptamos o método de transformada de Fourier para recuperar modos harmônicos que compõem uma trajetória simulada suficientemente longa para analisar três proteínas distintas quanto a seus movimentos biológicos de importância funcional. Uma é a DEA, cuja simetria hexagonal observamos influenciar nos modos coletivos e na transição entre estados. Outra é a MosR, que simulamos em seus dois estados diferentes, oxidado ou reduzido, para encontrar como a oxidação é capaz de impedir os movimentos coletivos que levam à conformação ligada ao DNA. Nestas duas proteínas, observamos que nenhum modo por si só é responsável pela transição entre as conformações experimentais, mas que eles dependem de outros modos ou outras mudanças conformacionais ocorrendo de forma combinada. A terceira proteína analisada é um regulador transcricional, assim como a MosR, a ElrR, cuja estrutura é conhecida somente na forma apo. Neste trabalho, construímos modelos da ElrR ligada ao DNA pela combinação linear de modos harmônicos para modelar um possível ligante na nova conformação do sítio alostérico. As amplitudes usadas nessa combinação foram obtidas pelo método de mínimos quadrados, visando minimizar o desvio em relação somente às coordenadas que as hélices de reconhecimento devem apresentar para se ligar ao sítio de DNA. Este prognóstico foi feito pela análise metódica das estruturas de 27 reguladores transcricionais, homodiméricos com o motivo HTH, em complexo com DNA. Essa análise também nos permitiu descrever a estereoquímica do encaixe das hélices de reconhecimento nos sulcos maiores do DNA com novos parâmetros geométricos, intimamente relacionados com a simetria do complexo, com a sequência de resíduos das hélices de reconhecimento e com a sequência de bases do sítio de DNA, de forma a auxiliar na modelagem de novos complexos. / There was an enormous increase in the deposited protein structures in the past two decades, among them there is a great variety of proteins with more than one observed conformation. This undenieble amount of experimental data ratify the hypothesis that each protein posseses its own conformational space, where it can adopt countless conformations, some more distinct or stable than others. These conformations are distributed in the space according to its potential energy, which maybe defined as a rough landscape fulled with energetic wells and barriers. Two conformations lying apart from each other in this landscape do not carry much resemblances, while neighbouring conformations are very similar. The motions required to get one conformation to another are just as distinguishable. There must be a collective motion inbetween two states of a protein, commonly characterized by large conformation changes. This type of motion is related to large amplitudes and low frequencies, thus it is hardly seen in classical molecular dynamics simulations. Therefore, there are dedicated methods to obtain these motions, as normal modes analysis, elastic network models and essential dynamics. In this work we adapted the method of Fourier transform filtering to retrieve harmonic modes that compose a simulated trajectory and thus analise the biological motions with functional importance of three distinct proteins. One is DEA, which hexagonal symmetry was observed to affect its collective motions and the transition between biological states. Another protein is MosR, which we simulated in two different states, oxidized or reduced, to learn how the formation of a disulphide bridge is able to preclude the collective motions that lead to a DNA-binding conformation. With these two proteins we observed that no mode by itself is responsible for the transition between experimental conformations, and they actually depend on other conformational changes occurring in a combined manner. The third protein that we analised, ElrR, is a transcriptional regulator, like MosR, which structure is known only on its apo form. Hence in this work we built models of ElrR bound to DNA by the linear combination of harmonic modes aiming to model a ligand that would fit in the allosteric site upon the conformational changes driven by the collective motions. The amplitudes we used in this method were calculated by the least square method to minimize the deviation to the positions of the recognition helices when bound to the DNA. This prognostic of the target position of the recognition helices was made upon the methodical analysis of 27 structures of homodimeric transcriptional regulators, that present the Helix-Turn-Helix motif, complexed with DNA. This approach allowed us to describe the stereochemical fitting of the recognition helices into the DNA major grooves with new geometrical parameters intimatelly related to the symmetry of the complex, the residue sequence of the recognition helices and the base sequence of the DNA site, providing thus support to model new complexes.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SUMIDA_Simone_Sayuri_2013.pdf: 1095632 bytes, checksum: 44723f2f9f3d3c463660010f25ea0e0d (MD5) Previous issue date: 2013-11-08 / Fragmentation, degradation of habitats, overexploitaton of species and introduction of exotic species are some of the main threats to biodiversity, as a consequence of the human consumption and expansion needs. The local preservation or preservation in situ , through the establishment of legally protected areas is one way to mitigate the expansion of these activities. Piedade municipality presents a set of favorable conditions to establish protected areas: the urbanization is relatively low, native forest remnants occupy approximately 25% of the municipal area, and there are two relevant protected areas with portions within its boundaries: the Environmental Protection Area of Itupararanga, in the northeastern part, and, the State Park of Jurupará, in the southeastern portion. The protected areas in general occupy extensive areas, with different patches, forming a landscape mosaic, and can be studied by Geospatial Technologies, specially through one of its main techniques, the Geographic Information System (GIS), which allows the aggregation of factors through different approaches. Multicriteria evaluation (MCE) is one of those approaches, which transforms and combines different factors, considering their relevance and their respective levels of influence on the production of solutions / alternatives for decision making. In this context, the purpose of this study was to define priority areas for protection, in the Piedade municipality, through the Multicriteria evaluation (MCE). The specific objective was to identify the importance and influence of the selected factors on the decision support process and to evaluate which methods of MCE is appropriated to this study: Weighted Linear Combination (WLC) or Ordered Weighted Averaging (OWA). We defined the criteria and theirs weights using the Participatory Technique. The result was one map of priority areas through WLC and two maps through OWA, with similar degrees of tradeoffs and different degrees of risk to the decision support. The methods (WLC and OWA) enable the definition of priority areas for protection, although the WLC proposes a less detailed solution, which can result in uncertainties in landscape planning. The OWA offers different solutions, considering the risk-taking and factors tradeoffs, providing a greater number of possible answers to the question of interest. The map with low risk-taking was the more appropriated to define priority areas for protection in the Piedade municipality, SP. / Fragmentação, degradação de habitats, superexploração de espécies, introdução de espécies exóticas são algumas das principais ameaças à biodiversidade, devido às necessidades de consumo e expansão humana. Uma das formas de mitigar a expansão dessas atividades e proteger a diversidade biológica, em longo prazo, é a preservação local, ou in situ, por meio do estabelecimento de áreas legalmente protegidas. O município de Piedade apresenta um conjunto de condições favoráveis à consolidação de áreas protegidas, como a urbanização relativamente baixa, a presença de valiosos remanescentes florestais que ocupam aproximadamente 25% da área do município e a existência de duas relevantes Unidades de Conservação com porções dentro de seus limites: a Área de Proteção Ambiental (APA) de Itupararanga na região nordeste do município e o Parque Estadual (PE) do Jurupará, na região sudeste. As áreas protegidas são, em geral, extensas e compostas por diferentes elementos na paisagem e podem ser estudadas por meio do Geoprocessamento, em especial, por uma de suas principais técnicas, o Sistema de Informação Geográfica (SIG), o qual permite a agregação de fatores por meio de diferentes abordagens. A Avaliação Multicriterial (AMC) é uma dessas abordagens, a qual transforma e combina diferentes fatores considerando a relevância dos mesmos e os seus respectivos níveis de influência, produzindo soluções/alternativas para a tomada de decisão. Nesse contexto, o presente trabalho teve por objetivo geral identificar áreas prioritárias à proteção, no município de Piedade, por meio da Avaliação Multicriterial (AMC). Os objetivos específicos foram identificar os fatores, e seus pesos, importantes à definição dessas áreas prioritárias, para as condições da área de estudo e avaliar qual método de AMC, se a Combinação Linear Ponderada (CLP) ou se a Média Ponderada Ordenada (MPO), é o mais apropriado ao objetivo do presente estudo. Por meio da Técnica Participatória, definiu-se os critérios e seus respectivos pesos. Obteve-se um mapa de áreas prioritárias por meio de CLP e outros dois mapas, com valores de compensação semelhantes e diferentes graus de risco para a tomada de decisão. Tanto a CLP quanto a MPO possibilitam a identificação de áreas propensas a se tornarem protegidas, porém a CLP forneceu soluções mais gerais e menos detalhadas que, se não forem bem avaliadas, podem acarretar em incertezas no planejamento da paisagem. A MPO permitiu obter distintas soluções para o processo decisório, por considerar os riscos e as compensações entre os fatores, fornecendo uma maior quantidade de possíveis respostas à questão de interesse. O mapa obtido por meio da MPO, com risco baixo de tomada de decisão, foi considerado o mais adequado para a definição de áreas prioritárias à proteção no município de Piedade, SP.