Disenteria de inverno é uma doença causada pelo coronavírus bovino que afeta animais adultos. Descrevem-se dois surtos de disenteria de inverno em rebanhos leiteiros nos municípios de Viamão e Vespasiano Corrêa, Rio Grande do Sul. A doença foi reproduzida experimentalmente em dois bovinos adultos. O quadro clínico se caracterizou por diarréia, inicialmente líquida esverdeada com estrias de sangue e muco, que em alguns animais, evoluiu para coloração marrom escura à sanguinolenta e que persistiu, em média, cinco dias. Na propriedade de Vespasiano Corrêa os animais apresentaram sinais respiratórios como tosse e corrimento nasal. Diminuição na produção de leite e no consumo de alimentos, além de graus variados de depressão foram também observados. Foi detectada a presença do coronavírus bovino nas fezes e secreção nasal dos animais pela técnica da nested RT-PCR. Foi realizada necropsia de um animal naturalmente infectado que morreu devido à doença. Na necropsia, observou-se mucosas pálidas, conteúdo sanguinolento com presença de grande quantidade de coágulos, principalmente no cólon espiral e petéquias na mucosa do cólon. No cólon espiral, foram observados os principais achados histológicos que incluíram criptas dilatadas sem epitélio de revestimento, ou revestidas por epitélio pavimentoso e/ou cuboidal, às vezes, com núcleos grandes e nucléolos proeminentes. Algumas criptas eram preenchidas por debris necróticos e polimorfonucleares. Amostra de fezes de um animal naturalmente infectado foi usada, através de uma suspensão administrada via oral e nasal, para tentar induzir infecção experimental em 3 bovinos de 20 meses. Foi observada diarréia em dois desses animais, no 5º dia após a inoculação. Esses animais foram eutanasiados ao 2º e 3º dias de diarréia. As lesões histológicas dos casos experimentais foram semelhantes àquelas do caso natural. Na imuno-histoquímica anti-coronavírus bovino (8F2) em cortes de tecido incluído em parafina do cólon espiral, houve marcação positiva no citoplasma de enterócitos das criptas, nos debris necróticos dessas criptas e em macrófagos na lâmina própria, tanto no caso natural como nos experimentais. Nos casos experimentais, também foi observada marcação imuno-histoquímica positiva em duodeno, jejuno, íleo, ceco, cólon descendente e epitélio de revestimento dos cornetos nasais. / Winter dysentery is caused by bovine coronavírus that affects adult animals. This report describes two outbreaks of the disease in dairy herds located in the counties of Viamão and Vespasiano Corrêa, Rio Grande do Sul. The disease was induced experimentally in two adult cattle. The most significant clinical sign was profuse and watery diarrhea, which ranged from greenish to brownish coloration with occasional blood streaks and mucus to a bloody diarrhea. In one herd, animals showed respiratory signs such as cough and nasal discharge. Most cases persisted for 5 days and also included depression, decreased milk production, and diminished food intake. The presence of bovine coronavirus was detected in feces and nasal secretions of animals by nested RTPCR. Necropsy was performed in one animal naturally affected and died due to the disease and revealed pale mucosa, sanguineous contents, and blood clots particularly within the spiral colon and pinpoint hemorrhages on the colonic mucosa. Histopathological lesions were predominant in the spiral colon and consisted of a high number of dilated crypts without epithelium or with replaced pavement epithelium with occasional immature cuboidal cells, which sometimes showed enlarged nucleus and prominent nucleolus. Some crypts were filled with epithelial desquamation and polymorphonuclear cells. Fecal samples from one naturally infected animal were used as a suspension and inoculated orally and nasal in three 20-month-old heifers. Diarrhea was observed in 2 of them and started on the 5th day post infection. These animals were euthanized at the second and third days of diarrhea. The histological lesions of experimental cases were similar to the natural case. Anti-bovine coronavirus (8F2) immunostaining was applied on paraffin embedded sections of the spiral colon and showed positive reactions in the cytoplasm of the infected crypt epithelium, sloughed necrotic cells, and within macrophages in the lamina propria of both, natural and experimental cases. Positive reactions were also seen in duodenum, jejunum, ileum, cecum, descending colon and the epithelium lining the nasal turbinate from experimental cases.

Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias / El sector porcícola en Colombia ha venido creciendo de manera sostenida por encima del 6% anual desde 2010, sumado al incremento del consumo per cápita que ha pasado de 3.3 Kg/ hab/año en el año 2004 a 8.6 Kg/hab /año en el año 2016. Este crecimiento, está acompañado de mejores indicadores de productividad y mejores condiciones de bioseguridad. Debido a esto la Asociación Colombiana de Porcicultores con el acompañamiento y aval de la Autoridad Sanitaria – ICA ha estructurado un trabajo conjunto para el mejoramiento del estatus sanitario nacional fundamentado en la evaluación de ciertas enfermedades que generan problemas clínicos, tienen un impacto económico en la producción porcina nacional y limitan el proceso exportador de productos derivados de los porcinos. En la actualidad Colombia cuenta con la principal región de producción porcícola reconocida por la Organización Mundial de Sanidad Animal – OIE como libre de Peste Porcina Clásica, la cual comprende los departamentos de Antioquia, Caldas, Quindío, Risaralda, Valle del Cauca y Norte del Cauca. Esta zona concentra el 70% de la porcicultura tecnificada del país y cuenta con una serie de barreras geográficas y medidas sanitarias que le posicionan como una zona estratégica para el desarrollo de la porcicultura nacional y la consolida como una región con potencial para la exportación de carne de cerdo y sus productos. El objetivo del presente trabajo es demostrar la ausencia de la enfermedad de Aujeszky, Gastroenteritis Transmisible y Coronavirus Respiratorio, en la principal zona de producción porcícola tecnificada conformada por los departamentos de Antioquia, Caldas, Quindío, Risaralda, Valle del Cauca y Norte del Cauca a través de un estudio sero epidemiológico. En total se tomaron 2930 muestras en 486 predios para la enfermedad de Aujeszky y 1038 muestras en 165 predios para TGEV y Coronavirus respiratorio, con un 1% de prevalencia predial, una sensibilidad de la prueba diagnóstica del 100% y un 95% de nivel de confianza. Las técnicas diagnósticas empleadas fueron ELISA y como prueba confirmatoria se empleó la técnica de seroneutralización para Aujeszky y RT – PCR para TGEV – coronavirus. Los resultados del estudio permiten inferir la ausencia de infección por virus de la enfermedad de Aujeszky, Gastroenteritis Transmisible y Coronavirus Respiratorio porcino en los departamentos que conforman la principal región de producción porcícola de Colombia con un nivel de confianza del 95% / The pork sector in Colombia has been growing steadily above 6% per year since 2010, added to the increase in per capita consumption that has gone from 3.3 Kg / inhabitant / year in 2004 to 8.6 Kg / inhabitant / year in the year 2016. This growth is accompanied by better productivity indicators and better biosecurity conditions. Due to this, the Colombian Association of Producers with the support and endorsement of the Health Authority - ICA has structured a joint work for the improvement of the national sanitary status based on the evaluation of certain diseases that generate clinical problems, have an economic impact on the production swine and limit the export process of porcine products. Currently, Colombia has the main pig production region recognized by the World Organization for Animal Health - OIE as free of Classical Swine Fever, which includes the departments of Antioquia, Caldas, Quindío, Risaralda, Valle del Cauca and Norte del Cauca. This area concentrates 70% of the country's technically-procured swine and has a series of geographical barriers and sanitary measures that position it as a strategic area for the development of national pork production and consolidates it as a region with potential for meat exports of pork and its products. he objective of the present work is to demonstrate the absence of Aujeszky's disease, Transmissible Gastroenteritis and Respiratory Coronavirus, in the main area of high-tech porcine production formed by the departments of Antioquia, Caldas, Quindío, Risaralda, Valle del Cauca and Norte del Cauca through a sero epidemiological study. A total of 2930 samples were taken in 486 farms for Aujeszky's disease and 1038 samples in 165 farms for TGEV and respiratory Coronavirus, with a 1% prevalence of predials, a sensitivity of the diagnostic test of 100% and a 95% level of trust. The diagnostic techniques used were ELISA and as a confirmatory test the sero neutralization technique was used for Aujeszky and RT - PCR for TGEV - coronavirus. The final results allow to infer the absence of infection by Aujeszky's disease virus, Transmissible Gastroenteritis and Porcine Respiratory Coronavirus in the departments that make up the main pig production region of Colombia with a confidence level of 95%.

Disenteria de inverno é uma doença causada pelo coronavírus bovino que afeta animais adultos. Descrevem-se dois surtos de disenteria de inverno em rebanhos leiteiros nos municípios de Viamão e Vespasiano Corrêa, Rio Grande do Sul. A doença foi reproduzida experimentalmente em dois bovinos adultos. O quadro clínico se caracterizou por diarréia, inicialmente líquida esverdeada com estrias de sangue e muco, que em alguns animais, evoluiu para coloração marrom escura à sanguinolenta e que persistiu, em média, cinco dias. Na propriedade de Vespasiano Corrêa os animais apresentaram sinais respiratórios como tosse e corrimento nasal. Diminuição na produção de leite e no consumo de alimentos, além de graus variados de depressão foram também observados. Foi detectada a presença do coronavírus bovino nas fezes e secreção nasal dos animais pela técnica da nested RT-PCR. Foi realizada necropsia de um animal naturalmente infectado que morreu devido à doença. Na necropsia, observou-se mucosas pálidas, conteúdo sanguinolento com presença de grande quantidade de coágulos, principalmente no cólon espiral e petéquias na mucosa do cólon. No cólon espiral, foram observados os principais achados histológicos que incluíram criptas dilatadas sem epitélio de revestimento, ou revestidas por epitélio pavimentoso e/ou cuboidal, às vezes, com núcleos grandes e nucléolos proeminentes. Algumas criptas eram preenchidas por debris necróticos e polimorfonucleares. Amostra de fezes de um animal naturalmente infectado foi usada, através de uma suspensão administrada via oral e nasal, para tentar induzir infecção experimental em 3 bovinos de 20 meses. Foi observada diarréia em dois desses animais, no 5º dia após a inoculação. Esses animais foram eutanasiados ao 2º e 3º dias de diarréia. As lesões histológicas dos casos experimentais foram semelhantes àquelas do caso natural. Na imuno-histoquímica anti-coronavírus bovino (8F2) em cortes de tecido incluído em parafina do cólon espiral, houve marcação positiva no citoplasma de enterócitos das criptas, nos debris necróticos dessas criptas e em macrófagos na lâmina própria, tanto no caso natural como nos experimentais. Nos casos experimentais, também foi observada marcação imuno-histoquímica positiva em duodeno, jejuno, íleo, ceco, cólon descendente e epitélio de revestimento dos cornetos nasais. / Winter dysentery is caused by bovine coronavírus that affects adult animals. This report describes two outbreaks of the disease in dairy herds located in the counties of Viamão and Vespasiano Corrêa, Rio Grande do Sul. The disease was induced experimentally in two adult cattle. The most significant clinical sign was profuse and watery diarrhea, which ranged from greenish to brownish coloration with occasional blood streaks and mucus to a bloody diarrhea. In one herd, animals showed respiratory signs such as cough and nasal discharge. Most cases persisted for 5 days and also included depression, decreased milk production, and diminished food intake. The presence of bovine coronavirus was detected in feces and nasal secretions of animals by nested RTPCR. Necropsy was performed in one animal naturally affected and died due to the disease and revealed pale mucosa, sanguineous contents, and blood clots particularly within the spiral colon and pinpoint hemorrhages on the colonic mucosa. Histopathological lesions were predominant in the spiral colon and consisted of a high number of dilated crypts without epithelium or with replaced pavement epithelium with occasional immature cuboidal cells, which sometimes showed enlarged nucleus and prominent nucleolus. Some crypts were filled with epithelial desquamation and polymorphonuclear cells. Fecal samples from one naturally infected animal were used as a suspension and inoculated orally and nasal in three 20-month-old heifers. Diarrhea was observed in 2 of them and started on the 5th day post infection. These animals were euthanized at the second and third days of diarrhea. The histological lesions of experimental cases were similar to the natural case. Anti-bovine coronavirus (8F2) immunostaining was applied on paraffin embedded sections of the spiral colon and showed positive reactions in the cytoplasm of the infected crypt epithelium, sloughed necrotic cells, and within macrophages in the lamina propria of both, natural and experimental cases. Positive reactions were also seen in duodenum, jejunum, ileum, cecum, descending colon and the epithelium lining the nasal turbinate from experimental cases.

Master of Science / Department of Diagnostic Medicine/Pathobiology / Richard Hesse / Bovine Coronavirus (BCoV) is known to cause enteric and respiratory diseases, such as calf diarrhea, winter dysentery, calf respiratory disease, and bovine respiratory disease complex (BRD). All of these diseases are believed to be caused by the same genotype of BCoV. BCoV exhibits tissue tropism for both the gastrointestinal and respiratory tracts. This tropism is due to 9-O-acetylated sialic acid receptor on both epithelial cells in the respiratory and enteric tract. Currently, the only vaccine available for BCoV targets the enteric form of the disease. This study addresses the hypothesis that antibodies from the enteric form of the disease can cross neutralize the respiratory form of the virus. Data from surveillance studies suggest that BCoV is one of the major contributors to BRD, for which there is no currently approved vaccine for the respiratory form of the disease. Our approach to answering this question is to sequence and analyze the complete genome of 11 respiratory and enteric coronavirus isolates using next generation sequencing (NGS). Following the NGS, viruses were selected based on phylogenetic analysis and ability to grow and be maintained in cell culture. These viruses were then be used as serum neutralization indicator viruses in SN assays. 147 bovine serums submitted to KSVDL were used to determine if there are any serological differences between the immune response to respiratory versus enteric viruses based on the antibodies produced by the animal. The overall results show that there are few differences between the enteric and respiratory isolates at the genomic level and the serological response from the animal to these viruses. The differences between enteric and respiratory virus will need to be further addressed and analyzed to conclude if there is a noteworthy difference between the viruses with different tropisms. Other factors, such as host immune response and environment, are believed to be involved in the virus tropism to certain areas of the body.

Orientador: João Pessoa Araújo Junior / Banca: Luciane Alarcão Dias Melício / Banca: Marcelo de Souza Zanutto / Resumo: O Coronavírus felino (FCoV) é um membro da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, gênero Alphacoronavírus, que é responsável por causar a peritonite infecciosa felina (PIF). Dentre os testes sorológicos utilizados no auxílio ao diagnóstico da doença, o método mais sensível e recomendado é o ELISA. O FCoV apresenta características que dificultam seu cultivo celular, sendo necessário o uso de antígenos recombinantes no ELISA. A proteína de nucleocapsídeo (N) do FCoV apresenta vantagens no seu uso como antígeno recombinante em testes sorológicos, por ser conservada, altamente imunogênica, e ser uma das mais produzidas durante a infecção viral. O objetivo deste trabalho foi padronizar e aplicar o ELISA indireto com uso de proteína N recombinante para detectar anticorpos anti-FCoV em soros de gatos naturalmente infectados. Um fragmento de rim de um felino que veio a óbito com PIF foi utilizado para extração de RNA viral, amplificação pela RT-PCR e sequenciamento da proteína N. A sequência da proteína N foi sintetizada com códons otimizados para expressão em Escherichia coli e inserida no plasmídeo pGS21a. Após sua produção, a proteína foi purificada. Foi realizado o Western blott com soro de gato naturalmente infectado para a confirmação da reatividade da proteína. Na padronização do ELISA indireto foi determinada o tipo de bloqueio, concentração de antígeno e diluição dos soros. Trezentos e oitenta e duas amostras de soros felinos foram testadas. Os resultados obtidos mostraram que a proteína produzida apresentou ótima reatividade no ELISA indireto. Foram encontradas diferenças de A450 entre os soros testados, onde se demonstrou uma alta capacidade de discriminação com A450 de 0,1 a 1,8, mostrando que o teste é quantitativo. O ELISA indireto padronizado para detecção de anticorpos anti-FCoV utilizando a proteína N recombinante é um método eficiente e pode ser aplicado em amostras de campo / Abstract: The Feline Coronavírus (FCoV) is a member of the Nidovirales order, Coronaviridae family, Alphacoronavírus genus, which is responsible for causing Feline Infectious Peritonitis (FIP). Among the serological tests used in the disease diagnosis, ELISA is the most sensitive and recommended assay. FCoV has characteristics that difficult their cell culture growing, requiring the use of recombinant antigens in the ELISA. The FCoV nucleocapsid protein (N) is conserved, highly immunogenic and is the most protein produced during viral infection, being a great recombinant antigen in serological tests. The aim of this study was to standardize and apply the indirect ELISA using recombinant N protein to detect anti-FCoV antibodies in sera from naturally infected cats. A kidney fragment of died feline FIP positive was used for extraction of viral RNA, amplification by RT-PCR and sequencing of the protein N. The N protein sequence was synthesized with optimized codons for expression in Escherichia coli and inserted into pGS21a plasmid. The protein was produced, purified and the Western blotting was performed with sera from naturally infected cat to confirm the reactivity of the protein. To indirect ELISA standardization, the antigen concentration, serum dilution and the blocking reagent were determined. Three hundred eighty-two cat's sera were tested. The obtained results showed that the protein presented good reactivity in indirect ELISA. The A450 differences from 0.1 to 1.8 showed the quantitative feature of the assay. The standardized indirect ELISA for detection of anti-FCoV using recombinant N protein is efficient and can be applied in field samples / Mestre

Disenteria de inverno é uma doença causada pelo coronavírus bovino que afeta animais adultos. Descrevem-se dois surtos de disenteria de inverno em rebanhos leiteiros nos municípios de Viamão e Vespasiano Corrêa, Rio Grande do Sul. A doença foi reproduzida experimentalmente em dois bovinos adultos. O quadro clínico se caracterizou por diarréia, inicialmente líquida esverdeada com estrias de sangue e muco, que em alguns animais, evoluiu para coloração marrom escura à sanguinolenta e que persistiu, em média, cinco dias. Na propriedade de Vespasiano Corrêa os animais apresentaram sinais respiratórios como tosse e corrimento nasal. Diminuição na produção de leite e no consumo de alimentos, além de graus variados de depressão foram também observados. Foi detectada a presença do coronavírus bovino nas fezes e secreção nasal dos animais pela técnica da nested RT-PCR. Foi realizada necropsia de um animal naturalmente infectado que morreu devido à doença. Na necropsia, observou-se mucosas pálidas, conteúdo sanguinolento com presença de grande quantidade de coágulos, principalmente no cólon espiral e petéquias na mucosa do cólon. No cólon espiral, foram observados os principais achados histológicos que incluíram criptas dilatadas sem epitélio de revestimento, ou revestidas por epitélio pavimentoso e/ou cuboidal, às vezes, com núcleos grandes e nucléolos proeminentes. Algumas criptas eram preenchidas por debris necróticos e polimorfonucleares. Amostra de fezes de um animal naturalmente infectado foi usada, através de uma suspensão administrada via oral e nasal, para tentar induzir infecção experimental em 3 bovinos de 20 meses. Foi observada diarréia em dois desses animais, no 5º dia após a inoculação. Esses animais foram eutanasiados ao 2º e 3º dias de diarréia. As lesões histológicas dos casos experimentais foram semelhantes àquelas do caso natural. Na imuno-histoquímica anti-coronavírus bovino (8F2) em cortes de tecido incluído em parafina do cólon espiral, houve marcação positiva no citoplasma de enterócitos das criptas, nos debris necróticos dessas criptas e em macrófagos na lâmina própria, tanto no caso natural como nos experimentais. Nos casos experimentais, também foi observada marcação imuno-histoquímica positiva em duodeno, jejuno, íleo, ceco, cólon descendente e epitélio de revestimento dos cornetos nasais. / Winter dysentery is caused by bovine coronavírus that affects adult animals. This report describes two outbreaks of the disease in dairy herds located in the counties of Viamão and Vespasiano Corrêa, Rio Grande do Sul. The disease was induced experimentally in two adult cattle. The most significant clinical sign was profuse and watery diarrhea, which ranged from greenish to brownish coloration with occasional blood streaks and mucus to a bloody diarrhea. In one herd, animals showed respiratory signs such as cough and nasal discharge. Most cases persisted for 5 days and also included depression, decreased milk production, and diminished food intake. The presence of bovine coronavirus was detected in feces and nasal secretions of animals by nested RTPCR. Necropsy was performed in one animal naturally affected and died due to the disease and revealed pale mucosa, sanguineous contents, and blood clots particularly within the spiral colon and pinpoint hemorrhages on the colonic mucosa. Histopathological lesions were predominant in the spiral colon and consisted of a high number of dilated crypts without epithelium or with replaced pavement epithelium with occasional immature cuboidal cells, which sometimes showed enlarged nucleus and prominent nucleolus. Some crypts were filled with epithelial desquamation and polymorphonuclear cells. Fecal samples from one naturally infected animal were used as a suspension and inoculated orally and nasal in three 20-month-old heifers. Diarrhea was observed in 2 of them and started on the 5th day post infection. These animals were euthanized at the second and third days of diarrhea. The histological lesions of experimental cases were similar to the natural case. Anti-bovine coronavirus (8F2) immunostaining was applied on paraffin embedded sections of the spiral colon and showed positive reactions in the cytoplasm of the infected crypt epithelium, sloughed necrotic cells, and within macrophages in the lamina propria of both, natural and experimental cases. Positive reactions were also seen in duodenum, jejunum, ileum, cecum, descending colon and the epithelium lining the nasal turbinate from experimental cases.

O coronavírus bovino (BCoV) é classificado no grupo 2 do gênero Coronavirus da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, causando diarréia em bezerros neonatos, processos respiratórios em bezerros não neonatos e disenteria em vacas adultas. No presente estudo, 203 amostras fecais de bezerros de 19 propriedades leiteiras nos Estados de São Paulo e Minas Gerais foram submetidas à prova de hemaglutinação/ inibição da hemaglutinação (HA/HI) para a detecção de coronavírus e a uma reação de PCR dirigida ao gene codificador da RNA-polimerase RNA-dependente dos coronavírus (PCR pol), sendo feita a comparação entre as duas técnicas através dos testes Kappa e J de Youden. Amostras positivas à PCR pol foram submetidas a uma reação de PCR para amplificação de um segmento de 488 pares de bases correspondentes à região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S, sendo os fragmentos submetidos a seqüenciamento de DNA para a reconstrução genealógica das amostras estudadas. Ainda, a presença de rotavírus foi pesquisada pela técnica de PAGE. Segundo a técnica de HA/ HI, 35,47% das amostras e 73,68% das propriedades rurais forma positivas para BCoV, enquanto que pela PCR pol 25,12% das amostras e 52,63% das propriedades rurais foram positivas para este vírus. A comparação entre as duas técnicas resultou valores de kappa de -0,048 para os resultados individuais e -0,08 em relação às propriedades rurais e J de Youden de -0,045 para os resultados individuais e -0,1 em relação às propriedades rurais, demonstrando baixa concordância entre as duas provas. A genealogia obtida por máxima parcimônia através de algoritmo heurístico e baseada em seqüências da região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S de 15 amostras de campo aqui estudadas, da amostra Kakegawa de coronavírus bovino utilizada como controle positivo e de 10 seqüências recuperadas dos GenBank revelou a existência de dois genotipos dentro desta espécie viral, sendo os dois genotipos encontrados entre amostras brasileiras. A identidade média de nucleotídeos entre as 15 amostras brasileiras foi de 98,34%, com similaridade média de aminoácidos de 98%. Amostras pertencentes ao genotipo 2 apresentaram uma deleção de 18 nucleotídeos/ 6 aminoácidos dentro da região correspondente ao domínio II da proteína S. A árvore de máxima parcimônia enraizada tendo bredavírus como grupo externo revelou que esta deleção ocorreu em um único momento na genealogia dos coronavírus bovinos. Rotavírus foi encontrado em 12,6% das amostras fecais individuais e 28, 57% das propriedades rurais pesquisadas. Estes resultados são os primeiros baseados em amostras brasileiras de coronavírus bovino e contribuem para a caracterização molecular do BCoV, para a predição da eficiência de imunógenos e para o encontro de marcadores moleculares úteis para estudos epidemiológicos continuados em relação às diarréias neonatais em bovinos. / Bovine coronavirus (BCoV) belongs to group 2 of the genus Coronavirus from the order Nidovirales, family Coronaviridae and causes diarrhea in newborn calves, respiratory diseases in non-newborn calves and dysentery in cows. In the present study, 203 stool samples of calves from 19 dairy farms from São Paulo and Minas Gerais States were submitted to hemagglutination/ hemagglutination inhibition test (HA/HI) to bovine coronavirus detection and a PCR assay targeted to the RNA-polymerase RNA-dependent gene of coronaviruses (PCR pol), the comparison between the two tests carried out with Kappa and Youden´s J tests. Samples positive to PCR pol were submitted to a PCR assay that amplifies a 488 base-pair fragment which corresponds to the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein; the amplified fragments were submitted to DNA sequencing aiming the genealogic reconstruction of the studied samples. Rotavirus was surveyed with the PAGE test. The HA/ HI test resulted 35.47% of samples and 73.68% of farms positive to BCoV, while, according to PCR pol, 25.12% of the samples and 52.63% of the farms were positive to this virus. The comparison between the two tests produced a kappa value of -0.048 to individual results and -0.08 to the farms and Youden´s J value of -0.045 to individual results and -0.1 to the farms, showing low agreement between the two tests. Maximum parsimony genealogy with an heuristic algorithm based on sequences of the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein from 15 field samples here studied, from the Kakegawa bovine coronavirus strain used as positive control and from 10 sequences retrieved from GenBank showed the existence of two genotypes in this viral species. Mean nucleotide identity between the 15 Brazilian samples was 98.34%, with mean amino acid similarity of 98%. Samples from genotype 2 showed a deletion of 18 nucleotides/ 6 amino acids inside the domain II region of the S protein. Rooted maximum parsimony tree with bredavirus as an outgroup revealed that this deletion has happened only once in bovine coronavirus genealogy. Rotavirus was found in 12.6 % of stool samples and 28.57% of the surveyed farms. These are the first results based on Brazilian strains of bovine coronavirus and contribute to molecular characterization of BCoV, to the prediction of the efficiency of immunogens and to the finding of molecular markers useful to continued epidemiologic surveys on newborn bovine diarrhea.

Os rotavírus e coronavírus são importantes agentes virais associados às enteropatias em suínos, tendo implicações em Saúde Animal, Saúde Pública e no Agronegócio. Apesar disso, são escassos os trabalhos em nosso meio que visaram detectá-los e caracterizá-los com maior amplitude, especialmente os coronavírus. Nesse sentido, determinou-se a ocorrência das amostras circulantes destes vírus a partir de materiais clínicos oriundos de diversas granjas produtoras de suínos de 12 diferentes municípios do Estado de São Paulo, mediante o emprego de três reações, previamente descritas, em paralelo: uma multiplex nested RT-PCR para detecção simultânea de dois coronavírus suínos que podem ser encontrados nas fezes desses animais, o Vírus da Gastroenterite Transmissível (TGEV) e o Vírus da Diarreia Epidêmica dos Suínos (PEDV), e rotavírus do grupo A; uma nested RT-PCR para investigar a existência de algum pancoronavírus nos animais pesquisados; e uma RT-PCR para verificar a ocorrência do TGEV e do Coronavírus Respiratório Suíno (PRCoV), o qual também pode ser observado em materiais fecais de porcos. Para a primeira reação, foram utilizados dois pares de primers dirigidos ao gene S do TGEV (951pb e 793pb), dois ao gene M de PEDV (425pb e 291pb), e dois ao gene NSP5 do rotavírus (317pb e 208pb); para a segunda, foram empregados quatro primers direcionados ao gene RdRp dos coronavírus (251pb e 136pb); e para a terceira, foi usado um par de primers tendo como alvo o gene S (886pb para TGEV e 205 a 214pb para PRCoV). Os dados obtidos demonstraram que há uma elevada frequência de ocorrência de rotavírus nas criações comerciais, acometendo 40,37% do total de amostras testadas (88/218) e 91,6% dos municípios amostrados (11/12 municípios). Os coronavírus não foram detectados nas criações. Os fragmentos de rotavírus amplificados provenientes da multiplex nested RT-PCR foram purificados e caracterizados através da determinação das sequências de nucleotídeos, referentes aos genes VP4 e VP7. Foi possível o sequenciamento nucleotídico total do gene VP7 de uma amostra, e o sequenciamento parcial de 34 (aproximadamente 24,74% a 35,57% da região codificadora) e 23 (aproximadamente 63,19% a 98,77% da região codificadora) amostras para o gene VP4 e VP7, respectivamente. Quanto aos genotipos, foram detectados o G3, G5 e G9 em combinação com P[6], P[13] (e/ou P[22]) e P[23]. Formulações vacinais disponíveis comercialmente contemplam apenas os genotipos G4 e G5 dos rotavírus, o que demonstra uma desvantagem em termos de proteção de animais suscetíveis, visto que somente um deles (G5) foi encontrado nos animais analisados no presente estudo. O conhecimento deste víru permite estudos quanto à transmissão zoonótica e interespécies deste micro-organismo e o fortalecimento do controle e de medidas profiláticas direcionadas ao agente. / The rotavirus and coronavirus are important viral agents associated with enteropathies in pigs, with implications for Animal Health, Public Health and Agribusiness. Nevertheless, there is little data about the detection and characterization of these viruses, especially the coronavirus. This study determined the occurrence of them on farrow-to-finish pig farms from 12 different cities in the São Paulo State, Brazil. For this purpose, three reactions, previously described, were performed: multiplex nested RT-PCR for simultaneous detection of two porcine coronavirus that can be found in the feces of these animals, the Transmissible Gastroenteritis Virus (TGEV) and the Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV), and group A rotavirus; a nested RT-PCR to investigate the occurrence of any member of the genus Coronavirus; and a RT-PCR for detection of the TGEV and Porcine Respiratory Coronavirus (PRCoV), which can also be observed in fecal samples of swine. For the first reaction, we used two pairs of primers targeting the S gene of TGEV (951bp and 793bp), two primers targeting to the M gene of PEDV (425bp and 291bp), and two primers targeting the NSP5 gene of group A rotavirus (317bp and 208bp). For the second reaction, four primers were used targeting to the RdRp gene of coronaviruses (251bp and 136bp). In the third reaction, a pair of primers was used targeting the S gene (886bp to TGEV and 205-214bp to PRCoV). This data showed that 40.37% of the total samples tested (88/218) and 91.6% of the cities (11/12 cities) were positive for rotavirus. Coronaviruses were not detected on farms examined in this study. The rotavirus positive stools were characterized based on PCR and nucleotide sequence analyses for the VP4 and VP7 genes. The VP7 complete nucleotide sequencing was obtained for one sample, and partial nucleotide sequencing for 34 (about 24.74% to 35.57% of coding region) and 23 (about 63.19% to 98.77% of coding region) samples for the VP4 and VP7 gene, respectively. The genotypes G3, G5 and G9 in combination with P[6], P[13] (and / or P[22]) and P[23] was found. Commercially available vaccine formulations include only the G4 and G5 rotavirus genotypes, which demonstrates a disadvantage in terms of protection of susceptible animals, whereas only one (G5) was detected in the animals analyzed in this study. The knowledge of this virus allows studies of the zoonotic and interspecies transmission of this microorganism and the strengthening of control and prophylactic measures directed to the agent.

A bronquite Infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença respiratória aguda e altamente contagiosa que acomete galinhas de diferentes idades. Foram utilizadas duas amostras do VBIG de problemas respiratórios e entéricos em frangos. As amostras foram classificadas como variantes do VBIG através da técnica de RT-PCR multiplex e sequenciamento parcial do gene S1. As amostras foram inoculadas em frangos de corte e aves SPF (specific pathogen free). As aves apresentaram sinais respiratórios 36 horas após inoculação independente da origem viral, entérica ou respiratória, sendo mais discretos nas aves SPF. As alterações macroscópicas mais evidentes foram congestão da mucosa traqueal, pulmão e rins. A análise histopatológica mostrou lesões semelhantes àquelas encontradas em outros sorotipos. A análise filogenética mostrou que as duas amostras eram similares e diferentes das amostras Massachusetts. Esses resultados sugerem que os isolados classificados como variantes apresentam potencial patogênico para aves. / Infectious bronchitis (IB) is an acute respiratory disease, highly contagious which affects chickens of different ages. This study was composed with two isolates obtained from broilers with respiratory and enteric problems. These isolates were classified as IBV variants by the multiplex RT-PCR and by sequencing of S1 gene. Isolates were inoculated in broilers and SPF birds. The birds showed respiratory signs 36 hours post inoculation, independently of the enteric or respiratory source. The respiratory signs were less evident on SPF birds. The histopathology analysis showed significant lesions on the trachea, lungs and kidneys. The phylogenetic analysis of S1 gene showed that both isolates were similar and different from Massachusetts strains. These results suggest that the isolates classified as variant have pathogenic potential for birds.

Magister Scientiae (Medical Bioscience) - MSc(MBS) / Coronaviridae family is composed of a number of ribonucleic acid (RNA)-containing viruses currently classified into two genera, the coronavirus and torovirus. The family is classified together with the Arteviridae in the order Nidovirales. Coronaviruses are enveloped single stranded positive sense RNA viruses about 80-160 nm in diameter. The coronavirus is, as in the case of all positive sense RNA virus, a messenger, and the naked RNA is infectious. The 5′-two thirds of the genome encodes for a polyprotein that contains all the enzymes necessary for replication, whereas the 3′-one third encodes for all the structural proteins that mediate viral entry into the host cell. The structural proteins include spike (S), envelope (E), membrane (M) and nucleocapsid (N) proteins.Nucleocapsid protein is one of the most crucial structural components of coronaviruses;hence major attention has been focused on characterization of this protein. Some laboratories have demonstrated that this protein interferes with different cellular pathways, thus implying it to be a key regulatory component of the virus (Zakhartchouk, Viswanathan et al. 2005). Furthermore, it has been shown that severe acute respiratory syndrome (SARS)-N protein interacts with cellular proteins, including cyclophilin A (CypA), heterogenous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP) A1, human ubiquitin-conjugating enzyme, cyclin dependent kinase (CDK)-cyclin complex protein, Ikappaßalpha (IkBα), cytochrome (Cyt) P450 etc. For the purpose of this study, the focus is based on CypA interaction with human coronavirus (HCoV) NL63-N protein. These interactions might play a role in the pathology of HCoV-NL63. Using glutathione-S-transferase (GST), the interaction of CypA with the nucleocapsid protein can be clearly demonstrated to be direct and specific. Since the N protein is involved in viral RNA packaging to form a helical core, it is suffice to say that both NL63-N and CypA are possibly within the HCoV-NL63 replication/transcription complex and NL63-N/human CypA interaction might function in the regulation of HCoV-NL63 RNA synthesis. In addition, the results will demonstrate that HCoV-NL63-N has only a specific domain for interacting with CypA.