This study aimed to investigate the occurrence and molecular diversity of coronavirus in quail and laying hens raised on the same farms and quail only farms, to determine the role of quail as reservoir for avian infectious bronchitis virus (IBV). To this end, two investigations were carried out, one in the São Paulo state, Southeastern Brazil, in 2013, when some farmers started quail vaccination with Massachusetts IBV serotype after surveillance carried out in 2009-2010 and the other in two regions of Northern Italy, in 2015. In the Brazilian study, samples were collected as pools of tracheas, lungs, reproductive tract, kidneys and enteric contents from quail (Coturnix coturnix Japonica) and laying hens showing IB-like symptoms, while, in the Italian study, samples were collected as pools of tracheal and cloacal swabs and intestine/enteric content from European quail (Coturnix coturnix), showing enteric disorders. All samples were tested by a nested RT-PCR targeted to the 3\'UTR of the Gammacoronavirus genus. Positive samples were submitted to RT-PCR to the RNA-dependent RNA-polymerase gene (RdRp) and two different RT-PCRs to the spike gene, including a typing-multiplex one. Two other RT-PCRs were used to detect the avian metapneumovirus (aMPV) and Newcastle disease virus (NDV). Avian coronavirus was found in all types of samples analyzed in quail and chickens from both type of creations, aMPV subtype B was found in chickens (Brasil) and the NDV was not observed in any samples. Based on the DNA sequences for the RdRp gene, Brazilian and Italian quail strains clustered within either Gammacoronavirus or Deltacoronavirus genus, while, for one Brazilian sample, it was detected co-infection with the two genuses. Phylogeny based on partial S1 subunit sequences showed that the gammacoronaviruses detected in the Brazilian and Italian quail belong to the Brazil type and 793/B, respectively. These results suggest that quail are susceptible to Gamma and Deltacoronavirus and that quail avian coronavirus share spike genes identical to chicken infectious bronchitis virus (IBV); thus, quail might act as reservoirs for avian coronaviruses. Also, Massachusetts vaccination was not efficient to control IBV in Brazilian quail. / Este estudo teve como objetivo pesquisar a ocorrência e diversidade molecular de coronavírus em codornas e galinhas criadas nas mesmas propriedades e em codornas criadas em propriedades isoladas, para determinar o papel das codornas como reservatório para o vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV). Para isso, duas pesquisas foram realizadas, uma em 2013, no estado de São Paulo, Sudeste do Brasil, onde algumas granjas iniciaram a vacinação em codornas contra o IBV com o sorotipo Massachusetts, após um estudo realizado em 2009-2010; e a outra, em 2015, em duas regiões do Norte da Itália. No estudo brasileiro, foram coletados pools de aparelho reprodutor, pulmões, rins, traqueia e conteúdo entérico de codornas (Coturnix coturnix japonica() e galinhas com histórico de manifestações clínicas compatíveis com a Bronquite Infecciosa das galinhas (BIG). Por outro lado, no estudo italiano, as amostras foram coletadas em forma de pools de swabs traqueais e cloacais e intestino/conteúdo entérico de codornas (Coturnix coturnix) com sinais entéricos. Estas amostras foram testadas para os coronavírus aviário (Gammacoronavirus) mediante uma semi-nested RT-PCR dirigida a região não-traduzida 3 (3´UTR). As amostras positivas foram submetidas a RT-PCR do gene codificador da proteína RNA-polimerase RNA-dependente (RdRp) e duas RT-PCRs, incluindo uma multiplex dirigidas a proteína de espícula (S) do vírus da BIG, para genotipagem. Além disso, a detecção de metapneumovírus aviário (aMPV) e o vírus da doença de Newcastle (NDV) também foi realizada por meio de RT-PCRs. Coronavírus aviários foram encontrados em todos os tipos de amostras estudadas em codornas e galinhas de todos os tipos de criações, aMPV subtipo B foi encontrado em galinhas (Brasil) e o NDV não foi encontrado em nenhuma amostras. Com base nas sequências de DNA para o gene codificador da proteína RdRp, as amostras brasileiras e italianas foram agrupadas no gênero Gamma ou Deltacoronavirus, enquanto que, em uma amostra brasileira, foi detectada coinfecção pelos dois gêneros. A filogenia com base nas sequências parciais da subunidade S1da proteína de espícula, evidenciou que os Gammacoronavirus detectados nas codornas brasileiras e italianas pertencem ao genótipo Brasil e 793/B, respectivamente. Estes resultados sugerem que as codornas são suscetíveis aos coronavírus do gênero Gamma e Delta e os coronavírus aviários das codornas compartilham genes de espícula idênticos aos do IBV. Desta forma, sugere-se que as codornas podem servir como reservatórios para coronavírus aviários e que a vacinação com o sorotipo Massachusetts não foi eficiente no controle de IBV nas codornas brasileiras.

Doenças infecciosas entéricas das aves comerciais apresentam uma etiologia complexa e são distribuídas mundialmente, acarretando elevadas perdas econômicas. Aliadas à possibilidade de infecções únicas ou concomitantes entre diversos patógenos, as gastroenterites podem se refletir em outros sistemas, contribuindo ainda mais para a queda da performance dos lotes. Recentemente, foi detectado um coronavírus no conteúdo intestinal de aves apresentando despigmentação e diarréia. Este vírus, denominado de CECoV (chicken enteric coronavírus) é sugestivo de pertencer ao grupo 2, divergente dos demais coronavírus comuns em aves, pertencentes ao grupo 3 do gênero Coronavirus. No Brasil, há uma grande necessidade no conhecimento acerca da participação dos agentes virais nas diarréias de aves, sendo este um passo fundamental para o estabelecimento de medidas profiláticas específicas e para a exportação de produtos avícolas. Este estudo teve por objetivos detectar este coronavírus do grupo 2 em aves de corte, poedeiras comerciais e matrizes com e sem diarréia pela técnica de PCR dirigida ao gene codificador da RNA-polimerase RNA-dependente (gene RdRp) dos coronavírus do grupo 2, estabelecer a relação genealógica entre diversas amostras detectadas deste vírus com base em seqüências dos genes RdRp, gene codificador da proteína de espícula (S), gene codificador da proteína hemaglutinina-esterase (HE), gene 5, gene 3 e região 3\'UTR e realizar o diagnóstico diferencial com reovírus, rotavírus, variedades enterotrópicas do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (VBIG), astrovírus e adenovírus. O coronavírus CECoV foi detectado em 25 de 119 amostras de conteúdo entérico de aves de corte, matrizes e poedeiras com e sem diarréia, em diversas granjas produtoras no Brasil, pela técnica da reação em cadeia pela polimerase dirigida ao gene RdRp. O CECoV tem papel como agente primário e secundário em processos patológicos do trato digestório de aves e, ao serem analisadas filogeneticamente, diferentes amostras de CECoV formaram um grupo único com base no gene RdRp dentro do grupo 2 do gênero Coronavirus, possuindo homologia com coronavírus do grupo 3 na região 3\'UTR, sendo sua origem sugerida como um evento de recombinação entre coronavírus dos grupos 2 e 3. Através do estabelecimento de uma rotina de diagnóstico diferencial, as freqüências de ocorrência de vírus entéricos em aves de produção criadas nas 119 granjas no Brasil foram: rotavírus=48,74%, reovírus=2,52%, VBIG=65,54%, CECoV=21% e astrovírus=3,36%. / Infectious enteric diseases in poultry have a complex etiology and a worldwide distribution, causing large economic losses. Along with the possibility of single or multiple infections by different pathogens, enteric diseases may also be reflected in other systems, contributing even more to the fall of performance in the affected flocks. Recently, a coronavirus was detected in the intestinal contents of chickens with depigmentation and diarrhea. This virus, named CECoV (chicken enteric coronavirus), has been suggested as belonging to group 2, divergent of the common avian coronaviruses, which belongs to the group 3 of the genus Coronavirus. In Brazil, there is a great need for the knowledge on the role of viral agents in diarrhea of poultry, what is a fundamental step for the establishment of specific prophylactic measures and for the exportation of poultry-derived products. The present study aimed the detection of this group 2 coronavirus in broilers, laying hens and breeders with and without diarrhea using a PCR targeted to the gene coding for the RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) of group 2 coronaviruses, the establishment of the genealogical relationship among the different strains detected based on sequences of the RdRp, the genes coding for the spike protein (S gene), hemagglutinin-esterase protein (HE gene), gene 5, gene 3 and the 3\' UTR and the differential diagnosis with reovirus, rotavirus, enterotropic strains of infectious bronchitis virus (IBV), astrovirus and adenovirus. CECoV was found in 25 out of 119 samples of enteric contents of broilers, breeders and laying hens in different farms in Brazil using the PCR to the RdRp. CECoV has a role as a primary and secondary pathogen in pathological processes of the enteric tract of poultry and the phylogenetic analysis showed that different strains of CECoV formed an unique cluster based on the RdRp inside the group 2 of coronaviruses, harboring homology with group 3 coronaviruses in the 3\'UTR, being its origin suggested as a recombination event between coronaviruses of groups 2 and 3. By the establishment of a routine of diagnosis, the frequencies of enteric viruses in the 119 poultry farms surveyed were: rotavirus = 48.74%, reovirus = 2.52%, IBV = 65.54%, CECoV = 21% and astrovirus = 3.36%.

A bronquite Infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença respiratória aguda e altamente contagiosa que acomete galinhas de diferentes idades. Foram utilizadas duas amostras do VBIG de problemas respiratórios e entéricos em frangos. As amostras foram classificadas como variantes do VBIG através da técnica de RT-PCR multiplex e sequenciamento parcial do gene S1. As amostras foram inoculadas em frangos de corte e aves SPF (specific pathogen free). As aves apresentaram sinais respiratórios 36 horas após inoculação independente da origem viral, entérica ou respiratória, sendo mais discretos nas aves SPF. As alterações macroscópicas mais evidentes foram congestão da mucosa traqueal, pulmão e rins. A análise histopatológica mostrou lesões semelhantes àquelas encontradas em outros sorotipos. A análise filogenética mostrou que as duas amostras eram similares e diferentes das amostras Massachusetts. Esses resultados sugerem que os isolados classificados como variantes apresentam potencial patogênico para aves. / Infectious bronchitis (IB) is an acute respiratory disease, highly contagious which affects chickens of different ages. This study was composed with two isolates obtained from broilers with respiratory and enteric problems. These isolates were classified as IBV variants by the multiplex RT-PCR and by sequencing of S1 gene. Isolates were inoculated in broilers and SPF birds. The birds showed respiratory signs 36 hours post inoculation, independently of the enteric or respiratory source. The respiratory signs were less evident on SPF birds. The histopathology analysis showed significant lesions on the trachea, lungs and kidneys. The phylogenetic analysis of S1 gene showed that both isolates were similar and different from Massachusetts strains. These results suggest that the isolates classified as variant have pathogenic potential for birds.

La virologie bénéficie de plus en plus du développement de la bioinformatique. Mon projet de thèse recouvre la gestion de séquences de protéines se rapportant aux virus à ARN simple brin, de polarité négative et positive. J'ai mis en place une base de données VaZyMolO, qui gère les informations structurales et fonctionnelles des protéines, en définissant et en classant des modules. Cette approche a permis l'identification d'un domaine méthyltransférase sur la protéine L des Mononegavirales, et la définition de la modularité des protéines N et P des Paramyxoviridae. La cartographie du génome du virus du Syndrome Respiratoire Aigue Sévère réalisée à l'aide de VaZyMolO, a contribué à la résolution structurale de la protéine nsp9 de ce virus. Enfin, je présente une étude incluant évolution et analyse structurale des polymérases des Flaviviridae. Dans cette dernière, je propose un modèle de la polymérase du virus GBV-C et un mécanisme d'initiation de la synthèse d'ARN.

Hemos realizado en la Región de Murcia una investigación epidemiológica sobre los coronavirus porcinos- virus de la Gastroenteritis Transmisible (TGEV) y/o Coronavirus Respiratorio Porcino (PCRV)- mediante una técnica inmuno-enzimática (ELISA indirecta). La encuesta serológica se ha llevado a cabo en 1987 en la población de cerdos reproductores y la muestra investigada (6.000 reproductores de 480 granjas) es representativa respecto a los reproductores y a las explotaciones – y dentro de ellas según cuatro categorías de tamaños: familiares (1-9), pequeñas (10-40), medianas (50-99) y grandes (≥100)- censadas en cuatro zonas geográficas (Cartagena, Valle del Guadalentín, Huerta de Murcia y resto de la Región). En Murcia se han detectado anticuerpos de coronavirus porcinos (TGEV y/o PCRV) en 937 reproductores (prevalencia 15,61±0.91%) de 107 granjas de reproducción (prevalencia 22,29±3.72%). Los coronavirus porcinos están muy difundidos en toda la Región de Murcia, con mayor prevalencia en Cartagena y Valle del Guadalentín, y en explotaciones con más de 50 reproductores.

published_or_final_version / Medical Sciences / Master / Master of Medical Sciences

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Depuis la découverte de l'apolipoprotéine D (ApoD) en 1973 par McConathy et Alaupovic et malgré de grandes avancées, la fonction et les mécanismes de régulation de cette protéine demeurent toujours inconnus. Quoi qu'il en soit, toutes les études faites jusqu'à présent semblent montrer qu'elle serait une protéine importante et bénéfique tant en situation normale que pathologique. Son expression génique est détectée chez presque tous les mammifères de même que chez les plantes, les insectes et certaines espèces d'oiseaux. Chez l'humain, elle est exprimée dans plusieurs tissus et hautement exprimée dans les glandes surrénales, la rate, les poumons, le cerveau, le placenta, et les reins. Par contre, chez le rat et la souris, l'expression est limitée au système nerveux central (SNC), ce qui en fait un bon modèle d'étude de la régulation génique d'ApoD. En effet, l'APOD est induite dans plusieurs cas de neuropathologies chez l'humain tel que les maladies d'Alzheimer et de Parkinson, la sclérose en plaques, la schizophrénie ainsi que dans certains cancers. L'ApoD est également induite dans plusieurs modèles de neurodégénérescence chez la souris et sa surexpression confère une neuroprotection. En corrélation avec ces faits, il est suggéré que l'APOD soit une protéine de stress pouvant être considérée comme marqueur de pathologies d'ordre neurologique d'où l'importance d'une étude plus approfondie. Les travaux présentés dans cette thèse ont permis d'éclaircir un tant soit peu les mécanismes régulant l'expression génique d'APOD lors de divers stress cellulaires. Effectivement, ces travaux présentent la purification et la caractérisation des facteurs nucléaires Parp-1, HnRNP-U, CBF-A, BUB-3, Kif4, APEX-1 et Ifi204 liant les éléments régulateurs SRE, EBS et GRE du promoteur d'APOD lors de l'arrêt de croissance par déprivation de sérum. L'activité enzymatique des protéines Parp-1, APEX-1 et ERK1/2 semble être importante dans l'induction de l'expression génique d'APOD. Sachant que l'expression d'APOD et la prolifération cellulaire sont inversement corrélées dans plusieurs types de cellules, ces résultats permettent d'éclaircir les mécanismes impliqués. Dans un même ordre d'idée, les résultats présentés dans cette thèse montrent l'identification de plusieurs centaines de protéines liant le promoteur d'APOD, dans la région -816 à +64, provenant de cortex de souris saines ou infectées par un coronavirus humain causant une neurodégénérescence. Parmi ces protéines, l'ApoE et la protéine non-structurale Ns2 du coronavirus lient le promoteur d'APOD. Ces résultats suggèrent aussi que les isoformes E3 et E4 d'APOE humaines soient des répresseurs tandis que Ns2 activerait le promoteur in vivo. De plus, il est mis en évidence une corrélation inverse entre l'expression d'ApoD et d'ApoE notamment au niveau du cortex de souris. Considérant que l'allèle E4 est un facteur génétique important dans le développement de la maladie d'Alzheimer et que les coronavirus sont associés à des désordres neurologiques tels que la sclérose en plaques, ces résultats ouvrent une porte permettant d'investiguer plus en profondeur, et vers une nouvelle direction, les mécanismes impliqués non seulement dans la régulation du gène d'APOD mais aussi dans les maladies neurodégénératives. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Apolipoprotéine D, arrêt de croissance, inflammation, facteur de transcription, coronavirus OC43, spectrométrie de masse

Ypač svarbią reikšmę Lietuvos žemės ūkiui turi viena iš gyvulininkystės šakų – galvijininkystė. Jos plėtrai didelę žalą daro galvijų užkrečiamosios, ypač virusinės, ligos, todėl būtina greitai, tiksliai ir efektyviai diagnozuoti galvijų virusines ligas, užkirsti kelią jų plitimui Lietuvoje. Kvėpavimo ir virškinimo trakto ligomis galvijų prieauglis serga visose pramoninės gyvulininkystės šalyse, dėl šių ligų galvijai gaišta žymiai dažniau, nei nuo reprodukcijos, medžiagų apykaitos ligų ar mastitų. Didesnį veršelių susirgimų skaičių ir gaišimą nuo enteritų bei respiratorinių ligų galima būtų paaiškinti dideliu virusinių ligų – GVD, IGR, PG-3, RSV, adenovirusų ,RV, CV ir bakterinių infekcijų išplitimu. Mūsų darbo tikslas buvo atlikti galvijų užkrečiamųjų virusinių ligų paplitimo analizę, ištirti CV, RV, RSV ir adenovirusų paplitimą galvijų bandose. Dėl rota ir korona virusų buvo ištirti 56 išmatų mėginiai, dėl antikūnų prieš adenovirusą – 20, RS virusą 28 kraujo serumo mėginiai. Šiems tyrimams buvo naudojami komerciniai standartizuoti imunofermentinės analizės (IFA) rinkiniai. Veršelių 30 kraujo serumo mėginių buvo ištirti pusiau kiekybiniu natrio sulfito precipitacijos metodu, dėl imunoglobulinų kiekio nustatymo. Tyrimai atlikti LSMU VA Užkrečiamųjų ligų katedroje ir Nacionalinio maisto ir veterinarijos rizikos vertinimo instituto Virusologijos skyriuje 2013 metais. Įvertinus padėtį 3 ūkiuose, kur buvo atlikti ligų tyrimai, nustatyta, kad rotavirusine infekcija vidutiniškai... [toliau žr. visą tekstą] / Cattle take a very important place in Lithuanian agriculture. Since the development of livestock can be seriously affected by contagious diseases, especially viral ones, it is highly important quickly, accurately and efficiently diagnose viral disease of cattle, and to prevent its spreading in Lithuania. In all livestock farming industry countries, cattle offspring are suffering from respiratory and digestive tract diseases. They are dying from these diseases more often than from reproductive, metabolic diseases and mastitis. Increasing calves’ cases and mortality rate from enteritis and respiratory diseases can be explained by the high viral diseases such as GVD, IGR, PG-3, RSV, adenovirus, RV, CV and bacterial infections spread. The goal of our study was to analyze the spread of livestock infectious viral diseases and examine the CV, RV, RVS and adenovirus prevalence in the cattle herds. 56 fecal samples were tested for the rotavirus and coronavirus, 20 – for antibodies against adenovirus, and 28 blood serum samples for RS virus. To test these samples, we used standardized commercial enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) kits. 30 blood serum samples of calves were analyzed by quantitative sodium sulfite precipitation method for the determination of immunoglobulin. The tests took place at LSMU VA Department of Infectious Diseases and National Food and Veterinary Risk Assessment Institute, Department of Virology in 2013. Cattle from 3 farms were assessed for anticipated... [to full text]

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-21Bitstream added on 2014-08-13T18:00:42Z : No. of bitstreams: 1 000756392.pdf: 1529746 bytes, checksum: c695f204ec592597ec7f94c736d1b9ff (MD5) / O Coronavírus felino (FCoV) é um membro da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, gênero Alphacoronavírus, que é responsável por causar a peritonite infecciosa felina (PIF). Dentre os testes sorológicos utilizados no auxílio ao diagnóstico da doença, o método mais sensível e recomendado é o ELISA. O FCoV apresenta características que dificultam seu cultivo celular, sendo necessário o uso de antígenos recombinantes no ELISA. A proteína de nucleocapsídeo (N) do FCoV apresenta vantagens no seu uso como antígeno recombinante em testes sorológicos, por ser conservada, altamente imunogênica, e ser uma das mais produzidas durante a infecção viral. O objetivo deste trabalho foi padronizar e aplicar o ELISA indireto com uso de proteína N recombinante para detectar anticorpos anti-FCoV em soros de gatos naturalmente infectados. Um fragmento de rim de um felino que veio a óbito com PIF foi utilizado para extração de RNA viral, amplificação pela RT-PCR e sequenciamento da proteína N. A sequência da proteína N foi sintetizada com códons otimizados para expressão em Escherichia coli e inserida no plasmídeo pGS21a. Após sua produção, a proteína foi purificada. Foi realizado o Western blott com soro de gato naturalmente infectado para a confirmação da reatividade da proteína. Na padronização do ELISA indireto foi determinada o tipo de bloqueio, concentração de antígeno e diluição dos soros. Trezentos e oitenta e duas amostras de soros felinos foram testadas. Os resultados obtidos mostraram que a proteína produzida apresentou ótima reatividade no ELISA indireto. Foram encontradas diferenças de A450 entre os soros testados, onde se demonstrou uma alta capacidade de discriminação com A450 de 0,1 a 1,8, mostrando que o teste é quantitativo. O ELISA indireto padronizado para detecção de anticorpos anti-FCoV utilizando a proteína N recombinante é um método eficiente e pode ser aplicado em amostras de campo / The Feline Coronavírus (FCoV) is a member of the Nidovirales order, Coronaviridae family, Alphacoronavírus genus, which is responsible for causing Feline Infectious Peritonitis (FIP). Among the serological tests used in the disease diagnosis, ELISA is the most sensitive and recommended assay. FCoV has characteristics that difficult their cell culture growing, requiring the use of recombinant antigens in the ELISA. The FCoV nucleocapsid protein (N) is conserved, highly immunogenic and is the most protein produced during viral infection, being a great recombinant antigen in serological tests. The aim of this study was to standardize and apply the indirect ELISA using recombinant N protein to detect anti-FCoV antibodies in sera from naturally infected cats. A kidney fragment of died feline FIP positive was used for extraction of viral RNA, amplification by RT-PCR and sequencing of the protein N. The N protein sequence was synthesized with optimized codons for expression in Escherichia coli and inserted into pGS21a plasmid. The protein was produced, purified and the Western blotting was performed with sera from naturally infected cat to confirm the reactivity of the protein. To indirect ELISA standardization, the antigen concentration, serum dilution and the blocking reagent were determined. Three hundred eighty-two cat’s sera were tested. The obtained results showed that the protein presented good reactivity in indirect ELISA. The A450 differences from 0.1 to 1.8 showed the quantitative feature of the assay. The standardized indirect ELISA for detection of anti-FCoV using recombinant N protein is efficient and can be applied in field samples