L'approximation de Born-Oppenheimer consiste à traiter de manière semi-classique l'équation de Schrödinger associée à une molécule en utilisant la petitesse du rapport de masse entre électrons et noyaux. Nous montrons que pour un type générique de presque croisement de codimension 1 de deux surfaces d'énergie électroniques, la propagation d'un paquet d'ondes nucléaire gaussien associé à l'une des surfaces est gouvernée par une formule du type Landau-Zener. Par ailleurs, dans le cadre de l'équation de Schrödinger stationnaire unidimensionnelle et en situation de croisement générique de deux courbes d'énergie, nous construisons des quasimodes par intégration d'un paquet d'ondes gaussien propagé le long d'une trajectoire classique périodique associée à l'une des deux courbes d'énergie.

L'avènement des marqueurs moléculaires dans les années 80 a ouvert de nouvelles perspectives pour l'identification de locus impliqués dans la variation de caractères quantitatifs (QTL). De nombreuses études, notamment théoriques, ont montré que l'utilisation en sélection des marqueurs associés aux QTL (la Sélection Assistée par Marqueurs, SAM) pourrait permettre un gain d'efficacité par rapport à la sélection conventionnelle. En génétique végétale, la plupart des expériences de détection de QTL sont réalisées dans des populations issues du croisement entre deux lignées pures. Ainsi, beaucoup de moyens se retrouvent concentrés sur une base génétique étroite. Pourtant la probabilité de détecter des QTL est plus importante dans des populations avec une base génétique large, impliquant plus de deux parents car la diversité génétique est plus importante. Dans un contexte multiparental, le cas des populations multiparentales connectées, c'est-à-dire issues de croisements ayant un des parents en commun, présente un intérêt majeur puisque les connexions entre populations permettent pour un effectif global donné d'augmenter la puissance de détection des QTL, de comparer pour chaque QTL l'intérêt relatif de plusieurs allèles, et d'étudier leurs éventuelles interactions avec le fonds génétique. En termes de SAM, on peut penser que les marqueurs seront particulièrement intéressants dans un tel contexte pour diriger les croisements entre individus, afin de contrôler les recombinaisons entre les différents génomes parentaux et d'aider à la sélection d'individus qui cumulent les allèles favorables provenant des différents parents de départ. Aussi l'objectif de ce programme est-il de valider l'intérêt d'un schéma de SAM dans un dispositif multiparental connecté. Un croisement diallèle entre quatre lignées de maïs a permis de générer 6 populations de 150 plantes F2 chacune. La détection de QTL sur ce dispositif de 900 individus a été réalisée pour différents caractères grâce à MCQTL qui permet de prendre en compte les connexions entre populations. La comparaison des QTL détectés population par population et ceux détectés sur le dispositif complet en prenant en compte les connexions ou non, montre que l'analyse globale du dispositif en prenant en compte les connexions entre populations permet un gain de puissance substantiel et conduit à une meilleure précision de la localisation des QTL. A partir de ces résultats nous avons mis en place trois cycles de sélection sur marqueurs dans deux schémas présentant des objectifs distincts : i. obtenir un matériel plus précoce, pour le premier ii. augmenter le rendement tout en conservant une humidité des grains constante à la récolte pour le second. Pour pouvoir suivre la transmission des allèles parentaux aux QTL au cours des générations, un programme de calcul de probabilités d'identité par descendance adapté au dispositif à été développé. L'évaluation expérimentale du progrès génétique nous a permis de mettre en évidence, après 3 cycles de sélection, un gain significatif de précocité de 3 jours pour le schéma floraison et un gain significatif de 3.2 quintaux de rendement pour le schéma rendement. Parallèlement, nous avons comparé par simulation différents schémas de sélection, en nous basant sur le dispositif expérimental mis en place (nombre et effet des QTL, h²

Les QTL (Quantitative Trait Loci) sont des régions chromosomiques comportant un ou plusieurs gènes contrôlant l’expression d’un paramètre péhnotypique. La détection de ces QTL dans l’industrie des levures œnologiques permet la sélection de souches performantes. Dans cette étude, la dissection d’un QTL associé à la phase de latence durant la fermentation alcoolique en conditions œnologiques a permis de mettre en évidence une nouvelle translocation. Celle-ci, impliquant le gène SSU1 permet aux souches qui la possèdent d’avoir une phase de latence raccourcie. L’usage intensif du SO2 en œnologie a conduit à la sélection de cette translocation chez les souhes industrielles. Des marqueurs PCR ont été developpés pour contrôler ce caractère dans les processus de sélection des souches, permettant d’intoduire cette translocation dans différents fonds génétiques. Une première étape dans l’étude de l’impact organoleptique de ces translocations sur le vin a été faite, montrant une corrélation avec la production d’acidité volatile. Cette voie reste néanmoins à approfondir, tant au laboratoire qu’en conditions réelles dans un chai. / QTL (Quantitative Trait Loci) are chromosomics regions including one or more genes controlling the expression of a phenotypic parameter. The detection of these QTL in the wine industry allows the selection of more efficient yeast strains. In this study, the dissection of a QTL linked to lag phase variation during wine alcoholic fermentation was carried out. Our findings put in light a new translocation involving the SSU1 gene conferring a shorter lag phase. The intensive use of SO2 in oenology allows the selection of this translocation in industrials strains. Genetic markers were developed for introducing this translocation in various genetic backgrounds during selection programs. The study of translocations impact on the wine organoleptic properties was initiated, showing an unexplained role of VIII-XVI translocation on the volatile acidity production. These preliminary results need to be continued, in laboratory and cellar conditions.

La recherche explore, dès le départ, une pratique qui croise le dessin avec des pratiques de danse contemporaine, investissant la tension dynamique avec le sol, l’espace gravitaire. Ces pratiques sont questionnées et réinvesties par l’expérience et l’apprentissage en Inde du sud, de rituels de dessins de poudre tracés au sol : les kolam, apparaissant sur les seuils des maisons tamoules à l’aube et les kalam, réalisés lors de cérémonies rituelles au Kérala. Des dessins éphémères où alternent tracés et effacements, dans un geste sacré qui fait puis défait. Le dialogue entre pratiques rituelles et pratiques artistiques est envisagé partant de cette expérience et de cette immersion ouvrant une proximité avec l’approche anthropologique. Au-delà du religieux, qu’apporte cette mise bord à bord avec les rites, avec ces rites indiens en particulier ? Dans ces entre-deux, la pratique se déploie et engage la collaboration fertile avec différents danseurs, devenus passeurs, dans l’espace ouvert de la performance qui rend visible ce processus de mue du dessin. La poudre constitue un matériau essentiel à ces traversées fragiles. Le dessin est analysé dans ses transports successifs du sol aux corps des danseurs, à l’espace de l’installation, jouant dans l’instant des seuils du visible, disparaissant dans le geste de l’effacement, devenu le geste essentiel dans cet accès au rite. Un dessin qui propulse l’action des corps. Qu’est-ce qui peut se transporter ou non de ces pratiques rituelles et ébranler ainsi la pratique du dessin, devenant à la fois trajectoire et processus ? En quoi finalement ces rites nous regardent-ils, nous plasticiens, malgré leur profonde opacité ? / This research explores a practice which mingles drawing with practices of contemporary dance, engaging a relationship of dynamic tension to the ground, to gravitational space. These practices are reinvested by the experience and apprenticeship, undergone in Southern India, of rituals drawings traced with powder on the ground: the kolam, which appear on the doorstep of Tamil houses at dawn, and the kalam, carried out during Kerala ritual ceremonies. They are ephemeral drawings, in which tracings and erasings alternate within a sacred movement which makes and unmakes. The dialogue between ritual and artistic practices is envisaged on the basis of this experience, opening up to a proximity with the anthropological approach. Above and beyond the religious, what parallels can be drawn between artistic practices and rituals, Indian rituals in particular? In this interval the practice reveals itself and engages the fertile collaboration with different dancers, who become mediums in the open space of the performance, which renders visible the drawing’s process of mutation. The drawing is analysed in its successive transpositions from the ground to the dancers’ bodies, to the space of the installation, playing instantaneously on the threshold of the visible, disappearing in the gesture of effacement which becomes the essential gesture in this access to the ritual. The drawing propulses the bodies’ actions. In these ritual practices, what can – or cannot – be conveyed, and thus destabilize the practice of drawing which, by this means, becomes both trajectory and process? Finally what do these rituals have to do with us, visual artists, despite their profound opaqueness?

La spéciation peut être définie comme l’ensemble des processus conduisant à l’évolution de l’isolement reproducteur entre groupes d’individus. Ces dernières décennies, de nombreuses études ont souligné l’importance de la sélection naturelle comme processus majeur dans la formation de nouvelles espèces en conditions de sympatrie, notamment dans des modèles de spéciation écologique. Le chêne sessile (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) et le chêne pédonculé (Q. robur L.) sont deux espèces sympatriques qui présentent de fortes divergences morphologiques et écologiques, malgré des taux d’hybridation naturelle estimés relativement importants. Cependant, très peu de données sont connues sur la nature et la force des barrières reproductives chez ces espèces. L’objectif de cette thèse était donc de caractériser ces barrières aux niveaux phénotypique et génétique, pour mieux comprendre leur importance relative, leur rôle dans le processus de divergence et leur évolution au sein de ce complexe d’espèces. Une première approche basée sur la réalisation de croisements contrôlés a montré tout d’abord (i) l’existence de fortes barrières reproductives au niveau pré-zygotique et de barrières significatives bien que plus faibles au niveau de la fitness des descendants hybrides, et (ii) une variabilité importante de ces barrières liée aux génotypes des individus et à leur expression dans des micro-environnements différents. Une deuxième approche de génomique des populations sur 33 gènes candidats à l’isolement reproducteur pré-zygotique a ensuite permis d’identifier des « gènes de spéciation » soumis à de la sélection divergente, liés en particulier à la phénologie de la floraison, et d’apporter des éléments de discussion supplémentaires au modèle de colonisation de ces espèces en peuplements naturels. / Speciation can be defined as the range of processes that lead to the evolution of reproductive isolation among groups of individuals. Past decades have witnessed a renewal in the recognition of natural selection as a primary force in the formation of new species, in particular for ecological speciation models in conditions of sympatry. Sessile oak (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) and pedunculate oak (Q. robur L.) are two sympatric species which exhibit large morphological and ecological differences, despite relatively high estimated rates of natural hybridization. However, very little is known about the nature and strength of reproductive barriers between those two species. The objective of this thesis was therefore to characterize their isolating barriers at phenotypic and genetic levels, in order to better understand their relative importance, their role in the process of divergence and their evolution in that species complex. A first approach based on controlled crosses has shown (i) the existence of strong barriers at the pre-zygotic level and that of significant although weaker ones at the post-zygotic level, based on observations from fitness of hybrid progenies, and (ii) a large variability for traits linked to barriers phenotypes, across genotypes and also for their expression in different micro-environments. A second approach of population genomics used 33 candidate genes to reproductive isolation and allowed to identify «speciation genes» submitted to divergent selection, the strongest divergence being observed for genes involved in the flowering pathway. The model of colonization of these oak species in natural stands was discussed in the light of these new results.

La reconstruction phylogénétique vise à reconstituer l'histoire évolutive d'un ensemble d'espèces sous forme d'un arbre. Parmi les méthodes de reconstruction, le problème Maximum de Parcimonie (MP) consiste à trouver un arbre binaire dont les feuilles sont associées à des séquences de caractères données, et qui minimise le score de parcimonie. Les méthodes de résolution existantes de ce problème NP-complet s'attachent généralement à appliquer des méthodes heuristiques traditionnelles, comme des algorithmes gloutons et de recherche locale. L'une des diffcultés du problème repose sur la manipulation d'arbres et la définition de voisinages d'arbres.<br />Dans cette thèse, nous nous intéressons en premier lieu à l'amélioration des techniques de résolution du problème MP basées sur un algorithme de descente. Après avoir montré de manière empirique les limites des voisinages existants, nous introduisons un voisinage progressif qui évolue au cours de la recherche afin de limiter l'évaluation de voisins infructueux lors d'une descente. L'algorithme obtenu est ensuite hybridé à un algorithme génétique utilisant un croisement d'arbres spécifique fondé sur les mesures de distance entre chaque couple d'espèces dans l'arbre. Cet algorithme mémétique exhibe des résultats très compétitifs, tant sur des jeux de test tirés de la littérature que sur des jeux générés aléatoirement.

La thèse est consacrée au problème fondamental de l'excitation et de la manipulation de systèmes quantiques à spectre d'énergie discret, via des champs lasers externes. Nous examinons le problème semi-classique à deux états quantiques, dépendant du temps, lorsque le champ électromagnétique externe est résonant ou quasi résonant pour deux des nombreux niveaux du système. La thèse est centrée sur la description analytique de l'évolution non adiabatique des systèmes quantiques soumis à une excitation par des configurations de champs avec croisements de niveaux. Dans la présente thèse, nous classifions l’ensemble complet des modèles quantiques à deux états semi-classiques dépendants du temps, qui peuvent être résolus en cinq fonctions de la classe de Heun.Les principaux résultats de la thèse sont :1. Au total, 61 classes infinies de modèles à deux états (i.e. les configurations de champ laser externe) solubles en termes de fonctions de Heun générale et confluentes sont dérivées.2. Dans ces classes infinies, trois sous-modèles originaux avec croisements de niveaux sont identifiés: l'un décrit les croisements infinis de résonance (périodiques), l'autre décrit les croisements de résonance asymétrique avec un temps de processus fini et le dernier décrit les processus de croisements infinis de résonance asymétrique. Le comportement du système quantique à deux états dans ces configurations de champ est analysé de manière exhaustive.3. Les solutions des équations de Heun en termes de fonctions bêta incomplètes, de fonctions hypergéométriques confluentes de Kummer et de fonctions Hermite d'ordre non entier sont construites.4. Des solutions analytiques du problème quantique à deux états sont projetées sur les équations d'onde relativistes et non relativistes : de nouveaux potentiels pour les équations de Schrödinger et de Klein-Gordon sont dérivés et résolus. / The thesis is devoted to the fundamental problem of excitation and manipulation of quantum systems, having discrete energy spectrum, via external laser fields. We examine the semiclassical time- dependent quantum two-state problem, when the external electromagnetic field is resonant or quasi-resonant for some two of many levels of the system. The focus of the thesis is on the analytic description of the non- adiabatic evolution of quantum systems subject to excitation by level-crossing field configurations. In the present thesis we classify the complete set of the semiclassical time-dependent quantum two-state models solvable in terms of the five function of the Heun class.Main results of the thesis are:1. In total 61 infinite classes of two-state models (i.e. external laser field configurations) solvable in terms of general and confluent Heun functions are derived.2. In these infinite classes three original level-crossing submodels are identified: one describes infinite (periodical) crossings of resonance, one describes asymmetric resonance crossing with a finite time of process and the last one describes infinite asymmetric resonance crossing process. The behavior of the two-state quantum system under these field configurations is comprehensively analyzed.3. Solutions of the Heun equations in terms of incomplete Beta functions, Kummer confluent hypergeometric functions and non-integer-order Hermite functions of a shifted and scaled argument are constructed.4. Analytic solutions of the quantum two-state problem are projected on the relativistic and non-relativistic wave-equations: new potentials for the Schrödinger and Klein-Gordon equations are derived and solved.

Cette thèse propose d'analyser la pratique d'échantillonnage de musique classique dans la production de musique hip-hop francophone. Elle se concentre sur les enjeux musicaux et sociaux de cette pratique en adoptant une méthodologie basée sur des outils sociologiques. Ainsi elle évaluera l'importance de cette rencontre entre ces deux entités culturelles, que le sont le hip-hop et la musique classique, en mettant en rapport les individus et les objets. / This thesis propose to analyze the reusing of western art music through sampling in french hip-hop music production. It is based on musical and social challenges using very sociological tools. Thereby it evaluate the importance of this meeting between hip-hop music and classical music by putting individuals and objects at the center of the argument.

Sisyrinchium micranthum Cav. is an herbaceous plant, one of the rare species of the genus which is described as annual. In Brazil, its distribution occurs throughout the states of Rio Grande do Sul (RS), Santa Catarina (SC), Paraná (PR), São Paulo (SP), and Rio de Janeiro (RJ). The species has a wide morphological variability reported in several studies, and different combinations of morphological features can be observed in the wild. Based on these combinations that characterize various plant profiles, three morphological types have been described as CI, CII and CIII. Sisyrinchium micranthum has three ploidy levels described in the literature whose basic number is x = 8, 2n = 2x = 16, 2n = 4x = 32, and 2n = 6x = 48. To contribute to the knowledge on the taxonomy, reproduction and evolution of the species, this study investigated genetic and cytogenetic characteristics of S. micranthum, as well as aspects of reproductive biology. To study the population genetic structure of S. micranthum in southern Brazil, firstly, nine microsatellite markers were isolated using an enriched genomic library, and characterized in a diploid population. Later, from the analysis of genetic variability with seven markers for 583 plants of 14 sampled sites in the states of RS, SC and PR, populations with individuals of different ploidy levels were observed. An autopolyploid origin was presumed for these polyploids. The gene and allelic diversities were rather similar for most of the accessions. The inbreeding coefficient over all loci showed that S. micranthum exhibited an average excess of heterozygotes (negative inbreeding coefficient value), but the FIS values of individual populations ranged from -0.273 to 0.454. The heterozygote excess could be expected since autopolyploids present polysomic inheritance, which contributes substantially for a high heterozygosity. In addition, the populations were highly structured. The results from the cytogenetic analyses, demonstrated that the variability of S. micranthum is also present in terms of genome organization. Regarding S. micranthum and related species S. laxum Otto ex Sims and S. rosulatum E.P. Bicknell, it was verified that the 18S-26S rDNA varies in number of loci, with a notable reduction of the same in polyploids in relation to diploids, while 5S locus showed a proportional increase in the number of signals as increased ploidy level. The data on genome size (Cx) for the three species studied showed a genome downsizing from diploids to polyploids, and also a small inter and intraspecific variation with respect to the C-value. In terms of reproductive biology, selfing and outcrossing were recorded for the species. Furthermore, crossing between different morphological categories of S. micranthum are compatible as resulted in the formation of fruits. Likewise, the data suggest that S. micranthum and S. laxum do not present complete reproductive isolation. The genetic variability of S. micranthum demonstrated in this study in terms of genetic divergence between populations and variation in rDNA loci number possibly reflect the complex relationship between polyploidy and reproductive aspects of the species.

Cette thèse regroupe plusieurs travaux de combinatoire énumérative sur les permutations et permutations d'ensemble. Elle comporte 4 parties.Dans la première partie, nous répondons aux conjectures de Steingrimsson sur les partitions ordonnées d'ensemble. Plus précisément, nous montrons que les statistiques de Steingrimsson sur les partitions ordonnées d'ensemble ont la distribution euler-mahonienne. Dans la deuxième partie, nous introduisons et étudions une nouvelle classe de statistiques sur les mots : les statistiques "maj-inv". Ces dernières sont des interpolations graphiques des célèbres statistiques "indice majeur" et "nombre d'inversions". Dans la troisième partie, nous montrons que la distribution conjointe des statistiques"nombre de croisements" et "nombre d'imbrications" sur les partitions d'ensemble est symétrique. Nous étendrons aussi ce dernier résultat dans le cadre beaucoup plus large des 01-remplissages de "polyominoes lunaires".La quatrième et dernière partie est consacrée à l'étude combinatoire des q-polynômes de Laguerre d'Al-Salam-Chihara. Nous donnerons une interprétation combinatoire de la suite de moments et des coefficients de linéarisations de ces polynômes.