Orientador: Ana Maria Goulart de Azevedo Tozzi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T02:24:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigues_RodrigoSchutz_D.pdf: 9627986 bytes, checksum: e68b50bb26b5736a6c9fa737052136b6 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Acosmium Schott (Leguminosae, Papilionoideae, Sophoreae) é um gênero neotropical, constituído de 18 espécies. Em sua última revisão, o gênero foi organizado por Yakovlev em quatro seções, baseadas na relação entre o comprimento dos lacínios e o tubo do cálice, curvatura da radícula e número de estames. O objetivo geral desta tese foi avaliar a circunscrição das seções de Acosmium por meio de uma análise cladística do gênero e revisar a taxonomia das espécies reconhecidas para Acosmium. Além disso, dois trabalhos biossistemáticos foram realizados para subsidiar estes estudos. A tese foi organizada em seis capítulos: 1. Análise cladística de Acosmium para testar a monofilia do gênero e evidenciar suas relações inter e infragenéricas, comparando os resultados com os de sua última classificação. Foram avaliados 60 caracteres morfológicos, incluindo dados de morfologia de plântulas e pólen para 33 táxons pertencentes a 11 gêneros de Papilionoideae. Acosmium, conforme delimitado em sua última revisão taxonômica, se revelou um táxon não monofilético e suas espécies se distribuíram em três clados separados, os quais foram considerados como gêneros distintos: Acosmium s. str., Leptolobium V ogel e Guianodendron Schütz Rodr. & A.M.G. Azevedo. 2. Revisão taxonômica de Acosmium, abrangendo delimitação específica, nomenclatura, descrição, ilustração e chave de identificação dos táxons, além de informações sobre similaridade fenotipica, distribuição geográfica e ambientes preferenciais. Foram propostas duas mudanças de categorias taxonômicas e uma sinonimização taxonômica. Assim, para o gênero, somente uma espécie foi reconhecida, Acosmium lentiscifolium Schott, com três subespécies, que têm distribuição alopátrica provavelmente associada com eventos vicariantes na extensão de matas secas estacionais na América do Sul. 3. Revisão taxonômica de Leptolobium. O gênero é neotropical, com 11 espécies, uma das quais nova para a ciência. Foram propostas cinco combinações novas, duas sinonimizações taxonômicas e duas exclusões. 4. Descrição do gênero novo Guianodendron, constituído somente por G. praeclarum (Sandwith) Schütz Rodr. & A.M.G. Azevedo, comb. novo Este gênero é caracterizado pelas flores com pétalas auriculadas, cinco estames livres, ovário com 1(-2) óvulos e estipulas ovais. Guianodendron praeclarum ocorre na Guiana e no Brasil, onde foi registrada pela primeira vez, no estado do Amazonas. 5. Estudo da morfologia de plântulas de Acosmium, Leptolobium e Guianodendron, com o intuito de descrever e ilustrar a morfologia 2de plãntulas de alguns de seus representantes e avaliar seu potencial sistemático. Os resultados subsidiaram o reconhecimento destes três gêneros. Guianodendron destaca-se por possuir plãntulas criptohipógeas com cotilédones de reserva, enquanto que Acosmium e Leptolobium apresentam plãntulas faneroepígeas com cotilédones foliáceos, podendo ser distintos pela forma do hipocótilo, nictinastia de folíolos e cotilédones e glãndulas intercotiledonares. 6. Determinação dos números cromossômicos para alguns táxons de Acosmium e Leptolobium, com o objetivo de ampliar o conhecimento cito lógico destes gêneros. Em Acosmium, foram encontrados números cromossômicos 2n=18 (24 e 32), enquanto que, em Leptolobium, o número cromossômico foi uniformemente 2n=18. Os resultados apresentados para Acosmium e para quatro espécies de Leptolobium são as suas primeiras contagens cromossômicas / Abstract: Acosmium Schott (Leguminosae, Papilionoideae, Sophoreae) is a neotropical genus comprising 18 species. In the last revision of the genus four sections were recognized by Yakovlev, distinguished by the ratio between the length ofthe calyx teeth with the length of the calyx tube, curvature of radic1e and stamens number. The general aim of this thesis was to evaluate the circumscription of the sections of Acosmium based on a cladistic ana1ysis and to revise the taxonomy of the Acosmium species. Besides, two biosystematic surveys were carried out to achieve supplementary data. The thesis consists of six chapters: 1. Cladistic ana1ysis of Acosmium with the aim of testing the monophyly of the genus and clarifying their infrageneric relationships, comparing the results with the most recent classification of Acosmium. We investigated 60 morphological characters, including seedling morphology and pollen data for 33 taxa belonging to 11 genera of Papilionoideae. The results showed that Acosmium was not monophyletic as currently delimitated, and their species grouped into three separated clades, which were considered as distinct genera: Acosmium s. str., Leptolobium Vogel and Guianodendron Schütz Rodr. & A.M.G. Azevedo. 2. Taxonomic revision of Acosmium, inc1uding specific delimitation, nomenclature, descriptions, illustrations. and ana1ytical key, as well as information on phenotypic similarity, geographical distribution and preferred habit for the taxa. Two changes in taxonomic rank and a new synonymization were proposed. Therefore, Acosmium was reduced to a single species, Acosmium lentiscifolium, with three subspecies, which have an allopatric occurrence probably associated with vicariance of seasonally dry tropical forests in South America. 3. Taxonomic revision of Leptolobium. The genus is neotropical and comprises 11 species, one of them new. Five new combinations, two new synonymizations and two new exc1usions were proposed. 4. Description of Guianodendron, a new genus comprising a single species, G. praeclarum (Sandwith) Schütz Ródr. & A.M.G. Azevedo, comb. novo Guianodendron is characterized by its tlowers with auriculate petals, five ftee stamens, reduced ovule number, and oval or ovalelliptic marked1y nerved stipules. Guianodendron praeclarum occurs in Guyana and this work is the first record for Brazil, in Amazonas state. 5. Seedling morphology of Acosmium, Leptolobium and Guianodendron, with the aim of describing and illustrating the seedlings of these three genera and evaluating their systematic value. The results corroborated the 4recognition of three distinct genera. Guianodendron has cripto-hipogeal seedlings, while Acosmium and Leptolobium have phanero-epigeal seedlings with foliaceous cotyledons, which are distinguishable from each other by hypocotyl form, nictinasty of leaflets and cotyledons and intercotyledonary glands 6. Chromosome numbers are presented for some Acosmium and Leptolobium taxa, in order to increase the cytologicallmowledge ofboth genera. In Acosmium were found 2n=18 (24 and 32), while in Leptolobium the chromosome numbers were uniformly 2n=18. The mitotic counts presented to Acosmium and to four Leptolobium species constituted their first chromosomal counts / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Bernardo Beiguelman / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-17T20:10:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moura_TarcisioJosedeAlmeida_M.pdf: 2269762 bytes, checksum: f449d76fce59386968c84d02d1658507 (MD5) Previous issue date: 1977 / Resumo: Apesar de o mecanismo de ação do ácido nalidíxico ('C IND. 12¿ 'H IND. 12¿ 'N IND. 2¿ 'O IND. 3¿) ainda não estar completamente estabelecido ele vem sendo largamente empregado no combate e infecções por causa de sua grande especificidade sobre bactérias Gram-positivas. Esse quimioterápico tem sido mais utilizado no tratamento de infecções urinárias, embora também seja usado em outras situações como, gastroenterites, meningites, infecções sistêmicas, etc. Os experimentos recentes com ácido nalidíxico desenvolvidos em bactérias, têm demonstrado que esse quimioterápico bloqueia a duplicação semiconservativa do DNA, sem afetar diretamente a síntese de RNA e proteínas. Em vista disso, e tendo em mente que o ácido nalidíxico vem sendo utilizado em gestantes e crianças, o autor considerou pertinente investigar o efeito dessa substancia sobre os cromossomos humanos. Para tanto, foi analizado o efeito in vitro do ácido nalidíxico sobre o percentual de diferenciação blástica dos linfócitos estimulados pela fitohemaglutinina, o índice mitótico, bem como sobre as taxas de aneuploidias, de poliplóidias e de quebras a falhas (gaps) cromossômicas e cromáticas. Nesse experimento foram utilizadas duas sérias de quatro culturas para cada indivíduo analisado, com concentrações de ácido nalidíxico de zero, 20 , 50 e 100 microgramas por mililitro ...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Nalidixic acid is largely used for treatment of infections due to its great specidicity for Gram-negative bactéria, in spite of the poor knowledge of its mechanism of action. This drugs has been used mostly for treatment of urinary infections, but also for tratment of other diseades like gastroenteritis, meningitides and systemic infections. Recent experiments with nalidixic acid on bacteria have demonstrated that this chemotherapic inhibits the semiconservative duplication of DNA, without affecting directly the synthesis of RNA and proteins. As nalidixic acid has bees prescribed to pregnant women and children, the author considered highly pertinent the investigation of a possible effect of tis substance on human chromosomes. Thus, it was analysed the in vitro effect of the nalidixic acid on the blastic differentiation do lymphocytes stimulated by phytohemagglutinin, the mitotic index, as well as its effect on the rate of aneuploides, polyploides and chromosomal and chromatid breaks and gaps. For this study it was used two series of four cultures for each of the 15 persons sampled. Each series contained a control with no nalidixic acid and three cultures with 20 'mu¿g/ml, 50 'mu¿g/ml and 100 'mu¿g/ml of nelidixic acid. One series was incubated at '37GRAUS¿C¿ for 72 hours and used for the investigation of the blastic transformation rate. ...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Mestrado / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador : Bernardo Beiguelman / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-18T03:56:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pinto_CarlaFranchi_M.pdf: 3812778 bytes, checksum: bf5e7e9e8fb8d6c4f6080928c864c509 (MD5) Previous issue date: 1993 / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas

Orientadores: Crodowaldo Pavan, Neusa Diniz da Cruz / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-19T01:45:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pierozzi_NeivaIzabel_D.pdf: 4714150 bytes, checksum: 5431918f3971e0566ce297d167c550b0 (MD5) Previous issue date: 1993 / Resumo: Três espécies diploides de café (2n = 22 cromossomos) e autoincompatíveis, Coffea canephora, C. dewevrei e C. racemosa, foram submetidas a técnicas de bandamento-C, da enzima proteolítica tripsina, da coloração com solução diluída de Giemsa, da impregnação pela prata, além da reação nuclear de Feulgen. O objetivo foi a caracterização dos cromossomos mitóticos dessas espécies para posteriores estudos comparativos. As análises cariotípicas foram efetuadas em cromossomos de células de radículas e em cromossomos de células de endospermas jovens e de endospermas em crescimento, coleta dos a partir de frutos imaturos de café. O endosperma é um tecido triplóide, de natureza efêmera, muito macio quando jovem ou em crescimento, dispensando pré-tratamentos enzimáticos para o amolecimento, durante as preparações citológicas, procedimento obrigatoriamente usado quando os preparados provêm de raizes. As três espécies de café puderam ser identificadas (1) pelas medidas cromossômicas e ( 2 ) pelas percentagens médias da somatória dos segmentos corados pelo Giemsa (C. canephora e C. dewevrei ) . A assimetria lateral de bandas entre cromátides irmãs, ainda sem explicação aceita, foi discutida, uma vez que apareceu em alguns cromossomos nas três espécies de café, independentemente da metodologia empregada. Constatou-se também acentuada terogeneidade no número e na posição dos segmentos c:romossômicos corados, que foi atribuída a uma provável amplificação seletiva de nados segmentos da cromatina / Doutorado / Genetica / Doutor em Ciências Biológicas

Orientadores: Neusa Diniz da Cruz, Gil Martins Felippe / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-20T00:54:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maglio_CeciliaAlziraFerreiraPinto_D.pdf: 4771289 bytes, checksum: 10010d7942a9aa832bde967a942cf6f1 (MD5) Previous issue date: 1991 / Resumo: Dentro do gênero Coffea L. a espécie de maior importância econômica C. arábica é uma exceção no gênero pois é única espécie poliplóide com n=22 cromossomos e autocompatível, enquanto todas as demais espécies são diplóides e incompatíveis. A herança dissômica em C. arábica e a constatação de pareamento entre cromossomos de plantas di-haplóides dessa espécie e mesmo a facilidade de cruzamento com várias outras espécies do gênero, tem indicado ser a mesma um alopoliplóide de segmento, ou seja, os genomas que fazem parte de seu complemento são considerados bastante semelhantes, apesar do comportamento meiótico ser regular sem a formação de multivalentes. A origem da espécie C. arábica, apesar dos trabalhos realizados sobre o assunto, é ponto de controvérsia e continua a suscitar curiosidade tanto com relação às possíveis espécies ancestrais, como à constituição desta espécie poliplóide, a qual poderia ter surgido através de duas possibilidades a autopoliploidia ou alopoliploidia... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Coffea arabica L, is all exception in the genus Coffea L, because it is the only species so far analysed to have 2n = 4x = 44 chromosomes and is predominantly autogamous. All the other species are diploid with 2n = 22 chromosomes and are self incompatible. The species C. arabica has been considered a segmental allopoliploid, because it presents : a diploid I ike behaviour, a marginal geographic distribution and a relatively easy crossability with other Coffea species. Di-haploid plants of this species show also some degree of chromosome pairing. The structure and the origin of C. arabica is a point of controversy and many coffee researchers consider this species as a segmentaI allopoliploid. Many diploid species have been suggested as possible parentals. Analysis of somatic metaphases chromosomes show Iittle differences among chromosomes. It is very difficult to identify them individually. In view of this problem, detailed morphological analysis of the pachytene chromosomes of C. arabica was carried out. The pachytene chromomeric patterns revealed that there occurs some structural similarities in about 54% of the 22 bivalentes. Twelve of these 22 pairs of bivalents are similar to each other, two by two, in their chromomeric patterns indicating some degree of structural homology, This fact is supported by two secondary associations observed, one of them involving one nucleolar bivalent. Based on these results and other from the Iiterature, it is suggested that C. arabica has a genetic system controlling chromosome pairing like that of Triticum and other genera.... Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Doutor em Ciências Biológicas

Oligoryzomys é o gênero mais especioso da tribo Oryzomyini e está amplamente distribuído na região Neotropical. O objetivo deste trabalho é contribuir para a citotaxonomia e investigar a evolução cromossômica no gênero. Foram analisados 117 exemplares pertencentes às espécies: O. flavescens (2n=64-66, NF=66), O. fornesi (2n=62, NF=64), O. microtis (2n=64, NF=64), O. moojeni (2n=70, NF=72), O. nigripes (2n=62, NF=78-82), O. stramineus (2n=52, NF=68) e Oligoryzomys sp. A (2n=70, NF=72). As seis primeiras possuem cariótipos espécie-específicos e, dessa forma, reiteramos a importância da informação citogenética para a citotaxonomia. A pintura cromossômica comparativa (Zoo-FISH) com sondas de O. moojeni revelou hibridação em 29 segmentos autossômicos em O. fornesi; 30 em O. microtis; 31 em O. nigripes; e 32 em O. rupestris e Oligoryzomys sp. 2. Os resultados mostraram uma extensa reorganização genômica na evolução cromossômica do gênero, decorrente de fissões, fusões em tandem, rearranjos Robertsonianos e perda/inativação, surgimento ou reposicionamento de centrômero. / Oligoryzomys is the most specious genus within the tribe Oryzomyini and it is distributed throughout Neotropical region. This work aims to contribute to citotaxonomy and to investigate the chromosomal evolution of the genus. A total of 117 individuals were cytogenetically analysed, and they belong to the species: O. flavescens (2n=64-66, FN=66), O. fornesi (2n=62, FN=64), O. microtis (2n=64, FN=64), O. moojeni (2n=70, FN=72), O. nigripes (2n=62, FN=78-82), O. stramineus (2n=52, FN=68), and Oligoryzomys sp. A (2n=70, FN=72). The first six species possess species-specific karyotypes, and therefore we emphasize the importance of cytogenetic studies for citotaxonomy. Comparative chromosome painting (Zoo-FISH) with O. moojeni probes hybridized to 29 segments on metaphases of O. fornesi, 30 on O. microtis, 31 on O. nigripes, and 32 on O. rupestris and Oligoryzomys sp. 2. The results showed an extensive genomic reshuffling, due to fissions, tandem and Robertsonian fusions, loss/inactivation or repositioning of centromeres.

Orientador: Fausto Foresti / Resumo: Cromossomos B são componentes aparentemente dispensáveis encontrados nos genomas de inúmeras espécies, compostos basicamente de sequências repetitivas de DNA. Dentre uma variedade de questões a respeito destes elementos, a busca pelo conhecimento de sua origem tem sido amplamente estudada. Em peixes, a ocorrência destes cromossomos foi relatada em cerca de 60 espécies, incluindo espécies do gênero Characidium, no qual estes elementos aparentam não ter uma origem única. Com o objetivo de investigar a origem e conteúdo molecular dos cromossomos B em Characidium, nós analisamos duas espécies, Characidium gomesi e Characidium alipioi, portadoras de cromossomos B, utilizando a combinação de técnicas citogenéticas moleculares, análises de sequências e sequenciamento massivo. Nossos resultados mostraram que i) em ambas as espécies os Bs tiveram origem intraespecífica, no entanto, em C. alipioi se originaram de forma independente em relação aos Bs de outras duas espécies do gênero, assim, não compartilham os mesmos cromossomos ancestrais; ii) em C. gomesi as duas variantes compartilham DNA repetitivos, sendo cinco distribuídos nos cromossomos A, B e ZW, e um restrito aos cromossomos B e ZW, confirmando a origem dos Bs a partir dos cromossomos sexuais; iii) os supranumerários em C. alipioi provavelmente surgiram a partir do par de cromossomos autossômicos submetacêntrico 19; iv) Bs em C. alipioi se tornaram um cenário propício para acumulação de DNAs repetitivos após seu surgimento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: B chromosomes are apparently dispensable components found in the genomes of many species, mainly composed of repetitive DNA sequences. These elements have been reported in approximately 60 fish species, including the genus Characidium, in which these elements do not appear to have a single origin. In order to investigate the origin and molecular content of B chromosomes in Characidium, we analyzed two species bearing B chromosomes, Characidium gomesi and Characidium alipioi, using a combination of molecular cytogenetic techniques, DNA sequence analysis and massive sequencing. Our results showed that i) the B chromosomes of both species had an intraspecific origin, but from different chromosomes; ii) the two B-variants of C. gomesi share the same repetitive DNA sequences, five distributed on the elements of the A set, and on B and ZW chromosomes, and one restricted to B and ZW chromosomes, reforcing its origin from the sex chromosomes; iii) the supernumerary in C. alipioi probably arose from the chromosomes of the submetacentric pair 19; iv) B chromosomes in C. alipioi became a conducive setting for repetitive DNAs accumulation after its emergence; v) the sequence of H3 histone gene isolated from the chromosomes of the A set and B chromosomes of C. gomesi presented identical aminoacid sequences and the rates of dN/dS were lower for those from the B genome, suggesting the action of a positive selection and possible transcription of the supernumerary copies. The results reveals the importance of multiple approaches of chromosomal and molecular methods to understand issues related to evolutionary biology of supernumerary chromosomes, once allowed to increase knowledge about the structure, composition and origin of B chromosomes in representatives of the genus Characidium. These observations reinforce the proposition of this fish group as an interesting model for studies on the origin and... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-27T13:49:49Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseAlteracoesNumero.pdf: 1579411 bytes, checksum: 25990e97eda3beed8df2da4e15eaa1ad (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-04-05T14:46:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseAlteracoesNumero.pdf: 1579411 bytes, checksum: 25990e97eda3beed8df2da4e15eaa1ad (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-05T14:46:17Z (GMT). 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Essas alterações têm sido associadas ao processo de gênese tumoral, por serem características de tumores de baixo grau, principalmente deleções envolvendo o cromossomo 22. Dessa forma, o objetivo do presente trabalho foi analisar a recorrência de alterações no número de cópias (CNAs) envolvendo os cromossomos 1p e 22 em meningiomas de grau I e II, além de averiguar a existência de outros rearranjos recorrentes, por meio da análise genômica comparativa de alta resolução (array-CGH). As amostras analisadas foram provenientes de oito pacientes. Todas as amostras apresentaram ganhos e perdas de diversos segmentos cromossômicos. Com exceção de um caso, todos os outros apresentaram em maior ou menor grau mais deleções do que amplificações. A perda de segmentos localizados em 1p foi observada em todas as amostras analisadas. Algumas CNAs apresentaram recorrência em até seis dos oito casos. O cromossomo 22 apresentou CNAs em todas as amostras, mas a monossomia total só foi observada em duas das oito amostras. A análise global de CNAs em todas as amostras demonstrou que, apesar de alterações em 1p e 22 serem as modificações mais observadas, como o esperado, outras regiões genômicas também se apresentaram modificadas em várias amostras, apontando para um possível envolvimento dessas modificações com o processo de tumorigênese e progressão tumoral. Algumas delas, como alterações nos pares 9, 12 e 17, já foram observadas em outros trabalhos e foram correlacionadas com meningiomas atípicos e anaplásicos. Dessa forma, os dados obtidos apontam para a existência de um número maior de alterações genômicas em meningiomas de baixo grau, refutando, em parte, a afirmação de que esses tumores são caracterizados por um pequeno número de alterações quando comparados com tumores de malignidade maior. No entanto, o fato desses tumores apresentarem as alterações que são clássicas dos meningiomas, mesmo os benignos, como as deleções em 1p e em 22q, pode ser um indício de que estas alterações devem estar ligadas com os eventos iniciais destes meningiomas, como já foi sugerido diversas vezes por outros autores. Concluindo, essas alterações permanecem como marcadores importantes em meningiomas, e as relações dessas e outras CNAs com a resposta a diferentes tratamentos e ocorrência de recidivas devem ser o próximo passo após a caracterização citogenômica baseada em array-CGH. / Meningiomas are the second most common type of primary brain tumor, originating in the meninges covering the brain and spinal cord. They show slow growth, and are found more often in the CNS, being benign in most case, although there are also cases of meningiomas classified as malignant. At the cytogenetic level, meningiomas are the most well studied tumors in humans: studies in CNS tumors have shown that most cases had chromosomal abnormalities, and the most common alterations in theis type of tumor are the loss of one copy of chromosome 22 and deletion of the short arm of chromosome 1. These alterations have been associated with the tumorigenesis process, because they are found mostly in low-grade tumors, particularly deletions involving chromosome 22. Thus, the aim of this study was to analyze the occurrence of copy number alterations (CNAs) involving chromosomes 1p and 22 meningiomas grade I and II, and in addition to verifying the existence of other recurrent rearrangements through the application of high resolution comparative genomic hybridization (array - CGH ). Tumor samples were collected from eight patients. All samples showed gains and losses of various chromosomal segments. Except for one case, all others showed, in different degrees though, more deletions than amplifications. Loss of 1p segments was observed in all samples. Some CNAs were recurrent, being found up to six out of the eight cases. Pair 22 showed CNV in all samples, but the total monosomy was observed in only two of the eight samples. The global analysis of CNAs in all samples showed that, although changes 1p and 22 were the most frequent observed alterations, as expected, other genomic regions had also alterations in various samples, indicating a possible involvement of these modifications in the process of tumorigenesis and tumor progression. For instance, alterations in pairs 9, 12 and 17, have been observed in other studies and were correlated with atypical and anaplastic meningiomas. Our data indicate the existence of a larger number of genomic alterations in low-grade meningiomas, disagreeing partly with the assumption that these tumors are characterized by a small number of changes, usually involving pair 22 and, less frquently, loss of 1p. However, the fact that these tumors present alterations that are classically found in meningiomas, even benign, such as deletions in 1p and 22q, may be an indication that these changes must be linked with the early events of origin in meningiomas, as already suggested several times by other authors . In conclusion, these alterations remain important markers in meningiomas, and the relationships of these and other CNAs with the response to different treatments and recurrences should be the next step after cytogenomic characterization based on array-CGH has been completed.

Many genetic diseases or abnormalities that may occur in human chromosomes can be detected by analyzing the shape and morphology of chromosomes. The elaboration of the karyotype (organization of the 24 chromosomes of a human cell according to its size through a drawing or a photograph obtained from a microscope) is usually used to achieve this goal. The first steps for chromosomal analysis is the definition and extraction of morphology and banding pattern (gray level variations along its length) features of chromosomes. Among the morphological characteristics, in addition to its size, there is the centromere location (a region that divides the chromosome in long arm and short arm) and the classification according to the same. The advances made in cell culture techniques, banding, collecting and analyzing of materials for the implementation of the karyotype allowed great progress in the diagnosis of chromosomal abnormalities. However, this process is still used manually, because despite the growing demand of this type of examination, it is still small the supply of automated systems that help the geneticists work in the katyotype generation. So, the automation of this process and the possibility of obtaining results in a short time speeding therapeutic conduct and reassuring that families are invaluable. Centromere detection is of great importance both in the manual process as the automatic process, for faster diagnosis. In the manual process, the possibility of performing a grouping of the chromosomes in relation to the size and centromere position would help the geneticist work at the identification and also in segmentation, because by defining the chromosome classification in relation to its centromere position, is possible to define their polarity (putting the chromosome "standing"). In the automatic process, it s an excellent filter in the search for a higher correctness rate for chromosomes identification systems, because each type of chromosome always belongs to a particular classification according to the centromere (metacentric, submetacentric or acrocentric). In this dissertation, therefore, sought to develop a series of methods for centromere detection, especially the definition of two algorithms that use the methods developed in this work. As a result it is emphasized that in applying this approach on the image base used from BioImLab (Biomedical Imaging Laboratory, University of Padova, Italy), it achieves about 94.37% of correctness, a higher rate than any work related literature. / Muitas doenças genéticas ou anomalias que podem ocorrer nos cromossomos humanos podem ser descobertas através da análise da forma e das características morfológicas dos cromossomos. A elaboração do cariótipo (organização dos 24 cromossomos de uma célula humana de acordo com o seu tamanho através de um desenho ou de uma fotografia obtida de um microscópio) é geralmente utilizada para alcançar este objetivo. Os primeiros passos para as análises cromossômicas são a definição e extração das características morfológicas e do padrão de bandas dos cromossomos (variações dos níveis de cinza ao longo de seu comprimento). Dentre as características morfológicas, além do seu tamanho, destaca-se a localização do centrômero (local que divide o cromossomo em braço longo e braço curto) e a classificação de acordo com o mesmo. Os avanços ocorridos nas técnicas de cultura celular, bandeamento, coleta e análise dos materiais para a execução do cariótipo possibilitaram grandes progressos no diagnóstico das alterações cromossômicas. Porém, este processo ainda é bastante utilizado de forma manual, pois, apesar da demanda crescente deste tipo de exame, ainda é pequena a oferta de sistemas automáticos que auxiliem o trabalho dos geneticistas na geração do cariótipo. Logo, a automatização deste processo e a possibilidade de se obter resultado em curto espaço de tempo, agilizando condutas terapêuticas ou tranqüilizando familiares tem um valor inestimável. A detecção do centrômero é de grande importância tanto no aspecto do processo manual como no processo automático, pois agilizaria o diagnóstico. No processo manual, a possibilidade de se realizar um agrupamento dos cromossomos em relação ao tamanho e a posição do centrômero auxiliaria o trabalho de um geneticista na parte de identificação e também na segmentação, pois ao se definir a classificação de um cromossomo em relação a sua posição do centrômero, é possível definir a sua polaridade (colocar o cromossomo em pé ). No processo automático, é um excelente filtro na busca por uma maior taxa de acertos nos sistemas de identificação dos cromossomos, pois cada tipo de cromossomo pertencerá sempre a uma determinada classificação de acordo com o centrômero (metacêntrico, submetacêntrico ou acrocêntrico). Nesta dissertação, portanto, buscou-se desenvolver uma série de métodos para detecção do centrômero, destacando-se a definição de dois algoritmos que utilizam os métodos desenvolvidos no decorrer deste trabalho. Como resultado obtido destaca-se que ao aplicar esta abordagem na base de imagens utilizada do BioImLab (Laboratório de Imagem Biomédica, Universidade de Padova, Itália), alcança-se cerca de 94.37% de acertos, uma taxa maior que qualquer trabalho relacionado na literatura.

Orientadores: Katia Borgia Barbosa Pagnano, Afonso Celso Vigorito / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-14T18:14:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Machado_MelissaPereira_M.pdf: 1144638 bytes, checksum: c55a80d3cce151782b16b741b0f21149 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A leucemia mieloide crônica (LMC) e uma desordem mieloproliferativa caracterizada pela presença do cromossomo Philadelphia (Ph), resultado da fusão do gene abl e do gene bcr cujo produto e uma proteína de atividade de tirosina quinase, inibida pelo mesilato de imatinibe. O imatinibe e hoje o tratamento de primeira linha da LMC e o monitoramento molecular dos transcritos BCR-ABL e fundamental no acompanhamento dos pacientes e na detecção precoce da perda de resposta ao tratamento. O objetivo deste trabalho foi realizar a padronização do método de PCR quantitativo (RQPCR) para o monitoramento molecular dos transcritos BCR-ABL de pacientes com LMC em tratamento com imatinibe. Foram coletadas amostras de sangue periferico de pacientes com LMC para RQ-PCR ao diagnostico e a cada três meses apos o tratamento com imatinibe. Foi utilizado o método Taqman. Como gene controle foi utilizado o ABL. Foi criada uma curva standard com diluições de 108 a 103 de um plasmideo com os transcritos b3a2 e b2a2 e com ABL. As quantificações foram feitas em duplicatas, assim como a curva standard. O threshold utilizado foi de 0,05 e a eficiência foi determinada em 99%. Os resultados foram reportados como uma relação entre BCR-ABL/ABL. Para o valor de referencia basal do laboratório foram analisadas 30 amostras de pacientes ao diagnostico, e calculada a mediana, sendo esse valor 83,66%. Resposta molecular maior (RMM) foi definida como redução dos transcritos BCR-ABL em 3 log a partir do valor basal do laboratório. Os valores foram ajustados a escala internacional, usando-se um fator de conversão de 1.19. Apos a padronização do método, foram avaliados 60 pacientes com LMC, cujas amostras foram coletadas ao diagnostico e a cada 3 meses. Respostas hematológica, citogenetica maior e citogenetica completa foram obtidas em 57 (95%), 45 (75%) e 38 (63%) dos pacientes, respectivamente. Vinte e quatro de 60 pacientes atingiram a RMM (40%), numa mediana de 8,5 meses. A sobrevida global foi superior nos pacientes com RCC (100%) vs pacientes sem RCC (77%) em 48 meses. Pacientes com RCC e com RMM tiveram uma sobrevida livre de eventos superior em relação aos pacientes que não atingiram os dois tipos de reposta (100% vs 60% respectivamente) (p= 0.007). Em resumo, neste estudo demonstramos o impacto prognostico em atingir RCC e RMM e também a importância do acompanhamento molecular nos pacientes com LMC. / Abstract: Chronic myeloid leukemia (CML) is a myeloproliferative disorder characterized by the presence of Philadelphia chromosome (Ph), the result of bcr and abl gene fusion, which product is a protein with kinase activity, inhibited by imatinib. Imatinib is currently the first-line treatment of CML and molecular monitoring of BCRABL transcripts is essential in monitoring of patients and for the early detection of loss of response to treatment. The aim of this study was to standardize quantitative PCR (RQ-PCR) method for molecular monitoring of BCR-ABL transcripts in patients with CML treated with imatinib. Peripheral blood samples from chronic phase patients were collected for RQ-PCR at diagnosis and every three months after treatment with imatinib. Taqman method was used for RQ-PCR. A standard curve with dilutions of 108 to 103 of a plasmid with the b3a2 and b2a2 transcripts and ABL gene, used as the control gene, was constructed. The runs were made in duplicates. The threshold used was 0.05 and the efficiency was determined as 99%. The results were reported as a BCR-ABL/ABL ratio (%). For the reference value of the baseline of the laboratory 30 samples from patients at diagnosis were quantified and the median value calculated was 83.66%. Major molecular response (MMR) was considered a three log reduction from the baseline value. MMR values were adjusted to international scale, using a conversion factor of 1.19. After standardization, BCR-ABL levels of 60 CML patients in chronic phase treated with imatinib were measured at diagnosis and then every three months. Hematological, major cytogenetic and complete cytogenetic responses were achieved in 57 (95%), 45 (75%) and 38 (63%) patients, respectively. Twenty-four out of 60 patients achieved a MMR (40%), in a median time of 8.5 months. Overall survival was superior for patients with CCR (100%) versus patients with no CCR (77%) (p= 0.01) in 48 months. Patients with CCR and with MMR had a superior event free-survival (EFS) in comparison with patients with CCR and no MMR (p= 0.007). In conclusion, we could demonstrate the prognostic impact of achieving CCR and a major molecular response and also the importance of molecular monitoring in the follow-up of CML patients. / Mestrado / Ciencias Medicas / Mestre em Clinica Medica