Submitted by ÉRICA ALVES SERRANO FREITAS null (ericaserrano@ibb.unesp.br) on 2017-01-09T12:02:55Z No. of bitstreams: 1 TESE Érica Alves Serrano.pdf: 10056165 bytes, checksum: a4b250d060ea74b9f61a8fe8636426d0 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-11T18:08:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 freitas_eas_dr_bot.pdf: 10056165 bytes, checksum: a4b250d060ea74b9f61a8fe8636426d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-11T18:08:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 freitas_eas_dr_bot.pdf: 10056165 bytes, checksum: a4b250d060ea74b9f61a8fe8636426d0 (MD5) Previous issue date: 2016-12-07 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cromossomos B são componentes aparentemente dispensáveis encontrados nos genomas de inúmeras espécies, compostos basicamente de sequências repetitivas de DNA. Dentre uma variedade de questões a respeito destes elementos, a busca pelo conhecimento de sua origem tem sido amplamente estudada. Em peixes, a ocorrência destes cromossomos foi relatada em cerca de 60 espécies, incluindo espécies do gênero Characidium, no qual estes elementos aparentam não ter uma origem única. Com o objetivo de investigar a origem e conteúdo molecular dos cromossomos B em Characidium, nós analisamos duas espécies, Characidium gomesi e Characidium alipioi, portadoras de cromossomos B, utilizando a combinação de técnicas citogenéticas moleculares, análises de sequências e sequenciamento massivo. Nossos resultados mostraram que i) em ambas as espécies os Bs tiveram origem intraespecífica, no entanto, em C. alipioi se originaram de forma independente em relação aos Bs de outras duas espécies do gênero, assim, não compartilham os mesmos cromossomos ancestrais; ii) em C. gomesi as duas variantes compartilham DNA repetitivos, sendo cinco distribuídos nos cromossomos A, B e ZW, e um restrito aos cromossomos B e ZW, confirmando a origem dos Bs a partir dos cromossomos sexuais; iii) os supranumerários em C. alipioi provavelmente surgiram a partir do par de cromossomos autossômicos submetacêntrico 19; iv) Bs em C. alipioi se tornaram um cenário propício para acumulação de DNAs repetitivos após seu surgimento; e v) a histona H3 isolada dos cromossomos B e A de C. gomesi apresentou idêntica sequência de aminoácidos, e as taxas de dN/dS foram menores para aquelas provenientes do genoma B, sugerindo a ação de uma seleção positiva e possível transcrição das cópias no supranumerário. Os resultados obtidos reforçam a importância da integralização de abordagens cromossômicas e moleculares para compreender questões relacionadas à biologia evolutiva de cromossomos supranumerários, uma vez que, permitiram ampliar o conhecimento sobre a estrutura, composição e origem dos cromossomos B entre os representantes do gênero Characidium. Tais observações reforçam a proposição deste grupo de peixes como um modelo interessante de estudos sobre a origem e estrutura destes elementos genômicos, bem como das estratégias evolutivas apresentadas pelos cromossomos supranumerários nos peixes. / B chromosomes are apparently dispensable components found in the genomes of many species, mainly composed of repetitive DNA sequences. These elements have been reported in approximately 60 fish species, including the genus Characidium, in which these elements do not appear to have a single origin. In order to investigate the origin and molecular content of B chromosomes in Characidium, we analyzed two species bearing B chromosomes, Characidium gomesi and Characidium alipioi, using a combination of molecular cytogenetic techniques, DNA sequence analysis and massive sequencing. Our results showed that i) the B chromosomes of both species had an intraspecific origin, but from different chromosomes; ii) the two B-variants of C. gomesi share the same repetitive DNA sequences, five distributed on the elements of the A set, and on B and ZW chromosomes, and one restricted to B and ZW chromosomes, reforcing its origin from the sex chromosomes; iii) the supernumerary in C. alipioi probably arose from the chromosomes of the submetacentric pair 19; iv) B chromosomes in C. alipioi became a conducive setting for repetitive DNAs accumulation after its emergence; v) the sequence of H3 histone gene isolated from the chromosomes of the A set and B chromosomes of C. gomesi presented identical aminoacid sequences and the rates of dN/dS were lower for those from the B genome, suggesting the action of a positive selection and possible transcription of the supernumerary copies. The results reveals the importance of multiple approaches of chromosomal and molecular methods to understand issues related to evolutionary biology of supernumerary chromosomes, once allowed to increase knowledge about the structure, composition and origin of B chromosomes in representatives of the genus Characidium. These observations reinforce the proposition of this fish group as an interesting model for studies on the origin and structure of these genomic elements and the evolutionary strategies presented by supernumerary chromosomes in fish. / FAPESP: 2013/02143-3

Orientador: Fábio Porto-Foresti / Coorientador: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Orlando Moreira Filho / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Patricia Elda Sobrinho Scudeler / Resumo: Dentre os peixes da região Neotropical, temos a família Characidae, cujo gênero Astyanax é o mais comum e diversificado, contando com 141 espécies validadas. Estudos com diversas espécies do grupo têm demonstrado um dinamismo populacional particular, que leva à formação de populações geneticamente muito variáveis, além da ocorrência de cromossomos B, que neste gênero apresentam intensos polimorfismos. Estes cromossomos são classificados como elementos adicionais e dispensáveis, e estão presentes em plantas, fungos e animais, de diferentes morfologias e frequência variada. Frente a isso, foram analisadas seis populações distintas de Astyanax bockmanni coletadas nas bacias do rio Tietê e Paranapanema, além de exemplares das espécies A. fasciatus e A. paranae portadores de cromossomos supranumerários. Os estudos se basearam em técnicas citogenéticas clássicas (coloração com Giemsa, impregnação com nitrato de Prata, e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente e Zoo-FISH, por meio de sondas de DNAr 5S e 18S; genes para as histonas H1, H3; e elementos transponíveis Rex1, Rex3 e Rex6). Também realizamos a microdissecção, amplificação, marcação e hibridação de uma sonda B-específica do cromossomo B acrocêntrico de A. bockmanni, nomeada Babock. Os resultados indicaram que todos os exemplares de A. bockmanni e A. paranae apresentaram de 2n=50 cromossomos. Já A. fasciatus evidenciou 2n=46 cromossomos padrão. Todos os cariótipos das três espécies foram constituídos de cromossomos dos tipos metacêntricos, submetacêntricos, subtelocêntricos e acrocêntricos. Na espécie A. bockmanni (população Alambari), foram observados microcromossomos B acro e metacêntricos. Supranumerários meta, acro e subtelocêntricos observados na espécie A. fasciatus, e cromossomos B do tipo metacêntricos em A. paranae. As seis populações de A. bockmanni apresentaram divergências da heterocromatina ... / Abstract: Among the fish of the Neotropical region, we have the Characidae family whose genus Astyanax is the most common and diverse, with 141 species validated. Studies with several species of the group have shown a particular population dynamics, leading to the formation of genetically variable populations, besides the occurrence of B chromosomes, which in this genus exhibit intense polymorphisms. These chromosomes are classified as additional elements dispensable, and are present in plants, fungi and animals of varying frequencies and morphologies. So, six distinct populations of Astyanax bockmanni collected in the basins of the Tietê and Paranapanema were analyzed, beyond samples of the species A. fasciatus and A. paranae carriers of supernumerary chromosomes. The studies were based on classical cytogenetic techniques (Giemsa staining, impregnation with silver nitrate, and C-banding), and molecular (fluorescence in situ hybridization FISH and animal by means of 18S and 5S rRNA probes; genes for histones H1, H3, and transposable elements Rex1, Rex3 and Rex6). We also performed microdissection, amplification, marking and hybridization of a B-specific probe acrocentric B chromosome of A. bockmanni, named Babock. The results indicated that all specimens of A. bockmanni and A. paranae presented 2n=50 chromosomes. A. fasciatus showed 2n=46 chromosomes default. All karyotypes of the three species were made up of chromosomes metacentric, submetacentric, subtelocentric and acrocentric types. The species A. bockmanni (Alambari population) were observed B microchromosomes metacentric and acro Supernumerary, were acro and subtelocentric observed in the species A. fasciatus, and the metacentric B chromosomes in type A. paranae. The six populations of A. bockmanni showed differences in the constitutive heterochromatin and multiple NOR except the population Capivara river, which indicated a simple NOR system. Additionally, the 18S rRNA gene revealed ... / Mestre

Orientador: Sanae Kasahara / Banca: Luis Antonio Carlos Bertollo / Banca: Patricia Pasquali Parise Maltempi / Resumo: A família Hylidae passou nos últimos anos por extensas modificações na taxonomia e sistemática, realizadas com base principalmente em dados moleculares e com pouca ou nenhuma contribuição de informações citogenéticas. Como conseqüência, alguns novos gêneros de Hylidae foram criados, sendo esse o caso de Bokermannohyla, atualmente o terceiro mais abundante dentro de Cophomantini, uma das quatro tribos da subfamília Hylinae. Levando-se em conta que os dados citogenéticos no gênero são muito escassos, limitados a apenas três das 27 espécies, análises cariotípicas foram realizadas em B. circumdata, B. hylax e Bokermannohyla sp., do grupo de B. circumdata, e em B. alvarengai, B. ibitiguara e B. saxicola, do grupo de B. pseudopseudis. As seis espécies compartilham um cariótipo similar com 2n=24 e NF=48. Nas espécies do grupo de B. circumdata, as Ag-RON estão localizadas nos braços longos dos cromossomos do par 11, enquanto nas espécies do grupo de B. pseudopseudis, esse marcador citológico está nos braços curtos dos cromossomos do par 4 de B. alvarengai e nos braços longos dos cromossomos dos pares 1 e 11 de B. ibitiguara e B. saxicola, respectivamente. O padrão de bandamento C obtido em todas as espécies, com exceção de B. hylax, é predominantemente centromérico, mas algumas delas mostraram bandas pericentromérica, intersticial ou terminal, assim como banda C coincidente com o sítio da Ag-RON. Os cromossomos de Bokermannohyla sp., B. ibitiguara e B. saxicola não mostraram nenhuma região repetitiva rica em bases AT com a coloração pelo DAPI, mas a banda C telomérica dos cromossomos do par 10 de B. circumdata eram brilhantes. Com o fluorocromo GC-específico CMA3, a região centromérica dos cromossomos das quatro espécies aparece fluorescente, assim como os sítios da RON. Padrões de bandas de replicação foram obtidos em B. alvarengai e B. circumdata... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In the last years, the family Hylidae went through extensive taxonomic and systematic revisions, based mostly on molecular data with few or no contribution of cytogenetic information. As a result, some new hylid genera were erected, and this is the case of Bokermannohyla, now the third most speciose genus within Cophomantini, one of the four tribes of the subfamily Hylinae. Taking into account that cytogenetic data on the genus are very scanty, restricted to only three of its 27 species, karyotypic analyses were carried out in B. circumdata, B. hylax and Bokermannohyla sp., assigned to the B. circumdata group, and in B. alvarengai, B. ibitiguara and B. saxicola, assigned to the B. pseudopseudis group. The six species share a similar karyotype with 2n=24 and FN=48. In the species of the B. circumdata group, Ag-NOR are located in the long arms of the chromosome pair 11, whereas in species of the B. pseudopseudis group, this cytological marker is in the long arms of the chromosome pairs 1 and 11 of B. ibitiguara and B. saxicola, respectively, and in the short arms of the chromosome pair 4 of B. alvarengai. The C banding pattern obtained in all species, except for B. hylax, is mostly centromeric, but some of them showed pericentromeric, interstitial or terminal bands, as well as C band coincident to the Ag-NOR site. The chromosomes of Bokermannohyla sp., B. ibitiguara and B. saxicola showed no special AT-rich repetitive regions with DAPI staining, but the telomeric C band of the chromosome pair 10 of B. circumdata exhibited brilliant fluorescence. With the GC-specific CMA3 fluorochrome, the centromeric region of the chromosomes of the four species appeared brightly stained, as well as the NOR sites. Replication banding patterns were obtained in B. alvarengai and B. circumdata, but in the later species the chromosomes were poorly differentiated, probably due to incomplete BrdU incorporation... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientadora: Elizabeth Romagosa / Banca: Pedro Manoel Galetti / Banca: Teresa Cristina Ribeiro Dias Koberstein / Resumo: A indução à tetraploidia em tilápia do Nilo foi realizada mediante a aplicação de choques térmicos quentes a uma temperatura de 41º C, utilizando-se três tempos pós-fertilização (P.F.). No 1º ensaio, utilizaram-se tempos de P.F. de 50, 55 e 60 minutos e duração de 2 e de 5 minutos e no 2º de 24, 27 e 30 minutos, com duração de 5 e de 8 minutos. Para a coleta dos gametas, somente as fêmeas que apresentaram características secundárias de maturação foram induzidas artificialmente, por meio de injeções intramusculares com Gonadotrofina Coriônica Humana (HCG). Os machos não foram induzidos pela facilidade na liberação do sêmen. Depois da aplicação dos tratamentos os animais foram mantidos ate os quatro meses de idade momento no qual, foi comprovada a eficácia dos tratamentos mediante a contagem do número de cromossomos em preparações mitóticas 'in vivo" de células de rim e a cultura "in vitro" de linfócitos. Foram encontradas diferenças significativas (P< 0.05) nos tempos de duração do choque para os dois ensaios, em relação à estimativa das taxas de sobrevivência as quais foram inversamente dependentes da temperatura. O resultado das análises da contagem de cromossomos em todos os tratamentos, mostrou um número modal normal diplóide (2n=44), indicando que a não obtenção de tilápias tetraploides deva-se provavelmente à idade dos animais em que foi feita as provas / Abstract: The induction of the tetraploid in Nile tilapia was carried through means of application of hot thermal shoks to a temperature of 41,0 ºC, using it three times after-fertilization (A.F.). On the 1º assay A.P., times of 50, 55 and 60 minutes have been used and duration of 2 and 5 minutes and on the 2º of 24,27 and 30 minutes, with duration of 5 and 8 minutes. For the collection of gametes, the females that preented secondary characteristics of maduration had only been induced artificially, by means of intramuscular injections with Human Gonadotrophin Corionic (HCG). The males had not been induced for the easiness on the release of the milt. After the application of the treatments the animals were kept until four mounts of age moment in which, was proven the effectiness of the treatments by the counting of the number of chromosomes in mitotic preparations " in vivo" of kidney cells and culture "in vitro" of limphocytes. Significant differences in the times of duration of the shoks for the two assays had been found, in relation to the estimate of the survival taxes which had been inversely dependents on the temperature. The result of the analysis of the counting of chromosomes in all treatments, showed a normal diploid modal number (2n: 44), indicanting that the not attainment of tetraploids tilapias must be probably due to the animals on which the tests were made / Mestre

Orientador: Cesar Martins / Resumo: Cromossomos B são elementos supranumerários presentes em diversos grupos taxonômicos. Sua composição heterocromática está ligada a grande quantidade de sequências repetitivas que possuem. Sua origem está relacionada ao conjunto cromossômico A, sendo um mosaico de sequências deste. O primeiro relato de cromossomos B em ciclídeos africanos foi na espécie Astatotilapia latifasciata, que pode carregar 0, 1 ou 2 cromossomos B. Estudos citogenéticos clássicos encontraram alta carga de elementos repetitivos no cromossomo B da espécie. Portanto, o estudo dos elementos repetitivos presentes no cromossomo B de A. latifasciata pode elucidar sua origem e manutenção no genoma. Os resultados utilizando dados de sequenciamento de nova geração, mapeamento por hibridização fluorescente in situ (FISH) e PCR em tempo real mostraram vários elementos com maior número de cópias no cromossomo B de A. latifasciata. Transposons de DNA, como Tc1-Mariner, e retrotransposons, como os membros da família Bel/Pao e Gypsy, foram encontrados expandidos no cromossomo B. Com o sequenciamento em larga escala de RNA (RNA-seq), foi avaliada a transcrição diferencial entre indivíduos sem cromossomos B (B-) e com esses (B+). Mesmo alguns elementos apresentando expressão diferencial entre os grupos, elementos expandidos no B permanecem com expressão constante. A presença de sequências repetitivas expandidas no cromossomo B e seu perfil transcricional traz informações sobre sua composição e dinâmica. / Mestre

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Orlando Moreira Filho / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Banca: daniela Cristina Ferreira / Banca: Tatiana Aparecida Voltolin / Resumo: Neste estudo, espécimens de Astyanax fasciatus capturados no ribeirão Água de Madalena (bacia do alto rio Paraná) foram analisados citogeneticamente, revelando diferentes números diplóides em indivíduos convivendo em simpatria e sintopia, com números cromossômicos de 46, 48 e 50 cromossomos, sendo identificado ainda um cromossomo B acessório em todos os exemplares portadores da fórmula cariotípica com 46 cromossomos. Os exemplares analisados desta espécie foram submetidos às técnicas citogenéticas básicas de coloração com Giemsa, bandamento C e impregnação por nitrato de Prata e técnicas de citogenética molecular, com marcação por fluorocromos base-específicos, hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S, 5S e As51, com sondas teloméricas (TTAGGG)n e também com a microdissecção cromossômica, que resultou da hibridação in situ fluorescente (FISH) utilizando sondas produzidas a partir dos cromossomos B. A região organizadora de nucléolo (NOR) e os sítios de rDNA 18S e 5S mostraram uma distribuição conservada entre os citótipos 2n=46 e 2n=48 cromossomos, sendo que o citótipo de 2n=50 cromossomos apresentou-se de forma diferente com relação aos sítios de rDNA 18S, os quais se apresentaram localizados em cromossomos diferentes. A distribuição da heterocromatina foi pouco variável entre os três citótipos e a região da NOR mostrou-se CG rica quando submetida ao tratamento com Cromomicina A3. Os resultados obtidos com os marcadores moleculares e de citogenética básica mostraram que parece não ocorrer intercruzamentos envolvendo os exemplares dos diferentes citótipos, uma vez que não foram encontradas fórmulas cromossômicas híbridas entre estes citótipos até o presente. Porém, se estes citótipos compartilham uma série de homologias, como evidenciado na análise dos marcadores cromossômicos, também são encontradas diferenças... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In this study, specimens of Astyanax fasciatus were collected at Água da Madalena stream (Botucatu, São Paulo, Brazil) and analyzed cytogenetically, revealing different diploid numbers of individuals living in sympatry and sintopy with chromosome numbers of 46, 48 and 50 chromosomes, still being identified a chromosome B accessory on all copies bearing the karyotype formula with 46 chromosomes. The specimens of this species analyzed were submitted to cytogenetic techniques basic of Giemsa staining, C-banding and Silver nitrate impregnation and molecular cytogenetic techniques, marked by base-specific fluorochromes, fluorescence in situ hybridization with probes 18S rDNA and 5S As51, telomeric probe (TTAGGG)n and also with the chromosome microdissection, resulting in fluorescence in situ hybridization (FISH) using probes generated from chromosome B. The nucleolus organizer regions (NOR) and sites of 5S and 18S rDNA showed a distribution conserved between cytotypes 2n = 46 and 2n = 48 chromosomes, and the cytotype of 2n = 50 chromosomes presented differently with respect to 18S rDNA sites, which are located on different chromosomes presented. The distribution of heterochromatin was somewhat variable among the three cytotypes and NOR region proved CG rich when subjected to treatment with chromomycin A3. The results obtained with the markers and molecular cytogenetics basic showed that appears not to occur intercrosses involving specimens of different cytotypes since it was not found among these formulas chromosomal hybrid cytotypes to the present. However, if these cytotypes share a number of homologies, as evidenced in the analysis of chromosomal markers are also differences that could be a consequence of chromosomal rearrangements complementary, providing new locations of rDNA sites and causing a consequent differentiation and speciation among copies of different cytotypes... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Marielle Cristina Schneider / Banca: Rodrigo Marques Lima dos Santos / Banca: Mateus Mondin / Resumo: A família Buthidae possui cerca de 900 espécies descritas taxonomicamente; porém, menos de 5% destas espécies foram analisadas sob o ponto de vista citogenético. O número diploide nos butídeos varia entre 2n=5 a 2n=56, e a presença de cromossomos holocêntricos com comportamento sináptico e aquiasmático durante a meiose I é uma característica comum a todas as espécies previamente estudadas. Neste trabalho, os cromossomos mitóticos e meióticos de 11 espécies de escorpiões Buthidae (Ananteris balzanii, Rhopalurus agamemnon, Rhopalurus rochai, Tityus bahiensis, Tityus confluens, Tityus costatus, Tityus fasciolatus, Tityus maranhensis, Tityus martinpaechi, Tityus paraguayensis e Tityus stigmurus) foram estudados através de técnicas de citogenética clássica, molecular e ultraestrutural, com o objetivo de estabelecer os mecanismos responsáveis pela diversidade inter e intraespecífica de número cromossômico e/ou origem das complexas associações multivalentes observadas durante a meiose I, bem como, a evolução dos cromossomos holocêntricos. Nas 11 espécies examinadas, o número diploide variou de 2n=6 a 2n=28 e, em representantes dos três gêneros, associações cromossômicas multivalentes foram observadas em células paquitênicas e pós-paquitênicas. Além disso, uma variabilidade intraespecífica quanto à presença ou ausência de cadeias cromossômicas e ao número de cromossomos envolvidos nas complexas associações multivalentes foi observada em A. balzanii, R. agamemnon, R. rochai, T. bahiensis, T. maranhensis e T. paraguayensis. Células impregnadas pelo íon prata e submetidas à técnica de FISH revelaram certa constância quanto ao número e localização das RONs ativas e sítios de rDNA 45S, apesar da grande variação cromossômica verificada entre as espécies, visto que, RONs localizadas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The family Buthidae has about 900 species taxonomically described; however, less than 5% of these species were analyzed from the cytogenetic point of view. The diploid number in buthid ranges from 2n=5 to 2n=56, and the presence of holocentric chromosomes with synaptic and achiasmatic behavior during the meiosis I is a common feature for all previously studied species. In this work, the mitotic and meiotic chromosomes of 11 species of Buthidae scorpions (Ananteris balzanii, Rhopalurus agamemnon, Rhopalurus rochai, Tityus bahiensis, Tityus confluens, Tityus costatus, Tityus fasciolatus, Tityus maranhensis, Tityus martinpaechi, Tityus paraguayensis and Tityus stigmurus) were studied through classical, molecular and ultrastructural cytogenetic techniques, aiming to establish the responsible mechanisms for inter and intraspecific diversity of chromosomal number and/or origin of the multivalent complex associations observed during the meiosis I, as well as, the holocentric chromosome evolution. In the 11 species examined, the diploid number ranged from 2n=6 to 2n=28; multivalent chromosomal associations were observed in pachytene and postpachytene cells of species of the three genera. Moreover, an intraspecific variability regarding to the presence or absence of chromosome chains and the number of chromosomes involved in multivalent complex associations was observed in A. balzanii, R. agamemnon, R. rochai, T. bahiensis, T. maranhensis and T. paraguayensis. Silver-impregnated cells and nuclei submitted to the FISH technique revealed constancy in relation to the number and localization of the active NORs and rDNA 45S sites, respectively, despite of the high chromosomal variation verified among species, i.e., NORs located on terminal and subterminal region of two chromosomes were the common pattern for buthids... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Sanae Kasahara / Banca: Yatiko Yassuda / Banca: César Martins / Banca: Itamar Alves Martins / Banca: José Maurício Barbanti Duarte / Resumo: A classe Amphibia, especialmente a família Hylidae, passou por extensas modificações na taxonomia e sistemática, realizadas com base, principalmente, em dados moleculares, mas quase nenhuma contribuição das informações citogenéticas. Os hilídeos são os anuros mais abundantes em número de espécies, porém, a maioria delas foi sequer cariotipada e grande parte das informações disponíveis na literatura está restrita apenas ao número e morfologia dos cromossomos. No presente trabalho, foram cariotipadas 28 espécies da subfamília Hylinae, sendo da tribo Cophomantini Aplastodiscus arildae, A. callipygius, A. eugenioi, A. leucopygius, A. perviridis, Hypsiboas aff. polytaenius, Hypsiboas sp. aff. albopunctatus, H. albomarginatus, H. albopunctatus, H. bakeri, H. caingua, H. caipora, H. crepitans, H. faber, H. latistriatus, H. lundii, H. pardalis, H. polytaenius, H. prasinus, H. raniceps e H. semilineatus; da tribo Lophiohylini, as espécies Aparasphenodon bokermanni, Itapotihyla langsdorffii, Phyllodytes edelmoi, P. luteolus, Trachycephalus sp., T. mesophaeus e T. typhonius; e da subfamília Phyllomedusinae, duas espécies, Phyllomedusa distincta e P. tetraploidea, bem como seus híbridos triploides. A maioria das espécies da subfamília Hylinae compartilha cariótipo 2n=24, FN=48, bandas C majoritariamente centroméricas e RON em cromossomos pequenos do par 11 em Cophomantini e do par 10 em Lophiohylini. As exceções são as do gênero Phyllodytes, da tribo Lophyohylini, cujas espécies têm 2n=22, FN=44 e RON no par 2, e as do gênero Aplastodiscus, da tribo Cophomantini, cujas espécies têm diferentes números cromossômicos de 2n=24, 2n=22, 2n=20 e 2n=18, mas compartilham o mesmo padrão de bandamento C e o mesmo par marcador de RON. As bandas de replicação por incorporação de BrdU... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Amphibia class, especially the family Hylidae, went through extensive changes in taxonomy and systematics, based mainly on molecular data, but with almost no contribution of cytogenetic information. This family is the most speciose among the anurans, however, the great majority of the species was never karyotyped, and most of the cytogenetic information on hylids available in the literature is restricted to the number and morphology of the chromosomes. In the present work we karyotyped 28 representatives of the subfamily Hylinae, belonging to the tribe Cophomantini the species Aplastodiscus arildae, A. callipygius, A. eugenioi, A. leucopygius, A. perviridis, Hypsiboas aff. polytaenius, Hypsiboas sp. aff. albopunctatus, H. albomarginatus, H. albopunctatus, H. bakeri, H. caingua, H. caipora, H. crepitans, H. faber, H. latistriatus, H. lundii, H. pardalis, H. polytaenius, H. prasinus, H. raniceps e H. semilineatus; to the tribe Lophiohylini the species Aparasphenodon bokermanni, Itapotihyla langsdorffii, Phyllodytes edelmoi, P. luteolus, Trachycephalus sp., T. mesophaeus e T. typhonius; and two species of the subfamily Phyllomedusinae, Phyllomedusa distincta and P. tetraploidea, as well as their triploid hybrids. Most species of the subfamily Hylinae share the same karyotype with 2n=24, FN=48, C bands with predominantly centromeric distribution, and NOR located on small chromosomes belonging to the pair 11 in Cophomantini and to the pair 10 in Lophiohylini. The exceptions are the genus Phyllodytes, from the tribe Lophyohylini, whose species have 2n=22, FN=44 and NOR in the pair 2, and the genus Aplastodiscus, from the tribe Cophomantini, whose species have different chromosome numbers of 2n=24, 2n=22, 2n=20, Abstract and 2n=18, but sharing the same C-banding pattern and the same pair of NOR marker... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Coorientador: Vanessa Veltrini Abril / Banca: Jeffrey Frederico Lui / Banca: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Resumo: As espécies Mazama gouazoubira e Mazama nemorivaga, por muito tempo trouxeram dúvidas quanto à sua classificação e atualmente são descritas como espécies diferentes. A constituição cariotípica de M. gouazoubira (2n=70 e NF=70) é similar à de M. nemorivaga (2n=67 a 69 e NF=69 a 72), o que as difere são o número de cromossomos B e o cromossomo X. O objetivo deste trabalho foi analisar as diferenças cariotípicas, identificando os rearranjos cromossômicos que diferenciaram as espécies. Amostras de sangue e pele foram coletadas de 23 animais (15 M. gouazoubira e 08 M. nemorivaga) e as preparações cromossômicas foram submetidas aos bandamentos (C, G e coloração Ag-RON) e a hibridização in situ fluorescente. Dos 15 M. gouazoubira 02 foram variantes e dos 8 M. nemorivaga 4 foram variantes. A banda C mostrou que nas duas espécies as regiões centroméricas e pericentroméricas de todos os cromossomos são heterocromáticas, exceto o Y que é eucromático. As regiões organizadoras do nucléolo ativas foram localizadas nos mesmos pares cromossômicos (1 e 2) nas duas espécies. Sinais teloméricos foram localizados nas extremidades de todos os cromossomos e na região mediana do X nas duas espécies foi detectado um sinal telomérico intersticial. Os machos M. nemorivaga apresentaram um cromossomo sem par homólogo a metade distal do braço q do cromossomo X. A pintura cromossômica mostrou total homeologia da sonda do cromossomo X de M. gouazoubira com o braço p e com a metade proximal do braço q do X de M. nemorivaga. A metade distal do cromossomo X não apresentou sinal de hibridização e foi originada por uma fusão em tandem de um autossomo acrocêntrico, diferenciando o sistema sexual de M. nemorivaga / Abstract: The taxonomic classification of Mazama gouazoubira and Mazama nemorivaga has been uncertain, but nowadays they are described as distinct species. The standard karyotype constitution of M. gouazoubira (2n=70 and FN=70) is similar to M. nemorivaga (2n=68 and FN=70) and the differences between them are the number of B chromosomes and the morphology of X chromosome. This study aimed to analyze the karyotypic differences between M. gouazoubira and M. nemorivaga species identifying the chromosomal rearrangements that distinguished them. Blood and skin samples were collected from 23 animals (15 M. gouazoubira and 08 M. nemorivaga) and chromosomal preparations were submitted to G and C banding, Ag-NOR staining and to fluorescent hybridization in situ. From 15 M. gouazoubira analyzed here, two of them showed variants karyotypes while from eight M. nemorivaga, 4 of them were variants. The analysis of C-bands showed all centromeric and pericetromeric regions were heterochromatic, except the Y chromosome. In both species the actives nucleolar organizer regions were observed in the terminal position of chromosome pairs 1 and 2. The telomeric sites were located at all the chromosomes ends and at the half of X-chromosome q arm in both species. The males of M. nemorivaga showed one acrocentric chromosome without its corresponding pair, but it was homologous to distal half of q arm of X-chromosome. The chromosome painting analysis showed total homeology of the X-chromosome M. gouazoubira probe with the whole p arm and proximal half of q arm of X-chromosome from M. nemorivaga. The distal half of X-chromosome did not show hybridization signal and it was originated by tandem fusion of a small acrocentric, resulting in a different sexual system for M. nemorivaga / Mestre

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2007. / Submitted by Rebeca Araujo Mendes (bekinhamendes@gmail.com) on 2009-12-21T23:59:54Z No. of bitstreams: 1 2007_LilianBarrosQueiroz.PDF: 2239571 bytes, checksum: 5e97a61f8c82fcfb2f6016ad05934e71 (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2010-01-11T16:04:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_LilianBarrosQueiroz.PDF: 2239571 bytes, checksum: 5e97a61f8c82fcfb2f6016ad05934e71 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-11T16:04:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_LilianBarrosQueiroz.PDF: 2239571 bytes, checksum: 5e97a61f8c82fcfb2f6016ad05934e71 (MD5) Previous issue date: 2007 / A síndrome do X frágil (SXF), causa comum de retardo mental (RM) hereditário ocorre por mutação no gene FMR1 pela expansão não traduzida de CGG na extremidade 5’. Na população, a expansão varia de 5 a 52 repetições. Portadores de 52 a 200 cópias (pré-mutação) produzem a proteína FMRP, porém podem transmitir a mutação à geração seguinte. Indivíduos SXF possuem mais de 200 cópias (mutação completa) e resulta em metilação e inativação do gene impedindo a expressão da FMRP. Ausência de FMRP é responsável pelo RM. Mulheres portadoras da mutação completa apresentam variação no grau de RM devido inativação aleatória do X. A SXF é identificada pelo sítio frágil (FRAXA), na região Xq27.3. A imuno-histoquímica permite observar a expressão da FMRP no bulbo de cabelo. Indivíduos afetados mostram níveis inferiores aos controles. A reação em cadeia da polimerase (PCR) representa o melhor método para triagem da SXF. Objetivos: 1) avaliar a eficácia da técnica de imuno-histoquímica em pacientes suspeitos de SXF; 2) comparar três técnicas de diagnóstico para SXF: imuno-histoquímica, citogenética e PCR. Métodos: foram selecionados 121 pacientes com suspeita SXF sendo 59 (48,8%) homens e 62 (51,2%) mulheres. Noventa indivíduos sadios, com 75-100% de expressão da FMRP foram selecionados como controles negativos da imuno-histoquímica. Resultados: de 113 pacientes que realizaram a imuno-histoquímica, 54 eram homens, com 17 positivos, 28 negativos e nove inconclusivos e 59 mulheres, com sete positivas, 27 negativas e 25 inconclusivas. Entre os 119 que realizaram a PCR, 57 homens, com 20 positivos e 37 negativos e 62 mulheres, com três negativas e 59 inconclusivas. Dos 104 pacientes analisados para citogenética, 57 homens, com 34 positivos e 23 negativos e 47 mulheres, com 27 positivas e 20 negativas. A menor expressão do FRAXA foi 3% nos homens e 5,4% nas mulheres e a maior 36% e 37,1%, respectivamente. Comparando as técnicas imuno-histoquímica e PCR (considerado o padrão-ouro) nos homens observaram-se sensibilidade 84,2%; especificidade 100%; acurácia 94,2%. Comparando citogenética com PCR nos homens, encontraram-se sensibilidade 100%; especificidade 61,1%; acurácia 74,5%. A citogenética exige profissional qualificado, cultura prolongada, tendo boa sensibilidade em homens. As vantagens da imuno-histoquímica são: rapidez, baixo custo e facilidade de obtenção das amostras de bulbo de cabelo. A PCR é técnica versátil, rápida, com alta sensibilidade e especificidade com desvantagem em relação às mulheres de não diferenciar as homozigotas normais das heterozigotas afetadas. Conclusões: Houve correlação positiva e significativa entre homens com a SXF pela imuno-histoquímica comparada à PCR e citogenética. A PCR mostrou-se eficiente como triagem da SXF nos homens quando comparada com citogenética e imuno-histoquímica devido à ausência de falso-positivos. Fragilidade cromossômica em não afetados pode ser devido à presença de outros sítios frágeis. Todas as técnicas imuno-histoquímica, citogenética e PCR, isoladamente, não detectam portadores da pré-mutação e mulheres com mutação completa. ___________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The fragile X syndrome (FXS), common cause of hereditary mental retardation (MR) is caused by a mutation in the gene FMR1 characterized by a not translated CGG expansion in extremity 5'. In the population, this expansion varies from five to 52 repetitions. Carriers of 52 to 200 copies (premutation) show a normal production of the FMRP protein, but they can transmit an expanded mutation to the following generation. Individuals FXS have more than 200 copies (full mutation) which result in gene methylation and inactivation hindering the expression of the FMRP. Absence of FMRP is responsible for the MR. Female carrying the full mutation presents various degrees of MR due to random inactivation of the X chromosome. The FXS is identified by the presence of a fragile site (FRAXA) located in the Xq27.3 region. The immunohystochemical method allows the detection of the FMRP expression in the hair bulb. Affected individuals disclose decreased levels of FMRP than controls. The polimerase chain reaction (PCR) represents the best screening method to identify FXS affected individuals. Objectives: 1) to evaluate the effectiveness of the immunohystochemical technique in the identification of suspected FXS patients; 2) to compare three techniques used in the diagnosis of FXS: immunohystochemical, cytogenetic and PCR. Methods: Were selected 121 patients with signs and symptoms consistent with a probable diagnosis of FXS. Fifty-nine (48.8%) men and 62 (51.2%) were women. As negative controls were used 90 healthy individuals with 75 to 100% of FMRP expression. Results: Among the 113 patients that underwent immunohystochemical testing, 54 were men (17 being positive, 28 negative and nine with dubious results) and 59 were women with seven positive, 27 negative and 25 with dubious results. Among the 119 individuals that underwent PCR, 57 were men (with 20 positive and 37 negative results) and 62 women (with three negative and 59 showing dubious results). Of the 104 patients analyzed by cytogenetic testing were men (with 34 positives and 23 negatives results) and 47 were women (with 27 positive and 20 negatives results). The FRAXA lower expression was detected in 3% of men and 5.4% of women xx and the greater expression was 36% and 37.1%, respectively. Comparing the immunohystochemical technique and PCR (considered the gold-standard method) in men was observed a sensitivity of 84.2%; and a specificity of 100%; the accuracy was 94.2%. Comparing cytogenetic analysis and PCR in men, the sensitivity of the analysis was 100% and its specificity of 61.1%; accuracy was 74.5%. The cytogenetic analysis requires a qualified professional, a prolonged cell culture time its sensitivity being satisfying mainly in men. The advantages of the immunohystochemical are its shorter execution time, low cost, and facility to obtain the hair bulb samples. The PCR is a fastest technique, versatile, with high sensitivity and specificity. The disadvantage of this test being its incapacity to differentiate the normal homozigous from the affected heterozygous women. Conclusion: A positive correlation was found between FXS affected men when comparing the immunohystochemical technique to PCR and to cytogenetic analysis. The PCR was considered an efficient method in detecting the FXS in men when compared to cytogenetic analysis and immunohystochemical technique mainly due to the absence of false positive results. The presence of chromosome fragility in non affected individuals can be due to the presence of other fragile sites. Considering all the three techniques, immunohystochemical, cytogenetic and PCR, can be concluded that, itself, all are ineffective in the identification of premutation carriers and in women with full mutation.