No Brasil a confirmação do primeiro caso de febre zika, resultante da infecção pelo vírus zika (ZIKV), foi no primeiro semestre de 2015, na região nordeste. Os achados característicos eram de uma doença que apresentava sintomas semelhantes aos sintomas causados pelo vírus dengue (DENV), porém mais amenos, sendo inicialmente denominada de \"Síndrome Dengue-Like\". Além desta semelhança no quadro clínico, ZIKV e os DENV são arboviroses endêmicas no Brasil e pertencem à mesma família viral, sendo muito próximos filogeneticamente, resultando em uma forte reação cruzada entre os anticorpos induzidos por estas infecções. O diagnóstico específico para o ZIKV requer cuidados uma vez que o DENV circula há muito mais tempo no Brasil e muitas pessoas já são imunes para, no mínimo, um sorotipo da doença. Desta forma, anticorpos contra os DENV nos testes sorológicos podem reagir inespecificamente contra o ZIKV, originando um resultado falso-positivo. As maneiras para diferenciar as duas doenças são o isolamento e a detecção do RNA viral durante a fase aguda da doença e dos anticorpos neutralizantes durante a fase de convalescença. Atualmente com a escassez de testes registrados pela ANVISA e a dificuldade em diferenciar as duas viroses usando testes sorológicos, amostras bem caracterizadas e confirmadas quanto à infecção pelo ZIKV foram utilizadas para o teste de comparação com vários kits comerciais aprovados ou não pela ANVISA, para detecção de anticorpos. Estas amostras também foram testadas por um ensaio soro-molecular padronizado e desenvolvido no Laboratório de Virologia Molecular. / In Brazil, the first case of zika fever, resulting from zika virus (ZIKV) infection, was confirmed in the first half of 2015, in the northeast region. The characteristic findings were of a disease that presented symptoms similar to the symptoms caused by dengue viruses (DENV), but milder, being initially called \"Dengue-Like Syndrome\". Although this similarity in the clinical presentation, ZIKV and (DENV) are arboviruses endemic in Brazil and belonging to the same viral family, being very close phylogenetically, and resulting in a strong cross-reaction between the antibodies induced by these infections. The specific diagnosis for ZIKV requires careful evaluation since DENV has been circulating much longer in Brazil and many people are already immune to at least one serotype of the disease. Thus, the antibodies against DENV may react non-specifically against ZIKV in serological tests, resulting in a false-positive result. The ways to differentiate the two diseases are the isolation and detection of viral RNA during the acute phase of the disease and the neutralizing antibodies during the convalescent phase. Actually, with the scarcity of tests registered by ANVISA and the difficulty in differentiating the two viruses using serological tests, well-characterized and confirmed samples for ZIKV infection were used for the comparison of several commercial kits for detection of antibodies approved or not by ANVISA. These samples were tested by a standardized serummolecular assay developed at the Molecular Virology Laboratory.

A Diarréia Viral Bovina (BVD) provoca grandes perdas econômicas na pecuária mundial, é causada pelo vírus da diarréia viral bovina (BVDV), vírus que apresenta diversidade genética e antigênica entre as estirpes o que provavelmente influencia no diagnóstico. Com a proposta de verificar a presença de anticorpos, sua mensuração e neutralização cruzada frente quatro estirpes do vírus, amostras de 1500 bovinos não vacinados contra BVDV, sendo 519 de 15 rebanhos do Estado de Minas Gerais (MG), 499 de cinco rebanhos do Mato Grosso do Sul (MS) e 482 de cinco rebanhos de São Paulo (SP), foram testadas pela técnica de virusneutralização (VN) com as seguintes estirpes citopatogênicas: BVDV-1 (NADL estirpe americana e IBSP-11 isolado nacional) e BVDV-2 (VS-253 estirpe americana e IBSP-1020 isolado nacional). Dos 1500 animais, a variação da frequência de sororreagentes ao BVDV foi de 66,07% a 68,67%, ao analisar os diferentes grupos de animais, de acordo com o estado, a maior frequência de anticorpos foi obtida no MS, seguida por MG e SP, independente da estirpe utilizada na VN. O isolado nacional do genótipo 2, IBSP-1020 foi a estirpe que resultou em maior detecção de reagentes em MG e MS, enquanto que em SP foram as estirpes do genótipo 1. A avaliação dos resultados com as quatro estirpes revelou 73,27% (1099/1500) de animais reagentes a pelo menos um dos vírus, enquanto que, 57,60% (864/1500) foram reagentes aos quatro vírus, simultaneamente, ou seja, estes animais produziram anticorpos que reagiram com todas as estirpes em questão. Os títulos de anticorpos variaram de 10, valor mínimo de detecção da prova, a 5120, sendo que a maior parte dos animais apresentou títulos entre 40 e 160, os títulos observados nos animais de SP foram mais baixos com relação aos animais dos outros estados. A avaliação dos títulos de anticorpos de cada animal, comparando o resultado das estirpes duas a duas, revelou diferença na maioria das situações. Conclui-se que, houve alta frequência de ocorrência de bovinos reagentes ao BVDV, que variou de acordo com o sistema de criação e manejo dos rebanhos. Além disso, a utilização de mais de uma estirpe viral, independente do genótipo ou do local de origem do isolado, aumentou a sensibilidade de detecção de animais sororreagentes na VN. Foi evidenciada neutralização cruzada entre todas as estirpes estudadas. Os resultados reforçam a importância de selecionar estirpes representativas das regiões a serem estudadas para inclusão na VN, visando aumentar a sensibilidade do diagnóstico. / The bovine viral diarrhea (BVD) causes great economic losses in livestock worldwide, is caused by bovine viral diarrhea virus (BVDV), which presents genetic and antigenic diversity among strains which probably influences the serological diagnosis. For the proposal to verify the presence and titers of antibodies and cross-neutralization against four strains of virus, samples from 1,500 bovines naturally infected with BVDV, from the States of Minas Gerais (MG), Mato Grosso do Sul (MS) and São Paulo (SP) were tested by the virus-neutralization test (VN), against four cytopathic strains: BVDV-1 (NADL - American strain and IBSP-11 Brazilian isolate) and BVDV-2 (VS-253 - American strain and IBSP-1020 - Brazilian isolate). Of the 1,500 animals, the range from 66.07% to 68.67%, were reactive to BVDV, and the increased frequency of antibodies was obtained in the state of MS, followed by MG and SP, independent of the BVDV strain used in the VN. The national isolate of the genotype 2, IBSP-1020 strain showed highest detection of reagents in MG and MS states, while in SP were the strains of genotype 1. The results with the four strains showed that 73.27% (1,099/1,500) of animals positive to at least one virus, whereas 57.60% (864/1,500) were simultaneously reactive to the four viruses, in other words that is, these animals produced antibodies that cross reacted against all strains in question. The titers of antibodies ranged from 10, the minimum value of detection of VN, to 5120, and that most animals were between 40 and 160 titers. In comparison of antibodies titers among states was observed that animals in SP presented lowest antibody titer that other states. The evaluation of titers of antibodies in each animal, comparing the results of two by two strains showed statistical difference in most situations. It is concluded that there was a high frequency of occurrence of bovine reagents to BVDV, which varied according to the system of rasing and management of herds. Moreover, the use of different viral strains, independently of genotype or place of origin of isolate, increased the sensitivity of detection of seropositive animals in the VN. Cross-neutralization was observed among all strains studied. To increase the sensitivity of diagnosis it is important to select for VN the strains representative of the regions to be studied.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-08T15:19:29Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-05-08T15:37:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ariane Rolins de Santana - 2014.pdf: 1616629 bytes, checksum: 564437916d584de9d3769067e398b29b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-08T15:37:12Z (GMT). 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Thus, studies that contribute to their use and conservation are needed, including the genetic population. Therefore, the aim of this study was to evaluate the potential for cross-amplification primers developed for the species Phaseolus vulgaris to P. emarginatus and to analyze the polymorphism of the loci transferred from multiplex genotyping in three populations of this species. For this, were evaluated 539 primers developed for Phaseolus vulgaris, with 345 derived from ESTs libraries and 194 genomics. Amplification tests were performed using three individuals, while the assessment initial of the polymorphism with eight. Finally, genetic diversity parameters were estimated using 88 plants from three natural populations of P. emarginatus. Primers that showed amplification products visualized on agarose gel were then evaluated in 6% acrylamide gel stained with silver nitrate. Polymorphic loci were synthesized with fluorescence for evaluation and genotyping by capillary electrophoresis in ABI3500 automatic DNA analyzer. The loci were transferred to P. emarginatus 23 (4 %) being 7 polymorphic. Polymorphic, 6 electropherograms profiles. These 6 loci were evaluated in populations along with three polymorphic genomic loci previously standardized sucupira, totaling nine loci suitable for genotyping. It was possible to develop two multiplex systems, a compound of 5primers and another for 4. The number of alleles per locus ranged from two to 13, with an average of five alleles per loci. The mean values of He and Ho for both populations were 0,563 and 0,463 respectively. The value of f was not significant for the total population and equal to 0,144. The values FIT and FST were significant and equal to 0,06 and 0,195 respectively. Microsatellite markers transferred and polymorphic for P. emarginatus showed polymorphism and can be used in studies genetic population more depth to the species. / Os marcadores microssatélites são amplamente utilizados para acessar a variabilidade genética em populações naturais. Estes marcadores podem ser desenvolvidos a partir de bibliotecas derivadas de Sequências Expressas Transcritas (ESTs) ou genômicas. Uma alternativa possível e econômica para a obtenção destes marcadores para espécies que ainda não os possuem, é a transferibilidade a partir de primers desenhados para espécies evolutivamente próximas. A espécie Pterodon emarginatus Vogel (sucupira) pertence à família Fabaceae e apresenta grande potencial de uso medicinal e madeireiro, o que faz dela alvo da exploração extrativista. Assim, estudos que contribuam com o seu melhor uso e conservação são necessários, dentre eles os genético-populacionais. Diante disso, o objetivo deste estudo foi avaliar o potencial de amplificação cruzada de primers desenvolvidos para a espécie Phaseolus vulgaris para P. emarginatus e analisar o polimorfismo dos locos transferidos a partir de sistema multiplex de genotipagem em três populações desta espécie. Para tanto, foram avaliados 539 primers desenvolvidos para Phaseolus vulgaris, sendo 345 derivados de bibliotecas de ESTs e 194 genômicos. Os testes de amplificação foram realizados utilizando três indivíduos, enquanto a avaliação inicial do polimorfismo com oito. Por fim, os parâmetros genéticos de diversidade foram estimados utilizando 88 plantas, provenientes de três populações naturais de P. emarginatus. Os primers que apresentaram produtos de amplificação visualizados em gel de agarose foram, posteriormente, avaliados em gel de acrilamida 6% corado com nitrato de prata. Os locos polimórficos foram sintetizados com fluorescência para a avaliação e genotipagem via eletroforese capilar, no analisador automático de DNA ABI3500. Os locos transferidos para P. emarginatus foram 23 (4%) sendo 7 polimórficos. Dos polimórficos, 6 apresentaram bons perfis de eletroferogramas. Estes 6 locos foram avaliados nas populações juntamente com três locos genômicos polimórficos previamente padronizados para sucupira, totalizando nove locos adequados para genotipagem. Foi possível o desenvolvimento de dois sistemas multiplex, um composto de 5 primers e outro por 4. O número de alelos por loco variou de dois a 13, com uma média de cinco alelos por loco. Os valores médios de He e Ho para o conjunto das populações foram de 0,563 e 0,463 respectivamente. O valor de f não foi significativo para o total das populações e igual a 0,144. Os valores de FST e FIT foram significativos e iguais a 0,06 e 0,195 respectivamente. Os marcadores microssatélites transferidos e polimórficos para P. emarginatus apresentaram bom polimorfismo e podem ser utilizados em estudos genético-populacionais mais aprofundados com a espécie.

Submitted by Cibele Nogueira (cibelenogueira@ufgd.edu.br) on 2017-03-28T19:40:19Z No. of bitstreams: 2 FILIPEZAMBAO.pdf: 742244 bytes, checksum: 7b346a04f0a95e2b2909692a9399e2d3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-28T19:40:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 FILIPEZAMBAO.pdf: 742244 bytes, checksum: 7b346a04f0a95e2b2909692a9399e2d3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-08-23 / The interactions between plants and pollinators are vital to the structural and functional integrity of natural ecosystems, as well as to maintain or increase production of food for humans. 75% of Cerrado plant species are pollinated exclusively, primarily or secondarily by bees. The Cerrado has a high biological diversity and a great number of endemic species genuinely Brazilian and in the last 35 years, more than half of its area has been transformed into pastures, grain crops and other uses. Mapighiaceae The family is widely distributed in Neotropical regions, especially in America. The genus Byrsonima, popularly known as "Murici", fleshy fruit, is inserted in the Brazilian savanna. The flowers of Byrsonima intermedia A. Juss. are yellow, cyclical, hermaphrodites, diclamídeas, zygomorphic symmetry, gathered in inflorescences panicles and calyx glands in 10 (elaiophores), two on each sepal. Several papers address the reproductive biology of native species of the Malpighiaceae family, especially Byrsonima, summarize the diversity of floral visitors with main occurrence of the tribe Centridini individuals (collected oil), and other groups of bees, noting that the supply of oil and pollen by these plants ensures a natural pollination is essential for the formation of fruit. This work aimed to study and learn about the development of “Murici” (phenology and floral biology), to identify visitors to the flowers the bees, evaluate the behavior of foraging in the flowers and to evaluate the reproductive system of a plant located in the Cerrado region, District of Itahum, the city of Dourados-MS. We evaluated a total of 27 individuals of B. intermedia in the study area, between the months of nov./2009 to apr./2011, and according to the frequencies of individuals and focuses on the budding phenophases, deciduous, producing buds, blossoms and fruit. Peak flowering occurred in the months from December to February, and more buttons seen at the beginning of anthesis occurred at 11h30min. We totaled 65 hours of collection and observations of floral visitors in the midst of a period of intense flowering of the population of B. intermedia. For parameters of faunistic analysis were estimated Richness (S), Frequency, Constancy and Dominance. We sampled 344 bees, classified in 13 different species, into 6 distinct genera contained in two families: Apidae and Halicitidae. Of these nine species belonged to the tribe Centridini, representing 80,52% of all individuals. The main pollinator of "Murici," keeping in view the behavior observed high frequency of pollination and the floral visits was Epicharis (Triepicharis) sp2 (39,52%). B. intermedia is a species with selfcompatibility, but due to the effectiveness of pollinators is clear, given the reproductive success obtained by cross-pollination, not only superior to the method of natural pollination (control). The study of periods of supply of floral resources "Murici", and the activity of the community of visitors, gives us an important clue to the functions of the pollination process for the proper management of natural ecosystems, since these also increase pollinator production in growing areas. / As interações entre plantas e polinizadores são vitais para a integridade estrutural e funcional dos ecossistemas naturais, assim como para a manutenção ou aumento na produção de alimento para o ser humano, sendo que 75% das espécies de plantas do Cerrado são polinizadas por abelhas. O Cerrado tem alta diversidade biológica e principalmente um grande número de espécies endêmicas genuinamente brasileiras sendo que nos últimos 35 anos, mais da metade da sua área foi transformada em pastagens, plantações de grãos e outros tipos de uso. A família Malpighiaceae é amplamente distribuída na região Neotropical, especialmente na América. O gênero Byrsonima, conhecido popularmente como “Murici”, de fruto carnoso, é considerado importante componente do Cerrado, apesar de ser encontrado do interior ao litoral do Brasil. As flores de Byrsonima intermedia A. Juss. (Malpighiaceae) são amarelas, cíclicas, hermafroditas, diclamídeas, de simetria zigomorfa, reunidas em inflorescências paniculadas e com 10 glândulas, produtoras de óleo (elaióforos) no cálice, duas em cada sépala. Vários trabalhos discutem a biologia reprodutiva das espécies nativas da família Malpighiaceae, especialmente do gênero Byrsonima, inventariam a diversidade de visitantes florais com principal ocorrência de indivíduos da tribo Centridini (coletoras de óleo), além de outros grupos de abelhas, destacando que a oferta de óleo e pólen por estas plantas garante a polinização natural, essencial para a formação de frutos. Neste trabalho, objetivou-se estudar e conhecer a fenologia e a biologia floral do “Murici”, identificar as abelhas visitantes, avaliar o comportamento de forrageamento nas flores e avaliar o sistema reprodutivo das plantas localizadas em uma região de Cerrado, Distrito de Itahum, Município de Dourados-MS. Foram avaliados um total de 27 indivíduos de B. intermedia, entre os meses de novembro/2009 a abril/2011, e de acordo com a frequências de indivíduos, avaliou-se as fenofases de brotamento, caducifólia, produção de botões, flores e frutos. Foram totalizadas 65 horas de coleta e observações dos visitantes florais em meio ao período de intensa floração da população de B. intermedia. Para a análise faunística foram estimados os parâmetros de Riqueza (S), Frequência, Constância e Dominância. O pico de floração ocorreu nos meses de dezembro a fevereiro, e o maior número de botões observados com inicio de antese ocorreu às 11h30min. Foram amostradas 344 abelhas, catalogadas em 13 espécies diferentes e distribuídas em 6 gêneros distintos constantes em 2 famílias: Apidae e Halicitidae. Nove dessas espécies pertenceram a tribo Centridini, representando 80,52% de todos os indivíduos. O principal polinizador do “Murici”, tendo-se em vista o comportamento de polinização e a alta frequência nas visitas florais, foi Epicharis (Triepicharis) sp2 (39,52%). B. intermedia é uma espécie com autocompatibilidade, porém a eficácia por conta dos polinizadores é clara, dado o sucesso reprodutivo obtido por polinização cruzada, só não superior ao método de polinização natural (controle). O estudo da relação dos períodos de oferta dos recursos florais do “Murici”, e da atividade da comunidade de visitantes, oferece uma pista importante das funções do processo de polinização para o manejo adequado dos ecossistemas naturais, uma vez que esses polinizadores ainda aumentem a produção em áreas de cultivo.

Doenças causadas por virus do gênero Begomovirus (família Geminiviridae) são incomuns em espécies de passifloras. Nos últimos dez anos, entretanto, foram encontrados no Brasil begomovirus infectando passifloras em pomares nos municipios de São Fidelis (RJ), Paragominas (PA), Patos de Minas (MG) e Araguari (MG). Estes isolados foram transmitidos mecanicamente para plantas de Nicotiana benthamiana, que apresentaram sintomas de mosaico e deformação foliar. Também foi possível a transmissão para plantas de Sida rhombifolia através de inoculação por biobalística com o DNA amplificado do isolado de São Fidelis. Estas plantas demonstraram sintomas de mosaico amarelo e deformação foliar. O DNA total extraído de plantas infectadas foi amplificado por RCA, sendo que o componente A (DNA-A) dos isolados de Paragominas e Patos de Minas foram sequenciados diretamente por \"primer walking\". O DNA-A dos isolados de São Fidelis e Araguari foram clonados e sequenciados. As sequências de nucleotideos dos isolados de Paragominas e de São Fidelis apresentaram 90% de similaridade ao Sida mottle virus (SiMoV), enquanto a sequência de nucleotídeos do isolado de Araguari apresentou 96% de similaridade ao Sida micrantha mosaic virus (SimMV). Assim esses isolados encontrados em maracujazeiro podem ser considerados estirpes do SiMoV e SimMV, respectivamente. Não foi possivel a transmissão desses isolados através de Bemisia tabaci biótipo B, no entanto, os insetos foram capazes de adquirir o vírus. O isolado de São Fidelis foi detectado separadamente na região onde se encontra a glandula salivar (cabeça e protórax) e na região posterior do inseto, indicando que o vírus transpos a barreira do mesenteron e circulou pela hemolinfa do inseto. Alves (2008) obteve uma forma atenuada do isolado de São Fidelis através de inoculações mecanicas em plantas de N. benthamiana. O DNA-A desta forma atenuada foi sequênciado e apresentou 90% de identidade ao isolado do qual se originou. A forma atenuada do begomovirus foi capaz de proteger plantas de maracujazeiro contra a estirpe severa do vírus. / Diseases caused by begomoviruses (family Geminiviridae) are hardly found in Passiflora species. In the last years, however, begomovirus infected passionflowers were found in orchards in the counties of São Fidelis (state of Rio de Janeiro), Paragominas (Pará), Araguari and Patos de Minas (Minas Gerais). These isolates were mechanically transmitted to Nicotiana benthamiana plants, which showed variable symptoms of mosaic and leaf distortion. Another susceptible host is Sida rhombifolia, which was biolistic inoculated with amplified DNA of São Fidelis isolate, and showed symptoms of yellow mosaic and leaf distortion. Total DNA extracted from field infected passiflora was amplified by RCA, and the DNA-A of Paragominas and Patos de Minas isolates were directly sequenced by primer walking. The A component of São Fidelis and Araguari isolates were cloned and also completely sequenced. The complete nucleotide sequence of DNA-A of Araguari isolate shared 96% identity with that of Sida micrantha mosaic virus (SimMV), whereas the DNA-A of Paragominas and São Fidelis isolates shared 90% identity with that of Sida mottle virus (SiMoV). These viruses may be consider as strains of SiMoV and SimMV, respectively. It was not possible to transmit these isolates by Bemisia tabaci biótipo B, although the insects were able to acquire the virus. São Fidelis isolate could be detected separately at salivary gland region and posterior region of the insect, indicating that the virus could cross the digestive tract and circulate in the hemolymph. Alves (2008) obtained a mild strain of São Fidelis isolate by mechanical inoculation in N. benthamiana plants. The mild isolate was able to protect passionflower against the severe isoalte of this begomovirus.

Informações de milhares de marcadores genéticos têm sido incluídas nos programas de melhoramento genético, permitindo a seleção dos animais considerando estas informações e a identificações de regiões genômicas associadas às características de interesse econômico. Devido ao alto custo associado a esta tecnologia e às coletas de dados, os dados simulados apresentam grande importância para que novas metodologias sejam estudadas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método ssGBLUP utilizando pesos para os marcadores genéticos, informações de genótipo e fenótipos, com ou sem as informações de pedigree, para seleção e associação genômica ampla, considerando diferentes coeficientes de herdabilidade, presença de efeito poligênico, diferentes números de QTL (quantitative trait loci) e pressões de seleção. Adicionalmente, dados de qualidade da carne de ovinos da raça Santa Inês foram comparados com a os padrões descritos para esta raça. A população estudada foi obtida por simulação de dados, e foi composta por 8.150 animais, sendo 5.850 animais genotipados. Os dados simulados foram analisados utilizando o método ssGBLUP com matrizes de relacionamento com ou sem informações de pedigree, utilizando pesos para os marcadores genéticos obtidos em cada iteração. As características de qualidade da carne estudadas foram: área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, cor, pH ao abate e após 24 horas de resfriamento das carcaças, perdas por cocção e força de cisalhamento. Quanto maior o coeficiente de herdabilidade, melhores foram os resultados de seleção e associação genômica. Para a identificação de regiões associadas a características de interesse, não houve influência do tipo de matriz de relacionamento utilizada. Para as características com e sem efeito poligênico, quando considerado o mesmo coeficiente de herdabilidade, não houve diferenças para seleção genômica, mas a identificação de QTL foi melhor nas características sem efeito poligênico. Quanto maior a pressão de seleção, mais acuradas foram as predições dos valores genéticos genômicos. Os dados de qualidade da carne obtidos de ovinos da raça Santa Inês estão dentro dos padrões descritos para esta raça e foram identificas diversas regiões genômicas associadas às características estudadas. / Thousands of genetic markers data have been included in animal breeding programs to allow the selection of animals considering this information and to identify genomic regions associated to traits of economic interest. Simulated data have great importance to the study of new methodologies due to the high cost associated with this technology and data collection. The objectives of this study were to evaluate the efficiency of the ssGBLUP method using genotype and phenotype information, with or without pedigree information, and attributing weights for genetic markers, for selection and genome-wide association considering different coefficients of heritability, the presence of polygenic effect, different numbers of quantitative trait loci and selection pressures. Additionally, meat quality data of Santa Ines sheep breed were compared with the standards for the breed. The population of simulated data was composed by 8.150 individuals and 5.850 genotyped animals. The simulated data was analysed by the ssGBLUP method and by two relationship matrix, with or without pedigree information, and weights for genetic markers were obtained in every iteration. The traits of meat quality evaluated were: rib eye area, fat thickness, color, pH at slaughter and 24 hours after the carcass cooling, cooking losses and shear force. The results of selection and genomic association were better for the traits with the highest heritability coefficients. For traits with the greater selection pressure, more accurate predictions of the genomic breeding values were obtained. There was no difference between the relationship matrix studied to identify the regions associated with traits of interest. For the traits with and without polygenic effect, considering the same heritability coefficient, they did not show differences in genomic selection, but the identification of the QTL was better for traits without polygenic effect. The meat quality data obtained from Santa Ines sheep breed are in accordance with the standards for this breed and different genomic regions associated to the studied characteristics were identified.

Deslocamentos das cabeças da mandíbula entre as posições de máxima intercuspidação habitual (MIH) e de relação cêntrica (RC) são ocorrências encontradas nas mordidas cruzadas posteriores unilaterais em crianças. Desta forma os mesmos foram estudados em 18 crianças com a referida maloclusão, com media de idade de 7,2 anos para o gênero feminino e 8,4 anos para o gênero masculino. A correção dessa foi efetuada com o aparelho de recobrimento oclusal de acrílico associado ao parafuso hyrax, ajustado à oclusão do paciente de modo a promover contatos bilaterais simultâneos e múltiplos, resultando em algum grau de desprogramação. Os deslocamentos foram medidos nos três planos do espaço por meio do indicador de posição condilar (IPC), antes e após a expansão rápida da maxila com o referido aparelho. Pode-se observar que os deslocamentos condilares entre as posições de RC e MIH, nos planos vertical e horizontal, no tempo pré-expansão, mostraram-se significativamente maiores que os encontrados no tempo pós-expansão, demonstrando assim, diminuição dos mesmos após a correção da maloclusão. No plano transversal não houve diferenças entre os tempos pré e pós-expansão. A comparação entre os lados direito e esquerdo dos deslocamentos estudados no tempo pré-expansão, evidenciou diferenças estatísticamente significantes apenas no plano horizontal (p= 0,039), sendo maiores os deslocamentos do lado esquerdo. No tempo pós-expansão, não se encontraram diferenças estatisticamente significantes entre os lados direito e esquerdo, indicando maior semelhança entre os lados, após a correção das mordidas cruzadas posteriores unilaterais. Os deslocamentos no plano horizontal, de sentido mesial, apresentaram-se em maior porcentagem no lado esquerdo no tempo pré-expansão e no lado direito, no tempo pós-expansão. Os deslocamentos no plano transversal apresentaram maior porcentagem para o lado esquerdo, tanto no tempo pré-expansão, quando a mordida cruzada era deste mesmo lado, como no tempo pós-expansão, quando a mordida cruzada original era do lado oposto. Entretanto, tais prevalências citadas não resultaram em diferenças estatisticamente significantes em nenhum dos sentidos considerados, tanto nos planos horizontal como transversal. As mordidas cruzadas do lado direito foram prevalentes tanto para o gênero feminino como masculino. Após a ERM as cabeças da mandíbula assumiram uma posição mais concêntrica, o que pode favorecer o equilíbrio e desenvolvimento adequados de todo o sistema envolvido. / Changes in the relationship between the condyle and glenoid fossa when the habitual intercuspal position (MHI), to the position of centric relation (CR) events are found in unilateral posterior cross bites in children before treatment of malocclusion installed. Thus condylar displacement between the positions mentioned were studied in 18 children with this malocclusion with a mean of 7.2 years for females and 8.4 years for males. The correction of this device was made with the acrylic coating associated with occlusal screw hyrax, the same being adjusted to the patient\'s occlusion promoting bilateral simultaneous and multiple contacts, resulting in some degree of deprogramming. The displacements were measured in three planes of space through the condylar position indicator before and after rapid maxillary expansion with that instrument. It can be observed that the condylar displacement between the positions of RC and MIH, vertical and horizontal, in the pre-expansion, were significantly higher than those found in the post-expansion, thus demonstrating a decrease of it after correction of malocclusion. In the transverse plane there were no differences between pre-and post-expansion. The comparison between right and left shifts studied in the pre-expansion, showed statistically significant differences only in the horizontal plane (p = 0.039), the greatest displacements side esquerdo.No time post-expansion, there were no statistical differences significant between the left and right sides, indicating a greater similarity between the sides, after correction of cross bites. The displacements in the horizontal plane, the mesial, presented themselves in higher percentage on the left side in the pre-expansion and the right side, in the post-expansion. The displacements in the transverse plane showed a higher percentage to the left side, both in the pre-expansion, when cross-bite was of the same side as in the post-expansion, when the original cross-bite was on the opposite side. Prevalences were not identified statistically significant shifts in the way of mesial and distal in the horizontal plane, or left and right in the transverse plane, both in pre and post-expansion, regardless of which side of the crossbite. The cross bite on the right were so prevalent for females as males. After the ERM heads jaw took on a more concentric position, favoring a balanced and proper development of the entire system involved.

Orientador: Fábio César Gozzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-25T06:35:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lima_TatianiBrenellide_M.pdf: 10987476 bytes, checksum: 5ef2abf84b79afba4ad901cc1e46c719 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A espectrometria de massas (MS) tem sido bastante utilizada em analises de amostras biológicas, tornando uma ferramenta indispensável para pesquisas na área de proteômica. A ligação cruzada é um processo de união covalente entre dois átomos espacialmente próximas. A ligação cruzada acoplada a MS permite estudos estruturais de proteínas baseado nas restrições de distância determinadas pelos espécies inter- intra-moleculares ligadas entre as cadeias laterais de resíduos de aminoácidos. Essa técnica vem sendo bastante utilizada na análise de interação entre proteínas, entretanto, um aspecto pouco explorado é a analise estrutural de proteínas. O objetivo desse trabalho foi determinar as estruturas terciárias e quaternárias de proteínas de chaperonas moleculares de cana-de-açúcar ou proteínas de choque térmico (do inglês, sugarcane heat shock protein, SHsp) utilizando a técnica de ligação cruzada acoplada com MS e modelagem molecular. As restrições de distâncias obtidas pela ligação cruzada e o gráfico de Ramanchandran foram utilizados para validar as estruturas tridimensionais da SHsp70 e SHsp90 obtidas por modelagem por homologia. Informações adicionais de dinâmica e flexibilidade da SHsp90 foi obtida pela técnica de troca hidrogênio/deutério. As chaperonas moleculares são proteínas importantes presentes em células para evitar o enovelamento incorreto de outras proteínas e suas agregações. Em plantas, fatores que corroboram com a tolerância ao estresse ainda são pouco compreendidos, mas provavelmente as chaperonas moleculares desempenha um papel importante no controle aos danos desse organismo. Desse modo, caracterizar estruturas de Hsp de cana de açúcar é uma informação essencial para a compreensão do mecanismo deste acompanhante de ação. Os estudos estruturais baseados em ligação cruzada acoplada a MS e modelagem por homologia permitiu propor um modelo estrutural para SHsp90 e SHsp70 / Abstract: Mass spectrometry (MS) has been extensively used to analyze biological samples and has advanced as an indispensable tool for proteomics research. Cross-linking is the process of chemically joining two spatially close atoms by covalent bond. The chemical cross-linking coupled to MS allows structural studies of protein based on distance constrains determined by inter- and intra-molecular cross-link between side chains of amino acids residues. This technique has been normally used to analyze protein-protein interaction but is mostly unexplored for structural analysis of proteins. The aim of this work was to investigate tertiary and quaternary structure of sugarcane molecular chaperone or heat shock protein (SHsp) using chemical cross-linking coupled to MS and homology modeling. The distance constrains obtained by chemical crosslinking and Ramachandran plot were used to validate tridimensional structures of SHsp70 and SHsp90 that was predicted by homology modeling. Additional information about flexibility and dynamics of SHsp90 was obtained using hydrogen/deuterium exchange (HDX) coupled to MS. The molecular chaperones are important proteins present in cell that helps prevent incorrect folding of proteins and their aggregation. The stress tolerance in plants is still poorly understood, but heat shock proteins likely play a large role in the plant damage control machinery. Thereby, characterizing Sugarcane Hsp structures is essential information toward the understanding of this chaperone¿s mechanism of action. The structural study of molecular chaperones by chemical cross-linking coupled to MS and homology modelling allowed the generation of a structural model for SHsp90 and SHsp70 / Mestrado / Quimica Organica / Mestra em Química

Orientador: Fábio Cesar Gozzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-20T04:44:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fioramonte_Mariana_M.pdf: 6585272 bytes, checksum: 7fcc677288d272f3c92f3e3116d43fa5 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Ligação cruzada acoplada à espectrometria de massas (MS) é uma técnica que permite a caracterização estrutural de proteínas e complexos proteicos, especialmente nos casos em que estes não são passíveis de serem analisados por técnicas de alta resolução. O experimento baseia-se na reação de uma proteína ou no complexo proteico com um reagente bifuncional (agente de ligação cruzada, ALC) seguido de análise proteômica shotgun por MS. Isso trás para a técnica todas as vantagens da MS, como alta sensibilidade, rapidez de análise e facilidade de uso. Somente resíduos de aminoácidos espacialmente próximos podem ser ligados covalentemente pelo ALC, de forma que os peptídeos contendo a ligação cruzada, identificadas por MS, servem como restrições de distância entre os aminoácidos na estrutura nativa da proteína ou complexo proteico. O conjunto de peptídeos contendo a ligação cruzada fornece, assim, um conjunto de restrições de distâncias entre os aminoácidos que pode ser utilizado para montar um modelo molecular da proteína ou do complexo. O objetivo principal deste trabalho foi a aplicação da técnica de ligação cruzada acoplada a espectrometria de massas no mapeamento da interação entre as proteínas quinase de adesão focal (FAK), através de seu domínio FERM, e miosina. Esse complexo proteico está envolvido na sinalização molecular para o processo de hipertrofia cardíaca. A hipertrofia cardíaca é considerada um mecanismo de adaptação do miocárdio em resposta a sobrecargas hemodinâmicas e está associada com risco de desenvolvimento de insuficiência cardíaca, arritmias e morte súbita. Estímulos mecânicos são considerados os principais ativadores primários das respostas que conduzem às alterações fenotípicas do miocárdio nas várias doenças cardíacas. A caracterização estrutural do complexo FAK/miosina ao nível molecular permitiu a criação de um modelo molecular deste complexo, que foi validado através de mutações na região de interação entre as proteínas. Esse modelo permite que se entenda o processo de sinalização da hipertrofia ao nível molecular / Abstract: Chemical cross-linking coupled with mass spectrometry (MS) is a technique that allows the structural characterization of proteins and protein complexes, especially when these proteins are not amenable to be analyzed by high resolution techniques. The experiment is based on ther eaction of a protein or protein complex with a bifunctional reagent (cross-linking agent, ALC) followed by shotgun proteome analysis by MS. This brings to the technique all the advantages of MS, such as high sensitivity, short analysis time and ease of use. Only spatially close amino acid residues can be covalently bound by the reagent, so that the cross-linked peptides, identified by MS, serve as distance constraints between amino acids in the native structure of the protein or protein complex. The set of cross-linked peptides thus provides a set distance constraints among amino acids that can be used to build a molecular model of the protein or complex. The main objective of this work was to apply the cross-linking technique coupled to MS to map the interaction between the proteins Focal Adhesion Kinase (FAK), through its FERM domain, and myosin. This protein complex is involved in molecular signaling of the cardiac hypertrophy process. Cardiac hypertrophy is considered an adaptative mechanism of the myocardium in response to hemodynamic overload and it is associated with risk of developing heart failure, arrhythmias and sudden death. Mechamical stimuli are considered the main activator of the primary responses that lead to phenotypic changes of the myocardium in many cardiac diseases. The structural characterization of the complex FAK/myosin at the molecular level has allowed the creation of a molecular model of this complex, which was validated by mutations in the region of interaction between the proteins. This model allows the understanding the signaling processes of hypertrophy at the molecular level / Mestrado / Quimica Organica / Mestra em Química

El objetivo de la presente investigación fue la implementación de la gestión de asesoría del área de consultoría de un Banco en Lima Metropolitana. La metodología utilizada fue una investigación cuasi experimental, aplicada y en gran parte cuantitativa, la cual se realizó entre octubre del 2012 a setiembre del 2014. El estudio de esta tesis se basó en los resultados obtenidos antes y después de aplicar la gestión de asesoría a los clientes microempresarios de las agencias tales como: San Isidro, Centro de Lima y Villa el Salvador, donde se brindó asesoría financiera, contable, tributaria y legal. A través de la base de datos del Banco, se contactó a un grupo de clientes del segmento microempresa y se les explico en qué consistía la asesoría que el Banco les quería brindar. Es así como estas tres agencia ubicadas en distintos lugares de Lima Metropolitana participaron en este piloto con 15 clientes en total. Se hizo la contrastación de las hipótesis con la prueba T de Student la cual determinó que después de aplicar la gestión de asesoría que brindó el banco a los clientes microempresarios, estos se fidelizaron, volviéndose clientes recurrentes del banco a través de diversos solicitudes de productos financieros, logrando también el aumentar el nivel de formalización, a través del incremento de ventas declaradas formalmente, así como también se incrementó la utilidad operativa en los estados financieros de los microempresarios.