Cet écrit propose une analyse du critère de proportionnalité en matière de responsabilité criminelle sous l'angle de certains moyens de défense qu'une personne peut opposer à une accusation criminelle, plus particulièrement la légitime défense, la défense des biens, la provocation, la nécessité et la contrainte. Ce critère joue un rôle central en droit pénal car il constitue un élément significatif de toutes les causes objectives d'exonération de la responsabilité pénale. S'il est considéré comme disproportionné par une cour de justice, un acte commis en riposte peut, dans beaucoup de cas, mener à la culpabilité d'une personne accusée. Toutefois, l'importance, l'acception et la portée accordées à la proportionnalité au sein de ces moyens de défense en droit pénal canadien ne seraient pas uniformes et identiques. Par exemple, même s'il aurait été légitime de s'attendre à une certaine similarité entre la légitime défense et la défense des biens quant au rôle donné à la proportionnalité, considérant le fait que ces deux moyens de défense ont fait l'objet de la même réforme législative, leur évolution a plutôt été asymétrique à cet égard. La proportionnalité ne constituerait pas un concept juridique stable, mais, vu son caractère malléable, elle servirait en fait d'outil conceptuel, parfois dispensable, ayant des balises qui, le cas échéant, pourraient elles-mêmes fluctuer, dans une certaine mesure et de manière inconstante. De plus, la proportionnalité jouerait un rôle surdimensionné pour ce qui est de la défense de nécessité comparativement à d'autres moyens de défense. À l'opposé, il y aurait eu aussi, pour ce même moyen de défense, un émoussement du rôle de la proportionnalité qui aurait conduit à l'élargissement de son champ d'application. Il en est de même d'ailleurs pour la légitime défense, laquelle prévoirait également deux concepts distincts de proportionnalité. L'accès à la défense de contrainte pour une personne accusée est, à l'inverse, restreinte par la mise à l'écart de certaines infractions criminelles de ce moyen de défense à l'article 17 du Code criminel du Canada. Cela pourrait s'expliquer par le fait que ces infractions aient pu être considérées par le législateur comme étant foncièrement disproportionnées. Par ailleurs, bien que la défense de provocation en droit pénal canadien ne prévoie pas expressément de proportionnalité parmi ses conditions d'ouverture, l'analyse menée indique que la proportionnalité pourrait tout de même y exister éventuellement. La jurisprudence canadienne, mais aussi la comparaison avec le droit, la jurisprudence et la doctrine de plusieurs autres pays, majoritairement de common law, offrent un apport incontestable à l'étude de la façon dont la proportionnalité est appliquée et interprétée au Canada et dans d'autres juridictions. La jurisprudence et la doctrine françaises sont aussi utilisées en dépit du fait que la France ne soit pas un pays de common law. / This paper proposes an analysis of the criterion of proportionality when criminal responsibility is involved. It is examined, more specifically, in light of certain defences, namely self-defence, defence of property, provocation, necessity and duress. This criterion plays a central role in criminal law because it constitutes a significant element that exonerates criminal liability. When an act committed in response is considered to be disproportionate by a court of law, the accused who committed it may, in many cases, be found guilty. However, the importance, meaning and scope given to proportionality in the context of these defenses in Canadian criminal law does not seem to be uniform and identical. For instance, even if it would have been fair to expect a certain similarity between self-defence and the defence of property with respect to the role given to proportionality, mostly because these two defences have been subject to the same legislative reform, their respective evolution in that regard has rather been asymmetrical. Proportionality would not be a stable legal concept. Because it is a malleable concept, its meaning and scope of application may be inclined, to a certain extent, to shift back and forth uncertainly and inconsistently. In addition, proportionality would play a more predominant role for the defense of necessity than it does for some other defences. On the other hand, there would also have been a reduction of the importance of the role of proportionality for the latter defence. This would have broadened its scope of application. The same holds true for self-defence, which would also include two different concepts of proportionality. Conversely, the availability of the defence of duress is restricted by the exclusion of certain criminal offences that are listed under section 17 of the Criminal Code of Canada. These exclusions prevent the availability of that defence. The existence of these exclusions may perhaps be explained by the fact that these criminal offences may have been deemed by the Parliament to be fundamentally disproportionate. Further, even if the defence of provocation in Canadian criminal law does not expressly provide for a criterion of proportionality as one of its requirements, our analysis led us to conclude that proportionality could still eventually exist in it. Canadian jurisprudence as well as the laws, the jurisprudence and the doctrine of several other countries, mostly common law jurisdictions, offered an undeniable contribution to the study of proportionality as it is applied and interpreted in Canada and in other jurisdictions. Although France is not a common law country, the jurisprudence and the doctrine of France were also relied upon.

Cette étude sur le développement précoce de l'Autisme Infantile est un travail de<br />recherche de quatre ans.<br />A partir d'une réflexion heuristique sur la diversité du syndrome autistique nous abordons<br />la question des autismes et plus précisément du développement du trouble autistique au<br />sein d'un éventail relativement étendu de pathologies.<br />Ce travail présente, dans un premier temps, les problèmes de délimitation nosographique<br />entre le normal et le pathologique, puis, dans un second temps, les difficultés à poser un<br />diagnostic d'autisme.<br />Ces réflexions théorico-cliniques s'inspirent, d'une part, de rencontres cliniques, et<br />d'autre part, d'une revue historique des grands travaux de recherche sur le trouble<br />autistique.<br />Ce parcours heuristique conduit à notre étude clinique qui s'appuie sur la question du<br />développement précoce de sujets atteints d'Autisme Infantile Précoce selon leur âge<br />d'entrée dans la pathologie. Deux sous-groupes sont étudiés : les Autistes Précoces et les<br />Autistes à Début Tardif.<br />La confirmation d'une différenciation intragroupale et la découverte des particularités<br />développementales de ces deux sous-groupes nous permettent d'aborder plus précisément<br />le rôle du trouble autistique au sein de l'Autisme Infantile Précoce et de pathologies à<br />troubles autistiques associés, telle que la névrose obsessionnelle.<br />Nos résultats et notre discussion nous amènent à la conclusion suivante : la caractéristique<br />principale de la pathologie autistique – l'autisme des sujets – serait la conséquence d'un<br />mode défensif pathologique dont le rôle, la fonction, l'intensité et l'évolution dépendent<br />de troubles sous-jacents propres à chacun. La pathologie s'insérerait alors dans une<br />catégorie déterminée par l'âge auquel les sujets la développent et par les moyens à leur<br />disposition pour se défendre contre leurs troubles précoces, leur fragilité originelle et<br />contre les obstacles environnementaux qu'ils vont rencontrer.

Les maladies du bois de la vigne, causées par des champignons nécrotrophes, ont un impact considérable sur l'économie viticole au niveau mondial. En effet, tous les cépages Vitis vinifera cultivés actuellement présentent une sensibilité plus ou moins forte à ces champignons.Dans le but d'établir un test rapide d'évaluation de la sensibilité de clones de vigne (nouvellement sélectionnés ou futures obtentions variétales) à Eutypa lata, le champignon responsable de l'Eutypiose, une recherche de marqueurs moléculaires de tolérance a été réalisée. Suite à l'infection in vivo et in vitro d'une douzaine de cépages de sensibilité différente par E. lata, plusieurs gènes candidats ont été identifiés comme marqueurs potentiels de la tolérance à la maladie à partir d'une étude transcriptomique.A l'aide d'un système innovant d'infection in vitro, le dialogue moléculaire sans contact physique entre des disques foliaires de V. vinifera et le mycélium d’E. lata a également été étudié chez les douze cépages. Cette étude a permis de mettre en évidence le rôle potentiel d'éliciteurs dans la mise en place des réponses de défenses. De plus, l'infection par E. lata régule différentiellement l'expression des gènes codant pour un transporteur d'hexoses et des invertases, ainsi que les activités invertasiques associées, chez les cépages de sensibilités variables.Les travaux de recherche présentées dans cette thèse ont ainsi permis l'identification des marqueurs de tolérance à l'Eutypiose et la mise au point d'un test d'infection in vitro efficace et fiable, permettant de diagnostiquer la sensibilité des futures créations variétales. De plus les résultats obtenus démontrent l'importance des éliciteurs dans la mise en place des défenses, de la régulation du transport et du métabolisme des sucres au cours de l'infection par E. lata. / Nowadays, grapevine wood decay diseases cause significant economic losses for the most sensitive varieties and represent a threat to the sustainability of the wine industry.This research focuses on the identification of molecular markers for sensitivity to Eutypa lata, responsible for Eutypiosis that could be used to diagnose the sensitivity of new grapevine clones or cultivars. Using an in vivo and in vitro infection assay, several potential markers genes for tolerance to Eutypiosis have been identified from a gene expression study on twelve different cultivars.Using an innovative in vitro infection system, the molecular dialogue (without physical contact) between Vitis vinfera foliars discs of and Eutypa lata was studied, leading to the identification of elicitors that could potentially play a role in the induction of defense responses in the cultivars. In addition, the expression of several sugar transport and invertase genes and their associated activities were demonstrated to be differentially regulated by the infection in tolerant and susceptible cultivars.Altogether, this research work led to the identification of several tolerance markers genes to Eutypiosis and to the development of a new, efficient and reliable in vitro infection system that could be used to diagnose new cultivar susceptibility. Furthermore, the results obtained demonstrated the importance of sugar transport and defense metabolism regulation during the infection of grapevine by Eutypa lata.

Afin de limiter l’impact négatif des ravageurs sur les plantes cultivées, des agents de lutte biologique sont souvent introduits sous abris. Or, des interactions peuvent apparaître entre eux, comme la prédation intraguilde, et modifier l’efficacité de la lutte biologique. De plus, les défenses directes des plantes hôtes peuvent perturber l’efficacité des ennemis naturels. La question se pose donc de savoir s’il est possible de limiter les interactions négatives entre ennemis naturels et l’impact de la plante hôte sur leur développement. Pour répondre à cet objectif, afin d’optimiser la lutte biologique contre l’acarien Tetranychus urticae, ravageur très problématique, nous avons considéré deux cultivars de tomates caractérisés par des densités en trichomes et des concentrations en composés secondaires contrastéesl’acarien prédateur Phytoseiulus macropilis et Macrolophus pygmaeus, punaise prédatrice souvent employée pour lutter contre les aleurodes. Au cours d’essais conduits en serre, P. macropilis a permis de réguler T. urticae sans différence entre les deux cultivars, alors qu’en microcosmes le taux d’oviposition de P. macropilis a été supérieur sur le cultivar ayant la densité en trichomes non glandulaires la plus élevée. La consommation d’œufs de P. macropilis par M. pygmaeus en microcosmes n’a pas été observée en serre. Les interactions entre arthropodes se sont également traduites par une agrégation supérieure des T. urticae en présence des deux prédateurs et de P. macropilis en présence de M. pygmaeus. Avant de proposer P. macropilis comme nouvel agent de lutte bio / To suppress pest populations to such levels that damage to thecrop is minimized, multiple biological control agents are oftenintroduced in greenhouses. However, negative interactionsamong them, such as intraguild predation, might appear thatcan decrease the effi ciency of the plant protection strategy.Furthermore, plant direct (physical or chemical) defenseshave a negative impact on the pests but might also have animpact on the natural enemies. Therefore, the question iswhether it is possible to limit the negative interactions amongbiological control agents and the infl uence of the crop on thebehavior and development of the natural enemies. To optimizebiological control of Tetranychus urticae, a very problematicpest in tomato greenhouses, the effi ciency of the predatorymite Phytoseiulus macropilis was tested on two cultivars withdifferent trichome densities and concentrations of secondarycompounds, in presence or absence of Macrolophus pygmaeus,a mirid often used to regulate whitefl y populations.During two years, under greenhouse conditions, P. macropiliswell-controlled the population of T. urticae. There was no evidenceof intraguild predation between the two predators, butin the presence of M. pygmaeus, P. macropilis tended to havea more clumped spatial distribution. However, in microcosms,M. pygmaeus fed on P. macropilis eggs. Moreover, P. macropilislaid signifi cantly more eggs on the tomato cultivar with thehighest density of non-glandular trichomes, but this resultwas only observed in microcosms. The different dynami

Au cours des interactions plante/agent pathogène, la disponibilité en sucres est un des enjeux majeurs pour les deux partenaires. Il s'établit donc une compétition vis-à-vis des ressources carbonées entre l'agent pathogène hétérotrophe pour le carbone et la plante consommant de l'énergie pour se défendre. Les transporteurs de sucres sont les acteurs moléculaires qui interviennent dans cette compétition et probablement dans le devenir de l'interaction. L'objectif de cette étude est de déterminer l'implication des transporteurs de sucres au cours de l'interaction entre la plante modèle Arabidopsis thaliana et le champignon nécrotrophe Botrytis cinerea.Parmi la famille des transporteurs d'hexoses (STPs) d'A. thaliana, l'expression du gène STP13 est régulée positivement durant l'infection par B. cinerea. Le rôle potentiel de STP13 au cours de cette interaction a donc été étudié à l'aide de plantes transgéniques (Knock-Out et surexpresseur). Le suivi du développement des symptômes et la mesure d'absorption du glucose ont permis de montrer des modifications phénotypiques entre les différents génotypes étudiés. Les résultats indiquent une corrélation entre le niveau d'expression de STP13, le transport de glucose et le développement du champignon, confortant ainsi le rôle de STP13 dans la tolérance face à B. cinerea.Les résultats préliminaires de l'étude du transport de glucose à l'échelle cellulaire montrent une inhibition dans des conditions mimant l'infection. Ces analyses ont été effectuées grâce à un modèle constitué d'une suspension cellulaire d'A. thaliana subissant un traitement éliciteur à partir d'un extrait protéique de B. cinerea.Nous nous sommes également intéressés au transport de saccharose à l'échelle de la plante infectée. Nos résultats suggèrent que l'inoculation par le champignon modifie les flux de saccharose classiquement observés créant ainsi une nouvelle force d'appel. Ainsi, la feuille infectée se comporte comme un nouveau puits. Ces travaux de recherche s'inscrivent dans la nécessité d'une meilleure compréhension des mécanismes de transport des sucres qui permettra à terme d'agir sur les capacités de résistance des plantes vis-à-vis d'agents pathogènes. / During plant/pathogen interactions, sugar availability is one of the major issues for both partners. There is a competition for the same carbohydrates necessary for carbon supply on the pathogen's side and to support the additional energy demand for plant's defense. Sugar transporters are the molecular actors in this competition which is determinant for the final outcome of the interaction. In this study, we characterized the implication of sugar transporters in the interaction between the model plant Arabidopsis thaliana and the necrotrophic fungus Botrytis cinerea.Among the A. thaliana hexose transporter family (STPs), STP13 is induced during B. cinerea infection. A potential role of STP13 in this interaction was investigated using transgenic plants (Knock-Out and over-expressor lines). Disease symptoms characterization and glucose uptake assays showed phenotypical variations between the different genotypes. It seems that STP13 expression, glucose uptake and fungus spreading are correlated pointing to a role of STP13 in tolerance to B. cinerea. Other preliminary results showed an inhibition of the cellular glucose uptake upon condition mimicking B. cinerea infection. These analyses were performed on a model composed of an A. thaliana cell suspension elicited with a proteinaceous extract from B. cinerea.We also studied sucrose fluxes in the whole infected plant. Our results suggest that fungus inoculation modifies the usual fluxes creating a new sink.This study may lead to a better understanding of sugar transport mechanisms to improve plant resistance capacity against pathogens in the future.

Les racines de la plupart des arbres forment des symbioses ectomycorhiziennes avec les champignons mutualistes du sol. Le basidiomycète L. bicolor (Maire) P.D. Orton secrète de petites protéines effectrices (MiSSP) afin d'établir les structures symbiotiques. Toutefois, les protéines de l'hôte ciblées par les MiSSPs ne sont pas connues. Dans notre étude, nous démontrons, à l'aide du système double hybride chez la levure (Y2H), que la protéine MiSSP7 interagit avec les co-récepteurs de l'acide jasmonique (AJ) JAZ5 et JAZ6 de P. trichocarpa. Cette interaction entraine un blocage de la voie de signalisation de l'AJ et favorise le développement symbiotique. Des transformants de L. bicolor, dont l'expression de MiSSP7 est fortement réduite, ne sont plus capables de mycorhizer les racines du peuplier. Une variation transgénique de la transcription de PtJAZ6 ou l'inhibition de la voie de signalisation de l'AJ complémente ce phénotype. Nous avons également montré que la protéine PtJAZ6 interagit avec une protéine de type 14-3-3 et un facteur de transcription de type MYC, formant un complexe de régulation. Deux autres protéines effectrices, MiSSP8 et MiSSP17, sont sécrétées et essentielles au développement symbiotique. Les résultats des analyses Y2H suggèrent que MiSSP8 et MiSSP17 pourraient aider au contournement des réactions de défense de la plante-hôte. Au cours du développement symbiotique, le champignon est le siège d'une reprogrammation génétique importante. Les facteurs de transcription (TFs) sont les principaux acteurs de ces changements génétiques. Nous avons donc étudié les TFs de L. bicolor afin d'obtenir un inventaire complet des TFs régulés par la mycorhization / Roots of most trees form symbiosis with mutualistic soil-borne fungi. The ectomycorrhizal basidiomycete L. bicolor (Maire) P.D. Orton relies on mycorrhizal-induced small secreted proteins (MiSSP) to establish symbiotic tissues in the host-plant. The host proteins targeted by these fungal effectors are yet unknown. In the present study, we used the binary yeast two-hybrid (Y2H) system to determine direct interactions between MiSSP7 and the plant proteins in the L. bicolor-P. trichocarpa ectomycorrhizae. We showed that MiSSP7 interact with the jasmonic acid (JA) co-receptors JAZ5 and JAZ6 of P. trichocarpa, blocking JA signaling and promoting mutualism. L. bicolor transformants with severely reduced expression of MiSSP7 did not enter into symbiosis with poplar roots, a phenotype that could be complemented by transgenically varying the transcription of PtJAZ6 or through inhibiting JA signalling. Additional Y2H assays showed that PtJAZ6 protein form a regulatory complex involving 14-3-3 protein(s) and MYC transcriptional factors. Two others L. bicolor effector-like proteins, MiSSP8 and MiSSP17, are secreted and are essential for the symbiosis development. Y2H assays suggested that these MiSSPs interact with plant proteins involved in plant defence signalling pathways. During symbiosis development, L. bicolor experiences important genetic reprogramming required for root colonization. Transcription factors (TFs) are key players of these genetic changes. Here, we developed high throughput analysis of TFs in L. bicolor to obtain a comprehensive inventory of significantly regulated transcription factors in ECM

Partant de l’observation et de l’étude expérimentale (réalisée en Master 2) de situations de maladie d’Alzheimer débutante avec association d’une amnésie hippocampique, d’une anomie et d’une apraxie constructive pour l’espace projectif (syndrome S3A), nous proposons que la cooccurrence des troubles cognitifs et psychopathologiques peut être liée à une rigidification de la fonction symbolique, à savoir la réduction de l’empan de substitution d’un signifié par des signifiants. Nous examinons cette hypothèse à propos des troubles cognitifs en partant de la définition de la fonction symbolique (ou sémiotique) par Piaget. Nous l’étendons aux aspects psychopathologiques en partant de la symbolisation et de ses transformations. La notion de distance symbolique est évoquée à titre de dénominateur commun à tous ces processus, cible de la rigidification de la fonction symbolique. Elle pourrait être liée aux perturbations de la mémoire de travail, entraînant :_ Proactivement, une déstructuration des éléments attributionnels dans le réseau sémantique élargi, contribuant à la genèse des troubles cognitifs._ Rétroactivement, du fait de l’érosion des mécanismes secondaires, l’activation de phénomènes archaïques - dont l’angoisse de non représentation – et des défenses attenantes. Quelques implications psychothérapiques sont envisagées. / Starting from the observation and experimental study of Alzheimer's disease early situations with association of hippocampal amnesia, anomia and constructive apraxia for projective space (S3A syndrome), we propose that the co-occurrence of cognitive and psychopathological disorders may be linked to a stiffening of the symbolic function, namely the reduction of the span of substitution of a signified item by signifiers. We examine this hypothesis about the cognitive impairment on the basis of the symbolic function as defined by Piaget. We extend it to psychopathological aspects starting with the symbolization and its transformations. The concept of symbolic distance is mentioned as a common denominator for all these processes, as a target for the stiffening of the symbolic function. It could be related to working memory impairment, causing:_ Proactively, a destructuration of atributional elements in the “broad semantic network”, contributing to the genesis of cognitive impairment._ Retroactively, because of the erosion of secondary mechanisms, an activation of archaic phenomena - including the anxiety of non-representation - and of the archaic defenses.Some psychotherapeutic implications are considered.

Les plantes, comme tous les êtres vivants, entretiennent un rapport double à leur environnement. L’environnement sélectionne quelles stratégies peuvent s’établir, et les stratégies ainsi sélectionnées façonnent en retour cet environnement. Cette boucle de rétroaction environnementale, lorsqu’elle est alimentée par une variabilité de formes, est le moteur de l’évolution, de l’assemblage des communautés et du développement écosystémique, et détermine en fin de compte les propriétés émergentes des écosystèmes.Les approches issues de l’écologie théorique reconnaissent depuis longtemps cette dualité, comme en témoignent les concepts de "niche de besoin" et "niche d’impact" au cœur de la théorie contemporaine de la niche. Similairement, les approches type « théorie des jeux » comme la dynamique adaptative reconnaissent le rôle central joué par la boucle de rétroaction environnementale en tant que moteur des dynamiques éco-évolutives.Dans cette thèse, j'unifie ces deux perspectives théoriques et les applique à des problèmes écologiques variés, dans le but de comprendre comment les interactions réciproques entre les plantes et leur environnement déterminent les traits adaptatifs des plantes et les propriétés émergentes des écosystèmes.Dans un premier temps, je propose un cadre mathématique général et rigoureux à la théorie contemporaine de la niche et la méthode graphique qui lui est associée. Après avoir étendu ce cadre à la prise en compte d’un continuum de stratégies en interaction à l’aide d’enveloppes géométriques, je montre comment appliquer la théorie contemporaine de la niche à deux perspectives, à savoir les dynamiques éco-évolutives et l’assemblage de communautés par remplacements successifs de stratégies.Dans un second temps, j’applique cette approche à l’étude de l’évolution des défenses des plantes contre les herbivores le long de gradients de nutriments, en considérant l’évolution des traits d’acquisition de la ressource, de tolérance et de résistance aux herbivores. Je montre que la prise en compte des transferts trophiques conduit à la sélection de stratégies compétitives mais sans défense dans les environnements pauvres, alors que ce sont toujours des stratégies défendues (résistantes, tolérantes, ou la coexistence des deux) qui dominent dans les environnements riches en nutriments. Mes résultats mettent en évidence le rôle central joué par la rétroaction plante-herbivores dans la détermination des patrons de défense des plantes.Dans un troisième temps, je montre comment la théorie contemporaine de la niche peut être étendue pour prendre en compte la facilitation. J’utilise ensuite cette approche pour montrer comment la colonisation d’un substrat nu par une communauté de plantes fixatrices d’azote couplée au recyclage des nutriments peut donner naissance à de la succession par facilitation. Contrairement aux modèles habituels de succession, je montre que la succession par facilitation donne lieu à un développement autogène de l’écosystème ainsi qu’un régime de bistabilité entre la végétation et le substrat nu en fin de succession. Enfin, je propose une nouvelle théorie de la succession basée sur les ratios de ressources.Pris dans leur ensemble, ces nouveaux développements démontrent que la théorie de la niche peut être adaptée à l’étude d’un large champ de situations écologiques, de la facilitation aux dynamiques éco-évolutives et à l’assemblage des communautés. Dans ce cadre conceptuel, mon approche basée sur les enveloppes s’avère être un outil efficace pour passer de l’échelle individuelle à l’échelle de l’écosystème, en assimilant le remplacement adaptatif d’espèces à une plasticité des propriétés écosystémiques. Cette approche permet alors de décrire l’émergence des boucles de régulation qui contrôlent le fonctionnement des écosystèmes, comme l’illustrent mes résultats le long de gradients de nutriments sur la transition entre régimes de succession ou encore l’émergence de culs-de-sac trophiques. / As living organisms, plants present a dual relationship with their biotic and abiotic environment. The environment selects plant strategies that can establish, and selected strategies in turn impact and shape the environment as they spread. When fueled by variation ,this environmental feedback loop drives evolution, community assembly and ecosystem development, and eventually determines the emergent properties of ecosystems.Theoretical ecology approaches have long recognized this duality, as it is at the core of contemporary niche theory through the concepts of requirement and impact niche. Similarly, game-theoretical approaches such as adaptive dynamics have emphasized the role played by the environmental feedback loop in driving eco-evolutionary dynamics. However, niche theory could benefit from a more individualistic, selection based perspective, while adaptive dynamics could benefit from niche theory’s duality and graphical approach.In my dissertation, I unify these theoretical perspectives and apply them to various ecological situations in an attempt to understand how the reciprocal interaction between plants and their environment determines plant adaptive traits and emergent ecosystem functions.First, I introduce a general and rigorous mathematical framework to contemporary niche theory and the associated graphical approach. By extending these ideas to a continuum of interacting strategies using geometrical envelopes, I show how contemporary niche theory enables the study of both eco-evolutionary dynamics and community assembly through species sorting. I show how these two perspectives only differ by the range of invaders considered, from infinitesimally similar mutants to any strategy from the species pool. My results also emphasize the fact that selection only acts on the requirement niche, evolution of the impact niche being just an indirect consequence of the former.Second, I use this approach to study the evolution of plant defenses against herbivores along a nutrient gradient, by considering the joint evolution of resource acquisition, tolerance and resistance to herbivores. I show that trophic transfers lead to the selection of very competitive, undefended strategies in nutrient-poor environments, while defended strategies -- either resistant, tolerant or the coexistence of both -- always dominate in nutrient-rich environments. My results highlight the central, and often underestimated, role played by plant-environment feedbacks in shaping plant defense patterns.Third, I extend contemporary niche theory to facilitation originating from positive environmental feedback loops. I use these new tools to show how colonization of a bare substrate by a community of nitrogen-fixing plants coupled with nutrient recycling can lead to facilitative succession. Contrarily to previous competition-based succession models, I point out that facilitative succession leads to autogenic ecosystem development, relatively ordered trajectories and late succession bistability between the vegetated ecosystem and the bare substrate. By showing how facilitative succession can turn into competition-based succession along an increasing nitrogen gradient, I derive a new resource-ratio theory of succession.Overall, these new theoretical developments demonstrate that niche theory can be adapted to study a broad range of ecological situations, from facilitation to eco-evolutionary dynamics and community assembly. Within this framework, my envelope-based approach provides a powerful tool to scale from the individual level to the ecosystem level, lumping selection-driven species turnover into plastic ecosystem properties. This, is turn, helps describing the emergence at the ecosystem scale of regulation feedback loops that drive ecosystem dynamics and functioning, as exemplified by my results along increasing resource gradients showing a transition from facilitation- to competition-based succession or the emergence of trophic dead-ends.

Des études présentées dans cette thèse ont permis de démontrer que le gène du groupe Polycomb (PcG) Bmi1 est essentiel à l’auto-renouvellement des progéniteurs rétiniens immatures et pour le développement rétinien après la naissance. Ce travail illustre chez l’embryon que Bmi1 est hautement enrichie dans une sous-population de progéniteurs rétiniens exprimant le marqueur de surface SSEA-1 et différents marqueurs de cellules souches. À tous les stades de développement analysés, l’absence de Bmi1 résulte en une diminution de la prolifération et de l’auto-renouvellement des progéniteurs immatures. Pour mieux comprendre la cascade moléculaire en absence de Bmi1, nous avons inactivé p53 dans les colonies Bmi1-/-. Cette inactivation a permis une restauration partielle du potentiel d’auto-renouvellement. De plus, en absence de Bmi1, la prolifération et la maintenance de la population de progéniteurs rétiniens immatures localisés dans le corps ciliaire sont aussi affectées après la naissance. Bmi1 permet donc de distinguer les progéniteurs immatures de la population principale de progéniteurs, et est requis pour le développement normal de la rétine. Nous avons également démontré que l’oncogène Bmi1 est requis dans les neurones pour empêcher l’apoptose et l’induction d’un programme de vieillissement prématuré, causé par une baisse des défenses anti-oxydantes. Nous avons observé dans les neurones Bmi1-/- une augmentation des niveaux de p53, de la concentration des ROS et de la sensibilité aux agents neurotoxiques. Nous avons démontré ainsi que Bmi1 contrôle les défenses anti-oxydantes dans les neurones en réprimant l’activité pro-oxydante de p53. Dans les neurones Bmi1-/-, p53 provoque la répression des gènes anti-oxydants, induisant une augmentation des niveaux de ROS. Ces résultats démontrent pour la première fois que Bmi1 joue un rôle critique dans la survie et le processus de vieillissement neuronal. / The studies presented in this thesis establish that the Polycomb Group (PcG) gene Bmi1 is required for the self-renewal of immature retinal progenitor cells (RPCs) and for postnatal retinal development. Work performed in mouse embryos reveals that Bmi1 is highly enriched in a RPC subpopulation expressing the cell surface antigen SSEA-1 and different stem cell markers. Furthermore, at all developmental stages analysed, Bmi1 deficiency resulted in reduced proliferation and self-renewal of immature RPCs. To better understand the molecular cascade leading to this phenotype, we inactivated p53 in Bmi1-deficient colonies. p53 inactivation partially restored RPCs self-renewal potential. Moreover, the proliferation and the postnatal maintenance of an immature RPC population located in the ciliary body was also impaired in absence of Bmi1. Thus, Bmi1 distinguishes immature RPCs from the main RPC population and is required for normal retinal development. We have also shown that the oncogene Bmi1 is required in neurons to prevent apoptosis and the induction of a premature aging-like program characterized by reduced antioxidant defenses. We observed in Bmi1-deficient neurons an increased p53 and ROS levels, and a hypersensitivity to neurotoxic agents. We demonstrated that Bmi1 regulate antioxidant defenses in neurons by suppressing p53 pro-oxidant activity. In Bmi1-/- neurons, p53 induces antioxidant genes repression, resulting in increased ROS levels. These findings reveal for the first time the major role of Bmi1 on neuronal survival and aging.

Pour faire face à des perturbations environnementales, les organismes ont développé des défenses antitoxiques couramment utilisés comme biomarqueurs dans l'évaluation de la qualité des milieux. Cependant, de nombreux facteurs confondants comme la température ou le genre, influencent la réponse de ces biomarqueurs. Il est ainsi nécessaire de connaitre les effets de ces facteurs afin d'imputer correctement la réponse biologique mesurée à la présence de polluants. Dans ce contexte, nous avons choisi d'étudier l'influence d'un parasite acanthocéphale, Polymorphus minutus, transmis horizontalement et de microsporidies à transmission verticale, sur les réponses physiologiques de leur hôte, Gammarus roeseli, un crustacé amphipode d'eau douce d'intérêt écotoxicologique. Pour cela, nous avons choisi d'étudier le glutathion, tripeptide jouant un rôle central dans les systèmes antitoxiques, sa synthèse (i.e. activité gamma-glutamylcystéine ligase), les réserves énergétiques (i.e. lipides, glycogène, protéines) et un biomarqueur d'effets toxiques, le malondialdéhyde. L'influence du parasitisme a été appréhendé dans différents cas d'études: (i) chez G. roeseli infecté par P. minutus, (ii) chez G. roeseli infecté par des microsporidies (Dictyocoela roeselum essentiellement) et (iii) chez G. roeseli co-infecté par ces deux types de parasite. Chaque cas d'étude a été réalisé en absence de stress et lors d'une exposition au cadmium. Nous avons mis en évidence qu'en absence de contamination, la présence de P. minutus et une co-infection par P. minutus et D. roeselum affectent les biomarqueurs de G. roeseli. Après exposition au cadmium, la présence de parasites (i.e. infection simple ou co-infection) modifie la mobilisation des défenses antitoxiques et accentue les effets toxiques subits par l'hôte. Les résultats obtenus au cours de ce travail mettent en avant le caractère confondant du parasitisme en écotoxicologie et souligne l'importance de prendre en compte ce paramètre lors de l'évaluation de la qualité des milieux / To cope with environmental disturbances, organisms have developed antitoxic defenses commonly used as biomarkers in environmental risk assessment. However, many confounding factors such as temperature and gender could influence biomarker responses. It seems hence necessary to investigate their effects, in order to attribute biological responses only to pollutants. In this context, we investigated the influence of parasitism by studying the acanthocephalan parasite Polymorphus minutus, horizontally transmitted, and microsporidia parasites, vertically transmitted, on the physiological responses of their common host, the freshwater amphipod Gammarus roeseli, a classical model used in ecotoxicology. We investigated the glutathione, a tripeptide having a key role in antitoxic systems, its synthesis (i.e. gamma-glutamylcysteine ligase activity), energy reserves (i.e. lipids, glycogen, proteins) and a toxicity biomarker, the malondialdehyde. The influence of parasitism was considered in different studies: (i) in G. roeseli infected by P. minutus only, (ii) in G. roeseli infected by microsporidia (mainly Dictyocoela roeselum) and (iii) in G. roeseli coinfected by both parasites. Each study was carried out in absence of pollutants and under cadmium stress. We highlighted that, in the absence of contamination, only P. minutus and the co-infection affect the G. roeseli biomarker assessments. After cadmium exposure, the presence of parasites (i.e. single infection or co-infection) influences the mobilization of antitoxic defences, and accentuates toxic effects in their hosts. Our results underline the confounding nature of parasitism in ecotoxicology and thus, highlight the importance to take into account this parameter in the environmental risk assessment