Orientador: Cláudio José von Zuben / Banca: Wesley Augusto Conde Godoy / Banca: Marcos Aparecido Pizano / Resumo: Um dos principais fatores que afetam negativamente a produtividade da fruticultura no país é o ataque dos frutos por pragas agrícolas como as moscas-das-frutas. A espécie Zaprionus indianus (Gupta, 1970) (Diptera: Drosophilidae), recentemente introduzida no Brasil, vem causando crescente preocupação devido aos danos causados pela mesma na produção de frutos, especialmente o figo roxo (Ficus carica, Moraceae) e aos impactos nas comunidades nativas de drosofilídeos. Esta dissertação apresenta um estudo dos efeitos da densidade e competição entre imaturos de Z. indianus no tempo de desenvolvimento larval, na fecundidade, na sobrevivência e na proporção sexual dos adultos, procurando elucidar características da dinâmica populacional da espécie estudada. Os dados obtidos foram aplicados em modelagem matemática para uma melhor interpretação e representação gráfica da dinâmica populacional teórica da espécie. Observou-se que o aumento nos níveis populacionais durante o desenvolvimento larval, e conseqüente elevação no nível de competição entre os imaturos causam aumento no tempo de desenvolvimento, alteração da proporção sexual dos adultos e queda tanto da fecundidade quanto da sobrevivência da espécie. Além disso, a aplicação do modelo matemático indicou que Z. indianus é uma espécie que pode apresentar comportamento cíclico de quatro pontos ou flutuação periódica. A dinâmica mais complexa pode favorecer a espécie em processos de invasão de ecossistemas. O melhor conhecimento desta dinâmica contribui para um melhor embasamento na escolha de futuros métodos e estratégias de controle desta espécie de importância agrícola / Abstract: One of the major causes of losses on fruit crops in Brazil is the damage inflicted on fruits by plagues like the fruit flies. The species Zaprionus indianus (Gupta, 1970) (Diptera: Drosophilidae), which was recently introduced in Brazil, has become a reason of increasing concernment due to its damages to the fig crops in Brazil, specially the purple fig (Ficus carica, Moraceae). Besides that, it is also speculated that this species may cause changes on native communities of Brazilian drosophilids. This dissertation presents a study on the effects of population density and competition among larvae of Zaprionus indianus on the larval development period, sex ratio, fecundity and survivorship of this species. We applied mathematical modeling to assist a better understanding of the data and to construct a graphic representation of the population dynamics of the species. We observed that larval crowding, and thus, increased competition, are responsible for a longer larval development period, and also for changes on the sex ratio, and decrease on both fecundity and survivorship of the species. Besides that, the model applied showed that Z. indianus may have a four-point cyclic behavior or periodic fluctuation dynamics. More complex dynamics could be helpful for exotic species during ecosystems invasion. The greater knowledge of such dynamics is of great assistance on the selection of a controlling strategy for this agricultural pest / Mestre

Orientador: Claudio José Von Zuben / Banca: Patricia Jacqueline Thyssen / Banca: Guilherme Gomes / Resumo: Entomologia forense é a ciência que faz uso de insetos e demais artrópodes associados a carcaças de animais em decomposição, buscando obter informações relevantes sobre local, causa ou tempo de morte. Dentre os insetos de interesse forense, os dípteros em geral são os primeiros a serem atraídos e os mais abundantes a colonizarem uma carcaça em decomposição. O presente estudo teve como objetivo principal analisar quais são os padrões de decomposição, para Sus scrofa, de acordo com um aumento de perfurações corporais artificiais, visando inferir uma possível aplicação do mesmo para as Ciências Forenses, simulando casos letais ocasionados através de injúrias no tecido e hemorragia devido à utilização de armas brancas, por exemplo. Foi utilizado um total de seis porcos, três para a estação de Inverno e três para o Verão, nos quais, para cada estação, um dos porcos não apresentava perfurações (Controle), outro apresentando uma perfuração abdominal medindo cerca de 15cm (P1) e um terceiro porco apresentando cinco perfurações abdominais (P5), com cerca de 3cm cada. Para a análise visual do efeito destas perfurações no processo de decomposição, para cada situação, fotos digitais e térmicas foram tiradas diariamente, dataloggers específicos de temperatura (TidBits) foram colocados em vários pontos das carcaças para mensurar as médias de temperaturas diárias ao longo de todo o processo de decomposição. Dípteros adultos foram coletados diariamente, visando-se obter uma check-list dos insetos desta ordem que visitaram as carcaças durante todo o experimento, para cada uma das duas estações propostas, inverno e verão. Os resultados mostraram que houve diferença significativa entre cada um dos tratamentos dentro de uma única estação, de forma que, quanto maior a quantidade de perfurações, maior foi a quantidade e velocidade de atração de dípteros para a carcaça, acelerando assim o processo... / Abstract: Forensic entomology is the science that uses insects and other arthropods associated with animal carcasses under decomposition, seeking relevant information to the body, such as location, cause or time of death. Among the insects of forensic interest, the flies are usually the first and most abundant to colonize a carcass. This study aimed to analyze what are the patterns of decomposition, for Sus scrofa, according to a execution of artificial body perforations, aimed the correlation whit forensic sciences, since they cause injury and hemorrhage in the tissues, caused mainly by sidearms, or white weapons. Where used a total of six pigs, three for the winter season and three for the summer, in which, for each season, one of the pigs had no perforations (Control), another had an abdominal perforation measuring about 15cm (P1) and a third pig featuring five abdominal perforations (P5), measuring about 3cm each one. For visual analysis of the effect of these perforations in the decomposition process, in each situation, thermal and digital photos were taken daily, as well as special thermal dataloggers (TidBITS) were placed in various parts of carcasses, to measure the average daily temperatures during the decomposition process. Diptera adults where collected daily in this decomposition sites, aiming to get a check-list of the insects of the order Diptera who visited the carcasses in the period of the experiment, for each season, winter and summer. The results reveals that occurs a significant differences between each treatment for each season: the greater is the number of abdominal perforations, greater is the quantity of decaying flies and the speed of attraction to the substrate too, accelerating, therefore, the decomposition process. Regarding the differences between the two seasons, the decomposition is about four times faster in the summer, a fact that can be understood by the amount of flies collected in this station had been infinitely ... / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-13Bitstream added on 2014-06-13T18:40:08Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_hg_me_rcla.pdf: 468722 bytes, checksum: b04f9315e257fb883b8378a844b4beb8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Um dos principais fatores que afetam negativamente a produtividade da fruticultura no país é o ataque dos frutos por pragas agrícolas como as moscas-das-frutas. A espécie Zaprionus indianus (Gupta, 1970) (Diptera: Drosophilidae), recentemente introduzida no Brasil, vem causando crescente preocupação devido aos danos causados pela mesma na produção de frutos, especialmente o figo roxo (Ficus carica, Moraceae) e aos impactos nas comunidades nativas de drosofilídeos. Esta dissertação apresenta um estudo dos efeitos da densidade e competição entre imaturos de Z. indianus no tempo de desenvolvimento larval, na fecundidade, na sobrevivência e na proporção sexual dos adultos, procurando elucidar características da dinâmica populacional da espécie estudada. Os dados obtidos foram aplicados em modelagem matemática para uma melhor interpretação e representação gráfica da dinâmica populacional teórica da espécie. Observou-se que o aumento nos níveis populacionais durante o desenvolvimento larval, e conseqüente elevação no nível de competição entre os imaturos causam aumento no tempo de desenvolvimento, alteração da proporção sexual dos adultos e queda tanto da fecundidade quanto da sobrevivência da espécie. Além disso, a aplicação do modelo matemático indicou que Z. indianus é uma espécie que pode apresentar comportamento cíclico de quatro pontos ou flutuação periódica. A dinâmica mais complexa pode favorecer a espécie em processos de invasão de ecossistemas. O melhor conhecimento desta dinâmica contribui para um melhor embasamento na escolha de futuros métodos e estratégias de controle desta espécie de importância agrícola / One of the major causes of losses on fruit crops in Brazil is the damage inflicted on fruits by plagues like the fruit flies. The species Zaprionus indianus (Gupta, 1970) (Diptera: Drosophilidae), which was recently introduced in Brazil, has become a reason of increasing concernment due to its damages to the fig crops in Brazil, specially the purple fig (Ficus carica, Moraceae). Besides that, it is also speculated that this species may cause changes on native communities of Brazilian drosophilids. This dissertation presents a study on the effects of population density and competition among larvae of Zaprionus indianus on the larval development period, sex ratio, fecundity and survivorship of this species. We applied mathematical modeling to assist a better understanding of the data and to construct a graphic representation of the population dynamics of the species. We observed that larval crowding, and thus, increased competition, are responsible for a longer larval development period, and also for changes on the sex ratio, and decrease on both fecundity and survivorship of the species. Besides that, the model applied showed that Z. indianus may have a four-point cyclic behavior or periodic fluctuation dynamics. More complex dynamics could be helpful for exotic species during ecosystems invasion. The greater knowledge of such dynamics is of great assistance on the selection of a controlling strategy for this agricultural pest

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-06-22Bitstream added on 2014-06-13T21:00:41Z : No. of bitstreams: 1 souza_cr_me_rcla.pdf: 652972 bytes, checksum: cf249f2a40285cc43c6d9170fe3248ba (MD5) / Entre os dípteros de interesse médico-sanitário, destacam-se os pertencentes às famílias Calliphoridae, Sarcophagidae e Muscidade, que são de grande importância pelo fato de serem vetores de patógenos, parasitarem tecidos e por serem úteis na entomologia forense, na estimativa do IPM de cadáveres. O objetivo do presente trabalho foi verificar a ocorrência das espécies mais predominantes, avaliar uma possível associação dessas com três áreas ecológicas distintas (urbana, rural e florestal) e determinar o índice de sinantropia de adultos dessas famílias coletados em Rio Claro, SP. As coletas ocorreram entre os meses de setembro de 2009 e agosto de 2010. Armadilhas contendo iscas de sardinha, fígado e carne moída foram expostas durante cinco dias consecutivos por mês, nas três áreas ecológicas distintas. Foram coletados nesse trabalho 2.782 exemplares de dípteros, sendo a maioria deles (45,04%) pertencentes à família Calliphoridae. A segunda família em abundância foi dos muscídeos (39,14%), seguida pela família Sarcophagidae (15,82%). As únicas espécies que apresentaram valores positivos para o índice de sinantropia foram Lucilia cuprina (Wiedemann) e Oxysarcordexia thornax (Walker), Atherigona orientalis Schiner, Musca domestica Linnaeus, Ophyra chalcogaster (Wiedemann) e Synthesiomyia nudiseta (Wulp). As demais espécies apresentaram valores negativos, o que demonstra uma maior preferência por áreas menos habitadas. Dentre as iscas utilizadas, a de fígado atraiu os califorídeos com maior abundância, a de sardinha foi a preferida pelos sarcofagídeos e a de carne, pelos muscídeos, em comparação ao fígado. De acordo com o índice de Bray-Curtis, as áreas rural e urbana foram as mais similares em relação à composição de espécies atraídas pelas iscas / Among the Diptera of medical and health importance, we highlight those belonging to the families Calliphoridae, Sarcophagidae and Muscidae, which are of great importance because they are vectors of pathogens, parasitized tissues and are useful in forensic entomology, in estimating the IPM of corpses. The objective of this study was to verify the occurrence of the most prevalent species, assess a possible association with three distinct ecological areas (urban, rural and forest) and determine the synanthropic index of adults in these families collected in Rio Claro, SP. The samples were collected between the months of September 2009 and August 2010. Traps baited with sardine baits, liver and ground beef were exposed for five consecutive days per month in three different ecological areas. In this study were collected 2,782 specimens of Diptera, the majority of them (45.04%) belonging to the family Calliphoridae. The second family in abundance was Muscidae (39.14%), followed by family Sarcophagidae (15.82%). The only species that showed positive values for the index of synanthropy were Lucilia cuprina (Wiedemann) and Oxysarcordexia thornax (Walker), Atherigona orientalis Schiner, Musca domestica Linnaeus, Ophyra chalcogaster (Wiedemann) and Synthesiomyia nudiseta (Wulp). The values for the other species were negative, showing a greater preference for less populated areas. Among the baits used, liver attracted calliphorids with higher abundance, the sardine was the preferred for sarcophagids and flesh fly by muscids, in relation to liver. According to Bray-Curtis index, the rural and urban areas were more similar in terms of species composition attracted by the bait

Orientador: Odair Benedito Ribeiro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-06T23:07:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moretti_ThiagodeCarvalho_M.pdf: 4612356 bytes, checksum: 7362c6da7a5ec7b1bd039076672a68d2 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Embora estudos do destino post-mortem de cadáveres humanos sejam de interesse forense, e na natureza grandes animais se tomem disponíveis à colonização por insetos logo após a morte, o destino do vasto número de carcaças de animais pequenos em alguns habitats, bem. como os parâmetros que conduzem este processo, ainda são pouco estudados. Em vista deste quadro, foram conduzidos estudos sobre a decomposição de carcaças de pequenos roedores em uma área de vegetação secundária dentro do campus da Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP (22°49'15"S, 47°04'08"W) na cidade de Campinas - SP (Brasil), de agosto de 2003 a junho de 2004, para analisar a composição da fauna de invertebrados que visitam e colonizam os cadáveres. Quatro carcaças de camundongo de laboratório (Mus musculus) e quatro carcaças de rato (Rattus norvegicus) foram expostas em cada estação, durante o período acima estabelecido. As carcaças foram acondicionadas em aparato adequado para coleta de insetos imaturos e adultos. No curso da decomposição das 32 carcaças, foram coletados 6514 exemplares (820 adultos e 5694 imaturos) de 53 espécies de artrópodes pertencentes às famílias Sarcophagidae, Calliphoridae, Muscidae, Fanniidae, Syrphidae, Richardiidae, Sepsidae, Micropezidae, Otitidae, Drosophilidae, Phoridae, Dolichopodidae, Anthomyiidae, Asilidae e Lauxaniidae (Diptera), Formicidae, Ichneumonidae, Encyrtidae e Apidae (Hymenoptera), Staphylinidae (Coleoptera) e Gonyleptidae (Opiliones). As espécies colonizadoras mais abundantes foram Luci/ia eximia (Wiedemann, 1819) (Diptera: Calliphoridae), bem como as espécies de Sarcophagidae Pec/da (pattonella) intermutans (Walker, 1861) e Sarcophaga (Liopygia) ruficornis (Fabricius, 1794), as quais são raramente vistas criando-se em carcaças de grandes animais. Este comportamento pode sugerir uma especialização destas espécies em colonizar carcaças pequenas, possivelmente como estratégia de escape à competição com outras espécies de dípteros necrófagos em carcaças de grandes animais / Abstract: Although studies of the post-mortem fate of human corpses are of forensic interest, and in natural environments large animals become available to insect colonization soon after death, the fate of the vast number of small carcasses in some habitats, as well as the parameters that lead this process, are not objective of important investigations. Due to this situation, decomposition studies of small rodent carcasses were conducted in a secondary wood area within the Campus of Campinas State University - UNlCAMP (22°49' 15"S, 47°04'08"W) in the municipality of Campinas (Brazil), fTom August 2003 to June 2004, to analyze the composition of the local carrion visiting and colonizing invertebrate fauna. Four laboratory mouse carcasses (Mus musculus) and four rat carcasses (Rattus norvegicus) were exposed in each season, during the set period. AlI the carcasses were placed in an iron-mesh cage, which was adequate to collect adult and immature insects. In the course of the decomposition of the 32 rodent carcasses, 6514 specimens (820 adults and 5694 immatures) of 53 aqhropod species fTom the families Sarcophagidae, Calliphoridae, Muscidae, Fanniidae, Syrphidae, Richardiidae, Sepsidae, Micropezidae, Otitidae, Drosophilidae, Phoridae, Dolichopodidae, Anthomyiidae, Asilidae and Lauxaniidae (Diptera), Formicidae, Ichneumonidae, Encyrtidae e Apidae (Hymenoptera), Staphylinidae (Coleoptera) and Gonyleptidae (Opiliones) were collected. The most abundant species breeding on the carcasses were Lucilia eximia (Wiedemann, 1819) (Diptera: Calliphoridae) and some Sarcophagidae species, such as Pec/da (pattonella) intermutans (Walker, 1861) and Sarcophaga (Liopygia) ruficomis (Fabricius, 1794), which are rarely seen breeding on carcasses of large animals. This behavior can suggest a specialization of these species in colonizing small carcasses, possibly an attempt to avoid competition with other species of necrophagous Diptera in carcasses of large animals / Mestrado / Parasitologia / Mestre em Parasitologia

Orientadores: Ana Maria Lima de Azeredo-Espin, Ana Claudia Lessinger / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-06T23:15:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_MarcosTuliode_M.pdf: 4922399 bytes, checksum: 9af5c489b44982daee534a4e0f7e937c (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: o DNA mitocondrial (DNAmt) dos metazoários possui uma série de características, tais como organização circular, simples e compacta, conteúdo gênico conservado, herança predominantemente materna e ausência ou baixa taxa de eventos de recombinação, que fazem com que este genoma seja amplamente usado em diversos estudos evolutivos. Geralmente, o DNAmt animal possui 37 genes (13 codificadores de proteínas, 22 para RNAt e 2 para RNAr) e uma principal região não-codificadora, a região-controle. O objetivo do projeto foi o seqüenciamento e a caracterização estrutural e evolutiva de regiões gênicas e do genoma mitocondrial de espécies da família Muscidae (Diptera: Calyptratae), incluindo a mosca-dos chifres, Haematobia irritans, a mosca doméstica, Mosca domestica, a mosca menor das frutas, Atherigona orientalis, "the black dump fly", Ophyra aenescens, e a mosca-dos-estábulos, Stomoxys calcitrans. A estrutura da tese foi dividida em quatro capítulos. No primeiro capítulo, a seqüência completa do gene da subunidade I da cito cromo oxidase c (COI) foi caracterizada. COI é o gene mais seqüenciado entre os insetos e tem sido usado em diversos estudos evolutivos e taxonômicos. Este gene mostrou-se estruturalmente semelhante aos demais dípteros, incluindo o uso de um códon de iniciação não usual, TCG (serina). O segundo capítulo descreve um novo conjunto de oligonucleotídeos iniciadores que ajudou a amplificar e seqüenciar regiões do DNAmt de vários dípteros onde há alta chance de ocorrer rearranjos e/ou duplicações (regiões de "hot spots" ou "instabilidade estrutural" no DNAmt de artrópodes, que incluem a região-controle e agrupamentos de RNAt). O terceiro capítulo descreve a seqüência completa da região-controle de H. irritans, M domestica e A. orientalis, define padrões evolutivo-estruturais para moscas da subordem Brachycera e sugere a atuação de elementos cis-regulatórios no controle da replicação e transcrição do DNAmt de insetos. Ao tentar acessar a região-controle de O. aenescens e S. calcitrans, foi evidenciado um possível evento de rearranjo e/ou duplicação no genoma mitocondrial destas espécies envolvendo os genes que flanqueiam a região-controle. O quarto capítulo descreve uma análise comparativa entre os genomas mitocondriais de H. irritans (16078bp) e S. calcitrans (18Kb). Um conjunto de estratégias, incluindo amplificação via LongPCR, construção de bibliotecas de "shotgun", montagem, anotação e análises estruturais utilizando recursos de bioinformática, foi otimizada durante este trabalho. Os genomas mitocondriais de H. irritans e S. calcitrans possuem conteúdo e organização gênicos conservados, considerando-se o modelo ancestral proposto para artrópodes, exceto pela regiãocontrole de S. calcitrans (2,5Kb), que teve 60% de sua seqüência caracterizada, suficientes para indicar a ocorrência de duplicação gênica envolvendo elementos internos da região-controle e o gene de RNAt para isoleucina (I). A duplicação de 1 no DNAmt de S. calcitrans é muito semelhante a que ocorre no DNAmt de espécies de Chrysomya (Diptera: Calliphoridae), reforçando que esta região é um "hot spot" de duplicação no genoma mitocondrial de dípteros. Uma árvore filogenética usando os genes codificadores de proteínas foi inferida para a ordem Diptera e o resultado difere da filogenia tradicional proposta para o grupo / Abstract: The mitochondrial DNA (mtDNA) of Metazoan has features, such as circular, simple and compact organization, conserved gene content, predominantly maternal inheritance, and lack or low rate of recombination, which have made this genome widely used in a range of evolutionary studies. In general, animal mtDNA presents 37 genes (13 protein-coding genes, 22 genes for tRNA and 2 for rRNA) and a major non-coding region, the control region. The aim ofthis project was the sequencing and the structural and evolutionary characterization of gene regions and the mitochondrial genome of species from family Muscidae (Diptera: Calyptratae): the horn fly, Haematobia irritans; the house fly, Musca domestica; the pepper fruitfly, Atherigona orientalis; the black dump fly, Ophyra aenescens; and the stable fly, Stomoxys calcitrans. The structure of the thesis was divided in four chapters. In the first chapter, the complete sequence of the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene was characterized. COI is the most sequenced gene in insects and have been used in a wide range of evolutionary and taxonomic studies. This gene in Muscidae showed a structure similar to other dipterans, including the use of an uncommon start codon, TCG (serine). The second chapter describes a new set of primers that improved the amplification and sequencing of regions from many dipterans mtDNA in which there is a high probability of rearrangements andlor duplications occur (regions involved in structural "hot spots", including the control region and tRNA clusters). The third chapter describes the complete sequence of H. irritans, M domestica and A. orientalis, defines evolutionary and structural patterns for Brachyceran flies and suggests cis-regulatory elements for the mtDNA repÍication and transcription control in insects. Trying to access the control region of O. aenescens and S. calcitrans, a possible event of rearrangement andlor duplication in the mitochondrial genome of these species was evidenced involving the control region flanking genes. The fourth chapter describes a comparative analysis of H. irritans (l6078bp) and S. calcitrans (-18Kb) mitochondrial genomes. A set of strategies, including the amplification via Long-PCR, construction of a shotgun library, assemblage, annotation and structural analysis using bioinformatic tools, was optimized in this work. The mitochondrial genomes of H. irritans and S. calcitrans showed gene content and organization conserved regarding the ancestral model proposed to arthropods, except for S. calcitrans control region (-2.5Kb), which had 60% of its sequence characterized. This characterization indicated the occurrence of duplicated regions involving control region nternal elements and the tRNAgene for isoleucine (I). The duplication of 1 is very similar to that of Chrysomya (Diptera: Calliphoridae) mtDNA, reinforcing that this region is a duplication hot spot in the mitochondrial genome of dipterans. A phylogenetic tree using the protein-coding genes was inferred for the Diptera order and the results differ from the traditional phylogeny proposed for the grou / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Ana Maria Lima de Azeredo-Espin, Claudia Augusta de Moraes Russo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T11:33:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Junqueira_AnaCarolinaMartins_D.pdf: 11103944 bytes, checksum: 9e7bb5e64272846641444a5fa3b833b0 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: O DNA mitocondrial (mtDNA) de três espécies da família Calliphoridae foi completamente sequenciado, apresentando 15004 pb em Chloroprocta idioidea, 16143 pb em Calliphora vomitoria e 16635 pb em Phormia regina. Os três genomas mitocondriais apresentaram a ordem gênica ancestral de Pancrustacea, contendo 13 genes codificadores de proteínas (GCPs), duas subunidades de RNA ribossomal e vinte e dois RNAs transportadores (tRNAs). No entanto, P. regina apresentou uma duplicação envolvendo a sequência completa dos genes de tRNAIle e tRNAGln, além da sequência parcial do tRNAMet. Uma duplicação similar foi previamente descrita para espécies do gênero Chrysomya na mesma localização, inserida no domínio hipervariável da região controle do mtDNA. A composição de nucleotídeos dos mtDNAs sequenciados mostrou um alto viés de bases A e T (71.7% em C. idioidea, 72.9% em C. vomitoria e 75.6% em P.regina), principalemente nas terceiras posições do códon e regiões não-codificadoras, onde o conteúdo A+T é >90%. As reconstruções filogenéticas foram conduzidas com todas as espécies de dípteros com mtDNAs completos, cosistindo no estudo mais amplo com sequências de mtDNA da ordem Diptera. O emprego de genes individuais para a reconstrução de filogenias resultou em topologias variadas com baixo suporte, enquanto o uso de sequências concatenadas de nucleotídeos e aminoácidos dos GCPs mostrou resolução para as relações internas de Diptera. A monofilia de Muscomorpha não obteve suporte nas análises apresentadas neste trabalho, assim como a de Acalyptratae. A família Calliphoridae foi recuperada como monofilética, mas as relações internas de Oestroidea recuperaram espécies de Muscoidea como um grupo irmão de Calliphoridae. As relações entre as subfamílias de Calliphoridae indicaram que Luciliinae e Calliphorinae são grupos irmãos, relacionados a Chrysomyinae. Devido à importância médica, veterinária, sanitária, econômica e forense da família Calliphoridae, o esclarecimento das relações evolutivas desta família é interessante para guiar futuros estudos acerca da evolução do parasitismo e do hábito de causar miíases, além de contribuir para o diagnóstico espécie-específico. Além disso, a caracterização de genomas mitocondriais completos também pode contribuir na resolução de filogenias da ordem Diptera e estudos em evolução molecular e divergências antigas de insetos. / Abstract: In this study, we present the complete mitochondrial DNA (mtDNA) sequence of three Calliphoridae (Diptera: Brachycera) species: Chloroprocta idioidea, Calliphora vomitoria and Phormia regina, which had 15004, 16143 and 16635 bp, respectively. Each genome was arranged in the same order described for insects and crustaceans, containing 13 protein coding genes (PCGs), two ribossomal RNA subunits (rRNA) and twenty-two transfer RNA (tRNA), with the exception of P. regina, which presented a duplication involving the complete sequences of tRNAIle and tRNAGln genes, besides a partial sequence of the tRNAMet. A similar duplication has been previously described for Chrysomya species in the same location, inserted in the hypervariable domain of the mitochondrial control region. The nucleotide composition was heavily biased toward As and Ts (71.7% for C. idioidea, 72.9% for C. vomitoria and 75.6% for P.regina), mainly when considering third codon positions and non-coding regions, where the A+T content was >90%. The phylogenetic reconstructions were conducted for all available dipteran species in GenBank, this being the most comprehensive study carried out so far with complete mitochondrial genome sequences. The use of single genes has shown that different topologies were obtained with low support, whereas the use of nucleotide and amino-acid data sets with concatenated PCGs usually provided resolution for intraordinal relationships in Diptera. The monophyly of Muscomorpha was not supported in our analyses, as well as the monophyly of Acalyptratae, which is a major clade of Schizophora. The Calliphoridae was a monophyletic family, but the superfamily Oestroidea was disrupted by the inclusion of Muscoidea species as a sister group of Calliphoridae. Within Calliphoridae, the subfamilies Luciliinae and Calliphorinae were clustered together, related to the Chrysomyinae subfamily. In view of its sanitary, medical, economic and forensic importance, knowledge of Calliphoridae relationships is of interest to guide future works on parasitism evolution of the myiasis habit and specific molecular diagnosis of species. In addition, the characterization of complete mitochondrial sequences could provide insights with regard to dipteran relationships and general molecular evolutionary studies on deep-level phylogenies of insects. / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Ana Maria Lima de Azeredo-Espin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T14:57:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Duarte_GustavoTurqueto_M.pdf: 29004339 bytes, checksum: 8f4329468621fc63871c823f6f4664b1 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: As espécies da família Calliproridae, conhecidas como moscas varejeiras, apresentam ampla distribuição geográfica no Velho e Novo Mundo. Por serem causadores de miíases e vetores de doenças, muitas espécies possuem hábito sinantrópico, importância econômica, médico-sanitária e forense. Enquanto algumas espécies são pragas da pecuária e acarretam grande prejuízo econômico devido às infestações, outras são importantes para a entomologia forense, auxiliando na investigação de crimes e questões médico-legais. Neste contexto, os marcadores moleculares têm sido de grande valia para estudos genéticos relacionados à família Calliphoridae, sendo utilizados em estudos populacionais, evolutivos e biogeográficos, complementando análises ecológicas e sistemáticas. Dentre os marcadores moleculares, o DNA mitocondrial (DNAmt) tem mostrado potencial para estudos evolutivos relacionados à família Calliphoridae, devido a várias características, tais como: possuir uma estrutura genética simples, geralmente não apresentando íntrons, DNA repetitivo, elementos transponíveis e pseudogenes; exibir uma forma de transmissão predominantemente linear (herança materna); grande número de cópias e, finalmente, por apresentar maior taxa de substituição nucleotídica, quando comparada ao DNA nuclear. Na maioria das espécies animais, o DNAmt possui cerca de 16-20kb e apresenta 37 genes, dos quais 13 são codificadores de proteínas, 2 de subunidades ribossomais (rRNAs) e 22 de tRNAs. Neste genoma, a maior porção não codificadora é chamada região controle (RC), ou A+T em insetos, por ser rica nesses dois nucleotídeos. Bridências experimentais com insetos, crustáceos e vertebrados sugerem que essa região esteja relacionada à replicação e transcrição do genoma mitocondrial. Eventos de rearranjos gênicos envolvendo a região controle e os tRNAs adjacentes são relativamente freqüentes em insetos. Recentemente uma duplicação do gene para tRNA de isoleucina (tRNAIle) foi descrita em três espécies do gênero Chrysomya, não sendo encontrada nas demais espécies de Calliphoridae estudadas até então, sugerindo que a duplicação poderia ter se originado num evento evolutivo anterior à diversificação desse gênero e que seria um marcador molecular eficiente para sua identificação. Dessa forma, com o intuito de caracterizar a região controle do DNAmt m família Calliphoridae bem como a duplicação do tRNAIle, 15 espécies pertencentes a sete gêneros desta família foram analisadas. Nos califorídeos estudados, a região controle apresentou-se dividida em dois domínios com característica distintas: um conservado, devido à presença de blocos de seqüê ncia conservados além de estruturas conservadas em vários grupos de insetos, que podem estar relacionadas à replicação e transcrição do DNAmt; e um domínio variável, tanto em tamanho quanto em seqüência. Enquanto o domínio conservado apresentou potencial para estudos filogenéticos, o domínio variável apresentou características interessantes para estudos com estrutura de populações. A caracterização da RC de califorídeos também permitiu a identificação da duplicação do tRNAIle em outras duas espécies de Chrysomya, além de uma espécie do gênero Calliphora. Um segundo tipo de duplicação, envolvendo os tRNAIle e tRNAGln, foi identificada na espécie do gênero Phormia. Os dados sugerem que o domínio variável da região controle possa atuar como um "hot spot" para eventos de rearranjo. Para a avaliação do potencial para estudos filogenéticos do domínio conservado, foram analisadas as seqüências desse domínio da região controle de 26 indivíduos pertencentes a 18 espécies de califorídeos. Os resultados dão suporte à monofilia dás três subfamílias estudadas (Chrysomyinae, Luciliinae e Calliphorinae) corroborando estudos morfológicos e moleculares realizados previamente em Calliphoridae. Além disso, o domínio conservado da região controle mostrou-se um marcador eficiente para a identificação de espécies de califorídeos, mesmo quando espécies semelhantes morfologicamente foram comparadas. Os resultados obtidos indicam um potencial dessa região do genoma mitocondrial tanto para estudo com taxa com divergência recente como para o diagnóstico de espéciés de importância forense / Abstract: The species of family Calliphoridae, known as blowflies, present wide geographic distribution throughout Old and New World and many have synantropic habit, being of economic, medical, sanitary and forensic importance for causing myiasis and for being vectors of diseases. While some species are parasites of livestock and causes great economic prejudices, others are important for forensic entomology, helping in legal investigations. Molecular markers are providing valuable results on genetic-evolutive studies related to the family Calliphoridae, been used in population structure, evolutive and biogeographic studies, complementing ecological md systematic analyses. Among the molecular markers, the mitochondrial DNA have shown a great potential for evolutive studies related to family Calliphoridae, being many the features that make it a rich source of genotypic characters: simple genetic structure, which usually lacks introns, transposable elements and pseudogenes; its predominant1y maternal inheritance; high copy number and its higher rate of nucleotide substitution compared to nuclear DNA. In most animal species, mtDNA is a circular, double-stranded 16-20 kb molecule that generally contains 37 genes, being 13 protein-coding genes, two genes for subunits of ribosomal RNA (rRNA) and 22 transfer RNA (tRNA) genes. Within this genome, the major non-coding region is known as control region, or A+T region in insects for being rich in these nucleotides. Experimental evidences with insects, crustaceans and vertebrates suggest that this region is related to the replication and transcription of the mitochondrial genome. Rearrangements events involving the control region and its flanking tRNAs may be frequent in insects. In recent works, an isoleucine tRNA gene (tRNAIle) duplication was reported for three Chrysomya species, not been identified in the other calliphorids species studied so far, suggesting that the duplication may have occurred before the diversification of this genus and that it would be an efficient marker for its identification. Therefore, intending to characterize the control region of mitochondrial DNA in family Calliphoridae just as the tRNAIle duplication, 15 species belonging to seven genera of this family were analyzed. In the studied calliphorids, two domains were recognized in the control region: a conserved domain with conserved sequence blocks and conserved structures also identified in other insect groups, which relates the control region to the replication and transcription of mitochondrial DNA; and a variable domain that varies markedly in sequence and length Whereas the conserved domain has shown a potential for phylogenetic stud ies, the variable domain has interesting features for population studies. The characterization of the control region in various calliphorids species also showed the presence of the duplication of the tRNAIle in two other species of Chrysomya and in a species of genus Calliphora. A different duplication, involving the tRNAIle and tRNAGln, was identified in the species of genus Phormia. The present data suggests that the variable domain of the contraI region may act as a hot spot for rearrangement events. For evaluating the potential of the conserved domain for . phylogenetic studies, sequences of this domain were analyzed for 26 specimens belonging to 18 calliphorid species. The results supports the monophyly of the three subfamilies studied (Chrysomyinae, Luciliinae and Calliphorinae), corroborating previous morphologic and molecular studies. Moreover, the cohserved domain of control region showed to be I useful for calliphorids species identification, even when morphologic similar species were compared. The data reveals a potential of this region of the mitochondrial genome for studies with recent diverged taxa and also for the diagnosis of species with forensic importance / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Patricia Jacqueline Thyssen / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T20:24:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_CarinaMarade_D.pdf: 6293082 bytes, checksum: 75e4fc8f9baf5c44768fe8e5ed62938b (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Um conspecto taxonômico com base nos machos de 85 espécies válidas pertencentes ao gênero Oxysarcodexia Townsend, 1919 (Diptera: Sarcophagidae) é apresentado. Uma diagnose do gênero e de cada espécie constituinte, distribuição geográfica, dados biológicos - quando disponíveis -, e um apêndice pictórico são também inclusos nesse conspecto. Além do exame de espécimes de Oxysarcodexia, uma ampla e minuciosa busca na literatura foi realizada para abranger toda a informação disponível para esse gênero. Além disso, foram descritas seis espécies novas de distribuição neotropical. Foi também realizada uma análise filogenética baseada em caracteres morfológicos provenientes do exame de machos de 54 espécies pertencentes ao gênero Oxysarcodexia a fim de investigar a assimetria fálica vista em algumas espécies e a ocorrência de possíveis agrupamentos interespecíficos dentro do gênero. A assimetria também foi estudada por meio de espécies modelo, com o auxílio da técnica de microscopia eletrônica de varredura rotacional. A assimetria detectada foi do tipo direcional sinistral, presente em oito espécies, restringindo-se aos lobos terminais da vésica e considerada uma homoplasia. Quanto aos agrupamentos de espécies, a topologia encontrada nas árvores mais parcimoniosas obtidas mostrou certa similaridade com o proposto na literatura, embora sem completa correspondência. Espera-se, com esse estudo, auxiliar no processo de identificação dessas espécies, assim como contribuir para o melhor conhecimento desse gênero de moscas / Abstract: A taxonomic conspectus based on male specimens of 85 valid species of the genus Oxysarcodexia Townsend, 1919 (Diptera: Sarcophagidae) is presented. A diagnosis for the genus and for each species, the geographical distribution, the biological information - when available -, and a pictorial appendix are included in this conspectus. Besides the species examination, a thorough and wide search on the literature was performed in order to gather all information available for this genus. Additionally, six new species of Neotropical distribution were described. It was also performed a phylogenetic analysis based on males morphological characters of 54 species belonging to Oxysarcodexia genus, in order to study the phallic asymmetry present on some species and the occurrence of possible interspecific grouping within the genus. The asymmetry was also investigated through model species, with the help of rotational scanning electron microscopy technique. The asymmetry detected was of sinistral directed type, present in eight species, restricted to the terminal lobes of the vesica, and considered a homoplasy. About the species grouping, the topology found on the most parcimonious trees obtained showed certain similarity with the propositions of the literature, although without complete correspondence. We expected with this study contribute with the species identification process and with the best knowledge of this flesh fly genus / Doutorado / Parasitologia / Doutora em Parasitologia

Orientador: Claudio José Von Zuben / Banca: Aricio Xavier Linhares / Banca: Wesley Augusto Conde Godoy / Resumo: Em seu ambiente natural, muitas espécies animais, invertebrados e vertebrados, utilizam substratos discretos e efêmeros para sua alimentação e postura de ovos ou larvas, e dentre elas está a espécie de mosca-varejeira Chrysomya albiceps (Wiedemann) (Diptera: Calliphoridae). Introduzida acidentalmente no continente americano em meados da década de 70, tem causado o declínio de populações de califorídeos nativos como Lucilia eximia e Cochliomyia macellaria. Em moscas-varejeiras, o período em que ocorre a maior limitação de recursos alimentares é durante o estágio larval, com indivíduos competindo intensamente pelos recursos na tentativa de ingerir a maior quantidade de alimento antes que os recursos se esgotem por completo. Os resultados da competição por recursos alimentares limitados durante o estágio imaturo podem ser vistos em parâmetros como sobrevivência, fecundidade e tamanho dos adultos resultantes, e estes têm efeitos diretos sobre a dinâmica populacional da espécie envolvida. Portanto, a densidade populacional de imaturos no substrato alimentar se torna um fator primordial nos estudos sobre a dinâmica populacional, pois influencia diretamente a competição e, consequentemente, a variação desses parâmetros. Neste estudo, foram analisados aspectos da ecologia populacional de C. albiceps utilizando populações experimentais. Os resultados do presente estudo indicam que a densidade larval inicial tem influência sobre aspectos da demografia e sobre a viabilidade e fecundidade de populações de C. albiceps; altas densidades iniciais podem melhorar o processo de alimentação nas larvas e diminuir o tempo de desenvolvimento no estágio imaturo. A mortalidade larval inicial tem grande influência na expectativa de vida no momento da emergência dos adultos. A densidade 200 foi a densidade ótima para o desenvolvimento da espécie. Adultos das densidades 800 e 100 apresentaram baixa sobrevivência e expectativa de... / Abstract: In their natural environment, many invertebrates and vertebrates use discrete and ephemeral substrates for feeding and laying their eggs or larvae, and among them, could be cited the blowfly Chrysomya albiceps (Wiedemann) (Diptera: Calliphoridae). Accidentally introduced in the Americas in the mid -1970s, C. albiceps has caused the population decline in native species as Lucilia eximia and Cochliomyia macellaria. For blowflies, the larval stage is the main period in which competition for limited food resources occurs, with individuals competing intensely for resources in an attempt to ingest as much food as possible before the complete depletion of the resources. The result of this competition is seen on population parameters as survival, fecundity and size of the resulting adults, with direct effects on the population dynamics of the species involved. Therefore, the population density of immature in the food substrate becomes a primary factor in studies about population dynamics, because it influences directly the competition and hence the variation of these population parameters. In this study were analyzed aspects of the ecology of C. albiceps using experimental populations. The results of this study indicate that the initial larval density influences the demography and the viability and fecundity of populations of C. albiceps ; initial high density can improve the feeding process and reduce development time at the immature stage. The initial larval mortality has great influence on life expectancy at the time of adult emergence. 200 was optimal density for developing species. Adults from the densities 800 and 100 had low values for survival and life expectancy. Females were longer-lived than males (e0 higher for females), and males tend to die more in the early ages (H higher for males). At density 800, food shortages resulted in small adults and females with low fecundity. In the opposite situation, density 100, in which the quantity... / Mestre