Cette recherche propose une méthodologie pour prendre en compte les coûts de transaction politiques et pour évaluer comment ils conditionnent la mise en œuvre d’une politique. A partir d’une analyse empirique de la Directive Cadre Eau, ce travail (1) propose une typologie des déterminants des Coûts de Transaction Politiques (CTP) et (2) présente les stratégies des acteurs pour pallier ces CTP (‘arrangements’). Les arrangements correspondent aux stratégies visant à minimiser soit des coûts de recherche et de collecte d’informations, des coûts de négociation, ou des coûts de coordination. Cette recherche témoigne que certains choix de mise en œuvre de politique peuvent s'expliquer par la recherche d'une minimisation des CTP selon des déterminants contextuels. La prise en compte des CTP pour l’analyse des politiques permet d’anticiper (i) les contraintes auxquelles les acteurs peuvent être confrontés lors de la mise en œuvre d’une politique et (ii) comment ils sont enclins à y répondre. / This research proposes a methodology to account for policy transaction costs and to assess how they condition the implementation of policy tasks. In light of an empirical analysis of the European Water Framework Directive implementation in 4 institutional contexts, this work (1) elaborates a typology of Policy Transaction Costs (PTC) determinants and (2) depicts stakeholders’ strategies to cope with PTC (‘arrangements’). We distinguish three main categories of arrangements: strategies to minimize either research and information collection costs, negotiation costs, or coordination costs. This research testifies that certain policy implementation decisions can be explained by the search for PTC minimization according to contextual determinants. Policy analysis shall thus consider PTC linked to policy implementation so as to anticipate (i) the constraints policy actors will face when implementing a given policy and (ii) how these actors are likely to respond to such constraints.

Evaluer, maintenir et restaurer les conditions écologiques des rivières nécessitent des mesures du fonctionnement de leurs écosystèmes. De par leur complexité, notre compréhension de ces systèmes est imparfaite. La prise en compte des incertitudes et variabilités liées à leur évaluation est donc indispensable à la prise de décision des gestionnaires. En analysant des données nationales (~ 1654 sites), les objectifs principaux de cette thèse étaient de (1) tester certaines hypothèses intrinsèques aux bio-indicateurs et (2) d'étudier les incertitudes de l'évaluation écologique associées à la variabilité temporelle des bio-indicateurs et à la prédiction des conditions de référence. (1) Ce travail met en évidence (i) le rôle prépondérant des facteurs environnementaux naturels dans la structuration des communautés aquatiques en comparaison des facteurs anthropiques (définis à l'échelle du bassin versant, du corridor riparien et du tronçon), (ii) les réponses contrastées des communautés aquatiques aux pressions humaines (dégradations hydro-morphologiques et de la qualité de l'eau) et (iii) plus généralement, les forts impacts des barrages et de l'altération de la qualité de l'eau sur les communautés aquatiques. (2) Une méthode Bayésienne a été développée pour estimer les incertitudes liées à la prédiction des conditions de référence d'un indice piscicole (IPR+). Les incertitudes prédictives de l'IPR+ dépendent du site considéré mais aucune tendance claire n'a été observée. Par comparaison, la variabilité temporelle de l'IPR+ est plus faible et semble augmenter avec l'intensité des perturbations anthropiques. Les résultats de ce travail confirment l'avantage d'indices multi-métriques basés sur des traits fonctionnels par rapport à ceux relatifs à la composition taxonomique. Les sensibilités différentes des macrophytes, poissons, diatomées et macro-invertébrés aux pressions humaines soulignent leur complémentarité pour l'évaluation des écosystèmes fluviaux. Néanmoins, de futures recherches sont nécessaires à une meilleure compréhension des effets d'interactions entre types de pressions et entre pressions humaines et environnement. / Sensitive biological measures of ecosystem quality are needed to assess, maintain or restore the ecological conditions of rivers. Since our understanding of these complex systems is imperfect, river management requires recognizing variability and uncertainty of bio-assessment for decision-making. Based on the analysis of national data sets (~ 1654 sites), the main goals of this work were (1) to test some of the assumptions that shape bio-indicators and (2) address the temporal variability and the uncertainty associated to prediction of reference conditions.(1) This thesis highlights (i) the predominant role of physiographic factors in shaping biological communities in comparison to human pressures (defined at catchment, riparian corridor and reach scales), (ii) the differences in the responses of biological indicators to the different types of human pressures (water quality, hydrological, morphological degradations) and (iii) more generally, the greatest biological impacts of water quality alterations and impoundments. (2) A Bayesian method was developed to estimate the uncertainty associated with reference condition predictions of a fish-based bio-indicator (IPR+). IPR+ predictive uncertainty was site-dependent but showed no clear trend related to the environmental gradient. By comparison, IPR+ temporal variability was lower and sensitive to an increase of human pressure intensity. This work confirmed the advantages of multi-metric indexes based on functional metrics in comparison to compositional metrics. The different sensitivities of macrophytes, fish, diatoms and macroinvertebrates to human pressures emphasize their complementarity in assessing river ecosystems. Nevertheless, future research is needed to better understand the effects of interactions between pressures and between pressures and the environment.

Evaluer, maintenir et restaurer les conditions écologiques des rivières nécessitent des mesures du fonctionnement de leurs écosystèmes. De par leur complexité, notre compréhension de ces systèmes est imparfaite. La prise en compte des incertitudes et variabilités liées à leur évaluation est donc indispensable à la prise de décision des gestionnaires. En analysant des données nationales (~ 1654 sites), les objectifs principaux de cette thèse étaient de (1) tester certaines hypothèses intrinsèques aux bio-indicateurs et (2) d'étudier les incertitudes de l'évaluation écologique associées à la variabilité temporelle des bio-indicateurs et à la prédiction des conditions de référence. (1) Ce travail met en évidence (i) le rôle prépondérant des facteurs environnementaux naturels dans la structuration des communautés aquatiques en comparaison des facteurs anthropiques (définis à l'échelle du bassin versant, du corridor riparien et du tronçon), (ii) les réponses contrastées des communautés aquatiques aux pressions humaines (dégradations hydro-morphologiques et de la qualité de l'eau) et (iii) plus généralement, les forts impacts des barrages et de l'altération de la qualité de l'eau sur les communautés aquatiques. (2) Une méthode Bayésienne a été développée pour estimer les incertitudes liées à la prédiction des conditions de référence d'un indice piscicole (IPR+). Les incertitudes prédictives de l'IPR+ dépendent du site considéré mais aucune tendance claire n'a été observée. Par comparaison, la variabilité temporelle de l'IPR+ est plus faible et semble augmenter avec l'intensité des perturbations anthropiques. Les résultats de ce travail confirment l'avantage d'indices multi-métriques basés sur des traits fonctionnels par rapport à ceux relatifs à la composition taxonomique. Les sensibilités différentes des macrophytes, poissons, diatomées et macro-invertébrés aux pressions humaines soulignent leur complémentarité pour l'évaluation des écosystèmes fluviaux. Néanmoins, de futures recherches sont nécessaires à une meilleure compréhension des effets d'interactions entre types de pressions et entre pressions humaines et environnement.

Ce travail porte sur la caractérisation spatiale et la quantification de l'influence des pressions environnantes (occupation des sols à différentes échelles, du bassin versant amont au corridor rivulaire local) sur l'état écologique des cours d'eau. Abordée au niveau régional l'étude porte une attention particulière aux corridors rivulaires pour leur intérêt dans l'élaboration de stratégies de préservation et de restauration en application de la Directive Cadre européenne sur l'Eau. Elle repose sur le développement de méthodologies robustes et fiables (i) de cartographie fine de l'occupation des sols dans les corridors rivulaires, (ii) de construction d'indicateurs spatialisés traduisant cette occupation et (iii) de modélisation pressions/impacts quantifiant le lien entre occupation des sols dans les corridors rivulaires et état écologique des milieux aquatiques. Les résultats utilisant ces avancées méthodologiques montrent l'intérêt de disposer d'une donnée d'occupation du sol à Très Haute Résolution Spatiale sur de grands territoires, d'indicateurs calculés sur différentes emprises spatiales au niveau du corridor qui traduisent les mécanismes d'impacts d'une catégorie d'occupation du sol donnée sur l'état écologique pour améliorer l'identification et la localisation des sources de pressions dans ces espaces. Ils mettent en évidence également au niveau régional le rôle significatif des formations végétales rivulaires locales sur l'état écologique des cours d'eau, ceci sur une bande de 20 m de part et d'autre du cours d'eau.

Avec pour cas d’étude les Programmes de mesures de la Directive-cadre « stratégie pour le milieu marin », cette thèse étudie les usages attendus et effectifs des évaluations économiques, et plus largement du langage économique, dans l’élaboration des politiques publiques d’environnement. En France, les Programmes de mesures ont été élaborés via des réunions rassemblant des membres des administrations centrales et déconcentrées ainsi que des parties prenantes, aussi bien au niveau national qu’à l’échelle des sous-régions marines. Une étude des incidences socio-économiques et environnementales des mesures nouvelles, présentée comme une analyse coût-efficacité, a été conduite par des bureaux d’études. Des observations directes ont été menées au cours de 27 de ces réunions.Une analyse de contenu des discours ainsi collectés montre un faible recours au langage économique (i.e. interventions et arguments économiques). Toutefois, la proportion de langage économique dans l’ensemble des discours augmente après la présentation des résultats de l’étude d’incidences. L’absence d’objectifs bien définis et majoritairement acceptés par les parties prenantes émergeant du processus d’élaboration des Programmes de mesures explique en partie la difficulté qu’a eue l’étude d’incidence à remplir son rôle d’outil d’aide à la décision. L’élaboration des Programmes de mesures a alors été analysée comme un processus de coordination entre agents, nécessitant l’émergence de représentations communes des problèmes d’environnement marin, dans un contexte de forte incertitude. Une analyse textuelle menée sur 25 extraits d’entretiens auprès de participants au processus d’élaboration des Programmes de mesures fait apparaître la coexistence de quatre représentations du Bon état écologique. / With a focus on the programmes of measures of the European marine Strategy Framework Directive, this work explores the expected and effective uses of economic valuation, and more widely of economic language, in support of the implementation of environmental public policy. In France, the programmes of measures were elaborated via meetings gathering central and decentralised administration members as well as stakeholders, both at national and sub-marine regions scales. A socio-economic and environmental impact assessment of new measures, presented as a cost-effectivness analysis, has been conducted by external consultants. Direct observations were conducted during 27 of those meetings. A content analysis of collected speeches shows that economic language (i.e. economic interventions and arguments) is hardly ever used. However the share of economic language within speeches increases once the impact assessment of new measures has been introduced. The lack of well defined and widely accepted objectives arising from the programmes of measures elaboration process partly explain why impact assessment struggled to find its place as a tool for supporting decision-making. The Programme of measures elaboration has then been analysed as a coordination process, requiring emergence of shared representations of marine environment issues, in a highly unpredictable context. The textual analysis of 25 interviews extracts, conducted with participants to the programme of measures elaboration process, highlights the coexistence of four representations of the Good environmental status.

L’ichtyofaune est encore peu utilisée en bioindication sur les plans d’eau, alors que la demande des gestionnaires est forte, notamment dans le contexte de la mise en œuvre de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau. L’objectif de cette thèse est d’analyser la réponse de l’ichtyofaune à diverses pressions anthropiques, afin de définir des variables biologiques de bioindication et construire un indice rendant compte de l’état écologique des lacs naturels et des retenues français. Plusieurs questions sont successivement abordées.En première analyse, les possibilités de sélection de métriques répondant à des pressions s’exerçant sur le bassin versant sont explorées par une approche typologique. L’analyse consiste à effectuer des classifications des plans d’eau, puis à établir, au sein de chaque groupe homogène d’un point de vue environnemental, des régressions linéaires entre les métriques candidates et les pressions. Les résultats montrent la pertinence de l’ichtyofaune en bioindication sur ces milieux, mais mettent en exergue des limites à cette approche typologique. Ainsi, afin de tester la possibilité de construction d’un bioindicateur commun aux lacs naturels et aux retenues, une méthode alternative dite « site spécifique » a ensuite été développée. Une modélisation statistique a été appliquée pour contrôler l’effet de l’environnement naturel sur les communautés piscicoles lacustres. Cette analyse montre que les métriques piscicoles répondant aux pressions sont différentes entre les deux types de milieux. La dernière étape, explique le développement d’un indicateur, construit sur le principe de la mesure d’un écart à la référence, en se basant sur une approche de type statistique par hindcasting. Cette méthode encore peu utilisée permet de s’affranchir de la sélection de sites de référence en France en modélisant les conditions biologiques de référence, i.e., telles qu’elles seraient en l’absence de pression anthropique. Les caractéristiques des communautés piscicoles des sites non perturbés sont ensuite comparées à celles des sites plus ou moins impactés par des pressions anthropiques. Ont été considérées ici les pressions s’exerçant à l’échelle du bassin versant et localement sur les plans d’eau. Suivant ce protocole, un indice poisson lacustre issu de la combinaison de métriques répondant conjointement à des pressions anthropiques globales et locales est proposé pour les lacs naturels et pour les retenues.Les avancées de ce travail et les perspectives sont ensuite discutées au regard du contexte européen de la gestion des milieux aquatiques. / Fish communities remain underused in the domain of lentic ecosystem bioindication, even though water managers need such tools in the current context of the Water Directive Framework. The objective of this thesis was to analyse the fish communities’ response to various anthropogenic pressures, in order to define the candidate biological variables in bioindication and to develop an index to evaluate the ecological status of French natural lakes and reservoirs. Several questions are raised.First of all, the means available to select fish-based metrics responding to catchment-scale anthropogenic pressures are analysed using a typological approach. This analysis consists in classifying lentic ecosystems using classifications, and then, within each homogenous group of ecosystems identified based on environmental criteria, performing linear regressions between candidate fish-based metrics and anthropogenic pressures. The results clearly show that fish communities could be used as good bioindicators for the lentic ecosystems, but they also underline the limits of typological approaches.To test how a bioindicator shared by natural lakes and reservoirs could be developed, an alternative site-specific method was subsequently developed. Statistical modeling was applied to control the natural environmental effects on lentic fish communities. This analysis shows that fish-based metrics responding to catchment-scale anthropogenic pressures differ in the two types of lentic ecosystems.The last part reports the development of an index, based on the reference condition approach, using a hindcasting statistical approach. This method, still infrequently used, enables one to sidestep the problem related to the selection of reference sites in France. Furthermore, this method allows modeling biological reference conditions, i.e. conditions without anthropogenic pressures. Fish communities’ characteristics are then compared for both undisturbed sites and sites that are more or less impacted by anthropogenic pressures. Both catchment-scale and local anthropogenic pressures were considered in this analysis. Following this protocol, a lake fish-based index resulting from the combination of metrics that respond jointly to global and local anthropogenic pressures was developed for natural lakes and reservoirs. Finally, the advances made as a result of this research and its perspectives are discussed with regards to the European context of aquatic ecosystem management.

L'évolution du droit de l'environnement de l'Union européenne a conduit au développement d'un objectif nouveau qui vise à promouvoir l'éco-innovation et les modèles d'entreprise verts, afin de mettre en place une économie verte et circulaire. Ce nouvel objectif a eu des conséquences sur sa forme et son contenu. En effet, la forme du droit de l'Union européenne en matière d'environnement est dominée par des directives-cadres et présente une flexibilité accrue, tandis que son contenu intègre de nouveaux modèles d'entreprise, notamment le modèle d'entreprise circulaire. La transition vers une économie verte a également des conséquences sur la manière dont les États membres transposent le droit de l'environnement de l'Union européenne. Le processus de transposition est devenu un vecteur de commercialisation de l'éco-innovation sur le marché européen, associant des acteurs nouveaux à la prise de décision, à savoir : les éco-entreprises, les laboratoires de recherche et d'innovation, les pôles de compétitivité, les entreprises du numérique ou les investisseurs providentiels. / The evolution of the European Union environmental law has led to the development of a new goal that aims to promote eco-innovation and green business models, in order to create a green and circular economy. This new goal had consequences on its form and content. The form of the European Union environmental law is dominated by framework directives and presents increased flexibility, while its content integrates new business models, particularly the circular business model. Furthermore, the transition to a green economy has an impact on how Member States transpose the European Union environmental law. The transposition process has become a vector of commercializing eco-innovation on the European market, and brings together new stakeholders in the decision-making process, namely: green companies, research and innovation laboratories, clusters, digital companies or business angels.