Orientador: Maria Luiza Moretti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-09T19:58:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_AlexandreMacedode_D.pdf: 7363190 bytes, checksum: 9dd09c9023ccfce04ae0c4df21fadd3c (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A epidemiologia de campo corresponde ao ramo da ciência que usa estratégias de epidemiologia clássica com o objetivo de controlar um problema de saúde pública e assim melhorar a condição de vida de uma população. Além da epidemiologia clássica, o epidemiologista de campo precisa usar conhecimentos de outras áreas como economia, antropologia, ciências sociais e comunicação para planejar e implementar medidas de controle, alcançando assim seus objetivos. As limitações nos estudos de epidemiologia de campo são muitas, mas é dever do profissional dessa área manter o rigor científico e ser criativo a fim de garantir a qualidade do seu trabalho. Mesmo sem o propósito inicial de avançar o conhecimento científico, investigações de campo oferecem oportunidades únicas para tal. Apresentamos três trabalhos de epidemiologia de campo no âmbito das doenças infecciosas, seus processos de investigação e suas implicações para saúde pública. O primeiro deles é a investigação de um surto de hepatite C numa clínica de hemato/oncologia. A investigação foi capaz de identificar 99 casos de hepatite C relacionados à referida clínica. A transmissão ocorreu através da contaminação de bolsas de solução salina pelo desrespeito às práticas de controle de infecção em serviços de saúde. Esse fato ressalta os desafios em implementar medidas de controle de infecção em serviços de saúde ambulatoriais e aprimorar a vigilância epidemiológica da hepatite C com fins à detecção precoce de surtos. O segundo trabalho é também fruto da investigação do surto de hepatite C. Fomos capazes de avaliar a sensibilidade dos testes sorológicos para hepatite C em pacientes oncológicos. Encontramos sensibilidade de 83% dos referidos testes, o que compromete sua capacidade diagnóstica neste grupo de pacientes. Como recomendação, sugerimos a realização concomitante de provas sorológicas e aquelas baseadas em amplificação de ácido nucleico para diagnóstico de hepatite C em pacientes oncológicos. O terceiro exemplo de aplicação da epidemiologia de campo é a investigação da suspeita de um caso de transmissão do vírus do Oeste do Nilo através de transfusão de sangue apesar de triagem laboratorial. A rápida resposta das autoridades de saúde pública permitiu confirmar o evento e evitar que novos casos ocorressem pelo uso de co-produtos contaminados. Além disso, permitiu avaliar a efetividade da implementação de testes de triagem laboratorial baseados na amplificação de ácido nucleico nos serviços de doação de sangue. A epidemiologia de campo provou ser útil na investigação desses eventos e seus achados serviram de base para a tomada de decisões com fins de melhorar a condição de saúde das populações em risco. Essas investigações permitiram também o avanço do conhecimento científico nas respectivas áreas / Abstract: Field epidemiology is an area of science that uses principles of classic epidemiology to respond to public health threats and improve the quality of life of a given population. In addition to classic epidemiology, the field epidemiologist uses knowledge from other areas such as economics, anthropology, social sciences, and communications to develop and implement control measures to reach his objectives. Limitations in this field are common, but it is the epidemiologist¿s responsibility to be creative and to maintain scientific rigor to guarantee the accuracy of his work. Although field investigations may not aim to advance scientific knowledge, they offer unique opportunities to achieve this end. We present three field investigations and their implications for public health. The first one is the investigation of an outbreak of hepatitis C virus infections at a hematology/oncology clinic. We identified 99 cases of infection associated with the clinic. Transmission was related to the contamination of saline bags due to lack of adherence to proper infection control practices. This investigation highlights the challenges in implementing infection control programs in outpatient care facilities and the need for better hepatitis C surveillance to allow for early detection of outbreaks. The second investigation is also related to this hepatitis C outbreak. We evaluated the sensitivity of hepatitis C serologic tests in oncology patients and found that these tests are only 83% sensitive in this population, which limits their diagnostic utility if used alone. As a result, we recommend that serologic tests be combined with assays based on nucleic acid amplification in oncology patients. The third example describes the use of field epidemiology to investigate a possible case of West Nile virus transmission associated with blood transfusion despite laboratory screening. The rapid response by public health authorities confirmed this suspicion and prevented the occurrence of additional cases associated with the use of co-components from the original donation. In addition, the investigation provided evidence on the effectiveness of West Nile virus nucleic acid amplification tests for blood screening. These three examples demonstrate the utility of field epidemiology in public health investigations and how investigative findings support the implementation of measures to improve the quality of health of populations at risk. These investigations also allowed for the advancement of scientific knowledge in the respective areas / Doutorado / Clinica Medica / Doutor em Clínica Médica

Bakgrund: Smittsamma sjukdomar kan spridas på många sätt, och vissa sjukdomar har egenskapen att de sprids snabbt och orsakar sjukdomsutbrott. Vid utbrott av smittsamma sjukdomar behövs sjuksköterskor för att vårda patienter, ofta under ansträngande förhållanden. En miljö där sjuksköterskan själv riskerar att smittas medför nya utmaningar för henne. Syfte: Studien hade till syfte att undersöka sjuksköterskors erfarenheter av att arbeta patientnära under epidemier och utbrott av mycket smittsamma sjukdomar. Metod: En deskriptiv litteraturstudie utfördes där dataanalysen är en beskrivande syntes av kvalitativa data. Kombinationer av sökord relaterade till sjuksköterskeyrket, smittsamma sjukdomar och kvalitativa studier användes i databasen PubMed för att finna relevant forskning. Slutliga artiklar valdes ut när de bedömts svara mot syftet och vara av kvalitativ karaktär, samtidigt som de svarade mot urvalskriterier som ramar in rätt undersökningsgrupp (sjuksköterskor) och bedömdes vara inriktade mot sjuksköterskornas personliga upplevelser Huvudresultat: Fyra teman och tolv underteman visade sig. De fyra temana som framträdde var 1) Ett närvarande hot, 2) En uttröttad yrkesgrupp, 3) En ständig ovisshet och 4) Ett meningsfullt arbete. Inom ramen för dessa kunde det bland annat ses att rädslan för att sjuksköterskan och hennes familj skulle smittas upplevdes som påtaglig. Samtidigt upplevde de även att arbetet var djupt meningsfullt. Slutsats: Sjuksköterskors negativa erfarenheter av att vårda patienter med smittsamma sjukdomar kretsade kring hotet att smittas, omgivningens syn, en utmattande arbetssituation och omfattande och opålitlig information. Men där fanns också positiva erfarenheter som personlig utvecklig, en stärkt identitet som sjuksköterska och meningsfulla relationer med patienter. / Background: Contagious diseases can be transmitted in many ways. Some spread rapidly and causes disease outbreaks. When disease outbreaks occur in a large scale, nurses is needed for the care of patients, often under strained circumstances. An environment where the nurse risk to get infected herself, brings new challenges to the role.  Aim: The scope of the study was to investigate nurses' experiences of working close to patients during disease outbreaks. Method: A descriptive literature review was performed where data analysis is a descriptive synthesis of qualitative data. Combinations of search terms related to nursing, contagious diseases and qualitative studies where used in database PubMed to find relevant research articles. Finally, articles where chosen when they were assessed to answer the aim of the study and be of qualitative character, while simultaneously targeting nurses and their personal experiences. Main results: Four major themes arose from the study: 1) A present threat, 2) An exhausted workforce, 3) A permanent uncertainty and 4) A meaningful task. Within these themes, it could be seen that the nurses experienced fear of themselves or their family getting the disease, but also that they found their work deeply meaningful. Conclusion: Nurses negative experiences of giving care to patients carrying contagious diseases had many aspects such as the threat to get sick, the view of others, an exhausting work situation and extensive unreliable information. But there were also positive experiences such as personal development, a strengthened identity as a nurse and meaningful relations with patients.

范家偉. / 論文(博士)--香港中文大學歷史學部, 1997. / 附參考文獻. / 中英文摘要. / Available also through the Internet via Dissertations & theses @ Chinese University of Hong Kong. / Electronic reproduction. Hong Kong : Chinese University of Hong Kong, [2012] System requirements: Adobe Acrobat Reader. Available via World Wide Web. / Electronic reproduction. Ann Arbor, MI : ProQuest Information and Learning Company, [200-] System requirements: Adobe Acrobat Reader. Available via World Wide Web. / Mode of access: World Wide Web. / Fan Jiawei. / Lun wen (Bo shi)--Xianggang Zhong wen da xue li shi xue bu, 1997. / Fu can kao wen xian. / Zhong Ying wen zhai yao.

A influenza ou gripe é uma doença aguda do sistema respiratório, de alta transmisssibilidade e presente em todo o mundo. Os vírus influenza A tem freqüente capacidade de mutação antigênica, podendo assim causar epidemias sazonais e pandemias com repercussão social e econômica. O objetivo deste estudo foi descrever a pandemia de influenza pelo vírus A(H1N1)pdm09 no Brasil. Foi desenvolvido um estudo descritivo, nos anos de 2009 e 2010. Utilizou-se como fonte de dados os casos notificados no SINAN, módulo influenza pandêmica e da declaração de óbito do SIM. Foram calculadas medidas de frequência, medida de tendência central e medidas de dispersão. O projeto foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da FM-USP. Foram notificados no SINAN 105.054 casos suspeitos de influenza A(H1N1)pdm09. Destes, 53.797 (51,20%) foram encerrados como influenza por novo subtipo viral. Entre os casos confirmados, 56,73% eram do sexo feminino. A média de idade dos confirmados foi de 26,31 (dp ± 18,10) anos. O período mais freqüente de início de sintomas compreende as SE 31 a 34 de 2009. A febre foi o sinal mais freqüente entre os confirmados (99,74%) e a presença de comorbidades foi notificada em 32,53% dos casos. Em 2009, foram confirmados casos nos 26 Estados e no Distrito Federal. A incidência de SRAG por influenza na população no ano de 2009 foi de 28,03/100.000 habitantes e em 2010, 0,51/100.000 habitantes. Os estados do PR (301,34), SC (36,00), RS (27,42), RJ (20,12) e SP (19,72) apresentaram as maiores incidências por 100.000 habitantes. Foram hospitalizados 46,42% dos casos confirmados. Evoluíram para cura 47.643 (93,77%) casos. A taxa de letalidade foi de 4,04%. Entre todas as causas de óbitos nos anos de 2009 e 2010, as de doenças do aparelho respiratório correspondem a aproximadamente 10% em cada ano. Após o relacionamento entre os registros, foram identificados 173.063 óbitos que atendiam a definição de SRAG e 5.973 óbitos de casos notificados como influenza pandêmica. Desses, 36,33% foram classificados no SINAN como confirmados para influenza pandêmica. Entre esses confirmados, pelo SINAN, 73,36% evoluíram para óbito por influenza pandêmica e 21,01% foram encerrados como curados. A estimativa de subnotificação de casos no SINAN, partindo do pressuposto da subnotificação de óbitos, foi de 96,55%. Concluiu-se que a pandemia pelo vírus A(H1N1)pdm09 atingiu o Brasil entre abril/2009 e dezembro/2010. As crianças e os adultos jovens foram os mais acometidos. Embora o comportamento epidemiológico da pandemia de influenza no Brasil tenha apresentado predomínio de casos clinicamente leves e com baixa letalidade, os casos de influenza que apresentem os fatores de risco conhecidos para complicações, devem ser acompanhados. As informações dos casos notificados representam apenas os casos captados pelo sistema de vigilância de doenças de notificação compulsória, sendo necessário considerar diferentes fontes de informação para monitoramento epidemiológico e formulação de ações de vigilância e controle. / Influenza or flu is an acute disease of the respiratory system, highly transmissible, and distributed worldwide. Influenza A viruses undergo frequent antigenic shift and may thus cause seasonal epidemics and pandemics with social and economic repercussions. The aim of this study was to describe the pandemic caused by influenza virus A(H1N1)pdm09 in Brazil. A descriptive study was conducted in the years 2009 and 2010. SINAN, the Brazilian Information System for reportable diseases, and SIM, the Brazilian Mortality Information System were the sources of the data used in the study. We calculated measures of frequency, of central tendency and of dispersion. The project was approved by the Ethics Committee of the FM-USP. 105,054 suspected cases of influenza A(H1N1)pdm09 were reported in SINAN. Of these, 53,797 (51.20%) were classified as the new influenza virus subtype. Among the confirmed cases, 56.73% were female. The mean age of confirmed cases was 26.31 (SD ± 18.10) years. The most frequent period of onset of symptoms comprised the weeks 31-34/2009. Fever was the most common sign among confirmed cases (99.74%) and the presence of comorbidities was reported in 32.53% of cases. In 2009 there were confirmed cases in all 26 Brazilian states and the Federal District. The incidence of SARS caused by influenza in the population in 2009 was 28.03/100,000 inhabitants and in 2010, 0.51/100,000 inhabitants. The states of PR (301.34), SC (36.00), RS (27.42), RJ (20.12) and SP (19.72) presented the highest incidence per 100,000 inhabitants. 46.42% of the confirmed cases were hospitalized, 47,643 were cured (93.77%). Among all causes of deaths in the years 2009 and 2010, the respiratory diseases accounted for approximately 10%. After the linkage between the databases, 173,063 deaths that met the definition of SARS cases and 5,973 deaths had been reported as pandemic influenza cases in SINAN. Of these, 36.33% were classified as confirmed cases for pandemic influenza. Among those confirmed by SINAN, 73.36% died due to pandemic influenza and 21.01% had been classified as cured. The estimate of underreporting in SINAN, assuming underreporting of deaths was 96.55%. We concluded that the pandemic virus A(H1N1) pdm09 hit Brazil between April 2009 and December 2010. Children and young adults were the most affected. Although the epidemiological pattern of pandemic influenza in Brazil has shown a prevalence of clinically mild and low lethality cases, cases of influenza presenting the known risk factors for complications, should be followed. The information of the reported cases represents only the cases detected by the surveillance of notifiable diseases system. It is necessary to consider different sources of information for epidemiological monitoring and formulation of strategies for surveillance and control.

A influenza ou gripe é uma doença aguda do sistema respiratório, de alta transmisssibilidade e presente em todo o mundo. Os vírus influenza A tem freqüente capacidade de mutação antigênica, podendo assim causar epidemias sazonais e pandemias com repercussão social e econômica. O objetivo deste estudo foi descrever a pandemia de influenza pelo vírus A(H1N1)pdm09 no Brasil. Foi desenvolvido um estudo descritivo, nos anos de 2009 e 2010. Utilizou-se como fonte de dados os casos notificados no SINAN, módulo influenza pandêmica e da declaração de óbito do SIM. Foram calculadas medidas de frequência, medida de tendência central e medidas de dispersão. O projeto foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da FM-USP. Foram notificados no SINAN 105.054 casos suspeitos de influenza A(H1N1)pdm09. Destes, 53.797 (51,20%) foram encerrados como influenza por novo subtipo viral. Entre os casos confirmados, 56,73% eram do sexo feminino. A média de idade dos confirmados foi de 26,31 (dp ± 18,10) anos. O período mais freqüente de início de sintomas compreende as SE 31 a 34 de 2009. A febre foi o sinal mais freqüente entre os confirmados (99,74%) e a presença de comorbidades foi notificada em 32,53% dos casos. Em 2009, foram confirmados casos nos 26 Estados e no Distrito Federal. A incidência de SRAG por influenza na população no ano de 2009 foi de 28,03/100.000 habitantes e em 2010, 0,51/100.000 habitantes. Os estados do PR (301,34), SC (36,00), RS (27,42), RJ (20,12) e SP (19,72) apresentaram as maiores incidências por 100.000 habitantes. Foram hospitalizados 46,42% dos casos confirmados. Evoluíram para cura 47.643 (93,77%) casos. A taxa de letalidade foi de 4,04%. Entre todas as causas de óbitos nos anos de 2009 e 2010, as de doenças do aparelho respiratório correspondem a aproximadamente 10% em cada ano. Após o relacionamento entre os registros, foram identificados 173.063 óbitos que atendiam a definição de SRAG e 5.973 óbitos de casos notificados como influenza pandêmica. Desses, 36,33% foram classificados no SINAN como confirmados para influenza pandêmica. Entre esses confirmados, pelo SINAN, 73,36% evoluíram para óbito por influenza pandêmica e 21,01% foram encerrados como curados. A estimativa de subnotificação de casos no SINAN, partindo do pressuposto da subnotificação de óbitos, foi de 96,55%. Concluiu-se que a pandemia pelo vírus A(H1N1)pdm09 atingiu o Brasil entre abril/2009 e dezembro/2010. As crianças e os adultos jovens foram os mais acometidos. Embora o comportamento epidemiológico da pandemia de influenza no Brasil tenha apresentado predomínio de casos clinicamente leves e com baixa letalidade, os casos de influenza que apresentem os fatores de risco conhecidos para complicações, devem ser acompanhados. As informações dos casos notificados representam apenas os casos captados pelo sistema de vigilância de doenças de notificação compulsória, sendo necessário considerar diferentes fontes de informação para monitoramento epidemiológico e formulação de ações de vigilância e controle. / Influenza or flu is an acute disease of the respiratory system, highly transmissible, and distributed worldwide. Influenza A viruses undergo frequent antigenic shift and may thus cause seasonal epidemics and pandemics with social and economic repercussions. The aim of this study was to describe the pandemic caused by influenza virus A(H1N1)pdm09 in Brazil. A descriptive study was conducted in the years 2009 and 2010. SINAN, the Brazilian Information System for reportable diseases, and SIM, the Brazilian Mortality Information System were the sources of the data used in the study. We calculated measures of frequency, of central tendency and of dispersion. The project was approved by the Ethics Committee of the FM-USP. 105,054 suspected cases of influenza A(H1N1)pdm09 were reported in SINAN. Of these, 53,797 (51.20%) were classified as the new influenza virus subtype. Among the confirmed cases, 56.73% were female. The mean age of confirmed cases was 26.31 (SD ± 18.10) years. The most frequent period of onset of symptoms comprised the weeks 31-34/2009. Fever was the most common sign among confirmed cases (99.74%) and the presence of comorbidities was reported in 32.53% of cases. In 2009 there were confirmed cases in all 26 Brazilian states and the Federal District. The incidence of SARS caused by influenza in the population in 2009 was 28.03/100,000 inhabitants and in 2010, 0.51/100,000 inhabitants. The states of PR (301.34), SC (36.00), RS (27.42), RJ (20.12) and SP (19.72) presented the highest incidence per 100,000 inhabitants. 46.42% of the confirmed cases were hospitalized, 47,643 were cured (93.77%). Among all causes of deaths in the years 2009 and 2010, the respiratory diseases accounted for approximately 10%. After the linkage between the databases, 173,063 deaths that met the definition of SARS cases and 5,973 deaths had been reported as pandemic influenza cases in SINAN. Of these, 36.33% were classified as confirmed cases for pandemic influenza. Among those confirmed by SINAN, 73.36% died due to pandemic influenza and 21.01% had been classified as cured. The estimate of underreporting in SINAN, assuming underreporting of deaths was 96.55%. We concluded that the pandemic virus A(H1N1) pdm09 hit Brazil between April 2009 and December 2010. Children and young adults were the most affected. Although the epidemiological pattern of pandemic influenza in Brazil has shown a prevalence of clinically mild and low lethality cases, cases of influenza presenting the known risk factors for complications, should be followed. The information of the reported cases represents only the cases detected by the surveillance of notifiable diseases system. It is necessary to consider different sources of information for epidemiological monitoring and formulation of strategies for surveillance and control.

In spite of the remarkable development of modern medical treatment and technology, the threat of pandemic diseases such as anthrax, cholera, and SARS has not disappeared. As a part of emerging healthcare decision problems, many researchers have studied how to detect and contain disease outbreaks, and our research is aligned with this trend. This thesis mainly consists of two parts: epidemic simulation modeling for effective intervention strategies and spatiotemporal monitoring for outbreak detection. We developed a stochastic epidemic simulation model of a pandemic influenza virus (H1N1) to test possible interventions within a structured population. The possible interventions — such as vaccination, antiviral treatment, household prophylaxis, school closure and social distancing — are investigated in a large number of scenarios, including delays in vaccine delivery and low and moderate efficacy of the vaccine. Since timely and accurate detection of a disease outbreak is crucial in terms of preparation for emergencies in healthcare and biosurveillance, we suggest two spatiotemporal monitoring charts, namely, the SMCUSUM and RMCUSUM charts, to detect increases in the rate or count of disease incidents. Our research includes convenient methods to approximate the control limits of the charts. An analytical control limit approximation method for the SMCUSUM chart performs well under certain conditions on the data distribution and monitoring range. Another control limit approximation method for the RMCUSUM chart provides robust performance to various monitoring range, spatial correlation structures, and data distributions without intensive modeling of the underlying process.

Diss. Umeå : Univ., 2004.

Made available in DSpace on 2013-01-07T15:59:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 11.pdf: 24148079 bytes, checksum: c3d36fa7bb83ea2404f7e4d6b08de364 (MD5) Previous issue date: 2010 / O objetivo desta pesquisa é investigar as questões sanitárias provocadas pelas viagens realizadas por imigrantes europeus para a América no final do século XIX e início do XX. Consiste na experiência histórica da travessia (a viagem de imigração), os problemas enfrentados durante o trajeto, as condições de saúde dentro dos navios e o encontro dos imigrantes com o Serviço Sanitário do Porto do Rio de Janeiro. Partindo da descrição da chegada ao Brasil de quatro navios com surto epidêmico de alguma das doenças consideradas transmissíveis - a cólera, a peste bubônica e a febre amarela – entre os anos de 1890 a 1926, analisamos as respostas dadas pela saúde pública a este problema, os processos de recepção e inspeção de passageiros e navios no Porto do Rio de Janeiro e as práticas de profilaxia aplicadas. Estas respostas, que tinham um caráter ad hoc no final do século XIX, se transformaram no decorrer do tempo e, na segunda década do século XX, são regidas por pressupostos científicos estabelecidos, convenções internacionais e regulamentos nacionais.

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.

Anecdotal evidence indicated vaccine coverage disparities among foster-care (FCA) and natural-home adolescents (NHA). Arkansas laws require 5 vaccines for school entry (FVSE) to prevent 9 common childhood diseases. The study problem was that Pulaski County, Arkansas adolescent birth cohort (PCABC) immunization rates were low compared to U.S. adolescents for these FVSE. This study examined the extent to which (1) PCABC immunization rates were significantly different from those estimated for U.S. adolescents in 2006–2008, (2) NHA and FCA immunization rates were different in 2003– 2008; (3) sociodemographic variables mediate associations between home of residence (HOR), NHA or FCA, and up to date (UTD) status for FVSE; and (4) vaccination game theory (VGT) estimated deaths differ between individual-equilibrium and group-optimum behaviors. The methodologies applied were direct standardization, χ2, multiple logistic regressions, and VGT to analyze PCABC retrospective secondary data from the Arkansas immunization registry. The results revealed that U.S. adjusted UTD coverage rates for Hepatitis B, measles-mumps-rubella, and varicella were greater than those for PCABC. Race-adjusted FCA immunization rates were 120% higher than for NHA. Race mediated the association between HOR and UTD FVSE status, and African Americans had 80% greater odds of being UTD with FVSE compared to Caucasians. Group-optimum behavior was associated with fewer estimated deaths than individual equilibrium; thus, it is protective against disease outbreaks. Positive social change may occur among the PCABC when healthcare providers include these results in communications with parents at FCA and NHA community health clinics. Parental vaccine acceptance for their children may increase vaccinations and improve PCABC health and wellness.