La rapide progression des technologies sans fil au cours de ces dernières années a vu naître de nouveaux systèmes de communication dont les réseaux véhiculaires. Ces réseaux visent à intégrer les nouvelles technologies de l’information et de la communication dans le domaine automobile en vue d’améliorer la sécurité et le confort sur le réseau routier. Offrir un accès Internet aux véhicules et à leurs occupants peut sans doute aider à anticiper certains dangers sur la route tout en rendant plus agréables les déplacements à bord des véhicules. Le déploiement de ce service nécessite que des messages soient échangés entre les véhicules. Le routage constitue un élément crucial dans un réseau, car définissant la façon dont les différentes entités échangent des messages. Le routage dans les VANETS constitue un grand défi car ces derniers sont caractérisés par une forte mobilité entraînant une topologie très dynamique. Des protocoles ont été proposés pour étendre Internet aux réseaux véhiculaires. Toutefois, la plupart d’entre eux nécessitent un coût élevé de messages de contrôle pour l’établissement et le maintien des communications. Ceci a pour conséquence la saturation de la bande passante entrainant ainsi une baisse de performance du réseau. Nous proposons dans ce mémoire, un protocole de routage qui s’appuie sur des passerelles mobiles pour étendre Internet aux réseaux véhiculaires. Le protocole prend en compte la mobilité des véhicules et la charge du réseau pour l’établissement et le maintien des routes. / The fast progression of wireless technologies has motivated the emergence of new communications system called VANETS (Vehicular Adhoc Networks). VANETS enable vehicles on the roadway to communicate with each other and with road infrastructure using wireless capabilities. The applications of VANETS include improving safety and comfort on the road. For example, by providing Internet to vehicles, traveling can be safer and more comfortable. To provide Internet connectivity, messages need to be exchanged between the vehicles. However, it is hard to design an efficient routing protocol for connecting vehicles to Internet with a reasonable cost due to high mobility in VANETS. Although, several existing routing protocols have been proposed in the open literature to extend Internet to VANETS, they generate considerable overhead. This leads to unfairly consumption of bandwidth decreasing network performance. We design a routing protocol to connect vehicles to Internet through mobile gateways with the objective to make efficient use of the network bandwidth. Indeed, the protocol significantly reduces the communication overhead required to establish and maintain the routes relying on the mobility of the gateways and the network’s load.

La lutte biologique à l’aide de champignons entomopathogènes est une des alternatives aux insecticides de synthèse. La thèse étudie la spécificité, la persistance et la dispersion de souches du genre Beauveria ainsi que le potentiel d’une stratégie d’utilisation innovante. À l’aide de tests de pathogénicité, un premier volet décrit le spectre d’hôtes physiologique de trois souches commerciales de B. bassiana et B. hoplocheli. Ces travaux révèlent des différences significatives entre souches. Néanmoins, elles possèdent toutes un large spectre d’hôtes, qui permet notamment d’envisager une extension d’usage pour lutter contre les mouches des fruits. Le second volet explore le potentiel d’une stratégie de lutte biologique ciblant spécifiquement les femelles de la mouche du melon, basée sur l’auto-dissémination de champignons entomopathogènes en utilisant les mâles comme vecteurs de spores. À l’aide d’un dispositif expérimental original, nous démontrons que la transmission de spores des mâles aux femelles lors de l’accouplement augmente significativement la mortalité des femelles. À la Réunion, depuis 30 ans, un programme de lutte contre un ver blanc de la canne à sucre est basé sur l’utilisation de B. hoplocheli. Le troisième volet étudie, à l’aide de marqueurs microsatellites, la diversité génétique de B. hoplocheli dans un réseau de parcelles de canne à sucre sur trois ans. La diversité génétique se relève très faible et nous identifions des génotypes de souches introduites dans les années 1980. Ces résultats suggèrent que les souches introduites au début de la lutte se sont maintenues et répandues dans l’agro-système réunionnais. / Biological control using entomopathogenic fungi is one of the alternatives to chemical insecticides. The thesis studies the specificity, persistence and dispersion of Beauveria strains and the potential of an innovative use strategy. Using pathogenicity tests, a first chapter describes the host range of three commercial strains of B. bassiana and B. hoplocheli. These studies reveal significant differences between strains. Nevertheless, they all have a broad host range, which allows considering extending their use against fruit flies. The second chapter explores the potential of a biocontrol strategy specifically targeting females of the melon fruit fly, based on the auto-dissemination of entomopathogenic fungi using males as spore vectors. Using an original experimental design, we demonstrate that spore transmission from male to female during mating significantly increases female mortality. In Reunion, for 30 years, a biocontrol program for a sugarcane white grub has been based on the use of B. hoplocheli. The third chapter investigates the genetic diversity of B. hoplocheli strains using microsatellite markers in a three years survey in sugarcane fields. We reveal a very low genetic diversity and identify genotypes of strains introduced in the 1980s. These results suggest that the strains introduced at the beginning of the biological control persisted and spread in the Reunion agro-ecosystem.

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Les systèmes pair-à-pair (P2P) sont aujourd'hui très populaires. Leur utilisation va de la messagerie instantanée au partage de fichiers, en passant par la sauvegarde et le stockage distribué ou encore le streaming video. Parmi les protocoles P2P, les protocoles basés sur le "gossip" sont une famille de protocoles qui a fait l'objet de nombreux travaux de recherche durant la dernière décennie. Les raisons de l'engouement pour les protocoles basés sur le "gossip" sont qu'ils sont considérés robustes, faciles à mettre en oeuvre et qu'ils ont des propriétés de passage à l'échelle intéressantes. Ce sont donc des candidats intéressants dès lors qu'il s'agit de réaliser des systèmes distribués dynamiques à large échelle. Cette thèse considère deux problématiques rencontrées lorsque l'on déploie des protocoles basé sur le "gossip" dans un environnement réel comme l'Internet. La première problématique est la prise en compte des pare-feux (NAT) dans le cadre des protocoles d'échantillonnage basés sur le "gossip". Ces protocoles font l'hypothèse que, a tout moment, chaque noeud est capable de communiquer avec n'importe quel noeud du réseau. Cette hypothèse est fausse dès lors que certains noeuds utilisent des NAT. Nous présentons Nylon, un protocole d'échantillonnage qui fonctionne malgré la présence de NAT. Nylon introduit un faible surcoût pour gérer les NAT et partage équitablement ce surcoût entre les noeuds possédant un NAT et les autres noeuds. La deuxième problématique que nous étudions est la possibilité de limiter la dissémination de messages de type "spam" dans les protocoles de dissémination basés sur le "gossip". Ces protocoles sont en effet des vecteurs idéaux pour diffuser les messages de type "spam" du fait qu'il n'y a pas d'autorité de contrôle permettant de filtrer les messages basés sur leur contenu. Nous proposons FireSpam, un protocole de dissémination basé sur le "gossip" qui permet de limiter la diffusion des messages de type "spam". FireSpam fonctionne par filtrage décentralisé (chaque noeud participe au filtrage). Par ailleurs, il fonctionne malgré la présence d'une fraction de noeuds malicieux (aussi appelés "Byzantins") et malgré la présence de noeuds dits "rationnels" (aussi appelés "égoïstes"). Ces derniers sont prêts à dévier du protocole s'ils ont un intérêt à le faire.

La rapide progression des technologies sans fil au cours de ces dernières années a vu naître de nouveaux systèmes de communication dont les réseaux véhiculaires. Ces réseaux visent à intégrer les nouvelles technologies de l’information et de la communication dans le domaine automobile en vue d’améliorer la sécurité et le confort sur le réseau routier. Offrir un accès Internet aux véhicules et à leurs occupants peut sans doute aider à anticiper certains dangers sur la route tout en rendant plus agréables les déplacements à bord des véhicules. Le déploiement de ce service nécessite que des messages soient échangés entre les véhicules. Le routage constitue un élément crucial dans un réseau, car définissant la façon dont les différentes entités échangent des messages. Le routage dans les VANETS constitue un grand défi car ces derniers sont caractérisés par une forte mobilité entraînant une topologie très dynamique. Des protocoles ont été proposés pour étendre Internet aux réseaux véhiculaires. Toutefois, la plupart d’entre eux nécessitent un coût élevé de messages de contrôle pour l’établissement et le maintien des communications. Ceci a pour conséquence la saturation de la bande passante entrainant ainsi une baisse de performance du réseau. Nous proposons dans ce mémoire, un protocole de routage qui s’appuie sur des passerelles mobiles pour étendre Internet aux réseaux véhiculaires. Le protocole prend en compte la mobilité des véhicules et la charge du réseau pour l’établissement et le maintien des routes. / The fast progression of wireless technologies has motivated the emergence of new communications system called VANETS (Vehicular Adhoc Networks). VANETS enable vehicles on the roadway to communicate with each other and with road infrastructure using wireless capabilities. The applications of VANETS include improving safety and comfort on the road. For example, by providing Internet to vehicles, traveling can be safer and more comfortable. To provide Internet connectivity, messages need to be exchanged between the vehicles. However, it is hard to design an efficient routing protocol for connecting vehicles to Internet with a reasonable cost due to high mobility in VANETS. Although, several existing routing protocols have been proposed in the open literature to extend Internet to VANETS, they generate considerable overhead. This leads to unfairly consumption of bandwidth decreasing network performance. We design a routing protocol to connect vehicles to Internet through mobile gateways with the objective to make efficient use of the network bandwidth. Indeed, the protocol significantly reduces the communication overhead required to establish and maintain the routes relying on the mobility of the gateways and the network’s load.

Caractériser la dissémination des bio-agresseurs est un enjeu majeur pour la gestion et la prédiction des maladies en santé des plantes. Face aux limites des approches usuelles en pathologie végétale, une nouvelle vision a été proposée abordant les paradigmes d'histoire de vie des agents phytopathogènes en dehors des limites du système hôte-pathogène. Parmi ces agents phytopathogènes, les études sur P.syringae sont celles qui ont contribuées le plus à ce nouveau courant de pensée et dont on connaît le mieux l'histoire de vie en relation avec ses réservoirs " non hôtes ". L'espèce est détectée dans de nombreux compartiments du cycle de l'eau, des précipitations jusqu'aux rivières et eaux d'irrigation, en passant par les plantes sauvages et le manteau neigeux. L'ensemble de ces observations ont soulevé de nouvelles questions sur la manière dont P. syringae se dissémine au travers de ces environnements et sur les processus impactant sur la dynamique des populations à l'échelle d'un bassin versant. Ces recherches se sont donc intéressées à ses processus dans des précipitations jusqu'aux cours d'eau alpins dans l'optique d'acquérir des données pour la modélisation des flux de P. syringae. Elles ont mis en évidence les populations résidentes de la litière et la survie sa survie dans le sol, processus jamais identifiés à l'histoire de vie de P. syringae. Elles ont également caractérisé (i) les conditions propices à son transport via les précipitations, (ii) le rôle du manteau neigeux comme réservoir et protecteur des populations des prairies alpines et (iii) ont mis en évidence la chimie de l'eau comme indicateur témoin de la dynamique des populations des les rivières. Ces observations suggérant un transport de P. syringae dans le sol, nous l'avons quantifiée à travers des études de terrain et des simulations en laboratoire.Enfin, l'ensemble des données de ces recherches couplées à des outils SIG et des modèles météorologiques et hydrologiques ont permis de proposé un modèle sur les flux de P.syringae des habitats naturels vers les agro-systèmes.

L’invasion métastatique des tumeurs humaines est un mécanisme complexe qui repose sur l’acquisition de nouvelles fonctionnalités par les cellules tumorales. Les protéines ADAM et plus particulièrement la protéine ADAM9, grâce à leur domaine extracellulaire se composant d’une activité métalloprotéasique et disintégrine, possèdent des fonctions importantes et nécessaires au processus d’invasion. Cependant, les mécanismes de régulation de la protéine restent globalement méconnus dans la pathologie cancéreuse. L’objectif de ce travail a consisté à évaluer le rôle de l’expression d’ADAM9 dans les mécanismes d’agressivité tumorale tels que l’adhérence cellulaire, la migration cellulaire ou l’angiogénèse ainsi que l’étude des mécanismes de régulation de l’expression de cette protéine. Compte tenu du fait que le peroxyde d’hydrogène est connu pour induire l’expression d’ADAM9, les premiers travaux ont eu pour objectif d’établir le lien entre stress oxydant, ADAM9 et adhérence tumorale. L’exposition des cellules d’adénocarcinome pulmonaire au peroxyde d’hydrogène induit une augmentation dose dépendante de l’expression de la protéine ADAM9 transmembranaire et de sa forme sécrétée. Les études in vitro ont permis d’établir que les capacités d’adhérence et d’invasion tumorale induites par le stress oxydant sont principalement médiées par les deux isoformes de la protéine ADAM9. Par ailleurs, l’expression d’ADAM9 provoque un accroissement de la néo-angiogénèse par l’intermédiaire d’un accroissement non transcriptionel de la biosynthèse d’IL8. Cette cytokine proangiogénique va interagir avec le récepteur CXCR2 et va permettre la mise en place d’une néovascularisation in vitro. Le développement d’un modèle de xénogreffe de cellule d’adénocarcinome pulmonaire a permis de confirmer le rôle majeur d’ADAM9 dans les processus de dissémination métastatique et d’angiogénèse tumoraux. L’étude de la modulation pharmacologique d’ADAM9 a reposé sur deux stratégies pharmacologiques différentes : d’une part l’interaction directe avec les différentes isoformes d’ADAM9 au moyen d’un anticorps neutralisant et d’autre part une action sur les mécanismes de transduction cellulaire tels que la protéine SRC ou la protéine kinase C. Ce travail a permis de mieux comprendre l’implication de la protéine ADAM9 au cours du processus de cancérogenèse de part sa participation aux étapes majeures que sont la dissémination métastatique induite par le stress oxydant et l’angiogenèse / Tumor invasion is a complex mechanism that is based on the acquisition of tumor cells new functions. ADAM proteins, especially protein ADAM9, through their extracellular domain consisting of a disintegrin and metalloprotease activity, have important functions and processes necessary for invasion. However, the mechanisms regulating protein remain largely unknown in cancer pathology. The objective of this work was to evaluate the role of ADAM9 expression in tumor aggressiveness such as cell adhesion, cell migration and angiogenesis and to study the mechanisms regulating this protein expression. Given the fact that hydrogen peroxide is known to induce the expression of ADAM9 protein, the first work aimed to establish the relationship between oxidative stress, adhesion and tumor ADAM9 expression. Hydrogen peroxide induces a dose-dependent increase of both expression and activity of ADAM9 on adenocarcinoma pulmonary cells. Oxidative stress induced ADAM9 expression and activity are mainly supported by the secreted form of ADAM9 protein. In vitro studies have shown that capacity of adhesiveness and invasiveness induced by oxidative stress are mainly mediated by the two forms of ADAM9 protein. In addition, ADAM9 protein expression induces neoangiogenesis through increased production of interleukin 8. This proangiogenic cytokine that interacts with the CXCR2 receptor is able to stimulate neovascularization in vitro studies. Development of a lung adenocarcinoma xenograft model confirmed that ADAM9 protein have an important role on metastasis process and tumor angiogenesis. The study of pharmacological modulation of ADAM9 expression was based on two different pharmacological strategies: the first interacts with different isoforms of ADAM9 using a neutralizing antibody and the second strategy modulate cell transduction mechanism such as SRC protein or protein kinase C (PKC). This work aims to understand the involvement of ADAM9 protein during the process of carcinogenesis, such as tumor invasion induced by oxidative stress and neoangiogenesis

Un système de systèmes est un système dont les composants sont eux-mêmes des systèmes indépendants, tous communiquant pour atteindre un objectif commun. Lorsque ces systèmes sont mobiles, il peut être difficile d'établir des connexions de bout-en-bout. L'architecture mise en place dans de telles situations est appelée réseau tolérant aux délais. Les données sont transmises d'un système à l'autre – selon les opportunités de communication, appelées contacts, qui apparaissent lorsque deux systèmes sont proches – et disséminées dans l'ensemble du réseau avec l'espoir que chaque message atteigne sa destination. Si une donnée est trop volumineuse, elle est découpée. Chaque fragment est alors transmis séparément.Nous supposons ici que la séquence des contacts est connue. On s'intéresse donc à des applications où la mobilité des systèmes est prédictible (les réseaux de satellites par exemple). Nous cherchons à exploiter cette connaissance pour acheminer efficacement des informations depuis leurs sources jusqu'à leurs destinataires. Nous devons répondre à la question : « Quels éléments de données doivent être transférés lors de chaque contact pour minimiser le temps de dissémination » ?Nous formalisons tout d'abord ce problème, appelé problème de dissémination, et montrons qu'il est NP-difficile au sens fort. Nous proposons ensuite des algorithmes pour le résoudre. Ces derniers reposent sur des règles de dominance, des procédures de prétraitement, la programmation linéaire en nombres entiers, et la programmation par contraintes. Une partie est dédiée à la recherche de solutions robustes. Enfin, nous rapportons des résultats numériques montrant l'efficacité de nos algorithmes. / Systems of systems are supersystems comprising elements which are themselves independent operational systems, all interacting to achieve a common goal. When the subsystems are mobile, these may suffer from a lack of continuous end-to-end connectivity. To address the technical issues in such networks, the common approach is termed delay-tolerant networking. Routing relies on a store-forward mechanism. Data are sent from one system to another – depending on the communication opportunities, termed contacts, that arise when two systems are close – and stored throughout the network in hope that all messages will reach their destination. If data are too large, these must be split. Each fragment is then transmitted separately.In this work, we assume that the sequence of contacts is known. Thus, we focus on applications where it is possible to make realistic predictions about system mobility (e.g. satellite networks). We study the problem of making the best use of knowledge about possibilities for communication when data need to be routed from a set of systems to another within a given time horizon. The fundamental question is: "Which elements of the information should be transferred during each contact so that the dissemination length is minimized"?We first formalize the so-called dissemination problem, and prove this is strongly NP-Hard. We then propose algorithms to solve it. These relies on different dominance rules, preprocessing procedures, integer-linear programming, and constraint programming. A chapter is dedicated to the search for robust solutions. Finally experimental results are reported to show the efficiency of our algorithms in practice.

Le virus Nipah (NiV) est un Paramyxovirus zoonotique hautement pathogène, porté par les chauves-souris frugivores, qui a émergé en 1998 en Malaisie. Les épidémies liées à ce virus encéphalitogène continuent de se succéder en Inde et au Bangladesh avec une mortalité pouvant dépasser les 90%. Devant l’absence de traitement et de vaccin, le NiV a été placé parmi les pathogènes de classe 4 requérant le plus haut niveau de biosécurité pour sa manipulation. L’étude des interactions entre le virus et les cellules du sang nous a permis de montrer que le NiV utilise les héparanes sulfates présents sur les leucocytes pour s’accrocher et se disséminer dans l’organisme et atteindre les cellules endothéliales. L’héparine inhibe ce processus ainsi que l’infection in vitro et in vivo mettant en avant une perspective de traitement applicable dans les pays émergents. Par ailleurs, l’analyse transcriptomique des cellules endothéliales infectées par le NiV a révélé l’implication de chimiokines dans la pathogenèse. CXCL10 apparaît en effet comme un marqueur voir une cible dans le cadre du développement de l’encéphalite virale, et l’interféron type 1 comme l’un des facteurs essentiels de la résistance des souris au NiV. Enfin, j’ai montré que la protéine non structurale C du NiV joue un rôle essentiel dans sa virulence, en atténuant la réponse interféron, en perturbant la réponse chimiokine lors de l’infection et en intervenant dans le maintien de la balance génome / antigénome lors du cycle réplicatif viral. Ces résultats permettent une meilleure compréhension de la pathogenèse du NiV et ouvrent de nouvelles perspectives de traitement contre ce virus zoonotique très dangereux pour l’homme / Nipah virus (NiV) is a highly pathogenic zoonotic Paramyxovirus that emerged in 1998 in Malaysia from frugivorous bats. The outbreaks of this encephalitic virus still occur annually in India and Bangladesh with the mortality rate reaching up to 90%. The lack of an effective vaccine or treatment limits experimentation with live virus to specially equipped BioSafety Level 4 laboratories. Studies of the interaction between the virus and blood cells revealed that NiV uses Heparan sulfates to stick on the surface of leukocytes for its dissemination within the host and reach endothelial cells. Heparin provided de possibility to inhibit this mechanism of transinfection, such as the infection in vitro and in vivo, opening new perspectives of low cost treatment for emerging countries. Then, transcriptomic analysis of NiV infected endothelial cells revealed the importance of cytokine in the pathogenesis. While CXCL10 appears as a good marker of encephalitis, interferon type 1 explains why mice are resistant to the infection with NiV. Finally, we show the essential role of the non structural C protein of NiV in its virulence, by limiting the interferon response, unbalancing the chemokine response during the infection and through the regulation of the genomic/antigenomic balance during the viral replication cycle. These results shed new light on NiV related pathogenesis and open new perspectives of treatment against this highly lethal zoonotic virus

Cette thèse s’articule autour de deux séries de travaux motivés par des expériences sur des fourmis. Bien qu’inspirés par labiologie, les modèles que nous développons utilisent une terminologie et une approche typique de l’informatique théorique.Le premier modèle s’inspire du transport collaboratif de nourriture au sein de l’espèce P. Longicornis. Certains aspectsfondamentaux du processus peuvent être décrits par un problème de recherche sur un graphe en présence d’un certain typed’indications bruitées à chaque noeud. Ces indications représentent de courtes traces de phéromones déposées devant l’objettransporté afin de faciliter la navigation. Dans cette thèse, nous donnons une analyse complète du problème lorsque le graphesous-jacent est un arbre, une hypothèse pertinente dans un cadre informatique. En particulier, notre modèle peut être vucomme une généralisation de la recherche binaire aux arbres, en présence de bruit. De manière surprenante, lescomportements des algorithmes optimaux dans ce cadre diffèrent suivant le type de garantie que l’on étudie : convergence enmoyenne ou avec grande probabilité.Le deuxième modèle présenté dans cette thèse a été conçu pour décrire la dissémination d’informations au sein de fourmis dudésert. Dans notre modèle, les échanges ont lieu uniformément au hasard, et sont sujets à du bruit. Nous prouvons une borneinférieure sur le nombre d’interactions requis en fonction de la taille du groupe. La borne, de même que les hypothèses dumodèle, semblent compatible avec les données expérimentales.Une conséquence théorique de ce résultat est une séparation dans ce cadre des variantes PUSH et PULL pour le problème du broadcast avec bruit. Nous étudions aussi une version du problème avec des garanties de convergence plus fortes. Dans cecas, le problème peut-être résolu efficacement, même si les échanges d’information au cours de chaque interaction sont très limités / This thesis is built around two series of works, each motivated by experiments on ants. We derive and analyse new models,that use computer science concepts and methodology, despite their biological roots and motivation.The first model studied in this thesis takes its inspiration in collaborative transport of food in the P. Longicornis species. Wefind that some key aspects of the process are well described by a graph search problem with noisy advice. The advicecorresponds to characteristic short scent marks laid in front of the load in order to facilitate its navigation. In this thesis, weprovide detailed analysis of the model on trees, which are relevant graph structures from a computer science standpoint. Inparticular our model may be viewed as a noisy extension of binary search to trees. Tight results in expectation and highprobability are derived with matching upper and lower bounds. Interestingly, there is a sharp phase transition phenomenon forthe expected runtime, but not when the algorithms are only required to succeed with high probability.The second model we work with was initially designed to capture information broadcast amongst desert ants. The model usesa stochastic meeting pattern and noise in the interactions, in a way that matches experimental data. Within this theoreticalmodel, we present in this document a strong lower bound on the number of interactions required before information can bespread reliably. Experimentally, we see that the time required for the recruitment process of even few ants increases sharplywith the group size, in accordance with our result. A theoretical consequence of the lower bound is a separation between theuniform noisy PUSH and PULL models of interaction. We also study a close variant of broadcast, without noise this time butunder more strict convergence requirements and show that in this case, the problem can be solved efficiently, even with verylimited exchange of information on each interaction.