Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T17:32:23Z No. of bitstreams: 1 Clebia Maria Alves de Almeida.pdf: 885121 bytes, checksum: db5bd5e1c9af576492c6e88c329f0a80 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T17:32:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clebia Maria Alves de Almeida.pdf: 885121 bytes, checksum: db5bd5e1c9af576492c6e88c329f0a80 (MD5) Previous issue date: 2006-06-30 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Habitats fragmentation is the greatest cause of biodiversity erosion in tropical forests among the anthropic action. Due to the high degree of fragmentation and the isolation of the remaining Atlantic forest, many populations are being extinguished locally while others are suffering losses of its genetic variability. The Bromeliaceae family has a great variety of tropical ornamental species. Eleven species of the Aechmea genus occur in the State of Pernambuco, and although it is of great economic and ecological importance, there has been few studies on its genetic diversity. Aechmea fulgens is a native Atlantic forest species, which natural populations may be suffering losses on the genetic variability. Plants genetic diversity may be estimated in many ways. Modern techniques on molecular biology allow observing the polymorphism directly on the organism genic sequence. Molecular markers broaden the horizons on researches for the conservation of species and have been widely used to monitor the genetic variability. Among many molecular markers available, SSR and ISSR are relevant. With the of aim evaluating the degree of genic diversity on Aechmea fulgens populations, providing from three different fragments of Atlantic forest in Pernambuco, SSR and ISSR markers were used. Twelve pairs of microsatellites oligonucleotides developed for Tillandsia, Guzmania and Pictairnia bromeliad genera were tested. From these, only five pairs had polymorphism, showing transference of these primers to the Aechmea gender. Twenty ISSR oligonucleotides were used to amplify Aechmea fulgens sample, from which eight primers that had the most consistent polymorphism. The analysis on variance results revealed greater differences inside populations than among them. The results suggest that both markers may be used for genetic variability evaluation, contributing for the success of future studies and species conservation programs. / A fragmentação de habitats é a maior causa da erosão da biodiversidade nas florestas tropicais junto com a ação antrópica. Devido ao alto grau de fragmentação e ao isolamento dos remanescentes atuais da floresta atlântica, várias populações estão se extinguindo localmente e outras sofrendo perda de sua variabilidade genética. A família Bromeliaceae inclui uma grande variedade de espécies ornamentais tropicais. O gênero Aechmea tem significativa representatividade no Estado de Pernambuco, onde ocorrem onze espécies e, apesar de sua grande importância ecológica e econômica, existem poucos estudos sobre sua diversidade genética. Aechmea fulgens é uma especie nativa da Mata Atlântica, cujas populações naturais podem estar sofrendo perda de sua variabilidade genética. A diversidade genética em plantas pode ser estimada de várias maneiras. As modernas técnicas de biologia molecular permitem a observação de polimorfismo diretamente na seqüência gênica de organismos. Os marcadores moleculares abriram novas perspectivas para pesquisas em conservação de espécies e têm sido amplamente utilizados no monitoramento da variabilidade genética. Dentre os diversos marcadores moleculares disponíveis atualmente, destacam-se as seqüências simples repetidas (SSR) e repetições entre seqüências simples (ISSR). Com o objetivo de avaliar o nível de diversidade genética de populações de Aechmea fulgens (Brongn.) provenientes de três fragmentos distintos da mata atlântica de Pernambuco, foram utilizados marcadores SSR e ISSR. Um total de 12 pares de oligonucleotídeos de microssatélites, desenvolvidos para bromeliáceas dos gêneros Tillandsia, Guzmania e Pitcairnia foram testados. Desse total apenas cinco pares apresentaram polimorfismo demonstrando a transferência desses primers para o gênero Aechmea. Adicionalmente, 20 oligonucleotídeos ISSR foram utilizados para amplificar as amostras de A. fulgens, tendo sido selecionados oito primers por apresentarem polimorfismo mais consistente. Os resultados das análises de variância revelaram que a maior divergência esteve presente dentro das populações do que entre elas. Os resultados sugerem que os dois tipos de marcadores são adequados para a avaliação da variabilidade genética, colaborando para o sucesso de futuros estudos e programas de conservação dessa espécie.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-10T11:58:18Z No. of bitstreams: 1 Fabio Rodrigo Araujo Pereira.pdf: 857390 bytes, checksum: f51e59231582ea88f2eb82c7049f64b7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T11:58:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fabio Rodrigo Araujo Pereira.pdf: 857390 bytes, checksum: f51e59231582ea88f2eb82c7049f64b7 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The heliconias stand out as one of the species most appreciated by consumers due to its exoticity flowers, postharvest durability and beauty of the flowers, and showy bracts present with intense colors and contrasting. The study aimed to characterize 15 half-sib families of Heliconia bihai (HB), H. chartacea (HC) and H. Wagneriana (HW), morphological and molecular markers by ISSR. Obtained higher means in HC3, HB9 and HW20 for number of leaves (NL) and number of tillers (NP). For the limb length (CPL) the highest averages were obtained in HC4, HB9 and HW20. HC8, HB9 HW20 and reached the highest averages for maximum width of the lamina (LML) and HC7, HB9 and HW20 for plant height (APL). Considering the standard error for the morphological characteristics used in the last evaluation, it was found that among the half-sib families, HB14 obtained a higher value of NF, HB9 and HC4 obtained higher values of CPL, all the families of H. bihai and H. chartacea had the best average to LML and APL There was no difference between families. The morphological characteristics enabled the detection of genetic variability among and within half-sib families of the species H. bihai, H. chartacea cv. Sexy Scarlet and H. Wagneriana. The oligonucleotides used 4023 fragments generated by amplifying 3-7 bands by primer. The product of genetic similarity analysis with ISSR markers showed that the genotypes were grouped by species, and HB11(5) and HC5(8) the most divergent, polymorphism generated with ISSR markers showed genetic variability between and within families sib species H. bihai and H. chartacea cv. Sexy Scarlet evaluated, and detected the absence of genetic variability within the family half-sib genotypes of H. Wagneriana, leading to the assumption of high rate of selfing in this species. / As helicônias destacam-se como uma das espécies mais apreciadas pelos consumidores de flores devido sua exoticidade, durabilidade pós-colheita e beleza das inflorescências, além de apresentarem brácteas vistosas com cores intensas e contrastantes. O trabalho objetivou caracterizar 15 famílias de meios irmãos de Heliconia bihai (HB), H. chartacea (HC) e H. wagneriana (HW), por marcadores morfoagronômicos e moleculares ISSR. Foram observadas as maiores médias em HC3, HB9 e HW20 para Número de folhas (NF) e Número de perfilhos (NP). Para Comprimento do limbo (CPL) as maiores médias foram obtidas em HC4, HB9 e HW20. HC8, HB9 e HW20 atingiram as maiores médias para Largura máxima do limbo (LML) e HC7, HB9 e HW20 para Altura da planta (APL). Considerando-se o erro padrão empregado para os caracteres morfoagronômicos na última avaliação, verificou-se que dentre as famílias de meios irmãos, HB14 obteve maior valor de NF, HB9 e HC4 obtiveram maiores valores de CPL, todas as famílias de H. bihai e H. chartacea tiveram as melhores médias de LML e para APL não foi registrada diferença entre as famílias. Os caracteres morfoagronômicos possibilitaram a detecção de variabilidade genética entre e dentro de famílias de meios irmãos das espécies de H. bihai, H. chartacea cv. Sexy Scarlet e H. wagneriana. Os oligonucleotideos utilizados geraram 4023 fragmentos, amplificando de 3 a 7 bandas por primer. O produto da análise de similaridade genética com marcadores ISSR mostrou que os genótipos foram agrupados por espécies, sendo HB11(5) e HC5(8) os mais divergentes, O polimorfismo gerado com os marcadores moleculares ISSR mostrou variabilidade genética entre e dentro de famílias de meios irmãos das espécies de H. bihai e H. chartacea cv. Sexy Scarlet estudadas, como também detectou a ausência de variabilidade genética dentro da família de meios irmãos dos genótipos de H. wagneriana, levando a suposição da elevada taxa de autofecundação na referida espécie.

Made available in DSpace on 2015-04-22T22:12:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roberto Alexandre.pdf: 1763581 bytes, checksum: c0c0eb448d286d60be56fecd5eb291e0 (MD5) Previous issue date: 2010-08-03 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Human papillomavirus is responsible for lesions in the oral mucosa, anal and urogenital tract of male and female, transmitted by direct or indirect contact with infected skin or through sexual intercourse. In women these infections can progress to cervical cancer, which is estimated incidence for the Northern region in 2010 was the largest in Brazil. The nature of the infection depends on the degree of integration of viral DNA with host DNA linked primarily to genes of oncoproteins E6 and E7 of HPV. The determination of the viral types can be held from differences in the viral capsid L1 gene and the variants of a particular type of HPV can be identified through the study of viral non-coding region. Currently the development of prophylactic vaccines against HPV particles using "pseudo-viral" formed by the L1 protein of different subtypes of high risk, while a growing number of studies that use the oncoproteins E6 and E7 in the development of therapeutic vaccines. However, it is necessary for the development of such antiviral vaccines also consider the great diversity of variants of HPV types exist, since differences between the genomic regions of these variants may influence the degree of their infections. This paper describes the complete genome sequence of a variant of HPV 16, detected in Amazonian region, using techniques of genetic engineering and the analysis of this genome by bioinformatics tools. It was observed by analysis of genetic distance that the genome of this variant has a genetic proximity of those identified in the literature as "African variants, and phylogenetic analysis, performed from the non-coding region, support this hypothesis. In addition, several mutations were detected in the genome and obtained, resulting in changes in the positions and number of restriction sites in its sequence. The major differences between the genetic regions of the genome sequenced and the corresponding variants in Africa have been observed over E7. It is expected, with that work, look for future research projects involving protein expression and genomic analysis of HPV in the Amazon region to the regional peculiarities in variants and provide a concise and complete reference on the genome of HPV 16 in the region. / O Papillomavirus Humano é responsável por lesões na mucosa oral, anal e do trato urogenital masculino e feminino, transmitidas por contato direto ou indireto com a pele infectada ou através de relações sexuais. Na mulher essas infecções podem evoluir para um câncer de colo do útero, cuja estimativa de incidência para a região Norte no ano de 2010 foi a maior do Brasil. A natureza das infecções depende do grau de integração do DNA viral com o DNA do hospedeiro associada, principalmente, aos genes das oncoproteínas E6 e E7 do HPV. A determinação dos tipos virais pode ser realizada a partir de diferenças no gene L1 do capsídeo viral e as variantes de um determinado tipo de HPV podem ser identificadas por meio do estudo da Região Não Codificadora viral. Atualmente o desenvolvimento de vacinas profiláticas contra o HPV utiliza partículas pseudo-virais formadas pela proteína L1 de tipos virais de alto risco, enquanto cresce o número de estudos que utilizam as oncoproteínas E6 e E7 no desenvolvimento de vacinas terapêuticas. Contudo, é necessário que o desenvolvimento de tais vacinas antivirais também considere a grande diversidade das variantes dos tipos de HPV existentes, uma vez que diferenças entre as regiões genômicas dessas variantes podem influenciar o grau de suas infecções. Este trabalho descreve o sequenciamento completo do genoma de uma variante do HPV 16, detectado no Estado do Amazonas, utilizando técnicas de Engenharia Genética, bem como a análise desse genoma por ferramentas de Bioinformática. Observou-se, pela análise de distâncias genéticas, que o genoma dessa variante apresenta grande proximidade genética dos exemplares identificados na literatura como variantes africanas , e as análises filogenéticas, realizadas a partir da Região Não Codificadora, reforçam essa hipótese. Além disso, também foram detectadas várias mutações ao longo do genoma obtido, resultando em alterações nas posições e na quantidade de sítios de restrição de sua sequência. As maiores diferenças entre as regiões gênicas do genoma sequenciado e as correspondentes nas variantes africanas foram observadas ao longo de E7. Espera-se, com esse trabalho, atentar os futuros projetos de pesquisa que envolvam expressão de proteínas e análises genômicas de HPV na região amazônica para as peculiaridades existentes nas variantes regionais e fornecer uma referência concisa e completa sobre o genoma do HPV 16 na região.

Submitted by Kamila Costa (kamilavasconceloscosta@gmail.com) on 2015-06-25T19:12:06Z No. of bitstreams: 1 Dissertação-Fabíola V de Almeida.pdf: 3574658 bytes, checksum: f1c875ce2d9013169bbcb6fa7e6fa149 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-07T12:13:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Fabíola V de Almeida.pdf: 3574658 bytes, checksum: f1c875ce2d9013169bbcb6fa7e6fa149 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-07T12:17:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Fabíola V de Almeida.pdf: 3574658 bytes, checksum: f1c875ce2d9013169bbcb6fa7e6fa149 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-07T12:17:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação-Fabíola V de Almeida.pdf: 3574658 bytes, checksum: f1c875ce2d9013169bbcb6fa7e6fa149 (MD5) Previous issue date: 2014-07-11 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cenostigma tocantinum (Caesalpinoideae) is arboreal and shrubby specie, native to Brazil and wood is used in building and tree in forestation projects. This study aimed to evaluate genetic diversity among and within of C. tocantinum populations by AFLP markers. Three populations were sampled in cities of state of Amazonas: Manaus, Parintins and Presidente Figueiredo, each population composed of 30 plants samples. 8 primers combinations were tested, of which four were selected for analysis: E+AGT/M+CAT, E+AGT/M+CTC, E+AGT/M+CAC, E+AGT/M+CCA. The percent of polymorphics locis was estimated, Analysis of Molecular Variance performed, dendogram builded and the populational differentiation and substructuration genetics patterns checked. From 186 locis disclosed, 132 (71%) were polymorphics. The value of genetic differentiation between populations (Fst) was 0,3662. The result Analysis of Molecular Variance imputed 36,62% and 63,38% of the variation among and within populations, respectively. The builded dendrogram based on AFLP markers revealed the formation of two groups, the Manaus and Parintins populations and the group of Presidente Figueiredo. The populational differentiation and substructuration genetic standards, revealed by L (K) and ΔK, demonstrate that populations have examined had populational substructures and share three clusters, being present in these three populations and distributed heterogeneous quite manner. The AFLP molecular markers are efficient for detecting genetic diversity in C. tocantinum and differentiating populations of different constitutions. The majority of genetic variability occurs within populations. For arboreal species, as C. tocantinum, used in urban forestation projects, the introduction of plants into news projects coming from appropiate sampling in other populations promotes genetic conservation of the specie. / Cenostigma tocantinum Ducke (Caesalpinoideae) é uma espécie arbórea, arbustiva, nativa do Brasil e sua madeira é utilizada na construção civil e a árvore em projetos de arborização. Este estudo objetivou avaliar a diversidade genética entre e dentro de populações de C. tocantinum por meio de marcadores AFLP. Foram amostradas três populações em cidades do estado do Amazonas: Manaus, Parintins e Presidente Figueiredo, sendo cada população composta por amostra de 30 plantas. Foram testadas 8 combinações de oligonucleotídeos, das quais quatro foram selecionadas para a análise: E+AGT/M+CAT, E+AGT/M+CTC, E+AGT/M+CAC e E+AGT/M+CCA. Foi estimada a porcentagem de locos polimórficos, realizada análise de variância molecular, construído o dendograma e verificado os padrões genéticos de diferenciação e subestruturação populacional. Dos 186 locos revelados, 132 (71 %) foram polimóficos. O valor da diferenciação genética entre as populações (Fst) foi de 0,3662. O resultado da Análise Molecular de Variância atribuiu 36,62% e 63,38% da variação entre e dentro das populações, respectivamente. O dendrograma construído com base nos marcadores AFLP revelou a formação de dois grupos, o das populações de Manaus e Parintins e o grupo de Presidente Figueiredo. Os padrões genéticos de diferenciação e subestruturação populacional, revelados por L(K) e ΔK, demonstram que as populações analisadas possuem subestruturação populacional e compartilham de três clusters, estando estes presentes nas três populações e distribuídos de forma bastante heterogênea. Os marcadores moleculares AFLP são eficientes para detectar diversidade genética em C. tocantinum e diferenciar populações de constituições distintas. A maior parte da variabilidade genética ocorre dentro das populações. Para espécies arbóreas, como C. tocantinum, usadas em projetos de arborização urbana, a introdução de plantas em novos projetos oriundas de amostragem adequada em outras populações promove conservação genética da espécie.

Dengue virus type 1 (DENV-1) was introduced in Brazil in 1986 and caused several epidemics. The first autochthonous cases of DENV-2 and DENV-3 were detected respectively in 1990 and 2000. Since then, the viruses have spread throughout Brazil and became endemic in most areas infested with Aedes aegypti. DENV-4 was isolated for the first time in 1982 in a focal epidemic in the northwestern region of the Brazilian Amazon. Later, in 2008, this serotype emerged as an important pathogen during outbreaks. The study of the historical processes that may be responsible for the contemporary geographic distributions of viruses is critical to understand viral epidemiology. However, those processes in urban scales are not well understood. 2013 was one of the worst years for dengue in the Brazils history, with 1.4 million cases, including 6,969 severe cases and 545 deaths. This project aimed to understand the dynamics of evolutionary change, origins and distributions of different viral strains in an urban setting during 2013. We expect this study to provide new perspectives for viral control. / O vírus da dengue tipo 1 (DENV-1) foi introduzido no Brasil em 1986 e foi responsável por numerosas epidemias. Os primeiros casos autóctones do DENV-2 e DENV-3 foram detectados respectivamente em 1990 e 2000. Desde então, o vírus ter se espalhado por todo o Brasil e tornou-se endêmico na maioria das áreas infestadas com Aedes aegypti. DENV-4 foi isolado pela primeira vez em 1982, em uma epidemia focal na região noroeste da Amazônia brasileira. Porem, este sorotipo somente emergiu como um importante patógeno durante os surtos de 2008. O estudo dos processos históricos que podem ser responsáveis para as distribuições geográficas contemporâneas do vírus é fundamental para compreender a epidemiologia viral. No entanto, esses processos em escalas urbanas não são bem compreendidos. 2013 foi um dos piores anos para a dengue na história do Brasil, com 1,4 milhões de casos, incluindo 6.969 casos graves e 545 mortes. Este projeto teve como objetivo compreender a dinâmica de mudança evolutiva, origens e distribuições de diferentes cepas virais em um cenário urbano em 2013. Esperamos que este estudos contribua com novas perspectivas para o controle viral.

A espécie arbórea Copaifera langsdorffii foi utilizada como modelo de estudo para manutenção da estrutura demográfica, diversidade genética e do fluxo gênico aparente entre as Unidades de Conservação (UCs) e em propriedades particulares rurais (PPRs) no cerrado do Estado de São Paulo. Para tanto, utilizou-se oito locos microssatélites nucleares específicos de C. langsdorffii; e foram mapeados, mensurados e genotipados ao todo 400 indivíduos com DAP 5 cm em quatro áreas nas cidades de Assis, Itirapina e Brotas. Em Assis foram amostrados 100 indivíduos na Estação Ecológica de Assis (EEA) e 100 indivíduos em uma PPR a 13 km de distância da EEA. Em Itirapina 100 indivíduos foram amostrados na Estação Ecológica de Itirapina (EEI) e 100 indivíduos numa PPR em Brotas a 24 km de distância da EEI. As populações em propriedade particulares rurais e unidades de conservação apresentaram alta diversidade genética. Contudo as PPRs tiveram um número maior de alelos exclusivos do que as UCs, indicando que as populações nas PPRs necessitam urgentemente de planos de manejo para conservar esses alelos exclusivos que podem conferir às populações do cerrado vantagens adaptativas. Todas as populações apresentaram fraca estrutura genética espacial, porém significativa por volta de 20 m de distância, indicando uma dispersão restrita de sementes. Foi observado nas populações analisadas um alto índice de fixação que, provavelmente, deve-se à sobreposição de gerações. A estimativa do tamanho efetivo das populações sugere que tanto as UCs quanto as PPRs têm área mínima viável para a conservação in situ das respectivas populações. A divergência genética entre as populações foi alta segundo o estimador \' ST G e o fluxo gênico aparente entre as UCs e PPRs foi baixo, sendo insuficiente para contrapor os efeitos da deriva genética. A alta porcentagem de alelos raros encontrados nas populações, provavelmente, evidencia o comprometimento das mesmas com a perda de diversidade genética, através da deriva genética. É fundamental a conservação de remanescentes de cerrado em áreas particulares rurais, para que seja mantida a manutenção do potencial evolutivo da espécie no longo prazo. A C. langsdorffii mostrou-se ser uma espécie eficiente para estudos comparativos em áreas de cerrado, provavelmente devido à sua ampla abrangência e alta densidade populacional. / The tree species Copaifera langsdorffii was used as a model for maintaining the population structure, genetic diversity and gene flow between Protected Areas (PAs) and Rural Private Properties (RPPs) in the cerrado of São Paulo State. For this purpose, eight nuclear microsatellite loci specific of C. langsdorffii were used, and altogether 400 individuals were mapped, measured and genotyped with DHB 5 cm in four areas in the municipalities of Assis, Itirapina and Brotas. In Assis, 100 individuals were sampled at the Assis Ecological Station (AES) and 100 individuals in a RPP 13 km away from the EEA. In Itirapina 100 individuals were collected at the Itirapina Ecological Station (IES) and 100 individuals in a RPP in Brotas 24 km away from the IES. The populations in RPPs and PAs showed high genetic diversity. However the RPPs had a greater number of exclusive alleles than the PAs, indicating that the populations of RPPs are in urgent need of management plans to conserve such alleles, which can confer to the populations of cerrado adaptive advantages. All populations showed weak spatial genetic structure, but significant around 20 m away, indicating a restricted dispersal of seeds. It was observed in the populations analyzed a high fixation rate which is probably due to the overlapping of generations. The estimated effective size of populations suggests that both PAs and RPPs have minimum viable area for in situ conservation of their populations. The genetic divergence among populations was high according to estimator \' ST G and the apparent gene flow between PAs and RPPs was low, insufficient to counteract the effects of genetic drift. The high percentage of rare alleles found in populations probably demonstrates the compromising condition of the populations with loss of genetic diversity through genetic drift. The conservation of cerrado fragments in rural private properties is essential to ensure the evolutionary potential of species in the long term. C. langsdorffii proved to be an efficient species for comparative studies in cerrado areas, probably due to its wide coverage and high population density.

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:37:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vanessa Aparecida Antes.pdf: 571702 bytes, checksum: c629643a9f77bdb02f4dd1641cbecf68 (MD5) Previous issue date: 2008-08-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The aim of this work was to study the parasitism of Meloidogyne incognita on native plants from Western Paraná, Brazil, as well as to assess the genetic variability among different populations belonging to the race 3 of this nematode by RAPD technique. Natural infection was studied in thirty six native plant species, which were identified on the basis of the perineal pattern from mature females and esterase phenotype. Native species that showed no infestation on the root system were inoculated with 1.000 eggs and/or J2 of M. incognita. After 60 days, the inoculated plants were evaluated regarding the number of galls and the number of eggs/or J2 per root. The genetic variability from different single female populations of M. incognita race 3 was studied by RAPD technique, having been tested 10 primers. The native plants that were susceptible to M. incognita parasitism were Rabo-de-Bugio (Lonchocarpus muehlbergianus Hassl.), Ipê Roxo (Tabebuia impetiginosa Mart. Ex DC. Standl), Sanga D água (Croton urucurana Boill), Ipê Amarelo (Tabebuia ahrysotricha Mart ex DC. Standl.), Genipapo (Genipa americana L.), Ariticum Comum (Rollinia mucosa (Jacq.) Baill.) and Aroeira Vermelha (Schinus terebinthifolius Raddi.). On the other hand, M. javanica was found parasiting Café de Bugre (Cordia ecalyculata Vell.), Guatambu Vermelho (Aspidosperma subincanun Mart.) and Tarumã Branco (Cytrarexllum myruanthum Cham.). The DNA polymorphism showed that there was genetic variability among populations from a same race (3) of M. incognita, allowing the separation of them into five genetic groups, through reactions with the primers (O)AK20, A10, AQ12, AS08 and (OP)F01 / Objetivou-se com o presente trabalho estudar o parasitismo de Meloidogyne incognita em plantas nativas do oeste paranaense, bem como a variabilidade genética de populações de M. incognita raça 3 pela técnica RAPD. Trinta e seis espécies de plantas nativas foram analisadas com relação à infecção natural por Meloidogyne spp. A identificação de Meloidogyne foi feita com base na configuração perineal de fêmeas maduras e no fenótipo para a isoenzima esterase. Espécies nativas com ausência de galhas no sistema radicular foram inoculadas com 1.000 ovos e/ou J2 de uma população de campo de M. incognita. Após 60 dias da inoculação, as plantas foram avaliadas com relação ao número de galhas e número de ovos e/ou juvenis por raiz. A variabilidade genética de diferentes populações monoespecíficas de M. incognita raça 3 do noroeste paranaense foi estudada pela técnica RAPD com o teste de 10 primers. As plantas nativas hospedeiras de M. incognita foram Rabo-de-Bugio (Lonchocarpus muehlbergianus Hassl.), Ipê Roxo (Tabebuia impetiginosa Mart. Ex DC. Standl), Sanga D água (Croton urucurana Boill), Ipê Amarelo (Tabebuia ahrysotricha Mart ex DC. Standl.), Genipapo (Genipa americana L.), Ariticum Comum (Rollinia mucosa (Jacq.) Baill.) e Aroeira Vermelha (Schinus terebinthifolius Raddi.). Já M. javanica foi encontrado parasitando Café de Bugre (Cordia ecalyculata Vell.), Guatambu Vermelho (Aspidosperma subincanun Mart.) e Tarumã Branco (Cytrarexllum myruanthum Cham.). A análise do polimorfismo do DNA possibilitou a detecção de variabilidade genética para diferentes populações de uma mesma raça (3) de M. incognita, permitindo a separação das populações em 5 grupos genéticos, através de reações com os primers AK20, A10, AQ12, AS08 e F01

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-11T18:21:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_CitomegalovirusDiversidadeGenetica.pdf: 2562252 bytes, checksum: 28a2bcd4a53f054506f4499952b4e807 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-09-26T15:14:05Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_CitomegalovirusDiversidadeGenetica.pdf: 2562252 bytes, checksum: 28a2bcd4a53f054506f4499952b4e807 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-26T15:14:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_CitomegalovirusDiversidadeGenetica.pdf: 2562252 bytes, checksum: 28a2bcd4a53f054506f4499952b4e807 (MD5) Previous issue date: 2015-07-17 / O citomegalovírus (CMV) é uma das principais causas de morbimortalidade em pacientes imunodeprimidos, devido seu mecanismo de latência e reativação que comumente ocorre nas imunodeficiências. Análises genéticas demonstram que a virulência das cepas pode estar relacionada à diversidade genotípica. O principal objetivo desse estudo foi descrever o perfil soroepidemiológico e a diversidade genética do CMV por meio da detecção mutações que conferem resistência viral ao ganciclovir em pacientes imunodeficientes da cidade de Belém. Foi analisado um total de 672 amostras, sendo: 243 portadores do HIV/aids, 257 pacientes neoplásicos, 112 transplantados renais e 60 portadores de LES. A soroprevalência de anticorpos para o CMV foi correspondente a 96,1% e os índices de infecção ativa de 2,4% (n=16) inferior ao observado pelo método da qPCR que correspondeu a 15,63%. As diferenças nos índices de infecção deve-se a baixa sensibilidade (5,71%) do método sorológico comprovado no Screening Test. A pesquisa de mutações foi feita em 82 amostras pelo método do pirosequenciamento, sendo amplificado um fragmento de 741pb do gene UL97, entre os nucleotídeos 1087 – 1828. Foi observado que 100% (n=82) das amostras apresentavam duas mutações com alteração de aminoácidos, no códon 596 (E596K), e outra no códon 604 (S604F). A mutação S604F não foi encontrada em outras sequências virais do geneBank. Outras dez mutações ocorreram entre os códons 377 e 594 em oito amostras, entre elas a mutação A594V em um paciente transplantado renal que evoluiu a óbito. Concluiu-se que a prevalência de anticorpos e o perfil epidemiológico do grupo foram equivalentes aos observados em populações de países em desenvolvimento; os índices de infecção viral estão relacionados à reativação viral, sendo subestimados pela sorologia; a análise de sequência demonstrou importante diversidade genética nas amostras examinadas; a detecção da mutação A594V sugere circulação de cepas com mutação de resistência. / Cytomegalovirus (CMV) is one of the most common cause of morbidity and mortality in immunocompromised patients because its latency and reactivation mechanism that commonly occurs in immunodeficiencies. Genetic analysis showed that the virulence of the strains may be related to genotypic diversity. The main objective of this paper was to describe the seroepidemiology profile and genetic diversity of CMV by detecting mutations that confer viral resistance to ganciclovir in immunodeficient patients from Belém city.A total of 671 samples were analyzed: 243 HIV/AIDS, 257 neoplastic patients, 112 kidney transplant and 60 people with SLE. The seroprevalence of antibodies was 96.1% and active infection and levels of 2.4% (n = 16) lower than that observed by qPCR method which corresponded to 15.63%. Differences in infection rates due to low sensitivity (5.71%) of the serological method demonstrated in screening test. The mutation research was made in 82 samples for pyrosequencing method, a 741pb segment of the UL97 gene was amplified, between 1087-1828 nucleotides. It was observed that 100% (n = 82) of samples had two mutations in amino acid in codon 596 (E596K) and another one in codon 604 (S604F). The S604F mutation was not found in other viral sequences from GenBank. Ten other mutations occurred between codons 377 and 594 in eight samples, including the A594V mutation in a renal transplant patient who ended up dying.It was concluded that the prevalence of antibodies and the epidemiological profile of the group were similar to those observed in populations of developing countries; the viral infection rates are related to viral reactivation, being underestimated by serology; sequence analysis revealed significant genetic diversity in the samples examined; detection of A594V mutation suggests circulating strains with resistance mutation.

Amostras populacionais de Oc. scapularis foram coletadas nos municípios de Tremembé-SP (TRE), São Paulo-SP (SPA) e Itaboraí-RJ (ITA). Foram empregados como marcadores biológicos: o gene mitocondrial Citocromo Oxidase Subunidade-1 (COI), geometria alar e análise da genitália masculina. Tais marcadores são tradicionalmente reconhecidos pelo poder discriminante em estudos desta natureza. As populações ITA, TRE e SPA mostraram-se distintas quanto à forma alar, sugerindo baixo fluxo gênico entre elas. Foi verificado dimorfismo sexual em relação ao tamanho isométrico, à forma alar e ao grau de diferenciação populacional. A população de ITA apresentou menor tamanho dos centróides que as demais populações estudadas. Foi verificado amplo polimorfismo genético, tendo sido detectados 51 haplótipos de COI e apenas 11 compartilhados entre as populações ITA, TRE e SPA. Quando comparados com as populações de estudo anteriormente realizado por Devicari, 2010 encontramos um padrão parecido. Analisando conjuntamente os presentes dados com aqueles obtidos por Devicari, 2010, computamos 52 haplótipos sendo apenas alguns compartilhados. Os valores do índice de diferenciação genética <font face=\"Symbol\">Fst observados foram moderados somente entre SPA e ITA, nas demais populações estudadas a diferenciação foi baixa, a diferenciação observada foi compatível com a hipótese de distanciamento geográfico das populações coletadas. Analisando cada marcador biológico, concluímos que as populações estudadas não se tratam de complexo de espécies. Ainda não descartamos a existência de complexo dentro de Oc. scapularis, porém, para definitiva resposta a essa questão serão necessários mais estudos envolvendo populações de outras regiões. / Samples of Oc. scapularis were collected in the municipalities of Tremembé-SP (TRE), São Paulo-SP (SPA) and Itaboraí-RJ (ITA). We used the following biological markers: mitochondrial cytochrome oxidase subunit-1 gene (COI), wing geometry and shape of male genitalia. These markers are traditionally known by its discriminating power in studies of this nature. ITA, SPA and TRE populations, showed distinct wing shape, suggesting low gene flow. We observed sexual dimorphism concerning the isometric size, wing shape and the degree of populational differentiation. ITA sample exhibited the lowest centroid sizes. We found high genetic polymorphism in all populational samples, being 51 COI haplotypes. Out of them, only 11 haplotypes were noted to be shared between at least two or three populations. When comparing our results with those of a previous survey conducted by Devicari (2010), we found a quite similar pattern of hign polymorfism. In total, both studies comprised 52 haplotypes. The <font face=\"Symbol\">Fst index of genetic differentiation values were considered \"moderate\" between ITA and SPA and \"low\" in the other comparisons. Present results are consistent with the hypothesis that populations are subjected to isolation by geographical distance. Analyzing together each biologcal marker, we conclude that populations studied do not consist a species complex. We do not rule out the possible occurence of a complex in Oc. scapularis, however, a definitive answer to this question will require further studies and sampling of populations from elsewhere.

Originária da África, a orquídea terrestre Oeceoclades maculata (Lindl.) Lindl. é considerada uma espécie invasora com potencial de colonizar grandes áreas. A espécie se desenvolve tanto em ambientes secos quanto úmidos e está presente em áreas perturbadas e não perturbadas, sendo a única espécie do gênero presente no continente americano. Embora apresente um mecanismo passivo de autofertilização, estudos apontam para ocorrência de cruzamento entre populações brasileiras, indicando existência de variação na biologia reprodutiva da espécie através da sua extensão geográfica. Considerando a falta de informações de genética de populações da espécie, o objetivo do estudo foi avaliar a diversidade e a estrutura genética de populações brasileiras de O. maculata e obter informações sobre o sistema reprodutivo da espécie. Para tanto, foram utilizados 13 iniciadores ISSR para avaliar a diversidade genética de 152 indivíduos de O. maculata distribuídos em cinco populações naturais provenientes de três estados brasileiros (São Paulo, Mato Grosso e Paraná). As populações avaliadas apresentaram baixos índices de diversidade intrapopulacional, com estimativas do índice de Shannon (I) variando de 0,0094 a 0,1054 e estimativas de diversidade gênica de Nei (He) variando de 0,0054 a 0,0668. Entretanto, quando avaliadas em conjunto, as populações apresentaram estimativas de diversidade substancialmente mais altas (I = 0,3869; He = 0,2556). A análise de variância molecular (AMOVA) indicou que a maior parte da diversidade encontra-se entre as populações (?ST = 0,933). Tanto a análise de coordenadas principais (PCoA) quanto a análise de agrupamento utilizando o método Neighbor- Joining indicam a existência de cinco grupos distintos, sem mistura de indivíduos de diferentes populações num mesmo grupo. A análise bayesiana realizada pelo programa Structure corroborou com os resultados obtidos pelo dendrograma e pela PCoA. Contudo, observou-se certa subestruturação da população do Campus da ESALQ (SP), sugerindo falta de fluxo gênico mesmo entre distâncias muito pequenas. Não houve correlação significativa, estimada pelo teste de Mantel, entre as distâncias genéticas e geográficas dos espécimes dado que populações mais próximas geograficamente foram mais distantes geneticamente. Os resultados sugerem predominante autofertilização e reprodução vegetativa, entretanto não exclui a possibilidade de ocorrência de cruzamento. A distribuição da diversidade genética nas populações da orquídea invasora O. maculata pode ser compreendida como resultado da interação das suas várias possíveis estratégias reprodutivas com sua história de colonização que envolve possíveis gargalos genéticos, deriva genética, pressões de seleção e múltiplas introduções. / Originally from Africa, the terrestrial orchid Oeceoclades maculata (Lindl.) Lindl. is considered an invasive species with the potential to colonize large areas. The species grows both in dry and humid environments as it is present in disturbed and undisturbed areas, being the only species of the genus in American continent. Although presenting a passive mechanism of self-fertilization, studies point to the occurrence of cross-fertilization between Brazilian populations, indicating the existence of variation in the reproductive biology of the species across its geographic range. Considering the lack of information of population genetics of the species, the aim of the study was to evaluate the genetic diversity and structure of Brazilian populations of O. maculata and to obtain more information concerning the reproductive system of the species. Therefore, we used 13 ISSR primers to assess the genetic diversity of 152 individuals of O. maculata distributed in five natural populations from three Brazilian states (São Paulo, Mato Grosso and Paraná). The populations studied showed low diversity within populations, with estimates of the Shannon index (I) ranging from 0.0094 to 0.1054 and estimates of Nei\'s gene diversity (He) ranging from 0.0054 to 0.0668. However, when evaluated together, the populations showed substantially higher diversity estimates (I = 0.3869, He = 0.2556). The molecular analysis of variance (AMOVA) indicated that most of the diversity was found among populations (?ST = 0.933). Both principal coordinate analysis (PCoA) and the cluster analysis using Neighbor-Joining method indicate the existence of five distinct groups, without mixing of individuals from different populations in the same group. The Bayesian analysis performed by the program Structure corroborated the results obtained in the cluster analysis and PCoA. However, a substructure was observed for the Campus da ESALQ (SP) population, suggesting a lack of gene flow between even very small distances. No significant correlation estimated by the Mantel test between the genetic and geographic distances of specimens was found. The results suggest predominant self-fertilization and vegetative reproduction, however it does not exclude the possibility of outcrossing. The distribution of genetic diversity in populations of the invasive orchid O. maculata can be understood as the result of the interaction of several possible reproductive strategies with its history of colonization involving possible genetic bottlenecks, genetic drift, selection pressures and multiple introductions.