Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Aeglidae are Decapoda crustaceans endemic from the neotropical region of South America. They are the only anomuran family entirely restricted to freshwater, occurring mainly in streams. Requirement for well conserved habitat has restricted the populations to springs, as an effect of the constant degradation of continental aquatic ecosystems. In the central region of Rio Grande do Sul state, the species Aegla longirostri, besides suffering the effects of habitat fragmentation, is subjected to a mountainous geographic barrier, which has been separating the basins of River Guaíba and River Uruguay for about 11 my. Microsatellite loci are molecular markers with high levels of heterozigosity which have been widely used in population genetics studies. Microsatellite markers previously isolated from A. longirostri genome were characterized and the levels of heterozigosity and allelic diversity were calculated for each locus. A total of seven polymorphic microsatellite loci were used to verify genetic variability among four different populations from central region of Rio Grande do Sul state concerned the two basins described above. Results show a great genetic differentiation among all populations and not only between populations isolated by the geographic barrier. Factors as lack of larval stage and low dispersion capacity are possibly contributing to such differentiation level. Anthropic actions, resulting in alteration of aquatic environments, can also be a more recent factor contributing to the genetic diversity among the populations studied, since aeglids are very strict in relation to the water quality. / Os aeglídeos são crustáceos decápodos endêmicos da região Neotropical da América do Sul. São os únicos anomuros de água doce, habitantes principalmente de cursos d água. A exigência por um habitat conservado tem restringido as populações de Aegla às nascentes, como efeito da constante degradação ambiental dos ecossistemas aquáticos continentais. Na região central do estado do Rio Grande do Sul destacamos a ocorrência de populações de Aegla longirostri, que além dos efeitos de fragmentação de habitat, estão expostas a uma barreira geográfica de formação montanhosa, que há cerca de 11 milhões de anos separa as bacias dos Rios Uruguai e Guaíba. Locos de microssatélites são marcadores que apresentam altos níveis de heterozigosidade e têm sido amplamente utilizados em estudos de genética de populações. Marcadores microssatélites previamente isolados do genoma de A. longirostri foram caracterizados determinando-se os níveis de heterozigosidade e a diversidade alélica para cada loco. Dos oito locos de microssatélites analisados, sete se mostraram polimórficos e foram empregados em indivíduos de quatro diferentes populações da região central do estado do Rio Grande do Sul para analisar a variabilidade genética entre as populações de A. longirostri em ambas as bacias. Os resultados mostram uma grande diferenciação genética entre todas as populações e não somente entre as populações isoladas pela barreira geográfica. Possivelmente, fatores como ausência de fase larval durante o desenvolvimento destes crustáceos, aliada a uma baixa capacidade de dispersão, podem estar contribuindo para esta diferenciação. A ação antrópica, resultando em degradação do ambiente aquático, também pode ser um fator recente a contribuir para a diferenciação genética entre as populações estudadas, visto que os aeglídeos são bem exigentes em relação à qualidade da água onde vivem.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-11-18T16:45:13Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2005711 bytes, checksum: b2dff8808363970e64b8c265cb97fb02 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-18T16:45:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2005711 bytes, checksum: b2dff8808363970e64b8c265cb97fb02 (MD5) Previous issue date: 2015-02-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Nos dias atuais, devido a elevada demanda por etanol, o cultivo de sorgo sacarino (Sorghum bicolor (L.) Moench) surge como uma importante alternativa para a produção de bioenergia. O sorgo sacarino é uma cultura que vem apresentando destaque no setor agroenergético, uma vez que o armazenamento de açúcares se localiza nos colmos, apresenta facilidade de mecanização, alto teor de açúcares diretamente fermentáveis contidos no colmo, elevada produção de biomassa e antecipação da colheita com relação à cana-de-açúcar. Para o melhor entendimento da variabilidade genética dessa cultura, o presente estudo foi desenvolvido com o objetivo de realizar a caracterização fenotípica e molecular de linhagens de sorgo sacarino, pois o estudo da diversidade de uma espécie é fundamental para a escolha de genótipos superiores a serem usados em programa de desenvolvimento de cultivares. Para a caracterização fenotípica e molecular das linhagens de sorgo sacarino, foram utilizados 100 materiais pertencentes ao programa de melhoramento genético da Embrapa Milho e Sorgo. Primeiramente, foi realizado um levantamento sobre a origem e identificação dos genitores das linhagens utilizadas. O estudo da diversidade foi realizado baseando-se em caracteres morfoagronômicos e agronômicos, e com base em dados de marcadores moleculares. A avaliação das características morfoagronômicas e agronômicas foram conduzidas na Embrapa Milho e Sorgo, em Sete Lagoas – MG, e a genotipagem dos materiais foi realizada no IGD (Institute for Genomic Diversity) da Universidade de Cornell, nos Estados Unidos. A caracterização morfoagronômica foi feita de acordo com o teste de Distinguibilidade, Homogeneidade e Estabilidade (DHE), avaliando-se 51 descritores. As avaliações agronômicas foram feitas a partir de um experimento em campo com delineamento em látice com três repetições, considerando as características mais relacionadas a produção de açúcares e biomassa. A caracterização molecular foi feita através da técnica de GBS (Genotyping by sequencing) que se baseia na redução da complexidade genômica com base em diferentes combinações de enzimas de restrição. As análises estatísticas dos dados agronômicos foram realizadas com base em modelos mistos, no qual os componentes de variância foram estimados via REML (Restricted Maximum Likelihood) e as médias BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) foram obtidas para os materiais avaliados para cada característica fenotípica de interesse. As análises de diversidade foram realizadas para os dados morfoagronômicos, agronômicos e moleculares, a partir da obtenção de uma matriz de distâncias, formando-se agrupamentos das linhagens através do método Neighbor-Joining. Para a caracterização fenotípica, observou-se que os caracteres agronômicos apesar da grande importância, não foram muito informativos para o agrupamento dos acessos e a caracterização baseada em dados moleculares foi a que demonstrou os melhores resultados no estudo da diversidade. No entanto, a partir do estudo da diversidade genética combinando os dados das características morfoagronômicas, agronômicas e dados de marcadores moleculares, notou-se um melhor agrupamento entre as linhagens. / Currently, due to the high demand for ethanol, sweet sorghum (Sorghum bicolor L. Moench) cultivation emerges as an important alternative for the production of bioenergy. The sweet sorghum is a crop that has shown highlighted in the agroenergy industry, since its sugar storage is located in the stalk, possibility of harvest mechanization, high content of directly fermentable sugars, high biomass production and early harvest compared to sugarcane. For a better understanding of the genetic variability of this crop, the present study was developed with the objective of performing a phenotypical and molecular characterization of sweet sorghum inbred lines, since the study of diversity of a species is essential for choosing superior genotypes to be used in a cultivar development program. In the phenotypic and molecular characterization of sweet sorghum inbred lines, we used 100 materials from the breeding program of Embrapa Maize and Sorghum. First, a research was carried out in order to identify the origin of the parental lines of the inbred lines used. The study of diversity was conducted based on morphoagronomic, agronomic traits and molecular markers. The field evaluation of morphoagronomic and agronomic traits were carried out at Embrapa Maize and Sorghum in Sete Lagoas MG, and the genotyping of the materials was performed in the IGD (Institute for Genomic Diversity) at Cornell University in the United States. The morphoagronomic characterization was performed according to the Distinctness, Uniformity and Stability (DUS) test, evaluating 51 descriptors. The agronomic evaluations were conducted in a field experiment, in a lattice design with three replications, considering the traits related to sugar and biomass production. Molecular characterization was conducted through the GBS (Genotyping by sequencing) technique which is based in the reduction of the genomic complexity using different combinations of restriction enzymes. Statistical analysis of the agronomic data was performed through the mixed models approach, in which the variance components were estimated by REML (Restricted Maximum Likelihood) and the BLUP means (Best Linear Unbiased Prediction) were obtained for the evaluated materials for each agronomic trait of interest. The diversity analyses were performed based on morphagronomic, agronomic and molecular markers data, obtaining a distance matrix and forming clusters of inbred lines through the Neighbor-Joining method. For the phenotypic characterization, it was observed that, despite the great importance, the agronomic characteristics were not very informative for grouping the inbred lines and the characterization based on molecular markers showed the best results in the study of diversity. However, based on the study of genetic diversity, in which data from morphoagronomic, agronomic and molecular markers were combined, it was observed a better grouping for the inbred lines.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-19T15:14:12Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 944140 bytes, checksum: 19f5c333a8a2fda5330d70a3d2de317f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-19T15:14:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 944140 bytes, checksum: 19f5c333a8a2fda5330d70a3d2de317f (MD5) Previous issue date: 2015-07-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A palmeira macaúba (Acrocomia aculeata) é espécies oleaginosas na América do Sul com abundante distribuição natural no Brasil. A macaúba é considerado como um grande potencial para a produção de biodiesel e estar sob domesticação no Brasil. Recentemente pesquisas mostram que macaúba está sob a ameaça de extrativismo predatório, as alterações climáticas e as políticas de uso da terra na população natural e precisa ser conservada ex situ para o futuro melhoramento genético e uso sustentável de seus recursos genéticos. Os microssatélites (Simple Sequence Repeats-SSR) são um dos marcadores moleculares mais aplicáveis na caracterização de coleções de germoplasma e ajudar na conservação da variabilidade genética em bancos de germoplasma. No passado, apenas alguns marcadores SSR foram desenvolvidos para a macaúba, devido ao alto custo do desenvolvimento e da limitação do conhecimento sobre o potencial da macaúba. Dois experimentos foram conduzidos neste estudo: (1) para demonstrar o uso de amplificação cruzada de marcadores SSR como uma alternativa de baixo custo para estabelecer os marcadores SSR para A. aculeata; e (2) para estudar a diversidade genética nas coleções ex situ de germoplasma da A. aculeata que foram originalmente coletadas de diferentes procedências no Brasil. Na primeira parte do trabalho, um estudo de amplificação cruzada realizado para avaliar a possibilidade de transferência de 34 marcadores SSR, originalmente desenvolvidos para duas espécies de Arecaceae (Astrocaryum aculeatum e Elaies oleifera) em A. aculeata usando 192 acessos de 41 famílias originalmente oriundos de seis procediências no Brasil. Do total de marcadores avaliados, 15 SSR (44%) amplificaram com sucesso o DNA genômico de A. aculeata, dos quais quatro SSR (26%) foram polimórficos. O baixo sucesso do amplificção cruzada foi devido á relativa distância taxonómica entre as fontes (A. aculeatum e E. oleifera) e as espécies-alvo (A. aculeata). No entanto, os marcadores polimórficos identificados pela transferência detectaram uma média elevada de locos polimórficos (P = 79%) por procediência. Os marcadores também revelaram a deficiência de heterozigotos nos acessos analisados, e que for confirmado pelo coeficientes de endogamia positivos obtidos em todos os locos. No segundo trabalho, estudo da xi diversidade genética foi realizada nos 192 acessos de A. aculeata com base em dez marcadores SSR (incluindo dois SSR polimórficos identificados no estudo da transferibilidade e o resto de oito SSR foram seleccionados a partir de grupos de SSR anteriormente desenvolvidos para A. aculeata). O estudo resultou em diferentes níveis de diversidade alélica, heterozigosidade e polimorfismo entre os acessos analisados. Com base em distâncias genéticas, três grupos distintos de procediências foram estabelecidos utilizando diferentes métodos de agrupamento. No entanto, o teste de Mantel revelou uma correlação não significativa entre a distância genética e geográfica entre as procediências. A proporção da variação genética foi estimada pela análise de variância molecular (AMOVA), que revelou maior variação genética dentro da família do que entre as famílias de A. aculeata, seguido de variação entre as procediências. O estudo comprovou a eficiência de transferência inter-espécies de marcadores SSR entre diferentes espécies de Arecaceae. Ele também reafirmou que SSR são marcadores moleculares úteis na caracterização de germoplasma de A. aculeata e as informações que foram gerados podem ser utilizados em conservação de germoplasma e no programa de melhoramento da A. aculeata. Os marcadores podem ser utilizados para ajudar o programa de melhoramento genético através de genotipagem de cada indivíduo no banco de germoplasma que ajudaria a identificar grupos geneticamente distintos e também minimizar a redundância de entradas no banco de germoplasma que potencialmente maximizar a eficiência de conservação e reduzir seus custos. / Macaw palm (Acrocomia aculeata) is newly emerging oleaginous species in South America with abundant natural distribution in Brazil. It is considered as a great potential palm for production of biodiesel and being under domestication in Brazil. Recently researches show that macaw palm is under the threat of predatory extractivism, climate change and land use policies in the natural population and need to be conserved ex situ for future genetic improvement and sustainable use of its genetic resources. Microsatellites (Simple Sequence Repeats-SSR) are one of the most applicable molecular markers in characterization of germplasm collections in plants and help to conserve genetic variability in germplasm banks. In the past only few SSR markers were developed for the macaw palm owing to the high development cost and limitation in knowledge about the importance of the palm. Two experiments were set up in this study: (1) to demonstrate the use of cross-species amplification as a cost-effective altarnative to establish SSR markers for A. aculeata; and (2) to study the genetic diversity in A. aculeata ex situ germplasm collections which were originally collected from different provenances in Brasil. In the the first part of the work, a cross-species amplification study was conducted to evaluate the transferability of 34 SSR markers, originally developed for two Arecaceae species (Astrocaryum aculeatum and Elaies oleifera) in A. aculeata using 192 accessions from 41 families collected from six provenances in Brazil. From the total markers evaluated, 15 SSR (44%) successfully amplified the genomic DNA in A. aculeata, of which four SSR (26%) were polymorphic. The low success of the cross-amplification was accounted for the relatively wider taxonomic distance between the sources (A. aculeatum and E. oleifera) and the target (A. aculeata) species. However, the polymorphic markers identified by this study detected a high average percentage of polymorphic loci (P=79%) per provenance. The markers also revealed heterozygote deficiency in the accessions and this was confirmed by positive inbreeding coefficients obtained in all the loci analyzed. In the second work, genetic diversity study was carried out in the 192 accessions of A. aculeata, based on ten SSR markers (including two polymorphic SSR indentified in the transferability study and the rest eight from sets of SSR previously developed for A. xiii aculeata). The study resulted in different levels of allelic diversity, heterozygosity and polymorphism among the accessions analyzed. Based on genetic distances, three distinct groups of provenances were established using different methods of grouping. However, Mantel test detected a non-significant correlation between the genetic and geographic distances among the provenances, revealing genetic similarities among geographically distant provenances in the country. Analysis of Molecular Variance (AMOVA) revealed the proportions of genetic variation, in which more genetic variation was obtained within family than among families of A. aculeata followed by variation among provenances. The study proved the efficiency of inter-species transferability of SSR markers between different species in Arecaceae. It also reaffirmed that SSR are useful molecular markers in characterizing A. aculeata germplasm and the information that were generated could be utilized in A. aculeata germplasm conservation and breeding program. The markers could be used to help the breeding program through genotyping each individuals in the germplasm bank that would help to identify genetically distinct groups and also minimize the unnecessary redundancies of entries in the germplasm bank that would potentially maximize conservation efficiencies and reduce its costs.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-01-03T12:27:54Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 682821 bytes, checksum: 252f4f3303c2480d714227ccfa7bc851 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-03T12:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 682821 bytes, checksum: 252f4f3303c2480d714227ccfa7bc851 (MD5) Previous issue date: 2016-07-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As sementes fermentadas e secas do cacaueiro (Theobroma cacao L.) constituem a matéria-prima para a produção de chocolate, cuja cadeia produtiva envolve 60 bilhões de dólares anuais. A coleta, avaliação e conservação de germoplasma de cacau são muito importantes para os programas de melhoramento. Todavia, o nível e a distribuição da variação em populações silvestres são pouco conhecidos. Dessa forma, os objetivos do presente estudo foram: Avaliar a diversidade e o padrão de distribuição da mesma, entre e dentro de populações de cacau de diferentes bacias hidrográficas; avaliar a hipótese de diferenciação das populações por bacia e avaliar o potencial dos acessos clonais de cacau para o melhoramento. Para a avaliação foram coletados, durante quatro anos consecutivos, dados morfológicos de 145 acessos clonais provenientes de nove bacias hidrográficas: 1. Delta/estuário-PA, 2. Ji-Paraná- RO, 3. Solimões/Amazonas-PA, 4. Jamari-RO, 5. Clones alienígenas-TTO, 6. Clones alienígenas-PER, 7. Solimões/Amazonas-AM, 8. Acre-AC e 9. Clones melhorados-RO. Foram avaliadas 11 características, das quais nove relativas ao fruto, por planta: NTFC (Número total de frutos colhidos), NTFS (Número total de frutos sadios), MSUFS (Massa de sementes úmidas dos frutos sadios, em g), MMUSFS (Massa média de sementes úmidas por fruto sadio, em g), MSSFS (Massa de sementes secas dos frutos sadios, em g), MMSSFS (Massa média de sementes secas por frutos sadios, em g), PFVB (Percentagem de frutos com vassoura-de-bruxa), PFBR (Percentagem de frutos com broca), PFGE (Percentagem de frutos com sementes germinadas), NRVB (Número de ramos com vassoura-de-bruxa) e NAFVB (Número de almofadas florais com vassoura- de-bruxa). Os acessos pertencem ao Banco Ativo de Germoplasma da Estex- OP, localizado em Ouro Preto do Oeste-RO. Dados de oito das 11 características foram submetidos às análises de variância (ANAVAs) e ao cálculo distância de Mahalanobis (D2) entre as bacias. Com base nas ANAVAs, houve diferenças significativas (P<0,05) para todas as características e a maior variabilidade foi detectada dentro das populações de cacau. Sendo assim, recomenda-se que a coleta de materiais botânicos silvestres priorize maior número de plantas de poucas populações das bacias mais divergentes. Valores significativos (P<0,05) de D2 evidenciaram maior divergência entre as bacias Ji- Paraná-RO e Solimões/Amazonas-PA (27,7) e maior semelhança entre Ji- Paraná-RO e Jamari-RO (1,39), com relação as suas populações. A análise multivariada revelou também que a diferenciação dos acessos ocorreu de acordo com o sistema de bacias hidrográficas. Utilizando-se dados das 11 características foram processadas a correlação de Pearson e as análises de variância (ANAVAs). As maiores correlações significativas (P<0,05) foram observadas entre NTFC e NTFS (0,94), NTFS e MSUFS (0,86), NRVB e NAFVB (0,542) e entre NTFC e MSUFS (0,84). Com base nas ANAVAs, houve diferenças significativas (P<0,05) entre acessos para todas as características, o que amplia as possibilidades de ganho com a seleção. / The fermented and dried seeds of the cacao tree (Theobroma cacao L.) are the raw material for the production of chocolate, whose production chain involves 60 billion annually. The collection, evaluation and cocoa germplasm conservation are very important for breeding programs. However, the level and distribution of variation in wild populations are unknown. Thus, the objectives of this study were to evaluate the diversity and distribution pattern of the same, between and within cacao populations in different river basins; assess the possibility of differentiation of populations by basin and assess the potential of clonal cocoa accessions to improvement. For the evaluation were collected for four consecutive years, morphological data of 145 clonal access from nine river basins: 1. Delta/estuário- PA, 2. Ji-Paraná-RO, 3. Solimões/Amazonas-PA, 4. Jamari-RO, 5. Clones alienígenas-TTO, 6. Clones alienígenas-PER, 7. Solimões/Amazonas-AM, 8. Acre-AC e 9. Clones melhorados-RO. We evaluated 11 characteristics, nine of which related to fruit, per plant: NTFC (Total number of fruits), NTFS (total number of healthy fruits), MSUFS (Mass wet seeds of healthy fruits, g), MMUSFS (Massa average wet seed for healthy fruit, g), MSSFS (Mass dry seeds of healthy fruits, g), MMSSFS (average mass of dry seeds for healthy fruits, g), PFVB (fruit Percentage of witches' -bruxa) PFBR (Percentage of fruit with drill), PFGE (Percentage of fruits with seeds germinated), NRVB (number of branches with witch's broom) and NAFVB (number of flower cushions with witch's broom). Accesses belong to the Active Germplasm Bank of Estex-OP, located in Ouro Preto do Oeste-RO. Data from eight of the 11 characteristics were submitted to analysis of variance (ANAVAs) and calculate Mahalanobis distance (D2) between the basins. Based on ANAVAs, there were significant differences (P <0.05) for all features and greater variability was detected within the cocoa populations. Therefore, it is recommended that the collection of wild botanical materials prioritizes greater number of plants of a few populations of the different basins. Significant values (P <0.05) D2 showed greater divergence between basins Ji- Paraná-RO and Solimões/Amazonas-PA (27.7) and greater similarity between Ji- Paraná-RO and Jamari-RO (1.39 ), regarding their populations. Multivariate analysis also revealed that the differentiation of access took place according to the system of watersheds. Using data from 11 characteristics were processed Pearson's correlation and analysis of variance (ANAVAs). The higher significant correlation (P <0.05) were observed between NTFC and NTFS (0.94), NTFS and MSUFS (0.86), and NRVB NAFVB (0.542) and between NTFC and MSUFS (0.84). Based on ANAVAs, there were significant differences (P <0.05) access to all features, which increases the gain of possibilities with the selection.

Embora os morcegos sejam hospedeiros de tripanossomas de vários subgêneros, o conhecimento sobre a diversidade genética, variedade de hospedeiros, vetores, ciclos de vida, distribuição geográfica e relações filogenéticas desses tripanossomas é muito limitado. Neste estudo, caracterizamos tripanossomas de morcegos do Brasil e de Moçambique (África). A diversidade morfológica, biológica e genética e o relacionamento filogenético de espécies de Schizotrypanum revelaram os clados T. dionisii e T. c. marinkellei (restritos a morcegos) e T. cruzi. Nossos resultados permitiram descrever um novo genótipo de T. cruzi e uma nova espécie desse subgênero em morcegos africanos. Confirmamos, com análises filogenéticas, a presença de T. rangeli em morcegos e caracterizamos uma nova espécie, tradicionalmente classificada como Megatrypanum, mas filogeneticamente não posicionada neste subgênero. Novas análises, visando melhor resolver as filogenias e estimar tempos de divergências, são necessárias para inferir a hipótese mais provável para a história evolutiva desses tripanossomas. / Although bats are hosts of trypanosomes from several subgenera, our knowledge regarding their genetic diversity, host-range, vectors, life-cycles, geographical distribution and phylogenetic relationships is very limited. Here, we characterized bat trypanosomes from Brazil and Mozambique (Africa). Morphological, biological and genetic diversity, and phylogenetic relationships of Schizotrypanum species disclosed T. dionisii, T. c. marinkellei (bat restricted) and T. cruzi clades. Our findings also enabled the description of a new genotype of T. cruzi and a new species of this subgenus infecting African bats. We also reported T. rangeli in bats confirmed by phylogenetic analysis and characterized a new species of bat trypanosome traditionally classified as Megatrypanum, but not phylogenetically supported in this subgenus. Further analyses aiming better-resolved phylogenies and reliable molecular-clock model to estimate divergence times are required to infer the most likely hypothesis for the evolutionary history of bat trypanosomes.

O conhecimento da associação entre plantas carnívoras e a comunidade bacteriana pode mostrar uma diversidade ainda não conhecida, além de proporcionar um melhor entendimento dos mecanismos envolvidos na interação de ambas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade microbiana presente em utrículos de Utricularia foliosa através da análise de bibliotecas do gene 16S rRNA obtida por pirosequenciamento. Os resultados indicam que no ponto 1, Proteobacteria (58%), Firmicutes (11%), Cyanobacteria (11%), Acidobacteria (7%), Verrucomicrobia (5%), Actinobacteria (3%) Chlamidiae (2%) e Bacteroidetes (1%) foram os grupos dominantes. Já no ponto 2 houve uma maior presença de Eukaryota (51%), sendo que os grupos mais presentes foram Streptophyta (88%), Bacillariophyta (7%) e Chlorophyta (2%). A grande presença de algas encontradas pode estar relacionada à disponibilidade de nutrientes nos utrículos e gerar um acréscimo de carbono e nitrogênio à cadeia alimentar no interior da armadilha. / Knowledge of the association between carnivorous plants and the bacterial community can show a diversity not yet known, and provide a better understanding of the mechanisms involved in the interaction of both.The aim of this study was to evaluate the microbial diversity present in utricles of Utricularia foliosa and evaluate the effect of plant growth site in this diversity. For this the 16S rRNA gene library was sequenced by pyrosequencing (454-Roche). The results indicate that in point 1, the dominants groups were composed by Proteobacteria (58%), Firmicutes (11%), Cyanobacteria (11%), Acidobacteria (7%), Verrucomicrobia (5% ) Actinobacteria (3%) Chlamidiae (2%) and Bacteroidetes (1%), while in the point 2, Eukaryota (51%), such as Streptophyta (88%), Bacillariophyta (7%) and Chlorophyta (2%) were dominant. The large presence of algae inside the utricles may be related to the availability of nutrients and increase the Carbon and nitrogen level inside the traps, allowing the growth of the plant and also the microbial community in this structures.

Clostridium perfringens é um dos microrganismos mais freqüentemente envolvidos em surtos de enfermidades transmitidas por alimentos. Este microrganismo pode ser classificado em cinco tipos toxigênicos (A-E), de acordo com a detecção dos genes codificadores de suas principais toxinas: alfa (cpa), beta (cpb), épsilon (etx) e iota (iap), sendo que técnicas moleculares empregando a PCR são atualmente utilizadas para genotipagem desses isolados. Alguns isolados de C. perfringens produzem uma enterotoxina (CPE) que é responsável pelos sintomas clínicos desenvolvidos em casos de toxinfecção alimentar, sendo que esta toxina é codificada pelo gene cpe. A simples detecção de C. perfringens em um alimento, mesmo naqueles suspeitos de causar surtos, não é suficiente para considerá-lo como de risco à saúde do consumidor. Isto porque dentre os isolados de C. perfringens apenas um número muito pequeno apresenta o gene cpe. Além disso, isolados de C. perfringens não produtores de CPE estão amplamente disseminados no ambiente, em alimentos e mesmo em fezes de pessoas. Desta forma, com o presente estudo verificou-se a freqüência de C. perfringens dentre isolados de clostrídios sulfito redutores, a freqüência de C. perfringens potencialmente enterotoxigênicos e sua variabilidade genética, de modo a evidenciar a importância dessas cepas como causadoras de doenças, além de fornecer subsídios para melhorar os conhecimentos sobre as características das cepas circulantes em nosso meio. Foram utilizados 335 isolados de clostrídios sulfito redutores provenientes de alimentos (126), solo (84) e fezes de animais (125). Dos 335 isolados, 146 (43,6%) foram caracterizados, através de reações bioquímicas e moleculares, comoC. perfringens, sendo 75 isolados (59,5%) provenientes de alimentos, 43 (51,2%) de solo e 28 (22,4%) de fezes de animais. Todas as cepas de C. perfringens analisadas foram tipadas como C. perfringens tipo A. Dos 75 isolados de C. perfringens provenientes de alimentos, 20 apresentaram o gene cpe, sendo 13 (65%) com localização cromossomal; nas demais cepas não foi possível determinar sua localização. Nos isolados de C. perfringens provenientes de solo e das fezes de animais não se verificou a presença desse gene. Das 20 cepas de C. perfringens que apresentaram o gene cpe detectou-se em 15 a produção de enterotoxina; as cinco cepas restantes não apresentaram esporulação no meio DUNCAN STRONG modificado, não sendo possível avaliar sua atividade enterotoxigênica. As 146 cepas de C. perfringens quando submetidas à PFGE geraram 69 perfis PFGE distintos, sendo 42 exclusivos para uma única cepa, indicando uma grande variabilidade genética, entre isolados provenientes de amostra de alimentos, fezes ou solo. A utilização de clostrídios sulfito redutores, ou mesmo de C. perfringens como indicador de possível risco à saúde dos consumidores pode levar à condenação desnecessária de alimentos, uma vez que existe baixa correlação entre costrídios sulfito redutores e C. perfringens, independente da fonte de isolamento, além da baixa freqüência do gene cpe nas cepas estudadas. / Clostridium perfringens is one of the most frequently microorganism involved in outbreaks of foodborne diseases. This microorganism can be classified into five toxigenic types (A to E), according to the detection of genes encoding its major toxins: alpha (cpa), beta (cpb), epsilon (etx) and iota (iap). Molecular techniques using PCR are currently used for genotyping this isolates. Besides the major toxins, some isolates of C. perfringens produce an enterotoxin (CPE) that is responsible for clinical symptoms developed in cases of food poisoning. This enterotoxin is encoded by the cpe gene. The simple detection of C. perfringens in food, even in those suspected of causing outbreaks, is not enough to consider it as a risk to consumers´ health. This happens because among the isolates ofC. perfringens only a very small number shows the cpe gene. In addition, isolates of C. perfringens that do not produce CPE are widespread in the environment, food and even in feces of humans. Thus, the present study examined the frequency of C. perfringens isolates among sulfite reducing clostridia, the frequency of potentially enterotoxigenic C. perfringens and its genetic variability in order to highlight the importance of these strains in causing diseases, and provides subsidies to improve the knowledge about the strains that are circulating in our environment. A total of 335 isolates of sulfite reducing clostridia from foods (126), soil (84) and animal feces (125) were used. Among the 335 isolates, 146 (43.6%) were characterized by biochemical and molecular reactions as C. perfringens, being 75 (59.5%) from foods, 43 (51.2%) from soil and 28 (22.4%) from animal feces. All strains of C. perfringens were typed as C. perfringens type A. Of the 75 isolates of C. perfringens from food, 20 had the cpe gene, and in 13 (65%) the gene was chromosomally located. In the other strains it was not possible to determine the location of this gene. In isolates of C. perfringens from soil and animal feces the cpe gene was not present. Amongst the 20 strains of C. perfringens positive for cpe, enterotoxin production was detected in 15. Five strains showed no sporulation in the medium modified Duncan Strong, being not possible to verify their enterotoxigenic activity. All C. perfringens were subjected to PFGE and generated 69 different PFGE profiles, being 42 unique to a single strain, indicating a great genetic variability among isolates from food, feces or soil. The use of sulfite reducing clostridia, or even C. perfringens as an indicator of possible health risk to consumers can lead to unnecessary condemnation of food, since there is low correlation between sulfite reducing clostridia and C. perfringens, regardless of source of isolation. This study also shows a low frequency of cpe gene in the strains indicating the low risk in causing foodborne disease.

O florestamento dos campos do sul da América do Sul incluindo os campos do Pampa estão mudando a paisagem local e levando a mudanças nas populações de aves. O conhecimento sobre o efeito do florestamento sobre a avifauna dos campos do sul da América do Sul é bastante limitado à riqueza e composição de espécies. Além de preencher lacunas considerando diferentes índices para avaliar respostas das comunidades de aves ao florestamento dos campos (Capítulos 2 e 3), nesta tese nós também avaliamos se Áreas de Preservação Permanente localizadas dentro de plantações de eucalipto são funcionais para a avifauna local, fazendo uma comparação com áreas de campo pastejado (Capítulo 1). No capítulo 1 nós registramos uma diferença na composição de espécies entre as áreas devido principalmente às mudanças na altura e densidade da vegetação. Nos capítulos 2 e 3 nós avaliamos diferentes componentes da diversidade (taxonômica, filogenética e funcional) considerando possíveis efeitos do florestamento dos campos sobre estes Nossos resultados demonstram respostas diferenciadas entre os componentes, enquanto o florestamento leva a uma redução na diversidade taxonômica, diversidade filogenética e funcional não demonstram respostas negativas. No capítulo 2 no entanto, nós observamos que o florestamento dos campos conduz a uma perda de distintividade evolutiva, beneficiando desta forma linhagens que se diversificaram recentemente. No capítulo 3 apesar da redução na diversidade taxonômica não houve uma redução na diversidade funcional em áreas plantadas. Já a associação de alguns atributos funcionais com as áreas pós-corte, indica a plasticidade de algumas espécies que retornam para essas áreas logo após o corte dos plantios.De modo geral nossos resultados indicam que a manutenção de mosaicos de campo de diferentes alturas maximiza a biodiversidade local de aves e destaca a importância da proteção de áreas campestres. Além disso, vimos que considerar diferentes componentes da diversidade que incorporam informações sobre as espécies são importantes pois podem informar por exemplo, quantas extinções uma comunidade pode suportar até que funções importantes sejam perdidas, afetando assim a estabilidade dos ecossistemas. / The afforestation of southern grasslands of South America including the Pampa grasslands are changing the local landscape and leading to reduction of bird populations. Knowledge about the effect of afforestation on the avifauna of the southern South American grasslands is limited to richness and composition of species. In addition to filling gaps considering different indices to evaluate responses of the bird communities to the afforestation of the grasslands (Chapters 2 and 3), in this thesis we also evaluated whether Permanent Preservation Areas located within eucalyptus plantations are functional for the local avifauna, making a comparison with grazed grasslands areas (Chapter 1). In Chapter 1 we recorded a difference in species composition between areas due mainly to changes in height and density of vegetation. In chapters 2 and 3 we evaluated different components of diversity (taxonomic, phylogenetic, and functional), considering possible effects of grasslands afforestation on them. Our results demonstrate differentiated responses among components, while afforestation leads to a reduction in taxonomic diversity, phylogenetic and functional diversity do not demonstrate negative responses In chapter 2 however, we observe that grasslands afforestation leads to a loss of evolutionary distinctiveness, thus benefiting species that have diversified recently. In chapter 3, despite the reduction in taxonomic diversity, there was no reduction in functional diversity in planted areas. Furthermore, the association of some functional traits with the post-cut areas indicates the plasticity of some species that return to these areas soon after cut the plantations. In general our results indicate that the maintenance of grasslands mosaics of different heights maximize the local biodiversity of birds and highlight the importance of the protection of grasslands areas. In addition, we have seen that considering different components of diversity that incorporate information on species is important because they can tell, for example, how many extinctions a community can support until important functions are lost.

A recombinação durante a transcrição reversa é um fator importante no aumento da diversidade genética e adaptação do HIV-1, permitindo que mutações vantajosas presentes em diferentes linhagens sejam combinadas em um mesmo genoma. No Brasil, vários recombinantes foram descritos e seis formas recombinantes circulantes (CRFs) já foram identificados, demonstrando a relevância destes recombinantes na epidemia brasileira. Portanto, um dos objetivos desta tese foi analisar os dados gerados pela Rede de Diversidade Genética Viral (VGDN) (sequências parciais de gag, pol e env), a fim de identificar recombinantes inter-subtipos de HIV-1 e avaliar a frequência e distribuição geográfica destes vírus. Utilizando diferentes técnicas foram identificados 152/1083 pacientes portadores de recombinantes BF. A frequência destes recombinantes foi maior em cidades como São Vicente (30%) e Sorocaba (22,6%), sendo que os recombinantes circulantes em São Vicente foram geralmente relacionados às CRF28 e CRF29, enquanto que os vírus presentes na região de Sorocaba comumente apresentam um envelope subtipo F1, independente do subtipo nos demais genes. Além disso, o gene da integrase de 159 pacientes foi amplificado e sequenciado. A análise deste gene revelou mais 10 pacientes infectados com recombinantes BF e nenhuma mutação de resistência primária aos inibidores da integrase foi encontrada. O segundo objetivo foi isolar e caracterizar recombinantes BF in vitro. O isolamento viral foi realizado por co-cultivo e ao final foram obtidos 10 isolados primários. O sequenciamento do genoma quase completo desses dez isolados primários revelou que três isolados primários pertencem ao grupo da CRF28_BF, três ao grupo da CRF29_BF e quatro foram classificados como formas recombinantes únicas (URFs). Ainda, o uso de correceptores desses isolados foi avaliado in vitro em ensaios com as células GHOST(3), e revelou três duplo-trópicos (X4/R5) vírus, quatro CXCR4 (X4) e três isolados utilizaram apenas CCR5 (R5). Em suma, uma alta frequência de URFs foi encontrada em algumas cidades do Estado de São Paulo, e também foi desenvolvido e caracterizado um painel de isolados primários representando as CRF28_BF, CRF29_BF e algumas URFs. / Recombination during reverse transcription is an important factor promoting HIV-1 diversity and adaptive change, allowing advantageous mutations arising on different genomes to undergo linkage in the same progeny recombinant genome more frequently than what would be expected under random mutation alone. In Brazil, several recombinant viruses were reported, and six circulating recombinant forms (CRFs) have already been identified. Therefore, the first objective of this Thesis was to analyze the data generated by the Viral Genetic Diversity Network (VGDN) (gag, pol and env partial sequences), in order to identify HIV-1 intersubtype recombinants and evaluate the frequency and geographical distribution of these viruses. Using different techniques we identified 152/1083 patients harboring BF recombinants. The frequency of these recombinants was higher in cities like São Vicente (30%) and Sorocaba (22.6 %). The recombinant viruses circulating in São Vicente were generally related to CRF28 and CRF29, while those viruses circulating in Sorocaba commonly presented an envelope region of subtype F1, irrespective the subtype composition on the remaining genes. Additionally, the integrase gene of HIV-1 from 159 patients was further amplified and sequenced. The analysis of this viral gene revealed ten more patients infected with BF recombinants and no primary mutations related to integrase inhibitor resistance were found. The second objective was to isolate and characterize BF recombinants in vitro, which resulted in ten primary HIV-1 isolates. The near full-length genomes of these ten primary isolates revealed that three were related to CRF28_BF, three to CRF29_BF and four were unique recombinant forms (URFs), according to their breakpoints profile determined with the jpHMM program. Additionally, the coreceptor usage of these isolate was investigated in vitro using GHOST assays, which revealed three dual-tropic (X4/R5) viruses, four CXCR4 (X4) viruses and three CCR5 (R5) viruses. In sum, we report a high frequency of URFs in some cities of São Paulo State, and also developed a well-characterized panel of viruses representing CRF28_BF, CRF29_BF and URFs.

As espécies de mamíferos da Magnaordem Xenarthra podem apresentar infecção por diversas espécies de parasitas da Família Trypanosomatidae, incluindo representantes dos gêneros Trypanosoma, Endotrypanum e Leishmania. Além dos Xenarthra, representantes do gênero Coendou (Ordem Rondentia) também foram incluídos neste estudo. Assim, foi possível descrever a diversidade de tripanossomatídeos nos Xenarthra e no gênero Coendou, provenientes principalmente da região Amazônica. As amostras de sangue, tecido e hemoculturas foram coletadas em sua maioria nos estados Pará e Rondônia, seguido do Mato Grosso, Paraíba e Ceará. Análises filogenéticas com a região V7V8 do gene SSU rDNA e do gene gGAPDH, confirmaram a presença de T. rangeli (linhagens A, B e E) em preguiças e tamanduás, T. cruzi (TcIII) em preguiças e tatús, Endotrypanum ssp. em preguiças e Porcisia em ouriços. Além disso, encontramos em todos hospedeiros duas possíveis novas espécies de trypanossomas denominadas de T. sp1 e T. sp2. / Mammal species of Magnaordem Xenarthra may be infected by several parasitic species of Trypanosomatidae family, including representatives of the genera Trypanosoma, Endotrypanum and Leishmania. In addition to the Xenarthra, representatives of the genus Coendou (Rondentia Order) were also included in this study. Thus, it was possible to describe the diversity of trypanosomatids in the Xenarthra and in the genus Coendou, mainly from the Amazon region. Blood samples, tissue and blood cultures were collected mostly in the states of Pará and Rondônia, followed by Mato Grosso, Paraíba and Ceará. Phylogenetic analyzes based in the V7V8 region of the SSU rDNA and gGAPDH genes confirmed the presence of T. rangeli (lineages A, B and E) in sloths and anteaters, T. cruzi (TcIII) in sloths and armadillos, Endotrypanum ssp. in sloths and Porcisia in porcupine. In addition, we found in all hosts two candidates to a new species of Trypanosoma named herein T. sp1 and T. sp2.