O ambiente costeiro e marinho se caracteriza pela falta de barreiras físicas aparentes, além de ser rico em espécies que possuem fase de desenvolvimento larval livre natante. Devido a esta fase de desenvolvimento larval, as espécies marinhas geralmente apresentam alta capacidade dispersiva, proporcionando alto fluxo gênico e conseqüentemente baixa estruturação populacional. Por outro lado, algumas espécies têm apresentado padrões filogeográficos que não são compatíveis com este cenário clássico. Assim, fatores como tempo de duração da fase larval, predação da larva e o hidrodinamismo podem interferir de maneira significativa na dispersão das espécies. Além disso, fatores ambientais históricos, tais como as grandes mudanças climáticas do Pleistoceno também influenciaram os padrões de diversidade genética das espécies. Neste sentido, estudos comparativos são importantes ferramentas para o entendimento dos diferentes processos que deram origem à atual diversidade. Porém, poucos estudos filogeográficos comparativos foram realizados em espécies marinhas costeiras, em especial nenhum para a costa atlântica da América do Sul. Neste estudo comparamos os padrões de diversidade genética de quatro espécies abundantes de invertebrados que ocorrem ao longo da costa sul-sudeste do Brasil, Uruguai e Argentina, com o objetivo de entender a história evolutiva destas espécies e o que elas podem contar sobre esta região geográfica. Sequenciamos parte do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I do moçambique Donax hanleyanus (n= 247), do marisco branco Mesodesma mactroides (n= 59), da tatuíra Emerita brasiliensis (n= 191) e do caranguejo maria-farinha Ocypode quadrata (n= 135). Análises filogeográficas e populacionais foram utilizadas a fim de elucidar e comparar os padrões evolutivos para estas espécies de invertebrados costeiros. Nossos dados revelaram um padrão de variabilidade genética muito baixa para todas as espécies, apesar de apresentarem ampla distribuição geográfica e populações censitárias gigantescas, demonstrando a grande influência das flutuações populacionais históricas na formação da variabilidade genética atual. Apenas E. brasiliensis apresentou uma maior variabilidade ao norte da sua distribuição o que é compatível com expansão populacional recente a partir de algum refúgio de baixa latitude, neste caso, ao norte. Além disto, foi a única espécie a apresentar indicação de isolamento por distância. As histórias demográficas destas espécies, apesar de apresentarem algumas diferenças, parecem estar intimamente ligadas às flutuações de temperatura durante o último grande ciclo glacial, pois três delas apresentaram ancestral comum mais recente (time to most recent commom ancestor – TMRCA) dentro dos 100 mil últimos anos, com exceção de O. quadrata, que apresentou TMRCA há cerca de 500 mil anos. Para todas as espécies constatamos a ocorrência de um longo período de estabilidade demográfica (população reduzida) com expansão populacional mais recente, com exceção de M. mactroides, que apresentou TMRCA e expansão populacional praticamente simultâneos. Emerita brasiliensis foi a espécie com a história demográfica mais recente, apresentando expansão populacional após o último máximo glacial (21 mil anos atrás), e coalescência há cerca de 60 mil anos. As demais espécies apresentaram expansão populacional entre 70 e 100 mil anos, entretanto não podemos descartar a hipótese de expansão simultânea para estas três espécies, já que os intervalos de confiança destas análises se sobrepõem, o que sugere a forte influência de um fator ambiental comum. Ocypode quadrata, além de ter apresentado a história demográfica mais antiga, apresentou a maior diversidade genética, sendo também a espécie com a maior distribuição geográfica, sendo pancontinental, o que sugere ser a espécie mais resistente às mudanças ambientais. As espécies D. hanleyanus e O. quadrata, apresentaram baixa estruturação filogeográfica, o que sugere não haver barreiras biogeográficas efetivas para elas, e corrobora a hipótese de que larvas livres natantes são fator importante para o fluxo gênico elevado. Por outro lado sugerem uma estruturação populacional para M. mactroides (com uma possível barreira biogeográfica no sul de SP) e E. brasiliensis (barreira em Copacabana, RJ). De maneira geral estes dados reforçam a idéia de que só a capacidade dispersiva larval não é suficiente para predizer fluxo gênico e estruturação populacional em populações marinhas costeiras, mas sim uma combinação de fatores ecológicos intrínsecos de cada espécie, assim como os fatores geológicos históricos, como os ocorridos no Pleistoceno. / Coastal and marine environments are usually characterized by lack of evident physical barriers and having many species that show a free-swimming larval stage. Due to this larval stage, marine species commonly show high dispersion rates resulting in high gene flow and low geographical structure. Some species however present phylogeographical patterns that differ from this standard scenario. Factors such as duration of the larval phase, its predation level, and the hydrodinamism of the dispersion can significantly impact species dispersion. Moreover, historical environmental factors, such as the great climatic changes in the Pleistocene are also important elements to shape pattern of genetic diversity of the species. In this sense, comparative analyses are important tools for understanding the different processes that gave rise to the current diversity. Unfortunately, few comparative phylogeographical studies were carried out in sea coastal species, in special none for the Atlantic coast of the South America. In this study we compare the patterns of genetic diversity of four abundant invertebrate species that occur along the beaches of the Brazilian south and southeastern coast, Uruguay and Argentina, to better understand their evolutionary histories as well as what they could tell about the history of this geographical region. For this aim we partially sequenced the mitochondrial Cytochrome Oxidase I gene of the moçambique Donax hanleyanus (n=247), yellow clam Mesodesma mactroides (n=59), mole crab Emerita brasiliensis (n=191) and of the ghost crab Ocypode quadrata (n = 135) and analyzed them using several phylogeographical and populational genetic methods. Our results revealed a pattern of very low genetic diversity for all four species, in spite of their large geographical distribution and the huge population size, evidencing the great influence of the population historical fluctuations in the current genetic variability. Only E. brasiliensis showed a relatively higher variability to the north of its distribution what is compatible with a recent populational expansion from a refugium in low latitudes. Besides it was the only species that presented evidence for isolation by distance. The demographic histories of these species, in spite of presenting some differences, seems to be closely connected with the climatic fluctuations during the last glacial cycle, since three of them presented TMRCAs in the last 100 kyr ago, with the exception of O. quadrata, which presented TMRCA about 500 kyr ago. All species presented a long period of demographic stability with relatively reduced population followed by a more recent population expansion. The exception to this picture is M. mactroides, which presented TMRCA and population expansion nearly simultaneous. Emerita brasiliensis depicted the most recent demographic history, presenting a strong population expansion after the last glacial maximum (21 kyr ago), with TMRCA around 60 kyr ago. The other species presented population expansions between around 70 and 100 kyr ago, however we can not to reject the hypothesis of a simultaneous expansion for these three species, since to the confidence intervals of these analyses overlapped, which would indicate a strong influence of a common environmental feature. Ocypode quadrata presented the most ancient demographic history, the highest genetic diversity, and the largest geographical distribution (it is a pancontinental species). This may indicate that it could the most tolerant to the environmental changes. D. hanleyanus and O. quadrata presented low phylogeographical structure, which can mean the existence of no effective biogeographical barriers to these species, corroborating the hypothesis that a free-swimming larval stage is an important factor for an elevated gene flow. On the other hand, our results suggest a reasonable population structure for M. mactroides (with a possible biogeographical barrier in the south of São Paulo) and E. brasiliensis (barrier around Copacabana, Rio de Janeiro), In conclusion, our results support the proposal that the existence of a freeswimming larval stage is not sufficient to predict high gene flow and population structure in sea coastal species, being this pattern likely a combination of intrinsic ecological factors of each species, as well as biogeographical historical factors.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-19T14:17:58Z No. of bitstreams: 1 Meriam Nefizaoui.pdf: 5601058 bytes, checksum: 44a53bf80f39049d126bf3572e2575b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-19T14:17:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meriam Nefizaoui.pdf: 5601058 bytes, checksum: 44a53bf80f39049d126bf3572e2575b2 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Around 2.5 billion people – 30 percent of the world’s population – live in the dry areas, which cover more than 40 percent of the world’s land surface. Scarce natural resources, land degradation and frequent droughts severely challenge food production in these areas. Both North Africa (Morocco, Algeria, Tunisia) and the North East of Brazil fall under arid and semi-arid climate. Cacti have developed phenological, physiological and structural adaptations for growth and survival in arid environments where they have multiple functions (food, feed, soil conservation, etc.). Cacti are well positioned to cope with future global climate change; they can generate, under arid conditions, a carbon sequestration equivalent to 30 tons of CO2 ha-1year-1. Cactus pear, the most commonly cropped belongs to the genus Opuntia and compared to other species, Opuntia ficus-indica is the most spread over all continents. The continuous morphological variation within the genus, the lack of clear descriptors for each species, and the relative ease of cross hybridization has led to an erroneous species designation. To overcome these problems, molecular markers might be useful tools to help unravel uncertainties in classification that are not addressed by morphological characterization. The objective of this contribution is to assess the genetic diversity of two cactus collections using morphological and molecular traits. The in-situ collections are located at IPA in Northeast of Brazil with 300 accessions oriented toward forage production and at INRA Agadir station with 20 accessions representative of the Mediterranean Basin. Phenotypic characterization was achieved using FAO Cactusnet descriptor while the molecular characterization used the SSR (Simple Sequence Repeats) technique and 8 recently recommended primers (Opuntia 3, Opuntia 5, Opuntia 9, Opuntia 11, Opuntia 12, Opuntia 13, Ops 9 and Ops 24). Phenotypic data have been submitted to principal component analysis (PCA) and agglomerative hierarchical clustering (AHC) using XLSTAT 2015 package. The Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) dendrogram based on Nei’s genetic distance has been used for molecular, and the relationship between morphological and molecular traits was assessed by Mantel test. Results show that accessions may be discriminated by the morphological descriptors. Many of these morphological descriptors are significantly correlated as the number of cladodes and the number of fruits (r=0.73), the number of cladodes and the plant diameter (r=0.73), the length of the cladode and the plant height (r=0.7), the length of the spine and the number of areoles (r=0.67). Principal Component Analysis (PCA) and Agglomerative Hierarchical Clustering (AHC) are good tools to segregate accessions using a reduced number of morphological descriptors. The cladode shape and the number of spines and areoles are the recommended descriptors, and are capable de discriminate accessions with a suitable accuracy. SSR analysis revealed 72 alleles with an average allele number of 9 per locus. All microsatellites used were found to be discriminative with a mean value of Polymorphic Information Content (PIC) estimated at 0.458. Genetic dissimilarities estimated between the accessions varied widely, suggesting that an important genetic variability exist in the collection. All the markers used were either informative or highly informative and can be recommended to detect genetic diversity in Opuntia species; the most discriminant markers are Ops 24 and Opuntia 9 and the less discriminant is Opuntia 5. The relationship between phenotypic traits and the allele based genetic distances from the SSR analysis was highly significant (r=0.4, p=0.01) and obtained for the first time while using SSR for molecular characterization. Consequently, SSR technique is one of the best tools to assess the level of genetic diversity in Opuntia germplasm collections; it complements phenotypic characterization and it is recommended for planning breeding programs and to revise the current taxonomical classification. / Cerca de 2,5 milhões de pessoas - 30% da população mundial - vivem nas áreas secas que cobrem mais de 40% da superfície terrestre do mundo. Os recursos naturais escassos, a degradação da terra e secas frequentes desafiam severamente a produção de alimentos nessas áreas. Tanto o Norte da África (Marrocos, Argélia, Tunísia) quanto o Nordeste do Brasil se encontram nestas condições. Cactus desenvolveram adaptações fenológicas, fisiológicas e estruturais para o crescimento e a sobrevivência em ambientes áridos onde eles possuem múltiplas funções de uso (alimento, pasto, conservação do solo, etc). Cactus são bem posicionados para lidar com futuras alterações climáticas globais já que eles podem gerar, sob condições áridas, um sequestro de carbono equivalente a 30 toneladas de CO2 por hectare ao ano. A palma é o cactus mais comumente cultivado, pertence ao gênero Opuntia e em comparação com outras espécies, Opuntia ficus-indica é a mais encontrada por todos os continentes. A variação morfológica dentro do gênero, a falta de descritores claros para cada espécie, e a facilidade relativa de hibridação cruzada levou a uma designação de espécies errada. Para superar estes problemas, os marcadores moleculares podem ser ferramentas úteis para ajudar a desvendar incertezas na classificação que não são abordadas pela caracterização morfológica. O objetivo desta contribuição é avaliar a diversidade genética de duas coleções de palma utilizando características morfológicas e moleculares. As coleções in-situ estão localizadas no IPA no Nordeste do Brasil com 300 acessos orientados para a produção de forragem e no INRA - estação de Agadir com 20 acessos representante da Bacia do Mediterrâneo. A caracterização fenotípica foi realizada usando descritores da FAO CactusNet enquanto que a caracterização molecular foi efetuada através da técnica SSR (Simple Sequence Repeats) com 8 marcadores recomendados recentemente (Opuntia 3, Opuntia 5, Opuntia 9, Opuntia 11, Opuntia 12, Opuntia 13, Ops 9 and Ops 24). Os dados fenotípicos foram submetidos à análise de componentes principais (PCA) e ao Agrupamento Hierárquico Aglomerativo (AHC) usando o pacote XLSTAT 2015. O dendrograma obtido pelo UPGMA (método de média aritmética não ponderada), com base na distância genética de Nei, foi usado para as análises moleculares. Já a relação entre as características morfológicas e moleculares foi avaliada pelo teste de Mantel. Os resultados mostram que os acessos podem ser discriminados pelos descritores morfológicos. Muitos destes descritores são significativamente correlacionados como o número de cladódios e o número de frutos (r=0.73), o número de cladódios e o diâmetro da planta (r=0.73), o comprimento do cladódio e a altura da planta (r=0.7), o comprimento do espinho e o número de auréolas (r=0.67). A análise em componentes principais (ACP) e o agrupamento hierárquico aglomerativo (AHC) são boas ferramentas para distinguir acessos utilizando um número reduzido de descritores morfológicos. A forma do cladódio, o número de espinhos e auréolas são os descritores recomendados, sendo capazes de discriminar acessos com precisão adequada. A análise SSR revelou 72 alelos com um número médio de 9 alelos por locus. Todos os microssatélites utilizados se revelaram discriminativos com um valor médio de conteúdo de informação polimórfica (PIC) de 0,458. As similaridades genéticas estimadas entre os acessos variaram muito, o que sugere que existe uma importante variabilidade genética na coleção. Todos os marcadores utilizados foram informativos ou altamente informativos, podendo ser recomendados para detectar a diversidade genética em espécies de Opuntia, sendo que os mais são Ops 24 e Opuntia 9 e Opuntia 5 é o menos discriminante. A relação entre as características fenotípicas e as distâncias genéticas baseadas nos alelos da análise SSR foi altamente significativa (r=0.4, p=0.01) e obtida pela primeira vez na caracterização molecular pela técnica SSR. Consequentemente, esta última é uma das melhores ferramentas para avaliar o nível de diversidade genética nas coleções de germoplasma Opuntia; complementa caracterização fenotípica e recomenda-se para o planejamento de programas de melhoramento genético e induz a rever a classificação taxonômica atual.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-10-06T13:48:19Z No. of bitstreams: 1 Horace Jose Jimenez.pdf: 933105 bytes, checksum: 4bc877d0af3811afbb356c01ecc9b7ba (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-06T13:48:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Horace Jose Jimenez.pdf: 933105 bytes, checksum: 4bc877d0af3811afbb356c01ecc9b7ba (MD5) Previous issue date: 2014-01-31 / The Mangabeira ( Hancornia speciosa Gomes) is a native fruit tree from Brazil, occurring in greater abundance in coastal and coastal plains of the Northeast region . Its fruits are widely consumed in natura or processed as juices, ice creams and jellies. Currently the genetic diversity of the species is largely threatened due to reduction of its original area of occurrence, deforestation , land speculation and planting crops such as sugar cane, coconut and pastures. Thus, the species is one of the most endangered fruit plants in the brazilian northeast . The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of 38 H. speciosa genotypes from three populations of Pernambuco State through ISSR molecular markers . Leaves were collected in regions of Tamandaré Itamaracá , Nazaré and Paiva. We performed population structure analysis, Principal Coordinate Analysis, and a UPGMA dendrogram with all genotypes. Number of polymorphic loci number of monomorphic loci, Nei's genetic diversity, total heterozygosity , mean heterozygosity within groups , mean coefficient of differentiation between groups and number of migrants per generation were also calculated . Six ISSR primers were selected and produced a total 93 loci, 10 monomorphic and 83 polymorphic . The average number of polymorphic bands per primer was 11.5 , where UBC primer # 851 was the most polymorphic , with 14 bands . By cross checking between the UPGMA clustering , PCoA and structure of population, Hancornia 56 , 57 and Hancornia Hancornia 58 subjects showed a close relationship between them . The results showed a high level of genetic diversity within species ( He = 0.30 ), and found that most of the genetic variability found within a population . The gene flow was 1.18 , confirming information that tropical tree species have shown values of Nm greater than 1. Hancornia speciosa populations studied showed high levels of genetic diversity , most of which lies within populations . / A mangabeira (Hancornia speciosa Gomes), é uma fruteira nativa do Brasil, ocorrendo em maior abundância nos tabuleiros costeiros e baixadas litorâneas do Nordeste. Seus frutos são amplamente consumidos in natura ou processados como sucos, sorvetes e geleias. A mangabeira, atualmente, vem apresentando seu germoplasma bastante ameaçado, devido a redução da sua área original de ocorrência, pelo desmatamento, especulação imobiliária e plantio de cultivos como cana-de-açúcar, coqueiros e pastagens. Assim sendo, a referida espécie é uma das fruteiras mais ameaçadas de extinção no Nordeste. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a diversidade genética de 38 indivíduos de mangabeiras de três populações do Estado de Pernambuco por meio da técnica de marcadores moleculares ISSR. Foram coletadas folhas nas regiões de Tamandaré, Carneiro, Ilha de Itamaracá, Nazaré e Reserva do Paiva Com os dados foram realizados análises de coordenadas principais, estrutura de populações e gerado um dendrograma relacionando todas as populações através do método UPGMA. Também foram calculados locos polimórficos, locos monomorficos, diversidade genética de Nei, parâmetros de heterozigosidade total, a heterozigosidade média dentro de grupos, coeficiente médio de diferenciação entre os grupos e número de migrantes por geração. Foram selecionados 6 primers ISSR e produzidos um total 93 locos, sendo 10 monomorficos e 83 polimórficos. A média de bandas polimórficas por primer foi de 11,5, onde o primer UBC#851 foi o mais polimórfico, apresentando 14 bandas. Ao cruzar as informações entre o agrupamento UPGMA, ACoP e a estrutura de população, os indivíduos Hancornia 56, Hancornia 57 e Hancornia 58 evidenciaram uma estreita relação entre eles. Os resultados mostraram um alto nível de diversidade genética dentro da espécie (He = 0,30), sendo verificado que a maior parte da variabilidade genética se encontra dentro das populações. O fluxo gênico estimado foi de 1,18, ratificando a informação de que as espécies arbóreas tropicais têm apresentado valores de Nm superiores a 1. As populações de Hancornia speciosa estudadas apresentaram altos níveis de diversidade genética, a maioria dos quais se encontra dentro das populações.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-04-12T13:15:03Z No. of bitstreams: 1 Eulalia Alves Barros.pdf: 779730 bytes, checksum: 49d9a5e87b3827c9b66d4a4bc1496324 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T13:15:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eulalia Alves Barros.pdf: 779730 bytes, checksum: 49d9a5e87b3827c9b66d4a4bc1496324 (MD5) Previous issue date: 2012-12-27 / The goals of this thesis were to verify the conservation genetic status of the Segureño Spanish sheep breed and to evaluate the principal factors involved in the determination of growth traits in this breed. The data used n this study was provided by the Asociación Nacional de Criadores de Ovino Segureño – ANCOS, located in Granada province, Spain. The information about genetic variability and population structure were obtained using genealogical records from 37.459 animals registered between the years 1984 – 2007. To evaluate the inbreeding effects on growth traits, weight measurements taken between the years 1992 – 2007 were considered. The traits evaluated were: birth weight (BW), weight at 30 (W30), 45 (W45) and 75 (W75) days of age and also the average daily gains between 0-45 (ADG0-45), 0-75 (ADG0-75) and 45-75 (ADG45-75) days of age. The parameters used to evaluate the genetic diversity were: effective number of founders , effective number of ancestors , effective population size , inbreeding coefficient , average relatedness coefficient , generation interval , and the fixation indexes . To analyze the effect of the inbreeding on growth traits, were considered the individual inbreeding estimates and the environmental effects of sex, year-season-herd, birth type and age of the ewe. For the herds studied, a significant loss of genetic variability was not observed. The fixation indexes suggest that there is no population subdivision within the breed and the inbreeding level can be considered satisfactory for growth traits. Nucleus herds were not observed which may have contributed for the absence of within breed substructure. Among the environmental factors considered, the contemporary group (formed by individuals born in the same year-season-herd), the birth type and the sex of the lamb were the most important factors affecting the weights and average weight gains studied. / Objetivou-se, com esse trabalho, verificar o estado de conservação genética da raça espanhola de ovinos Segureño e avaliar os principais fatores envolvidos na determinação das características de crescimento em cordeiros da raça. Os dados usados neste estudo são provenientes da Asociación Nacional de Criadores de Ovino Segureño- ANCOS, sediada na província de Granada-Espanha. As informações sobre a variabilidade genética e a estrutura populacional foram obtidas utilizando as informações genealógicas de 37.459 animais registrados entre os anos de 1984 a 2007. Para avaliação dos efeitos da endogamia sobre o crescimento dos cordeiros, foram utilizadas as informações de pesagens de cordeiros, entre os anos de 1992 a 2007, e avaliados os pesos ao nascer (PN), aos 30 dias (P30), aos 45 dias (P45) e aos 75 dias (P75) de idade, além dos ganhos médios medidos entre 0-45, 0-75, e 45-75 dias de idade. Os parâmetros utilizados na avaliação da diversidade genética foram: número efetivo de fundadores , número efetivo de ancestrais , tamanho efetivo (Ne), coeficiente de consanguinidade (F), coeficiente de parentesco médio (AR), intervalo de gerações (IG) e índices de fixação ou estatística-F . Para análise dos efeitos dos níveis de endogamia sobre as características de crescimento, foram considerados os valores de endogamia individual e os fatores ambientais de sexo, ano-estação-rebanho, tipo de nascimento e idade da ovelha. Não foram observadas perdas de variabilidade genética significativas nos rebanhos estudados. Os índices de fixação indicam que não está ocorrendo subdivisão dentro da raça e os níveis de endogamia para as características de crescimento são considerados satisfatórios. Não foram identificados rebanhos núcleo, fato que pode ter contribuído para ausência de subestruturação dentro da raça. Entre os fatores ambientais considerados, o grupo de contemporâneos, formado por animais nascidos no mesmo ano-estação-rebanho, o tipo de nascimento e o sexo do cordeiro foram os que mais influenciaram os pesos e os ganhos médios de peso estudados.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-05-17T16:52:44Z No. of bitstreams: 1 Rejane Rodrigues de Oliveira.pdf: 1165758 bytes, checksum: c0b720fdb0abe126a99ef0251e11700e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-17T16:52:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rejane Rodrigues de Oliveira.pdf: 1165758 bytes, checksum: c0b720fdb0abe126a99ef0251e11700e (MD5) Previous issue date: 2012-12-27 / Aiming at studying the structure of population and demography of Murciano-Granadina goat breed, 24,444 data on pedigree, from Asociación Nacional de Criadores de Caprino de Raza Murciano-Granadina – CAPRIGRAN, were analyzed. In order to set population structure the following population data were analyzed: complete generations; complete generation equivalent; effective number of founders (fe); effective number of ancestors (fa); inbreed coefficient (F-statistics) and average relatedness coefficient (AR). The conclusion was that the levels of genetic variability in the studied population of Murciano-Granadina goat breed were in satisfactory level, allowing its utilization in programs of genetic improvement and conservation of genetic resources. As for demographic census, quantitative data were studied regarding: number of males and females; medium generation intervals (GI); effective number (Ne). The conclusion was that low depth of pedigrees limits getting more precise parameters. Smaller herds presented sex rate under recommended and the medium GI observed (2.77 years) demonstrates that population is under intense improvement work that can compromise genetic variability in the future. / Com o objetivo de estudar a estrutura de populações e a demografia da raça caprina Murciano-Granadina, foram avaliadas 24.444 informações de pedigree, pertencentes ao banco de dados da Asociación Nacional de Criadores de Caprino de Raza Murciano-Granadina - CAPRIGRAN. Para compor a estrutura da população, foram avaliados os seguintes parâmetros populacionais: número de gerações completas; número de gerações equivalentes; número efetivo de animais fundadores (fe); número efetivo de ancestrais (fa); coeficiente de consanguinidade (estatísticas F de Wright) e coeficiente médio de parentesco (AR), concluindo-se que a existência de variabilidade genética nas populações estudadas da raça caprina Murciano-Granadina da Espanha encontra-se em níveis satisfatórios, permitindo sua utilização em programas de melhoramento e de conservação de recursos genéticos. Para o censo demográfico, foram analisadas informações quantitativas sobre número de macho e fêmeas; intervalo médio de gerações (IG); tamanho efetivo da população (Ne), resultando na baixa profundidade dos pedigrees limitante na obtenção de parâmetros mais acurados e mais precisos. Os rebanhos menores apresentaram taxa sexual inferior ao recomendado, ao passo que o IG médio observado (2,77 anos) demonstra que a população está sob intenso trabalho de melhoramento genético, o que pode comprometer a variabilidade genética no futuro.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-10-26T13:40:10Z No. of bitstreams: 1 Raquel Ventura Lima.pdf: 907594 bytes, checksum: b1c95adf4722d8417b5de6105e98b747 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-26T13:40:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Raquel Ventura Lima.pdf: 907594 bytes, checksum: b1c95adf4722d8417b5de6105e98b747 (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The pacamã (Lophiosilurus alexandri) is a species of endemic catfish São Francisco river belonging to the order Siluriformes. It is a species very appreciated in the regions of the São Francisco River by the absence of intramuscular bones and quality of their steak, also highlighting the great potential for aquaculture. The pacamã among the most endangered species and restocking programs in the various regions of this basin have been developed. The aim of this study was to develop novel microsatellite markers for pacamã that can be used for genetic studies of this species and their populations. Tissue samples were collected from adult fish caught by artisanal fishing between the reservoirs of Sobradinho and Itaparica-BA-PE. First, a genomic DNA library was performed and a set of microsatellite was obtained. After genotyping, the number of alleles ranged from two to nine, and the average heterozygosity were 0659 (He) and 0.603 (Ho), respectively. Only one marker showed deviation from HWE and presence of null alleles. The overall coefficient of inbreeding (FIS) was 0.091, suggesting the presence of homozygous, which may be due to species characteristics. Polymorphic information content is, in most cases, greater than 0.5, confirming the efficiency of these markers for genetic studies / O pacamã (Lophiosilurus alexandri) é uma espécie de bagre endêmico do rio São Francisco pertencente a ordem dos Siluriformes. Trata-se de uma espécie muito apreciada nas regiões do rio São Francisco pela ausência de espinhos intramusculares e qualidade de seu filé, se destacando também pelo grande potencial para a aquicultura. O pacamã figura entre as espécies mais ameaçadas e programas de repovoamento nas diversas regiões desta bacia vêm sendo desenvolvidos. O objetivo deste trabalho foi desenvolver marcadores microssatélites inéditos para o pacamã que possam servir para estudos genéticos sobre essa espécie e suas populações. Amostras de tecido foram coletadas de peixes adultos capturados pela pesca artesanal entre os reservatórios de Sobradinho-BA e Itaparica-PE. Inicialmente, uma biblioteca genômica de DNA foi realizada e um conjunto de microssatélites foi obtido. Após a genotipagem, o número de alelos variou de dois a nove e as heterozigosidades médias foram de 0,659 (He) e de 0,603 (Ho), respectivamente. Apenas um marcador apresentou desvio do EHW e presença de alelos nulos. O coeficiente de endocruzamento total (FIS) foi de 0.091, sugerindo a presença de homozigotos, que pode ser em decorrência de características da espécie. O conteúdo de informação polimórfica foi, na maioria dos casos, superior a 0,5, atestando a eficiência desses marcadores para estudos genéticos futuros.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-12-18T12:19:03Z No. of bitstreams: 1 Sergio Rogerio Alves de Santana.pdf: 954076 bytes, checksum: 05aad5d1f40ed4b56cef9f69314de6b3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-18T12:19:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sergio Rogerio Alves de Santana.pdf: 954076 bytes, checksum: 05aad5d1f40ed4b56cef9f69314de6b3 (MD5) Previous issue date: 2017-07-28 / Cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp.) Has great socioeconomic importance, mainly in the North / Northeast, constituting one of the main food components of its populations, being an important source of employment and income for small and medium producers . The genetic improvement of this species has become increasingly relevant in the countries producing this legume. Among the several methodologies used to perform the breeding, the genetic divergence has been highlighted. This analysis has helped to classify genotypes into groups and facilitated the choice of parents with characteristics desirable for the purpose of the program. Some researches have already been carried out to obtain new varieties that have desirable agronomic characteristics, however, the researches in the state of Pernambuco are being developed in an incipient way. The objective of this study was to characterize 30 cowpea genotypes of the Germplasm Bank of the Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA), using morphoagronomic descriptors and to determine the genetic divergence between them. Qualitative and quantitative characteristics were evaluated according to the morphoagronomic descriptors proposed by Biodiversity Intenational (2007). The data were submitted to analysis of variance, obtaining the means, the variance matrix and residual covariance. The averages were purchased by the Scott-Knott test, at 5% probability, for all descriptors analyzed. With dissimilarity measures, the cluster analyzes were performed, using the multivariate technique. The coefficients of phenotypic and genotypic and environmental correlation between the pairs of characters were also estimated. There is genetic divergence among the studied genotypes, and can be used by breed improvement breeders. The quantitative characteristics contributed the most to the discrimination of the genetic divergence among the studied genotypes. The crosses between the genotypes Pitiúba x Cabeçudo, Pitiúba x Manteiga and Pitiúba x Costela de Vaca may originate new genetic combinations, because they present genetic divergence and because they have favorable agronomic characteristics. There is a high genetic component in the phenotypic expression of the evaluated traits, with a high probability of genetic gains through selection cycles for crop improvement. Among the characters evaluated, the number of pods per plant, the weight of ten pods and the weight of grains per pod are more suitable for selection of promising genotypes. / O feijão-caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.) possui uma grande importância socioeconômica, principalmente nas regiões Norte/Nordeste, constituindo um dos principais componentes alimentares de suas populações, sendo uma importante fonte de emprego e renda para pequenos e médios produtores. O melhoramento genético dessa espécie vem se tornando cada vez mais relevante nos países produtores dessa leguminosa. Dentre as diversas metodologias empregadas para realizar o melhoramento, a divergência genética vem se destacando. Essa análise vem auxiliando a classificação de genótipos em grupos e facilitando a escolha de genitores com características desejáveis para o objetivo do programa. Algumas pesquisas já foram realizadas para a obtenção de novas variedades que possuam características agronômicas desejáveis, no entanto, as pesquisas no estado de Pernambuco estão sendo desenvolvidas de forma incipiente. Diante disso, o presente trabalho teve como objetivo caracterizar 30 genótipos de feijão-caupi do Banco de Germoplasma do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA), por meio de descritores morfoagronômicos e determinar a divergência genética entre eles. Foram avaliadas características qualitativas e quantitativas de acordo com os descritores morfoagronômicos propostos pela Biodiversity Intenational (2007). Os dados obtidos foram submetidos à análise de variância, obtendo-se as médias, a matriz de variância e covariâncias residuais. As médias foram compradas pelo teste de Scott-Knott, a 5% de probabilidade, para todos os descritores analisados. Com as medidas de dissimilaridade foram realizadas as análises de agrupamento, sendo empregada a técnica de multivariáveis. Também foram estimados os coeficientes de correlação fenotípica, genotípica e ambiental entre os pares de caracteres. Existe divergência genética entre os genótipos estudados, podendo ser utilizada pelos melhoristas no melhoramento da cultura. As características quantitativas foram as que mais contribuíram para a discriminação da divergência genética entre os genótipos estudados. Os cruzamentos entre os genótipos Pitiúba x Cabeçudo, Pitiúba x Manteiga e Pitiúba x Costela de Vaca podem originar novas combinações gênicas, por apresentarem divergência genética e por possuírem características agronômicas favoráveis. Existe um alto componente genético na expressão fenotípica dos caracteres avaliados, com grande probabilidade de ganhos genéticos através de ciclos de seleção para o melhoramento da cultura. Entre os caracteres avaliados o número de vagem por planta, o peso de dez vagens e o peso de grãos por vagem são mais indicados para seleção de genótipos promissores.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-12-18T12:36:35Z No. of bitstreams: 1 Flavia Gomes da Silva.pdf: 1179327 bytes, checksum: db99f0969d6e76ec0106dc4eeed57e4f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-18T12:36:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Flavia Gomes da Silva.pdf: 1179327 bytes, checksum: db99f0969d6e76ec0106dc4eeed57e4f (MD5) Previous issue date: 2017-07-20 / The objective of this study was to evaluate the agronomic and quality characteristics of the must in varieties of Vitis vinifera L., as well as the genetic divergence between them. The varieties are: Chardonnay, Muscat Petit Grain, Sauvignon Blanc and Viognier (white wines) and Cabernet Sauvignon, Malbec, Merlot Noir, Petit Verdot, Pinot Noir and Syrah (red wines), grafted on Paulsen 1103 rootstock were. The experiment was conducted at the Experimental Station of the Agronomic Institute of Pernambuco (IPA) in Brejão-PE, and data from the second productive cycle were analyzed (August 2016 to January 2017). The design was randomized blocks with five replications and eight plants per plot. The phenotypic variability was evaluated for agronomic and must quality variables. It was evaluated: phenology (days) and thermal requirements (Day-degrees); bud sprouting (%) and bud fertility (bud sprout-1); (ha-1), number of bunches (bunch plant-1), bunch mass (g), bunch length and width (cm), volume of 100 berries (%), soluble solids (SS, ° Brix), pH, titratable acidity (AT,% tartaric acid) and SS/TA ratio. The results were submitted to analysis of variance and Tukey averages comparison test (p≤0.05). As a method of grouping, UPGMA and the analysis of canonical variables were used. Sprouting varied from 13.68 (Petit Verdot) to 81.6% (Sauvignon Blanc) and the fertility of 0.1 (Chardonnay) buds to 0.67 cherry bud-1 (Sauvignon Blanc). The length of the pruning cycle ranged from 133 days (Muscat Petit Grain) to 167 days (Merlot Noir), and the cumulative Degrees ranged from 1,684 GD (Muscat Petit Grain) to 2,070 GD (Merlot Noir). The bunch number ranged from five (Merlot Noir) to 29 plant-1 bunches (Sauvignon Blanc). 'Muscat Petit Grain' (160.2 g) stood out from the others for mass of curls, not differing from 'Syrah' and 'Malbec'. The varieties showed no difference in the length and width of bunches. For volume of 100 berries, 'Malbec' (216.0 ml) and 'Muscat Petit Grain' (213.6 ml) stood out. For the 'Sauvignon Blanc' (70.87%) yield, it stood out, not differing from 'Muscat Petiit Grain' (70,22%), 'Malbec' (64,31%) and 'Viognier' (69,79%). 'Muscat Petit Grain', 'Sauvignon Blanc', 'Viognier' (white wine), 'Cabernet Sauvignon', 'Malbec', 'Merlot Noir' and 'Syrah', PH (3.73, 3.90, 3.97, 3.68, 3.75, 3, 4, 6, 8, 50 and 3.86), AT (0.60, 0.57, 0.64, 0.77, 0.71, 0.59 and 0.54% tartaric acid) and the SS/AT ratio (36, 68, 40.29, 35.48, 29.31, 34.39, 39.42 and 42.28), respectively. The Muscat Petit Grain, Sauvignon Blanc (white wines) and Cabernet Sauvignon and Syrah (red wines) varieties stood out in agronomic analysis and grape quality. From the analyzes of genetic divergence for the characteristics analyzed, it was possible to identify that the varieties are divergent. / O objetivo deste trabalho foi avaliar as características agronômicas e de qualidade da uva em variedades de Vitis vinifera L., bem como a divergência genética entre elas. As variedades são: Chardonnay, Muscat Petit Grain, Sauvignon Blanc e Viognier (vinhos brancos) e Cabernet Sauvignon, Malbec, Merlot Noir, Petit Verdot, Pinot Noir e Syrah (vinhos tintos), enxertadas sobre o porta-enxerto Paulsen 1103. O experimento foi conduzido na Estação Experimental do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA) em Brejão-PE, sendo analisado os dados do segundo ciclo produtivo (agosto de 2016 a janeiro de 2017). O delineamento foi em blocos casualizados com cinco repetições e oito plantas por parcela. A variabilidade fenotípica foi avaliada para variáveis agronômicas e de qualidade do mosto. Avaliouse: fenologia (dias) e exigências térmicas (Graus-dia); brotação (%) e fertilidade de gemas (cacho broto-1); produção (kg planta-1) e produtividade (t ha-1), número de cachos (cacho planta-1), massa do cacho (g), comprimento e largura do cacho (cm), volume de 100 bagas (mL), rendimento de mosto (%), sólidos solúveis (SS, °Brix), pH, acidez titulável (AT, % de ácido tartárico) e a relação SS/AT. Os resultados foram submetidos a análise de variância e teste de comparação de médias de Tukey (p≤0,05). Como método de agrupamento, foram empregados UPGMA e a análise de variáveis canônicas. A brotação variou de 13,68 (Petit Verdot) a 81,6% (Sauvignon Blanc) e a fertilidade de gemas de 0,1 (Chardonnay) a 0,67 cacho broto-1 (Sauvignon Blanc). A duração do ciclo da poda a colheita variou de 133 dias (Muscat Petit Grain) a 167 dias (Merlot Noir), e os Graus-dia acumulados variaram de 1.684 GD (Muscat Petit Grain) a 2.070 GD (Merlot Noir). O número de cacho variou de cinco (Merlot Noir) a 29 cachos planta-1 (Sauvignon Blanc). ‘Muscat Petit Grain’ (160,2 g) se destacou das demais para massa de cachos, não diferindo da ‘Syrah’ e ‘Malbec’. As variedades não apresentaram diferença no comprimento e largura de cachos. Para volume de 100 bagas, ‘Malbec’ (216,0 ml) e ‘Muscat Petit Grain’ (213,6 ml) se sobressaíram. Para o rendimento de mosto ‘Sauvignon Blanc’ (70,87%) se destacou, não diferindo da ‘Muscat Petiit Grain’ (70,22%), ‘Malbec’ (64,31%) e ‘Viognier’ (69,79%). ‘Muscat Petit Grain’, ‘Sauvignon Blanc’, ‘Viognier’ (vinho branco), ‘Cabernet Sauvignon’ ‘Malbec’, ‘Merlot Noir’ e ‘Syrah’ (vinho tinto) obtiveram valores aceitáveis de SS (21,9; 22,6; 22,7; 22,3; 22,2; 21,0 e 22,9°Brix), pH (3,73; 3,90; 3,97; 3,68; 3,75; 3,50 e 3,86), AT (0,60; 0,57; 0,64; 0,77; 0,71; 0,59 e 0,54% de ácido tartárico) e na relação SS/AT (36,68; 40,29; 35,48; 29,31; 34,39; 39,42 e 42,28), respectivamente. As variedades Muscat Petit Grain, Sauvignon Blanc (vinhos brancos) e Cabernet Sauvignon e Syrah (vinhos tintos) destacaram-se nas análises agronômicas e na qualidade da uva. A partir das análises de divergência genética para as características analisadas, foi possível identificar que as variedades são divergentes.

Submitted by MARCOS LEANDRO TEIXEIRA DE OLIVEIRA (marcosteixeira@ufv.br) on 2018-07-24T12:43:55Z No. of bitstreams: 1 textocompleto.pdf: 723951 bytes, checksum: 25000f09a201aa6f11f03bd22606b6f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-24T12:43:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 textocompleto.pdf: 723951 bytes, checksum: 25000f09a201aa6f11f03bd22606b6f3 (MD5) Previous issue date: 2017-07-03 / A uniformidade da leitegada em suínos pode ser o fator de maior impacto econômico sobre a rentabilidade da suinocultura. O estudo sobre a uniformidade de leitegada ainda é um desafio, especialmente ao nascimento. Além disso, não existe um consenso sobre a melhor característica a ser utilizada para descrever a variabilidade dos dados em suínos. A importância do estudo dos parâmetros genéticos aliada às divergências existentes quanto aos critérios de seleção e estratégias a serem adotadas para aumento do tamanho e da uniformidade de leitegada em suínos motivaram a realização do presente estudo. Os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e as tendências genéticas para tamanho e uniformidade de leitegada, comparar índices de seleção com diferentes critérios para o melhoramento genético de suínos para características de leitegada e estabelecer a melhor variável para a avaliação genética da uniformidade de leitegada em suínos. Foram estudadas as seguintes características: número de leitões nascidos vivos (NV), peso médio dos leitões dentro de leitegada ao nascer (PMLN); desvio padrão do peso dos leitões dentro de leitegada ao nascer (DPN); coeficiente de variação do peso dos leitões dentro de leitegada ao nascer (CVN); número de leitões desmamados (ND); peso médio dos leitões dentro de leitegada aos 21 dias (PML21); desvio padrão do peso dos leitões dentro de leitegada aos 21 dias (DP21); e coeficiente de variação do peso dos leitões dentro de leitegada aos 21 dias (CV21). As herdabilidades para as características NV, PMLN, DPN e CVN foram superiores às obtidas ao desmame e iguais a 0,0898±0,0446, 0,3079±0,0787, 0,0115±0,0407, 0,0692±0,0458, respectivamente. As correlações genéticas entre CVN e NV ou PMLN (0,6400±0,3409 e - 0,9267±0,2147, respectivamente) estiveram associadas a menores erros padrão quando comparadas às correlações entre DPN e as mesmas características (-0,0219±0,9562 e -0,0869±0,7463, respectivamente). O aumento do NV esteve acompanhado do aumento no PMLN e DPN até atingir o ponto de máximo em 2012,7, reduzindo significativamente nos últimos anos. O mesmo não ocorreu com PML21, que permaneceu praticamente inalterado ao longo dos anos (0,0001 leitões por ano). As tendências genéticas anuais quadráticas para DPN e PMLN, seguidas pelas tendências genéticas lineares para NV, presumem que exista um tamanho ótimo intermediário quanto ao NV que proporcione máximos PMLN, apesar de ter sido associada a maiores DPN. O CVN parece ser uma medida mais apropriada para utilização em programas de melhoramento, principalmente quando avaliada ao nascimento, tendo em vista as suas maiores estimativas de herdabilidade. As tendências genéticas demostraram que o aumento do número de leitões desmamados não acompanhou o aumento do número de leitões nascidos vivos, ressaltando a necessidade de rever os objetivos do melhoramento, sobretudo avaliar as perdas econômicas em função da redução do peso médio dos leitões dentro de leitegada e do aumento do coeficiente de variação do peso dos leitões dentro de leitegada. Foram obtidos os seguintes índices de seleção: I 1 = 3,773873(NV) + 29,415334(PMLN) -71,343539(DPN); I 2 = 2,929140(NV) - 1,692489(CVN); I 3 = 9,186016(ND) + 26,984056(PML21) - 22,353914(DP21); I 4 = 5,600953(ND) - 6,201914(CV21). Os ganhos genéticos por geração situaram-se entre 0,3% e 0,9% para características da leitegada ao nascer e entre 0,1% e 0,2% para características da leitegada ao desmame, sendo possível a obtenção de ganhos genéticos para uniformidade de leitegada. Nesse contexto, seriam necessárias em torno de 10 a 15 gerações para obtenção dos ganhos genéticos desejados para as características avaliadas ao nascimento (NV, PMLN, DPN e CVN) e 30 a 35 gerações para a obtenção dos ganhos desejados para as características avaliadas ao desmame (ND, PML21, DP21 e CV21). Quando o objetivo do melhoramento é aumentar simultaneamente o tamanho da leitegada e sua uniformidade, os ganhos genéticos esperados por característica são maiores quando a seleção é praticada ao nascimento. A seleção para características de uniformidade de leitegada depende dos objetivos do melhoramento, com relações complexas entre as variáveis. No entanto, a utilização de índices contendo o NV, PMLN e DPN pode ser mais apropriada quando o interesse na resposta correlacionada favorável para CVN for maior, apesar dos ganhos diretos inferiores sobre DPN. / The litter uniformity in pigs may the factor of greatest economic impact on the profitability of pig production. The study about the litter uniformity is still a challenge, especially at birth. Moreover, there is not a consensus about the best trait to be used to describe the data variability in pigs. The importance of the study of genetic parameters, together with the existing divergences regarding the selection criteria and strategies to be adopted to increase the litter size and uniformity in pigs, motivated the accomplishment of the present study. The objectives were to estimate the genetic parameters and genetic trends for litter size and uniformity, to compare selection indexes with different criteria for animal breeding regarding litter traits, and to establish the best variable for genetic evaluation of litter uniformity in pigs. The following traits were studied: number of piglets born alive (NV), within-litter average of piglets’ birth weight (PMLN); within-litter standard deviation of piglets’ birth weight (DPN); within-litter coefficient of variation of piglets’ birth weight (CVN); number of piglets weaned (ND); within-litter average of piglets’ weight at 21 days of age (PML21); within-litter standard deviation of piglets’ weight at 21 days of age (DP21); and within-litter coefficient of variation of piglets’ weight at 21 days of age (CV21). The heritabilities for the traits NV, PMLN, DPN and CVN were higher than those obtained at 21 days of age, and equal to 0.0898 ± 0.0446, 0.3079 ± 0.0787, 0.0115 ± 0.0407, 0.0692 ± 0.0458, respectively. The genetic correlations between CVN and NV or PMLN (0.6400 ± 0.3409 and -0.9267 ± 0.2147, respectively) were associated with lower standard errors when compared with the genetic correlations between DPN and the same traits (-0.0219 ± 0.9562 and -0.0869 ± 0.7463, respectively). The increase in NV was followed by the increase in PMLN and DPN until reach the maximum point in 2012.7, decreasing significantly in the last years. The same did not occur with PML21, which remained almost unchanged over the years (0.0001 piglets per year). The annual quadratic genetic trends for DPN and PMLN, followed by the linear genetic trends for NV, assume that there is an optimum intermediate size regarding NV that provides maximum PMLN, although it has been associated with greater DPN. The CVN seems to be a more appropriate measure for use in breeding programs, especially when evaluated at birth, owing to its higher heritability estimates. The genetic trends showed that the increase in the number of piglets weaned did not follow the increase in the number of piglets born alive, emphasizing the need to review the breeding goals, mainly to evaluate the economic losses due to the decrease in within-litter average of piglets’ weight and the increase in within-litter coefficient of variation of piglets’ weight. The following selection indexes were obtained: I 1 = 3.773873(NV) + 29.415334(PMLN) – 71.343539(DPN); I 2 = 2.929140(NV) – 1.692489(CVN); I 3 = 9.186016(ND) + 26.984056(PML21) – 22.353914(DP21); I 4 = 5.600953(ND) – 6.201914(CV21). The genetic gains per generation were between 0.3% and 0.9% for litter traits at birth and between 0.1% and 0.2% for litter traits at weaning, making it possible to obtain genetic gains for litter uniformity. In this context, it would be necessary around 10 to 15 generations to obtain the desired genetic gains for the traits evaluated at birth (NV, PMLN, DPN and CVN) and 30 to 35 generations to obtain the desired gains for the traits evaluated at weaning (ND, PML21, DP21 and CV21). When the breeding goal is to increase simultaneously the litter size and its uniformity, the expected genetic gains per trait are greater when the selection is performed at birth. The selection for litter uniformity traits depends on the breeding goals, with complex relationships between the variables. However, the use of indexes including the NV, PMLN and DPN may be more appropriate when the interest in the favorable correlated response for CVN is greater, despite the lower direct gains on DPN.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-06-30T18:13:54Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-01T15:26:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-01T15:30:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-01T15:30:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) Previous issue date: 2009-04-30 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The palm (Elaeis guineensis Jacd) is a palm of great potential for sustainable agricultural development in the Amazon region, bringing social benefits, economic and environmental. The availability of varieties with high productivity and better adapted to the conditions of cultivation has a fundamental role in sustainable development of culture in this sense, one can resort to the use of biotechnology to increase the efficiency improvement programs. Microsatellite markers are tools preferred by breeders, because they are multi-allelic, has codominantes expression and show Mendelian inheritance, facilitating genetic analysis. Knowledge of the distribution of genetic variability within and between populations of palm, through the use of molecular markers, provide information for the implementation of plans for use and conservation of genetic resources of this species. From the results of that work can get grants for improving the palm at Embrapa Amazônia Ocidental, to provide the seed culture for the establishment of plantations with high productivity of oil. Samples were collected from 24 progenies of palm held at the Center for Experimental de palm the River Urubu (CERU) - Embrapa Amazônia Ocidental, and 22 progenies from self and two crosses between full siblings. There is low genetic variability in the progenies, with an average of five alleles per loci and total diversity (HT) equal to 0.0774. Of the four loci studied the site mEgCIR0254 had set in all the progenies and progenies LM11592, LM11547, LM11732, LM12366, LM13533, LM12826, LM11591 and PO393612, were fixed in all loci. These data were expected, they are progenies from self or full brother. The observed heterozygosities (Ho) the whole plant were lower than expected heterozygosity (He) in all loci, suggesting strong excess of homozygotes, indicating existence of a process endogamic. As the palm is allogamy plant and the progeny are genetically relatives, and autofecundadas, it is expected that the effects of inbreeding interfere directly in the indices of heterozygosity, contributing to the uniformity of the progenies. The AMOVA detected 62.99% of total variation among the progenies and 37.01% within progenies. Contrary to what has been observed in plants allogamy either in natural populations or collections of germplasm, where the greatest variability has been found within populations / provenances than between them, this paper notes that most of the variation was retained among the progeny, that is to be expected, because 91.67% of these are from self. / O dendê (Elaeis guineensis Jacd) é uma palmeira de grande potencial para o desenvolvimento agrícola sustentável da região Amazônica, trazendo benefícios sociais, econômicos e ambientais. A disponibilidade de variedades com alta produtividade e melhores adaptadas às condições de cultivo tem papel fundamental na sustentabilidade do desenvolvimento dessa cultura. Para este fim o conhecimento da distribuição da diversidade genética entre e dentro das progênies de dendezeiro, por meio do uso de marcadores moleculares microssatélites fornecerá informações para a implementação de planos de uso e conservação dos recursos genéticos dessa espécie . O objetivo desse trabalho foi estimar parâmetros de diversidade genéticos entre e dentro progênies de dendezeiro utilizadas na produção de sementes comerciais da Embrapa Amazônia Ocidental (Manaus-AM) . . Foram analisadas 24 progênies de dendezeiro que estão mantidas no Campo Experimental de Dendê do Rio Urubu (CERU) - Embrapa Amazônia Ocidental, sendo 22 progênies provenientes de autofecundação e duas de cruzamentos entre irmãos completos utilizando quatro loci SSR. Os dados obtidos foram analisados no Programa Genes e, através das análises verificou-se que existe baixa variabilidade genética nas progênies, com média de cinco alelos por loci e diversidade total (HT) igual a 0,0774. Dos quatro loci estudados o loco mEgCIR0254 apresentou fixado em todas as progênies e as progênies LM11592, LM11547, LM11732, LM12366, LM13533, LM12826, LM11591 e PO393612 apresentaram-se fixadas em todos os loci, devido principalmente serem progênies oriundas de autofecundação ou de irmão completos. As heterozigosidades observadas (Ho) no conjunto de plantas foram inferiores a heterozigosidade esperada (He) em todos os loci, sugerindo forte excesso de homozigotos, indicando existência de um processo endogâmico. Como o dendezeiro é planta alógama e as progênies serem geneticamente aparentadas, e ainda autofecundadas, é de se esperar que os efeitos da endogamia interfiram diretamente nos índices de heterozigose, contribuindo para a homogeneidade das progênies. A AMOVA detectou 62,99% do total da variação entre as progênies e 37,01% dentro das progênies. Ao contrário do que tem sido observado em plantas alógamas, seja em populações naturais ou coleções de germoplasmas, onde a maior variabilidade tem sido encontrada dentro das populações/procedências do que entre as mesmas, neste trabalho observa-se que a maior parte da variação ficou retida entre as progênies, isso é de se esperar, pois 91,67% destas são oriundas de autofecundação.