Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1630071 bytes, checksum: 2dd941b54f823e96f03e492f7614c6d1 (MD5) Previous issue date: 2012-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The breeding of pepper has been done by means of mass selection in landraces and breeds in recent times, some breeders have emphasized the use of hybridization in breeding programs. The knowledge the type of inheritance of the characteristics that will undergo continuous selections and diversity generated from the crossing is critical to the success of a breeding program. Thus the objectives of this work were study the type of allelic interaction and heritability involved in 19 quantitative traits of ornamental peppers, as well as the diversity generated from a cross between these divergent plants,using quantitative and qualitative data separately and integrated into a single analysis. We chose two access belonging to the germplasm bank of vegetable plants UFPB, contrasting to the greatest number of characters (77.3 and 76). These were crossed to form F1 generation. The F2 seeds were obtained from the selfing of the F1 generation. The crossing of the latter with their parents led generations back crossed BC1 and BC2. All these generations were used for studies of allelic interaction analysis and generation for all traits, except the qualitative traits. We used 10 plants of each parent and F1, and 180, 90 and 90 for each F2, RC1 and RC2, respectively. For the analysis of genetic diversity were used all generations. Three methods were compared to generate of matrices and two types data integration. The values found for the broad-sense heritability were higher than 0.6 in all studied traits except for petiole length, leaf width and dry weight of fruit. Estimates of narrow sense heritability were greater than 0.5 in all characteristics except for corolla diameter, petal width, smaller fruit diameter and dry matter. The characteristics of the plant the additive-dominant model was adequate to explain the variation found in the characteristics crown width, plant height, stem length, leaf width and diameter of the corolla, thus, the epistatic effects significantly influence the expression of other characteristics. As for the content of anthocyanin in flowers, stem, leaf and fruit, were observed values in the broad sense heritability and narrow above 0.85 and 0.63, respectively, and the additive-dominant model was adequate to explain the variation found in these four characteristics. From the cross between the acess 77.3 and 76.Possible was to generate genetic variability as much as we used quantitative data separately for the use of both a single integrated data analysis of genetic diversity. / O melhoramento de pimenteiras tem sido feito por meio de seleção massal em raças crioulas e, nos últimos tempos, alguns melhoristas têm dado ênfase ao uso de hibridação em programas de melhoramento. O conhecimento do tipo de herança envolvida nas características que irão passar por contínuas seleções e a diversidade gerada a partir dos cruzamentos é de suma importância para o sucesso de um programa de melhoramento. Assim os objetivos desse trabalho foram estudar o tipo de interação alélica e a herdabilidade envolvida em 19 caracteres quantitativos em pimenteiras ornamentais, bem como, a diversidade gerada a partir de um cruzamento divergente entre essas plantas, utilizando dados quantitativos e qualitativos separadamente e integrados em uma mesma análise. Foram escolhidos dois acesso pertencentes ao banco de germoplasma de Hortaliças da UFPB, contrastantes para o maior número de caracteres (77.3 e 76). Estes foram cruzados para a constituição da geração F1. As sementes F2 foram obtidas a partir da autofecundação da geração F1. O cruzamento desta última com os seus genitores geraram as gerações retrocruzadas RC1 e RC2. Todas estas gerações foram utilizadas para os estudos de interação alélica e análise de geração para todos os caracteres avaliados, exceto os qualitativos. Foram utilizadas 10 plantas de cada genitor e F1, e 180, 90 e 90 para cada geração F2, RC1 e RC2, respectivamente. Para a análise de diversidade genética foram utilizadas todas as gerações. Foram comparados 3 métodos de geração de matrizes e dois tipos de integração de dados. Foram encontrados valores para a herdabilidade no sentido amplo superiores a 0,6 em todas as características estudadas exceto para o comprimento do pecíolo, largura da folha e matéria seca do fruto. As estimativas da herdabilidade no sentido restrito foram superiores a 0,5 em todas as características exceto para diâmetro da corola, largura da pétala, menor diâmetro do fruto e matéria seca. Nas características de porte da planta o modelo aditivo-dominante foi adequado para explicar a variação encontrada nas características largura da copa, altura da planta, comprimento do caule, largura da folha e diâmetro da corola, assim os efeitos epistáticos tem influencia significativamente na expressão das demais características. Quanto ao conteúdo de antocianina nas flores, pedúnculo, folha e fruto, foram observa das herdabilidades no sentido amplo e restrito superiores a 0,85 e 0,63, respectivamente, e o modelo aditivo-dominante foi adequado para explicar a variação encontrada nessas quatro características. A partir do cruzamento entre os acessos 77.3 e 76, foi possível gerar variabilidade genética tanto quando foram utilizados dados quantitativos separadamente quanto a utilização de ambos os dados integrados numa mesma análise de diversidade genética.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 984593 bytes, checksum: e93d968884fde8f1904c5210804ac0a3 (MD5) Previous issue date: 2011-04-29 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The toxins produced by Actinobacillus pleuropneumoniae (App) are recognized as major virulence factors found in this pathogen. Apx toxin I has strong hemolytic and cytotoxic activity, and this toxin has a high cytotoxic activity against pulmonary macrophages and neutrophils in swine. This exotoxin is produced by different serotypes, including the serotypes 1, 5, 9, 10, 11 and 14, which are involved with the most severe reported clinical cases. In general, these toxins are encoded by operons consisting of four genes: C, A, B and D, where the gene A encoding the structural proteins. The molecular basis of evolution and genetic diversity among the serotypes of App are not well understood. One of the possible explanations for this can be unavailability of DNA sequences of this bacteria in public databases. Thus, this study aimed to sequence the gene apxIA and assess the genetic diversity of this gene in isolates of the App with reference sequences available in GenBank (NCBI). In this study, we analyzed 42 isolates of serotype App 5A and 5B. The sequences of these isolates were compared with other sequences available in GenBank databases using the program MUSCLE 3.8.31 and polymorphisms of the nucleotide and amino acid sequences were analyzed. The nucleotide substitution model used was F81 + I + G, estimated from the set of sequences aligned using the program jModeltest 0.1.1. The results showed the presence of differences in the ApxI sequences that allowed group the 41 Brazilian isolates in 14 haplotypes (groups of sequences with 100% identity). Brazilian isolates were grouped into two groups (1 and 2), being distinguished by mutations in the amino acid residues 2 and 3 of protein ApxI. These results indicate the existence of a genetic diversity among isolates of App and can assist in the development of more efficient vaccine candidates. / As toxinas produzidas por Actinobacillus pleuropneumoniae (App) são, reconhecidas como os principais fatores de virulência encontrados neste patógeno. A toxina Apx I apresenta forte atividade hemolítica e citotóxica sendo considerada a exotoxina que apresenta maior atividade citotóxica contra macrófagos pulmonares e neutrófilos em suínos. Essa exotoxina é produzida por diferentes sorotipos de App, 1, 5, 9, 10, 11 e 14, sendo estes envolvidos com a maioria dos casos clínicos graves reportados. Em geral, essas toxinas são codificadas por operons constituídos por quatro genes: C, A, B e D, onde o gene A codifica a proteína estrutural. As bases moleculares da evolução e a diversidade genética existente entre os sorotipos de App ainda não estão bem compreendidas. Uma das possiveis explicações para esse fato pode ser pela reduzida disponibilidade de seqüências gênicas dessa bactéria em bancos de dados públicos. Neste sentido, este trabalho teve como objetivo sequenciar o gene apxIA e avaliar a diversidade genética desse gene de isolados brasileiros de App com as sequências de referência disponiveis no banco de dados Genbank (NCBI). Neste trabalho, foram analisados 42 isolados brasileiros de App sorotipo 5A e 5B. As sequências destes isolados foram comparadas a outras seqüências disponíveis nos bancos de dados GenBank utilizando o programa MUSCLE 3.8.31 e os polimorfismos das sequências de nucleotídeos e aminoácidos foram analisados. O modelo de substituição de nucleotídeos empregado foi o F81+I+G, estimado a partir do conjunto de sequências alinhadas utilizando o programa jModeltest 0.1.1 . Os resultados evidenciaram a presença de polimorfismos nas seqüências brasileiras que permitiram agrupar os 41 isolados, em 14 haplótipos (grupos de sequências com 100% de identidade) diferentes. Os isolados brasileiros foram agrupados em dois grupos (1 e 2), sendo distinguidos por mutações nos resíduos de aminoácidos 2 e 3 da proteína ApxI. Esses resultados indicam a existência de uma diversidade gênica entre os isolados brasileiros de App e auxiliarão no desenvolvimento de candidatos vacinais mais eficientes.

Submitted by KELLY CRISTINA DA LUZ null (kellynha_luz@hotmail.com) on 2016-11-02T21:42:31Z No. of bitstreams: 1 Kelly Cristina da Luz Final.pdf: 1753561 bytes, checksum: ff74f3975a428e6703ecf23e56e0c45d (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-11-10T12:33:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 luz_kc_me_ilha.pdf: 1753561 bytes, checksum: ff74f3975a428e6703ecf23e56e0c45d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-10T12:33:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luz_kc_me_ilha.pdf: 1753561 bytes, checksum: ff74f3975a428e6703ecf23e56e0c45d (MD5) Previous issue date: 2016-09-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dipteryx alata é considerada uma espécie endêmica do Cerrado brasileiro. Atualmente a espécie necessita de atenção pelo aumento da fragmentação da área de ocorrência. Destaca-se por apresentar madeira resistente e pela a alta produção de frutos. O objetivo do estudo foi estimar os parâmetros genéticos a partir dos caracteres morfométricos dos frutos, sementes e plântulas, de modo a fornecer informações da variabilidade genética existente dentro e entre as procedências da espécie para futuros programas de melhoramento genético e para a conservação. Os frutos foram coletados em três populações naturais, Campo Grande - MS, Ituiutaba - MG e Paulo de Faria – SP, em outubro de 2014. As mudas foram preparadas no viveiro da Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão (FEPE/UNESP). Para as análises morfométricas dos frutos e sementes, foram mensurados a largura (mm), espessura (mm), comprimento (mm) e massa (g). Nas plântulas foram avaliadas a altura total (cm) e o diâmetro do coleto (mm). Foi utilizado o delineamento blocos completos (DBC) com uma planta por parcela. Observou-se diferenças significativas entre procedências e progênies para os caracteres dos frutos, sementes e plântulas, indicando a presença de variação genética. Os resultados da herdabilidade média, coeficiente de variação individual e acurácia, indicaram que para os frutos, sementes e plântulas há presença de variabilidade genética. Na análise em conjunto das plântulas pode-se verificar que houve diferenças significativas para o efeito de procedência e não significativa para o efeito de progênie. Resultados indicam que esses materiais podem ser utilizados para a conservação genética da espécie e para o melhoramento genético. / Dipteryx alata is considered endemic species of the Brazilian Cerrado. Currently the species needs attention by the increased fragmentation of the occurrence area. It stands out for presenting resistant wood and the high production of fruits. The aim of the study was to estimate genetic parameters from the morphometric fruits, seeds and seedlings, to provide information of genetic variability within and between species provenances for future breeding programs and conservation. The fruits were collected in three natural populations, as Campo Grande - MS, Ituiutaba - MG and Paulo de Faria - SP, in October 2014. The seedlings were prepared in the nursery Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão (FEPE/UNESP). For morphometric analysis of fruits and seeds were measured (mm) thickness (mm) Length (mm) Mass (g). In the seedlings were evaluated the total height (cm) Stem diameter (mm). We used the design complete block design (RBD) with one plant per plot. There were statistically significant differences among provenances and progenies for the characters of fruits, seeds and seedlings, indicating the presence of genetic variation. The results of the average heritability coefficient of individual variation and accuracy, indicated that for the fruits, seeds and seedlings there is presence of genetic variability. In the analysis of all the seedlings can be seen that there were significant differences in the effect of origin and not significant for the effect of progeny. Results indicate that these materials may be used for genetic conservation of species and genetic improvement.

A transformação do mosto de uva em vinho envolve uma série de ações combinadas de diferentes gêneros e espécies de microrganismos. A espécie Saccharomyces cerevisiae domina a fase intermediária e a fase final da fermentação alcoólica. De modo geral, as leveduras enológicas podem ser caracterizadas pela capacidade fermentativa, produção de H2S (sulfeto de hidrogênio) e seu comportamento killer. A Embrapa uva e vinho possui em sua Coleção, diversas leveduras autóctones isoladas de bagas de uvas oriundas de diversas regiões do Brasil. Entretanto, a diversidade genética destes isolados não é conhecida. Neste estudo foram avaliados a capacidade fermentativa, formação de H2S, fator killer e sensibilidade ao fator killer de 150 leveduras provenientes das cultivares Malvasia Bianca (FMB14), Moscato Alexandria (FMA14) e Moscato Tradicional (MBTF14) todas oriundas da região de Farroupilha- RS. A capacidade fermentativa foi avaliada juntamente com a formação de H2S, inoculando as leveduras em meio mosto sulfito. Os testes ao fator killer e sensibilidade ao fator killer foram avaliados através do meio Lorena/ELNC (80:20). As linhagens com perfil para elaboração de vinhos e produtoras da toxina killer foram identificadas por amplificação da região ITS1- 5.S- ITS2 por PCR e por PCR-RFLP. Foi avaliada também a diversidade genética de 23 linhagens da espécie de Saccharomyces cerevisiae da Coleção da Embrapa Uva e Vinho, usando a técnica de PCR-RAPD. Foram empregados para detectar a variabilidade genética das leveduras os oligonucleotídeos iniciadores: (GTG)5, (GAC)5, (GACA)4 e M13. Os resultados mostraram que a maioria das linhagens apresentaram baixa velocidade fermentativa aliada à diferentes níveis de produção de H2S. Somente 3 linhagens apresentaram capacidade fermentativa adequada quando comparadas com as linhagens de referencia 1vvt/97 e K1, quais sejam, 29MBF14, 39MBTF14 e 50MBF14. Apenas a linhagem 29MBTF4 formou pequenas quantidades de H2S. Verificou-se que 64% das linhagens isoladas mostraram-se metabolicamente capazes de biossintetizar H2S. Somente 9,33% apresentaram comportamento killer e apenas 6,66% mostraram sensibilidade à proteína killer. Os resultados apresentados sugerem ter relação com as cultivares utilizadas no isolamento. Verificou-se a existência de diferenças genéticas entre as linhagens de Saccharomyces cerevisiae estudadas com todos os iniciadores utilizados. Os iniciadores que mais discriminaram linhagens de Saccharomyces cerevisiae foram (GTG)5 e (GAC)5. / Grape must conversion into wine involve combined actions of different genus and species of microorganism. The species Saccharomyces cerevisiae dominates intermediate and final stages of alcoholic fermentation. Generally, the oenological yeasts are characterized by their fermentative capacity, production of H2S (hydrogen sulfide) and killer behavior. Embrapa Grape and Wine has a Yeast Collection that encompasses many autochthonous strains isolated of grape berries from different regions of Brazil. However, the genetic diversity of these yeasts are stilling known. This study has evaluated the fermentative capacity, production of H2S, killer factor and killer factor sensibility of 150 yeasts isolated from the cultivars Malvasia Bianca (FMB14), Moscato Alexandria (FMA14) and Moscato Tradicional (MBTF14) all belonging from Farroupilha commune in Rio Grande do Sul State. The fermentative capacity has been tested along with the evaluation of H2S production by the inoculation of the yeasts in sulfite must medium. The production and detection of factor killer and the evaluation of sensitive characteristics have been measured in Lorena/ELNC (80:20) solid medium. Yeasts with optimal fermentative characteristics and the ones producing killer toxin have been identified by amplification of ITS1-5.8S-ITS2 region by PCR -RFPL. This study also has evaluated the genetic diversity of 23 yeasts strains of Saccharomyces cerevisiae, belonging to the Yeast Collection of Embrapa Grape and Wine, employing PCRRAPD technique. The primers (GTG)5, (GAC)5, (GACA)4 and M13 have been used to detect the yeasts genetic diversity. The results showed that the majority of the yeasts analyzed have demonstrated low fermentative velocity combined with different levels of H2S production. From the three cultivars analyzed, only Moscato Tradicional showed yeasts with a suitable fermentative capacity when compared to the reference yeasts EMBRAPA 1vvt97 e K1, and they were named as 29MBF14, 39MBTF14 and 50MBF14. It was verified that 84%, 76% and 36% of the isolated strains from Malvasia Bianca, Moscato Tradicional and Moscato Alexandria, respectively, were capable to biosynthesize H2S. Concerning to killer behavior, 14%, 12% and 2% of the isolated strains from Moscato Tradicional, Moscato Alexandria and Malvasia Bianca, respectively, were capable of producing killer factor. These outcomes suggest the influence of the cultivar into the microflora biodiversity. Genetic differences were also demonstrated between the strains of Saccharomyces cerevisiae for all the primers tested. Primers GTG5 and GAC5 were the most discriminative.

O florestamento dos campos do sul da América do Sul incluindo os campos do Pampa estão mudando a paisagem local e levando a mudanças nas populações de aves. O conhecimento sobre o efeito do florestamento sobre a avifauna dos campos do sul da América do Sul é bastante limitado à riqueza e composição de espécies. Além de preencher lacunas considerando diferentes índices para avaliar respostas das comunidades de aves ao florestamento dos campos (Capítulos 2 e 3), nesta tese nós também avaliamos se Áreas de Preservação Permanente localizadas dentro de plantações de eucalipto são funcionais para a avifauna local, fazendo uma comparação com áreas de campo pastejado (Capítulo 1). No capítulo 1 nós registramos uma diferença na composição de espécies entre as áreas devido principalmente às mudanças na altura e densidade da vegetação. Nos capítulos 2 e 3 nós avaliamos diferentes componentes da diversidade (taxonômica, filogenética e funcional) considerando possíveis efeitos do florestamento dos campos sobre estes Nossos resultados demonstram respostas diferenciadas entre os componentes, enquanto o florestamento leva a uma redução na diversidade taxonômica, diversidade filogenética e funcional não demonstram respostas negativas. No capítulo 2 no entanto, nós observamos que o florestamento dos campos conduz a uma perda de distintividade evolutiva, beneficiando desta forma linhagens que se diversificaram recentemente. No capítulo 3 apesar da redução na diversidade taxonômica não houve uma redução na diversidade funcional em áreas plantadas. Já a associação de alguns atributos funcionais com as áreas pós-corte, indica a plasticidade de algumas espécies que retornam para essas áreas logo após o corte dos plantios.De modo geral nossos resultados indicam que a manutenção de mosaicos de campo de diferentes alturas maximiza a biodiversidade local de aves e destaca a importância da proteção de áreas campestres. Além disso, vimos que considerar diferentes componentes da diversidade que incorporam informações sobre as espécies são importantes pois podem informar por exemplo, quantas extinções uma comunidade pode suportar até que funções importantes sejam perdidas, afetando assim a estabilidade dos ecossistemas. / The afforestation of southern grasslands of South America including the Pampa grasslands are changing the local landscape and leading to reduction of bird populations. Knowledge about the effect of afforestation on the avifauna of the southern South American grasslands is limited to richness and composition of species. In addition to filling gaps considering different indices to evaluate responses of the bird communities to the afforestation of the grasslands (Chapters 2 and 3), in this thesis we also evaluated whether Permanent Preservation Areas located within eucalyptus plantations are functional for the local avifauna, making a comparison with grazed grasslands areas (Chapter 1). In Chapter 1 we recorded a difference in species composition between areas due mainly to changes in height and density of vegetation. In chapters 2 and 3 we evaluated different components of diversity (taxonomic, phylogenetic, and functional), considering possible effects of grasslands afforestation on them. Our results demonstrate differentiated responses among components, while afforestation leads to a reduction in taxonomic diversity, phylogenetic and functional diversity do not demonstrate negative responses In chapter 2 however, we observe that grasslands afforestation leads to a loss of evolutionary distinctiveness, thus benefiting species that have diversified recently. In chapter 3, despite the reduction in taxonomic diversity, there was no reduction in functional diversity in planted areas. Furthermore, the association of some functional traits with the post-cut areas indicates the plasticity of some species that return to these areas soon after cut the plantations. In general our results indicate that the maintenance of grasslands mosaics of different heights maximize the local biodiversity of birds and highlight the importance of the protection of grasslands areas. In addition, we have seen that considering different components of diversity that incorporate information on species is important because they can tell, for example, how many extinctions a community can support until important functions are lost.

Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-11-28T12:01:20Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Vinícius Pereira Pinto - 2017.pdf: 1766318 bytes, checksum: 434666d4b4d8dea79ee04fb075107a9b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-11-28T13:49:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Vinícius Pereira Pinto - 2017.pdf: 1766318 bytes, checksum: 434666d4b4d8dea79ee04fb075107a9b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-28T13:49:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Vinícius Pereira Pinto - 2017.pdf: 1766318 bytes, checksum: 434666d4b4d8dea79ee04fb075107a9b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-09-22 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Genetic diversity is a fundamental component for the survival of any species over evolutionary time, because it is the repertoire of possible responses to environmental pressures, which are dynamic and constant. Knowledge of the magnitude and structuring patterns of this diversity allows to understand how environmental and microevolutionary factors have interacted over time and shaped the populations. Microsatellite markers have been the most used molecular tool in recent decades for mapping studies of diversity and genetic structure due to its high degree of polymorphism, genomic abundance and codominant nature. For native species these markers rarely are available, however, the regions flanking the microsatellites are usually conserved among evolutionarily close species, which allows the transfer of these markers. Pterodon emarginatus Vogel, popularly known as Sucupira branca, is a tree plant belonging to the legume family. This species is widely used for medicinal purposes because of the broad properties of its secondary compounds. In addition, it provides rigid wood of interest for construction and is also used as an ornamental species. Despite the substantial number of studies directed to the medicinal potential, little is known about the genetic diversity present in this species. Therefore, the objectives of the work were to transfer to P. emarginatus microsatellite markers developed for Dipteryx alata and to access the diversity and genetic structure in natural populations of P. emarginatus. For this, the cross-amplification of 25 primers were tested and 12 natural populations were genotyped for 6 loci. Of the 25 primers tested, 2 (8%) showed good amplification and polymorphism pattern. The set of markers used revealed a total of 45 alleles for the 12 populations evaluated, with a mean of 7.667 per locus. This value ranged from 4 (DaE12) to 22 (PVESTBR067). Populations showed intermediate levels of genetic diversity (He = 0.555) and greater variability within populations than among populations. Small but significant levels of inbreeding were detected due to both the mating system and the population subdivision (f = 0.07; Fst = 0.073). These results support that the species presents a mixed mating system, being preferentially allogama. The pattern of divergence among populations was moderately structured in space (Mantel = 0.440, p <0.002) indicating a profile of large continuous populations with significant levels of gene flow over distances up to approximately 400 km. / A diversidade genética é componente fundamental para a sobrevivência de qualquer espécie ao longo do tempo evolutivo, isto porque configura-se como o repertório de possíveis respostas ás pressões ambientais, que são dinâmicas e constantes. O conhecimento da magnitude e dos padrões de estruturação dessa diversidade permite entender como fatores ambientais e microevolutivos tem interagido ao longo do tempo e moldado as populações, possibilitando melhor uso e conservação. Marcadores microssatélites tem sido a ferramenta molecular mais utilizada nas últimas décadas para estudos de mapeamento de diversidade e estrutura genética, devido ao seu alto grau de polimorfismo, abundância genômica e natureza codominante. Para espécies nativas raramente esses marcadores estão disponíveis, no entanto, as regiões que flanqueiam os microssatélites costumam ser conservadas entre espécies evolutivamente próximas, o que possibilita a transferência desses marcadores. Pterodon emarginatus Vogel, popularmente conhecida como Sucupira Branca, é uma planta arbórea pertencente à família das leguminosas. Esta espécie é amplamente utilizada com propósitos medicinais devido ao vasto potencial terapêutico de seus compostos secundários. Além disso, fornece madeira rígida de interesse para construção civil e também é utilizada como espécie ornamental. Apesar da grande quantidade de estudos direcionados para o potencial medicinal, pouco se sabe sobre a diversidade genética presente nessa espécie. Diante disso, os objetivos do trabalho foram transferir para P. emarginatus marcadores microssatélites desenvolvidos para Dipteryx alata e acessar a diversidade e estrutura genética em populações naturais de P. emarginatus. Para isso, foi testada à amplificação cruzada de 25 iniciadores e 12 populações naturais foram genotipadas para 6 locos microssatelites. Dos 25 iniciadores testados, 2 (8%) apresentaram bom padrão de amplificação e polimorfismo. O conjunto de marcadores utilizados revelou um total de quarenta e cinco alelos, com uma média de 7,667 por loco. Esse valor variou de 4 (DaE12) a 22 (PVESTBR067). As populações apresentaram nível intermediário de diversidade genética (He=0,555) e maior variabilidade dentro de populações do que entre populações. Foram detectados pequenos, porém significativos, níveis de endogamia devido tanto ao sistema de acasalamento quanto a subdivisão populacional (f= 0,07; Fst= 0,073). Esses resultados suportam que a espécie apresenta sistema misto de acasalamento. O padrão de divergência entre as populacionais demonstrou-se moderadamente estruturado no espaço (Mantel= 0,440; p<0,002) indicando um perfil de grandes populações continuas, com níveis significativos de fluxo gênico em distancias até aproximadamente 400 km.

O controle biológico de cigarrinha com Metarhizium (Hypocreales: Clavicipitaceae) na cana-de-açúcar é um exemplo de sucesso da aplicação do manejo sustentável de pragas no Brasil. No entanto, pouco se sabe sobre a riqueza, distribuição e ecologia das espécies de Metarhizium nos agroecossistemas e ambientes naturais no Brasil. Neste trabalho, avaliou-se a diversidade genotípica e realizou-se a identificação específica de 96 isolados depositados na Coleção de Entomopatógenos \"Prof. Sérgio Batista Alves\" da ESALQ-USP pelo sequenciamento da região 5\' do fator de alongamento da tradução 1 alfa (5\'-TEF) e das regiões espaçadoras intergênicas do DNA nuclear MzIGS3 e MzFG543igs. Observou-se a existência de 10, 11 e 17 haplótipos pelas sequências destes genes, respectivamente. Foram ainda obtidos 41 isolados de dois talhões de canavial em Araras-SP que consistiram em 9 haplótipos pela região MzIGS3. Foi observada a existência de cinco espécies de Metarhizium, duas atualmente reconhecidas, M. anisopliae s.l. e M. robertsii s.l., sendo estes os dois clados mais abundantes e três novas linhagens não caracterizadas taxonomicamente, referidas aqui como Metarhizium sp. indet. 1, Metarhizium sp. indet. 2 e Metarhizium sp. indet. 3. Com exceção de um único isolado todos os outros provenientes de insetos, incluindo os isolados de cigarrinha, pertencem a um único clado de M. anisopliae s.l. M. robertsii foi obtido exclusivamente a partir de amostras de solo ou rizosfera. Apesar de proporcionar um maior grau de resolução genética entre os isolados a região MzIGS3 se mostrou incapaz de reconstruir a filogenia consenso para o clado PARB, dificultando a sua utilização como sequência diagnóstica na identificação ou análise filogenética de espécies de Metarhizium. Além disso, foi desenvolvida uma técnica de bioensaio em laboratório para avaliação de patogenicidade de Metarhizium spp. sobre M. fimbriolata com mortalidade da testemunha inferior a 12%, após 28 dias de avaliação. A caracterização da expressão dos genes pr1A, mad1 e mpl relacionados à virulência de três isolados de M. anisopliae (ESALQ 1037, ESALQ 1641 e ESALQ 1204) cultivados em meio mínimo e meio mínimo com cutícula de M. fimbriolata, D. saccharalis e T. molitor não revelou uma associação entre a expressão relativa desses genes ea virulência dos fungos in vivo. As informações contidas neste trabalho poderão contribuir em estudos de identificação e caracterização de Metarhizium em habitats naturais e agrícolas de no Brasil e países vizinhos na América do Sul, assim como auxiliar no contínuo desenvolvimento e acompanhamento do programa de controle biológico de M. fimbriolata com Metarhizium na cultura da cana-de-açúcar. / Biological control of spittlebug with Metarhizium (Hypocreales: Clavicipitaceae) in sugarcane is an example of the successful application of sustainable pest management in Brazil. However little is known about the richness, distribution and ecology of Metarhizium species in agroecosystems and natural environments of Brazil. In this study, the genotypic diversity was accessed and species designation was assigned for 96 Metarhizium strains deposited in the Collection of Entomopathogens \"Prof. Sérgio Batista Alves\" from ESALQ-USP using the sequence variation at 5\'-TEF and the nuclear intergenic loci MzFG543igs and MzIGS3. Sequence diversity at these loci included 10, 11 and 17 sequence haplotypes, according to these loci, respectively. 41 strains were recovered from two sugarcane fields and consisted of 9 haplotypes according to MzIGS3. Five species of Metarhizium were observed, being the two most abundant taxa, Metarhizium anisopliae, Metarhizium robertsii and an additional three taxonomically unassigned lineages are referred to here as Metarhizium sp. indet. 1, Metarhizium sp. indet. 2 and Metarhizium sp. indet. 3. With a single exception, all strains isolated from insects belong to single clade of M. anisopliae, including the isolates infecting spittlebugs in sugarcane agroecosystems. M. robertsii was only recovered from soil or rhizosphere samples. Despite providing a greater degree of genetic resolution among strains, MzIGS3 revealed the inability to recapitulate the consensus phylogeny for the PARB clade and complicates its use as a stand-alone tool for species identification or phylogenetic analysis of Metarhizium. In addition, a laboratory bioassay technique was developed for pathogenicity screening of Metarhizium spp. on M. fimbriolata with low mortality on control group (8-12%) after 28 days of evaluation. The expression of genes pr1A, Mad1 and mpl of three M. anisopliae strains (ESALQ 1037, ESALQ1204 and ESALQ 1641) grown in minimal medium and minimal medium with M. fimbriolata, D. saccharalis or T. molitor cuticle apparently was not related to virulence of the fungi in vivo. Together these data will serve as resources for identification, discovery and communicating about Metarhizium biodiversity for insect biological control applications in Brazil and adjacent countries in South America, as well as assist in the ongoing development and monitoring of the biological control program of M. fimbriolata with Metarhizium in sugarcane fields.

A espécie Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart. é uma palmeira nativa, popularmente conhecida como macaúba, que possui ampla utilização desde a indústria alimentícia até na produção de biodiesel. Para estudos genéticos, foram coletados e extraído DNA de 50 indivíduos da espécie em três assentamentos no Pontal do Paranapanema-SP (FU, PJ e GB) e em Amparo-SP (AM) toatalizando 200 amostras. Os objetivos do trabalho foram caracterizar a diversidade genética, a estrutura genética espacial (EGE) e o sistema reprodutivo da espécie no Pontal do Paranapanema. A diversidade genética foi caracterizada pelos parâmetros: número de alelos por loco (&Acirc; ), heterozigosidades observada (&Hcirc;o) e esperada (&Hcirc;e) e índice de fixação (F^ ). As estatísticas F foram utilizadas como parâmetro de diferenciação genética entre ( F^ ST) e dentro das subpopulações ( F^IS). A EGE foi realizada pela estimativa do coeficiente de coancestria (&theta;^xy ) entre pares de árvores em relação a posição espacial destas. As populações de macaúba estudadas apresentaram níveis relativamente altos de polimorfismo, pois dos nove locos utilizados obteve-se um total de 103 alelos, sendo que 34 alelos são privados. O &Hcirc;o médio variou de 0,410 a 0,531; O &Hcirc;e médio variou de 0,547 a 0,615. O F apresentou valores positivos e significativos (0,119, 0,173 e 0,276) nas médias de PJ, GB e AM, respectivamente. As estatísticas F mostraram 16,8% de diferenciação entre as populações, ou seja, a maior parte da diversidade genética se encontra dentro das populações. Apenas para a população FU a EGE não foi significativa, na população PJ foi significativa na distância de 810 m (&theta;^xy =0,0211), porém foi considerado sem significado biológico. Nas outras o &theta;^xy foi significativo nas distâncias de 38 m (&theta;^xy = 0,0182 a &theta;^xy = 0,0418) e 71 (&theta;^xy =0,0213 a &theta;^xy =0,0934) para GB e AM, respectivamente, indicando que indivíduos dentro destas distâncias possuem algum grau de parentesco. Os parâmetros para estudar o sistema de reprodução foram calculados pelo MLTR e foram utilizadas 246 progênies (20 mães) da população FU, obtendo os parâmetros t^m =0,97, t^s =0,928, t^m - t^s=0,042, r^s =0,1 e r^p(m) =0,015. O número efetivo de doadores de pólen foi 66,66, a porcentagem de meio-irmãos, irmãos de autofecundação e cruzamento, irmãos completos e irmãos de autofecundação foram 92,7%, 5,8%, 1,4% e 0,09%, respectivamente. O tamanho efetivo foi 3,10, a coancestria foi &theta;^ =0,134 e o número de matrizes foi m^ =48,29. A macaúba é uma palmeira alógama, não houve correlação significativa de paternidade e o número de matrizes para coleta de sementes deve ser pelo menos 15 sementes de 49 árvores. / Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart. is a native palm, also known as Macaw, which has widespread utilization in the food industry as well as for biodiesel oil production. Samples were collected and DNA was extracted from 50 adult individuals in each of the three rural settlements at Pontal do Paranapanema (FU, PJ and GB) and at Amparo-SP (AM), totaling 200 samples. The study aimed to characterize the genetic diversity, spatial genetic structure (SGS) and the mating system in the Pontal do Parapanema. Genetic diversity was estimated by number of aleles per locus (&Acirc;), observed (&Hcirc;o) and expected heterozygozity (&Hcirc;e), fixation index (F^). The F^ statistics were used as genetic differentiation parameter among and within subpopulations. The SGS was studied by coancestry coeficiente (&theta;^xy ) between pair of trees. The studied populations showed relatively high levels of polymorphism using nine microsatellites loci with a total of 103 alleles, where 34 of these are private. The average of &Hcirc;o and &Hcirc;e ranged from 0.410 to 0.531 and 0.547 to 0.615, respectively. The fixation index (F^) presented positive and significant values in average for PJ (0.119), GB (0.173) and AM (0.276), respectively. The genetic differentiation ( F^ ST) was 16,8%, so most of the diversity is within populations. Only in the FU population the SGS was not significant, was significant up to 810 m (&theta;^xy=0.0211) for PJ with no ecological meaning. This parameter (&theta;^xy) was significant at up to 38 m (&theta;^xy = 0.0182 a &theta;^xy = 0.0418) and 71 m (&theta;^xy =0.0213 a &theta;^xy =0.0934) for GB and AM, respectively, indicating that individuals within these distances are related. The parameters to study the mating system were calculated using MLTR with 246 siblings of open pollination of 20 maternal families trees of the FU population, showing values of t^m=0,97, t^s =0,928, t^m - t^s=0,042, r^s =0,1 e r^p(m) =0,015. The number of effective pollen donors was 66,66, the percentage of the pairwise half sibs self-half-sibs, full sibs and sef sibs were 92,7%, 5,8%, 1,4% and 0,09%, respectively. The effective size was 3,10, the coancestry was &theta;^ =0,134 and the number of matrices m^ =48,29. The macaw palm is an outcrossing palm, there was no significant correlation of paternity and the collection of seeds should be in at least 15 seeds from more than 49 trees to keep a high genetic diversity.

Oscilações climáticas globais levaram a mudanças na paisagem durante o período Quaternário. A filogeografia é uma disciplina que busca compreender os processos evolvidos na estruturação espacial da diversidade genética, que é uma das consequências das expansões e retrações da vegetação. Estudos filogeográficos na região Neotropical são importantes para o entendimento da origem e manutenção da grande biodiversidade desta região. Para investigar a influência destes processos na evolução de espécies arbóreas, analisamos os padrões de distribuição da diversidade genética de três espécies do gênero Ficus amplamente distribuídas na região Neotropical. Ficus insipida e F. adhatodifolia são duas espécies próximas deste gênero, que ocorrem nas duas maiores formações florestais da região Neotropical, e apresentam similaridades ecológicas e morfológicas. Os padrões filogeográficos observados neste estudo revelaram uma diversificação recente, com hibridação ancestral na região central da América do Sul, região de contato entre a Amazônia e a Mata Atlântica. Por sua vez, os padrões filogeográficos observados em F. citrifolia revelaram que as flutuações climáticas do Pleistoceno não foram responsáveis por uma estruturação na distribuição espacial da diversidade genética desta espécie. A alta diferenciação genética entre as populações e a presença de haplótipos fixados estão relacionados com efeitos do fundador. A diversificação das linhagens iniciou no Pleistoceno, com a separação de dois clados principais. Devido à ausência de clados estruturados geograficamente, as relações filogenéticas das linhagens de F. citrifolia parecem ter sido influenciadas por eventos de dispersão a longas distâncias, seguidos de fortes gargalos de garrafa. / Global climate oscillations led to changes in the landscape during the Quaternary. Phylogeography is a discipline that seeks to understand the processes involved in spatial structure of genetic diversity, which is a consequence of expansions and retractions of vegetation. Phylogeographic studies in the Neotropics are important to the understanding the origin and maintenance of high biodiversity of this region. To investigate the influence of these processes in the evolution of tree species, we analyzed the distribution patterns of genetic diversity of three species of the genus Ficus widespread in the Neotropics. Ficus insipida and F. adhatodifolia are two closely related species of this genus, which occur in two major forest types of the Neotropical region, and present ecological and morphological similarities. The phylogeographic patterns observed in this study revealed a recent diversification, with ancestral hybridization in central South America, the contact area between the Amazon and the Atlantic Forest. In turn, the phylogeographic patterns observed in F. citrifolia revealed that the climatic fluctuations of the Pleistocene were not responsible for the spatial structuring of the genetic diversity distribution. The high genetic differentiation between populations and the presence of fixed haplotypes are related to founder effects. The diversification of lineages initiated in the Pleistocene, with the separation of two major clades. Due to the absence of geographically structured clades, the phylogenetic relationships of F. citrifolia lineages appear to have been influenced by long distances dispersal events, followed by strong bottlenecks.

Estudos que avaliam a resistência aos antimicrobianos em ecossistemas naturais são de alta relevância para a identificação de reservatórios ambientais da resistência bacteriana aos antimicrobianos. O presente trabalho teve como objetivo analisar isolados E.coli provenientes de amostras de água da Lagoa dos Patos quanto ao perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos, presença de integron de classe 1, presença de bomba de efluxo e diversidade genética. As amostras de água foram provenientes de oito pontos situados ao longo da Lagoa dos Patos. A susceptibilidade foi avaliada frente a 15 antimicrobianos. A presença da região variável de integron de classe 1 foi verificada através da reação em cadeia da polimerase. A indicação da presença de bomba de efluxo foi realizada comparando a Concentração Inibitória Mínima da ampicilina na presença e ausência de um inibidor de bomba efluxo. A diversidade genética dos isolados foi avaliada através da amplificação de seqüências repetitivas. As contagens de E. coli variaram entre 0 (pontos situados no Parque Itapuã) e 5,4x10³ UFC/100mL (ponto situado Enseada de Tapes). Foram identificados um total de 477 isolados de E.coli. As maiores percentagens de isolados resistentes foram encontrados frente à tetraciclina (22,2%) e 16,5% dos isolados foram considerados multiresistentes. Dos 157 isolados resistentes aos antimicrobianos, 39,4% apresentaram integron classe 1, sendo que destes, 42 isolados foram considerados multiresistentes. Pode-se inferir que 23 isolados multiresistentes apresentaram bombas de efluxo. Este estudo revelou diferentes padrões de susceptibilidade a antimicrobianos na Lagoa dos Patos, dependendo do grau de impacto antrópico. A presença de integron de classe 1 e bombas de efluxo pode estar contribuindo para o aparecimento de isolados multiresistentes aos antimicrobianos. Os isolados apresentaram grande diversidade pelo ERIC-PCR, indicando várias origens de contaminação nos pontos de coleta analisados. / Studies that evaluate antibiotic resistance in natural ecosystems are of great importance to identify environmental reservoirs of bacterial resistance to antibiotics. This study aimed to characterize E.coli strains isolated from water samples of the Lagoa dos Patos, in regards of their susceptibility profile, presence of integron class 1, presence of efflux pump and genetic diversity. Water samples were collected from eight points along the Lagoa dos Patos. Antimicrobial susceptibility was tested against 15 antibiotics. The presence of the variable region of class 1 integron was verified through Polymerase Chain Reaction. The indication of the presence of efflux pump was performed by comparing the MIC of ampicillin with and without efflux pump inhibitor. Genetic diversity of isolates was analyzed by repetitive sequences. E. coli counts ranged from 0 (points within the Parque Itapuã) to 5.4 x10³ CFU/100mL (point Enseada de Tapes). A total of 477 E.coli isolates were identified. The highest percentages of resistance were related to tetracycline, with 22.2% of resistant isolates and the multidrug resistance rates were 16.5%. Of 157 isolates resistant to antibiotics, 39.4% had class 1 integrons, and 42 isolates out of those were considered multidrug resistant. The presence of efflux pumps could be inferred on 23 resistant isolates. This study revealed different patterns of antimicrobial susceptibility in the Lagoa dos Patos, depending on the degree of human impact. The presence of integrons and efflux pumps may be contributing to antibiotic multiresistance phenotype. The isolates showed a great genetic diversity through the ERIC-PR, indicating multiple sources of contamination in the sampling points analyzed.