Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-03-12T16:44:52Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rejane Araújo Guimarães - 2014.pdf: 1258382 bytes, checksum: cdef87095b435bfcbc107052f516ff89 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-03-13T19:02:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rejane Araújo Guimarães - 2014.pdf: 1258382 bytes, checksum: cdef87095b435bfcbc107052f516ff89 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T19:02:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rejane Araújo Guimarães - 2014.pdf: 1258382 bytes, checksum: cdef87095b435bfcbc107052f516ff89 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The distribution patterns of genetic variability within and among subpopulations are important to know the performance of evolutionary processes, to adopt effective conservation strategies and to use genetic plant resources. The population genetic structure is focused on how the genetic variability is distributed within and between subpopulations. Microsatellite markers are especially useful for such analyzes because are highly informative. The Baru (Dipteryx alata Vogel), belongs to the Fabaceae family and is widely distributed in the Cerrado biome, also has a great potential for use in local cooking, as ornamental plant and in popular medicine, so being an important genetic resource plant. This study aimed to evaluate the genetic structure among subpopulations of D. alata which constitute a germplasm collection, maintained by the Escola de Agronomia, of the Universidade Federal de Goiás. The collection consists of 600 individuals from 150 progenies of 25 subpopulations from different regions of Cerrado biome. Nine pairs of primers were used, eight developed for the species D. alata and one developed and transferred from Phaseolus vulgaris for molecular analysis. The number of alleles ranged from 2 to 14 alleles, with an average of 5.5 allele per locus. The average of observed heterozygosity was equal to 0.340 and ranged from 0.102 (DaE06) to 0.711 (DaE41). The expected heterozygosity, under the condition of Hardy-Weinberg equilibrium was equal to 0.383, ranging from 0.162 (DaE06) and 0.809 (DaE41). The analysis of population genetic structure showed a level of medium relatedness between individuals of the same progeny (θs) of 0.169, which is equivalent to that kinship expected for a mixture of half-sibs and full sibs. From the value θs, it can be concluded that there is a high genetic differentiation between the progenies. When evaluated the subpopulations was found an estimated θp equal to 0.097, suggesting that there is a moderate genetic structure. The value of overall intrapopulation fixation index (f=0.122) indicated the presence of low inbreeding in subpopulations that composes the collection of germplasm. The estimated apparent outcrossing rate (ta) value was equal to 0.78. The overall F value was significant and equal to 0.27. The analysis of population genetic structure revealed the presence of genetic structure among subpopulations and among progenies within of the subpopulations. This reveals that the germplasm collection of D. alata presents genetic diversity within and among populations, indicating that the conservation strategies should consider both levels. / Os padrões de distribuição da variabilidade genética dentro e entre subpopulações são importantes a fim de conhecer a atuação dos processos evolutivos, para a adoção de estratégias eficazes de conservação e uso de recursos genéticos vegetais. A estrutura genética populacional está relacionada com a forma como a variabilidade genética está distribuída dentro e entre as subpopulações. Os marcadores microssatélites são especialmente úteis para tais análises por serem altamente informativos. O Baru (Dipteryx alata Vogel), pertence à família Fabaceae e apresenta ampla distribuição no bioma Cerrado e um grande potencial para o uso na culinária local, ornamental e medicinal, sendo um importante recurso genético vegetal. Este estudo teve como objetivo avaliar a estrutura genética entre subpopulações de D. alata que constituem uma coleção de germoplasma, mantida pela Escola de Agronomia da Universidade Federal de Goiás. A coleção consiste de 600 indivíduos de 150 progênies de 25 subpopulações provenientes de diferentes regiões do bioma Cerrado. Foram utilizados nove pares de primers, oito desenvolvidos para a espécie D. alata e um desenvolvido e transferido de Phaseolus vulgaris para a análise molecular. Foram observados entre 2 e 14 alelos, com média de 5,5 alelo por loco. O valor médio de heterozigosidade observada foi igual a 0,340 e variou de 0,102 (DaE06) a 0,711 (DaE41). A heterozigosidade esperada, sob a condição de equilíbrio de Hardy-Weinberg, foi igual a 0,383, variando entre 0,162 (DaE06) e 0,809 (DaE41). A analise de estrutura genética populacional apresentou um nível de parentesco médio entre indivíduos de uma mesma progênie (θs) de 0,169, o que equivale ao parentesco esperado para uma mistura de meio-irmãos e irmãos completos. A partir do valor de θs, pode-se concluir que há uma alta diferenciação genética entre as progênies. Quando avaliadas as subpopulações, foi encontrado um valor estimado de θp igual a 0,097, sugerindo que existe uma moderada estruturação genética. O valor do índice de fixação intrapopulacional global (f=0,122) indicou a presença de baixa endogamia nas subpopulações que compõem a coleção de germoplasma. A estimativa da taxa de fecundação cruzada aparente (ta) teve valor igual a 0,78. O valor global de F foi significativo e igual a 0,27. A análise de estrutura genética populacional revelou presença de estruturação genética entre subpopulações e entre progênies dentro de subpopulações. Isso revela que a coleção de germoplasma de baru apresenta diversidade genética entre e dentro de populações, indicando que as estratégias de conservação devem considerar os dois níveis.

A caracterização e o entendimento da diversidade e estrutura genética de acessos armazenados em bancos de germoplasma é importante para a sua efetiva utilização em programas de melhoramento. Neste trabalho, 192 acessos japoneses de arroz pertencentes ao Banco de Germoplasma do Departamento de Genética da ESALQ/USP foram caracterizados por 23 descritores agromorfológicos (13 variáveis contínuas e dez variáveis categóricas) e 24 marcadores microssatélites (12 SSRs genômicos e 12 EST-SSRs). As variáveis contínuas que apresentaram maior contribuição para a variabilidade entre os acessos foram avaliadas novamente em um segundo experimento para considerar os efeitos de interação genótipo por ano na diversidade. Os acessos apresentaram variabilidade para ambos os tipos de variáveis, e o tipo de variável utilizada na avaliação e a interação genótipo por ano implicaram em diferentes padrões de agrupamento entre os acessos, sendo que o agrupamento mais consistente foi o realizado considerando todas as variáveis e os dois anos agrícolas. Os 24 marcadores microssatélites detectaram um total de 181 alelos, 38 dos quais foram exclusivos. A média do número de alelos por loco foi de 7,54 e a diversidade gênica foi de 0,59 para os SSRs genômicos e de 0,46 para os EST-SSRs. As análises caracterizaram os acessos japoneses como 98,4% pertencentes à subespécie Japônica. A resposta dos acessos para estresse por frio na germinação foi avaliada em três experimentos; I: os 192 acessos e três testemunhas tolerantes foram avaliados sob duas condições: 13ºC por 28 dias (estresse por frio) e 28ºC por sete dias (condições ótimas); II: dezessete acessos selecionados entre os que apresentaram melhores desempenhos na temperatura de 13ºC foram avaliados juntamente com as três testemunhas em gradiente de temperatura de 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC para estudar a interação genótipo por temperatura; III: os genótipos do experimento II foram avaliados para germinação e estabelecimento inicial de plântulas a 15ºC em areia. A diminuição da temperatura teve efeito significativo no desempenho dos acessos, e a interação genótipo por temperatura foi significativa para comprimento do coleóptilo e índice de velocidade de germinação. Entre os acessos estudados foi observada variação genética para as características relacionadas com a germinação em baixa temperatura e encontraram-se acessos com reduções nos comprimentos de coleóptilo e radícula devido ao frio comparáveis com a das testemunhas, embora com velocidade de crescimento menor, inclusive em temperatura ótima. Uma coleção nuclear constituída por 52 acessos e representativa da diversidade fenotípica e molecular observada nos 192 acessos foi obtida. / Germplasm characterization and the knowledge of its diversity and population structure are important to effective utilization of genetic resources in breeding programs. In this work, 192 Japanese rice accessions maintained at Germplasm Bank of Genetics Department at ESALQ/USP were characterized using 23 agromorphological descriptors (13 continuous and ten categorical variables) and 24 SSR markers (12 genomic SSRs and 12 EST-SSRs). The continuous variables presenting more contribution in the divergence among accessions were evaluated again in a second harvest year to account interaction between genotype and year in the diversity. Japanese accessions presented variability for continuous and categorical variables and the type of variable and the genotype by year interaction resulted in a different pattern of clustering of accessions. The most consistent cluster was that considering both continuous and categorical variables and the two harvest years. A total of 181 alleles were detected by the microsatellite markers, 38 of them were private. Allele per locus mean was 7.54 and gene diversity was 0.59 for genomic SSRs and 0.46 for EST-SSRs. Accessions were classified as 98.4% belonging to japonica subspecies. Accessions response to cold stress at the germination was evaluated in three experiments; I: 192 accessions and three coldtolerant controls were evaluated under two conditions: 13ºC during 28 days (cold stress) and 28ºC during seven days (optimal temperature); II: seventeen accessions selected among those presenting better performance in the first experiment were evaluated along with three cold-tolerant controls under five temperatures: 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC to study genotype by temperature interaction; III: germination and plantule initial development in sand at 15ºC of genotypes used in the second experiment were evaluated. It was detected variability among the accessions to germination under cold stress. Temperature decrease had significant effect for germination velocity index and coleoptile and radicle length, and the interaction between genotype and temperature was significant for germination velocity index and coleoptile length. The accessions presented genetic variability for cold tolerance germination and accessions presenting coleoptile and radicle reductions due to cold comparable with cold-tolerant controls were detected. A core collection containing 52 accesions representing the phenotypic and molecular diversity of the 192 accessions was obtained.

A análise da estruturação populacional de espécies codistribuídas permite a comparação de padrões de estruturação, fornecendo informações acerca dos fatores que influenciam a diferenciação em espécies pertencentes ao mesmo ecossistema. Este projeto teve como objetivo principal analisar a variabilidade intraespecífica em caranguejos habitantes de manguezais, codistribuídos ao longo do Oceano Atlântico Ocidental, por meio de ferramentas moleculares e morfológicas, visando testar a hipótese de elevada estruturação populacional em manguezais. Para este fim, cinco espécies foram utilizadas como modelo (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri e Ucides cordatus) e avaliadas por meio de marcadores mitocondriais COI e 16S e nuclear H3 e análises morfológicas comparativas e de morfometria. Os dados moleculares revelaram dois padrões, indicando elevada estruturação populacional para as espécies A. pisonii e U. thayeri e ausência de estruturação para G. cruentata, S. rectum e U. cordatus. Os dados morfológicos, no entanto, não acompanham esses padrões, já que não foram encontradas diferenças morfológicas ou morfométricas associadas aos grupos evidenciados pelas análises moleculares. A ausência de fluxo gênico entre regiões para algumas espécies deve-se, muito provavelmente, à existência de fatores que não se limitam ao isolamento por distância, mas também devido a diferenças na duração do estágio larval e a diferenças bruscas em alguns fatores abióticos, como a salinidade, por exemplo, que, associados às diferentes características do desenvolvimento larval de cada espécie, culminam na existência de estruturas populacionais diferentes. Além disso, os padrões de diferenciação genética observados concordam com os cenários biogeográficos propostos para o Atlântico Ocidental, no qual mudanças e flutuações geológicas, climáticas e oceanográficas, resultantes do fechamento do Istmo do Panamá e de ciclos glaciais na América do Norte, promoveram divergência genética. / The analysis of population structure of codistributed species allows the comparison of patterns of population structuring, providing information on the factors that influence the differentiation in species belonging to the same ecosystem. This project aimed to analyze the intraspecific variability of crabs inhabiting mangroves, codistributed along the western Atlantic Ocean, by means of molecular and morphological tools, in order to test the hypothesis of high populational structure in mangroves. The genetic variability of five species used as models (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri and Ucides cordatus) was assessed using the mitochondrial genes COI and 16S and the nuclear H3 and comparative morphological analysis and morphometry were performed. The molecular data revealed two patterns, indicating high population structure for the species A. pisonii and U. thayeri and absence of structure for G. cruentata, S. rectum and U. cordatus. The morphological data, however, do not follow these patterns, because there were no morphological or morphometric differences associated with the groups evidenced by the molecular analyzes. Possibly the absence of gene flow between regions for some species is due to factors not limited to isolation by distance, but also because of differences in the larval stage duration and in withstanding some abiotic factors, such as salinity. These factors associated with different characteristics of larval development can culminate in differences on population structure. In addition, the genetic differentiation patterns observed agree with biogeographical scenarios proposed for the western Atlantic, where geological, climate and oceanographic fluctuations, resulting from the Isthmus of Panama closure and cyclical glaciation in North America, promoted genetic divergence.

Submitted by Helena Bejio (helena.bejio@unioeste.br) on 2017-11-23T18:28:14Z No. of bitstreams: 2 Kaian AC Kaefer 2017.pdf: 1845326 bytes, checksum: edb6796b0ffa6e8bd03f93ee005810c6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-23T18:28:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Kaian AC Kaefer 2017.pdf: 1845326 bytes, checksum: edb6796b0ffa6e8bd03f93ee005810c6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The work aimed to characterize common corn strains for resistance to main leaf diseases and to suggest crosses based on the genetic diversity detected in SNP markers, besides to identify genomic regions and to study of control involved in the resistance of white leaf spot (WLS) and northern leaf blight (NLB). For genetic diversity, the 72 maize lines were genotyped with SNP markers using the 650K Platform (Affymetrix®) and quantified using the Tocher and UPGMA methods. For the characterization, the experiment was conducted in a randomized complete block design with three repetitions. The genotypic values of the main diseases were predicted using by the procedure of REML / BLUP. For association mapping, 72 maize lines genotyped for SNP markers were associated with genotypic values of WLS and NLB. For the study of genetic control, the experiment was conducted in the agricultural year 2016 and it was composed of a randomized block design with three replications, being estimates based on the analysis of the variances of the segregating and nonsegregating generations. According to the results, the existence of genetic variability was detected among maize lines and this way, with the data of the distances through the molecular markers, it is possible to orient the crosses accurately, aiming at genetically resistant genotypes to the foliar diseases. The use of association mapping may be an efficient strategy in the selection of WLS and NLB resistant genotypes, without the need for crosses. With genetic control studies, inheritances of the quantitative type allied with the high restricted heritabilities of WLS and NLB, allow good selection efficiency and satisfactory selection gains. / Os objetivos do trabalho foram caracterizar linhagens de milho comum para resistência às principais doenças foliares e sugerir cruzamentos com base na diversidade genética detectada em marcadores SNP, além de mapear regiões genômicas e estudar o controle genético envolvido nas resistências à mancha branca (MB) e à helmintosporiose (HT). Para a caracterização das 72 linhagens, o experimento foi conduzido no delineamento em blocos casualizados com três repetições. Os valores genotípicos para às principais doenças foram preditos empregando-se o procedimento REML/BLUP. Para a diversidade genética, as 72 linhagens foram genotipadas com marcadores SNP empregando-se a Plataforma 650K (Affymetrix®), sendo quantificada utilizando-se os métodos de Tocher e UPGMA. Para o mapeamento por associação, as 72 linhagens genotipadas com marcadores SNP foram associados aos valores genotípicos da MB e HT, utilizando o modelo linear misto (MLM). Para o estudo do controle genético, o experimento foi conduzido no ano de 2016 e foi composto por blocos casualizados com três repetições, sendo as estimativas genotípicas baseadas na análise das variâncias das gerações segregantes e não segregantes. De acordo com os resultados, detectou-se a existência de variabilidade genética entre as linhagens de milho e deste modo, com os dados das distâncias por meio dos marcadores moleculares é possível orientar com maior precisão os cruzamentos, visando obter genótipos mais resistentes às principais doenças foliares. O emprego do mapeamento por associação pode ser uma estratégia eficiente na seleção de genótipos resistentes à MB e à HT, sem a necessidade de cruzamentos. Com os estudos de controle genético, heranças do tipo quantitativa aliadas com as altas herdabilidades restritas de MB e HT, permitem boa eficiência na seleção e ganhos de seleção satisfatórios.

Submitted by Helena Bejio (helena.bejio@unioeste.br) on 2017-12-04T17:19:14Z No. of bitstreams: 2 Jonatas_Marcolin_2017.pdf: 1529869 bytes, checksum: 182017133f5454db9f8fc1e8635e6663 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-04T17:19:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Jonatas_Marcolin_2017.pdf: 1529869 bytes, checksum: 182017133f5454db9f8fc1e8635e6663 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-08-28 / The objective of this work was to stratify the crop environments of west and central western Paraná, in order to complement the information obtained in each location, to evaluate the potential per se of the genitors, to demonstrate heterosis in hybrids and to obtain genetic control information for attributes related to productivity and maturation. Productivity and harvest moisture information of 16 commercial hybrids, conducted in DBC with two replicates, present in the Coodetec VCU trials in the seasons of 2014 and 2015, sown in the micro regions of Cascavel, Toledo, Foz do Iguaçu for representation of the West and in the microregion of Campo Mourão and in Mariluz, representing the Caiuá sandstone, for the representation of the central western Paraná, were used for environmental stratification, using the factor analysis methodology. For the study of heterosis, potential per se and genetic control, we selected 13 elite strains from the Coodetec breeding program, from which leaf discs were collected for genotyping with SNP molecular markers. The 78 hybrids, recorded in a half-diallel table, the 13 parents and 9 commercial hybrids were planted in Mariluz, Palotina and São Pedro do Iguaçu, in a 10x10 square lattice with three repetitions. Male and female blooms, crop moisture, yield and the weight of one thousand seeds were evaluated. For the grouping based on the dissimilarity matrix, the modified Tocher (sequential) method was used, and the methodologies of Gardner and Eberhart (1966) and Hayman (1954) were used for evaluation of the diallel. The environmental stratification showed that the municipalities of Cascavel, Palotina, Mariluz, Campo Mourão and São Pedro do Iguaçu are vital selections for yields, and Campo Mourão, Cascavel, Mariluz, Santa Terezinha do Itaipu, Palotina and São Pedro do Iguaçu for crop moisture. The cluster analysis formed three heterotic groups based on genetic distance, and the mean heterosis showed the possibility of exploiting the group of strains for precocity and yield. The combinations CD008 x CD038 and CD072 x CD070 stood out for population synthesis and CD010 x CD034 for direct synthesis of the hybrid. The CD034 strain stood out as more divergent among the strains studied for testing potential. The genetic information showed that the dominant strains are found more frequently in the parents, except for yield, which is predominantly recessive. Dominant gene effects are predominant in the control of the variables studied with an overdominant interaction between the alleles. The CD069 strain shows a higher number of dominant genes for maturation and the CD038 strain had a higher number of dominant genes for yield. / O trabalho teve como objetivo estratificar ambientes de safrinha do Oeste e Centro Ocidental do Paraná quanto a complementariedade de informações obtidas em cada local, avaliar o potencial “per se” de genitores, a manifestação da heterose em híbridos e obter informações sobre o controle genéticos para atributos relacionados a produtividade e maturação. Informações de produtividade e de umidade de colheita de 16 híbridos comerciais, conduzidos em DBC com duas repetições, presentes nos ensaios de VCU da Coodetec nas safrinhas 2014 e 2015, semeados nas microrregiões de Cascavel, Toledo, Foz do Iguaçu para representação do Oeste e na microrregião de Campo Mourão e em Mariluz, representando o arenito Caiuá, para a representação do Centro Ocidental paranaense, foram utilizados para estratificação ambiental, utilizando-se a metodologia de análise de fatores. Para o estudo da heterose, potencial “per se” e o controle genético, foram selecionadas 13 linhagens elite do programa de melhoramento da Coodetec, das quais foram coletados discos foliares para genotipagem com marcadores moleculares SNP. Os 78 híbridos, obtidos em um dialélo de meia tabela, os 13 genitores e 9 híbridos comerciais foram semeados em Mariluz, Palotina e São Pedro do Iguaçu, em látice quadrado 10x10 com três repetições. Foram avaliados floração masculina e feminina, umidade de colheita, produtividade e peso de mil sementes. Para o agrupamento baseado na matriz de dissimilaridade foi empregado o método de Tocher modificado (sequencial), para a avaliação do dialélo foi utilizada a metodologia de Gardner e Eberhart (1966) e a metodologia de Hayman (1954). A estratificação ambiental evidenciou que os municípios Cascavel, Palotina, Mariluz, Campo Mourão e São Pedro do Iguaçu são mais informativos para seleção para produtividade e Campo Mourão, Cascavel, Mariluz, Santa Terezinha do Itaipu, Palotina e São Pedro do Iguaçu para umidade de colheita. A análise agrupamentos formou três grupos heteróticos baseado na distância genética, a heterose média evidenciou possibilidade de exploração do grupo de linhagens para precocidade e produtividade. Destacaram-se as combinações CD008 x CD038 e CD072 x CD070 para síntese de populações e CD010 x CD034 para a síntese direta de híbrido. A linhagem CD034 destacou-se como divergente entre as linhagens estudada sendo um testador de potencial. As informações genéticas evidenciaram que alelos dominantes encontram-se em maior frequência nos genitores, exceto para produtividade que há predominância de recessivos. Há predominância de efeitos gênicos de dominância no controle das variáveis estudadas com interação de sobredominância entre os alelos. A linhagem CD069 apresenta maior número de genes em dominância para maturação e a linhagem CD038 maior número de genes em dominância para produtividade.

Populações naturais de Tabebuia cassinoides Lam (DC) vem sedo intensivamente exploradas a mais de 70 anos, sendo que atualmente restam poucas populações em condições de exploração comercial. Contudo, a pressão para a contínua exploração das populações remanescentes permanece, embora estudos recentes venham indicando que a intensidade de exploração adotada está causando forte perda de diversidade genética. Assim, o objetivo deste trabalho foi estudar os impactos do manejo nos níveis de diversidade genética de populações naturais de T. cassinoides, usando dados de isoenzimas de amostras de árvores adultas de sete populações, sendo quatro naturais e três manejadas, procedentes do Vale do Ribeira-SP. Foram amostradas aproximadamente 60 árvores por populações, com exceção de uma população, onde foram amostradas 100 árvores e medido o diâmetro a altura do peito (DAP) de cada árvore. Os efeitos do manejo foram avaliados simulando-se diferentes intensidades de desbaste em função de classes de DAP e retenção de diferentes tamanhos populacionais por hectare (20, 30, 50, 75 e 100 genótipos). Os diferentes cenários foram avaliados comparando-se os índices porcentagem de locos polimórficos (), número médio de alelos por locos (), heterozigosidade observada () e esperada em equilíbrio de Hardy-Weinberg () e índice de fixação (). A estrutura genética espacial intrapopulacional de cinco das sete populações foi estuda amostrando-se 12 a 20 grupos aleatórios, formados pelas cinco árvores mais próximas. Em cinco populações as coordenadas geográficas das árvores amostradas foram registradas (usando GPS) para o estudo da distribuição espacial dos genótipos. T. cassinoides apresenta altos níveis de diversidade genética (=3,1; =0,455; =0,445) quando comparada a outras espécies arbóreas tropicais. Comparando as médias das populações naturais e manejadas, foram detectados maiores níveis de diversidade genética nas populações naturais (=2,64; =0,491; =0,504), relativamente as manejadas (=2,29; =0,406; =0,353). A maior parte da diversidade genética encontra-se dentro das populações (mínimo 27,6%). Nas populações naturais, 12,8% da diversidade genética encontra-se entre populações e nas manejadas e 28,4%. Dentro das populações naturais, 12,3% da diversidade genética encontra-se entre grupos e nas manejadas 9,7% encontrava-se entre grupos, sugerindo que a coancestria média dentro das populações aproxima-se da esperada em meios-irmãos (0,125) e, portanto, que existe estrutura genética espacial nas populações de T. cassinoides. Igualmente, a análise da distribuição espacial dos genótipos por autocorrelação espacial detectou indícios significativos de estruturação genética espacial até a distância aproximada de 50 m de raio. Na estimativa dos índices de diversidade genética para cinco classes diamétricas não foram detectadas correlações significativas entre as classes diamétricas e os índices e . Contudo, associações significativas foram detectadas entre as classes diamétricas e os índices (AˆoHˆeHˆfˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆrˆ=0,813) e (fˆ910,0ˆ−=r), sugerindo que árvores de maiores classes diamétricas apresentam maiores heterozigosidades e existe provável seleção para heterozigotos. Simulando a retenção de diferentes tamanhos amostrais por hectares, observou-se que todos os parâmetros genéticos foram afetados e que é necessário reter aproximadamente 75 árvores por hectare para que os efeitos negativos em relação à população base sejam baixos. / Natural populations of Tabebuia cassinoides Lam (DC) have been intensively harvested in the last 70 years. The pressure for continuum exploitation of remaining populations remains, although few populations remain in conditions that allow commercial exploitation and recent studies indicated that intensive harvest causes strong loss of genetic diversity. Thus, the objective of this work was to study the impacts of harvesting on genetic diversity levels of T. cassinoides natural populations from Vale do Ribeira-SP, Brazil, using isozymes markers. We collected leaf tissues of adult trees from seven populations, four natural and three harvested. Sixty trees were sampled per population, with the exception of one population, where we sampled 100 trees and also measured their diameter at breast height (DBH). The effects of harvest were evaluated by simulating different logging intensity in this one population, considering several DBH classes and retaining different populational sizes per hectare (20, 30, 50, 75 and 100 remaining trees). The different resulting pictures were evaluated comparing the indexes of the percentage of polymorphic loci (), the mean numbers of alleles per locus (), observed () and expected in Hardy-Weinberg heterozigosity () and the fixation index (). The intrapopulational spatial genetic structure was studied in five of the seven populations, sampling 12 to 20 random groups, formed by the five nearest trees. In order to study the spatial genetic structure, we registered, with the use of GPS, the geographic coordinates of the sampled trees in five populations. The results showed that T. cassinoides has high levels of genetic diversity (=3.1; =0.455; =0.445) when compared with other tropical tree species. By comparing the mean values found for the natural and for the harvested populations, we detected higher levels of genetic diversity in natural populations (=2.64; =0.491; =0.504), relatively to the harvested ones (=2.29; =0.406; =0.353). The largest part of the genetic diversity was found within population (minimum 27.6%). In natural populations, 12.8% of genetic diversity was found among populations and 28.4% on the harvested ones. Within natural populations, 12.3% of genetic diversity was found among groups and 9.7% in the harvested ones, suggesting that the mean coancestry within population is close to the expected in half-sibs (0.125) and, thus, that there is spatial genetic structure in T. cassinoides populations. The analysis of genotypes spatial genetic structure by spatial autocorrelation detected a significant indication for spatial genetic structure at approximately 50 meters distance radius. The genetic diversity index estimation for five diametric classes did not detect significant correlations among diametric classes and and indexes. However, significant associations were detected among the diametric classes and (fˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆAˆeHˆoHˆrˆ=0.813) and (fˆrˆ=-0.910) indexes, suggesting that trees of the higher diametrical classes have higher heterozigosity and, thus, preferential selection for heterozygous. When simulating the retention of different sample sizes per hectare, we observed that all genetic parameters were affected and that, in order to maintain low negative effects, it is necessary to retain approximately 75 trees per hectare.

Este trabalho teve como objetivo, analisar os processos utilizados na coleta de sementes e produção de mudas florestais de viveiros da região da bacia do rio Piracicaba do Estado de São Paulo e adjacentes, e o grau de conservação da biodiversidade existente destas práticas. Esta análise foi realizada a partir de levantamentos à campo, com a aplicação de questionário semi-estruturado, em 22 viveiros da região da bacia do rio Piracicaba, principalmente com ênfase no número de matrizes coletadas por espécies, formas de obtenção de sementes, espécies utilizadas, dificuldades encontradas no setor e alternativas visando aumento da biodiversidade. A maioria dos viveiros executa a coleta e compra de sementes e aproximadamente metade também troca sementes, sendo que esta troca é esporádica e apenas com outros viveiros da região. O número médio de espécies florestais produzidas entre os viveiros em 2009 foi de 149 espécies, sendo que 94% dos viveiros produzem mais de 80 espécies. Do total de 516 espécies produzidas pelos viveiros, 19% são espécies exóticas do Brasil. Da lista de espécies recomendada pela Secretaria do Meio Ambiente de São Paulo para plantios heterogêneos, 416 das 701 espécies listadas não foram produzidas por nenhum viveiro em 2009, porém, foram produzidas outras 135 espécies nativas do Brasil. Dos viveiros que coletam sementes, 48% possuem marcação e banco de dados de matrizes, 90% afirmam coletar apenas de fragmentos da região, 95% coletam em áreas restauradas e 86% coletam em áreas urbanas. Metade dos entrevistados tem conhecimento sobre a importância de se coletar sementes de um grande número de matrizes como é recomendado pela literatura, mas apenas 19% afirmaram ser para aumento da diversidade genética das espécies. Quanto à média de matrizes que são coletadas para cada espécie, apenas um viveiro afirmou coletar mais de 12 matrizes por espécie. Nas análises de correlação, a variável média de matrizes coletadas para cada espécie por viveiro apresentou moderada correlação positiva entre a variável marcação e banco de dados de matrizes e de moderada correlação negativa com a variável dos viveiros coletam em área urbana. Também foi encontrada uma moderada correlação positiva entre os viveiros que possuem marcação e banco de dados de matrizes e a quantidade de mudas produzidas. A maioria dos entrevistados (91%) afirmou que participariam de um programa de troca e mistura de sementes, visando aumentar a diversidade na produção de mudas, sendo que destes, 40% aceitariam pagar por este tipo de serviço. Para se contornar o baixo uso da diversidade intra específica nos viveiros entrevistados, torna-se necessário um maior esforço para conscientização e educação dos envolvidos na coleta de sementes e produção de mudas nativas, ressaltando-se a importância da diversidade inter e intra específica das espécies e as conseqüências do uso da baixa diversidade, além da importância do uso de espécies nativas regionais na restauração florestal. Já quanto ao uso da diversidade inter específica, foi observada uma alta diversidade de espécies nos viveiros, reflexo da demanda por alta diversidade nos plantios, que é estimulada pela legislação estadual. / The goal of this work was to assess the main process associated with tree seed collection and seedling production in nurseries within and in the adjacencies of the Piracicaba river basin in the state of Sao Paulo. The degree of the existing biodiversity conservation in these practices is also investigated. This analysis is based on a field survey where semi-structured questionnaires were applied to 22 nurseries in the Piracicaba river basin region, considering the main factors: number of mother trees collected, ways of obtaining seeds, species used, difficulties in the process, and alternatives in order to increase biodiversity. Most of the nurseries collect and buy seeds, and approximately half of the nurseries also exchange seeds; however, exchanging seeds is infrequent and only happen among local nurseries. The average number of species produced by the surveyed nurseries in 2009 was 149, and 94% of the nurseries produced more than 80 species. A total of 516 species were produced by the surveyed nurseries where 19% are exotic species from Brazil. Among the 701 species recommended by the state of Sao Paulo Secretary for the Environment, 416 were not produced by any of the surveyed nurseries; in spite of that, 135 Brazilian native species that were not listed were produced. Among the nurseries that collect seeds, 48% tag and keep a data basis of the mother trees, 90% collect only in forest fragments within the nurseries area, 95% also collect from restored areas, and 86% collect seeds from urban areas. Although half of the surveyed nurseries recognize that it is important to collect seeds from a large number of mother trees, as recommend by the literature, only 19% understand that a larger number of mother trees would increase genetic diversity. Regarding the average number of mother trees, only one nursery collects from more than 12 mother trees per specie. The correlation analyses show a moderate positive correlation between the average of mother trees collected in each nursery and whether the nursery tags and keeps a data basis of mother trees, and a moderate negative correlation between the average of mother trees collected and whether the nursery collect seeds from urban areas. In addition, tagging and keeping a data basis is highly correlated with the total number of tree seedlings that are produced. Most surveyed nurseries (91%) would agree to participate in a program to exchange and mix seeds in order to increase the tree seedling diversity, and 40% of these would also agree with paying for such program. To address the issues related to the use of few mother trees, it is necessary to work on awareness and education of the professionals that collect and produce native tree seedlings. More specifically, in addition to the recommendation of using regional native species, it is necessary to emphasize the importance of both inter and intra species diversity as well as on the negative consequences of poor diversity. Regarding the diversity of species produced, it was found that a large number of different species are produced by the surveyed nurseries, mostly due to the demand for diversity, stimulated by current state laws.

Entre os principais fatores que limitam a obtenção de altos rendimentos na cultura da soja estão as doenças. A antracnose é uma das principais doenças da cultura, sendo causada, segundo a literatura, pelo fungo Colletotrichum truncatum. No Brasil não há estudos detalhados sobre a real etiologia da doença. A identificação e a distribuição das espécies do gênero Colletotrichum nas diferentes regiões produtoras de soja do Brasil é fundamental para o entendimento da epidemiologia da doença e para o sucesso no desenvolvimento de estratégias mais eficientes de controle. Por meio de abordagem polifásica foram caracterizados 51 isolados de diferentes regiões produtoras de soja do Brasil, utilizando-se análises molecular, cultural, morfológica e patogênica. Foi realizada extração do DNA genômico e reação em cadeia da polimerase (PCR) dos genes GAPDH, HIS3 e da região ITS. Análises filogenéticas foram realizadas para cada gene de forma isolada e concatenada. Construiu-se uma árvore filogenética, por meio de inferência Bayesiana, utilizando os genes concatenados. Analisou-se, também, a diversidade genética intraespecífica dos isolados, por meio da construção de uma rede de haplótipos presentes na coleção. As demais caracterizações foram realizadas com 10 isolados selecionados com base na caracterização molecular. A caracterização cultural foi realizada nos meios BDA e SNA e foram avaliados esporulação, taxa de crescimento micelial e análise da coloração, morfologia e topografia das colônias. A caracterização morfológica também foi realizada nos mesmos meios de cultura, por meio da mensuração de 50 conídios por isolado, além da observação de acérvulos, setas e apressórios. A caracterização patogênica foi realizada utilizando-se a variedade BMX Potência inoculada por meio de palitos de dente colonizados com o fungo e por inoculações de suas sementes pelo método da restrição hídrica seguido de semeadura em solo autoclavado. Em ambos os métodos foram observados incidência e severidade de sintomas. A análise molecular dos isolados de Colletotrichum evidenciou ocorrência apenas da espécie C. truncatum associada à cultura da soja na coleção de isolados estudada. No entanto a analise intraespecífica mostrou alto grau de variabilidade, com a presença de 27 haplótipos na coleção, muitos deles idênticos geneticamente a isolados de C. truncatum de outros locais do mundo. Foi encontrada grande variabilidade cultural, morfológica e patogênica entre os isolados. A caracterização patogênica mostrou, nos dois métodos empregados, alta variação na agressividade dos isolados, sendo que os isolados CMES 1075 e CMES 1080 se destacaram dos demais por causarem as maiores lesões na haste da soja e por afetarem mais o desenvolvimento das sementes inoculadas. Não foi possível correlacionar a variabilidade intraespecífica observada nos isolados com sua respectiva origem geográfica. / Diseases are among the main factors that limit high yields in soybean crops. Anthracnose is a major disease of the culture, caused, according to the literature, by Colletotrichum truncatum. In Brazil, there are no detailed studies on the real etiology of the disease. Identification and distribution of Colletotrichum species in different soybean producing regions of Brazil is critical to understand the epidemiology and develop effective control of these diseases. The polyphasic approach was used to characterize 51 isolates from different soybean producing regions in Brazil, using molecular, cultural, morphological and pathogenic analyses. Genomic DNA extraction was performed and polymerase chain reaction (PCR) of GAPDH, HIS3 genes and the ITS region. Phylogenetic analyses were carried for each gene isolated and in the concatenated form. A phylogenetic tree was constructed according to the Bayesian inference, using concatenated genes. We also analyzed the intraspecific genetic diversity of the isolates by building a network of haplotypes in the collection. The remaining characterizations were performed with 10 strains selected based on the molecular characterization. The cultural characterization was performed in PDA and SNA media and sporulation, mycelial growth rate, colonies color, morphology and topography were evaluated. The morphological characterization was also performed in the same culture media by measuring 50 conidia per isolate in addition to observation of acervuli, setae and appressoria. The pathogenic characterization was performed using the variety BMX Potencia inoculated with toothpicks colonized with the fungus as well as by seed inoculations using the water restriction technique followed by sowing in sterilized soil. The evaluation of the pathogenicity was based on disease incidence and severity. The molecular analysis of Colletotrichum isolates showed only occurrence of C. truncatum species associated with soybean in the collection studied. However, the intraspecific analysis showed a high variability degree, with the presence of 27 haplotypes in the collection, many of them genetically identical to strains of C. truncatum elsewhere in the world. There was high cultural, morphological and pathogenic variability among the isolates. Pathogenic characterization showed, in both methods, high variation in aggressiveness of isolates. Isolates CMES 1075 and CMES 1080 were more aggressive due to their ability to cause bigger lesions on soybean stem and affect more severely the development of inoculated seeds. It was not possible to correlate intraspecific variability observed in the isolates with their respective geographical origin.

A mandioca (Manihot esculenta) é uma espécie tropical que se destaca como fonte de alimento para os países em desenvolvimento, devido à grande quantidade de amido contido em suas raízes. Estudos indicam que o centro de origem e de domesticação da mandioca é na Amazônia brasileira, mas grande parte da diversidade genética dessa cultura é desconhecida. Este estudo baseou-se na caracterização da diversidade genética no estado de Mato Grosso (MT), especificamente nos municípios de Cáceres, Porto Estrela e Santo Antônio do Leverger, na Baixada Cuiabana. Os genótipos foram provenientes de roças de agricultores tradicionais. Esses campos são considerados como unidades evolutivas para a mandioca. Neste estudo, fizemos uma caracterização de 211 genótipos coletados em 40 roças, em 10 comunidades, nos três municípios citados acima. Essa caracterização foi realizada utilizando 14 locos microssatélites. Encontramos um alto nível de heterozigosidade observada (Ho = 0,587) e diversidade gênica (He = 0,525), enquanto a maior parte da diversidade genética foi encontrada dentro dos campos de roça (92%). Houve uma separação entre o município de Santo Antônio do Leverger e os municípios de Cáceres e Porto Estrela, provavelmente devido à maior distância geográfica e a proximidade entre os dois últimos municípios. A variabilidade intravarietal, detectada entre as etnovariedades que compartilham o mesmo nome popular, foi elevada (97%). Na análise de agrupamento não se encontrou nenhum agrupamento de genótipos classificados dentro de uma etnovariedade, confirmando os resultados da Analise de Variância Molecular (AMOVA). Finalmente, na análise de riqueza alélica, níveis muito elevados foram observados na área de estudo. Esta alta diversidade encontrada, provavelmente se deve ao fato de MT ser considerado como uma das áreas de centro de origem da espécie. No resultado de áreas prioritárias para conservação genética, observou-se que o município de Santo Antonio do Leverger seria considerado como uma área prioritária para a conservação in situ, devido à alta diversidade genética encontrada, e pela concentração de freqüências constantes para os alelos mais comuns e a presença de alelos privados fixados. / Cassava (Manihot esculenta) is a tropical species that stands out as a food source for developing countries due to the large amount of starch contained in its roots. Studies indicate that the center of origin and domestication of cassava is in the Brazilian Amazon, but much of the genetic diversity of this crop is unknown. This study was based on the characterization of genetic diversity in the state of Mato Grosso (MT), specifically in the municipalities of Cáceres, Porto Estrela and Santo Antonio do Leverger of Baixada Cuiabana. The genotypes originated from traditional farmer\'s swidden fields. These fields are considered as evolutionary units for cassava. In this study, we made a characterization of 211 genotypes collected in 40 swidden fields, in 10 communities, within the three municipalities mentioned above. This characterization was performed using 14 microsatellite loci. We found high levels of observed heterozygosity (Ho= 0.587) and gene diversity (He = 0.525), whereas most of the genetic diversity was found within the swidden fields (92%). There was a separation between the municipality of Santo Antonio do Leverger and the municipalities of Cáceres and Porto Estrela, which is probably due to the greater geographical distance and proximity between the last two municipalities. A high intravarietal variability (97%) was detected among the landraces sharing the same folk name. In the cluster analysis no clustering of genotypes classified within a landrace were found. Finally, in the analysis of allelic richness, very high levels were observed in the study area. This high diversity found would be given precisely by the fact that MT is considered one of the areas of the center of origin of the species. In the result of priority areas for genetic conservation we found that the municipality of Santo Antonio do Leverger would be considered as a priority area for in situ conservation due to the high genetic diversity found, and to the concentration of constant frequencies for the most common alleles and the presence of fixed private alleles.

O alho é uma hortaliça importante não só pelo atrativo culinário, como também pelo grande número de propriedades medicinais. A utilização efetiva de recursos genéticos, conservados em bancos de germoplasma, em programas de melhoramento depende de criteriosa caracterização, utilizando em combinação caracteres agromorfológicos e marcadores moleculares. Neste estudo, 16 novos locos microssatélites específicos para a espécie foram desenvolvidos, 10 polimórficos. Os bancos de germoplasma de alho, das instituições IAC, ESALQ e Embrapa, foram caracterizados utilizando 17 locos microssatélites polimórficos, sete deles disponíveis na literatura. A maioria dos locos foi considerada moderado a altamente informativo, com PIC médio de 0,545 e máximo de 0,851. Foram encontrados 90 alelos, com riqueza alélica média de 2,258 alelos por loco e índice de Shannon de 1,176. A coleção da Embrapa apresentou destaque, com maior número de alelos privados e genótipos multi locos (MLGs). Os 151 acessos avaliados foram representados por 65 MLGs. A estratégia M foi utilizada para definição de uma coleção nuclear, que foi constituída por 16 acessos, com cobertura de 100% dos alelos e mínima redundância. O GST geral foi de 0,200 e para MLGs de 0,068, indicando alta diferenciação genética dentro dos bancos de germoplasma, e GIS de 0,195, indicando excesso de heterozigotos, comum em espécies de propagação vegetativa como o alho. A estruturação genética dos MLGs resultou na distinção de dois subgrupos pelo método Bayesiano, consistente com os agrupamentos observados no dendrograma e PCA. Os grupos formados apresentaram coerência com a classificação de acessos de acordo com o ciclo fenológico, em nobres e seminobres. Os marcadores microssatélites desenvolvidos neste trabalho são ferramentas valiosas para estudos de diversidade genética, conservação de germoplasma, mapeamento genético e associativo e espera-se que sejam úteis em futuros programas de melhoramento da espécie. / Garlic is an important crop not only for its culinary attractiveness, but also because of a huge number of medicinal properties. The genetic resources in germplasm require characterization by morphological traits and molecular markers to be effectively used in breeding programs. A novel set of 16 SSR loci specific to garlic were developed. Ten loci were polymorphic, moderate to highly informative, with an average PIC of 0.545 and maximum of 0.851. A total of 151 accessions of garlic from three Brazilian germplam, IAC, ESALQ, and Embrapa, were evaluated for genetic diversity using 10 novel polymorphic SSR loci and other 7 available in the literature. A total of 90 alleles were detected, the average allelic richness was 2.258 alleles per locus and the Shannon index 1.176. The Embrapa collection had the vast majority of private alleles and multi locus genotypes (MLGs). The whole collection was reduced to 65 MLGs. The M strategy were used to define a core collection, 16 accessions were selected with 100% coverage of alleles and minimum redundancy. Overall GST was 0.200 and for MLGs, 0.068, indicating a high genetic differentiation within collections, and GIS was 0.195, indicating an excess of heterozygosity, which was expected as garlic is vegetatively propagated. MLGs were structured in two subgroups by Bayesian approach, consistent with the clustering based on genetic distances and PCA. The groups were coherent with the classification of accessions according to phenology (noble and semi-noble). The new SSR loci are tools for future studies of genetic diversity, germplasm conservation, mapping, and associative genetics, and hopefully will shed light on garlic breeding programs.