Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6552.pdf: 3440759 bytes, checksum: 5bcd4567216dea4d0657f3b0017ffba9 (MD5) Previous issue date: 2014-12-08 / Universidade Federal de Minas Gerais / Despite the huge diversity in the Neotropical region, little is known about the biogeography of the subfamily Polistinae. This thesis is divided into three chapters which, despite their distinct specific aims, have as central target the discussion of the influence of environmental, ecological and evolutionary processes on the distribution of genetic diversity and species richness of polistines. For this end, in the first chapter is provided a wide review on the origins of Polistinae and change-promoter processes in the Neotropics. In the second chapter, possible colonization routes used by the subfamily in the Americas are proposed based on the Round-trip hypothesis. Such a hypothesis is corroborated by the recurrence of progression rules, inferred by phylogeny-distribution relationships, pointing more basal clades of several genera occurring in the Amazonian rainforest and more derived clades in eastern South America. The occurrence of an inverse progression rule for Polistes sustains a second rarer and older route from east to west. The third chapter focuses on the disjunction between Amazonia and Atlantic Forest and on the species that, due to changes in forest distributions, had their populations fragmented. It is provided in this study a wide list with 127 Neotropical taxa with disjunct lineages between both forests, climate stability models for eight species (two paper wasps and six vertebrates) and extensive phylogeographies for the wasps Angiopolybia pallens and Synoeca surinama. Such wasp species were used as genetic models to test spatially-esplicit hypotheses of climate stability and were chosen by present distinct ecological characteristics, but occur in sympatry in Amazonia and Atlantic Forest. It was aimed with this to test the following hypothesis: the disjunction affected idiosyncratically the genetic diversity of species with populations widely fragmented. The information presented in the three studies might serve as support in future works on Polistinae biogeography, mainly those that focus on the integration of environmental events to explain both evolutionary and ecological processes. / Apesar da ampla diversidade na região Neotropical, pouco se sabe a respeito da biogeografia das vespas sociais da subfamília Polistinae. Esta tese divide-se em três capítulos que, apesar de possuírem objetivos específicos distintos, têm como objetivo central a discussão da influência de processos ambientais, ecológicos e evolutivos na distribuição da diversidade genética e de espécies (i.e., riqueza biológica) de polistíneos. Para tanto, no primeiro capítulo é fornecida uma ampla revisão acerca das origens da subfamília Polistinae e processos causadores de diversidade na região Neotropical. No segundo capítulo são propostas possíveis rotas de colonização utilizadas pela subfamília nas Américas seguindo o modelo proposto pela hipótese Round-trip . Esta hipótese sustenta-se na recorrência de regras de progressão, inferidas por relações filogenéticas e de distribuição, apontando clados mais basais de diversos gêneros da subfamília ocorrendo na região Amazônica e clados mais derivados no leste da América do Sul. A ocorrência de uma regra de progressão contrária para Polistes sustenta uma segunda rota mais rara e, provavelmente, mais antiga, do leste para o oeste. O terceiro capítulo foca na disjunção das florestas Amazônica e Atlântica e nas espécies que, devido às alterações na distribuição das florestas, tiveram suas populações fragmentadas. Neste estudo é fornecida uma lista ampla com 127 táxons Neotropicais com linhagens disjuntas entre as duas florestas, modelos de estabilidade climática para oito espécies (dois polistíneos e seis vertebrados) e análises filogeográficas para as vespas Angiopolybia pallens e Synoeca surinama. As espécies de vespa foram escolhidas por apresentarem características ecológicas distintas, mas por ocorrerem em simpatria nas florestas Amazônica e Atlântica. Visou-se com isto testar a hipótese original deste projeto: a disjunção afetou de forma idiossincrática a diversidade genética de espécies com populações amplamente fragmentadas. As informações apresentadas nos três trabalhos podem servir como suporte em futuros estudos acerca da biogeografia da subfamília, principalmente aqueles que foquem na integração de eventos ambientais para explicar processos evolutivos e ecológicos.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4440.pdf: 1223167 bytes, checksum: 6717f03bf9caa89b2ba9d35398dfc4b0 (MD5) Previous issue date: 2012-02-17 / Financiadora de Estudos e Projetos / The destruction of ecosystems and their fragmentation are major environmental problems, being biodiversity conservation one of biggest challenges today .These processes result in the reduction and isolation of populations, threatening the fauna and flora, since in this situation as their populations become more susceptible to negative effects caused by a series of environmental, demographic and genetic factors. Therefore, is necessary to consider the biodiversity in all its levels, from the genetic level, to the species and ecosystem for effective actions in conservation. To assist in conservation programs, conservation genetics uses molecular methods in studies of patterns of genetic variation, indicating not only which species deserve greater efforts in conservation, but also contributing to the assessment of the variability of a population. This study evaluated the genetic diversity and structure of the marsupial Didelphis albiventris at the Morro do Diabo State Park and six adjacent forest fragments. We utilize a set of eight polymorphic microsatellite loci developed for the specie D. virginiana, for a total of 120 individuals sampled. The results indicated high levels of genetic diversity, with values equal to 10,87 alleles per locus, observed heterozygosity of 0,823 and heterozygosity expected of 0,798. We did not detect presence of null alleles. The average value of Fis was -0,033 and all loci were in Hardy-Weinberg equilibrium. Analyses on the population structure through calculations of FST indicated a slight structure in the populations sampled, which was corroborated by the program STRUCTURE, which indicated the existence of four populations. Given these results, we believe that in the area sampled, D. albiventris constitutes a metapopulation. / A destruição dos ecossistemas e sua fragmentação representam grandes problemas ambientais, sendo a conservação da biodiversidade um dos maiores desafios da atualidade. Tais processos resultam na redução e isolamento das populações, podendo colocar em risco a fauna e a flora, já que nesta situação suas populações tornam-se mais suscetíveis aos efeitos negativos de uma série de fenômenos ambientais, demográficos e genéticos. Diante disso, para que ações efetivas de conservação sejam realizadas é necessário considerar a biodiversidade em todos os seus níveis, desde o nível genético, até o de espécies e de ecossistema. Para auxiliar nos programas de conservação, a Genética da Conservação utiliza métodos moleculares em estudos de padrões de variação genética, indicando não apenas quais espécies merecem maiores esforços de preservação, mas também contribuindo para a avaliação da viabilidade de uma população. Este estudo avaliou a diversidade e estrutura genética do marsupial Didelphis albiventris no Parque Estadual do Morro do Diabo e em fragmentos de Mata Atlântica adjacentes. Para isso, utilizamos um conjunto de oito locos microssatélites polimórficos desenvolvidos para a espécie D. virginiana, em um total de 120 indivíduos amostrados. Os resultados indicaram altos índices de diversidade genética, com valores médios iguais à 10,87 alelos por loco, heterozigosidade observada de 0,823 e esperada de 0,798. Não foi detectada a presença de alelos nulos. O valor médio de FIS foi -0,033, e todos os locos estavam em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Análises sobre a estruturação populacional através dos cálculos de FST indicaram uma leve estruturação entre a maioria das populações amostradas, o que foi corroborado através da utilização do programa STRUCTURE, o qual apontou a existência de 4 agrupamentos genéticos. Diante destes resultados, acreditamos que na área amostrada, D. albiventris constitui uma metapopulação.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-27Bitstream added on 2014-06-13T19:23:54Z : No. of bitstreams: 1 luz_fjf_dr_jabo.pdf: 696825 bytes, checksum: e6fae364aaea139b88622f336be9f094 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) / Com o objetivo de ampliar o conhecimento sobre uma coleção de pimentas da Embrapa Roraima, foram realizadas caracterizações morfológica com descritores do IPGRI e molecular com marcadores fAFLP, de 58 acessos de Capsicum chinense. Os resultados da avaliação morfológica detectaram que, 39% dos acessos não se agruparam e entre os mesmos observou-se uma dissimilaridade de até 70%, com 50% de média. A caracterização molecular revelou uma dissimilaridade média de 22,3% entre os acessos levando à conclusão de que há uma pequena variabilidade genética entre os acessos, considerando o genoma como um todo. Os resultados demonstraram que as diferenças morfológicas estariam baseadas apenas em uma parte do genoma das pimentas, focada em características visíveis e mensuráveis pelo ser humano. Por outro lado, a variação observada a partir do DNA genômico por meio do marcador molecular utilizado não foi suficiente para ratificar as diferenças morfológicas observadas. Ambas as formas de caracterizar os acessos foram úteis e necessárias para o conhecimento dos mesmos, revelando informações valiosas para estratégias de conservação e uso das pimentas da Amazônia. / In order to raise the knowledge about a pepper collection from Embrapa Roraima, IPGRI morphological descriptors and fAFLP molecular marker were used to characterize 58 acessions of Capsicum chinense, contributing with information about the diversity of those plants. The results of morphological evaluation showed that 39% of the accessions did not group together and it also detected a great dissimilarity among the accessions, reaching values above 70%, with a 50% medium. The molecular characterization showed an average dissimilarity of 22,3%, indicating little genetic variability on the collection evaluated, considering the total genome of the plants. These results demonstrate that variation detected by morphological descriptors would be related to only a small part of pepper genome, focusing on human visible and measurable traits. The variation observed directly on the genome by the molecular marker used was not sufficient to confirm the morphological differences observed among the accessions. Both ways of characterizing the accessions were useful and necessary to their knowledge, revealing valuable information for conservation strategies and the use of amazon peppers.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-04-26Bitstream added on 2014-06-13T19:44:45Z : No. of bitstreams: 1 rosa_dd_dr_botfca.pdf: 3769642 bytes, checksum: 6f5fb83fe76a081fea96b890323e30f2 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Dentro do setor de horticultura, as plantas da família Brassicaceae são de grande expressão, tanto em volume, como em valor agregado na comercialização, por isso, destaca-se o cultivo intensivo de brassicas, como as variedades de Brassica oleraceae L. (Couve, repolho, Couve-flor, Brócolos, Couve de Bruxelas), Brassica napus L. e Brassica oleraceae L. var. pekinensis L. (Couve chinesa), sendo a base de sustentação econômica dos pequenos e médios produtores de hortaliças. Como outras culturas de plantio intensivo, as brassicas também enfrentam inúmeros problemas com doenças, dentre estes está a “hérnia das crucíferas”, doença de enorme risco potencial ao produtor, visto seu difícil ou inexistente controle e por condenar a área, impedindo futuros cultivos de brassicas. O agente causal da “hérnia das crucíferas” (Plasmodiophora brassicae Woronin) é um endoparasita obrigatório, pertencente ao reino Protozoa, habitante do solo, sendo um dos fitopatógenos de solo menos estudados no mundo, mas sabe-se que este apresenta raças patogênicas, ou patotipos, sendo que algumas dessas já são conhecidas, principalmente os que ocorrem na Europa e no Japão sabem-se, também, que estas raças “quebram”, com certa freqüência, a pouca resistência que os melhoristas conseguem incorporar nas variedades comerciais, fazendo com que quase não haja variedade resistente disponível no mercado, principalmente ao mercado brasileiro onde, possivelmente, haja raças ainda não relatadas. O objetivo deste estudo visou conhecer a variabilidade genética e patogênica de isolados de P. brassicae oriundos das principais regiões produtoras de Brassicas do estado de São Paulo, utilizando para isso: a) testes em variedade diferenciais, nacionais e importadas, com isolados monospóricos e não monospóricos para determinação das raças; b) estudo da agressividade dos isolados frente... / Within the horticulture sector, the plants of the Brassicaceae family are widespread in both volume and value-added marketing, so we highlight the intensive cultivation of brassicas, such as varieties of Brassica oleracea L. (Kale, cabbage, cauliflower, broccoli, Brussels sprouts), Brassica napus L. and Brassica oleracea L. var. pekinensis L. (Chinese cabbage), and the basis of economic support for small and medium producers of vegetables. Like other intensive planting crops, the brassicas are also facing many problems with diseases, among these is the club root, disease of great potential risk to the producer, because its difficult or no control and order the area, preventing future crops brassicas. The agent causal of the club root (Plasmodiophora brassicae Woronin) is an obligatory endoparasites belonging to the kingdom Protozoa, inhabitant of soil, being one of the pathogens in soil less studied in the world, but it is known that this presents pathogenic races, or pathotypes, and some of these are already known, especially those taking place in Europe and Japan knows it, too, that these races break with some frequency, the little resistance that breeders can incorporate into commercial varieties, making that almost no resistant variety available in the market, especially the Brazilian market where perhaps there is not race related. This study aimed to investigate the genetic variability and pathogenic isolates of P. brassicae come from the main producing regions Brassicas state of Sao Paulo, using for this: a) testing range differential, domestic and imported, with no single spores and spore for the determination of races, b) study of the aggressiveness of the isolates in the face of cultivars available in the market, c) study of genetic variability within and between populations, using markers RAPD and Microsatellite d) genetic characterization through sequencing of genetic regions... (Complete abstract click electronic access below)

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2013. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-06-02T18:39:34Z No. of bitstreams: 1 2013_LiamarMariadosAnjos_Parcial.pdf: 4370253 bytes, checksum: 1e942fbfab25e231f1108052036de9bc (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-06-02T20:43:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_LiamarMariadosAnjos_Parcial.pdf: 4370253 bytes, checksum: 1e942fbfab25e231f1108052036de9bc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-02T20:43:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_LiamarMariadosAnjos_Parcial.pdf: 4370253 bytes, checksum: 1e942fbfab25e231f1108052036de9bc (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia e Embrapa Uva e Vinho. / A videira (Vitis vinifera L.) destaca-se entre as mais importantes espécies frutíferas cultivadas mundialmente. O míldio, causado pelo oomyceto Plasmopara viticola (Berk & Curtis.) Berl. & de Toni é uma das principais doenças da videira no mundo, causando sérios prejuízos à vitivinicultura. Este trabalho envolveu um conjunto de experimentos visando gerar informações para estudos genéticos do gênero Plasmopara, infectando videiras no Brasil. O Capítulo 1 teve como objetivo estudar a diversidade genética e a estrutura populacional de isolados de Plasmopara viticola que infectam vinhedos em diferentes regiões brasileiras. Para isto, 34 novos marcadores microssatélites de P. viticola foram desenvolvidos através de sequenciamento NGS (Next Generation Sequencing) seguido de montagem parcial de novo do genoma do fungo. Testes dos novos marcadores juntamente com dez controles possibilitaram a seleção de uma bateria mista de 15 marcadores que foram usados para genotipar 92 isolados de P. viticola coletados em regiões produtoras de uva no Brasil. A amostra de 92 isolados apresentou estruturação, tendo sido dividida em três subpopulações, denominadas PvG1(Fst=0,56), PvG2 (Fst=0,25) e PvG3 (Fst=0,24). Foi observado um grande efeito no uso de pequenas baterias de marcadores moleculares na análise genética de populações do patógeno, afetando a interpretação dos resultados de substruturação populacional. A classificação geográfica dos isolados apresenta associação com a classificação subpopulacional do patógeno. Os isolados oriundos dos Estados de São Paulo e Minas Gerais apresentam maior diversidade de subpopulações do que isolados de outras regiões tradicionais no cultivo de uva no Brasil, como o Rio Grande do Sul. O emprego de ferramentas moleculares como sequenciamento NGS e marcadores moleculares contribui para uma melhor compreensão das variáveis que afetam as populações de P. viticola. O Capítulo 2 teve por objetivo construir mapas genéticos para os genitores da progênie F1 do cruzamento CNPUV 733-34 x CNPUV 1103-88 e mapear regiões do genoma de videira que conferem resistência ao patógeno. O mapa do genitor feminino CNPUV 733-34 cobriu 1.104 cM do genoma de videira, com distância média entre marcadores de 6,69 cM. O mapa do genitor masculino CNPUV 1103-88 cobriu 958 cM do genoma de videira, com distância média entre marcadores de 7,48 cM. O fenótipo da interação patógeno-hospedeiro foi mensurado em bioensaios em ambiente controlado e infecção natural no campo. Três QTLs foram detectados por mapeamento de Intervalo Simples e Intervalo Composto no mapa genético do genitor feminino CNPUV 733-34. Um dos QTLs está localizado no GL 5, no intervalo entre os marcadores UDV041-UDV042 (LOD= 3,9) e explica 6% da variação fenotípica para resistência a P. viticola. Dois outros QTLs (C18-1 e C18-2), apresentam efeito moderado de resistência a P. viticola, foram detectados no GL 18, e explicam até 22,3% da variação fenotípica. O intervalo do QTL C18-1 (LOD= 7,6) é flanqueado pelos marcadores VMC7F2 e VVIN16, que estão separados por 5 cM. O intervalo do QTL C18-2 (LOD= 6,3) é flanqueado pelos marcadores VVIU04 e VVIN83, separados por 22 cM. O mapeamento genético de QTLs de resistência ao míldio utilizando diferentes fontes de resistência nos programas de melhoramento genético de videira é um passo importante para o aumento da eficiência de desenvolvimento de variedades resistentes ao patógeno. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Grapevine (Vitis vinifera L.) is among the most important fruit species cultivated worldwide. Downy mildew, caused by the oomycete Plasmopara viticola (Berk & Curtis.) Berl. & de Toni, is one of the main diseases of grapevine in different grape producing regions of the world, causing serious damage to grape production. This work is based on a group of experiments aimed at generating information useful to genetic studies of the genus Plasmopara, which infect grapevine in Brazil. The objective of Chapter 1 was to study the genetic diversity and population structure of Plasmopara viticola which infect grapevine fields in different regions of Brazil. 34 new P. viticola microsatellite markers were developed by NGS (Next Generation Sequencing) followed by partial de novo assembly of the fungus genome. A mixed battery of new and ten control microsatellites was used to genotype 92 P. viticola isolates, collected in grape producing regions of Brasil. A sample of 92 isolates showed a significant population structure, with isolates clustering into three subpopulations, called PvG1 (Fst=0,56), PvG2 (Fst=0,25) e PvG3 (Fst=0,24). The effect of small batteries of molecular markers used to evaluate the genetic structure of the pathogen populations was tested and found to affect the interpretation of the results. The geographic classification of the isolates is associated with the genetic groups detected in the pathogen sample. Isolates collected in São Paulo and Minas Gerais show greater diversity of genetic groups (subpopulations) than isolates from other traditional grape growing regions of Brazil, such as Rio Grande do Sul. The use of molecular tools, such as NGS and molecular markers, contribute for a better understanding of variables affecting the populations of P. viticola. The objective of Chapter 2 was to develop genetic maps for the parental varieties of an F1 progeny derived from the cross CNPUV 733-34 x CNPUV 1103-88 and map grapevine genomic regions associated with resistance to the pathogen. The map of the female genitor CNPUV 733-34 covered 1,104 cM, with an average recombination distance between markers of 6.69 cM. The map of the male genitor CNPUV 1103-88 covered 958 cM, with an average recombination distance between markers of 7.48 cM. Host-pathogen interaction phenotype was measured by controlled bioassays using artificial inoculation, and by natural infection in the field. Genetic mapping determined the location of P. viticola resistance QTLs in grapevine. Three QTLs mapped on the female genitor genome were detected by Interval Mapping and Composite Interval Mapping procedures. One of these QTLs was located in LG 5, in the UDV041-UDV042 marker interval (LOD= 3.9), explaining 6% of the phenotypic variation for P. viticola resistance. Two additional QTLs (C18-1 e C18-2), showing a moderate effect on P. viticola resistance, were detected in LG 18, explaining up to 22.3% of the phenotypic variation. The C18-1 QTL interval (LOD= 7.6) is flanked by markers VMC7F2 and VVIN16, which are 5 cM apart. The C18-2 QTL interval (LOD= 6.3) is flanked by markers VVIU04 and VVIN83, which are 22 cM apart. Mapping downy mildew resistance QTLs using germplasm accessions derived from different sources of resistance in breeding programs is an important step towards higher efficiency in the improvement of grapevine resistance to the pathogen.

O ambiente costeiro e marinho se caracteriza pela falta de barreiras físicas aparentes, além de ser rico em espécies que possuem fase de desenvolvimento larval livre natante. Devido a esta fase de desenvolvimento larval, as espécies marinhas geralmente apresentam alta capacidade dispersiva, proporcionando alto fluxo gênico e conseqüentemente baixa estruturação populacional. Por outro lado, algumas espécies têm apresentado padrões filogeográficos que não são compatíveis com este cenário clássico. Assim, fatores como tempo de duração da fase larval, predação da larva e o hidrodinamismo podem interferir de maneira significativa na dispersão das espécies. Além disso, fatores ambientais históricos, tais como as grandes mudanças climáticas do Pleistoceno também influenciaram os padrões de diversidade genética das espécies. Neste sentido, estudos comparativos são importantes ferramentas para o entendimento dos diferentes processos que deram origem à atual diversidade. Porém, poucos estudos filogeográficos comparativos foram realizados em espécies marinhas costeiras, em especial nenhum para a costa atlântica da América do Sul. Neste estudo comparamos os padrões de diversidade genética de quatro espécies abundantes de invertebrados que ocorrem ao longo da costa sul-sudeste do Brasil, Uruguai e Argentina, com o objetivo de entender a história evolutiva destas espécies e o que elas podem contar sobre esta região geográfica. Sequenciamos parte do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I do moçambique Donax hanleyanus (n= 247), do marisco branco Mesodesma mactroides (n= 59), da tatuíra Emerita brasiliensis (n= 191) e do caranguejo maria-farinha Ocypode quadrata (n= 135). Análises filogeográficas e populacionais foram utilizadas a fim de elucidar e comparar os padrões evolutivos para estas espécies de invertebrados costeiros. Nossos dados revelaram um padrão de variabilidade genética muito baixa para todas as espécies, apesar de apresentarem ampla distribuição geográfica e populações censitárias gigantescas, demonstrando a grande influência das flutuações populacionais históricas na formação da variabilidade genética atual. Apenas E. brasiliensis apresentou uma maior variabilidade ao norte da sua distribuição o que é compatível com expansão populacional recente a partir de algum refúgio de baixa latitude, neste caso, ao norte. Além disto, foi a única espécie a apresentar indicação de isolamento por distância. As histórias demográficas destas espécies, apesar de apresentarem algumas diferenças, parecem estar intimamente ligadas às flutuações de temperatura durante o último grande ciclo glacial, pois três delas apresentaram ancestral comum mais recente (time to most recent commom ancestor – TMRCA) dentro dos 100 mil últimos anos, com exceção de O. quadrata, que apresentou TMRCA há cerca de 500 mil anos. Para todas as espécies constatamos a ocorrência de um longo período de estabilidade demográfica (população reduzida) com expansão populacional mais recente, com exceção de M. mactroides, que apresentou TMRCA e expansão populacional praticamente simultâneos. Emerita brasiliensis foi a espécie com a história demográfica mais recente, apresentando expansão populacional após o último máximo glacial (21 mil anos atrás), e coalescência há cerca de 60 mil anos. As demais espécies apresentaram expansão populacional entre 70 e 100 mil anos, entretanto não podemos descartar a hipótese de expansão simultânea para estas três espécies, já que os intervalos de confiança destas análises se sobrepõem, o que sugere a forte influência de um fator ambiental comum. Ocypode quadrata, além de ter apresentado a história demográfica mais antiga, apresentou a maior diversidade genética, sendo também a espécie com a maior distribuição geográfica, sendo pancontinental, o que sugere ser a espécie mais resistente às mudanças ambientais. As espécies D. hanleyanus e O. quadrata, apresentaram baixa estruturação filogeográfica, o que sugere não haver barreiras biogeográficas efetivas para elas, e corrobora a hipótese de que larvas livres natantes são fator importante para o fluxo gênico elevado. Por outro lado sugerem uma estruturação populacional para M. mactroides (com uma possível barreira biogeográfica no sul de SP) e E. brasiliensis (barreira em Copacabana, RJ). De maneira geral estes dados reforçam a idéia de que só a capacidade dispersiva larval não é suficiente para predizer fluxo gênico e estruturação populacional em populações marinhas costeiras, mas sim uma combinação de fatores ecológicos intrínsecos de cada espécie, assim como os fatores geológicos históricos, como os ocorridos no Pleistoceno. / Coastal and marine environments are usually characterized by lack of evident physical barriers and having many species that show a free-swimming larval stage. Due to this larval stage, marine species commonly show high dispersion rates resulting in high gene flow and low geographical structure. Some species however present phylogeographical patterns that differ from this standard scenario. Factors such as duration of the larval phase, its predation level, and the hydrodinamism of the dispersion can significantly impact species dispersion. Moreover, historical environmental factors, such as the great climatic changes in the Pleistocene are also important elements to shape pattern of genetic diversity of the species. In this sense, comparative analyses are important tools for understanding the different processes that gave rise to the current diversity. Unfortunately, few comparative phylogeographical studies were carried out in sea coastal species, in special none for the Atlantic coast of the South America. In this study we compare the patterns of genetic diversity of four abundant invertebrate species that occur along the beaches of the Brazilian south and southeastern coast, Uruguay and Argentina, to better understand their evolutionary histories as well as what they could tell about the history of this geographical region. For this aim we partially sequenced the mitochondrial Cytochrome Oxidase I gene of the moçambique Donax hanleyanus (n=247), yellow clam Mesodesma mactroides (n=59), mole crab Emerita brasiliensis (n=191) and of the ghost crab Ocypode quadrata (n = 135) and analyzed them using several phylogeographical and populational genetic methods. Our results revealed a pattern of very low genetic diversity for all four species, in spite of their large geographical distribution and the huge population size, evidencing the great influence of the population historical fluctuations in the current genetic variability. Only E. brasiliensis showed a relatively higher variability to the north of its distribution what is compatible with a recent populational expansion from a refugium in low latitudes. Besides it was the only species that presented evidence for isolation by distance. The demographic histories of these species, in spite of presenting some differences, seems to be closely connected with the climatic fluctuations during the last glacial cycle, since three of them presented TMRCAs in the last 100 kyr ago, with the exception of O. quadrata, which presented TMRCA about 500 kyr ago. All species presented a long period of demographic stability with relatively reduced population followed by a more recent population expansion. The exception to this picture is M. mactroides, which presented TMRCA and population expansion nearly simultaneous. Emerita brasiliensis depicted the most recent demographic history, presenting a strong population expansion after the last glacial maximum (21 kyr ago), with TMRCA around 60 kyr ago. The other species presented population expansions between around 70 and 100 kyr ago, however we can not to reject the hypothesis of a simultaneous expansion for these three species, since to the confidence intervals of these analyses overlapped, which would indicate a strong influence of a common environmental feature. Ocypode quadrata presented the most ancient demographic history, the highest genetic diversity, and the largest geographical distribution (it is a pancontinental species). This may indicate that it could the most tolerant to the environmental changes. D. hanleyanus and O. quadrata presented low phylogeographical structure, which can mean the existence of no effective biogeographical barriers to these species, corroborating the hypothesis that a free-swimming larval stage is an important factor for an elevated gene flow. On the other hand, our results suggest a reasonable population structure for M. mactroides (with a possible biogeographical barrier in the south of São Paulo) and E. brasiliensis (barrier around Copacabana, Rio de Janeiro), In conclusion, our results support the proposal that the existence of a freeswimming larval stage is not sufficient to predict high gene flow and population structure in sea coastal species, being this pattern likely a combination of intrinsic ecological factors of each species, as well as biogeographical historical factors.

Estudos que avaliam a resistência aos antimicrobianos em ecossistemas naturais são de alta relevância para a identificação de reservatórios ambientais da resistência bacteriana aos antimicrobianos. O presente trabalho teve como objetivo analisar isolados E.coli provenientes de amostras de água da Lagoa dos Patos quanto ao perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos, presença de integron de classe 1, presença de bomba de efluxo e diversidade genética. As amostras de água foram provenientes de oito pontos situados ao longo da Lagoa dos Patos. A susceptibilidade foi avaliada frente a 15 antimicrobianos. A presença da região variável de integron de classe 1 foi verificada através da reação em cadeia da polimerase. A indicação da presença de bomba de efluxo foi realizada comparando a Concentração Inibitória Mínima da ampicilina na presença e ausência de um inibidor de bomba efluxo. A diversidade genética dos isolados foi avaliada através da amplificação de seqüências repetitivas. As contagens de E. coli variaram entre 0 (pontos situados no Parque Itapuã) e 5,4x10³ UFC/100mL (ponto situado Enseada de Tapes). Foram identificados um total de 477 isolados de E.coli. As maiores percentagens de isolados resistentes foram encontrados frente à tetraciclina (22,2%) e 16,5% dos isolados foram considerados multiresistentes. Dos 157 isolados resistentes aos antimicrobianos, 39,4% apresentaram integron classe 1, sendo que destes, 42 isolados foram considerados multiresistentes. Pode-se inferir que 23 isolados multiresistentes apresentaram bombas de efluxo. Este estudo revelou diferentes padrões de susceptibilidade a antimicrobianos na Lagoa dos Patos, dependendo do grau de impacto antrópico. A presença de integron de classe 1 e bombas de efluxo pode estar contribuindo para o aparecimento de isolados multiresistentes aos antimicrobianos. Os isolados apresentaram grande diversidade pelo ERIC-PCR, indicando várias origens de contaminação nos pontos de coleta analisados. / Studies that evaluate antibiotic resistance in natural ecosystems are of great importance to identify environmental reservoirs of bacterial resistance to antibiotics. This study aimed to characterize E.coli strains isolated from water samples of the Lagoa dos Patos, in regards of their susceptibility profile, presence of integron class 1, presence of efflux pump and genetic diversity. Water samples were collected from eight points along the Lagoa dos Patos. Antimicrobial susceptibility was tested against 15 antibiotics. The presence of the variable region of class 1 integron was verified through Polymerase Chain Reaction. The indication of the presence of efflux pump was performed by comparing the MIC of ampicillin with and without efflux pump inhibitor. Genetic diversity of isolates was analyzed by repetitive sequences. E. coli counts ranged from 0 (points within the Parque Itapuã) to 5.4 x10³ CFU/100mL (point Enseada de Tapes). A total of 477 E.coli isolates were identified. The highest percentages of resistance were related to tetracycline, with 22.2% of resistant isolates and the multidrug resistance rates were 16.5%. Of 157 isolates resistant to antibiotics, 39.4% had class 1 integrons, and 42 isolates out of those were considered multidrug resistant. The presence of efflux pumps could be inferred on 23 resistant isolates. This study revealed different patterns of antimicrobial susceptibility in the Lagoa dos Patos, depending on the degree of human impact. The presence of integrons and efflux pumps may be contributing to antibiotic multiresistance phenotype. The isolates showed a great genetic diversity through the ERIC-PR, indicating multiple sources of contamination in the sampling points analyzed.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-26Bitstream added on 2014-06-13T20:16:28Z : No. of bitstreams: 1 000738177.pdf: 2127211 bytes, checksum: 7752b2eb6f5bb2aa912ceafe0347ae5e (MD5) / O estudo da diversidade genética e o conhecimento das relações entre cultivares melhoradas é fundamental para os programas de melhoramento de soja. Sabe-se que existe um grande número de cultivares comercializadas no Brasil entretanto, pequena variabilidade genética está disponível entre elas, em razão da estreita base genética do germoplasma brasileiro. No Brasil mais de 80% do cultivo total de soja provém de sementes geneticamente modificadas, entretanto nada se sabe sobre as relações de parentesco existentes entre os genótipos cultivados. O objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade genética entre 74 cultivares de soja RR oriundas de diferentes programas de melhoramento genético. As análises foram baseadas em técnicas de estatística multivariada a partir de caracteres agronômicos e marcadores moleculares microssatélites (SSR). Dez caracteres agronômicos quantitativos foram empregados nas análises da distância Euclidiana, agrupamento por Tocher, agrupamento pelo critério UPGMA e análise por componentes principais. A diversidade genética, estimada utilizando-se marcadores moleculares, foi realizada por meio de 86 iniciadores SSR polimórficos analisados pelo coeficiente de Jaccard e pela metodologia de agrupamento UPGMA. Para os caracteres agronômicos, as cultivares foram separadas em sete grupos distintos segundo os métodos de Tocher e UPGMA. Neste estudo, a análise de componentes principais revelou que os caracteres número de dias para florescimento, produção de grãos, valor agronômico e número de dias para maturidade foram os que mais contribuíram para a diferenciação das cultivares. O dendrograma gerado com base nos dados moleculares pelo critério de agrupamento UPGMA revelou a formação de seis grupos. Os marcadores SSR amplificaram 195 alelos entre as cultivares e apresentaram valor médio de PIC de 0,42. Tanto as análises baseadas em... / The study of genetic diversity and the knowledge of the relationships among improved cultivars is essential for soybean breeding programs. It is known that there is a large number of cultivars marketed in Brazil however, little genetic variability is available among them, due to the narrow genetic base of Brazilian germplasm. In Brazil more than 80% of the total soybean crop comes from genetically modified seeds, however nothing is known about the evolutionary relationships among these cultivated genotypes. The objective of this study was to analyze the genetic diversity among 74 RR soybean cultivars from different genetic breeding programs. Analyzes were based on multivariate statistical techniques from agronomic traits and microsatellite molecular markers (SSR). Ten quantitative agronomic traits were used in the analysis of the Euclidean distance, Tocher and UPGMA clustering and principal component analysis. Genetic diversity, estimated using molecular markers, was performed with 86 polymorphic SSR primers, analyzed by Jaccard coefficient and by UPGMA clustering method. For agronomic data, the cultivars were separated into seven distinct groups according to Tocher and UPGMA methods. Principal components analysis revealed that among the studied agronomic traits, number of days to flowering, grain yield, agronomic value and number of days to maturity were the main contributors to differentiate cultivars. The dendrogram based on the molecular data and the UPGMA criterion revealed six groups. SSR markers amplified 195 alleles among cultivars and showed 0,42, average value of PIC. Both analyzes based on agronomic traits, as SSR molecular markers were efficient in estimating the genetic divergence among soybean cultivars that carry RR gene

The adoption of conservation practices can affect the physical, chemical and biological properties of the soil, resulting changes in the composition and activity of the microbial community. The aims of this research was to obtain information about the soil quality, diversity and biological activity, submitted to two types of soil management (scarified (PDE) and no-scarified tillage (PDNE)) and three types of cover management (Succession: soybean-wheat, Rotation I: Soybean-turnip+wheat/soybean-oats+vetch and Rotation II: soybean-oats+vetch+turnip/corn-crotalaria junceawheat/ soybeans).Analyzes of carbon and nitrogen from microbial biomass, soil enzymatic activity (urease, acid phosphatase and FDA), basal respiration rate and genetic diversity analysis were performed using the RAPD technique. Carbon and nitrogen from soil microbial biomass were higher in all treatments under no-scarified no-tillage in both collection periods. The same pattern can be observed for urease enzyme activity, which presented higher values in no-scarified no-tillage soil. All enzymes showed an increase in their activity in the summer period, which shows that they are influenced by temperature and soil moisture. For the basal respiration rate, in the winter period higher values were obtained when compared to the summer period. In addition, in the winter, the highest rate of accumulated CO2 release was observed in noscarified no-tillage, and the opposite was observed for the summer period, where the highest rate was obtained in scarified tillage. The RAPD technique was efficient in detecting the genetic variability among the treatments, grouping them into four groups and generated a profile of genetic markers that can be used in later works to evaluate the genetic diversity in agricultural soils. Based on these results, we concluded that noscarified no-tillage associated with good soil conservation practices, such as permanent coverage through plant residues, contribute to an increase in the values of microbial biomass, respiration rate and enzymatic activity of the soil. RAPD technique associated with other bioindicators become important tools for the monitoring and evaluation of soil quality, activity and biological diversity. / A adoção de práticas conservacionistas pode afetar as propriedades físicas, químicas e biológicas do solo, resultando em alteração na composição e a atividade da comunidade microbiana.O objetivo deste trabalho foi obter informações sobre a qualidade, diversidade e atividade biológica do solo, quando submetido aos sistemas de plantio direto escarificado e plantio direto não escarificado, com sucessão e rotação de culturas. O experimento é conduzido na Fundação Estadual de Pesquisa Agropecuária, Centro de Pesquisa de Sementes, em Júlio de Castilhos, RS, em um Nitossolo Vermelho. Os tratamentos foram constituídos de dois tipos de manejo do solo: (1) plantio direto com compactação natural e (2) plantio direto escarificado, e de uma sucessão de culturas (soja/trigo) e duas rotações, rotação I (soja-nabo + trigo/soja-aveia + ervilhaca/soja) e rotação II (soja-aveia + ervilhaca + nabo/milho-crotaláriajuncea-trigo/soja). Foram realizadas análises referentes ao carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, atividade enzimática do solo (urease, fosfatase ácida e Hidrólise do Diacetato de Fluoresceína), taxa de respiração basal e na análise da diversidade genética por meio da técnica de RAPD. O carbono e o nitrogênio da biomassa microbiana do solo foram superiores em todos os tratamentos sob plantio direto com compactação natural em ambos os períodos de coleta. O mesmo padrão pode ser observado para a atividade da enzima urease, que apresentou valores superiores em solo com compactação natural. Todas as enzimas apresentaram um incremento na sua atividade no período do verão, o que demonstra que são influenciadas pela temperatura e umidade do solo. Para a taxa de respiração basal, no período do inverno foram obtidos valores superiores quando comparado ao período do verão. Além disso, no inverno a maior taxa de liberação de CO2 acumulada, foi observada no plantio direto com compactação natural, sendo que o contrário foi observado para o período do verão, onde a maior taxa foi obtida em solo escarificado. A técnica de RAPD mostrou-se eficiente na detecção da variabilidade genética entre os tratamentos, agrupando-os em quatro grupos e ainda, gerou um perfil de marcadores genéticos que podem ser utilizados em posteriores trabalhos para avaliar a diversidade genética em solos agrícolas. Com base nesses resultados pode-se concluir que o plantio direto não escarificadoassociado às boas práticas de conservação do solo, como a permanente cobertura por meio de resíduos vegetais, contribui para um aumento nos valores de biomassa microbiana, taxa de respiração e atividade enzimática do solo. Além dissoa técnica de RAPD associada a outros bioindicadores tornam-se importantes ferramentas para o monitoramento e avaliação da qualidade, atividade e diversidade biológica do solo.

Submitted by Carolina Da Silva Carvalho null (carolina.carvalho@ymail.com) on 2018-02-25T21:02:23Z No. of bitstreams: 1 TeseFinal.pdf: 11213352 bytes, checksum: 63b3cd3c8d082350108c9ef5c450b692 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2018-02-26T13:02:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 carvalho_cs_dr_rcla.pdf: 11194058 bytes, checksum: e8104ff2146dfe61c44613af290f151d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-26T13:02:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carvalho_cs_dr_rcla.pdf: 11194058 bytes, checksum: e8104ff2146dfe61c44613af290f151d (MD5) Previous issue date: 2018-01-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A dispersão é o primeiro estágio que dá início ao recrutamento das plantas, portanto, é crucial para a regeneração, distribuição espacial, colonização de novos ambientes e conectividade de fragmentos florestais, sendo crítico para a viabilidade a longo prazo das populações. No entanto, as atividades humanas vêm gerando pressões que alteram os processos de recrutamento de novos indivíduos. Por exemplo, vários estudos têm mostrado que a extinção de grandes frugívoros pode prejudicar os serviços de dispersão de sementes porque os vertebrados de médio e pequeno porte geralmente (i) mobilizam uma fração reduzida dos frutos produzidos por visita; (ii) não ingerem sementes grandes, portanto, apenas as de tamanho médio e pequeno são dispersadas; e (iii) não conseguem alcançar áreas distantes, o que reduz a conectividade no nível da paisagem. No entanto, nós ainda não sabemos se a defaunação também afeta a distribuição espacial das progênies maternas na chuva de sementes, o que pode comprometer o recrutamento local das plantas. Além disso, os efeitos da defaunação sobre os processos microevolutivos de plantas ainda são pouco estudados. Nós descrevemos a distribuição espacial das progênies maternas na chuva de sementes de uma palmeira tropical (Euterpe edulis) gerada por aves ao longo de paisagens fragmentadas e defaunadas. Além disso, testamos se a perda dos grandes dispersores de sementes pode levar a alterações microevolutivas desta palmeira tropical. No final avaliamos o potencial de recuperação fenotípica desta palmeira que apresenta redução do tamanho da semente devido à defaunação de grandes frugívoros. Nossos estudos mostraram que os frugívoros de médio e grande porte oferecem serviços complementares. Aves frugívoras de tamanho médio podem manter os serviços de dispersão de sementes, contribuindo com a manutenção da alta diversidade genética local. No entanto, a perda dos grandes frugívoros afeta a qualidade do serviço de dispersão de sementes, principalmente a dispersão a longa distância e a manutenção do tamanho de semente. Além disso, nossos resultados mostraram que a defaunação dos grandes dispersores de sementes leva a alterações microevolutivas nas populações de E. edulis. Portanto, a perda de grandes dispersores de sementes não está apenas levando a alterações fenotípicas, mas também genotípicas, com efeitos desconhecidos para a persistência a longo prazo de populações de plantas. Finalmente, para recuperar alterações fenotípicas é necessário restaurar os processos de dispersão de sementes por grandes frugívoros. A restauração dos processos de dispersão de sementes por grandes frugívoros beneficiará várias espécies dispersas por aves e pode ser crucial para enfrentar cenários de mudança global. / Seed dispersal is the first template upon which plant recruitment takes place, and it is crucial to regeneration, spatial distribution, colonization of new environments, and connectivity of forest fragments, being critical for the long-term viability of populations. Human impacts, however, impose pressures that alter recruitment. For example, the extinction of large seed dispersers may impair seed dispersal services if extant medium- to small-bodied vertebrates only provide suboptimal dispersal services because: (i) they often mobilize a reduced fraction of propagules per visit; (ii) they do not ingest large-sized seeds, and therefore, only mediumto small-sized seeds get dispersed; and (iii) they fail to reach distant sites, which reduces connectivity at the landscape level. Yet, we still do not know if defaunation also leads to dispersal limitation by changing the spatial distribution of maternal progenies in the seed rain, which might imperil local plant recruitment. Moreover, the lasting effects of frugivore defaunation on microevolutionary processes of plants they disperse remain understudied. Here, we characterized the spatial distribution of the maternal progenies in a bird-generated seed rain of a tropical palm (Euterpe edulis) that produces medium-sized seeds. Moreover, we tested if the loss of large seed dispersers can lead to microevolutionary changes of this tropical palm. Finally, we evaluate the potential of phenotypic rescue of this bird-dispersed palm that present seed size reduction due to defaunation of large frugivores. Overall, our study highlights that medium- and large-sized frugivores provide complementary services. We found that extant medium-sized frugivorous birds can maintain the seed dispersal services in plants of medium-sized seeds, contributing the maintenance of high local genetic diversity. Nevertheless, the loss of large-sized seed dispersers impacted the quality of seed dispersal service, mainly in terms of long distance dispersal and maintenance of large seed sizes. Moreover, our results indicate that the defaunation of large seed dispersers has a distinct signal on large-scale genetic variability, potentially arising from microevolutionary changes in the palm populations. Therefore, the lack of seed dispersers leads to both phenotypic and genetic changes, with unknown effects on the long-term persistence of plant species and entire communities. Finally, to rescue large seeds in palm populations it is necessary to restore the seed dispersal processes by large frugivores. The most effective strategy to restore seed size variation is to rewild defaunated forests with large frugivores, either by connecting remnants to faunated areas or by frugivores' reintroduction. The restoration of the seed dispersal processes by large frugivores will benefit several bird-dispersed species and may be crucial to face ongoing global change scenarios. / FAPESP 2014/01029-5 / FAPESP 2016/22843-8 / CNPq 401258/2012-2 / CNPq 445353/2014-7