Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-12-19T15:21:25Z No. of bitstreams: 1 Nielson de Lima Barros.pdf: 595780 bytes, checksum: 41b3822c59bb8a9d0ff834daed31532b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-19T15:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nielson de Lima Barros.pdf: 595780 bytes, checksum: 41b3822c59bb8a9d0ff834daed31532b (MD5) Previous issue date: 2013-07-26 / Fusarium species cause important diseases on maize such as stalk-rot and ear-rot. Fungi in the Gibberella fujikuroi species complex (GFSC) are among the causal agents of these diseases, such as F. proliferatum, F. subglutinans, F. temperatum and F. verticillioides. The present study aimed to characterize the diversity of Fusarium isolates from different maize growing areas in Brazil. Morphological characters and sequences of fragments of the gene that encodes the translation elongation factor (tef1) were used to characterize the isolates. Fifty isolates obtained from maize kernels in different growing areas in Brazil were used. In the morphological characterization the isolates showed variation regarding the colony color and mycelial growth. The colony color varied from salmon to violet and the average diameter of the colonies at three days varied from 2.83 cm to 4.07 cm. The majority of isolates showed long chains of conidia and monophialides. A few isolates showed short chains, false heads and polyphialides. None of the isolates formed chlamydospore. Considering the morphological characterization the isolates were identified as F. proliferatum (4 isolates) and F. verticillioides (46 isolates). In the molecular characterization a neighbor-joining phylogenetic tree was generated from the sequenced fragments of the tef1 gene. From 50 isolates analyzed, 47 grouped together with reference isolates of F. verticillioides forming a sister group to F. musae. Two isolates grouped close to F. fujikuroi and one isolate grouped close to F. proliferatum. Ten haplotypes were identified within the F. verticillioides isolates from Brazil, with six haplotypes being new to the species. The cultural and morphological characters could not be grouped according with the phylogenetic sub-groups and haplotypes. The phylogenetic groups also did not reflect the geographical localization of isolates. The data collected in this study show that F. verticillioides is the dominant species and is widely distributed in the maize growing regions of Brazil, with high genetic diversity in the population. / Espécies de Fusarium causam doenças importantes no milho como a podridão do colmo e podridão de espigas. Fungos do complexo de espécies Gibberella fujikuroi (GFSC) estão entre os agentes causais dessas doenças, como F. proliferatum, F. subglutinans, F. temperatum e F. verticillioides. O presente estudo objetivou caracterizar a diversidade de isolados de Fusarium de diversas regiões produtoras de milho do Brasil. Para tal, foram utilizados marcadores morfológicos e sequências de fragmento do gene que codifica o fator de elongação 1-alfa (tef1). Foram utilizados 50 isolados obtidos de grãos de milho de diversas regiões produtoras do Brasil. Na caracterização morfológica os isolados apresentaram grande variação quanto à coloração das colônias e crescimento micelial. A cor das colônias variou do salmão ao violeta e o diâmetro médio das colônias aos três dias variou de 2,83 cm a 4,07 cm. A maioria dos isolados apresentou cadeias longas de conídios e monofiálides. Poucos isolados apresentaram cadeias curtas, falsas cabeças e polifiálides. Nenhum isolado formou clamidósporo. Pela caracterização morfológica os isolados foram identificados como F. proliferatum (4 isolados) e F. verticillioides (46 isolados). Na caracterização molecular foi gerada uma árvore filogenética de neighbor-joining a partir de fragmentos sequenciados do gene tef1. Dos 50 isolados analisados, 47 agruparam com isolados de referência de F. verticillioides, formando um grupo irmão à F. musae. Dois isolados agruparam próximo a F. fujikuroi e um isolado próximo a F. proliferatum. Foram identificados 10 haplótipos dentre os isolados de F. verticillioides do Brasil, com seis haplótipos sendo novos para a espécie. Não foi possível agrupar os caracteres culturais e morfológicos com os sub-grupos filogenéticos e haplótipos. Também não houve agrupamento filogenético refletindo localização geográfica dos isolados. Os dados apresentados neste estudo mostram que F. verticillioides é a espécie dominante e está amplamente distribuída nas regiões produtoras de milho do Brasil, com alta diversidade genética na população.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T14:16:17Z No. of bitstreams: 1 Adriana Guedes Magalhaes.pdf: 1298691 bytes, checksum: 3170ed2d5c5bb5cad1f2320c4bf432db (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T14:16:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriana Guedes Magalhaes.pdf: 1298691 bytes, checksum: 3170ed2d5c5bb5cad1f2320c4bf432db (MD5) Previous issue date: 2006-02-06 / Lettuce (Lactuca sativa L.) is the most cultivated vegetable in hydroponic system. This work aims to evaluate and characterize genotypes of lettuce grown under two levels of electric conductivity of nutrient solution, as well the genetic variability of these genotypes through the molecular markers of the type ISSR (Inter Simple Sequence Repeat. Four experiments were carried out using nutrient solutions with electric conductivity of 2.0 or 2.5 dS.m-1. Seeds were sown in phenolic foam plates and the seedlings were transferred for the nursling, on which they grew for 10 days receiving diluted nutrient solution. Then, they were transferred to polypropylene hydroponics channels measuring 50 mm of diameter on a growth bench for the initial growth. After 15 days the plants were transferred to others hydroponics channels measuring 75 mm of diameter on which they received the experimental treatments for more 15 days. Plant fresh weight, leaves fresh weight, root and stem fresh weight, stem length, number of leaves and tip-burning index were evaluated. Comparing the reaction of the cvs to the nutrient solutions with electric conductivity of 2.0 and 2.5 dS.m-1, the results showed that the tip-burning index for Babá de Verão and Forest was lesser for those grown on the nutrient solution of 2.0 than 2.5 dS.m-1. The total plant fresh weight and leaves fresh weight were greater for the plants grown on de nutrient solution with electric conductivity of 2.5 than 2.0 dS.m-1. The cvs Tinto, P-76 and P-78 presented higher tip-burning index on the nutrient solution of 2.5 dS.m-1, comparing to 2.0 dS.m-1. There was no significant difference on total plant fresh weight neither leaves fresh weight of the cvs Regina 2000, Tinto, P-44, P-85 and P-89, comparing the two nutrient solutions. For the study of the genetic variability thirty primers of ISSR were used. The data were interpreted with the aid of a matrix of genetic similarity after the construction of a dendrogram. Regarding all genotypes of lettuce studied, ten primers were amplified of a total of 134 fragments of DNA. The average of 13.4 fragments per primer was amplified and the size of fragments varied from 400 (UBC 842) to 2000 bp (UBC 808 and 857). The results showed that ISSR markers can be useful in the studies of genetic diversity of lettuce germplasm. / No sistema hidropônico, a alface (Lactuca sativa L.) é a hortaliça mais cultivada representando 80% da produção. Este trabalho teve como objetivo caracterizar e avaliar o comportamento de acessos de alface sob dois níveis de condutividade elétrica da solução nutritiva, bem como a variabilidade genética desses genótipos através de marcadores moleculares do tipo ISSR (Inter simple sequence repeat). Foram realizados quatro experimentos em dois níveis de condutividade elétrica da solução, 2,5 dS.m-1 e 2,0 dS.m-1. As sementes foram postas para germinar em placas de espuma fenólica e levadas, posteriormente, para a mesa de desenvolvimento, na qual receberam solução nutritiva durante 10 dias, quando foram transferidas para perfis de polipropileno com diâmetro de 50 mm, por mais 15 dias. Passado este período os tratamentos foram distribuídos no delineamento de blocos casualizados com repetições no tempo, em perfis de 75 mm de diâmetro, por mais 15 dias, totalizando o ciclo cultural de 45 dias. Avaliou-se o peso fresco das plantas inteiras, número de folhas, peso das folhas, índice de queima das bordas, comprimento do caule e peso do caule e raiz. Comparando a reação das cultivares, às soluções nutritivas com condutividade elétrica de 2,5 dS.m-1 e 2,0 dS.m-1, observou-se que o índice de queima das bordas das cvs. Babá de Verão e Floresta apresentou diferença, com menor percentual de queima na condutividade elétrica de 2,0 dS.m-1. Com relação ao peso fresco da planta inteira e peso das folhas frescas, as cultivares apresentaram diferenças significativas nas duas variáveis, obtendo os maiores pesos as alfaces cultivadas em solução nutritiva com condutividade elétrica de 2,5 dS.m-1. Comparando-se a reação dos acessos na condutividade elétrica de 2,5 dS.m-1 e 2,0 dS.m-1, observa-se que Tinto, P-76 e P-78 apresentaram alto índice de queima das bordas com a solução de 2,5 dS.m-1. Para o peso fresco da planta inteira e peso das folhas frescas, Regina 2000, Tinto, P-44, P-85 e P-89 não apresentaram diferenças significativas em relação aos dois níveis de condutividade. Para o estudo da variabilidade genética, foram utilizados trinta primers de ISSR. Os dados obtidos foram interpretados com o auxílio de uma matriz de similaridade genética e pela construção de um dendrograma. Destes, dez primers amplificaram um total de 134 fragmentos de DNA nos acessos de alface estudados. A média de fragmentos amplificados por primer foi de 13,4 e o tamanho desses fragmentos variou de 400 (UBC 842) a 2000 pb (UBC 808 e 857). Os resultados indicam que marcadores ISSR podem ser úteis em estudos de diversidade genética em germoplasma de alface.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T17:08:37Z No. of bitstreams: 1 Claudio Jose Dias Silva.pdf: 605492 bytes, checksum: c6b8e3cb1d0e465cdaab2051b9d3ea34 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T17:08:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Claudio Jose Dias Silva.pdf: 605492 bytes, checksum: c6b8e3cb1d0e465cdaab2051b9d3ea34 (MD5) Previous issue date: 2009-07-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The cajazeira (Spondias mombin L.) is distinguished by producing fruit of excellent taste and nutritional properties. Nevertheless, there are no commercial crops and places of occurrences of occurrence are suffering in deletions due to human action. This study aimed to evaluate the genetic diversity among plants Cajazeiras Bank of germplasm of the IPA by ISSR markers. The experiment was conducted at the Laboratório de Plant Biotecnologia Vegetal, Department of Agronomy, of the Federal Rural University of Pernambuco (UFRPE), in Recife-PE, with latitude of 8 10'52''S and longitude 34 ° 54'47'' W, from July 2007 to May 2009. Tender leaves were collected from twelve plants (Charuto, Djalma, Vianey-1, Vianey-2, Vianey-3, EAN-1, EAN-2, Casa Grande, Muribeca, IEE (Estação Experimental de Itapirema), Dr. Moacir e Limão) from Germplasm Bank of the Cajazeiras at the Experimental Station of the Agronomic Institute of Itambé Pernambuco (IPA) (7 ° 24'50 "S and 35 º 06'30" W) in the Municipality of Itambé, Pernambuco, Brazil. Genomic DNA was obtained according to the methodology proposed by Ferreira and Grattapaglia (1998), with modifications.For the amplification of DNA, 18 primers were used (2 UBC, UBC 808, UBC 810, UBC 812, UBC 813, UBC 820, UBC 827, UBC 834, UBC 849, UBC 855, UBC 860, UBC 866, UBC 868, UBC 881, UBC 884, UBC 885, UBC 887, UBC 888 and UBC 891). These amplifications generated 135 fragments, of which 105 polymorphic, ranging from 20 to 620pb. The UBC 834 was more informative, allowing the differentiation between the 12 accessions. The primers that prevails in the sequence of bases GA (2 UBC, UBC 810, UBC 812 and UBC 885) the highest number of amplified fragments and polymorphic fragments. In the construction of the dendrogram was the formation of four distinct groups, from an average similarity of 51.69%. Access Dr. Moacir, comes from Manaus-AM, was isolated from the other accessions, presenting a similarity of 27.45% with access EAN-1, the lowest found among the 12 accessions. Already between 1 and Vianey Vianey 2 there was a greater similarity among all accessions (73.21%). With these data we can see the viability of the use of ISSR markers to study genetic diversity in germplasm of Cajazeiras and high geneticdiversity among accessions of the bank. / A cajazeira (S. mombin L.) destaca-se por produzir frutos de excelente sabor e propriedades nutricionais. Apesar disso, não existem cultivos comerciais e as áreas de ocorrência vêm sofrendo constantes supressões devido à ação antrópica. Este trabalho objetivou avaliar a diversidade genética entre plantas de cajazeiras do banco de germoplasma do IPA, por meio de marcadores ISSR. O experimento foi conduzido no Laboratório de Biotecnologia Vegetal do Departamento de Agronomia, Área de Fitotecnia, da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), em Recife-PE, com latitude de 8º10’52’’S e longitude de 34º54’47’’W, no período de julho de 2007 a maio de 2009. Foram coletadas folhas tenras de doze plantas (Charuto, Djalma, Vianey-1, Vianey-2, Vianey-3, EAN-1, EAN-2, Casa Grande, Muribeca, IEE (Estação Experimental de Itapirema), Dr. Moacir e Limão) do Banco de Germoplasma de Cajazeiras instalado na Estação Experimental de Itambé do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA) (7º24’50”S e 35º06’30”W), no Município de Itambé, Pernambuco, Brasil. O DNA genômico foi obtido de acordo com a metodologia proposta por Ferreira e Grattapaglia (1998), com modificações. Para aamplificação do DNA, foram Utilizados 18 oligonucleotídeos (UBC 2, UBC 808, UBC 810, UBC 812, UBC 813, UBC 820, UBC 827, UBC 834, UBC 849, UBC 855, UBC 860, UBC 866, UBC 868, UBC 881, UBC 884, UBC 885, UBC 887, UBC 888 e UBC 891). Estas amplificações geraram 135 fragmentos, dos quais 105 polimórficos, variando de 20 a 620 pb. O UBC 834 mostrou-se mais informativo, possibilitando a diferenciação entre os 12 acessos. Os oligonucleotídeos em que prevalece a seqüência de bases GA (UBC 2, UBC 810, UBC 812 e UBC 885) amplificaram o maior número de fragmentos e de fragmentos polimórficos. Na construção do dendrograma houve a formação de quatro grandes grupos distintos, a partir de uma similaridade média de 51,69%. O acesso Dr. Moacir, oriundo de Manaus-AM, foi isolado dos demais acessos, apresentando uma similaridade de 27,45% com o acesso EAN-1, a menor encontrada entre os 12 acessos. Já entre Vianey 1 e Vianey 2 foi verificada a maior similaridade entre todos os acessos (73,21%). Com estes dados pode-se constatar a viabilidade do emprego de marcadores ISSR no estudo de diversidade genética em germoplasma de cajazeiras e a grande diversidade genética existente entre os acessos do banco.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-21T14:16:54Z No. of bitstreams: 1 Cintia de Sousa Bezerra.pdf: 529172 bytes, checksum: 3f8bd6778995572053eaacf5a2bbb510 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T14:16:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cintia de Sousa Bezerra.pdf: 529172 bytes, checksum: 3f8bd6778995572053eaacf5a2bbb510 (MD5) Previous issue date: 2011-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Vine decline of melons caused by Monosporascus cannonballus is a destructive disease worldwide. To implement a meaningful management of plantation diseases, it is important to have an understanding of the population diversity of the pathogen. The aims of this study were assay de genetic structure of M. cannonballus isolates from Brazil and compare this isolates with isolates form Spain. The population genetic structure of M. cannonballus was examined by applying ISSR and mycelial compatibility tests. Based on the frequencies of MCGs, and ISSR were estimated the genotype diversity indexes, as well as its richness and evenness components. All analyses were performed by R, NTSYS and PopGen software. The isolate were from 7 plantations in Mossoró in state of Rio Grande do Norte, Quixeré and Icapuí in state of Ceará. The seven plantations showed low genetic distance between them (GST 0.004 to 0.068), when grouped into two subpopulations CE and RN genetic diversity (GST 0.105) between them was also low, reflecting a high amount of gene flow (Nm = 31), genetic diversity within subpopulations (Hs = 0.2277) was 98% of the total genetic diversity of the population (HT = 0.2314). The genotypic diversity estimated by Sttodart and Taylor was 10% of the maximum possible. Four MC groups were found amongst 58 isolates from Brazil, whereas in Spain 6 MC were found in only 11 isolates. None Brazilian isolates was compatible with Spanish isolates. Genetic variability was low and similar in the subpopulations (Icapuí, Quixeré and Mossoró) from Brazil. The genotypic diversity for Brazilian population was lower compared with the Spanish population. Based on these data, the Spanish population was more diverse than the Brazilian population. No significant difference in diversity exists between Icapui, Quixere and Mossoró subpopulations. But significant difference in diversity exists between the Brazilian and Spanish populations of M. cannonballus. / O declínio das ramas do meloeiro causado pelo fungo Monosporascus cannonballus, vem causando prejuízos nas áreas de cultivo de melão em todo o mundo. Para o desenvolvimento de estratégias de manejo é essencial conhecer a estrutura genética da população do patógeno. Os objetivos deste estudo foram descrever a estrutura genética e as forças evolutivas que atuam sobre a população de M. cannonballus, e comparar a população Brasileira a isolados coletados na Espanha. Os isolados utilizados foram coletados em sete áreas de plantio comercial nos municípios de Mossoró no Rio Grande do Norte, Quixeré e Icapuí no Ceará. Foi feita a extração do DNA genômico, seguida de uma reação ISSR para a análise genética da população. Testes de incompatibilidade micelial foram realizados em meio BDA pareando os isolados consigo e com os demais para formar grupos. Com base nas freqüências de MCGs foram calculados índices de diversidade genotípica e seus componentes de riqueza e equitabilidade. Os dados obtidos foram análisados nos programas R, NTSYS e PopGen. As sete areas coletadas apresentaram baixa distancia genética entre si (GST 0,004-0,068), quando agrupadas em duas subpopulações CE e RN a diversidade genétia (GST 0,105) entre elas ainda foi baixa refletindo num alto valor de fluxo gênico (Nm=31) e a diversidade genética dentro das sub-populações (HS = 0,2277) representou 98% da diversidade genética total da população estudada (HT = 0,2314). A diversidade genotípica estimada pelo índice G foi 10% do máximo possível. Foram formados 4 MCG entre os 58 isolados do Brasil, enquanto na Espanha 6 grupos foram formados entre apenas 11 isolados. Os isolados do Brasil não foram compatíveis com os da Espanha. Houve uma diferença significativa na diversidade entre as populações da Espanha e Brasil, enquanto que entre as subpopulações brasileiras não houve diferença.

Submitted by ELISA PERIPOLLI null (elisa_peripolli@hotmail.com) on 2017-03-13T10:53:09Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Elisa_Peripolli.pdf: 1486638 bytes, checksum: 15fbc97f7599f86e3e8dcccabf250bab (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-03-20T13:45:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 peripolli_e_me_jabo.pdf: 1486638 bytes, checksum: 15fbc97f7599f86e3e8dcccabf250bab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T13:45:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 peripolli_e_me_jabo.pdf: 1486638 bytes, checksum: 15fbc97f7599f86e3e8dcccabf250bab (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As corridas de homozigose, do inglês “Runs of homozygosity” (ROH), são segmentos homozigóticos contínuos que estão presentes em indivíduos e populações. A habilidade desses segmentos em elucidar sobre eventos genéticos populacionais torna-os uma ferramenta capaz de prover informações valiosas a respeito da evolução demográfica de uma população ao longo do tempo. Além disso, informações amplas do genoma fornecem subsídios relevantes para compreender a constituição genética de um animal por meio da caracterização dos ROH, constituindo uma metodologia acurada para manter a diversidade genética em diversas populações animais. O objetivo deste estudo foi (i) acessar a autozigosidade do genoma de bovinos da raça Gir Leiteiro a fim de caracterizar os padrões de ROH; (ii) prospectar genes em ROH compartilhados por mais de 50% da população, e por fim (iii) comparar as estimativas de endogamia calculadas a partir da proporção genômica em homozigose (FROH), da matriz genômica de parentesco G (FGRM) e do pedigree tradicional (FPED). Animais da raça Gir Leiteiro foram genotipados com o BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) que contêm 777.962 SNPs (n=582), BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) contendo 54.609 SNPs (n=1664) e GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K) que contêm 27.533 SNPs (n=662). Todos os genótipos foram imputados para o painel BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs sem posição definida ou mapeados nos cromossomos sexuais foram removidos do conjunto de dados. Após a edição, 2908 animais e 735,236 SNPs foram mantidos para as análises. Os ROH foram identificados por meio do software PLINK v1.07 considerando os seguintes parâmetros: uma janela deslizante de 50 SNPs, o número mínimo de SNPs consecutivos incluídos em um ROH foi 100, o comprimento mínimo de um ROH foi ajustado para 1 Mb, o intervalo máximo entre SNPs homozigóticos consecutivos foi de 500 kb, uma densidade de 1 SNP por 50 kb, cinco SNPs com genótipos faltantes e um genótipo heterozigoto. O FPED foi estimado por meio do software INBUPGF90. Para cada animal foi calculado um FROH (FROH1-2 Mb, FROH2-4 Mb, FROH4-8 Mb, FROH8-16 Mb e FROH>16 Mb) com base na distribuição de ROH a partir de cinco comprimentos (ROHj): 1-2, 2-4, 4-8, 8-16 e > 16 Mb, respectivamente. O FGRM foi calculado a partir da diagonal da matriz de relação genômica (G). Os ROH foram identificados em todos os animais, apresentando um número médio de 55,12±10,37 segmentos por animal e um comprimento médio de 3,17 Mb. Segmentos curtos (ROH1-2 Mb) foram abundantes nos genomas, representando cerca de 60% de todos os segmentos identificados, no entanto, cobriram apenas uma pequena proporção do genoma. Nossos resultados demonstraram que em média 7,01% (175,28 Mb) do genoma dessa população é autozigótico. As estimativas de FPED variaram de 0,000 a 0,327 e as de FROH de 0,001 a 0,201. Correlações baixas a moderadas foram observadas entre as estimativas de FPED-FROH e FGRM-FROH, com valores entre -0,16 e 0,59. As correlações entre FROH de diferentes comprimentos e FPED aumentaram com comprimento dos ROH. ROH compartilhados por mais de 50% das amostras foram classificados como ilhas de ROH. Quatorze ilhas de ROH foram identificadas e diversos genes contidos nessas ilhas foram associados com o teor de gordura do leite (DGAT1, CYP11B, EEF1D, INSIG2 e STAT1), involução da glândula mamária (IGFBP7), lactação (CHR e TRAPPC9) e adaptação ao calor (HSF1). Nossos resultados sugerem que (i) as baixas correlações (r<0.44) entre FPED-FROH para segmentos pequenos indicam que o FPED não é adequado para capturar eventos remotos de endogamia. As correlações moderadas (r>0.44) entre segmentos grandes indica que os níveis de autozigosidade derivados dos ROH podem ser utilizados como uma estimativa acurada dos níveis de endogamia; e (ii) ROH podem ser utilizados para identificar regiões genômicas sob seleção, uma vez que várias regiões compartilhadas estavam associadas com características de leite e adaptação. / Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments that are common in individuals and populations. The ability of these segments to give insight into a population's genetic events makes them a useful tool to provide information about the demographic evolution of a population over time. Additionally, genome-wide information provides valuable information to comprehend the animal’s genome based on ROH, being and accurate tool to maintain diversity and fitness in livestock populations. The aim of this study was (i) to access genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), GRM approach (FGRM), and from pedigree-based coefficient (FPED). Gyr dairy animals were genotyped with the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), that contains 777,962 bialleleic SNPs markers (n=582); the BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), containing 54,609 SNPs (n=1664); and with the GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K), that contains 27,533 bialleleic SNPs markers (n=662). All genotypes were imputed to the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs unsigned to any chromosome and mapped to sexual chromosomes were removed from the dataset. After editing, 2908 animals and 735,236 SNPs were retained for the analyses. ROH were identified using PLINK v1.07 considering the following parameters: a sliding window of 50 SNPs, the minimum number of consecutive SNPs included in a ROH was 100, the minimum length of a ROH was set to 1 Mb, the maximum gap between consecutive homozygous SNPs was 500 kb, a density of 1 SNP per 50 kb, and a maximum of five SNPs with missing genotypes and up to one heterozygous genotype were allowed in a ROH. FPED was estimated through the software INBUPGF90. For each animal FROH (FROH1-2 Mb, FROH2-4 Mb, FROH4-8 Mb, FROH8-16 Mb, and FROH>16 Mb) was calculated based on ROH distribution of five minimum different lengths (ROHj): 1-2, 2-4, 4-8, 8-16, and >16 Mb, respectively. FGRM was calculated from the diagonal of the genomic relationship matrix (G). ROH were identified in all animals, with an average number of 55.12±10.37 segments and a mean length of 3.17 Mb. Short segments (ROH1-2 Mb) were abundant through the genomes, accounting for 60% of all segments identified, however, they just covered a small proportion of the genome. Our results suggest that on average 7.01% (175.28Mb) of the genome of this population is autozygous. FPED estimates ranged from 0.000 to 0.327 and FROH from 0.001 to 0.201. Low to moderate correlations were observed between FPED-FROH and FGRM-FROH, with values ranging from -0.16 to 0.59. Correlations between FROH from different lengths and FPED increased with ROH length. ROH shared by more than 50% of the samples were chosen as an indication of a possible ROH islands throughout the genome, and 14 regions were identified. Several genes inside those ROH islands were associated with milk fat content (DGAT1, CYP11B, EEF1D, INSIG2, and STAT1), mammary gland involution (IGFBP7), lactation (CHR and TRAPPC9), and heat adaptation (HSF1). Our results suggest that (i) low correlations (r<0.44) between FPED-FROH for small segments indicate that FPED estimates are not the most suitable method to capture ancient inbreeding. Moderate correlations (r>0.44) between larger ROH indicate that the levels of autozygosity derived from ROH can be used as an accurate estimator of individual inbreeding levels, and (ii) ROH might be used to identify genomic regions under selection as several overlapping regions were associated with dairy and adaptive traits.

O pinhão manso é uma pequena árvore tropical que adquiriu importância econômica pelo conteúdo de óleo em suas sementes e pela possibilidade de sua utilização para produção de biocombustível. As sementes e o óleo do pinhão manso são tóxicos devido principalmente à presença de ésteres de forbol, o que dificulta a sua utilização direta para o consumo humano e também dos resíduos para a alimentação animal. A falta de programas de melhoramento e cultivares comerciais e problemas com pragas e doenças estão desestimulando o cultivo do pinhão manso pelo mundo. Por se tratar de uma espécie semi-domesticada, a utilização de marcadores moleculares como ITS, PCR-RFLP, microssatélites e TRAP poderia auxiliar nos estudos de diversidade genética, visando o desenvolvimento de variedades adaptadas às necessidades dos agricultores. O objetivo deste estudo foi caracterizar a variabilidade genética de acessos de pinhão manso depositados no Banco de Germoplasma da Universidade Federal de São Carlos, além de possibilitar estudos sobre as relações entre as populações, centros de diversidade e determinar o sistema reprodutivo da espécie. Os resultados são discutidos destacando que a maior parte da diversidade encontra-se entre as populações estudadas. Os resultados derivados dos quatro marcadores utilizados corroboram que o centro de diversidade da espécie possivelmente está na América, com destaque para o México, Brasil e Colômbia. Os resultados apontam também para a diferenciação genética dos acessos atóxicos dos mexicanos quando comparados com os demais acessos tóxicos de pinhão manso. Os marcadores microssatélites desenvolvidos indicam que o pinhão manso apresenta um sistema misto de reprodução, combinando autofecundações, apomixia e cruzamento entre indivíduos aparentados, o que pode explicar a menor diversidade genética encontrada dentro das populações. Devido ao sistema misto de reprodução e aos acasalamentos correlacionados, a coleta de sementes de polinização aberta para fins de melhoramento ou conservação deve ser conduzida em um número de árvores acima de 100, visando garantir uma amostra estruturada / Physic nut (Jatropha curcas L.) is a tropical tree that has acquired economic importance for the content of oil in its seeds and the possibility of its use for biofuel production. However, oil seeds and physic nut are toxic because of the presence of secondary metabolites such as phorbol esters which makes its use directly for human consumption and also its waste for animal feed difficult. The lack of commercial varieties and problems with pests and diseases are making physic nut cultivation in the world unattractive. The use of molecular markers such as ITS, PCR-RFLP, microsatellites and TRAP can help in studies of genetic diversity, aimed at developing varieties adapted to farmers needs. The aim of this study was to characterize the genetic variability of physic nut accessions deposited in the Germplasm Bank of the \'Universidade Federal de São Carlos\', in addition to allowing studies on the relationship among accessions, centers of diversity and reproductive system. Results are discussed highlighting that most diversity is concentrated among populations. The four markers used indicated that the center of diversity of this species is probably in America with emphasis on Mexico, Brazil and Colombia. The microsatellite markers indicate that physic nut has a mixed system of reproduction, combining self-pollinations, apomixis and crossing between related individuals which may explain the small genetic diversity found within populations. Due to the mixed system of reproduction and correlated mating, the collection of open-pollinated seeds for plant breeding or conservation should be conducted in a number of trees above 100 in order to ensure a structured sample

A erva-mate, Ilex paraguariensis, é uma espécie dioica, clímax com ampla área de distribuição natural. A despeito de sua importância econômica e ecológica são escassos os estudos de conservação e genética da espécie. O objetivo geral do trabalho foi estudar a diversidade genética, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico por dispersão de sementes em duas populações naturais de I. paraguariensis na área do entorno do Parque Nacional do Iguaçu, com uso de marcadores moleculares microssatélites. Foram encontrados baixos níveis de diversidade genética em oito loci analisados, com divergência genética maior entre do que dentro das populações. A I. paraguariensis apresentou baixa densidade populacional, com 0,27 a 0,29 árvores por ha-1 e distribuição espacial agregada, entretanto não foi observado evidência de estrutura genética espacial. A média da distância da dispersão de pólen foi de 393 m e a dispersão de sementes atingiu distância próximas a 2.000 m. Os resultados obtidos, sugerem que a base genética da espécie não é ampla, o que pode dispor a I. paraguariensis a um estado crítico de conservação, devido a de erosão genética provocada pela destruição de seus ambientes naturais. / The yerba mate, Ilex paraguariensis, is a species dioecious, climax with wide natural range. Despite their economic and ecological importance are few studies of genetics and conservation of the specie. The overall objective this work was to study the genetic diversity, spatial genetic structure and gene flow by seed dispersal in two natural populations of I. paraguariensis around the National Park of Iguassu, using microsatellite molecular markers. It found low levels of genetic diversity at eight loci analyzed, and greater genetic divergence between populations than within population. The I. paraguariensis showed low population density with 0.27 to 0.29 trees per ha-1 and spatial clustered distribution, however was not observed evidence of spatial genetic structure. The average distance of pollen dispersal was 393 m and seed dispersal reached near 2,000 m. The results suggest that the genetic basis of species is not large, which may carry the I. paraguariensis to critical state of conservation due to genetic erosion caused by the destruction of their natural environments.

A análise da estruturação populacional de espécies codistribuídas permite a comparação de padrões de estruturação, fornecendo informações acerca dos fatores que influenciam a diferenciação em espécies pertencentes ao mesmo ecossistema. Este projeto teve como objetivo principal analisar a variabilidade intraespecífica em caranguejos habitantes de manguezais, codistribuídos ao longo do Oceano Atlântico Ocidental, por meio de ferramentas moleculares e morfológicas, visando testar a hipótese de elevada estruturação populacional em manguezais. Para este fim, cinco espécies foram utilizadas como modelo (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri e Ucides cordatus) e avaliadas por meio de marcadores mitocondriais COI e 16S e nuclear H3 e análises morfológicas comparativas e de morfometria. Os dados moleculares revelaram dois padrões, indicando elevada estruturação populacional para as espécies A. pisonii e U. thayeri e ausência de estruturação para G. cruentata, S. rectum e U. cordatus. Os dados morfológicos, no entanto, não acompanham esses padrões, já que não foram encontradas diferenças morfológicas ou morfométricas associadas aos grupos evidenciados pelas análises moleculares. A ausência de fluxo gênico entre regiões para algumas espécies deve-se, muito provavelmente, à existência de fatores que não se limitam ao isolamento por distância, mas também devido a diferenças na duração do estágio larval e a diferenças bruscas em alguns fatores abióticos, como a salinidade, por exemplo, que, associados às diferentes características do desenvolvimento larval de cada espécie, culminam na existência de estruturas populacionais diferentes. Além disso, os padrões de diferenciação genética observados concordam com os cenários biogeográficos propostos para o Atlântico Ocidental, no qual mudanças e flutuações geológicas, climáticas e oceanográficas, resultantes do fechamento do Istmo do Panamá e de ciclos glaciais na América do Norte, promoveram divergência genética. / The analysis of population structure of codistributed species allows the comparison of patterns of population structuring, providing information on the factors that influence the differentiation in species belonging to the same ecosystem. This project aimed to analyze the intraspecific variability of crabs inhabiting mangroves, codistributed along the western Atlantic Ocean, by means of molecular and morphological tools, in order to test the hypothesis of high populational structure in mangroves. The genetic variability of five species used as models (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri and Ucides cordatus) was assessed using the mitochondrial genes COI and 16S and the nuclear H3 and comparative morphological analysis and morphometry were performed. The molecular data revealed two patterns, indicating high population structure for the species A. pisonii and U. thayeri and absence of structure for G. cruentata, S. rectum and U. cordatus. The morphological data, however, do not follow these patterns, because there were no morphological or morphometric differences associated with the groups evidenced by the molecular analyzes. Possibly the absence of gene flow between regions for some species is due to factors not limited to isolation by distance, but also because of differences in the larval stage duration and in withstanding some abiotic factors, such as salinity. These factors associated with different characteristics of larval development can culminate in differences on population structure. In addition, the genetic differentiation patterns observed agree with biogeographical scenarios proposed for the western Atlantic, where geological, climate and oceanographic fluctuations, resulting from the Isthmus of Panama closure and cyclical glaciation in North America, promoted genetic divergence.

Entre os principais fatores que limitam a obtenção de altos rendimentos na cultura da soja estão as doenças. A antracnose é uma das principais doenças da cultura, sendo causada, segundo a literatura, pelo fungo Colletotrichum truncatum. No Brasil não há estudos detalhados sobre a real etiologia da doença. A identificação e a distribuição das espécies do gênero Colletotrichum nas diferentes regiões produtoras de soja do Brasil é fundamental para o entendimento da epidemiologia da doença e para o sucesso no desenvolvimento de estratégias mais eficientes de controle. Por meio de abordagem polifásica foram caracterizados 51 isolados de diferentes regiões produtoras de soja do Brasil, utilizando-se análises molecular, cultural, morfológica e patogênica. Foi realizada extração do DNA genômico e reação em cadeia da polimerase (PCR) dos genes GAPDH, HIS3 e da região ITS. Análises filogenéticas foram realizadas para cada gene de forma isolada e concatenada. Construiu-se uma árvore filogenética, por meio de inferência Bayesiana, utilizando os genes concatenados. Analisou-se, também, a diversidade genética intraespecífica dos isolados, por meio da construção de uma rede de haplótipos presentes na coleção. As demais caracterizações foram realizadas com 10 isolados selecionados com base na caracterização molecular. A caracterização cultural foi realizada nos meios BDA e SNA e foram avaliados esporulação, taxa de crescimento micelial e análise da coloração, morfologia e topografia das colônias. A caracterização morfológica também foi realizada nos mesmos meios de cultura, por meio da mensuração de 50 conídios por isolado, além da observação de acérvulos, setas e apressórios. A caracterização patogênica foi realizada utilizando-se a variedade BMX Potência inoculada por meio de palitos de dente colonizados com o fungo e por inoculações de suas sementes pelo método da restrição hídrica seguido de semeadura em solo autoclavado. Em ambos os métodos foram observados incidência e severidade de sintomas. A análise molecular dos isolados de Colletotrichum evidenciou ocorrência apenas da espécie C. truncatum associada à cultura da soja na coleção de isolados estudada. No entanto a analise intraespecífica mostrou alto grau de variabilidade, com a presença de 27 haplótipos na coleção, muitos deles idênticos geneticamente a isolados de C. truncatum de outros locais do mundo. Foi encontrada grande variabilidade cultural, morfológica e patogênica entre os isolados. A caracterização patogênica mostrou, nos dois métodos empregados, alta variação na agressividade dos isolados, sendo que os isolados CMES 1075 e CMES 1080 se destacaram dos demais por causarem as maiores lesões na haste da soja e por afetarem mais o desenvolvimento das sementes inoculadas. Não foi possível correlacionar a variabilidade intraespecífica observada nos isolados com sua respectiva origem geográfica. / Diseases are among the main factors that limit high yields in soybean crops. Anthracnose is a major disease of the culture, caused, according to the literature, by Colletotrichum truncatum. In Brazil, there are no detailed studies on the real etiology of the disease. Identification and distribution of Colletotrichum species in different soybean producing regions of Brazil is critical to understand the epidemiology and develop effective control of these diseases. The polyphasic approach was used to characterize 51 isolates from different soybean producing regions in Brazil, using molecular, cultural, morphological and pathogenic analyses. Genomic DNA extraction was performed and polymerase chain reaction (PCR) of GAPDH, HIS3 genes and the ITS region. Phylogenetic analyses were carried for each gene isolated and in the concatenated form. A phylogenetic tree was constructed according to the Bayesian inference, using concatenated genes. We also analyzed the intraspecific genetic diversity of the isolates by building a network of haplotypes in the collection. The remaining characterizations were performed with 10 strains selected based on the molecular characterization. The cultural characterization was performed in PDA and SNA media and sporulation, mycelial growth rate, colonies color, morphology and topography were evaluated. The morphological characterization was also performed in the same culture media by measuring 50 conidia per isolate in addition to observation of acervuli, setae and appressoria. The pathogenic characterization was performed using the variety BMX Potencia inoculated with toothpicks colonized with the fungus as well as by seed inoculations using the water restriction technique followed by sowing in sterilized soil. The evaluation of the pathogenicity was based on disease incidence and severity. The molecular analysis of Colletotrichum isolates showed only occurrence of C. truncatum species associated with soybean in the collection studied. However, the intraspecific analysis showed a high variability degree, with the presence of 27 haplotypes in the collection, many of them genetically identical to strains of C. truncatum elsewhere in the world. There was high cultural, morphological and pathogenic variability among the isolates. Pathogenic characterization showed, in both methods, high variation in aggressiveness of isolates. Isolates CMES 1075 and CMES 1080 were more aggressive due to their ability to cause bigger lesions on soybean stem and affect more severely the development of inoculated seeds. It was not possible to correlate intraspecific variability observed in the isolates with their respective geographical origin.

A epidemia de HIV-1 está mudando em São Paulo, com uma crescente preocupação no número de jovens de homens que fazem sexo com homens (HSH). A epidemia é dominada pelos subtipos B, F1, porém tem aumentado a prevalência do subtipo C. O objetivo do estudo foi identificar e caracterizar as redes de transmissão em São Paulo, comparando entre os subtipos epidêmicos, fatores de risco e exposição à terapia antirretroviral. Nós compilamos dados clínicos, epidemiológicos e as sequencias virais dos indivíduos acompanhados no Instituto Adolfo Lutz de Jan 2004 a fev de 2015. Após o controle de qualidade, 2.260 sequencias parciais do gene pol foram subtipadas previamente como B, C e F1 e então incluídas no estudo. 2.107 sequencias únicas controle foram selecionadas pelo blast contra as nossas sequencias no banco de dados de Los Alamos e banco de dados de Portugal. Todas as sequencias foram investigadas para a identificação de mutação de resistência (TDRM). Árvores filogenéticas foram construídas em RaxML para cada subtipo. Nós usamos Cluster Picker para analise da dinâmica de transmissão de acordo com os parâmetros de distância genética e bootstrap. Análises estatísticas foram utilizadas para identificar possíveis correlações dos clusters. 414 (18,3%) da nossa população foi incluída em cluster (2-12 indivíduos). A taxa de cluster não diferiu entre B e F1, no entanto as sequencias do subtipo C se agruparam duas vezes mais (p<0.001). Mais clusters foram identificados entre a população HSH quando comparada a de heterossexuais independente do subtipo (p<0.001). A taxa de TDRM foi maior em cluster que fora de cluster nos subtipos B e F1 (p<0.001 e p=0.009), respectivamente. Apesar do alto número de clusters no subtipo C verificamos baixa prevalência de TDRM. Os indivíduos que estavam em clusters eram 5 anos mais jovens que os de fora de cluster nos subtipos B e C (p<0.001 e 0.02, respectivamente). Nossos resultados indicam que, independente do subtipo, a epidemia de HIV-1 em São Paulo é auto-sustentada pelos pacientes HSH virgens de tratamento. O subtipo C apresentou maior proporção de clusters. No entanto, mais análises são necessárias para clarificar se isto implica em alta taxa de transmissão do subtipo em São Paulo. / The HIV-1 epidemic in Sao Paulo is changing, with a worrying increase in the number of new infections in young men and in the Men who have Sex with Men (MSM). The epidemic is dominated by subtypes B and F1, but theres been a recent increase in the prevalence of subtype C. The aim of this study was to identify and characterize HIV-1 transmission networks in Sao Paulo, comparing across subtype epidemics, risk factors, and HAART exposure therapy. We gathered epidemiological, clinical and viral sequence data from HIV-1 infected individuals followed in Adolfo Lutz Institute/SP-BR from Jan 2004 through Feb 2015. After quality control, 2,260 sequences of the partial pol gene were subtyped as previously reported as B, C and F1 were included on this study. 2,107 unique background control sequences were selected by blasting our sequences against Los Alamos database and the Portuguese HIV-1 database. The dataset was screened for Drug Resistance Mutations to identify transmitted drug resistance mutations (TDRM). Maximum-Likelihood phylogenetic trees were built in RaxML for each subtype separately. We used Cluster Picker to analyze transmission dynamics according the thresholds: genetic distance (0.06) and bootstrap over 90%. Statistical analyzes were performed to identify possible correlates of clustering. Categorical variables were compared using Chi-square or Fishers exact test and quantitative variables were analyzed using Mann-Whitney test (SPSS). 414 (18,3%) of our population were included in clusters (range: 2-12 individuals). The rate of clustering did not differ between subtypes B and F, however more subtype C sequences (40%) significantly clustered together (p<0.001). Furthermore, more clusters were significantly found in the MSM group when compared to heterosexuals for all subtypes, (p<0.001). Also, drug naïve patients were more likely to be in clusters when compared to treated patients in all subtypes (p <0.001). TDRM were more prevalent in clustering than in non-clustering in subtypes B (p <0.001) and F1 (p =0.009), and more related to MSM group. Despite the higher number of clusters, subtype C presented a lower prevalence of TDRM, although without significant difference between cluster and non-cluster. Clustering individuals were also 5 years younger than non-clustering individuals for subtypes B and C (p<0.001 and 0.02, respectively). Our results indicate that, regardless of subtype, the HIV-1 epidemic in Sao Paulo is self-sustained by treatment-naive MSM patients, who transmit the infection before starting treatment. Subtype C presents a higher proportion of patients that cluster together. However, further analyses are necessary to clarify whether this implies a higher transmission rate of this subtype in Sao Paulo.