Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:46Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-03Bitstream added on 2014-06-13T19:06:02Z : No. of bitstreams: 1 000759091.pdf: 910999 bytes, checksum: 4e2bedcb995f7037ca07a3ff07ca8090 (MD5) / Encontra-se no Cerrado uma flora única no mundo, cujos processos evolutivos são quase completamente desconhecidos, principalmente seus mecanismos de regeneração diante do processo de fragmentação crescente. A pesquisa em questão em questão teve como objetivo buscar informações sobre a estrutura genética de 05 populações de Stryphnodendron adstringens (MART.) COVILLE, o Barbatimão, popularmente muito conhecido por sua ação cicatrizante e poder adstringente, qualidade que contribui para a forte pressão econômica sobre o extrativismo da espécie. Foram realizadas coletas de folhas jovens e sementes de 39 matrizes em cada uma das 05 populações que foram avaliadas quantos aos marcadores moleculares microssatélites. Os resultados da pesquisa mostraram que as populações apresentam variabilidade genética intra e interpopulacionais, sendo que o maior percentual ocorreu dentro das populações (98,55%). A heterozigose observada mostrou-se menor que a esperada mostrando a existência de endogamia nas populações. A distribuição espacial mostrou que não há muitos indivíduos aparentados ocorrendo nas proximidades, com base no Índice de Moran encontrado (I=0,0413). Embora o Barbatimão tenha mecanismos de regeneração da parte aérea a partir de gemas que estão presentes no sistema subterrâneo, a semente caracteriza-se como a ferramenta de dispersão predominante / In Cerrado vegetation occurs endemic flora of the world which evolutional processes are almost completely unknown, mainly on their regeneration mechanisms of fragmentation that have been tremendously increased. Stryphnodendron adstringens (MART.) COVILLE (Barbatimão) is one of the species of Cerrado, commonly known for its barks to be astringent and used for healing. The present work had as objective to study the genetic structure of five population of barbatimão and to analyze the spatial distribution of genotypes of the species in areas through São Paulo State, Brazil. There are genetic variability intra and interpopulational, where 98.55% of those occurs within population. The observed heterozigosity have presented lower than the expected heterozigosity indicating there is inbreeding into the populations. The spatial distribution, based on Index of Moran (I=0.0413), have shown that there is no relatives occurring closely. Although S. adstringens presents regeneration mechanism of aerial system using sprout from buds, which are present in subterraneous system, still the seeds characterize as the tool of predominant dispersion.

A erva-mate, Ilex paraguariensis, é uma espécie dioica, clímax com ampla área de distribuição natural. A despeito de sua importância econômica e ecológica são escassos os estudos de conservação e genética da espécie. O objetivo geral do trabalho foi estudar a diversidade genética, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico por dispersão de sementes em duas populações naturais de I. paraguariensis na área do entorno do Parque Nacional do Iguaçu, com uso de marcadores moleculares microssatélites. Foram encontrados baixos níveis de diversidade genética em oito loci analisados, com divergência genética maior entre do que dentro das populações. A I. paraguariensis apresentou baixa densidade populacional, com 0,27 a 0,29 árvores por ha-1 e distribuição espacial agregada, entretanto não foi observado evidência de estrutura genética espacial. A média da distância da dispersão de pólen foi de 393 m e a dispersão de sementes atingiu distância próximas a 2.000 m. Os resultados obtidos, sugerem que a base genética da espécie não é ampla, o que pode dispor a I. paraguariensis a um estado crítico de conservação, devido a de erosão genética provocada pela destruição de seus ambientes naturais. / The yerba mate, Ilex paraguariensis, is a species dioecious, climax with wide natural range. Despite their economic and ecological importance are few studies of genetics and conservation of the specie. The overall objective this work was to study the genetic diversity, spatial genetic structure and gene flow by seed dispersal in two natural populations of I. paraguariensis around the National Park of Iguassu, using microsatellite molecular markers. It found low levels of genetic diversity at eight loci analyzed, and greater genetic divergence between populations than within population. The I. paraguariensis showed low population density with 0.27 to 0.29 trees per ha-1 and spatial clustered distribution, however was not observed evidence of spatial genetic structure. The average distance of pollen dispersal was 393 m and seed dispersal reached near 2,000 m. The results suggest that the genetic basis of species is not large, which may carry the I. paraguariensis to critical state of conservation due to genetic erosion caused by the destruction of their natural environments.

O pinhão manso é uma pequena árvore tropical que adquiriu importância econômica pelo conteúdo de óleo em suas sementes e pela possibilidade de sua utilização para produção de biocombustível. As sementes e o óleo do pinhão manso são tóxicos devido principalmente à presença de ésteres de forbol, o que dificulta a sua utilização direta para o consumo humano e também dos resíduos para a alimentação animal. A falta de programas de melhoramento e cultivares comerciais e problemas com pragas e doenças estão desestimulando o cultivo do pinhão manso pelo mundo. Por se tratar de uma espécie semi-domesticada, a utilização de marcadores moleculares como ITS, PCR-RFLP, microssatélites e TRAP poderia auxiliar nos estudos de diversidade genética, visando o desenvolvimento de variedades adaptadas às necessidades dos agricultores. O objetivo deste estudo foi caracterizar a variabilidade genética de acessos de pinhão manso depositados no Banco de Germoplasma da Universidade Federal de São Carlos, além de possibilitar estudos sobre as relações entre as populações, centros de diversidade e determinar o sistema reprodutivo da espécie. Os resultados são discutidos destacando que a maior parte da diversidade encontra-se entre as populações estudadas. Os resultados derivados dos quatro marcadores utilizados corroboram que o centro de diversidade da espécie possivelmente está na América, com destaque para o México, Brasil e Colômbia. Os resultados apontam também para a diferenciação genética dos acessos atóxicos dos mexicanos quando comparados com os demais acessos tóxicos de pinhão manso. Os marcadores microssatélites desenvolvidos indicam que o pinhão manso apresenta um sistema misto de reprodução, combinando autofecundações, apomixia e cruzamento entre indivíduos aparentados, o que pode explicar a menor diversidade genética encontrada dentro das populações. Devido ao sistema misto de reprodução e aos acasalamentos correlacionados, a coleta de sementes de polinização aberta para fins de melhoramento ou conservação deve ser conduzida em um número de árvores acima de 100, visando garantir uma amostra estruturada / Physic nut (Jatropha curcas L.) is a tropical tree that has acquired economic importance for the content of oil in its seeds and the possibility of its use for biofuel production. However, oil seeds and physic nut are toxic because of the presence of secondary metabolites such as phorbol esters which makes its use directly for human consumption and also its waste for animal feed difficult. The lack of commercial varieties and problems with pests and diseases are making physic nut cultivation in the world unattractive. The use of molecular markers such as ITS, PCR-RFLP, microsatellites and TRAP can help in studies of genetic diversity, aimed at developing varieties adapted to farmers needs. The aim of this study was to characterize the genetic variability of physic nut accessions deposited in the Germplasm Bank of the \'Universidade Federal de São Carlos\', in addition to allowing studies on the relationship among accessions, centers of diversity and reproductive system. Results are discussed highlighting that most diversity is concentrated among populations. The four markers used indicated that the center of diversity of this species is probably in America with emphasis on Mexico, Brazil and Colombia. The microsatellite markers indicate that physic nut has a mixed system of reproduction, combining self-pollinations, apomixis and crossing between related individuals which may explain the small genetic diversity found within populations. Due to the mixed system of reproduction and correlated mating, the collection of open-pollinated seeds for plant breeding or conservation should be conducted in a number of trees above 100 in order to ensure a structured sample

Submitted by Juliana Rodrigues Larrosa Oler null (juliana.oler@gmail.com) on 2017-12-19T14:06:41Z No. of bitstreams: 1 Juliana_Oler_tese_completa_final.pdf: 7870655 bytes, checksum: a1e75032b62c41906b8acdebbc32a56b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2017-12-19T17:05:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oler_jrl_dr_rcla.pdf: 7822316 bytes, checksum: 3011bf0ec0e5719e972514d1352e442a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-19T17:05:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oler_jrl_dr_rcla.pdf: 7822316 bytes, checksum: 3011bf0ec0e5719e972514d1352e442a (MD5) Previous issue date: 2017-11-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Sabe-se que os agricultores de pequena escala que praticam agricultura de modo tradicional desempenham um importante papel na manutenção da agrobiodiversidade, podendo complementar o trabalho de conservação ex situ. Um dos cultivos mais presentes na agricultura tradicional tropical é a mandioca (Manihot esculenta Crantz.), base alimentar de mais de 800 milhões de pessoas no mundo. No Brasil, encontra-se elevada diversidade intraespecífica da referida tuberosa, sobretudo entre os agricultores da Baixada Cuiabana, Mato Grosso, que ainda praticam agricultura nos moldes tradicionais por meio de técnicas que não apenas mantêm, mas também amplificam essa diversidade. O presente estudo teve como objetivo caracterizar a dinâmica de cultivo das variedades locais de mandioca das comunidades tradicionais contíguas Mutum (Mt), Vaquejador (Vq), Ribeirão das Pedras Acima (Ra) e Quilombo (Qb), localizadas no município de Jangada-MT e analisar a influência dos aspectos socioeconômicos, culturais e genéticos na manutenção da agrobiodiversidade local, bem como analisar as relações entre as comunidades estudadas e suas influências sobre o manejo da agrobiodiversidade. Os capítulos que compõem este trabalho consistem em: 1) Apresentação da problemática, área de estudo, métodos e análises utilizados; 2) Caracterização socioeconômica das comunidades estudadas e dos agricultores; 3) Descrição dos espaços de cultivo, técnicas de manejo e produção de farinha de mandioca; e 4) Levantamento etnobotânico e análise genética das variedades de mandioca cultivadas. Em linhas gerais, o perfil dos agricultores foi semelhante, sendo a atividade agrícola praticada principalmente por homens com idade mediana de 56 anos. Quanto à manutenção dos jovens no campo, a comunidade Mt foi a que apresentou maior saída de jovens da zona rural (63,9 %), enquanto que Ra exibiu a maior quantidade de novas unidades familiares no mesmo local (64,3 %). Falta de infraestrutura, de acesso à educação e a serviços de saúde, assim como a busca por melhores oportunidades profissionais destacaram-se entre os motivos para que os jovens deixassem as comunidades. A agricultura era praticada em quintais e roças nas quatro comunidades. O modo de fazer agricultura foi similar em todas elas, mesclando técnicas tradicionais e modernas, sendo que a mandioca constituía uma importante espécie para alimentação. A principal dificuldade para o cultivo da mandioca foi a escassez de mão de obra e de assistência técnica. A manufatura de farinha de mandioca era mais importante para as comunidades Ra e Vq. Os agricultores citaram a presença do atravessador como o maior entrave para a comercialização da farinha produzida. Foram catalogadas 31 variedades locais, sendo Mt a comunidade mais diversificada (H’ = 2,64). Elevada diversidade genética também foi observada, evidenciando o potencial das comunidades como mantenedoras da agrobiodiversidade. A rede de circulação de propágulos mostrou-se complexa e pode ser responsável pela semelhança genética das comunidades mais próximas entre si geograficamente. A existência de outras comunidades e até cidades abarcadas pela rede de circulação de propágulos indica a necessidade de uma abordagem regional em futuros estudos para melhor compreensão da dinâmica de conservação da agrobiodiversidade. / Small-scale farmers who perform agriculture in a traditional manner are known to play an important role in maintaining agrobiodiversity and, therefore, they may complement ex situ conservation work. Cassava (Manihot esculenta Crantz.) is one of the most important crops in traditional tropical agriculture, being considered as staple food for more than 800 million people in the world. There is a high intraspecific diversity in Brazil, especially among farmers located in the region of Baixada Cuiabana, Mato Grosso, which still cultivates it in a traditional way, using techniques that contribute not only to maintain but also to expand the diversity. Thus, this study aimed to characterize the dynamics of cultivation of local cassava varieties, given its relevance to small scale farmers, of four contiguous traditional communities located in the municipality of Jangada, State of Mato Grosso, Brazil; Mutum (Mt), Vaquejador (Vq), Ribeirão das Pedras Acima (Ra), and Quilombo (Qb); and it also aimed to analyze the influence of socioeconomic, cultural and genetic aspects in the maintenance of agrobiodiversity, as well as the relations between studied communities and their influences on the agrobiodiversity management. The chapters of this work consist of: 1) Problem presentation, study area, methods and adopted analysis; 2) Socioeconomic characterization of studied communities and farmers; 3) Description of crop spaces, management techniques and production of cassava flour; and 4) Ethnobotanical survey and genetic analysis of cultivated cassava varieties. In general, the farmers profile was similar, with agricultural activity being performed mainly by men with median age of 56 years. Regarding the maintenance of the youth in the countryside, Mt community presented the largest rural youth drop out (63.9 %), as Ra community showed the largest number of new local family units (64.3 %). The deficiency in infrastructure as well as in education and health services access, and the seek for greater job opportunities composed the main reasons why young people would leave the countryside. In the four communities, agriculture was being practiced in backyards and gardens. The way they used to perform it was similar in all of them, mixing traditional and modern techniques, with cassava being a fundamental species as for feeding. The main difficulty as to cassava cultivation was the lack of both labor force and technical assistance and its flour production was more relevant for Ra and Vq communities. Farmers mentioned the middleman presence as the major obstacle in marketing the produced flour. Thirty-one local varieties were surveyed, with Mt community being the most diversified (H’ = 2.64). The communities also presented high genetic diversity, revealing their potential as agrobiodiversity maintainers. Propagules circulation network has proved to be complex and may be responsible for the genetic resemblance of nearby communities. The existence of other communities and even towns within the propagules circulation network indicates the need for a regional approach in future studies in order to improve the comprehension about the dynamics of agrobiodiversity conservation.

Submitted by FABIANA CRISTINA DE FREITAS null (fafreitask@hotmail.com) on 2016-05-09T23:20:03Z No. of bitstreams: 1 Tese_Fabiana_Cristina_de_Freitas.pdf: 6423249 bytes, checksum: 5e7e10680dda7413ea60712e977a0792 (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-05-12T20:09:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 freitas_fc_dr_jabo.pdf: 6423249 bytes, checksum: 5e7e10680dda7413ea60712e977a0792 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-12T20:09:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 freitas_fc_dr_jabo.pdf: 6423249 bytes, checksum: 5e7e10680dda7413ea60712e977a0792 (MD5) Previous issue date: 2016-04-15 / O parasitoide larval Cotesia flavipes (Cameron) (Hymenoptera: Braconidae) é um importante agente de controle biológico da broca-do-colmo, Diatraea saccharalis (Fabricius) (Lepidoptera: Crambidae), na cultura da cana-de-açúcar. Este parasitoide é criado em biofábricas para liberação no campo; porém indicadores de parasitismo e capacidade de vôo sugerem que este parasitoide não está apresentando os mesmos níveis de controle que foram observados logo após a sua introdução. Insetos criados em laboratórios ou de campo são introduzidos na criação, porém sem estudos básicos ou critério. Insetos de oito biofabricas de 6 estados brasileiros (São Paulo, Minas Gerais, Paraná, Goiás, Maranhão e Alagoas) foram caracterizados e comparados com a utilização de microssatélites. Análise de quatro loci utilizando pelo menos 22 fêmeas de cada localidade foi realizada. A tíbia posterior direita de cada fêmea utilizada na extração de DNA também foi medida. Os resultados mostraram que o tamanho da tíbia dos insetos do Paraná foi significativamente maior do que o das demais regiões e, dessa forma, dando indicação de mais vigorosos. Com a análise molecular verificou-se que os quatro loci foram polimórficos. As frequências alélicas de três loci estavam de acordo com o Equilíbrio de Hardy-Weinberg para todas as populações de todas as regiões. Foi observada a presença de cinco alelos exclusivos em apenas dois loci. Os maiores valores de Ho e He foram encontrados para os indivíduos da biofábrica no estado de São Paulo (Ho= 0,6055 e He=0,4342). A porcentagem de variação entre e dentro das populações foi 24,65% e 75,34%, respectivamente. A estimativa de compartilhamento de genótipos entre os indivíduos de C. flavipes mostrou K = 2 como número de grupos genéticos mais provável que tenha originado a variação atual e alto compartilhamento de genótipos entre eles. Levando em consideração todos os loci analisados, a diferenciação genética foi moderada (Fst = 0,1656; IC=95%). Ainda é proposta uma mistura de materiais biológicos levando em consideração as distâncias genéticas e o grau de estruturação apresentado. / O parasitoide larval Cotesia flavipes (Cameron) (Hymenoptera: Braconidae) é um importante agente de controle biológico da broca-do-colmo, Diatraea saccharalis (Fabricius) (Lepidoptera: Crambidae), na cultura da cana-de-açúcar. Este parasitoide é criado em biofábricas para liberação no campo; porém indicadores de parasitismo e capacidade de vôo sugerem que este parasitoide não está apresentando os mesmos níveis de controle que foram observados logo após a sua introdução. Insetos criados em laboratórios ou de campo são introduzidos na criação, porém sem estudos básicos ou critério. Insetos de oito biofabricas de 6 estados brasileiros (São Paulo, Minas Gerais, Paraná, Goiás, Maranhão e Alagoas) foram caracterizados e comparados com a utilização de microssatélites. Análise de quatro loci utilizando pelo menos 22 fêmeas de cada localidade foi realizada. A tíbia posterior direita de cada fêmea utilizada na extração de DNA também foi medida. Os resultados mostraram que o tamanho da tíbia dos insetos do Paraná foi significativamente maior do que o das demais regiões e, dessa forma, dando indicação de mais vigorosos. Com a análise molecular verificou-se que os quatro loci foram polimórficos. As frequências alélicas de três loci estavam de acordo com o Equilíbrio de Hardy-Weinberg para todas as populações de todas as regiões. Foi observada a presença de cinco alelos exclusivos em apenas dois loci. Os maiores valores de Ho e He foram encontrados para os indivíduos da biofábrica no estado de São Paulo (Ho= 0,6055 e He=0,4342). A porcentagem de variação entre e dentro das populações foi 24,65% e 75,34%, respectivamente. A estimativa de compartilhamento de genótipos entre os indivíduos de C. flavipes mostrou K = 2 como número de grupos genéticos mais provável que tenha originado a variação atual e alto compartilhamento de genótipos entre eles. Levando em consideração todos os loci analisados, a diferenciação genética foi moderada (Fst = 0,1656; IC=95%). Ainda é proposta uma mistura de materiais biológicos levando em consideração as distâncias genéticas e o grau de estruturação apresentado.

Estudos que avaliam a resistência aos antimicrobianos em ecossistemas naturais são de alta relevância para a identificação de reservatórios ambientais da resistência bacteriana aos antimicrobianos. O presente trabalho teve como objetivo analisar isolados E.coli provenientes de amostras de água da Lagoa dos Patos quanto ao perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos, presença de integron de classe 1, presença de bomba de efluxo e diversidade genética. As amostras de água foram provenientes de oito pontos situados ao longo da Lagoa dos Patos. A susceptibilidade foi avaliada frente a 15 antimicrobianos. A presença da região variável de integron de classe 1 foi verificada através da reação em cadeia da polimerase. A indicação da presença de bomba de efluxo foi realizada comparando a Concentração Inibitória Mínima da ampicilina na presença e ausência de um inibidor de bomba efluxo. A diversidade genética dos isolados foi avaliada através da amplificação de seqüências repetitivas. As contagens de E. coli variaram entre 0 (pontos situados no Parque Itapuã) e 5,4x10³ UFC/100mL (ponto situado Enseada de Tapes). Foram identificados um total de 477 isolados de E.coli. As maiores percentagens de isolados resistentes foram encontrados frente à tetraciclina (22,2%) e 16,5% dos isolados foram considerados multiresistentes. Dos 157 isolados resistentes aos antimicrobianos, 39,4% apresentaram integron classe 1, sendo que destes, 42 isolados foram considerados multiresistentes. Pode-se inferir que 23 isolados multiresistentes apresentaram bombas de efluxo. Este estudo revelou diferentes padrões de susceptibilidade a antimicrobianos na Lagoa dos Patos, dependendo do grau de impacto antrópico. A presença de integron de classe 1 e bombas de efluxo pode estar contribuindo para o aparecimento de isolados multiresistentes aos antimicrobianos. Os isolados apresentaram grande diversidade pelo ERIC-PCR, indicando várias origens de contaminação nos pontos de coleta analisados. / Studies that evaluate antibiotic resistance in natural ecosystems are of great importance to identify environmental reservoirs of bacterial resistance to antibiotics. This study aimed to characterize E.coli strains isolated from water samples of the Lagoa dos Patos, in regards of their susceptibility profile, presence of integron class 1, presence of efflux pump and genetic diversity. Water samples were collected from eight points along the Lagoa dos Patos. Antimicrobial susceptibility was tested against 15 antibiotics. The presence of the variable region of class 1 integron was verified through Polymerase Chain Reaction. The indication of the presence of efflux pump was performed by comparing the MIC of ampicillin with and without efflux pump inhibitor. Genetic diversity of isolates was analyzed by repetitive sequences. E. coli counts ranged from 0 (points within the Parque Itapuã) to 5.4 x10³ CFU/100mL (point Enseada de Tapes). A total of 477 E.coli isolates were identified. The highest percentages of resistance were related to tetracycline, with 22.2% of resistant isolates and the multidrug resistance rates were 16.5%. Of 157 isolates resistant to antibiotics, 39.4% had class 1 integrons, and 42 isolates out of those were considered multidrug resistant. The presence of efflux pumps could be inferred on 23 resistant isolates. This study revealed different patterns of antimicrobial susceptibility in the Lagoa dos Patos, depending on the degree of human impact. The presence of integrons and efflux pumps may be contributing to antibiotic multiresistance phenotype. The isolates showed a great genetic diversity through the ERIC-PR, indicating multiple sources of contamination in the sampling points analyzed.

O ambiente costeiro e marinho se caracteriza pela falta de barreiras físicas aparentes, além de ser rico em espécies que possuem fase de desenvolvimento larval livre natante. Devido a esta fase de desenvolvimento larval, as espécies marinhas geralmente apresentam alta capacidade dispersiva, proporcionando alto fluxo gênico e conseqüentemente baixa estruturação populacional. Por outro lado, algumas espécies têm apresentado padrões filogeográficos que não são compatíveis com este cenário clássico. Assim, fatores como tempo de duração da fase larval, predação da larva e o hidrodinamismo podem interferir de maneira significativa na dispersão das espécies. Além disso, fatores ambientais históricos, tais como as grandes mudanças climáticas do Pleistoceno também influenciaram os padrões de diversidade genética das espécies. Neste sentido, estudos comparativos são importantes ferramentas para o entendimento dos diferentes processos que deram origem à atual diversidade. Porém, poucos estudos filogeográficos comparativos foram realizados em espécies marinhas costeiras, em especial nenhum para a costa atlântica da América do Sul. Neste estudo comparamos os padrões de diversidade genética de quatro espécies abundantes de invertebrados que ocorrem ao longo da costa sul-sudeste do Brasil, Uruguai e Argentina, com o objetivo de entender a história evolutiva destas espécies e o que elas podem contar sobre esta região geográfica. Sequenciamos parte do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I do moçambique Donax hanleyanus (n= 247), do marisco branco Mesodesma mactroides (n= 59), da tatuíra Emerita brasiliensis (n= 191) e do caranguejo maria-farinha Ocypode quadrata (n= 135). Análises filogeográficas e populacionais foram utilizadas a fim de elucidar e comparar os padrões evolutivos para estas espécies de invertebrados costeiros. Nossos dados revelaram um padrão de variabilidade genética muito baixa para todas as espécies, apesar de apresentarem ampla distribuição geográfica e populações censitárias gigantescas, demonstrando a grande influência das flutuações populacionais históricas na formação da variabilidade genética atual. Apenas E. brasiliensis apresentou uma maior variabilidade ao norte da sua distribuição o que é compatível com expansão populacional recente a partir de algum refúgio de baixa latitude, neste caso, ao norte. Além disto, foi a única espécie a apresentar indicação de isolamento por distância. As histórias demográficas destas espécies, apesar de apresentarem algumas diferenças, parecem estar intimamente ligadas às flutuações de temperatura durante o último grande ciclo glacial, pois três delas apresentaram ancestral comum mais recente (time to most recent commom ancestor – TMRCA) dentro dos 100 mil últimos anos, com exceção de O. quadrata, que apresentou TMRCA há cerca de 500 mil anos. Para todas as espécies constatamos a ocorrência de um longo período de estabilidade demográfica (população reduzida) com expansão populacional mais recente, com exceção de M. mactroides, que apresentou TMRCA e expansão populacional praticamente simultâneos. Emerita brasiliensis foi a espécie com a história demográfica mais recente, apresentando expansão populacional após o último máximo glacial (21 mil anos atrás), e coalescência há cerca de 60 mil anos. As demais espécies apresentaram expansão populacional entre 70 e 100 mil anos, entretanto não podemos descartar a hipótese de expansão simultânea para estas três espécies, já que os intervalos de confiança destas análises se sobrepõem, o que sugere a forte influência de um fator ambiental comum. Ocypode quadrata, além de ter apresentado a história demográfica mais antiga, apresentou a maior diversidade genética, sendo também a espécie com a maior distribuição geográfica, sendo pancontinental, o que sugere ser a espécie mais resistente às mudanças ambientais. As espécies D. hanleyanus e O. quadrata, apresentaram baixa estruturação filogeográfica, o que sugere não haver barreiras biogeográficas efetivas para elas, e corrobora a hipótese de que larvas livres natantes são fator importante para o fluxo gênico elevado. Por outro lado sugerem uma estruturação populacional para M. mactroides (com uma possível barreira biogeográfica no sul de SP) e E. brasiliensis (barreira em Copacabana, RJ). De maneira geral estes dados reforçam a idéia de que só a capacidade dispersiva larval não é suficiente para predizer fluxo gênico e estruturação populacional em populações marinhas costeiras, mas sim uma combinação de fatores ecológicos intrínsecos de cada espécie, assim como os fatores geológicos históricos, como os ocorridos no Pleistoceno. / Coastal and marine environments are usually characterized by lack of evident physical barriers and having many species that show a free-swimming larval stage. Due to this larval stage, marine species commonly show high dispersion rates resulting in high gene flow and low geographical structure. Some species however present phylogeographical patterns that differ from this standard scenario. Factors such as duration of the larval phase, its predation level, and the hydrodinamism of the dispersion can significantly impact species dispersion. Moreover, historical environmental factors, such as the great climatic changes in the Pleistocene are also important elements to shape pattern of genetic diversity of the species. In this sense, comparative analyses are important tools for understanding the different processes that gave rise to the current diversity. Unfortunately, few comparative phylogeographical studies were carried out in sea coastal species, in special none for the Atlantic coast of the South America. In this study we compare the patterns of genetic diversity of four abundant invertebrate species that occur along the beaches of the Brazilian south and southeastern coast, Uruguay and Argentina, to better understand their evolutionary histories as well as what they could tell about the history of this geographical region. For this aim we partially sequenced the mitochondrial Cytochrome Oxidase I gene of the moçambique Donax hanleyanus (n=247), yellow clam Mesodesma mactroides (n=59), mole crab Emerita brasiliensis (n=191) and of the ghost crab Ocypode quadrata (n = 135) and analyzed them using several phylogeographical and populational genetic methods. Our results revealed a pattern of very low genetic diversity for all four species, in spite of their large geographical distribution and the huge population size, evidencing the great influence of the population historical fluctuations in the current genetic variability. Only E. brasiliensis showed a relatively higher variability to the north of its distribution what is compatible with a recent populational expansion from a refugium in low latitudes. Besides it was the only species that presented evidence for isolation by distance. The demographic histories of these species, in spite of presenting some differences, seems to be closely connected with the climatic fluctuations during the last glacial cycle, since three of them presented TMRCAs in the last 100 kyr ago, with the exception of O. quadrata, which presented TMRCA about 500 kyr ago. All species presented a long period of demographic stability with relatively reduced population followed by a more recent population expansion. The exception to this picture is M. mactroides, which presented TMRCA and population expansion nearly simultaneous. Emerita brasiliensis depicted the most recent demographic history, presenting a strong population expansion after the last glacial maximum (21 kyr ago), with TMRCA around 60 kyr ago. The other species presented population expansions between around 70 and 100 kyr ago, however we can not to reject the hypothesis of a simultaneous expansion for these three species, since to the confidence intervals of these analyses overlapped, which would indicate a strong influence of a common environmental feature. Ocypode quadrata presented the most ancient demographic history, the highest genetic diversity, and the largest geographical distribution (it is a pancontinental species). This may indicate that it could the most tolerant to the environmental changes. D. hanleyanus and O. quadrata presented low phylogeographical structure, which can mean the existence of no effective biogeographical barriers to these species, corroborating the hypothesis that a free-swimming larval stage is an important factor for an elevated gene flow. On the other hand, our results suggest a reasonable population structure for M. mactroides (with a possible biogeographical barrier in the south of São Paulo) and E. brasiliensis (barrier around Copacabana, Rio de Janeiro), In conclusion, our results support the proposal that the existence of a freeswimming larval stage is not sufficient to predict high gene flow and population structure in sea coastal species, being this pattern likely a combination of intrinsic ecological factors of each species, as well as biogeographical historical factors.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T10:27:46Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 916784 bytes, checksum: 03475d7989277b617f66a3b91500defc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T10:27:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 916784 bytes, checksum: 03475d7989277b617f66a3b91500defc (MD5) Previous issue date: 2016-10-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Muitas espécies de Cercospora são patógenos generalistas. A versatilidade das espécies de Cercospora associadas ao Crestamento Foliar de Cercospora (CFC) e Mancha Púrpura da Semente (MPS) na soja parece ser historicamente subestimada. Neste trabalho, foram montados bancos de dados moleculares concatenados de sete genes nucleares e um mitocondrial, com sequências de 30 isolados fúngicos amostrados em hospedeiros alternativos à soja do Brasil (15 espécies) e Estados Unidos (seis espécies). Um conjunto de ferramentas complementares foi utilizado para explorar as relações filogenéticas e filogeográficas dos isolados de Cercospora associadas ao CFC e MPS na soja e de outros hospedeiros. A produção de cercosporina e a incidência das mutações de ponto E198G e G143A – duas mutações que conferem resistência a fungicidas – foram investigadas. Entre as cinco linhagens genealógicas de Cercospora associadas ao CFC e MPS, apenas a linhagem 1 foi hospedeiro específica, sendo encontrada somente na soja. As linhagens restantes foram generalistas, uma vez que foram encontradas causando o CFC e MPS na soja e manchas foliares em plantas daninhas e ornamentais. Os isolados foram agrupados nas linhagens de acordo com suas origens geográficas e não foi correlacionada com o hospedeiro de origem. A ausência de compartilhamento de hospedeiros entre isolados do Brasil e EUA sugere que a soja compartilha seus patógenos com outras espécies em escala local. Todos os isolados foram produtores da toxina cercosporina e tanto isolados provenientes da soja quanto de outros hospedeiros foram portadores das mutações pontuais G143A e E198G. Para analisar a distribuição geográfica das linhagens de Cercospora associadas ao CFC e MPS no Brasil e EUA, bem como essas linhagens estão distribuídas nos órgãos da planta foram utilizados 329 isolados coletados em 11 localidades do Brasil e quatro nos EUA. Oito genes nucleares e um mitocondrial foram sequenciados mostrando a existência de duas linhagens genealógicas adicionais às outras cinco previamente descritas. Três dessas linhagens foram endêmicas no Brasil, duas foram endêmicas nos EUA e outras duas estão presentes nos dois países. As sete linhagens foram encontradas em folhas, caule e sementes. A presença de espécies crípticas associadas ao CFC e a MPS na soja alertam para o risco fitossanitário decorrente do erro de identificação de agentes causais de doenças com base apenas no hospedeiro. / Many Cercospora spp. are multihost pathogens. The versatility of Cercospora newly associated with cercospora leaf blight (CLB) and purple seed stain (PSS) in soybeans seems to have been historically underestimated. Herein, we assembled multilocus sequence data of seven nuclear and one mitochondrial gene regions with sequences from 30 fungal isolates sampled from nonsoybean host species from Brazil (15 species) and United States (six species). An array of complementary tools explored the phylogenetic and phylogeographic relationships among CLB- and PSS-causing Cercospora and the newly isolated Cercospora spp. Cercosporin production and the incidence E198G and G143A — two known point mutations associated with fungicide resistances — were investigated. Among the five genealogical lineages of CLB- and PSS-causing Cercospora, only Lineage 1 showed host specificity; this lineage had C. kikuchii as the only member and infected soybeans exclusively. The remaining four lineages were multihost pathogens; they infected soybeans along with ornamental and weed species. Genealogical placements were unrelated to host association; isolates clustered together according to geography. The lack of host sharing between Brazil and USA suggested that soybean crops shared pathogens with nearby nonsoybean host species locally. All isolates belonged to cercosporin-producing species of Cercospora. Isolates from nonsoybean host species exhibited both E198G and G143A. To analyze the geographical distribution of Cercospora lineages associated with CLB and PSS in Brazil and USA and the lineages distribution in the soybean organs we used 329 isolates collected in 11 locations in Brazil and four in the United States. Eight nuclear genes and mitochondrial were sequenced showing the existence of two additional lineages to the other five previously described. Three of these lines were endemic in Brazil, two were endemic in the US and other two are present in both countries. The seven lineages were found in leaves, stems and seeds. The presence of cryptic species causing CLB and PSS in soybean alert for phytosanitary risk due to taxonomic errors considering host specificity of Cercospora.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-06T17:04:14Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1027371 bytes, checksum: 4e398d839358cc6d5df73b81780ade4f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T17:04:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1027371 bytes, checksum: 4e398d839358cc6d5df73b81780ade4f (MD5) Previous issue date: 2016-07-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Colletotrichum é um gênero que apresenta dez complexos de espécies, bem como uma série de pequenos grupos e espécies únicas. Esse gênero inclui importantes patógenos causadores de doenças em plantas. Entretanto, espécies de Colletotrichum são também descritas como endofíticas em plantas lenhosas e herbáceas, e têm demonstrado produzir compostos bioativos. A seringueira (Hevea spp.) tem como seu centro de origem a região Amazônica e a espécie H. brasiliensis apresenta a mais alta produtividade de borracha natural (látex). No Brasil, até hoje, nenhum estudo foi feito para determinar as espécies de Colletotrichum endofíticas associadas à seringueira. Diante disso, foram estudados 176 isolados de Colletotrichum spp. obtidos de folhas, caule e raízes de H. brasiliensis e H. guianensis. Para isso, foram sequenciadas quatro regiões gênicas que permitiram compreender os relacionamentos filogenéticos dos isolados estudados. Somado a isso, foi utilizado o marcador IRAP para avaliar a diversidade genética e, finalmente, foi analisada a concordância entre os agrupamentos feitos pelos dois métodos moleculares utilizados. Há diferentes espécies que pertencem aos complexos C. boninense e C. gloeosporioides e a espécie C. cliviae como endofíticas em Hevea spp. A análise utilizando o marcador molecular IRAP revelou uma alta variabilidade genética, formando diferentes clusters na análise de agrupamentos. Esses resultados foram condizentes em alguns casos com os agrupamentos observados nas análises filogenéticas. Neste trabalho se descreve pela primeira vez a presença de isolados do complexo C. gloesporioides em caule e raiz de Hevea spp. / Colletotrichum is a genus that features ten species complex, as well as a number of small groups and singletons. This genus includes important pathogens causing diseases in plants. However, Colletotrichum spp. are also described as endophytic in woody and herbaceous plants, and have been shown to produce bioactive compounds. Amazon forest is the center of origin of the rubber tree (Hevea spp.) and H. brasiliensis specie has the highest productivity of natural rubber (latex). In Brazil, until now, no researches about Colletotrichum endophytic species associated with rubber tree were done. Therefore, 176 isolates of Colletotrichum spp. obtained from leaves, stems and roots of H. brasiliensis and H. guianensis were studied. For this, in order to understand phylogenetic relationships four gene regions were sequenced. Additionally, to assess the genetic variability the IRAP marker was used and the correlation between the groupings made by two molecular methods were analyzed. There are different species belonging to C. boninense and C. gloeosporioides species complex and C. cliviae as endophytic in Hevea spp. The analysis using molecular marker IRAP revealed a high genetic variability, forming different clusters. These results were consistent in some cases with clusters observed in phylogenetic analyzes. Here was described for the first time the presence of the complex isolated in C. gloesporioides stem and roots of Hevea spp.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-08T11:53:07Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1108981 bytes, checksum: 49f191f3dbc734cbe88ca54d7a84d39a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-08T11:53:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1108981 bytes, checksum: 49f191f3dbc734cbe88ca54d7a84d39a (MD5) Previous issue date: 1997-12-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Nove genótipos de trigo (Anahuac, BH 1146, Trigo BR 10 - Formosa, Trigo BR 26 - São Gotardo, CEP 24 - industrial, EMBRAPA 15, EMBRAPA 16, EMBRAPA 21 e EMBRAPA 22), seus F 1 e recíprocos, constituindo um dialelo completo, foram plantados, em maio de 1995, no campo Experimental do Setor de Agronomia da UFV. A parcela constituiu de duas linhas de 1,0 m, espaçadas por 0,30 m entre linhas e 0,10 m entre plantas. As características avaliadas foram: ciclo (do plantio ao espigamento); altura da planta; número de espigas por planta; número de espiguetas estéreis por planta e por espiga; número de espiguetas férteis por planta e por espiga; número de grãos por planta, por espiga e por espigueta; peso de grãos por planta e de mil grãos; e produtividade por parcela e por hectare. A diversidade genética dos genótipos foi avaliada pela distância generalizada de Mahalanobis, com os genótipos Anahuac e Trigo BR 26 - São Gotardo apresentando a menor distância e os genótipos BH 1146 e Trigo BR 26 - São Gotardo, a maior distância. Pelos agrupamentos, segundo os métodos do vizinho mais próximo e de Tocher, foi possível formar quatro grupos. Os genótipos de trigo irrigado (Anahuac, Trigo BR 10 - Formosa e Trigo BR 26 - São Gotardo) formaram um grupo, enquanto o outro genótipo de trigo irrigado (EMBRAPA 22) formou um grupo isoladamente. Os genótipos mais altos (BH 1146 e CEP 24 - Industrial) formaram um outro grupo, enquanto os genótipos de trigo de estatura intermediária (EMBRAPA 15, EMBRAPA 16 e EMBRAPA 21) formaram o quarto grupo. A dispersão gráfica dos genótipos, assim como suas distâncias, foram apresentadas pela metodologia de Singh (1981). A altura da planta explicou mais de 92% da variabilidade genética existente entre os genitores. Para a análise dialélica, utilizaram-se as metodologias de Hayman (1954) e Griffing (1956). Os efeitos da capacidade geral de combinação foram maiores que os da capacidade específica e os recíprocos, para os caracteres estudados. Os genótipos BH 1146, Trigo BR 26 - São Gotardo e EMBRAPA 22 apresentaram os maiores efeitos positivos da capacidade geral de combinação. Para a maioria dos caracteres estudados, o efeito genético aditivo não foi o mais importante, segundo a metodologia de Hayman (1954). A herança dos caracteres estudados mostrou ser oligogênica. / Nine genotypes of wheat (Anahuac, BH 1146, BR 10 – Formosa, Trigo BR 26 – São Gotardo, CEP 24 – Industrial, EMBRAPA 15, EMBRAPA 16, EMBRAPA 21 e EMBRAPA 22) their F 1 and reciprocals, constituting a complete diallel, were planted on May 1992, on the experimental field of the Agronomic Section of the UFV, Minas Gerais State, Brazil. The plots in the blocks were of 2 lines with 1.0 m, spaced at 0.30 m among lines and 0.10 m among plants. The characters evaluated were: cycle (from planting to hearing), plant height, and number of spikes by plant, number of sterile spikelets by spike and by plant, number of fertile spikelets by spike and by plant, number of grains by plant, by spike; and by spikelet, weight of grains by plant, and of a thousond grains, and productivity by hectere. The genetic diversity of the genotypes were evaluated by the Generalized Distance of Mahalanobis, and the genotypes Anahuac and Trigo BR 26 – São Gotardo presented the shortest distance and the genotypes BH 1146 and Trigo BR 26 – São Gotardo presented the greatest distance. According to the grouping analysis using the closest neighbor method and the Tocher method, it was possible to form four groups. The irrigated wheat genotypes (Anahuac, Trigo BR 10 – Formosa and BR 26 – São Gotardo) formed a group, while the irrigated wheat genotype (EMBRAPA 22) formed a single group. The genotypes with the higher plants (BH 1146 and CEP 24 – Industrial) formed another group and the genotypes of wheat of intermediary height (EMBRAPA 15, EMBRAPA 16 and EMBRAPA 21) formed the fourth and bot group. The graphic dispersion of the genotypes, as well as their distances, were presented according to Singh (1981) methodology. The plant hight explained more than 92% of the genetic variability of the parent plants. For the diallelic analyhsis, the methodologies of Griffing (1956) and Hayman (1954) were used. The general capacity effects of combination were greater than those of the specific capacity, and of the reciprocal, for the studied characters. The genotypes BH 1146, Trigo BR 26 – São Gotardo and EMBRAPA 22 presented the greatest positive effects of the general capacity of combination. For almost all of the studied characters, tha additive genetic effect was not the most important one, according to the methodology of Hayman (1954). The heritage of the studied characters showed to be oligogenic. / Tese importada do Alexandria