O presente trabalho visa, através de métodos genético-epidemiológicos, identificarem genes associados à resposta ao antígeno da Leishmania. Utilizando amostras através do teste de Montenegro dos municípios de Monte Negro (RO) e Assis Brasil (AC). Na primeira abordagem foram feitos testes com TaqMan&#210 e a segunda com GWAS, e análises de associação foram feitas utilizando-se o pacote SPSS e o Plink. Não foram encontradas associações com cinco SNPs (MYD88, IL12, IL10, IFNGR1 e NRAMP1). A análise de dados de varredura genômica com filtros, indicou uma região no cromossomo 10 com 3 SNPs próximos que fazem parte de uma região regulatória que com o posterior auxilio do real time não se confirmaram, apesar do ensaio RS11251056 apresentar valores limítrofes, se tornando uma possível indicação para trabalhos futuros e por fim a último teste foi a meta-análise, através do método de Woolf, apresentou resultados indicativos de associação para ensaios encontrados no cromossomo 2 com ZNF638 relacionados a diferenciação celular e também no cromossomo 10 que contem lincRNAs e o gene NGR3, com dois ensaios apresentando valores significativos de p, onde podemos inferir que estas duas regiões podem participar ativamente na diferenciação da resposta ao antígeno da Leishmania. / The present study aims, through genetic-epidemiological methods, to identify genes associated with response to Leishmania antigen. Using samples Montenegro skin test through the municipalities of Monte Negro (RO) and Assis Brazil (AC). In the first approach were tested with TaqMan&#210 and the second GWAS, and association analyzes were performed using SPSS and Plink. No associations were found with five SNPs (MyD88, IL12, IL10, IFNGR1, and NRAMP1). The analysis of genome scan data with filters, indicated a region on chromosome 10 with three nearby SNPs that are part of a regulatory region that later with the help of real time is not confirmed, although the test rs11251056 have borderline values, becoming an possible direction for future work and finally the last test was the meta-analysis by the method of Woolf, presented results indicating the association found in tests for chromosome 2 with ZNF638 related to cell differentiation and also on chromosome 10 that contains lincRNAs and gene NGR3, two runs with a significant p value, where we can infer that these two regions can actively participate in the differentiation of the response to Leishmania antigen.

A Febre Purpúrica Brasileira - FPB- foi reconhecida como uma doença pediátrica fulminante, caracterizada por febre alta com rápida progressão para púrpura, choque e óbito. A grande maioria dos pacientes apresentaram conjuntivite prévia. O presente trabalho procura descrever os aspectos epidemiológicos desta doença, desde o surgimento dos primeiros casos, em 1984, em Promissão, Estado de São Paulo, Brasil. Foram registrados 277 casos distribuídos no Brasil em cinco Estados: São Paulo, Paraná, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul e Minas Gerais. Fora do Brasil, dois casos foram relatados na Austrália. Cerca de 89% dos casos ocorreram em crianças de até cinco anos de idade. A letalidade foi de 38%. Estima-se o período de incubação médio de 15 dias. O quadro inicial se caracteriza por conjuntivite e febre. O agente etiológico é a bactéria Haemophilus influenzae biogrupo aegyptius, clone invasivo, tendo sido isolado de sangue, liquor, lesão hemorrágica de pele, secreção de conjuntiva e de orofaringe em 1986, de pacientes no Estado de São Paulo. Os estudos moleculares identificaram características diferentes das descritas até então para o Haemophilus aegyptius isolado de surtos de conjuntivite. Os principais surtos da doença ocorreram em Serrana, Valparaíso no Estado de São Paulo e Maracaju no Estado do Mato Grosso do Sul. Em algumas localidades com surtos de conjuntivite se observou a presença de moscas (Diptera). Acredita-se que estes insetos tenham participação na disseminação da doença. O diagnóstico precoce da FPB é um fator importante para redução da letalidade. / Brazilian Purpuric Fever- BPF- has been recognized as a fulminant pediatric disease characterized by fever with rapid progression to purpura, shock and death. The vast majority of BPF patients have previously presented conjunctivitis. The present work aims to describe epidemiological aspects of BPF since the appearance of the first cases, in 1984, in Promissão, State of São Paulo, Brazil. It has been reported 277 cases in Brazil, distributed by five states: São Paulo, Paraná, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul and Minas Gerais. Outside Brazil, only two cases have been reported in Australia. About 89% from the total number of cases occurred in children aging five years old or less. The case fatality rate was 38%. The average incubation period is estimated as being 15 days. The initial clinical symptoms are conjunctivitis and fever. The etiologic agent of BPF is the bacteria Haemophilus influenzae biogroup aegyptius, invasive clone. It has been isolated from blood, cerebrospinal fluid, hemorrhagic skin lesion and conjunctival and orofarynx secretions in 1986, from São Paulo State patients. Molecular studies have identified different features from those described to H.aegyptius which have been isolated during conjunctivitis outbreaks since then. The most important BPF outbreaks occurred in Serrana and Valparaíso, State of São Paulo and in Maracaju, State of Mato Grosso do Sul. The presence of gnats (Diptera) has been observed in some of the places where conjunctivitis outbreaks have occurred. It is believed that these insects are associated with BPF transmission. Early diagnosis is an important factor in fatality reduction.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Saúde Animal, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-06-06T18:32:25Z No. of bitstreams: 1 2015_WanessaAparecidaCarlosdaSilva.pdf: 860497 bytes, checksum: 492ce556d09dbd0dc54b79a75073c7aa (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-06-22T15:57:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_WanessaAparecidaCarlosdaSilva.pdf: 860497 bytes, checksum: 492ce556d09dbd0dc54b79a75073c7aa (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-22T15:57:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_WanessaAparecidaCarlosdaSilva.pdf: 860497 bytes, checksum: 492ce556d09dbd0dc54b79a75073c7aa (MD5) / Bactérias do gênero Ehrlichia e do gênero Anaplasma, pertencentes à família Anaplasmateceae, são parasitos intra-celulares obrigatórios, de leucócitos e plaquetas respectivamente, transmitidos por carrapatos que causam infecção em diversos hospedeiros vertebrados, podendo causar doença branda a severa em animais domésticos, silvestres e no homem. A erliquiose e anaplasmose são endêmicas no Brasil, podendo ser causadas pelos agentes E. canis, E. chaffeensis, A. phagocytophylume A. platys ou por co-infecção por estes ou outros patógenos transmitidos por carrapatos. Sabe-se que esses agentes são capazes de infectar carnívoros silvestres, mas pouco se sabe sobre as espécies responsáveis ou qual o papel dos animais silvestres na disseminação da doença. O presente estudo teve como objetivo determinar a ocorrência de Ehrlichia spp e Anaplasma platys em canídeos e felídeos selvagens mantidos em cativeiro por meio da técnica molecular da PCR e analisar se há a presença de alterações laboratoriais consistentes com a infecção comparativamente com animais domésticos. Dentre os felídeos, foi verificada uma frequência de 36,4% (12/33) para Anaplasmataceae, de 16,7% (2/12) para E. canis e de 16,7% (2/12) para A. platys. Dos canídeos 72,2% (13/18) foram positivos na PCR para Anaplasmataceae e destes, 30,76% (4/13) foram positivos para E. canis e 53,85% (7/13) para A. platys. Dois canídeos apresentaram co-infecção por E. canis e A. platys. Os animais positivos apresentaram alterações hematológicas condizentes com a infecção pelos agentes estudados, todavia não foi verificada diferenças significativas entre os valores hematológicos e o status infecioso dos animais estudados. / Bacteria of the Erlichia and Anaplasma genus, which belong to Anaplasmateceae family, are mandatory intracellular parasites of leucocytes and platelets, respectively, and are transmitted by ticks that cause infection in several vertebrate hosts, which may inflict from mild to severe sickness in wild and domestic animals and in humans. Ehrlichiosis and anaplasmosis are endemic in Brazil and can be caused by E. canis, E. chaffeensis, A. phagocytophylumand A. platys agents, or by a coinfection with these or other pathogens transmitted by ticks. It is known that these agents are capable of infecting wild carnivores, even though, little is known about the responsible species or what roll do wild animals play in disseminating the disease. The present study aimed to determine the occurrence of Ehrlichia spp and Anaplasma platys in wild canids and felids kept in captivity by using the molecular technique of PCR, to analyze whether there is a presence of laboratory findings consistent with the infection, in comparison with domestic animals. Among the felids was verified a frequency of 36,4% (12/33) for Anaplasmataceae, of 16,7% (2/12) for E. canis and of 16,7% (2/12) for A. platys. In canids, 72,2% (13/18) were positive in PCR for Anaplasmataceae and among them,30,76% (4/13) were positive for E. canisand 53,85% (7/13) for A. platys. Two canids presented coinfection by E. canis and A. platys. Positive animals showed hematological changes consistent with infection by the agents studied, however wasn’t observed significant differences between the haematological values and infectious status of studied animals.

A Febre Purpúrica Brasileira - FPB- foi reconhecida como uma doença pediátrica fulminante, caracterizada por febre alta com rápida progressão para púrpura, choque e óbito. A grande maioria dos pacientes apresentaram conjuntivite prévia. O presente trabalho procura descrever os aspectos epidemiológicos desta doença, desde o surgimento dos primeiros casos, em 1984, em Promissão, Estado de São Paulo, Brasil. Foram registrados 277 casos distribuídos no Brasil em cinco Estados: São Paulo, Paraná, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul e Minas Gerais. Fora do Brasil, dois casos foram relatados na Austrália. Cerca de 89% dos casos ocorreram em crianças de até cinco anos de idade. A letalidade foi de 38%. Estima-se o período de incubação médio de 15 dias. O quadro inicial se caracteriza por conjuntivite e febre. O agente etiológico é a bactéria Haemophilus influenzae biogrupo aegyptius, clone invasivo, tendo sido isolado de sangue, liquor, lesão hemorrágica de pele, secreção de conjuntiva e de orofaringe em 1986, de pacientes no Estado de São Paulo. Os estudos moleculares identificaram características diferentes das descritas até então para o Haemophilus aegyptius isolado de surtos de conjuntivite. Os principais surtos da doença ocorreram em Serrana, Valparaíso no Estado de São Paulo e Maracaju no Estado do Mato Grosso do Sul. Em algumas localidades com surtos de conjuntivite se observou a presença de moscas (Diptera). Acredita-se que estes insetos tenham participação na disseminação da doença. O diagnóstico precoce da FPB é um fator importante para redução da letalidade. / Brazilian Purpuric Fever- BPF- has been recognized as a fulminant pediatric disease characterized by fever with rapid progression to purpura, shock and death. The vast majority of BPF patients have previously presented conjunctivitis. The present work aims to describe epidemiological aspects of BPF since the appearance of the first cases, in 1984, in Promissão, State of São Paulo, Brazil. It has been reported 277 cases in Brazil, distributed by five states: São Paulo, Paraná, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul and Minas Gerais. Outside Brazil, only two cases have been reported in Australia. About 89% from the total number of cases occurred in children aging five years old or less. The case fatality rate was 38%. The average incubation period is estimated as being 15 days. The initial clinical symptoms are conjunctivitis and fever. The etiologic agent of BPF is the bacteria Haemophilus influenzae biogroup aegyptius, invasive clone. It has been isolated from blood, cerebrospinal fluid, hemorrhagic skin lesion and conjunctival and orofarynx secretions in 1986, from São Paulo State patients. Molecular studies have identified different features from those described to H.aegyptius which have been isolated during conjunctivitis outbreaks since then. The most important BPF outbreaks occurred in Serrana and Valparaíso, State of São Paulo and in Maracaju, State of Mato Grosso do Sul. The presence of gnats (Diptera) has been observed in some of the places where conjunctivitis outbreaks have occurred. It is believed that these insects are associated with BPF transmission. Early diagnosis is an important factor in fatality reduction.

Submitted by Emanoel Martins Filho (emanoelfilho@ufba.br) on 2016-09-13T01:29:53Z No. of bitstreams: 1 Carlos_Jose.pdf: 1542832 bytes, checksum: 5aa9be2cd715ccd9ddd9ede563b3fe9e (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barroso (pbarroso@ufba.br) on 2016-09-13T20:32:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Carlos_Jose.pdf: 1542832 bytes, checksum: 5aa9be2cd715ccd9ddd9ede563b3fe9e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-13T20:32:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlos_Jose.pdf: 1542832 bytes, checksum: 5aa9be2cd715ccd9ddd9ede563b3fe9e (MD5) / CONS NAC DE DESENVOLVIMENTO CIENTIFICO E TECNOLOGICO - Programa TWAS/CNPq / Diversos são os parasitos intestinais capazes de acometer cães e gatos, e destacam-se aqueles capazes de causar impacto na saúde pública por tratar-se de zoonoses. Dentre eles, o Toxocara canis e o Toxocara cati, agentes causadores das toxocaríases canina e felina respectivamente que são responsáveis pelas síndromes larva migrans visceral e ocular do homem. Os animais domésticos integram o ciclo evolutivo como hospedeiros definitivos criando focos de transmissão em ambientes comuns ao lazer humano. As infecções podem produzir uma gama de sinais clínicos que variam desde um quadro subclínico até a morte do animal. O propósito do presente estudo foi desenvolver um método de ensaio imunoenzimático de ELISA indireto com especificidade ótima para o diagnóstico de toxocaríase em cães, determinada pela absorção de imunoglobulinas que reagem cruzadamente com antígenos associados a outras parasitoses. Foram selecionados 140 cães em condições de risco de infecção para determinação da soroprevalência de toxocaríase através do ensaio imunoenzimático indireto (ELISA). Os resultados do ELISA foram comparados à frequência parasitária obtida por exames coprológicos pela técnica de Willes-Molay e Sedimentação espontânea. Para realização do ELISA indireto, padronizou-se o teste com antígeno excretório-secretório de T. canis, produzido a partir de larvas dos parasitos. Durante o desenvolvimento do método ELISA, foi incluída uma etapa em que amostras de soro foram absorvidas em antígenos de Ascaris lumbricoides, Trichuris sp., Ancylostoma caninum e Dipylidium caninum para minimizar a reatividade cruzada e aumentar a especificidade do teste. A análise parasitológica evidenciou 70,7% de amostras fecais positivas, distribuídas como infecções individuais por Trichuris sp em 28,57%, Ancilostomídeos em 9,29%, T. canis em 1,43%, Cystoisospora em 0,7%, além de infecções mistas. As condições ideais para realização da sorologia foram padronizadas, absorvendo as amostras com 4 mg/ml de antígeno somático dos demais parasitos, sensibilização com 3 µg/mL de Antígeno excretório/secretório de T. canis, diluições dos soros e anticorpo secundário em 1:1000 e 1:2000 respectivamente. A soroprevalência foi determinada em 61,4% (86/140), utilizando o ponto de corte de 0,275. A sensibilidade do teste ELISA foi determinada em 100% e a especificidade em 94,44%. Evidenciou-se, portanto, uma baixa positividade do exame parasitológico contrapondo-se à alta soropositividade de detecção de animais com toxocaríase. Assim, o ELISA desenvolvido no presente estudo contribui para atender ao necessário desenvolvimento de novos testes diagnósticos específicos, capazes de diagnosticar principalmente os animais em estágios subclínicos, devido ao impacto que podem acarretar à saúde pública. Concluímos que os exames sorológicos devem ser empregados para complementar o diagnóstico parasitário canino e principalmente auxiliar na elaboração de medidas profiláticas. / There are several intestinal parasites able to affect dogs and cats, and stand out from those capable of causing public health impact because it is of zoonoses. Among them, T. canis and T. cati, causative agents of canine and feline toxocariases respectively, are responsible for the larva migrans syndromes visceral and ocular of humans. Domestic animals are part of the life cycle as definitive hosts becoming transmission focuses for the common human leisure environments. Infections can produce a range of clinical signs ranging from subclinical conditions to the death of the animal. The purpose of this study was to develop an ELISA immunoenzymatic assay method with good specificity for the diagnosis of toxocariasis in dogs, determined by the absorption of immunoglobulins which cross-react with antigens associated with other parasites. One hundred and forty dogs were selected in places with infection risk conditions to determine the seroprevalence of toxocariasis by enzyme linked immunosorbent assay (ELISA). The ELISA results were compared to parasitic frequency obtained by stool tests by Willes-Molay technique and spontaneous sedimentation. To perform the ELISA, standardization was performed by using excretory-secretory products of T. canis larvae as antigen. During the development of the ELISA, a step was included, in which serum samples were adsorbed with somatic antigens of Ascaris lumbricoides, Trichuris sp., Dipylidium caninum, Ancylostoma caninum to minimize cross-reactivity and increase the specificity of the test. The parasitological analysis resulted in 70.7% positive fecal samples, distributed as individual infections by Trichuris sp in 28.57%, Hookworms in 9.29%, T. canis in 1.43%, Cystoisospora 0.7%, and mixed infections (30, 7%). The optimum ELISA conditions were standardized as absorbing samples with 4 mg / mL of somatic antigen of other parasites; sensitizing wells with 3 µg/mL of Ag-E/S Toxocara and diluting sera and secondary antibody at 1: 1,000 and 1: 2,000 respectively. The seroprevalence was determined in 61.4% (86/140), using a cutoff value of 0.275. The sensitivity of the ELISA was of 100% and specificity of 94.44%. The different results between ELISA and parasitological tests obtained in the present study reflects the need for development of new specific tests able to diagnose mainly animals at subclinical stages due to the impact that may lead to public health. Therefore, the ELISA test that was developed in this work contributes as an useful method to complement the diagnosis of canine worm infections, so that to primarily assist in developing preventive measures.

This dissertation in biometeorology has the objective of analyzing the influence of some meteorological elements on the behavior of some infectious diseases in the State of Alagoas, through an observational study, in an attempt to better understand their endemic behaviors and some environmental factors that can trigger them. The research was done in three cities of the State, situated in tree different regions: Maceió (litoral); Palmeira dos Índios (agreste) and Água Branca (sertão). Then a crossing was done between series of data of monthly number of cases of schistosomiasis, dengue and cholera, and meteorological data of precipitation, monthly average temperature, average maximum temperature, and average minimum temperature, during the period from 2002 to 2005. The data used were provided by the Secretaria Estadual de Saude de Alagoas and the Insituto Nacional de Meteorologia / 3o Distrito. The graphs obtained from these series of data were then analyzed, together with statistical techniques, in an attempt to find correlation coefficients (r) that are representative of the influence (or lack of influence) of meteorological factors on the endemic distribution of the diseases in the State of Alagoas. A low incidence of cholera was observed in the State, with no cases of the disease notified in Palmeira dos Índios and Água Branca, and few cases in Maceió, predominating in the rainy season. The precipitation contributed to a subsequent increase in the number of cases of schistosomiasis and dengue, in Maceió and Palmeira dos Índios. In Água Branca, the absence of schistosomiasis in an endemic form was verified. It was observed that higher temperatures favored the transmission of dengue in the three cities. Correlation coefficients were calculated, considering the period studied as a whole, and also considering each year separately. The values obtained for the continuous period were low. When each year was analyzed individually, the correlation coefficients obtained were a little higher. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Esta dissertação em biometeorologia tem como objetivo analisar a influência de alguns elementos meteorológicos no comportamento de algumas doenças infecciosas no estado de Alagoas, através de um estudo observacional, na tentativa de se entender melhor seus comportamentos endêmicos e alguns fatores ambientais que podem desencadeá-las. A pesquisa foi conduzida em três municípios do Estado, situados em três regiões diferentes: Maceió, no litoral; Palmeira dos Índios, no agreste; e Água Branca, no sertão. Foi feito então um cruzamento entre séries de dados de número de casos mensais de esquistossomose, dengue e cólera, e dados meteorológicos de precipitação pluvial, temperatura média mensal, média mensal da temperatura máxima, e média mensal da temperatura mínima, referentes ao período de 2002 a 2005. Os dados utilizados foram fornecidos pela Secretaria Estadual de Saúde de Alagoas e pelo Instituto Nacional de Meteorologia / 3o Distrito. Foram analisados gráficos obtidos através destas séries de dados, em conjunto com técnicas estatísticas, na tentativa de encontrar coeficientes de correlação (r) que sejam representativos da influência (ou ausência de influência) de fatores meteorológicos na distribuição endêmica das doenças em questão no estado de Alagoas. Observou-se uma baixa incidência de cólera no Estado, não sendo notificado nenhum caso da doença em Palmeira dos Índios e Água Branca, e poucos casos em Maceió, predominando no período chuvoso. A precipitação contribuiu para um aumento subseqüente no número de casos de esquistossomose e dengue, em Maceió e Palmeira dos Índios. Em Água Branca, foi verificada a ausência de esquistossomose de forma endêmica. Foi observado o favorecimento das temperaturas mais altas na transmissão de dengue nas três cidades. Foram calculados coeficientes de correlação, considerando o período estudado de forma contínua, e também considerando cada ano separadamente. Os valores obtidos para o período contínuo foram baixos, em sua maioria. Quando cada ano foi analisado individualmente, foram obtidos coeficientes de correlação um pouco maiores.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-12-18T09:46:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 926264 bytes, checksum: 416b10a79cd9725bb4a42f91379a81ee (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-18T09:46:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 926264 bytes, checksum: 416b10a79cd9725bb4a42f91379a81ee (MD5) Previous issue date: 2015-08-14 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superio / As duas espécies de Mycoplasma mais prevalentes na indústria suinícola são Mycoplasma hyopneumoniae e Mycoplasma hyorhinis. Estes patógenos podem causar perdas econômicas significativas para os produtores e para a indústria. Variabilidade genética tem sido observada em cepas de M. hyopneumoniae usando diferentes técnicas de tipificação. Já a diversidade genética de M. hyorhinis tem sido o foco de um número limitado de estudos nos últimos anos. Mycoplasma apresentam numerosas regiões repetitivas (VNTR) no seu genoma, e essas regiões repetitivas são conhecidos por serem sítios ativos para recombinação genética. Isso trouxe em evidencia a hipótese de que a análise em multilocus de repetições em Tandem de número variável (MLVA) seria uma técnica adequada para investigar a variação genética em Mycoplasma. Portanto, o objetivo principal desta dissertação foi investigar a distribuição não aleatória dos genótipos de diferentes localizações geográfica usando análise em multilocus de repetições em Tandem de número variável (MLVA) para tipificar M. hyopneumoniae e M. hyorhinis avançando o conhecimento sobre a diversidade genética e epidemiologia desses agentes. Quando o foco foi o estudo da diversidade genética de M. hyopneumoniae, um elevado número de tipos de MLVA parecem circular entre rebanhos de suínos com uma distribuição não aleatória dos tipos de MLVA entre regiões. Um único tipo comum não foi identificado entre as amostras obtidas a partir de todas as regiões em estudo. Do mesmo modo, foi observada a diversidade genética de M. hyorhinis, com uma variação limitada em um dos VNTRs alvo. Um ponto relevante observado neste estudo foi a identificação de diferentes tipos de MLVA no mesmo animal em diferentes tipos de amostras, o que sugere que o animal foi colonizado por diferentes cepas. Com foco na indústria de suínos do Brasil, uma das mais importantes do mundo, um estudo específico observou uma elevada diversidade de cepas de M. hyopneumoniae em circulação no país. A comparação entre o número de repetições em tandem (TR) no P97 RR1 e RR3 P146 mostrou uma correlação negativa significativa o que pode sugerir um possível mecanismo compensatório que permitiria a bactéria manter sua capacidade de aderência completa mesmo após a redução da TR em RR1-P97. Em conclusão, a identificação da heterogeneidade genética de M. hyopneumoniae e M. hyorhinis ajudará investigações epidemiológicas ou de surtos locais e ajudará conceber estratégias de controle futuras, bem como servir como uma ferramenta potencial para o estudo da biologia evolutiva da espécie. / The two most prevalent Mycoplasmas species present in the swine industry are Mycoplasma hyopneumoniae and Mycoplasma hyorhinis. These pathogens can cause significant economic losses for producers and for the industry. Genetic variability has been observed in M. hyopneumoniae using different techniques and heterogeneity of M. hyorhinis has been the focus of a limited number of studies in the past years. The fact that Mycoplasma genomes contain numerous repetitive regions (VNTR) within their DNA and that they are known to be active sites for genetic recombination has prompted the hypothesis that Multiple locus variable number tandem repeat analysis (MLVA) would be an appropriate technique to investigate genetic variation in Mycoplasma. Therefore, the main goal of this dissertation was to investigate the non random distribution of genotypes from different geographical location using multiple locus variable tandem repeat analysis (MLVA) to type M. hyopneumoniae and M. hyorhinis and advance the knowledge on the genetic diversity and the epidemiology of these pathogens.When the M. hyopneumoniae study was taken in account, a high number of M. hyopneumoniae MLVA types appear to circulate among swine herds with a non-random distribution of the MLVA types among regions, also a common type was not identified among samples obtained from all regions in this study. Likewise, heterogeneity of M. hyorhinis was observed, with limited variation in one of the target VNTR in the M. hyorhinis study. A relevant point observed in this study was that different MLVA types were identified in the same animal in different sample types, which suggests that the pig was colonized with different strains. With a focus on Brazil pig industry, one of the most important in the world, a specific study observed a high heterogeneity of M. hyopneumoniae strains circulating in the country, and the comparison between the number of tandem repeats (TR) in RR1 P97 and RR3 P146 showed a significant negative correlation that may suggest a possible compensatory mechanism that would allow the bacterium to keep its full adhesion capacity even after reduction of TR in RR1-P97. In conclusion, the identification of the genetic heterogeneity of M. hyopneumoniae and M. hyorhinis will assist local epidemiological or outbreak investigations, design future control strategies as well as serve as a potential tool to study the evolutionary biology of this species.

As doenças infecciosas causam importantes perdas econômicas para a produção avícola e para a criação de aves domésticas de subsistência, exóticas e selvagens. No Brasil, há poucos estudos sobre as doenças infecciosas que acometem as aves, que correlacionem às lesões macroscópicas com o exame histopatológico e a identificação do agente presente nos órgãos lesionados. O objetivo desse estudo foi realizar essa tríade de diagnóstico em doenças infecciosas que acometem as aves de produção e ornamentais. O presente estudo resultou em cinco artigos. O primeiro artigo descreve dois surtos de micoplasmose em galinhas de subsistência utilizando a técnica de imuno-histoquímica (IHQ) como método de diagnóstico da infecção por Mycoplasma gallisepticum. A técnica de IHQ apresentou boa concordância com os sinais clínicos, as lesões anatomopatológicas e os resultados da reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real. O segundo artigo foi realizado em frangos de corte condenados totalmente por colibacilose em um estabelecimento sob Serviço de Inspeção Federal. Em todas as aves condenados observou-se lesões macroscópicas e os órgãos mais acometidos foram fígado e sacos aéreos. Histologicamente, os diagnósticos mais frequentes foram hepatite necrosante aleatória, bronquite fibrino-heterofílica, pericardite aguda e traqueíte linfoplasmocitária. Desses casos isolou-se E. coli, Enterococcus sp., Streptococcus sp. e Staphylococcus sp. A PCR e a IHQ para Mycoplasma gallisepticum e M. synoviae foram negativas. O terceiro artigo descreve um surto de tifo aviário em codornas japonesas, através do isolamento bacteriano, da caracterização anatomopatológica e da IHQ anti-Salmonella. O quarto artigo descreve, através de um estudo retrospectivo, as características anatomopatológicas de 12 casos de clamidiose em psitacídeos e padroniza a técnica de IHQ anti-Chlamydia como método de diagnóstico dessa enfermidade. O quinto artigo relata um caso sistêmico e fatal de toxoplasmose em uma perdiz-da-Califórnia (Callipepla californica), descrevendo as lesões anatomopatológicas, a IHQ anti-Toxoplasma gondii e a genotipagem através da PCR. Portanto, o desenvolvimento de técnicas de diagnóstico que correlacionem as lesões macro e microscópicas com a identificação do agente infeccioso são fundamentais para que as enfermidades nas aves sejam corretamente estudadas e diagnosticadas. / Infectious diseases cause significant economic losses in poultry production and the breeding of domestic birds for subsistence and of exotic or wild birds. In Brazil, there have been few studies on the infectious diseases of birds in which macroscopic lesions have been correlated with histopathological examination and the identification of the agent present in the organs with lesions. The objective of this study was to apply this diagnostic triad to infectious diseases which affect poultry and ornamental birds. The study is reported in a series of five papers. The first paper describes two outbreaks of mycoplasmosis in subsistence farming chickens using the IHC technique as a diagnostic method for infection by Mycoplasma gallisepticum. The IHC technique showed good agreement with the clinical signs, the anatomopathological lesions and the results of the real-time PCR. The second paper describes a study carried out on broiler chickens which were totally condemned due to colibacillosis at an establishment under the control of the Federal Inspection Service. In all of the condemned birds macroscopic lesions were observed and the organs most affected were the liver and air sacs. Histologically, the most frequent diagnoses were random necrotizing hepatitis, fibrinous-heterophilic bronchitis, acute pericarditis and lymphoplasmocitary tracheitis. From these cases Escherichia coli, Enterococcus sp., Streptococcus sp. and Staphylococcus sp. were isolated. The polymerse chain reaction (PCR) and immunohistochemistry (IHC) tests for Mycoplasma gallisepticum and M. synoviae were negative. The third paper describes an outbreak of fowl typhoid in Japanese quails, investigated by bacterial isolation, anatomopathological characterization and anti- Salmonella IHC. The fourth paper describes, through a retrospective study, the anatomopathological characteristics of 12 cases of chlamydiosis in psittacidae and standardizes the anti-Chlamydia IHC technique as a diagnostic method for this disease. The fifth paper reports a systemic and fatal case of toxoplasmosis in a Californian quail (Callipepla californica), describing the anatomopathological lesions, the anti- Toxoplasma gondii IHC and the genotyping through PCR. Thus, the development of diagnostic techniques which correlate the macro and microscopic lesions with the identification of the infectious agent are fundamental for diseases in birds to be properly studied and diagnosed.

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Carlos Alberto Magalhães Lopes / Banca: Elisa Yoko Hirooka / Resumo: Não disponível. / Abstract: The Staphylococcus spp. are often found in the hospital ambient, being associated with a large infection variety. Several factors of virulence are responsible for the Staphylococcus pathology, and the enter toxin originated from Staphylococcus and the TTST -1 (toxin of toxic shock syndrome) are accentuated among them. In this study, ninety Staphylococcus aureus patterns and ninety negative-coagulation of Staphylococcus patterns, isolated from different clinical materials, were examined by the PCR technique for the gene's research which encode the toxins originated from Staphylococcus A (sea), B (seb), C (sec-1 ), D (sed) and TTST -1 (tst). The patterns that appeared positives for the presence of one or more genes were tested by the production capacity of the respective toxins by the RT -PCR technique. In relation to ECN species, the S. epidermidis was isolated to a large frequency, corresponding to 71, 1% of the total of ECN examined patterns, as well as S. warneri (6, 7%), S. haemolyticus (5, 6%), S. hominis (5, 6%), S.lugdunensis (5, 6%)J S. simulans (3, 3%), S. saprophyticus (1, 1 % ) and S. Xylosus (1, 1 %). The results revealed a total of 108 toxicological patterns, corresponding to 59 (54, 6%) S. aureus patterns and 49 (45, 4%) ECN patterns with one or more toxicological genes. Among the ECN studied species, only the S. simulans type didn't present genes that encode toxins originated from Staphylococcus. TheS.aureus showed toxicological genes for ali the classes of examined toxins, while the ECN presented genes to the A (sea), B (seb) C (sec-1) and TSST -1 (tst) toxins. The sec-1 gene was the most found as well in S.aureus patterns as in ECN, while the seb gene was the most frequent in S. aureus. The detection of the toxin production by the RT -PCR technique revealed43 positive patterns, corresponding to 37 (86, 0% ) S.aureus patterns producers of EEA, EEB, EEC, EED, and/or TSST -1 and six (14, 0%) ECN patterns producers of EEA and EEC. / Mestre

As doenças infecciosas causam importantes perdas econômicas para a produção avícola e para a criação de aves domésticas de subsistência, exóticas e selvagens. No Brasil, há poucos estudos sobre as doenças infecciosas que acometem as aves, que correlacionem às lesões macroscópicas com o exame histopatológico e a identificação do agente presente nos órgãos lesionados. O objetivo desse estudo foi realizar essa tríade de diagnóstico em doenças infecciosas que acometem as aves de produção e ornamentais. O presente estudo resultou em cinco artigos. O primeiro artigo descreve dois surtos de micoplasmose em galinhas de subsistência utilizando a técnica de imuno-histoquímica (IHQ) como método de diagnóstico da infecção por Mycoplasma gallisepticum. A técnica de IHQ apresentou boa concordância com os sinais clínicos, as lesões anatomopatológicas e os resultados da reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real. O segundo artigo foi realizado em frangos de corte condenados totalmente por colibacilose em um estabelecimento sob Serviço de Inspeção Federal. Em todas as aves condenados observou-se lesões macroscópicas e os órgãos mais acometidos foram fígado e sacos aéreos. Histologicamente, os diagnósticos mais frequentes foram hepatite necrosante aleatória, bronquite fibrino-heterofílica, pericardite aguda e traqueíte linfoplasmocitária. Desses casos isolou-se E. coli, Enterococcus sp., Streptococcus sp. e Staphylococcus sp. A PCR e a IHQ para Mycoplasma gallisepticum e M. synoviae foram negativas. O terceiro artigo descreve um surto de tifo aviário em codornas japonesas, através do isolamento bacteriano, da caracterização anatomopatológica e da IHQ anti-Salmonella. O quarto artigo descreve, através de um estudo retrospectivo, as características anatomopatológicas de 12 casos de clamidiose em psitacídeos e padroniza a técnica de IHQ anti-Chlamydia como método de diagnóstico dessa enfermidade. O quinto artigo relata um caso sistêmico e fatal de toxoplasmose em uma perdiz-da-Califórnia (Callipepla californica), descrevendo as lesões anatomopatológicas, a IHQ anti-Toxoplasma gondii e a genotipagem através da PCR. Portanto, o desenvolvimento de técnicas de diagnóstico que correlacionem as lesões macro e microscópicas com a identificação do agente infeccioso são fundamentais para que as enfermidades nas aves sejam corretamente estudadas e diagnosticadas. / Infectious diseases cause significant economic losses in poultry production and the breeding of domestic birds for subsistence and of exotic or wild birds. In Brazil, there have been few studies on the infectious diseases of birds in which macroscopic lesions have been correlated with histopathological examination and the identification of the agent present in the organs with lesions. The objective of this study was to apply this diagnostic triad to infectious diseases which affect poultry and ornamental birds. The study is reported in a series of five papers. The first paper describes two outbreaks of mycoplasmosis in subsistence farming chickens using the IHC technique as a diagnostic method for infection by Mycoplasma gallisepticum. The IHC technique showed good agreement with the clinical signs, the anatomopathological lesions and the results of the real-time PCR. The second paper describes a study carried out on broiler chickens which were totally condemned due to colibacillosis at an establishment under the control of the Federal Inspection Service. In all of the condemned birds macroscopic lesions were observed and the organs most affected were the liver and air sacs. Histologically, the most frequent diagnoses were random necrotizing hepatitis, fibrinous-heterophilic bronchitis, acute pericarditis and lymphoplasmocitary tracheitis. From these cases Escherichia coli, Enterococcus sp., Streptococcus sp. and Staphylococcus sp. were isolated. The polymerse chain reaction (PCR) and immunohistochemistry (IHC) tests for Mycoplasma gallisepticum and M. synoviae were negative. The third paper describes an outbreak of fowl typhoid in Japanese quails, investigated by bacterial isolation, anatomopathological characterization and anti- Salmonella IHC. The fourth paper describes, through a retrospective study, the anatomopathological characteristics of 12 cases of chlamydiosis in psittacidae and standardizes the anti-Chlamydia IHC technique as a diagnostic method for this disease. The fifth paper reports a systemic and fatal case of toxoplasmosis in a Californian quail (Callipepla californica), describing the anatomopathological lesions, the anti- Toxoplasma gondii IHC and the genotyping through PCR. Thus, the development of diagnostic techniques which correlate the macro and microscopic lesions with the identification of the infectious agent are fundamental for diseases in birds to be properly studied and diagnosed.