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Caractérisation de la sous-unité bêta du translocon chez la levure Schizosaccharomyces pombeLeroux, Alexandre 12 1900 (has links)
La sécrétion des protéines est un processus essentiel à la vie. Chez les eucaryotes, les protéines sécrétées transitent dans le réticulum endoplasmique par le pore de translocation. Le translocon est composé de trois sous-unités fondamentales nommées Sec61α, β et γ chez les mammifères, ou Sec61p, Sbh1p et Sss1p chez les levures. Tandis que le rôle des sous-unités α et γ est bien connu, celui de la sous-unité β demeure énigmatique. Plusieurs phénotypes distincts sont associés à cette protéine dans différents organismes, mais le haut niveau de conservation de séquence suggère plutôt une fonction universelle conservée. Récemment, Feng et al. (2007) ont montré que le domaine transmembranaire (TMD) de Sbh1p était suffisant pour complémenter plusieurs phénotypes associés à la délétion du gène chez Saccharomyces cerevisiae, suggérant un rôle important de cette région. L’objectif de mon projet de recherche consiste à étudier la fonction biologique de la sous-unité β du translocon et de son TMD chez Schizosaccharomyces pombe. Dans cette levure, j’ai découvert que le gène sbh1+ n’était pas essentiel à la viabilité à 30oC, mais qu’il était requis pour la croissance à basse température. La délétion de sbh1+ entraîne une sensibilité aux stress de la paroi cellulaire et une diminution de la sécrétion des protéines à 23oC. La surexpression de Sbh1p diminue elle aussi la sécrétion des protéines et altère la morphologie cellulaire. Ces phénotypes sont distincts de ceux observés chez S. cerevisiae, où la délétion des deux paralogues de Sec61β entraîne une sensibilité à haute température plutôt qu’à basse température. Malgré cela, les homologues de Sec61β de S. pombe et de S. cerevisiae sont tout deux capables de complémenter la thermosensibilité respective de chaque levure. La complémentation est possible même avec l’homologue humain de Sec61β, indiquant la conservation d’une fonction de Sec61β de la levure à l’homme. Remarquablement, le TMD de Sec61β de S. pombe, de S. cerevisiae et de l’humain sont suffisants pour complémenter la délétion génomique autant chez la levure à fission que chez la levure à bourgeons. Globalement, ces observations indiquent que le TMD de Sec61β exerce une fonction cellulaire conservée à travers les espèces. / Protein secretion is an essential biological process. In eukaryotes, secreted proteins transit into the endoplasmic reticulum through the translocon pore. The core of the translocation channel is composed of three subunits called Sec61α, β and γ in mammals, or Sec61p, Sbh1p and Sss1p in yeasts. While the role of the α and γ subunit is well understood, the function of the β subunit remains ill-defined. Although numerous species-specific phenotypes have been reported for this protein, the striking sequence conservation among species argue in favour of a universal role. Recently, Feng et al. (2007) reported the surprising finding that the transmembrane domain (TMD) of Sbh1p was sufficient to complement different functions of the entire protein in Saccharomyces cerevisiae, suggesting an important role for this region. The aim of my project was to explore the biological function of the translocon β subunit and its TMD in Schizosaccharomyces pombe. In this yeast, we found that the sbh1+ gene is unessential for viability at 30oC, but is required for growth at low temperature. Knockout of sbh1+ results in sensitivity to cell-wall stress and reduced protein secretion at 23oC. Overexpression of Sbh1p also diminishes protein secretion and results in an elongated cell shape. These phenotypes contrast with those observed S. cerevisiae, as deletion of both Sec61β paralogs in this yeast results in heat sensitivity instead of cold sensitivity. Nevertheless, Sec61β homologs from both S. pombe and S. cerevisiae complement the respective temperature sensitivity of either yeast. This functional complementation can also be accomplished by the human homolog of the translocon β subunit, indicating that a fundamental function of Sec61β is conserved from yeast to human. Remarkably, the TMD of Sec61β homologs from S. pombe, S. cerevisiae and human are sufficient to complement the gene knockout in both fission and budding yeasts. Together, these observations indicate that the TMD of Sec61β exerts a cellular function that is conserved across species.
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Régulation transcriptionnelle du gène de la protéine de liaison de la chlorophylle-a et de la péridinine chez le dinoflagellé Lingulodinium polyedrumBeauchemin, Mathieu 10 1900 (has links)
Les dinoflagellés jouent un rôle très important dans l’écologie des océans en y réalisant une grande partie de la production primaire, en formant une association symbiotique avec les coraux et en ayant la capacité de produire des fleurs d’algues potentiellement toxiques pour les communautés côtières humaines et animales. Malgré tout, la biologie moléculaire des dinoflagellés n’a que très peu été étudiée dans les dernières années, les connaissances de processus de base comme la régulation de la transcription y étant fortement limitées. Une tentative pour élucider ce mécanisme a été réalisée chez les dinoflagellés photosynthétiques Lingulodinium polyedrum et Amphidinium carterae. Une expérience d’induction de la transcription du gène de la Peridinin chlorophyll-a binding protein, le complexe majeur de collecte de lumière, a été réalisée par une baisse de l’intensité lumineuse et a montré une faible augmentation (moins de 2 fois) du transcrit à court et long terme. Des expériences de simple-hybride et de retard sur gel (EMSA) ont été faits pour identifier de potentielles interactions protéine-ADN dans la région intergénique du gène PCP organisé en tandem. Ces essais ont été infructueux pour identifier de telles protéines. Une analyse du transcriptome de L. polyedrum a été effectuée, montrant une importante sous-représentation de domaines de liaison à l’ADN classique (comme Heat-shock factor, bZIP ou Myb) et une surreprésentation du domaine d’origine bactérienne Cold shock en comparaison avec d’autres eucaryotes unicellulaires. Ce travail suggère que les mécanismes de régulation transcriptionnelle des dinoflagellés pourraient différer substantiellement de ceux des autres eucaryotes. / Dinoflagellates are an important part of the ocean’s ecology due to their large contribution to global carbon fixation, the symbiotic association they can make with corals and by their ability to form algal blooms potentially toxic for humans and animals in coastal communities. However, the molecular biology of dinoflagellates has been poorly studied in the past. Basic knowledge, such as regulation of gene expression, is severely limited. An attempt at deciphering basic gene regulation has been undertaken in the photosynthetic dinoflagellate Lingulodinium polyedrum and Amphidinium carterae using a reduction in available light intensity to induce the expression of the peridinin chlorophyll-a binding gene encoding the major light harvesting complex protein. A small increase in transcript abundance (less than 2 fold) was found in both short and long term experiments, yet neither yeast one-hybrid assays nor electrophoretic mobility shift assays (EMSA) showed any potential protein interactions with sequence derived from the intergenic spacer of the PCP tandem gene array. Interestingly, an analysis of the recently sequenced L. polyedrum transcriptome revealed an important under-representation of classic DNA-binding domains (such has Heat-shock factor, bZIP and Myb) and an over-representation of the bacterial cold-shock DNA-binding domain. This suggested that components of the transcription regulation machinery may be at least partially different in dinoflagellates.
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Contribution à l’analyse du milieu spécialisé des entreprises du risque technologique à travers leur discours : le cas du pétrole et des biotechnologies agricoles aux États-Unis / Contribution to the analysis of the specialized milieu of technological risk companies through their discourse : the example of oil and agricultural biotechnology in the United StatesDomenec, Fanny 14 November 2013 (has links)
Cette thèse porte sur la caractérisation du milieu spécialisé des entreprises du risque technologique aux États-Unis. Dans le cadre de la recherche en anglais de spécialité, il s’agit de démontrer que les multinationales américaines du pétrole et des biotechnologies agricoles partagent un discours et une culture spécifiques, fondés sur une stratégie de légitimation de leurs activités. Cette stratégie de légitimation se manifeste à travers des choix structurels, lexicaux, syntaxiques et rhétoriques qui distinguent le discours spécialisé au sein du monde de l’entreprise. Dans la première partie, nous revenons sur les fondements théoriques et méthodologiques de ce travail : nous précisons la singularité du milieu formé par Monsanto, DuPont Pioneer, Dow AgroSciences, Chevron, ExxonMobil et Conoco Phillips et présentons la méthodologie en trois temps, qui reflète le caractère pluridisciplinaire de l’anglais de spécialité. La seconde partie porte sur les manifestations de la stratégie de légitimation dans les déclarations de mission, les rapports annuels et les communiqués de presse des multinationales étudiées. L’analyse souligne des modifications de certains critères prototypiques, qui reflètent une conception particulière de la RSE et de la culture d’entreprise. Une perspective civilisationnelle est proposée afin d’éclairer l’adaptation du discours de l’entreprise au contexte local. La dernière partie traite des genres émergents, de l’adaptation des outils du Web 2.0. et de la mise en place de stratégies de « légidivertissement » et de « promodivertissement » sur Internet, afin de répondre aux enjeux communicationnels propres au domaine du risque technologique. / This dissertation focuses on the specialized milieu formed by technological risk companies in the United States. Within the framework of English for Specific Purposes, we aim to show that American multinationals specializing in oil and agricultural biotechnology share a specific discourse and culture based on legitimizing their activities. This legitimation strategy can be identified through structural, lexical, syntactic and rhetorical choices which set apart the specialized discourse of technological risk companies within the corporate world. Part 1 presents the theoretical and methodological foundations of our research: the specificity of the milieu formed by Monsanto, DuPont Pioneer, Dow AgroSciences, Chevron, ExxonMobil and Conoco Phillips is clarified and the methodology, which reflects the pluridisciplinary nature of English for Specific Purposes, is explained. Part 2 concentrates on the manifestations of the legitimation strategy in the mission statements, annual reports and press releases of technological risk companies. The analysis underscores some modifications in the traditional genres of company discourse which reflect a specific vision of CSR and corporate culture. A cultural perspective is suggested to cast light on the local adaptation of corporate discourse. Part 3 concentrates on emerging cybergenres, the adaptation of web 2.0 tools and the use of “promotainment” and “legitainment strategies” on the Internet as a response to the specific communicative needs of technological risk multinationals.
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Contribution à la caractérisation de la presse écrite états-unienne de qualité comme domaine spécialisé : milieu, culture et discours du New York Times et du Washington Post / Contribution to the characterization of the quality written press in the United States as a specialized domain : the milieu, culture and discourse of the New York Times and the Washington PostPeynaud, Caroline 15 November 2013 (has links)
Cette thèse en anglais de spécialité s’inscrit dans le cadre de l’étude des domaines spécialisés analysés par le prisme du continuum unissant milieu, culture et discours. Notre approche consiste à tenter d’appliquer ce cadre à un objet problématique, celui de la presse écrite de qualité aux États-Unis, représentée par le New York Times et le Washington Post. Dans cette optique, nous nous appuyons sur les trois fonctions d’un domaine spécialisé (opération, régulation et formation) afin de déterminer dans quelle mesure les caractéristiques culturelles du domaine conduisent à la production d’un discours spécifique.La première partie présente une réflexion épistémologique et méthodologique sur notre objet de recherche et sur notre discipline. Nous exposons les difficultés à considérer le journalisme comme domaine spécialisé en anglais de spécialité et la réflexion qui nous a conduite à envisager la spécialisation de ce sous-domaine, qui s’appuie en particulier sur certaines théories sociologiques. Nous présentons également la méthodologie adoptée pour l’étude de terrain et pour l’analyse du corpus. Dans la deuxième partie, nous nous intéressons au cadre de l’entreprise comme premier niveau de spécialisation et nous tentons de déterminer ce qui réunit les deux journaux choisis. Nous analysons ainsi certains aspects de la fonction d’opération. Dans la troisième partie, nous nous concentrons sur l’analyse du milieu ; nous exposons ainsi les fonctions de régulation et de formation telles qu’elles sont mises en œuvre dans le domaine. Enfin, la quatrième partie présente deux aspects du discours qui reflètent les contraintes du milieu : le discours rapporté et la terminologie. / This dissertation in the field of English for Specific Purposes focuses on the study of specialized domains analysed through the milieu-culture-discourse continuum. The approach consists in an attempt to apply that theoretical framework to the problematic domain of the quality written press in the United States, of which the New York Times and the Washington Post represent two examples. The study consists more specifically in testing the three functions of a specialized domain, operation, regulation and training, in order to understand to what extent the cultural features of the domain determine the production of a specific discourse. The first part presents an epistemological and methodological reflection on the research object as well as on the theoretical framework. It begins with a presentation of the specific difficulties encountered in analysing journalism from an ESP perspective. It then focuses on the criteria used to determine the specialization of the milieu, based on sociological theories of the media. It finally presents the methodological framework developed for the field study and as regards discourse analysis. The second part focuses on the two companies, considered as the lowest level of specialization, in an attempt to define the similarities between the two newspapers based on a study of the operation function. The third part presents an analysis of the milieu, through an understanding of the regulation and training functions in the domain. The fourth part studies two aspects of journalistic discourse that reflect the constraints of the milieu, namely reported speech and terminology.
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Développement d’une approche systémique de la gestion patrimoniale d’un parc immobilier d’envergure nationale pour améliorer sa performance énergétique : une application menée sur le parc immobilier de l’État utilisé par le ministère de la défense / Development of a systemic approach to the management of major national real estates to improve their energy performance : an application conducted on the management of the Ministry of Defence's real estateAllaire, Didier 12 December 2012 (has links)
Les politiques abordant la problématique énergétique en France dans le domaine immobilier se focalisent sur les actions à conduire à l'échelle du bâtiment. Cette vision parcellaire occulte l'existence d'autres objets immobiliers pour lesquels l'efficacité d'une démarche limitée à la seule mise en œuvre de solutions techniques est insuffisante : c'est le cas des grands patrimoines immobiliers d'envergure nationale. L'approche systémique montre que la résolution du problème soulevé par l'intégration de la nouvelle donne énergétique ne réside pas dans l'action énergétique mais dans la mutation du système de gestion patrimoniale. La compréhension énergétique d'un parc immobilier implique alors de réinterpréter l'objet immobilier lui-même pour comprendre son fonctionnement global et déterminer un processus d'amélioration continue dans lequel devra s'inscrire la maîtrise du flux énergétique. Ce travail de thèse appréhende la complexité fonctionnelle des parcs immobiliers d'envergure nationale en menant une interprétation systémique fondée sur l'établissement d'un concept de performance globale. Cette démarche, avant tout, méthodologique repose sur l'élaboration d'une cartographie des processus macroscopiques devant intervenir en gestion patrimoniale pour obtenir une évolution positive du système immobilier. L'étude menée sur le parc ministériel de la défense a permis de confronter notre démarche à une forme réelle de complexité immobilière et de la mettre en pratique dans le domaine énergétique. L'élaboration d'une stratégie ministérielle et l'établissement d'un système d'information de gestion ont notamment contribué à valider la portée opérationnelle des résultats obtenus. L'émergence d'une véritable pensée stratégique patrimoniale ouvre des perspectives d'évolution systémique fondées sur la réorganisation progressive d'un fonctionnement immobilier souvent rudimentaire / Policies addressing energy issues in France in the real estate focus on actions to be taken throughout the building. This fragmented view obscures the existence of other real estate objects for which the effectiveness of an approach limited to only implement technical solutions is insufficient: the case of nationwide real estate assets. The systemic approach shows that the resolution of the problem raised by the integration of the new energy context doesn't lie in the energy action but in the transformation of building management beyond energy. A building stock energy understanding implies to review the real estate object itself to get its overall functioning and develop an improvement process in which to integrate the control of energy flow. This thesis presents a systemic interpretation of national building stocks and an analysis of their functional complexity using a concept of global performance. This approach, above all, based on the methodological development of a macroscopic process mapping to intervene in asset management for a positive development of the real estate system. The particular study of the Defence real estate has to confront the complexity of real estate and to apply our methodological framework to the energy field. The validation of a strategic approach and the establishment of a management information system helped to validate the operational range of results. The emergence of a real estate strategic thinking reveals perspectives of systemic progression based on the gradual reorganization of real estate rudimentary operation
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Développement de fragments d' anticorps simple-domaine inhibiteurs ciblant les protéines structurales et enzymatiques du VIH 1Matz, Julie 20 June 2012 (has links)
Le VIH-1 est l'agent infectieux qui cause le SIDA. De nombreuses thérapies existent pour combattre le SIDA mais aucune ne permet son éradication et des résistances apparaissent. Le développement de nouvelles thérapies est donc nécessaire. Les anticorps simple-domaine (sdAb) de lamas présentent les propriétés idéales pour le développement de molécules neutralisantes. Des lamas ont donc été immunisés avec Vpr et les formes native, ou induite par un miniCD4, du trimère de gp140 (partie extracellulaire de l'enveloppe (Env)). Des banques de sdAbs ont ensuite été construites et des sélections par phage display et par double hybride ont été réalisées. Trois sdAbs se liant au site de liaison du co- récepteur de l'Env et un sdAb se liant au site de liaison du CD4 ont ainsi été sélectionnés. Ces sites sont conservés mais difficile d'accès pour des immunoglobulines conventionnelles. Ces sdAbs ont ensuite été caractérisés par ELISA, SPR et cytométrie de flux pour leur capacité de liaison à différentes Env, et en « single round assay » pour leur capacité de neutralisation d'un large spectre (LS) de pseudovirus. Des protéines multidomaines (plusieurs sdAbs reliés par un linker) ont ensuite été construites et testées pour leur neutralisation. Plusieurs de ces molécules, neutralisant un LS de virus, pourraient être utilisées dans des microbicides. La stabilité caractéristique des sdAbs, même en absence de formation de pont disulfure, par exemple dans un environnement réducteur tel que le cytoplasme, est primordiale dans le développement d'anticorps intracellulaires (intrabodies). / HIV-1 is the infectious agent of AIDS. Numerous therapies exist to fight AIDS, but they are not able to eradicate it, and resistances appear. So, new therapy development is necessary. Single-domain antibodies (sdAb) of llamas have ideal properties to develop neutralizing molecules. So, llamas have been immunized with Vpr and with free or miniCD4 induced trimeric gp140 (extracellular part of the envelope (Env)). SdAb libraries have been built and selections were done by phage display and yeast two hybrid. Three sdAbs targeting the co-receptor binding site of the Env and one sdAb targeting the CD4 binding site have been selected. These sites are conserved but inaccessible by conventional immunoglobulins. These sdAbs have been characterized by ELISA, SPR and FACS for their ability to bind different Env and by single-round assay for their neutralization ability. Multimeric proteins (linked sdAbs) have been built and tested for their neutralization ability. Several of these molecules are able to neutralize a broad spectrum of pseudoviruses. They can be used in microbicides. The characteristic stability of these sdAbs, even without disulfide bound formation, ie into reducing environment, as the cytoplasm, is primordial for intracellular antibody (intrabody) development. One sdAb anti-Vpr has been selected using the Sos Recruitment System (SRS), an yeast two-hybrid system allowing detection of cytoplasmic protein-protein interactions. This sdAb is able to alter the localization of its antigen into eukaryotic cells. It is a proof of concept ot the use of SRS in the selection of intracellularly functional sdAbs.
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Pozemková reforma na velkostatku Křivoklát / The First Land Reform on the Estate KřivoklátKaucká, Kristýna January 2013 (has links)
The Master's thesis aims to describe the time during the period of the first republic in the area of Křivoklátsko, concerning the land reform from the historiographic point of view, the mechanism of land reform, and its institutional and legal specification. The thesis outlines the atmosphere in the newly established Czechoslovak Republic and its relations to the former aristocracy. Moreover, it focuses on defending mechanisms of the aristocrats at that time, and it analyses the function of the Federation of the Czechoslovak landowners together with the Federation of the German landowners with help of the specific example of the aristocratic family of the Fürstenbergs, who were the last private owners of the Křivoklát castle. The paper deals with the land reform in relation to the land fond, mine properties, shareholding within the Buštěhrad railway, and real estates. It endeavours to map emerging remaining small estates in the Křivoklát estate, and determine the social status of the new owners. The land reform in Křivoklátsko raised suspicion of corruption among the Communist politicians, the evidence of which is given in the thesis through the articles from The Red Right newspapers, interpellation to the government, and the booklet called 'Hidden Křivoklátsko'. In connection to this, highly...
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Méthodes level-set et de pénalisation pour l'optimisation et le contrôle d'écoulements / .Chantalat, Frédéric 15 July 2009 (has links)
Ce travail est consacré à la résolution e?cace de problèmes d’optimisation de forme ou de contrôle d’écoulements. Le couplage entre la pénalisation, permettant d’imposer des conditions aux bords sur maillage cartésien, et la méthode Level-Set, autorisant une représentation d’obstacles non-paramétrique et un suivi d’interface précis, est implémenté. En première partie, un problème inverse modèle, puis une optimisation géométrique en régime de Stokes, sont traités itérativement. Une attention particulière est portée à la solution des EDP près des zones pénalisées, et une montée en ordre est réalisée. Divers préconditionnements du gradient de forme sont aussi discutés a?n d’améliorer la convergence. La seconde partie est dédiée à la simulation directe d’écoulements au voisinage d’un actionneur dans le cadre d’un contrôle par jets pulsés exercé sur le corps d’Ahmed. L’étude locale montre l'in?uence de paramètres comme la fréquence de pulsation ou l’allure des pro?ls de vitesse en sortie sur la qualité de l’action. En guise de synthèse, une optimisation de la forme de l’actionneur du chapitre deux est pratiquée sous contraintes topologiques et dans un cadre simpli?é, à l’aide du couplage Level-Set/pénalisation préalablement introduit. L’objectif du problème inverse posé est de modi?er la géométrie intérieure du MEMS pour obtenir un pro?l de vitesses désiré en sortie de jet. / This work deals with e?cient numerical solving of problems linked with shape optimization or ?ow control. The combination between penalization, that allows to impose boundary conditions while avoiding the use of body-?tted grids, and Level-Set methods, which enable a natural non-parametric representation of the geometries to be optimized, is implemented. In the ?rst part, a model inverse problem, and an application pertaining to optimal design in Stokes ?ows, are treated with an iterative algorithm. Special care is devoted to the solution of the PDE’s in the vicinity of the penalized regions. The discretization accuracy is increased. Various gradient preconditionings aiming at improving the convergence are also discussed. The second part is dedicated to direct numerical simulation of ?ows in the neighborhood of an actuator, in the context of active control by pulsed jets used on the Ahmed body. The local study emphasizes the in?uence of various parameters on the action quality, in particular the pulsation frequency, or the aspect of exit velocity pro?les. As a synthesis, shape optimization is performed on the actuator of chapter two, thanks to the previously introduced coupling between Level-Set and penalization. The framework is simpli?ed and topological constraints are imposed. The inverse problem we set intends to modify the MEMS inner geometry to retrieve a given jet pro?le on the exit section.
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Couplage entre la dynamique moléculaire et la mécanique des milieux continusBugel, Mathilde 09 October 2009 (has links)
A l'échelle macroscopique, la mécanique des milieux continus (MMC) rencontre parfois des difficultés à représenter correctement le comportement d'un système physique, du fait d'une modélisation insuffisante des phénomènes. Ces faiblesses sont particulièrement marquées dans les systèmes où les interfaces, qui font apparaître des échelles d'espace très différentes, jouent un rôle prépondérant : microfluidique, écoulements polyphasiques etc.. Or, dans de nombreux domaines, et notamment dans le milieu pétrolier, les modèles macroscopiques existants semblent insuffisants pour pouvoir traiter correctement les cas proposés. Par ailleurs, la méconnaissance des paramètres d’entrée d'une simulation macroscopique tels que les propriétés de transport, introduit parfois une mauvaise représentation de l’ensemble des processus diffusifs. La simulation à l'échelle microscopique, en l'occurrence la dynamique moléculaire classique (DM), peut pallier certains problèmes rencontrés par les approches macroscopiques, en permettant de mieux appréhender les divers processus physiques, notamment aux interfaces. Elle permet également de suppléer l’expérimentation, en permettant de calculer pour un fluide modèle les propriétés physiques du mélange étudié. Ainsi, à partir des ces données générées, il est possible de construire des corrélations palliant aux différents manques. Néanmoins, de par son caractère microscopique, cette approche ne permet de simuler que des échelles sub-micrométriques qui sont bien éloignées de la taille indispensable à la plupart des cas réalistes, qu’ils soient académiques ou industriels. En couplant les deux démarches, macroscopique et microscopique, de manière directe ou indirecte, il est donc envisageable d’accéder à des informations que l’une ou l’autre des ces approches ne peut fournir seule. / Hybrid atomistic-continuum methods allow the simulation of complex flows, depending on the intimate connection of many spatiotemporal scales : from the nanoscale to the microscale and beyond. By limiting the molecular description within a small localized region, for example near fluid/fluid or fluid/solid interfaces (breakdown of the continuum), these methods are useful to study large systems for reasonable times. Besides, there is a wide variety of applications for such hybrid methods, ranging from the micro- or nano-scale devices, and other industrial processes such as wetting, droplet formation, and biomolecules near interfaces. In this work, we present one scheme for coupling the Navier-Stokes set of equations with Molecular Dynamics. Among the existing alternatives to couple these two approaches, we have chosen to implement a domain decomposition algorithm based on the alternating Schwarz method. In this method, the flow domain is decomposed into two overlapping regions : an atomistic region described by molecular dynamics and a continuum region described by a finite volume discretization of the incompressible Navier-Stokes equations. The fundamental assumption is that the atomistic and the continuum descriptions match in the overlapping region, where the exchange of information is performed. The information exchange, requires the imposition of velocity from one sub-domain in the form of boundary conditions (Dirichlet)/constraints on the solver of the other subdomain and vice versa. The spatial coupling as well as the temporal coupling of the two approaches has been investigated in this work. To show the feasibility of such a coupling, we have applied the multiscale method to a classical fluid mechanics problems.
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Les effets du changement climatique sur les pays méditerranéens. / The effects of climate change in the mediteranean countriesQuefelec, Stephane 13 October 2011 (has links)
Cette thèse étudie les liens entre développement et changement climatique dans les pays méditerranéens afin de mieux comprendre les processus et les interactions spécifiquement en jeux dans cette région, en particuliers dans les pays du Maghreb et du Mashrek. Dans le chapitre 1, nous étudions l’état des connaissances scientifiques sur le changement climatique au niveau global et au niveau méditerranéen. Cela nous permet d’aborder le problème des projections climatiques et d’analyser les résultats pour le bassin méditerranéen. Sur cette base, dans le chapitre 2, en rapprochant les projections de changement climatique et le contexte local du développement, nous mettons en évidence une vulnérabilité relativement plus élevée des pays méditerranéens en développement. Nous analysons dans le chapitre 3, les méthodes et outils permettant d’appréhender le coût du changement climatique et en déduisons des enseignements pour les pays méditerranéens. Afin d’aller plus loin dans la caractérisation et la compréhension des mécanismes en jeux au niveau méditerranéen, nous proposons, dans le chapitre 4, des approches économétriques en longue période sur données de panel de l’impact des variables climatiques sur d’une part le niveau de PIB par tête et d’autre part les rendements céréaliers. Les résultats mettent en évidence que même les économies des pays riches du bassin méditerranéen sont sensibles aux tendances climatiques, au moins sur la période 1950-2000, bien qu’ils le soient beaucoup moins que les pays en développement de la rive Sud et Est. Par ailleurs, nous confirmons que l’agriculture est un canal de diffusion majeur des effets du changement climatique dans l’économie, en particulier dans les pays en développement. La question de l’eau apparait centrale dans le traitement de l’adaptation au changement climatique. Ainsi, dans le chapitre 5, nous analysons l’état de la ressource en eau, les modes de gouvernance actuels et les options d’adaptation qui s’offrent aux pays arides. Nous présentons un exercice de simulation des demandes futures par secteur dans les pays d’Afrique du Nord, ce qui nous permet d’obtenir des ordres de grandeur sur les bénéfices à attendre des différentes options de politique qui pourront être suivies par les pouvoirs publics. Nous montrons que la gestion de la demande en eau est un des leviers déterminants de l’adaptation au changement climatique dans les pays méditerranéens et que sa mise en œuvre repose avant tout sur des réformes de gouvernance. / This thesis studies the links between development and climate change in Mediterranean countries to better understand the processes and interactions in specific games in the region, particularly in the Maghreb and the Mashreq. In Chapter 1, we review the state of scientific knowledge on climate change at global level and at Mediterranean level. This allows us to address the problem of climate projections and analyze the results for the Mediterranean. On this basis, in Chapter 2, by comparing the projections of climate change and the local context of development, we highlight a relatively higher vulnerability of the developing Mediterranean countries. We discuss in Chapter 3, methods and tools to estimate the economic cost of climate change and deduce lessons for the Mediterranean countries. To go further in the characterization and understanding of the mechanisms at play in the Mediterranean, we propose, in Chapter 4, econometric approaches using long term panel data. We test the impact of climate variables on, first, the level of GDP per capita and, second, on cereal yields. The results show that even rich Mediterranean countries are sensitive to climate change - at least over the period 1950-2000 - although much less than Southern and Eastern developing countries of the Mediterranean basin. Furthermore, we confirm that agriculture is a major channel of climate change impact in the economy, particularly in developing countries. The issue of water appears in a key parameter in adaptation to climate change. Thus, in Chapter 5, we analyze the state of water resources, the existing modes of governance and adaptation options available to Mediterranean arid countries. We present a simulation of future demands by sector in North Africa, enabling us to obtain orders of magnitude of the expected benefits of different policy options that can be followed by the government. We show that water demand management is one of the key tools to adapt to climate change in Mediterranean countries and that its implementation depends primarily on governance reforms.
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