L'évaluation des effets toxiques à des échelles pertinentes est un challenge important pour la protection des écosystèmes. En effet, les polluants peuvent impacter les populations sur le long terme et représenter une nouvelle force évolutive qui peut s'ajouter aux autres forces de sélection. Il est par conséquent nécessaire d'acquérir des connaissances sur les changements phénotypiques et génétiques apparaissant dans une population exposée à un stress durant plusieurs générations. En général les études multi-générations sont analysées à partir d'approches purement statistiques. La modélisation mécanistique a le potentiel de comprendre pleinement les effets des polluants sur la dynamique des populations. Ce type de modèle permet d'intégrer des processus biologiques et toxiques à l'analyse de données d'écotoxicologie et d'étudier les interactions entre ces processus. L'objectif de ce doctorat était d'étudier les apports de la modélisation mécanistique, par rapport à une analyse statistique classique, dans l'analyse de données d'évolution expérimentale suite à l'exposition sur le long terme à un contaminant. Pour ce faire, une stratégie en trois temps a été menée. Tout d'abord, une expérience multigénérationnelle a été réalisée sur deux populations de C. elegans (contrôle et exposée à 1,1 mM U) dérivées d'une population ancestrale présentant une forte diversité génétique. Toutes les trois générations, des individus ont été extraits des populations et soumis à une gamme de concentrations en uranium (de 0 à 1,2 mM U). Une première analyse statistique classique a alors été menée. Dans un second temps, un modèle bioénergétique adapté à l'analyse de données d'écotoxicologie (DEBtox) a été mis au point pour C. elegans et son comportement numérique a été analysé. Enfin, ce modèle a été appliqué à l'ensemble des générations étudiées afin d'inférer les valeurs des paramètres pour les deux populations et d'étudier leur évolution. Les résultats obtenus ont mis en évidence un impact de l'uranium à la fois sur la croissance et la reproduction de C. elegans à partir de 0,4 mM U. Les résultats de l'analyse mécanistique indiquent que cet effet est la résultante d'un impact sur l'assimilation d'énergie depuis la nourriture. Les deux approches, tant mécanistique que classique, ont mis en évidence une adaptation des individus des deux populations aux conditions expérimentales. Malgré cela, les analyses ont également mis en évidence une évolution différentielle des individus de la population soumise à l'uranium par rapport à ceux de la population témoin. Ces résultats ont été plus finement décrits par l'analyse mécanistique. Globalement, ce travail contribue à accroître nos connaissances sur les effets des polluants sur la dynamique des populations, et démontre les apports de la modélisation mécanistisque qui pourra être appliquée dans d'autres contextes afin de réaliser in fine une meilleure évaluation des risques écologiques des polluants.

Le déclin de la biodiversité lié à l'augmentation des pressions sur les ressources naturelles, fait l'objet d'un large consensus. Cette situation souligne un besoin urgent de développer des outils de diagnostic et de suivi de l'état de la biodiversité qui soient spatialisés, rapides à mettre en œuvre, peu coûteux et qui permettent de réaliser des expertises à l'échelle des territoires. Une des hypothèses centrales en écologie est qu'il existe des relations positives entre l'hétérogénéité spatiale mesurée dans la mosaïque paysagère et la richesse en espèces qui peut y cohabiter à différentes échelles. Dans ce travail, nous nous appuyons sur cette hypothèse pour développer un Indice de Biodiversité Spécifique Potentielle afin de réaliser un diagnostic de l'état de la biodiversité dans la mosaïque paysagère intra-forestière à différentes échelles, en prenant l'exemple du massif du Vercors. Cet indice s'appuie sur des indicateurs et des critères capables de refléter le niveau de biodiversité potentiellement présente dans une zone géographique donnée, et permet d'approfondir les connaissances sur les relations entre la structure des peuplements, les caractéristiques de la mosaïque forestière et la richesse ou la répartition géographique des espèces. Les étapes clés de la méthodologie et de son évaluation sont valorisées sous forme d'articles. La représentation spatiale de la biodiversité potentielle à différentes échelles permet d'envisager de nombreuses applications dans les domaines de la conservation et de la gestion forestière multifonctionnelle.

Dans le but d'évaluer la possibilité de mise en place une ingénierie écologique des processus microbiens de la digestion anaérobie dans les bioprocédés, différents leviers environnementaux ont été appliqués à des digesteurs de cellulose. Le premier levier étudié, de nature physico-chimique, était la température. Le deuxième faisait appel à une adaptation préalable d'une biomasse complexe par incubation avec des molécules simples avant mise en présence de cellulose. Le dernier consistait en la co-inoculation de diverses biomasses exogènes avec une boue anaérobie. Les conséquences des perturbations apportées par ces leviers sur les dynamiques métaboliques et écologiques de bioréacteurs anaérobies dégradant de la cellulose ont été évaluées. Différents indicateurs physico-chimiques ont été utilisés pour caractériser la dégradation de la cellulose (production de molécules intermédiaires, production de gaz, etc.). Les outils de la biologie moléculaire ont permis de caractériser les dynamiques microbiennes à l'échelle des communautés (par fingerprinting ARISA) ou des individus (par pyroséquençage de l'ADNr 16S). L'utilisation d'isotopes stables (cellulose marquée 13C), a permis de réaliser un traçage précis des flux de matières (intermédiaires de dégradation de la cellulose enrichis en 13C) et des microorganismes impliqués dans la chaîne de dégradation de la cellulose (groupes microbiens fonctionnels identifiés par la technique de " stable isotope probing "). Les expériences de changements de température ont montrél'influence importante de ce paramètre sur les communautés microbiennes, en particulier les archées. Elles ont mis en évidence le caractère asymétrique de l'effet de la température sur les communautés microbiennes et les conséquences irréversibles du passage par les conditions thermophiles. Ces propriétés ouvrent des perspectives intéressantes pour exploiter les chocs de température afin de modifier les propriétés de la biomasse. L'expérience de fonctionnalisation de la biomasse à l'aide de quatre molécules simples (acide propionique, acide butyrique, glucose et cellobiose) montre qu'un modelage des populations microbiennes par préadaptation est possible. Une fois en contact avec la cellulose, les biomasses fonctionnalisées génèrent des schémas de dégradation et des structures de communautés qui se répartissent de manière inattendue en deux catégories seulement. Ce résultat suggère qu'il est possible d'orienter les états d'équilibre d'une communauté microbienne complexe par préadaptation fonctionnelle. Enfin, des expériences de co-inoculation ont mis en avant la difficulté d'exploiter directement les propriétés enzymatiques de flores cellulolytiques performantes mais également les possibilités de modifier les équilibres de diversité au sein de la biomasse du bioprocédé. Ces expériences suggèrent qu'un paramètre tel que la diversité de la communauté d'un bioprocédé pourrait être manipulé par bioaugmentation. Ce travail démontre que nous disposons d'ores et déjà d'un certain nombre d'outils pour élaborer une ingénierie écologique des bioprocédés à travers une nouvelle démarche de gestion qui se place à l'échelle de l'écosystème microbien et des services associés.

Le déclin de la biodiversité lié à l'augmentation des pressions sur les ressources naturelles, fait l'objet d'un large consensus. Cette situation souligne un besoin urgent de développer des outils de diagnostic et de suivi de l'état de la biodiversité qui soient spatialisés, rapides à mettre en œuvre, peu coûteux et qui permettent de réaliser des expertises à l'échelle des territoires. Une des hypothèses centrales en écologie est qu'il existe des relations positives entre l'hétérogénéité spatiale mesurée dans la mosaïque paysagère et la richesse en espèces qui peut y cohabiter à différentes échelles. Dans ce travail, nous nous appuyons sur cette hypothèse pour développer un Indice de Biodiversité Spécifique Potentielle afin de réaliser un diagnostic de l'état de la biodiversité dans la mosaïque paysagère intra-forestière à différentes échelles, en prenant l'exemple du massif du Vercors. Cet indice s'appuie sur des indicateurs et des critères capables de refléter le niveau de biodiversité potentiellement présente dans une zone géographique donnée, et permet d'approfondir les connaissances sur les relations entre la structure des peuplements, les caractéristiques de la mosaïque forestière et la richesse ou la répartition géographique des espèces. Les étapes clés de la méthodologie et de son évaluation sont valorisées sous forme d'articles. La représentation spatiale de la biodiversité potentielle à différentes échelles permet d'envisager de nombreuses applications dans les domaines de la conservation et de la gestion forestière multifonctionnelle. / There is a general consensus that as pressures on natural resources increase, biodiversity is being lost, and the rate of loss is not sustainable. Within the present situation is become a critical need to develop methods and tools for biodiversity monitoring and conservation. In particular, we need spatially-explicit tools and rapid assessment methods that are relatively easy to implement at different scales and at a relatively low cost. One of the basic assumptions in ecology is that there are positive relationships at different spatial scales between landscape heterogeneity and species richness in a given landscape mosaic. In this thesis, we focus on this assumption in order to build a Potential Species Biodiversity Index. Our aim was to assess potential biodiversity within a forest landscape mosaic, considering the Vercors' mountain range as a case study. The index encompasses indirect biodiversity indicators and criteria as a surrogate to biodiversity potential present for a given area. This approach allows a better understanding of the relationships between forests stand structure, forest landscape characteristics and species richness or geographical distribution. The main steps of the method and its evaluation are presented in scientific papers. The analysis of geographical distribution of the index at different spatial scales provides practical applications for conservation planning and multifunctional forest management related fields.

La circulation des flux de matières et d’énergie reflète aussi bien le fonctionnement de la biosphère que celui des sociétés humaines. L’écologie industrielle, dans son approche territoriale, interpelle ces interactions socioécologiques au sein d’un espace géographique et participe ainsi à la définition et à la structuration de l’espace en territoire. Par une approche expérimentale déclinée sur les espaces portuaires, nous cherchons à rendre manifeste, pour la valider et mieux l’appréhender, cette dynamique de configuration du territoire en écologie industrielle. Le territoire constitue une matrice complexe, composée de représentations et de pratiques, manifestées dans le discours des acteurs. A partir de l’étude de 21 cas portuaires d’écologie industrielle à l’échelle internationale, 9 modèles territoriaux ont été proposés pour l’observer et la décrypter. Déclinés dans l’espace portuaire de Marseille-Fos, ces modèles permettent la production et l’interprétation des discours des acteurs de la démarche d’écologie industrielle en vue d’identifier les modalités de construction territoriale à l’œuvre et de construire une configuration du territoire à l’interface des représentations et pratiques des acteurs. Cette expérimentation met en évidence un phénomène d’imbrication territoriale de l’écologie industrielle et la participation de celle-ci à une dynamique territorialité-territorialisation structurante de la construction territoriale. Elle propose ainsi une définition socioécologique du territoire, distinguant des biotopes et des niches occupés par des acteurs, dont les interactions appellent à un renouvellement de la gouvernance portuaire de l’écologie industrielle. / The circulation of material and energy flows reflects the functioning of both biosphere and human societies. Industrial ecology, in its territorial approach, questions these socioecological interactions within a geographical area. It contributes to the definition and structuration of land into territory. Through an experimental approach led upon port areas, the aim is to reveal this dynamic of territorial configuration in industrial ecology. Territory constitutes a complex matrix of representations and practices, uncovered in actors’ speeches. From the analysis of 21 industrial ecology port case studies at an international scale, 9 territorial patterns are defined in order to observe and interprete this dynamic. Implemented in Marseille-Fos port area, these patterns allow the production and the interpretation of actors’ speeches in order to identify the territorial construction modes and to build a common territorial configuration, at the interface of actors’ representations and practices. This experimentation highlights a territorial embeddedness phenomenon for industrial ecology. It reveales industrial ecology’s contribution to a “territoriality-territorialisation” dynamic, leading to territorial configuration. It thus proposes a socioecological definition of territory, identifying biotopes and niches occupied by different actors. The overlapping of these biotopes and niches questions the evolution of port governance for the implementation of industrial ecology.

Bien moins médiatisées que la déforestation ou le changement climatique, les invasions biologiques n’en demeurent pas moins problématiques pour la conservation de nombreux écosystèmes ou le bon déroulement de nombreuses activités socio-économiques.Comprendre la façon dont les espèces exotiques envahissantes s’étendent dans les différents milieux qu’elles colonisent c’est permettre à la fois de mieux appréhender leurs impacts, de pouvoir de prédire leur expansion, et de trouver les endroits stratégiques où agir pour contrer ou atténuer les effets indésirables de ces espèces. Le problème est que dynamiques d’invasions d’une espèce regroupent en fait une hiérarchie de processus se produisant simultanément à différentes échelles spatiotemporelles et qui sont contrôlés par des facteurs qui changent en fonction du temps et du contexte d’invasion. Pour acquérir une compréhension profonde de ces dynamiques, il faut donc étudier leurs manifestations et leurs causes aux diverses échelles spatiales et temporelles auxquelles elles se produisent.Présentes sur les cinq continents et très envahissante sur au moins deux, les renouées asiatiques (Reynoutria spp.) sont reconnues comme faisant partie des espèces les plus invasives de la planète. Dotées d’une grande tolérance environnementale et d’importantes capacités de multiplication végétatives, ces plantes herbacées géantes peuvent former rapidement de grandes monocultures clonales qui excluent les autres espèces végétales, modifient les cycles biogéochimiques des zones envahies et perturbent diverses activités anthropiques. Cibles de campagnes de gestion depuis des décennies, elles affichent cependant une résilience insolente qui désespère de nombreux gestionnaires. Bien que très étudiées, de nombreux détails concernant leurs dynamiques nous échappent toujours. Dans ce travail de thèse, nous avons donc cherché à identifier quels sont les facteurs qui contrôlent les dynamiques spatiotemporelles des renouées à différentes échelles, et comment une meilleure compréhension de ces dynamiques clés pourrait profiter à leur gestion ?Pour ce faire, nous nous sommes donc d’abord intéressés à leur dynamiques clonales et à leurs variations en fonction de différentes conditions de stress (ombrage) ou de perturbation (fauchage répétée). Nous avons montré que si les renouées sont bien affectées par des conditions stressantes ou perturbées, cela ne les empêche ni de s’établir, ni de croître. En fait, les renouées semblent pouvoir adopter différentes stratégies de croissance pour pallier ces contraintes, soulevant différentes questions liées à la gestion. Dans une deuxième étude, nous avons cherché quels étaient les variables qui expliquaient l’expansion des taches de renouées le long d’un gradient altitudinal. Si nous avons montré que les dynamiques d’expansion des taches étaient principalement contrôlées par leur taille (et donc potentiellement leur âge) ainsi que par la proximité de routes et de rivières, nous avons également apporté des indices qui suggèrent que les renouées pourraient être potentiellement capables d’envahir les montagnes. Ensuite, pour tenter d’aider à résoudre le problème de l’acquisition des données de distribution des renouées à large échelle, nous avons développé une méthode pour détecter et cartographier les populations de renouées à partir d’images satellites et issues de drones. Notre méthode a montré des résultats encourageants et celle-ci pourrait être utile à l’étude des invasions ainsi qu’à la détection des nouveaux foyers d’invasion pour une gestion plus précoce et efficace des renouées.Enfin, nous avons tenté de dresser un portrait global de la compréhension actuelle des dynamiques d’invasion des renouées en réalisant, en guise de discussion, une grande revue de littérature sur les mouvements de ces plantes à travers les échelles spatiales et temporelles et en y intégrant les apports des autres travaux de cette thèse. / Although less mediatized than deforestation or climate change, biological invasions remain problematic for the conservation of many ecosystems and the maintenance of various socio-economical activities.Understanding the way invasive non-native species spread in their introduced range is enabling a better apprehension of their impacts, the possibility to predict their expansion, and the development of better management strategies. A problem is that a species invasion dynamics are actually composed of a hierarchy of processes occurring simultaneously at various spatiotemporal scales and which are controlled by drivers that are time- or context-dependent. To gain more profound insights into these dynamics, one has to study the patterns they create and their underlying processes at all relevant scales.Occurring on the five continents and highly invasive on at least two of them, Asian knotweeds (Reynoutria spp.) are acknowledged as being among the most invasive species in the world. Gifted with a large environmental tolerance and high abilities for vegetative multiplication, these giant herbaceous plants can quickly form large clonal monocultures that exclude the other plant species, modify biogeochemical cycles, and affect various anthropic activities. Target of management campaigns for decades, knotweeds display an insolent resilience to the great despair of many stakeholders. Despite having been extensively studied, many aspects of their dynamics are still elusive. Consequently, in this thesis, we have tried to highlight what the drivers of the spatiotemporal dynamics of knotweeds across scales are, and how their management could benefit from a better understanding of these dynamics?To answer these questions, we first focused our attention on the clonal dynamics of knotweeds and on their variations when they experience differing conditions in terms of light availability and disturbance (repeated mowing). We have shown that although shade or mowing affects the vigour and the development of clones, it does not prevent their establishment or their growth. In fact, knotweeds seem able to adopt different growth strategies to cope with environmental heterogeneity, suggesting some management avenues. In a second study, we tried to identify the drivers that controlled the expansion of knotweed stands along an elevational gradient. If we showed that the lateral expansion of stands is mostly constrained by their size (and thus, possibly their age) and the vicinity of roads and rivers, we also brought evidences that knotweeds could have the potential to invade mountain regions. Then, to help for the acquisition of large-scale datasets on knotweeds’ distribution, we developed a procedure to accurately detect and map knotweeds using satellite or drone imagery. Our results were quite encouraging and could be useful to both the basic research and to the detection of newly invaded areas, enabling earlier control operations and more efficient management.Finally, we tried to draw a full picture of the current knowledge on the invasion dynamics of knotweeds by reviewing the literature on the movement of these plants across spatial and temporal scales, to discuss and expand the reach of the insights gained in the various chapters of this thesis.

La nitrification dans les sols est un processus particulièrement critique dans les systèmes pauvres en nutriments comme la savane de Lamto (Afrique de l'Ouest) où l'azote est considéré comme le facteur limitant principal de la production primaire. Les faciès dominés par la Graminée Hyparrhenia diplandra sont connus pour exprimer de faibles potentiels de nitrification et ainsi éviter les pertes de nitrate. Nous avons utilisé des sites à faible/fort potentiel de nitrification comme modèles afin d'étudier si la végétation pouvait inhiber la nitrification, et les possibles conséquences en termes de performance de l'écosystème et de cycle de nutriments. Nous avons montré la coexistence de sites à forts et faibles potentiels de nitrification. La stabilité de ces deux systèmes a été abordée via l'activité nitrate réductase d'H. diplandra, montrant une différence stable de modalité de nutrition entre sous-populations des deux sites. Nous avons démontré un contrôle direct in situ des sous-populations d'H. diplandra sur la nitrification par une balance inhibition/stimulation. Cette conclusion a été étayée par l'observation de corrélations négatives entre densité racinaire et nitrification en site non nitrifiant. La production épigée et le ratio épigée-hypogée du couvert en site nitrifiant sont très inférieurs au site non nitrifiant. On a observé chez les H. diplandra du site nitrifiant des indices de taille et de croissance inférieurs en serre, in situ et décroissant quand elles sont mélangées in situ aux individus du site non nitrifiant, suggérant une moins bonne compétitivité peut-être due à une moins bonne accessibilité à la ressource lumière. Ces résultats suggèrent une moins bonne accessibilité à l'azote du couvert en site nitrifiant et l'existence de sous-populations de Graminées exprimant diverses caractéristiques intrinsèques différentes. De futures recherches devront s'intéresser au mécanisme d'inhibition et à la stabilité et dynamique de ces deux systèmes contrastés.

Les circuits de refroidissement des centrales nucléaires en bord de rivière sélectionnent par leur mode de fonctionnement des micro-organismes à caractère thermophile, parmi lesquels le micro-organisme pathogène, Legionella pneumophila. Pour lutter contre le développement de ce genre bactérien, un traitement de désinfection de l'eau des circuits de refroidissement à la monochloramine peut être employé. Pour participer à la maitrise des risques sanitaires et environnementaux liés à la modification physico-chimique et microbiologique de l'eau naturelle prélevée, EDF s'est engagé dans une démarche d'amélioration des connaissances sur l'écologie des légionelles dans les circuits de refroidissement et des liens que ce genre bactérien entretient avec son environnement (physico-chimique et microbiologique) favorisant ou non leur prolifération. Ainsi, la diversité et la dynamique des Legionella pneumophila cultivables ont été déterminées dans les quatre centrales nucléaires en bord de Loire pendant un an et leurs liens avec leur environnement physico-chimique et microbiologique ont été étudiés. Cette étude a mis en évidence une forte diversité des sous-populations de Legionella pneumophila et une apparente dynamique qui semble être liée à l'évolution d'un nombre restreint de sous-populations. Les sous-populations de légionelles semblent entretenir des relations souche-spécifiques avec les paramètres biotiques et présenter des sensibilités différentes aux variations physico-chimiques du milieu. La conception des circuits de refroidissement pourrait impacter la communauté de légionelles. L'utilisation de la monochloramine perturbe fortement l'écosystème mais ne sélectionne pas de populations tolérantes au biocide.

Lʼanthropologie, et plus spécialement les développements quʼelle a connus en contexte francophone, possède une affinité toute particulière avec lʼinvestigation philosophique sur la notion de nature : toutes deux interrogent en effet la valeur de ce terme classique du répertoire conceptuel occidental, et plus encore le sens que lʼon peut encore donner au partage entre le naturel et le social, ou le culturel. Ce faisant, elles se heurtent à des tensions analogues, lʼanthropologie bénéficiant toutefois du privilège de la méthode comparative, quilui donne accès à des cosmologies manifestant un arrangement des êtres et des personnes différents du nôtre. Ce sont ces liens que cette thèse se propose dʼexplorer, et cela à travers lʼexamen historique et critique de quelques théories anthropologiques clés. Parmi elles notamment, lʼécole durkheimienne, lʼanthropologie structurale de Claude Lévi-Strauss et de ses successeurs, et le courant dʼanthropologie de la nature, où ces questions trouvent aujourdʼhui leur épanouissement. Lʼhypothèse centrale de ce travail est que lʼanthropologie sociale est liée à la prise de conscience du rôle que lʼidée de nature a joué et joue encore dans notre trajectoire historique, c'est-à-dire de ce que lʼon a pris lʼhabitude dʼappeler la modernité, et de ce qui la sépare dʼautres expériences collectives. Cette investigation débouche sur un examen des concepts centraux de la pensée écologique, qui donne à ces enjeux un élan nouveau : une pensée environnementale est-elle une sortie du naturalisme moderne, et si oui, à quelles conditions est-elle possible et légitime ? / Anthropology and philosophy share a common interest in the idea of nature. Both of themaddress the value of this fundamental element of the Western conceptual framework and thegeneral signification of the alleged great divide between nature and society, or culture. Overthis common interrogation they are also facing the same issues and paradoxes.Nevertheless anthropology benefits from its comparative approach, which brings toknowledge different cosmological patterns, some of them dealing without the very idea ofnature. This thesis is an historical and critical exploration of some key classicalanthropological theories of the collective relationships with natural environment. Namely, theDurkheimian school of social sciences, the structural anthropology of Claude Lévi-Straussand his followers, and the present day anthropology of nature, which constitutes the main lineof French social anthropology. The core hypothesis of this work is that social anthropology isintimately linked to the theoretical acknowledgment of the role played by the idea of nature inour historical dynamics. What we usually call modernity, and in what sense it differs fromother social formations, are major anthropological concerns. These questions lead to acritical examination of the ecological thought from an anthropological point of view. Ifenvironmental philosophy is in a sense a way out of modern naturalism, which terms andconditions are required to make it possible and legitimate ?

En Méditerranée, les zones rocheuses photophiles sont principalement peuplées par des espèces du genre Cystoseira C. Agardh. Ces espèces, ingénieures d’écosystèmes, forment des forêts qui structurent l’habitat benthique des étages infralittoral et circalittoral. Ces espèces (sauf C. compressa) sont protégées par les conventions de Berne depuis 1979 et de Barcelone (1992). Pourtant aucun plan de conservation n’a encore été mis en place. L’objectif de cette thèse était de i) connaître la répartition de ces espèces le long des littoraux PACA et Corse, ii) comprendre les capacités de résilience de C. amentacea var. stricta, iii) comprendre la diversité et la structure génétique des populations de C. amentacea. L’étude de la répartition des espèces a mis en évidence l’abondance de C. amentacea et la forte régression des espèces de petits fonds i.e. C. barbata, C. crinita et C. foeniculacea f. tenuiramosa. L’étude de résilience a montré que C. amentacea est capable de recoloniser son milieu après une perturbation aiguë. Cette recolonisation suit le modèle de facilitation Enfin l’étude de génétique des populations a mis en évidence une forte structuration inter et intra-populations ainsi qu’une forte consanguinité au sein de ces populations. L’absence d’IBD sur l’ensemble de l’échantillonnage révèle la possibilité de dispersion sur de longues distances. Ces résultats n’ont pas permis de développer un plan de gestion pour ces espèces. Cependant, ils ont apporté un certain nombre de connaissances supplémentaires sur l’écologie des espèces, ils ont amorcé le travail de génétique des populations pour le genre Cystoseira et surtout ils ont permis d’identifier les axes de recherches à développer en priorité dans les futures études. Cette thèse confirme la nécessité d’une approche pluridisciplinaire en biologie de la conservation. / In the Mediterranean Sea, rocky shores are mainly inhabited by Cystoseira species. These canopy forming algae are engineers of the ecosystem. All species except for C. compressa, are protected by two international conventions, Berne (1979) and Barcelona (1992). Despite their protected status, no management plans have been developed yet. This work focused on 4 species: C. amentacea var. stricta, C. barbata, C. crinita and C. foeniculacea f. tenuiramosa. The aim of the thesis was to i) gather information about the distribution of these species and highlight the main threats and source of their disappearance along PACA and Corsican coasts, ii) Understand the resilience capacities of C. amentacea after a partial destruction of its habitat and iii) understand the diversity and the genetic structure of populations of C. amentacea along PACA and Corsican shores. The distribution of C. amentacea appears to be still important. On the contrary, the situation is more critical for species of shallow waters like C. barbata, C. crinita and C. foeniculacea f. tenuiramosa. C. amentacea showed good capacity of resilience after the perturbation. The recolonization follows the facilitation model. Finally the genetic study highlights a strong genetic structure within and among populations of C. amentacea. The within populations structure might be due to high inbreeding. No IBD was revealed among the all dataset which means that long distance dispersal might be possible for C. amentacea. The results obtained here were not sufficient to elaborate a management plan for Cystoseira species. But they completed the ecological knowledge we have on them, they brought the first large scale genetic results and they identified on what future studies must focused on.This thesis confirms the necessity to adopt a multidisciplinary approach in conservation biology.