Le complexe EJC (Exon Junction Complex) joue un rôle central dans le couplage des processus post-transcriptionnels chez les métazoaires. Ce complexe multi-protéique est assemblé sur les ARN messagers (ARNm) par la machinerie d’épissage. Organisé autour d’un complexe cœur servant de plate-forme à de nombreux facteurs, les EJCs accompagnent les ARNm dans le cytoplasme et participent à leur transport, leur traduction et leur stabilité. L’importance physiologique de l’EJC est supportée par les nombreux défauts développementaux et les maladies génétiques associées aux composants de l’EJC. Les analyses transcriptomiques révélant un assemblage hétérogène des EJCs renforcent l’hypothèse que les EJCs participent à la régulation de l’expression des gènes. Cependant, malgré une connaissance précise de la structure de ce complexe, les liens fonctionnels entre l’assemblage de l’EJC et la régulation de transcrits spécifiques dans des conditions physiologiques doivent être établis puis caractérisés.Durant cette thèse, j’ai étudié l’expression d’eIF4A3, Y14 et MLN51, trois protéines du cœur de l’EJC, dans des cultures primaires de cellules souches neurales murines (CSN). Les CSN peuvent être différenciées en cellules épendymaires multi-ciliées qui tapissent les ventricules cérébraux et ont un rôle important dans le développement du cerveau. J’ai observé par immunofluorescence dans des CSN quiescentes que les 3 protéines sont concentrées autour du centrosome à la base du cil primaire. Ces localisations reflètent la présence d’EJC assemblés comme le prouve l’étude d’un mutant d’Y14 incapable de former l’EJC. / The Exon Junction Complex (EJC) plays a central role in coupling post-transcriptional processes in metazoans. This multi-protein complex is assembled onto messengers RNAs (mRNAs) by the splicing machinery. Organized around a core complex serving as a platform for numerous factors, EJCs accompany mRNAs to the cytoplasm and is involved in mRNA transport, translation and stability. The physiological importance of the EJC is supported by observations associating defects in EJC component expression to developmental defects and human genetic disorders. Transcriptomic studies revealing the non-ubiquitous deposition of EJCs strengthened the hypothesis that EJCs could participate to gene expression regulation. However, despite a precise picture of the structure of the EJC, functional links between EJC assembly and regulation of specific transcripts under physiological conditions is yet to be established.During this thesis, I studied the expression of eIF4A3, Y14 and MLN51 three core proteins of the EJC in primary cultures of mouse neural stem cells (NSCs). NSCs can be differentiated into multiciliated ependymal cells that line all brain ventricles and have important physiological functions in brain development. We observed by immunofluorescence that in quiescent NSCs, all three proteins are concentrated in the vicinity of the centrosome at the base of the primary cilia. This localization reflects the presence of fully assembled EJCs as proved by the study of Y14 mutant that prevent EJC core mounting.

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Les protéines du complexe exon-jonction (WC) régulent l'épissage alternatif du transcrit Bc1-x, ainsi que d'autres transcrits reliés au contrôle de l'apoptose et du cycle cellulaire. L'épissage alternatif du transcrit 8c1-x constitue un événement déterminant pour les choix de vie ou de mort cellulaire en réponse aux stimuli internes ou externes. Les décisions d'épissage s'opérant sur BcI-x aboutissent à la production de deux transcrits majeurs, par utilisation de sites d'épissage 5' en compétition définissant l'exon 2. L'isoforme la plus longue, Bc1-x,, possède une activité anti-apopotique, alors que BcI-xs, amputé des 189 derniers nucléotides de cet exon, présente un potentiel pro-apoptotique. La fonction capitale de ces isoformes antagonistes justifie l'étroite régulation conditionnant leur expression. L'objectif premier de ces travaux de thèse a consisté à identifier des régulateurs protéiques de l'épissage alternatif de BcI-x, afin d'étoffer notre compréhension de cette régulation. L'utilisation d'un criblage à l'ARN interférence a mené à l'implication de plusieurs protéines du complexe exon-jonction (EJC) dans la régulation de cet événement d'épissage. Leur déplétion favorise l'épissage vers une production accrue de l'isoforme pro-apoptotique, corrélée à l'enclenchement de la mort cellulaire programmée. A la différence de leur fonction première au sein de l'EJC, les protéines formant le coeur de l'EJC, soit eIF4A3, 1114 et Magoh, ainsi que les composants s'y associant (RNP51, SAP18 et Acinus), influencent les décisions d'épissage prises sur le pré-ARNm BcI-x, indépendamment des fonctions d'export ou d'initiation du nonsense-mediated decay (NMD) communément associées à l'EJC. Une interaction sur le transcrit est d'ailleurs retrouvée pour la majorité de ces protéines, dans des extraits cellulaires totaux ainsi qu'in vitro. L'investigation des mécanismes moléculaires à l'origine de cette régulation révèlent que les éléments cis impliqués sont distincts, la fonction et la liaison des protéines e1F4A3, Y14 et Magoh étant assurée par un élément 82E, situé en aval du site d'épissage xs, alors que la protéine RNPS1 agirait en liant la portion centrale de l'élément SB1, en amont du site d'épissage xs. Par ailleurs, l'analyse en RT-PCR conduite à moyen débit sur des cellules ayant subi une déplétion de ces facteurs de l'EJC met en évidence des altérations de profils d'épissage concernant une dizaine de transcrits dont la fonction est associée au processus apoptotique. Le premier chapitre de cette thèse relate l'ensemble de ces observations et propose que certains facteurs de l'EJC assureraient une fonction régulatrice sur l'épissage de transcrits participant à l'échafaudage de l'apoptose. La deuxième partie de ces travaux relate les perturbations du cycle cellulaire engendrées par la déplétion de l'ARN hélicase eIF4A3, se traduisant notamment par une accumulation de dommage à l'ADN, ainsi que des défauts de formation de fuseau mitotique. L'analyse en RT-PCR du profil d'épissage de 192 transcrits dont l'ontologie est reliée à la progression du cycle cellulaire met en évidence des variations de l'expression des isoformes produites à partir de plusieurs de ces transcrits, incluant en particulier CDC25B, encodant une phosphatase dont l'activité est cruciale durant la transition G2/M. Les altérations de profil d'épissage retrouvées pour I-IDAC3, une histone déacétylase, et FOXM1, un facteur de transcription régulant de nombreux gènes du cycle cellulaire, pourraient expliquer en partie comment des dommages à l'ADN induisent potentiellement un blocage subséquent en mitose, menant à un processus connu sous le terme de catastrophe mitotique. Mes travaux de thèse suggèrent que plusieurs composants de l'EJC incluant particulièrement la protéine eIF4A3 auraient diversifié leur fonction vers la régulation d'événements d'épissage assurant la coordination entre la progression du cycle cellulaire et la survie. De ce fait, une diminution du niveau intracellulaire de ces facteurs enclenche des perturbations aboutissant ultimement à un arrêt de croissance et la mort cellulaire. [symboles non conformes]

<p>Denna uppsats utreder huruvida EG-domstolen kan utnyttja sitt tolkningsutrymme utan att överträda den givna och tagna kompetensen. Syftet är att analysera och diskutera EG-domstolens tolkningsutrymme ur ett rättsteoretiskt perspektiv. Det tolkningsutrymme som avses är den behörighet EG-domstolen har enligt EG- fördraget och den utvidgade befogenheten som EG-domstolen har givit sig själv. För att nå detta mål måste en utförlig beskrivning göras av: EU:s institutioner, kompetensfördelningen enligt EG-fördraget, EG-rättens källor, de viktigaste allmänna principerna, de relevanta ?rättslärorna? samt den kompetensfördelning som har utvecklats tillföljd av EG-domstolens agerande. Vid sitt utövande använder sig inte EG-domstolen av en tolkningsprincip. Vid lätta mål används en rättspositivistisk syn. Domstolen utgår här från en systematisk språklig-grammatisk tolkning, om detta inte räcker görs en teleologisk tolkning. Vid mer svårbedömda mål används en rättsrealistisk syn. Utvidgningen av EG-domstolens kompetens medför att domstolen utför legal activism. För att föra samarbetet inom gemenskapen framåt använder sig EG- domstolen av policy vid sina avgöranden.</p>

Denna uppsats utreder huruvida EG-domstolen kan utnyttja sitt tolkningsutrymme utan att överträda den givna och tagna kompetensen. Syftet är att analysera och diskutera EG-domstolens tolkningsutrymme ur ett rättsteoretiskt perspektiv. Det tolkningsutrymme som avses är den behörighet EG-domstolen har enligt EG- fördraget och den utvidgade befogenheten som EG-domstolen har givit sig själv. För att nå detta mål måste en utförlig beskrivning göras av: EU:s institutioner, kompetensfördelningen enligt EG-fördraget, EG-rättens källor, de viktigaste allmänna principerna, de relevanta ?rättslärorna? samt den kompetensfördelning som har utvecklats tillföljd av EG-domstolens agerande. Vid sitt utövande använder sig inte EG-domstolen av en tolkningsprincip. Vid lätta mål används en rättspositivistisk syn. Domstolen utgår här från en systematisk språklig-grammatisk tolkning, om detta inte räcker görs en teleologisk tolkning. Vid mer svårbedömda mål används en rättsrealistisk syn. Utvidgningen av EG-domstolens kompetens medför att domstolen utför legal activism. För att föra samarbetet inom gemenskapen framåt använder sig EG- domstolen av policy vid sina avgöranden.

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Les fichiers accompagnant le document sont en format Microsoft Excel 2010. / Les modèles classiques de signalisation cellulaire eucaryotes sont généralement organisés en voies linéaires et hiérarchiques, impliquant un ensemble de facteurs restreint. Ces facteurs forment un circuit isolé qui transmet une information externe vers sa destination, d’où une réponse cellulaire sera alors engendrée. Or, ces modèles sont justement le fruit d’approches expérimentales réductionnistes qui ne permettent pas d’intégrer aisément la contribution de facteurs multiples, ni de faire une évaluation quantitative de l’apport des composantes du système. Le développement de techniques d’investigation plus holistiques, telles la génomique fonctionnelle et la protéomique, permettent d’examiner de manière systématique et quantitative l’apport d’ensembles larges de facteurs et de les mettre en relation avec d’autres systèmes cellulaires. Il y aurait donc lieu de réévaluer le modèle de voie de signalisation linéaire au profit d’un modèle de réseau de signalisation multiparamétrique, comportant plusieurs branches d’entrée et sortie de signal interagissant avec d’autres systèmes cellulaires. Cet ouvrage porte sur la voie RAS/MAPK, l’un des principaux axes de signalisation associé à la prolifération et la différenciation cellulaires. Le sujet y est d’abord abordé sous l’angle d’une perspective historique, en mettant l’emphase sur les contributions des études de génétique classique chez les organismes modèles D. melanogaster et C. elegans. Il fait ensuite état du développement du criblage par ARNi pan-génomique dans ces deux modèles en le comparant aux approches de criblage génétique classique. Le corps de l’ouvrage décrit ensuite les résultats expérimentaux d’une campagne de criblage par ARNi visant à dresser une carte globale des régulateurs de la voie chez la drosophile. Trois groupes de régulateurs identifiés dans ce crible ont été caractérisés de manière plus détaillée. Dans un premier article, nous démontrons que les composantes du complexe EJC ont un impact sur l’épissage de mapk; une découverte doublement intéressante puisque l’EJC était jusqu’alors associé qu’à la régulation post-épissage des ARNm. Une seconde publication fait état de l’ensemble des résultats du crible ARNi, mettant l’emphase sur un ensemble de facteurs d’épissage qui modulent également mapk. Nous y montrons que l’impact de ces facteurs sur l’épissage alternatif est différent de celui de l’EJC, suggérant ainsi deux modes de régulation distincts. Finalement, dans un troisième manuscrit, nous nous attardons au rôle d’Usp47, une déubiquitinase qui, contrairement aux autres facteurs identifiés dans le crible, régule l’expression de MAPK de manière post-traductionnelle. Nous y détaillons une stratégie de criblage d’interaction génétique par ARNi visant à identifier des facteurs reliés fonctionnellement à Usp47. Ce second crible a permis l’identification de trois facteurs reliés au « N-end rule », un mécanisme de dégradation des protéines caractérisé par la reconnaissance des résidus N-terminaux de protéines ou peptides. Il existait jusqu’alors très peu de données quant à la régulation de l’expression des composantes de la voie MAPK, ce qui rend la description d’un large réseau de régulateurs agissant sur l’expression de MAPK d’autant plus insoupçonnée. L’absence d’un réseau équivalent rattaché aux autres composantes de la voie laisse supposer que MAPK serait un noeud servant de point d’entrée à ce type de régulation dans le système RAS/MAPK. De plus, nos travaux témoignent de la capacité de la génomique fonctionnelle à mettre en relation différents systèmes cellulaires de manière plus globale et à quantifier les liens établis entre eux. / The classical model of eukaryotic cellular signalling generally involves hierarchically organized linear pathways involving a restricted set of elements. These generally function together as an insulated circuit, transmitting information from the outside to the intracellular compartment involved in eliciting a response. These models, often the fruit of reductionist experimental approaches, do not allow for the integration of multiple inputs nor for a gradation of responses. The recent emergence of more holistic investigation techniques has brought about the re-evaluation of these classical models in favor of multiparametric signalling networks. This thesis focuses on the RAS/MAPK pathway, one of the cell’s main proliferation and differentiation signalling conduits, beginning with a historical perspective covering the contributions of model organism genetics to the current pathway model. This provides context for the description of a whole-genome RNAi screen experiment that we carried out to obtain a global view of regulators in Drosophila. Three groups of factors emerging from this screen were then examined in more detail. A first article shows that the exon junction complex (EJC) plays a role in mapk alternative splicing, an observation that is unexpected given that this complex was not previously known to act on splicing. A second paper details the genome wide screening campaign and focuses on a large set of splicing factors that also regulate mapk, albeit in a distinct manner than the EJC’s. Finally, a manuscript in a third segment examines Usp47 function and finds it to control MAPK levels post-translationally. An RNAi-based genetic interaction screen is then used to identify factors functionally related to Usp47 capable of counteracting its impact on MAPK levels. Three such factors identified through this technique are linked to the N-end rule protein degradation pathway. Regulation of core pathway component expression is a poorly described process, which makes the identification of a large set of factors regulating MAPK expression all the more unusual. Moreover, the absence of such regulation linked to other pathway components suggests that MAPK may act as a node incorporating inputs of this type into RAS/MAPK signaling dynamics.

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